cola Report for recount2:GTEx_adipose_tissue

Date: 2019-12-25 22:35:39 CET, cola version: 1.3.2

Document is loading...


Summary

All available functions which can be applied to this res_list object:

res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#>   Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#>   Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#>  [1] "cola_report"           "collect_classes"       "collect_plots"         "collect_stats"        
#>  [5] "colnames"              "functional_enrichment" "get_anno_col"          "get_anno"             
#>  [9] "get_classes"           "get_matrix"            "get_membership"        "get_stats"            
#> [13] "is_best_k"             "is_stable_k"           "ncol"                  "nrow"                 
#> [17] "rownames"              "show"                  "suggest_best_k"        "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap"      "top_rows_overlap"     
#> 
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]

The call of run_all_consensus_partition_methods() was:

#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)

Dimension of the input matrix:

mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17559   500

Density distribution

The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.

library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
    mc.cores = 4)

plot of chunk density-heatmap

Suggest the best k

Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in the table goes to the section for a single combination of methods.

The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.

suggest_best_k(res_list)
The best k 1-PAC Mean silhouette Concordance Optional k
CV:mclust 2 1.000 0.995 0.998 **
CV:NMF 2 1.000 0.995 0.998 **
MAD:mclust 2 1.000 0.994 0.998 **
SD:kmeans 4 0.984 0.935 0.959 **
ATC:kmeans 3 0.983 0.940 0.969 ** 2
ATC:pam 3 0.970 0.936 0.974 **
ATC:mclust 2 0.965 0.939 0.969 **
SD:skmeans 5 0.962 0.930 0.968 ** 4
MAD:kmeans 4 0.958 0.924 0.957 **
ATC:skmeans 5 0.936 0.875 0.952 * 2,3,4
ATC:NMF 2 0.933 0.923 0.963 *
SD:NMF 3 0.930 0.923 0.968 *
SD:mclust 3 0.927 0.919 0.961 * 2
MAD:skmeans 5 0.907 0.895 0.945 * 2,4
CV:skmeans 5 0.904 0.847 0.935 * 2,4
MAD:pam 4 0.830 0.871 0.943
MAD:NMF 2 0.811 0.904 0.959
SD:pam 4 0.788 0.850 0.933
CV:pam 2 0.721 0.896 0.950
CV:kmeans 4 0.697 0.840 0.870
ATC:hclust 2 0.512 0.776 0.893
CV:hclust 2 0.257 0.758 0.837
SD:hclust 2 0.252 0.741 0.853
MAD:hclust 2 0.210 0.714 0.846

**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9

CDF of consensus matrices

Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.

collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)

plot of chunk collect-plots

Consensus heatmap

Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-5

Membership heatmap

Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-5

Signature heatmap

Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)

Note in following heatmaps, rows are scaled.

collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-5

Statistics table

The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)

get_stats(res_list, k = 2)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      2 0.370           0.718       0.860          0.491 0.501   0.501
#> CV:NMF      2 1.000           0.995       0.998          0.470 0.531   0.531
#> MAD:NMF     2 0.811           0.904       0.959          0.495 0.505   0.505
#> ATC:NMF     2 0.933           0.923       0.963          0.319 0.687   0.687
#> SD:skmeans  2 0.483           0.820       0.879          0.495 0.499   0.499
#> CV:skmeans  2 1.000           0.990       0.992          0.472 0.528   0.528
#> MAD:skmeans 2 0.918           0.923       0.970          0.501 0.500   0.500
#> ATC:skmeans 2 1.000           0.981       0.992          0.495 0.505   0.505
#> SD:mclust   2 1.000           0.997       0.999          0.471 0.530   0.530
#> CV:mclust   2 1.000           0.995       0.998          0.476 0.525   0.525
#> MAD:mclust  2 1.000           0.994       0.998          0.468 0.533   0.533
#> ATC:mclust  2 0.965           0.939       0.969          0.473 0.519   0.519
#> SD:kmeans   2 0.438           0.727       0.832          0.490 0.500   0.500
#> CV:kmeans   2 0.453           0.852       0.918          0.414 0.609   0.609
#> MAD:kmeans  2 0.458           0.837       0.902          0.495 0.500   0.500
#> ATC:kmeans  2 1.000           0.975       0.990          0.474 0.526   0.526
#> SD:pam      2 0.345           0.567       0.779          0.457 0.548   0.548
#> CV:pam      2 0.721           0.896       0.950          0.440 0.547   0.547
#> MAD:pam     2 0.401           0.678       0.833          0.476 0.500   0.500
#> ATC:pam     2 0.633           0.807       0.918          0.464 0.536   0.536
#> SD:hclust   2 0.252           0.741       0.853          0.470 0.501   0.501
#> CV:hclust   2 0.257           0.758       0.837          0.324 0.747   0.747
#> MAD:hclust  2 0.210           0.714       0.846          0.470 0.503   0.503
#> ATC:hclust  2 0.512           0.776       0.893          0.448 0.516   0.516
get_stats(res_list, k = 3)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      3 0.930           0.923       0.968          0.350 0.678   0.445
#> CV:NMF      3 0.871           0.913       0.960          0.328 0.773   0.597
#> MAD:NMF     3 0.782           0.830       0.927          0.328 0.743   0.533
#> ATC:NMF     3 0.692           0.822       0.920          0.907 0.634   0.489
#> SD:skmeans  3 0.827           0.866       0.940          0.344 0.716   0.491
#> CV:skmeans  3 0.898           0.909       0.962          0.410 0.720   0.510
#> MAD:skmeans 3 0.769           0.865       0.937          0.311 0.758   0.556
#> ATC:skmeans 3 0.960           0.937       0.972          0.240 0.858   0.726
#> SD:mclust   3 0.927           0.919       0.961          0.388 0.814   0.648
#> CV:mclust   3 0.716           0.837       0.879          0.335 0.812   0.642
#> MAD:mclust  3 0.766           0.916       0.934          0.371 0.805   0.635
#> ATC:mclust  3 0.622           0.790       0.880          0.241 0.898   0.807
#> SD:kmeans   3 0.606           0.700       0.837          0.316 0.693   0.461
#> CV:kmeans   3 0.644           0.710       0.847          0.445 0.654   0.474
#> MAD:kmeans  3 0.599           0.652       0.837          0.305 0.761   0.563
#> ATC:kmeans  3 0.983           0.940       0.969          0.340 0.708   0.506
#> SD:pam      3 0.742           0.833       0.926          0.436 0.686   0.479
#> CV:pam      3 0.613           0.819       0.902          0.264 0.892   0.808
#> MAD:pam     3 0.744           0.803       0.920          0.359 0.721   0.505
#> ATC:pam     3 0.970           0.936       0.974          0.398 0.670   0.458
#> SD:hclust   3 0.227           0.539       0.756          0.266 0.921   0.844
#> CV:hclust   3 0.256           0.609       0.780          0.327 0.972   0.963
#> MAD:hclust  3 0.254           0.565       0.771          0.255 0.843   0.703
#> ATC:hclust  3 0.488           0.707       0.836          0.366 0.788   0.617
get_stats(res_list, k = 4)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      4 0.851           0.859       0.928         0.0960 0.856   0.619
#> CV:NMF      4 0.732           0.810       0.892         0.1722 0.817   0.554
#> MAD:NMF     4 0.826           0.847       0.931         0.1165 0.769   0.448
#> ATC:NMF     4 0.575           0.664       0.798         0.1842 0.831   0.592
#> SD:skmeans  4 0.957           0.927       0.971         0.1069 0.890   0.688
#> CV:skmeans  4 0.933           0.916       0.966         0.1047 0.869   0.640
#> MAD:skmeans 4 0.950           0.923       0.969         0.1224 0.843   0.591
#> ATC:skmeans 4 0.958           0.931       0.972         0.1801 0.868   0.667
#> SD:mclust   4 0.705           0.714       0.827         0.0945 0.903   0.729
#> CV:mclust   4 0.576           0.655       0.782         0.1040 0.900   0.728
#> MAD:mclust  4 0.762           0.865       0.903         0.1347 0.872   0.653
#> ATC:mclust  4 0.696           0.784       0.885         0.2100 0.827   0.609
#> SD:kmeans   4 0.984           0.935       0.959         0.1334 0.898   0.710
#> CV:kmeans   4 0.697           0.840       0.870         0.1937 0.817   0.550
#> MAD:kmeans  4 0.958           0.924       0.957         0.1356 0.859   0.629
#> ATC:kmeans  4 0.690           0.592       0.788         0.1506 0.853   0.626
#> SD:pam      4 0.788           0.850       0.933         0.1074 0.875   0.661
#> CV:pam      4 0.758           0.815       0.916         0.2968 0.766   0.520
#> MAD:pam     4 0.830           0.871       0.943         0.1323 0.862   0.632
#> ATC:pam     4 0.703           0.745       0.831         0.1297 0.889   0.698
#> SD:hclust   4 0.313           0.515       0.711         0.1525 0.829   0.615
#> CV:hclust   4 0.240           0.488       0.727         0.3118 0.628   0.498
#> MAD:hclust  4 0.311           0.383       0.679         0.1532 0.861   0.680
#> ATC:hclust  4 0.495           0.674       0.763         0.1033 0.979   0.948
get_stats(res_list, k = 5)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      5 0.733           0.721       0.845         0.0896 0.889   0.628
#> CV:NMF      5 0.830           0.829       0.910         0.0846 0.861   0.545
#> MAD:NMF     5 0.769           0.756       0.877         0.0773 0.869   0.566
#> ATC:NMF     5 0.576           0.567       0.737         0.0862 0.827   0.472
#> SD:skmeans  5 0.962           0.930       0.968         0.0761 0.922   0.717
#> CV:skmeans  5 0.904           0.847       0.935         0.0769 0.914   0.690
#> MAD:skmeans 5 0.907           0.895       0.945         0.0729 0.921   0.714
#> ATC:skmeans 5 0.936           0.875       0.952         0.0700 0.915   0.706
#> SD:mclust   5 0.698           0.659       0.826         0.0874 0.905   0.670
#> CV:mclust   5 0.570           0.652       0.770         0.0786 0.897   0.668
#> MAD:mclust  5 0.749           0.759       0.863         0.0785 0.911   0.681
#> ATC:mclust  5 0.647           0.539       0.758         0.0792 0.856   0.556
#> SD:kmeans   5 0.834           0.833       0.897         0.0780 0.914   0.693
#> CV:kmeans   5 0.770           0.706       0.825         0.0779 0.925   0.732
#> MAD:kmeans  5 0.828           0.814       0.898         0.0781 0.915   0.698
#> ATC:kmeans  5 0.677           0.563       0.745         0.0738 0.826   0.470
#> SD:pam      5 0.809           0.749       0.862         0.0924 0.877   0.589
#> CV:pam      5 0.835           0.837       0.916         0.0995 0.868   0.566
#> MAD:pam     5 0.775           0.675       0.843         0.0851 0.879   0.591
#> ATC:pam     5 0.775           0.797       0.886         0.0814 0.863   0.554
#> SD:hclust   5 0.416           0.515       0.708         0.0826 0.938   0.792
#> CV:hclust   5 0.313           0.522       0.703         0.1171 0.896   0.742
#> MAD:hclust  5 0.385           0.466       0.654         0.0866 0.884   0.669
#> ATC:hclust  5 0.540           0.544       0.752         0.0552 0.922   0.801
get_stats(res_list, k = 6)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      6 0.782           0.721       0.864         0.0452 0.874   0.504
#> CV:NMF      6 0.809           0.766       0.877         0.0383 0.925   0.668
#> MAD:NMF     6 0.697           0.575       0.772         0.0387 0.868   0.480
#> ATC:NMF     6 0.582           0.497       0.697         0.0424 0.895   0.571
#> SD:skmeans  6 0.860           0.749       0.870         0.0388 0.959   0.808
#> CV:skmeans  6 0.868           0.832       0.915         0.0421 0.910   0.615
#> MAD:skmeans 6 0.853           0.707       0.857         0.0398 0.956   0.803
#> ATC:skmeans 6 0.899           0.837       0.921         0.0340 0.944   0.766
#> SD:mclust   6 0.679           0.508       0.753         0.0266 0.914   0.638
#> CV:mclust   6 0.614           0.540       0.729         0.0509 0.897   0.611
#> MAD:mclust  6 0.725           0.658       0.779         0.0296 0.952   0.783
#> ATC:mclust  6 0.777           0.747       0.866         0.0432 0.883   0.572
#> SD:kmeans   6 0.769           0.680       0.826         0.0409 0.992   0.960
#> CV:kmeans   6 0.744           0.670       0.816         0.0433 0.963   0.836
#> MAD:kmeans  6 0.775           0.663       0.815         0.0400 0.980   0.905
#> ATC:kmeans  6 0.711           0.560       0.724         0.0417 0.924   0.680
#> SD:pam      6 0.784           0.761       0.862         0.0450 0.923   0.658
#> CV:pam      6 0.833           0.803       0.906         0.0277 0.959   0.811
#> MAD:pam     6 0.763           0.718       0.819         0.0410 0.915   0.627
#> ATC:pam     6 0.754           0.583       0.762         0.0385 0.920   0.652
#> SD:hclust   6 0.494           0.494       0.703         0.0448 0.969   0.881
#> CV:hclust   6 0.390           0.446       0.684         0.0765 0.944   0.837
#> MAD:hclust  6 0.429           0.461       0.664         0.0498 0.966   0.870
#> ATC:hclust  6 0.545           0.523       0.731         0.0470 0.941   0.820

Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.

collect_stats(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-1

collect_stats(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-2

collect_stats(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-3

collect_stats(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-4

collect_stats(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-5

Partition from all methods

Collect partitions from all methods:

collect_classes(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-1

collect_classes(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-2

collect_classes(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-3

collect_classes(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-4

collect_classes(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-5

Top rows overlap

Overlap of top rows from different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-5

Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-5

Heatmaps of the top rows:

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-1

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-2

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-3

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-4

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-5

Results for each method


SD:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.252           0.741       0.853         0.4704 0.501   0.501
#> 3 3 0.227           0.539       0.756         0.2660 0.921   0.844
#> 4 4 0.313           0.515       0.711         0.1525 0.829   0.615
#> 5 5 0.416           0.515       0.708         0.0826 0.938   0.792
#> 6 6 0.494           0.494       0.703         0.0448 0.969   0.881

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     2  0.9866     0.2962 0.432 0.568
#> SRR1331708     1  0.6438     0.8166 0.836 0.164
#> SRR1464258     1  0.5737     0.8388 0.864 0.136
#> SRR1454201     1  0.6623     0.8165 0.828 0.172
#> SRR661589      2  0.5059     0.8232 0.112 0.888
#> SRR1456229     1  0.3431     0.8642 0.936 0.064
#> SRR1315165     1  0.2423     0.8527 0.960 0.040
#> SRR1488960     1  0.2603     0.8613 0.956 0.044
#> SRR1417809     1  0.1843     0.8571 0.972 0.028
#> SRR1094457     1  0.1414     0.8508 0.980 0.020
#> SRR1095575     1  0.9881     0.2553 0.564 0.436
#> SRR1315931     1  0.5737     0.8388 0.864 0.136
#> SRR1430066     2  0.1184     0.8187 0.016 0.984
#> SRR1431037     2  0.1633     0.8223 0.024 0.976
#> SRR1395554     2  0.2236     0.8262 0.036 0.964
#> SRR818002      2  0.9522     0.5342 0.372 0.628
#> SRR1344143     2  0.7376     0.7621 0.208 0.792
#> SRR1486845     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.6148     0.8309 0.848 0.152
#> SRR1490740     1  0.3114     0.8640 0.944 0.056
#> SRR1446627     2  0.3274     0.8239 0.060 0.940
#> SRR1456138     2  0.7745     0.7497 0.228 0.772
#> SRR1416248     1  0.4022     0.8614 0.920 0.080
#> SRR1383907     1  0.5629     0.8041 0.868 0.132
#> SRR1311018     1  0.2603     0.8609 0.956 0.044
#> SRR1375699     1  0.9881     0.1504 0.564 0.436
#> SRR1429846     2  0.8207     0.6996 0.256 0.744
#> SRR613550      2  0.5408     0.8178 0.124 0.876
#> SRR1348402     1  0.3431     0.8622 0.936 0.064
#> SRR1345146     1  0.6801     0.7825 0.820 0.180
#> SRR1324025     2  0.8713     0.6459 0.292 0.708
#> SRR1318879     2  0.7299     0.7632 0.204 0.796
#> SRR820755      1  0.9000     0.5984 0.684 0.316
#> SRR1485830     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.5519     0.8397 0.872 0.128
#> SRR612263      1  0.4161     0.8633 0.916 0.084
#> SRR1415398     2  0.4161     0.8267 0.084 0.916
#> SRR1326205     1  0.1633     0.8557 0.976 0.024
#> SRR1421327     1  0.2236     0.8542 0.964 0.036
#> SRR1083311     2  0.1843     0.8236 0.028 0.972
#> SRR1499303     1  0.1633     0.8551 0.976 0.024
#> SRR1079522     1  0.5059     0.8529 0.888 0.112
#> SRR1452935     2  0.9580     0.4641 0.380 0.620
#> SRR1379495     1  0.3274     0.8639 0.940 0.060
#> SRR1470459     2  0.1633     0.8190 0.024 0.976
#> SRR661361      2  0.5737     0.8131 0.136 0.864
#> SRR615778      1  0.6801     0.8094 0.820 0.180
#> SRR1447564     1  0.2423     0.8598 0.960 0.040
#> SRR1455195     1  0.5842     0.8382 0.860 0.140
#> SRR655182      1  0.4022     0.8647 0.920 0.080
#> SRR1335140     1  0.5059     0.8188 0.888 0.112
#> SRR1433555     2  0.2043     0.8247 0.032 0.968
#> SRR1308650     2  0.6438     0.7957 0.164 0.836
#> SRR1388354     1  0.2778     0.8620 0.952 0.048
#> SRR1317446     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1413602     2  0.3584     0.8306 0.068 0.932
#> SRR1479955     2  0.7299     0.7663 0.204 0.796
#> SRR809853      1  0.3431     0.8651 0.936 0.064
#> SRR661313      2  0.5294     0.8193 0.120 0.880
#> SRR1499935     1  0.1633     0.8551 0.976 0.024
#> SRR1447303     2  0.7883     0.7307 0.236 0.764
#> SRR1429408     2  0.9896     0.3519 0.440 0.560
#> SRR1433950     1  0.2603     0.8612 0.956 0.044
#> SRR1362081     2  0.2236     0.8202 0.036 0.964
#> SRR1409854     1  0.9460     0.4956 0.636 0.364
#> SRR1435229     1  0.9896     0.2372 0.560 0.440
#> SRR1085996     1  0.2778     0.8623 0.952 0.048
#> SRR1414229     1  0.9323     0.5483 0.652 0.348
#> SRR1400974     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1399971     1  0.2603     0.8609 0.956 0.044
#> SRR613927      2  0.6048     0.8081 0.148 0.852
#> SRR1457854     1  0.2778     0.8620 0.952 0.048
#> SRR1473714     1  0.5519     0.8397 0.872 0.128
#> SRR813776      1  0.9000     0.5984 0.684 0.316
#> SRR808196      1  0.2043     0.8591 0.968 0.032
#> SRR1101085     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.5842     0.8367 0.860 0.140
#> SRR1478251     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.2423     0.8214 0.040 0.960
#> SRR1362310     1  0.2948     0.8622 0.948 0.052
#> SRR665310      2  0.5294     0.8207 0.120 0.880
#> SRR1420109     2  0.7745     0.7419 0.228 0.772
#> SRR1330920     1  0.7453     0.7684 0.788 0.212
#> SRR1419539     2  0.2236     0.8263 0.036 0.964
#> SRR1359447     2  0.1184     0.8171 0.016 0.984
#> SRR1347259     1  0.3584     0.8599 0.932 0.068
#> SRR613915      2  0.6531     0.7971 0.168 0.832
#> SRR1384395     2  0.0376     0.8122 0.004 0.996
#> SRR821715      2  0.4562     0.8252 0.096 0.904
#> SRR1478228     1  0.3733     0.8627 0.928 0.072
#> SRR1445637     1  0.6343     0.8236 0.840 0.160
#> SRR608150      1  0.6247     0.8270 0.844 0.156
#> SRR1096383     2  0.9896     0.2680 0.440 0.560
#> SRR1341480     1  0.1184     0.8509 0.984 0.016
#> SRR1341344     1  0.4298     0.8611 0.912 0.088
#> SRR1326270     2  0.4161     0.8289 0.084 0.916
#> SRR1498838     2  0.1633     0.8217 0.024 0.976
#> SRR1416313     2  0.4431     0.8269 0.092 0.908
#> SRR808566      1  0.6531     0.7841 0.832 0.168
#> SRR1430270     1  0.0672     0.8483 0.992 0.008
#> SRR1367825     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR613533      2  0.8608     0.6627 0.284 0.716
#> SRR661267      2  0.9881     0.2868 0.436 0.564
#> SRR810665      2  0.4431     0.8225 0.092 0.908
#> SRR1407250     1  0.7883     0.7527 0.764 0.236
#> SRR1420067     1  0.8207     0.7161 0.744 0.256
#> SRR1473632     1  0.3431     0.8651 0.936 0.064
#> SRR812536      2  0.3584     0.8305 0.068 0.932
#> SRR1370850     2  0.7602     0.7601 0.220 0.780
#> SRR1486195     2  0.2236     0.8212 0.036 0.964
#> SRR1407671     1  0.9881     0.2493 0.564 0.436
#> SRR1446375     2  1.0000     0.0535 0.496 0.504
#> SRR1465230     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR614119      2  0.9850     0.3073 0.428 0.572
#> SRR1356101     2  0.0938     0.8148 0.012 0.988
#> SRR1404209     1  0.8861     0.6329 0.696 0.304
#> SRR1392676     2  0.3879     0.8234 0.076 0.924
#> SRR665538      2  0.9922     0.2434 0.448 0.552
#> SRR660510      2  0.2043     0.8250 0.032 0.968
#> SRR1445655     1  0.0376     0.8455 0.996 0.004
#> SRR658953      1  0.8909     0.5993 0.692 0.308
#> SRR2166459     1  0.5737     0.8398 0.864 0.136
#> SRR1070713     1  0.9795     0.3088 0.584 0.416
#> SRR1485312     2  0.1184     0.8187 0.016 0.984
#> SRR1317631     2  0.9815     0.3286 0.420 0.580
#> SRR1488610     1  0.2948     0.8639 0.948 0.052
#> SRR1330588     2  0.9635     0.4394 0.388 0.612
#> SRR1316367     1  0.3733     0.8642 0.928 0.072
#> SRR1433926     1  0.3114     0.8635 0.944 0.056
#> SRR1091302     1  0.1843     0.8518 0.972 0.028
#> SRR818263      1  0.9393     0.5091 0.644 0.356
#> SRR1404909     1  0.3431     0.8446 0.936 0.064
#> SRR663076      1  0.5294     0.8496 0.880 0.120
#> SRR1323577     2  0.9933     0.3277 0.452 0.548
#> SRR1442422     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.2948     0.8634 0.948 0.052
#> SRR654862      1  0.5946     0.8378 0.856 0.144
#> SRR1407112     1  0.1414     0.8508 0.980 0.020
#> SRR1332969     2  0.4939     0.8236 0.108 0.892
#> SRR1353199     2  0.5294     0.8193 0.120 0.880
#> SRR1378885     2  0.8813     0.6302 0.300 0.700
#> SRR665357      2  0.2948     0.8293 0.052 0.948
#> SRR662186      2  0.1414     0.8175 0.020 0.980
#> SRR1501020     2  0.6148     0.8058 0.152 0.848
#> SRR1347819     2  0.1633     0.8219 0.024 0.976
#> SRR1480813     2  0.8144     0.7257 0.252 0.748
#> SRR1472576     1  0.6712     0.7636 0.824 0.176
#> SRR1431781     1  0.2423     0.8527 0.960 0.040
#> SRR1452270     2  0.2603     0.8268 0.044 0.956
#> SRR1500472     2  0.9983     0.1302 0.476 0.524
#> SRR1417632     1  0.4815     0.8235 0.896 0.104
#> SRR1350153     2  0.2603     0.8222 0.044 0.956
#> SRR1458113     1  0.9460     0.5082 0.636 0.364
#> SRR1326579     1  0.5629     0.8426 0.868 0.132
#> SRR1349363     1  0.9988    -0.0367 0.520 0.480
#> SRR1096712     2  0.2236     0.8265 0.036 0.964
#> SRR1090407     2  0.4431     0.8257 0.092 0.908
#> SRR1083752     2  0.9710     0.4818 0.400 0.600
#> SRR1377599     1  0.0672     0.8481 0.992 0.008
#> SRR1488449     2  0.5178     0.8221 0.116 0.884
#> SRR1318354     2  0.7453     0.7574 0.212 0.788
#> SRR1359062     2  0.1184     0.8190 0.016 0.984
#> SRR1398924     1  0.8713     0.6276 0.708 0.292
#> SRR663783      2  0.1184     0.8187 0.016 0.984
#> SRR1319204     2  0.3733     0.8307 0.072 0.928
#> SRR1369070     2  0.7453     0.7634 0.212 0.788
#> SRR615659      1  0.3114     0.8635 0.944 0.056
#> SRR1337449     2  0.4022     0.8265 0.080 0.920
#> SRR1316982     2  0.0000     0.8099 0.000 1.000
#> SRR1498595     1  0.4939     0.8212 0.892 0.108
#> SRR1377423     2  0.5842     0.8130 0.140 0.860
#> SRR1312310     2  0.2778     0.8210 0.048 0.952
#> SRR1485613     1  0.6712     0.8098 0.824 0.176
#> SRR1338426     2  0.5946     0.8116 0.144 0.856
#> SRR1353309     2  0.5629     0.8176 0.132 0.868
#> SRR658941      2  0.9815     0.3344 0.420 0.580
#> SRR1101643     1  0.2423     0.8617 0.960 0.040
#> SRR1401468     2  0.9866     0.2962 0.432 0.568
#> SRR1368874     2  0.2423     0.8210 0.040 0.960
#> SRR1324085     1  0.8327     0.6487 0.736 0.264
#> SRR1363858     1  0.5519     0.8397 0.872 0.128
#> SRR819820      2  0.7528     0.7412 0.216 0.784
#> SRR1337342     1  0.8267     0.7117 0.740 0.260
#> SRR655206      2  0.2423     0.8273 0.040 0.960
#> SRR1387013     2  0.9993     0.1853 0.484 0.516
#> SRR1317410     1  0.3879     0.8623 0.924 0.076
#> SRR608198      1  0.5629     0.8428 0.868 0.132
#> SRR1440161     2  0.2603     0.8222 0.044 0.956
#> SRR1343741     2  0.7453     0.7634 0.212 0.788
#> SRR1381288     2  0.3274     0.8239 0.060 0.940
#> SRR1415379     1  0.1414     0.8536 0.980 0.020
#> SRR1099622     2  0.5294     0.8189 0.120 0.880
#> SRR663197      2  0.5059     0.8234 0.112 0.888
#> SRR1394836     2  0.2423     0.8273 0.040 0.960
#> SRR661699      2  0.4939     0.8237 0.108 0.892
#> SRR813680      2  0.9881     0.2868 0.436 0.564
#> SRR1410678     1  0.2948     0.8622 0.948 0.052
#> SRR1378109     1  0.1414     0.8508 0.980 0.020
#> SRR1499174     1  0.5178     0.8533 0.884 0.116
#> SRR1311486     2  0.4022     0.8265 0.080 0.920
#> SRR1382851     1  0.8499     0.5922 0.724 0.276
#> SRR1433410     1  0.6048     0.8329 0.852 0.148
#> SRR661167      2  0.2778     0.8275 0.048 0.952
#> SRR1432518     2  0.9580     0.4641 0.380 0.620
#> SRR660462      2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1374608     2  0.9710     0.4006 0.400 0.600
#> SRR657949      2  0.6531     0.7971 0.168 0.832
#> SRR1308882     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.9795     0.3279 0.584 0.416
#> SRR1485870     1  0.6801     0.7825 0.820 0.180
#> SRR1444138     1  0.9754     0.3598 0.592 0.408
#> SRR1417342     1  0.4161     0.8573 0.916 0.084
#> SRR1470193     1  0.3114     0.8615 0.944 0.056
#> SRR1091380     2  0.7528     0.7412 0.216 0.784
#> SRR1099096     1  0.2778     0.8621 0.952 0.048
#> SRR1313583     1  0.1184     0.8519 0.984 0.016
#> SRR1467102     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1485416     1  0.1184     0.8509 0.984 0.016
#> SRR818821      2  0.8608     0.6627 0.284 0.716
#> SRR809963      1  0.5842     0.8367 0.860 0.140
#> SRR1072247     1  0.3274     0.8639 0.940 0.060
#> SRR1353710     1  0.2423     0.8606 0.960 0.040
#> SRR1445259     2  0.8608     0.6620 0.284 0.716
#> SRR1408393     1  0.9983     0.1066 0.524 0.476
#> SRR1361522     1  0.3114     0.8635 0.944 0.056
#> SRR1368597     1  0.4939     0.8558 0.892 0.108
#> SRR1309680     2  0.8499     0.6894 0.276 0.724
#> SRR1310542     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1333485     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.9087     0.5818 0.324 0.676
#> SRR1354931     2  0.4022     0.8291 0.080 0.920
#> SRR1391856     2  0.1414     0.8205 0.020 0.980
#> SRR1446738     1  0.9922     0.1782 0.552 0.448
#> SRR1309032     2  0.1633     0.8190 0.024 0.976
#> SRR1388145     2  0.5737     0.8092 0.136 0.864
#> SRR1432611     2  0.2423     0.8210 0.040 0.960
#> SRR815869      2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR613150      2  0.1184     0.8189 0.016 0.984
#> SRR1375329     1  0.9933     0.1971 0.548 0.452
#> SRR1387921     1  0.2603     0.8609 0.956 0.044
#> SRR1466792     2  0.2236     0.8202 0.036 0.964
#> SRR1360478     2  0.2603     0.8222 0.044 0.956
#> SRR1360695     1  0.7950     0.7390 0.760 0.240
#> SRR812943      1  0.4022     0.8637 0.920 0.080
#> SRR1400910     2  0.9850     0.3420 0.428 0.572
#> SRR1444203     1  0.0938     0.8483 0.988 0.012
#> SRR816177      2  0.9944     0.3136 0.456 0.544
#> SRR658754      2  0.2043     0.8253 0.032 0.968
#> SRR1429603     1  0.3584     0.8599 0.932 0.068
#> SRR1397366     2  0.5519     0.8160 0.128 0.872
#> SRR1446028     1  0.3733     0.8636 0.928 0.072
#> SRR1083918     2  0.9993     0.2128 0.484 0.516
#> SRR1337606     1  0.6343     0.8244 0.840 0.160
#> SRR659109      2  0.2043     0.8250 0.032 0.968
#> SRR1337192     1  0.4298     0.8611 0.912 0.088
#> SRR656946      1  0.9833     0.3000 0.576 0.424
#> SRR1476102     1  0.2603     0.8613 0.956 0.044
#> SRR1476447     1  0.4298     0.8611 0.912 0.088
#> SRR1342067     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0376     0.8463 0.996 0.004
#> SRR1075971     1  0.4022     0.8625 0.920 0.080
#> SRR614419      1  0.3274     0.8647 0.940 0.060
#> SRR1322936     1  0.6712     0.8146 0.824 0.176
#> SRR1349121     2  0.9996     0.0595 0.488 0.512
#> SRR1430549     1  0.2423     0.8598 0.960 0.040
#> SRR612935      2  0.7219     0.7684 0.200 0.800
#> SRR661481      2  0.8144     0.7257 0.252 0.748
#> SRR1354117     2  0.1184     0.8171 0.016 0.984
#> SRR1393596     1  0.5408     0.8344 0.876 0.124
#> SRR1452164     1  0.4815     0.8565 0.896 0.104
#> SRR1070503     1  0.9635     0.4184 0.612 0.388
#> SRR1499894     2  0.2043     0.8253 0.032 0.968
#> SRR1082883     1  0.6438     0.8223 0.836 0.164
#> SRR1468271     1  0.6712     0.8098 0.824 0.176
#> SRR1332443     1  0.2423     0.8598 0.960 0.040
#> SRR810295      2  0.2603     0.8199 0.044 0.956
#> SRR662103      1  0.3114     0.8635 0.944 0.056
#> SRR1328620     2  0.7453     0.7574 0.212 0.788
#> SRR1396294     2  0.9815     0.3286 0.420 0.580
#> SRR1419917     1  0.3114     0.8635 0.944 0.056
#> SRR662114      2  0.6247     0.8022 0.156 0.844
#> SRR1489199     1  0.9909     0.2471 0.556 0.444
#> SRR813584      2  0.9896     0.3519 0.440 0.560
#> SRR1069638     1  0.8713     0.6540 0.708 0.292
#> SRR614864      2  0.4690     0.8264 0.100 0.900
#> SRR1433392     1  0.7528     0.7640 0.784 0.216
#> SRR1377777     2  0.7139     0.7734 0.196 0.804
#> SRR2167710     1  0.9833     0.3000 0.576 0.424
#> SRR1401252     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.1184     0.8491 0.984 0.016
#> SRR1338031     1  0.2778     0.8626 0.952 0.048
#> SRR1418628     2  0.3584     0.8231 0.068 0.932
#> SRR1486889     1  0.8861     0.6329 0.696 0.304
#> SRR1380393     1  0.2778     0.8620 0.952 0.048
#> SRR1319731     1  0.3733     0.8627 0.928 0.072
#> SRR1356468     1  0.4939     0.8442 0.892 0.108
#> SRR1337010     2  0.2236     0.8194 0.036 0.964
#> SRR1486520     1  0.5059     0.8513 0.888 0.112
#> SRR1486538     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.1414     0.8508 0.980 0.020
#> SRR1377696     1  0.4815     0.8235 0.896 0.104
#> SRR1465459     1  0.9393     0.5091 0.644 0.356
#> SRR1080270     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1312501     2  0.7674     0.7423 0.224 0.776
#> SRR1093148     1  0.9996     0.0404 0.512 0.488
#> SRR1467080     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1410866     2  0.8016     0.7360 0.244 0.756
#> SRR816475      1  0.8327     0.6487 0.736 0.264
#> SRR1379198     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.5519     0.8204 0.128 0.872
#> SRR1452246     2  0.8909     0.6491 0.308 0.692
#> SRR1338836     2  0.2948     0.8231 0.052 0.948
#> SRR1369129     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.5294     0.8207 0.120 0.880
#> SRR813824      2  0.2778     0.8277 0.048 0.952
#> SRR1082376     1  0.6438     0.8220 0.836 0.164
#> SRR1500891     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.7602     0.7599 0.780 0.220
#> SRR1091572     1  0.8443     0.7026 0.728 0.272
#> SRR1346689     1  0.1843     0.8561 0.972 0.028
#> SRR1332424     1  0.6048     0.8329 0.852 0.148
#> SRR663729      1  0.1184     0.8521 0.984 0.016
#> SRR1097013     1  0.5737     0.8398 0.864 0.136
#> SRR613675      1  0.6712     0.8146 0.824 0.176
#> SRR1485357     1  0.1633     0.8516 0.976 0.024
#> SRR655816      2  0.4161     0.8265 0.084 0.916
#> SRR1500113     1  0.5408     0.8474 0.876 0.124
#> SRR1437622     1  0.6712     0.7636 0.824 0.176
#> SRR1355172     2  0.9881     0.2799 0.436 0.564
#> SRR655531      1  0.4690     0.8555 0.900 0.100
#> SRR1338147     2  0.7745     0.7351 0.228 0.772
#> SRR1413329     1  0.9922     0.2325 0.552 0.448
#> SRR1485931     2  0.7376     0.7621 0.208 0.792
#> SRR1420873     1  0.4562     0.8578 0.904 0.096
#> SRR1333308     1  0.1843     0.8571 0.972 0.028
#> SRR1452033     1  0.9209     0.5632 0.664 0.336
#> SRR1467316     2  0.7376     0.7637 0.208 0.792
#> SRR809018      2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1375351     2  0.2778     0.8210 0.048 0.952
#> SRR663440      2  0.9580     0.4693 0.380 0.620
#> SRR1471755     2  0.8207     0.7207 0.256 0.744
#> SRR808019      2  0.9815     0.3344 0.420 0.580
#> SRR1479133     2  0.4022     0.8286 0.080 0.920
#> SRR615069      2  0.9358     0.5192 0.352 0.648
#> SRR1456185     2  0.8608     0.6685 0.284 0.716
#> SRR1350069     2  0.9815     0.3286 0.420 0.580
#> SRR816316      1  0.5737     0.8388 0.864 0.136
#> SRR664795      2  0.9881     0.2868 0.436 0.564
#> SRR1490721     1  0.3114     0.8563 0.944 0.056
#> SRR810643      1  0.3733     0.8627 0.928 0.072
#> SRR1430333     1  0.9732     0.3739 0.596 0.404
#> SRR1085285     2  0.4022     0.8286 0.080 0.920
#> SRR1099072     2  0.5294     0.8207 0.120 0.880
#> SRR1317985     1  0.3274     0.8639 0.940 0.060
#> SRR1487340     1  0.2948     0.8629 0.948 0.052
#> SRR1420276     2  0.0376     0.8122 0.004 0.996
#> SRR1351347     2  0.7056     0.7755 0.192 0.808
#> SRR1405525     1  0.2948     0.8639 0.948 0.052
#> SRR1370329     1  0.2423     0.8598 0.960 0.040
#> SRR1465001     1  0.3733     0.8627 0.928 0.072
#> SRR1476525     2  0.4161     0.8209 0.084 0.916
#> SRR819610      2  0.8661     0.6627 0.288 0.712
#> SRR2157314     1  0.4022     0.8620 0.920 0.080
#> SRR1409465     2  0.2948     0.8231 0.052 0.948
#> SRR809987      1  0.1184     0.8519 0.984 0.016
#> SRR613639      2  0.6048     0.8081 0.148 0.852
#> SRR1402285     1  0.0672     0.8467 0.992 0.008
#> SRR1077038     1  0.6531     0.8152 0.832 0.168
#> SRR1405660     2  0.2603     0.8268 0.044 0.956
#> SRR1095455     2  0.8763     0.6459 0.296 0.704
#> SRR1394734     2  0.9993     0.2128 0.484 0.516
#> SRR1317771     1  0.8499     0.6824 0.724 0.276
#> SRR1365894     1  0.6343     0.7984 0.840 0.160
#> SRR1073581     2  0.9996     0.0595 0.488 0.512
#> SRR659804      1  0.4022     0.8620 0.920 0.080
#> SRR1345914     2  0.5294     0.8181 0.120 0.880
#> SRR1432186     2  0.7376     0.7655 0.208 0.792
#> SRR1473529     1  0.4939     0.8212 0.892 0.108
#> SRR660764      2  0.5178     0.8205 0.116 0.884
#> SRR820448      1  0.5737     0.8388 0.864 0.136
#> SRR1328845     2  0.9815     0.3286 0.420 0.580
#> SRR1336415     1  0.0672     0.8473 0.992 0.008
#> SRR1379065     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1459190     1  0.9983     0.1066 0.524 0.476
#> SRR1346773     1  0.3879     0.8619 0.924 0.076
#> SRR1499521     2  0.9850     0.3115 0.428 0.572
#> SRR1440898     2  0.4298     0.8232 0.088 0.912
#> SRR1347459     2  0.4431     0.8279 0.092 0.908
#> SRR1081209     2  0.5519     0.8126 0.128 0.872
#> SRR1400202     1  0.2423     0.8598 0.960 0.040
#> SRR1333395     1  0.8763     0.5895 0.704 0.296
#> SRR1309248     1  0.6801     0.7797 0.820 0.180
#> SRR809161      2  0.4815     0.8234 0.104 0.896
#> SRR1316320     1  0.6343     0.8168 0.840 0.160
#> SRR1432629     2  0.9970     0.2705 0.468 0.532
#> SRR1498931     1  0.2603     0.8609 0.956 0.044
#> SRR1416578     1  0.1414     0.8536 0.980 0.020
#> SRR1405547     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1470534     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.4431     0.8593 0.908 0.092
#> SRR1309160     2  0.3114     0.8278 0.056 0.944
#> SRR663489      2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1500450     1  0.5842     0.8343 0.860 0.140
#> SRR1078489     1  0.9754     0.3847 0.592 0.408
#> SRR1332648     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.3733     0.8307 0.072 0.928
#> SRR1470420     2  0.1633     0.8190 0.024 0.976
#> SRR1475566     1  0.2423     0.8598 0.960 0.040
#> SRR1477949     1  0.2603     0.8613 0.956 0.044
#> SRR1481419     2  0.6438     0.7932 0.164 0.836
#> SRR1464766     1  0.4161     0.8608 0.916 0.084
#> SRR615946      2  0.4431     0.8269 0.092 0.908
#> SRR1446481     2  0.5629     0.8087 0.132 0.868
#> SRR1467656     2  0.2948     0.8223 0.052 0.948
#> SRR1402962     1  0.6623     0.8165 0.828 0.172
#> SRR660224      2  0.4161     0.8250 0.084 0.916
#> SRR665586      1  0.2603     0.8612 0.956 0.044
#> SRR1347166     1  0.6801     0.8094 0.820 0.180
#> SRR1485722     1  0.7883     0.7527 0.764 0.236
#> SRR1415316     1  0.2423     0.8598 0.960 0.040
#> SRR613390      1  0.4022     0.8633 0.920 0.080
#> SRR661108      2  0.2043     0.8250 0.032 0.968
#> SRR2170173     1  0.9881     0.2553 0.564 0.436
#> SRR817329      1  0.4562     0.8603 0.904 0.096
#> SRR1401990     1  0.8608     0.6689 0.716 0.284
#> SRR1467745     1  0.8327     0.6487 0.736 0.264
#> SRR1471795     2  0.9460     0.5528 0.364 0.636
#> SRR1415637     2  0.3879     0.8234 0.076 0.924
#> SRR813137      1  0.4431     0.8601 0.908 0.092
#> SRR1314873     1  0.2603     0.8612 0.956 0.044
#> SRR1401211     1  0.7950     0.7390 0.760 0.240
#> SRR1419692     1  0.1184     0.8491 0.984 0.016
#> SRR818797      2  0.8443     0.6808 0.272 0.728
#> SRR2164608     2  0.6623     0.7898 0.172 0.828
#> SRR1455586     2  0.0376     0.8112 0.004 0.996
#> SRR819459      2  0.1184     0.8189 0.016 0.984
#> SRR1488939     2  0.7376     0.7637 0.208 0.792
#> SRR1433232     2  0.7815     0.7450 0.232 0.768
#> SRR1385501     1  0.6048     0.8313 0.852 0.148
#> SRR1361652     1  0.8909     0.5993 0.692 0.308
#> SRR1437119     1  0.2603     0.8609 0.956 0.044
#> SRR1478547     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1430910     1  0.9896     0.2372 0.560 0.440
#> SRR1310584     1  0.3584     0.8622 0.932 0.068
#> SRR1500216     1  0.5519     0.8397 0.872 0.128
#> SRR1486762     2  0.6438     0.7976 0.164 0.836
#> SRR1480854     1  0.0672     0.8481 0.992 0.008
#> SRR1489394     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0672     0.8483 0.992 0.008
#> SRR1473058     1  0.8327     0.6487 0.736 0.264
#> SRR1405165     2  0.5842     0.8105 0.140 0.860
#> SRR1433004     1  0.3584     0.8650 0.932 0.068
#> SRR1471477     1  0.8443     0.6911 0.728 0.272
#> SRR1098567     2  0.4298     0.8234 0.088 0.912
#> SRR1098712     2  0.9815     0.3286 0.420 0.580
#> SRR1455038     1  0.3584     0.8644 0.932 0.068
#> SRR1375248     2  0.0376     0.8112 0.004 0.996
#> SRR1403005     2  0.4939     0.8228 0.108 0.892
#> SRR1348378     2  0.9710     0.4818 0.400 0.600
#> SRR1413541     1  0.2603     0.8612 0.956 0.044
#> SRR1392943     1  0.2603     0.8624 0.956 0.044
#> SRR1475192     2  0.1184     0.8187 0.016 0.984
#> SRR1432085     2  0.3431     0.8272 0.064 0.936
#> SRR1452468     1  0.9522     0.4685 0.628 0.372
#> SRR1347060     2  0.1633     0.8224 0.024 0.976
#> SRR1414139     2  0.2603     0.8260 0.044 0.956
#> SRR1447962     2  0.1843     0.8207 0.028 0.972
#> SRR1444324     2  0.0672     0.8127 0.008 0.992
#> SRR1415004     1  0.2603     0.8610 0.956 0.044
#> SRR1413436     1  0.8661     0.6614 0.712 0.288
#> SRR1311266     1  0.9608     0.4370 0.616 0.384
#> SRR1343302     1  0.1414     0.8508 0.980 0.020
#> SRR1373746     1  0.2778     0.8619 0.952 0.048
#> SRR1429678     1  0.3274     0.8631 0.940 0.060
#> SRR1469413     2  0.4298     0.8258 0.088 0.912
#> SRR1405331     1  0.7528     0.7640 0.784 0.216
#> SRR1345609     1  0.2423     0.8598 0.960 0.040
#> SRR1380208     1  0.7602     0.7499 0.780 0.220
#> SRR1322840     1  0.0000     0.8441 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.5059     0.8234 0.112 0.888
#> SRR1416654     2  0.4298     0.8289 0.088 0.912
#> SRR1315081     2  0.0672     0.8146 0.008 0.992
#> SRR1369196     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1400847     1  0.4161     0.8608 0.916 0.084
#> SRR1365291     2  0.9815     0.3509 0.420 0.580
#> SRR1367920     1  0.0672     0.8481 0.992 0.008
#> SRR1366648     2  0.0938     0.8169 0.012 0.988
#> SRR1441679     2  0.2778     0.8224 0.048 0.952
#> SRR1082173     2  0.6623     0.7898 0.172 0.828
#> SRR1363968     1  0.7815     0.7496 0.768 0.232
#> SRR814387      1  0.3733     0.8627 0.928 0.072
#> SRR657599      2  0.9815     0.3344 0.420 0.580
#> SRR1386689     1  0.1414     0.8508 0.980 0.020
#> SRR1395575     2  0.3879     0.8298 0.076 0.924
#> SRR1453811     2  0.7674     0.7462 0.224 0.776
#> SRR1441159     1  0.3431     0.8648 0.936 0.064
#> SRR1403154     1  0.1414     0.8508 0.980 0.020
#> SRR1468722     2  0.1184     0.8187 0.016 0.984
#> SRR1310275     2  0.9850     0.3245 0.428 0.572

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     3  0.7400    0.26663 0.412 0.036 0.552
#> SRR1331708     1  0.6506    0.70635 0.720 0.236 0.044
#> SRR1464258     1  0.4217    0.76492 0.868 0.032 0.100
#> SRR1454201     1  0.6519    0.72811 0.760 0.108 0.132
#> SRR661589      3  0.3686    0.60351 0.140 0.000 0.860
#> SRR1456229     1  0.3181    0.77934 0.912 0.064 0.024
#> SRR1315165     1  0.6168    0.72674 0.740 0.224 0.036
#> SRR1488960     1  0.1170    0.78054 0.976 0.016 0.008
#> SRR1417809     1  0.4326    0.76378 0.844 0.144 0.012
#> SRR1094457     1  0.5503    0.73413 0.772 0.208 0.020
#> SRR1095575     1  0.7866    0.25757 0.552 0.060 0.388
#> SRR1315931     1  0.4217    0.76492 0.868 0.032 0.100
#> SRR1430066     3  0.0237    0.59217 0.004 0.000 0.996
#> SRR1431037     3  0.0829    0.59715 0.012 0.004 0.984
#> SRR1395554     3  0.1620    0.60407 0.024 0.012 0.964
#> SRR818002      2  0.9061    0.57076 0.188 0.548 0.264
#> SRR1344143     2  0.5680    0.62449 0.024 0.764 0.212
#> SRR1486845     1  0.5058    0.72094 0.756 0.244 0.000
#> SRR1362866     1  0.5961    0.74553 0.792 0.112 0.096
#> SRR1490740     1  0.1774    0.78136 0.960 0.016 0.024
#> SRR1446627     2  0.6565    0.54153 0.008 0.576 0.416
#> SRR1456138     2  0.6820    0.66199 0.052 0.700 0.248
#> SRR1416248     1  0.3253    0.78097 0.912 0.036 0.052
#> SRR1383907     1  0.8020    0.61405 0.604 0.308 0.088
#> SRR1311018     1  0.1337    0.77811 0.972 0.016 0.012
#> SRR1375699     1  0.9544   -0.08970 0.420 0.388 0.192
#> SRR1429846     3  0.6141    0.50548 0.232 0.032 0.736
#> SRR613550      3  0.4261    0.60059 0.140 0.012 0.848
#> SRR1348402     1  0.2443    0.78297 0.940 0.028 0.032
#> SRR1345146     1  0.7265    0.65815 0.684 0.240 0.076
#> SRR1324025     3  0.6416    0.46964 0.260 0.032 0.708
#> SRR1318879     3  0.5688    0.54888 0.168 0.044 0.788
#> SRR820755      1  0.7128    0.55201 0.664 0.052 0.284
#> SRR1485830     1  0.4605    0.73498 0.796 0.204 0.000
#> SRR599313      1  0.5780    0.75726 0.800 0.120 0.080
#> SRR612263      1  0.2918    0.78520 0.924 0.044 0.032
#> SRR1415398     3  0.3043    0.61431 0.084 0.008 0.908
#> SRR1326205     1  0.3879    0.75769 0.848 0.152 0.000
#> SRR1421327     1  0.6307    0.67440 0.660 0.328 0.012
#> SRR1083311     3  0.0829    0.59904 0.012 0.004 0.984
#> SRR1499303     1  0.5899    0.71749 0.736 0.244 0.020
#> SRR1079522     1  0.3765    0.77672 0.888 0.084 0.028
#> SRR1452935     3  0.8155    0.30955 0.332 0.088 0.580
#> SRR1379495     1  0.2187    0.78272 0.948 0.024 0.028
#> SRR1470459     3  0.6215   -0.23751 0.000 0.428 0.572
#> SRR661361      3  0.3644    0.60632 0.124 0.004 0.872
#> SRR615778      1  0.6726    0.71568 0.748 0.132 0.120
#> SRR1447564     1  0.0829    0.77903 0.984 0.012 0.004
#> SRR1455195     1  0.6100    0.74668 0.784 0.120 0.096
#> SRR655182      1  0.2773    0.78139 0.928 0.024 0.048
#> SRR1335140     1  0.6274    0.52124 0.544 0.456 0.000
#> SRR1433555     3  0.0983    0.60107 0.016 0.004 0.980
#> SRR1308650     3  0.8685    0.11186 0.156 0.260 0.584
#> SRR1388354     1  0.1015    0.77977 0.980 0.008 0.012
#> SRR1317446     3  0.0237    0.58755 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413602     3  0.2200    0.61338 0.056 0.004 0.940
#> SRR1479955     2  0.5945    0.63641 0.024 0.740 0.236
#> SRR809853      1  0.2297    0.78339 0.944 0.036 0.020
#> SRR661313      3  0.4099    0.60106 0.140 0.008 0.852
#> SRR1499935     1  0.5899    0.71749 0.736 0.244 0.020
#> SRR1447303     3  0.5551    0.53093 0.212 0.020 0.768
#> SRR1429408     3  0.9452    0.00767 0.284 0.220 0.496
#> SRR1433950     1  0.0848    0.77978 0.984 0.008 0.008
#> SRR1362081     3  0.6669   -0.35283 0.008 0.468 0.524
#> SRR1409854     1  0.7401    0.46440 0.612 0.048 0.340
#> SRR1435229     1  0.8936    0.21802 0.500 0.132 0.368
#> SRR1085996     1  0.1182    0.78174 0.976 0.012 0.012
#> SRR1414229     1  0.9066    0.43122 0.540 0.176 0.284
#> SRR1400974     3  0.0000    0.58904 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.1337    0.77811 0.972 0.016 0.012
#> SRR613927      3  0.4634    0.58906 0.164 0.012 0.824
#> SRR1457854     1  0.1015    0.77977 0.980 0.008 0.012
#> SRR1473714     1  0.5780    0.75726 0.800 0.120 0.080
#> SRR813776      1  0.7128    0.55201 0.664 0.052 0.284
#> SRR808196      1  0.4390    0.76063 0.840 0.148 0.012
#> SRR1101085     1  0.5216    0.71589 0.740 0.260 0.000
#> SRR614395      1  0.4413    0.76259 0.860 0.036 0.104
#> SRR1478251     1  0.4654    0.73372 0.792 0.208 0.000
#> SRR1370551     3  0.6600   -0.16190 0.012 0.384 0.604
#> SRR1362310     1  0.1919    0.78096 0.956 0.024 0.020
#> SRR665310      3  0.3983    0.60107 0.144 0.004 0.852
#> SRR1420109     3  0.5772    0.52832 0.220 0.024 0.756
#> SRR1330920     1  0.5901    0.70308 0.776 0.048 0.176
#> SRR1419539     3  0.1781    0.59695 0.020 0.020 0.960
#> SRR1359447     3  0.6180   -0.16444 0.000 0.416 0.584
#> SRR1347259     1  0.5356    0.74818 0.784 0.196 0.020
#> SRR613915      3  0.4897    0.57974 0.172 0.016 0.812
#> SRR1384395     3  0.1163    0.57068 0.000 0.028 0.972
#> SRR821715      3  0.3375    0.61253 0.100 0.008 0.892
#> SRR1478228     1  0.2918    0.78209 0.924 0.032 0.044
#> SRR1445637     1  0.4848    0.75255 0.836 0.036 0.128
#> SRR608150      1  0.6546    0.72863 0.756 0.148 0.096
#> SRR1096383     3  0.7400    0.26381 0.412 0.036 0.552
#> SRR1341480     1  0.5591    0.69242 0.696 0.304 0.000
#> SRR1341344     1  0.3590    0.77676 0.896 0.076 0.028
#> SRR1326270     3  0.2772    0.61497 0.080 0.004 0.916
#> SRR1498838     3  0.0848    0.59547 0.008 0.008 0.984
#> SRR1416313     3  0.3207    0.61514 0.084 0.012 0.904
#> SRR808566      1  0.8404    0.59606 0.592 0.288 0.120
#> SRR1430270     1  0.4452    0.74226 0.808 0.192 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.58904 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.9400    0.14878 0.228 0.264 0.508
#> SRR661267      3  0.7487    0.27138 0.408 0.040 0.552
#> SRR810665      2  0.7578    0.48133 0.040 0.500 0.460
#> SRR1407250     1  0.7756    0.65742 0.672 0.128 0.200
#> SRR1420067     1  0.6806    0.66399 0.712 0.060 0.228
#> SRR1473632     1  0.2297    0.78339 0.944 0.036 0.020
#> SRR812536      3  0.2947    0.61166 0.060 0.020 0.920
#> SRR1370850     2  0.8437    0.58413 0.092 0.520 0.388
#> SRR1486195     3  0.6608   -0.26679 0.008 0.432 0.560
#> SRR1407671     1  0.9722    0.06584 0.444 0.244 0.312
#> SRR1446375     1  0.8859    0.02567 0.480 0.120 0.400
#> SRR1465230     1  0.4654    0.73569 0.792 0.208 0.000
#> SRR614119      3  0.7366    0.29336 0.400 0.036 0.564
#> SRR1356101     3  0.4002    0.42651 0.000 0.160 0.840
#> SRR1404209     1  0.6388    0.58373 0.692 0.024 0.284
#> SRR1392676     2  0.6379    0.58195 0.008 0.624 0.368
#> SRR665538      3  0.7420    0.24143 0.420 0.036 0.544
#> SRR660510      3  0.1170    0.60086 0.016 0.008 0.976
#> SRR1445655     1  0.5024    0.73069 0.776 0.220 0.004
#> SRR658953      1  0.8590    0.45214 0.560 0.320 0.120
#> SRR2166459     1  0.3769    0.76398 0.880 0.016 0.104
#> SRR1070713     1  0.9651   -0.07060 0.400 0.392 0.208
#> SRR1485312     3  0.0237    0.59217 0.004 0.000 0.996
#> SRR1317631     3  0.7841    0.27476 0.360 0.064 0.576
#> SRR1488610     1  0.2152    0.78470 0.948 0.036 0.016
#> SRR1330588     3  0.7104    0.33564 0.360 0.032 0.608
#> SRR1316367     1  0.4526    0.77557 0.856 0.104 0.040
#> SRR1433926     1  0.1919    0.77930 0.956 0.020 0.024
#> SRR1091302     1  0.5253    0.74617 0.792 0.188 0.020
#> SRR818263      1  0.7285    0.47509 0.632 0.048 0.320
#> SRR1404909     1  0.6026    0.62736 0.624 0.376 0.000
#> SRR663076      1  0.4289    0.76780 0.868 0.040 0.092
#> SRR1323577     2  0.9581    0.47551 0.268 0.480 0.252
#> SRR1442422     1  0.4654    0.73569 0.792 0.208 0.000
#> SRR1465893     1  0.1636    0.78213 0.964 0.016 0.020
#> SRR654862      1  0.4920    0.76040 0.840 0.052 0.108
#> SRR1407112     1  0.5503    0.73413 0.772 0.208 0.020
#> SRR1332969     3  0.3267    0.61154 0.116 0.000 0.884
#> SRR1353199     3  0.4033    0.60280 0.136 0.008 0.856
#> SRR1378885     3  0.6475    0.45539 0.280 0.028 0.692
#> SRR665357      3  0.5111    0.51664 0.036 0.144 0.820
#> SRR662186      3  0.6274   -0.27631 0.000 0.456 0.544
#> SRR1501020     3  0.4465    0.57710 0.176 0.004 0.820
#> SRR1347819     3  0.0848    0.59533 0.008 0.008 0.984
#> SRR1480813     2  0.8535    0.62431 0.112 0.556 0.332
#> SRR1472576     1  0.8434    0.54851 0.560 0.336 0.104
#> SRR1431781     1  0.6168    0.72674 0.740 0.224 0.036
#> SRR1452270     3  0.1399    0.60653 0.028 0.004 0.968
#> SRR1500472     3  0.9068    0.11439 0.420 0.136 0.444
#> SRR1417632     1  0.6260    0.53366 0.552 0.448 0.000
#> SRR1350153     3  0.6678   -0.37713 0.008 0.480 0.512
#> SRR1458113     1  0.9111    0.40371 0.532 0.176 0.292
#> SRR1326579     1  0.5625    0.75187 0.808 0.116 0.076
#> SRR1349363     2  0.9138    0.21645 0.376 0.476 0.148
#> SRR1096712     3  0.1129    0.60310 0.020 0.004 0.976
#> SRR1090407     3  0.3129    0.61407 0.088 0.008 0.904
#> SRR1083752     2  0.9334    0.49750 0.200 0.508 0.292
#> SRR1377599     1  0.5706    0.68070 0.680 0.320 0.000
#> SRR1488449     3  0.3619    0.60523 0.136 0.000 0.864
#> SRR1318354     3  0.8792    0.27353 0.176 0.244 0.580
#> SRR1359062     3  0.0661    0.59399 0.008 0.004 0.988
#> SRR1398924     1  0.8107    0.50165 0.604 0.300 0.096
#> SRR663783      3  0.0424    0.58992 0.000 0.008 0.992
#> SRR1319204     3  0.7128    0.08572 0.036 0.344 0.620
#> SRR1369070     2  0.6490    0.66017 0.036 0.708 0.256
#> SRR615659      1  0.1919    0.77930 0.956 0.020 0.024
#> SRR1337449     3  0.7430   -0.31390 0.036 0.424 0.540
#> SRR1316982     3  0.3482    0.47818 0.000 0.128 0.872
#> SRR1498595     1  0.6260    0.53213 0.552 0.448 0.000
#> SRR1377423     3  0.4413    0.58433 0.160 0.008 0.832
#> SRR1312310     3  0.6823   -0.39599 0.012 0.484 0.504
#> SRR1485613     1  0.5466    0.73077 0.800 0.040 0.160
#> SRR1338426     3  0.4848    0.59354 0.128 0.036 0.836
#> SRR1353309     3  0.4446    0.60242 0.112 0.032 0.856
#> SRR658941      3  0.7339    0.31551 0.392 0.036 0.572
#> SRR1101643     1  0.1999    0.78189 0.952 0.036 0.012
#> SRR1401468     3  0.7400    0.26663 0.412 0.036 0.552
#> SRR1368874     3  0.6682   -0.39647 0.008 0.488 0.504
#> SRR1324085     1  0.9503    0.37739 0.476 0.316 0.208
#> SRR1363858     1  0.5780    0.75726 0.800 0.120 0.080
#> SRR819820      3  0.5486    0.53481 0.196 0.024 0.780
#> SRR1337342     1  0.6936    0.65757 0.704 0.064 0.232
#> SRR655206      3  0.1781    0.59895 0.020 0.020 0.960
#> SRR1387013     2  0.9147    0.47650 0.260 0.540 0.200
#> SRR1317410     1  0.2903    0.78188 0.924 0.028 0.048
#> SRR608198      1  0.5625    0.75195 0.808 0.116 0.076
#> SRR1440161     3  0.6678   -0.37713 0.008 0.480 0.512
#> SRR1343741     2  0.6490    0.66017 0.036 0.708 0.256
#> SRR1381288     2  0.6565    0.54153 0.008 0.576 0.416
#> SRR1415379     1  0.3816    0.75765 0.852 0.148 0.000
#> SRR1099622     3  0.7656   -0.20214 0.052 0.376 0.572
#> SRR663197      3  0.4217    0.60826 0.100 0.032 0.868
#> SRR1394836     3  0.1919    0.59722 0.020 0.024 0.956
#> SRR661699      3  0.3459    0.60725 0.096 0.012 0.892
#> SRR813680      3  0.7487    0.26991 0.408 0.040 0.552
#> SRR1410678     1  0.1919    0.78096 0.956 0.024 0.020
#> SRR1378109     1  0.5503    0.73413 0.772 0.208 0.020
#> SRR1499174     1  0.3637    0.77490 0.892 0.024 0.084
#> SRR1311486     3  0.7430   -0.31390 0.036 0.424 0.540
#> SRR1382851     2  0.8742   -0.25604 0.436 0.456 0.108
#> SRR1433410     1  0.6510    0.73321 0.756 0.156 0.088
#> SRR661167      3  0.1525    0.60702 0.032 0.004 0.964
#> SRR1432518     3  0.8155    0.30955 0.332 0.088 0.580
#> SRR660462      3  0.0237    0.58755 0.000 0.004 0.996
#> SRR1374608     3  0.8204    0.27221 0.316 0.096 0.588
#> SRR657949      3  0.4953    0.57677 0.176 0.016 0.808
#> SRR1308882     1  0.4796    0.73138 0.780 0.220 0.000
#> SRR655768      1  0.7724    0.26545 0.552 0.052 0.396
#> SRR1485870     1  0.7265    0.65815 0.684 0.240 0.076
#> SRR1444138     1  0.7982    0.30716 0.556 0.068 0.376
#> SRR1417342     1  0.5267    0.75912 0.816 0.140 0.044
#> SRR1470193     1  0.5060    0.75623 0.816 0.156 0.028
#> SRR1091380     3  0.5486    0.53481 0.196 0.024 0.780
#> SRR1099096     1  0.1491    0.78095 0.968 0.016 0.016
#> SRR1313583     1  0.3340    0.76796 0.880 0.120 0.000
#> SRR1467102     3  0.2066    0.54652 0.000 0.060 0.940
#> SRR1485416     1  0.5591    0.69242 0.696 0.304 0.000
#> SRR818821      3  0.9400    0.14878 0.228 0.264 0.508
#> SRR809963      1  0.4413    0.76259 0.860 0.036 0.104
#> SRR1072247     1  0.2187    0.78272 0.948 0.024 0.028
#> SRR1353710     1  0.4634    0.75812 0.824 0.164 0.012
#> SRR1445259     3  0.9405    0.15252 0.232 0.260 0.508
#> SRR1408393     1  0.6925    0.13856 0.532 0.016 0.452
#> SRR1361522     1  0.2056    0.77916 0.952 0.024 0.024
#> SRR1368597     1  0.3031    0.77881 0.912 0.012 0.076
#> SRR1309680     2  0.8491    0.64300 0.128 0.588 0.284
#> SRR1310542     3  0.0237    0.58755 0.000 0.004 0.996
#> SRR1333485     1  0.5216    0.71589 0.740 0.260 0.000
#> SRR1406437     3  0.8094    0.32878 0.240 0.124 0.636
#> SRR1354931     3  0.2496    0.61485 0.068 0.004 0.928
#> SRR1391856     3  0.4228    0.45867 0.008 0.148 0.844
#> SRR1446738     1  0.9926   -0.14828 0.376 0.348 0.276
#> SRR1309032     3  0.6215   -0.23751 0.000 0.428 0.572
#> SRR1388145     3  0.7819   -0.37636 0.052 0.440 0.508
#> SRR1432611     3  0.6654   -0.32219 0.008 0.456 0.536
#> SRR815869      3  0.0237    0.58755 0.000 0.004 0.996
#> SRR613150      3  0.0475    0.59124 0.004 0.004 0.992
#> SRR1375329     1  0.8887    0.18943 0.488 0.124 0.388
#> SRR1387921     1  0.0848    0.77824 0.984 0.008 0.008
#> SRR1466792     3  0.6664   -0.34327 0.008 0.464 0.528
#> SRR1360478     3  0.6678   -0.37713 0.008 0.480 0.512
#> SRR1360695     1  0.6124    0.67578 0.744 0.036 0.220
#> SRR812943      1  0.2681    0.78386 0.932 0.040 0.028
#> SRR1400910     2  0.9949    0.27978 0.356 0.360 0.284
#> SRR1444203     1  0.5220    0.73546 0.780 0.208 0.012
#> SRR816177      2  0.9581    0.47015 0.268 0.480 0.252
#> SRR658754      3  0.1337    0.59965 0.016 0.012 0.972
#> SRR1429603     1  0.5356    0.74818 0.784 0.196 0.020
#> SRR1397366     3  0.4164    0.59963 0.144 0.008 0.848
#> SRR1446028     1  0.3039    0.78242 0.920 0.036 0.044
#> SRR1083918     2  0.9846    0.40647 0.304 0.420 0.276
#> SRR1337606     1  0.6922    0.71593 0.720 0.200 0.080
#> SRR659109      3  0.1170    0.60086 0.016 0.008 0.976
#> SRR1337192     1  0.3590    0.77676 0.896 0.076 0.028
#> SRR656946      1  0.7741    0.29597 0.568 0.056 0.376
#> SRR1476102     1  0.1170    0.78054 0.976 0.016 0.008
#> SRR1476447     1  0.3590    0.77676 0.896 0.076 0.028
#> SRR1342067     1  0.5216    0.71589 0.740 0.260 0.000
#> SRR1385389     1  0.4978    0.73345 0.780 0.216 0.004
#> SRR1075971     1  0.3669    0.77944 0.896 0.064 0.040
#> SRR614419      1  0.4217    0.77757 0.868 0.100 0.032
#> SRR1322936     1  0.6807    0.71548 0.736 0.172 0.092
#> SRR1349121     3  0.7487    0.06693 0.464 0.036 0.500
#> SRR1430549     1  0.1170    0.77966 0.976 0.016 0.008
#> SRR612935      3  0.8673    0.28944 0.160 0.252 0.588
#> SRR661481      2  0.8535    0.62431 0.112 0.556 0.332
#> SRR1354117     3  0.6215   -0.19810 0.000 0.428 0.572
#> SRR1393596     1  0.6556    0.69053 0.692 0.276 0.032
#> SRR1452164     1  0.3461    0.77712 0.900 0.024 0.076
#> SRR1070503     1  0.7481    0.38678 0.596 0.048 0.356
#> SRR1499894     3  0.1170    0.60006 0.016 0.008 0.976
#> SRR1082883     1  0.6634    0.72674 0.752 0.144 0.104
#> SRR1468271     1  0.5466    0.73077 0.800 0.040 0.160
#> SRR1332443     1  0.0829    0.77869 0.984 0.012 0.004
#> SRR810295      3  0.6680   -0.38497 0.008 0.484 0.508
#> SRR662103      1  0.2056    0.77916 0.952 0.024 0.024
#> SRR1328620     3  0.8792    0.27353 0.176 0.244 0.580
#> SRR1396294     3  0.7841    0.27476 0.360 0.064 0.576
#> SRR1419917     1  0.2056    0.77916 0.952 0.024 0.024
#> SRR662114      3  0.5094    0.58592 0.136 0.040 0.824
#> SRR1489199     1  0.7793    0.20015 0.524 0.052 0.424
#> SRR813584      3  0.9452    0.00767 0.284 0.220 0.496
#> SRR1069638     1  0.7372    0.62060 0.688 0.092 0.220
#> SRR614864      3  0.3031    0.61416 0.076 0.012 0.912
#> SRR1433392     1  0.5955    0.69974 0.772 0.048 0.180
#> SRR1377777     2  0.6226    0.64661 0.028 0.720 0.252
#> SRR2167710     1  0.7741    0.29597 0.568 0.056 0.376
#> SRR1401252     1  0.5058    0.72065 0.756 0.244 0.000
#> SRR1309963     1  0.5318    0.73606 0.780 0.204 0.016
#> SRR1338031     1  0.1491    0.77929 0.968 0.016 0.016
#> SRR1418628     3  0.7389   -0.40331 0.032 0.464 0.504
#> SRR1486889     1  0.6388    0.58373 0.692 0.024 0.284
#> SRR1380393     1  0.1015    0.77977 0.980 0.008 0.012
#> SRR1319731     1  0.3039    0.78170 0.920 0.036 0.044
#> SRR1356468     1  0.6431    0.73877 0.760 0.156 0.084
#> SRR1337010     3  0.6669   -0.34823 0.008 0.468 0.524
#> SRR1486520     1  0.4370    0.77486 0.868 0.056 0.076
#> SRR1486538     1  0.4654    0.73500 0.792 0.208 0.000
#> SRR1340486     1  0.5503    0.73413 0.772 0.208 0.020
#> SRR1377696     1  0.6267    0.52732 0.548 0.452 0.000
#> SRR1465459     1  0.7310    0.46874 0.628 0.048 0.324
#> SRR1080270     3  0.0237    0.58755 0.000 0.004 0.996
#> SRR1312501     3  0.6007    0.53217 0.192 0.044 0.764
#> SRR1093148     3  0.9187    0.01578 0.412 0.148 0.440
#> SRR1467080     3  0.0237    0.58755 0.000 0.004 0.996
#> SRR1410866     2  0.8817    0.55890 0.120 0.500 0.380
#> SRR816475      1  0.9503    0.37739 0.476 0.316 0.208
#> SRR1379198     1  0.4654    0.73372 0.792 0.208 0.000
#> SRR613342      3  0.5069    0.59687 0.128 0.044 0.828
#> SRR1452246     2  0.7124    0.63409 0.088 0.708 0.204
#> SRR1338836     2  0.6608    0.52397 0.008 0.560 0.432
#> SRR1369129     1  0.4702    0.73262 0.788 0.212 0.000
#> SRR1396616     3  0.3983    0.60107 0.144 0.004 0.852
#> SRR813824      3  0.1525    0.60734 0.032 0.004 0.964
#> SRR1082376     1  0.5403    0.75075 0.816 0.060 0.124
#> SRR1500891     1  0.4887    0.72773 0.772 0.228 0.000
#> SRR807543      1  0.6007    0.69619 0.768 0.048 0.184
#> SRR1091572     1  0.7381    0.65892 0.704 0.132 0.164
#> SRR1346689     1  0.5115    0.74653 0.796 0.188 0.016
#> SRR1332424     1  0.6510    0.73321 0.756 0.156 0.088
#> SRR663729      1  0.5178    0.72832 0.744 0.256 0.000
#> SRR1097013     1  0.3769    0.76398 0.880 0.016 0.104
#> SRR613675      1  0.6807    0.71548 0.736 0.172 0.092
#> SRR1485357     1  0.5633    0.73351 0.768 0.208 0.024
#> SRR655816      3  0.2584    0.60701 0.064 0.008 0.928
#> SRR1500113     1  0.4479    0.76640 0.860 0.044 0.096
#> SRR1437622     1  0.8434    0.54851 0.560 0.336 0.104
#> SRR1355172     3  0.7400    0.26183 0.412 0.036 0.552
#> SRR655531      1  0.4475    0.77532 0.864 0.072 0.064
#> SRR1338147     3  0.5455    0.54304 0.204 0.020 0.776
#> SRR1413329     1  0.7715    0.18881 0.524 0.048 0.428
#> SRR1485931     2  0.5680    0.62449 0.024 0.764 0.212
#> SRR1420873     1  0.3649    0.77786 0.896 0.036 0.068
#> SRR1333308     1  0.5061    0.74964 0.784 0.208 0.008
#> SRR1452033     1  0.6906    0.49509 0.644 0.032 0.324
#> SRR1467316     2  0.6067    0.63868 0.028 0.736 0.236
#> SRR809018      3  0.0000    0.58904 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     3  0.6823   -0.39599 0.012 0.484 0.504
#> SRR663440      3  0.7328    0.34776 0.364 0.040 0.596
#> SRR1471755     2  0.8573    0.62401 0.116 0.556 0.328
#> SRR808019      3  0.7339    0.31551 0.392 0.036 0.572
#> SRR1479133     3  0.2682    0.61544 0.076 0.004 0.920
#> SRR615069      3  0.8777    0.27780 0.288 0.148 0.564
#> SRR1456185     3  0.9771   -0.21131 0.256 0.308 0.436
#> SRR1350069     3  0.7841    0.27476 0.360 0.064 0.576
#> SRR816316      1  0.4217    0.76492 0.868 0.032 0.100
#> SRR664795      3  0.7487    0.26991 0.408 0.040 0.552
#> SRR1490721     1  0.6677    0.67291 0.652 0.324 0.024
#> SRR810643      1  0.3039    0.78170 0.920 0.036 0.044
#> SRR1430333     1  0.8841    0.33529 0.528 0.132 0.340
#> SRR1085285     3  0.2682    0.61544 0.076 0.004 0.920
#> SRR1099072     3  0.3983    0.60107 0.144 0.004 0.852
#> SRR1317985     1  0.1905    0.78036 0.956 0.016 0.028
#> SRR1487340     1  0.2050    0.78276 0.952 0.028 0.020
#> SRR1420276     3  0.1163    0.57068 0.000 0.028 0.972
#> SRR1351347     3  0.5677    0.56933 0.160 0.048 0.792
#> SRR1405525     1  0.2152    0.78470 0.948 0.036 0.016
#> SRR1370329     1  0.1170    0.77776 0.976 0.016 0.008
#> SRR1465001     1  0.3039    0.78170 0.920 0.036 0.044
#> SRR1476525     2  0.6879    0.54274 0.016 0.556 0.428
#> SRR819610      3  0.9783   -0.22020 0.256 0.312 0.432
#> SRR2157314     1  0.3253    0.78115 0.912 0.036 0.052
#> SRR1409465     2  0.6608    0.52397 0.008 0.560 0.432
#> SRR809987      1  0.3784    0.76388 0.864 0.132 0.004
#> SRR613639      3  0.4575    0.59158 0.160 0.012 0.828
#> SRR1402285     1  0.5061    0.73593 0.784 0.208 0.008
#> SRR1077038     1  0.5028    0.74444 0.828 0.040 0.132
#> SRR1405660     3  0.1399    0.60653 0.028 0.004 0.968
#> SRR1095455     3  0.9484    0.13087 0.240 0.264 0.496
#> SRR1394734     2  0.9846    0.40647 0.304 0.420 0.276
#> SRR1317771     1  0.6143    0.62914 0.720 0.024 0.256
#> SRR1365894     1  0.7378    0.62155 0.628 0.320 0.052
#> SRR1073581     3  0.7487    0.06693 0.464 0.036 0.500
#> SRR659804      1  0.3253    0.78115 0.912 0.036 0.052
#> SRR1345914     2  0.7835    0.49184 0.052 0.492 0.456
#> SRR1432186     2  0.8091    0.63208 0.080 0.572 0.348
#> SRR1473529     1  0.6260    0.53213 0.552 0.448 0.000
#> SRR660764      3  0.7344    0.38435 0.084 0.232 0.684
#> SRR820448      1  0.4217    0.76492 0.868 0.032 0.100
#> SRR1328845     3  0.7841    0.27476 0.360 0.064 0.576
#> SRR1336415     1  0.5061    0.73587 0.784 0.208 0.008
#> SRR1379065     1  0.4887    0.72773 0.772 0.228 0.000
#> SRR1459190     1  0.6925    0.13856 0.532 0.016 0.452
#> SRR1346773     1  0.3253    0.78187 0.912 0.036 0.052
#> SRR1499521     3  0.7366    0.29439 0.400 0.036 0.564
#> SRR1440898     2  0.7262    0.51539 0.028 0.528 0.444
#> SRR1347459     3  0.3637    0.61278 0.084 0.024 0.892
#> SRR1081209     2  0.6422    0.61698 0.016 0.660 0.324
#> SRR1400202     1  0.0848    0.77794 0.984 0.008 0.008
#> SRR1333395     1  0.8181    0.44160 0.584 0.324 0.092
#> SRR1309248     1  0.7622    0.59548 0.608 0.332 0.060
#> SRR809161      3  0.3618    0.61267 0.104 0.012 0.884
#> SRR1316320     1  0.6482    0.69885 0.716 0.244 0.040
#> SRR1432629     2  0.9175    0.49323 0.244 0.540 0.216
#> SRR1498931     1  0.1482    0.77892 0.968 0.020 0.012
#> SRR1416578     1  0.3816    0.75765 0.852 0.148 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.58904 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.4702    0.73262 0.788 0.212 0.000
#> SRR1380764     1  0.3649    0.77844 0.896 0.036 0.068
#> SRR1309160     3  0.1989    0.61168 0.048 0.004 0.948
#> SRR663489      3  0.0000    0.58904 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.5069    0.75312 0.828 0.044 0.128
#> SRR1078489     1  0.9027    0.37366 0.532 0.160 0.308
#> SRR1332648     1  0.4654    0.73569 0.792 0.208 0.000
#> SRR660614      3  0.7128    0.08572 0.036 0.344 0.620
#> SRR1470420     3  0.6215   -0.23751 0.000 0.428 0.572
#> SRR1475566     1  0.0848    0.77794 0.984 0.008 0.008
#> SRR1477949     1  0.1170    0.78054 0.976 0.016 0.008
#> SRR1481419     2  0.8169    0.59408 0.076 0.536 0.388
#> SRR1464766     1  0.2773    0.78327 0.928 0.024 0.048
#> SRR615946      3  0.3207    0.61514 0.084 0.012 0.904
#> SRR1446481     3  0.7672   -0.43994 0.044 0.468 0.488
#> SRR1467656     2  0.6641    0.49835 0.008 0.544 0.448
#> SRR1402962     1  0.6519    0.72811 0.760 0.108 0.132
#> SRR660224      2  0.6754    0.53140 0.012 0.556 0.432
#> SRR665586      1  0.1170    0.77951 0.976 0.016 0.008
#> SRR1347166     1  0.6726    0.71568 0.748 0.132 0.120
#> SRR1485722     1  0.7756    0.65742 0.672 0.128 0.200
#> SRR1415316     1  0.0829    0.77903 0.984 0.012 0.004
#> SRR613390      1  0.3572    0.78131 0.900 0.060 0.040
#> SRR661108      3  0.0983    0.60067 0.016 0.004 0.980
#> SRR2170173     1  0.7866    0.25757 0.552 0.060 0.388
#> SRR817329      1  0.2749    0.78084 0.924 0.012 0.064
#> SRR1401990     1  0.7512    0.60104 0.656 0.076 0.268
#> SRR1467745     1  0.9503    0.37739 0.476 0.316 0.208
#> SRR1471795     2  0.9048    0.57330 0.184 0.548 0.268
#> SRR1415637     2  0.6379    0.58195 0.008 0.624 0.368
#> SRR813137      1  0.3083    0.77791 0.916 0.024 0.060
#> SRR1314873     1  0.1170    0.77951 0.976 0.016 0.008
#> SRR1401211     1  0.6124    0.67578 0.744 0.036 0.220
#> SRR1419692     1  0.5366    0.73349 0.776 0.208 0.016
#> SRR818797      3  0.6490    0.47932 0.256 0.036 0.708
#> SRR2164608     3  0.4663    0.58210 0.156 0.016 0.828
#> SRR1455586     3  0.3752    0.44891 0.000 0.144 0.856
#> SRR819459      3  0.0475    0.59124 0.004 0.004 0.992
#> SRR1488939     2  0.6067    0.63868 0.028 0.736 0.236
#> SRR1433232     2  0.6546    0.65976 0.044 0.716 0.240
#> SRR1385501     1  0.4892    0.75474 0.840 0.048 0.112
#> SRR1361652     1  0.8590    0.45214 0.560 0.320 0.120
#> SRR1437119     1  0.1337    0.77811 0.972 0.016 0.012
#> SRR1478547     3  0.0000    0.58904 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     1  0.8936    0.21802 0.500 0.132 0.368
#> SRR1310584     1  0.2297    0.78285 0.944 0.020 0.036
#> SRR1500216     1  0.5780    0.75726 0.800 0.120 0.080
#> SRR1486762     3  0.5062    0.56461 0.184 0.016 0.800
#> SRR1480854     1  0.5706    0.68070 0.680 0.320 0.000
#> SRR1489394     1  0.4654    0.73569 0.792 0.208 0.000
#> SRR1418085     1  0.4654    0.73569 0.792 0.208 0.000
#> SRR1340221     1  0.4452    0.74226 0.808 0.192 0.000
#> SRR1473058     1  0.9503    0.37739 0.476 0.316 0.208
#> SRR1405165     3  0.4136    0.59167 0.116 0.020 0.864
#> SRR1433004     1  0.3213    0.78186 0.912 0.060 0.028
#> SRR1471477     1  0.6526    0.61817 0.704 0.036 0.260
#> SRR1098567     3  0.7442   -0.18017 0.044 0.368 0.588
#> SRR1098712     3  0.7841    0.27476 0.360 0.064 0.576
#> SRR1455038     1  0.3310    0.77930 0.908 0.064 0.028
#> SRR1375248     3  0.3752    0.44891 0.000 0.144 0.856
#> SRR1403005     3  0.3682    0.60909 0.116 0.008 0.876
#> SRR1348378     2  0.9334    0.49750 0.200 0.508 0.292
#> SRR1413541     1  0.0848    0.77996 0.984 0.008 0.008
#> SRR1392943     1  0.5506    0.74617 0.764 0.220 0.016
#> SRR1475192     3  0.0424    0.59529 0.008 0.000 0.992
#> SRR1432085     3  0.6522    0.17404 0.032 0.272 0.696
#> SRR1452468     1  0.8801    0.43679 0.564 0.152 0.284
#> SRR1347060     3  0.1015    0.59514 0.008 0.012 0.980
#> SRR1414139     3  0.6056    0.30771 0.032 0.224 0.744
#> SRR1447962     3  0.6247   -0.11560 0.004 0.376 0.620
#> SRR1444324     3  0.5835    0.03350 0.000 0.340 0.660
#> SRR1415004     1  0.0848    0.77923 0.984 0.008 0.008
#> SRR1413436     1  0.6252    0.60834 0.708 0.024 0.268
#> SRR1311266     1  0.8126    0.37489 0.564 0.080 0.356
#> SRR1343302     1  0.5503    0.73413 0.772 0.208 0.020
#> SRR1373746     1  0.1636    0.78034 0.964 0.020 0.016
#> SRR1429678     1  0.2443    0.78319 0.940 0.032 0.028
#> SRR1469413     3  0.7271   -0.11182 0.040 0.352 0.608
#> SRR1405331     1  0.5955    0.69974 0.772 0.048 0.180
#> SRR1345609     1  0.0983    0.77840 0.980 0.016 0.004
#> SRR1380208     1  0.8591    0.53886 0.572 0.300 0.128
#> SRR1322840     1  0.4842    0.72944 0.776 0.224 0.000
#> SRR1399797     3  0.4217    0.60826 0.100 0.032 0.868
#> SRR1416654     3  0.2749    0.61327 0.064 0.012 0.924
#> SRR1315081     3  0.0747    0.58071 0.000 0.016 0.984
#> SRR1369196     3  0.0237    0.58755 0.000 0.004 0.996
#> SRR1400847     1  0.2773    0.78327 0.928 0.024 0.048
#> SRR1365291     3  0.7389    0.29017 0.408 0.036 0.556
#> SRR1367920     1  0.5706    0.68070 0.680 0.320 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000    0.58904 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.6647    0.49013 0.008 0.540 0.452
#> SRR1082173     3  0.4663    0.58210 0.156 0.016 0.828
#> SRR1363968     1  0.6124    0.67613 0.744 0.036 0.220
#> SRR814387      1  0.3039    0.78170 0.920 0.036 0.044
#> SRR657599      3  0.7339    0.31551 0.392 0.036 0.572
#> SRR1386689     1  0.5503    0.73413 0.772 0.208 0.020
#> SRR1395575     3  0.2625    0.61509 0.084 0.000 0.916
#> SRR1453811     3  0.5597    0.54001 0.216 0.020 0.764
#> SRR1441159     1  0.3370    0.78543 0.904 0.072 0.024
#> SRR1403154     1  0.5503    0.73413 0.772 0.208 0.020
#> SRR1468722     3  0.0237    0.59217 0.004 0.000 0.996
#> SRR1310275     3  0.7420    0.27211 0.420 0.036 0.544

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     3  0.5933   0.306314 0.408 0.000 0.552 0.040
#> SRR1331708     4  0.7499   0.165498 0.400 0.100 0.024 0.476
#> SRR1464258     1  0.4426   0.617019 0.812 0.000 0.092 0.096
#> SRR1454201     1  0.7378   0.431312 0.568 0.032 0.100 0.300
#> SRR661589      3  0.3142   0.723886 0.132 0.000 0.860 0.008
#> SRR1456229     1  0.4395   0.557538 0.776 0.004 0.016 0.204
#> SRR1315165     4  0.6177   0.651807 0.388 0.020 0.024 0.568
#> SRR1488960     1  0.2124   0.614849 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1417809     1  0.5573  -0.270052 0.584 0.012 0.008 0.396
#> SRR1094457     4  0.5888   0.626761 0.440 0.012 0.016 0.532
#> SRR1095575     1  0.6576   0.245269 0.548 0.012 0.384 0.056
#> SRR1315931     1  0.4364   0.618463 0.816 0.000 0.092 0.092
#> SRR1430066     3  0.0376   0.703477 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1431037     3  0.0804   0.708873 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1395554     3  0.1362   0.716961 0.020 0.012 0.964 0.004
#> SRR818002      2  0.7241   0.571352 0.024 0.568 0.100 0.308
#> SRR1344143     2  0.3737   0.621553 0.004 0.840 0.020 0.136
#> SRR1486845     4  0.5364   0.660132 0.392 0.016 0.000 0.592
#> SRR1362866     1  0.6984   0.434343 0.600 0.028 0.080 0.292
#> SRR1490740     1  0.1510   0.625221 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1446627     2  0.4225   0.736868 0.000 0.792 0.184 0.024
#> SRR1456138     2  0.4744   0.676194 0.004 0.788 0.056 0.152
#> SRR1416248     1  0.3194   0.633675 0.888 0.004 0.052 0.056
#> SRR1383907     4  0.6279   0.603212 0.188 0.072 0.036 0.704
#> SRR1311018     1  0.1284   0.625078 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1375699     2  0.9171  -0.000574 0.296 0.376 0.076 0.252
#> SRR1429846     3  0.5636   0.649046 0.196 0.008 0.724 0.072
#> SRR613550      3  0.3717   0.721630 0.132 0.008 0.844 0.016
#> SRR1348402     1  0.2871   0.630217 0.896 0.000 0.032 0.072
#> SRR1345146     1  0.8279  -0.261313 0.440 0.156 0.040 0.364
#> SRR1324025     3  0.5971   0.623037 0.212 0.008 0.696 0.084
#> SRR1318879     3  0.5481   0.678808 0.108 0.028 0.772 0.092
#> SRR820755      1  0.7065   0.453741 0.592 0.012 0.268 0.128
#> SRR1485830     4  0.5147   0.611116 0.460 0.004 0.000 0.536
#> SRR599313      1  0.6306   0.416478 0.660 0.040 0.036 0.264
#> SRR612263      1  0.3541   0.613350 0.876 0.024 0.024 0.076
#> SRR1415398     3  0.2473   0.729193 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1326205     1  0.5345  -0.357573 0.560 0.012 0.000 0.428
#> SRR1421327     4  0.5849   0.594118 0.220 0.072 0.008 0.700
#> SRR1083311     3  0.0657   0.712357 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1499303     4  0.6006   0.666918 0.328 0.036 0.012 0.624
#> SRR1079522     1  0.5298   0.530657 0.768 0.068 0.016 0.148
#> SRR1452935     3  0.8141   0.466941 0.220 0.064 0.556 0.160
#> SRR1379495     1  0.2385   0.631694 0.920 0.000 0.028 0.052
#> SRR1470459     2  0.5150   0.604937 0.000 0.596 0.396 0.008
#> SRR661361      3  0.3429   0.727065 0.100 0.004 0.868 0.028
#> SRR615778      1  0.7586   0.356972 0.540 0.040 0.096 0.324
#> SRR1447564     1  0.1305   0.614277 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1455195     1  0.6988   0.418207 0.592 0.036 0.064 0.308
#> SRR655182      1  0.2675   0.614467 0.908 0.000 0.048 0.044
#> SRR1335140     4  0.5628   0.557789 0.132 0.144 0.000 0.724
#> SRR1433555     3  0.0992   0.712315 0.012 0.008 0.976 0.004
#> SRR1308650     3  0.8562  -0.230128 0.116 0.360 0.440 0.084
#> SRR1388354     1  0.1174   0.619101 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1317446     3  0.0336   0.698732 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1413602     3  0.2207   0.725326 0.040 0.004 0.932 0.024
#> SRR1479955     2  0.3707   0.647922 0.004 0.852 0.032 0.112
#> SRR809853      1  0.2725   0.618246 0.912 0.016 0.016 0.056
#> SRR661313      3  0.3390   0.721408 0.132 0.000 0.852 0.016
#> SRR1499935     4  0.6006   0.666918 0.328 0.036 0.012 0.624
#> SRR1447303     3  0.5280   0.667412 0.168 0.004 0.752 0.076
#> SRR1429408     3  0.9140   0.023091 0.120 0.160 0.436 0.284
#> SRR1433950     1  0.1356   0.621153 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1362081     2  0.4877   0.684628 0.000 0.664 0.328 0.008
#> SRR1409854     1  0.7361   0.396974 0.536 0.016 0.328 0.120
#> SRR1435229     1  0.9294   0.114387 0.336 0.084 0.324 0.256
#> SRR1085996     1  0.1488   0.620714 0.956 0.000 0.012 0.032
#> SRR1414229     4  0.9327  -0.124841 0.324 0.096 0.224 0.356
#> SRR1400974     3  0.0188   0.700487 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1399971     1  0.1284   0.625078 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR613927      3  0.3878   0.714772 0.156 0.004 0.824 0.016
#> SRR1457854     1  0.1174   0.619101 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1473714     1  0.6306   0.416478 0.660 0.040 0.036 0.264
#> SRR813776      1  0.7065   0.453741 0.592 0.012 0.268 0.128
#> SRR808196      1  0.5648  -0.360047 0.552 0.008 0.012 0.428
#> SRR1101085     4  0.5090   0.666402 0.324 0.016 0.000 0.660
#> SRR614395      1  0.4724   0.610085 0.792 0.000 0.096 0.112
#> SRR1478251     4  0.5137   0.621312 0.452 0.004 0.000 0.544
#> SRR1370551     2  0.5337   0.571229 0.000 0.564 0.424 0.012
#> SRR1362310     1  0.2335   0.628657 0.920 0.000 0.020 0.060
#> SRR665310      3  0.3380   0.722508 0.136 0.004 0.852 0.008
#> SRR1420109     3  0.4908   0.666574 0.216 0.004 0.748 0.032
#> SRR1330920     1  0.6116   0.555669 0.700 0.008 0.164 0.128
#> SRR1419539     3  0.1854   0.703081 0.020 0.024 0.948 0.008
#> SRR1359447     2  0.5724   0.463909 0.000 0.548 0.424 0.028
#> SRR1347259     1  0.6417  -0.458924 0.476 0.040 0.012 0.472
#> SRR613915      3  0.4186   0.707074 0.164 0.004 0.808 0.024
#> SRR1384395     3  0.1118   0.681891 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR821715      3  0.2741   0.728780 0.096 0.000 0.892 0.012
#> SRR1478228     1  0.3104   0.633739 0.892 0.004 0.044 0.060
#> SRR1445637     1  0.3842   0.596699 0.836 0.000 0.128 0.036
#> SRR608150      1  0.7417   0.314937 0.524 0.048 0.064 0.364
#> SRR1096383     3  0.5999   0.301644 0.404 0.000 0.552 0.044
#> SRR1341480     4  0.5188   0.645753 0.240 0.044 0.000 0.716
#> SRR1341344     1  0.4996   0.528900 0.748 0.020 0.016 0.216
#> SRR1326270     3  0.2329   0.729867 0.072 0.000 0.916 0.012
#> SRR1498838     3  0.0859   0.706003 0.008 0.008 0.980 0.004
#> SRR1416313     3  0.2708   0.729812 0.076 0.004 0.904 0.016
#> SRR808566      4  0.6939   0.580004 0.184 0.092 0.056 0.668
#> SRR1430270     4  0.5244   0.627320 0.436 0.008 0.000 0.556
#> SRR1367825     3  0.0188   0.700487 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR613533      3  0.9322   0.189151 0.180 0.248 0.432 0.140
#> SRR661267      3  0.5999   0.308517 0.404 0.000 0.552 0.044
#> SRR810665      2  0.5666   0.731928 0.016 0.696 0.252 0.036
#> SRR1407250     1  0.8254   0.308877 0.456 0.036 0.168 0.340
#> SRR1420067     1  0.7103   0.498359 0.620 0.020 0.216 0.144
#> SRR1473632     1  0.2725   0.618246 0.912 0.016 0.016 0.056
#> SRR812536      3  0.2695   0.726094 0.056 0.024 0.912 0.008
#> SRR1370850     2  0.7144   0.722104 0.024 0.620 0.220 0.136
#> SRR1486195     2  0.5055   0.643518 0.000 0.624 0.368 0.008
#> SRR1407671     4  0.9690   0.084309 0.180 0.196 0.252 0.372
#> SRR1446375     1  0.8203   0.123722 0.468 0.112 0.360 0.060
#> SRR1465230     4  0.5137   0.620055 0.452 0.004 0.000 0.544
#> SRR614119      3  0.5905   0.333852 0.396 0.000 0.564 0.040
#> SRR1356101     3  0.3945   0.443653 0.000 0.216 0.780 0.004
#> SRR1404209     1  0.5485   0.478069 0.680 0.004 0.280 0.036
#> SRR1392676     2  0.3598   0.728494 0.000 0.848 0.124 0.028
#> SRR665538      3  0.6016   0.280524 0.412 0.000 0.544 0.044
#> SRR660510      3  0.1059   0.713256 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1445655     4  0.5339   0.659666 0.384 0.016 0.000 0.600
#> SRR658953      1  0.8872   0.119547 0.404 0.188 0.068 0.340
#> SRR2166459     1  0.3205   0.615830 0.872 0.000 0.104 0.024
#> SRR1070713     4  0.8891  -0.046248 0.136 0.320 0.104 0.440
#> SRR1485312     3  0.0376   0.703477 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1317631     3  0.7189   0.383427 0.320 0.024 0.564 0.092
#> SRR1488610     1  0.3317   0.610209 0.868 0.008 0.012 0.112
#> SRR1330588     3  0.7019   0.452521 0.292 0.020 0.592 0.096
#> SRR1316367     1  0.5997   0.455148 0.660 0.032 0.024 0.284
#> SRR1433926     1  0.1406   0.626128 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1091302     1  0.5914  -0.512216 0.504 0.012 0.016 0.468
#> SRR818263      1  0.7203   0.421899 0.560 0.012 0.304 0.124
#> SRR1404909     4  0.5250   0.624642 0.176 0.080 0.000 0.744
#> SRR663076      1  0.3652   0.589214 0.856 0.000 0.092 0.052
#> SRR1323577     2  0.7625   0.454706 0.040 0.500 0.088 0.372
#> SRR1442422     4  0.5137   0.620055 0.452 0.004 0.000 0.544
#> SRR1465893     1  0.2089   0.624437 0.932 0.000 0.020 0.048
#> SRR654862      1  0.5873   0.570544 0.712 0.008 0.092 0.188
#> SRR1407112     4  0.5888   0.626761 0.440 0.012 0.016 0.532
#> SRR1332969     3  0.2799   0.729307 0.108 0.000 0.884 0.008
#> SRR1353199     3  0.3335   0.722624 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR1378885     3  0.6073   0.610235 0.232 0.008 0.680 0.080
#> SRR665357      3  0.4810   0.594500 0.032 0.168 0.784 0.016
#> SRR662186      2  0.5548   0.544261 0.000 0.588 0.388 0.024
#> SRR1501020     3  0.3881   0.702901 0.172 0.000 0.812 0.016
#> SRR1347819     3  0.0712   0.708527 0.008 0.004 0.984 0.004
#> SRR1480813     2  0.6750   0.686845 0.016 0.652 0.136 0.196
#> SRR1472576     4  0.6812   0.565281 0.164 0.120 0.040 0.676
#> SRR1431781     4  0.6177   0.651807 0.388 0.020 0.024 0.568
#> SRR1452270     3  0.1191   0.718309 0.024 0.004 0.968 0.004
#> SRR1500472     3  0.8763   0.085954 0.368 0.080 0.408 0.144
#> SRR1417632     4  0.5533   0.564738 0.132 0.136 0.000 0.732
#> SRR1350153     2  0.4769   0.700088 0.000 0.684 0.308 0.008
#> SRR1458113     4  0.9386  -0.118267 0.320 0.100 0.232 0.348
#> SRR1326579     1  0.6736   0.437812 0.620 0.032 0.060 0.288
#> SRR1349363     2  0.8558   0.063915 0.256 0.432 0.036 0.276
#> SRR1096712     3  0.1262   0.714700 0.016 0.008 0.968 0.008
#> SRR1090407     3  0.2727   0.729182 0.084 0.004 0.900 0.012
#> SRR1083752     2  0.8593   0.437942 0.048 0.404 0.184 0.364
#> SRR1377599     4  0.4801   0.625894 0.188 0.048 0.000 0.764
#> SRR1488449     3  0.3088   0.725345 0.128 0.000 0.864 0.008
#> SRR1318354     3  0.8688   0.293606 0.136 0.252 0.504 0.108
#> SRR1359062     3  0.0524   0.708451 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1398924     1  0.8475   0.110212 0.420 0.188 0.040 0.352
#> SRR663783      3  0.0524   0.701397 0.000 0.008 0.988 0.004
#> SRR1319204     3  0.6964  -0.179281 0.028 0.424 0.496 0.052
#> SRR1369070     2  0.4312   0.682240 0.000 0.812 0.056 0.132
#> SRR615659      1  0.1406   0.626128 0.960 0.000 0.016 0.024
#> SRR1337449     2  0.6281   0.663601 0.016 0.596 0.348 0.040
#> SRR1316982     3  0.3355   0.551169 0.000 0.160 0.836 0.004
#> SRR1498595     4  0.5533   0.563601 0.132 0.136 0.000 0.732
#> SRR1377423     3  0.3806   0.707245 0.156 0.000 0.824 0.020
#> SRR1312310     2  0.4697   0.707925 0.000 0.696 0.296 0.008
#> SRR1485613     1  0.4680   0.589277 0.788 0.004 0.160 0.048
#> SRR1338426     3  0.4536   0.712817 0.096 0.032 0.828 0.044
#> SRR1353309     3  0.4233   0.719376 0.088 0.032 0.844 0.036
#> SRR658941      3  0.6079   0.359211 0.380 0.000 0.568 0.052
#> SRR1101643     1  0.2186   0.607513 0.932 0.008 0.012 0.048
#> SRR1401468     3  0.5933   0.306314 0.408 0.000 0.552 0.040
#> SRR1368874     2  0.4697   0.707523 0.000 0.696 0.296 0.008
#> SRR1324085     4  0.7790   0.440967 0.128 0.112 0.140 0.620
#> SRR1363858     1  0.6306   0.416478 0.660 0.040 0.036 0.264
#> SRR819820      3  0.5084   0.670722 0.180 0.012 0.764 0.044
#> SRR1337342     1  0.7215   0.490873 0.608 0.020 0.220 0.152
#> SRR655206      3  0.2089   0.701530 0.020 0.028 0.940 0.012
#> SRR1387013     2  0.7380   0.374283 0.056 0.520 0.052 0.372
#> SRR1317410     1  0.3081   0.637588 0.888 0.000 0.048 0.064
#> SRR608198      1  0.6736   0.438844 0.620 0.032 0.060 0.288
#> SRR1440161     2  0.4814   0.694082 0.000 0.676 0.316 0.008
#> SRR1343741     2  0.4312   0.682240 0.000 0.812 0.056 0.132
#> SRR1381288     2  0.4225   0.736868 0.000 0.792 0.184 0.024
#> SRR1415379     1  0.5229  -0.353495 0.564 0.008 0.000 0.428
#> SRR1099622     2  0.7108   0.553309 0.024 0.496 0.412 0.068
#> SRR663197      3  0.3931   0.724797 0.088 0.036 0.856 0.020
#> SRR1394836     3  0.2188   0.698911 0.020 0.032 0.936 0.012
#> SRR661699      3  0.2796   0.725316 0.092 0.000 0.892 0.016
#> SRR813680      3  0.5999   0.307634 0.404 0.000 0.552 0.044
#> SRR1410678     1  0.2335   0.628657 0.920 0.000 0.020 0.060
#> SRR1378109     4  0.5888   0.626761 0.440 0.012 0.016 0.532
#> SRR1499174     1  0.3030   0.635394 0.892 0.004 0.076 0.028
#> SRR1311486     2  0.6281   0.663601 0.016 0.596 0.348 0.040
#> SRR1382851     4  0.7696   0.326838 0.136 0.252 0.040 0.572
#> SRR1433410     1  0.7341   0.276804 0.508 0.044 0.060 0.388
#> SRR661167      3  0.1256   0.719116 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1432518     3  0.8141   0.466941 0.220 0.064 0.556 0.160
#> SRR660462      3  0.0336   0.698732 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1374608     3  0.8065   0.421081 0.248 0.068 0.556 0.128
#> SRR657949      3  0.4232   0.704638 0.168 0.004 0.804 0.024
#> SRR1308882     4  0.5172   0.651830 0.404 0.008 0.000 0.588
#> SRR655768      1  0.6576   0.254862 0.548 0.012 0.384 0.056
#> SRR1485870     1  0.8279  -0.261313 0.440 0.156 0.040 0.364
#> SRR1444138     1  0.6906   0.292774 0.552 0.028 0.364 0.056
#> SRR1417342     1  0.6222   0.263478 0.684 0.052 0.032 0.232
#> SRR1470193     1  0.6319  -0.356713 0.544 0.024 0.024 0.408
#> SRR1091380     3  0.5084   0.670722 0.180 0.012 0.764 0.044
#> SRR1099096     1  0.2060   0.622282 0.932 0.000 0.016 0.052
#> SRR1313583     1  0.4872  -0.140124 0.640 0.004 0.000 0.356
#> SRR1467102     3  0.2216   0.629174 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR1485416     4  0.5188   0.645753 0.240 0.044 0.000 0.716
#> SRR818821      3  0.9322   0.189151 0.180 0.248 0.432 0.140
#> SRR809963      1  0.4724   0.610085 0.792 0.000 0.096 0.112
#> SRR1072247     1  0.2385   0.631694 0.920 0.000 0.028 0.052
#> SRR1353710     1  0.5938  -0.379024 0.544 0.024 0.008 0.424
#> SRR1445259     3  0.9331   0.195878 0.184 0.244 0.432 0.140
#> SRR1408393     1  0.5586   0.056075 0.528 0.000 0.452 0.020
#> SRR1361522     1  0.1510   0.626265 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1368597     1  0.3037   0.629374 0.888 0.000 0.076 0.036
#> SRR1309680     2  0.6628   0.669490 0.020 0.660 0.104 0.216
#> SRR1310542     3  0.0188   0.701380 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333485     4  0.5167   0.667388 0.340 0.016 0.000 0.644
#> SRR1406437     3  0.7942   0.418601 0.128 0.084 0.592 0.196
#> SRR1354931     3  0.2287   0.728621 0.060 0.004 0.924 0.012
#> SRR1391856     3  0.4359   0.508454 0.008 0.176 0.796 0.020
#> SRR1446738     4  0.9366  -0.089538 0.128 0.276 0.188 0.408
#> SRR1309032     2  0.5138   0.608958 0.000 0.600 0.392 0.008
#> SRR1388145     2  0.6967   0.655443 0.020 0.560 0.344 0.076
#> SRR1432611     2  0.4897   0.679988 0.000 0.660 0.332 0.008
#> SRR815869      3  0.0336   0.698732 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR613150      3  0.0524   0.704937 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1375329     3  0.9167  -0.100046 0.344 0.076 0.344 0.236
#> SRR1387921     1  0.1042   0.616124 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1466792     2  0.4877   0.683901 0.000 0.664 0.328 0.008
#> SRR1360478     2  0.4769   0.700088 0.000 0.684 0.308 0.008
#> SRR1360695     1  0.5397   0.493987 0.716 0.000 0.220 0.064
#> SRR812943      1  0.3328   0.614097 0.884 0.020 0.020 0.076
#> SRR1400910     2  0.9764   0.210159 0.260 0.352 0.184 0.204
#> SRR1444203     4  0.5667   0.628073 0.440 0.012 0.008 0.540
#> SRR816177      2  0.7641   0.441989 0.040 0.492 0.088 0.380
#> SRR658754      3  0.1124   0.712361 0.012 0.012 0.972 0.004
#> SRR1429603     1  0.6417  -0.458924 0.476 0.040 0.012 0.472
#> SRR1397366     3  0.3508   0.720985 0.136 0.004 0.848 0.012
#> SRR1446028     1  0.3025   0.635031 0.896 0.004 0.044 0.056
#> SRR1083918     2  0.8449   0.362139 0.076 0.432 0.112 0.380
#> SRR1337606     4  0.7511  -0.095518 0.440 0.068 0.044 0.448
#> SRR659109      3  0.0927   0.714514 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1337192     1  0.4996   0.528900 0.748 0.020 0.016 0.216
#> SRR656946      1  0.6371   0.277109 0.564 0.008 0.376 0.052
#> SRR1476102     1  0.2342   0.613678 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR1476447     1  0.4996   0.528900 0.748 0.020 0.016 0.216
#> SRR1342067     4  0.5090   0.666402 0.324 0.016 0.000 0.660
#> SRR1385389     4  0.5297   0.629412 0.444 0.004 0.004 0.548
#> SRR1075971     1  0.4908   0.563352 0.748 0.004 0.032 0.216
#> SRR614419      1  0.5733   0.471561 0.680 0.028 0.020 0.272
#> SRR1322936     1  0.7552   0.298633 0.516 0.060 0.060 0.364
#> SRR1349121     3  0.6240   0.127460 0.452 0.004 0.500 0.044
#> SRR1430549     1  0.2124   0.620753 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR612935      3  0.8629   0.306934 0.132 0.248 0.512 0.108
#> SRR661481      2  0.6750   0.686845 0.016 0.652 0.136 0.196
#> SRR1354117     2  0.5517   0.497428 0.000 0.568 0.412 0.020
#> SRR1393596     4  0.6975   0.572826 0.316 0.100 0.012 0.572
#> SRR1452164     1  0.3222   0.639031 0.884 0.004 0.076 0.036
#> SRR1070503     1  0.7339   0.356093 0.524 0.012 0.340 0.124
#> SRR1499894     3  0.1059   0.712394 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1082883     1  0.7524   0.326926 0.520 0.048 0.072 0.360
#> SRR1468271     1  0.4680   0.589277 0.788 0.004 0.160 0.048
#> SRR1332443     1  0.2125   0.612509 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR810295      2  0.4584   0.704170 0.000 0.696 0.300 0.004
#> SRR662103      1  0.1510   0.626265 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR1328620     3  0.8688   0.293606 0.136 0.252 0.504 0.108
#> SRR1396294     3  0.7189   0.383427 0.320 0.024 0.564 0.092
#> SRR1419917     1  0.1510   0.626265 0.956 0.000 0.016 0.028
#> SRR662114      3  0.4832   0.708449 0.104 0.036 0.812 0.048
#> SRR1489199     1  0.7349   0.158983 0.472 0.012 0.404 0.112
#> SRR813584      3  0.9140   0.023091 0.120 0.160 0.436 0.284
#> SRR1069638     1  0.7913   0.440083 0.560 0.040 0.192 0.208
#> SRR614864      3  0.2731   0.730383 0.060 0.004 0.908 0.028
#> SRR1433392     1  0.6109   0.556222 0.700 0.008 0.168 0.124
#> SRR1377777     2  0.3889   0.662178 0.004 0.844 0.040 0.112
#> SRR2167710     1  0.6371   0.277109 0.564 0.008 0.376 0.052
#> SRR1401252     4  0.5355   0.665503 0.360 0.020 0.000 0.620
#> SRR1309963     4  0.5673   0.625027 0.444 0.008 0.012 0.536
#> SRR1338031     1  0.1042   0.622273 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1418628     2  0.5450   0.714180 0.012 0.676 0.292 0.020
#> SRR1486889     1  0.5485   0.478069 0.680 0.004 0.280 0.036
#> SRR1380393     1  0.1174   0.619101 0.968 0.000 0.012 0.020
#> SRR1319731     1  0.3104   0.633392 0.892 0.004 0.044 0.060
#> SRR1356468     1  0.7218  -0.301336 0.516 0.024 0.080 0.380
#> SRR1337010     2  0.5291   0.687791 0.000 0.652 0.324 0.024
#> SRR1486520     1  0.5461   0.573698 0.736 0.008 0.064 0.192
#> SRR1486538     4  0.5050   0.647033 0.408 0.004 0.000 0.588
#> SRR1340486     4  0.5888   0.626761 0.440 0.012 0.016 0.532
#> SRR1377696     4  0.5581   0.560877 0.132 0.140 0.000 0.728
#> SRR1465459     1  0.7221   0.417310 0.556 0.012 0.308 0.124
#> SRR1080270     3  0.0188   0.701380 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312501     3  0.5893   0.665532 0.132 0.032 0.744 0.092
#> SRR1093148     3  0.9143   0.115779 0.264 0.076 0.392 0.268
#> SRR1467080     3  0.0188   0.701380 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1410866     2  0.7551   0.693907 0.024 0.580 0.196 0.200
#> SRR816475      4  0.7790   0.440967 0.128 0.112 0.140 0.620
#> SRR1379198     4  0.5137   0.621312 0.452 0.004 0.000 0.544
#> SRR613342      3  0.4414   0.717072 0.120 0.036 0.824 0.020
#> SRR1452246     2  0.5019   0.607092 0.004 0.728 0.028 0.240
#> SRR1338836     2  0.4574   0.736604 0.000 0.756 0.220 0.024
#> SRR1369129     4  0.5132   0.626840 0.448 0.004 0.000 0.548
#> SRR1396616     3  0.3380   0.722508 0.136 0.004 0.852 0.008
#> SRR813824      3  0.1443   0.719022 0.028 0.004 0.960 0.008
#> SRR1082376     1  0.6193   0.548753 0.676 0.004 0.112 0.208
#> SRR1500891     4  0.5099   0.658993 0.380 0.008 0.000 0.612
#> SRR807543      1  0.6199   0.549522 0.692 0.008 0.172 0.128
#> SRR1091572     1  0.7880   0.453754 0.584 0.064 0.136 0.216
#> SRR1346689     1  0.6014  -0.533750 0.484 0.020 0.012 0.484
#> SRR1332424     1  0.7341   0.276804 0.508 0.044 0.060 0.388
#> SRR663729      4  0.5161   0.623392 0.300 0.024 0.000 0.676
#> SRR1097013     1  0.3205   0.615830 0.872 0.000 0.104 0.024
#> SRR613675      1  0.7552   0.298633 0.516 0.060 0.060 0.364
#> SRR1485357     4  0.5980   0.626460 0.436 0.012 0.020 0.532
#> SRR655816      3  0.2234   0.719828 0.064 0.004 0.924 0.008
#> SRR1500113     1  0.3818   0.610452 0.852 0.004 0.096 0.048
#> SRR1437622     4  0.6812   0.565281 0.164 0.120 0.040 0.676
#> SRR1355172     3  0.5999   0.300479 0.404 0.000 0.552 0.044
#> SRR655531      1  0.5925   0.526285 0.688 0.016 0.052 0.244
#> SRR1338147     3  0.5219   0.678398 0.156 0.008 0.764 0.072
#> SRR1413329     1  0.7353   0.147549 0.468 0.012 0.408 0.112
#> SRR1485931     2  0.3737   0.621553 0.004 0.840 0.020 0.136
#> SRR1420873     1  0.3504   0.632555 0.872 0.004 0.068 0.056
#> SRR1333308     4  0.5648   0.531919 0.444 0.016 0.004 0.536
#> SRR1452033     1  0.6040   0.440081 0.620 0.004 0.324 0.052
#> SRR1467316     2  0.3707   0.649332 0.004 0.852 0.032 0.112
#> SRR809018      3  0.0188   0.700487 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1375351     2  0.4697   0.707925 0.000 0.696 0.296 0.008
#> SRR663440      3  0.6853   0.438055 0.312 0.012 0.584 0.092
#> SRR1471755     2  0.6739   0.682710 0.016 0.652 0.132 0.200
#> SRR808019      3  0.6079   0.359211 0.380 0.000 0.568 0.052
#> SRR1479133     3  0.2238   0.730313 0.072 0.004 0.920 0.004
#> SRR615069      3  0.8799   0.385430 0.180 0.112 0.508 0.200
#> SRR1456185     2  0.9409   0.417717 0.172 0.404 0.280 0.144
#> SRR1350069     3  0.7189   0.383427 0.320 0.024 0.564 0.092
#> SRR816316      1  0.4364   0.618463 0.816 0.000 0.092 0.092
#> SRR664795      3  0.5999   0.307634 0.404 0.000 0.552 0.044
#> SRR1490721     4  0.6244   0.581375 0.224 0.080 0.016 0.680
#> SRR810643      1  0.3025   0.633614 0.896 0.004 0.044 0.056
#> SRR1430333     1  0.9173   0.211336 0.360 0.072 0.296 0.272
#> SRR1085285     3  0.2238   0.730313 0.072 0.004 0.920 0.004
#> SRR1099072     3  0.3380   0.722508 0.136 0.004 0.852 0.008
#> SRR1317985     1  0.1411   0.629380 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1487340     1  0.2489   0.625964 0.912 0.000 0.020 0.068
#> SRR1420276     3  0.1118   0.681891 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1351347     3  0.5346   0.694190 0.124 0.036 0.780 0.060
#> SRR1405525     1  0.3317   0.610209 0.868 0.008 0.012 0.112
#> SRR1370329     1  0.1151   0.622170 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1465001     1  0.3104   0.633392 0.892 0.004 0.044 0.060
#> SRR1476525     2  0.5247   0.742137 0.000 0.720 0.228 0.052
#> SRR819610      2  0.9428   0.421358 0.172 0.404 0.276 0.148
#> SRR2157314     1  0.3113   0.633797 0.892 0.004 0.052 0.052
#> SRR1409465     2  0.4574   0.736604 0.000 0.756 0.220 0.024
#> SRR809987      1  0.5272  -0.229297 0.608 0.008 0.004 0.380
#> SRR613639      3  0.3829   0.716795 0.152 0.004 0.828 0.016
#> SRR1402285     4  0.5433   0.620615 0.448 0.004 0.008 0.540
#> SRR1077038     1  0.5277   0.589896 0.752 0.000 0.116 0.132
#> SRR1405660     3  0.1191   0.718309 0.024 0.004 0.968 0.004
#> SRR1095455     3  0.9378   0.179049 0.192 0.244 0.424 0.140
#> SRR1394734     2  0.8449   0.362139 0.076 0.432 0.112 0.380
#> SRR1317771     1  0.5292   0.503141 0.708 0.004 0.252 0.036
#> SRR1365894     4  0.8067   0.481043 0.316 0.184 0.024 0.476
#> SRR1073581     3  0.6240   0.127460 0.452 0.004 0.500 0.044
#> SRR659804      1  0.3113   0.633797 0.892 0.004 0.052 0.052
#> SRR1345914     2  0.6088   0.732019 0.020 0.676 0.252 0.052
#> SRR1432186     2  0.6594   0.730570 0.012 0.664 0.172 0.152
#> SRR1473529     4  0.5533   0.563601 0.132 0.136 0.000 0.732
#> SRR660764      3  0.7415   0.391418 0.068 0.240 0.612 0.080
#> SRR820448      1  0.4426   0.617019 0.812 0.000 0.092 0.096
#> SRR1328845     3  0.7189   0.383427 0.320 0.024 0.564 0.092
#> SRR1336415     4  0.5433   0.623745 0.448 0.004 0.008 0.540
#> SRR1379065     4  0.5099   0.658993 0.380 0.008 0.000 0.612
#> SRR1459190     1  0.5586   0.056075 0.528 0.000 0.452 0.020
#> SRR1346773     1  0.3113   0.634060 0.892 0.004 0.052 0.052
#> SRR1499521     3  0.6101   0.337789 0.388 0.000 0.560 0.052
#> SRR1440898     2  0.5261   0.742341 0.012 0.736 0.216 0.036
#> SRR1347459     3  0.3174   0.728770 0.076 0.028 0.888 0.008
#> SRR1081209     2  0.4041   0.718624 0.004 0.840 0.100 0.056
#> SRR1400202     1  0.1151   0.620193 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1333395     1  0.8468  -0.138613 0.456 0.252 0.036 0.256
#> SRR1309248     4  0.8029   0.462627 0.296 0.188 0.024 0.492
#> SRR809161      3  0.2989   0.729912 0.100 0.004 0.884 0.012
#> SRR1316320     4  0.7493   0.178487 0.396 0.108 0.020 0.476
#> SRR1432629     2  0.6908   0.415250 0.032 0.536 0.048 0.384
#> SRR1498931     1  0.1388   0.624379 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1416578     1  0.5229  -0.353495 0.564 0.008 0.000 0.428
#> SRR1405547     3  0.0188   0.700487 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1470534     4  0.5132   0.626840 0.448 0.004 0.000 0.548
#> SRR1380764     1  0.3504   0.631330 0.872 0.004 0.068 0.056
#> SRR1309160     3  0.1675   0.724281 0.044 0.004 0.948 0.004
#> SRR663489      3  0.0188   0.700487 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1500450     1  0.5121   0.509967 0.772 0.004 0.128 0.096
#> SRR1078489     1  0.9396   0.213391 0.368 0.100 0.268 0.264
#> SRR1332648     4  0.5137   0.620055 0.452 0.004 0.000 0.544
#> SRR660614      3  0.6964  -0.179281 0.028 0.424 0.496 0.052
#> SRR1470420     2  0.5150   0.604937 0.000 0.596 0.396 0.008
#> SRR1475566     1  0.1151   0.620193 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1477949     1  0.2124   0.614849 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1481419     2  0.6484   0.740839 0.012 0.668 0.200 0.120
#> SRR1464766     1  0.3917   0.623244 0.844 0.004 0.044 0.108
#> SRR615946      3  0.2708   0.729812 0.076 0.004 0.904 0.016
#> SRR1446481     2  0.6614   0.694236 0.016 0.604 0.312 0.068
#> SRR1467656     2  0.4838   0.731368 0.000 0.724 0.252 0.024
#> SRR1402962     1  0.7378   0.431312 0.568 0.032 0.100 0.300
#> SRR660224      2  0.4669   0.739808 0.000 0.764 0.200 0.036
#> SRR665586      1  0.1042   0.618621 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1347166     1  0.7586   0.356972 0.540 0.040 0.096 0.324
#> SRR1485722     1  0.8254   0.308877 0.456 0.036 0.168 0.340
#> SRR1415316     1  0.1305   0.614277 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR613390      1  0.4720   0.573236 0.768 0.004 0.032 0.196
#> SRR661108      3  0.0967   0.712944 0.016 0.004 0.976 0.004
#> SRR2170173     1  0.6576   0.245269 0.548 0.012 0.384 0.056
#> SRR817329      1  0.2816   0.627687 0.900 0.000 0.064 0.036
#> SRR1401990     1  0.8212  -0.029570 0.472 0.024 0.256 0.248
#> SRR1467745     4  0.7835   0.438559 0.132 0.112 0.140 0.616
#> SRR1471795     2  0.7321   0.581647 0.024 0.564 0.108 0.304
#> SRR1415637     2  0.3598   0.728494 0.000 0.848 0.124 0.028
#> SRR813137      1  0.2483   0.635975 0.916 0.000 0.052 0.032
#> SRR1314873     1  0.1151   0.619883 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1401211     1  0.5397   0.493987 0.716 0.000 0.220 0.064
#> SRR1419692     4  0.5783   0.629182 0.440 0.012 0.012 0.536
#> SRR818797      3  0.5977   0.623460 0.220 0.008 0.692 0.080
#> SRR2164608     3  0.3958   0.710377 0.144 0.000 0.824 0.032
#> SRR1455586     3  0.3539   0.509922 0.000 0.176 0.820 0.004
#> SRR819459      3  0.0524   0.704937 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1488939     2  0.3707   0.649332 0.004 0.852 0.032 0.112
#> SRR1433232     2  0.4356   0.669861 0.000 0.804 0.048 0.148
#> SRR1385501     1  0.5591   0.577800 0.732 0.004 0.096 0.168
#> SRR1361652     1  0.8872   0.119547 0.404 0.188 0.068 0.340
#> SRR1437119     1  0.1284   0.625078 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1478547     3  0.0188   0.700487 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430910     1  0.9294   0.114387 0.336 0.084 0.324 0.256
#> SRR1310584     1  0.3001   0.633695 0.896 0.004 0.036 0.064
#> SRR1500216     1  0.6306   0.416478 0.660 0.040 0.036 0.264
#> SRR1486762     3  0.4364   0.693406 0.180 0.004 0.792 0.024
#> SRR1480854     4  0.4801   0.625894 0.188 0.048 0.000 0.764
#> SRR1489394     4  0.5143   0.614395 0.456 0.004 0.000 0.540
#> SRR1418085     4  0.5137   0.620055 0.452 0.004 0.000 0.544
#> SRR1340221     4  0.5244   0.627320 0.436 0.008 0.000 0.556
#> SRR1473058     4  0.7790   0.440967 0.128 0.112 0.140 0.620
#> SRR1405165     3  0.4175   0.705035 0.084 0.016 0.844 0.056
#> SRR1433004     1  0.4426   0.568590 0.780 0.004 0.020 0.196
#> SRR1471477     1  0.5565   0.469506 0.684 0.000 0.260 0.056
#> SRR1098567     2  0.6463   0.573940 0.016 0.532 0.412 0.040
#> SRR1098712     3  0.7189   0.383427 0.320 0.024 0.564 0.092
#> SRR1455038     1  0.4579   0.551659 0.764 0.004 0.020 0.212
#> SRR1375248     3  0.3583   0.503777 0.000 0.180 0.816 0.004
#> SRR1403005     3  0.2988   0.726464 0.112 0.000 0.876 0.012
#> SRR1348378     2  0.8593   0.437942 0.048 0.404 0.184 0.364
#> SRR1413541     1  0.1256   0.618839 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1392943     4  0.5522   0.599030 0.324 0.016 0.012 0.648
#> SRR1475192     3  0.0672   0.706802 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1432085     3  0.6272  -0.219607 0.016 0.396 0.556 0.032
#> SRR1452468     1  0.9216   0.211133 0.384 0.084 0.240 0.292
#> SRR1347060     3  0.0804   0.709561 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1414139     3  0.5974   0.103142 0.016 0.316 0.636 0.032
#> SRR1447962     2  0.5372   0.530462 0.000 0.544 0.444 0.012
#> SRR1444324     3  0.5353  -0.213147 0.000 0.432 0.556 0.012
#> SRR1415004     1  0.1042   0.615167 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1413436     1  0.5378   0.495992 0.696 0.004 0.264 0.036
#> SRR1311266     1  0.7822   0.322271 0.492 0.024 0.340 0.144
#> SRR1343302     4  0.5888   0.626761 0.440 0.012 0.016 0.532
#> SRR1373746     1  0.2300   0.627960 0.920 0.000 0.016 0.064
#> SRR1429678     1  0.2809   0.632375 0.904 0.004 0.028 0.064
#> SRR1469413     2  0.6503   0.519435 0.016 0.504 0.440 0.040
#> SRR1405331     1  0.6158   0.553158 0.696 0.008 0.168 0.128
#> SRR1345609     1  0.1109   0.618040 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1380208     4  0.8005   0.436040 0.208 0.136 0.076 0.580
#> SRR1322840     4  0.5112   0.658326 0.384 0.008 0.000 0.608
#> SRR1399797     3  0.3931   0.724797 0.088 0.036 0.856 0.020
#> SRR1416654     3  0.2383   0.728212 0.048 0.004 0.924 0.024
#> SRR1315081     3  0.0707   0.692653 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1369196     3  0.0469   0.697958 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1400847     1  0.3917   0.623244 0.844 0.004 0.044 0.108
#> SRR1365291     3  0.7235   0.334964 0.344 0.020 0.540 0.096
#> SRR1367920     4  0.4801   0.625894 0.188 0.048 0.000 0.764
#> SRR1366648     3  0.0188   0.700487 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441679     2  0.4737   0.728761 0.000 0.728 0.252 0.020
#> SRR1082173     3  0.3958   0.710377 0.144 0.000 0.824 0.032
#> SRR1363968     1  0.5179   0.510781 0.728 0.000 0.220 0.052
#> SRR814387      1  0.3104   0.633392 0.892 0.004 0.044 0.060
#> SRR657599      3  0.6135   0.355931 0.376 0.000 0.568 0.056
#> SRR1386689     4  0.5888   0.626761 0.440 0.012 0.016 0.532
#> SRR1395575     3  0.2197   0.730903 0.080 0.000 0.916 0.004
#> SRR1453811     3  0.5242   0.671788 0.184 0.004 0.748 0.064
#> SRR1441159     1  0.4479   0.592088 0.804 0.016 0.024 0.156
#> SRR1403154     4  0.5888   0.626761 0.440 0.012 0.016 0.532
#> SRR1468722     3  0.0376   0.703477 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1310275     3  0.7272   0.300303 0.356 0.020 0.528 0.096

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     3  0.6320   0.326104 0.356 0.000 0.536 0.056 0.052
#> SRR1331708     5  0.7915   0.330204 0.236 0.048 0.012 0.336 0.368
#> SRR1464258     1  0.4663   0.561152 0.780 0.000 0.068 0.040 0.112
#> SRR1454201     1  0.7340  -0.243782 0.464 0.020 0.072 0.072 0.372
#> SRR661589      3  0.3031   0.732160 0.120 0.000 0.856 0.004 0.020
#> SRR1456229     1  0.4651   0.440661 0.728 0.000 0.004 0.060 0.208
#> SRR1315165     4  0.4862   0.708556 0.180 0.012 0.016 0.748 0.044
#> SRR1488960     1  0.2863   0.617235 0.876 0.000 0.000 0.064 0.060
#> SRR1417809     4  0.5583   0.552513 0.336 0.004 0.000 0.584 0.076
#> SRR1094457     4  0.3996   0.709692 0.208 0.004 0.008 0.768 0.012
#> SRR1095575     1  0.6794   0.158928 0.512 0.012 0.348 0.028 0.100
#> SRR1315931     1  0.4539   0.569368 0.788 0.000 0.068 0.036 0.108
#> SRR1430066     3  0.0566   0.724321 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0854   0.726406 0.008 0.012 0.976 0.000 0.004
#> SRR1395554     3  0.1716   0.736261 0.024 0.016 0.944 0.000 0.016
#> SRR818002      2  0.6844   0.538786 0.004 0.584 0.052 0.212 0.148
#> SRR1344143     2  0.4301   0.531830 0.000 0.712 0.000 0.028 0.260
#> SRR1486845     4  0.4125   0.713684 0.172 0.008 0.000 0.780 0.040
#> SRR1362866     1  0.7048  -0.241160 0.476 0.012 0.036 0.108 0.368
#> SRR1490740     1  0.2227   0.631658 0.916 0.000 0.004 0.032 0.048
#> SRR1446627     2  0.2813   0.699675 0.000 0.868 0.108 0.000 0.024
#> SRR1456138     2  0.4326   0.616578 0.000 0.784 0.008 0.084 0.124
#> SRR1416248     1  0.3007   0.634342 0.884 0.000 0.028 0.044 0.044
#> SRR1383907     4  0.5783   0.510598 0.028 0.056 0.028 0.696 0.192
#> SRR1311018     1  0.1216   0.635367 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR1375699     2  0.9144   0.065576 0.196 0.332 0.048 0.152 0.272
#> SRR1429846     3  0.5175   0.629256 0.172 0.004 0.724 0.016 0.084
#> SRR613550      3  0.3498   0.725619 0.124 0.004 0.836 0.004 0.032
#> SRR1348402     1  0.2625   0.636647 0.900 0.000 0.012 0.040 0.048
#> SRR1345146     4  0.8431   0.192782 0.244 0.084 0.020 0.364 0.288
#> SRR1324025     3  0.5482   0.589839 0.184 0.004 0.696 0.016 0.100
#> SRR1318879     3  0.5339   0.672394 0.088 0.020 0.748 0.028 0.116
#> SRR820755      1  0.6889   0.188760 0.544 0.004 0.256 0.032 0.164
#> SRR1485830     4  0.3659   0.706434 0.220 0.000 0.000 0.768 0.012
#> SRR599313      1  0.6609   0.056059 0.544 0.004 0.012 0.176 0.264
#> SRR612263      1  0.4390   0.555760 0.792 0.016 0.008 0.048 0.136
#> SRR1415398     3  0.2208   0.742303 0.072 0.000 0.908 0.000 0.020
#> SRR1326205     4  0.5304   0.589293 0.292 0.000 0.000 0.628 0.080
#> SRR1421327     4  0.5561   0.465076 0.036 0.040 0.004 0.660 0.260
#> SRR1083311     3  0.0854   0.731162 0.008 0.004 0.976 0.000 0.012
#> SRR1499303     4  0.4622   0.681089 0.112 0.024 0.008 0.788 0.068
#> SRR1079522     1  0.6437   0.298223 0.632 0.036 0.008 0.144 0.180
#> SRR1452935     3  0.7596   0.305269 0.192 0.056 0.540 0.028 0.184
#> SRR1379495     1  0.1978   0.641755 0.932 0.000 0.012 0.032 0.024
#> SRR1470459     2  0.4625   0.631366 0.000 0.652 0.324 0.004 0.020
#> SRR661361      3  0.3131   0.737934 0.084 0.004 0.868 0.004 0.040
#> SRR615778      1  0.7698  -0.427913 0.416 0.028 0.056 0.112 0.388
#> SRR1447564     1  0.2450   0.625285 0.900 0.000 0.000 0.048 0.052
#> SRR1455195     1  0.6834  -0.234404 0.480 0.020 0.028 0.080 0.392
#> SRR655182      1  0.3724   0.611058 0.844 0.000 0.036 0.068 0.052
#> SRR1335140     4  0.5685   0.456637 0.012 0.084 0.000 0.620 0.284
#> SRR1433555     3  0.1200   0.732560 0.012 0.008 0.964 0.000 0.016
#> SRR1308650     2  0.8267   0.315433 0.116 0.388 0.368 0.044 0.084
#> SRR1388354     1  0.2172   0.630403 0.916 0.000 0.004 0.060 0.020
#> SRR1317446     3  0.0771   0.718256 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1413602     3  0.2443   0.742366 0.036 0.008 0.912 0.004 0.040
#> SRR1479955     2  0.3381   0.580118 0.000 0.808 0.000 0.016 0.176
#> SRR809853      1  0.3523   0.600545 0.844 0.012 0.000 0.048 0.096
#> SRR661313      3  0.3209   0.728001 0.120 0.000 0.848 0.004 0.028
#> SRR1499935     4  0.4622   0.681089 0.112 0.024 0.008 0.788 0.068
#> SRR1447303     3  0.4793   0.657616 0.148 0.004 0.756 0.012 0.080
#> SRR1429408     3  0.8961  -0.059419 0.052 0.160 0.388 0.256 0.144
#> SRR1433950     1  0.2153   0.631361 0.916 0.000 0.000 0.040 0.044
#> SRR1362081     2  0.4321   0.698970 0.000 0.720 0.252 0.004 0.024
#> SRR1409854     1  0.7648   0.110517 0.464 0.008 0.296 0.064 0.168
#> SRR1435229     5  0.8935   0.395005 0.256 0.064 0.300 0.072 0.308
#> SRR1085996     1  0.2376   0.628362 0.904 0.000 0.000 0.044 0.052
#> SRR1414229     5  0.8804   0.540372 0.220 0.084 0.176 0.084 0.436
#> SRR1400974     3  0.0566   0.720657 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1399971     1  0.1216   0.635367 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR613927      3  0.3834   0.715170 0.140 0.000 0.812 0.012 0.036
#> SRR1457854     1  0.2172   0.630403 0.916 0.000 0.004 0.060 0.020
#> SRR1473714     1  0.6609   0.056059 0.544 0.004 0.012 0.176 0.264
#> SRR813776      1  0.6889   0.188760 0.544 0.004 0.256 0.032 0.164
#> SRR808196      4  0.5622   0.587456 0.292 0.000 0.012 0.620 0.076
#> SRR1101085     4  0.3911   0.680931 0.104 0.008 0.000 0.816 0.072
#> SRR614395      1  0.4908   0.541994 0.760 0.000 0.072 0.040 0.128
#> SRR1478251     4  0.3398   0.709249 0.216 0.000 0.000 0.780 0.004
#> SRR1370551     2  0.4682   0.593740 0.000 0.620 0.356 0.000 0.024
#> SRR1362310     1  0.1996   0.638350 0.928 0.000 0.004 0.036 0.032
#> SRR665310      3  0.3246   0.730273 0.120 0.000 0.848 0.008 0.024
#> SRR1420109     3  0.4873   0.649823 0.204 0.012 0.728 0.004 0.052
#> SRR1330920     1  0.6177   0.398041 0.648 0.000 0.144 0.044 0.164
#> SRR1419539     3  0.2429   0.718933 0.020 0.032 0.916 0.004 0.028
#> SRR1359447     2  0.5530   0.457937 0.000 0.556 0.368 0.000 0.076
#> SRR1347259     4  0.6245   0.608566 0.224 0.020 0.008 0.624 0.124
#> SRR613915      3  0.3804   0.697765 0.160 0.000 0.796 0.000 0.044
#> SRR1384395     3  0.1597   0.702644 0.000 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR821715      3  0.2561   0.740837 0.096 0.000 0.884 0.000 0.020
#> SRR1478228     1  0.2901   0.635578 0.888 0.000 0.020 0.048 0.044
#> SRR1445637     1  0.4580   0.579298 0.784 0.000 0.108 0.076 0.032
#> SRR608150      5  0.7346   0.463359 0.384 0.028 0.024 0.128 0.436
#> SRR1096383     3  0.6422   0.308826 0.352 0.000 0.532 0.056 0.060
#> SRR1341480     4  0.4550   0.591183 0.044 0.024 0.000 0.764 0.168
#> SRR1341344     1  0.5777   0.266240 0.632 0.008 0.004 0.100 0.256
#> SRR1326270     3  0.2172   0.743071 0.060 0.000 0.916 0.004 0.020
#> SRR1498838     3  0.1087   0.725816 0.008 0.016 0.968 0.000 0.008
#> SRR1416313     3  0.2673   0.743906 0.072 0.008 0.892 0.000 0.028
#> SRR808566      4  0.6375   0.469299 0.028 0.084 0.032 0.648 0.208
#> SRR1430270     4  0.3734   0.712141 0.168 0.000 0.000 0.796 0.036
#> SRR1367825     3  0.0566   0.720657 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR613533      3  0.8263   0.032266 0.148 0.228 0.384 0.000 0.240
#> SRR661267      3  0.6411   0.328331 0.348 0.000 0.536 0.056 0.060
#> SRR810665      2  0.4532   0.715062 0.004 0.756 0.192 0.024 0.024
#> SRR1407250     5  0.8212   0.434554 0.352 0.024 0.132 0.100 0.392
#> SRR1420067     1  0.7351   0.263296 0.544 0.008 0.180 0.068 0.200
#> SRR1473632     1  0.3523   0.600545 0.844 0.012 0.000 0.048 0.096
#> SRR812536      3  0.2765   0.741424 0.044 0.024 0.896 0.000 0.036
#> SRR1370850     2  0.6410   0.683211 0.004 0.652 0.160 0.104 0.080
#> SRR1486195     2  0.4492   0.664561 0.000 0.680 0.296 0.004 0.020
#> SRR1407671     4  0.9220  -0.010239 0.060 0.164 0.212 0.364 0.200
#> SRR1446375     1  0.7963  -0.021247 0.440 0.092 0.332 0.024 0.112
#> SRR1465230     4  0.3487   0.710194 0.212 0.000 0.000 0.780 0.008
#> SRR614119      3  0.6333   0.351518 0.340 0.000 0.548 0.056 0.056
#> SRR1356101     3  0.3999   0.463744 0.000 0.240 0.740 0.000 0.020
#> SRR1404209     1  0.6146   0.388854 0.624 0.004 0.260 0.060 0.052
#> SRR1392676     2  0.2227   0.668872 0.000 0.916 0.048 0.004 0.032
#> SRR665538      3  0.6441   0.286644 0.360 0.000 0.524 0.056 0.060
#> SRR660510      3  0.1314   0.731031 0.012 0.012 0.960 0.000 0.016
#> SRR1445655     4  0.3799   0.702335 0.144 0.012 0.000 0.812 0.032
#> SRR658953      5  0.7714   0.498494 0.316 0.132 0.032 0.048 0.472
#> SRR2166459     1  0.4063   0.606450 0.820 0.000 0.096 0.044 0.040
#> SRR1070713     2  0.8529   0.096958 0.036 0.308 0.060 0.296 0.300
#> SRR1485312     3  0.0566   0.724321 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1317631     3  0.7828   0.353641 0.200 0.024 0.528 0.152 0.096
#> SRR1488610     1  0.4025   0.564953 0.796 0.004 0.000 0.060 0.140
#> SRR1330588     3  0.6524   0.402593 0.244 0.008 0.592 0.024 0.132
#> SRR1316367     1  0.5980   0.053250 0.556 0.004 0.008 0.084 0.348
#> SRR1433926     1  0.1493   0.632873 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR1091302     4  0.5263   0.658787 0.252 0.012 0.008 0.680 0.048
#> SRR818263      1  0.7018   0.126322 0.508 0.004 0.284 0.028 0.176
#> SRR1404909     4  0.4948   0.574709 0.028 0.048 0.000 0.728 0.196
#> SRR663076      1  0.4967   0.554192 0.764 0.000 0.080 0.100 0.056
#> SRR1323577     2  0.7391   0.448297 0.008 0.500 0.048 0.268 0.176
#> SRR1442422     4  0.3487   0.710194 0.212 0.000 0.000 0.780 0.008
#> SRR1465893     1  0.2214   0.640520 0.916 0.000 0.004 0.052 0.028
#> SRR654862      1  0.5623   0.367115 0.656 0.000 0.056 0.036 0.252
#> SRR1407112     4  0.3996   0.709692 0.208 0.004 0.008 0.768 0.012
#> SRR1332969     3  0.2623   0.741400 0.096 0.000 0.884 0.004 0.016
#> SRR1353199     3  0.3160   0.729552 0.116 0.000 0.852 0.004 0.028
#> SRR1378885     3  0.5590   0.569717 0.204 0.004 0.680 0.016 0.096
#> SRR665357      3  0.4863   0.604854 0.028 0.164 0.748 0.000 0.060
#> SRR662186      2  0.5420   0.533071 0.000 0.592 0.332 0.000 0.076
#> SRR1501020     3  0.3887   0.701900 0.168 0.004 0.796 0.004 0.028
#> SRR1347819     3  0.0740   0.726972 0.004 0.008 0.980 0.000 0.008
#> SRR1480813     2  0.6094   0.644708 0.004 0.684 0.084 0.136 0.092
#> SRR1472576     4  0.6504   0.446313 0.024 0.116 0.028 0.636 0.196
#> SRR1431781     4  0.4862   0.708556 0.180 0.012 0.016 0.748 0.044
#> SRR1452270     3  0.1059   0.734928 0.020 0.004 0.968 0.000 0.008
#> SRR1500472     3  0.8641  -0.164966 0.312 0.080 0.356 0.040 0.212
#> SRR1417632     4  0.5615   0.464219 0.012 0.080 0.000 0.628 0.280
#> SRR1350153     2  0.4125   0.704785 0.000 0.740 0.236 0.004 0.020
#> SRR1458113     5  0.8940   0.538232 0.216 0.100 0.176 0.084 0.424
#> SRR1326579     1  0.6732  -0.211766 0.492 0.012 0.020 0.104 0.372
#> SRR1349363     5  0.8256  -0.138159 0.148 0.336 0.004 0.156 0.356
#> SRR1096712     3  0.1518   0.734956 0.016 0.012 0.952 0.000 0.020
#> SRR1090407     3  0.2429   0.742111 0.076 0.004 0.900 0.000 0.020
#> SRR1083752     2  0.8099   0.399778 0.004 0.408 0.152 0.304 0.132
#> SRR1377599     4  0.4314   0.551296 0.016 0.028 0.000 0.760 0.196
#> SRR1488449     3  0.3056   0.735402 0.112 0.000 0.860 0.008 0.020
#> SRR1318354     3  0.8017   0.234577 0.112 0.232 0.448 0.004 0.204
#> SRR1359062     3  0.1087   0.726682 0.008 0.016 0.968 0.000 0.008
#> SRR1398924     5  0.7670   0.512323 0.308 0.140 0.016 0.064 0.472
#> SRR663783      3  0.0798   0.722118 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1319204     3  0.6550  -0.206847 0.028 0.436 0.436 0.000 0.100
#> SRR1369070     2  0.3866   0.627548 0.000 0.820 0.008 0.076 0.096
#> SRR615659      1  0.1493   0.632873 0.948 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR1337449     2  0.5600   0.681319 0.004 0.644 0.280 0.036 0.036
#> SRR1316982     3  0.3565   0.569253 0.000 0.176 0.800 0.000 0.024
#> SRR1498595     4  0.5595   0.467923 0.012 0.080 0.000 0.632 0.276
#> SRR1377423     3  0.4050   0.708698 0.156 0.008 0.796 0.004 0.036
#> SRR1312310     2  0.3944   0.708192 0.000 0.756 0.224 0.004 0.016
#> SRR1485613     1  0.4890   0.557912 0.760 0.000 0.136 0.056 0.048
#> SRR1338426     3  0.4276   0.725732 0.072 0.028 0.820 0.012 0.068
#> SRR1353309     3  0.3953   0.731477 0.068 0.028 0.840 0.012 0.052
#> SRR658941      3  0.6446   0.377464 0.324 0.000 0.552 0.056 0.068
#> SRR1101643     1  0.2974   0.604163 0.868 0.000 0.000 0.052 0.080
#> SRR1401468     3  0.6320   0.326104 0.356 0.000 0.536 0.056 0.052
#> SRR1368874     2  0.4007   0.708563 0.000 0.756 0.220 0.004 0.020
#> SRR1324085     4  0.7578   0.351048 0.020 0.108 0.108 0.548 0.216
#> SRR1363858     1  0.6609   0.056059 0.544 0.004 0.012 0.176 0.264
#> SRR819820      3  0.5128   0.656609 0.156 0.008 0.740 0.020 0.076
#> SRR1337342     1  0.7427   0.243451 0.532 0.008 0.184 0.068 0.208
#> SRR655206      3  0.2627   0.714930 0.020 0.040 0.908 0.008 0.024
#> SRR1387013     2  0.7160   0.372465 0.016 0.508 0.016 0.228 0.232
#> SRR1317410     1  0.2839   0.637531 0.892 0.000 0.024 0.036 0.048
#> SRR608198      1  0.6624  -0.210139 0.492 0.012 0.016 0.100 0.380
#> SRR1440161     2  0.4181   0.701686 0.000 0.732 0.244 0.004 0.020
#> SRR1343741     2  0.3866   0.627548 0.000 0.820 0.008 0.076 0.096
#> SRR1381288     2  0.2813   0.699675 0.000 0.868 0.108 0.000 0.024
#> SRR1415379     4  0.5308   0.586503 0.304 0.000 0.000 0.620 0.076
#> SRR1099622     2  0.6568   0.576137 0.004 0.528 0.352 0.060 0.056
#> SRR663197      3  0.3832   0.735960 0.068 0.024 0.840 0.004 0.064
#> SRR1394836     3  0.2715   0.713348 0.020 0.040 0.904 0.008 0.028
#> SRR661699      3  0.2954   0.738173 0.080 0.004 0.880 0.008 0.028
#> SRR813680      3  0.6366   0.326995 0.352 0.000 0.536 0.056 0.056
#> SRR1410678     1  0.1911   0.637866 0.932 0.000 0.004 0.036 0.028
#> SRR1378109     4  0.3996   0.709692 0.208 0.004 0.008 0.768 0.012
#> SRR1499174     1  0.3463   0.632249 0.864 0.004 0.056 0.032 0.044
#> SRR1311486     2  0.5600   0.681319 0.004 0.644 0.280 0.036 0.036
#> SRR1382851     4  0.7635   0.180422 0.024 0.208 0.024 0.440 0.304
#> SRR1433410     5  0.7334   0.477256 0.372 0.024 0.020 0.148 0.436
#> SRR661167      3  0.1211   0.736681 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> SRR1432518     3  0.7596   0.305269 0.192 0.056 0.540 0.028 0.184
#> SRR660462      3  0.0771   0.718256 0.000 0.020 0.976 0.000 0.004
#> SRR1374608     3  0.8188   0.322323 0.160 0.076 0.516 0.184 0.064
#> SRR657949      3  0.3844   0.693977 0.164 0.000 0.792 0.000 0.044
#> SRR1308882     4  0.3495   0.711585 0.152 0.000 0.000 0.816 0.032
#> SRR655768      1  0.6879   0.187585 0.496 0.004 0.360 0.056 0.084
#> SRR1485870     4  0.8426   0.196029 0.240 0.084 0.020 0.364 0.292
#> SRR1444138     1  0.7098   0.179337 0.500 0.012 0.340 0.048 0.100
#> SRR1417342     1  0.6721   0.140256 0.532 0.012 0.004 0.208 0.244
#> SRR1470193     4  0.6054   0.575516 0.292 0.004 0.020 0.600 0.084
#> SRR1091380     3  0.5128   0.656609 0.156 0.008 0.740 0.020 0.076
#> SRR1099096     1  0.2067   0.638843 0.920 0.000 0.000 0.048 0.032
#> SRR1313583     4  0.5229   0.464474 0.404 0.000 0.000 0.548 0.048
#> SRR1467102     3  0.2616   0.652395 0.000 0.100 0.880 0.000 0.020
#> SRR1485416     4  0.4550   0.591183 0.044 0.024 0.000 0.764 0.168
#> SRR818821      3  0.8263   0.032266 0.148 0.228 0.384 0.000 0.240
#> SRR809963      1  0.4908   0.541994 0.760 0.000 0.072 0.040 0.128
#> SRR1072247     1  0.1978   0.641755 0.932 0.000 0.012 0.032 0.024
#> SRR1353710     4  0.5739   0.601258 0.296 0.008 0.004 0.612 0.080
#> SRR1445259     3  0.8273   0.026988 0.152 0.224 0.384 0.000 0.240
#> SRR1408393     1  0.5825   0.049025 0.488 0.000 0.444 0.024 0.044
#> SRR1361522     1  0.1579   0.633646 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR1368597     1  0.3931   0.620386 0.832 0.000 0.072 0.056 0.040
#> SRR1309680     2  0.5816   0.622411 0.004 0.696 0.044 0.144 0.112
#> SRR1310542     3  0.0798   0.720647 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1333485     4  0.3936   0.694182 0.116 0.008 0.000 0.812 0.064
#> SRR1406437     3  0.8057   0.356112 0.064 0.096 0.540 0.180 0.120
#> SRR1354931     3  0.2022   0.742612 0.048 0.004 0.928 0.004 0.016
#> SRR1391856     3  0.4378   0.527069 0.000 0.188 0.760 0.012 0.040
#> SRR1446738     5  0.9086  -0.117866 0.044 0.272 0.124 0.264 0.296
#> SRR1309032     2  0.4607   0.634967 0.000 0.656 0.320 0.004 0.020
#> SRR1388145     2  0.6278   0.672684 0.004 0.604 0.276 0.068 0.048
#> SRR1432611     2  0.4194   0.695720 0.000 0.720 0.260 0.004 0.016
#> SRR815869      3  0.0671   0.719164 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR613150      3  0.0693   0.722668 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1375329     3  0.8635  -0.396954 0.288 0.052 0.312 0.052 0.296
#> SRR1387921     1  0.2012   0.628373 0.920 0.000 0.000 0.060 0.020
#> SRR1466792     2  0.4321   0.698635 0.000 0.720 0.252 0.004 0.024
#> SRR1360478     2  0.4125   0.704785 0.000 0.740 0.236 0.004 0.020
#> SRR1360695     1  0.6447   0.411400 0.628 0.000 0.196 0.100 0.076
#> SRR812943      1  0.4179   0.565144 0.804 0.016 0.004 0.048 0.128
#> SRR1400910     2  0.8577  -0.253888 0.200 0.328 0.140 0.012 0.320
#> SRR1444203     4  0.4189   0.713406 0.208 0.004 0.008 0.760 0.020
#> SRR816177      2  0.7421   0.439087 0.008 0.492 0.048 0.276 0.176
#> SRR658754      3  0.1200   0.730458 0.008 0.012 0.964 0.000 0.016
#> SRR1429603     4  0.6245   0.608566 0.224 0.020 0.008 0.624 0.124
#> SRR1397366     3  0.3257   0.726592 0.124 0.000 0.844 0.004 0.028
#> SRR1446028     1  0.3066   0.639716 0.880 0.000 0.024 0.048 0.048
#> SRR1083918     2  0.7706   0.402845 0.004 0.448 0.072 0.296 0.180
#> SRR1337606     5  0.8074   0.518159 0.312 0.052 0.024 0.208 0.404
#> SRR659109      3  0.1200   0.732195 0.012 0.008 0.964 0.000 0.016
#> SRR1337192     1  0.5777   0.266240 0.632 0.008 0.004 0.100 0.256
#> SRR656946      1  0.6646   0.182416 0.520 0.004 0.344 0.032 0.100
#> SRR1476102     1  0.3116   0.610040 0.860 0.000 0.000 0.064 0.076
#> SRR1476447     1  0.5777   0.266240 0.632 0.008 0.004 0.100 0.256
#> SRR1342067     4  0.3911   0.680931 0.104 0.008 0.000 0.816 0.072
#> SRR1385389     4  0.3455   0.711858 0.208 0.000 0.000 0.784 0.008
#> SRR1075971     1  0.4962   0.424009 0.704 0.000 0.012 0.056 0.228
#> SRR614419      1  0.5832   0.131413 0.580 0.004 0.008 0.076 0.332
#> SRR1322936     5  0.7469   0.482107 0.376 0.036 0.024 0.128 0.436
#> SRR1349121     3  0.6409   0.163355 0.404 0.000 0.488 0.056 0.052
#> SRR1430549     1  0.2228   0.630207 0.912 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR612935      3  0.7820   0.267819 0.112 0.224 0.464 0.000 0.200
#> SRR661481      2  0.6094   0.644708 0.004 0.684 0.084 0.136 0.092
#> SRR1354117     2  0.5353   0.483710 0.000 0.576 0.360 0.000 0.064
#> SRR1393596     4  0.6586   0.531109 0.124 0.044 0.008 0.616 0.208
#> SRR1452164     1  0.3605   0.637051 0.852 0.000 0.060 0.044 0.044
#> SRR1070503     1  0.7101   0.054057 0.476 0.004 0.320 0.028 0.172
#> SRR1499894     3  0.1314   0.730358 0.012 0.012 0.960 0.000 0.016
#> SRR1082883     5  0.7318   0.451463 0.388 0.028 0.024 0.124 0.436
#> SRR1468271     1  0.4890   0.557912 0.760 0.000 0.136 0.056 0.048
#> SRR1332443     1  0.3056   0.613317 0.864 0.000 0.000 0.068 0.068
#> SRR810295      2  0.3797   0.707000 0.000 0.756 0.232 0.004 0.008
#> SRR662103      1  0.1579   0.633646 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR1328620     3  0.8017   0.234577 0.112 0.232 0.448 0.004 0.204
#> SRR1396294     3  0.7828   0.353641 0.200 0.024 0.528 0.152 0.096
#> SRR1419917     1  0.1579   0.633646 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR662114      3  0.4682   0.715794 0.080 0.024 0.796 0.020 0.080
#> SRR1489199     1  0.7403   0.030423 0.412 0.004 0.384 0.052 0.148
#> SRR813584      3  0.8961  -0.059419 0.052 0.160 0.388 0.256 0.144
#> SRR1069638     1  0.7720   0.006659 0.500 0.028 0.172 0.048 0.252
#> SRR614864      3  0.2308   0.744451 0.048 0.000 0.912 0.004 0.036
#> SRR1433392     1  0.6180   0.401967 0.648 0.000 0.148 0.044 0.160
#> SRR1377777     2  0.3477   0.598994 0.000 0.824 0.000 0.040 0.136
#> SRR2167710     1  0.6646   0.182416 0.520 0.004 0.344 0.032 0.100
#> SRR1401252     4  0.3951   0.695278 0.128 0.016 0.000 0.812 0.044
#> SRR1309963     4  0.3920   0.709305 0.212 0.004 0.008 0.768 0.008
#> SRR1338031     1  0.1750   0.633056 0.936 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR1418628     2  0.4601   0.713324 0.000 0.732 0.220 0.024 0.024
#> SRR1486889     1  0.6146   0.388854 0.624 0.004 0.260 0.060 0.052
#> SRR1380393     1  0.2172   0.630403 0.916 0.000 0.004 0.060 0.020
#> SRR1319731     1  0.2975   0.634906 0.884 0.000 0.020 0.048 0.048
#> SRR1356468     4  0.6994   0.493946 0.296 0.004 0.072 0.536 0.092
#> SRR1337010     2  0.4689   0.693329 0.000 0.688 0.264 0.000 0.048
#> SRR1486520     1  0.5265   0.412071 0.676 0.000 0.024 0.048 0.252
#> SRR1486538     4  0.3495   0.706910 0.160 0.000 0.000 0.812 0.028
#> SRR1340486     4  0.3996   0.709692 0.208 0.004 0.008 0.768 0.012
#> SRR1377696     4  0.5635   0.460318 0.012 0.080 0.000 0.624 0.284
#> SRR1465459     1  0.7032   0.118078 0.504 0.004 0.288 0.028 0.176
#> SRR1080270     3  0.0798   0.720647 0.000 0.016 0.976 0.000 0.008
#> SRR1312501     3  0.5530   0.654525 0.116 0.024 0.736 0.028 0.096
#> SRR1093148     3  0.8651  -0.317001 0.176 0.064 0.348 0.064 0.348
#> SRR1467080     3  0.0671   0.720951 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1410866     2  0.6927   0.647476 0.000 0.592 0.160 0.152 0.096
#> SRR816475      4  0.7578   0.351048 0.020 0.108 0.108 0.548 0.216
#> SRR1379198     4  0.3398   0.709249 0.216 0.000 0.000 0.780 0.004
#> SRR613342      3  0.4247   0.723270 0.100 0.036 0.808 0.000 0.056
#> SRR1452246     2  0.4909   0.567976 0.000 0.716 0.000 0.120 0.164
#> SRR1338836     2  0.3454   0.712532 0.000 0.816 0.156 0.000 0.028
#> SRR1369129     4  0.3366   0.710965 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004
#> SRR1396616     3  0.3246   0.730273 0.120 0.000 0.848 0.008 0.024
#> SRR813824      3  0.1460   0.734376 0.020 0.008 0.956 0.004 0.012
#> SRR1082376     1  0.6203   0.339519 0.632 0.000 0.092 0.052 0.224
#> SRR1500891     4  0.3523   0.700990 0.140 0.004 0.000 0.824 0.032
#> SRR807543      1  0.6250   0.386797 0.640 0.000 0.152 0.044 0.164
#> SRR1091572     1  0.7600   0.051863 0.540 0.048 0.112 0.052 0.248
#> SRR1346689     4  0.5120   0.664643 0.248 0.004 0.012 0.688 0.048
#> SRR1332424     5  0.7334   0.477256 0.372 0.024 0.020 0.148 0.436
#> SRR663729      4  0.5361   0.572281 0.104 0.008 0.000 0.680 0.208
#> SRR1097013     1  0.4063   0.606450 0.820 0.000 0.096 0.044 0.040
#> SRR613675      5  0.7469   0.482107 0.376 0.036 0.024 0.128 0.436
#> SRR1485357     4  0.4071   0.709560 0.204 0.004 0.012 0.768 0.012
#> SRR655816      3  0.2200   0.735185 0.056 0.008 0.920 0.008 0.008
#> SRR1500113     1  0.4763   0.588006 0.780 0.000 0.076 0.084 0.060
#> SRR1437622     4  0.6504   0.446313 0.024 0.116 0.028 0.636 0.196
#> SRR1355172     3  0.6422   0.308969 0.352 0.000 0.532 0.056 0.060
#> SRR655531      1  0.5714   0.221237 0.604 0.004 0.012 0.064 0.316
#> SRR1338147     3  0.4768   0.671222 0.136 0.004 0.764 0.016 0.080
#> SRR1413329     1  0.7403   0.027612 0.412 0.004 0.384 0.052 0.148
#> SRR1485931     2  0.4301   0.531830 0.000 0.712 0.000 0.028 0.260
#> SRR1420873     1  0.3394   0.629677 0.864 0.000 0.040 0.044 0.052
#> SRR1333308     4  0.6190   0.624821 0.236 0.008 0.000 0.584 0.172
#> SRR1452033     1  0.5883   0.328628 0.608 0.000 0.300 0.044 0.048
#> SRR1467316     2  0.3438   0.581308 0.000 0.808 0.000 0.020 0.172
#> SRR809018      3  0.0566   0.720657 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1375351     2  0.3944   0.708192 0.000 0.756 0.224 0.004 0.016
#> SRR663440      3  0.6420   0.374708 0.272 0.004 0.572 0.016 0.136
#> SRR1471755     2  0.6090   0.640681 0.004 0.684 0.080 0.136 0.096
#> SRR808019      3  0.6446   0.377464 0.324 0.000 0.552 0.056 0.068
#> SRR1479133     3  0.2141   0.743047 0.064 0.000 0.916 0.004 0.016
#> SRR615069      3  0.8193   0.215584 0.128 0.088 0.488 0.048 0.248
#> SRR1456185     2  0.8747   0.359980 0.160 0.456 0.200 0.072 0.112
#> SRR1350069     3  0.7828   0.353641 0.200 0.024 0.528 0.152 0.096
#> SRR816316      1  0.4539   0.569368 0.788 0.000 0.068 0.036 0.108
#> SRR664795      3  0.6366   0.326995 0.352 0.000 0.536 0.056 0.056
#> SRR1490721     4  0.5846   0.426632 0.036 0.052 0.004 0.632 0.276
#> SRR810643      1  0.2827   0.635543 0.892 0.000 0.020 0.044 0.044
#> SRR1430333     5  0.8925   0.424585 0.272 0.056 0.272 0.080 0.320
#> SRR1085285     3  0.2074   0.742789 0.060 0.000 0.920 0.004 0.016
#> SRR1099072     3  0.3246   0.730273 0.120 0.000 0.848 0.008 0.024
#> SRR1317985     1  0.1869   0.637404 0.936 0.000 0.008 0.028 0.028
#> SRR1487340     1  0.2237   0.638335 0.916 0.000 0.004 0.040 0.040
#> SRR1420276     3  0.1597   0.702644 0.000 0.048 0.940 0.000 0.012
#> SRR1351347     3  0.5001   0.699345 0.096 0.028 0.772 0.016 0.088
#> SRR1405525     1  0.4025   0.564953 0.796 0.004 0.000 0.060 0.140
#> SRR1370329     1  0.1310   0.634935 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1465001     1  0.2975   0.634906 0.884 0.000 0.020 0.048 0.048
#> SRR1476525     2  0.4237   0.718415 0.000 0.784 0.160 0.020 0.036
#> SRR819610      2  0.8772   0.358197 0.160 0.456 0.196 0.076 0.112
#> SRR2157314     1  0.3154   0.636813 0.876 0.000 0.028 0.048 0.048
#> SRR1409465     2  0.3454   0.712532 0.000 0.816 0.156 0.000 0.028
#> SRR809987      4  0.5474   0.531940 0.348 0.000 0.000 0.576 0.076
#> SRR613639      3  0.3790   0.717497 0.136 0.000 0.816 0.012 0.036
#> SRR1402285     4  0.3764   0.708412 0.212 0.000 0.008 0.772 0.008
#> SRR1077038     1  0.5445   0.482235 0.712 0.000 0.096 0.036 0.156
#> SRR1405660     3  0.1059   0.734928 0.020 0.004 0.968 0.000 0.008
#> SRR1095455     3  0.8434   0.004032 0.156 0.224 0.376 0.004 0.240
#> SRR1394734     2  0.7706   0.402845 0.004 0.448 0.072 0.296 0.180
#> SRR1317771     1  0.5920   0.431899 0.656 0.004 0.232 0.056 0.052
#> SRR1365894     4  0.8021   0.342369 0.136 0.112 0.016 0.468 0.268
#> SRR1073581     3  0.6409   0.163355 0.404 0.000 0.488 0.056 0.052
#> SRR659804      1  0.3154   0.636813 0.876 0.000 0.028 0.048 0.048
#> SRR1345914     2  0.5190   0.712436 0.004 0.728 0.180 0.036 0.052
#> SRR1432186     2  0.5995   0.685977 0.004 0.692 0.128 0.104 0.072
#> SRR1473529     4  0.5595   0.467923 0.012 0.080 0.000 0.632 0.276
#> SRR660764      3  0.6827   0.397727 0.060 0.220 0.576 0.000 0.144
#> SRR820448      1  0.4663   0.561152 0.780 0.000 0.068 0.040 0.112
#> SRR1328845     3  0.7828   0.353641 0.200 0.024 0.528 0.152 0.096
#> SRR1336415     4  0.3643   0.710137 0.212 0.000 0.004 0.776 0.008
#> SRR1379065     4  0.3523   0.700990 0.140 0.004 0.000 0.824 0.032
#> SRR1459190     1  0.5825   0.049025 0.488 0.000 0.444 0.024 0.044
#> SRR1346773     1  0.3154   0.634712 0.876 0.000 0.028 0.048 0.048
#> SRR1499521     3  0.6471   0.356713 0.332 0.000 0.544 0.056 0.068
#> SRR1440898     2  0.3869   0.714037 0.000 0.812 0.140 0.020 0.028
#> SRR1347459     3  0.3183   0.741375 0.060 0.020 0.872 0.000 0.048
#> SRR1081209     2  0.3310   0.649565 0.000 0.860 0.040 0.016 0.084
#> SRR1400202     1  0.1469   0.635926 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR1333395     5  0.8577  -0.036376 0.284 0.168 0.004 0.228 0.316
#> SRR1309248     4  0.8067   0.274839 0.128 0.116 0.016 0.448 0.292
#> SRR809161      3  0.2740   0.740703 0.096 0.000 0.876 0.000 0.028
#> SRR1316320     5  0.7823   0.322989 0.236 0.048 0.008 0.332 0.376
#> SRR1432629     2  0.6837   0.413072 0.004 0.520 0.016 0.260 0.200
#> SRR1498931     1  0.1310   0.635960 0.956 0.000 0.000 0.024 0.020
#> SRR1416578     4  0.5308   0.586503 0.304 0.000 0.000 0.620 0.076
#> SRR1405547     3  0.0566   0.720657 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1470534     4  0.3366   0.710965 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004
#> SRR1380764     1  0.3398   0.628189 0.864 0.000 0.044 0.044 0.048
#> SRR1309160     3  0.1469   0.739330 0.036 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR663489      3  0.0566   0.720657 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1500450     1  0.6263   0.443197 0.660 0.000 0.120 0.136 0.084
#> SRR1078489     1  0.9059  -0.416935 0.308 0.080 0.240 0.072 0.300
#> SRR1332648     4  0.3487   0.710194 0.212 0.000 0.000 0.780 0.008
#> SRR660614      2  0.6550   0.191429 0.028 0.436 0.436 0.000 0.100
#> SRR1470420     2  0.4625   0.631366 0.000 0.652 0.324 0.004 0.020
#> SRR1475566     1  0.1469   0.635926 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR1477949     1  0.2863   0.617235 0.876 0.000 0.000 0.064 0.060
#> SRR1481419     2  0.5667   0.703112 0.004 0.712 0.148 0.072 0.064
#> SRR1464766     1  0.3999   0.599144 0.812 0.000 0.020 0.044 0.124
#> SRR615946      3  0.2673   0.743906 0.072 0.008 0.892 0.000 0.028
#> SRR1446481     2  0.5925   0.692409 0.004 0.648 0.244 0.060 0.044
#> SRR1467656     2  0.3961   0.716845 0.000 0.780 0.184 0.004 0.032
#> SRR1402962     1  0.7340  -0.243782 0.464 0.020 0.072 0.072 0.372
#> SRR660224      2  0.3495   0.704974 0.000 0.836 0.120 0.008 0.036
#> SRR665586      1  0.2074   0.630279 0.920 0.000 0.000 0.036 0.044
#> SRR1347166     1  0.7698  -0.427913 0.416 0.028 0.056 0.112 0.388
#> SRR1485722     5  0.8212   0.434554 0.352 0.024 0.132 0.100 0.392
#> SRR1415316     1  0.2450   0.625285 0.900 0.000 0.000 0.048 0.052
#> SRR613390      1  0.4815   0.462078 0.724 0.000 0.012 0.056 0.208
#> SRR661108      3  0.0902   0.729990 0.008 0.008 0.976 0.004 0.004
#> SRR2170173     1  0.6794   0.158928 0.512 0.012 0.348 0.028 0.100
#> SRR817329      1  0.3741   0.621417 0.844 0.000 0.060 0.056 0.040
#> SRR1401990     4  0.8235   0.252238 0.252 0.016 0.232 0.416 0.084
#> SRR1467745     4  0.7601   0.344696 0.020 0.108 0.108 0.544 0.220
#> SRR1471795     2  0.6901   0.549290 0.004 0.584 0.060 0.208 0.144
#> SRR1415637     2  0.2227   0.668872 0.000 0.916 0.048 0.004 0.032
#> SRR813137      1  0.2597   0.638777 0.904 0.000 0.036 0.020 0.040
#> SRR1314873     1  0.2376   0.624758 0.904 0.000 0.000 0.044 0.052
#> SRR1401211     1  0.6447   0.411400 0.628 0.000 0.196 0.100 0.076
#> SRR1419692     4  0.3888   0.710508 0.208 0.004 0.008 0.772 0.008
#> SRR818797      3  0.5498   0.589090 0.192 0.004 0.692 0.016 0.096
#> SRR2164608     3  0.3902   0.706901 0.136 0.000 0.808 0.008 0.048
#> SRR1455586     3  0.3745   0.530066 0.000 0.196 0.780 0.000 0.024
#> SRR819459      3  0.0693   0.722668 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1488939     2  0.3438   0.581308 0.000 0.808 0.000 0.020 0.172
#> SRR1433232     2  0.4063   0.613833 0.000 0.800 0.004 0.084 0.112
#> SRR1385501     1  0.5560   0.451721 0.700 0.000 0.080 0.044 0.176
#> SRR1361652     5  0.7714   0.498494 0.316 0.132 0.032 0.048 0.472
#> SRR1437119     1  0.1216   0.635367 0.960 0.000 0.000 0.020 0.020
#> SRR1478547     3  0.0566   0.720657 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1430910     5  0.8935   0.395005 0.256 0.064 0.300 0.072 0.308
#> SRR1310584     1  0.2705   0.636189 0.900 0.004 0.012 0.036 0.048
#> SRR1500216     1  0.6609   0.056059 0.544 0.004 0.012 0.176 0.264
#> SRR1486762     3  0.4352   0.690566 0.176 0.012 0.772 0.004 0.036
#> SRR1480854     4  0.4314   0.551296 0.016 0.028 0.000 0.760 0.196
#> SRR1489394     4  0.3519   0.708450 0.216 0.000 0.000 0.776 0.008
#> SRR1418085     4  0.3487   0.710194 0.212 0.000 0.000 0.780 0.008
#> SRR1340221     4  0.3734   0.712141 0.168 0.000 0.000 0.796 0.036
#> SRR1473058     4  0.7578   0.351048 0.020 0.108 0.108 0.548 0.216
#> SRR1405165     3  0.3972   0.721144 0.072 0.020 0.836 0.012 0.060
#> SRR1433004     1  0.4682   0.465038 0.724 0.000 0.004 0.060 0.212
#> SRR1471477     1  0.6568   0.374180 0.596 0.000 0.240 0.100 0.064
#> SRR1098567     2  0.5811   0.600290 0.004 0.580 0.348 0.036 0.032
#> SRR1098712     3  0.7828   0.353641 0.200 0.024 0.528 0.152 0.096
#> SRR1455038     1  0.4863   0.414092 0.716 0.000 0.008 0.064 0.212
#> SRR1375248     3  0.3724   0.521298 0.000 0.204 0.776 0.000 0.020
#> SRR1403005     3  0.2773   0.735285 0.112 0.000 0.868 0.000 0.020
#> SRR1348378     2  0.8099   0.399778 0.004 0.408 0.152 0.304 0.132
#> SRR1413541     1  0.2304   0.628516 0.908 0.000 0.000 0.048 0.044
#> SRR1392943     4  0.5693   0.575273 0.112 0.008 0.008 0.668 0.204
#> SRR1475192     3  0.1074   0.725217 0.004 0.012 0.968 0.000 0.016
#> SRR1432085     3  0.5886  -0.208007 0.004 0.412 0.520 0.028 0.036
#> SRR1452468     5  0.8998   0.446470 0.288 0.060 0.212 0.096 0.344
#> SRR1347060     3  0.1200   0.728419 0.008 0.016 0.964 0.000 0.012
#> SRR1414139     3  0.5651   0.128535 0.004 0.324 0.608 0.028 0.036
#> SRR1447962     2  0.4779   0.540460 0.000 0.588 0.388 0.000 0.024
#> SRR1444324     3  0.5103  -0.188894 0.000 0.452 0.512 0.000 0.036
#> SRR1415004     1  0.2141   0.631019 0.916 0.000 0.004 0.064 0.016
#> SRR1413436     1  0.6116   0.408825 0.636 0.004 0.244 0.060 0.056
#> SRR1311266     1  0.7988  -0.009286 0.432 0.024 0.296 0.052 0.196
#> SRR1343302     4  0.3996   0.709692 0.208 0.004 0.008 0.768 0.012
#> SRR1373746     1  0.1836   0.635961 0.932 0.000 0.000 0.032 0.036
#> SRR1429678     1  0.2451   0.637088 0.904 0.000 0.004 0.036 0.056
#> SRR1469413     2  0.5975   0.539574 0.004 0.540 0.384 0.036 0.036
#> SRR1405331     1  0.6214   0.393629 0.644 0.000 0.148 0.044 0.164
#> SRR1345609     1  0.2446   0.624381 0.900 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR1380208     4  0.8209   0.000679 0.088 0.112 0.040 0.408 0.352
#> SRR1322840     4  0.3567   0.702299 0.144 0.004 0.000 0.820 0.032
#> SRR1399797     3  0.3832   0.735960 0.068 0.024 0.840 0.004 0.064
#> SRR1416654     3  0.1990   0.743305 0.040 0.000 0.928 0.004 0.028
#> SRR1315081     3  0.0955   0.714749 0.000 0.028 0.968 0.000 0.004
#> SRR1369196     3  0.1012   0.717078 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1400847     1  0.3999   0.599144 0.812 0.000 0.020 0.044 0.124
#> SRR1365291     3  0.6864   0.278770 0.296 0.008 0.528 0.024 0.144
#> SRR1367920     4  0.4314   0.551296 0.016 0.028 0.000 0.760 0.196
#> SRR1366648     3  0.0566   0.720657 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR1441679     2  0.3760   0.714942 0.000 0.784 0.188 0.000 0.028
#> SRR1082173     3  0.3902   0.706901 0.136 0.000 0.808 0.008 0.048
#> SRR1363968     1  0.6218   0.438347 0.644 0.000 0.200 0.092 0.064
#> SRR814387      1  0.2975   0.634906 0.884 0.000 0.020 0.048 0.048
#> SRR657599      3  0.6488   0.375002 0.320 0.000 0.552 0.060 0.068
#> SRR1386689     4  0.3996   0.709692 0.208 0.004 0.008 0.768 0.012
#> SRR1395575     3  0.2449   0.743603 0.080 0.004 0.900 0.004 0.012
#> SRR1453811     3  0.4836   0.658871 0.164 0.004 0.748 0.012 0.072
#> SRR1441159     1  0.4900   0.487140 0.740 0.008 0.008 0.068 0.176
#> SRR1403154     4  0.3996   0.709692 0.208 0.004 0.008 0.768 0.012
#> SRR1468722     3  0.0566   0.724321 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.6905   0.251994 0.308 0.008 0.516 0.024 0.144

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     3  0.6802    0.40168 0.272 0.000 0.532 0.072 0.080 0.044
#> SRR1331708     5  0.7906    0.01038 0.160 0.028 0.004 0.264 0.396 0.148
#> SRR1464258     1  0.4691    0.51710 0.724 0.000 0.064 0.012 0.184 0.016
#> SRR1454201     5  0.5699    0.45930 0.328 0.012 0.056 0.036 0.568 0.000
#> SRR661589      3  0.2981    0.73796 0.100 0.000 0.852 0.000 0.040 0.008
#> SRR1456229     1  0.4513    0.38764 0.652 0.000 0.000 0.020 0.304 0.024
#> SRR1315165     4  0.4494    0.63302 0.112 0.008 0.012 0.780 0.048 0.040
#> SRR1488960     1  0.3327    0.61328 0.832 0.000 0.000 0.036 0.112 0.020
#> SRR1417809     4  0.5563    0.38330 0.236 0.004 0.000 0.612 0.016 0.132
#> SRR1094457     4  0.3061    0.64128 0.128 0.000 0.004 0.840 0.020 0.008
#> SRR1095575     1  0.6734    0.14495 0.476 0.008 0.348 0.016 0.104 0.048
#> SRR1315931     1  0.4628    0.52730 0.732 0.000 0.064 0.012 0.176 0.016
#> SRR1430066     3  0.0508    0.74544 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.1121    0.74556 0.004 0.016 0.964 0.000 0.008 0.008
#> SRR1395554     3  0.1540    0.75389 0.012 0.012 0.948 0.000 0.016 0.012
#> SRR818002      2  0.6767    0.40542 0.000 0.580 0.028 0.136 0.116 0.140
#> SRR1344143     2  0.5059    0.15280 0.000 0.540 0.000 0.012 0.052 0.396
#> SRR1486845     4  0.3136    0.64466 0.096 0.004 0.000 0.852 0.020 0.028
#> SRR1362866     5  0.5451    0.40347 0.384 0.008 0.020 0.044 0.540 0.004
#> SRR1490740     1  0.2316    0.62919 0.900 0.000 0.004 0.004 0.064 0.028
#> SRR1446627     2  0.2553    0.60910 0.000 0.888 0.056 0.000 0.012 0.044
#> SRR1456138     2  0.4964    0.49091 0.000 0.724 0.004 0.060 0.072 0.140
#> SRR1416248     1  0.3596    0.61927 0.828 0.000 0.024 0.032 0.104 0.012
#> SRR1383907     4  0.6772    0.34794 0.016 0.060 0.012 0.568 0.188 0.156
#> SRR1311018     1  0.1313    0.63438 0.952 0.000 0.000 0.016 0.028 0.004
#> SRR1375699     6  0.8413    0.47532 0.148 0.272 0.036 0.084 0.064 0.396
#> SRR1429846     3  0.4702    0.63649 0.140 0.004 0.716 0.000 0.132 0.008
#> SRR613550      3  0.3391    0.73370 0.088 0.004 0.836 0.000 0.060 0.012
#> SRR1348402     1  0.3029    0.62846 0.852 0.000 0.004 0.032 0.104 0.008
#> SRR1345146     6  0.8173    0.55861 0.156 0.040 0.016 0.304 0.116 0.368
#> SRR1324025     3  0.4845    0.59617 0.152 0.004 0.692 0.000 0.148 0.004
#> SRR1318879     3  0.4823    0.67764 0.064 0.016 0.744 0.012 0.148 0.016
#> SRR820755      1  0.6654    0.13860 0.480 0.004 0.248 0.012 0.236 0.020
#> SRR1485830     4  0.2704    0.63740 0.140 0.000 0.000 0.844 0.000 0.016
#> SRR599313      1  0.6973   -0.04560 0.472 0.000 0.004 0.100 0.268 0.156
#> SRR612263      1  0.4256    0.52495 0.744 0.004 0.000 0.016 0.192 0.044
#> SRR1415398     3  0.2251    0.75213 0.052 0.000 0.904 0.000 0.036 0.008
#> SRR1326205     4  0.5284    0.43924 0.204 0.000 0.000 0.648 0.020 0.128
#> SRR1421327     4  0.5925    0.35209 0.008 0.020 0.000 0.556 0.292 0.124
#> SRR1083311     3  0.0767    0.75011 0.004 0.000 0.976 0.000 0.012 0.008
#> SRR1499303     4  0.4250    0.59459 0.040 0.012 0.008 0.804 0.068 0.068
#> SRR1079522     1  0.6576    0.24510 0.580 0.020 0.000 0.112 0.196 0.092
#> SRR1452935     3  0.6558    0.31847 0.120 0.052 0.536 0.008 0.276 0.008
#> SRR1379495     1  0.2543    0.63629 0.892 0.000 0.004 0.024 0.064 0.016
#> SRR1470459     2  0.4371    0.60348 0.000 0.708 0.236 0.000 0.020 0.036
#> SRR661361      3  0.2767    0.74501 0.056 0.004 0.868 0.000 0.072 0.000
#> SRR615778      5  0.6008    0.54876 0.312 0.024 0.036 0.048 0.572 0.008
#> SRR1447564     1  0.2747    0.61648 0.868 0.000 0.000 0.016 0.096 0.020
#> SRR1455195     5  0.5180    0.44468 0.360 0.012 0.008 0.040 0.576 0.004
#> SRR655182      1  0.3677    0.61038 0.840 0.000 0.036 0.032 0.052 0.040
#> SRR1335140     4  0.6173    0.29121 0.000 0.032 0.000 0.536 0.208 0.224
#> SRR1433555     3  0.1007    0.75200 0.004 0.004 0.968 0.000 0.016 0.008
#> SRR1308650     2  0.7929    0.33314 0.080 0.436 0.300 0.028 0.092 0.064
#> SRR1388354     1  0.1893    0.63285 0.928 0.000 0.004 0.036 0.024 0.008
#> SRR1317446     3  0.0909    0.73966 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413602     3  0.2423    0.75600 0.016 0.012 0.900 0.004 0.064 0.004
#> SRR1479955     2  0.4370    0.34886 0.000 0.672 0.000 0.008 0.036 0.284
#> SRR809853      1  0.3763    0.58928 0.808 0.000 0.000 0.028 0.108 0.056
#> SRR661313      3  0.3105    0.73656 0.080 0.000 0.848 0.000 0.064 0.008
#> SRR1499935     4  0.4250    0.59459 0.040 0.012 0.008 0.804 0.068 0.068
#> SRR1447303     3  0.4184    0.66209 0.124 0.004 0.752 0.000 0.120 0.000
#> SRR1429408     3  0.8815   -0.10297 0.020 0.152 0.364 0.212 0.148 0.104
#> SRR1433950     1  0.2784    0.62327 0.868 0.000 0.000 0.020 0.092 0.020
#> SRR1362081     2  0.3888    0.63677 0.000 0.776 0.168 0.000 0.028 0.028
#> SRR1409854     1  0.7288   -0.00464 0.384 0.008 0.296 0.044 0.256 0.012
#> SRR1435229     5  0.7874    0.40829 0.176 0.056 0.288 0.032 0.416 0.032
#> SRR1085996     1  0.2747    0.62159 0.868 0.000 0.000 0.016 0.096 0.020
#> SRR1414229     5  0.6158    0.46839 0.100 0.076 0.144 0.016 0.652 0.012
#> SRR1400974     3  0.0767    0.74107 0.000 0.012 0.976 0.000 0.004 0.008
#> SRR1399971     1  0.1313    0.63438 0.952 0.000 0.000 0.016 0.028 0.004
#> SRR613927      3  0.3654    0.72443 0.104 0.000 0.812 0.004 0.072 0.008
#> SRR1457854     1  0.1893    0.63285 0.928 0.000 0.004 0.036 0.024 0.008
#> SRR1473714     1  0.6973   -0.04560 0.472 0.000 0.004 0.100 0.268 0.156
#> SRR813776      1  0.6654    0.13860 0.480 0.004 0.248 0.012 0.236 0.020
#> SRR808196      4  0.5618    0.42759 0.204 0.000 0.012 0.636 0.020 0.128
#> SRR1101085     4  0.3300    0.60137 0.032 0.004 0.000 0.852 0.052 0.060
#> SRR614395      1  0.4963    0.49722 0.704 0.000 0.068 0.012 0.192 0.024
#> SRR1478251     4  0.2473    0.64105 0.136 0.000 0.000 0.856 0.000 0.008
#> SRR1370551     2  0.4576    0.58530 0.000 0.676 0.264 0.000 0.016 0.044
#> SRR1362310     1  0.2288    0.63321 0.896 0.000 0.000 0.028 0.072 0.004
#> SRR665310      3  0.3113    0.73543 0.100 0.000 0.844 0.000 0.048 0.008
#> SRR1420109     3  0.4581    0.66417 0.164 0.000 0.732 0.000 0.076 0.028
#> SRR1330920     1  0.5903    0.32971 0.592 0.000 0.140 0.012 0.236 0.020
#> SRR1419539     3  0.3528    0.71483 0.012 0.040 0.848 0.004 0.036 0.060
#> SRR1359447     2  0.5883    0.39400 0.000 0.552 0.300 0.000 0.036 0.112
#> SRR1347259     4  0.6190    0.38968 0.136 0.008 0.008 0.612 0.048 0.188
#> SRR613915      3  0.3685    0.71103 0.120 0.000 0.796 0.000 0.080 0.004
#> SRR1384395     3  0.2103    0.71725 0.000 0.056 0.912 0.000 0.012 0.020
#> SRR821715      3  0.2644    0.74874 0.060 0.000 0.880 0.000 0.052 0.008
#> SRR1478228     1  0.3196    0.62566 0.848 0.000 0.016 0.036 0.096 0.004
#> SRR1445637     1  0.4980    0.55741 0.748 0.000 0.108 0.052 0.056 0.036
#> SRR608150      5  0.5208    0.57733 0.264 0.020 0.004 0.056 0.648 0.008
#> SRR1096383     3  0.6858    0.39465 0.268 0.000 0.532 0.076 0.056 0.068
#> SRR1341480     4  0.4835    0.49508 0.008 0.016 0.000 0.712 0.176 0.088
#> SRR1341344     1  0.5305    0.12138 0.548 0.008 0.000 0.056 0.376 0.012
#> SRR1326270     3  0.1934    0.75372 0.040 0.000 0.916 0.000 0.044 0.000
#> SRR1498838     3  0.1121    0.74617 0.008 0.016 0.964 0.000 0.004 0.008
#> SRR1416313     3  0.2527    0.75465 0.056 0.008 0.892 0.000 0.040 0.004
#> SRR808566      4  0.7177    0.29020 0.016 0.084 0.012 0.520 0.212 0.156
#> SRR1430270     4  0.3554    0.63629 0.112 0.000 0.000 0.820 0.028 0.040
#> SRR1367825     3  0.0881    0.74049 0.000 0.012 0.972 0.000 0.008 0.008
#> SRR613533      3  0.8002   -0.06322 0.084 0.232 0.340 0.000 0.288 0.056
#> SRR661267      3  0.6854    0.39929 0.264 0.000 0.532 0.072 0.088 0.044
#> SRR810665      2  0.3679    0.64534 0.000 0.812 0.128 0.020 0.008 0.032
#> SRR1407250     5  0.6187    0.53962 0.224 0.016 0.116 0.040 0.600 0.004
#> SRR1420067     1  0.7097    0.12637 0.456 0.008 0.180 0.052 0.292 0.012
#> SRR1473632     1  0.3763    0.58928 0.808 0.000 0.000 0.028 0.108 0.056
#> SRR812536      3  0.2609    0.75544 0.028 0.024 0.892 0.000 0.052 0.004
#> SRR1370850     2  0.5978    0.58544 0.000 0.672 0.112 0.068 0.048 0.100
#> SRR1486195     2  0.4146    0.62229 0.000 0.736 0.212 0.000 0.020 0.032
#> SRR1407671     4  0.9182   -0.19981 0.020 0.160 0.188 0.288 0.200 0.144
#> SRR1446375     1  0.7863   -0.03449 0.396 0.092 0.304 0.008 0.160 0.040
#> SRR1465230     4  0.2462    0.64271 0.132 0.000 0.000 0.860 0.004 0.004
#> SRR614119      3  0.6797    0.41322 0.260 0.000 0.540 0.072 0.084 0.044
#> SRR1356101     3  0.4774    0.36447 0.000 0.288 0.648 0.000 0.020 0.044
#> SRR1404209     1  0.6315    0.34606 0.576 0.004 0.264 0.052 0.084 0.020
#> SRR1392676     2  0.2362    0.56125 0.000 0.892 0.012 0.000 0.016 0.080
#> SRR665538      3  0.6887    0.37916 0.276 0.000 0.524 0.076 0.056 0.068
#> SRR660510      3  0.1140    0.75016 0.008 0.008 0.964 0.000 0.008 0.012
#> SRR1445655     4  0.3331    0.62622 0.064 0.008 0.000 0.852 0.028 0.048
#> SRR658953      5  0.7159    0.38354 0.232 0.076 0.012 0.012 0.504 0.164
#> SRR2166459     1  0.4050    0.59528 0.804 0.000 0.100 0.016 0.052 0.028
#> SRR1070713     2  0.8198   -0.02568 0.012 0.316 0.024 0.192 0.308 0.148
#> SRR1485312     3  0.0508    0.74544 0.004 0.012 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     3  0.7709    0.34112 0.124 0.012 0.520 0.140 0.068 0.136
#> SRR1488610     1  0.4046    0.53768 0.748 0.000 0.000 0.036 0.200 0.016
#> SRR1330588     3  0.5847    0.40793 0.208 0.012 0.588 0.004 0.184 0.004
#> SRR1316367     5  0.5254    0.13570 0.464 0.000 0.000 0.032 0.468 0.036
#> SRR1433926     1  0.1889    0.63289 0.920 0.000 0.000 0.004 0.056 0.020
#> SRR1091302     4  0.5334    0.54393 0.160 0.012 0.004 0.696 0.032 0.096
#> SRR818263      1  0.6677    0.05772 0.432 0.004 0.276 0.008 0.264 0.016
#> SRR1404909     4  0.5318    0.45737 0.008 0.020 0.000 0.672 0.156 0.144
#> SRR663076      1  0.5122    0.53536 0.744 0.000 0.080 0.072 0.044 0.060
#> SRR1323577     2  0.7330    0.30551 0.000 0.492 0.020 0.160 0.168 0.160
#> SRR1442422     4  0.2462    0.64271 0.132 0.000 0.000 0.860 0.004 0.004
#> SRR1465893     1  0.2605    0.64095 0.888 0.000 0.004 0.032 0.064 0.012
#> SRR654862      1  0.5351    0.27130 0.568 0.000 0.044 0.016 0.356 0.016
#> SRR1407112     4  0.3061    0.64128 0.128 0.000 0.004 0.840 0.020 0.008
#> SRR1332969     3  0.2547    0.74745 0.080 0.000 0.880 0.000 0.036 0.004
#> SRR1353199     3  0.3052    0.73770 0.076 0.000 0.852 0.000 0.064 0.008
#> SRR1378885     3  0.5046    0.57980 0.168 0.004 0.676 0.000 0.144 0.008
#> SRR665357      3  0.4999    0.60387 0.004 0.164 0.712 0.000 0.072 0.048
#> SRR662186      2  0.5732    0.43980 0.000 0.584 0.268 0.000 0.032 0.116
#> SRR1501020     3  0.3706    0.71034 0.140 0.000 0.800 0.000 0.032 0.028
#> SRR1347819     3  0.1026    0.74646 0.004 0.012 0.968 0.000 0.008 0.008
#> SRR1480813     2  0.5826    0.54081 0.000 0.688 0.052 0.084 0.072 0.104
#> SRR1472576     4  0.7261    0.26454 0.012 0.108 0.012 0.512 0.200 0.156
#> SRR1431781     4  0.4494    0.63302 0.112 0.008 0.012 0.780 0.048 0.040
#> SRR1452270     3  0.1053    0.75436 0.020 0.004 0.964 0.000 0.012 0.000
#> SRR1500472     3  0.8331   -0.19596 0.232 0.072 0.316 0.028 0.308 0.044
#> SRR1417632     4  0.6133    0.30357 0.000 0.032 0.000 0.544 0.208 0.216
#> SRR1350153     2  0.3594    0.64063 0.000 0.800 0.152 0.000 0.024 0.024
#> SRR1458113     5  0.6340    0.45840 0.100 0.092 0.144 0.016 0.636 0.012
#> SRR1326579     5  0.5132    0.37527 0.400 0.008 0.004 0.044 0.540 0.004
#> SRR1349363     6  0.7188    0.56539 0.100 0.224 0.000 0.076 0.072 0.528
#> SRR1096712     3  0.1621    0.75373 0.008 0.012 0.944 0.004 0.028 0.004
#> SRR1090407     3  0.2465    0.75114 0.052 0.004 0.896 0.000 0.040 0.008
#> SRR1083752     2  0.8384    0.23700 0.004 0.400 0.116 0.216 0.116 0.148
#> SRR1377599     4  0.5126    0.45644 0.004 0.012 0.000 0.668 0.196 0.120
#> SRR1488449     3  0.2951    0.74113 0.092 0.000 0.856 0.000 0.044 0.008
#> SRR1318354     3  0.7666    0.14076 0.048 0.232 0.392 0.000 0.268 0.060
#> SRR1359062     3  0.1312    0.74531 0.004 0.020 0.956 0.000 0.008 0.012
#> SRR1398924     5  0.6601    0.42440 0.220 0.100 0.000 0.016 0.564 0.100
#> SRR663783      3  0.1078    0.74374 0.000 0.016 0.964 0.000 0.012 0.008
#> SRR1319204     2  0.6680    0.25719 0.004 0.432 0.376 0.000 0.096 0.092
#> SRR1369070     2  0.4104    0.51856 0.000 0.788 0.000 0.056 0.048 0.108
#> SRR615659      1  0.1889    0.63289 0.920 0.000 0.000 0.004 0.056 0.020
#> SRR1337449     2  0.4995    0.61857 0.000 0.692 0.212 0.024 0.012 0.060
#> SRR1316982     3  0.4412    0.52637 0.000 0.200 0.728 0.000 0.028 0.044
#> SRR1498595     4  0.6112    0.30814 0.000 0.032 0.000 0.548 0.204 0.216
#> SRR1377423     3  0.3871    0.71711 0.128 0.004 0.800 0.000 0.036 0.032
#> SRR1312310     2  0.3318    0.64265 0.000 0.820 0.140 0.000 0.020 0.020
#> SRR1485613     1  0.5496    0.52902 0.700 0.000 0.132 0.052 0.088 0.028
#> SRR1338426     3  0.3878    0.72976 0.036 0.028 0.812 0.004 0.112 0.008
#> SRR1353309     3  0.3684    0.73924 0.032 0.028 0.832 0.008 0.092 0.008
#> SRR658941      3  0.6876    0.42515 0.240 0.000 0.544 0.076 0.096 0.044
#> SRR1101643     1  0.3301    0.60472 0.844 0.000 0.000 0.024 0.068 0.064
#> SRR1401468     3  0.6802    0.40168 0.272 0.000 0.532 0.072 0.080 0.044
#> SRR1368874     2  0.3440    0.64045 0.000 0.816 0.136 0.000 0.024 0.024
#> SRR1324085     4  0.8350    0.15957 0.012 0.108 0.080 0.408 0.224 0.168
#> SRR1363858     1  0.6973   -0.04560 0.472 0.000 0.004 0.100 0.268 0.156
#> SRR819820      3  0.5237    0.66160 0.132 0.012 0.720 0.020 0.096 0.020
#> SRR1337342     1  0.7136    0.10221 0.444 0.008 0.184 0.052 0.300 0.012
#> SRR655206      3  0.3647    0.70981 0.012 0.048 0.840 0.004 0.032 0.064
#> SRR1387013     2  0.7127    0.21638 0.008 0.492 0.000 0.156 0.204 0.140
#> SRR1317410     1  0.3367    0.62664 0.832 0.000 0.020 0.028 0.116 0.004
#> SRR608198      5  0.5138    0.37260 0.404 0.008 0.004 0.044 0.536 0.004
#> SRR1440161     2  0.3666    0.63876 0.000 0.792 0.160 0.000 0.024 0.024
#> SRR1343741     2  0.4104    0.51856 0.000 0.788 0.000 0.056 0.048 0.108
#> SRR1381288     2  0.2553    0.60910 0.000 0.888 0.056 0.000 0.012 0.044
#> SRR1415379     4  0.5310    0.44174 0.208 0.000 0.000 0.644 0.020 0.128
#> SRR1099622     2  0.5998    0.54926 0.000 0.580 0.280 0.032 0.020 0.088
#> SRR663197      3  0.3552    0.74220 0.036 0.028 0.832 0.000 0.096 0.008
#> SRR1394836     3  0.3718    0.70718 0.012 0.048 0.836 0.004 0.036 0.064
#> SRR661699      3  0.2943    0.74718 0.060 0.004 0.876 0.012 0.040 0.008
#> SRR813680      3  0.6829    0.40096 0.268 0.000 0.532 0.072 0.084 0.044
#> SRR1410678     1  0.2231    0.63249 0.900 0.000 0.000 0.028 0.068 0.004
#> SRR1378109     4  0.3061    0.64128 0.128 0.000 0.004 0.840 0.020 0.008
#> SRR1499174     1  0.3473    0.62373 0.832 0.000 0.056 0.004 0.092 0.016
#> SRR1311486     2  0.4995    0.61857 0.000 0.692 0.212 0.024 0.012 0.060
#> SRR1382851     4  0.7852   -0.02696 0.008 0.196 0.008 0.344 0.296 0.148
#> SRR1433410     5  0.5311    0.57286 0.268 0.016 0.000 0.072 0.632 0.012
#> SRR661167      3  0.1232    0.75479 0.016 0.000 0.956 0.000 0.024 0.004
#> SRR1432518     3  0.6558    0.31847 0.120 0.052 0.536 0.008 0.276 0.008
#> SRR660462      3  0.0909    0.73966 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> SRR1374608     3  0.8084    0.29273 0.100 0.068 0.496 0.192 0.096 0.048
#> SRR657949      3  0.3735    0.70868 0.120 0.000 0.792 0.000 0.084 0.004
#> SRR1308882     4  0.3007    0.64052 0.080 0.000 0.000 0.860 0.020 0.040
#> SRR655768      1  0.7068    0.14294 0.436 0.004 0.352 0.044 0.132 0.032
#> SRR1485870     6  0.8179    0.55809 0.152 0.040 0.016 0.304 0.120 0.368
#> SRR1444138     1  0.7313    0.13187 0.432 0.008 0.328 0.036 0.152 0.044
#> SRR1417342     1  0.6500   -0.24481 0.472 0.000 0.000 0.120 0.072 0.336
#> SRR1470193     4  0.6292    0.41003 0.184 0.004 0.016 0.608 0.052 0.136
#> SRR1091380     3  0.5237    0.66160 0.132 0.012 0.720 0.020 0.096 0.020
#> SRR1099096     1  0.2476    0.63798 0.888 0.000 0.000 0.032 0.072 0.008
#> SRR1313583     4  0.4776    0.30832 0.348 0.000 0.000 0.600 0.012 0.040
#> SRR1467102     3  0.3196    0.64810 0.000 0.128 0.832 0.000 0.020 0.020
#> SRR1485416     4  0.4881    0.49236 0.008 0.016 0.000 0.708 0.176 0.092
#> SRR818821      3  0.8002   -0.06322 0.084 0.232 0.340 0.000 0.288 0.056
#> SRR809963      1  0.4963    0.49722 0.704 0.000 0.068 0.012 0.192 0.024
#> SRR1072247     1  0.2543    0.63629 0.892 0.000 0.004 0.024 0.064 0.016
#> SRR1353710     4  0.5590    0.45364 0.188 0.008 0.004 0.648 0.020 0.132
#> SRR1445259     3  0.8024   -0.06965 0.088 0.228 0.340 0.000 0.288 0.056
#> SRR1408393     1  0.5812   -0.01668 0.452 0.000 0.440 0.012 0.080 0.016
#> SRR1361522     1  0.1972    0.63292 0.916 0.000 0.000 0.004 0.056 0.024
#> SRR1368597     1  0.3898    0.61372 0.820 0.000 0.076 0.020 0.056 0.028
#> SRR1309680     2  0.5902    0.48422 0.004 0.672 0.020 0.104 0.076 0.124
#> SRR1310542     3  0.0909    0.74121 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> SRR1333485     4  0.3127    0.61614 0.040 0.004 0.000 0.864 0.044 0.048
#> SRR1406437     3  0.7861    0.32418 0.024 0.084 0.512 0.144 0.160 0.076
#> SRR1354931     3  0.1788    0.75615 0.028 0.004 0.928 0.000 0.040 0.000
#> SRR1391856     3  0.5162    0.46325 0.000 0.216 0.676 0.004 0.048 0.056
#> SRR1446738     5  0.8720   -0.20262 0.008 0.276 0.092 0.180 0.300 0.144
#> SRR1309032     2  0.4346    0.60531 0.000 0.712 0.232 0.000 0.020 0.036
#> SRR1388145     2  0.5794    0.60740 0.000 0.640 0.212 0.044 0.020 0.084
#> SRR1432611     2  0.3800    0.63602 0.000 0.776 0.176 0.000 0.020 0.028
#> SRR815869      3  0.0976    0.73891 0.000 0.016 0.968 0.000 0.008 0.008
#> SRR613150      3  0.1262    0.74130 0.000 0.020 0.956 0.000 0.008 0.016
#> SRR1375329     5  0.7684    0.38713 0.208 0.044 0.296 0.016 0.400 0.036
#> SRR1387921     1  0.1577    0.63000 0.940 0.000 0.000 0.036 0.016 0.008
#> SRR1466792     2  0.3888    0.63637 0.000 0.776 0.168 0.000 0.028 0.028
#> SRR1360478     2  0.3594    0.64063 0.000 0.800 0.152 0.000 0.024 0.024
#> SRR1360695     1  0.6831    0.36838 0.576 0.000 0.196 0.076 0.068 0.084
#> SRR812943      1  0.4097    0.54489 0.764 0.004 0.000 0.016 0.172 0.044
#> SRR1400910     5  0.8377    0.06468 0.140 0.316 0.092 0.004 0.328 0.120
#> SRR1444203     4  0.3116    0.64480 0.132 0.000 0.004 0.836 0.016 0.012
#> SRR816177      2  0.7378    0.29286 0.000 0.484 0.020 0.168 0.168 0.160
#> SRR658754      3  0.1325    0.74975 0.004 0.012 0.956 0.000 0.016 0.012
#> SRR1429603     4  0.6190    0.38968 0.136 0.008 0.008 0.612 0.048 0.188
#> SRR1397366     3  0.3158    0.73486 0.084 0.000 0.844 0.000 0.064 0.008
#> SRR1446028     1  0.3211    0.62968 0.852 0.000 0.016 0.028 0.092 0.012
#> SRR1083918     2  0.7663    0.25123 0.000 0.456 0.032 0.176 0.176 0.160
#> SRR1337606     5  0.6787    0.48613 0.216 0.036 0.004 0.124 0.564 0.056
#> SRR659109      3  0.1129    0.75079 0.008 0.004 0.964 0.000 0.012 0.012
#> SRR1337192     1  0.5305    0.12138 0.548 0.008 0.000 0.056 0.376 0.012
#> SRR656946      1  0.6436    0.16757 0.492 0.000 0.348 0.016 0.096 0.048
#> SRR1476102     1  0.3674    0.60128 0.804 0.000 0.000 0.044 0.132 0.020
#> SRR1476447     1  0.5305    0.12138 0.548 0.008 0.000 0.056 0.376 0.012
#> SRR1342067     4  0.3300    0.60137 0.032 0.004 0.000 0.852 0.052 0.060
#> SRR1385389     4  0.2685    0.64371 0.132 0.000 0.000 0.852 0.008 0.008
#> SRR1075971     1  0.4682    0.37778 0.640 0.000 0.004 0.024 0.312 0.020
#> SRR614419      1  0.5007   -0.09093 0.484 0.000 0.000 0.028 0.464 0.024
#> SRR1322936     5  0.5791    0.58171 0.264 0.024 0.004 0.064 0.616 0.028
#> SRR1349121     3  0.6892    0.27316 0.324 0.000 0.484 0.064 0.088 0.040
#> SRR1430549     1  0.2815    0.62240 0.864 0.000 0.000 0.028 0.096 0.012
#> SRR612935      3  0.7645    0.18699 0.048 0.228 0.412 0.000 0.248 0.064
#> SRR661481      2  0.5826    0.54081 0.000 0.688 0.052 0.084 0.072 0.104
#> SRR1354117     2  0.5803    0.41726 0.000 0.568 0.288 0.000 0.036 0.108
#> SRR1393596     4  0.7246    0.20941 0.080 0.024 0.008 0.512 0.164 0.212
#> SRR1452164     1  0.3776    0.63114 0.816 0.000 0.060 0.020 0.096 0.008
#> SRR1070503     1  0.6737   -0.00900 0.400 0.004 0.312 0.008 0.260 0.016
#> SRR1499894     3  0.1129    0.74925 0.004 0.008 0.964 0.000 0.012 0.012
#> SRR1082883     5  0.5040    0.57638 0.252 0.020 0.004 0.056 0.664 0.004
#> SRR1468271     1  0.5496    0.52902 0.700 0.000 0.132 0.052 0.088 0.028
#> SRR1332443     1  0.3465    0.60583 0.820 0.000 0.000 0.044 0.120 0.016
#> SRR810295      2  0.3310    0.64316 0.000 0.816 0.148 0.000 0.016 0.020
#> SRR662103      1  0.1972    0.63292 0.916 0.000 0.000 0.004 0.056 0.024
#> SRR1328620     3  0.7666    0.14076 0.048 0.232 0.392 0.000 0.268 0.060
#> SRR1396294     3  0.7709    0.34112 0.124 0.012 0.520 0.140 0.068 0.136
#> SRR1419917     1  0.1972    0.63292 0.916 0.000 0.000 0.004 0.056 0.024
#> SRR662114      3  0.4175    0.71633 0.048 0.028 0.784 0.004 0.132 0.004
#> SRR1489199     3  0.7310   -0.07067 0.336 0.004 0.372 0.040 0.224 0.024
#> SRR813584      3  0.8815   -0.10297 0.020 0.152 0.364 0.212 0.148 0.104
#> SRR1069638     1  0.7073   -0.07599 0.424 0.028 0.160 0.012 0.352 0.024
#> SRR614864      3  0.1995    0.75539 0.036 0.000 0.912 0.000 0.052 0.000
#> SRR1433392     1  0.5903    0.33568 0.592 0.000 0.140 0.012 0.236 0.020
#> SRR1377777     2  0.4356    0.41915 0.000 0.712 0.000 0.024 0.032 0.232
#> SRR2167710     1  0.6436    0.16757 0.492 0.000 0.348 0.016 0.096 0.048
#> SRR1401252     4  0.3574    0.61616 0.056 0.004 0.000 0.836 0.048 0.056
#> SRR1309963     4  0.3017    0.64111 0.132 0.000 0.004 0.840 0.016 0.008
#> SRR1338031     1  0.1536    0.63074 0.940 0.000 0.000 0.004 0.040 0.016
#> SRR1418628     2  0.3688    0.64856 0.000 0.804 0.144 0.012 0.012 0.028
#> SRR1486889     1  0.6315    0.34606 0.576 0.004 0.264 0.052 0.084 0.020
#> SRR1380393     1  0.1893    0.63285 0.928 0.000 0.004 0.036 0.024 0.008
#> SRR1319731     1  0.3355    0.62334 0.840 0.000 0.016 0.036 0.100 0.008
#> SRR1356468     4  0.7200    0.26888 0.200 0.004 0.068 0.536 0.052 0.140
#> SRR1337010     2  0.4295    0.63068 0.000 0.740 0.192 0.000 0.036 0.032
#> SRR1486520     1  0.5041    0.31054 0.580 0.000 0.016 0.028 0.364 0.012
#> SRR1486538     4  0.3089    0.63124 0.080 0.000 0.000 0.856 0.024 0.040
#> SRR1340486     4  0.3061    0.64128 0.128 0.000 0.004 0.840 0.020 0.008
#> SRR1377696     4  0.6155    0.29749 0.000 0.032 0.000 0.540 0.212 0.216
#> SRR1465459     1  0.6687    0.04974 0.428 0.004 0.280 0.008 0.264 0.016
#> SRR1080270     3  0.0909    0.74121 0.000 0.020 0.968 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312501     3  0.4989    0.66443 0.080 0.020 0.732 0.012 0.144 0.012
#> SRR1093148     5  0.6758    0.31743 0.080 0.056 0.320 0.028 0.508 0.008
#> SRR1467080     3  0.0820    0.74153 0.000 0.016 0.972 0.000 0.000 0.012
#> SRR1410866     2  0.6686    0.54934 0.000 0.608 0.104 0.080 0.068 0.140
#> SRR816475      4  0.8350    0.15957 0.012 0.108 0.080 0.408 0.224 0.168
#> SRR1379198     4  0.2473    0.64105 0.136 0.000 0.000 0.856 0.000 0.008
#> SRR613342      3  0.4142    0.72943 0.068 0.036 0.800 0.000 0.084 0.012
#> SRR1452246     2  0.5457    0.44832 0.000 0.676 0.000 0.076 0.116 0.132
#> SRR1338836     2  0.2747    0.63500 0.000 0.860 0.096 0.000 0.000 0.044
#> SRR1369129     4  0.2572    0.64161 0.136 0.000 0.000 0.852 0.000 0.012
#> SRR1396616     3  0.3113    0.73543 0.100 0.000 0.844 0.000 0.048 0.008
#> SRR813824      3  0.1198    0.75245 0.012 0.004 0.960 0.000 0.020 0.004
#> SRR1082376     1  0.6039    0.26169 0.556 0.000 0.088 0.024 0.308 0.024
#> SRR1500891     4  0.3077    0.62633 0.064 0.004 0.000 0.864 0.024 0.044
#> SRR807543      1  0.5935    0.32138 0.588 0.000 0.144 0.012 0.236 0.020
#> SRR1091572     1  0.7263   -0.01886 0.460 0.048 0.096 0.020 0.336 0.040
#> SRR1346689     4  0.4738    0.56470 0.164 0.004 0.012 0.732 0.012 0.076
#> SRR1332424     5  0.5311    0.57286 0.268 0.016 0.000 0.072 0.632 0.012
#> SRR663729      4  0.5839    0.44707 0.064 0.000 0.000 0.616 0.208 0.112
#> SRR1097013     1  0.4050    0.59528 0.804 0.000 0.100 0.016 0.052 0.028
#> SRR613675      5  0.5791    0.58171 0.264 0.024 0.004 0.064 0.616 0.028
#> SRR1485357     4  0.3172    0.63919 0.128 0.000 0.008 0.836 0.020 0.008
#> SRR655816      3  0.2239    0.75292 0.044 0.008 0.916 0.012 0.012 0.008
#> SRR1500113     1  0.5245    0.55481 0.732 0.000 0.072 0.068 0.092 0.036
#> SRR1437622     4  0.7261    0.26454 0.012 0.108 0.012 0.512 0.200 0.156
#> SRR1355172     3  0.6858    0.39351 0.268 0.000 0.532 0.076 0.056 0.068
#> SRR655531      1  0.4783    0.03319 0.500 0.000 0.000 0.028 0.460 0.012
#> SRR1338147     3  0.4193    0.67723 0.104 0.004 0.760 0.000 0.128 0.004
#> SRR1413329     3  0.7319   -0.06735 0.332 0.004 0.372 0.040 0.228 0.024
#> SRR1485931     2  0.5059    0.15280 0.000 0.540 0.000 0.012 0.052 0.396
#> SRR1420873     1  0.3999    0.61099 0.804 0.000 0.032 0.036 0.112 0.016
#> SRR1333308     4  0.6114    0.51233 0.148 0.004 0.000 0.620 0.124 0.104
#> SRR1452033     1  0.6327    0.30882 0.548 0.000 0.296 0.036 0.088 0.032
#> SRR1467316     2  0.4350    0.35682 0.000 0.676 0.000 0.008 0.036 0.280
#> SRR809018      3  0.0767    0.74107 0.000 0.012 0.976 0.000 0.004 0.008
#> SRR1375351     2  0.3318    0.64265 0.000 0.820 0.140 0.000 0.020 0.020
#> SRR663440      3  0.5812    0.40334 0.216 0.004 0.564 0.000 0.208 0.008
#> SRR1471755     2  0.5817    0.53524 0.000 0.688 0.048 0.084 0.076 0.104
#> SRR808019      3  0.6876    0.42515 0.240 0.000 0.544 0.076 0.096 0.044
#> SRR1479133     3  0.2138    0.75332 0.052 0.004 0.908 0.000 0.036 0.000
#> SRR615069      3  0.7294    0.21079 0.056 0.080 0.472 0.020 0.324 0.048
#> SRR1456185     2  0.8488    0.21707 0.124 0.468 0.148 0.056 0.084 0.120
#> SRR1350069     3  0.7709    0.34112 0.124 0.012 0.520 0.140 0.068 0.136
#> SRR816316      1  0.4628    0.52730 0.732 0.000 0.064 0.012 0.176 0.016
#> SRR664795      3  0.6829    0.40096 0.268 0.000 0.532 0.072 0.084 0.044
#> SRR1490721     4  0.6210    0.31415 0.008 0.036 0.000 0.528 0.308 0.120
#> SRR810643      1  0.3335    0.62387 0.844 0.000 0.016 0.032 0.096 0.012
#> SRR1430333     5  0.7462    0.45462 0.180 0.048 0.256 0.028 0.468 0.020
#> SRR1085285     3  0.2074    0.75332 0.048 0.004 0.912 0.000 0.036 0.000
#> SRR1099072     3  0.3113    0.73543 0.100 0.000 0.844 0.000 0.048 0.008
#> SRR1317985     1  0.1628    0.63591 0.940 0.000 0.008 0.004 0.036 0.012
#> SRR1487340     1  0.2728    0.63147 0.864 0.000 0.000 0.032 0.100 0.004
#> SRR1420276     3  0.2103    0.71725 0.000 0.056 0.912 0.000 0.012 0.020
#> SRR1351347     3  0.4574    0.70111 0.060 0.032 0.760 0.004 0.136 0.008
#> SRR1405525     1  0.4046    0.53768 0.748 0.000 0.000 0.036 0.200 0.016
#> SRR1370329     1  0.1464    0.63386 0.944 0.000 0.000 0.016 0.036 0.004
#> SRR1465001     1  0.3355    0.62334 0.840 0.000 0.016 0.036 0.100 0.008
#> SRR1476525     2  0.3824    0.64473 0.000 0.812 0.104 0.016 0.012 0.056
#> SRR819610      2  0.8535    0.21174 0.124 0.464 0.148 0.060 0.084 0.120
#> SRR2157314     1  0.3394    0.62651 0.840 0.000 0.020 0.028 0.100 0.012
#> SRR1409465     2  0.2747    0.63500 0.000 0.860 0.096 0.000 0.000 0.044
#> SRR809987      4  0.5396    0.35694 0.268 0.000 0.000 0.600 0.012 0.120
#> SRR613639      3  0.3607    0.72641 0.100 0.000 0.816 0.004 0.072 0.008
#> SRR1402285     4  0.2757    0.64067 0.136 0.000 0.004 0.848 0.008 0.004
#> SRR1077038     1  0.5416    0.42834 0.652 0.000 0.088 0.012 0.224 0.024
#> SRR1405660     3  0.1053    0.75436 0.020 0.004 0.964 0.000 0.012 0.000
#> SRR1095455     3  0.8109   -0.09332 0.100 0.228 0.328 0.000 0.288 0.056
#> SRR1394734     2  0.7663    0.25123 0.000 0.456 0.032 0.176 0.176 0.160
#> SRR1317771     1  0.5955    0.39792 0.620 0.004 0.236 0.032 0.084 0.024
#> SRR1365894     4  0.7970   -0.20526 0.072 0.060 0.012 0.416 0.164 0.276
#> SRR1073581     3  0.6892    0.27316 0.324 0.000 0.484 0.064 0.088 0.040
#> SRR659804      1  0.3394    0.62651 0.840 0.000 0.020 0.028 0.100 0.012
#> SRR1345914     2  0.4661    0.63434 0.000 0.752 0.128 0.024 0.016 0.080
#> SRR1432186     2  0.5538    0.59478 0.000 0.712 0.088 0.084 0.048 0.068
#> SRR1473529     4  0.6112    0.30814 0.000 0.032 0.000 0.548 0.204 0.216
#> SRR660764      3  0.6731    0.37460 0.016 0.220 0.536 0.000 0.164 0.064
#> SRR820448      1  0.4691    0.51710 0.724 0.000 0.064 0.012 0.184 0.016
#> SRR1328845     3  0.7709    0.34112 0.124 0.012 0.520 0.140 0.068 0.136
#> SRR1336415     4  0.2716    0.64291 0.132 0.000 0.004 0.852 0.008 0.004
#> SRR1379065     4  0.3077    0.62633 0.064 0.004 0.000 0.864 0.024 0.044
#> SRR1459190     1  0.5812   -0.01668 0.452 0.000 0.440 0.012 0.080 0.016
#> SRR1346773     1  0.3641    0.62045 0.828 0.000 0.024 0.032 0.100 0.016
#> SRR1499521     3  0.6932    0.41312 0.244 0.000 0.536 0.076 0.100 0.044
#> SRR1440898     2  0.3393    0.63249 0.000 0.844 0.084 0.016 0.012 0.044
#> SRR1347459     3  0.3010    0.75157 0.032 0.020 0.868 0.000 0.072 0.008
#> SRR1081209     2  0.3404    0.53048 0.000 0.812 0.016 0.004 0.016 0.152
#> SRR1400202     1  0.1418    0.63449 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032 0.000
#> SRR1333395     6  0.7640    0.64436 0.228 0.092 0.000 0.128 0.076 0.476
#> SRR1309248     4  0.8050   -0.25865 0.060 0.064 0.012 0.388 0.200 0.276
#> SRR809161      3  0.2806    0.74842 0.060 0.000 0.872 0.000 0.056 0.012
#> SRR1316320     5  0.7772   -0.00930 0.160 0.028 0.000 0.260 0.404 0.148
#> SRR1432629     2  0.6972    0.26516 0.000 0.492 0.000 0.152 0.188 0.168
#> SRR1498931     1  0.1426    0.63507 0.948 0.000 0.000 0.016 0.028 0.008
#> SRR1416578     4  0.5310    0.44174 0.208 0.000 0.000 0.644 0.020 0.128
#> SRR1405547     3  0.0881    0.74049 0.000 0.012 0.972 0.000 0.008 0.008
#> SRR1470534     4  0.2572    0.64161 0.136 0.000 0.000 0.852 0.000 0.012
#> SRR1380764     1  0.3994    0.61224 0.808 0.000 0.036 0.032 0.104 0.020
#> SRR1309160     3  0.1565    0.75325 0.028 0.004 0.940 0.000 0.028 0.000
#> SRR663489      3  0.0881    0.74049 0.000 0.012 0.972 0.000 0.008 0.008
#> SRR1500450     1  0.6507    0.40491 0.620 0.000 0.120 0.080 0.048 0.132
#> SRR1078489     5  0.8120    0.44363 0.224 0.072 0.224 0.032 0.412 0.036
#> SRR1332648     4  0.2462    0.64271 0.132 0.000 0.000 0.860 0.004 0.004
#> SRR660614      2  0.6680    0.25719 0.004 0.432 0.376 0.000 0.096 0.092
#> SRR1470420     2  0.4371    0.60348 0.000 0.708 0.236 0.000 0.020 0.036
#> SRR1475566     1  0.1418    0.63449 0.944 0.000 0.000 0.024 0.032 0.000
#> SRR1477949     1  0.3327    0.61328 0.832 0.000 0.000 0.036 0.112 0.020
#> SRR1481419     2  0.5029    0.62001 0.000 0.748 0.096 0.056 0.040 0.060
#> SRR1464766     1  0.4145    0.58044 0.756 0.000 0.008 0.020 0.188 0.028
#> SRR615946      3  0.2527    0.75465 0.056 0.008 0.892 0.000 0.040 0.004
#> SRR1446481     2  0.5331    0.62267 0.000 0.688 0.184 0.044 0.016 0.068
#> SRR1467656     2  0.3486    0.64456 0.000 0.812 0.128 0.000 0.008 0.052
#> SRR1402962     5  0.5699    0.45930 0.328 0.012 0.056 0.036 0.568 0.000
#> SRR660224      2  0.3564    0.61336 0.000 0.824 0.076 0.004 0.012 0.084
#> SRR665586      1  0.2444    0.62766 0.892 0.000 0.000 0.012 0.068 0.028
#> SRR1347166     5  0.6008    0.54876 0.312 0.024 0.036 0.048 0.572 0.008
#> SRR1485722     5  0.6187    0.53962 0.224 0.016 0.116 0.040 0.600 0.004
#> SRR1415316     1  0.2747    0.61648 0.868 0.000 0.000 0.016 0.096 0.020
#> SRR613390      1  0.4830    0.42160 0.656 0.000 0.012 0.020 0.284 0.028
#> SRR661108      3  0.0653    0.74794 0.000 0.004 0.980 0.000 0.012 0.004
#> SRR2170173     1  0.6734    0.14495 0.476 0.008 0.348 0.016 0.104 0.048
#> SRR817329      1  0.3906    0.61670 0.820 0.000 0.064 0.020 0.068 0.028
#> SRR1401990     4  0.8152    0.01817 0.156 0.008 0.224 0.420 0.056 0.136
#> SRR1467745     4  0.8369    0.15361 0.012 0.108 0.080 0.404 0.224 0.172
#> SRR1471795     2  0.6664    0.41797 0.000 0.592 0.028 0.128 0.112 0.140
#> SRR1415637     2  0.2362    0.56125 0.000 0.892 0.012 0.000 0.016 0.080
#> SRR813137      1  0.2945    0.63286 0.872 0.000 0.032 0.004 0.064 0.028
#> SRR1314873     1  0.2699    0.62374 0.880 0.000 0.000 0.020 0.068 0.032
#> SRR1401211     1  0.6831    0.36838 0.576 0.000 0.196 0.076 0.068 0.084
#> SRR1419692     4  0.2976    0.64200 0.128 0.000 0.004 0.844 0.016 0.008
#> SRR818797      3  0.4983    0.59837 0.160 0.004 0.684 0.000 0.144 0.008
#> SRR2164608     3  0.4165    0.71744 0.092 0.004 0.792 0.012 0.088 0.012
#> SRR1455586     3  0.4600    0.45537 0.000 0.240 0.692 0.000 0.024 0.044
#> SRR819459      3  0.1262    0.74130 0.000 0.020 0.956 0.000 0.008 0.016
#> SRR1488939     2  0.4350    0.35682 0.000 0.676 0.000 0.008 0.036 0.280
#> SRR1433232     2  0.4509    0.49320 0.000 0.756 0.000 0.060 0.060 0.124
#> SRR1385501     1  0.5519    0.39473 0.632 0.000 0.076 0.016 0.252 0.024
#> SRR1361652     5  0.7159    0.38354 0.232 0.076 0.012 0.012 0.504 0.164
#> SRR1437119     1  0.1313    0.63438 0.952 0.000 0.000 0.016 0.028 0.004
#> SRR1478547     3  0.0767    0.74107 0.000 0.012 0.976 0.000 0.004 0.008
#> SRR1430910     5  0.7874    0.40829 0.176 0.056 0.288 0.032 0.416 0.032
#> SRR1310584     1  0.3067    0.62521 0.840 0.000 0.004 0.028 0.124 0.004
#> SRR1500216     1  0.6973   -0.04560 0.472 0.000 0.004 0.100 0.268 0.156
#> SRR1486762     3  0.4063    0.69884 0.148 0.000 0.776 0.000 0.040 0.036
#> SRR1480854     4  0.5126    0.45644 0.004 0.012 0.000 0.668 0.196 0.120
#> SRR1489394     4  0.2504    0.64122 0.136 0.000 0.000 0.856 0.004 0.004
#> SRR1418085     4  0.2462    0.64271 0.132 0.000 0.000 0.860 0.004 0.004
#> SRR1340221     4  0.3554    0.63629 0.112 0.000 0.000 0.820 0.028 0.040
#> SRR1473058     4  0.8350    0.15957 0.012 0.108 0.080 0.408 0.224 0.168
#> SRR1405165     3  0.3781    0.72559 0.040 0.020 0.828 0.004 0.088 0.020
#> SRR1433004     1  0.4668    0.42138 0.656 0.000 0.004 0.020 0.292 0.028
#> SRR1471477     1  0.6974    0.32072 0.540 0.000 0.240 0.080 0.068 0.072
#> SRR1098567     2  0.5149    0.57300 0.000 0.644 0.272 0.020 0.012 0.052
#> SRR1098712     3  0.7709    0.34112 0.124 0.012 0.520 0.140 0.068 0.136
#> SRR1455038     1  0.4621    0.35411 0.640 0.000 0.000 0.024 0.312 0.024
#> SRR1375248     3  0.4570    0.44456 0.000 0.248 0.688 0.000 0.020 0.044
#> SRR1403005     3  0.2879    0.74333 0.072 0.000 0.864 0.000 0.056 0.008
#> SRR1348378     2  0.8384    0.23700 0.004 0.400 0.116 0.216 0.116 0.148
#> SRR1413541     1  0.2647    0.62114 0.876 0.000 0.000 0.016 0.088 0.020
#> SRR1392943     4  0.6182    0.43919 0.056 0.008 0.004 0.604 0.208 0.120
#> SRR1475192     3  0.1180    0.74446 0.000 0.016 0.960 0.000 0.012 0.012
#> SRR1432085     2  0.5611    0.28877 0.000 0.464 0.452 0.016 0.020 0.048
#> SRR1452468     5  0.7973    0.47419 0.192 0.052 0.196 0.048 0.468 0.044
#> SRR1347060     3  0.1015    0.74786 0.004 0.012 0.968 0.000 0.004 0.012
#> SRR1414139     3  0.5566    0.05602 0.000 0.360 0.552 0.016 0.024 0.048
#> SRR1447962     2  0.4729    0.55574 0.000 0.644 0.296 0.000 0.016 0.044
#> SRR1444324     2  0.5666    0.29793 0.000 0.472 0.428 0.000 0.040 0.060
#> SRR1415004     1  0.1780    0.63092 0.932 0.000 0.004 0.036 0.024 0.004
#> SRR1413436     1  0.6326    0.35977 0.584 0.004 0.248 0.052 0.092 0.020
#> SRR1311266     1  0.7696   -0.10035 0.340 0.016 0.272 0.036 0.304 0.032
#> SRR1343302     4  0.3061    0.64128 0.128 0.000 0.004 0.840 0.020 0.008
#> SRR1373746     1  0.2288    0.63172 0.896 0.000 0.000 0.028 0.072 0.004
#> SRR1429678     1  0.3024    0.62888 0.844 0.000 0.000 0.032 0.116 0.008
#> SRR1469413     2  0.5347    0.53562 0.000 0.604 0.312 0.020 0.016 0.048
#> SRR1405331     1  0.5923    0.32611 0.588 0.000 0.140 0.012 0.240 0.020
#> SRR1345609     1  0.2736    0.61905 0.876 0.000 0.000 0.020 0.076 0.028
#> SRR1380208     5  0.7965   -0.15811 0.032 0.104 0.016 0.304 0.392 0.152
#> SRR1322840     4  0.3142    0.62654 0.064 0.004 0.000 0.860 0.024 0.048
#> SRR1399797     3  0.3552    0.74220 0.036 0.028 0.832 0.000 0.096 0.008
#> SRR1416654     3  0.1720    0.75654 0.032 0.000 0.928 0.000 0.040 0.000
#> SRR1315081     3  0.1332    0.73441 0.000 0.028 0.952 0.000 0.008 0.012
#> SRR1369196     3  0.1401    0.73530 0.000 0.028 0.948 0.000 0.004 0.020
#> SRR1400847     1  0.4145    0.58044 0.756 0.000 0.008 0.020 0.188 0.028
#> SRR1365291     3  0.6276    0.29527 0.232 0.012 0.524 0.004 0.220 0.008
#> SRR1367920     4  0.5126    0.45644 0.004 0.012 0.000 0.668 0.196 0.120
#> SRR1366648     3  0.0881    0.74049 0.000 0.012 0.972 0.000 0.008 0.008
#> SRR1441679     2  0.3355    0.64320 0.000 0.816 0.132 0.000 0.004 0.048
#> SRR1082173     3  0.4165    0.71744 0.092 0.004 0.792 0.012 0.088 0.012
#> SRR1363968     1  0.6474    0.40297 0.604 0.000 0.200 0.072 0.068 0.056
#> SRR814387      1  0.3355    0.62334 0.840 0.000 0.016 0.036 0.100 0.008
#> SRR657599      3  0.6869    0.42166 0.240 0.000 0.544 0.072 0.100 0.044
#> SRR1386689     4  0.3061    0.64128 0.128 0.000 0.004 0.840 0.020 0.008
#> SRR1395575     3  0.2058    0.75379 0.056 0.000 0.908 0.000 0.036 0.000
#> SRR1453811     3  0.4361    0.66723 0.132 0.004 0.744 0.000 0.116 0.004
#> SRR1441159     1  0.4489    0.43638 0.680 0.000 0.000 0.044 0.264 0.012
#> SRR1403154     4  0.3061    0.64128 0.128 0.000 0.004 0.840 0.020 0.008
#> SRR1468722     3  0.0653    0.74553 0.004 0.012 0.980 0.000 0.004 0.000
#> SRR1310275     3  0.6328    0.27032 0.244 0.012 0.512 0.004 0.220 0.008

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.438           0.727       0.832         0.4904 0.500   0.500
#> 3 3 0.606           0.700       0.837         0.3157 0.693   0.461
#> 4 4 0.984           0.935       0.959         0.1334 0.898   0.710
#> 5 5 0.834           0.833       0.897         0.0780 0.914   0.693
#> 6 6 0.769           0.680       0.826         0.0409 0.992   0.960

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.8608    0.34166 0.716 0.284
#> SRR1331708     1  0.1843    0.81000 0.972 0.028
#> SRR1464258     1  0.2948    0.77382 0.948 0.052
#> SRR1454201     1  0.4022    0.74354 0.920 0.080
#> SRR661589      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1456229     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1488960     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1094457     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1095575     2  0.9963    0.53770 0.464 0.536
#> SRR1315931     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1430066     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1431037     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1395554     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR818002      2  0.4562    0.64023 0.096 0.904
#> SRR1344143     2  0.9608   -0.01652 0.384 0.616
#> SRR1486845     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1362866     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.4690    0.63591 0.100 0.900
#> SRR1416248     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1311018     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1375699     1  0.9993    0.40537 0.516 0.484
#> SRR1429846     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR613550      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1348402     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1324025     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1318879     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR820755      1  0.9635   -0.05087 0.612 0.388
#> SRR1485830     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR599313      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1415398     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1326205     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1421327     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1083311     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1499303     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1079522     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1452935     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1379495     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR661361      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR615778      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.9522    0.02857 0.372 0.628
#> SRR1433555     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1308650     2  0.4690    0.75412 0.100 0.900
#> SRR1388354     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1413602     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1479955     2  0.5629    0.59679 0.132 0.868
#> SRR809853      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR661313      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1499935     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1447303     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1429408     2  0.9491   -0.01074 0.368 0.632
#> SRR1433950     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.8555    0.35353 0.720 0.280
#> SRR1435229     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1400974     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1399971     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR613927      2  0.8763    0.79484 0.296 0.704
#> SRR1457854     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0376    0.81636 0.996 0.004
#> SRR813776      1  0.9732   -0.11785 0.596 0.404
#> SRR808196      1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1101085     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR614395      1  0.4562    0.72370 0.904 0.096
#> SRR1478251     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1370551     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR665310      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1420109     2  0.8713    0.79920 0.292 0.708
#> SRR1330920     1  0.0672    0.81355 0.992 0.008
#> SRR1419539     2  0.6531    0.77271 0.168 0.832
#> SRR1359447     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1347259     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR613915      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1384395     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR821715      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1478228     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.5519    0.67852 0.872 0.128
#> SRR1341480     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1341344     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1326270     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1498838     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1416313     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR808566      2  0.9909   -0.23745 0.444 0.556
#> SRR1430270     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1367825     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR613533      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR661267      1  0.9580   -0.01584 0.620 0.380
#> SRR810665      2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.8763    0.30488 0.704 0.296
#> SRR1420067     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR812536      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1370850     2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1486195     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1407671     1  0.9044    0.66913 0.680 0.320
#> SRR1446375     2  0.9933    0.56082 0.452 0.548
#> SRR1465230     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR614119      1  0.4690    0.71830 0.900 0.100
#> SRR1356101     2  0.0376    0.72160 0.004 0.996
#> SRR1404209     1  0.1843    0.79680 0.972 0.028
#> SRR1392676     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.1414    0.80370 0.980 0.020
#> SRR660510      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1445655     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR658953      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1485312     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1317631     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1488610     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1330588     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1316367     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR818263      1  0.3879    0.74808 0.924 0.076
#> SRR1404909     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR663076      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1442422     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1465893     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.3584    0.75703 0.932 0.068
#> SRR1407112     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1332969     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1353199     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1378885     2  0.9833    0.60965 0.424 0.576
#> SRR665357      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR662186      2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1501020     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1347819     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1480813     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1472576     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1431781     1  0.8909    0.68265 0.692 0.308
#> SRR1452270     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1500472     2  0.9661    0.67209 0.392 0.608
#> SRR1417632     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1350153     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1458113     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1326579     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.9580   -0.00132 0.380 0.620
#> SRR1096712     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1090407     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1083752     2  0.4562    0.64023 0.096 0.904
#> SRR1377599     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1488449     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1318354     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1359062     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1398924     1  0.9170    0.10043 0.668 0.332
#> SRR663783      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1319204     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1369070     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR615659      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.6343    0.77061 0.160 0.840
#> SRR1498595     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1377423     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1312310     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0376    0.81636 0.996 0.004
#> SRR1338426     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1353309     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR658941      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1101643     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.4562    0.72351 0.904 0.096
#> SRR1368874     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1363858     1  0.3114    0.79876 0.944 0.056
#> SRR819820      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1337342     1  0.1414    0.80375 0.980 0.020
#> SRR655206      2  0.3879    0.74707 0.076 0.924
#> SRR1387013     2  0.4562    0.64023 0.096 0.904
#> SRR1317410     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1381288     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1415379     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1099622     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR663197      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1394836     2  0.1843    0.73073 0.028 0.972
#> SRR661699      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR813680      1  0.8763    0.30500 0.704 0.296
#> SRR1410678     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1499174     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.5294    0.61357 0.120 0.880
#> SRR1433410     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR661167      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1432518     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR660462      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1374608     1  0.9881    0.52485 0.564 0.436
#> SRR657949      2  0.9866    0.59362 0.432 0.568
#> SRR1308882     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR655768      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1444138     1  0.4431    0.72969 0.908 0.092
#> SRR1417342     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1091380     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1099096     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1467102     2  0.5629    0.76306 0.132 0.868
#> SRR1485416     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR818821      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR809963      1  0.4562    0.72370 0.904 0.096
#> SRR1072247     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1445259     2  0.9358    0.73087 0.352 0.648
#> SRR1408393     1  0.8144    0.42978 0.748 0.252
#> SRR1361522     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.4690    0.63591 0.100 0.900
#> SRR1310542     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1333485     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1406437     2  0.3733    0.74579 0.072 0.928
#> SRR1354931     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1391856     2  0.3733    0.74579 0.072 0.928
#> SRR1446738     2  0.0376    0.71796 0.004 0.996
#> SRR1309032     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1432611     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR613150      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1375329     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1387921     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.9661    0.69192 0.392 0.608
#> SRR1444203     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR816177      2  0.3879    0.66072 0.076 0.924
#> SRR658754      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1429603     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1397366     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1446028     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1337606     1  0.1843    0.81000 0.972 0.028
#> SRR659109      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1337192     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1385389     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1075971     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0672    0.81317 0.992 0.008
#> SRR1430549     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR661481      2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1354117     2  0.0376    0.72160 0.004 0.996
#> SRR1393596     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1452164     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1070503     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1499894     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1082883     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.3879    0.74828 0.924 0.076
#> SRR1332443     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1396294     2  0.9732   -0.05933 0.404 0.596
#> SRR1419917     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR662114      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1489199     1  0.6712    0.59715 0.824 0.176
#> SRR813584      2  0.1414    0.70817 0.020 0.980
#> SRR1069638     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR614864      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1433392     1  0.4815    0.71314 0.896 0.104
#> SRR1377777     2  0.5408    0.60719 0.124 0.876
#> SRR2167710     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1401252     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1309963     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1338031     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.4815    0.71314 0.896 0.104
#> SRR1380393     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1337010     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1340486     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1377696     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1465459     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1080270     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1312501     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1093148     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1467080     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1410866     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR816475      2  0.9286    0.07139 0.344 0.656
#> SRR1379198     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR613342      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1452246     2  0.4690    0.63591 0.100 0.900
#> SRR1338836     2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1369129     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1396616     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR813824      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1082376     1  0.3879    0.74808 0.924 0.076
#> SRR1500891     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR807543      2  0.9922    0.56022 0.448 0.552
#> SRR1091572     1  0.3584    0.75699 0.932 0.068
#> SRR1346689     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1332424     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR663729      1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1097013     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1485357     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR655816      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1500113     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.5178    0.61721 0.116 0.884
#> SRR1355172     1  0.8713    0.31745 0.708 0.292
#> SRR655531      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1338147     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1413329     1  0.9996   -0.40613 0.512 0.488
#> SRR1485931     2  0.4815    0.63156 0.104 0.896
#> SRR1420873     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1452033     1  0.2043    0.79320 0.968 0.032
#> SRR1467316     2  0.6148    0.56837 0.152 0.848
#> SRR809018      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1375351     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR663440      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1471755     2  0.3431    0.67188 0.064 0.936
#> SRR808019      1  0.8499    0.36516 0.724 0.276
#> SRR1479133     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR615069      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1456185     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1350069     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR816316      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.7453    0.52458 0.788 0.212
#> SRR1490721     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR810643      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1430333     2  0.9850    0.60161 0.428 0.572
#> SRR1085285     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1099072     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1317985     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1351347     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1405525     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR819610      2  0.7299    0.48213 0.204 0.796
#> SRR2157314     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.6801    0.74350 0.820 0.180
#> SRR613639      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1402285     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1077038     1  0.3879    0.74808 0.924 0.076
#> SRR1405660     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1095455     1  0.9993   -0.42631 0.516 0.484
#> SRR1394734     2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1317771     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1365894     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1073581     1  0.5059    0.70202 0.888 0.112
#> SRR659804      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1432186     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1473529     2  0.9580   -0.00132 0.380 0.620
#> SRR660764      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR820448      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.7602    0.72582 0.780 0.220
#> SRR1336415     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1379065     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1459190     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1346773     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.4562    0.72351 0.904 0.096
#> SRR1440898     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1347459     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1081209     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1400202     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1309248     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR809161      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1316320     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1432629     2  0.4431    0.64443 0.092 0.908
#> SRR1498931     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1405547     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1470534     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1380764     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1309160     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR663489      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1500450     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1078489     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1332648     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR660614      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1470420     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1464766     1  0.2236    0.78952 0.964 0.036
#> SRR615946      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1446481     2  0.0672    0.71607 0.008 0.992
#> SRR1467656     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.1184    0.80693 0.984 0.016
#> SRR660224      2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.8443    0.37654 0.728 0.272
#> SRR1415316     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR661108      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR2170173     2  0.9608    0.68863 0.384 0.616
#> SRR817329      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1467745     2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1471795     2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1415637     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.3879    0.74808 0.924 0.076
#> SRR1314873     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0376    0.81636 0.996 0.004
#> SRR1419692     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR818797      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR2164608     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1455586     2  0.3274    0.74181 0.060 0.940
#> SRR819459      2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1488939     2  0.7674    0.44103 0.224 0.776
#> SRR1433232     2  0.4562    0.64023 0.096 0.904
#> SRR1385501     1  0.4161    0.73956 0.916 0.084
#> SRR1361652     1  0.1184    0.80732 0.984 0.016
#> SRR1437119     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1430910     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1310584     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1480854     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1489394     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1418085     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1340221     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1473058     2  0.0938    0.71369 0.012 0.988
#> SRR1405165     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1433004     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.4562    0.72351 0.904 0.096
#> SRR1098567     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1098712     2  0.9491   -0.02968 0.368 0.632
#> SRR1455038     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.4022    0.74830 0.080 0.920
#> SRR1403005     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1348378     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1475192     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1432085     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0376    0.81655 0.996 0.004
#> SRR1347060     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1414139     2  0.4298    0.75072 0.088 0.912
#> SRR1447962     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0376    0.72160 0.004 0.996
#> SRR1415004     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1373746     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1405331     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1345609     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1322840     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1399797     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1416654     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1315081     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1369196     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1400847     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1365291     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1367920     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1366648     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1441679     2  0.0000    0.71972 0.000 1.000
#> SRR1082173     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1363968     1  0.0672    0.81317 0.992 0.008
#> SRR814387      1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.8386    0.38769 0.732 0.268
#> SRR1386689     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1395575     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1453811     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1441159     1  0.0000    0.81934 1.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.8661    0.69847 0.712 0.288
#> SRR1468722     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712
#> SRR1310275     2  0.8661    0.80291 0.288 0.712

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     3  0.6111     0.3856 0.396 0.000 0.604
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.3038     0.8015 0.896 0.000 0.104
#> SRR1454201     1  0.5621     0.4937 0.692 0.000 0.308
#> SRR661589      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.5678     0.6127 0.316 0.684 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.6309    -0.2862 0.500 0.500 0.000
#> SRR1094457     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1095575     1  0.5835     0.4262 0.660 0.000 0.340
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1431037     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1395554     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR818002      2  0.1964     0.6458 0.000 0.944 0.056
#> SRR1344143     2  0.3686     0.6120 0.000 0.860 0.140
#> SRR1486845     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.6192     0.2832 0.000 0.580 0.420
#> SRR1456138     2  0.4555     0.5805 0.000 0.800 0.200
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.5098     0.6439 0.248 0.752 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR1429846     3  0.5098     0.6719 0.248 0.000 0.752
#> SRR613550      3  0.3412     0.8138 0.124 0.000 0.876
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1318879     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR820755      3  0.6215     0.2966 0.428 0.000 0.572
#> SRR1485830     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR599313      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1326205     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1421327     2  0.5431     0.6297 0.284 0.716 0.000
#> SRR1083311     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1499303     2  0.4346     0.6590 0.184 0.816 0.000
#> SRR1079522     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452935     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     3  0.5968     0.3350 0.000 0.364 0.636
#> SRR661361      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR615778      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.1163     0.6503 0.000 0.972 0.028
#> SRR1433555     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1308650     3  0.5591     0.4470 0.000 0.304 0.696
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1413602     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1479955     2  0.4750     0.5700 0.000 0.784 0.216
#> SRR809853      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1499935     2  0.5098     0.6439 0.248 0.752 0.000
#> SRR1447303     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1429408     2  0.4636     0.6720 0.104 0.852 0.044
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     3  0.6008     0.3173 0.000 0.372 0.628
#> SRR1409854     1  0.6309    -0.0543 0.504 0.000 0.496
#> SRR1435229     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1400974     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.6062     0.4116 0.384 0.000 0.616
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR813776      3  0.6192     0.3193 0.420 0.000 0.580
#> SRR808196      2  0.6192     0.4727 0.420 0.580 0.000
#> SRR1101085     2  0.5621     0.6175 0.308 0.692 0.000
#> SRR614395      1  0.5254     0.5807 0.736 0.000 0.264
#> SRR1478251     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1370551     2  0.6280     0.1819 0.000 0.540 0.460
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1420109     3  0.5397     0.6296 0.280 0.000 0.720
#> SRR1330920     1  0.1529     0.8681 0.960 0.000 0.040
#> SRR1419539     3  0.1529     0.8561 0.040 0.000 0.960
#> SRR1359447     3  0.4526     0.7703 0.040 0.104 0.856
#> SRR1347259     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR613915      3  0.5178     0.6599 0.256 0.000 0.744
#> SRR1384395     3  0.1529     0.8561 0.040 0.000 0.960
#> SRR821715      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.6168     0.2454 0.588 0.000 0.412
#> SRR1341480     2  0.5098     0.6439 0.248 0.752 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.5178     0.6599 0.256 0.000 0.744
#> SRR1498838     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1416313     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR808566      2  0.3846     0.6709 0.108 0.876 0.016
#> SRR1430270     2  0.6215     0.4559 0.428 0.572 0.000
#> SRR1367825     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR613533      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR661267      3  0.5810     0.5173 0.336 0.000 0.664
#> SRR810665      2  0.6192     0.2832 0.000 0.580 0.420
#> SRR1407250     1  0.6215     0.1911 0.572 0.000 0.428
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1370850     2  0.4750     0.5700 0.000 0.784 0.216
#> SRR1486195     3  0.5968     0.3350 0.000 0.364 0.636
#> SRR1407671     2  0.2066     0.6446 0.000 0.940 0.060
#> SRR1446375     1  0.5835     0.4262 0.660 0.000 0.340
#> SRR1465230     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR614119      1  0.5760     0.4544 0.672 0.000 0.328
#> SRR1356101     3  0.5650     0.4331 0.000 0.312 0.688
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.5926     0.4040 0.000 0.644 0.356
#> SRR665538      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1445655     2  0.5098     0.6439 0.248 0.752 0.000
#> SRR658953      1  0.1163     0.8800 0.972 0.000 0.028
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.5591     0.4816 0.000 0.696 0.304
#> SRR1485312     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1317631     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.5706     0.6100 0.320 0.680 0.000
#> SRR818263      1  0.4178     0.7282 0.828 0.000 0.172
#> SRR1404909     2  0.3551     0.6672 0.132 0.868 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.5327     0.5197 0.000 0.728 0.272
#> SRR1442422     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.5706     0.4693 0.680 0.000 0.320
#> SRR1407112     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1332969     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1353199     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1378885     3  0.5397     0.6210 0.280 0.000 0.720
#> SRR665357      3  0.1529     0.8561 0.040 0.000 0.960
#> SRR662186      2  0.6180     0.2917 0.000 0.584 0.416
#> SRR1501020     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1347819     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1480813     2  0.5678     0.4659 0.000 0.684 0.316
#> SRR1472576     2  0.0000     0.6535 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     2  0.4887     0.6492 0.228 0.772 0.000
#> SRR1452270     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1500472     1  0.6154     0.2641 0.592 0.000 0.408
#> SRR1417632     2  0.5529     0.6239 0.296 0.704 0.000
#> SRR1350153     2  0.6192     0.2832 0.000 0.580 0.420
#> SRR1458113     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.4654     0.5745 0.000 0.792 0.208
#> SRR1096712     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1090407     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1083752     2  0.1163     0.6503 0.000 0.972 0.028
#> SRR1377599     2  0.5098     0.6439 0.248 0.752 0.000
#> SRR1488449     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1318354     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1359062     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1398924     1  0.5940     0.6011 0.760 0.204 0.036
#> SRR663783      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1319204     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1369070     2  0.5431     0.5064 0.000 0.716 0.284
#> SRR615659      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.6244     0.2355 0.000 0.560 0.440
#> SRR1316982     3  0.2261     0.7589 0.000 0.068 0.932
#> SRR1498595     2  0.0000     0.6535 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1312310     2  0.6280     0.1819 0.000 0.540 0.460
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1353309     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR658941      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.1411     0.8720 0.964 0.000 0.036
#> SRR1368874     3  0.6008     0.3173 0.000 0.372 0.628
#> SRR1324085     2  0.5098     0.6439 0.248 0.752 0.000
#> SRR1363858     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR819820      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.1163     0.8444 0.028 0.000 0.972
#> SRR1387013     2  0.1964     0.6458 0.000 0.944 0.056
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     3  0.5810     0.3895 0.000 0.336 0.664
#> SRR1343741     2  0.5363     0.5155 0.000 0.724 0.276
#> SRR1381288     2  0.5706     0.4604 0.000 0.680 0.320
#> SRR1415379     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1099622     2  0.6280     0.1819 0.000 0.540 0.460
#> SRR663197      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1394836     3  0.0000     0.8148 0.000 0.000 1.000
#> SRR661699      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR813680      3  0.6180     0.3301 0.416 0.000 0.584
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.5882     0.5880 0.348 0.652 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.6192     0.2832 0.000 0.580 0.420
#> SRR1382851     2  0.1860     0.6466 0.000 0.948 0.052
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1432518     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR660462      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1374608     2  0.9138     0.3990 0.376 0.476 0.148
#> SRR657949      3  0.6274     0.2138 0.456 0.000 0.544
#> SRR1308882     2  0.5810     0.5984 0.336 0.664 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.5497     0.6259 0.292 0.708 0.000
#> SRR1444138     1  0.5810     0.4340 0.664 0.000 0.336
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.5760     0.6044 0.328 0.672 0.000
#> SRR1091380     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.5560     0.3756 0.700 0.300 0.000
#> SRR1467102     3  0.0000     0.8148 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485416     2  0.5621     0.6175 0.308 0.692 0.000
#> SRR818821      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR809963      1  0.5254     0.5807 0.736 0.000 0.264
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.5810     0.5984 0.336 0.664 0.000
#> SRR1445259     1  0.5968     0.3660 0.636 0.000 0.364
#> SRR1408393     1  0.6307    -0.0239 0.512 0.000 0.488
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR1310542     3  0.1529     0.8561 0.040 0.000 0.960
#> SRR1333485     2  0.5706     0.6100 0.320 0.680 0.000
#> SRR1406437     3  0.2486     0.8576 0.060 0.008 0.932
#> SRR1354931     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1391856     3  0.5810     0.3895 0.000 0.336 0.664
#> SRR1446738     2  0.5291     0.5238 0.000 0.732 0.268
#> SRR1309032     3  0.6111     0.2592 0.000 0.396 0.604
#> SRR1388145     2  0.5948     0.3973 0.000 0.640 0.360
#> SRR1432611     2  0.6252     0.2252 0.000 0.556 0.444
#> SRR815869      3  0.1529     0.8561 0.040 0.000 0.960
#> SRR613150      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1375329     1  0.6299     0.0305 0.524 0.000 0.476
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     3  0.6008     0.3173 0.000 0.372 0.628
#> SRR1360478     2  0.6154     0.3083 0.000 0.592 0.408
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.9470     0.3580 0.324 0.200 0.476
#> SRR1444203     2  0.5859     0.5916 0.344 0.656 0.000
#> SRR816177      2  0.1964     0.6458 0.000 0.944 0.056
#> SRR658754      3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1429603     2  0.5760     0.6044 0.328 0.672 0.000
#> SRR1397366     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR1337606     1  0.0892     0.8855 0.980 0.020 0.000
#> SRR659109      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.5706     0.6100 0.320 0.680 0.000
#> SRR1385389     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR661481      2  0.5363     0.5155 0.000 0.724 0.276
#> SRR1354117     3  0.5810     0.3895 0.000 0.336 0.664
#> SRR1393596     2  0.5431     0.6297 0.284 0.716 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.5465     0.6075 0.288 0.000 0.712
#> SRR1499894     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1082883     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.6291     0.1588 0.000 0.532 0.468
#> SRR662103      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1396294     3  0.9936    -0.2434 0.280 0.348 0.372
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1489199     1  0.5948     0.3762 0.640 0.000 0.360
#> SRR813584      2  0.1964     0.6458 0.000 0.944 0.056
#> SRR1069638     3  0.5497     0.6074 0.292 0.000 0.708
#> SRR614864      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1433392     1  0.5810     0.4342 0.664 0.000 0.336
#> SRR1377777     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR2167710     1  0.1411     0.8714 0.964 0.000 0.036
#> SRR1401252     2  0.5650     0.6151 0.312 0.688 0.000
#> SRR1309963     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.6192     0.2832 0.000 0.580 0.420
#> SRR1486889     1  0.4931     0.6528 0.768 0.000 0.232
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.5988     0.5669 0.368 0.632 0.000
#> SRR1337010     3  0.6111     0.2592 0.000 0.396 0.604
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1340486     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000     0.6535 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.5216     0.6537 0.260 0.000 0.740
#> SRR1080270     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1312501     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1093148     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1467080     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1410866     2  0.5706     0.4604 0.000 0.680 0.320
#> SRR816475      2  0.4605     0.6548 0.204 0.796 0.000
#> SRR1379198     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR613342      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1452246     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR1338836     2  0.5397     0.5110 0.000 0.720 0.280
#> SRR1369129     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1396616     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR813824      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1082376     1  0.5733     0.4607 0.676 0.000 0.324
#> SRR1500891     2  0.5621     0.6175 0.308 0.692 0.000
#> SRR807543      1  0.6295     0.0379 0.528 0.000 0.472
#> SRR1091572     1  0.1643     0.8643 0.956 0.000 0.044
#> SRR1346689     2  0.5810     0.5984 0.336 0.664 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR655816      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.1860     0.6466 0.000 0.948 0.052
#> SRR1355172     3  0.5835     0.5091 0.340 0.000 0.660
#> SRR655531      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1413329     3  0.6140     0.3623 0.404 0.000 0.596
#> SRR1485931     2  0.5216     0.5316 0.000 0.740 0.260
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR809018      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1375351     2  0.5760     0.4486 0.000 0.672 0.328
#> SRR663440      3  0.3816     0.7926 0.148 0.000 0.852
#> SRR1471755     2  0.1964     0.6458 0.000 0.944 0.056
#> SRR808019      3  0.6140     0.3652 0.404 0.000 0.596
#> SRR1479133     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR615069      3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1456185     2  0.6204     0.2741 0.000 0.576 0.424
#> SRR1350069     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      3  0.6235     0.2733 0.436 0.000 0.564
#> SRR1490721     2  0.5465     0.6278 0.288 0.712 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.5216     0.6537 0.260 0.000 0.740
#> SRR1085285     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1099072     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.1529     0.8561 0.040 0.000 0.960
#> SRR1351347     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.5363     0.5155 0.000 0.724 0.276
#> SRR819610      2  0.1964     0.6458 0.000 0.944 0.056
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.5760     0.4486 0.000 0.672 0.328
#> SRR809987      1  0.5621     0.3542 0.692 0.308 0.000
#> SRR613639      3  0.5178     0.6599 0.256 0.000 0.744
#> SRR1402285     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1077038     1  0.2959     0.8057 0.900 0.000 0.100
#> SRR1405660     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1095455     1  0.5785     0.4459 0.668 0.000 0.332
#> SRR1394734     2  0.1964     0.6458 0.000 0.944 0.056
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.6034     0.6554 0.212 0.752 0.036
#> SRR1073581     1  0.5678     0.4945 0.684 0.000 0.316
#> SRR659804      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.5706     0.4604 0.000 0.680 0.320
#> SRR1432186     2  0.5098     0.5429 0.000 0.752 0.248
#> SRR1473529     2  0.0000     0.6535 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR820448      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.6280     0.3834 0.460 0.540 0.000
#> SRR1336415     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1379065     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1459190     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0424     0.8984 0.992 0.000 0.008
#> SRR1440898     2  0.5678     0.4659 0.000 0.684 0.316
#> SRR1347459     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1081209     2  0.5678     0.4659 0.000 0.684 0.316
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.6026     0.5541 0.376 0.624 0.000
#> SRR1309248     2  0.5178     0.6410 0.256 0.744 0.000
#> SRR809161      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1316320     2  0.3091     0.6738 0.072 0.912 0.016
#> SRR1432629     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1405547     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1470534     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR663489      3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.2261     0.8598 0.068 0.000 0.932
#> SRR1332648     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR660614      3  0.4749     0.7579 0.040 0.116 0.844
#> SRR1470420     3  0.6126     0.2487 0.000 0.400 0.600
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.5397     0.5110 0.000 0.720 0.280
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1446481     2  0.5397     0.5110 0.000 0.720 0.280
#> SRR1467656     2  0.6235     0.2454 0.000 0.564 0.436
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.6244     0.2352 0.000 0.560 0.440
#> SRR665586      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.6126     0.2748 0.600 0.000 0.400
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR2170173     1  0.6204     0.2107 0.576 0.000 0.424
#> SRR817329      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1467745     2  0.1964     0.6458 0.000 0.944 0.056
#> SRR1471795     2  0.5058     0.5465 0.000 0.756 0.244
#> SRR1415637     2  0.6192     0.2832 0.000 0.580 0.420
#> SRR813137      1  0.5835     0.4247 0.660 0.000 0.340
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR818797      3  0.5098     0.6719 0.248 0.000 0.752
#> SRR2164608     3  0.2165     0.8628 0.064 0.000 0.936
#> SRR1455586     3  0.0000     0.8148 0.000 0.000 1.000
#> SRR819459      3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1488939     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR1433232     2  0.4702     0.5731 0.000 0.788 0.212
#> SRR1385501     1  0.5810     0.4340 0.664 0.000 0.336
#> SRR1361652     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1430910     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486762     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1480854     2  0.5560     0.6218 0.300 0.700 0.000
#> SRR1489394     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1418085     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1340221     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1473058     2  0.0237     0.6532 0.000 0.996 0.004
#> SRR1405165     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0424     0.8984 0.992 0.000 0.008
#> SRR1098567     3  0.6126     0.2487 0.000 0.400 0.600
#> SRR1098712     2  0.8842     0.6021 0.308 0.548 0.144
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.4842     0.5721 0.000 0.224 0.776
#> SRR1403005     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1348378     2  0.6140     0.3162 0.000 0.596 0.404
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1475192     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1432085     3  0.6008     0.3173 0.000 0.372 0.628
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1414139     3  0.0000     0.8148 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447962     3  0.6095     0.2692 0.000 0.392 0.608
#> SRR1444324     3  0.5810     0.3895 0.000 0.336 0.664
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.5810     0.5984 0.336 0.664 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     3  0.6126     0.2487 0.000 0.400 0.600
#> SRR1405331     3  0.6204     0.3080 0.424 0.000 0.576
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.5634     0.6682 0.144 0.800 0.056
#> SRR1322840     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1399797     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1416654     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1315081     3  0.1529     0.8561 0.040 0.000 0.960
#> SRR1369196     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.4346     0.7568 0.184 0.000 0.816
#> SRR1367920     2  0.5138     0.6425 0.252 0.748 0.000
#> SRR1366648     3  0.1860     0.8660 0.052 0.000 0.948
#> SRR1441679     3  0.6111     0.2592 0.000 0.396 0.604
#> SRR1082173     3  0.3941     0.7853 0.156 0.000 0.844
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      3  0.6244     0.2644 0.440 0.000 0.560
#> SRR1386689     2  0.5968     0.5730 0.364 0.636 0.000
#> SRR1395575     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1453811     3  0.5098     0.6719 0.248 0.000 0.752
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9057 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.5810     0.5984 0.336 0.664 0.000
#> SRR1468722     3  0.1964     0.8684 0.056 0.000 0.944
#> SRR1310275     3  0.3482     0.8104 0.128 0.000 0.872

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     3  0.5827     0.2738 0.396 0.036 0.568 0.000
#> SRR1331708     1  0.1557     0.9546 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0336     0.9650 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR661589      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0336     0.9650 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.1211     0.9320 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.0592     0.9652 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.1716     0.9519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1344143     2  0.1557     0.9534 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.2032     0.9551 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1456138     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1416248     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1429846     3  0.0469     0.9635 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR613550      3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1348402     1  0.0592     0.9649 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.1389     0.9582 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0336     0.9642 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1318879     3  0.0592     0.9616 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR820755      3  0.1474     0.9414 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.0469     0.9649 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR612263      1  0.1118     0.9591 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.1302     0.9568 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1452935     3  0.1637     0.9357 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.1716     0.9523 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.4040     0.7333 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.1792     0.9356 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR809853      1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0707     0.9593 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1429408     4  0.4624     0.4660 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1409854     1  0.6013     0.5052 0.624 0.064 0.312 0.000
#> SRR1435229     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.1637     0.9341 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.1174     0.9525 0.020 0.012 0.968 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR813776      3  0.1398     0.9475 0.004 0.040 0.956 0.000
#> SRR808196      4  0.0895     0.9476 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0524     0.9643 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.1938     0.9467 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420109     3  0.3743     0.7840 0.160 0.016 0.824 0.000
#> SRR1330920     1  0.1389     0.9572 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.3610     0.7285 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613915      3  0.0817     0.9583 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1478228     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.5420     0.4421 0.624 0.024 0.352 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.1474     0.9558 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0524     0.9623 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.3123     0.7971 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1430270     4  0.0921     0.9426 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661267      3  0.1211     0.9484 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR810665      2  0.2032     0.9551 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1407250     1  0.5361     0.6819 0.716 0.060 0.224 0.000
#> SRR1420067     1  0.1118     0.9617 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1486195     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1407671     2  0.1557     0.9534 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1446375     1  0.0707     0.9646 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.2443     0.9153 0.916 0.024 0.060 0.000
#> SRR1356101     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1404209     1  0.0817     0.9643 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.1929     0.9571 0.000 0.940 0.024 0.036
#> SRR665538      1  0.0817     0.9634 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.1389     0.9558 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.1302     0.9507 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.1474     0.9558 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0336     0.9642 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1316367     1  0.1211     0.9575 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.1557     0.9557 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.1890     0.9567 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.1557     0.9557 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1353199     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1378885     3  0.0921     0.9564 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR665357      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.1936     0.9555 0.000 0.940 0.032 0.028
#> SRR1501020     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.1975     0.9577 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.2032     0.9551 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1458113     3  0.1211     0.9487 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1326579     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.4072     0.7268 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1318354     3  0.1211     0.9491 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.3907     0.7319 0.768 0.232 0.000 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.0336     0.9640 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1369070     2  0.1890     0.9567 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR615659      1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.2021     0.9534 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR1316982     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312310     2  0.1975     0.9490 0.000 0.936 0.048 0.016
#> SRR1485613     1  0.0817     0.9634 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.1211     0.9484 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.1389     0.9576 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819820      3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1337342     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.1637     0.9531 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1317410     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1343741     2  0.1890     0.9567 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1381288     2  0.1975     0.9577 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.1938     0.9467 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR663197      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813680      3  0.1629     0.9408 0.024 0.024 0.952 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.2032     0.9551 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1382851     2  0.3528     0.8160 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1433410     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0817     0.9575 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.4267     0.7255 0.000 0.024 0.188 0.788
#> SRR657949      3  0.1637     0.9356 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0817     0.9634 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444138     1  0.0707     0.9646 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091380     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1099096     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.1716     0.9062 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1467102     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0524     0.9643 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.1902     0.9505 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR1408393     3  0.1888     0.9302 0.044 0.016 0.940 0.000
#> SRR1361522     1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     3  0.1022     0.9531 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.4103     0.6957 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1446738     2  0.1474     0.9530 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1309032     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1388145     2  0.2021     0.9574 0.000 0.936 0.024 0.040
#> SRR1432611     2  0.2021     0.9534 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR815869      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1360478     2  0.2032     0.9551 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1360695     1  0.0592     0.9646 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0707     0.9637 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1400910     1  0.4967     0.2885 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.1716     0.9519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR658754      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1337606     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.1474     0.9558 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0817     0.9645 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0188     0.9654 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.1118     0.9584 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0707     0.9642 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.1890     0.9567 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1354117     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0188     0.9656 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.1211     0.9497 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0817     0.9634 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.1890     0.9444 0.000 0.936 0.056 0.008
#> SRR662103      1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.1211     0.9489 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1396294     4  0.3351     0.7942 0.000 0.008 0.148 0.844
#> SRR1419917     1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0817     0.9575 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1489199     1  0.2623     0.9318 0.908 0.064 0.028 0.000
#> SRR813584      2  0.1716     0.9519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1069638     3  0.6278     0.1913 0.408 0.060 0.532 0.000
#> SRR614864      3  0.0707     0.9593 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1433392     1  0.3105     0.8481 0.868 0.012 0.120 0.000
#> SRR1377777     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.2032     0.9551 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1486889     1  0.4446     0.7452 0.776 0.028 0.196 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0336     0.9654 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.0657     0.9548 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1337010     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1486520     1  0.1557     0.9549 0.944 0.056 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     4  0.3764     0.6962 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1465459     3  0.0817     0.9583 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0469     0.9627 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1093148     3  0.1389     0.9431 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.2002     0.9578 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR816475      4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.1637     0.9531 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1338836     2  0.1890     0.9567 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.1022     0.9612 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      3  0.1820     0.9389 0.020 0.036 0.944 0.000
#> SRR1091572     1  0.1302     0.9575 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR663729      4  0.0188     0.9646 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0592     0.9646 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.1716     0.9519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1355172     3  0.1297     0.9477 0.020 0.016 0.964 0.000
#> SRR655531      1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0336     0.9642 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1413329     3  0.1557     0.9372 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1485931     2  0.1807     0.9568 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR1420873     1  0.0817     0.9634 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0188     0.9646 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1452033     1  0.0707     0.9642 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.1743     0.9556 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR809018      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.2002     0.9578 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR663440      3  0.0817     0.9583 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1471755     2  0.1716     0.9519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR808019      3  0.6209     0.0323 0.456 0.052 0.492 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      3  0.1118     0.9514 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1456185     2  0.2032     0.9551 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR1350069     4  0.0592     0.9539 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR816316      1  0.0469     0.9649 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR664795      3  0.3117     0.8658 0.092 0.028 0.880 0.000
#> SRR1490721     4  0.0188     0.9650 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR810643      1  0.0921     0.9629 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.2739     0.9007 0.036 0.060 0.904 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0707     0.9593 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1405525     1  0.1118     0.9617 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.1890     0.9567 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR819610      2  0.1716     0.9519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR2157314     1  0.0336     0.9654 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.2002     0.9578 0.000 0.936 0.020 0.044
#> SRR809987      4  0.1792     0.9024 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR613639      3  0.0376     0.9645 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.0469     0.9652 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.1389     0.9558 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.1716     0.9519 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1317771     1  0.0817     0.9650 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.4679     0.4431 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1073581     1  0.5384     0.5051 0.648 0.028 0.324 0.000
#> SRR659804      1  0.0336     0.9654 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.1888     0.9577 0.000 0.940 0.016 0.044
#> SRR1432186     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1473529     4  0.4855     0.2669 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR660764      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.0895     0.9476 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1346773     1  0.0921     0.9634 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.1936     0.9427 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR1440898     2  0.1938     0.9574 0.000 0.936 0.012 0.052
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.1888     0.9577 0.000 0.940 0.016 0.044
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0817     0.9481 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1309248     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809161      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.4957     0.6881 0.204 0.748 0.000 0.048
#> SRR1432629     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.1389     0.9578 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0592     0.9646 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.1389     0.9444 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      3  0.4830     0.3445 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1470420     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.1890     0.9567 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1464766     1  0.0707     0.9642 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.1890     0.9567 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR1467656     2  0.2021     0.9534 0.000 0.936 0.040 0.024
#> SRR1402962     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.2032     0.9551 0.000 0.936 0.036 0.028
#> SRR665586      1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.1716     0.9523 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.4227     0.8328 0.820 0.060 0.120 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0336     0.9650 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.5512     0.0378 0.488 0.016 0.496 0.000
#> SRR817329      1  0.0336     0.9650 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.2216     0.9310 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1471795     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1415637     2  0.1936     0.9555 0.000 0.940 0.032 0.028
#> SRR813137      1  0.0524     0.9622 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1314873     1  0.0188     0.9647 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0592     0.9646 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.0817     0.9583 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR2164608     3  0.1389     0.9431 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1455586     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.1743     0.9556 0.000 0.940 0.004 0.056
#> SRR1433232     2  0.1824     0.9551 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1385501     1  0.1211     0.9585 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.1389     0.9436 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1310584     1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0469     0.9649 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1486762     3  0.0188     0.9656 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0336     0.9650 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.1733     0.9469 0.948 0.024 0.028 0.000
#> SRR1098567     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1098712     4  0.5040     0.4226 0.000 0.364 0.008 0.628
#> SRR1455038     1  0.1118     0.9591 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.3837     0.6892 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR1403005     3  0.0336     0.9649 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1348378     2  0.2797     0.9417 0.000 0.900 0.032 0.068
#> SRR1413541     1  0.0188     0.9654 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.0779     0.9524 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1452468     1  0.1716     0.9523 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1444324     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.1118     0.9617 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.1637     0.9532 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1405331     3  0.1584     0.9448 0.012 0.036 0.952 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.2401     0.8799 0.004 0.904 0.000 0.092
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0336     0.9642 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9652 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0817     0.9583 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.1716     0.9389 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1082173     3  0.1389     0.9431 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1363968     1  0.0817     0.9634 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0469     0.9650 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.6067     0.3559 0.572 0.052 0.376 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0817     0.9583 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1441159     1  0.0592     0.9653 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9666 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.1302     0.9472 0.000 0.044 0.956 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.7045    -0.1163 0.364 0.004 0.356 0.004 0.272
#> SRR1331708     5  0.3461     0.7433 0.224 0.004 0.000 0.000 0.772
#> SRR1464258     1  0.1965     0.8409 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1454201     5  0.3210     0.7386 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR661589      3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1456229     1  0.1792     0.8445 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1315165     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1488960     1  0.1124     0.8559 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1417809     4  0.2597     0.8563 0.092 0.000 0.000 0.884 0.024
#> SRR1094457     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1095575     5  0.5153     0.4101 0.388 0.004 0.028 0.004 0.576
#> SRR1315931     1  0.1608     0.8531 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0162     0.9536 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818002      2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1344143     2  0.2930     0.8190 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1486845     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1362866     5  0.3366     0.7433 0.212 0.004 0.000 0.000 0.784
#> SRR1490740     1  0.1341     0.8551 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1446627     2  0.0324     0.9567 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1456138     2  0.0798     0.9526 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1416248     1  0.1124     0.8559 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1383907     4  0.1082     0.9339 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1311018     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375699     2  0.1082     0.9484 0.000 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR1429846     3  0.0794     0.9500 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR613550      3  0.0794     0.9501 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1348402     1  0.1671     0.8356 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1345146     5  0.3365     0.7375 0.180 0.008 0.000 0.004 0.808
#> SRR1324025     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1318879     3  0.4426     0.3315 0.000 0.004 0.612 0.004 0.380
#> SRR820755      3  0.1952     0.9081 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084
#> SRR1485830     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR599313      1  0.3857     0.5010 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR612263      5  0.4310     0.4873 0.392 0.004 0.000 0.000 0.604
#> SRR1415398     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1326205     4  0.0798     0.9353 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1421327     4  0.1331     0.9302 0.000 0.008 0.000 0.952 0.040
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0898     0.9359 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1079522     5  0.3838     0.6677 0.280 0.004 0.000 0.000 0.716
#> SRR1452935     5  0.3452     0.6435 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1379495     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470459     2  0.1444     0.9463 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR661361      3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615778      5  0.3266     0.7402 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796
#> SRR1447564     1  0.1341     0.8571 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1455195     5  0.4088     0.5869 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR655182      1  0.0955     0.8646 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1335140     2  0.4335     0.7327 0.000 0.760 0.000 0.168 0.072
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.1872     0.9376 0.000 0.928 0.020 0.000 0.052
#> SRR1388354     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0162     0.9525 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479955     2  0.0798     0.9526 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR809853      1  0.1908     0.8389 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR661313      3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1499935     4  0.0579     0.9379 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1447303     3  0.0880     0.9486 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1429408     4  0.4572     0.5988 0.000 0.280 0.000 0.684 0.036
#> SRR1433950     1  0.1341     0.8565 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1362081     2  0.1444     0.9463 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1409854     5  0.4183     0.7254 0.136 0.000 0.084 0.000 0.780
#> SRR1435229     5  0.3196     0.7409 0.192 0.004 0.000 0.000 0.804
#> SRR1085996     1  0.1792     0.8478 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1414229     5  0.3333     0.6828 0.000 0.004 0.208 0.000 0.788
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0451     0.8669 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR613927      3  0.1571     0.9274 0.004 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR1457854     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473714     1  0.2570     0.8331 0.880 0.004 0.000 0.008 0.108
#> SRR813776      3  0.2179     0.8919 0.004 0.000 0.896 0.000 0.100
#> SRR808196      4  0.2103     0.8935 0.020 0.004 0.000 0.920 0.056
#> SRR1101085     4  0.1082     0.9339 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR614395      1  0.2361     0.8360 0.892 0.000 0.012 0.000 0.096
#> SRR1478251     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1370551     2  0.1443     0.9493 0.000 0.948 0.004 0.004 0.044
#> SRR1362310     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR665310      3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1420109     3  0.4657     0.6706 0.152 0.000 0.740 0.000 0.108
#> SRR1330920     5  0.3816     0.6377 0.304 0.000 0.000 0.000 0.696
#> SRR1419539     3  0.2011     0.8959 0.000 0.000 0.908 0.004 0.088
#> SRR1359447     3  0.3449     0.7592 0.000 0.164 0.812 0.000 0.024
#> SRR1347259     4  0.1628     0.9279 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056
#> SRR613915      3  0.0963     0.9468 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1384395     3  0.0794     0.9395 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR821715      3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1478228     1  0.1124     0.8559 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1445637     1  0.0609     0.8659 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR608150      5  0.3398     0.7420 0.216 0.004 0.000 0.000 0.780
#> SRR1096383     1  0.5980     0.4098 0.612 0.004 0.140 0.004 0.240
#> SRR1341480     4  0.1082     0.9339 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1341344     5  0.4135     0.6488 0.340 0.004 0.000 0.000 0.656
#> SRR1326270     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0162     0.9537 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR808566      4  0.2971     0.8126 0.000 0.156 0.000 0.836 0.008
#> SRR1430270     4  0.0290     0.9334 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0404     0.9533 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR661267      3  0.2858     0.8733 0.024 0.004 0.880 0.004 0.088
#> SRR810665      2  0.0324     0.9567 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1407250     5  0.3731     0.7419 0.160 0.000 0.040 0.000 0.800
#> SRR1420067     1  0.3534     0.6052 0.744 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1473632     1  0.1768     0.8508 0.924 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR812536      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1486195     2  0.1444     0.9463 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1407671     5  0.4015     0.3802 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1446375     5  0.4938     0.5001 0.368 0.004 0.020 0.004 0.604
#> SRR1465230     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR614119      1  0.4393     0.5608 0.696 0.004 0.012 0.004 0.284
#> SRR1356101     2  0.1992     0.9313 0.000 0.924 0.032 0.000 0.044
#> SRR1404209     1  0.2833     0.7783 0.852 0.004 0.000 0.004 0.140
#> SRR1392676     2  0.0486     0.9564 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR665538      1  0.3920     0.5958 0.724 0.004 0.000 0.004 0.268
#> SRR660510      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0693     0.9373 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR658953      5  0.3398     0.7268 0.216 0.004 0.000 0.000 0.780
#> SRR2166459     1  0.0609     0.8659 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1070713     2  0.0794     0.9543 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1485312     3  0.0404     0.9534 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1317631     4  0.1697     0.9085 0.000 0.008 0.000 0.932 0.060
#> SRR1488610     5  0.3884     0.7034 0.288 0.004 0.000 0.000 0.708
#> SRR1330588     3  0.0609     0.9523 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1316367     5  0.4009     0.6404 0.312 0.004 0.000 0.000 0.684
#> SRR1433926     1  0.1410     0.8530 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1091302     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR818263      1  0.4307    -0.0294 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1404909     4  0.1168     0.9328 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR663076      1  0.0451     0.8653 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1323577     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1442422     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1465893     1  0.0955     0.8586 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR654862      5  0.3366     0.7134 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1407112     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1332969     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1353199     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1378885     3  0.0963     0.9468 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR665357      3  0.0865     0.9396 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR662186      2  0.0671     0.9550 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1501020     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.1285     0.9516 0.000 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1472576     4  0.2074     0.9123 0.000 0.044 0.000 0.920 0.036
#> SRR1431781     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.3666     0.7382 0.196 0.004 0.008 0.004 0.788
#> SRR1417632     4  0.1697     0.9188 0.000 0.008 0.000 0.932 0.060
#> SRR1350153     2  0.1202     0.9516 0.000 0.960 0.004 0.004 0.032
#> SRR1458113     5  0.3730     0.6057 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1326579     5  0.3607     0.7352 0.244 0.004 0.000 0.000 0.752
#> SRR1349363     2  0.1557     0.9350 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1083752     2  0.4552     0.6046 0.000 0.696 0.000 0.264 0.040
#> SRR1377599     4  0.2612     0.8637 0.000 0.008 0.000 0.868 0.124
#> SRR1488449     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1318354     5  0.4030     0.5022 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.4370     0.6879 0.236 0.040 0.000 0.000 0.724
#> SRR663783      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     5  0.4491     0.4442 0.000 0.008 0.364 0.004 0.624
#> SRR1369070     2  0.0324     0.9567 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR615659      1  0.1410     0.8530 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1337449     2  0.1365     0.9494 0.000 0.952 0.004 0.004 0.040
#> SRR1316982     3  0.1701     0.9135 0.000 0.016 0.936 0.000 0.048
#> SRR1498595     4  0.1836     0.9197 0.000 0.032 0.000 0.932 0.036
#> SRR1377423     3  0.0510     0.9529 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312310     2  0.1202     0.9516 0.000 0.960 0.004 0.004 0.032
#> SRR1485613     1  0.3920     0.5958 0.724 0.004 0.000 0.004 0.268
#> SRR1338426     3  0.0290     0.9511 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658941      3  0.4389     0.3730 0.000 0.004 0.624 0.004 0.368
#> SRR1101643     1  0.1732     0.8461 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1401468     5  0.4737     0.2133 0.476 0.004 0.004 0.004 0.512
#> SRR1368874     2  0.1364     0.9479 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1324085     4  0.0451     0.9382 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1363858     1  0.3928     0.5248 0.700 0.000 0.000 0.004 0.296
#> SRR819820      3  0.2741     0.8307 0.000 0.004 0.860 0.004 0.132
#> SRR1337342     5  0.3274     0.7401 0.220 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR655206      3  0.2392     0.8791 0.000 0.004 0.888 0.004 0.104
#> SRR1387013     2  0.0992     0.9509 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1317410     1  0.1124     0.8559 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR608198      5  0.3366     0.7415 0.212 0.004 0.000 0.000 0.784
#> SRR1440161     2  0.1626     0.9422 0.000 0.940 0.016 0.000 0.044
#> SRR1343741     2  0.0290     0.9563 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1381288     2  0.0486     0.9564 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1415379     4  0.0671     0.9327 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1099622     2  0.1717     0.9458 0.000 0.936 0.008 0.004 0.052
#> SRR663197      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     3  0.2305     0.8855 0.000 0.012 0.896 0.000 0.092
#> SRR661699      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813680      3  0.4451     0.7377 0.132 0.004 0.776 0.004 0.084
#> SRR1410678     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378109     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1499174     1  0.1478     0.8518 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1311486     2  0.0486     0.9564 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1382851     2  0.6315     0.2069 0.000 0.468 0.000 0.160 0.372
#> SRR1433410     5  0.3550     0.7382 0.236 0.004 0.000 0.000 0.760
#> SRR661167      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.1121     0.9311 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR660462      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.4995     0.5443 0.000 0.004 0.048 0.656 0.292
#> SRR657949      3  0.2719     0.8497 0.004 0.000 0.852 0.000 0.144
#> SRR1308882     4  0.0451     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR655768      1  0.3920     0.5958 0.724 0.004 0.000 0.004 0.268
#> SRR1485870     4  0.2361     0.8998 0.000 0.012 0.000 0.892 0.096
#> SRR1444138     1  0.3006     0.7699 0.836 0.004 0.000 0.004 0.156
#> SRR1417342     1  0.0865     0.8615 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1470193     4  0.1168     0.9342 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1091380     3  0.2741     0.8307 0.000 0.004 0.860 0.004 0.132
#> SRR1099096     1  0.1124     0.8559 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1313583     4  0.4310     0.3443 0.392 0.000 0.000 0.604 0.004
#> SRR1467102     3  0.1357     0.9226 0.000 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR1485416     4  0.1082     0.9339 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR818821      3  0.0290     0.9534 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR809963      1  0.2361     0.8360 0.892 0.000 0.012 0.000 0.096
#> SRR1072247     1  0.0324     0.8663 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1353710     4  0.1168     0.9351 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1445259     5  0.3039     0.7517 0.152 0.000 0.012 0.000 0.836
#> SRR1408393     3  0.2416     0.8849 0.012 0.000 0.888 0.000 0.100
#> SRR1361522     1  0.1478     0.8518 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1368597     1  0.1270     0.8576 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1309680     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0798     0.9366 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1406437     5  0.4535     0.5719 0.020 0.004 0.276 0.004 0.696
#> SRR1354931     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1391856     2  0.4548     0.6628 0.000 0.716 0.232 0.000 0.052
#> SRR1446738     2  0.4489     0.3682 0.000 0.572 0.000 0.008 0.420
#> SRR1309032     2  0.1444     0.9463 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1388145     2  0.0613     0.9564 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1432611     2  0.1116     0.9526 0.000 0.964 0.004 0.004 0.028
#> SRR815869      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.2877     0.7497 0.144 0.004 0.004 0.000 0.848
#> SRR1387921     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466792     2  0.1444     0.9463 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1360478     2  0.0324     0.9567 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1360695     1  0.1788     0.8389 0.932 0.004 0.000 0.008 0.056
#> SRR812943      5  0.4321     0.4772 0.396 0.004 0.000 0.000 0.600
#> SRR1400910     5  0.3806     0.7317 0.096 0.072 0.008 0.000 0.824
#> SRR1444203     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR816177      2  0.0693     0.9551 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR658754      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.1168     0.9351 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1397366     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1446028     1  0.0324     0.8663 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1083918     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1337606     5  0.3010     0.7444 0.172 0.004 0.000 0.000 0.824
#> SRR659109      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.3949     0.6955 0.300 0.004 0.000 0.000 0.696
#> SRR656946      1  0.2352     0.8410 0.896 0.004 0.000 0.008 0.092
#> SRR1476102     1  0.2011     0.8332 0.908 0.004 0.000 0.000 0.088
#> SRR1476447     1  0.0880     0.8649 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1342067     4  0.0579     0.9380 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1385389     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1075971     1  0.0324     0.8663 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR614419      5  0.4135     0.5973 0.340 0.004 0.000 0.000 0.656
#> SRR1322936     5  0.3366     0.7432 0.212 0.004 0.000 0.000 0.784
#> SRR1349121     1  0.2787     0.7819 0.856 0.004 0.000 0.004 0.136
#> SRR1430549     1  0.0671     0.8668 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR612935      3  0.2280     0.8490 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR661481      2  0.0451     0.9563 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1354117     2  0.1725     0.9400 0.000 0.936 0.020 0.000 0.044
#> SRR1393596     4  0.1484     0.9306 0.000 0.008 0.000 0.944 0.048
#> SRR1452164     1  0.0566     0.8667 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1070503     3  0.1197     0.9403 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.3398     0.7420 0.216 0.004 0.000 0.000 0.780
#> SRR1468271     1  0.3992     0.5768 0.712 0.004 0.000 0.004 0.280
#> SRR1332443     1  0.0324     0.8668 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR810295      2  0.1331     0.9482 0.000 0.952 0.008 0.000 0.040
#> SRR662103      1  0.1478     0.8518 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1328620     5  0.4253     0.5305 0.000 0.004 0.332 0.004 0.660
#> SRR1396294     4  0.4101     0.7966 0.012 0.004 0.052 0.808 0.124
#> SRR1419917     1  0.1544     0.8504 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR662114      3  0.3857     0.5000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1489199     5  0.3282     0.7471 0.188 0.000 0.008 0.000 0.804
#> SRR813584      2  0.0693     0.9556 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1069638     5  0.3555     0.7175 0.052 0.000 0.124 0.000 0.824
#> SRR614864      3  0.0880     0.9486 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1433392     1  0.4343     0.6803 0.768 0.000 0.136 0.000 0.096
#> SRR1377777     2  0.0798     0.9526 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR2167710     1  0.2352     0.8410 0.896 0.004 0.000 0.008 0.092
#> SRR1401252     4  0.1168     0.9328 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1309963     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1338031     1  0.0771     0.8658 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1418628     2  0.1026     0.9535 0.000 0.968 0.004 0.004 0.024
#> SRR1486889     1  0.6016     0.4402 0.600 0.004 0.132 0.004 0.260
#> SRR1380393     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319731     1  0.1041     0.8576 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1356468     4  0.2228     0.8890 0.012 0.008 0.000 0.912 0.068
#> SRR1337010     2  0.1444     0.9463 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1486520     5  0.4307     0.1973 0.496 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1486538     4  0.0579     0.9380 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1340486     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1377696     4  0.4865     0.6418 0.000 0.064 0.000 0.684 0.252
#> SRR1465459     3  0.0963     0.9468 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0290     0.9534 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1093148     5  0.3522     0.6750 0.000 0.004 0.212 0.004 0.780
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.1285     0.9516 0.000 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR816475      4  0.0798     0.9366 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1379198     4  0.0162     0.9354 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR613342      3  0.0290     0.9536 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1452246     2  0.0798     0.9526 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1338836     2  0.0324     0.9567 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1369129     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1396616     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR813824      3  0.0510     0.9529 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1082376     1  0.2280     0.8326 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1500891     4  0.1082     0.9339 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR807543      3  0.2233     0.8880 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> SRR1091572     5  0.3707     0.6594 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1346689     4  0.0992     0.9350 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1332424     5  0.3607     0.7359 0.244 0.004 0.000 0.000 0.752
#> SRR663729      4  0.1285     0.9302 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036
#> SRR1097013     1  0.0000     0.8670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      5  0.3366     0.7432 0.212 0.004 0.000 0.000 0.784
#> SRR1485357     4  0.0451     0.9379 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR655816      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.2865     0.7842 0.856 0.004 0.000 0.008 0.132
#> SRR1437622     2  0.1106     0.9491 0.000 0.964 0.000 0.012 0.024
#> SRR1355172     3  0.4045     0.7769 0.112 0.004 0.808 0.004 0.072
#> SRR655531      5  0.3480     0.7340 0.248 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1338147     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1413329     5  0.4373     0.5665 0.008 0.004 0.300 0.004 0.684
#> SRR1485931     2  0.1124     0.9426 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1420873     1  0.3944     0.5886 0.720 0.004 0.000 0.004 0.272
#> SRR1333308     4  0.1251     0.9321 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1452033     1  0.2833     0.7800 0.852 0.004 0.000 0.004 0.140
#> SRR1467316     2  0.0771     0.9506 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR809018      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0324     0.9567 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR663440      3  0.0963     0.9468 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1471755     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR808019      5  0.5753     0.6395 0.216 0.004 0.132 0.004 0.644
#> SRR1479133     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR615069      5  0.3906     0.5985 0.000 0.004 0.292 0.000 0.704
#> SRR1456185     2  0.0613     0.9564 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1350069     4  0.1731     0.9041 0.004 0.004 0.000 0.932 0.060
#> SRR816316      1  0.1908     0.8441 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR664795      3  0.5843     0.3986 0.292 0.004 0.600 0.004 0.100
#> SRR1490721     5  0.4436     0.2119 0.000 0.008 0.000 0.396 0.596
#> SRR810643      1  0.3636     0.5798 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1430333     5  0.3421     0.6980 0.016 0.004 0.164 0.000 0.816
#> SRR1085285     3  0.0510     0.9529 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099072     3  0.0794     0.9501 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317985     1  0.0865     0.8653 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR1487340     1  0.0510     0.8667 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1420276     3  0.0794     0.9395 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1351347     3  0.1341     0.9203 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1405525     5  0.4122     0.6954 0.304 0.004 0.000 0.004 0.688
#> SRR1370329     1  0.0451     0.8669 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1465001     1  0.1124     0.8559 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1476525     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR819610      2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR2157314     1  0.0324     0.8663 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1409465     2  0.0324     0.9567 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR809987      4  0.4161     0.6084 0.280 0.000 0.000 0.704 0.016
#> SRR613639      3  0.1041     0.9477 0.000 0.004 0.964 0.000 0.032
#> SRR1402285     4  0.0162     0.9372 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1077038     1  0.1965     0.8409 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.3366     0.7309 0.212 0.000 0.004 0.000 0.784
#> SRR1394734     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1317771     1  0.1270     0.8610 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1365894     4  0.6206     0.4423 0.000 0.296 0.000 0.532 0.172
#> SRR1073581     1  0.5995     0.4004 0.604 0.004 0.132 0.004 0.256
#> SRR659804      1  0.0451     0.8658 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1345914     2  0.0486     0.9564 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1432186     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1473529     4  0.5415     0.3133 0.000 0.384 0.000 0.552 0.064
#> SRR660764      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.1732     0.8446 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1328845     4  0.2632     0.8733 0.032 0.004 0.000 0.892 0.072
#> SRR1336415     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1379065     4  0.0579     0.9380 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1459190     3  0.0703     0.9514 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1346773     1  0.4211     0.2762 0.636 0.000 0.000 0.004 0.360
#> SRR1499521     1  0.4333     0.4897 0.672 0.004 0.004 0.004 0.316
#> SRR1440898     2  0.0486     0.9564 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1347459     3  0.0404     0.9534 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1081209     2  0.0324     0.9558 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1400202     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333395     4  0.3527     0.8222 0.116 0.000 0.000 0.828 0.056
#> SRR1309248     4  0.3488     0.8214 0.000 0.024 0.000 0.808 0.168
#> SRR809161      3  0.0794     0.9500 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1316320     5  0.4316     0.6709 0.056 0.152 0.000 0.012 0.780
#> SRR1432629     2  0.0898     0.9524 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1498931     1  0.0324     0.8667 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1416578     4  0.0566     0.9338 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1380764     5  0.4219     0.4640 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.2352     0.8232 0.896 0.004 0.000 0.008 0.092
#> SRR1078489     5  0.3387     0.6752 0.004 0.004 0.196 0.000 0.796
#> SRR1332648     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR660614      5  0.5045     0.6415 0.000 0.112 0.172 0.004 0.712
#> SRR1470420     2  0.1444     0.9463 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040
#> SRR1475566     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1477949     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481419     2  0.0486     0.9564 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1464766     1  0.2583     0.7855 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR615946      3  0.0609     0.9520 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1446481     2  0.0613     0.9564 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR1467656     2  0.1365     0.9494 0.000 0.952 0.004 0.004 0.040
#> SRR1402962     5  0.4101     0.5557 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR660224      2  0.0486     0.9564 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR665586      1  0.1671     0.8479 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1347166     5  0.3266     0.7402 0.200 0.004 0.000 0.000 0.796
#> SRR1485722     5  0.3612     0.7425 0.172 0.000 0.028 0.000 0.800
#> SRR1415316     1  0.1341     0.8571 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR613390      1  0.1544     0.8511 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR661108      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     5  0.6766     0.4371 0.256 0.004 0.248 0.004 0.488
#> SRR817329      1  0.1671     0.8479 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1401990     4  0.1251     0.9243 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1467745     2  0.3201     0.8728 0.000 0.852 0.000 0.096 0.052
#> SRR1471795     2  0.0579     0.9558 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1415637     2  0.0324     0.9567 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR813137      1  0.2511     0.8225 0.892 0.000 0.028 0.000 0.080
#> SRR1314873     1  0.1608     0.8495 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1401211     1  0.2116     0.8287 0.912 0.004 0.000 0.008 0.076
#> SRR1419692     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR818797      3  0.0880     0.9485 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR2164608     5  0.4572     0.2270 0.000 0.004 0.452 0.004 0.540
#> SRR1455586     3  0.1800     0.9090 0.000 0.020 0.932 0.000 0.048
#> SRR819459      3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0955     0.9469 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1433232     2  0.0693     0.9540 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1385501     1  0.4060     0.3981 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1361652     5  0.3160     0.7397 0.188 0.004 0.000 0.000 0.808
#> SRR1437119     1  0.0324     0.8667 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.3741     0.6295 0.000 0.004 0.264 0.000 0.732
#> SRR1310584     1  0.1124     0.8559 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1500216     1  0.3857     0.5010 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1486762     3  0.0510     0.9529 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1480854     4  0.1168     0.9328 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1489394     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1418085     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1340221     4  0.0162     0.9354 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1473058     4  0.1310     0.9290 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.1544     0.8511 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1471477     1  0.4015     0.5820 0.708 0.004 0.000 0.004 0.284
#> SRR1098567     2  0.1281     0.9493 0.000 0.956 0.012 0.000 0.032
#> SRR1098712     4  0.7339     0.3825 0.048 0.196 0.004 0.500 0.252
#> SRR1455038     5  0.4403     0.3851 0.436 0.004 0.000 0.000 0.560
#> SRR1375248     3  0.4325     0.6554 0.000 0.220 0.736 0.000 0.044
#> SRR1403005     3  0.0880     0.9485 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1348378     2  0.2536     0.9217 0.000 0.900 0.004 0.044 0.052
#> SRR1413541     1  0.1608     0.8495 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1392943     4  0.1571     0.9188 0.000 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.1597     0.9451 0.000 0.940 0.012 0.000 0.048
#> SRR1452468     5  0.3123     0.7433 0.184 0.004 0.000 0.000 0.812
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.1484     0.9194 0.000 0.008 0.944 0.000 0.048
#> SRR1447962     2  0.1522     0.9462 0.000 0.944 0.012 0.000 0.044
#> SRR1444324     2  0.1818     0.9374 0.000 0.932 0.024 0.000 0.044
#> SRR1415004     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413436     1  0.3990     0.5037 0.688 0.004 0.000 0.000 0.308
#> SRR1311266     5  0.3398     0.7360 0.216 0.004 0.000 0.000 0.780
#> SRR1343302     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1373746     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429678     1  0.0609     0.8667 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1469413     2  0.1701     0.9433 0.000 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR1405331     3  0.2233     0.8880 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> SRR1345609     1  0.0566     0.8669 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1380208     5  0.2971     0.6528 0.000 0.156 0.000 0.008 0.836
#> SRR1322840     4  0.0451     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0794     0.9395 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0162     0.8664 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365291     3  0.0963     0.9468 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1367920     4  0.2612     0.8637 0.000 0.008 0.000 0.868 0.124
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0912     0.9529 0.000 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1082173     5  0.4218     0.5266 0.000 0.004 0.324 0.004 0.668
#> SRR1363968     1  0.3944     0.5886 0.720 0.004 0.000 0.004 0.272
#> SRR814387      1  0.1124     0.8559 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR657599      5  0.5387     0.6707 0.220 0.004 0.096 0.004 0.676
#> SRR1386689     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1395575     3  0.0609     0.9523 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1453811     3  0.0963     0.9468 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1441159     1  0.4390    -0.0726 0.568 0.000 0.000 0.004 0.428
#> SRR1403154     4  0.0290     0.9383 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9537 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.4256     0.2671 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     5  0.7595     0.0195 0.280 0.000 0.168 0.000 0.316 0.236
#> SRR1331708     5  0.3213     0.6019 0.048 0.000 0.000 0.000 0.820 0.132
#> SRR1464258     1  0.4131     0.4452 0.624 0.000 0.000 0.000 0.020 0.356
#> SRR1454201     5  0.2389     0.6289 0.052 0.000 0.000 0.000 0.888 0.060
#> SRR661589      3  0.2378     0.8313 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1456229     1  0.3734     0.5634 0.716 0.000 0.000 0.000 0.020 0.264
#> SRR1315165     4  0.0291     0.8258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1488960     1  0.1643     0.7406 0.924 0.000 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1417809     4  0.3830     0.6338 0.148 0.000 0.000 0.788 0.020 0.044
#> SRR1094457     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     5  0.6512     0.1742 0.268 0.000 0.024 0.000 0.416 0.292
#> SRR1315931     1  0.2980     0.6774 0.808 0.000 0.000 0.000 0.012 0.180
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0790     0.8519 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR818002      2  0.1387     0.8690 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1344143     2  0.5783     0.1438 0.000 0.496 0.000 0.000 0.212 0.292
#> SRR1486845     4  0.0632     0.8270 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1362866     5  0.1152     0.6398 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR1490740     1  0.2446     0.7098 0.864 0.000 0.000 0.000 0.012 0.124
#> SRR1446627     2  0.0806     0.8792 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1456138     2  0.1802     0.8496 0.000 0.916 0.000 0.000 0.012 0.072
#> SRR1416248     1  0.1745     0.7387 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1383907     4  0.2632     0.7839 0.000 0.000 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1311018     1  0.0260     0.7610 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1375699     2  0.1700     0.8597 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1429846     3  0.2996     0.7983 0.000 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR613550      3  0.2793     0.8130 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1348402     1  0.2331     0.7252 0.888 0.000 0.000 0.000 0.080 0.032
#> SRR1345146     5  0.4011     0.5687 0.056 0.000 0.000 0.000 0.732 0.212
#> SRR1324025     3  0.2562     0.8252 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1318879     3  0.5813    -0.1074 0.000 0.000 0.432 0.000 0.384 0.184
#> SRR820755      3  0.4872     0.6248 0.004 0.000 0.596 0.000 0.064 0.336
#> SRR1485830     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      1  0.5571     0.2895 0.552 0.000 0.000 0.000 0.224 0.224
#> SRR612263      5  0.5553     0.1573 0.324 0.000 0.000 0.000 0.520 0.156
#> SRR1415398     3  0.2664     0.8203 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1326205     4  0.1074     0.8148 0.000 0.000 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR1421327     4  0.4067     0.7012 0.000 0.000 0.000 0.728 0.060 0.212
#> SRR1083311     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499303     4  0.2558     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1079522     5  0.4977     0.4149 0.128 0.000 0.000 0.000 0.636 0.236
#> SRR1452935     5  0.3367     0.5854 0.000 0.000 0.104 0.000 0.816 0.080
#> SRR1379495     1  0.0260     0.7610 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1470459     2  0.2320     0.8612 0.000 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR661361      3  0.2562     0.8252 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR615778      5  0.1333     0.6398 0.048 0.000 0.000 0.000 0.944 0.008
#> SRR1447564     1  0.1682     0.7454 0.928 0.000 0.000 0.000 0.020 0.052
#> SRR1455195     5  0.3652     0.5390 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR655182      1  0.0622     0.7593 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1335140     2  0.6456     0.1702 0.000 0.504 0.000 0.120 0.076 0.300
#> SRR1433555     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308650     2  0.2979     0.8302 0.000 0.804 0.004 0.000 0.004 0.188
#> SRR1388354     1  0.0405     0.7608 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1317446     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0405     0.8484 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1479955     2  0.1913     0.8442 0.000 0.908 0.000 0.000 0.012 0.080
#> SRR809853      1  0.3683     0.6447 0.768 0.000 0.000 0.000 0.048 0.184
#> SRR661313      3  0.2697     0.8187 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1499935     4  0.1908     0.8114 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1447303     3  0.3376     0.7938 0.000 0.000 0.764 0.000 0.016 0.220
#> SRR1429408     4  0.5735     0.3568 0.000 0.260 0.000 0.568 0.016 0.156
#> SRR1433950     1  0.1719     0.7418 0.924 0.000 0.000 0.000 0.016 0.060
#> SRR1362081     2  0.2346     0.8628 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR1409854     5  0.4587     0.4408 0.036 0.000 0.016 0.000 0.656 0.292
#> SRR1435229     5  0.2563     0.6269 0.052 0.000 0.000 0.000 0.876 0.072
#> SRR1085996     1  0.3416     0.6811 0.804 0.000 0.000 0.000 0.056 0.140
#> SRR1414229     5  0.1745     0.6248 0.000 0.000 0.056 0.000 0.924 0.020
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0458     0.7598 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613927      3  0.4031     0.6894 0.008 0.000 0.652 0.000 0.008 0.332
#> SRR1457854     1  0.0405     0.7608 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1473714     1  0.3978     0.6169 0.700 0.000 0.000 0.000 0.032 0.268
#> SRR813776      3  0.4543     0.6317 0.004 0.000 0.604 0.000 0.036 0.356
#> SRR808196      4  0.3737     0.6559 0.036 0.000 0.000 0.800 0.028 0.136
#> SRR1101085     4  0.2558     0.7880 0.000 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR614395      1  0.4266     0.4409 0.620 0.000 0.004 0.000 0.020 0.356
#> SRR1478251     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.2402     0.8601 0.000 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140
#> SRR1362310     1  0.0405     0.7608 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR665310      3  0.2697     0.8187 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1420109     3  0.5728     0.4478 0.128 0.000 0.512 0.000 0.012 0.348
#> SRR1330920     5  0.5774     0.1188 0.180 0.000 0.000 0.000 0.456 0.364
#> SRR1419539     3  0.3470     0.6330 0.000 0.000 0.740 0.000 0.012 0.248
#> SRR1359447     3  0.3929     0.6803 0.000 0.072 0.776 0.000 0.008 0.144
#> SRR1347259     4  0.3404     0.7511 0.000 0.000 0.000 0.760 0.016 0.224
#> SRR613915      3  0.3368     0.7887 0.000 0.000 0.756 0.000 0.012 0.232
#> SRR1384395     3  0.0937     0.8345 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR821715      3  0.2697     0.8187 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1478228     1  0.1745     0.7387 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1445637     1  0.0622     0.7590 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR608150      5  0.1152     0.6397 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR1096383     1  0.6243     0.3016 0.524 0.000 0.036 0.000 0.256 0.184
#> SRR1341480     4  0.2738     0.7772 0.000 0.000 0.000 0.820 0.004 0.176
#> SRR1341344     5  0.3231     0.5337 0.200 0.000 0.000 0.000 0.784 0.016
#> SRR1326270     3  0.2854     0.8094 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0363     0.8520 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR808566      4  0.4407     0.6050 0.000 0.184 0.000 0.720 0.004 0.092
#> SRR1430270     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.2070     0.8452 0.000 0.000 0.896 0.000 0.012 0.092
#> SRR661267      3  0.6461     0.3951 0.060 0.000 0.488 0.000 0.140 0.312
#> SRR810665      2  0.0000     0.8833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.2325     0.6331 0.044 0.000 0.008 0.000 0.900 0.048
#> SRR1420067     1  0.4747     0.3175 0.568 0.000 0.000 0.000 0.376 0.056
#> SRR1473632     1  0.3027     0.6924 0.824 0.000 0.000 0.000 0.028 0.148
#> SRR812536      3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370850     2  0.0632     0.8828 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1486195     2  0.2402     0.8601 0.000 0.856 0.000 0.000 0.004 0.140
#> SRR1407671     5  0.5309     0.2630 0.000 0.228 0.000 0.000 0.596 0.176
#> SRR1446375     5  0.6313     0.3108 0.240 0.000 0.028 0.000 0.496 0.236
#> SRR1465230     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR614119      1  0.5776     0.2963 0.520 0.000 0.004 0.000 0.288 0.188
#> SRR1356101     2  0.4494     0.7093 0.000 0.720 0.136 0.000 0.004 0.140
#> SRR1404209     1  0.4765     0.5272 0.676 0.000 0.000 0.000 0.152 0.172
#> SRR1392676     2  0.0622     0.8798 0.000 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR665538      1  0.5503     0.3449 0.552 0.000 0.000 0.000 0.276 0.172
#> SRR660510      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.2100     0.8066 0.000 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR658953      5  0.4166     0.5395 0.076 0.000 0.000 0.000 0.728 0.196
#> SRR2166459     1  0.0520     0.7607 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1070713     2  0.2320     0.8698 0.000 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR1485312     3  0.1141     0.8496 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1317631     4  0.2664     0.7158 0.000 0.000 0.000 0.848 0.016 0.136
#> SRR1488610     5  0.3336     0.5843 0.132 0.000 0.000 0.000 0.812 0.056
#> SRR1330588     3  0.2378     0.8327 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1316367     5  0.3896     0.4926 0.204 0.000 0.000 0.000 0.744 0.052
#> SRR1433926     1  0.2783     0.6924 0.836 0.000 0.000 0.000 0.016 0.148
#> SRR1091302     4  0.0291     0.8271 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR818263      5  0.5934     0.0424 0.216 0.000 0.000 0.000 0.420 0.364
#> SRR1404909     4  0.3161     0.7466 0.000 0.000 0.000 0.776 0.008 0.216
#> SRR663076      1  0.0520     0.7603 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1323577     2  0.0632     0.8828 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1442422     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.1297     0.7510 0.948 0.000 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR654862      5  0.4917     0.3300 0.076 0.000 0.000 0.000 0.576 0.348
#> SRR1407112     4  0.0260     0.8257 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1332969     3  0.2664     0.8203 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1353199     3  0.2697     0.8187 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1378885     3  0.3349     0.7823 0.000 0.000 0.748 0.000 0.008 0.244
#> SRR665357      3  0.1387     0.8182 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR662186      2  0.2357     0.8723 0.000 0.872 0.000 0.000 0.012 0.116
#> SRR1501020     3  0.2631     0.8219 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1347819     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480813     2  0.1910     0.8751 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1472576     4  0.4643     0.6578 0.000 0.120 0.000 0.700 0.004 0.176
#> SRR1431781     4  0.0291     0.8270 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.2954     0.6269 0.048 0.000 0.004 0.000 0.852 0.096
#> SRR1417632     4  0.4173     0.6816 0.000 0.000 0.000 0.712 0.060 0.228
#> SRR1350153     2  0.2006     0.8721 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1458113     5  0.2726     0.5880 0.000 0.000 0.112 0.000 0.856 0.032
#> SRR1326579     5  0.1657     0.6403 0.056 0.000 0.000 0.000 0.928 0.016
#> SRR1349363     2  0.2968     0.7592 0.000 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR1096712     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1090407     3  0.2562     0.8246 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR1083752     2  0.6015     0.1945 0.000 0.496 0.000 0.240 0.008 0.256
#> SRR1377599     4  0.5002     0.5647 0.000 0.000 0.000 0.636 0.136 0.228
#> SRR1488449     3  0.2597     0.8233 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1318354     5  0.4301     0.4612 0.000 0.000 0.240 0.000 0.696 0.064
#> SRR1359062     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1398924     5  0.4646     0.5190 0.084 0.028 0.000 0.000 0.728 0.160
#> SRR663783      3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319204     5  0.6261     0.2819 0.000 0.020 0.228 0.000 0.480 0.272
#> SRR1369070     2  0.0806     0.8792 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR615659      1  0.2553     0.6993 0.848 0.000 0.000 0.000 0.008 0.144
#> SRR1337449     2  0.2320     0.8621 0.000 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR1316982     3  0.3576     0.6909 0.000 0.060 0.800 0.000 0.004 0.136
#> SRR1498595     4  0.4305     0.6896 0.000 0.052 0.000 0.712 0.008 0.228
#> SRR1377423     3  0.2135     0.8394 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1312310     2  0.2053     0.8709 0.000 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR1485613     1  0.5612     0.2959 0.524 0.000 0.000 0.000 0.300 0.176
#> SRR1338426     3  0.1334     0.8312 0.000 0.000 0.948 0.000 0.032 0.020
#> SRR1353309     3  0.0260     0.8496 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR658941      5  0.5823     0.1710 0.000 0.000 0.372 0.000 0.440 0.188
#> SRR1101643     1  0.2988     0.6884 0.824 0.000 0.000 0.000 0.024 0.152
#> SRR1401468     5  0.5742     0.2060 0.332 0.000 0.000 0.000 0.484 0.184
#> SRR1368874     2  0.2446     0.8650 0.000 0.864 0.000 0.000 0.012 0.124
#> SRR1324085     4  0.1524     0.8210 0.000 0.000 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1363858     1  0.5551     0.2874 0.556 0.000 0.000 0.000 0.224 0.220
#> SRR819820      3  0.4703     0.5569 0.000 0.000 0.684 0.000 0.152 0.164
#> SRR1337342     5  0.1549     0.6388 0.044 0.000 0.000 0.000 0.936 0.020
#> SRR655206      3  0.4934     0.4991 0.000 0.032 0.648 0.000 0.044 0.276
#> SRR1387013     2  0.2669     0.7954 0.000 0.836 0.000 0.000 0.008 0.156
#> SRR1317410     1  0.1745     0.7387 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR608198      5  0.1462     0.6394 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008
#> SRR1440161     2  0.2488     0.8614 0.000 0.864 0.004 0.000 0.008 0.124
#> SRR1343741     2  0.0806     0.8792 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1381288     2  0.0717     0.8786 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1415379     4  0.0891     0.8174 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1099622     2  0.2624     0.8573 0.000 0.844 0.004 0.000 0.004 0.148
#> SRR663197      3  0.0260     0.8512 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394836     3  0.5163     0.4485 0.000 0.088 0.628 0.000 0.016 0.268
#> SRR661699      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813680      3  0.5899     0.4863 0.080 0.000 0.516 0.000 0.048 0.356
#> SRR1410678     1  0.0405     0.7608 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1378109     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499174     1  0.2821     0.6902 0.832 0.000 0.000 0.000 0.016 0.152
#> SRR1311486     2  0.0547     0.8848 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1382851     5  0.7487    -0.2782 0.000 0.300 0.000 0.132 0.308 0.260
#> SRR1433410     5  0.1462     0.6394 0.056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.008
#> SRR661167      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.3102     0.7455 0.000 0.000 0.816 0.000 0.156 0.028
#> SRR660462      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.6325    -0.1307 0.004 0.000 0.016 0.456 0.324 0.200
#> SRR657949      3  0.4887     0.6656 0.000 0.000 0.624 0.000 0.096 0.280
#> SRR1308882     4  0.1588     0.8186 0.000 0.000 0.000 0.924 0.004 0.072
#> SRR655768      1  0.5316     0.3998 0.592 0.000 0.000 0.000 0.240 0.168
#> SRR1485870     4  0.5535     0.4103 0.000 0.000 0.000 0.532 0.160 0.308
#> SRR1444138     1  0.5008     0.4729 0.644 0.000 0.000 0.000 0.168 0.188
#> SRR1417342     1  0.1334     0.7555 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR1470193     4  0.1967     0.8183 0.000 0.000 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1091380     3  0.4703     0.5569 0.000 0.000 0.684 0.000 0.152 0.164
#> SRR1099096     1  0.1686     0.7406 0.924 0.000 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR1313583     4  0.3810     0.0651 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.3050     0.7271 0.000 0.028 0.832 0.000 0.004 0.136
#> SRR1485416     4  0.2632     0.7839 0.000 0.000 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR818821      3  0.2070     0.8452 0.000 0.000 0.896 0.000 0.012 0.092
#> SRR809963      1  0.4266     0.4409 0.620 0.000 0.004 0.000 0.020 0.356
#> SRR1072247     1  0.0622     0.7598 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1353710     4  0.2613     0.8023 0.000 0.000 0.000 0.848 0.012 0.140
#> SRR1445259     5  0.2756     0.6386 0.032 0.000 0.020 0.000 0.876 0.072
#> SRR1408393     3  0.4637     0.6233 0.020 0.000 0.600 0.000 0.020 0.360
#> SRR1361522     1  0.2783     0.6924 0.836 0.000 0.000 0.000 0.016 0.148
#> SRR1368597     1  0.2060     0.7332 0.900 0.000 0.000 0.000 0.016 0.084
#> SRR1309680     2  0.0937     0.8799 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1310542     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333485     4  0.2100     0.8063 0.000 0.000 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1406437     5  0.5984     0.3021 0.012 0.016 0.092 0.008 0.548 0.324
#> SRR1354931     3  0.2219     0.8357 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1391856     2  0.5754     0.3850 0.000 0.528 0.304 0.000 0.008 0.160
#> SRR1446738     2  0.5911     0.1169 0.000 0.432 0.000 0.000 0.356 0.212
#> SRR1309032     2  0.2346     0.8628 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR1388145     2  0.0790     0.8831 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1432611     2  0.2234     0.8628 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR815869      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375329     5  0.2398     0.6239 0.028 0.000 0.004 0.000 0.888 0.080
#> SRR1387921     1  0.0260     0.7610 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466792     2  0.2346     0.8628 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR1360478     2  0.0972     0.8812 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1360695     1  0.3213     0.6697 0.820 0.000 0.000 0.000 0.048 0.132
#> SRR812943      5  0.5621     0.2038 0.288 0.000 0.000 0.000 0.528 0.184
#> SRR1400910     5  0.3373     0.5730 0.012 0.032 0.000 0.000 0.816 0.140
#> SRR1444203     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR816177      2  0.1814     0.8537 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR658754      3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429603     4  0.2768     0.7961 0.000 0.000 0.000 0.832 0.012 0.156
#> SRR1397366     3  0.2697     0.8187 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1446028     1  0.1007     0.7570 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1083918     2  0.0790     0.8831 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1337606     5  0.2740     0.6014 0.028 0.000 0.000 0.000 0.852 0.120
#> SRR659109      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.3104     0.5448 0.184 0.000 0.000 0.000 0.800 0.016
#> SRR656946      1  0.3025     0.6883 0.820 0.000 0.000 0.000 0.024 0.156
#> SRR1476102     1  0.3345     0.6395 0.776 0.000 0.000 0.000 0.204 0.020
#> SRR1476447     1  0.1528     0.7539 0.936 0.000 0.000 0.000 0.016 0.048
#> SRR1342067     4  0.1908     0.8120 0.000 0.000 0.000 0.900 0.004 0.096
#> SRR1385389     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0405     0.7617 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR614419      5  0.4455     0.4058 0.240 0.000 0.000 0.000 0.684 0.076
#> SRR1322936     5  0.1644     0.6376 0.040 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028
#> SRR1349121     1  0.4390     0.5802 0.720 0.000 0.000 0.000 0.148 0.132
#> SRR1430549     1  0.0820     0.7611 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR612935      3  0.3892     0.6753 0.000 0.000 0.752 0.000 0.188 0.060
#> SRR661481      2  0.0713     0.8839 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1354117     2  0.2961     0.8526 0.000 0.840 0.020 0.000 0.008 0.132
#> SRR1393596     4  0.3688     0.7202 0.000 0.000 0.000 0.724 0.020 0.256
#> SRR1452164     1  0.0405     0.7627 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1070503     3  0.4325     0.7372 0.000 0.000 0.692 0.000 0.064 0.244
#> SRR1499894     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082883     5  0.1152     0.6397 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR1468271     1  0.5682     0.2611 0.504 0.000 0.000 0.000 0.316 0.180
#> SRR1332443     1  0.0622     0.7612 0.980 0.000 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR810295      2  0.2234     0.8628 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR662103      1  0.2783     0.6924 0.836 0.000 0.000 0.000 0.016 0.148
#> SRR1328620     5  0.4815     0.4741 0.000 0.000 0.188 0.000 0.668 0.144
#> SRR1396294     4  0.5360     0.4443 0.016 0.000 0.048 0.668 0.048 0.220
#> SRR1419917     1  0.2869     0.6905 0.832 0.000 0.000 0.000 0.020 0.148
#> SRR662114      3  0.5346     0.4166 0.000 0.000 0.548 0.000 0.324 0.128
#> SRR1489199     5  0.3168     0.6099 0.056 0.000 0.000 0.000 0.828 0.116
#> SRR813584      2  0.1204     0.8779 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1069638     5  0.3957     0.5193 0.012 0.000 0.036 0.000 0.752 0.200
#> SRR614864      3  0.3348     0.7998 0.000 0.000 0.768 0.000 0.016 0.216
#> SRR1433392     1  0.5954     0.2082 0.492 0.000 0.116 0.000 0.028 0.364
#> SRR1377777     2  0.1858     0.8468 0.000 0.912 0.000 0.000 0.012 0.076
#> SRR2167710     1  0.3062     0.6854 0.816 0.000 0.000 0.000 0.024 0.160
#> SRR1401252     4  0.3103     0.7528 0.000 0.000 0.000 0.784 0.008 0.208
#> SRR1309963     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338031     1  0.0622     0.7584 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR1418628     2  0.1531     0.8813 0.000 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR1486889     1  0.7043     0.0730 0.388 0.000 0.088 0.000 0.188 0.336
#> SRR1380393     1  0.0405     0.7608 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1319731     1  0.1367     0.7497 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR1356468     4  0.3603     0.6693 0.012 0.000 0.000 0.808 0.056 0.124
#> SRR1337010     2  0.2346     0.8628 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR1486520     5  0.4703     0.3487 0.312 0.000 0.000 0.000 0.620 0.068
#> SRR1486538     4  0.0632     0.8269 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1340486     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1377696     4  0.7243     0.0235 0.000 0.108 0.000 0.396 0.232 0.264
#> SRR1465459     3  0.3445     0.7794 0.000 0.000 0.744 0.000 0.012 0.244
#> SRR1080270     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312501     3  0.1957     0.8450 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1093148     5  0.4094     0.5364 0.000 0.000 0.088 0.000 0.744 0.168
#> SRR1467080     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410866     2  0.2092     0.8709 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR816475      4  0.1644     0.8196 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1379198     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.1957     0.8449 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1452246     2  0.1643     0.8571 0.000 0.924 0.000 0.000 0.008 0.068
#> SRR1338836     2  0.0806     0.8792 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1369129     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.2697     0.8187 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR813824      3  0.1814     0.8440 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1082376     1  0.4769     0.3804 0.576 0.000 0.000 0.000 0.060 0.364
#> SRR1500891     4  0.2706     0.7844 0.000 0.000 0.000 0.832 0.008 0.160
#> SRR807543      3  0.4760     0.6083 0.012 0.000 0.588 0.000 0.036 0.364
#> SRR1091572     5  0.5625     0.2404 0.192 0.000 0.000 0.000 0.532 0.276
#> SRR1346689     4  0.2558     0.7883 0.000 0.000 0.000 0.840 0.004 0.156
#> SRR1332424     5  0.1349     0.6395 0.056 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004
#> SRR663729      4  0.2915     0.7744 0.000 0.000 0.000 0.808 0.008 0.184
#> SRR1097013     1  0.0291     0.7612 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR613675      5  0.1644     0.6376 0.040 0.000 0.000 0.000 0.932 0.028
#> SRR1485357     4  0.0260     0.8257 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.4243     0.5923 0.736 0.000 0.000 0.000 0.132 0.132
#> SRR1437622     2  0.2513     0.8048 0.000 0.852 0.000 0.008 0.000 0.140
#> SRR1355172     3  0.5603     0.4712 0.164 0.000 0.616 0.000 0.024 0.196
#> SRR655531      5  0.2237     0.6344 0.068 0.000 0.000 0.000 0.896 0.036
#> SRR1338147     3  0.2597     0.8245 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1413329     5  0.4663     0.4840 0.000 0.000 0.124 0.000 0.684 0.192
#> SRR1485931     2  0.3003     0.7595 0.000 0.812 0.000 0.000 0.016 0.172
#> SRR1420873     1  0.5548     0.3237 0.540 0.000 0.000 0.000 0.288 0.172
#> SRR1333308     4  0.2821     0.7966 0.000 0.000 0.000 0.832 0.016 0.152
#> SRR1452033     1  0.4583     0.5501 0.696 0.000 0.000 0.000 0.128 0.176
#> SRR1467316     2  0.1967     0.8413 0.000 0.904 0.000 0.000 0.012 0.084
#> SRR809018      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0508     0.8838 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR663440      3  0.3445     0.7794 0.000 0.000 0.744 0.000 0.012 0.244
#> SRR1471755     2  0.0632     0.8828 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR808019      5  0.5924     0.4110 0.152 0.000 0.052 0.000 0.604 0.192
#> SRR1479133     3  0.2664     0.8206 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR615069      5  0.3297     0.5768 0.000 0.000 0.112 0.000 0.820 0.068
#> SRR1456185     2  0.0937     0.8841 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1350069     4  0.3107     0.6979 0.016 0.000 0.000 0.832 0.016 0.136
#> SRR816316      1  0.4034     0.4804 0.652 0.000 0.000 0.000 0.020 0.328
#> SRR664795      3  0.6638     0.2709 0.164 0.000 0.424 0.000 0.056 0.356
#> SRR1490721     5  0.5237     0.1598 0.000 0.000 0.000 0.172 0.608 0.220
#> SRR810643      1  0.4682     0.2803 0.556 0.000 0.000 0.000 0.396 0.048
#> SRR1430333     5  0.1555     0.6327 0.008 0.000 0.040 0.000 0.940 0.012
#> SRR1085285     3  0.1814     0.8441 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1099072     3  0.2823     0.8110 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1317985     1  0.0806     0.7565 0.972 0.000 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR1487340     1  0.0520     0.7616 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1420276     3  0.0937     0.8345 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1351347     3  0.2488     0.8046 0.000 0.000 0.880 0.000 0.076 0.044
#> SRR1405525     5  0.3490     0.5555 0.176 0.000 0.000 0.000 0.784 0.040
#> SRR1370329     1  0.0458     0.7598 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1465001     1  0.1745     0.7387 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1476525     2  0.0000     0.8833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.1556     0.8678 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR2157314     1  0.1151     0.7541 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR1409465     2  0.0806     0.8792 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR809987      4  0.4311     0.3518 0.296 0.000 0.000 0.668 0.012 0.024
#> SRR613639      3  0.3271     0.7920 0.000 0.000 0.760 0.000 0.008 0.232
#> SRR1402285     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.4131     0.4478 0.624 0.000 0.000 0.000 0.020 0.356
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.3955     0.5788 0.092 0.000 0.004 0.000 0.772 0.132
#> SRR1394734     2  0.1267     0.8766 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1317771     1  0.2433     0.7407 0.884 0.000 0.000 0.000 0.072 0.044
#> SRR1365894     6  0.7646     0.0296 0.000 0.184 0.000 0.244 0.264 0.308
#> SRR1073581     1  0.6725     0.1516 0.436 0.000 0.048 0.000 0.280 0.236
#> SRR659804      1  0.1151     0.7541 0.956 0.000 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR1345914     2  0.0146     0.8836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432186     2  0.0632     0.8828 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1473529     4  0.7023    -0.0100 0.000 0.296 0.000 0.368 0.064 0.272
#> SRR660764      3  0.0458     0.8494 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR820448      1  0.3819     0.5033 0.672 0.000 0.000 0.000 0.012 0.316
#> SRR1328845     4  0.3956     0.6339 0.040 0.000 0.000 0.784 0.032 0.144
#> SRR1336415     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1379065     4  0.0790     0.8264 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1459190     3  0.2631     0.8223 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1346773     1  0.4037     0.3409 0.608 0.000 0.000 0.000 0.380 0.012
#> SRR1499521     1  0.5711     0.2287 0.492 0.000 0.000 0.000 0.328 0.180
#> SRR1440898     2  0.0000     0.8833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.1957     0.8436 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1081209     2  0.0717     0.8786 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1400202     1  0.0405     0.7612 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1333395     4  0.6516     0.2162 0.224 0.000 0.000 0.476 0.040 0.260
#> SRR1309248     4  0.6088     0.1711 0.000 0.004 0.000 0.440 0.244 0.312
#> SRR809161      3  0.2631     0.8224 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1316320     5  0.4553     0.3535 0.012 0.036 0.000 0.000 0.648 0.304
#> SRR1432629     2  0.1349     0.8728 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1498931     1  0.0146     0.7608 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416578     4  0.0777     0.8191 0.000 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.4725     0.3306 0.332 0.000 0.000 0.000 0.604 0.064
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.3624     0.6443 0.784 0.000 0.000 0.000 0.060 0.156
#> SRR1078489     5  0.3785     0.5557 0.004 0.000 0.064 0.000 0.780 0.152
#> SRR1332648     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      5  0.6022     0.4012 0.000 0.068 0.124 0.000 0.596 0.212
#> SRR1470420     2  0.2320     0.8612 0.000 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR1475566     1  0.0405     0.7612 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1477949     1  0.0405     0.7608 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1481419     2  0.0000     0.8833 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.4760     0.5143 0.668 0.000 0.000 0.000 0.212 0.120
#> SRR615946      3  0.2300     0.8345 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1446481     2  0.0790     0.8831 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1467656     2  0.2234     0.8628 0.000 0.872 0.000 0.000 0.004 0.124
#> SRR1402962     5  0.3841     0.5330 0.168 0.000 0.000 0.000 0.764 0.068
#> SRR660224      2  0.0146     0.8836 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR665586      1  0.2945     0.6868 0.824 0.000 0.000 0.000 0.020 0.156
#> SRR1347166     5  0.1333     0.6398 0.048 0.000 0.000 0.000 0.944 0.008
#> SRR1485722     5  0.2672     0.6226 0.052 0.000 0.000 0.000 0.868 0.080
#> SRR1415316     1  0.1807     0.7422 0.920 0.000 0.000 0.000 0.020 0.060
#> SRR613390      1  0.2821     0.6902 0.832 0.000 0.000 0.000 0.016 0.152
#> SRR661108      3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     5  0.7502     0.1120 0.152 0.000 0.216 0.000 0.336 0.296
#> SRR817329      1  0.2945     0.6868 0.824 0.000 0.000 0.000 0.020 0.156
#> SRR1401990     4  0.2572     0.7206 0.000 0.000 0.000 0.852 0.012 0.136
#> SRR1467745     2  0.4647     0.7023 0.000 0.700 0.000 0.096 0.008 0.196
#> SRR1471795     2  0.0458     0.8832 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1415637     2  0.0806     0.8792 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR813137      1  0.3984     0.4877 0.664 0.000 0.008 0.000 0.008 0.320
#> SRR1314873     1  0.2907     0.6892 0.828 0.000 0.000 0.000 0.020 0.152
#> SRR1401211     1  0.3395     0.6610 0.808 0.000 0.000 0.000 0.060 0.132
#> SRR1419692     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR818797      3  0.3076     0.7905 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR2164608     5  0.5727     0.2680 0.000 0.000 0.308 0.000 0.500 0.192
#> SRR1455586     3  0.4153     0.6242 0.000 0.096 0.752 0.000 0.004 0.148
#> SRR819459      3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488939     2  0.2358     0.8195 0.000 0.876 0.000 0.000 0.016 0.108
#> SRR1433232     2  0.0972     0.8750 0.000 0.964 0.000 0.000 0.008 0.028
#> SRR1385501     6  0.6089    -0.1459 0.360 0.000 0.000 0.000 0.276 0.364
#> SRR1361652     5  0.3370     0.5892 0.044 0.004 0.000 0.000 0.812 0.140
#> SRR1437119     1  0.0146     0.7608 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478547     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.3032     0.5867 0.000 0.000 0.104 0.000 0.840 0.056
#> SRR1310584     1  0.1745     0.7387 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1500216     1  0.5571     0.2895 0.552 0.000 0.000 0.000 0.224 0.224
#> SRR1486762     3  0.2003     0.8419 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1480854     4  0.3023     0.7528 0.000 0.000 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1489394     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.3662     0.7437 0.000 0.060 0.000 0.804 0.012 0.124
#> SRR1405165     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433004     1  0.2821     0.6902 0.832 0.000 0.000 0.000 0.016 0.152
#> SRR1471477     1  0.5587     0.3306 0.540 0.000 0.000 0.000 0.272 0.188
#> SRR1098567     2  0.2100     0.8713 0.000 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR1098712     6  0.8868     0.1371 0.104 0.100 0.024 0.260 0.196 0.316
#> SRR1455038     5  0.5590     0.1129 0.352 0.000 0.000 0.000 0.496 0.152
#> SRR1375248     3  0.5007     0.4462 0.000 0.212 0.652 0.000 0.004 0.132
#> SRR1403005     3  0.2823     0.8110 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1348378     2  0.3516     0.8367 0.000 0.804 0.012 0.024 0.004 0.156
#> SRR1413541     1  0.2945     0.6868 0.824 0.000 0.000 0.000 0.020 0.156
#> SRR1392943     4  0.4200     0.7057 0.000 0.000 0.000 0.740 0.120 0.140
#> SRR1475192     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432085     2  0.2442     0.8596 0.000 0.852 0.000 0.000 0.004 0.144
#> SRR1452468     5  0.2595     0.6234 0.044 0.000 0.000 0.000 0.872 0.084
#> SRR1347060     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414139     3  0.3756     0.6728 0.000 0.076 0.788 0.000 0.004 0.132
#> SRR1447962     2  0.2482     0.8586 0.000 0.848 0.000 0.000 0.004 0.148
#> SRR1444324     2  0.3182     0.8400 0.000 0.832 0.036 0.000 0.008 0.124
#> SRR1415004     1  0.0405     0.7608 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1413436     1  0.4639     0.1681 0.512 0.000 0.000 0.000 0.448 0.040
#> SRR1311266     5  0.3020     0.6110 0.080 0.000 0.000 0.000 0.844 0.076
#> SRR1343302     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1373746     1  0.0291     0.7612 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1429678     1  0.0692     0.7608 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1469413     2  0.2695     0.8565 0.000 0.844 0.008 0.000 0.004 0.144
#> SRR1405331     3  0.4749     0.6143 0.012 0.000 0.592 0.000 0.036 0.360
#> SRR1345609     1  0.0717     0.7608 0.976 0.000 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1380208     5  0.2968     0.5465 0.000 0.016 0.000 0.000 0.816 0.168
#> SRR1322840     4  0.0632     0.8270 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1399797     3  0.0260     0.8512 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1416654     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315081     3  0.0865     0.8357 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1369196     3  0.0146     0.8507 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400847     1  0.0260     0.7610 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1365291     3  0.3617     0.7734 0.000 0.000 0.736 0.000 0.020 0.244
#> SRR1367920     4  0.4908     0.5850 0.000 0.000 0.000 0.648 0.128 0.224
#> SRR1366648     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.2218     0.8749 0.000 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104
#> SRR1082173     5  0.4809     0.4690 0.000 0.000 0.140 0.000 0.668 0.192
#> SRR1363968     1  0.5471     0.3576 0.560 0.000 0.000 0.000 0.268 0.172
#> SRR814387      1  0.1745     0.7387 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR657599      5  0.5591     0.4404 0.140 0.000 0.036 0.000 0.632 0.192
#> SRR1386689     4  0.0146     0.8263 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1395575     3  0.1267     0.8492 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1453811     3  0.3534     0.7766 0.000 0.000 0.740 0.000 0.016 0.244
#> SRR1441159     1  0.4018     0.2415 0.580 0.000 0.000 0.000 0.412 0.008
#> SRR1403154     4  0.0000     0.8270 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8514 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.5805     0.1876 0.000 0.000 0.300 0.000 0.488 0.212

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:skmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.483           0.820       0.879         0.4950 0.499   0.499
#> 3 3 0.827           0.866       0.940         0.3436 0.716   0.491
#> 4 4 0.957           0.927       0.971         0.1069 0.890   0.688
#> 5 5 0.962           0.930       0.968         0.0761 0.922   0.717
#> 6 6 0.860           0.749       0.870         0.0388 0.959   0.808

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 4

There is also optional best \(k\) = 4 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     2  0.9993   -0.32069 0.484 0.516
#> SRR1331708     1  0.6801    0.88358 0.820 0.180
#> SRR1464258     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1454201     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR661589      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1315165     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1417809     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1095575     2  0.6148    0.69449 0.152 0.848
#> SRR1315931     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1430066     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1431037     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1395554     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1344143     1  0.9686   -0.00973 0.604 0.396
#> SRR1486845     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1490740     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1446627     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1456138     2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1416248     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1383907     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1375699     1  0.8499    0.39151 0.724 0.276
#> SRR1429846     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR613550      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1345146     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1324025     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1318879     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR820755      2  0.7219    0.60183 0.200 0.800
#> SRR1485830     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR612263      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1415398     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1421327     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1083311     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1499303     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1452935     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1470459     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR661361      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1447564     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1455195     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR655182      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1335140     1  0.9881   -0.16245 0.564 0.436
#> SRR1433555     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1388354     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1317446     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1413602     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.7602    0.80985 0.220 0.780
#> SRR809853      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR661313      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1499935     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1447303     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1429408     1  0.9850   -0.12332 0.572 0.428
#> SRR1433950     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1362081     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1409854     2  0.9963   -0.25507 0.464 0.536
#> SRR1435229     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1085996     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1414229     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1400974     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR613927      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1457854     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1473714     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR813776      2  0.6973    0.62551 0.188 0.812
#> SRR808196      1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1478251     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1362310     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR665310      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1420109     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1330920     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1419539     2  0.7056    0.82577 0.192 0.808
#> SRR1359447     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1347259     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR613915      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1384395     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR821715      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1445637     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR608150      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1096383     1  0.7815    0.85696 0.768 0.232
#> SRR1341480     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1326270     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1498838     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1416313     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.9977    0.43042 0.472 0.528
#> SRR1430270     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR613533      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR661267      2  0.9710   -0.00805 0.400 0.600
#> SRR810665      2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1407250     2  0.9988   -0.30816 0.480 0.520
#> SRR1420067     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1473632     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR812536      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1486195     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1407671     1  0.3879    0.75358 0.924 0.076
#> SRR1446375     2  0.6438    0.67457 0.164 0.836
#> SRR1465230     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1356101     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1404209     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1392676     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR665538      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR660510      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1445655     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.8499    0.80944 0.724 0.276
#> SRR2166459     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1070713     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1485312     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1330588     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1433926     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1091302     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1404909     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1323577     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1442422     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR654862      1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1407112     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1332969     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1353199     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1378885     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR665357      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1501020     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1347819     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1472576     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1431781     1  0.4431    0.73832 0.908 0.092
#> SRR1452270     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1500472     2  0.5737    0.72032 0.136 0.864
#> SRR1417632     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1458113     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1349363     1  0.9710   -0.02606 0.600 0.400
#> SRR1096712     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1090407     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1377599     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1488449     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1318354     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1359062     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1398924     2  0.9732   -0.01204 0.404 0.596
#> SRR663783      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1319204     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR615659      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1337449     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1316982     2  0.2778    0.86394 0.048 0.952
#> SRR1498595     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1377423     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1485613     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1338426     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1353309     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR658941      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1401468     1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1368874     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1324085     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.5294    0.86250 0.880 0.120
#> SRR819820      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR655206      2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1387013     2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1317410     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR608198      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1440161     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1343741     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1381288     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1415379     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR663197      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1394836     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR661699      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR813680      2  0.9850   -0.12337 0.428 0.572
#> SRR1410678     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1378109     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1311486     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1382851     2  0.7299    0.82025 0.204 0.796
#> SRR1433410     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR661167      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1432518     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR660462      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.5946    0.67132 0.856 0.144
#> SRR657949      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1308882     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1485870     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.7219    0.88561 0.800 0.200
#> SRR1417342     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1470193     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1091380     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1313583     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1485416     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR818821      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1072247     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1353710     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1445259     2  0.1184    0.86267 0.016 0.984
#> SRR1408393     2  0.9896   -0.16891 0.440 0.560
#> SRR1361522     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1368597     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1309680     2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1310542     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1354931     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1391856     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1446738     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1309032     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1388145     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1432611     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR815869      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR613150      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1375329     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1387921     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1466792     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1360478     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1360695     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR812943      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1400910     2  0.0672    0.86997 0.008 0.992
#> SRR1444203     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR658754      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1397366     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1083918     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1337606     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR659109      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR656946      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1476102     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1476447     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1342067     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR614419      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1322936     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1349121     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1430549     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR612935      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1354117     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1393596     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1070503     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1499894     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.6531    0.87955 0.832 0.168
#> SRR1468271     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1332443     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR810295      2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR662103      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1328620     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1396294     1  0.9686    0.00436 0.604 0.396
#> SRR1419917     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR662114      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.8813    0.77836 0.700 0.300
#> SRR813584      2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1069638     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR614864      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1433392     1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1377777     2  0.7453    0.81525 0.212 0.788
#> SRR2167710     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1401252     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1418628     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1486889     1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1380393     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1319731     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1356468     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1486520     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1486538     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1377696     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1465459     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1080270     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1312501     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1093148     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1467080     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR816475      2  0.9983    0.41812 0.476 0.524
#> SRR1379198     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1338836     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1369129     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR813824      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1500891     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR807543      2  0.0376    0.87262 0.004 0.996
#> SRR1091572     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1346689     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR663729      1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR613675      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1485357     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR655816      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1437622     2  0.7299    0.82022 0.204 0.796
#> SRR1355172     2  0.9850   -0.12337 0.428 0.572
#> SRR655531      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1338147     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1413329     2  0.0672    0.86933 0.008 0.992
#> SRR1485931     2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1420873     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1333308     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1467316     2  0.8713    0.74507 0.292 0.708
#> SRR809018      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR663440      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR808019      1  0.9922    0.50582 0.552 0.448
#> SRR1479133     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR615069      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1350069     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR664795      1  0.9754    0.59578 0.592 0.408
#> SRR1490721     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1430333     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1085285     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1099072     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1487340     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1420276     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1351347     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1370329     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1465001     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1476525     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR819610      2  0.8081    0.78821 0.248 0.752
#> SRR2157314     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1409465     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR809987      1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR613639      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1402285     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1405660     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1095455     2  0.7453    0.58522 0.212 0.788
#> SRR1394734     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1317771     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1365894     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.7453    0.87554 0.788 0.212
#> SRR659804      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1345914     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1432186     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1473529     1  0.9710   -0.02606 0.600 0.400
#> SRR660764      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1328845     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1336415     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1459190     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1499521     1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1440898     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1347459     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1400202     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1333395     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1309248     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR809161      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1316320     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1498931     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1416578     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1405547     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1309160     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR663489      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1078489     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1332648     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1470420     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1475566     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1477949     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1481419     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1464766     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR615946      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1467656     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1402962     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR660224      2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR665586      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1347166     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1485722     1  0.9815    0.57041 0.580 0.420
#> SRR1415316     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR613390      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR661108      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR2170173     2  0.2778    0.83295 0.048 0.952
#> SRR817329      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1401990     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1471795     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1415637     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR813137      1  0.7219    0.88557 0.800 0.200
#> SRR1314873     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1401211     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1419692     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR818797      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR2164608     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1455586     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR819459      2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.9850    0.53035 0.428 0.572
#> SRR1433232     2  0.7219    0.82247 0.200 0.800
#> SRR1385501     1  0.9248    0.72016 0.660 0.340
#> SRR1361652     1  0.8763    0.78400 0.704 0.296
#> SRR1437119     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1478547     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1430910     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1500216     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1486762     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1405165     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1471477     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1098567     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1098712     1  0.9710   -0.01202 0.600 0.400
#> SRR1455038     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1375248     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1403005     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1413541     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1392943     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1452468     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1347060     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1447962     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1444324     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1415004     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1413436     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1311266     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1343302     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1429678     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1469413     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1405331     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1380208     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1322840     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1416654     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1315081     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1369196     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1365291     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1367920     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1366648     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.7139    0.82454 0.196 0.804
#> SRR1082173     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR814387      1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR657599      1  0.9815    0.57042 0.580 0.420
#> SRR1386689     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1395575     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1453811     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.7139    0.88848 0.804 0.196
#> SRR1403154     1  0.0000    0.81802 1.000 0.000
#> SRR1468722     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000
#> SRR1310275     2  0.0000    0.87580 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     3  0.6062      0.370 0.384 0.000 0.616
#> SRR1331708     1  0.3752      0.810 0.856 0.144 0.000
#> SRR1464258     1  0.0237      0.954 0.996 0.000 0.004
#> SRR1454201     1  0.1860      0.913 0.948 0.000 0.052
#> SRR661589      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.2066      0.908 0.060 0.940 0.000
#> SRR1094457     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1095575     1  0.5327      0.626 0.728 0.000 0.272
#> SRR1315931     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486845     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1456138     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR613550      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR820755      3  0.5859      0.454 0.344 0.000 0.656
#> SRR1485830     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR599313      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1421327     2  0.1860      0.912 0.052 0.948 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452935     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     3  0.4796      0.694 0.000 0.220 0.780
#> SRR661361      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     3  0.2356      0.872 0.000 0.072 0.928
#> SRR1388354     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     3  0.5178      0.636 0.000 0.256 0.744
#> SRR1409854     1  0.6111      0.363 0.604 0.000 0.396
#> SRR1435229     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400974     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.4399      0.731 0.188 0.000 0.812
#> SRR1457854     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR813776      3  0.5859      0.454 0.344 0.000 0.656
#> SRR808196      2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1101085     2  0.1860      0.912 0.052 0.948 0.000
#> SRR614395      1  0.0424      0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1478251     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1370551     3  0.6180      0.269 0.000 0.416 0.584
#> SRR1362310     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     3  0.1289      0.901 0.032 0.000 0.968
#> SRR1330920     1  0.0424      0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1419539     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359447     3  0.0592      0.916 0.000 0.012 0.988
#> SRR1347259     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR613915      3  0.3340      0.815 0.120 0.000 0.880
#> SRR1384395     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.5835      0.484 0.660 0.000 0.340
#> SRR1341480     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498838     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     2  0.6168      0.303 0.412 0.588 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      3  0.5859      0.454 0.344 0.000 0.656
#> SRR810665      2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1407250     1  0.6062      0.392 0.616 0.000 0.384
#> SRR1420067     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     3  0.5058      0.656 0.000 0.244 0.756
#> SRR1407671     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.4887      0.701 0.772 0.000 0.228
#> SRR1465230     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR614119      1  0.1964      0.912 0.944 0.000 0.056
#> SRR1356101     3  0.1860      0.888 0.000 0.052 0.948
#> SRR1404209     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.5650      0.570 0.000 0.688 0.312
#> SRR665538      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     2  0.0592      0.915 0.012 0.988 0.000
#> SRR658953      1  0.2050      0.922 0.952 0.028 0.020
#> SRR2166459     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR818263      1  0.0237      0.954 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404909     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.1163      0.935 0.972 0.000 0.028
#> SRR1407112     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.3879      0.777 0.152 0.000 0.848
#> SRR665357      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1501020     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1472576     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.6443      0.626 0.720 0.040 0.240
#> SRR1417632     2  0.0237      0.916 0.004 0.996 0.000
#> SRR1350153     2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1458113     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359062     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.5696      0.749 0.796 0.056 0.148
#> SRR663783      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.1411      0.900 0.000 0.036 0.964
#> SRR1369070     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR615659      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.5882      0.499 0.000 0.652 0.348
#> SRR1316982     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312310     3  0.6274      0.135 0.000 0.456 0.544
#> SRR1485613     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0237      0.954 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368874     3  0.5178      0.636 0.000 0.256 0.744
#> SRR1324085     2  0.1411      0.914 0.036 0.964 0.000
#> SRR1363858     1  0.6045      0.385 0.620 0.380 0.000
#> SRR819820      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.1753      0.891 0.000 0.048 0.952
#> SRR1387013     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     3  0.1964      0.885 0.000 0.056 0.944
#> SRR1343741     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1381288     2  0.3879      0.802 0.000 0.848 0.152
#> SRR1415379     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1099622     3  0.6252      0.178 0.000 0.444 0.556
#> SRR663197      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     3  0.1860      0.888 0.000 0.052 0.948
#> SRR661699      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR813680      3  0.5859      0.454 0.344 0.000 0.656
#> SRR1410678     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1382851     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR657949      3  0.4750      0.691 0.216 0.000 0.784
#> SRR1308882     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR655768      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.1964      0.909 0.944 0.000 0.056
#> SRR1417342     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.1031      0.915 0.024 0.976 0.000
#> SRR1091380     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.3619      0.820 0.864 0.136 0.000
#> SRR1467102     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485416     2  0.1289      0.914 0.032 0.968 0.000
#> SRR818821      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.0424      0.951 0.992 0.000 0.008
#> SRR1072247     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1445259     1  0.4750      0.720 0.784 0.000 0.216
#> SRR1408393     3  0.5926      0.426 0.356 0.000 0.644
#> SRR1361522     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     2  0.1860      0.912 0.052 0.948 0.000
#> SRR1406437     2  0.0892      0.908 0.000 0.980 0.020
#> SRR1354931     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391856     3  0.1964      0.885 0.000 0.056 0.944
#> SRR1446738     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     3  0.5968      0.412 0.000 0.364 0.636
#> SRR1388145     2  0.5138      0.671 0.000 0.748 0.252
#> SRR1432611     2  0.5882      0.499 0.000 0.652 0.348
#> SRR815869      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR613150      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     1  0.7693      0.321 0.580 0.056 0.364
#> SRR1387921     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     3  0.5178      0.636 0.000 0.256 0.744
#> SRR1360478     2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1360695     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.7831      0.263 0.404 0.056 0.540
#> SRR1444203     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR816177      2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     2  0.1860      0.912 0.052 0.948 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.6111      0.399 0.604 0.396 0.000
#> SRR659109      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1385389     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.3551      0.822 0.000 0.868 0.132
#> SRR1354117     3  0.1964      0.885 0.000 0.056 0.944
#> SRR1393596     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.3752      0.787 0.144 0.000 0.856
#> SRR1499894     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.2537      0.884 0.920 0.080 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      3  0.6235      0.205 0.000 0.436 0.564
#> SRR662103      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396294     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1419917     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.3482      0.839 0.872 0.000 0.128
#> SRR813584      2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.0237      0.922 0.000 0.004 0.996
#> SRR614864      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     1  0.4842      0.711 0.776 0.000 0.224
#> SRR1377777     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0747      0.945 0.984 0.000 0.016
#> SRR1401252     2  0.1860      0.912 0.052 0.948 0.000
#> SRR1309963     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1486889     1  0.4702      0.723 0.788 0.000 0.212
#> SRR1380393     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1337010     3  0.6180      0.269 0.000 0.416 0.584
#> SRR1486520     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1340486     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080270     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467080     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.3879      0.802 0.000 0.848 0.152
#> SRR816475      2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR613342      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1369129     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.1163      0.935 0.972 0.000 0.028
#> SRR1500891     2  0.0747      0.915 0.016 0.984 0.000
#> SRR807543      3  0.5835      0.463 0.340 0.000 0.660
#> SRR1091572     1  0.0237      0.954 0.996 0.000 0.004
#> SRR1346689     2  0.1860      0.912 0.052 0.948 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      2  0.2261      0.902 0.068 0.932 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR655816      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     3  0.5810      0.471 0.336 0.000 0.664
#> SRR655531      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.3941      0.774 0.156 0.000 0.844
#> SRR1485931     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1420873     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.4702      0.728 0.000 0.788 0.212
#> SRR663440      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.6286      0.137 0.536 0.000 0.464
#> SRR1479133     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.1964      0.885 0.000 0.056 0.944
#> SRR1456185     2  0.5835      0.516 0.000 0.660 0.340
#> SRR1350069     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      3  0.5882      0.445 0.348 0.000 0.652
#> SRR1490721     2  0.1753      0.913 0.048 0.952 0.000
#> SRR810643      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.3752      0.787 0.144 0.000 0.856
#> SRR1085285     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.3551      0.822 0.000 0.868 0.132
#> SRR819610      2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.3879      0.802 0.000 0.848 0.152
#> SRR809987      1  0.5363      0.608 0.724 0.276 0.000
#> SRR613639      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402285     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     1  0.4796      0.714 0.780 0.000 0.220
#> SRR1394734     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.5733      0.520 0.676 0.000 0.324
#> SRR659804      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1432186     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1336415     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1379065     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.1163      0.936 0.972 0.000 0.028
#> SRR1440898     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1347459     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1400202     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1309248     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR809161      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316320     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332648     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR660614      3  0.1753      0.891 0.000 0.048 0.952
#> SRR1470420     3  0.6204      0.244 0.000 0.424 0.576
#> SRR1475566     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.3816      0.806 0.000 0.852 0.148
#> SRR1464766     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.3482      0.825 0.000 0.872 0.128
#> SRR1467656     2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1402962     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.5926      0.481 0.000 0.644 0.356
#> SRR665586      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.4887      0.706 0.772 0.000 0.228
#> SRR1415316     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     3  0.6008      0.399 0.372 0.000 0.628
#> SRR817329      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR813137      1  0.2537      0.889 0.920 0.000 0.080
#> SRR1314873     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR818797      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164608     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455586     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR819459      3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.1964      0.909 0.944 0.000 0.056
#> SRR1361652     1  0.1964      0.908 0.944 0.056 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486762     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480854     2  0.1860      0.912 0.052 0.948 0.000
#> SRR1489394     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1418085     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1340221     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.1289      0.933 0.968 0.000 0.032
#> SRR1098567     3  0.5988      0.402 0.000 0.368 0.632
#> SRR1098712     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.0747      0.914 0.000 0.016 0.984
#> SRR1403005     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.5859      0.508 0.000 0.656 0.344
#> SRR1413541     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432085     3  0.5178      0.636 0.000 0.256 0.744
#> SRR1452468     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447962     3  0.5178      0.636 0.000 0.256 0.744
#> SRR1444324     3  0.1964      0.885 0.000 0.056 0.944
#> SRR1415004     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     3  0.5706      0.513 0.000 0.320 0.680
#> SRR1405331     3  0.2537      0.856 0.080 0.000 0.920
#> SRR1345609     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322840     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369196     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367920     2  0.0000      0.916 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     3  0.6225      0.218 0.000 0.432 0.568
#> SRR1082173     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.6180      0.292 0.584 0.000 0.416
#> SRR1386689     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.0000      0.957 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.1964      0.911 0.056 0.944 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000      0.924 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     3  0.4746     0.4024 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661589      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.3486     0.7637 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.1022     0.9360 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613550      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820755      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.0336     0.9578 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR612263      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452935     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.3837     0.7032 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.4661     0.4877 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.4961     0.2033 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.3219     0.7849 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0469     0.9546 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR813776      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808196      4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.1302     0.9245 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.0707     0.9522 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.4072     0.6488 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613915      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.4877     0.3239 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.1940     0.9004 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1430270     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661267      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.4790     0.3977 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.3172     0.8006 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.2589     0.8506 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665357      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.4072     0.6513 0.748 0.252 0.000 0.000
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.1022     0.9361 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.4193     0.6296 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4855     0.3275 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.1792     0.8941 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.1118     0.9388 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0336     0.9575 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     4  0.3764     0.7137 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR819820      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.4961     0.1582 0.000 0.448 0.552 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.4761     0.4096 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR661699      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813680      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.2589     0.8497 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657949      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444138     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091380     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467102     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.1302     0.9245 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.3764     0.7228 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1408393     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     4  0.4454     0.5696 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     2  0.2469     0.8442 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.3942     0.6798 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.4972     0.1589 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396294     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.2704     0.8416 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.4406     0.5587 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR614864      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.3764     0.7211 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.4804     0.3885 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     4  0.4500     0.5259 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1465459     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093148     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663729      4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0921     0.9395 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1355172     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808019      3  0.4955     0.1815 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      3  0.4967     0.1674 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      3  0.1022     0.9397 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1490721     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613639      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.0188     0.9610 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.3681     0.7627 0.816 0.176 0.008 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.3907     0.7017 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1073581     1  0.4855     0.3461 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.4866     0.3082 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR660764      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.1022     0.9358 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309248     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809161      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.4500     0.5352 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.0707     0.9544 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      2  0.1211     0.9237 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.4134     0.6490 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.4643     0.4564 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR817329      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.1792     0.9017 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.4776     0.4131 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164608     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.4999     0.0475 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.3569     0.7406 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.3311     0.7738 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0336     0.9578 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1486762     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.0188     0.9700 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.1118     0.9321 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.4746     0.4417 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.4356     0.5847 0.000 0.708 0.292 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.1389     0.9212 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.4989     0.1201 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9620 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      3  0.4994     0.0529 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9643 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9735 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0000     0.9731 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     3  0.5272     0.2565 0.396 0.000 0.552 0.000 0.052
#> SRR1331708     5  0.0609     0.9241 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661589      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0162     0.9713 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417809     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0955     0.9463 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0703     0.9529 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.0162     0.9225 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0404     0.9683 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613550      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0510     0.9661 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345146     5  0.3966     0.4914 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820755      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0771     0.9568 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR612263      5  0.1410     0.9128 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1415398     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421327     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     5  0.1410     0.9128 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1452935     5  0.0880     0.9143 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615778      5  0.0609     0.9241 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     5  0.0510     0.9243 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR655182      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.3274     0.7184 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.4074     0.4493 0.000 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.2929     0.7833 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1435229     5  0.0609     0.9241 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1085996     1  0.1908     0.8884 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1414229     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0290     0.9693 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR813776      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808196      4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0162     0.9705 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.1270     0.9192 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1330920     5  0.2966     0.8032 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1419539     3  0.0290     0.9663 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1359447     3  0.3837     0.5489 0.000 0.308 0.692 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613915      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0290     0.9702 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096383     1  0.3409     0.7722 0.816 0.000 0.160 0.000 0.024
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     5  0.1043     0.9201 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1326270     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.1965     0.8729 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1430270     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661267      3  0.1300     0.9332 0.028 0.000 0.956 0.000 0.016
#> SRR810665      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420067     1  0.1043     0.9501 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.1282     0.9468 0.952 0.000 0.004 0.000 0.044
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.1697     0.9309 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0510     0.9661 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.1410     0.9362 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR660510      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      5  0.1410     0.9128 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     5  0.1121     0.9188 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     5  0.1410     0.9128 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      5  0.4227     0.3406 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0290     0.9702 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR654862      5  0.1043     0.9201 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665357      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.0703     0.9172 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1326579     5  0.0510     0.9241 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1349363     2  0.0794     0.9494 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.3508     0.6653 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     5  0.1270     0.8993 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.1502     0.9137 0.056 0.004 0.000 0.000 0.940
#> SRR663783      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.2149     0.8993 0.000 0.916 0.048 0.000 0.036
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.3586     0.6338 0.000 0.264 0.736 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.1410     0.9362 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658941      3  0.1410     0.9184 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.1965     0.9044 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     4  0.4161     0.3740 0.392 0.000 0.000 0.608 0.000
#> SRR819820      3  0.0510     0.9594 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1337342     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655206      2  0.2997     0.7947 0.000 0.840 0.148 0.000 0.012
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0404     0.9683 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR608198      5  0.0510     0.9241 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0609     0.9542 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813680      3  0.3807     0.6621 0.240 0.000 0.748 0.000 0.012
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3274     0.7174 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1433410     5  0.0510     0.9241 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR661167      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0510     0.9531 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR657949      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0963     0.9532 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1485870     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.0609     0.9631 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091380     3  0.0510     0.9594 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099096     1  0.0290     0.9702 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1313583     4  0.3109     0.7284 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1467102     3  0.0794     0.9460 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0162     0.9705 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0162     0.9714 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.0162     0.9213 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1408393     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.4677     0.5475 0.000 0.300 0.000 0.664 0.036
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.0609     0.9169 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0609     0.9631 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR812943      5  0.1608     0.9070 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1400910     5  0.0566     0.9238 0.012 0.004 0.000 0.000 0.984
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.0609     0.9241 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR659109      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.1043     0.9201 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR656946      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.2852     0.7921 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      5  0.1410     0.9128 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1322936     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349121     1  0.0880     0.9574 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0290     0.9661 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661481      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468271     1  0.1410     0.9362 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     5  0.1608     0.8841 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1396294     4  0.0404     0.9565 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.3949     0.4788 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1489199     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     5  0.1357     0.9047 0.000 0.004 0.048 0.000 0.948
#> SRR614864      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.3109     0.7312 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.3521     0.6818 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0290     0.9702 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1356468     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.2813     0.7931 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     4  0.1741     0.9120 0.000 0.040 0.000 0.936 0.024
#> SRR1465459     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     5  0.1197     0.9006 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807543      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091572     5  0.1851     0.8971 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     5  0.0404     0.9239 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR663729      4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      5  0.0290     0.9234 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0794     0.9597 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1437622     2  0.0703     0.9529 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1355172     3  0.4152     0.5631 0.296 0.000 0.692 0.000 0.012
#> SRR655531      5  0.0290     0.9234 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413329     5  0.2561     0.8175 0.000 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.1410     0.9362 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0609     0.9631 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      5  0.5083     0.7019 0.160 0.000 0.140 0.000 0.700
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615069      5  0.1357     0.9052 0.000 0.004 0.048 0.000 0.948
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      3  0.4444     0.4100 0.364 0.000 0.624 0.000 0.012
#> SRR1490721     5  0.3366     0.6962 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR810643      1  0.1410     0.9362 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1430333     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405525     5  0.1197     0.9177 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0290     0.9702 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0162     0.9714 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.2732     0.7853 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR613639      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.1410     0.9128 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0162     0.9713 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365894     4  0.3366     0.7011 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1073581     1  0.3779     0.7142 0.776 0.000 0.200 0.000 0.024
#> SRR659804      1  0.0162     0.9714 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.4182     0.3235 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR660764      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     5  0.3684     0.6460 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR1499521     1  0.1764     0.9279 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309248     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809161      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316320     5  0.1591     0.8968 0.004 0.004 0.000 0.052 0.940
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.3109     0.7577 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0609     0.9631 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1078489     5  0.1410     0.8973 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.3355     0.7650 0.000 0.804 0.012 0.000 0.184
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0794     0.9597 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR615946      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.2020     0.8647 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR660224      2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     5  0.0609     0.9241 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1485722     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.4273     0.1990 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.1341     0.9226 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0290     0.9677 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0703     0.9616 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164608     3  0.1851     0.8893 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1455586     2  0.3561     0.6512 0.000 0.740 0.260 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.4287     0.0721 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1361652     5  0.0703     0.9236 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.0771     0.9182 0.000 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR1310584     1  0.0290     0.9702 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1500216     1  0.0771     0.9568 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR1486762     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.0162     0.9631 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.1410     0.9362 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.4403     0.3913 0.000 0.384 0.000 0.608 0.008
#> SRR1455038     5  0.1608     0.9068 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1375248     2  0.3210     0.7192 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.1197     0.9308 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.0609     0.9241 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.4182     0.3429 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.2813     0.8045 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1311266     5  0.0000     0.9214 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     5  0.0963     0.9093 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9727 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9733 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.3109     0.7464 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1363968     1  0.1410     0.9362 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR814387      1  0.0290     0.9702 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR657599      5  0.4723     0.7432 0.136 0.000 0.128 0.000 0.736
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441159     5  0.3586     0.6987 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9666 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9732 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.3966     0.5208 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     6  0.5384     0.5147 0.396 0.000 0.080 0.000 0.012 0.512
#> SRR1331708     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1464258     1  0.3862     0.4027 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1454201     5  0.0713     0.8344 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR661589      3  0.2793     0.7955 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1456229     1  0.3843     0.4305 0.548 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0363     0.7386 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1417809     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.5381     0.4617 0.604 0.000 0.140 0.000 0.008 0.248
#> SRR1315931     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.1555     0.9223 0.000 0.940 0.000 0.008 0.040 0.012
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1490740     1  0.2912     0.6633 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0713     0.7293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.3023     0.7768 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR613550      3  0.2941     0.7849 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1348402     1  0.0713     0.7293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1345146     5  0.5630     0.2148 0.204 0.000 0.000 0.000 0.536 0.260
#> SRR1324025     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1318879     3  0.0692     0.8529 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR820755      3  0.3838     0.5336 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      1  0.5354     0.4663 0.580 0.000 0.000 0.000 0.160 0.260
#> SRR612263      5  0.4705     0.5506 0.088 0.000 0.000 0.000 0.652 0.260
#> SRR1415398     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421327     4  0.0146     0.9551 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079522     5  0.2135     0.7759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1452935     5  0.1092     0.8303 0.000 0.000 0.020 0.000 0.960 0.020
#> SRR1379495     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR615778      5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447564     1  0.1910     0.7153 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1455195     5  0.1219     0.8144 0.048 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR655182      1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.3559     0.6609 0.000 0.744 0.000 0.240 0.004 0.012
#> SRR1433555     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0146     0.7424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317446     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.3956     0.6099 0.704 0.000 0.000 0.000 0.032 0.264
#> SRR661313      3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1429408     4  0.3499     0.5367 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.2378     0.6961 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.5902     0.2395 0.000 0.000 0.204 0.000 0.404 0.392
#> SRR1435229     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1085996     1  0.4749     0.5672 0.648 0.000 0.000 0.000 0.092 0.260
#> SRR1414229     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0458     0.7434 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613927      3  0.3804     0.5674 0.000 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1457854     1  0.0146     0.7424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473714     1  0.3446     0.5327 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR813776      3  0.3857     0.5046 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR808196      4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614395      1  0.3862     0.4027 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1420109     3  0.5556     0.3008 0.152 0.000 0.512 0.000 0.000 0.336
#> SRR1330920     6  0.5885    -0.0983 0.276 0.000 0.000 0.000 0.248 0.476
#> SRR1419539     3  0.3864    -0.0407 0.000 0.000 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1359447     3  0.2002     0.7962 0.000 0.076 0.908 0.000 0.004 0.012
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613915      3  0.3151     0.7623 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1384395     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1478228     1  0.0713     0.7293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1445637     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096383     6  0.4465     0.4805 0.460 0.000 0.028 0.000 0.000 0.512
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341344     5  0.0520     0.8419 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1326270     3  0.2941     0.7849 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0363     0.8631 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR808566      4  0.2003     0.8282 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0508     0.8574 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR661267      6  0.4838     0.4762 0.136 0.000 0.168 0.000 0.008 0.688
#> SRR810665      2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.1204     0.8162 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1420067     1  0.2487     0.6371 0.876 0.000 0.000 0.000 0.092 0.032
#> SRR1473632     1  0.2912     0.6642 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR812536      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0146     0.9709 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446375     6  0.5584     0.4972 0.368 0.000 0.116 0.000 0.008 0.508
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      6  0.4224     0.4648 0.476 0.000 0.004 0.000 0.008 0.512
#> SRR1356101     2  0.0865     0.9357 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.2003     0.6208 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      6  0.3867     0.4485 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR660510      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      5  0.2048     0.7822 0.000 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR2166459     1  0.0146     0.7424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0547     0.8616 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1317631     4  0.2219     0.8205 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1488610     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1330588     3  0.2597     0.8041 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1316367     5  0.0363     0.8425 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1433926     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      6  0.5863    -0.0909 0.236 0.000 0.000 0.000 0.284 0.480
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0632     0.7314 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0632     0.7314 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR654862      5  0.3993     0.4193 0.004 0.000 0.000 0.000 0.520 0.476
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1353199     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1378885     3  0.3151     0.7623 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR665357      3  0.0146     0.8634 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662186      2  0.0405     0.9644 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1501020     3  0.2883     0.7896 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1347819     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.3023     0.6501 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.0725     0.8385 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1326579     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1349363     2  0.0363     0.9631 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1083752     2  0.3409     0.5748 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0632     0.9372 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1488449     3  0.2664     0.8028 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1318354     5  0.5533     0.3110 0.000 0.000 0.284 0.000 0.544 0.172
#> SRR1359062     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.0632     0.8406 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR663783      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     6  0.6120     0.3080 0.000 0.284 0.244 0.000 0.008 0.464
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.0937     0.8374 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0937     0.8558 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     6  0.4181     0.4628 0.476 0.000 0.000 0.000 0.012 0.512
#> SRR1338426     3  0.0508     0.8574 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1353309     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658941      6  0.5009     0.2487 0.004 0.000 0.424 0.000 0.060 0.512
#> SRR1101643     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1401468     6  0.4181     0.4628 0.476 0.000 0.000 0.000 0.012 0.512
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.6541     0.2974 0.488 0.000 0.000 0.252 0.048 0.212
#> SRR819820      3  0.3866    -0.0532 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1337342     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655206      6  0.5608     0.2752 0.000 0.148 0.380 0.000 0.000 0.472
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0713     0.7293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR608198      5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.5002     0.3040 0.000 0.556 0.364 0.000 0.000 0.080
#> SRR661699      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813680      6  0.4319     0.4639 0.168 0.000 0.108 0.000 0.000 0.724
#> SRR1410678     1  0.0547     0.7341 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3342     0.6831 0.000 0.760 0.000 0.228 0.012 0.000
#> SRR1433410     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR661167      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0508     0.8574 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR660462      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.3868     0.1093 0.000 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR657949      3  0.3330     0.7353 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      1  0.3867    -0.4220 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1485870     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.3765    -0.1902 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1417342     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091380     3  0.3866    -0.0532 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1099096     1  0.0713     0.7293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1313583     4  0.3547     0.4499 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.0547     0.8530 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0508     0.8574 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR809963      1  0.3862     0.4027 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1072247     1  0.0632     0.7314 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1408393     3  0.3993     0.4861 0.004 0.000 0.520 0.000 0.000 0.476
#> SRR1361522     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1368597     1  0.1957     0.7138 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     6  0.5496     0.1030 0.000 0.028 0.044 0.408 0.008 0.512
#> SRR1354931     3  0.2793     0.7945 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1391856     2  0.0937     0.9316 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1387921     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     6  0.3868     0.4435 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR812943      5  0.5504     0.4048 0.204 0.000 0.000 0.000 0.564 0.232
#> SRR1400910     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1446028     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.0000     0.8444 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656946      1  0.0713     0.7359 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1476102     1  0.3778     0.3425 0.696 0.000 0.000 0.000 0.288 0.016
#> SRR1476447     1  0.2053     0.7146 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      5  0.1219     0.8235 0.004 0.000 0.000 0.000 0.948 0.048
#> SRR1322936     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1349121     1  0.3221     0.3028 0.736 0.000 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1430549     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0508     0.8574 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR661481      2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0146     0.7439 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070503     3  0.3351     0.7303 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1499894     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468271     6  0.4181     0.4628 0.476 0.000 0.000 0.000 0.012 0.512
#> SRR1332443     1  0.0146     0.7424 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810295      2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1328620     6  0.5994     0.0173 0.000 0.000 0.232 0.000 0.384 0.384
#> SRR1396294     6  0.3997    -0.0976 0.000 0.000 0.004 0.488 0.000 0.508
#> SRR1419917     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR662114      3  0.3534     0.6298 0.000 0.000 0.740 0.000 0.244 0.016
#> SRR1489199     5  0.3337     0.6046 0.004 0.000 0.000 0.000 0.736 0.260
#> SRR813584      2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     5  0.3151     0.6480 0.000 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR614864      3  0.2854     0.7912 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1433392     6  0.5623    -0.1982 0.372 0.000 0.152 0.000 0.000 0.476
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0865     0.7326 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0363     0.7438 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.5756    -0.1874 0.508 0.000 0.220 0.000 0.000 0.272
#> SRR1380393     1  0.0363     0.7386 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1319731     1  0.0713     0.7293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1356468     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.5432     0.0498 0.376 0.000 0.000 0.000 0.500 0.124
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     4  0.3424     0.6996 0.000 0.024 0.000 0.772 0.204 0.000
#> SRR1465459     3  0.3309     0.7379 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1080270     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     6  0.5642     0.1424 0.000 0.000 0.160 0.000 0.352 0.488
#> SRR1467080     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0458     0.8606 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR813824      3  0.0260     0.8639 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1082376     1  0.3862     0.4027 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807543      3  0.3993     0.4862 0.004 0.000 0.520 0.000 0.000 0.476
#> SRR1091572     5  0.5701     0.3119 0.164 0.000 0.000 0.000 0.460 0.376
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332424     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663729      4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0260     0.7406 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613675      5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.3578     0.0514 0.660 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1437622     2  0.0713     0.9470 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1355172     6  0.5254     0.5114 0.392 0.000 0.100 0.000 0.000 0.508
#> SRR655531      5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338147     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1413329     6  0.5767     0.2685 0.000 0.000 0.232 0.000 0.260 0.508
#> SRR1485931     2  0.0291     0.9678 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1420873     6  0.4183     0.4575 0.480 0.000 0.000 0.000 0.012 0.508
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452033     6  0.3868     0.4435 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.3151     0.7623 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      6  0.5890     0.5210 0.364 0.000 0.060 0.000 0.064 0.512
#> SRR1479133     3  0.2912     0.7874 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR615069      5  0.1967     0.7780 0.000 0.000 0.084 0.000 0.904 0.012
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.1610     0.8794 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR816316      1  0.3862     0.4027 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR664795      6  0.4818     0.4970 0.364 0.000 0.064 0.000 0.000 0.572
#> SRR1490721     5  0.2416     0.7034 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR810643      1  0.3834     0.4727 0.776 0.000 0.000 0.000 0.108 0.116
#> SRR1430333     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1085285     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.3151     0.7623 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1317985     1  0.0458     0.7434 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1487340     1  0.0260     0.7442 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420276     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405525     5  0.0405     0.8426 0.008 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1370329     1  0.0363     0.7438 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1465001     1  0.0713     0.7293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0547     0.7342 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.3221     0.5837 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR613639      3  0.2941     0.7858 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.3862     0.4027 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.2358     0.7817 0.016 0.000 0.000 0.000 0.876 0.108
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0790     0.7419 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1365894     4  0.3023     0.6970 0.000 0.212 0.000 0.784 0.004 0.000
#> SRR1073581     6  0.4639     0.4870 0.448 0.000 0.040 0.000 0.000 0.512
#> SRR659804      1  0.0632     0.7314 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.4181     0.3414 0.000 0.384 0.000 0.600 0.004 0.012
#> SRR660764      3  0.0363     0.8595 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR820448      1  0.3862     0.4027 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1328845     4  0.3578     0.4936 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0937     0.8558 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1346773     5  0.4396     0.0766 0.456 0.000 0.000 0.000 0.520 0.024
#> SRR1499521     6  0.4494     0.4764 0.464 0.000 0.012 0.000 0.012 0.512
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0865     0.8570 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309248     4  0.0713     0.9343 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR809161      3  0.1501     0.8447 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1316320     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0260     0.7440 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.5481    -0.1635 0.440 0.000 0.000 0.000 0.436 0.124
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.3857    -0.3747 0.532 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1078489     5  0.1010     0.8364 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.6699     0.2279 0.000 0.504 0.216 0.000 0.080 0.200
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0260     0.7406 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.3494     0.3128 0.736 0.000 0.000 0.000 0.012 0.252
#> SRR615946      3  0.1327     0.8486 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.3602     0.5784 0.208 0.000 0.000 0.000 0.760 0.032
#> SRR660224      2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1347166     5  0.0146     0.8448 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485722     5  0.2969     0.6506 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1415316     1  0.1957     0.7138 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR613390      1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR661108      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.5923     0.0702 0.428 0.000 0.404 0.000 0.008 0.160
#> SRR817329      1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1401990     4  0.0458     0.9453 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1467745     2  0.1267     0.9120 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.3862     0.4027 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1314873     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1401211     6  0.3868     0.4435 0.492 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      3  0.3175     0.7590 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR2164608     6  0.4702     0.1536 0.000 0.000 0.460 0.000 0.044 0.496
#> SRR1455586     3  0.3706     0.3452 0.000 0.380 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     6  0.4856    -0.3629 0.468 0.000 0.000 0.000 0.056 0.476
#> SRR1361652     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1437119     1  0.0260     0.7440 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478547     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1310584     1  0.1074     0.7217 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1500216     1  0.5354     0.4663 0.580 0.000 0.000 0.000 0.160 0.260
#> SRR1486762     3  0.0937     0.8558 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.0146     0.9547 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1471477     6  0.4095     0.4608 0.480 0.000 0.008 0.000 0.000 0.512
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     6  0.5050     0.0560 0.000 0.076 0.000 0.416 0.000 0.508
#> SRR1455038     5  0.4954     0.5206 0.112 0.000 0.000 0.000 0.628 0.260
#> SRR1375248     3  0.3288     0.5293 0.000 0.276 0.724 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.3151     0.7623 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1348378     2  0.1075     0.9255 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.3198     0.6388 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1392943     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.0363     0.8428 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1347060     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.3817     0.1914 0.000 0.432 0.568 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0146     0.9703 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0260     0.7406 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413436     1  0.3835     0.3309 0.684 0.000 0.000 0.000 0.300 0.016
#> SRR1311266     5  0.3271     0.6334 0.008 0.000 0.000 0.000 0.760 0.232
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0260     0.7440 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1429678     1  0.1556     0.7258 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.3993     0.4862 0.004 0.000 0.520 0.000 0.000 0.476
#> SRR1345609     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     5  0.0146     0.8441 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.7437 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.3151     0.7623 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1367920     4  0.0632     0.9372 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9741 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     6  0.5770     0.2759 0.000 0.000 0.240 0.000 0.252 0.508
#> SRR1363968     6  0.3867     0.4485 0.488 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR814387      1  0.0713     0.7293 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR657599      6  0.5890     0.5210 0.364 0.000 0.060 0.000 0.064 0.512
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.3175     0.7590 0.000 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1441159     5  0.3468     0.5266 0.284 0.000 0.000 0.000 0.712 0.004
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9584 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8651 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.5937    -0.0389 0.000 0.000 0.368 0.000 0.416 0.216

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:pam

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.345           0.567       0.779         0.4566 0.548   0.548
#> 3 3 0.742           0.833       0.926         0.4359 0.686   0.479
#> 4 4 0.788           0.850       0.933         0.1074 0.875   0.661
#> 5 5 0.809           0.749       0.862         0.0924 0.877   0.589
#> 6 6 0.784           0.761       0.862         0.0450 0.923   0.658

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.8443     0.6927 0.728 0.272
#> SRR1331708     1  0.9661     0.5963 0.608 0.392
#> SRR1464258     1  0.6048     0.6931 0.852 0.148
#> SRR1454201     1  0.8081     0.6924 0.752 0.248
#> SRR661589      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1315165     2  0.6438     0.4572 0.164 0.836
#> SRR1488960     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1417809     1  0.9044     0.6908 0.680 0.320
#> SRR1094457     2  0.8955     0.1717 0.312 0.688
#> SRR1095575     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR1315931     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1430066     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1431037     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1395554     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.8499     0.6576 0.276 0.724
#> SRR1344143     2  0.8016     0.6510 0.244 0.756
#> SRR1486845     2  0.9248     0.0906 0.340 0.660
#> SRR1362866     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1490740     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1446627     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1456138     2  0.8499     0.6576 0.276 0.724
#> SRR1416248     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1383907     2  0.6148     0.4685 0.152 0.848
#> SRR1311018     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1375699     2  0.2236     0.5796 0.036 0.964
#> SRR1429846     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1345146     1  1.0000     0.3719 0.500 0.500
#> SRR1324025     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR820755      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.9977    -0.3106 0.472 0.528
#> SRR599313      1  0.3584     0.6862 0.932 0.068
#> SRR612263      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1415398     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.7139     0.4130 0.196 0.804
#> SRR1421327     2  0.6531     0.4530 0.168 0.832
#> SRR1083311     1  0.8713     0.1607 0.708 0.292
#> SRR1499303     2  0.0000     0.5615 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.3584     0.6862 0.932 0.068
#> SRR1452935     1  0.0376     0.6752 0.996 0.004
#> SRR1379495     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1470459     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR661361      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1447564     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1455195     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR655182      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1335140     2  0.8555     0.6581 0.280 0.720
#> SRR1433555     1  0.6148     0.4740 0.848 0.152
#> SRR1308650     1  0.9866    -0.2643 0.568 0.432
#> SRR1388354     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1317446     1  0.6531     0.4453 0.832 0.168
#> SRR1413602     1  0.9996    -0.3904 0.512 0.488
#> SRR1479955     2  0.8081     0.6518 0.248 0.752
#> SRR809853      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR661313      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1499935     2  0.0000     0.5615 0.000 1.000
#> SRR1447303     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.1414     0.5701 0.020 0.980
#> SRR1433950     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1362081     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1409854     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1085996     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1414229     1  0.4562     0.5618 0.904 0.096
#> SRR1400974     1  0.2043     0.6423 0.968 0.032
#> SRR1399971     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR613927      1  0.1414     0.6803 0.980 0.020
#> SRR1457854     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1473714     1  0.8813     0.6962 0.700 0.300
#> SRR813776      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR808196      2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1101085     2  0.6438     0.4573 0.164 0.836
#> SRR614395      1  0.3584     0.6862 0.932 0.068
#> SRR1478251     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1370551     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1362310     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR665310      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.1843     0.6828 0.972 0.028
#> SRR1419539     1  0.9427    -0.0634 0.640 0.360
#> SRR1359447     1  0.8763     0.1492 0.704 0.296
#> SRR1347259     2  0.9998    -0.3611 0.492 0.508
#> SRR613915      1  0.0376     0.6755 0.996 0.004
#> SRR1384395     1  0.8763     0.1492 0.704 0.296
#> SRR821715      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1445637     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR608150      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1096383     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1341480     2  0.5519     0.4886 0.128 0.872
#> SRR1341344     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1326270     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1416313     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR808566      2  0.2423     0.5764 0.040 0.960
#> SRR1430270     1  0.9983     0.4314 0.524 0.476
#> SRR1367825     1  0.3274     0.6094 0.940 0.060
#> SRR613533      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR661267      1  0.8499     0.6925 0.724 0.276
#> SRR810665      2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1407250     1  0.8081     0.6924 0.752 0.248
#> SRR1420067     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1473632     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR812536      1  0.6712     0.4303 0.824 0.176
#> SRR1370850     2  0.8081     0.6518 0.248 0.752
#> SRR1486195     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1407671     2  0.0000     0.5615 0.000 1.000
#> SRR1446375     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR1465230     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR614119      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1356101     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1404209     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1392676     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR665538      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR660510      1  0.5294     0.5271 0.880 0.120
#> SRR1445655     2  0.8443     0.5208 0.272 0.728
#> SRR658953      1  0.2603     0.6838 0.956 0.044
#> SRR2166459     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1070713     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1485312     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1317631     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1488610     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1330588     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1433926     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1091302     2  0.6531     0.4530 0.168 0.832
#> SRR818263      1  0.7674     0.6934 0.776 0.224
#> SRR1404909     2  0.0000     0.5615 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1323577     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1442422     2  0.6712     0.4430 0.176 0.824
#> SRR1465893     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR654862      1  0.3879     0.6909 0.924 0.076
#> SRR1407112     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1332969     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR665357      1  0.8763     0.1492 0.704 0.296
#> SRR662186      2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1501020     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1347819     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1472576     2  0.0000     0.5615 0.000 1.000
#> SRR1431781     2  0.1633     0.5709 0.024 0.976
#> SRR1452270     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR1417632     2  0.6343     0.4612 0.160 0.840
#> SRR1350153     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1458113     1  0.5059     0.5385 0.888 0.112
#> SRR1326579     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1349363     2  0.8081     0.6518 0.248 0.752
#> SRR1096712     1  0.6531     0.4448 0.832 0.168
#> SRR1090407     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1377599     2  0.5842     0.4789 0.140 0.860
#> SRR1488449     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1318354     1  0.6531     0.4448 0.832 0.168
#> SRR1359062     1  0.8661     0.1719 0.712 0.288
#> SRR1398924     1  0.2778     0.6832 0.952 0.048
#> SRR663783      1  0.1184     0.6592 0.984 0.016
#> SRR1319204     1  0.8016     0.4026 0.756 0.244
#> SRR1369070     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR615659      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1337449     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1316982     2  0.9044     0.6597 0.320 0.680
#> SRR1498595     2  0.0672     0.5659 0.008 0.992
#> SRR1377423     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1485613     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1338426     1  0.6343     0.4596 0.840 0.160
#> SRR1353309     1  0.4562     0.5627 0.904 0.096
#> SRR658941      1  0.0672     0.6770 0.992 0.008
#> SRR1101643     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1401468     1  0.8861     0.6949 0.696 0.304
#> SRR1368874     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1324085     2  0.7139     0.4720 0.196 0.804
#> SRR1363858     1  0.8763     0.6964 0.704 0.296
#> SRR819820      1  0.1414     0.6803 0.980 0.020
#> SRR1337342     1  0.8955     0.6952 0.688 0.312
#> SRR655206      1  0.6801     0.4239 0.820 0.180
#> SRR1387013     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1317410     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR608198      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1440161     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1343741     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1381288     2  0.8713     0.6602 0.292 0.708
#> SRR1415379     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1099622     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR663197      1  0.8608     0.1830 0.716 0.284
#> SRR1394836     2  0.9323     0.6353 0.348 0.652
#> SRR661699      1  0.4298     0.5908 0.912 0.088
#> SRR813680      1  0.8207     0.6978 0.744 0.256
#> SRR1410678     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1378109     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR1499174     1  0.4690     0.6890 0.900 0.100
#> SRR1311486     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1382851     2  0.8555     0.6589 0.280 0.720
#> SRR1433410     1  0.8909     0.6953 0.692 0.308
#> SRR661167      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1432518     1  0.0376     0.6706 0.996 0.004
#> SRR660462      1  0.6343     0.4599 0.840 0.160
#> SRR1374608     1  1.0000     0.3719 0.500 0.500
#> SRR657949      1  0.2603     0.6838 0.956 0.044
#> SRR1308882     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR655768      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1485870     2  0.0000     0.5615 0.000 1.000
#> SRR1444138     1  0.8763     0.6956 0.704 0.296
#> SRR1417342     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1470193     2  0.6887     0.4556 0.184 0.816
#> SRR1091380     1  0.2778     0.6293 0.952 0.048
#> SRR1099096     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1313583     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1467102     2  0.9248     0.6417 0.340 0.660
#> SRR1485416     2  0.6438     0.4573 0.164 0.836
#> SRR818821      1  0.0376     0.6706 0.996 0.004
#> SRR809963      1  0.3584     0.6862 0.932 0.068
#> SRR1072247     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1353710     2  0.6801     0.4376 0.180 0.820
#> SRR1445259     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.3584     0.6862 0.932 0.068
#> SRR1361522     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1368597     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1309680     2  0.8499     0.6576 0.276 0.724
#> SRR1310542     1  0.7815     0.3140 0.768 0.232
#> SRR1333485     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR1406437     1  0.9732     0.5112 0.596 0.404
#> SRR1354931     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1391856     1  0.8861     0.1266 0.696 0.304
#> SRR1446738     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1309032     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1388145     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1432611     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR815869      1  0.8763     0.1492 0.704 0.296
#> SRR613150      1  0.4161     0.5780 0.916 0.084
#> SRR1375329     1  0.6247     0.6002 0.844 0.156
#> SRR1387921     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1466792     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1360478     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1360695     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR812943      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1400910     1  0.5178     0.5524 0.884 0.116
#> SRR1444203     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR816177      2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR658754      1  0.8555     0.1938 0.720 0.280
#> SRR1429603     2  0.6531     0.4532 0.168 0.832
#> SRR1397366     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1083918     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1337606     1  0.2423     0.6808 0.960 0.040
#> SRR659109      1  0.5737     0.5009 0.864 0.136
#> SRR1337192     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR656946      1  0.7056     0.6954 0.808 0.192
#> SRR1476102     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1476447     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1342067     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR1385389     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1075971     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR614419      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1322936     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1349121     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1430549     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR612935      1  0.5629     0.5094 0.868 0.132
#> SRR661481      2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1354117     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1393596     2  0.6623     0.4399 0.172 0.828
#> SRR1452164     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1070503     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1499894     1  0.4562     0.5621 0.904 0.096
#> SRR1082883     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1468271     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1332443     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR810295      2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR662103      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1328620     1  0.4431     0.5674 0.908 0.092
#> SRR1396294     1  0.9775     0.3940 0.588 0.412
#> SRR1419917     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR662114      1  0.5408     0.5200 0.876 0.124
#> SRR1489199     1  0.2948     0.6865 0.948 0.052
#> SRR813584      2  0.7745     0.6474 0.228 0.772
#> SRR1069638     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR614864      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.8443     0.6927 0.728 0.272
#> SRR1377777     2  0.8207     0.6538 0.256 0.744
#> SRR2167710     1  0.3584     0.6862 0.932 0.068
#> SRR1401252     2  0.6531     0.4530 0.168 0.832
#> SRR1309963     2  0.9998    -0.3578 0.492 0.508
#> SRR1338031     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1418628     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1486889     1  0.3584     0.6862 0.932 0.068
#> SRR1380393     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1319731     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1356468     1  1.0000     0.3719 0.500 0.500
#> SRR1337010     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1486520     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1486538     2  0.9209     0.1029 0.336 0.664
#> SRR1340486     2  0.9983    -0.3203 0.476 0.524
#> SRR1377696     2  0.0000     0.5615 0.000 1.000
#> SRR1465459     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1080270     1  0.4431     0.5672 0.908 0.092
#> SRR1312501     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0938     0.6629 0.988 0.012
#> SRR1467080     1  0.8661     0.1719 0.712 0.288
#> SRR1410866     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR816475      2  0.9988     0.5276 0.480 0.520
#> SRR1379198     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR613342      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1338836     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1369129     2  0.8555     0.2506 0.280 0.720
#> SRR1396616     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR813824      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.8016     0.6927 0.756 0.244
#> SRR1500891     2  0.6343     0.4612 0.160 0.840
#> SRR807543      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR1332424     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR663729      1  0.9850     0.5334 0.572 0.428
#> SRR1097013     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR613675      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1485357     2  0.7815     0.3500 0.232 0.768
#> SRR655816      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1437622     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1355172     1  0.7883     0.6961 0.764 0.236
#> SRR655531      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1338147     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR1485931     2  0.8555     0.6581 0.280 0.720
#> SRR1420873     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1333308     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1452033     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1467316     2  0.7528     0.6440 0.216 0.784
#> SRR809018      1  0.1633     0.6509 0.976 0.024
#> SRR1375351     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR663440      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR808019      1  0.8499     0.6925 0.724 0.276
#> SRR1479133     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.8608     0.1830 0.716 0.284
#> SRR1456185     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1350069     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR816316      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR664795      1  0.8499     0.6972 0.724 0.276
#> SRR1490721     2  0.9795    -0.1720 0.416 0.584
#> SRR810643      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1430333     1  0.2948     0.6849 0.948 0.052
#> SRR1085285     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1099072     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1487340     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1420276     1  0.8763     0.1492 0.704 0.296
#> SRR1351347     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1370329     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1465001     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1476525     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR819610      2  0.0000     0.5615 0.000 1.000
#> SRR2157314     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1409465     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR809987      1  0.9087     0.6866 0.676 0.324
#> SRR613639      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1402285     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1077038     1  0.6531     0.6950 0.832 0.168
#> SRR1405660     1  0.7602     0.3412 0.780 0.220
#> SRR1095455     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1317771     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1365894     2  0.2236     0.5795 0.036 0.964
#> SRR1073581     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR659804      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1345914     2  0.8861     0.6616 0.304 0.696
#> SRR1432186     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1473529     2  0.8267     0.6547 0.260 0.740
#> SRR660764      1  0.7453     0.3586 0.788 0.212
#> SRR820448      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1328845     1  0.9996     0.4024 0.512 0.488
#> SRR1336415     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1379065     2  0.8713     0.2225 0.292 0.708
#> SRR1459190     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR1346773     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1499521     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1440898     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1347459     1  0.5178     0.5332 0.884 0.116
#> SRR1081209     2  0.8713     0.6602 0.292 0.708
#> SRR1400202     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1333395     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1309248     2  0.5294     0.4953 0.120 0.880
#> SRR809161      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.5737     0.4495 0.136 0.864
#> SRR1432629     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1498931     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1416578     2  0.9248     0.0907 0.340 0.660
#> SRR1405547     1  0.2423     0.6333 0.960 0.040
#> SRR1470534     2  0.9996    -0.3486 0.488 0.512
#> SRR1380764     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1309160     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR663489      1  0.8016     0.2856 0.756 0.244
#> SRR1500450     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1078489     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1332648     2  0.8763     0.2127 0.296 0.704
#> SRR660614      1  0.9933    -0.3108 0.548 0.452
#> SRR1470420     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1475566     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1477949     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1481419     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1464766     1  0.8144     0.6930 0.748 0.252
#> SRR615946      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1467656     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1402962     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR660224      2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR665586      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1347166     1  0.8386     0.6977 0.732 0.268
#> SRR1485722     1  0.8081     0.6924 0.752 0.248
#> SRR1415316     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR613390      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR661108      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.2423     0.6830 0.960 0.040
#> SRR817329      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1401990     2  0.8661     0.2320 0.288 0.712
#> SRR1467745     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1471795     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1415637     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR813137      1  0.7528     0.6970 0.784 0.216
#> SRR1314873     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1401211     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1419692     2  0.7299     0.3999 0.204 0.796
#> SRR818797      1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR1455586     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR819459      1  0.5408     0.5200 0.876 0.124
#> SRR1488939     2  0.7056     0.6367 0.192 0.808
#> SRR1433232     2  0.8661     0.6596 0.288 0.712
#> SRR1385501     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR1361652     1  0.3584     0.6862 0.932 0.068
#> SRR1437119     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1478547     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.4815     0.5511 0.896 0.104
#> SRR1310584     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1500216     1  0.3431     0.6859 0.936 0.064
#> SRR1486762     1  0.0376     0.6708 0.996 0.004
#> SRR1480854     2  0.6712     0.4433 0.176 0.824
#> SRR1489394     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR1418085     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1340221     2  1.0000    -0.3671 0.496 0.504
#> SRR1473058     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1405165     1  0.6623     0.4375 0.828 0.172
#> SRR1433004     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1471477     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1098567     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1098712     2  0.9996    -0.3552 0.488 0.512
#> SRR1455038     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1375248     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1403005     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1413541     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1392943     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1475192     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1452468     1  0.7299     0.6964 0.796 0.204
#> SRR1347060     1  0.6048     0.4803 0.852 0.148
#> SRR1414139     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1447962     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1444324     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1415004     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1413436     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1311266     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1343302     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR1373746     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1429678     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1469413     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1405331     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1380208     2  0.7950     0.2481 0.240 0.760
#> SRR1322840     2  0.8813     0.2028 0.300 0.700
#> SRR1399797     1  0.7528     0.3500 0.784 0.216
#> SRR1416654     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1315081     1  0.8763     0.1492 0.704 0.296
#> SRR1369196     1  0.4690     0.5560 0.900 0.100
#> SRR1400847     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1365291     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.4690     0.5091 0.100 0.900
#> SRR1366648     1  0.6048     0.4814 0.852 0.148
#> SRR1441679     2  0.9000     0.6627 0.316 0.684
#> SRR1082173     1  0.2236     0.6822 0.964 0.036
#> SRR1363968     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR814387      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR657599      1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1386689     2  0.8955     0.1716 0.312 0.688
#> SRR1395575     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.9000     0.6948 0.684 0.316
#> SRR1403154     2  0.6623     0.4485 0.172 0.828
#> SRR1468722     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0000     0.6741 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.5968     0.4410 0.636 0.000 0.364
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464258     3  0.6154     0.2963 0.408 0.000 0.592
#> SRR1454201     1  0.6260     0.2254 0.552 0.000 0.448
#> SRR661589      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.3551     0.8272 0.868 0.000 0.132
#> SRR1315165     2  0.3715     0.8413 0.128 0.868 0.004
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.3941     0.7625 0.844 0.156 0.000
#> SRR1095575     3  0.6140     0.2771 0.404 0.000 0.596
#> SRR1315931     1  0.2537     0.8672 0.920 0.000 0.080
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.2878     0.8524 0.096 0.904 0.000
#> SRR1486845     1  0.1163     0.8971 0.972 0.028 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.4379     0.8468 0.072 0.868 0.060
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0892     0.9070 0.020 0.980 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR613550      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.2356     0.8728 0.928 0.000 0.072
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.1753     0.8952 0.048 0.000 0.952
#> SRR820755      3  0.1031     0.9110 0.024 0.000 0.976
#> SRR1485830     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      1  0.6954     0.4685 0.620 0.028 0.352
#> SRR612263      1  0.2796     0.8609 0.908 0.000 0.092
#> SRR1415398     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     2  0.5882     0.5321 0.348 0.652 0.000
#> SRR1421327     2  0.5988     0.4779 0.368 0.632 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.0592     0.9105 0.012 0.988 0.000
#> SRR1079522     1  0.4121     0.7958 0.832 0.000 0.168
#> SRR1452935     3  0.1163     0.9088 0.028 0.000 0.972
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.4291     0.7810 0.820 0.000 0.180
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     3  0.4796     0.7106 0.000 0.220 0.780
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.2959     0.8536 0.000 0.100 0.900
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     2  0.2796     0.8680 0.092 0.908 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.0661     0.9113 0.008 0.988 0.004
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.2356     0.8761 0.072 0.000 0.928
#> SRR1435229     1  0.2537     0.8669 0.920 0.000 0.080
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.2313     0.8998 0.024 0.032 0.944
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.5835     0.5001 0.660 0.000 0.340
#> SRR813776      3  0.1031     0.9110 0.024 0.000 0.976
#> SRR808196      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     2  0.3551     0.8390 0.132 0.868 0.000
#> SRR614395      3  0.6295     0.1059 0.472 0.000 0.528
#> SRR1478251     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     3  0.4235     0.7553 0.176 0.000 0.824
#> SRR1330920     1  0.5621     0.6034 0.692 0.000 0.308
#> SRR1419539     3  0.2959     0.8514 0.000 0.100 0.900
#> SRR1359447     3  0.3038     0.8513 0.000 0.104 0.896
#> SRR1347259     1  0.6140     0.2420 0.596 0.404 0.000
#> SRR613915      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384395     3  0.2625     0.8643 0.000 0.084 0.916
#> SRR821715      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.1950     0.8921 0.952 0.008 0.040
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.3412     0.8450 0.124 0.876 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.0592     0.9090 0.000 0.988 0.012
#> SRR1430270     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      3  0.2878     0.8563 0.096 0.000 0.904
#> SRR810665      2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.6168     0.3343 0.588 0.000 0.412
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.6111     0.3544 0.396 0.604 0.000
#> SRR1446375     1  0.4121     0.7958 0.832 0.000 0.168
#> SRR1465230     2  0.5733     0.5777 0.324 0.676 0.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     3  0.6308     0.0836 0.000 0.492 0.508
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     2  0.3921     0.8245 0.016 0.872 0.112
#> SRR658953      1  0.5327     0.6612 0.728 0.000 0.272
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     2  0.6280     0.2484 0.460 0.540 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.2537     0.8672 0.920 0.000 0.080
#> SRR1091302     2  0.3551     0.8390 0.132 0.868 0.000
#> SRR818263      1  0.5327     0.6633 0.728 0.000 0.272
#> SRR1404909     2  0.0747     0.9090 0.016 0.984 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     2  0.4121     0.8070 0.168 0.832 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.5650     0.5915 0.688 0.000 0.312
#> SRR1407112     1  0.3752     0.7831 0.856 0.144 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR665357      3  0.3116     0.8459 0.000 0.108 0.892
#> SRR662186      2  0.0747     0.9050 0.000 0.984 0.016
#> SRR1501020     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0424     0.9118 0.008 0.992 0.000
#> SRR1431781     2  0.0661     0.9113 0.008 0.988 0.004
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.4521     0.7802 0.816 0.004 0.180
#> SRR1417632     2  0.4346     0.7881 0.184 0.816 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0592     0.9184 0.000 0.012 0.988
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0747     0.9085 0.016 0.984 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.3340     0.8479 0.120 0.880 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     3  0.1289     0.9065 0.000 0.032 0.968
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.6527     0.5541 0.660 0.020 0.320
#> SRR663783      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.8635     0.0814 0.100 0.440 0.460
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.3192     0.8411 0.000 0.112 0.888
#> SRR1498595     2  0.0424     0.9118 0.008 0.992 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.2448     0.8705 0.000 0.076 0.924
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.3359     0.8627 0.084 0.016 0.900
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.1643     0.8922 0.956 0.000 0.044
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     2  0.3889     0.8454 0.032 0.884 0.084
#> SRR1363858     1  0.2537     0.8672 0.920 0.000 0.080
#> SRR819820      3  0.3038     0.8477 0.104 0.000 0.896
#> SRR1337342     1  0.4178     0.7867 0.828 0.000 0.172
#> SRR655206      3  0.6217     0.6472 0.024 0.264 0.712
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0237     0.9136 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440161     2  0.4346     0.7259 0.000 0.816 0.184
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0424     0.9107 0.000 0.992 0.008
#> SRR663197      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     3  0.3879     0.8034 0.000 0.152 0.848
#> SRR661699      3  0.0747     0.9156 0.016 0.000 0.984
#> SRR813680      3  0.4235     0.7663 0.176 0.000 0.824
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.6286     0.2177 0.464 0.536 0.000
#> SRR1499174     1  0.2711     0.8622 0.912 0.000 0.088
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0237     0.9125 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433410     1  0.2537     0.8669 0.920 0.000 0.080
#> SRR661167      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.5858     0.6209 0.740 0.240 0.020
#> SRR657949      3  0.1964     0.8893 0.056 0.000 0.944
#> SRR1308882     1  0.6168     0.2290 0.588 0.412 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.5058     0.6993 0.244 0.756 0.000
#> SRR1444138     1  0.2448     0.8699 0.924 0.000 0.076
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.3851     0.8351 0.136 0.860 0.004
#> SRR1091380     3  0.2711     0.8572 0.088 0.000 0.912
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.3192     0.8411 0.000 0.112 0.888
#> SRR1485416     2  0.5016     0.7146 0.240 0.760 0.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      3  0.6307     0.0438 0.488 0.000 0.512
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.3686     0.8330 0.140 0.860 0.000
#> SRR1445259     3  0.6225     0.1508 0.432 0.000 0.568
#> SRR1408393     3  0.1753     0.8952 0.048 0.000 0.952
#> SRR1361522     1  0.2537     0.8672 0.920 0.000 0.080
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     2  0.4178     0.8009 0.172 0.828 0.000
#> SRR1406437     1  0.8934     0.4563 0.568 0.236 0.196
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391856     3  0.5621     0.5866 0.000 0.308 0.692
#> SRR1446738     2  0.0592     0.9090 0.000 0.988 0.012
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0237     0.9227 0.000 0.004 0.996
#> SRR613150      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     3  0.9857    -0.0282 0.252 0.368 0.380
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0892     0.9053 0.980 0.000 0.020
#> SRR1400910     3  0.5956     0.7133 0.188 0.044 0.768
#> SRR1444203     2  0.6140     0.4014 0.404 0.596 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     2  0.3340     0.8511 0.120 0.880 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.9411     0.3638 0.508 0.252 0.240
#> SRR659109      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0237     0.9136 0.996 0.000 0.004
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.3551     0.8390 0.132 0.868 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0592     0.9190 0.000 0.012 0.988
#> SRR661481      2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.5785     0.4533 0.000 0.668 0.332
#> SRR1393596     2  0.6235     0.2687 0.436 0.564 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      1  0.2537     0.8672 0.920 0.000 0.080
#> SRR1328620     3  0.1620     0.9088 0.024 0.012 0.964
#> SRR1396294     3  0.9987    -0.0697 0.308 0.344 0.348
#> SRR1419917     1  0.2165     0.8785 0.936 0.000 0.064
#> SRR662114      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.5397     0.6485 0.720 0.000 0.280
#> SRR813584      2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.0237     0.9227 0.004 0.000 0.996
#> SRR614864      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     3  0.3192     0.8406 0.112 0.000 0.888
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.2448     0.8730 0.924 0.000 0.076
#> SRR1401252     2  0.3686     0.8330 0.140 0.860 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.6225     0.2379 0.432 0.000 0.568
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0592     0.9072 0.988 0.012 0.000
#> SRR1340486     1  0.4291     0.7295 0.820 0.180 0.000
#> SRR1377696     2  0.0592     0.9105 0.012 0.988 0.000
#> SRR1465459     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.4324     0.8343 0.028 0.112 0.860
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      2  0.3551     0.8116 0.000 0.868 0.132
#> SRR1379198     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.1411     0.8895 0.964 0.036 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.6215     0.3326 0.572 0.000 0.428
#> SRR1500891     2  0.3551     0.8390 0.132 0.868 0.000
#> SRR807543      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091572     3  0.2066     0.8875 0.060 0.000 0.940
#> SRR1346689     2  0.6095     0.4282 0.392 0.608 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     1  0.6252     0.1076 0.556 0.444 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     3  0.5216     0.6528 0.260 0.000 0.740
#> SRR655531      1  0.0747     0.9075 0.984 0.000 0.016
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.1964     0.8894 0.056 0.000 0.944
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.4062     0.7817 0.836 0.000 0.164
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.2448     0.8762 0.000 0.076 0.924
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350069     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR816316      1  0.3116     0.8468 0.892 0.000 0.108
#> SRR664795      3  0.6267     0.1640 0.452 0.000 0.548
#> SRR1490721     1  0.6235     0.1582 0.564 0.436 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.6763     0.2808 0.552 0.012 0.436
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.2625     0.8643 0.000 0.084 0.916
#> SRR1351347     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0892     0.9035 0.000 0.980 0.020
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR613639      3  0.1031     0.9110 0.024 0.000 0.976
#> SRR1402285     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.3816     0.8124 0.852 0.000 0.148
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     1  0.6062     0.4460 0.616 0.000 0.384
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0892     0.9074 0.020 0.980 0.000
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.3192     0.8432 0.888 0.000 0.112
#> SRR1328845     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336415     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.1031     0.8982 0.976 0.024 0.000
#> SRR1459190     3  0.1753     0.8952 0.048 0.000 0.952
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.1643     0.8847 0.956 0.044 0.000
#> SRR1309248     2  0.3482     0.8440 0.128 0.872 0.000
#> SRR809161      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316320     1  0.6075     0.5144 0.676 0.316 0.008
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0424     0.9101 0.992 0.008 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.0892     0.9135 0.020 0.000 0.980
#> SRR1332648     1  0.4504     0.7048 0.804 0.196 0.000
#> SRR660614      3  0.7004     0.2850 0.020 0.428 0.552
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.3038     0.8536 0.896 0.000 0.104
#> SRR615946      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.4504     0.7541 0.804 0.000 0.196
#> SRR660224      2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR665586      1  0.2066     0.8821 0.940 0.000 0.060
#> SRR1347166     1  0.5016     0.7062 0.760 0.000 0.240
#> SRR1485722     1  0.5835     0.5129 0.660 0.000 0.340
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     1  0.6244     0.2852 0.560 0.000 0.440
#> SRR817329      1  0.3192     0.8432 0.888 0.000 0.112
#> SRR1401990     2  0.6126     0.4122 0.400 0.600 0.000
#> SRR1467745     2  0.1031     0.9025 0.000 0.976 0.024
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      3  0.6295     0.1059 0.472 0.000 0.528
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     1  0.4750     0.6797 0.784 0.216 0.000
#> SRR818797      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164608     1  0.5363     0.6551 0.724 0.000 0.276
#> SRR1455586     3  0.3816     0.8078 0.000 0.148 0.852
#> SRR819459      3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.5058     0.6509 0.244 0.000 0.756
#> SRR1361652     1  0.4551     0.8113 0.844 0.024 0.132
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.1999     0.9031 0.012 0.036 0.952
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.6432     0.3122 0.568 0.004 0.428
#> SRR1486762     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480854     2  0.6215     0.3236 0.428 0.572 0.000
#> SRR1489394     1  0.2537     0.8507 0.920 0.080 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0747     0.9064 0.000 0.984 0.016
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.2261     0.8758 0.932 0.000 0.068
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.6299     0.1285 0.476 0.524 0.000
#> SRR1455038     1  0.3941     0.7993 0.844 0.000 0.156
#> SRR1375248     3  0.3340     0.8350 0.000 0.120 0.880
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.1643     0.8876 0.000 0.956 0.044
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.5016     0.7062 0.760 0.000 0.240
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.6154     0.2612 0.000 0.592 0.408
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444324     3  0.6192     0.3226 0.000 0.420 0.580
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0424     0.9117 0.992 0.000 0.008
#> SRR1343302     2  0.3941     0.8175 0.156 0.844 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9142 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0892     0.9135 0.020 0.000 0.980
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.6818     0.4738 0.348 0.628 0.024
#> SRR1322840     1  0.4452     0.7152 0.808 0.192 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.0237     0.9227 0.000 0.004 0.996
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367920     2  0.3752     0.8297 0.144 0.856 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0747     0.9050 0.000 0.984 0.016
#> SRR1082173     1  0.5465     0.6371 0.712 0.000 0.288
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.4654     0.6881 0.792 0.208 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9155 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.4178     0.8012 0.172 0.828 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000     0.9247 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.4477     0.5431 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464258     3  0.4790     0.4172 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1454201     1  0.3528     0.7610 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR661589      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.3486     0.7805 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.3266     0.7601 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     3  0.4985     0.0963 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1315931     1  0.2149     0.8746 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.1211     0.9014 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1344143     2  0.0707     0.9147 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0817     0.9117 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613550      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.1211     0.9018 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.3610     0.7383 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR820755      3  0.3649     0.7322 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.5306     0.4810 0.632 0.000 0.348 0.020
#> SRR612263      1  0.2345     0.8673 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     4  0.0469     0.9273 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.2868     0.8392 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1452935     3  0.3610     0.7375 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.3123     0.8189 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.4817     0.3465 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     3  0.3873     0.6715 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     2  0.4624     0.4982 0.000 0.660 0.340 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.3486     0.7442 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.3873     0.6998 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1435229     1  0.1302     0.8995 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.4261     0.7985 0.112 0.068 0.820 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.4905     0.4391 0.632 0.000 0.364 0.004
#> SRR813776      3  0.3400     0.7627 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR808196      1  0.4907     0.2361 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      3  0.4843     0.3855 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.4072     0.6649 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1330920     1  0.4331     0.6418 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1419539     3  0.4103     0.6088 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR1359447     3  0.3444     0.7345 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1347259     4  0.0188     0.9336 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR613915      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.2408     0.8216 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0817     0.9108 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430270     4  0.4103     0.6592 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661267      3  0.3975     0.6916 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.3528     0.7643 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.4898     0.2821 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.2921     0.8358 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.2814     0.8076 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.4134     0.6878 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0921     0.9121 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.2149     0.8746 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.4103     0.6939 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.3528     0.7797 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665357      3  0.2814     0.7958 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0469     0.9281 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.3105     0.8340 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0188     0.9103 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.3870     0.7093 0.004 0.788 0.000 0.208
#> SRR1096712     3  0.0188     0.9101 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.4454     0.5445 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.1940     0.8524 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4630     0.7505 0.768 0.036 0.196 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.5582     0.6481 0.168 0.724 0.108 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.4193     0.5872 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.1211     0.8812 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.5250     0.5625 0.316 0.024 0.660 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0921     0.9083 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     1  0.2334     0.8736 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR819820      3  0.3610     0.7613 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1337342     1  0.2589     0.8547 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR655206      2  0.6464     0.4210 0.096 0.596 0.308 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0188     0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.2081     0.8605 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.3873     0.6971 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR661699      3  0.0336     0.9083 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR813680      3  0.4304     0.6267 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.2216     0.8720 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3172     0.7780 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1433410     1  0.1302     0.8995 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.3801     0.6892 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR657949      3  0.3764     0.7168 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.2611     0.8490 0.008 0.096 0.000 0.896
#> SRR1444138     1  0.1211     0.9019 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.1637     0.8815 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1091380     3  0.2647     0.8287 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.3486     0.7529 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1467102     2  0.4992     0.1442 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809963      3  0.4855     0.3746 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.4730     0.4864 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1408393     3  0.3688     0.7273 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1361522     1  0.2149     0.8746 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     2  0.5372     0.1631 0.444 0.544 0.000 0.012
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.3873     0.7102 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1446738     2  0.2868     0.8093 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.1389     0.8743 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.7224     0.4689 0.548 0.236 0.216 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0921     0.9089 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1400910     3  0.7490     0.2524 0.328 0.196 0.476 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.6142     0.6574 0.676 0.140 0.184 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0188     0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.2704     0.8073 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0188     0.9289 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1393596     4  0.0188     0.9336 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.2149     0.8746 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1328620     3  0.3581     0.8171 0.116 0.032 0.852 0.000
#> SRR1396294     4  0.7753     0.3119 0.292 0.004 0.232 0.472
#> SRR1419917     1  0.2081     0.8774 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR662114      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.3569     0.7756 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.0817     0.8983 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR614864      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433392     3  0.3873     0.7129 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.2216     0.8739 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.4866     0.3616 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.2345     0.8372 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     4  0.4008     0.6535 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1465459     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093148     3  0.7674     0.1875 0.224 0.340 0.436 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.4406     0.6212 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      3  0.0336     0.9083 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1091572     3  0.3528     0.7594 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663729      1  0.3975     0.6346 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     4  0.0707     0.9224 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1355172     3  0.4746     0.4897 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR655531      1  0.0592     0.9146 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     3  0.3801     0.7133 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.4008     0.6690 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.2011     0.8709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      3  0.4040     0.6333 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.3400     0.7512 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR816316      1  0.3074     0.8192 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR664795      3  0.4972     0.1905 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1490721     1  0.5237     0.4003 0.628 0.016 0.000 0.356
#> SRR810643      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.6747     0.5127 0.596 0.140 0.264 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.2408     0.8209 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR1351347     3  0.0188     0.9106 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.4999     0.0577 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR613639      3  0.3528     0.7479 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.3569     0.7708 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.4406     0.6254 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.3074     0.7861 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.4624     0.4828 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR660764      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.3311     0.7972 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1328845     4  0.4804     0.3717 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.2921     0.8077 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.2530     0.8363 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1309248     4  0.5630     0.6848 0.136 0.140 0.000 0.724
#> SRR809161      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316320     1  0.5127     0.4255 0.632 0.356 0.000 0.012
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.2149     0.8525 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      2  0.2675     0.8372 0.008 0.892 0.100 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.2216     0.8726 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR615946      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.2345     0.8620 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.1867     0.8850 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1347166     1  0.3400     0.7933 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1485722     1  0.2973     0.8206 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0469     0.9164 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.4916     0.3121 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR817329      1  0.3266     0.8017 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     4  0.7249     0.3628 0.000 0.260 0.200 0.540
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      3  0.4843     0.3855 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.4193     0.6753 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1455586     2  0.3311     0.7698 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.4713     0.4442 0.360 0.000 0.640 0.000
#> SRR1361652     1  0.1867     0.8828 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.3910     0.7588 0.024 0.156 0.820 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.6223     0.3344 0.556 0.000 0.384 0.060
#> SRR1486762     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.2868     0.8054 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.2011     0.8799 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     1  0.5452     0.3000 0.584 0.400 0.004 0.012
#> SRR1455038     1  0.2704     0.8470 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1375248     2  0.3764     0.7181 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.6798     0.5217 0.000 0.604 0.224 0.172
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0707     0.9103 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.3356     0.7978 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.2469     0.8399 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0336     0.9263 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0188     0.9195 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.2081     0.8556 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.3764     0.6944 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.1474     0.8712 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9318 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     1  0.4250     0.6633 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9211 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9366 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0000     0.9129 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.6298     0.0571 0.520 0.000 0.188 0.000 0.292
#> SRR1331708     1  0.4192     0.6192 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1464258     5  0.4331     0.4803 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1454201     1  0.4171     0.6183 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR661589      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     5  0.3876     0.5288 0.316 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.2124     0.7676 0.900 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     5  0.4854     0.5965 0.260 0.000 0.060 0.000 0.680
#> SRR1315931     5  0.4210     0.4664 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR818002      2  0.1197     0.9034 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1344143     2  0.3039     0.7741 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.4171     0.6196 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1490740     1  0.0404     0.8411 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.1670     0.8891 0.052 0.936 0.000 0.000 0.012
#> SRR1429846     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR613550      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1348402     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.4182     0.6179 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1324025     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1318879     3  0.4436     0.3724 0.008 0.000 0.596 0.000 0.396
#> SRR820755      5  0.4537     0.5770 0.012 0.000 0.396 0.000 0.592
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      5  0.0703     0.6065 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR612263      5  0.0000     0.5990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415398     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421327     4  0.2124     0.8614 0.004 0.000 0.000 0.900 0.096
#> SRR1083311     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     5  0.0794     0.5886 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1452935     5  0.0290     0.5996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1379495     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR615778      5  0.0290     0.5996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1447564     1  0.0963     0.8353 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1455195     1  0.4150     0.6254 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR655182      1  0.0404     0.8411 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1335140     2  0.5518     0.2712 0.000 0.544 0.000 0.384 0.072
#> SRR1433555     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     3  0.6669    -0.2554 0.000 0.232 0.400 0.000 0.368
#> SRR1388354     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1317446     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.4348     0.4368 0.000 0.316 0.668 0.000 0.016
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.2020     0.8027 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR661313      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1429408     2  0.3534     0.6414 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1433950     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.0807     0.6035 0.012 0.000 0.012 0.000 0.976
#> SRR1435229     1  0.4210     0.6133 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1085996     1  0.4138     0.6389 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1414229     5  0.0451     0.6000 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR613927      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1457854     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     5  0.4210     0.4664 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR813776      5  0.4527     0.5785 0.012 0.000 0.392 0.000 0.596
#> SRR808196      1  0.3424     0.5909 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      5  0.4341     0.4774 0.404 0.000 0.004 0.000 0.592
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR665310      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1420109     5  0.4028     0.6246 0.048 0.000 0.176 0.000 0.776
#> SRR1330920     5  0.4060     0.5026 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1419539     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.5792     0.3602 0.000 0.224 0.612 0.000 0.164
#> SRR1347259     4  0.0162     0.9408 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR613915      3  0.3109     0.5731 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1384395     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1445637     1  0.0162     0.8421 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608150      1  0.4182     0.6156 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1096383     1  0.0162     0.8417 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.4074     0.6489 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1326270     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR808566      4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.3913     0.5040 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.3816     0.2883 0.000 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR661267      3  0.0912     0.8646 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR810665      2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.4287     0.5337 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1420067     1  0.3752     0.6878 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1473632     1  0.0510     0.8403 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR812536      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     1  0.4829     0.1109 0.496 0.484 0.000 0.000 0.020
#> SRR1446375     5  0.4210     0.4640 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0162     0.8421 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      5  0.0000     0.5990 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166459     1  0.0162     0.8421 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.4201     0.6174 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1330588     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1316367     1  0.4030     0.6617 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1433926     5  0.4182     0.4692 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      5  0.2286     0.6092 0.108 0.000 0.004 0.000 0.888
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      5  0.0404     0.6006 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     5  0.4219     0.5615 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1353199     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1378885     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR665357      3  0.3109     0.6664 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347819     5  0.4307     0.3940 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0162     0.9408 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.2329     0.5498 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.0510     0.6011 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1326579     1  0.4182     0.6219 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1349363     2  0.4548     0.7133 0.000 0.748 0.000 0.156 0.096
#> SRR1096712     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.3730     0.5744 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1377599     4  0.0162     0.9407 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488449     3  0.2329     0.7259 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1318354     5  0.3274     0.6052 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1359062     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.0162     0.5991 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR663783      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.7041     0.1784 0.012 0.416 0.272 0.000 0.300
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0290     0.8421 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.3534     0.5979 0.000 0.256 0.744 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.3949     0.4672 0.000 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR1353309     3  0.0404     0.8750 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658941      3  0.4269     0.4913 0.016 0.000 0.684 0.000 0.300
#> SRR1101643     1  0.0404     0.8411 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1401468     1  0.3752     0.6878 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     5  0.4126     0.4900 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR819820      3  0.0404     0.8740 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1337342     5  0.4045    -0.1119 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR655206      3  0.4193     0.5124 0.012 0.304 0.684 0.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.0162     0.9379 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317410     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.4201     0.6152 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1394836     2  0.3534     0.6510 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.2648     0.7138 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR813680      3  0.1670     0.8263 0.012 0.000 0.936 0.000 0.052
#> SRR1410678     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     5  0.4201     0.4690 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3878     0.6592 0.000 0.748 0.000 0.236 0.016
#> SRR1433410     1  0.4201     0.6152 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR661167      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.4171     0.3811 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR660462      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.4382     0.6168 0.024 0.000 0.000 0.688 0.288
#> SRR657949      5  0.0912     0.6052 0.012 0.000 0.016 0.000 0.972
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.5837     0.4144 0.004 0.084 0.000 0.512 0.400
#> SRR1444138     1  0.0671     0.8380 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1417342     1  0.0510     0.8403 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1470193     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091380     3  0.0290     0.8778 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.4171     0.3917 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1467102     3  0.4227     0.2572 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809963      5  0.4192     0.4746 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1072247     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.4216     0.5850 0.100 0.000 0.120 0.000 0.780
#> SRR1408393     3  0.2416     0.7755 0.012 0.000 0.888 0.000 0.100
#> SRR1361522     5  0.4182     0.4692 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1368597     1  0.3707     0.6994 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.4240     0.5411 0.284 0.700 0.000 0.004 0.012
#> SRR1354931     3  0.0290     0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1391856     2  0.3039     0.7086 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.3336     0.6608 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.1670     0.5673 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936
#> SRR1387921     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.3210     0.7098 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1400910     5  0.0162     0.5994 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1446028     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.0290     0.5996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR659109      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.4192     0.6192 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR656946      1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.3395     0.7321 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1476447     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR614419      1  0.4201     0.6176 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1322936     1  0.4171     0.6196 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1349121     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR612935      5  0.6458     0.3322 0.000 0.180 0.396 0.000 0.424
#> SRR661481      2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0162     0.9375 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1499894     5  0.4210     0.5674 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1082883     1  0.4161     0.6220 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1468271     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810295      2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      5  0.4182     0.4692 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1328620     5  0.2414     0.6070 0.012 0.008 0.080 0.000 0.900
#> SRR1396294     3  0.5039     0.2960 0.028 0.008 0.604 0.360 0.000
#> SRR1419917     5  0.4262     0.3919 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR662114      5  0.2020     0.6067 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1489199     5  0.1408     0.6083 0.044 0.000 0.008 0.000 0.948
#> SRR813584      2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     5  0.4161     0.5787 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR614864      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1433392     5  0.4537     0.5770 0.012 0.000 0.396 0.000 0.592
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.3304     0.6345 0.816 0.000 0.016 0.000 0.168
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0162     0.8421 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.5341     0.4195 0.080 0.000 0.620 0.000 0.300
#> SRR1380393     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.1444     0.8235 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.3730     0.6932 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     4  0.3615     0.7569 0.000 0.156 0.000 0.808 0.036
#> SRR1465459     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1080270     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1093148     2  0.7175     0.1306 0.016 0.380 0.276 0.000 0.328
#> SRR1467080     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     5  0.4262     0.5216 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR813824      5  0.4227     0.5554 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1082376     5  0.5896     0.5939 0.168 0.000 0.236 0.000 0.596
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807543      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1091572     5  0.4392     0.5830 0.008 0.000 0.380 0.000 0.612
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.4192     0.6192 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR663729      1  0.1281     0.8265 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012
#> SRR1097013     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.4171     0.6196 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     4  0.0290     0.9379 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1355172     3  0.0404     0.8740 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.4268     0.5634 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1338147     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1413329     5  0.2233     0.6095 0.016 0.000 0.080 0.000 0.904
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.4540     0.5172 0.320 0.000 0.000 0.656 0.024
#> SRR1452033     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0404     0.9327 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR809018      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.4960     0.6535 0.668 0.000 0.064 0.000 0.268
#> SRR1479133     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615069      5  0.2470     0.5344 0.000 0.104 0.012 0.000 0.884
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.1544     0.8858 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR816316      5  0.4192     0.4746 0.404 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR664795      3  0.3452     0.5529 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.4630     0.6086 0.588 0.000 0.000 0.016 0.396
#> SRR810643      1  0.0162     0.8428 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430333     5  0.1670     0.5726 0.012 0.052 0.000 0.000 0.936
#> SRR1085285     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1317985     1  0.0162     0.8421 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487340     1  0.0162     0.8428 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420276     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     5  0.4161     0.5791 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1405525     1  0.4192     0.6192 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1370329     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465001     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0162     0.8428 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      1  0.4283     0.3581 0.644 0.000 0.000 0.348 0.008
#> SRR613639      5  0.4537     0.5770 0.012 0.000 0.396 0.000 0.592
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     5  0.4331     0.4803 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.0955     0.6087 0.028 0.000 0.004 0.000 0.968
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0290     0.8423 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365894     2  0.6631     0.2417 0.000 0.420 0.000 0.224 0.356
#> SRR1073581     1  0.0290     0.8421 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR659804      1  0.0162     0.8428 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.3990     0.5315 0.000 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR660764      5  0.4302     0.4415 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR820448      5  0.4171     0.4747 0.396 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1328845     4  0.4192     0.3768 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0566     0.8716 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1346773     1  0.0880     0.8366 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1499521     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1333395     4  0.3883     0.7325 0.184 0.000 0.000 0.780 0.036
#> SRR1309248     4  0.7271     0.2750 0.144 0.056 0.000 0.436 0.364
#> SRR809161      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1316320     1  0.5401     0.5605 0.536 0.060 0.000 0.000 0.404
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.3707     0.6934 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     5  0.0290     0.5996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.3999     0.5745 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1477949     1  0.0162     0.8428 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     5  0.4219     0.4598 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR615946      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.4171     0.6183 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR660224      2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      5  0.4210     0.3502 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1347166     5  0.0290     0.5996 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1485722     1  0.4171     0.6183 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1415316     1  0.4045     0.6602 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR613390      1  0.1270     0.8120 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR661108      3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     5  0.4135     0.5239 0.340 0.000 0.004 0.000 0.656
#> SRR817329      5  0.3932     0.5223 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     4  0.4767     0.6750 0.000 0.180 0.004 0.732 0.084
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      5  0.4331     0.4803 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1314873     1  0.0794     0.8373 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1401211     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR2164608     5  0.5686     0.0940 0.092 0.000 0.356 0.000 0.552
#> SRR1455586     2  0.1478     0.8858 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR819459      5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1488939     2  0.0880     0.9179 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     5  0.4793     0.6163 0.068 0.000 0.232 0.000 0.700
#> SRR1361652     1  0.4210     0.6133 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1437119     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478547     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.1788     0.5711 0.004 0.056 0.008 0.000 0.932
#> SRR1310584     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1500216     5  0.0510     0.6044 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1486762     3  0.3796     0.3035 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.1410     0.8909 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     5  0.4242     0.3104 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR1471477     1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     1  0.4446     0.0541 0.520 0.476 0.000 0.004 0.000
#> SRR1455038     5  0.3109     0.3298 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR1375248     2  0.2471     0.8068 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1403005     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1348378     2  0.5111     0.6619 0.000 0.716 0.028 0.200 0.056
#> SRR1413541     1  0.1851     0.8090 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1392943     1  0.4067     0.6852 0.692 0.000 0.000 0.008 0.300
#> SRR1475192     3  0.1965     0.7691 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.0703     0.5944 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1347060     3  0.1197     0.8347 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1414139     2  0.3395     0.6809 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0290     0.9342 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413436     1  0.3999     0.6577 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1311266     1  0.3857     0.6750 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1429678     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     5  0.4537     0.5770 0.012 0.000 0.396 0.000 0.592
#> SRR1345609     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1380208     5  0.6721    -0.1800 0.252 0.352 0.000 0.000 0.396
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1416654     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0290     0.8422 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365291     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1367920     4  0.0404     0.9351 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1366648     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9407 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.2136     0.6088 0.088 0.000 0.008 0.000 0.904
#> SRR1363968     1  0.0290     0.8421 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR814387      1  0.0000     0.8430 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.3816     0.6802 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     5  0.4201     0.5731 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1441159     1  0.1965     0.8044 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9435 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8849 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.4171     0.5780 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.4881     0.4932 0.604 0.000 0.044 0.000 0.016 0.336
#> SRR1331708     5  0.1327     0.7688 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1464258     6  0.2664     0.6871 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1454201     5  0.3681     0.7633 0.156 0.000 0.000 0.000 0.780 0.064
#> SRR661589      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     6  0.2730     0.6883 0.012 0.000 0.000 0.000 0.152 0.836
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0547     0.8836 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1417809     1  0.1501     0.8501 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     6  0.4633    -0.0813 0.036 0.000 0.004 0.000 0.392 0.568
#> SRR1315931     1  0.2454     0.7412 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     6  0.3221     0.7508 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR818002      2  0.3614     0.8361 0.000 0.812 0.000 0.048 0.120 0.020
#> SRR1344143     5  0.3743     0.4653 0.000 0.252 0.000 0.000 0.724 0.024
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.2581     0.7794 0.128 0.000 0.000 0.000 0.856 0.016
#> SRR1490740     1  0.0972     0.8811 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR1416248     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.4116     0.7782 0.120 0.776 0.000 0.000 0.084 0.020
#> SRR1429846     6  0.3076     0.7656 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR613550      6  0.3076     0.7656 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1348402     1  0.0790     0.8766 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1345146     5  0.2178     0.7780 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1324025     6  0.2912     0.7752 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1318879     5  0.5712     0.3795 0.008 0.000 0.308 0.000 0.532 0.152
#> SRR820755      6  0.1970     0.7617 0.008 0.000 0.092 0.000 0.000 0.900
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      6  0.3578     0.5067 0.000 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR612263      6  0.3547     0.5154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1415398     3  0.1556     0.8305 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1326205     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1421327     4  0.5081     0.0838 0.056 0.000 0.000 0.480 0.456 0.008
#> SRR1083311     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1079522     5  0.1444     0.7357 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1452935     5  0.4072     0.0589 0.008 0.000 0.000 0.000 0.544 0.448
#> SRR1379495     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      6  0.3101     0.7637 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR615778      5  0.2302     0.7134 0.008 0.000 0.000 0.000 0.872 0.120
#> SRR1447564     1  0.2941     0.6775 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1455195     5  0.3213     0.7674 0.160 0.000 0.000 0.000 0.808 0.032
#> SRR655182      1  0.1124     0.8816 0.956 0.000 0.000 0.000 0.036 0.008
#> SRR1335140     5  0.6118     0.2149 0.000 0.248 0.000 0.232 0.504 0.016
#> SRR1433555     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     6  0.5667     0.5434 0.000 0.228 0.240 0.000 0.000 0.532
#> SRR1388354     1  0.0458     0.8858 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.3887     0.7272 0.000 0.112 0.780 0.000 0.004 0.104
#> SRR1479955     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR809853      5  0.4161     0.2102 0.448 0.000 0.000 0.000 0.540 0.012
#> SRR661313      6  0.2883     0.7763 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1499935     4  0.1141     0.9026 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1447303     6  0.2912     0.7753 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1429408     2  0.3448     0.6364 0.000 0.716 0.000 0.280 0.000 0.004
#> SRR1433950     1  0.0520     0.8850 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     6  0.3789     0.3215 0.008 0.000 0.000 0.000 0.332 0.660
#> SRR1435229     5  0.2048     0.7773 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR1085996     5  0.2972     0.7748 0.128 0.000 0.000 0.000 0.836 0.036
#> SRR1414229     5  0.2593     0.6920 0.008 0.000 0.000 0.000 0.844 0.148
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR613927      6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1457854     1  0.0146     0.8868 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473714     6  0.3966     0.0780 0.444 0.000 0.000 0.000 0.004 0.552
#> SRR813776      6  0.2431     0.7792 0.008 0.000 0.132 0.000 0.000 0.860
#> SRR808196      1  0.2823     0.7101 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR614395      6  0.2664     0.6865 0.184 0.000 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362310     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR665310      6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1420109     6  0.2001     0.7156 0.012 0.000 0.008 0.000 0.068 0.912
#> SRR1330920     6  0.1757     0.7120 0.076 0.000 0.000 0.000 0.008 0.916
#> SRR1419539     3  0.1075     0.8579 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1359447     3  0.5356     0.3588 0.000 0.248 0.584 0.000 0.000 0.168
#> SRR1347259     4  0.1387     0.8979 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR613915      3  0.3765     0.1596 0.000 0.000 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR1384395     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1445637     1  0.1334     0.8752 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR608150      5  0.3101     0.7769 0.148 0.000 0.000 0.000 0.820 0.032
#> SRR1096383     1  0.3122     0.7650 0.804 0.000 0.000 0.000 0.020 0.176
#> SRR1341480     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1341344     5  0.3629     0.6532 0.276 0.000 0.000 0.000 0.712 0.012
#> SRR1326270     3  0.0260     0.8799 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     6  0.3330     0.7340 0.000 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR808566      4  0.0146     0.9099 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430270     4  0.1814     0.8285 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.3464     0.3534 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR661267      3  0.2593     0.7831 0.008 0.000 0.844 0.000 0.000 0.148
#> SRR810665      2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.4313     0.7440 0.148 0.000 0.000 0.000 0.728 0.124
#> SRR1420067     1  0.4020     0.4935 0.692 0.000 0.000 0.000 0.276 0.032
#> SRR1473632     1  0.2118     0.8295 0.888 0.000 0.000 0.000 0.104 0.008
#> SRR812536      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.5263     0.2801 0.012 0.556 0.000 0.000 0.356 0.076
#> SRR1446375     6  0.2996     0.5586 0.228 0.000 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.1910     0.8285 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.2536     0.8191 0.864 0.000 0.000 0.000 0.020 0.116
#> SRR1392676     2  0.1327     0.9185 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR665538      1  0.3122     0.7650 0.804 0.000 0.000 0.000 0.020 0.176
#> SRR660510      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      5  0.3659     0.3241 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR2166459     1  0.1334     0.8752 0.948 0.000 0.000 0.000 0.020 0.032
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.1411     0.8686 0.004 0.000 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR1488610     5  0.2092     0.7772 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR1330588     6  0.3288     0.7408 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1316367     5  0.3102     0.7710 0.156 0.000 0.000 0.000 0.816 0.028
#> SRR1433926     1  0.2706     0.7405 0.832 0.000 0.000 0.000 0.008 0.160
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      6  0.2907     0.6955 0.152 0.000 0.000 0.000 0.020 0.828
#> SRR1404909     4  0.2302     0.8622 0.000 0.000 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR663076      1  0.0146     0.8872 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      6  0.1812     0.7050 0.008 0.000 0.000 0.000 0.080 0.912
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     6  0.3244     0.7467 0.000 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1353199     6  0.3126     0.7616 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1378885     6  0.2854     0.7772 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR665357      3  0.2260     0.7599 0.000 0.140 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0146     0.9360 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1501020     3  0.0260     0.8803 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347819     6  0.3868     0.3554 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1480813     2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472576     4  0.2636     0.8547 0.000 0.004 0.000 0.860 0.120 0.016
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.4300     0.6131 0.036 0.000 0.000 0.000 0.640 0.324
#> SRR1417632     4  0.3071     0.8073 0.000 0.000 0.000 0.804 0.180 0.016
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     6  0.4076     0.1128 0.000 0.000 0.008 0.000 0.452 0.540
#> SRR1326579     5  0.3062     0.7729 0.144 0.000 0.000 0.000 0.824 0.032
#> SRR1349363     2  0.5063     0.4410 0.000 0.572 0.000 0.052 0.360 0.016
#> SRR1096712     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0632     0.8702 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1083752     4  0.4961     0.3271 0.000 0.368 0.000 0.564 0.064 0.004
#> SRR1377599     4  0.3797     0.6703 0.000 0.000 0.000 0.692 0.292 0.016
#> SRR1488449     3  0.2793     0.6737 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1318354     6  0.2812     0.7501 0.000 0.000 0.096 0.000 0.048 0.856
#> SRR1359062     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.3607     0.3405 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR663783      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     5  0.7626     0.3229 0.008 0.220 0.216 0.000 0.392 0.164
#> SRR1369070     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR615659      1  0.0632     0.8833 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.3244     0.6128 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.2494     0.8570 0.000 0.000 0.000 0.864 0.120 0.016
#> SRR1377423     6  0.3076     0.7656 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0146     0.8866 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338426     3  0.3532     0.7385 0.000 0.000 0.796 0.000 0.064 0.140
#> SRR1353309     3  0.1610     0.8349 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR658941      3  0.5777     0.3053 0.008 0.000 0.536 0.000 0.280 0.176
#> SRR1101643     1  0.0713     0.8824 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1401468     1  0.5578     0.2267 0.540 0.000 0.000 0.000 0.276 0.184
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0146     0.9099 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363858     6  0.4229     0.6100 0.220 0.000 0.000 0.000 0.068 0.712
#> SRR819820      3  0.2743     0.7631 0.008 0.000 0.828 0.000 0.000 0.164
#> SRR1337342     5  0.2446     0.7793 0.124 0.000 0.000 0.000 0.864 0.012
#> SRR655206      3  0.4615     0.6773 0.008 0.116 0.712 0.000 0.000 0.164
#> SRR1387013     2  0.3189     0.8097 0.000 0.796 0.000 0.000 0.184 0.020
#> SRR1317410     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      5  0.2300     0.7765 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      6  0.3101     0.7637 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1394836     2  0.3746     0.7478 0.000 0.780 0.140 0.000 0.000 0.080
#> SRR661699      3  0.3062     0.7681 0.000 0.000 0.824 0.000 0.032 0.144
#> SRR813680      3  0.3490     0.6892 0.008 0.000 0.724 0.000 0.000 0.268
#> SRR1410678     1  0.0146     0.8873 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.3881     0.2486 0.600 0.000 0.000 0.000 0.004 0.396
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3958     0.7001 0.000 0.740 0.000 0.012 0.220 0.028
#> SRR1433410     5  0.2260     0.7772 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.4837     0.4651 0.000 0.000 0.624 0.000 0.288 0.088
#> SRR660462      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     5  0.6087     0.1712 0.012 0.000 0.000 0.400 0.412 0.176
#> SRR657949      6  0.2225     0.7109 0.008 0.000 0.008 0.000 0.092 0.892
#> SRR1308882     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     5  0.1524     0.7357 0.000 0.008 0.000 0.060 0.932 0.000
#> SRR1444138     6  0.4341     0.1969 0.412 0.000 0.000 0.000 0.024 0.564
#> SRR1417342     1  0.0713     0.8824 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1470193     4  0.4064     0.7319 0.004 0.000 0.000 0.740 0.200 0.056
#> SRR1091380     3  0.2558     0.7745 0.004 0.000 0.840 0.000 0.000 0.156
#> SRR1099096     1  0.0790     0.8766 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1313583     1  0.2527     0.7525 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.3847     0.1515 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.1267     0.9001 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR818821      3  0.1714     0.8371 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR809963      6  0.2730     0.6841 0.192 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR1072247     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1445259     6  0.4652     0.0822 0.012 0.000 0.020 0.000 0.472 0.496
#> SRR1408393     3  0.4643     0.5795 0.008 0.000 0.640 0.000 0.048 0.304
#> SRR1361522     1  0.2949     0.7545 0.832 0.000 0.000 0.000 0.028 0.140
#> SRR1368597     1  0.3929     0.5675 0.700 0.000 0.000 0.000 0.272 0.028
#> SRR1309680     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR1310542     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1406437     2  0.6321     0.4968 0.016 0.576 0.000 0.160 0.040 0.208
#> SRR1354931     3  0.0260     0.8795 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1391856     2  0.3123     0.7869 0.000 0.824 0.136 0.000 0.000 0.040
#> SRR1446738     2  0.3602     0.7398 0.000 0.792 0.000 0.000 0.072 0.136
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.1387     0.7360 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1387921     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.1686     0.9146 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR1360695     1  0.0713     0.8785 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR812943      5  0.4367     0.4181 0.364 0.000 0.000 0.000 0.604 0.032
#> SRR1400910     5  0.2234     0.7099 0.004 0.000 0.000 0.000 0.872 0.124
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.1867     0.8993 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR658754      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1397366     6  0.3101     0.7637 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1446028     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1083918     2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337606     5  0.2513     0.6988 0.008 0.000 0.000 0.000 0.852 0.140
#> SRR659109      3  0.0713     0.8670 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1337192     5  0.2300     0.7765 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR656946      1  0.0547     0.8836 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1476102     5  0.4015     0.4649 0.372 0.000 0.000 0.000 0.616 0.012
#> SRR1476447     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1342067     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.1196     0.8771 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR614419      5  0.3268     0.7701 0.144 0.000 0.000 0.000 0.812 0.044
#> SRR1322936     5  0.2340     0.7777 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1349121     1  0.2257     0.8210 0.876 0.000 0.000 0.000 0.008 0.116
#> SRR1430549     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR612935      6  0.4755     0.6686 0.000 0.132 0.132 0.000 0.020 0.716
#> SRR661481      2  0.0363     0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1354117     2  0.0146     0.9360 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1393596     4  0.3046     0.7857 0.000 0.000 0.000 0.800 0.188 0.012
#> SRR1452164     1  0.1257     0.8770 0.952 0.000 0.000 0.000 0.020 0.028
#> SRR1070503     6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1499894     6  0.3428     0.6188 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1082883     5  0.4765     0.7120 0.152 0.000 0.000 0.000 0.676 0.172
#> SRR1468271     1  0.0458     0.8840 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1332443     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.2868     0.7591 0.840 0.000 0.000 0.000 0.028 0.132
#> SRR1328620     6  0.4844     0.2617 0.008 0.000 0.064 0.000 0.300 0.628
#> SRR1396294     3  0.5607     0.5095 0.008 0.000 0.576 0.240 0.000 0.176
#> SRR1419917     1  0.2651     0.7894 0.860 0.000 0.000 0.000 0.028 0.112
#> SRR662114      6  0.2706     0.7747 0.000 0.000 0.124 0.000 0.024 0.852
#> SRR1489199     6  0.0622     0.7045 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980
#> SRR813584      2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1069638     6  0.3136     0.7807 0.000 0.000 0.188 0.000 0.016 0.796
#> SRR614864      6  0.3288     0.7408 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1433392     6  0.2302     0.7754 0.008 0.000 0.120 0.000 0.000 0.872
#> SRR1377777     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR2167710     1  0.2001     0.8479 0.920 0.000 0.016 0.000 0.020 0.044
#> SRR1401252     4  0.1957     0.8641 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0547     0.8836 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.7274    -0.0105 0.192 0.000 0.388 0.000 0.296 0.124
#> SRR1380393     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.5957     0.4811 0.624 0.000 0.000 0.152 0.132 0.092
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.5203     0.4665 0.348 0.000 0.000 0.000 0.548 0.104
#> SRR1486538     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     5  0.4457    -0.0674 0.000 0.008 0.000 0.432 0.544 0.016
#> SRR1465459     6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1080270     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     6  0.2219     0.7757 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR1093148     5  0.6602     0.5756 0.008 0.116 0.132 0.000 0.568 0.176
#> SRR1467080     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0363     0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR816475      4  0.0865     0.8920 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      6  0.3101     0.7637 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR1452246     2  0.1779     0.9129 0.000 0.920 0.000 0.000 0.064 0.016
#> SRR1338836     2  0.1779     0.9129 0.000 0.920 0.000 0.000 0.064 0.016
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     6  0.3547     0.6597 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR813824      6  0.3737     0.5899 0.000 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1082376     6  0.2801     0.7552 0.072 0.000 0.068 0.000 0.000 0.860
#> SRR1500891     4  0.1610     0.8896 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR807543      6  0.2793     0.7788 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1091572     6  0.2624     0.7801 0.000 0.000 0.124 0.000 0.020 0.856
#> SRR1346689     4  0.1267     0.9006 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1332424     5  0.2300     0.7765 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR663729      1  0.2688     0.8029 0.868 0.000 0.000 0.068 0.064 0.000
#> SRR1097013     1  0.1616     0.8684 0.932 0.000 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR613675      5  0.2482     0.7782 0.148 0.000 0.000 0.000 0.848 0.004
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0790     0.8766 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1437622     4  0.3483     0.8270 0.000 0.040 0.000 0.820 0.120 0.020
#> SRR1355172     3  0.2257     0.7983 0.008 0.000 0.876 0.000 0.000 0.116
#> SRR655531      5  0.5658     0.2888 0.156 0.000 0.000 0.000 0.464 0.380
#> SRR1338147     6  0.3076     0.7656 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1413329     5  0.4135     0.5002 0.008 0.000 0.004 0.000 0.584 0.404
#> SRR1485931     2  0.1779     0.9129 0.000 0.920 0.000 0.000 0.064 0.016
#> SRR1420873     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.5874     0.2801 0.268 0.000 0.000 0.480 0.252 0.000
#> SRR1452033     1  0.2003     0.8215 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1467316     2  0.2250     0.8971 0.000 0.888 0.000 0.000 0.092 0.020
#> SRR809018      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.1471     0.9179 0.000 0.932 0.000 0.000 0.064 0.004
#> SRR663440      6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1471755     2  0.0363     0.9355 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR808019      1  0.6475     0.0914 0.488 0.000 0.048 0.000 0.288 0.176
#> SRR1479133     3  0.1007     0.8597 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR615069      5  0.3637     0.7052 0.000 0.040 0.008 0.000 0.788 0.164
#> SRR1456185     2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350069     4  0.4332     0.6592 0.156 0.000 0.000 0.740 0.008 0.096
#> SRR816316      6  0.2491     0.6921 0.164 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR664795      3  0.4362     0.6569 0.036 0.000 0.688 0.000 0.012 0.264
#> SRR1490721     5  0.1956     0.7693 0.080 0.000 0.000 0.008 0.908 0.004
#> SRR810643      1  0.0146     0.8870 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430333     5  0.3133     0.6883 0.008 0.000 0.000 0.000 0.780 0.212
#> SRR1085285     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1317985     1  0.0547     0.8836 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1487340     1  0.0146     0.8870 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     6  0.3175     0.7495 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1405525     5  0.2300     0.7765 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1370329     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819610      2  0.2536     0.8785 0.000 0.864 0.000 0.000 0.116 0.020
#> SRR2157314     1  0.0146     0.8870 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409465     2  0.1327     0.9185 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR809987      1  0.3202     0.7333 0.800 0.000 0.000 0.176 0.024 0.000
#> SRR613639      6  0.1398     0.7289 0.008 0.000 0.052 0.000 0.000 0.940
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     6  0.1610     0.7085 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     6  0.3565     0.5436 0.004 0.000 0.000 0.000 0.304 0.692
#> SRR1394734     2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317771     1  0.2480     0.8282 0.872 0.000 0.000 0.000 0.024 0.104
#> SRR1365894     5  0.1765     0.7283 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1073581     1  0.3460     0.7276 0.760 0.000 0.000 0.000 0.020 0.220
#> SRR659804      1  0.0146     0.8870 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0146     0.9369 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473529     4  0.5185     0.4922 0.000 0.064 0.000 0.572 0.348 0.016
#> SRR660764      6  0.3797     0.4947 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000 0.580
#> SRR820448      6  0.2948     0.6819 0.188 0.000 0.000 0.000 0.008 0.804
#> SRR1328845     1  0.4613     0.6456 0.700 0.000 0.000 0.204 0.008 0.088
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.1204     0.9016 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1459190     3  0.2915     0.7607 0.008 0.000 0.808 0.000 0.000 0.184
#> SRR1346773     1  0.4388     0.1525 0.572 0.000 0.000 0.000 0.400 0.028
#> SRR1499521     1  0.2048     0.8187 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1081209     2  0.1686     0.9144 0.000 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR1400202     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333395     4  0.6073     0.1118 0.352 0.000 0.000 0.380 0.268 0.000
#> SRR1309248     5  0.0717     0.7334 0.000 0.000 0.000 0.008 0.976 0.016
#> SRR809161      6  0.3076     0.7656 0.000 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1316320     5  0.0767     0.7358 0.004 0.008 0.000 0.000 0.976 0.012
#> SRR1432629     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR1498931     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.4356     0.2766 0.608 0.000 0.000 0.000 0.360 0.032
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0547     0.8836 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1078489     5  0.4091    -0.0135 0.008 0.000 0.000 0.000 0.520 0.472
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      5  0.5359     0.1647 0.000 0.432 0.000 0.000 0.460 0.108
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477949     1  0.0632     0.8833 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     6  0.3330     0.5876 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR615946      6  0.3198     0.7537 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.3213     0.7674 0.160 0.000 0.000 0.000 0.808 0.032
#> SRR660224      2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      6  0.4873     0.4379 0.080 0.000 0.000 0.000 0.320 0.600
#> SRR1347166     5  0.2302     0.7134 0.008 0.000 0.000 0.000 0.872 0.120
#> SRR1485722     5  0.4828     0.7065 0.156 0.000 0.000 0.000 0.668 0.176
#> SRR1415316     5  0.2513     0.7720 0.140 0.000 0.000 0.000 0.852 0.008
#> SRR613390      6  0.4362     0.3228 0.388 0.000 0.000 0.000 0.028 0.584
#> SRR661108      3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     6  0.1492     0.6917 0.024 0.000 0.000 0.000 0.036 0.940
#> SRR817329      6  0.4067     0.6199 0.060 0.000 0.000 0.000 0.212 0.728
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467745     4  0.3897     0.5610 0.000 0.280 0.000 0.696 0.000 0.024
#> SRR1471795     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR1415637     2  0.0937     0.9270 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR813137      6  0.2854     0.6759 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1314873     1  0.1204     0.8737 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR2164608     6  0.5376     0.0189 0.008 0.000 0.372 0.000 0.092 0.528
#> SRR1455586     2  0.0547     0.9268 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      6  0.3288     0.7408 0.000 0.000 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1488939     2  0.2404     0.8830 0.000 0.872 0.000 0.000 0.112 0.016
#> SRR1433232     2  0.1867     0.9121 0.000 0.916 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR1385501     6  0.2833     0.6977 0.004 0.000 0.012 0.000 0.148 0.836
#> SRR1361652     5  0.1124     0.7595 0.036 0.000 0.000 0.000 0.956 0.008
#> SRR1437119     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.2716     0.7024 0.004 0.008 0.004 0.000 0.852 0.132
#> SRR1310584     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1500216     6  0.3563     0.5116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1486762     3  0.3428     0.3620 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR1480854     4  0.1327     0.8985 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0146     0.9108 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473058     4  0.3445     0.7367 0.000 0.156 0.000 0.796 0.000 0.048
#> SRR1405165     3  0.1556     0.8282 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1433004     6  0.4462     0.5247 0.060 0.000 0.000 0.000 0.280 0.660
#> SRR1471477     1  0.2536     0.8191 0.864 0.000 0.000 0.000 0.020 0.116
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     1  0.6900     0.4698 0.540 0.088 0.000 0.176 0.020 0.176
#> SRR1455038     6  0.5262     0.3424 0.124 0.000 0.000 0.000 0.308 0.568
#> SRR1375248     2  0.2048     0.8389 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     6  0.2883     0.7763 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1348378     2  0.3658     0.7306 0.000 0.776 0.020 0.188 0.000 0.016
#> SRR1413541     1  0.3490     0.5974 0.724 0.000 0.000 0.000 0.268 0.008
#> SRR1392943     5  0.5481     0.5479 0.308 0.000 0.000 0.024 0.580 0.088
#> SRR1475192     3  0.1765     0.7914 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.2431     0.7081 0.008 0.000 0.000 0.000 0.860 0.132
#> SRR1347060     3  0.1075     0.8455 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1414139     2  0.2941     0.7119 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0405     0.9328 0.000 0.988 0.004 0.000 0.000 0.008
#> SRR1415004     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1413436     5  0.4931     0.6086 0.248 0.000 0.000 0.000 0.636 0.116
#> SRR1311266     5  0.5481     0.5669 0.264 0.000 0.000 0.000 0.560 0.176
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1429678     1  0.0713     0.8824 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9374 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     6  0.2165     0.7718 0.008 0.000 0.108 0.000 0.000 0.884
#> SRR1345609     1  0.0713     0.8824 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1380208     5  0.1863     0.7581 0.036 0.044 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     6  0.3151     0.7590 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1416654     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0260     0.8863 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1365291     6  0.2823     0.7779 0.000 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1367920     4  0.4212     0.4094 0.000 0.000 0.000 0.560 0.424 0.016
#> SRR1366648     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.1075     0.9243 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1082173     6  0.3955     0.0219 0.008 0.000 0.000 0.000 0.384 0.608
#> SRR1363968     1  0.2053     0.8265 0.888 0.000 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR814387      1  0.0000     0.8870 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.5778     0.1136 0.508 0.000 0.004 0.000 0.312 0.176
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0790     0.8673 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1453811     6  0.2854     0.7772 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1441159     1  0.3706     0.3223 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9112 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8842 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     6  0.2631     0.7812 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000 0.820

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:mclust*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.997       0.999         0.4705 0.530   0.530
#> 3 3 0.927           0.919       0.961         0.3880 0.814   0.648
#> 4 4 0.705           0.714       0.827         0.0945 0.903   0.729
#> 5 5 0.698           0.659       0.826         0.0874 0.905   0.670
#> 6 6 0.679           0.508       0.753         0.0266 0.914   0.638

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1331708     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1464258     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1454201     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR661589      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1456229     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1315165     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488960     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1417809     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1094457     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1095575     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1315931     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1430066     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1431037     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1395554     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR818002      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1344143     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486845     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1362866     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1490740     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1446627     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1456138     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1416248     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1383907     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1311018     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1375699     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1429846     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR613550      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1348402     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1345146     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1324025     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1318879     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR820755      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1485830     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR599313      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR612263      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1415398     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1326205     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1421327     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1083311     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1499303     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1079522     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1452935     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1379495     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1470459     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661361      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR615778      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1447564     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1455195     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR655182      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1335140     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433555     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1308650     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1388354     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1317446     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1413602     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1479955     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809853      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR661313      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1499935     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1447303     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1429408     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433950     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1362081     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1409854     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1435229     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1085996     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1414229     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1400974     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1399971     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR613927      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1457854     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1473714     1   0.430      0.904 0.912 0.088
#> SRR813776      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR808196      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1101085     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614395      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1478251     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1370551     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1362310     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR665310      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1420109     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1330920     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1419539     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1359447     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1347259     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613915      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1384395     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR821715      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1478228     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1445637     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR608150      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1096383     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1341480     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1341344     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1326270     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1498838     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1416313     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR808566      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1430270     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1367825     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR613533      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR661267      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR810665      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1407250     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1420067     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1473632     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR812536      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1370850     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486195     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1407671     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1446375     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1465230     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614119      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1356101     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1404209     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1392676     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR665538      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR660510      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1445655     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658953      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR2166459     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1070713     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485312     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1317631     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488610     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1330588     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1316367     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1433926     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1091302     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818263      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1404909     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663076      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1323577     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1442422     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1465893     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR654862      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1407112     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1332969     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1353199     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1378885     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR665357      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR662186      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1501020     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1347819     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1480813     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1472576     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1431781     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452270     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1500472     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1417632     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1350153     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1458113     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1326579     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1349363     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1096712     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1090407     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1083752     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377599     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488449     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1318354     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1359062     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1398924     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR663783      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1319204     1   0.118      0.984 0.984 0.016
#> SRR1369070     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR615659      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1337449     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1316982     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1498595     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377423     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1312310     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485613     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1338426     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1353309     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR658941      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1101643     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1401468     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1368874     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1324085     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1363858     2   0.955      0.397 0.376 0.624
#> SRR819820      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1337342     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR655206      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1387013     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1317410     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR608198      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1440161     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1343741     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1381288     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415379     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1099622     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663197      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1394836     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661699      1   0.242      0.958 0.960 0.040
#> SRR813680      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1410678     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1378109     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1499174     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1311486     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1382851     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433410     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR661167      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1432518     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR660462      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1374608     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR657949      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1308882     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR655768      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1485870     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1444138     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1417342     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1470193     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1091380     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1099096     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1313583     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467102     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485416     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818821      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR809963      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1072247     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1353710     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1445259     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1408393     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1361522     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1368597     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1309680     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1310542     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1333485     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1406437     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354931     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1391856     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1446738     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309032     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1388145     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432611     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR815869      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR613150      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1375329     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1387921     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1466792     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1360478     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1360695     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR812943      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1400910     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1444203     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816177      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658754      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1429603     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1397366     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1446028     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1083918     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1337606     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR659109      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1337192     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR656946      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1476102     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1476447     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1342067     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1385389     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1075971     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR614419      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1322936     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1349121     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1430549     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR612935      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR661481      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354117     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1393596     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452164     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1070503     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1499894     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1082883     1   0.141      0.979 0.980 0.020
#> SRR1468271     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1332443     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR810295      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR662103      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1328620     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1396294     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1419917     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR662114      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1489199     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR813584      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1069638     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR614864      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1433392     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1377777     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2167710     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1401252     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309963     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338031     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1418628     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486889     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1380393     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1319731     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1356468     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1337010     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486520     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1486538     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1340486     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377696     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1465459     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1080270     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1312501     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1093148     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1467080     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1410866     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816475      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1379198     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613342      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1452246     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338836     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1369129     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1396616     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR813824      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1082376     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1500891     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR807543      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1091572     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1346689     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1332424     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR663729      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1097013     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR613675      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1485357     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR655816      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1500113     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1437622     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1355172     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR655531      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1338147     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1413329     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1485931     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1420873     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1333308     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452033     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1467316     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809018      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1375351     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663440      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1471755     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR808019      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1479133     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR615069      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1456185     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1350069     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816316      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR664795      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1490721     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR810643      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1430333     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1085285     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1099072     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1317985     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1487340     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1420276     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1351347     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1405525     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1370329     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1465001     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1476525     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819610      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2157314     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1409465     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809987      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613639      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1402285     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1077038     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1405660     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1095455     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1394734     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1317771     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1365894     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1073581     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR659804      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1345914     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432186     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1473529     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660764      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR820448      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1328845     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1336415     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1379065     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1459190     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1346773     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1499521     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1440898     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1347459     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1081209     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1400202     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1333395     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309248     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809161      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1316320     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432629     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1498931     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1416578     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405547     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1470534     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1380764     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1309160     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR663489      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1500450     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1078489     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1332648     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660614      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1470420     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1475566     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1477949     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1481419     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1464766     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR615946      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1446481     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467656     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1402962     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR660224      2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR665586      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1347166     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1485722     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1415316     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR613390      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR661108      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR2170173     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR817329      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1401990     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467745     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1471795     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415637     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR813137      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1314873     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1401211     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1419692     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818797      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR2164608     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1455586     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819459      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1488939     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433232     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1385501     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1361652     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1437119     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1478547     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1430910     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1310584     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1500216     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1486762     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1480854     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1489394     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1418085     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1340221     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1473058     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405165     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1433004     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1471477     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1098567     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1098712     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1455038     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1375248     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1403005     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1348378     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1413541     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1392943     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1475192     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1432085     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452468     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1347060     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1414139     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1447962     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1444324     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415004     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1413436     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1311266     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1343302     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1373746     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1429678     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1469413     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405331     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1345609     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1380208     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1322840     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1399797     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1416654     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1315081     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1369196     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1400847     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1365291     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1367920     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1366648     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1441679     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1082173     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1363968     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR814387      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR657599      1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1386689     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1395575     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1453811     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1441159     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1403154     2   0.000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1468722     1   0.000      0.999 1.000 0.000
#> SRR1310275     1   0.000      0.999 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0424     0.9474 0.992 0.000 0.008
#> SRR1331708     1  0.1163     0.9447 0.972 0.000 0.028
#> SRR1464258     1  0.6180     0.2670 0.584 0.000 0.416
#> SRR1454201     1  0.1289     0.9406 0.968 0.000 0.032
#> SRR661589      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1456229     1  0.5529     0.5751 0.704 0.000 0.296
#> SRR1315165     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1094457     2  0.0237     0.9949 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095575     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1315931     1  0.0237     0.9473 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430066     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1431037     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1395554     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR818002      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1486845     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1362866     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1490740     1  0.0592     0.9466 0.988 0.000 0.012
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0237     0.9949 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429846     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR613550      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1324025     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1318879     1  0.2537     0.9001 0.920 0.000 0.080
#> SRR820755      3  0.0592     0.9233 0.012 0.000 0.988
#> SRR1485830     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR599313      1  0.1031     0.9461 0.976 0.000 0.024
#> SRR612263      1  0.1163     0.9424 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415398     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1326205     2  0.0237     0.9949 0.000 0.996 0.004
#> SRR1421327     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1083311     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1499303     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1452935     1  0.5397     0.6209 0.720 0.000 0.280
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR615778      1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0424     0.9475 0.992 0.000 0.008
#> SRR655182      1  0.0592     0.9474 0.988 0.000 0.012
#> SRR1335140     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1433555     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1413602     3  0.5706     0.5523 0.320 0.000 0.680
#> SRR1479955     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR809853      1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR661313      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1499935     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1429408     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0237     0.9473 0.996 0.000 0.004
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.4974     0.7064 0.236 0.000 0.764
#> SRR1435229     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1085996     1  0.0892     0.9445 0.980 0.000 0.020
#> SRR1414229     1  0.1163     0.9432 0.972 0.000 0.028
#> SRR1400974     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.1620     0.9307 0.964 0.024 0.012
#> SRR813776      3  0.0592     0.9233 0.012 0.000 0.988
#> SRR808196      2  0.0237     0.9949 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101085     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR614395      3  0.5733     0.5667 0.324 0.000 0.676
#> SRR1478251     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1420109     1  0.3482     0.8489 0.872 0.000 0.128
#> SRR1330920     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1419539     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.6267     0.2209 0.452 0.000 0.548
#> SRR1347259     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR613915      3  0.1411     0.9080 0.036 0.000 0.964
#> SRR1384395     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR821715      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.1964     0.9169 0.944 0.000 0.056
#> SRR608150      1  0.1163     0.9447 0.972 0.000 0.028
#> SRR1096383     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341480     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1341344     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1326270     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1498838     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1416313     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR808566      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1367825     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR613533      3  0.3686     0.8214 0.140 0.000 0.860
#> SRR661267      3  0.6180     0.3516 0.416 0.000 0.584
#> SRR810665      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.1163     0.9432 0.972 0.000 0.028
#> SRR1420067     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473632     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR812536      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446375     1  0.2878     0.8840 0.904 0.000 0.096
#> SRR1465230     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0892     0.9440 0.980 0.000 0.020
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR660510      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1445655     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR2166459     1  0.3816     0.8222 0.852 0.000 0.148
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1317631     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1330588     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1316367     1  0.0747     0.9471 0.984 0.000 0.016
#> SRR1433926     1  0.0747     0.9452 0.984 0.000 0.016
#> SRR1091302     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      3  0.6252     0.2605 0.444 0.000 0.556
#> SRR1404909     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR663076      1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.6299     0.0638 0.524 0.000 0.476
#> SRR1407112     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1353199     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1378885     3  0.0592     0.9233 0.012 0.000 0.988
#> SRR665357      3  0.3038     0.8548 0.104 0.000 0.896
#> SRR662186      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.2448     0.8772 0.076 0.000 0.924
#> SRR1347819     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1431781     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1500472     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1417632     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     1  0.4750     0.7318 0.784 0.000 0.216
#> SRR1326579     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1349363     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1096712     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1090407     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1488449     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1318354     3  0.6267     0.2195 0.452 0.000 0.548
#> SRR1359062     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1398924     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR663783      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1319204     1  0.1525     0.9399 0.964 0.004 0.032
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0747     0.9452 0.984 0.000 0.016
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1377423     3  0.4605     0.7380 0.204 0.000 0.796
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338426     1  0.5810     0.5018 0.664 0.000 0.336
#> SRR1353309     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR658941      1  0.1031     0.9450 0.976 0.000 0.024
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     2  0.6200     0.5276 0.312 0.676 0.012
#> SRR819820      1  0.6192     0.2891 0.580 0.000 0.420
#> SRR1337342     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR655206      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1394836     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR661699      1  0.6396     0.5329 0.664 0.320 0.016
#> SRR813680      3  0.6140     0.3860 0.404 0.000 0.596
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.1163     0.9431 0.972 0.000 0.028
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR661167      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1432518     3  0.5497     0.6179 0.292 0.000 0.708
#> SRR660462      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1374608     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR657949      3  0.4452     0.7649 0.192 0.000 0.808
#> SRR1308882     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR655768      1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1485870     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444138     1  0.6267     0.1820 0.548 0.000 0.452
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091380     1  0.5810     0.5127 0.664 0.000 0.336
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467102     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR818821      3  0.5291     0.6644 0.268 0.000 0.732
#> SRR809963      3  0.6225     0.2992 0.432 0.000 0.568
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1445259     1  0.3879     0.8196 0.848 0.000 0.152
#> SRR1408393     3  0.0592     0.9233 0.012 0.000 0.988
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1333485     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1406437     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354931     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1391856     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR613150      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1375329     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1400910     1  0.1163     0.9447 0.972 0.000 0.028
#> SRR1444203     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1429603     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1446028     1  0.0747     0.9471 0.984 0.000 0.016
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.1163     0.9447 0.972 0.000 0.028
#> SRR659109      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1337192     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR656946      1  0.0747     0.9471 0.984 0.000 0.016
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1385389     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1075971     1  0.0892     0.9445 0.980 0.000 0.020
#> SRR614419      1  0.0747     0.9471 0.984 0.000 0.016
#> SRR1322936     1  0.1163     0.9447 0.972 0.000 0.028
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      1  0.6235     0.2094 0.564 0.000 0.436
#> SRR661481      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393596     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1499894     3  0.0592     0.9237 0.012 0.000 0.988
#> SRR1082883     1  0.2050     0.9287 0.952 0.020 0.028
#> SRR1468271     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     1  0.5650     0.5562 0.688 0.000 0.312
#> SRR1396294     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419917     1  0.1753     0.9240 0.952 0.000 0.048
#> SRR662114      1  0.5968     0.4313 0.636 0.000 0.364
#> SRR1489199     3  0.6126     0.3761 0.400 0.000 0.600
#> SRR813584      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR614864      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1433392     3  0.5621     0.5971 0.308 0.000 0.692
#> SRR1377777     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR2167710     1  0.0892     0.9469 0.980 0.000 0.020
#> SRR1401252     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1309963     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.0592     0.9472 0.988 0.000 0.012
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340486     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1465459     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1080270     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1312501     3  0.3340     0.8409 0.120 0.000 0.880
#> SRR1093148     1  0.1031     0.9450 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467080     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR613342      3  0.3412     0.8368 0.124 0.000 0.876
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1396616     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR813824      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1082376     3  0.4002     0.8071 0.160 0.000 0.840
#> SRR1500891     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR807543      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1091572     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1346689     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1332424     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR663729      2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1097013     1  0.0592     0.9451 0.988 0.000 0.012
#> SRR613675      1  0.1163     0.9447 0.972 0.000 0.028
#> SRR1485357     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.3551     0.8244 0.132 0.000 0.868
#> SRR1500113     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1437622     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.1289     0.9363 0.968 0.000 0.032
#> SRR655531      1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1338147     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1413329     1  0.1163     0.9431 0.972 0.000 0.028
#> SRR1485931     2  0.0237     0.9949 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1452033     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1467316     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR809018      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.0592     0.9475 0.988 0.000 0.012
#> SRR1479133     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR615069      1  0.1031     0.9450 0.976 0.000 0.024
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350069     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.4974     0.6871 0.764 0.000 0.236
#> SRR664795      1  0.4654     0.7366 0.792 0.000 0.208
#> SRR1490721     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR810643      1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1085285     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1099072     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1351347     3  0.0747     0.9215 0.016 0.000 0.984
#> SRR1405525     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0237     0.9473 0.996 0.000 0.004
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR613639      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1402285     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1077038     1  0.6180     0.2671 0.584 0.000 0.416
#> SRR1405660     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1095455     1  0.2796     0.8879 0.908 0.000 0.092
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1073581     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR659804      1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR660764      3  0.5098     0.6884 0.248 0.000 0.752
#> SRR820448      1  0.3941     0.8062 0.844 0.000 0.156
#> SRR1328845     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336415     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1459190     3  0.5760     0.5352 0.328 0.000 0.672
#> SRR1346773     1  0.0424     0.9473 0.992 0.000 0.008
#> SRR1499521     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.5591     0.5965 0.304 0.000 0.696
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1309248     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR809161      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1316320     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405547     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1470534     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR663489      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1500450     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1078489     1  0.1031     0.9450 0.976 0.000 0.024
#> SRR1332648     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR660614      1  0.1529     0.9352 0.960 0.000 0.040
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.4062     0.7994 0.836 0.000 0.164
#> SRR615946      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0747     0.9473 0.984 0.000 0.016
#> SRR660224      2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR665586      1  0.1163     0.9399 0.972 0.000 0.028
#> SRR1347166     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1485722     1  0.1860     0.9262 0.948 0.000 0.052
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.4504     0.7514 0.804 0.000 0.196
#> SRR661108      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR2170173     1  0.3038     0.8755 0.896 0.000 0.104
#> SRR817329      1  0.0892     0.9445 0.980 0.000 0.020
#> SRR1401990     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      3  0.5497     0.6080 0.292 0.000 0.708
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR2164608     1  0.5810     0.5036 0.664 0.000 0.336
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1488939     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.6204     0.3106 0.424 0.000 0.576
#> SRR1361652     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1430910     1  0.1411     0.9380 0.964 0.000 0.036
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1486762     3  0.2537     0.8745 0.080 0.000 0.920
#> SRR1480854     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1489394     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1418085     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1340221     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473058     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.5835     0.5266 0.340 0.000 0.660
#> SRR1433004     1  0.3116     0.8665 0.892 0.000 0.108
#> SRR1471477     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455038     1  0.1163     0.9424 0.972 0.000 0.028
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0892     0.9445 0.980 0.000 0.020
#> SRR1392943     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1475192     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1347060     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1414139     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR1311266     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1343302     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.4002     0.8018 0.160 0.000 0.840
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1322840     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1399797     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1416654     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1315081     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1369196     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1367920     2  0.0424     0.9939 0.000 0.992 0.008
#> SRR1366648     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     1  0.2711     0.8923 0.912 0.000 0.088
#> SRR1363968     1  0.0237     0.9474 0.996 0.000 0.004
#> SRR814387      1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0892     0.9465 0.980 0.000 0.020
#> SRR1386689     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1453811     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1441159     1  0.0892     0.9466 0.980 0.000 0.020
#> SRR1403154     2  0.0000     0.9958 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0424     0.9261 0.008 0.000 0.992
#> SRR1310275     3  0.4796     0.7283 0.220 0.000 0.780

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.1576    0.87194 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1331708     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1464258     1  0.4868    0.70790 0.748 0.000 0.212 0.040
#> SRR1454201     1  0.4595    0.84899 0.776 0.000 0.040 0.184
#> SRR661589      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.4292    0.83096 0.820 0.000 0.100 0.080
#> SRR1315165     4  0.4730    0.78905 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1488960     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417809     2  0.4996   -0.53678 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1094457     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1095575     1  0.4549    0.84957 0.776 0.000 0.036 0.188
#> SRR1315931     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430066     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.2011    0.70172 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1344143     2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1486845     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1362866     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1490740     1  0.0336    0.87833 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446627     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.1557    0.71944 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1416248     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383907     4  0.4790    0.77981 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1311018     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375699     2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1429846     3  0.0336    0.90646 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR613550      3  0.0336    0.90646 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1348402     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345146     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1324025     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.6316    0.74557 0.660 0.000 0.156 0.184
#> SRR820755      3  0.3444    0.75416 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1485830     4  0.3801    0.75209 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR599313      1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR612263      1  0.4204    0.85287 0.788 0.000 0.020 0.192
#> SRR1415398     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.4972    0.70438 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1421327     4  0.4955    0.70325 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1083311     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.4761    0.78468 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1079522     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1452935     1  0.6580    0.69503 0.632 0.000 0.196 0.172
#> SRR1379495     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470459     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1447564     1  0.0707    0.88049 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1455195     1  0.3142    0.86984 0.860 0.000 0.008 0.132
#> SRR655182      1  0.1584    0.88175 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR1335140     2  0.4994   -0.45592 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1433555     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.4677    0.14457 0.004 0.680 0.000 0.316
#> SRR1388354     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317446     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.5473    0.64443 0.192 0.000 0.724 0.084
#> SRR1479955     2  0.4746   -0.06324 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR809853      1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR661313      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.4713    0.79028 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1447303     3  0.0188    0.90756 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1429408     4  0.4941    0.71557 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1433950     1  0.0707    0.88022 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1362081     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.5453    0.32042 0.388 0.000 0.592 0.020
#> SRR1435229     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1085996     1  0.2924    0.87375 0.884 0.000 0.016 0.100
#> SRR1414229     1  0.4919    0.83907 0.752 0.000 0.048 0.200
#> SRR1400974     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613927      3  0.3074    0.78905 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1457854     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473714     1  0.3039    0.87398 0.900 0.012 0.036 0.052
#> SRR813776      3  0.3528    0.74431 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR808196      4  0.4972    0.70438 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1101085     4  0.4713    0.79028 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR614395      1  0.5050    0.29209 0.588 0.000 0.408 0.004
#> SRR1478251     4  0.3688    0.74662 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1370551     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR665310      3  0.0188    0.90738 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1420109     1  0.6236    0.75286 0.668 0.000 0.152 0.180
#> SRR1330920     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1419539     2  0.2814    0.63340 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1359447     3  0.6675    0.47332 0.228 0.000 0.616 0.156
#> SRR1347259     4  0.4985    0.67953 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR613915      3  0.3074    0.79239 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0336    0.90646 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1478228     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445637     1  0.0672    0.88035 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR608150      1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1096383     1  0.1305    0.87607 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1341480     4  0.4790    0.77981 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1341344     1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR1326270     3  0.0336    0.90646 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.4888    0.74808 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1430270     4  0.4955    0.72230 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1367825     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.3706    0.79917 0.112 0.000 0.848 0.040
#> SRR661267      3  0.5263    0.17446 0.448 0.000 0.544 0.008
#> SRR810665      2  0.0336    0.72476 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1407250     1  0.4669    0.84437 0.764 0.000 0.036 0.200
#> SRR1420067     1  0.0779    0.88134 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1473632     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR812536      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.1302    0.71962 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1486195     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1446375     1  0.4633    0.85053 0.780 0.000 0.048 0.172
#> SRR1465230     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR614119      1  0.1398    0.87488 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1356101     2  0.1022    0.72212 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1404209     1  0.0188    0.87859 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392676     2  0.0336    0.72522 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR665538      1  0.0895    0.87917 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR660510      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.4679    0.79199 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR658953      1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR2166459     1  0.0895    0.87829 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1070713     2  0.3123    0.59961 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1485312     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.4907    0.74261 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR1488610     1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR1330588     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR1433926     1  0.0672    0.87951 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1091302     4  0.4697    0.79167 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR818263      1  0.6089    0.48290 0.608 0.000 0.328 0.064
#> SRR1404909     4  0.4866    0.75864 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR663076      1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323577     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1442422     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1465893     1  0.0524    0.87896 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR654862      1  0.6158    0.60617 0.640 0.000 0.272 0.088
#> SRR1407112     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1332969     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.2814    0.80849 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR665357      3  0.1118    0.89177 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR662186      2  0.1637    0.70760 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1501020     3  0.1867    0.86516 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1472576     4  0.4843    0.76700 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1431781     4  0.4697    0.79135 0.000 0.356 0.000 0.644
#> SRR1452270     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.4485    0.84800 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR1417632     4  0.4933    0.71528 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1350153     2  0.0921    0.72396 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1458113     1  0.7128    0.57892 0.556 0.000 0.260 0.184
#> SRR1326579     1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR1349363     2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1096712     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.3356    0.61355 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1377599     4  0.5000    0.53326 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1488449     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.7166    0.30931 0.280 0.000 0.544 0.176
#> SRR1359062     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR663783      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     1  0.6436    0.74997 0.660 0.004 0.144 0.192
#> SRR1369070     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR615659      1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337449     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.1118    0.72088 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1498595     4  0.4916    0.73004 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1377423     3  0.3123    0.77715 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0524    0.87953 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1338426     3  0.7397   -0.15609 0.408 0.000 0.428 0.164
#> SRR1353309     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.5677    0.78584 0.720 0.000 0.140 0.140
#> SRR1101643     1  0.0921    0.88052 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1401468     1  0.1004    0.87890 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1368874     2  0.0188    0.72450 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324085     4  0.4730    0.78878 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1363858     2  0.8219   -0.10969 0.276 0.432 0.016 0.276
#> SRR819820      3  0.6926    0.02958 0.392 0.000 0.496 0.112
#> SRR1337342     1  0.4406    0.85126 0.780 0.000 0.028 0.192
#> SRR655206      2  0.3444    0.55017 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1387013     2  0.3610    0.57341 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1317410     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR608198      1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR1440161     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.1302    0.72035 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1381288     2  0.0817    0.72484 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1415379     4  0.4624    0.79227 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1099622     2  0.0817    0.72484 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR663197      3  0.0336    0.90583 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1394836     2  0.1637    0.70727 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR661699      1  0.7792    0.45354 0.540 0.312 0.064 0.084
#> SRR813680      1  0.5132    0.17207 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR1410678     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378109     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1499174     1  0.2775    0.87783 0.896 0.000 0.020 0.084
#> SRR1311486     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.4977   -0.41638 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1433410     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR661167      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.6119    0.60499 0.168 0.000 0.680 0.152
#> SRR660462      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.4994   -0.52244 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR657949      3  0.5444    0.21058 0.424 0.000 0.560 0.016
#> SRR1308882     4  0.4643    0.79230 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR655768      1  0.2949    0.87589 0.888 0.000 0.024 0.088
#> SRR1485870     2  0.4999   -0.56979 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1444138     1  0.4567    0.68338 0.740 0.000 0.244 0.016
#> SRR1417342     1  0.1356    0.88130 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1470193     2  0.4972   -0.43678 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1091380     3  0.7153   -0.15001 0.424 0.000 0.444 0.132
#> SRR1099096     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313583     4  0.4977    0.69359 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1467102     2  0.1118    0.72088 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1485416     4  0.4830    0.77083 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR818821      3  0.5332    0.66950 0.184 0.000 0.736 0.080
#> SRR809963      1  0.4857    0.50845 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR1072247     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353710     4  0.4967    0.71017 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1445259     1  0.5318    0.82262 0.732 0.000 0.072 0.196
#> SRR1408393     3  0.3907    0.68969 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1361522     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368597     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309680     2  0.3649    0.56613 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1310542     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.4679    0.79199 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1406437     2  0.4967   -0.41766 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1354931     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.1211    0.71924 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1446738     2  0.4916   -0.32188 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1309032     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0921    0.72630 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1432611     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.4485    0.84800 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR1387921     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466792     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0817    0.72484 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1360695     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR812943      1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1400910     1  0.4485    0.84800 0.772 0.000 0.028 0.200
#> SRR1444203     4  0.3688    0.74662 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR816177      2  0.2704    0.66389 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR658754      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.4961    0.71758 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1397366     3  0.0188    0.90738 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1446028     1  0.2222    0.87998 0.924 0.000 0.016 0.060
#> SRR1083918     2  0.1302    0.71962 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1337606     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR659109      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR656946      1  0.2313    0.87813 0.924 0.000 0.032 0.044
#> SRR1476102     1  0.0817    0.88110 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1476447     1  0.0707    0.88049 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1342067     4  0.4477    0.78552 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR1385389     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1075971     1  0.0657    0.87967 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR614419      1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR1322936     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1349121     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430549     1  0.0469    0.87913 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR612935      3  0.7474   -0.14265 0.400 0.000 0.424 0.176
#> SRR661481      2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1354117     2  0.1118    0.72088 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1393596     4  0.4998    0.62578 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1452164     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070503     3  0.2973    0.79822 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.4872    0.84347 0.760 0.012 0.024 0.204
#> SRR1468271     1  0.1004    0.87890 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1332443     1  0.0336    0.87841 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR810295      2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328620     1  0.7412    0.27576 0.444 0.000 0.388 0.168
#> SRR1396294     2  0.4999   -0.56430 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1419917     1  0.1677    0.88127 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR662114      1  0.7521    0.22350 0.420 0.000 0.396 0.184
#> SRR1489199     1  0.6315    0.34230 0.540 0.000 0.396 0.064
#> SRR813584      2  0.2704    0.64235 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1069638     1  0.4755    0.84222 0.760 0.000 0.040 0.200
#> SRR614864      3  0.0188    0.90756 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433392     1  0.5132    0.16844 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR1377777     2  0.3569    0.57999 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR2167710     1  0.2483    0.87802 0.916 0.000 0.032 0.052
#> SRR1401252     4  0.4888    0.74758 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1309963     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1338031     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418628     2  0.0817    0.72484 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1486889     1  0.1545    0.87747 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1380393     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319731     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356468     4  0.4972    0.70438 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1337010     2  0.0188    0.72426 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1486520     1  0.0376    0.87867 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1486538     4  0.4356    0.77931 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1340486     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1377696     2  0.4996   -0.46963 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1465459     3  0.1792    0.86947 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.1798    0.88004 0.040 0.000 0.944 0.016
#> SRR1093148     1  0.6811    0.78294 0.676 0.064 0.072 0.188
#> SRR1467080     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR816475      4  0.4843    0.76698 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1379198     4  0.3688    0.74662 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR613342      3  0.2610    0.84221 0.088 0.000 0.900 0.012
#> SRR1452246     2  0.3486    0.59015 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1338836     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1369129     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1396616     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     3  0.5512   -0.01088 0.492 0.000 0.492 0.016
#> SRR1500891     4  0.4830    0.77058 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR807543      3  0.3400    0.75744 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1091572     1  0.4540    0.84848 0.772 0.000 0.032 0.196
#> SRR1346689     4  0.4888    0.74758 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1332424     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR663729      4  0.4981    0.68731 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1097013     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613675      1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1485357     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR655816      3  0.2149    0.84781 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1500113     1  0.0592    0.87951 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1437622     2  0.4454    0.28927 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1355172     1  0.1902    0.86550 0.932 0.000 0.064 0.004
#> SRR655531      1  0.4204    0.85287 0.788 0.000 0.020 0.192
#> SRR1338147     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.5050    0.83723 0.756 0.000 0.068 0.176
#> SRR1485931     2  0.3400    0.55777 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1420873     1  0.0336    0.87805 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1333308     4  0.4972    0.70438 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1452033     1  0.0657    0.87936 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1467316     2  0.4925   -0.33599 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR809018      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR663440      3  0.0921    0.89665 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1471755     2  0.1474    0.71593 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR808019      1  0.1975    0.87533 0.936 0.000 0.048 0.016
#> SRR1479133     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.5537    0.82408 0.728 0.008 0.064 0.200
#> SRR1456185     2  0.4948   -0.37759 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1350069     4  0.4972    0.70438 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR816316      1  0.3972    0.84846 0.840 0.000 0.080 0.080
#> SRR664795      1  0.2412    0.85415 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1490721     2  0.4999   -0.57034 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR810643      1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1430333     1  0.4669    0.84441 0.764 0.000 0.036 0.200
#> SRR1085285     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0188    0.90738 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1317985     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487340     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420276     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0779    0.90121 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1405525     1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR1370329     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465001     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476525     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR819610      2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR2157314     1  0.0779    0.88069 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1409465     2  0.0817    0.72484 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR809987      4  0.4967    0.70944 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR613639      3  0.0336    0.90646 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1402285     4  0.4643    0.79255 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1077038     1  0.4361    0.71474 0.772 0.000 0.208 0.020
#> SRR1405660     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.4579    0.84669 0.768 0.000 0.032 0.200
#> SRR1394734     2  0.1474    0.71593 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1317771     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365894     2  0.4961   -0.40618 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1073581     1  0.1305    0.87607 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR659804      1  0.0469    0.87909 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345914     2  0.3024    0.61213 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1432186     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1473529     2  0.4994   -0.45482 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR660764      3  0.4388    0.75864 0.132 0.000 0.808 0.060
#> SRR820448      1  0.2623    0.86538 0.908 0.000 0.064 0.028
#> SRR1328845     4  0.4972    0.70438 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1336415     4  0.3688    0.74693 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1379065     4  0.3801    0.75218 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1459190     3  0.4175    0.69207 0.212 0.000 0.776 0.012
#> SRR1346773     1  0.2271    0.88056 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR1499521     1  0.1305    0.87607 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1440898     2  0.0817    0.72484 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1347459     3  0.6155    0.59491 0.176 0.000 0.676 0.148
#> SRR1081209     2  0.3123    0.59924 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1400202     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333395     2  0.4967   -0.41766 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1309248     2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR809161      3  0.0188    0.90738 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1316320     2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1432629     2  0.1302    0.72035 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1498931     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416578     4  0.4454    0.78484 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1405547     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.3688    0.74662 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1380764     1  0.0592    0.87951 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1309160     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.1004    0.87890 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1078489     1  0.4755    0.84222 0.760 0.000 0.040 0.200
#> SRR1332648     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR660614      1  0.6098    0.76987 0.676 0.000 0.124 0.200
#> SRR1470420     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477949     1  0.0336    0.87805 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481419     2  0.1118    0.72156 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1464766     1  0.2124    0.86200 0.924 0.000 0.068 0.008
#> SRR615946      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1467656     2  0.0707    0.72512 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1402962     1  0.3659    0.86644 0.840 0.000 0.024 0.136
#> SRR660224      2  0.1557    0.71066 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR665586      1  0.2255    0.87953 0.920 0.000 0.012 0.068
#> SRR1347166     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1485722     1  0.4595    0.84899 0.776 0.000 0.040 0.184
#> SRR1415316     1  0.0921    0.88074 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR613390      1  0.3323    0.86361 0.876 0.000 0.060 0.064
#> SRR661108      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.5062    0.83593 0.752 0.000 0.064 0.184
#> SRR817329      1  0.1888    0.88060 0.940 0.000 0.016 0.044
#> SRR1401990     4  0.4661    0.79257 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1467745     2  0.3486    0.59668 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1471795     2  0.1211    0.71986 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1415637     2  0.0188    0.72450 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR813137      1  0.5168   -0.00231 0.500 0.000 0.496 0.004
#> SRR1314873     1  0.0336    0.87844 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1401211     1  0.0895    0.87917 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1419692     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR818797      3  0.0592    0.90299 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR2164608     1  0.6980    0.30337 0.484 0.000 0.400 0.116
#> SRR1455586     2  0.1118    0.72088 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR819459      3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1433232     2  0.1302    0.72035 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1385501     1  0.6520    0.35964 0.536 0.000 0.384 0.080
#> SRR1361652     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1437119     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478547     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.5894    0.78750 0.692 0.000 0.108 0.200
#> SRR1310584     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500216     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1486762     3  0.1118    0.89055 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1480854     4  0.4855    0.76283 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1489394     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1418085     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1340221     4  0.4661    0.79312 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1473058     4  0.4955    0.69195 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1405165     3  0.5100    0.69384 0.168 0.000 0.756 0.076
#> SRR1433004     1  0.3215    0.87273 0.876 0.000 0.032 0.092
#> SRR1471477     1  0.1004    0.87890 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1098567     2  0.0469    0.72498 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1098712     2  0.4981   -0.46286 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1455038     1  0.4204    0.85287 0.788 0.000 0.020 0.192
#> SRR1375248     2  0.1118    0.72088 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1403005     3  0.0592    0.90296 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1348378     2  0.2973    0.63614 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1413541     1  0.2662    0.87726 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR1392943     4  0.4999    0.60959 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1475192     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.1389    0.71541 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1452468     1  0.4387    0.84971 0.776 0.000 0.024 0.200
#> SRR1347060     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.1118    0.72088 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1447962     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0921    0.72306 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415004     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413436     1  0.2412    0.87854 0.908 0.000 0.008 0.084
#> SRR1311266     1  0.4284    0.85080 0.780 0.000 0.020 0.200
#> SRR1343302     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1373746     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429678     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469413     2  0.0000    0.72323 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.5478    0.42663 0.344 0.000 0.628 0.028
#> SRR1345609     1  0.0707    0.88035 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1380208     2  0.4955   -0.39090 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1322840     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1399797     3  0.0188    0.90735 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1416654     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0188    0.90739 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365291     3  0.1302    0.88673 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1367920     4  0.4961    0.68140 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1366648     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.1389    0.71545 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1082173     1  0.6511    0.70889 0.640 0.000 0.188 0.172
#> SRR1363968     1  0.0895    0.87917 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR814387      1  0.0188    0.87752 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR657599      1  0.3439    0.87053 0.868 0.000 0.048 0.084
#> SRR1386689     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1395575     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0707    0.90096 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1441159     1  0.4012    0.85856 0.800 0.000 0.016 0.184
#> SRR1403154     4  0.3649    0.74438 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1468722     3  0.0000    0.90859 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.5696    0.59211 0.232 0.000 0.692 0.076

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.6362    0.36292 0.496 0.000 0.184 0.000 0.320
#> SRR1331708     5  0.1282    0.78302 0.044 0.000 0.004 0.000 0.952
#> SRR1464258     1  0.5691    0.46204 0.536 0.000 0.088 0.000 0.376
#> SRR1454201     5  0.2932    0.75353 0.104 0.000 0.032 0.000 0.864
#> SRR661589      3  0.0510    0.85199 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1456229     1  0.5148    0.39114 0.528 0.000 0.040 0.000 0.432
#> SRR1315165     4  0.2280    0.73143 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1488960     1  0.0794    0.74703 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1417809     4  0.4989    0.47934 0.000 0.416 0.000 0.552 0.032
#> SRR1094457     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095575     5  0.3255    0.75009 0.052 0.000 0.100 0.000 0.848
#> SRR1315931     1  0.2732    0.74106 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1430066     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1431037     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1395554     3  0.0510    0.85068 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR818002      2  0.3109    0.68340 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1344143     2  0.4836    0.34556 0.000 0.628 0.000 0.336 0.036
#> SRR1486845     4  0.0609    0.71631 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1362866     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1490740     1  0.2732    0.74270 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1446627     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456138     2  0.1792    0.79456 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.4088    0.63045 0.000 0.304 0.000 0.688 0.008
#> SRR1311018     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.4430    0.33607 0.000 0.628 0.000 0.360 0.012
#> SRR1429846     3  0.2773    0.75256 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR613550      3  0.2516    0.77624 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1348402     1  0.1270    0.75325 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1345146     5  0.1914    0.78909 0.060 0.000 0.016 0.000 0.924
#> SRR1324025     3  0.0290    0.85223 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1318879     5  0.3809    0.59607 0.008 0.000 0.256 0.000 0.736
#> SRR820755      3  0.5325    0.43802 0.076 0.000 0.616 0.000 0.308
#> SRR1485830     4  0.0955    0.71700 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028
#> SRR599313      5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR612263      5  0.2416    0.76914 0.100 0.000 0.012 0.000 0.888
#> SRR1415398     3  0.1197    0.83933 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1326205     4  0.4084    0.63513 0.000 0.328 0.000 0.668 0.004
#> SRR1421327     4  0.4949    0.46506 0.000 0.396 0.000 0.572 0.032
#> SRR1083311     3  0.0290    0.85176 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1499303     4  0.4029    0.61895 0.000 0.316 0.000 0.680 0.004
#> SRR1079522     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1452935     5  0.3160    0.69036 0.004 0.000 0.188 0.000 0.808
#> SRR1379495     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661361      3  0.0162    0.85227 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615778      5  0.1697    0.78858 0.060 0.000 0.008 0.000 0.932
#> SRR1447564     1  0.3074    0.72747 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1455195     1  0.4437    0.32494 0.532 0.000 0.004 0.000 0.464
#> SRR655182      1  0.3949    0.56510 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1335140     2  0.4527    0.32149 0.000 0.596 0.000 0.392 0.012
#> SRR1433555     3  0.0703    0.85043 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1308650     2  0.4177    0.65735 0.004 0.760 0.000 0.200 0.036
#> SRR1388354     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413602     3  0.3109    0.71616 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1479955     2  0.4268    0.42101 0.000 0.648 0.000 0.344 0.008
#> SRR809853      5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR661313      3  0.0609    0.84985 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1499935     4  0.3300    0.70400 0.000 0.204 0.000 0.792 0.004
#> SRR1447303     3  0.1732    0.82281 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1429408     4  0.4182    0.46604 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1433950     1  0.4030    0.59018 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1362081     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409854     3  0.5423    0.26301 0.064 0.000 0.548 0.000 0.388
#> SRR1435229     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1085996     1  0.4452    0.25881 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR1414229     5  0.1469    0.77733 0.016 0.000 0.036 0.000 0.948
#> SRR1400974     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1399971     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.4522    0.59105 0.044 0.000 0.708 0.000 0.248
#> SRR1457854     1  0.0290    0.74565 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473714     5  0.6805    0.26255 0.324 0.068 0.072 0.004 0.532
#> SRR813776      3  0.4891    0.47588 0.044 0.000 0.640 0.000 0.316
#> SRR808196      4  0.4047    0.64314 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR1101085     4  0.4073    0.69506 0.000 0.216 0.000 0.752 0.032
#> SRR614395      1  0.6366    0.42047 0.512 0.000 0.204 0.000 0.284
#> SRR1478251     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370551     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362310     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.1792    0.82017 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1420109     5  0.4130    0.53786 0.012 0.000 0.292 0.000 0.696
#> SRR1330920     5  0.2193    0.77411 0.092 0.000 0.008 0.000 0.900
#> SRR1419539     2  0.2233    0.78129 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1359447     3  0.4201    0.36381 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1347259     4  0.5003    0.45973 0.000 0.424 0.000 0.544 0.032
#> SRR613915      3  0.3700    0.64983 0.008 0.000 0.752 0.000 0.240
#> SRR1384395     3  0.0404    0.85140 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR821715      3  0.2280    0.79358 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1478228     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.4169    0.69497 0.732 0.000 0.028 0.000 0.240
#> SRR608150      5  0.1502    0.78748 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940
#> SRR1096383     1  0.5714    0.52444 0.580 0.000 0.108 0.000 0.312
#> SRR1341480     4  0.4661    0.61296 0.000 0.312 0.000 0.656 0.032
#> SRR1341344     5  0.2389    0.75403 0.116 0.000 0.004 0.000 0.880
#> SRR1326270     3  0.3123    0.72736 0.004 0.000 0.812 0.000 0.184
#> SRR1498838     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1416313     3  0.0000    0.85167 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.4182    0.56093 0.000 0.352 0.000 0.644 0.004
#> SRR1430270     4  0.4697    0.63788 0.000 0.320 0.000 0.648 0.032
#> SRR1367825     3  0.0290    0.85176 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR613533      3  0.3684    0.62848 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR661267      3  0.6759   -0.11291 0.328 0.000 0.396 0.000 0.276
#> SRR810665      2  0.0671    0.79643 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1407250     5  0.2927    0.76721 0.060 0.000 0.068 0.000 0.872
#> SRR1420067     1  0.3983    0.61434 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1473632     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR812536      3  0.0290    0.85179 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1370850     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1486195     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407671     2  0.4585    0.33997 0.000 0.628 0.000 0.352 0.020
#> SRR1446375     5  0.4295    0.65268 0.044 0.000 0.216 0.000 0.740
#> SRR1465230     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614119      1  0.5285    0.60448 0.632 0.000 0.080 0.000 0.288
#> SRR1356101     2  0.1502    0.79939 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1404209     1  0.4290    0.64808 0.680 0.000 0.016 0.000 0.304
#> SRR1392676     2  0.1270    0.80101 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR665538      1  0.4404    0.65184 0.684 0.000 0.024 0.000 0.292
#> SRR660510      3  0.0000    0.85167 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.2124    0.73320 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR658953      5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR2166459     1  0.4297    0.69130 0.728 0.000 0.036 0.000 0.236
#> SRR1070713     2  0.2280    0.76589 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.85167 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.3534    0.68370 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1488610     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1330588     3  0.0162    0.85227 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316367     5  0.2179    0.76923 0.100 0.000 0.004 0.000 0.896
#> SRR1433926     1  0.3242    0.71346 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1091302     4  0.2074    0.73359 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR818263      5  0.6367   -0.04359 0.372 0.000 0.168 0.000 0.460
#> SRR1404909     4  0.4982    0.40840 0.000 0.412 0.000 0.556 0.032
#> SRR663076      1  0.1197    0.75373 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1323577     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1442422     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465893     1  0.3480    0.69526 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR654862      5  0.6024    0.02403 0.364 0.000 0.124 0.000 0.512
#> SRR1407112     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332969     3  0.0510    0.85127 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1353199     3  0.0404    0.85175 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1378885     3  0.4398    0.60720 0.040 0.000 0.720 0.000 0.240
#> SRR665357      3  0.3109    0.69597 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR662186      2  0.1831    0.79399 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1501020     3  0.1571    0.83612 0.004 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR1347819     3  0.0000    0.85167 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1472576     4  0.4949    0.45420 0.000 0.396 0.000 0.572 0.032
#> SRR1431781     4  0.2068    0.73351 0.000 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR1452270     3  0.0000    0.85167 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.1872    0.78844 0.052 0.000 0.020 0.000 0.928
#> SRR1417632     4  0.4996    0.38534 0.000 0.420 0.000 0.548 0.032
#> SRR1350153     2  0.1043    0.79617 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1458113     5  0.3395    0.62168 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1326579     5  0.2488    0.74734 0.124 0.000 0.004 0.000 0.872
#> SRR1349363     2  0.4654    0.34164 0.000 0.628 0.000 0.348 0.024
#> SRR1096712     3  0.0510    0.85059 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1090407     3  0.0404    0.85199 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1083752     2  0.2966    0.74515 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1377599     2  0.5049   -0.13674 0.000 0.488 0.000 0.480 0.032
#> SRR1488449     3  0.0880    0.84882 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1318354     5  0.4201    0.24015 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR1359062     3  0.0290    0.85176 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1398924     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR663783      3  0.0290    0.85179 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1319204     5  0.4089    0.61764 0.016 0.004 0.244 0.000 0.736
#> SRR1369070     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR615659      1  0.2424    0.74883 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1337449     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316982     2  0.1831    0.79399 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1498595     4  0.4632    0.31083 0.000 0.448 0.000 0.540 0.012
#> SRR1377423     3  0.2136    0.81555 0.008 0.000 0.904 0.000 0.088
#> SRR1312310     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485613     1  0.3636    0.68205 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1338426     3  0.4182    0.35455 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1353309     3  0.0609    0.85111 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR658941      5  0.4793    0.58845 0.056 0.000 0.260 0.000 0.684
#> SRR1101643     1  0.3210    0.68279 0.788 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1401468     1  0.5507    0.54923 0.596 0.000 0.088 0.000 0.316
#> SRR1368874     2  0.1571    0.79869 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1324085     4  0.3231    0.70776 0.000 0.196 0.000 0.800 0.004
#> SRR1363858     5  0.7192   -0.19041 0.040 0.400 0.004 0.140 0.416
#> SRR819820      3  0.3707    0.61196 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1337342     5  0.2513    0.75505 0.116 0.000 0.008 0.000 0.876
#> SRR655206      2  0.2806    0.74429 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1387013     2  0.3039    0.73408 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      5  0.1952    0.77658 0.084 0.000 0.004 0.000 0.912
#> SRR1440161     2  0.0324    0.79492 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1343741     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1381288     2  0.0880    0.79751 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1415379     4  0.2079    0.73214 0.000 0.064 0.000 0.916 0.020
#> SRR1099622     2  0.1205    0.80060 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR663197      3  0.0703    0.85043 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1394836     2  0.2179    0.78444 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR661699      5  0.7017    0.41851 0.024 0.240 0.184 0.012 0.540
#> SRR813680      1  0.6732    0.21850 0.416 0.000 0.300 0.000 0.284
#> SRR1410678     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499174     5  0.4211    0.32304 0.360 0.000 0.004 0.000 0.636
#> SRR1311486     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1382851     2  0.4238    0.36818 0.000 0.628 0.000 0.368 0.004
#> SRR1433410     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR661167      3  0.0290    0.85223 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1432518     3  0.4278    0.23723 0.000 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR660462      3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1374608     4  0.4420    0.40535 0.000 0.448 0.000 0.548 0.004
#> SRR657949      3  0.4905    0.44128 0.040 0.000 0.624 0.000 0.336
#> SRR1308882     4  0.2873    0.72899 0.000 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR655768      5  0.4718    0.37027 0.344 0.000 0.028 0.000 0.628
#> SRR1485870     2  0.4826   -0.19250 0.000 0.508 0.000 0.472 0.020
#> SRR1444138     3  0.6792   -0.15875 0.288 0.000 0.372 0.000 0.340
#> SRR1417342     1  0.3684    0.61689 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1470193     4  0.4451    0.24897 0.000 0.492 0.000 0.504 0.004
#> SRR1091380     3  0.3876    0.54968 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1099096     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.4697    0.63788 0.000 0.320 0.000 0.648 0.032
#> SRR1467102     2  0.1831    0.79399 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1485416     4  0.4508    0.59026 0.000 0.332 0.000 0.648 0.020
#> SRR818821      3  0.3983    0.52402 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR809963      1  0.6204    0.46538 0.536 0.000 0.176 0.000 0.288
#> SRR1072247     1  0.0162    0.74422 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353710     4  0.4101    0.62981 0.000 0.332 0.000 0.664 0.004
#> SRR1445259     5  0.1628    0.76780 0.008 0.000 0.056 0.000 0.936
#> SRR1408393     3  0.5594    0.41846 0.108 0.000 0.608 0.000 0.284
#> SRR1361522     1  0.0510    0.74718 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1368597     1  0.0794    0.74926 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1309680     2  0.3003    0.73827 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1310542     3  0.0290    0.85176 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1333485     4  0.2932    0.73096 0.000 0.104 0.000 0.864 0.032
#> SRR1406437     2  0.4331    0.22772 0.000 0.596 0.000 0.400 0.004
#> SRR1354931     3  0.0162    0.85227 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391856     2  0.1831    0.79399 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1446738     2  0.4151    0.39201 0.000 0.652 0.000 0.344 0.004
#> SRR1309032     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388145     2  0.1341    0.80419 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1432611     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR815869      3  0.0404    0.85140 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR613150      3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375329     5  0.1628    0.78845 0.056 0.000 0.008 0.000 0.936
#> SRR1387921     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360478     2  0.0880    0.79751 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1360695     1  0.3074    0.73034 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR812943      5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1400910     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1444203     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR816177      2  0.3534    0.60127 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR658754      3  0.0510    0.85059 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1429603     4  0.4084    0.62910 0.000 0.328 0.000 0.668 0.004
#> SRR1397366     3  0.1341    0.83835 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1446028     5  0.4249    0.08326 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1083918     2  0.1410    0.79058 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1337606     5  0.1502    0.78748 0.056 0.000 0.004 0.000 0.940
#> SRR659109      3  0.0290    0.85176 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1337192     5  0.1952    0.77709 0.084 0.000 0.004 0.000 0.912
#> SRR656946      5  0.5329    0.00763 0.432 0.000 0.052 0.000 0.516
#> SRR1476102     1  0.3424    0.67221 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1476447     1  0.3336    0.70741 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1342067     4  0.2511    0.73273 0.000 0.080 0.000 0.892 0.028
#> SRR1385389     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075971     1  0.3424    0.69849 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR614419      5  0.1952    0.77745 0.084 0.000 0.004 0.000 0.912
#> SRR1322936     5  0.1430    0.78636 0.052 0.000 0.004 0.000 0.944
#> SRR1349121     1  0.2329    0.75136 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1430549     1  0.3508    0.69789 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR612935      5  0.3796    0.51856 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR661481      2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1354117     2  0.1831    0.79399 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1393596     4  0.4747    0.26511 0.000 0.488 0.000 0.496 0.016
#> SRR1452164     1  0.2377    0.75024 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1070503     3  0.4318    0.56090 0.020 0.000 0.688 0.000 0.292
#> SRR1499894     3  0.0510    0.85087 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1082883     5  0.1202    0.77479 0.032 0.000 0.004 0.004 0.960
#> SRR1468271     1  0.4716    0.62512 0.656 0.000 0.036 0.000 0.308
#> SRR1332443     1  0.1121    0.75313 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR810295      2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR662103      1  0.0404    0.74761 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1328620     5  0.4249    0.18197 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1396294     4  0.4066    0.63913 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> SRR1419917     1  0.4009    0.63491 0.684 0.000 0.004 0.000 0.312
#> SRR662114      5  0.3913    0.46309 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1489199     3  0.5650   -0.01135 0.076 0.000 0.464 0.000 0.460
#> SRR813584      2  0.3336    0.63384 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1069638     5  0.1469    0.78492 0.036 0.000 0.016 0.000 0.948
#> SRR614864      3  0.1608    0.82789 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1433392     1  0.6694    0.25672 0.432 0.000 0.276 0.000 0.292
#> SRR1377777     2  0.3003    0.73807 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR2167710     5  0.5396   -0.03716 0.444 0.000 0.056 0.000 0.500
#> SRR1401252     4  0.4862    0.52938 0.000 0.364 0.000 0.604 0.032
#> SRR1309963     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338031     1  0.1270    0.75317 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1418628     2  0.1124    0.79615 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1486889     1  0.5996    0.38850 0.512 0.000 0.120 0.000 0.368
#> SRR1380393     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.4835    0.55527 0.000 0.380 0.000 0.592 0.028
#> SRR1337010     2  0.1041    0.80080 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1486520     1  0.1121    0.75248 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1486538     4  0.2054    0.73009 0.000 0.052 0.000 0.920 0.028
#> SRR1340486     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1377696     2  0.4949    0.26055 0.000 0.572 0.000 0.396 0.032
#> SRR1465459     3  0.3783    0.63292 0.008 0.000 0.740 0.000 0.252
#> SRR1080270     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1312501     3  0.1544    0.83432 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1093148     5  0.4039    0.68557 0.036 0.004 0.184 0.000 0.776
#> SRR1467080     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1410866     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR816475      4  0.3561    0.67273 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1379198     4  0.0609    0.71631 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR613342      3  0.3452    0.67645 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1452246     2  0.2929    0.74473 0.000 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1338836     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1369129     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1396616     3  0.0609    0.84985 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR813824      3  0.0162    0.85227 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082376     5  0.6557   -0.07547 0.368 0.000 0.204 0.000 0.428
#> SRR1500891     4  0.4583    0.63562 0.000 0.296 0.000 0.672 0.032
#> SRR807543      3  0.4984    0.47699 0.052 0.000 0.640 0.000 0.308
#> SRR1091572     5  0.1894    0.78315 0.072 0.000 0.008 0.000 0.920
#> SRR1346689     4  0.4679    0.61158 0.000 0.316 0.000 0.652 0.032
#> SRR1332424     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR663729      4  0.4996    0.46965 0.000 0.420 0.000 0.548 0.032
#> SRR1097013     1  0.3366    0.70251 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR613675      5  0.1430    0.78636 0.052 0.000 0.004 0.000 0.944
#> SRR1485357     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655816      3  0.1341    0.83014 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1500113     1  0.3395    0.70857 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1437622     2  0.4088    0.33343 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1355172     1  0.6299    0.40980 0.508 0.000 0.176 0.000 0.316
#> SRR655531      5  0.3491    0.61391 0.228 0.000 0.004 0.000 0.768
#> SRR1338147     3  0.0162    0.85227 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413329     5  0.4878    0.58266 0.060 0.000 0.264 0.000 0.676
#> SRR1485931     2  0.2424    0.75526 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1420873     1  0.1671    0.75423 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1333308     4  0.4949    0.52281 0.000 0.396 0.000 0.572 0.032
#> SRR1452033     1  0.4161    0.66865 0.704 0.000 0.016 0.000 0.280
#> SRR1467316     2  0.4836    0.34556 0.000 0.628 0.000 0.336 0.036
#> SRR809018      3  0.0290    0.85176 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1375351     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR663440      3  0.3424    0.65972 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1471755     2  0.1732    0.78709 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR808019      1  0.6532    0.15302 0.420 0.000 0.196 0.000 0.384
#> SRR1479133     3  0.0510    0.85098 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR615069      5  0.2291    0.77464 0.036 0.000 0.056 0.000 0.908
#> SRR1456185     2  0.4444    0.33693 0.000 0.624 0.000 0.364 0.012
#> SRR1350069     4  0.4047    0.64314 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR816316      1  0.5206    0.39392 0.528 0.000 0.044 0.000 0.428
#> SRR664795      1  0.6275    0.42661 0.520 0.000 0.180 0.000 0.300
#> SRR1490721     2  0.5088   -0.09239 0.000 0.528 0.000 0.436 0.036
#> SRR810643      1  0.0290    0.74565 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430333     5  0.1444    0.78582 0.040 0.000 0.012 0.000 0.948
#> SRR1085285     3  0.0404    0.85218 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099072     3  0.2516    0.77630 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1317985     1  0.0404    0.74732 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1487340     1  0.0404    0.74677 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420276     3  0.0404    0.85140 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1351347     3  0.0880    0.84899 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1405525     5  0.1638    0.78557 0.064 0.000 0.004 0.000 0.932
#> SRR1370329     1  0.0162    0.74422 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465001     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR819610      2  0.4354    0.32539 0.000 0.624 0.000 0.368 0.008
#> SRR2157314     1  0.2471    0.74544 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1409465     2  0.0880    0.79751 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR809987      4  0.4697    0.63788 0.000 0.320 0.000 0.648 0.032
#> SRR613639      3  0.2891    0.74630 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1402285     4  0.2450    0.73268 0.000 0.076 0.000 0.896 0.028
#> SRR1077038     1  0.5825    0.52019 0.564 0.000 0.116 0.000 0.320
#> SRR1405660     3  0.0510    0.85059 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1095455     5  0.1800    0.77627 0.020 0.000 0.048 0.000 0.932
#> SRR1394734     2  0.1851    0.78422 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1317771     1  0.2329    0.74636 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1365894     2  0.5000    0.14759 0.000 0.576 0.000 0.388 0.036
#> SRR1073581     1  0.5915    0.47715 0.552 0.000 0.124 0.000 0.324
#> SRR659804      1  0.0609    0.73826 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1345914     2  0.2179    0.77235 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1432186     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1473529     2  0.4547    0.29695 0.000 0.588 0.000 0.400 0.012
#> SRR660764      3  0.3424    0.66012 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR820448      1  0.4716    0.62599 0.656 0.000 0.036 0.000 0.308
#> SRR1328845     4  0.4047    0.64314 0.000 0.320 0.000 0.676 0.004
#> SRR1336415     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1379065     4  0.1211    0.72208 0.000 0.016 0.000 0.960 0.024
#> SRR1459190     3  0.3160    0.74298 0.004 0.000 0.808 0.000 0.188
#> SRR1346773     5  0.4307   -0.20546 0.500 0.000 0.000 0.000 0.500
#> SRR1499521     1  0.5180    0.58804 0.624 0.000 0.064 0.000 0.312
#> SRR1440898     2  0.0880    0.79751 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1347459     3  0.4227    0.32629 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1081209     2  0.2280    0.76559 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1400202     1  0.0404    0.74728 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1333395     2  0.5009   -0.02404 0.000 0.540 0.000 0.428 0.032
#> SRR1309248     2  0.4851    0.33277 0.000 0.624 0.000 0.340 0.036
#> SRR809161      3  0.1792    0.82010 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1316320     2  0.4836    0.34556 0.000 0.628 0.000 0.336 0.036
#> SRR1432629     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1498931     1  0.0290    0.74565 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1416578     4  0.2124    0.73074 0.000 0.056 0.000 0.916 0.028
#> SRR1405547     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470534     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380764     1  0.2852    0.74022 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR1309160     3  0.0000    0.85167 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0290    0.85176 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1500450     1  0.4445    0.63850 0.676 0.000 0.024 0.000 0.300
#> SRR1078489     5  0.1549    0.78578 0.040 0.000 0.016 0.000 0.944
#> SRR1332648     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660614      5  0.2843    0.72391 0.008 0.000 0.144 0.000 0.848
#> SRR1470420     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475566     1  0.0162    0.74423 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477949     1  0.1341    0.74297 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1481419     2  0.1270    0.79296 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1464766     1  0.4645    0.66668 0.688 0.000 0.044 0.000 0.268
#> SRR615946      3  0.0000    0.85167 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1467656     2  0.0703    0.79779 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1402962     5  0.4392    0.15613 0.380 0.000 0.008 0.000 0.612
#> SRR660224      2  0.1952    0.79036 0.000 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR665586      1  0.4321    0.50228 0.600 0.000 0.004 0.000 0.396
#> SRR1347166     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1485722     5  0.4069    0.71534 0.096 0.000 0.112 0.000 0.792
#> SRR1415316     1  0.4135    0.60035 0.656 0.000 0.004 0.000 0.340
#> SRR613390      1  0.5059    0.43724 0.548 0.000 0.036 0.000 0.416
#> SRR661108      3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2170173     5  0.3535    0.70712 0.028 0.000 0.164 0.000 0.808
#> SRR817329      1  0.4151    0.59487 0.652 0.000 0.004 0.000 0.344
#> SRR1401990     4  0.1851    0.73391 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1467745     2  0.3534    0.65158 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1471795     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1415637     2  0.0703    0.80090 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR813137      3  0.6775   -0.14748 0.336 0.000 0.384 0.000 0.280
#> SRR1314873     1  0.2074    0.73074 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1401211     1  0.4161    0.66884 0.704 0.000 0.016 0.000 0.280
#> SRR1419692     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR818797      3  0.3424    0.65670 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR2164608     3  0.4268    0.27084 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1455586     2  0.1768    0.79535 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR819459      3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488939     2  0.4836    0.34556 0.000 0.628 0.000 0.336 0.036
#> SRR1433232     2  0.1341    0.79150 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1385501     5  0.5334    0.55226 0.148 0.000 0.180 0.000 0.672
#> SRR1361652     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1437119     1  0.0162    0.74422 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478547     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430910     5  0.1638    0.76529 0.004 0.000 0.064 0.000 0.932
#> SRR1310584     1  0.0162    0.74422 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500216     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1486762     3  0.1270    0.83909 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1480854     4  0.4874    0.52020 0.000 0.368 0.000 0.600 0.032
#> SRR1489394     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418085     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340221     4  0.3099    0.72898 0.000 0.124 0.000 0.848 0.028
#> SRR1473058     4  0.4210    0.43240 0.000 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1405165     3  0.3508    0.63403 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1433004     1  0.5115    0.26838 0.484 0.000 0.036 0.000 0.480
#> SRR1471477     1  0.5744    0.51261 0.572 0.000 0.108 0.000 0.320
#> SRR1098567     2  0.1041    0.80085 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR1098712     4  0.4434    0.36785 0.000 0.460 0.000 0.536 0.004
#> SRR1455038     5  0.3366    0.64121 0.212 0.000 0.004 0.000 0.784
#> SRR1375248     2  0.1768    0.79535 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1403005     3  0.3305    0.68194 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1348378     2  0.2329    0.78032 0.000 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1413541     1  0.4425    0.38106 0.544 0.000 0.004 0.000 0.452
#> SRR1392943     4  0.5028    0.40391 0.000 0.444 0.000 0.524 0.032
#> SRR1475192     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432085     2  0.1831    0.79399 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1452468     5  0.1571    0.78809 0.060 0.000 0.004 0.000 0.936
#> SRR1347060     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414139     2  0.1831    0.79399 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1447962     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444324     2  0.1205    0.80100 0.000 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1415004     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.4300    0.30034 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1311266     5  0.2612    0.75053 0.124 0.000 0.008 0.000 0.868
#> SRR1343302     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1373746     1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0404    0.74677 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469413     2  0.0162    0.79343 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405331     3  0.4341    0.45067 0.008 0.000 0.628 0.000 0.364
#> SRR1345609     1  0.2929    0.73432 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1380208     2  0.4836    0.34556 0.000 0.628 0.000 0.336 0.036
#> SRR1322840     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1399797     3  0.0510    0.85132 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416654     3  0.0162    0.85227 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315081     3  0.0880    0.84488 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1369196     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400847     1  0.0290    0.74565 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365291     3  0.3480    0.64920 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1367920     4  0.5028    0.30443 0.000 0.444 0.000 0.524 0.032
#> SRR1366648     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1441679     2  0.1831    0.79399 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1082173     5  0.4108    0.50860 0.008 0.000 0.308 0.000 0.684
#> SRR1363968     1  0.4339    0.64908 0.684 0.000 0.020 0.000 0.296
#> SRR814387      1  0.0000    0.74229 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      5  0.6026    0.46107 0.228 0.000 0.192 0.000 0.580
#> SRR1386689     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395575     3  0.0290    0.85260 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1453811     3  0.3336    0.67443 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1441159     5  0.3838    0.53851 0.280 0.000 0.004 0.000 0.716
#> SRR1403154     4  0.0162    0.71837 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468722     3  0.0162    0.85137 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310275     3  0.4300    0.17176 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     6  0.7330   3.30e-01 0.148 0.000 0.164 0.000 0.340 0.348
#> SRR1331708     5  0.0862   4.87e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.972 0.016
#> SRR1464258     5  0.6473  -3.60e-02 0.292 0.000 0.016 0.000 0.356 0.336
#> SRR1454201     5  0.4871   3.02e-01 0.048 0.000 0.032 0.000 0.668 0.252
#> SRR661589      3  0.2623   7.41e-01 0.000 0.000 0.852 0.000 0.016 0.132
#> SRR1456229     5  0.5840   2.27e-01 0.312 0.000 0.012 0.000 0.520 0.156
#> SRR1315165     4  0.2544   7.08e-01 0.000 0.140 0.000 0.852 0.004 0.004
#> SRR1488960     1  0.0260   7.66e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1417809     2  0.4805   3.07e-03 0.000 0.516 0.000 0.440 0.008 0.036
#> SRR1094457     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1095575     5  0.4648   3.17e-01 0.020 0.000 0.076 0.000 0.712 0.192
#> SRR1315931     1  0.4765   4.84e-01 0.672 0.000 0.000 0.000 0.196 0.132
#> SRR1430066     3  0.0146   7.69e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1431037     3  0.0291   7.70e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1395554     3  0.4052   5.96e-01 0.000 0.000 0.628 0.000 0.016 0.356
#> SRR818002      2  0.2455   7.59e-01 0.000 0.872 0.000 0.112 0.004 0.012
#> SRR1344143     2  0.2685   7.63e-01 0.000 0.872 0.000 0.080 0.004 0.044
#> SRR1486845     4  0.0790   7.55e-01 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1362866     5  0.0653   4.93e-01 0.012 0.000 0.004 0.000 0.980 0.004
#> SRR1490740     1  0.4305   5.88e-01 0.708 0.000 0.000 0.000 0.216 0.076
#> SRR1446627     2  0.1075   7.91e-01 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1456138     2  0.1429   7.88e-01 0.000 0.940 0.000 0.052 0.004 0.004
#> SRR1416248     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.4356   4.48e-01 0.000 0.360 0.000 0.608 0.000 0.032
#> SRR1311018     1  0.0146   7.65e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375699     2  0.3462   7.50e-01 0.000 0.816 0.000 0.100 0.004 0.080
#> SRR1429846     6  0.5224  -2.15e-01 0.000 0.000 0.440 0.000 0.092 0.468
#> SRR613550      3  0.4899   3.47e-01 0.000 0.000 0.488 0.000 0.060 0.452
#> SRR1348402     1  0.1812   7.43e-01 0.912 0.000 0.000 0.000 0.080 0.008
#> SRR1345146     5  0.3254   4.17e-01 0.016 0.000 0.008 0.000 0.804 0.172
#> SRR1324025     3  0.4052   6.00e-01 0.000 0.000 0.628 0.000 0.016 0.356
#> SRR1318879     5  0.5621  -6.61e-02 0.000 0.000 0.288 0.000 0.528 0.184
#> SRR820755      6  0.6723   3.46e-01 0.108 0.000 0.120 0.000 0.288 0.484
#> SRR1485830     4  0.0692   7.56e-01 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR599313      5  0.0748   4.92e-01 0.016 0.000 0.004 0.000 0.976 0.004
#> SRR612263      5  0.3936   4.43e-01 0.140 0.000 0.004 0.000 0.772 0.084
#> SRR1415398     3  0.4543   5.20e-01 0.000 0.000 0.576 0.000 0.040 0.384
#> SRR1326205     4  0.4274   3.36e-01 0.000 0.432 0.000 0.552 0.004 0.012
#> SRR1421327     2  0.4721  -2.72e-02 0.000 0.496 0.000 0.464 0.004 0.036
#> SRR1083311     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.4224   4.84e-01 0.000 0.340 0.000 0.632 0.000 0.028
#> SRR1079522     5  0.0767   4.88e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.976 0.012
#> SRR1452935     5  0.4513   2.70e-01 0.000 0.000 0.096 0.000 0.692 0.212
#> SRR1379495     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.2003   7.82e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR661361      3  0.3509   6.90e-01 0.000 0.000 0.744 0.000 0.016 0.240
#> SRR615778      5  0.1552   4.99e-01 0.036 0.000 0.004 0.000 0.940 0.020
#> SRR1447564     1  0.3684   5.22e-01 0.664 0.000 0.000 0.000 0.332 0.004
#> SRR1455195     5  0.4791   1.79e-01 0.384 0.000 0.004 0.000 0.564 0.048
#> SRR655182      1  0.4645   4.26e-01 0.648 0.000 0.000 0.000 0.276 0.076
#> SRR1335140     2  0.2882   7.52e-01 0.000 0.848 0.000 0.120 0.004 0.028
#> SRR1433555     3  0.1970   7.40e-01 0.000 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR1308650     2  0.3756   7.68e-01 0.000 0.788 0.000 0.076 0.004 0.132
#> SRR1388354     1  0.0146   7.65e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.2704   7.07e-01 0.000 0.000 0.844 0.000 0.016 0.140
#> SRR1479955     2  0.2320   7.75e-01 0.000 0.892 0.000 0.080 0.004 0.024
#> SRR809853      5  0.2452   4.88e-01 0.084 0.000 0.004 0.000 0.884 0.028
#> SRR661313      3  0.4141   5.65e-01 0.000 0.000 0.596 0.000 0.016 0.388
#> SRR1499935     4  0.3645   6.24e-01 0.000 0.236 0.000 0.740 0.000 0.024
#> SRR1447303     3  0.4649   3.96e-01 0.000 0.000 0.492 0.000 0.040 0.468
#> SRR1429408     2  0.4314  -5.75e-02 0.000 0.500 0.000 0.484 0.004 0.012
#> SRR1433950     5  0.4822  -1.71e-03 0.444 0.000 0.004 0.000 0.508 0.044
#> SRR1362081     2  0.1910   7.84e-01 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1409854     6  0.6716   2.19e-01 0.104 0.000 0.104 0.000 0.376 0.416
#> SRR1435229     5  0.1511   4.99e-01 0.044 0.000 0.004 0.000 0.940 0.012
#> SRR1085996     5  0.5108   3.18e-01 0.264 0.000 0.004 0.000 0.620 0.112
#> SRR1414229     5  0.3338   4.13e-01 0.008 0.000 0.020 0.000 0.800 0.172
#> SRR1400974     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      6  0.6526   3.78e-01 0.084 0.000 0.140 0.000 0.252 0.524
#> SRR1457854     1  0.0603   7.64e-01 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1473714     5  0.7827  -9.16e-02 0.128 0.096 0.080 0.000 0.436 0.260
#> SRR813776      6  0.6710   3.26e-01 0.104 0.000 0.116 0.000 0.308 0.472
#> SRR808196      4  0.4268   3.47e-01 0.000 0.428 0.000 0.556 0.004 0.012
#> SRR1101085     4  0.4098   5.50e-01 0.000 0.292 0.000 0.676 0.000 0.032
#> SRR614395      6  0.6521   5.34e-02 0.276 0.000 0.020 0.000 0.344 0.360
#> SRR1478251     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1370551     2  0.2003   7.82e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1362310     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.4681   4.42e-01 0.000 0.000 0.524 0.000 0.044 0.432
#> SRR1420109     5  0.5630   2.75e-02 0.004 0.000 0.184 0.000 0.556 0.256
#> SRR1330920     5  0.4656   3.55e-01 0.068 0.000 0.016 0.000 0.696 0.220
#> SRR1419539     2  0.2608   7.94e-01 0.000 0.872 0.000 0.048 0.000 0.080
#> SRR1359447     3  0.5751   1.67e-01 0.000 0.000 0.504 0.000 0.288 0.208
#> SRR1347259     2  0.4593  -3.23e-02 0.000 0.512 0.000 0.456 0.004 0.028
#> SRR613915      6  0.5966   1.79e-01 0.012 0.000 0.332 0.000 0.168 0.488
#> SRR1384395     3  0.0603   7.64e-01 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR821715      3  0.4753   3.67e-01 0.000 0.000 0.496 0.000 0.048 0.456
#> SRR1478228     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.6155  -8.74e-02 0.432 0.000 0.008 0.000 0.336 0.224
#> SRR608150      5  0.0862   4.87e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.972 0.016
#> SRR1096383     6  0.7296   3.20e-01 0.204 0.000 0.116 0.000 0.328 0.352
#> SRR1341480     4  0.4389   4.20e-01 0.000 0.372 0.000 0.596 0.000 0.032
#> SRR1341344     5  0.3460   4.49e-01 0.164 0.000 0.004 0.000 0.796 0.036
#> SRR1326270     3  0.6027   1.50e-01 0.020 0.000 0.528 0.000 0.184 0.268
#> SRR1498838     3  0.0405   7.70e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1416313     3  0.0806   7.70e-01 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR808566      4  0.4432   2.72e-01 0.000 0.432 0.000 0.544 0.004 0.020
#> SRR1430270     4  0.4361   3.45e-01 0.000 0.424 0.000 0.552 0.000 0.024
#> SRR1367825     3  0.0260   7.67e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR613533      3  0.5871  -9.78e-05 0.000 0.000 0.464 0.000 0.320 0.216
#> SRR661267      5  0.7365  -3.44e-01 0.108 0.000 0.292 0.000 0.328 0.272
#> SRR810665      2  0.1863   7.85e-01 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1407250     5  0.4979   2.87e-01 0.040 0.000 0.048 0.000 0.664 0.248
#> SRR1420067     1  0.5965  -9.26e-02 0.448 0.000 0.004 0.000 0.352 0.196
#> SRR1473632     5  0.1442   4.94e-01 0.040 0.000 0.004 0.000 0.944 0.012
#> SRR812536      3  0.0363   7.70e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1370850     2  0.1364   7.88e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR1486195     2  0.2003   7.82e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1407671     2  0.2685   7.65e-01 0.000 0.872 0.000 0.080 0.004 0.044
#> SRR1446375     5  0.6173   5.88e-02 0.056 0.000 0.148 0.000 0.564 0.232
#> SRR1465230     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR614119      6  0.7268   2.93e-01 0.256 0.000 0.096 0.000 0.300 0.348
#> SRR1356101     2  0.2538   7.84e-01 0.000 0.860 0.000 0.016 0.000 0.124
#> SRR1404209     1  0.6584  -2.60e-01 0.388 0.000 0.028 0.000 0.336 0.248
#> SRR1392676     2  0.1333   7.95e-01 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR665538      6  0.7096   1.94e-01 0.316 0.000 0.068 0.000 0.292 0.324
#> SRR660510      3  0.0146   7.70e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445655     4  0.2250   7.32e-01 0.000 0.092 0.000 0.888 0.000 0.020
#> SRR658953      5  0.0665   4.91e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR2166459     1  0.5932   8.61e-03 0.468 0.000 0.004 0.000 0.332 0.196
#> SRR1070713     2  0.2001   7.99e-01 0.000 0.912 0.000 0.040 0.000 0.048
#> SRR1485312     3  0.1049   7.67e-01 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008 0.032
#> SRR1317631     4  0.3954   4.60e-01 0.000 0.372 0.000 0.620 0.004 0.004
#> SRR1488610     5  0.2095   4.91e-01 0.076 0.000 0.004 0.000 0.904 0.016
#> SRR1330588     3  0.3629   6.79e-01 0.000 0.000 0.724 0.000 0.016 0.260
#> SRR1316367     5  0.2926   4.74e-01 0.124 0.000 0.004 0.000 0.844 0.028
#> SRR1433926     1  0.5150   3.18e-01 0.580 0.000 0.004 0.000 0.324 0.092
#> SRR1091302     4  0.2584   7.06e-01 0.000 0.144 0.000 0.848 0.004 0.004
#> SRR818263      5  0.6544   4.43e-02 0.216 0.000 0.032 0.000 0.416 0.336
#> SRR1404909     2  0.4535  -1.01e-01 0.000 0.484 0.000 0.484 0.000 0.032
#> SRR663076      1  0.2201   7.45e-01 0.900 0.000 0.000 0.000 0.052 0.048
#> SRR1323577     2  0.1155   7.91e-01 0.000 0.956 0.000 0.036 0.004 0.004
#> SRR1442422     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1465893     1  0.5046   4.55e-01 0.620 0.000 0.000 0.000 0.256 0.124
#> SRR654862      5  0.6470   1.12e-01 0.180 0.000 0.040 0.000 0.460 0.320
#> SRR1407112     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1332969     3  0.3922   6.29e-01 0.000 0.000 0.664 0.000 0.016 0.320
#> SRR1353199     3  0.3984   6.17e-01 0.000 0.000 0.648 0.000 0.016 0.336
#> SRR1378885     6  0.6248   4.07e-01 0.044 0.000 0.204 0.000 0.208 0.544
#> SRR665357      3  0.1421   7.43e-01 0.000 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR662186      2  0.1780   7.99e-01 0.000 0.924 0.000 0.028 0.000 0.048
#> SRR1501020     3  0.4738   5.58e-01 0.004 0.000 0.684 0.000 0.112 0.200
#> SRR1347819     3  0.0717   7.70e-01 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1480813     2  0.1296   7.88e-01 0.000 0.948 0.000 0.044 0.004 0.004
#> SRR1472576     4  0.4532   1.34e-01 0.000 0.468 0.000 0.500 0.000 0.032
#> SRR1431781     4  0.2163   7.32e-01 0.000 0.096 0.000 0.892 0.004 0.008
#> SRR1452270     3  0.0146   7.69e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500472     5  0.3626   3.87e-01 0.008 0.000 0.028 0.000 0.776 0.188
#> SRR1417632     2  0.4644   1.40e-03 0.000 0.504 0.000 0.456 0.000 0.040
#> SRR1350153     2  0.1719   7.95e-01 0.000 0.924 0.000 0.016 0.000 0.060
#> SRR1458113     5  0.5351   1.08e-01 0.000 0.000 0.208 0.000 0.592 0.200
#> SRR1326579     5  0.3670   4.48e-01 0.152 0.000 0.004 0.000 0.788 0.056
#> SRR1349363     2  0.2600   7.63e-01 0.000 0.876 0.000 0.084 0.004 0.036
#> SRR1096712     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.3778   6.55e-01 0.000 0.000 0.696 0.000 0.016 0.288
#> SRR1083752     2  0.2544   7.65e-01 0.000 0.864 0.000 0.120 0.004 0.012
#> SRR1377599     2  0.4534   2.70e-01 0.000 0.580 0.000 0.380 0.000 0.040
#> SRR1488449     3  0.3688   6.59e-01 0.000 0.000 0.724 0.000 0.020 0.256
#> SRR1318354     5  0.5798  -7.94e-02 0.000 0.000 0.312 0.000 0.484 0.204
#> SRR1359062     3  0.0363   7.70e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1398924     5  0.0862   4.87e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.972 0.016
#> SRR663783      3  0.0146   7.70e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319204     5  0.5755   1.02e-02 0.004 0.004 0.260 0.000 0.552 0.180
#> SRR1369070     2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR615659      1  0.3746   6.55e-01 0.780 0.000 0.000 0.000 0.140 0.080
#> SRR1337449     2  0.1765   7.87e-01 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1316982     2  0.2848   7.85e-01 0.000 0.848 0.004 0.024 0.000 0.124
#> SRR1498595     2  0.4409   2.91e-01 0.000 0.588 0.000 0.380 0.000 0.032
#> SRR1377423     3  0.3641   6.70e-01 0.000 0.000 0.732 0.000 0.020 0.248
#> SRR1312310     2  0.1910   7.84e-01 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1485613     1  0.6039  -1.46e-01 0.436 0.000 0.004 0.000 0.344 0.216
#> SRR1338426     3  0.4535   5.45e-01 0.000 0.000 0.704 0.000 0.148 0.148
#> SRR1353309     3  0.0891   7.67e-01 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR658941      5  0.5887  -1.98e-01 0.000 0.000 0.392 0.000 0.408 0.200
#> SRR1101643     1  0.2664   6.97e-01 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1401468     6  0.7151   2.89e-01 0.220 0.000 0.088 0.000 0.340 0.352
#> SRR1368874     2  0.2170   7.90e-01 0.000 0.888 0.000 0.012 0.000 0.100
#> SRR1324085     4  0.3608   6.11e-01 0.000 0.248 0.000 0.736 0.004 0.012
#> SRR1363858     2  0.6342   2.17e-01 0.032 0.472 0.004 0.048 0.400 0.044
#> SRR819820      3  0.5571   2.52e-01 0.000 0.000 0.552 0.000 0.224 0.224
#> SRR1337342     5  0.5286   3.31e-01 0.120 0.000 0.020 0.000 0.644 0.216
#> SRR655206      2  0.2685   7.90e-01 0.000 0.868 0.000 0.060 0.000 0.072
#> SRR1387013     2  0.2113   7.79e-01 0.000 0.896 0.000 0.092 0.004 0.008
#> SRR1317410     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      5  0.3029   4.72e-01 0.120 0.000 0.004 0.000 0.840 0.036
#> SRR1440161     2  0.2191   7.83e-01 0.000 0.876 0.000 0.004 0.000 0.120
#> SRR1343741     2  0.1226   7.90e-01 0.000 0.952 0.000 0.040 0.004 0.004
#> SRR1381288     2  0.0291   7.95e-01 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1415379     4  0.1074   7.54e-01 0.000 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012
#> SRR1099622     2  0.1686   8.00e-01 0.000 0.924 0.000 0.012 0.000 0.064
#> SRR663197      3  0.2706   7.01e-01 0.000 0.000 0.832 0.000 0.008 0.160
#> SRR1394836     2  0.2651   7.90e-01 0.000 0.860 0.000 0.028 0.000 0.112
#> SRR661699      5  0.7834  -1.44e-01 0.000 0.224 0.264 0.008 0.316 0.188
#> SRR813680      5  0.7609  -3.61e-01 0.188 0.000 0.208 0.000 0.316 0.288
#> SRR1410678     1  0.0146   7.64e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378109     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1499174     5  0.5946   1.39e-01 0.312 0.000 0.004 0.000 0.476 0.208
#> SRR1311486     2  0.1610   7.89e-01 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1382851     2  0.2547   7.63e-01 0.000 0.868 0.000 0.112 0.004 0.016
#> SRR1433410     5  0.1605   4.96e-01 0.044 0.000 0.004 0.000 0.936 0.016
#> SRR661167      3  0.3136   7.17e-01 0.000 0.000 0.796 0.000 0.016 0.188
#> SRR1432518     5  0.5943  -1.80e-01 0.000 0.000 0.380 0.000 0.404 0.216
#> SRR660462      3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.4450   2.99e-02 0.000 0.528 0.000 0.448 0.004 0.020
#> SRR657949      6  0.6396   2.44e-01 0.064 0.000 0.108 0.000 0.400 0.428
#> SRR1308882     4  0.2487   7.29e-01 0.000 0.092 0.000 0.876 0.000 0.032
#> SRR655768      5  0.6308   2.05e-02 0.256 0.000 0.024 0.000 0.484 0.236
#> SRR1485870     2  0.4676   1.96e-01 0.000 0.572 0.000 0.384 0.004 0.040
#> SRR1444138     5  0.7214  -2.93e-01 0.212 0.000 0.100 0.000 0.360 0.328
#> SRR1417342     1  0.2597   7.02e-01 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR1470193     2  0.4536   1.69e-01 0.000 0.560 0.000 0.408 0.004 0.028
#> SRR1091380     3  0.5468   2.51e-01 0.000 0.000 0.568 0.000 0.244 0.188
#> SRR1099096     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.4756   2.34e-01 0.000 0.456 0.000 0.504 0.008 0.032
#> SRR1467102     2  0.2706   7.85e-01 0.000 0.852 0.000 0.024 0.000 0.124
#> SRR1485416     4  0.4499   2.81e-01 0.000 0.428 0.000 0.540 0.000 0.032
#> SRR818821      3  0.5862   2.05e-02 0.000 0.000 0.468 0.000 0.316 0.216
#> SRR809963      6  0.6461   3.88e-02 0.280 0.000 0.016 0.000 0.348 0.356
#> SRR1072247     1  0.0508   7.65e-01 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1353710     4  0.4289   2.95e-01 0.000 0.444 0.000 0.540 0.004 0.012
#> SRR1445259     5  0.4048   3.89e-01 0.032 0.000 0.024 0.000 0.756 0.188
#> SRR1408393     6  0.6598   2.75e-01 0.136 0.000 0.076 0.000 0.308 0.480
#> SRR1361522     1  0.0291   7.65e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1368597     1  0.1007   7.61e-01 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1309680     2  0.2062   7.81e-01 0.000 0.900 0.000 0.088 0.004 0.008
#> SRR1310542     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.1921   7.45e-01 0.000 0.052 0.000 0.916 0.000 0.032
#> SRR1406437     2  0.4314   6.17e-01 0.000 0.712 0.000 0.220 0.004 0.064
#> SRR1354931     3  0.2510   7.48e-01 0.000 0.000 0.872 0.000 0.028 0.100
#> SRR1391856     2  0.2618   7.87e-01 0.000 0.860 0.000 0.024 0.000 0.116
#> SRR1446738     2  0.2647   7.78e-01 0.000 0.868 0.000 0.088 0.000 0.044
#> SRR1309032     2  0.1910   7.84e-01 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1388145     2  0.1285   7.99e-01 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1432611     2  0.1814   7.86e-01 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR815869      3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0146   7.69e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375329     5  0.1900   4.75e-01 0.008 0.000 0.008 0.000 0.916 0.068
#> SRR1387921     1  0.0146   7.65e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466792     2  0.1910   7.84e-01 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1360478     2  0.1007   7.92e-01 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1360695     1  0.5863   3.13e-01 0.576 0.000 0.032 0.000 0.140 0.252
#> SRR812943      5  0.1370   4.96e-01 0.036 0.000 0.004 0.000 0.948 0.012
#> SRR1400910     5  0.0862   4.88e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.972 0.016
#> SRR1444203     4  0.0713   7.55e-01 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR816177      2  0.2673   7.48e-01 0.000 0.852 0.000 0.132 0.004 0.012
#> SRR658754      3  0.0260   7.69e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1429603     4  0.4457   3.15e-01 0.000 0.432 0.000 0.544 0.008 0.016
#> SRR1397366     3  0.4567   5.54e-01 0.000 0.000 0.616 0.000 0.052 0.332
#> SRR1446028     5  0.4914   2.05e-01 0.428 0.000 0.004 0.000 0.516 0.052
#> SRR1083918     2  0.1845   7.80e-01 0.000 0.916 0.000 0.072 0.004 0.008
#> SRR1337606     5  0.0862   4.87e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.972 0.016
#> SRR659109      3  0.0146   7.69e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337192     5  0.2766   4.76e-01 0.124 0.000 0.004 0.000 0.852 0.020
#> SRR656946      5  0.6827  -1.58e-01 0.228 0.000 0.056 0.000 0.420 0.296
#> SRR1476102     1  0.3619   5.43e-01 0.680 0.000 0.000 0.000 0.316 0.004
#> SRR1476447     1  0.4191   3.91e-01 0.596 0.000 0.004 0.000 0.388 0.012
#> SRR1342067     4  0.1367   7.53e-01 0.000 0.012 0.000 0.944 0.000 0.044
#> SRR1385389     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1075971     1  0.5094   3.38e-01 0.596 0.000 0.004 0.000 0.308 0.092
#> SRR614419      5  0.3224   4.65e-01 0.132 0.000 0.004 0.000 0.824 0.040
#> SRR1322936     5  0.0862   4.87e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.972 0.016
#> SRR1349121     1  0.4348   5.83e-01 0.748 0.000 0.012 0.000 0.116 0.124
#> SRR1430549     1  0.4176   3.63e-01 0.580 0.000 0.000 0.000 0.404 0.016
#> SRR612935      5  0.5565   2.72e-02 0.000 0.000 0.240 0.000 0.552 0.208
#> SRR661481      2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR1354117     2  0.2573   7.88e-01 0.000 0.864 0.000 0.024 0.000 0.112
#> SRR1393596     2  0.4641   1.64e-01 0.000 0.564 0.000 0.396 0.004 0.036
#> SRR1452164     1  0.4183   5.97e-01 0.752 0.000 0.004 0.000 0.128 0.116
#> SRR1070503     6  0.6038   3.90e-01 0.032 0.000 0.172 0.000 0.240 0.556
#> SRR1499894     3  0.0146   7.70e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082883     5  0.1180   4.86e-01 0.008 0.004 0.004 0.000 0.960 0.024
#> SRR1468271     6  0.7065   2.70e-01 0.240 0.000 0.072 0.000 0.336 0.352
#> SRR1332443     1  0.2491   7.08e-01 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR810295      2  0.1910   7.84e-01 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR662103      1  0.0914   7.63e-01 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1328620     3  0.5871  -1.34e-01 0.000 0.000 0.408 0.000 0.396 0.196
#> SRR1396294     4  0.4289   3.04e-01 0.000 0.444 0.000 0.540 0.004 0.012
#> SRR1419917     5  0.5498   1.40e-01 0.400 0.000 0.004 0.000 0.484 0.112
#> SRR662114      5  0.5702  -3.88e-02 0.000 0.000 0.292 0.000 0.512 0.196
#> SRR1489199     5  0.6544  -1.17e-01 0.112 0.000 0.076 0.000 0.420 0.392
#> SRR813584      2  0.3370   6.50e-01 0.000 0.772 0.000 0.212 0.004 0.012
#> SRR1069638     5  0.3354   4.01e-01 0.008 0.000 0.016 0.000 0.792 0.184
#> SRR614864      3  0.4753   3.99e-01 0.000 0.000 0.496 0.000 0.048 0.456
#> SRR1433392     6  0.6600   9.57e-02 0.256 0.000 0.028 0.000 0.332 0.384
#> SRR1377777     2  0.2062   7.81e-01 0.000 0.900 0.000 0.088 0.004 0.008
#> SRR2167710     5  0.6725  -1.22e-01 0.236 0.000 0.048 0.000 0.436 0.280
#> SRR1401252     4  0.4589   1.64e-01 0.000 0.460 0.000 0.504 0.000 0.036
#> SRR1309963     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1338031     1  0.1789   7.46e-01 0.924 0.000 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR1418628     2  0.1970   7.90e-01 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000 0.092
#> SRR1486889     6  0.7141   2.82e-01 0.196 0.000 0.096 0.000 0.348 0.360
#> SRR1380393     1  0.0291   7.66e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1319731     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.4602  -1.36e-01 0.000 0.488 0.000 0.480 0.004 0.028
#> SRR1337010     2  0.1958   7.87e-01 0.000 0.896 0.000 0.004 0.000 0.100
#> SRR1486520     1  0.2680   7.16e-01 0.868 0.000 0.000 0.000 0.076 0.056
#> SRR1486538     4  0.1320   7.51e-01 0.000 0.036 0.000 0.948 0.000 0.016
#> SRR1340486     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1377696     2  0.3278   7.22e-01 0.000 0.808 0.000 0.152 0.000 0.040
#> SRR1465459     6  0.5626   3.24e-01 0.008 0.000 0.244 0.000 0.176 0.572
#> SRR1080270     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.5420   3.55e-01 0.000 0.000 0.572 0.000 0.172 0.256
#> SRR1093148     5  0.5969   3.32e-02 0.004 0.016 0.236 0.000 0.556 0.188
#> SRR1467080     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR816475      4  0.3850   4.91e-01 0.000 0.340 0.000 0.652 0.004 0.004
#> SRR1379198     4  0.0713   7.55e-01 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR613342      3  0.5751   1.46e-01 0.000 0.000 0.508 0.000 0.276 0.216
#> SRR1452246     2  0.1787   7.90e-01 0.000 0.920 0.000 0.068 0.004 0.008
#> SRR1338836     2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR1369129     4  0.0790   7.55e-01 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1396616     3  0.4110   5.72e-01 0.000 0.000 0.608 0.000 0.016 0.376
#> SRR813824      3  0.2783   7.34e-01 0.000 0.000 0.836 0.000 0.016 0.148
#> SRR1082376     5  0.6563   7.19e-03 0.240 0.000 0.028 0.000 0.396 0.336
#> SRR1500891     4  0.4445   3.63e-01 0.000 0.396 0.000 0.572 0.000 0.032
#> SRR807543      6  0.6695   3.18e-01 0.100 0.000 0.116 0.000 0.316 0.468
#> SRR1091572     5  0.3329   3.98e-01 0.004 0.000 0.020 0.000 0.792 0.184
#> SRR1346689     4  0.4561   2.68e-01 0.000 0.428 0.000 0.536 0.000 0.036
#> SRR1332424     5  0.0951   4.90e-01 0.020 0.000 0.004 0.000 0.968 0.008
#> SRR663729      2  0.4593  -3.23e-02 0.000 0.512 0.000 0.456 0.004 0.028
#> SRR1097013     1  0.5009   4.08e-01 0.624 0.000 0.000 0.000 0.256 0.120
#> SRR613675      5  0.0862   4.87e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.972 0.016
#> SRR1485357     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR655816      3  0.0458   7.68e-01 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1500113     1  0.3211   6.99e-01 0.824 0.000 0.000 0.000 0.120 0.056
#> SRR1437622     2  0.3398   6.49e-01 0.000 0.768 0.000 0.216 0.004 0.012
#> SRR1355172     6  0.7325   3.35e-01 0.132 0.000 0.184 0.000 0.332 0.352
#> SRR655531      5  0.3936   4.34e-01 0.176 0.000 0.004 0.000 0.760 0.060
#> SRR1338147     3  0.4039   6.04e-01 0.000 0.000 0.632 0.000 0.016 0.352
#> SRR1413329     5  0.6118  -1.32e-01 0.012 0.000 0.244 0.000 0.488 0.256
#> SRR1485931     2  0.1523   7.92e-01 0.000 0.940 0.000 0.044 0.008 0.008
#> SRR1420873     1  0.1528   7.54e-01 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR1333308     2  0.4596  -5.06e-02 0.000 0.508 0.000 0.460 0.004 0.028
#> SRR1452033     1  0.6903  -3.38e-01 0.336 0.000 0.048 0.000 0.292 0.324
#> SRR1467316     2  0.2398   7.69e-01 0.000 0.888 0.000 0.080 0.004 0.028
#> SRR809018      3  0.0260   7.67e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1375351     2  0.1155   7.91e-01 0.000 0.956 0.000 0.036 0.004 0.004
#> SRR663440      6  0.5230   2.69e-02 0.000 0.000 0.344 0.000 0.108 0.548
#> SRR1471755     2  0.2113   7.72e-01 0.000 0.896 0.000 0.092 0.004 0.008
#> SRR808019      6  0.7302   3.23e-01 0.136 0.000 0.172 0.000 0.340 0.352
#> SRR1479133     3  0.3922   6.29e-01 0.000 0.000 0.664 0.000 0.016 0.320
#> SRR615069      5  0.3974   3.67e-01 0.004 0.000 0.056 0.000 0.752 0.188
#> SRR1456185     2  0.3927   7.60e-01 0.000 0.776 0.000 0.100 0.004 0.120
#> SRR1350069     4  0.4268   3.47e-01 0.000 0.428 0.000 0.556 0.004 0.012
#> SRR816316      5  0.6063   1.86e-01 0.308 0.000 0.012 0.000 0.484 0.196
#> SRR664795      6  0.7462   3.33e-01 0.212 0.000 0.144 0.000 0.308 0.336
#> SRR1490721     2  0.4675   2.71e-01 0.000 0.592 0.000 0.360 0.004 0.044
#> SRR810643      1  0.0405   7.66e-01 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1430333     5  0.3254   4.10e-01 0.008 0.000 0.016 0.000 0.804 0.172
#> SRR1085285     3  0.2404   7.48e-01 0.000 0.000 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR1099072     3  0.5077   3.71e-01 0.000 0.000 0.516 0.000 0.080 0.404
#> SRR1317985     1  0.0260   7.66e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1487340     1  0.0547   7.65e-01 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1420276     3  0.0692   7.63e-01 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1351347     3  0.4503   5.77e-01 0.000 0.000 0.700 0.000 0.108 0.192
#> SRR1405525     5  0.2760   4.77e-01 0.116 0.000 0.004 0.000 0.856 0.024
#> SRR1370329     1  0.0260   7.66e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR819610      2  0.3848   6.39e-01 0.000 0.752 0.000 0.204 0.004 0.040
#> SRR2157314     1  0.3370   6.57e-01 0.804 0.000 0.000 0.000 0.148 0.048
#> SRR1409465     2  0.0551   7.95e-01 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR809987      4  0.4504   3.25e-01 0.000 0.432 0.000 0.540 0.004 0.024
#> SRR613639      3  0.5134   3.55e-01 0.000 0.000 0.524 0.000 0.088 0.388
#> SRR1402285     4  0.0717   7.56e-01 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1077038     5  0.6398  -4.63e-02 0.288 0.000 0.012 0.000 0.352 0.348
#> SRR1405660     3  0.0363   7.68e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1095455     5  0.1890   4.83e-01 0.008 0.000 0.024 0.000 0.924 0.044
#> SRR1394734     2  0.2163   7.69e-01 0.000 0.892 0.000 0.096 0.004 0.008
#> SRR1317771     1  0.3787   6.36e-01 0.780 0.000 0.000 0.000 0.100 0.120
#> SRR1365894     2  0.4268   4.99e-01 0.000 0.684 0.000 0.272 0.004 0.040
#> SRR1073581     6  0.7262   3.12e-01 0.200 0.000 0.112 0.000 0.340 0.348
#> SRR659804      1  0.0291   7.65e-01 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1345914     2  0.2197   7.99e-01 0.000 0.900 0.000 0.044 0.000 0.056
#> SRR1432186     2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR1473529     2  0.3125   7.38e-01 0.000 0.828 0.000 0.136 0.004 0.032
#> SRR660764      3  0.4815   5.09e-01 0.000 0.000 0.668 0.000 0.144 0.188
#> SRR820448      5  0.6292   5.29e-02 0.372 0.000 0.012 0.000 0.384 0.232
#> SRR1328845     4  0.4274   3.36e-01 0.000 0.432 0.000 0.552 0.004 0.012
#> SRR1336415     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1379065     4  0.1341   7.55e-01 0.000 0.024 0.000 0.948 0.000 0.028
#> SRR1459190     3  0.5199   4.36e-01 0.000 0.000 0.580 0.000 0.120 0.300
#> SRR1346773     5  0.4468  -8.36e-02 0.484 0.000 0.004 0.000 0.492 0.020
#> SRR1499521     6  0.7117   2.77e-01 0.232 0.000 0.080 0.000 0.340 0.348
#> SRR1440898     2  0.0405   7.95e-01 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR1347459     3  0.5836   5.96e-02 0.000 0.000 0.472 0.000 0.320 0.208
#> SRR1081209     2  0.2209   7.99e-01 0.000 0.904 0.000 0.040 0.004 0.052
#> SRR1400202     1  0.0458   7.65e-01 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333395     2  0.4961   3.44e-01 0.000 0.604 0.000 0.332 0.024 0.040
#> SRR1309248     2  0.3381   6.98e-01 0.000 0.808 0.000 0.148 0.004 0.040
#> SRR809161      3  0.4639   4.21e-01 0.000 0.000 0.512 0.000 0.040 0.448
#> SRR1316320     2  0.2750   7.63e-01 0.000 0.868 0.000 0.080 0.004 0.048
#> SRR1432629     2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR1498931     1  0.0405   7.66e-01 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1416578     4  0.0909   7.56e-01 0.000 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR1405547     3  0.0260   7.67e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470534     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1380764     1  0.3488   6.47e-01 0.780 0.000 0.000 0.000 0.184 0.036
#> SRR1309160     3  0.2121   7.53e-01 0.000 0.000 0.892 0.000 0.012 0.096
#> SRR663489      3  0.0146   7.68e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500450     5  0.6951  -2.02e-01 0.304 0.000 0.052 0.000 0.328 0.316
#> SRR1078489     5  0.3236   3.96e-01 0.000 0.000 0.024 0.000 0.796 0.180
#> SRR1332648     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR660614      5  0.4223   3.46e-01 0.004 0.000 0.072 0.000 0.732 0.192
#> SRR1470420     2  0.1910   7.84e-01 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1475566     1  0.0458   7.65e-01 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1477949     1  0.0632   7.65e-01 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1481419     2  0.1003   7.93e-01 0.000 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR1464766     1  0.6728  -2.67e-01 0.364 0.000 0.036 0.000 0.336 0.264
#> SRR615946      3  0.2669   7.39e-01 0.000 0.000 0.836 0.000 0.008 0.156
#> SRR1446481     2  0.1477   7.88e-01 0.000 0.940 0.000 0.048 0.004 0.008
#> SRR1467656     2  0.1387   7.94e-01 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1402962     5  0.6186   1.68e-01 0.212 0.000 0.024 0.000 0.512 0.252
#> SRR660224      2  0.2480   7.91e-01 0.000 0.872 0.000 0.024 0.000 0.104
#> SRR665586      5  0.5377   2.54e-01 0.336 0.000 0.004 0.000 0.548 0.112
#> SRR1347166     5  0.1237   4.97e-01 0.020 0.000 0.004 0.000 0.956 0.020
#> SRR1485722     5  0.5542   2.13e-01 0.056 0.000 0.068 0.000 0.616 0.260
#> SRR1415316     5  0.5052   7.48e-02 0.420 0.000 0.004 0.000 0.512 0.064
#> SRR613390      5  0.5710   2.24e-01 0.340 0.000 0.012 0.000 0.520 0.128
#> SRR661108      3  0.0146   7.69e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2170173     5  0.5058   2.33e-01 0.012 0.000 0.104 0.000 0.652 0.232
#> SRR817329      5  0.5498   2.00e-01 0.376 0.000 0.004 0.000 0.504 0.116
#> SRR1401990     4  0.2051   7.32e-01 0.000 0.096 0.000 0.896 0.004 0.004
#> SRR1467745     2  0.3426   6.68e-01 0.000 0.764 0.000 0.220 0.004 0.012
#> SRR1471795     2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR1415637     2  0.1219   7.93e-01 0.000 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR813137      5  0.7255  -1.51e-01 0.296 0.000 0.092 0.000 0.344 0.268
#> SRR1314873     1  0.2823   6.66e-01 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR1401211     1  0.7002  -2.97e-01 0.356 0.000 0.060 0.000 0.276 0.308
#> SRR1419692     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR818797      6  0.5434   3.47e-02 0.004 0.000 0.360 0.000 0.112 0.524
#> SRR2164608     3  0.5934  -1.25e-01 0.000 0.000 0.444 0.000 0.328 0.228
#> SRR1455586     2  0.2538   7.84e-01 0.000 0.860 0.000 0.016 0.000 0.124
#> SRR819459      3  0.0146   7.69e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488939     2  0.2474   7.70e-01 0.000 0.884 0.000 0.080 0.004 0.032
#> SRR1433232     2  0.1364   7.87e-01 0.000 0.944 0.000 0.048 0.004 0.004
#> SRR1385501     5  0.6093   2.49e-01 0.144 0.000 0.044 0.000 0.556 0.256
#> SRR1361652     5  0.0665   4.89e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR1437119     1  0.0146   7.65e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1478547     3  0.0260   7.69e-01 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430910     5  0.3481   3.84e-01 0.000 0.000 0.032 0.000 0.776 0.192
#> SRR1310584     1  0.0146   7.65e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1500216     5  0.0837   4.93e-01 0.020 0.000 0.004 0.000 0.972 0.004
#> SRR1486762     3  0.2234   7.23e-01 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.124
#> SRR1480854     4  0.4531   1.57e-01 0.000 0.464 0.000 0.504 0.000 0.032
#> SRR1489394     4  0.0713   7.55e-01 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1418085     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1340221     4  0.2346   7.14e-01 0.000 0.124 0.000 0.868 0.000 0.008
#> SRR1473058     2  0.4217   5.13e-02 0.000 0.524 0.000 0.464 0.004 0.008
#> SRR1405165     3  0.3395   6.77e-01 0.000 0.000 0.808 0.000 0.060 0.132
#> SRR1433004     5  0.5289   3.01e-01 0.280 0.000 0.004 0.000 0.592 0.124
#> SRR1471477     6  0.7183   2.94e-01 0.200 0.000 0.100 0.000 0.348 0.352
#> SRR1098567     2  0.2212   7.86e-01 0.000 0.880 0.000 0.008 0.000 0.112
#> SRR1098712     2  0.4370   5.07e-02 0.000 0.536 0.000 0.444 0.004 0.016
#> SRR1455038     5  0.4059   4.36e-01 0.148 0.000 0.004 0.000 0.760 0.088
#> SRR1375248     2  0.2538   7.84e-01 0.000 0.860 0.000 0.016 0.000 0.124
#> SRR1403005     6  0.5146  -1.31e-01 0.000 0.000 0.396 0.000 0.088 0.516
#> SRR1348378     2  0.2066   8.01e-01 0.000 0.908 0.000 0.040 0.000 0.052
#> SRR1413541     5  0.5163   3.07e-01 0.276 0.000 0.004 0.000 0.608 0.112
#> SRR1392943     2  0.4640   4.66e-02 0.000 0.528 0.000 0.436 0.004 0.032
#> SRR1475192     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.2706   7.85e-01 0.000 0.852 0.000 0.024 0.000 0.124
#> SRR1452468     5  0.0951   4.91e-01 0.008 0.000 0.004 0.000 0.968 0.020
#> SRR1347060     3  0.0146   7.69e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414139     2  0.2748   7.84e-01 0.000 0.848 0.000 0.024 0.000 0.128
#> SRR1447962     2  0.2003   7.82e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1444324     2  0.2266   7.88e-01 0.000 0.880 0.000 0.012 0.000 0.108
#> SRR1415004     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.5379   1.51e-01 0.508 0.000 0.004 0.000 0.388 0.100
#> SRR1311266     5  0.4713   3.94e-01 0.124 0.000 0.004 0.000 0.692 0.180
#> SRR1343302     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1373746     1  0.0909   7.65e-01 0.968 0.000 0.000 0.000 0.020 0.012
#> SRR1429678     1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.2003   7.82e-01 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1405331     6  0.6083   2.58e-01 0.016 0.000 0.160 0.000 0.408 0.416
#> SRR1345609     1  0.3468   5.86e-01 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1380208     2  0.3497   7.54e-01 0.000 0.832 0.000 0.080 0.032 0.056
#> SRR1322840     4  0.0713   7.55e-01 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1399797     3  0.2234   7.31e-01 0.000 0.000 0.872 0.000 0.004 0.124
#> SRR1416654     3  0.3200   7.13e-01 0.000 0.000 0.788 0.000 0.016 0.196
#> SRR1315081     3  0.0363   7.67e-01 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1369196     3  0.0000   7.69e-01 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0146   7.65e-01 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365291     6  0.5408   1.74e-01 0.000 0.000 0.304 0.000 0.144 0.552
#> SRR1367920     2  0.4574   8.11e-02 0.000 0.524 0.000 0.440 0.000 0.036
#> SRR1366648     3  0.0146   7.68e-01 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1441679     2  0.2480   7.90e-01 0.000 0.872 0.000 0.024 0.000 0.104
#> SRR1082173     5  0.5922  -1.91e-01 0.000 0.000 0.340 0.000 0.440 0.220
#> SRR1363968     1  0.6860  -3.36e-01 0.340 0.000 0.044 0.000 0.296 0.320
#> SRR814387      1  0.0000   7.63e-01 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      5  0.7224  -2.58e-01 0.132 0.000 0.172 0.000 0.408 0.288
#> SRR1386689     4  0.0632   7.56e-01 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1395575     3  0.2046   7.58e-01 0.000 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060
#> SRR1453811     6  0.5186   1.47e-02 0.000 0.000 0.356 0.000 0.100 0.544
#> SRR1441159     5  0.4283   3.79e-01 0.252 0.000 0.004 0.000 0.696 0.048
#> SRR1403154     4  0.0713   7.55e-01 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1468722     3  0.0603   7.70e-01 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1310275     5  0.5860  -1.28e-01 0.000 0.000 0.268 0.000 0.484 0.248

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:NMF*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.370           0.718       0.860         0.4912 0.501   0.501
#> 3 3 0.930           0.923       0.968         0.3497 0.678   0.445
#> 4 4 0.851           0.859       0.928         0.0960 0.856   0.619
#> 5 5 0.733           0.721       0.845         0.0896 0.889   0.628
#> 6 6 0.782           0.721       0.864         0.0452 0.874   0.504

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     2  0.9795     0.0625 0.416 0.584
#> SRR1331708     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.9552     0.5790 0.624 0.376
#> SRR1454201     1  0.9977     0.3490 0.528 0.472
#> SRR661589      2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1456229     1  0.7453     0.7969 0.788 0.212
#> SRR1315165     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1488960     1  0.7219     0.8044 0.800 0.200
#> SRR1417809     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0376     0.7988 0.996 0.004
#> SRR1095575     2  0.9998    -0.2388 0.492 0.508
#> SRR1315931     1  0.7528     0.7937 0.784 0.216
#> SRR1430066     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1431037     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1395554     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR818002      1  0.9635     0.1236 0.612 0.388
#> SRR1344143     1  0.2778     0.7707 0.952 0.048
#> SRR1486845     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR1490740     1  0.7219     0.8044 0.800 0.200
#> SRR1446627     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1456138     1  0.9954    -0.1231 0.540 0.460
#> SRR1416248     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1383907     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1311018     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1375699     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1429846     2  0.6973     0.6474 0.188 0.812
#> SRR613550      2  0.1843     0.8262 0.028 0.972
#> SRR1348402     1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR1345146     1  0.7376     0.8000 0.792 0.208
#> SRR1324025     2  0.0672     0.8375 0.008 0.992
#> SRR1318879     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR820755      2  0.9710     0.1240 0.400 0.600
#> SRR1485830     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1415398     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1326205     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1421327     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1083311     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1499303     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1079522     1  0.1633     0.8050 0.976 0.024
#> SRR1452935     2  0.1633     0.8290 0.024 0.976
#> SRR1379495     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1470459     2  0.4298     0.7953 0.088 0.912
#> SRR661361      2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR615778      1  0.8861     0.6953 0.696 0.304
#> SRR1447564     1  0.5842     0.8148 0.860 0.140
#> SRR1455195     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR655182      1  0.6801     0.8109 0.820 0.180
#> SRR1335140     1  0.7602     0.5413 0.780 0.220
#> SRR1433555     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.6343     0.8139 0.840 0.160
#> SRR1317446     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1413602     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1479955     1  0.9881    -0.0423 0.564 0.436
#> SRR809853      1  0.4562     0.8130 0.904 0.096
#> SRR661313      2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1499935     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1447303     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1429408     1  0.4161     0.7381 0.916 0.084
#> SRR1433950     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1362081     2  0.5842     0.7629 0.140 0.860
#> SRR1409854     2  0.9754     0.0939 0.408 0.592
#> SRR1435229     1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR1085996     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1414229     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1400974     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.7056     0.8074 0.808 0.192
#> SRR613927      2  0.9044     0.3719 0.320 0.680
#> SRR1457854     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1473714     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR813776      2  0.9608     0.1799 0.384 0.616
#> SRR808196      1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR614395      1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1478251     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.6973     0.7303 0.188 0.812
#> SRR1362310     1  0.7056     0.8074 0.808 0.192
#> SRR665310      2  0.1184     0.8337 0.016 0.984
#> SRR1420109     2  0.9286     0.3051 0.344 0.656
#> SRR1330920     1  0.9608     0.5640 0.616 0.384
#> SRR1419539     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1359447     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1347259     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR613915      2  0.6973     0.6473 0.188 0.812
#> SRR1384395     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR821715      2  0.1633     0.8290 0.024 0.976
#> SRR1478228     1  0.7056     0.8074 0.808 0.192
#> SRR1445637     1  0.8207     0.7550 0.744 0.256
#> SRR608150      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1096383     1  0.9850     0.4668 0.572 0.428
#> SRR1341480     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1341344     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1326270     2  0.8144     0.5314 0.252 0.748
#> SRR1498838     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1416313     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR808566      1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1430270     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR613533      2  0.0672     0.8375 0.008 0.992
#> SRR661267      2  0.9686     0.1383 0.396 0.604
#> SRR810665      2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1407250     2  0.9710     0.1240 0.400 0.600
#> SRR1420067     1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR1473632     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR812536      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.9552     0.5134 0.376 0.624
#> SRR1486195     2  0.3274     0.8111 0.060 0.940
#> SRR1407671     1  0.7528     0.5488 0.784 0.216
#> SRR1446375     2  0.9635     0.1669 0.388 0.612
#> SRR1465230     1  0.0672     0.7976 0.992 0.008
#> SRR614119      1  0.9909     0.4264 0.556 0.444
#> SRR1356101     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.9087     0.6657 0.676 0.324
#> SRR1392676     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR665538      1  0.8909     0.6894 0.692 0.308
#> SRR660510      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1445655     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR658953      1  0.7453     0.7969 0.788 0.212
#> SRR2166459     1  0.7674     0.7868 0.776 0.224
#> SRR1070713     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1485312     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1317631     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1488610     1  0.3114     0.8093 0.944 0.056
#> SRR1330588     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1316367     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1433926     1  0.7219     0.8044 0.800 0.200
#> SRR1091302     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR818263      1  0.9686     0.5396 0.604 0.396
#> SRR1404909     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR663076      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1323577     2  0.8499     0.6541 0.276 0.724
#> SRR1442422     1  0.0672     0.7976 0.992 0.008
#> SRR1465893     1  0.6531     0.8131 0.832 0.168
#> SRR654862      1  0.9795     0.4952 0.584 0.416
#> SRR1407112     1  0.0672     0.7976 0.992 0.008
#> SRR1332969     2  0.1414     0.8314 0.020 0.980
#> SRR1353199     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1378885     2  0.7815     0.5710 0.232 0.768
#> SRR665357      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1501020     2  0.6148     0.6990 0.152 0.848
#> SRR1347819     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.7453     0.7129 0.212 0.788
#> SRR1472576     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1431781     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1452270     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1500472     2  0.1184     0.8343 0.016 0.984
#> SRR1417632     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1350153     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1458113     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1349363     1  0.5946     0.6641 0.856 0.144
#> SRR1096712     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1090407     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1083752     1  0.9686     0.0975 0.604 0.396
#> SRR1377599     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1488449     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1318354     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1359062     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.5059     0.8140 0.888 0.112
#> SRR663783      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1319204     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.8763     0.6306 0.296 0.704
#> SRR615659      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1337449     2  0.7219     0.7219 0.200 0.800
#> SRR1316982     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1498595     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1377423     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1312310     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1485613     1  0.8267     0.7506 0.740 0.260
#> SRR1338426     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1353309     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR658941      2  0.0938     0.8362 0.012 0.988
#> SRR1101643     1  0.2043     0.8062 0.968 0.032
#> SRR1401468     1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1368874     2  0.6148     0.7548 0.152 0.848
#> SRR1324085     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1363858     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR819820      2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1337342     1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR655206      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1387013     1  0.9954    -0.1231 0.540 0.460
#> SRR1317410     1  0.7056     0.8074 0.808 0.192
#> SRR608198      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1440161     2  0.3431     0.8090 0.064 0.936
#> SRR1343741     2  0.9286     0.5653 0.344 0.656
#> SRR1381288     2  0.7815     0.6973 0.232 0.768
#> SRR1415379     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.6973     0.7302 0.188 0.812
#> SRR663197      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1394836     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR661699      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR813680      2  0.9775     0.0783 0.412 0.588
#> SRR1410678     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1378109     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1499174     1  0.7528     0.7937 0.784 0.216
#> SRR1311486     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1382851     1  0.9087     0.3099 0.676 0.324
#> SRR1433410     1  0.7139     0.8059 0.804 0.196
#> SRR661167      2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1432518     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR660462      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.6438     0.7640 0.836 0.164
#> SRR657949      2  0.9710     0.1240 0.400 0.600
#> SRR1308882     1  0.0376     0.7988 0.996 0.004
#> SRR655768      1  0.7745     0.7835 0.772 0.228
#> SRR1485870     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1444138     2  0.9988    -0.1964 0.480 0.520
#> SRR1417342     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1091380     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1099096     1  0.6973     0.8087 0.812 0.188
#> SRR1313583     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1485416     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR818821      2  0.0672     0.8375 0.008 0.992
#> SRR809963      1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1072247     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1353710     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1445259     2  0.7883     0.5645 0.236 0.764
#> SRR1408393     2  0.9815     0.0462 0.420 0.580
#> SRR1361522     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1368597     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1309680     1  0.9996    -0.2101 0.512 0.488
#> SRR1310542     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1406437     2  0.2603     0.8164 0.044 0.956
#> SRR1354931     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1391856     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1446738     2  0.7528     0.7101 0.216 0.784
#> SRR1309032     2  0.6712     0.7384 0.176 0.824
#> SRR1388145     2  0.7528     0.7100 0.216 0.784
#> SRR1432611     2  0.7219     0.7219 0.200 0.800
#> SRR815869      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR613150      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1375329     2  0.3879     0.7856 0.076 0.924
#> SRR1387921     1  0.6148     0.8145 0.848 0.152
#> SRR1466792     2  0.5408     0.7732 0.124 0.876
#> SRR1360478     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1360695     1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR812943      1  0.3879     0.8114 0.924 0.076
#> SRR1400910     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1444203     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR816177      2  0.9922     0.3719 0.448 0.552
#> SRR658754      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1397366     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1446028     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1083918     2  0.9427     0.5403 0.360 0.640
#> SRR1337606     1  0.6887     0.8102 0.816 0.184
#> SRR659109      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.6148     0.8146 0.848 0.152
#> SRR656946      1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR1476102     1  0.5946     0.8148 0.856 0.144
#> SRR1476447     1  0.6887     0.8099 0.816 0.184
#> SRR1342067     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1385389     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR614419      1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1322936     1  0.6623     0.8129 0.828 0.172
#> SRR1349121     1  0.8207     0.7550 0.744 0.256
#> SRR1430549     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR612935      2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR661481      2  0.9286     0.5653 0.344 0.656
#> SRR1354117     2  0.5629     0.7682 0.132 0.868
#> SRR1393596     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1452164     1  0.7745     0.7833 0.772 0.228
#> SRR1070503     2  0.5408     0.7341 0.124 0.876
#> SRR1499894     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.6438     0.8142 0.836 0.164
#> SRR1468271     1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1332443     1  0.3879     0.8114 0.924 0.076
#> SRR810295      2  0.6801     0.7357 0.180 0.820
#> SRR662103      1  0.7219     0.8044 0.800 0.200
#> SRR1328620     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1396294     1  0.5737     0.7302 0.864 0.136
#> SRR1419917     1  0.6801     0.8109 0.820 0.180
#> SRR662114      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1489199     2  0.9833     0.0295 0.424 0.576
#> SRR813584      2  0.9866     0.4069 0.432 0.568
#> SRR1069638     2  0.1184     0.8338 0.016 0.984
#> SRR614864      2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1433392     1  0.9970     0.3606 0.532 0.468
#> SRR1377777     1  0.9850    -0.0140 0.572 0.428
#> SRR2167710     1  0.8144     0.7593 0.748 0.252
#> SRR1401252     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1309963     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.6973     0.8086 0.812 0.188
#> SRR1418628     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1486889     1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1380393     1  0.6712     0.8118 0.824 0.176
#> SRR1319731     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1356468     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.6531     0.7439 0.168 0.832
#> SRR1486520     1  0.7528     0.7937 0.784 0.216
#> SRR1486538     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0376     0.7988 0.996 0.004
#> SRR1377696     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1465459     2  0.7219     0.6280 0.200 0.800
#> SRR1080270     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1312501     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1093148     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1467080     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.7883     0.6938 0.236 0.764
#> SRR816475      1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1379198     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1452246     2  0.9998     0.2611 0.492 0.508
#> SRR1338836     2  0.9491     0.5270 0.368 0.632
#> SRR1369129     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR813824      2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1082376     1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1500891     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR807543      2  0.9732     0.1091 0.404 0.596
#> SRR1091572     1  0.9580     0.5716 0.620 0.380
#> SRR1346689     1  0.0672     0.7976 0.992 0.008
#> SRR1332424     1  0.6148     0.8146 0.848 0.152
#> SRR663729      1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.7453     0.7969 0.788 0.212
#> SRR613675      1  0.6623     0.8129 0.828 0.172
#> SRR1485357     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR655816      2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1500113     1  0.7139     0.8059 0.804 0.196
#> SRR1437622     1  0.7745     0.5269 0.772 0.228
#> SRR1355172     2  0.9815     0.0461 0.420 0.580
#> SRR655531      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1338147     2  0.0672     0.8375 0.008 0.992
#> SRR1413329     2  0.8763     0.4329 0.296 0.704
#> SRR1485931     2  0.9970     0.3238 0.468 0.532
#> SRR1420873     1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR1333308     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.8909     0.6895 0.692 0.308
#> SRR1467316     1  0.9944    -0.1100 0.544 0.456
#> SRR809018      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.7745     0.7006 0.228 0.772
#> SRR663440      2  0.2236     0.8202 0.036 0.964
#> SRR1471755     1  0.9993    -0.1984 0.516 0.484
#> SRR808019      2  0.9775     0.0783 0.412 0.588
#> SRR1479133     2  0.0672     0.8375 0.008 0.992
#> SRR615069      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1350069     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.7950     0.7717 0.760 0.240
#> SRR664795      2  0.9933    -0.0895 0.452 0.548
#> SRR1490721     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR810643      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1430333     2  0.6438     0.6817 0.164 0.836
#> SRR1085285     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1099072     2  0.1633     0.8290 0.024 0.976
#> SRR1317985     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1487340     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1420276     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1351347     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1405525     1  0.5519     0.8147 0.872 0.128
#> SRR1370329     1  0.5629     0.8147 0.868 0.132
#> SRR1465001     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1476525     2  0.8955     0.6102 0.312 0.688
#> SRR819610      1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR2157314     1  0.7219     0.8044 0.800 0.200
#> SRR1409465     2  0.7528     0.7100 0.216 0.784
#> SRR809987      1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR613639      2  0.7299     0.6213 0.204 0.796
#> SRR1402285     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1405660     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1095455     2  0.7139     0.6414 0.196 0.804
#> SRR1394734     2  0.9608     0.4993 0.384 0.616
#> SRR1317771     1  0.7528     0.7937 0.784 0.216
#> SRR1365894     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1073581     1  0.9954     0.3834 0.540 0.460
#> SRR659804      1  0.7219     0.8044 0.800 0.200
#> SRR1345914     2  0.7528     0.7102 0.216 0.784
#> SRR1432186     2  0.9248     0.5713 0.340 0.660
#> SRR1473529     1  0.5842     0.6695 0.860 0.140
#> SRR660764      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.8016     0.7676 0.756 0.244
#> SRR1328845     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1336415     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1459190     2  0.6531     0.6771 0.168 0.832
#> SRR1346773     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1499521     1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1440898     2  0.7815     0.6973 0.232 0.768
#> SRR1347459     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.7815     0.6975 0.232 0.768
#> SRR1400202     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1333395     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1309248     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR809161      2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1316320     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1432629     2  0.9754     0.4552 0.408 0.592
#> SRR1498931     1  0.7219     0.8044 0.800 0.200
#> SRR1416578     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1405547     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1309160     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR663489      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.7219     0.8044 0.800 0.200
#> SRR1078489     2  0.7219     0.6282 0.200 0.800
#> SRR1332648     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1470420     2  0.6623     0.7411 0.172 0.828
#> SRR1475566     1  0.6343     0.8139 0.840 0.160
#> SRR1477949     1  0.7139     0.8059 0.804 0.196
#> SRR1481419     2  0.8016     0.6867 0.244 0.756
#> SRR1464766     1  0.9460     0.6005 0.636 0.364
#> SRR615946      2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1446481     2  0.8555     0.6497 0.280 0.720
#> SRR1467656     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1402962     1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR660224      2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR665586      1  0.6801     0.8109 0.820 0.180
#> SRR1347166     1  0.8955     0.6839 0.688 0.312
#> SRR1485722     2  0.9710     0.1240 0.400 0.600
#> SRR1415316     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR613390      1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR661108      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR2170173     2  0.9833     0.0294 0.424 0.576
#> SRR817329      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1401990     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1467745     2  0.9963     0.3347 0.464 0.536
#> SRR1471795     2  0.9393     0.5467 0.356 0.644
#> SRR1415637     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR813137      1  0.9635     0.5562 0.612 0.388
#> SRR1314873     1  0.6531     0.8132 0.832 0.168
#> SRR1401211     1  0.7453     0.7969 0.788 0.212
#> SRR1419692     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR818797      2  0.6973     0.6474 0.188 0.812
#> SRR2164608     2  0.1633     0.8290 0.024 0.976
#> SRR1455586     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR819459      2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1488939     1  0.9754     0.0571 0.592 0.408
#> SRR1433232     2  0.9850     0.4152 0.428 0.572
#> SRR1385501     1  0.9977     0.3488 0.528 0.472
#> SRR1361652     1  0.3114     0.8094 0.944 0.056
#> SRR1437119     1  0.6343     0.8142 0.840 0.160
#> SRR1478547     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1430910     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.6801     0.8109 0.820 0.180
#> SRR1500216     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988
#> SRR1480854     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1489394     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1473058     1  0.9522     0.1738 0.628 0.372
#> SRR1405165     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR1471477     1  0.9580     0.5716 0.620 0.380
#> SRR1098567     2  0.6623     0.7411 0.172 0.828
#> SRR1098712     1  0.1843     0.7910 0.972 0.028
#> SRR1455038     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1375248     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1403005     2  0.1184     0.8337 0.016 0.984
#> SRR1348378     2  0.7299     0.7188 0.204 0.796
#> SRR1413541     1  0.6887     0.8099 0.816 0.184
#> SRR1392943     1  0.0000     0.8002 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1432085     2  0.3584     0.8069 0.068 0.932
#> SRR1452468     1  0.8267     0.7508 0.740 0.260
#> SRR1347060     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1447962     2  0.6343     0.7494 0.160 0.840
#> SRR1444324     2  0.0376     0.8384 0.004 0.996
#> SRR1415004     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1413436     1  0.7376     0.7999 0.792 0.208
#> SRR1311266     1  0.7528     0.7937 0.784 0.216
#> SRR1343302     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1373746     1  0.6623     0.8126 0.828 0.172
#> SRR1429678     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1469413     2  0.6531     0.7439 0.168 0.832
#> SRR1405331     2  0.7219     0.6282 0.200 0.800
#> SRR1345609     1  0.0376     0.8013 0.996 0.004
#> SRR1380208     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1322840     1  0.0376     0.7988 0.996 0.004
#> SRR1399797     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1416654     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1315081     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1369196     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR1365291     2  0.1414     0.8314 0.020 0.980
#> SRR1367920     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1366648     2  0.0000     0.8397 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.6712     0.7384 0.176 0.824
#> SRR1082173     2  0.1184     0.8338 0.016 0.984
#> SRR1363968     1  0.7602     0.7903 0.780 0.220
#> SRR814387      1  0.7299     0.8025 0.796 0.204
#> SRR657599      2  0.9833     0.0294 0.424 0.576
#> SRR1386689     1  0.0376     0.7988 0.996 0.004
#> SRR1395575     2  0.0672     0.8375 0.008 0.992
#> SRR1453811     2  0.5629     0.7245 0.132 0.868
#> SRR1441159     1  0.6148     0.8145 0.848 0.152
#> SRR1403154     1  0.0938     0.7963 0.988 0.012
#> SRR1468722     2  0.0376     0.8392 0.004 0.996
#> SRR1310275     2  0.0938     0.8356 0.012 0.988

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0747    0.95576 0.984 0.000 0.016
#> SRR1331708     1  0.3941    0.79865 0.844 0.156 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR661589      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.6126    0.29560 0.600 0.400 0.000
#> SRR1094457     2  0.0424    0.94934 0.008 0.992 0.000
#> SRR1095575     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486845     2  0.0237    0.95191 0.004 0.996 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0592    0.96436 0.012 0.000 0.988
#> SRR613550      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR820755      1  0.2261    0.90931 0.932 0.000 0.068
#> SRR1485830     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.1031    0.94809 0.976 0.024 0.000
#> SRR612263      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421327     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.1529    0.93342 0.960 0.040 0.000
#> SRR1452935     3  0.2261    0.91180 0.068 0.000 0.932
#> SRR1379495     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR661361      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     3  0.2448    0.90674 0.000 0.076 0.924
#> SRR1409854     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.0424    0.96782 0.008 0.000 0.992
#> SRR1400974     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.3412    0.84910 0.876 0.000 0.124
#> SRR1457854     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR813776      1  0.2711    0.89003 0.912 0.000 0.088
#> SRR808196      1  0.1964    0.91696 0.944 0.056 0.000
#> SRR1101085     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     2  0.4654    0.74917 0.208 0.792 0.000
#> SRR1370551     3  0.6260    0.20050 0.000 0.448 0.552
#> SRR1362310     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     1  0.2066    0.91533 0.940 0.000 0.060
#> SRR1330920     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359447     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347259     2  0.0237    0.95191 0.004 0.996 0.000
#> SRR613915      3  0.0747    0.96086 0.016 0.000 0.984
#> SRR1384395     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.3038    0.87229 0.104 0.000 0.896
#> SRR1498838     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     1  0.5291    0.61094 0.732 0.268 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      1  0.5785    0.51239 0.668 0.000 0.332
#> SRR810665      2  0.0424    0.94836 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407250     1  0.0424    0.96233 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420067     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     3  0.0237    0.97114 0.000 0.004 0.996
#> SRR1407671     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465230     2  0.0237    0.95191 0.004 0.996 0.000
#> SRR614119      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     2  0.5098    0.68972 0.248 0.752 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.0424    0.94934 0.008 0.992 0.000
#> SRR818263      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     2  0.2537    0.89316 0.080 0.920 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.4121    0.80078 0.168 0.832 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.3619    0.83331 0.136 0.000 0.864
#> SRR665357      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0237    0.97089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1347819     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.4504    0.74528 0.804 0.000 0.196
#> SRR1417632     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359062     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.6244    0.20330 0.560 0.440 0.000
#> SRR663783      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0237    0.95138 0.000 0.996 0.004
#> SRR1316982     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0892    0.93838 0.000 0.980 0.020
#> SRR1485613     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     3  0.4235    0.79032 0.000 0.176 0.824
#> SRR1324085     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     2  0.6192    0.32264 0.420 0.580 0.000
#> SRR819820      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     2  0.6079    0.40509 0.388 0.612 0.000
#> SRR1099622     3  0.6302    0.06745 0.000 0.480 0.520
#> SRR663197      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR661699      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR813680      1  0.2066    0.91671 0.940 0.000 0.060
#> SRR1410678     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.0424    0.94934 0.008 0.992 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.9736    0.00928 0.416 0.356 0.228
#> SRR657949      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308882     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.0237    0.95190 0.004 0.996 0.000
#> SRR1091380     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.1964    0.91668 0.944 0.056 0.000
#> SRR1467102     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485416     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.0424    0.94934 0.008 0.992 0.000
#> SRR1445259     1  0.0424    0.96210 0.992 0.000 0.008
#> SRR1408393     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     3  0.0661    0.96571 0.008 0.004 0.988
#> SRR1354931     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391856     3  0.5760    0.53500 0.000 0.328 0.672
#> SRR1446738     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     3  0.4974    0.70074 0.000 0.236 0.764
#> SRR1388145     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     1  0.2537    0.89738 0.920 0.000 0.080
#> SRR1387921     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     3  0.2625    0.89868 0.000 0.084 0.916
#> SRR1360478     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.7552    0.40099 0.352 0.596 0.052
#> SRR1444203     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     2  0.5733    0.52487 0.324 0.676 0.000
#> SRR659109      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     2  0.1643    0.92291 0.044 0.956 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0592    0.95884 0.988 0.012 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     3  0.0892    0.95861 0.000 0.020 0.980
#> SRR1393596     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.1860    0.92792 0.052 0.000 0.948
#> SRR1499894     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.1529    0.93332 0.960 0.040 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.3551    0.82013 0.000 0.868 0.132
#> SRR662103      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396294     2  0.9285    0.17521 0.392 0.448 0.160
#> SRR1419917     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.2878    0.88228 0.096 0.000 0.904
#> SRR614864      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401252     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     2  0.4750    0.73785 0.216 0.784 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.6154    0.27102 0.592 0.408 0.000
#> SRR1337010     2  0.2796    0.86709 0.000 0.908 0.092
#> SRR1486520     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.3340    0.85432 0.120 0.880 0.000
#> SRR1340486     2  0.4291    0.78598 0.180 0.820 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.1643    0.93531 0.044 0.000 0.956
#> SRR1080270     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467080     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     2  0.6180    0.33072 0.416 0.584 0.000
#> SRR613342      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     2  0.1031    0.93783 0.024 0.976 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.0424    0.96225 0.992 0.000 0.008
#> SRR1091572     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      2  0.4121    0.80126 0.168 0.832 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.4452    0.75980 0.808 0.000 0.192
#> SRR655531      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     1  0.3192    0.86355 0.888 0.000 0.112
#> SRR1485931     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.2066    0.91035 0.060 0.940 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.5016    0.68644 0.760 0.000 0.240
#> SRR1479133     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350069     1  0.6307   -0.01339 0.512 0.488 0.000
#> SRR816316      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.1643    0.93131 0.956 0.000 0.044
#> SRR1490721     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.4121    0.78646 0.168 0.000 0.832
#> SRR1085285     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR613639      3  0.1163    0.94992 0.028 0.000 0.972
#> SRR1402285     1  0.6308   -0.02878 0.508 0.492 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     1  0.0424    0.96207 0.992 0.000 0.008
#> SRR1394734     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.0592    0.95906 0.988 0.000 0.012
#> SRR659804      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.3644    0.83505 0.872 0.124 0.004
#> SRR1336415     2  0.3619    0.83749 0.136 0.864 0.000
#> SRR1379065     2  0.1753    0.91994 0.048 0.952 0.000
#> SRR1459190     3  0.0747    0.96086 0.016 0.000 0.984
#> SRR1346773     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.0237    0.95191 0.004 0.996 0.000
#> SRR1309248     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR809161      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316320     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.6192    0.31934 0.420 0.580 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     2  0.4750    0.73789 0.216 0.784 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.6204    0.24732 0.424 0.000 0.576
#> SRR1332648     2  0.2959    0.87418 0.100 0.900 0.000
#> SRR660614      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470420     3  0.5859    0.49601 0.000 0.344 0.656
#> SRR1475566     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.4452    0.77067 0.192 0.808 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      3  0.0592    0.96468 0.012 0.000 0.988
#> SRR2164608     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455586     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR819459      3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.1529    0.93374 0.960 0.040 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0237    0.96520 0.996 0.004 0.000
#> SRR1486762     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480854     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     2  0.3619    0.83731 0.136 0.864 0.000
#> SRR1340221     2  0.5138    0.68316 0.252 0.748 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     3  0.5706    0.54527 0.000 0.320 0.680
#> SRR1098712     2  0.5621    0.58356 0.308 0.692 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403005     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.5138    0.68306 0.252 0.748 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432085     3  0.0424    0.96788 0.000 0.008 0.992
#> SRR1452468     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447962     3  0.0747    0.96118 0.000 0.016 0.984
#> SRR1444324     3  0.0892    0.95859 0.000 0.020 0.980
#> SRR1415004     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     3  0.2878    0.88058 0.000 0.096 0.904
#> SRR1405331     1  0.6286    0.13356 0.536 0.000 0.464
#> SRR1345609     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322840     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367920     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0747    0.95587 0.984 0.000 0.016
#> SRR1386689     2  0.1860    0.91677 0.052 0.948 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.0237    0.97089 0.004 0.000 0.996
#> SRR1441159     1  0.0000    0.96834 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.0000    0.95424 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000    0.97395 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.5632    0.46639 0.624 0.000 0.340 0.036
#> SRR1331708     2  0.3356    0.74543 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0524    0.93598 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1454201     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR661589      3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1456229     1  0.0188    0.93557 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0707    0.93449 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1488960     1  0.0592    0.93580 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1417809     4  0.0336    0.92310 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1094457     4  0.0188    0.93034 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1095575     1  0.0188    0.93557 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0657    0.93584 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1430066     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0336    0.91395 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR818002      4  0.2814    0.88928 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1344143     2  0.0469    0.88053 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1486845     4  0.1302    0.93471 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1362866     1  0.0592    0.93286 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0657    0.93584 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1446627     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1456138     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416248     1  0.1389    0.92848 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1383907     4  0.2149    0.92090 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1311018     1  0.2149    0.90924 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1375699     2  0.3486    0.72422 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1429846     3  0.4456    0.61338 0.280 0.004 0.716 0.000
#> SRR613550      3  0.5143    0.15335 0.456 0.004 0.540 0.000
#> SRR1348402     1  0.0336    0.93606 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345146     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.5203    0.24598 0.576 0.008 0.416 0.000
#> SRR820755      1  0.1059    0.92919 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1485830     4  0.0592    0.93385 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR599313      1  0.0469    0.93452 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0592    0.93370 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1326205     4  0.0469    0.93300 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1421327     4  0.2589    0.90380 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1083311     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.2081    0.92276 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1079522     2  0.3873    0.67940 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.1174    0.92669 0.968 0.012 0.020 0.000
#> SRR1379495     1  0.2266    0.91170 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1470459     3  0.1118    0.89108 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR661361      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0592    0.93286 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0469    0.93584 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1455195     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.1211    0.93100 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1335140     2  0.0817    0.87880 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1433555     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.2081    0.91158 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1317446     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR809853      1  0.0592    0.93370 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1499935     4  0.2081    0.92276 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1447303     3  0.1792    0.86923 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1429408     4  0.2149    0.92090 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1433950     1  0.0336    0.93519 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.2053    0.84402 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR1409854     1  0.0657    0.93389 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1435229     1  0.0592    0.93286 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0592    0.93370 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.4542    0.68487 0.228 0.752 0.020 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.2266    0.91170 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR613927      1  0.0895    0.93144 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1457854     1  0.2053    0.91866 0.924 0.004 0.000 0.072
#> SRR1473714     4  0.0779    0.91327 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR813776      1  0.0672    0.93373 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR808196      4  0.0592    0.91662 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1101085     4  0.2081    0.92276 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR614395      1  0.0524    0.93598 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1478251     4  0.0188    0.92622 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1370551     3  0.3836    0.73653 0.000 0.168 0.816 0.016
#> SRR1362310     1  0.1792    0.92045 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR665310      3  0.4819    0.48312 0.344 0.004 0.652 0.000
#> SRR1420109     1  0.0779    0.93318 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1330920     1  0.0592    0.93370 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.4560    0.55535 0.004 0.296 0.700 0.000
#> SRR1347259     4  0.1302    0.93471 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR613915      1  0.4304    0.58240 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0524    0.91193 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1478228     1  0.1389    0.92851 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1445637     1  0.0895    0.93538 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR608150      1  0.4967    0.14382 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.2843    0.90123 0.892 0.000 0.020 0.088
#> SRR1341480     4  0.2216    0.91872 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1341344     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.1902    0.86546 0.064 0.004 0.932 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.1867    0.92788 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1430270     4  0.0469    0.91971 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1367825     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.4585    0.55681 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR661267      3  0.5000   -0.00812 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR810665      2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1407250     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0336    0.93463 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0779    0.93582 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR812536      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     4  0.3024    0.87391 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1486195     3  0.3569    0.71771 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1407671     2  0.0657    0.88035 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1446375     1  0.0937    0.93502 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1465230     4  0.0188    0.93034 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR614119      1  0.1867    0.91865 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1356101     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0895    0.93551 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1392676     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR665538      1  0.2149    0.90909 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR660510      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.1792    0.92919 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR658953      1  0.4008    0.68484 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0895    0.93538 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1070713     2  0.0657    0.88070 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1485312     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0188    0.92622 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1488610     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.1305    0.93217 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR1091302     4  0.1211    0.93502 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR818263      1  0.0469    0.93452 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.2647    0.89979 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR663076      1  0.2281    0.90365 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1323577     2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1442422     4  0.0592    0.93399 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1465893     1  0.2760    0.87633 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR654862      1  0.0592    0.93370 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1407112     4  0.0188    0.92622 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1332969     3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1353199     3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1378885     1  0.3908    0.71960 0.784 0.004 0.212 0.000
#> SRR665357      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0657    0.88070 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1501020     3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.1557    0.85862 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1472576     4  0.2216    0.91872 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1431781     4  0.1637    0.93150 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1452270     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.1022    0.92543 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1417632     4  0.2760    0.89287 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1350153     2  0.0895    0.88003 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1458113     2  0.5816    0.60074 0.088 0.688 0.224 0.000
#> SRR1326579     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.1022    0.87479 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1096712     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.2647    0.89995 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1377599     4  0.3837    0.77342 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1488449     3  0.0376    0.91486 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1318354     3  0.6280    0.44633 0.084 0.304 0.612 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     2  0.2647    0.79802 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR663783      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.4888    0.29491 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1369070     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR615659      1  0.1978    0.92062 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR1337449     2  0.1488    0.86974 0.000 0.956 0.032 0.012
#> SRR1316982     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.2647    0.89995 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1377423     3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312310     2  0.0779    0.88088 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1485613     1  0.0921    0.93401 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1338426     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.0188    0.91602 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1101643     1  0.1743    0.92513 0.940 0.004 0.000 0.056
#> SRR1401468     1  0.2011    0.91401 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1368874     2  0.0672    0.87939 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1324085     4  0.1792    0.92919 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1363858     4  0.0804    0.92632 0.012 0.008 0.000 0.980
#> SRR819820      3  0.0336    0.91349 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1337342     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.4972    0.16665 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1387013     2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1317410     1  0.1118    0.93208 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR608198      1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1440161     3  0.0188    0.91604 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1343741     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1381288     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1415379     4  0.0188    0.92622 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1099622     3  0.4050    0.73081 0.000 0.036 0.820 0.144
#> SRR663197      3  0.0188    0.91618 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1394836     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.3680    0.81322 0.828 0.004 0.160 0.008
#> SRR1410678     1  0.2081    0.91158 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1378109     4  0.0469    0.93291 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1499174     1  0.0524    0.93598 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1311486     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1382851     2  0.4843    0.30603 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1433410     1  0.0592    0.93286 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.3591    0.76932 0.168 0.008 0.824 0.000
#> SRR660462      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.1004    0.91902 0.004 0.000 0.024 0.972
#> SRR657949      1  0.0657    0.93389 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1308882     4  0.1716    0.93046 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR655768      1  0.0921    0.93399 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1485870     4  0.3801    0.77830 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1444138     1  0.0469    0.93584 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1417342     1  0.2216    0.90644 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1470193     4  0.1302    0.93471 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1091380     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.1940    0.91639 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1313583     4  0.0469    0.91971 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1467102     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.2081    0.92276 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR818821      3  0.3172    0.78187 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR809963      1  0.0524    0.93598 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1072247     1  0.2011    0.91401 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1353710     4  0.1302    0.93471 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1445259     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0524    0.93462 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1361522     1  0.2053    0.91863 0.924 0.004 0.000 0.072
#> SRR1368597     1  0.1398    0.93073 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR1309680     2  0.4916    0.21403 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1310542     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.1792    0.92919 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1406437     4  0.3945    0.68457 0.004 0.000 0.216 0.780
#> SRR1354931     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391856     3  0.2224    0.86614 0.000 0.040 0.928 0.032
#> SRR1446738     4  0.2530    0.91443 0.000 0.100 0.004 0.896
#> SRR1309032     2  0.1635    0.86287 0.000 0.948 0.044 0.008
#> SRR1388145     4  0.5696    0.07499 0.000 0.480 0.024 0.496
#> SRR1432611     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR815869      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     2  0.2647    0.79523 0.120 0.880 0.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.2149    0.90924 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1466792     2  0.1209    0.86897 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR1360478     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1360695     1  0.2216    0.90644 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR812943      1  0.2281    0.87876 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.2149    0.82031 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0707    0.93449 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR816177      4  0.2408    0.91165 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR658754      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.1389    0.93409 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1397366     3  0.3157    0.78395 0.144 0.004 0.852 0.000
#> SRR1446028     1  0.0469    0.93584 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1083918     4  0.2868    0.88586 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1337606     2  0.2216    0.81738 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.2266    0.91170 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1476102     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0336    0.93463 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.1716    0.93046 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1385389     4  0.0469    0.93291 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1075971     1  0.0469    0.93619 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614419      1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.4331    0.58109 0.712 0.288 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.1792    0.92044 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1430549     1  0.0376    0.93583 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR612935      3  0.6785    0.29727 0.108 0.352 0.540 0.000
#> SRR661481      2  0.4713    0.40671 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1354117     2  0.1557    0.85247 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1393596     4  0.2081    0.92276 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1452164     1  0.0657    0.93584 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1070503     1  0.2402    0.88080 0.912 0.012 0.076 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     2  0.4989    0.12255 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.2081    0.91158 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1332443     1  0.1302    0.92969 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR810295      2  0.0779    0.88088 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR662103      1  0.1978    0.92066 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR1328620     3  0.2909    0.83608 0.092 0.020 0.888 0.000
#> SRR1396294     4  0.0779    0.91866 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1419917     1  0.0524    0.93598 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR662114      3  0.4710    0.74985 0.088 0.120 0.792 0.000
#> SRR1489199     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR813584      4  0.2469    0.90892 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1069638     1  0.0707    0.93280 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR614864      3  0.4277    0.63923 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1433392     1  0.0524    0.93598 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1377777     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR2167710     1  0.1940    0.91631 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1401252     4  0.2149    0.92090 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1309963     4  0.0000    0.92861 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.1978    0.92062 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR1418628     2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1486889     1  0.1847    0.92656 0.940 0.004 0.004 0.052
#> SRR1380393     1  0.2281    0.90365 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1319731     1  0.1940    0.91631 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1356468     4  0.0469    0.92030 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1337010     2  0.0672    0.87939 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1486520     1  0.0336    0.93463 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.1118    0.93524 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1340486     4  0.0000    0.92861 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.2011    0.83986 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1465459     1  0.3626    0.75620 0.812 0.004 0.184 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.4193    0.65542 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1093148     3  0.0937    0.90472 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     4  0.4509    0.65915 0.000 0.288 0.004 0.708
#> SRR816475      4  0.1389    0.93409 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR1379198     4  0.0188    0.92622 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR613342      3  0.2408    0.83855 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1452246     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1338836     2  0.0817    0.87880 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1369129     4  0.0817    0.93489 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1396616     3  0.0376    0.91486 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR813824      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0336    0.93519 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.2081    0.92276 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR807543      1  0.0524    0.93462 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1091572     1  0.0469    0.93452 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.1940    0.92627 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1332424     1  0.0707    0.93150 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR663729      4  0.2882    0.90076 0.024 0.084 0.000 0.892
#> SRR1097013     1  0.1489    0.92993 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR613675      1  0.2149    0.87814 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000    0.92861 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.1867    0.91846 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1437622     4  0.2345    0.91420 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1355172     3  0.5939    0.58933 0.248 0.000 0.668 0.084
#> SRR655531      1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.1452    0.91639 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1485931     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1420873     1  0.1022    0.93308 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1333308     4  0.0376    0.92913 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1452033     1  0.2266    0.91170 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1467316     2  0.0469    0.88053 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR809018      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR663440      1  0.5203    0.22625 0.576 0.008 0.416 0.000
#> SRR1471755     4  0.2814    0.88928 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR808019      1  0.4454    0.57001 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1479133     3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615069      2  0.2984    0.81410 0.084 0.888 0.028 0.000
#> SRR1456185     2  0.7185    0.45800 0.000 0.540 0.284 0.176
#> SRR1350069     4  0.0336    0.92310 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR816316      1  0.0336    0.93519 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.4439    0.81556 0.808 0.004 0.140 0.048
#> SRR1490721     2  0.4632    0.51072 0.004 0.688 0.000 0.308
#> SRR810643      1  0.0376    0.93583 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1430333     1  0.5352    0.35114 0.596 0.388 0.016 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.4819    0.48476 0.344 0.004 0.652 0.000
#> SRR1317985     1  0.2266    0.91170 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1487340     1  0.0779    0.93578 0.980 0.004 0.000 0.016
#> SRR1420276     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.2197    0.85633 0.080 0.004 0.916 0.000
#> SRR1405525     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.2266    0.91170 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR1465001     1  0.1940    0.91631 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1476525     2  0.2973    0.77737 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR819610      4  0.2149    0.92090 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR2157314     1  0.1118    0.93224 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1409465     2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR809987      4  0.0779    0.91327 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR613639      3  0.4356    0.59388 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1402285     4  0.0188    0.92622 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1077038     1  0.0524    0.93598 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1405660     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.0707    0.93280 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1394734     4  0.2760    0.89287 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1317771     1  0.0376    0.93590 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1365894     2  0.4277    0.56759 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1073581     1  0.2840    0.90602 0.900 0.000 0.044 0.056
#> SRR659804      1  0.1211    0.93106 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1345914     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1432186     2  0.4746    0.38888 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1473529     2  0.5000   -0.05461 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR660764      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0524    0.93598 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1328845     4  0.0592    0.91662 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1336415     4  0.0188    0.92622 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1379065     4  0.1302    0.93471 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1459190     3  0.4509    0.59640 0.288 0.004 0.708 0.000
#> SRR1346773     1  0.0657    0.93490 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1499521     1  0.2081    0.91158 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1440898     2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1347459     3  0.1474    0.88204 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1081209     2  0.0469    0.88053 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1400202     1  0.2125    0.91643 0.920 0.004 0.000 0.076
#> SRR1333395     4  0.0592    0.93416 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1309248     2  0.2704    0.79713 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR809161      3  0.0707    0.90532 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1316320     2  0.0188    0.87720 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432629     2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1498931     1  0.2401    0.90658 0.904 0.004 0.000 0.092
#> SRR1416578     4  0.0336    0.92310 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1405547     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.92861 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0524    0.93547 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1309160     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.2760    0.87633 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1078489     1  0.1209    0.92664 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1332648     4  0.0707    0.93449 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR660614      2  0.2521    0.82952 0.064 0.912 0.024 0.000
#> SRR1470420     2  0.5281    0.14361 0.000 0.528 0.464 0.008
#> SRR1475566     1  0.1978    0.92062 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR1477949     1  0.1637    0.92381 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1481419     2  0.0707    0.88034 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1464766     1  0.0707    0.93532 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR615946      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     4  0.2921    0.88182 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1467656     2  0.5355    0.40505 0.000 0.620 0.360 0.020
#> SRR1402962     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0657    0.88071 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR665586      1  0.0336    0.93536 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0592    0.93286 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0336    0.93463 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0188    0.93557 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0188    0.93557 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0188    0.93557 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000    0.92861 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     4  0.2081    0.92276 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1471795     2  0.4431    0.53448 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1415637     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR813137      1  0.2125    0.91643 0.920 0.004 0.000 0.076
#> SRR1314873     1  0.0895    0.93562 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1401211     1  0.2469    0.89408 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1419692     4  0.0000    0.92861 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.3208    0.78239 0.148 0.004 0.848 0.000
#> SRR2164608     1  0.4897    0.46443 0.660 0.008 0.332 0.000
#> SRR1455586     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0469    0.88053 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1433232     2  0.0592    0.88123 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1385501     1  0.0592    0.93370 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1361652     2  0.2469    0.80521 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.2081    0.91158 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1478547     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     2  0.3015    0.80989 0.092 0.884 0.024 0.000
#> SRR1310584     1  0.0592    0.93568 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1500216     1  0.0336    0.93536 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1486762     3  0.0188    0.91636 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1480854     4  0.2216    0.91872 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1489394     4  0.0336    0.93172 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1418085     4  0.0188    0.93034 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1340221     4  0.0188    0.92672 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1473058     4  0.1792    0.92919 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1405165     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0336    0.93519 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.3074    0.85203 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1098567     2  0.0672    0.87939 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1098712     4  0.0376    0.92734 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1455038     1  0.0592    0.93370 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.5155    0.14871 0.468 0.004 0.528 0.000
#> SRR1348378     4  0.3082    0.90687 0.000 0.084 0.032 0.884
#> SRR1413541     1  0.0469    0.93452 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.1305    0.93548 0.004 0.036 0.000 0.960
#> SRR1475192     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     3  0.3444    0.73116 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR1452468     1  0.0592    0.93286 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447962     3  0.2530    0.81904 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1444324     2  0.4382    0.56197 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1415004     1  0.2081    0.91158 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1413436     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0469    0.93388 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0592    0.93385 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1373746     1  0.0592    0.93568 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1429678     1  0.1109    0.93400 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR1469413     3  0.1356    0.88546 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR1405331     1  0.0672    0.93373 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1345609     1  0.0707    0.93551 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1380208     2  0.0469    0.87132 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1322840     4  0.1022    0.93523 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1399797     3  0.0188    0.91618 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.1792    0.92045 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1365291     1  0.5263    0.11156 0.544 0.008 0.448 0.000
#> SRR1367920     4  0.3486    0.82582 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1366648     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0672    0.87939 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR1082173     1  0.4697    0.56302 0.696 0.008 0.296 0.000
#> SRR1363968     1  0.2081    0.91158 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR814387      1  0.1389    0.92851 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR657599      1  0.2773    0.85733 0.880 0.000 0.116 0.004
#> SRR1386689     4  0.0000    0.92861 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.4584    0.59478 0.300 0.004 0.696 0.000
#> SRR1441159     1  0.0657    0.93490 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1403154     4  0.0817    0.93494 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1468722     3  0.0000    0.91809 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.4990    0.41647 0.640 0.008 0.352 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     3  0.5278   0.265608 0.016 0.000 0.552 0.024 0.408
#> SRR1331708     5  0.3932   0.417593 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1464258     1  0.1430   0.701028 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1454201     5  0.0963   0.744575 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR661589      3  0.2929   0.803764 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.1430   0.701028 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1315165     4  0.0290   0.918087 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1488960     1  0.4522   0.658919 0.660 0.000 0.000 0.024 0.316
#> SRR1417809     4  0.2962   0.826853 0.084 0.000 0.000 0.868 0.048
#> SRR1094457     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.2280   0.748255 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1315931     1  0.1478   0.715894 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1430066     3  0.0510   0.878722 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.1270   0.871334 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.1764   0.865369 0.064 0.000 0.928 0.000 0.008
#> SRR818002      4  0.1043   0.910048 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1344143     2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486845     4  0.0290   0.918222 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1362866     5  0.1568   0.746152 0.020 0.036 0.000 0.000 0.944
#> SRR1490740     1  0.1792   0.744379 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1446627     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.4897   0.470611 0.516 0.000 0.000 0.024 0.460
#> SRR1383907     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1311018     1  0.4338   0.686063 0.696 0.000 0.000 0.024 0.280
#> SRR1375699     2  0.2952   0.804856 0.036 0.872 0.000 0.088 0.004
#> SRR1429846     3  0.4114   0.693523 0.272 0.000 0.712 0.000 0.016
#> SRR613550      1  0.3424   0.486447 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1348402     5  0.4906  -0.347762 0.480 0.000 0.000 0.024 0.496
#> SRR1345146     1  0.4166   0.646375 0.648 0.000 0.000 0.004 0.348
#> SRR1324025     3  0.2519   0.846114 0.100 0.000 0.884 0.000 0.016
#> SRR1318879     3  0.4950   0.115620 0.424 0.016 0.552 0.000 0.008
#> SRR820755      5  0.5165   0.507312 0.376 0.000 0.048 0.000 0.576
#> SRR1485830     4  0.0162   0.917746 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR599313      1  0.1430   0.701028 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR612263      1  0.1792   0.703610 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1415398     3  0.3336   0.756992 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.1493   0.892419 0.024 0.000 0.000 0.948 0.028
#> SRR1421327     4  0.1018   0.915409 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR1083311     3  0.0404   0.878980 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1079522     2  0.2519   0.775769 0.100 0.884 0.000 0.000 0.016
#> SRR1452935     5  0.4840   0.580889 0.320 0.000 0.040 0.000 0.640
#> SRR1379495     1  0.3496   0.733552 0.788 0.000 0.000 0.012 0.200
#> SRR1470459     3  0.3398   0.672385 0.000 0.216 0.780 0.000 0.004
#> SRR661361      3  0.2193   0.853343 0.092 0.000 0.900 0.000 0.008
#> SRR615778      5  0.3949   0.611664 0.300 0.000 0.004 0.000 0.696
#> SRR1447564     1  0.2513   0.746706 0.876 0.000 0.000 0.008 0.116
#> SRR1455195     5  0.1544   0.743106 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR655182      1  0.3519   0.730300 0.776 0.000 0.000 0.008 0.216
#> SRR1335140     2  0.0162   0.860044 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433555     3  0.0162   0.878646 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1308650     3  0.1285   0.862889 0.004 0.036 0.956 0.000 0.004
#> SRR1388354     1  0.4065   0.701421 0.720 0.000 0.000 0.016 0.264
#> SRR1317446     3  0.0000   0.877930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479955     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.1544   0.740658 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR661313      3  0.3715   0.719833 0.260 0.000 0.736 0.000 0.004
#> SRR1499935     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1447303     3  0.4583   0.732753 0.140 0.000 0.748 0.000 0.112
#> SRR1429408     4  0.0510   0.918326 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1433950     1  0.2424   0.741554 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1362081     2  0.2329   0.792809 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.2563   0.661901 0.872 0.000 0.008 0.000 0.120
#> SRR1435229     5  0.5429   0.320956 0.368 0.068 0.000 0.000 0.564
#> SRR1085996     1  0.2179   0.730640 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1414229     5  0.4085   0.627946 0.028 0.208 0.004 0.000 0.760
#> SRR1400974     3  0.0609   0.878609 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.2818   0.746793 0.856 0.000 0.000 0.012 0.132
#> SRR613927      1  0.1399   0.702272 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1457854     1  0.3690   0.725211 0.764 0.000 0.000 0.012 0.224
#> SRR1473714     4  0.4270   0.491049 0.320 0.000 0.000 0.668 0.012
#> SRR813776      1  0.2450   0.668512 0.896 0.000 0.028 0.000 0.076
#> SRR808196      4  0.4885   0.535577 0.056 0.000 0.000 0.668 0.276
#> SRR1101085     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR614395      1  0.1041   0.710522 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1478251     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.4310   0.396736 0.000 0.604 0.392 0.000 0.004
#> SRR1362310     1  0.4181   0.694577 0.712 0.000 0.000 0.020 0.268
#> SRR665310      1  0.2377   0.622606 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0671   0.713479 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1330920     1  0.3766   0.391521 0.728 0.000 0.004 0.000 0.268
#> SRR1419539     3  0.0865   0.867465 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR1359447     3  0.4551   0.139370 0.004 0.436 0.556 0.000 0.004
#> SRR1347259     4  0.1865   0.903277 0.032 0.024 0.000 0.936 0.008
#> SRR613915      1  0.5185   0.079360 0.568 0.000 0.384 0.000 0.048
#> SRR1384395     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR821715      3  0.3662   0.730436 0.252 0.000 0.744 0.000 0.004
#> SRR1478228     1  0.4757   0.597399 0.596 0.000 0.000 0.024 0.380
#> SRR1445637     1  0.0794   0.730079 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR608150      5  0.1430   0.743080 0.004 0.052 0.000 0.000 0.944
#> SRR1096383     1  0.5283   0.648435 0.636 0.000 0.032 0.024 0.308
#> SRR1341480     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1341344     5  0.2813   0.699284 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1326270     1  0.4235   0.000334 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0510   0.878722 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.1851   0.857874 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1430270     4  0.0162   0.915759 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367825     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613533      3  0.2891   0.800924 0.176 0.000 0.824 0.000 0.000
#> SRR661267      3  0.4338   0.527190 0.008 0.000 0.684 0.008 0.300
#> SRR810665      2  0.0703   0.856012 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.0963   0.744575 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1420067     1  0.4437   0.489803 0.532 0.000 0.000 0.004 0.464
#> SRR1473632     1  0.2583   0.747537 0.864 0.000 0.000 0.004 0.132
#> SRR812536      3  0.0609   0.878369 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.4302   0.140683 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1486195     2  0.3816   0.580434 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.3282   0.694005 0.000 0.804 0.000 0.008 0.188
#> SRR1446375     1  0.3990   0.718557 0.740 0.000 0.012 0.004 0.244
#> SRR1465230     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.5253   0.470675 0.500 0.000 0.012 0.024 0.464
#> SRR1356101     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404209     1  0.3421   0.735441 0.788 0.000 0.000 0.008 0.204
#> SRR1392676     2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR665538      1  0.4846   0.580312 0.588 0.000 0.000 0.028 0.384
#> SRR660510      3  0.1792   0.859825 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR658953      1  0.5338   0.191437 0.544 0.400 0.000 0.000 0.056
#> SRR2166459     1  0.3048   0.743331 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1070713     2  0.4294   0.065853 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1485312     3  0.1197   0.872486 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.2270   0.861185 0.020 0.000 0.000 0.904 0.076
#> SRR1488610     5  0.4288   0.321733 0.324 0.012 0.000 0.000 0.664
#> SRR1330588     3  0.2359   0.856499 0.060 0.000 0.904 0.000 0.036
#> SRR1316367     5  0.2891   0.691540 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1433926     1  0.1043   0.721426 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1091302     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR818263      5  0.4264   0.534483 0.376 0.000 0.004 0.000 0.620
#> SRR1404909     4  0.0963   0.912453 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR663076      1  0.4382   0.679439 0.688 0.000 0.000 0.024 0.288
#> SRR1323577     2  0.0290   0.859515 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1442422     4  0.0290   0.918165 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1465893     1  0.4763   0.630913 0.632 0.000 0.000 0.032 0.336
#> SRR654862      5  0.4084   0.587972 0.328 0.000 0.004 0.000 0.668
#> SRR1407112     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.3424   0.746281 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.3586   0.720790 0.264 0.000 0.736 0.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.5450   0.324038 0.444 0.000 0.496 0.000 0.060
#> SRR665357      3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662186      2  0.0404   0.856245 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1501020     3  0.3857   0.663636 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0290   0.879092 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.2605   0.780337 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1472576     4  0.0963   0.912453 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1431781     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1452270     3  0.0404   0.878980 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.1485   0.737696 0.020 0.032 0.000 0.000 0.948
#> SRR1417632     4  0.0880   0.914491 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1350153     2  0.1571   0.838814 0.000 0.936 0.060 0.004 0.000
#> SRR1458113     5  0.4998   0.573064 0.000 0.196 0.104 0.000 0.700
#> SRR1326579     5  0.1478   0.743855 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1349363     2  0.2077   0.821846 0.008 0.908 0.000 0.084 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000   0.877930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.2230   0.844109 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.0963   0.912453 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1377599     4  0.0963   0.912877 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1488449     3  0.3707   0.697075 0.284 0.000 0.716 0.000 0.000
#> SRR1318354     5  0.4773   0.605528 0.004 0.064 0.216 0.000 0.716
#> SRR1359062     3  0.0510   0.878722 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.4848   0.252772 0.024 0.420 0.000 0.000 0.556
#> SRR663783      3  0.0162   0.878646 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.4197   0.686684 0.004 0.752 0.212 0.000 0.032
#> SRR1369070     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.1043   0.736712 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1337449     2  0.1410   0.839868 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1498595     4  0.0963   0.912453 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1377423     3  0.3983   0.626198 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0609   0.857184 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.4907   0.434975 0.492 0.000 0.000 0.024 0.484
#> SRR1338426     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1353309     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658941      5  0.3353   0.653256 0.000 0.000 0.196 0.008 0.796
#> SRR1101643     1  0.0609   0.729297 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1401468     5  0.2075   0.710833 0.040 0.000 0.004 0.032 0.924
#> SRR1368874     2  0.0566   0.856343 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1324085     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1363858     4  0.1524   0.906397 0.016 0.016 0.000 0.952 0.016
#> SRR819820      3  0.1544   0.843008 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1337342     5  0.1197   0.745887 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR655206      3  0.4734   0.328796 0.000 0.000 0.604 0.372 0.024
#> SRR1387013     2  0.1638   0.827998 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1317410     1  0.4890   0.489904 0.524 0.000 0.000 0.024 0.452
#> SRR608198      5  0.2612   0.722559 0.124 0.008 0.000 0.000 0.868
#> SRR1440161     3  0.4383   0.175979 0.000 0.424 0.572 0.000 0.004
#> SRR1343741     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.2409   0.857716 0.032 0.000 0.000 0.900 0.068
#> SRR1099622     3  0.2848   0.762039 0.000 0.004 0.840 0.156 0.000
#> SRR663197      3  0.2233   0.856382 0.080 0.000 0.904 0.000 0.016
#> SRR1394836     3  0.0290   0.875923 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661699      3  0.0671   0.879082 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR813680      1  0.5123   0.407297 0.572 0.000 0.384 0.000 0.044
#> SRR1410678     1  0.4297   0.681969 0.692 0.000 0.000 0.020 0.288
#> SRR1378109     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0963   0.735376 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1311486     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.6767  -0.013330 0.000 0.276 0.000 0.388 0.336
#> SRR1433410     5  0.2074   0.747558 0.044 0.036 0.000 0.000 0.920
#> SRR661167      3  0.1544   0.866626 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.3950   0.762742 0.048 0.004 0.796 0.000 0.152
#> SRR660462      3  0.0703   0.877825 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.5166   0.604468 0.000 0.000 0.108 0.680 0.212
#> SRR657949      1  0.1597   0.697354 0.940 0.000 0.012 0.000 0.048
#> SRR1308882     4  0.0865   0.908669 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR655768      1  0.3934   0.701209 0.716 0.000 0.000 0.008 0.276
#> SRR1485870     4  0.5059   0.539440 0.004 0.292 0.000 0.652 0.052
#> SRR1444138     1  0.3160   0.741061 0.808 0.000 0.000 0.004 0.188
#> SRR1417342     1  0.3878   0.717344 0.748 0.000 0.000 0.016 0.236
#> SRR1470193     4  0.1251   0.904736 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1091380     3  0.1671   0.836577 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1099096     5  0.4974  -0.367528 0.464 0.000 0.000 0.028 0.508
#> SRR1313583     4  0.2471   0.807787 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1467102     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1485416     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR818821      3  0.1270   0.866690 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.1041   0.710522 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1072247     1  0.4687   0.648907 0.636 0.000 0.000 0.028 0.336
#> SRR1353710     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1445259     5  0.4276   0.315180 0.380 0.004 0.000 0.000 0.616
#> SRR1408393     1  0.0671   0.711908 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1361522     1  0.0609   0.729479 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1368597     1  0.1197   0.738080 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1309680     2  0.3612   0.641083 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000   0.877930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0510   0.918326 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1406437     4  0.5875   0.470596 0.000 0.000 0.152 0.592 0.256
#> SRR1354931     3  0.0404   0.879369 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1391856     3  0.1216   0.864210 0.000 0.000 0.960 0.020 0.020
#> SRR1446738     5  0.6298   0.298523 0.000 0.004 0.152 0.324 0.520
#> SRR1309032     2  0.1908   0.817195 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.4114   0.628365 0.000 0.712 0.016 0.272 0.000
#> SRR1432611     2  0.0162   0.859865 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0162   0.878564 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375329     2  0.1041   0.843777 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR1387921     1  0.3759   0.725147 0.764 0.000 0.000 0.016 0.220
#> SRR1466792     2  0.1478   0.836302 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.4484   0.663509 0.668 0.000 0.000 0.024 0.308
#> SRR812943      1  0.4134   0.598546 0.744 0.224 0.000 0.000 0.032
#> SRR1400910     2  0.3508   0.602878 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1444203     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      4  0.0880   0.914475 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR658754      3  0.1121   0.873501 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1397366     1  0.4256  -0.026410 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.4387   0.635601 0.640 0.000 0.000 0.012 0.348
#> SRR1083918     4  0.1270   0.901881 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1337606     5  0.3816   0.496723 0.000 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR659109      3  0.1270   0.871916 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.2338   0.727877 0.112 0.004 0.000 0.000 0.884
#> SRR656946      1  0.3318   0.738472 0.800 0.000 0.000 0.008 0.192
#> SRR1476102     1  0.4627   0.502520 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444
#> SRR1476447     1  0.2773   0.732155 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1342067     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.4323   0.600141 0.656 0.000 0.000 0.012 0.332
#> SRR614419      5  0.3774   0.597389 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1322936     5  0.1082   0.738243 0.008 0.028 0.000 0.000 0.964
#> SRR1349121     1  0.4558   0.653240 0.652 0.000 0.000 0.024 0.324
#> SRR1430549     1  0.3774   0.662759 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR612935      2  0.5051   0.367363 0.012 0.584 0.384 0.000 0.020
#> SRR661481      2  0.3752   0.604689 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1354117     2  0.1205   0.846461 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR1393596     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1452164     1  0.2563   0.746491 0.872 0.000 0.000 0.008 0.120
#> SRR1070503     5  0.5559   0.517633 0.344 0.000 0.084 0.000 0.572
#> SRR1499894     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082883     5  0.1502   0.741889 0.004 0.056 0.000 0.000 0.940
#> SRR1468271     5  0.3880   0.510885 0.184 0.000 0.004 0.028 0.784
#> SRR1332443     1  0.4206   0.699761 0.708 0.000 0.000 0.020 0.272
#> SRR810295      2  0.0963   0.851596 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0290   0.723917 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1328620     5  0.3141   0.699897 0.000 0.016 0.152 0.000 0.832
#> SRR1396294     4  0.4886   0.704320 0.016 0.000 0.088 0.744 0.152
#> SRR1419917     1  0.0609   0.724351 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR662114      5  0.6333   0.476890 0.140 0.024 0.244 0.000 0.592
#> SRR1489199     5  0.2230   0.728844 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR813584      4  0.0794   0.916252 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1069638     5  0.4491   0.622929 0.280 0.024 0.004 0.000 0.692
#> SRR614864      3  0.5852   0.248345 0.104 0.000 0.524 0.000 0.372
#> SRR1433392     1  0.1430   0.701028 0.944 0.000 0.004 0.000 0.052
#> SRR1377777     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.3421   0.735092 0.788 0.000 0.000 0.008 0.204
#> SRR1401252     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.3093   0.743351 0.824 0.000 0.000 0.008 0.168
#> SRR1418628     2  0.1282   0.847479 0.000 0.952 0.044 0.004 0.000
#> SRR1486889     1  0.1908   0.743339 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1380393     1  0.4338   0.686110 0.696 0.000 0.000 0.024 0.280
#> SRR1319731     1  0.4789   0.587747 0.584 0.000 0.000 0.024 0.392
#> SRR1356468     4  0.4679   0.497067 0.032 0.000 0.000 0.652 0.316
#> SRR1337010     2  0.0451   0.857837 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1486520     5  0.1408   0.743245 0.044 0.000 0.000 0.008 0.948
#> SRR1486538     4  0.0609   0.918137 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.2753   0.780169 0.000 0.856 0.000 0.136 0.008
#> SRR1465459     1  0.5399  -0.192066 0.496 0.000 0.448 0.000 0.056
#> SRR1080270     3  0.0162   0.878660 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.2464   0.848352 0.096 0.000 0.888 0.000 0.016
#> SRR1093148     5  0.2763   0.693755 0.000 0.004 0.148 0.000 0.848
#> SRR1467080     3  0.0000   0.877930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.4307   0.095752 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR816475      4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.3636   0.711115 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0794   0.851122 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1338836     2  0.0963   0.850719 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1369129     4  0.0510   0.918331 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1396616     3  0.3715   0.720343 0.260 0.000 0.736 0.000 0.004
#> SRR813824      3  0.1908   0.856259 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.2536   0.640087 0.868 0.000 0.004 0.000 0.128
#> SRR1500891     4  0.0794   0.916283 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR807543      1  0.2286   0.659705 0.888 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR1091572     1  0.4451  -0.307467 0.504 0.000 0.004 0.000 0.492
#> SRR1346689     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1332424     5  0.1399   0.746256 0.020 0.028 0.000 0.000 0.952
#> SRR663729      4  0.3797   0.665046 0.008 0.004 0.000 0.756 0.232
#> SRR1097013     1  0.3421   0.734598 0.788 0.000 0.000 0.008 0.204
#> SRR613675      5  0.1469   0.738337 0.016 0.036 0.000 0.000 0.948
#> SRR1485357     4  0.0162   0.915888 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655816      3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500113     1  0.4668   0.620951 0.624 0.000 0.000 0.024 0.352
#> SRR1437622     4  0.0963   0.912453 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1355172     1  0.6452   0.529619 0.584 0.000 0.224 0.024 0.168
#> SRR655531      5  0.1341   0.745182 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1338147     3  0.2754   0.844343 0.080 0.000 0.880 0.000 0.040
#> SRR1413329     5  0.2053   0.736328 0.024 0.000 0.048 0.004 0.924
#> SRR1485931     2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420873     5  0.3527   0.538694 0.172 0.000 0.000 0.024 0.804
#> SRR1333308     4  0.3642   0.669704 0.008 0.000 0.000 0.760 0.232
#> SRR1452033     1  0.4425   0.677432 0.680 0.000 0.000 0.024 0.296
#> SRR1467316     2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809018      3  0.0290   0.879106 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      5  0.6798   0.163800 0.300 0.000 0.324 0.000 0.376
#> SRR1471755     4  0.1478   0.892195 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR808019      5  0.1800   0.724887 0.000 0.000 0.048 0.020 0.932
#> SRR1479133     3  0.3086   0.797276 0.180 0.000 0.816 0.000 0.004
#> SRR615069      2  0.4269   0.500011 0.000 0.684 0.016 0.000 0.300
#> SRR1456185     2  0.4888   0.655112 0.004 0.700 0.064 0.232 0.000
#> SRR1350069     4  0.1430   0.889008 0.004 0.000 0.000 0.944 0.052
#> SRR816316      1  0.2179   0.667035 0.896 0.000 0.004 0.000 0.100
#> SRR664795      1  0.4890   0.616950 0.708 0.000 0.216 0.004 0.072
#> SRR1490721     5  0.4588   0.567677 0.000 0.220 0.000 0.060 0.720
#> SRR810643      5  0.1774   0.710199 0.052 0.000 0.000 0.016 0.932
#> SRR1430333     5  0.3398   0.618354 0.004 0.216 0.000 0.000 0.780
#> SRR1085285     3  0.1478   0.868564 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1099072     1  0.3209   0.547509 0.812 0.000 0.180 0.000 0.008
#> SRR1317985     1  0.2411   0.748018 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR1487340     1  0.2536   0.740474 0.868 0.000 0.000 0.004 0.128
#> SRR1420276     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351347     3  0.3452   0.639260 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1405525     1  0.4557   0.565934 0.584 0.012 0.000 0.000 0.404
#> SRR1370329     1  0.2358   0.746319 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1465001     1  0.4817   0.571400 0.572 0.000 0.000 0.024 0.404
#> SRR1476525     2  0.2891   0.753579 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR819610      4  0.2690   0.791657 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR2157314     1  0.4339   0.676383 0.684 0.000 0.000 0.020 0.296
#> SRR1409465     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.3812   0.765575 0.092 0.000 0.000 0.812 0.096
#> SRR613639      3  0.2516   0.813587 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0404   0.912438 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1077038     1  0.1205   0.707128 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR1405660     3  0.0404   0.878980 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.5369   0.498257 0.660 0.216 0.000 0.000 0.124
#> SRR1394734     4  0.0963   0.912453 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1317771     1  0.1341   0.737213 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1365894     2  0.3010   0.735827 0.000 0.824 0.000 0.172 0.004
#> SRR1073581     1  0.6126   0.606427 0.596 0.000 0.112 0.020 0.272
#> SRR659804      1  0.4503   0.664089 0.664 0.000 0.000 0.024 0.312
#> SRR1345914     2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432186     2  0.4182   0.387462 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1473529     2  0.4307   0.091756 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR660764      3  0.0000   0.877930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.1041   0.710522 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1328845     4  0.3688   0.762667 0.036 0.000 0.004 0.812 0.148
#> SRR1336415     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1459190     1  0.2304   0.669667 0.892 0.000 0.100 0.000 0.008
#> SRR1346773     5  0.2719   0.614935 0.144 0.000 0.000 0.004 0.852
#> SRR1499521     5  0.1996   0.706027 0.036 0.000 0.004 0.032 0.928
#> SRR1440898     2  0.0162   0.859743 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347459     3  0.3650   0.784132 0.176 0.000 0.796 0.000 0.028
#> SRR1081209     2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400202     1  0.3123   0.743284 0.828 0.000 0.000 0.012 0.160
#> SRR1333395     1  0.7331   0.307668 0.492 0.168 0.000 0.276 0.064
#> SRR1309248     2  0.0880   0.852767 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR809161      3  0.3835   0.719684 0.260 0.000 0.732 0.000 0.008
#> SRR1316320     2  0.0963   0.844829 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1432629     2  0.0963   0.850632 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1498931     1  0.3318   0.739682 0.808 0.000 0.000 0.012 0.180
#> SRR1416578     4  0.2230   0.867365 0.044 0.000 0.000 0.912 0.044
#> SRR1405547     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470534     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.1041   0.726471 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR1309160     3  0.1270   0.871916 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000   0.877930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.4526   0.668485 0.672 0.000 0.000 0.028 0.300
#> SRR1078489     5  0.4975   0.584197 0.316 0.028 0.012 0.000 0.644
#> SRR1332648     4  0.0162   0.917679 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR660614      2  0.0794   0.848197 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1470420     2  0.3048   0.747344 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004
#> SRR1475566     1  0.3039   0.743702 0.836 0.000 0.000 0.012 0.152
#> SRR1477949     1  0.4040   0.704152 0.724 0.000 0.000 0.016 0.260
#> SRR1481419     2  0.0510   0.857496 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1464766     5  0.4668   0.174328 0.352 0.000 0.000 0.024 0.624
#> SRR615946      3  0.2583   0.831897 0.132 0.000 0.864 0.000 0.004
#> SRR1446481     4  0.4114   0.351543 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1467656     2  0.3579   0.680051 0.000 0.756 0.240 0.000 0.004
#> SRR1402962     5  0.1357   0.742733 0.048 0.000 0.000 0.004 0.948
#> SRR660224      2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR665586      1  0.0703   0.722945 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347166     5  0.4080   0.649023 0.252 0.020 0.000 0.000 0.728
#> SRR1485722     5  0.0880   0.743792 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1415316     1  0.2329   0.745546 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR613390      1  0.1121   0.712186 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR661108      3  0.0880   0.876255 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.2011   0.746710 0.908 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR817329      1  0.0404   0.716097 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1401990     4  0.2411   0.838199 0.008 0.000 0.000 0.884 0.108
#> SRR1467745     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1471795     2  0.3895   0.556994 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1415637     2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR813137      1  0.0324   0.715604 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1314873     1  0.0404   0.722456 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1401211     1  0.4565   0.661277 0.664 0.000 0.000 0.028 0.308
#> SRR1419692     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      3  0.4908   0.592774 0.320 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR2164608     3  0.5348   0.007835 0.052 0.000 0.492 0.000 0.456
#> SRR1455586     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR819459      3  0.0324   0.878264 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1488939     2  0.0162   0.859503 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433232     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.1952   0.680122 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1361652     2  0.2068   0.799752 0.004 0.904 0.000 0.000 0.092
#> SRR1437119     1  0.3759   0.724934 0.764 0.000 0.000 0.016 0.220
#> SRR1478547     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430910     2  0.4304   0.020819 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1310584     5  0.3359   0.631244 0.164 0.000 0.000 0.020 0.816
#> SRR1500216     1  0.1357   0.703006 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1486762     3  0.3857   0.667614 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1489394     4  0.0290   0.918159 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.1341   0.884881 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1473058     4  0.0703   0.917567 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1405165     3  0.0404   0.878980 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.1410   0.721177 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1471477     1  0.5579   0.596095 0.588 0.000 0.024 0.040 0.348
#> SRR1098567     2  0.0609   0.854017 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.5737   0.587645 0.024 0.000 0.104 0.664 0.208
#> SRR1455038     1  0.4060   0.151656 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1375248     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1403005     1  0.4668   0.207616 0.624 0.000 0.352 0.000 0.024
#> SRR1348378     4  0.0865   0.916516 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR1413541     1  0.1197   0.721493 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1392943     4  0.4278   0.223759 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1475192     3  0.0162   0.878660 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1432085     3  0.2852   0.758377 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.5778   0.396924 0.596 0.132 0.000 0.000 0.272
#> SRR1347060     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1414139     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1447962     3  0.2561   0.784391 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.3579   0.681142 0.000 0.756 0.240 0.000 0.004
#> SRR1415004     1  0.4181   0.696438 0.712 0.000 0.000 0.020 0.268
#> SRR1413436     1  0.3636   0.709618 0.728 0.000 0.000 0.000 0.272
#> SRR1311266     5  0.0880   0.728176 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1343302     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.3596   0.732630 0.776 0.000 0.000 0.012 0.212
#> SRR1429678     1  0.2439   0.743260 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1469413     3  0.1704   0.846126 0.000 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR1405331     1  0.2046   0.684380 0.916 0.000 0.016 0.000 0.068
#> SRR1345609     1  0.3163   0.742380 0.824 0.000 0.000 0.012 0.164
#> SRR1380208     5  0.4015   0.419669 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1322840     4  0.0609   0.918137 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1399797     3  0.1502   0.869391 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR1416654     3  0.0510   0.873421 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1315081     3  0.0162   0.877076 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369196     3  0.0162   0.877530 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400847     1  0.4252   0.696575 0.700 0.000 0.000 0.020 0.280
#> SRR1365291     5  0.6637   0.335907 0.280 0.000 0.268 0.000 0.452
#> SRR1367920     4  0.3016   0.812969 0.000 0.020 0.000 0.848 0.132
#> SRR1366648     3  0.0290   0.879106 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000   0.860118 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.3336   0.637592 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1363968     1  0.4924   0.524485 0.552 0.000 0.000 0.028 0.420
#> SRR814387      1  0.4872   0.517841 0.540 0.000 0.000 0.024 0.436
#> SRR657599      5  0.1710   0.720612 0.012 0.000 0.020 0.024 0.944
#> SRR1386689     4  0.0000   0.916974 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0290   0.878943 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.5026   0.622828 0.280 0.000 0.656 0.000 0.064
#> SRR1441159     5  0.1704   0.730015 0.068 0.000 0.000 0.004 0.928
#> SRR1403154     4  0.0162   0.917679 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000   0.877930 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.5422   0.604978 0.212 0.000 0.132 0.000 0.656

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.4011     0.5594 0.672 0.000 0.304 0.000 0.024 0.000
#> SRR1331708     1  0.3841     0.6484 0.764 0.068 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1464258     6  0.0146     0.7733 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1454201     5  0.0146     0.8745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR661589      6  0.3464     0.3736 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1456229     6  0.0622     0.7727 0.008 0.000 0.000 0.000 0.012 0.980
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0458     0.7955 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1417809     1  0.2696     0.7507 0.856 0.000 0.000 0.116 0.000 0.028
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     6  0.4062     0.1794 0.440 0.008 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1315931     6  0.1584     0.7504 0.064 0.000 0.000 0.000 0.008 0.928
#> SRR1430066     3  0.2048     0.8272 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1431037     3  0.2912     0.7726 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1395554     3  0.3240     0.7461 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> SRR818002      4  0.0260     0.9374 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0146     0.9024 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.0146     0.8745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1490740     6  0.3620     0.4068 0.352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.1367     0.7931 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.1387     0.7902 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1375699     2  0.0820     0.8898 0.016 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1429846     6  0.3215     0.5367 0.000 0.000 0.240 0.000 0.004 0.756
#> SRR613550      6  0.1075     0.7609 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR1348402     1  0.4672     0.4465 0.596 0.000 0.000 0.000 0.348 0.056
#> SRR1345146     1  0.0260     0.7947 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1324025     3  0.3668     0.6469 0.000 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1318879     3  0.5486    -0.0313 0.096 0.440 0.456 0.000 0.000 0.008
#> SRR820755      6  0.2431     0.7103 0.000 0.000 0.008 0.000 0.132 0.860
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      6  0.0725     0.7693 0.012 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976
#> SRR612263      6  0.1176     0.7672 0.024 0.000 0.000 0.000 0.020 0.956
#> SRR1415398     6  0.2883     0.5892 0.000 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1326205     1  0.3867     0.0502 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1421327     4  0.0713     0.9221 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1083311     3  0.1957     0.8297 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079522     2  0.1320     0.8775 0.036 0.948 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1452935     5  0.1644     0.8405 0.000 0.000 0.004 0.000 0.920 0.076
#> SRR1379495     1  0.3390     0.5558 0.704 0.000 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1470459     3  0.3607     0.4525 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.3862     0.5457 0.000 0.000 0.608 0.000 0.004 0.388
#> SRR615778      5  0.0458     0.8719 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1447564     1  0.3868     0.0330 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1455195     5  0.0000     0.8750 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.1814     0.7718 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1335140     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.1663     0.8363 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1308650     3  0.2491     0.7484 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.1075     0.7926 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1317446     3  0.1007     0.8387 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1413602     3  0.0000     0.8284 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      6  0.3330     0.5291 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR661313      6  0.2320     0.6927 0.000 0.000 0.132 0.000 0.004 0.864
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.5208     0.5305 0.000 0.000 0.556 0.000 0.108 0.336
#> SRR1429408     4  0.0260     0.9372 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1433950     6  0.3923     0.3524 0.372 0.000 0.000 0.000 0.008 0.620
#> SRR1362081     2  0.0632     0.8905 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     6  0.1296     0.7700 0.004 0.000 0.004 0.000 0.044 0.948
#> SRR1435229     5  0.1296     0.8595 0.004 0.004 0.000 0.000 0.948 0.044
#> SRR1085996     6  0.2821     0.6856 0.152 0.000 0.000 0.000 0.016 0.832
#> SRR1414229     5  0.0146     0.8748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1400974     3  0.2664     0.7959 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1399971     6  0.3854     0.1013 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR613927      6  0.0146     0.7735 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1457854     1  0.1714     0.7804 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1473714     4  0.6074    -0.1851 0.340 0.000 0.000 0.388 0.000 0.272
#> SRR813776      6  0.0717     0.7722 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008 0.976
#> SRR808196      1  0.0547     0.7944 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614395      6  0.0000     0.7731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     3  0.3866     0.1214 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.2048     0.7660 0.880 0.000 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR665310      6  0.0865     0.7665 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1420109     6  0.0000     0.7731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330920     6  0.0632     0.7725 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1419539     3  0.1285     0.7960 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004 0.000
#> SRR1359447     2  0.4591     0.2149 0.000 0.552 0.408 0.000 0.000 0.040
#> SRR1347259     4  0.2883     0.7234 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR613915      6  0.2613     0.6818 0.000 0.000 0.140 0.000 0.012 0.848
#> SRR1384395     3  0.0363     0.8331 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR821715      6  0.2520     0.6717 0.000 0.000 0.152 0.000 0.004 0.844
#> SRR1478228     1  0.1261     0.7967 0.952 0.000 0.000 0.000 0.024 0.024
#> SRR1445637     6  0.3266     0.5491 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR608150      5  0.0146     0.8745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1096383     1  0.0767     0.7948 0.976 0.000 0.012 0.000 0.008 0.004
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341344     5  0.0260     0.8741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1326270     6  0.1267     0.7544 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR1498838     3  0.2697     0.7932 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1416313     3  0.3565     0.6792 0.000 0.000 0.692 0.000 0.004 0.304
#> SRR808566      4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.0547     0.9276 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0790     0.8374 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR613533      6  0.3833    -0.0327 0.000 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR661267      3  0.2237     0.7785 0.036 0.000 0.896 0.000 0.068 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.0146     0.8745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1420067     1  0.1745     0.7860 0.920 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012
#> SRR1473632     6  0.4855     0.0119 0.460 0.056 0.000 0.000 0.000 0.484
#> SRR812536      3  0.2260     0.8189 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1370850     2  0.3823     0.2311 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.3823     0.1581 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.3198     0.6245 0.260 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.3265     0.6097 0.748 0.000 0.004 0.000 0.000 0.248
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.2190     0.7784 0.908 0.000 0.040 0.000 0.044 0.008
#> SRR1356101     3  0.1204     0.8182 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.1444     0.7859 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0922     0.7927 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024 0.004
#> SRR660510      3  0.3531     0.6502 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      6  0.4045     0.4487 0.008 0.336 0.000 0.000 0.008 0.648
#> SRR2166459     1  0.3547     0.4795 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1070713     5  0.3244     0.6102 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR1485312     3  0.2805     0.7945 0.000 0.000 0.812 0.000 0.004 0.184
#> SRR1317631     1  0.3565     0.5041 0.692 0.000 0.004 0.304 0.000 0.000
#> SRR1488610     5  0.3778     0.5257 0.288 0.000 0.000 0.000 0.696 0.016
#> SRR1330588     3  0.3403     0.7692 0.000 0.000 0.768 0.000 0.020 0.212
#> SRR1316367     5  0.0363     0.8728 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1433926     6  0.2416     0.6837 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      6  0.2562     0.6821 0.000 0.000 0.000 0.000 0.172 0.828
#> SRR1404909     4  0.0146     0.9401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0632     0.7955 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1323577     2  0.0458     0.8959 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0665     0.7957 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR654862      5  0.2730     0.7261 0.000 0.000 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1407112     4  0.0146     0.9397 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1332969     6  0.2941     0.5743 0.000 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR1353199     6  0.1663     0.7349 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1378885     6  0.2214     0.7228 0.000 0.000 0.096 0.000 0.016 0.888
#> SRR665357      3  0.0260     0.8316 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR662186      2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     6  0.3266     0.4597 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1347819     3  0.2006     0.8324 0.000 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR1480813     2  0.3620     0.4547 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0146     0.9401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.2135     0.8238 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1500472     5  0.2135     0.7957 0.128 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.0363     0.8726 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1326579     5  0.0000     0.8750 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.1151     0.8825 0.032 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1096712     3  0.0790     0.8374 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1090407     3  0.3854     0.3783 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1083752     4  0.0146     0.9401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0146     0.9401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1488449     6  0.2762     0.6161 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1318354     5  0.0508     0.8725 0.000 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR1359062     3  0.1444     0.8383 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1398924     5  0.2003     0.8024 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR663783      3  0.1267     0.8396 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1319204     2  0.3384     0.7694 0.068 0.812 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      6  0.3221     0.5595 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1337449     2  0.0632     0.8902 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.0146     0.8269 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0146     0.9401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1377423     6  0.1501     0.7443 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.1333     0.7904 0.944 0.000 0.000 0.000 0.048 0.008
#> SRR1338426     3  0.0508     0.8276 0.012 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353309     3  0.0260     0.8315 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR658941      3  0.6033    -0.0740 0.364 0.000 0.388 0.000 0.248 0.000
#> SRR1101643     6  0.2941     0.6179 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1401468     1  0.4521     0.1098 0.524 0.000 0.024 0.004 0.448 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     4  0.1610     0.8596 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR819820      3  0.2491     0.7001 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337342     5  0.0000     0.8750 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655206      3  0.1049     0.8095 0.032 0.000 0.960 0.008 0.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.5449     0.1770 0.000 0.504 0.000 0.128 0.368 0.000
#> SRR1317410     1  0.1549     0.7938 0.936 0.000 0.000 0.000 0.044 0.020
#> SRR608198      5  0.0146     0.8748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1440161     2  0.3838     0.1214 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.3023     0.6298 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1099622     3  0.2092     0.7710 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.3240     0.7459 0.000 0.000 0.752 0.000 0.004 0.244
#> SRR1394836     3  0.0363     0.8236 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.3190     0.8154 0.044 0.000 0.820 0.000 0.000 0.136
#> SRR813680      3  0.4493     0.5642 0.132 0.000 0.708 0.000 0.000 0.160
#> SRR1410678     1  0.1075     0.7943 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     6  0.3198     0.5654 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.2494     0.8203 0.000 0.016 0.000 0.864 0.120 0.000
#> SRR1433410     5  0.0000     0.8750 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661167      3  0.3620     0.6131 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1432518     3  0.5314     0.5829 0.000 0.000 0.584 0.000 0.264 0.152
#> SRR660462      3  0.2300     0.8173 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1374608     1  0.5862     0.4441 0.568 0.000 0.212 0.200 0.020 0.000
#> SRR657949      6  0.0767     0.7737 0.012 0.000 0.004 0.000 0.008 0.976
#> SRR1308882     4  0.0260     0.9371 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR655768      1  0.1663     0.7817 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1485870     1  0.4902    -0.0165 0.480 0.460 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.3847     0.1397 0.544 0.000 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1417342     1  0.1444     0.7845 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1470193     4  0.3747     0.3422 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1091380     3  0.2491     0.6992 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.1500     0.7910 0.936 0.000 0.000 0.000 0.052 0.012
#> SRR1313583     1  0.4325     0.2358 0.524 0.000 0.000 0.456 0.000 0.020
#> SRR1467102     3  0.0000     0.8284 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818821      3  0.2912     0.7645 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR809963      6  0.0000     0.7731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1072247     1  0.2744     0.7371 0.840 0.000 0.000 0.000 0.016 0.144
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.2632     0.7377 0.000 0.004 0.000 0.000 0.832 0.164
#> SRR1408393     6  0.0291     0.7736 0.004 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR1361522     6  0.3050     0.5979 0.236 0.000 0.000 0.000 0.000 0.764
#> SRR1368597     6  0.3737     0.3530 0.392 0.000 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1309680     2  0.0363     0.8981 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.1075     0.8393 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     3  0.4730    -0.0648 0.468 0.000 0.496 0.016 0.020 0.000
#> SRR1354931     3  0.1863     0.8331 0.000 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1391856     3  0.0508     0.8244 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446738     5  0.4199     0.6021 0.020 0.000 0.020 0.256 0.704 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0972     0.8862 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.1267     0.8394 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR613150      3  0.0260     0.8315 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1375329     2  0.0547     0.8947 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.2003     0.7680 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0458     0.7956 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR812943      6  0.5212     0.3397 0.100 0.368 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1400910     2  0.3774     0.2705 0.000 0.592 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1444203     4  0.0260     0.9372 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR816177      4  0.0146     0.9401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.2730     0.7902 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397366     6  0.1663     0.7363 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000 0.912
#> SRR1446028     1  0.4473     0.5630 0.676 0.000 0.000 0.000 0.072 0.252
#> SRR1083918     4  0.0632     0.9252 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.0146     0.8747 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR659109      3  0.2823     0.7819 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1337192     5  0.0146     0.8748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656946      1  0.1610     0.7827 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1476102     1  0.2980     0.7073 0.808 0.000 0.000 0.000 0.180 0.012
#> SRR1476447     6  0.5057     0.3527 0.324 0.000 0.000 0.000 0.096 0.580
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     6  0.5887     0.2606 0.272 0.000 0.000 0.000 0.252 0.476
#> SRR614419      5  0.1610     0.8293 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1322936     5  0.0790     0.8646 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1349121     1  0.1151     0.7964 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1430549     1  0.6035     0.0393 0.376 0.000 0.000 0.000 0.248 0.376
#> SRR612935      2  0.3564     0.6069 0.000 0.724 0.264 0.000 0.000 0.012
#> SRR661481      2  0.3446     0.5476 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0405     0.9359 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1452164     6  0.3823     0.1877 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1070503     6  0.3284     0.6642 0.000 0.000 0.032 0.000 0.168 0.800
#> SRR1499894     3  0.0632     0.8363 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1082883     5  0.0146     0.8745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468271     1  0.2126     0.7715 0.904 0.000 0.020 0.000 0.072 0.004
#> SRR1332443     1  0.2494     0.7676 0.864 0.000 0.000 0.000 0.016 0.120
#> SRR810295      2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      6  0.2631     0.6624 0.180 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820
#> SRR1328620     5  0.1995     0.8452 0.036 0.000 0.052 0.000 0.912 0.000
#> SRR1396294     1  0.4099     0.5710 0.696 0.000 0.272 0.024 0.008 0.000
#> SRR1419917     6  0.2340     0.6910 0.148 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR662114      5  0.3927     0.6604 0.000 0.008 0.040 0.000 0.752 0.200
#> SRR1489199     5  0.0713     0.8680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR813584      4  0.0520     0.9333 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1069638     5  0.1327     0.8471 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR614864      5  0.4464     0.6008 0.000 0.000 0.148 0.000 0.712 0.140
#> SRR1433392     6  0.0291     0.7735 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.1267     0.7905 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0260     0.9372 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.3867     0.0629 0.512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.3050     0.6469 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1380393     1  0.0865     0.7948 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1319731     1  0.1780     0.7939 0.924 0.000 0.000 0.000 0.028 0.048
#> SRR1356468     1  0.1464     0.7835 0.944 0.000 0.004 0.036 0.016 0.000
#> SRR1337010     2  0.0146     0.9021 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.0146     0.8745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     4  0.3867     0.0448 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1465459     6  0.1297     0.7622 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012 0.948
#> SRR1080270     3  0.1075     0.8394 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1312501     3  0.3668     0.6467 0.000 0.000 0.668 0.000 0.004 0.328
#> SRR1093148     5  0.2331     0.8273 0.080 0.000 0.032 0.000 0.888 0.000
#> SRR1467080     3  0.0865     0.8385 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1410866     4  0.2378     0.7844 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      6  0.2697     0.6312 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1452246     2  0.0937     0.8794 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     6  0.2762     0.6138 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR813824      3  0.3795     0.5894 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1082376     6  0.0458     0.7735 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807543      6  0.0508     0.7737 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1091572     6  0.2092     0.7253 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332424     5  0.0146     0.8745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR663729      1  0.4726     0.2775 0.528 0.000 0.000 0.424 0.048 0.000
#> SRR1097013     1  0.2300     0.7474 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR613675      5  0.0713     0.8664 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR1485357     4  0.2300     0.7991 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0777     0.8362 0.004 0.000 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1500113     1  0.0520     0.7954 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1437622     4  0.0146     0.9401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.1910     0.7570 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000 0.000
#> SRR655531      5  0.0146     0.8748 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338147     3  0.3717     0.7063 0.000 0.000 0.708 0.000 0.016 0.276
#> SRR1413329     5  0.2509     0.8217 0.088 0.000 0.036 0.000 0.876 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.1908     0.7653 0.900 0.000 0.000 0.000 0.096 0.004
#> SRR1333308     1  0.3221     0.6120 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.1958     0.7720 0.896 0.000 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.1610     0.8371 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      6  0.4143     0.6109 0.000 0.000 0.084 0.000 0.180 0.736
#> SRR1471755     4  0.1610     0.8673 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR808019      5  0.4029     0.5600 0.292 0.000 0.028 0.000 0.680 0.000
#> SRR1479133     6  0.3782     0.2274 0.000 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636
#> SRR615069      5  0.3851     0.1382 0.000 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR1456185     2  0.1226     0.8746 0.000 0.952 0.040 0.004 0.000 0.004
#> SRR1350069     1  0.3515     0.4766 0.676 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR816316      6  0.0458     0.7734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR664795      1  0.4638     0.5323 0.636 0.000 0.296 0.000 0.000 0.068
#> SRR1490721     5  0.0405     0.8728 0.004 0.000 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR810643      1  0.3672     0.4107 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1430333     5  0.0000     0.8750 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085285     3  0.3409     0.6871 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1099072     6  0.1010     0.7655 0.000 0.000 0.036 0.000 0.004 0.960
#> SRR1317985     6  0.3782     0.2589 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1487340     6  0.3728     0.4180 0.344 0.000 0.000 0.000 0.004 0.652
#> SRR1420276     3  0.0363     0.8329 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1351347     3  0.3758     0.5428 0.000 0.000 0.668 0.000 0.324 0.008
#> SRR1405525     1  0.3560     0.7595 0.820 0.016 0.000 0.000 0.092 0.072
#> SRR1370329     6  0.3659     0.3762 0.364 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1465001     1  0.1341     0.7964 0.948 0.000 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      4  0.0937     0.9112 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.1556     0.7845 0.920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      1  0.1682     0.7898 0.928 0.000 0.000 0.052 0.000 0.020
#> SRR613639      6  0.3823     0.1185 0.000 0.000 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1402285     4  0.2562     0.7567 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1077038     6  0.0000     0.7731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405660     3  0.1714     0.8352 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1095455     6  0.4789     0.6016 0.144 0.124 0.000 0.000 0.020 0.712
#> SRR1394734     4  0.0146     0.9401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1317771     6  0.3847     0.1466 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1365894     2  0.0937     0.8835 0.040 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.1858     0.7628 0.904 0.000 0.092 0.000 0.004 0.000
#> SRR659804      1  0.1584     0.7903 0.928 0.000 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     4  0.3756     0.3128 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.3868     0.0139 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR660764      3  0.2003     0.8288 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR820448      6  0.0000     0.7731 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328845     1  0.2020     0.7563 0.896 0.000 0.008 0.096 0.000 0.000
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     6  0.2325     0.7477 0.060 0.000 0.048 0.000 0.000 0.892
#> SRR1346773     1  0.2703     0.7150 0.824 0.000 0.000 0.000 0.172 0.004
#> SRR1499521     1  0.2696     0.7331 0.856 0.000 0.028 0.000 0.116 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.4045     0.4621 0.000 0.000 0.564 0.000 0.008 0.428
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.3966     0.2223 0.552 0.000 0.000 0.000 0.004 0.444
#> SRR1333395     1  0.2250     0.7607 0.888 0.092 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1309248     2  0.2009     0.8416 0.024 0.908 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR809161      6  0.3163     0.5551 0.000 0.000 0.232 0.000 0.004 0.764
#> SRR1316320     2  0.0291     0.9008 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1432629     2  0.3647     0.4437 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.3717     0.3673 0.616 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1416578     1  0.2762     0.6877 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0790     0.8374 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.3756     0.3070 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR1309160     3  0.3126     0.7443 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR663489      3  0.1327     0.8390 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1500450     1  0.0260     0.7947 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1078489     5  0.3508     0.5709 0.000 0.000 0.004 0.000 0.704 0.292
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0260     0.9006 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.2402     0.7900 0.004 0.856 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.3737     0.3680 0.608 0.000 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1477949     1  0.0865     0.7943 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.5784     0.2219 0.460 0.000 0.000 0.000 0.356 0.184
#> SRR615946      3  0.3944     0.4631 0.000 0.000 0.568 0.000 0.004 0.428
#> SRR1446481     4  0.3869    -0.0403 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.1501     0.8454 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.0000     0.8750 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      6  0.2178     0.7048 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1347166     5  0.0260     0.8741 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1485722     5  0.0458     0.8714 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR1415316     6  0.3843     0.1611 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR613390      6  0.0858     0.7665 0.028 0.000 0.000 0.000 0.004 0.968
#> SRR661108      3  0.2597     0.8003 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR2170173     6  0.3717     0.3614 0.384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.616
#> SRR817329      6  0.0790     0.7639 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1401990     1  0.3508     0.5301 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004 0.000
#> SRR1467745     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.3854     0.1564 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      6  0.0713     0.7675 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1314873     6  0.2260     0.6998 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1401211     1  0.0363     0.7957 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      6  0.1866     0.7354 0.000 0.000 0.084 0.000 0.008 0.908
#> SRR2164608     3  0.4771     0.5159 0.116 0.000 0.664 0.000 0.220 0.000
#> SRR1455586     3  0.0000     0.8284 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0790     0.8384 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     6  0.0458     0.7734 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1361652     2  0.2772     0.7173 0.004 0.816 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1437119     1  0.3482     0.5197 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR1478547     3  0.0632     0.8363 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1430910     5  0.3508     0.5507 0.000 0.292 0.004 0.000 0.704 0.000
#> SRR1310584     5  0.4067     0.1406 0.444 0.000 0.000 0.000 0.548 0.008
#> SRR1500216     6  0.0725     0.7693 0.012 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976
#> SRR1486762     6  0.2340     0.6809 0.000 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.3081     0.6781 0.220 0.000 0.000 0.776 0.004 0.000
#> SRR1473058     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.1610     0.8366 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1433004     6  0.1910     0.7227 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1471477     1  0.0520     0.7944 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     1  0.3855     0.6376 0.748 0.000 0.216 0.024 0.012 0.000
#> SRR1455038     6  0.2300     0.7132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR1375248     3  0.0000     0.8284 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     6  0.1082     0.7633 0.000 0.000 0.040 0.000 0.004 0.956
#> SRR1348378     4  0.0146     0.9392 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1413541     6  0.2178     0.7045 0.132 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1392943     5  0.1926     0.8341 0.020 0.000 0.000 0.068 0.912 0.000
#> SRR1475192     3  0.1007     0.8390 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1432085     3  0.2854     0.6978 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.5919     0.1595 0.080 0.408 0.000 0.000 0.468 0.044
#> SRR1347060     3  0.0547     0.8353 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1414139     3  0.0000     0.8284 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     3  0.3151     0.6395 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.2454     0.7653 0.000 0.840 0.160 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.1387     0.7886 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1413436     1  0.1075     0.7924 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1311266     5  0.3309     0.5938 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.3991     0.1124 0.524 0.000 0.000 0.000 0.004 0.472
#> SRR1429678     6  0.3795     0.3746 0.364 0.000 0.000 0.000 0.004 0.632
#> SRR1469413     3  0.2003     0.7856 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     6  0.0508     0.7737 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012 0.984
#> SRR1345609     1  0.2969     0.6670 0.776 0.000 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1380208     5  0.1141     0.8557 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.2772     0.7968 0.000 0.000 0.816 0.000 0.004 0.180
#> SRR1416654     3  0.1549     0.8315 0.000 0.000 0.936 0.000 0.044 0.020
#> SRR1315081     3  0.0547     0.8354 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1369196     3  0.0547     0.8353 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1400847     1  0.3426     0.5717 0.720 0.000 0.000 0.000 0.004 0.276
#> SRR1365291     6  0.4747     0.4319 0.000 0.000 0.080 0.000 0.288 0.632
#> SRR1367920     4  0.0260     0.9371 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1366648     3  0.1267     0.8396 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9040 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.5716     0.1187 0.188 0.000 0.500 0.000 0.312 0.000
#> SRR1363968     1  0.1003     0.7915 0.964 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004
#> SRR814387      1  0.2009     0.7883 0.908 0.000 0.000 0.000 0.068 0.024
#> SRR657599      1  0.4166     0.6028 0.728 0.000 0.076 0.000 0.196 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.1387     0.8393 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1453811     6  0.2896     0.6563 0.000 0.000 0.160 0.000 0.016 0.824
#> SRR1441159     5  0.3592     0.4225 0.344 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9419 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.1714     0.8354 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1310275     5  0.1806     0.8249 0.000 0.000 0.004 0.000 0.908 0.088

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.257           0.758       0.837         0.3240 0.747   0.747
#> 3 3 0.256           0.609       0.780         0.3274 0.972   0.963
#> 4 4 0.240           0.488       0.727         0.3118 0.628   0.498
#> 5 5 0.313           0.522       0.703         0.1171 0.896   0.742
#> 6 6 0.390           0.446       0.684         0.0765 0.944   0.837

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.7745    0.79887 0.772 0.228
#> SRR1331708     1  0.5059    0.84158 0.888 0.112
#> SRR1464258     2  0.9129    0.42820 0.328 0.672
#> SRR1454201     1  0.5946    0.83450 0.856 0.144
#> SRR661589      1  0.1184    0.82917 0.984 0.016
#> SRR1456229     1  0.8207    0.78382 0.744 0.256
#> SRR1315165     2  0.5946    0.75350 0.144 0.856
#> SRR1488960     1  0.7674    0.80476 0.776 0.224
#> SRR1417809     1  0.8955    0.68483 0.688 0.312
#> SRR1094457     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1095575     1  0.1414    0.83095 0.980 0.020
#> SRR1315931     2  0.9129    0.42820 0.328 0.672
#> SRR1430066     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1431037     1  0.0376    0.82527 0.996 0.004
#> SRR1395554     1  0.0376    0.82476 0.996 0.004
#> SRR818002      1  0.9998    0.06056 0.508 0.492
#> SRR1344143     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1486845     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1362866     1  0.6343    0.83006 0.840 0.160
#> SRR1490740     1  0.8813    0.73747 0.700 0.300
#> SRR1446627     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1456138     1  0.8081    0.64899 0.752 0.248
#> SRR1416248     1  0.8144    0.78064 0.748 0.252
#> SRR1383907     2  0.9635    0.37734 0.388 0.612
#> SRR1311018     1  0.8909    0.72644 0.692 0.308
#> SRR1375699     1  0.1633    0.83262 0.976 0.024
#> SRR1429846     1  0.4431    0.84099 0.908 0.092
#> SRR613550      1  0.5842    0.83717 0.860 0.140
#> SRR1348402     1  0.8016    0.78848 0.756 0.244
#> SRR1345146     1  0.0672    0.82551 0.992 0.008
#> SRR1324025     1  0.4161    0.84080 0.916 0.084
#> SRR1318879     1  0.0376    0.82311 0.996 0.004
#> SRR820755      1  0.5408    0.83928 0.876 0.124
#> SRR1485830     2  0.6973    0.70104 0.188 0.812
#> SRR599313      2  0.6801    0.70190 0.180 0.820
#> SRR612263      1  0.5946    0.83730 0.856 0.144
#> SRR1415398     1  0.2603    0.83696 0.956 0.044
#> SRR1326205     1  0.9248    0.64028 0.660 0.340
#> SRR1421327     2  0.0672    0.81757 0.008 0.992
#> SRR1083311     1  0.0376    0.82463 0.996 0.004
#> SRR1499303     2  0.5519    0.76200 0.128 0.872
#> SRR1079522     1  0.1414    0.83042 0.980 0.020
#> SRR1452935     1  0.0376    0.82311 0.996 0.004
#> SRR1379495     1  0.8909    0.72692 0.692 0.308
#> SRR1470459     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR661361      1  0.8016    0.78832 0.756 0.244
#> SRR615778      1  0.5294    0.83850 0.880 0.120
#> SRR1447564     1  0.8763    0.74182 0.704 0.296
#> SRR1455195     1  0.7299    0.81294 0.796 0.204
#> SRR655182      1  0.6148    0.83259 0.848 0.152
#> SRR1335140     1  0.9393    0.45893 0.644 0.356
#> SRR1433555     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1308650     1  0.4022    0.84280 0.920 0.080
#> SRR1388354     1  0.8443    0.76378 0.728 0.272
#> SRR1317446     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1413602     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1479955     1  0.1633    0.81946 0.976 0.024
#> SRR809853      1  0.8763    0.74168 0.704 0.296
#> SRR661313      1  0.7950    0.79486 0.760 0.240
#> SRR1499935     2  0.5294    0.76952 0.120 0.880
#> SRR1447303     1  0.4022    0.84076 0.920 0.080
#> SRR1429408     2  0.9944    0.14553 0.456 0.544
#> SRR1433950     1  0.7745    0.80286 0.772 0.228
#> SRR1362081     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.5519    0.84157 0.872 0.128
#> SRR1435229     1  0.0938    0.82727 0.988 0.012
#> SRR1085996     1  0.7883    0.80121 0.764 0.236
#> SRR1414229     1  0.6148    0.83228 0.848 0.152
#> SRR1400974     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.8909    0.72644 0.692 0.308
#> SRR613927      1  0.8081    0.78892 0.752 0.248
#> SRR1457854     1  0.8443    0.76378 0.728 0.272
#> SRR1473714     2  0.6801    0.70190 0.180 0.820
#> SRR813776      1  0.5408    0.83928 0.876 0.124
#> SRR808196      1  0.9000    0.68167 0.684 0.316
#> SRR1101085     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR614395      1  0.8861    0.73271 0.696 0.304
#> SRR1478251     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1370551     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.8909    0.72692 0.692 0.308
#> SRR665310      1  0.3733    0.84008 0.928 0.072
#> SRR1420109     1  0.2603    0.83412 0.956 0.044
#> SRR1330920     1  0.6343    0.83287 0.840 0.160
#> SRR1419539     1  0.3114    0.83982 0.944 0.056
#> SRR1359447     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1347259     1  0.9732    0.46734 0.596 0.404
#> SRR613915      1  0.6343    0.83517 0.840 0.160
#> SRR1384395     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR821715      1  0.3431    0.84006 0.936 0.064
#> SRR1478228     1  0.8386    0.76721 0.732 0.268
#> SRR1445637     1  0.4022    0.84135 0.920 0.080
#> SRR608150      1  0.7299    0.81544 0.796 0.204
#> SRR1096383     1  0.8081    0.78471 0.752 0.248
#> SRR1341480     2  0.0672    0.81777 0.008 0.992
#> SRR1341344     1  0.7602    0.80474 0.780 0.220
#> SRR1326270     1  0.8499    0.75416 0.724 0.276
#> SRR1498838     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1416313     1  0.0376    0.82476 0.996 0.004
#> SRR808566      2  0.9635    0.37734 0.388 0.612
#> SRR1430270     2  0.1414    0.81555 0.020 0.980
#> SRR1367825     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR613533      1  0.1184    0.82874 0.984 0.016
#> SRR661267      1  0.7453    0.80826 0.788 0.212
#> SRR810665      1  0.4161    0.79152 0.916 0.084
#> SRR1407250     1  0.6438    0.82849 0.836 0.164
#> SRR1420067     1  0.6801    0.82307 0.820 0.180
#> SRR1473632     1  0.8763    0.74168 0.704 0.296
#> SRR812536      1  0.6048    0.83581 0.852 0.148
#> SRR1370850     1  0.7056    0.74789 0.808 0.192
#> SRR1486195     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1407671     1  0.7376    0.80271 0.792 0.208
#> SRR1446375     1  0.1184    0.82785 0.984 0.016
#> SRR1465230     2  0.0672    0.81793 0.008 0.992
#> SRR614119      1  0.7815    0.80524 0.768 0.232
#> SRR1356101     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.7219    0.81669 0.800 0.200
#> SRR1392676     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.7453    0.80826 0.788 0.212
#> SRR660510      1  0.1184    0.82917 0.984 0.016
#> SRR1445655     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR658953      1  0.3114    0.83824 0.944 0.056
#> SRR2166459     1  0.7453    0.81147 0.788 0.212
#> SRR1070713     1  0.9044    0.65381 0.680 0.320
#> SRR1485312     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1317631     1  0.7745    0.79232 0.772 0.228
#> SRR1488610     1  0.6887    0.82191 0.816 0.184
#> SRR1330588     1  0.2948    0.83843 0.948 0.052
#> SRR1316367     1  0.5946    0.83882 0.856 0.144
#> SRR1433926     1  0.8955    0.72158 0.688 0.312
#> SRR1091302     2  0.9491    0.41363 0.368 0.632
#> SRR818263      1  0.6247    0.83423 0.844 0.156
#> SRR1404909     2  0.5519    0.76216 0.128 0.872
#> SRR663076      1  0.8608    0.75256 0.716 0.284
#> SRR1323577     1  0.8443    0.63682 0.728 0.272
#> SRR1442422     2  0.0672    0.81793 0.008 0.992
#> SRR1465893     1  0.8144    0.78012 0.748 0.252
#> SRR654862      1  0.6438    0.83249 0.836 0.164
#> SRR1407112     2  0.0672    0.81793 0.008 0.992
#> SRR1332969     1  0.2778    0.83806 0.952 0.048
#> SRR1353199     1  0.3733    0.84008 0.928 0.072
#> SRR1378885     1  0.4298    0.84112 0.912 0.088
#> SRR665357      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR662186      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1501020     1  0.2423    0.83439 0.960 0.040
#> SRR1347819     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1480813     1  0.6712    0.72674 0.824 0.176
#> SRR1472576     2  0.9998    0.00858 0.492 0.508
#> SRR1431781     2  0.5629    0.76192 0.132 0.868
#> SRR1452270     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.2236    0.83538 0.964 0.036
#> SRR1417632     2  0.9710    0.42704 0.400 0.600
#> SRR1350153     1  0.2603    0.80222 0.956 0.044
#> SRR1458113     1  0.5294    0.84027 0.880 0.120
#> SRR1326579     1  0.6973    0.81955 0.812 0.188
#> SRR1349363     1  0.0938    0.82866 0.988 0.012
#> SRR1096712     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1090407     1  0.2778    0.83779 0.952 0.048
#> SRR1083752     1  0.9815    0.29249 0.580 0.420
#> SRR1377599     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1488449     1  0.1633    0.83131 0.976 0.024
#> SRR1318354     1  0.0672    0.82689 0.992 0.008
#> SRR1359062     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4690    0.84308 0.900 0.100
#> SRR663783      1  0.1184    0.82791 0.984 0.016
#> SRR1319204     1  0.0938    0.82759 0.988 0.012
#> SRR1369070     1  0.6623    0.71838 0.828 0.172
#> SRR615659      1  0.8955    0.72158 0.688 0.312
#> SRR1337449     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1316982     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1498595     1  0.9427    0.44667 0.640 0.360
#> SRR1377423     1  0.2603    0.83412 0.956 0.044
#> SRR1312310     1  0.0376    0.82494 0.996 0.004
#> SRR1485613     1  0.7950    0.79014 0.760 0.240
#> SRR1338426     1  0.0376    0.82311 0.996 0.004
#> SRR1353309     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.5294    0.84037 0.880 0.120
#> SRR1101643     2  0.7883    0.62144 0.236 0.764
#> SRR1401468     1  0.7745    0.79887 0.772 0.228
#> SRR1368874     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1324085     2  0.9795    0.29745 0.416 0.584
#> SRR1363858     2  0.6801    0.70190 0.180 0.820
#> SRR819820      1  0.4562    0.84158 0.904 0.096
#> SRR1337342     1  0.6801    0.82307 0.820 0.180
#> SRR655206      1  0.2778    0.83840 0.952 0.048
#> SRR1387013     1  0.8144    0.64105 0.748 0.252
#> SRR1317410     1  0.8499    0.76007 0.724 0.276
#> SRR608198      1  0.7299    0.81273 0.796 0.204
#> SRR1440161     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1343741     1  0.6712    0.71251 0.824 0.176
#> SRR1381288     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.9170    0.65616 0.668 0.332
#> SRR1099622     1  0.6623    0.72072 0.828 0.172
#> SRR663197      1  0.7376    0.81445 0.792 0.208
#> SRR1394836     1  0.3114    0.83982 0.944 0.056
#> SRR661699      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.7674    0.80371 0.776 0.224
#> SRR1410678     1  0.8909    0.72692 0.692 0.308
#> SRR1378109     2  0.0672    0.81793 0.008 0.992
#> SRR1499174     1  0.8813    0.73711 0.700 0.300
#> SRR1311486     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1382851     1  0.9248    0.61253 0.660 0.340
#> SRR1433410     1  0.6973    0.81978 0.812 0.188
#> SRR661167      1  0.3733    0.84055 0.928 0.072
#> SRR1432518     1  0.0376    0.82311 0.996 0.004
#> SRR660462      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1374608     1  0.7883    0.78517 0.764 0.236
#> SRR657949      1  0.3274    0.83854 0.940 0.060
#> SRR1308882     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR655768      1  0.9954    0.39260 0.540 0.460
#> SRR1485870     1  0.8661    0.69685 0.712 0.288
#> SRR1444138     1  0.5178    0.84122 0.884 0.116
#> SRR1417342     1  0.7815    0.79934 0.768 0.232
#> SRR1470193     1  0.8267    0.76218 0.740 0.260
#> SRR1091380     1  0.4562    0.84158 0.904 0.096
#> SRR1099096     1  0.8267    0.77560 0.740 0.260
#> SRR1313583     2  0.9209    0.42645 0.336 0.664
#> SRR1467102     1  0.0938    0.82880 0.988 0.012
#> SRR1485416     2  0.2603    0.80551 0.044 0.956
#> SRR818821      1  0.1184    0.82874 0.984 0.016
#> SRR809963      1  0.8861    0.73271 0.696 0.304
#> SRR1072247     1  0.8499    0.76007 0.724 0.276
#> SRR1353710     1  0.9795    0.43672 0.584 0.416
#> SRR1445259     1  0.0672    0.82689 0.992 0.008
#> SRR1408393     1  0.3733    0.83902 0.928 0.072
#> SRR1361522     1  0.8955    0.72158 0.688 0.312
#> SRR1368597     1  0.6801    0.82856 0.820 0.180
#> SRR1309680     1  0.4939    0.77734 0.892 0.108
#> SRR1310542     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1333485     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1406437     1  0.7139    0.81365 0.804 0.196
#> SRR1354931     1  0.5946    0.83812 0.856 0.144
#> SRR1391856     1  0.8713    0.69682 0.708 0.292
#> SRR1446738     1  0.8861    0.67428 0.696 0.304
#> SRR1309032     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1388145     1  0.6343    0.73916 0.840 0.160
#> SRR1432611     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR815869      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR613150      1  0.6343    0.83279 0.840 0.160
#> SRR1375329     1  0.2236    0.83538 0.964 0.036
#> SRR1387921     1  0.8661    0.74901 0.712 0.288
#> SRR1466792     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1360478     1  0.3274    0.78996 0.940 0.060
#> SRR1360695     1  0.7674    0.80081 0.776 0.224
#> SRR812943      1  0.8763    0.74168 0.704 0.296
#> SRR1400910     1  0.1414    0.83062 0.980 0.020
#> SRR1444203     2  0.0938    0.81754 0.012 0.988
#> SRR816177      1  0.9866    0.29916 0.568 0.432
#> SRR658754      1  0.0376    0.82476 0.996 0.004
#> SRR1429603     1  0.9754    0.45593 0.592 0.408
#> SRR1397366     1  0.4022    0.84009 0.920 0.080
#> SRR1446028     1  0.8661    0.74971 0.712 0.288
#> SRR1083918     1  0.9896    0.29755 0.560 0.440
#> SRR1337606     1  0.6148    0.83228 0.848 0.152
#> SRR659109      1  0.0376    0.82463 0.996 0.004
#> SRR1337192     1  0.7602    0.80474 0.780 0.220
#> SRR656946      1  0.5408    0.83903 0.876 0.124
#> SRR1476102     1  0.7602    0.80590 0.780 0.220
#> SRR1476447     1  0.7602    0.80474 0.780 0.220
#> SRR1342067     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1385389     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1075971     1  0.8081    0.79019 0.752 0.248
#> SRR614419      1  0.7299    0.81328 0.796 0.204
#> SRR1322936     1  0.7883    0.79435 0.764 0.236
#> SRR1349121     1  0.7602    0.80489 0.780 0.220
#> SRR1430549     1  0.8909    0.72692 0.692 0.308
#> SRR612935      1  0.0376    0.82505 0.996 0.004
#> SRR661481      1  0.6712    0.72674 0.824 0.176
#> SRR1354117     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1393596     1  0.9732    0.46848 0.596 0.404
#> SRR1452164     1  0.8909    0.72609 0.692 0.308
#> SRR1070503     1  0.5842    0.83928 0.860 0.140
#> SRR1499894     1  0.0672    0.82638 0.992 0.008
#> SRR1082883     1  0.7056    0.81765 0.808 0.192
#> SRR1468271     1  0.8016    0.78597 0.756 0.244
#> SRR1332443     1  0.8144    0.78321 0.748 0.252
#> SRR810295      1  0.0376    0.82494 0.996 0.004
#> SRR662103      1  0.9998    0.29343 0.508 0.492
#> SRR1328620     1  0.0672    0.82689 0.992 0.008
#> SRR1396294     1  0.7745    0.79232 0.772 0.228
#> SRR1419917     1  0.8955    0.72158 0.688 0.312
#> SRR662114      1  0.5737    0.84014 0.864 0.136
#> SRR1489199     1  0.4815    0.84271 0.896 0.104
#> SRR813584      2  0.9970    0.08453 0.468 0.532
#> SRR1069638     1  0.5737    0.83695 0.864 0.136
#> SRR614864      1  0.5842    0.83527 0.860 0.140
#> SRR1433392     1  0.6148    0.83445 0.848 0.152
#> SRR1377777     1  0.1843    0.81260 0.972 0.028
#> SRR2167710     1  0.5408    0.83903 0.876 0.124
#> SRR1401252     2  0.5946    0.75070 0.144 0.856
#> SRR1309963     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1338031     1  0.8813    0.73747 0.700 0.300
#> SRR1418628     1  0.2236    0.81305 0.964 0.036
#> SRR1486889     1  0.4815    0.84253 0.896 0.104
#> SRR1380393     1  0.8608    0.75256 0.716 0.284
#> SRR1319731     1  0.8608    0.75376 0.716 0.284
#> SRR1356468     1  0.8608    0.72715 0.716 0.284
#> SRR1337010     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.7815    0.79769 0.768 0.232
#> SRR1486538     2  0.1633    0.81447 0.024 0.976
#> SRR1340486     2  0.0672    0.81793 0.008 0.992
#> SRR1377696     1  0.9000    0.53132 0.684 0.316
#> SRR1465459     1  0.3879    0.84000 0.924 0.076
#> SRR1080270     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1312501     1  0.0376    0.82476 0.996 0.004
#> SRR1093148     1  0.5059    0.84007 0.888 0.112
#> SRR1467080     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1410866     1  0.9491    0.45475 0.632 0.368
#> SRR816475      2  0.9833    0.26900 0.424 0.576
#> SRR1379198     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR613342      1  0.5842    0.83717 0.860 0.140
#> SRR1452246     1  0.8144    0.64105 0.748 0.252
#> SRR1338836     1  0.4815    0.77905 0.896 0.104
#> SRR1369129     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1396616     1  0.2236    0.83472 0.964 0.036
#> SRR813824      1  0.8499    0.75416 0.724 0.276
#> SRR1082376     1  0.8081    0.79105 0.752 0.248
#> SRR1500891     2  0.0672    0.81784 0.008 0.992
#> SRR807543      1  0.6343    0.83287 0.840 0.160
#> SRR1091572     1  0.7602    0.80980 0.780 0.220
#> SRR1346689     2  0.9795    0.22394 0.416 0.584
#> SRR1332424     1  0.6973    0.81978 0.812 0.188
#> SRR663729      2  0.9970   -0.10871 0.468 0.532
#> SRR1097013     1  0.7453    0.81147 0.788 0.212
#> SRR613675      1  0.7883    0.79435 0.764 0.236
#> SRR1485357     2  0.0938    0.81754 0.012 0.988
#> SRR655816      1  0.0672    0.82696 0.992 0.008
#> SRR1500113     1  0.7815    0.79576 0.768 0.232
#> SRR1437622     1  1.0000    0.04013 0.504 0.496
#> SRR1355172     1  0.7602    0.80337 0.780 0.220
#> SRR655531      1  0.7453    0.80822 0.788 0.212
#> SRR1338147     1  0.1414    0.83106 0.980 0.020
#> SRR1413329     1  0.6973    0.82281 0.812 0.188
#> SRR1485931     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.8267    0.77407 0.740 0.260
#> SRR1333308     1  0.9044    0.67498 0.680 0.320
#> SRR1452033     1  0.8386    0.76640 0.732 0.268
#> SRR1467316     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR809018      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1375351     1  0.2603    0.81473 0.956 0.044
#> SRR663440      1  0.5737    0.83820 0.864 0.136
#> SRR1471755     1  0.9608    0.43303 0.616 0.384
#> SRR808019      1  0.6801    0.82304 0.820 0.180
#> SRR1479133     1  0.8499    0.75416 0.724 0.276
#> SRR615069      1  0.5294    0.83927 0.880 0.120
#> SRR1456185     1  0.2236    0.83509 0.964 0.036
#> SRR1350069     1  0.7815    0.78829 0.768 0.232
#> SRR816316      2  0.9087    0.43880 0.324 0.676
#> SRR664795      1  0.7453    0.80826 0.788 0.212
#> SRR1490721     1  0.9998    0.24757 0.508 0.492
#> SRR810643      1  0.8207    0.77754 0.744 0.256
#> SRR1430333     1  0.4690    0.84205 0.900 0.100
#> SRR1085285     1  0.8499    0.75416 0.724 0.276
#> SRR1099072     1  0.2423    0.83475 0.960 0.040
#> SRR1317985     1  0.8909    0.72620 0.692 0.308
#> SRR1487340     1  0.8555    0.75851 0.720 0.280
#> SRR1420276     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1351347     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.6973    0.82131 0.812 0.188
#> SRR1370329     2  0.6801    0.70190 0.180 0.820
#> SRR1465001     1  0.8267    0.77589 0.740 0.260
#> SRR1476525     1  0.5178    0.77345 0.884 0.116
#> SRR819610      1  0.3431    0.82150 0.936 0.064
#> SRR2157314     1  0.8499    0.76007 0.724 0.276
#> SRR1409465     1  0.4939    0.78165 0.892 0.108
#> SRR809987      1  0.9286    0.63823 0.656 0.344
#> SRR613639      1  0.9044    0.69828 0.680 0.320
#> SRR1402285     2  0.1414    0.81555 0.020 0.980
#> SRR1077038     1  0.6623    0.82960 0.828 0.172
#> SRR1405660     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.1414    0.83062 0.980 0.020
#> SRR1394734     1  0.9896    0.29755 0.560 0.440
#> SRR1317771     1  0.7219    0.81669 0.800 0.200
#> SRR1365894     1  0.8661    0.70188 0.712 0.288
#> SRR1073581     1  0.8386    0.76640 0.732 0.268
#> SRR659804      1  0.8499    0.76007 0.724 0.276
#> SRR1345914     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1432186     1  0.5059    0.77235 0.888 0.112
#> SRR1473529     1  0.9427    0.44667 0.640 0.360
#> SRR660764      1  0.7376    0.81445 0.792 0.208
#> SRR820448      2  0.9129    0.42820 0.328 0.672
#> SRR1328845     1  0.8713    0.71689 0.708 0.292
#> SRR1336415     2  0.0672    0.81793 0.008 0.992
#> SRR1379065     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1459190     1  0.3274    0.83850 0.940 0.060
#> SRR1346773     1  0.8016    0.78597 0.756 0.244
#> SRR1499521     1  0.6887    0.82124 0.816 0.184
#> SRR1440898     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1347459     1  0.1184    0.82895 0.984 0.016
#> SRR1081209     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.8661    0.74901 0.712 0.288
#> SRR1333395     1  0.2236    0.83656 0.964 0.036
#> SRR1309248     1  0.8555    0.70695 0.720 0.280
#> SRR809161      1  0.6887    0.82657 0.816 0.184
#> SRR1316320     1  0.4022    0.83336 0.920 0.080
#> SRR1432629     1  0.8267    0.62420 0.740 0.260
#> SRR1498931     1  0.8861    0.73151 0.696 0.304
#> SRR1416578     2  0.9996   -0.12359 0.488 0.512
#> SRR1405547     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1470534     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1380764     1  0.6801    0.82307 0.820 0.180
#> SRR1309160     1  0.2043    0.83479 0.968 0.032
#> SRR663489      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.7602    0.80337 0.780 0.220
#> SRR1078489     1  0.1414    0.83042 0.980 0.020
#> SRR1332648     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR660614      1  0.0938    0.82759 0.988 0.012
#> SRR1470420     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.8661    0.74901 0.712 0.288
#> SRR1477949     1  0.7815    0.80054 0.768 0.232
#> SRR1481419     1  0.5059    0.77235 0.888 0.112
#> SRR1464766     1  0.7950    0.79014 0.760 0.240
#> SRR615946      1  0.7376    0.81445 0.792 0.208
#> SRR1446481     1  0.5408    0.76613 0.876 0.124
#> SRR1467656     1  0.4161    0.79152 0.916 0.084
#> SRR1402962     1  0.5946    0.83450 0.856 0.144
#> SRR660224      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR665586      1  0.7056    0.82310 0.808 0.192
#> SRR1347166     1  0.5294    0.83850 0.880 0.120
#> SRR1485722     1  0.6438    0.82849 0.836 0.164
#> SRR1415316     1  0.6973    0.82551 0.812 0.188
#> SRR613390      1  0.8144    0.78821 0.748 0.252
#> SRR661108      1  0.7139    0.82065 0.804 0.196
#> SRR2170173     1  0.1414    0.83095 0.980 0.020
#> SRR817329      1  0.3879    0.84074 0.924 0.076
#> SRR1401990     1  0.9000    0.68270 0.684 0.316
#> SRR1467745     2  0.9795    0.29745 0.416 0.584
#> SRR1471795     1  0.9552    0.45077 0.624 0.376
#> SRR1415637     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR813137      1  0.8955    0.72158 0.688 0.312
#> SRR1314873     1  0.8861    0.73251 0.696 0.304
#> SRR1401211     1  0.7674    0.80027 0.776 0.224
#> SRR1419692     2  0.1184    0.81638 0.016 0.984
#> SRR818797      1  0.8499    0.75765 0.724 0.276
#> SRR2164608     1  0.3733    0.84213 0.928 0.072
#> SRR1455586     1  0.1184    0.82952 0.984 0.016
#> SRR819459      1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1488939     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1433232     1  0.6623    0.71838 0.828 0.172
#> SRR1385501     1  0.6531    0.83162 0.832 0.168
#> SRR1361652     1  0.0938    0.82727 0.988 0.012
#> SRR1437119     1  0.8909    0.72644 0.692 0.308
#> SRR1478547     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.0938    0.82727 0.988 0.012
#> SRR1310584     1  0.8386    0.76746 0.732 0.268
#> SRR1500216     2  0.6801    0.70190 0.180 0.820
#> SRR1486762     1  0.1843    0.83167 0.972 0.028
#> SRR1480854     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1489394     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1418085     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1340221     2  0.1414    0.81555 0.020 0.980
#> SRR1473058     2  0.9996   -0.00698 0.488 0.512
#> SRR1405165     1  0.4815    0.84081 0.896 0.104
#> SRR1433004     1  0.8327    0.77711 0.736 0.264
#> SRR1471477     1  0.7528    0.80596 0.784 0.216
#> SRR1098567     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1098712     1  0.7602    0.80092 0.780 0.220
#> SRR1455038     2  0.9881    0.06291 0.436 0.564
#> SRR1375248     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1403005     1  0.3274    0.83916 0.940 0.060
#> SRR1348378     1  0.9754    0.33865 0.592 0.408
#> SRR1413541     1  0.7453    0.81285 0.788 0.212
#> SRR1392943     1  0.8144    0.76866 0.748 0.252
#> SRR1475192     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1432085     1  0.1184    0.82952 0.984 0.016
#> SRR1452468     1  0.4161    0.84246 0.916 0.084
#> SRR1347060     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1414139     1  0.2423    0.83344 0.960 0.040
#> SRR1447962     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1444324     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.8555    0.75537 0.720 0.280
#> SRR1413436     1  0.6438    0.83073 0.836 0.164
#> SRR1311266     1  0.6887    0.82191 0.816 0.184
#> SRR1343302     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1373746     1  0.8909    0.72692 0.692 0.308
#> SRR1429678     1  0.7453    0.81288 0.788 0.212
#> SRR1469413     1  0.0376    0.82536 0.996 0.004
#> SRR1405331     1  0.6438    0.83238 0.836 0.164
#> SRR1345609     1  0.8763    0.74135 0.704 0.296
#> SRR1380208     1  0.8499    0.71348 0.724 0.276
#> SRR1322840     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1399797     1  0.0376    0.82476 0.996 0.004
#> SRR1416654     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1315081     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1369196     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.8267    0.77605 0.740 0.260
#> SRR1365291     1  0.4298    0.84104 0.912 0.088
#> SRR1367920     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1366648     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1441679     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1082173     1  0.3733    0.84213 0.928 0.072
#> SRR1363968     1  0.6887    0.82124 0.816 0.184
#> SRR814387      1  0.8267    0.77589 0.740 0.260
#> SRR657599      1  0.9833    0.49512 0.576 0.424
#> SRR1386689     2  0.0672    0.81793 0.008 0.992
#> SRR1395575     1  0.2948    0.83824 0.948 0.052
#> SRR1453811     1  0.8499    0.75416 0.724 0.276
#> SRR1441159     1  0.7883    0.79578 0.764 0.236
#> SRR1403154     2  0.0376    0.81713 0.004 0.996
#> SRR1468722     1  0.0000    0.82335 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.4298    0.84104 0.912 0.088

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.6102    0.61311 0.672 0.008 0.320
#> SRR1331708     1  0.4539    0.72236 0.836 0.016 0.148
#> SRR1464258     3  0.8120    0.69550 0.224 0.136 0.640
#> SRR1454201     1  0.5220    0.69954 0.780 0.012 0.208
#> SRR661589      1  0.1163    0.72046 0.972 0.000 0.028
#> SRR1456229     1  0.6033    0.60238 0.660 0.004 0.336
#> SRR1315165     2  0.5212    0.60599 0.108 0.828 0.064
#> SRR1488960     1  0.6229    0.64491 0.700 0.020 0.280
#> SRR1417809     1  0.8985    0.41946 0.564 0.220 0.216
#> SRR1094457     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095575     1  0.1860    0.72438 0.948 0.000 0.052
#> SRR1315931     3  0.8195    0.69452 0.232 0.136 0.632
#> SRR1430066     1  0.0892    0.71510 0.980 0.000 0.020
#> SRR1431037     1  0.0892    0.71817 0.980 0.000 0.020
#> SRR1395554     1  0.0892    0.71445 0.980 0.000 0.020
#> SRR818002      2  0.8976    0.13085 0.416 0.456 0.128
#> SRR1344143     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR1486845     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362866     1  0.5318    0.69943 0.780 0.016 0.204
#> SRR1490740     1  0.6661    0.47895 0.588 0.012 0.400
#> SRR1446627     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR1456138     1  0.8192    0.40054 0.636 0.220 0.144
#> SRR1416248     1  0.6553    0.59487 0.656 0.020 0.324
#> SRR1383907     2  0.8222    0.26966 0.332 0.576 0.092
#> SRR1311018     1  0.6553    0.45775 0.580 0.008 0.412
#> SRR1375699     1  0.3192    0.68771 0.888 0.000 0.112
#> SRR1429846     1  0.3500    0.72755 0.880 0.004 0.116
#> SRR613550      1  0.4784    0.70353 0.796 0.004 0.200
#> SRR1348402     1  0.6228    0.60776 0.672 0.012 0.316
#> SRR1345146     1  0.1031    0.72094 0.976 0.000 0.024
#> SRR1324025     1  0.3192    0.72767 0.888 0.000 0.112
#> SRR1318879     1  0.0592    0.71631 0.988 0.000 0.012
#> SRR820755      1  0.4409    0.71544 0.824 0.004 0.172
#> SRR1485830     2  0.5497    0.54989 0.148 0.804 0.048
#> SRR599313      3  0.6093    0.57268 0.068 0.156 0.776
#> SRR612263      1  0.4978    0.69937 0.780 0.004 0.216
#> SRR1415398     1  0.2165    0.72861 0.936 0.000 0.064
#> SRR1326205     1  0.9197    0.35698 0.536 0.252 0.212
#> SRR1421327     2  0.0661    0.72954 0.004 0.988 0.008
#> SRR1083311     1  0.0892    0.71425 0.980 0.000 0.020
#> SRR1499303     2  0.4217    0.62989 0.100 0.868 0.032
#> SRR1079522     1  0.1411    0.72694 0.964 0.000 0.036
#> SRR1452935     1  0.0747    0.71806 0.984 0.000 0.016
#> SRR1379495     1  0.6688    0.46175 0.580 0.012 0.408
#> SRR1470459     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR661361      1  0.6180    0.56088 0.660 0.008 0.332
#> SRR615778      1  0.4808    0.71047 0.804 0.008 0.188
#> SRR1447564     1  0.6314    0.51377 0.604 0.004 0.392
#> SRR1455195     1  0.6226    0.66561 0.720 0.028 0.252
#> SRR655182      1  0.5115    0.68104 0.768 0.004 0.228
#> SRR1335140     1  0.8858    0.22555 0.532 0.332 0.136
#> SRR1433555     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1308650     1  0.4235    0.71423 0.824 0.000 0.176
#> SRR1388354     1  0.6359    0.54886 0.628 0.008 0.364
#> SRR1317446     1  0.0892    0.71510 0.980 0.000 0.020
#> SRR1413602     1  0.0592    0.71472 0.988 0.000 0.012
#> SRR1479955     1  0.3987    0.65729 0.872 0.020 0.108
#> SRR809853      1  0.6359    0.48756 0.592 0.004 0.404
#> SRR661313      1  0.5810    0.57957 0.664 0.000 0.336
#> SRR1499935     2  0.4709    0.62824 0.092 0.852 0.056
#> SRR1447303     1  0.3193    0.73035 0.896 0.004 0.100
#> SRR1429408     2  0.8869    0.15440 0.380 0.496 0.124
#> SRR1433950     1  0.5650    0.63037 0.688 0.000 0.312
#> SRR1362081     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR1409854     1  0.4531    0.72132 0.824 0.008 0.168
#> SRR1435229     1  0.1163    0.72521 0.972 0.000 0.028
#> SRR1085996     1  0.5902    0.62879 0.680 0.004 0.316
#> SRR1414229     1  0.5268    0.69759 0.776 0.012 0.212
#> SRR1400974     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1399971     1  0.6553    0.45775 0.580 0.008 0.412
#> SRR613927      1  0.5882    0.56143 0.652 0.000 0.348
#> SRR1457854     1  0.6359    0.54886 0.628 0.008 0.364
#> SRR1473714     3  0.6093    0.57268 0.068 0.156 0.776
#> SRR813776      1  0.4409    0.71544 0.824 0.004 0.172
#> SRR808196      1  0.9019    0.41314 0.560 0.224 0.216
#> SRR1101085     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR614395      1  0.6386    0.47095 0.584 0.004 0.412
#> SRR1478251     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370551     1  0.2711    0.67760 0.912 0.000 0.088
#> SRR1362310     1  0.6688    0.46175 0.580 0.012 0.408
#> SRR665310      1  0.3116    0.72581 0.892 0.000 0.108
#> SRR1420109     1  0.2165    0.72346 0.936 0.000 0.064
#> SRR1330920     1  0.4978    0.69671 0.780 0.004 0.216
#> SRR1419539     1  0.4677    0.71095 0.840 0.028 0.132
#> SRR1359447     1  0.1031    0.71073 0.976 0.000 0.024
#> SRR1347259     1  0.9098    0.18229 0.492 0.360 0.148
#> SRR613915      1  0.4796    0.69962 0.780 0.000 0.220
#> SRR1384395     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR821715      1  0.2590    0.73073 0.924 0.004 0.072
#> SRR1478228     1  0.6673    0.56777 0.636 0.020 0.344
#> SRR1445637     1  0.3349    0.72844 0.888 0.004 0.108
#> SRR608150      1  0.6523    0.67118 0.724 0.048 0.228
#> SRR1096383     1  0.6057    0.59334 0.656 0.004 0.340
#> SRR1341480     2  0.0475    0.73206 0.004 0.992 0.004
#> SRR1341344     1  0.6770    0.64269 0.692 0.044 0.264
#> SRR1326270     1  0.6540    0.37908 0.584 0.008 0.408
#> SRR1498838     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416313     1  0.1031    0.71637 0.976 0.000 0.024
#> SRR808566      2  0.8222    0.26966 0.332 0.576 0.092
#> SRR1430270     2  0.0983    0.72609 0.016 0.980 0.004
#> SRR1367825     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR613533      1  0.1163    0.71955 0.972 0.000 0.028
#> SRR661267      1  0.5763    0.65339 0.716 0.008 0.276
#> SRR810665      1  0.5339    0.60625 0.824 0.080 0.096
#> SRR1407250     1  0.5406    0.69108 0.764 0.012 0.224
#> SRR1420067     1  0.5578    0.68167 0.748 0.012 0.240
#> SRR1473632     1  0.6359    0.48756 0.592 0.004 0.404
#> SRR812536      1  0.4883    0.70065 0.788 0.004 0.208
#> SRR1370850     1  0.7595    0.50865 0.688 0.176 0.136
#> SRR1486195     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR1407671     1  0.7816    0.59181 0.668 0.132 0.200
#> SRR1446375     1  0.1529    0.72228 0.960 0.000 0.040
#> SRR1465230     2  0.0592    0.73150 0.000 0.988 0.012
#> SRR614119      1  0.5929    0.61992 0.676 0.004 0.320
#> SRR1356101     1  0.2711    0.67760 0.912 0.000 0.088
#> SRR1404209     1  0.5775    0.66640 0.728 0.012 0.260
#> SRR1392676     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR665538      1  0.5797    0.65094 0.712 0.008 0.280
#> SRR660510      1  0.1163    0.72046 0.972 0.000 0.028
#> SRR1445655     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR658953      1  0.2878    0.73075 0.904 0.000 0.096
#> SRR2166459     1  0.5656    0.65185 0.712 0.004 0.284
#> SRR1070713     1  0.8645    0.39313 0.584 0.268 0.148
#> SRR1485312     1  0.1163    0.71844 0.972 0.000 0.028
#> SRR1317631     1  0.7902    0.59422 0.660 0.132 0.208
#> SRR1488610     1  0.5772    0.68662 0.756 0.024 0.220
#> SRR1330588     1  0.2261    0.73010 0.932 0.000 0.068
#> SRR1316367     1  0.4883    0.70611 0.788 0.004 0.208
#> SRR1433926     1  0.6410    0.45365 0.576 0.004 0.420
#> SRR1091302     2  0.8089    0.29856 0.308 0.600 0.092
#> SRR818263      1  0.4834    0.70360 0.792 0.004 0.204
#> SRR1404909     2  0.4217    0.62967 0.100 0.868 0.032
#> SRR663076      1  0.6451    0.51439 0.608 0.008 0.384
#> SRR1323577     1  0.8321    0.38450 0.620 0.240 0.140
#> SRR1442422     2  0.0592    0.73150 0.000 0.988 0.012
#> SRR1465893     1  0.6422    0.59620 0.660 0.016 0.324
#> SRR654862      1  0.5115    0.69304 0.768 0.004 0.228
#> SRR1407112     2  0.0592    0.73150 0.000 0.988 0.012
#> SRR1332969     1  0.2261    0.72902 0.932 0.000 0.068
#> SRR1353199     1  0.3116    0.72581 0.892 0.000 0.108
#> SRR1378885     1  0.3500    0.72800 0.880 0.004 0.116
#> SRR665357      1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR662186      1  0.2959    0.67495 0.900 0.000 0.100
#> SRR1501020     1  0.1964    0.72458 0.944 0.000 0.056
#> SRR1347819     1  0.0892    0.71510 0.980 0.000 0.020
#> SRR1480813     1  0.7180    0.49570 0.716 0.168 0.116
#> SRR1472576     2  0.8779    0.13724 0.416 0.472 0.112
#> SRR1431781     2  0.4945    0.61432 0.104 0.840 0.056
#> SRR1452270     1  0.1163    0.71844 0.972 0.000 0.028
#> SRR1500472     1  0.2066    0.73061 0.940 0.000 0.060
#> SRR1417632     2  0.8091    0.27283 0.348 0.572 0.080
#> SRR1350153     1  0.4399    0.63624 0.864 0.044 0.092
#> SRR1458113     1  0.4645    0.71871 0.816 0.008 0.176
#> SRR1326579     1  0.5899    0.67445 0.736 0.020 0.244
#> SRR1349363     1  0.3038    0.68183 0.896 0.000 0.104
#> SRR1096712     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1090407     1  0.2261    0.72939 0.932 0.000 0.068
#> SRR1083752     1  0.8927    0.07458 0.488 0.384 0.128
#> SRR1377599     2  0.0424    0.72892 0.000 0.992 0.008
#> SRR1488449     1  0.1411    0.72435 0.964 0.000 0.036
#> SRR1318354     1  0.0892    0.72154 0.980 0.000 0.020
#> SRR1359062     1  0.0892    0.71510 0.980 0.000 0.020
#> SRR1398924     1  0.3816    0.72603 0.852 0.000 0.148
#> SRR663783      1  0.1529    0.71764 0.960 0.000 0.040
#> SRR1319204     1  0.1163    0.72086 0.972 0.000 0.028
#> SRR1369070     1  0.7126    0.49396 0.720 0.164 0.116
#> SRR615659      1  0.6410    0.45365 0.576 0.004 0.420
#> SRR1337449     1  0.2878    0.67274 0.904 0.000 0.096
#> SRR1316982     1  0.1529    0.70402 0.960 0.000 0.040
#> SRR1498595     1  0.8825    0.22243 0.532 0.336 0.132
#> SRR1377423     1  0.2261    0.72315 0.932 0.000 0.068
#> SRR1312310     1  0.2945    0.67751 0.908 0.004 0.088
#> SRR1485613     1  0.6228    0.61006 0.672 0.012 0.316
#> SRR1338426     1  0.0592    0.71631 0.988 0.000 0.012
#> SRR1353309     1  0.0747    0.71658 0.984 0.000 0.016
#> SRR658941      1  0.4782    0.71970 0.820 0.016 0.164
#> SRR1101643     3  0.6979    0.63840 0.128 0.140 0.732
#> SRR1401468     1  0.6102    0.61311 0.672 0.008 0.320
#> SRR1368874     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR1324085     2  0.8503    0.24497 0.352 0.544 0.104
#> SRR1363858     3  0.6093    0.57268 0.068 0.156 0.776
#> SRR819820      1  0.4033    0.72521 0.856 0.008 0.136
#> SRR1337342     1  0.5578    0.68167 0.748 0.012 0.240
#> SRR655206      1  0.4324    0.71121 0.860 0.028 0.112
#> SRR1387013     1  0.8284    0.39088 0.628 0.224 0.148
#> SRR1317410     1  0.6629    0.54849 0.624 0.016 0.360
#> SRR608198      1  0.6341    0.66136 0.716 0.032 0.252
#> SRR1440161     1  0.2711    0.67760 0.912 0.000 0.088
#> SRR1343741     1  0.7180    0.48602 0.716 0.168 0.116
#> SRR1381288     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR1415379     1  0.9141    0.37561 0.544 0.244 0.212
#> SRR1099622     1  0.7072    0.51371 0.724 0.160 0.116
#> SRR663197      1  0.5465    0.64004 0.712 0.000 0.288
#> SRR1394836     1  0.4609    0.71353 0.844 0.028 0.128
#> SRR661699      1  0.1031    0.71496 0.976 0.000 0.024
#> SRR813680      1  0.5896    0.63998 0.700 0.008 0.292
#> SRR1410678     1  0.6688    0.46175 0.580 0.012 0.408
#> SRR1378109     2  0.0592    0.73150 0.000 0.988 0.012
#> SRR1499174     1  0.6373    0.47901 0.588 0.004 0.408
#> SRR1311486     1  0.2878    0.67274 0.904 0.000 0.096
#> SRR1382851     1  0.8777    0.34847 0.564 0.288 0.148
#> SRR1433410     1  0.6025    0.67891 0.740 0.028 0.232
#> SRR661167      1  0.3038    0.72105 0.896 0.000 0.104
#> SRR1432518     1  0.0592    0.71631 0.988 0.000 0.012
#> SRR660462      1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1374608     1  0.8072    0.57287 0.648 0.144 0.208
#> SRR657949      1  0.2537    0.72974 0.920 0.000 0.080
#> SRR1308882     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR655768      3  0.6483    0.27480 0.392 0.008 0.600
#> SRR1485870     1  0.8460    0.43181 0.608 0.244 0.148
#> SRR1444138     1  0.4233    0.71776 0.836 0.004 0.160
#> SRR1417342     1  0.5956    0.60251 0.672 0.004 0.324
#> SRR1470193     1  0.8410    0.52741 0.620 0.164 0.216
#> SRR1091380     1  0.4033    0.72521 0.856 0.008 0.136
#> SRR1099096     1  0.6627    0.58425 0.644 0.020 0.336
#> SRR1313583     2  0.8263    0.24205 0.268 0.612 0.120
#> SRR1467102     1  0.2384    0.70611 0.936 0.008 0.056
#> SRR1485416     2  0.1919    0.71314 0.020 0.956 0.024
#> SRR818821      1  0.1163    0.71955 0.972 0.000 0.028
#> SRR809963      1  0.6386    0.47095 0.584 0.004 0.412
#> SRR1072247     1  0.6629    0.54849 0.624 0.016 0.360
#> SRR1353710     1  0.9059    0.14100 0.480 0.380 0.140
#> SRR1445259     1  0.0892    0.72154 0.980 0.000 0.020
#> SRR1408393     1  0.2625    0.72753 0.916 0.000 0.084
#> SRR1361522     1  0.6410    0.45365 0.576 0.004 0.420
#> SRR1368597     1  0.5291    0.67007 0.732 0.000 0.268
#> SRR1309680     1  0.5961    0.59339 0.792 0.096 0.112
#> SRR1310542     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1333485     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406437     1  0.7569    0.62025 0.684 0.116 0.200
#> SRR1354931     1  0.4452    0.70876 0.808 0.000 0.192
#> SRR1391856     1  0.8609    0.42368 0.596 0.244 0.160
#> SRR1446738     1  0.8483    0.41770 0.600 0.260 0.140
#> SRR1309032     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR1388145     1  0.6902    0.53497 0.736 0.148 0.116
#> SRR1432611     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR815869      1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR613150      1  0.4931    0.68868 0.768 0.000 0.232
#> SRR1375329     1  0.2066    0.73061 0.940 0.000 0.060
#> SRR1387921     1  0.6584    0.51826 0.608 0.012 0.380
#> SRR1466792     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR1360478     1  0.4725    0.62404 0.852 0.060 0.088
#> SRR1360695     1  0.5722    0.64026 0.704 0.004 0.292
#> SRR812943      1  0.6359    0.48756 0.592 0.004 0.404
#> SRR1400910     1  0.1411    0.72583 0.964 0.000 0.036
#> SRR1444203     2  0.0747    0.73136 0.000 0.984 0.016
#> SRR816177      1  0.9235    0.05426 0.460 0.384 0.156
#> SRR658754      1  0.0747    0.71614 0.984 0.000 0.016
#> SRR1429603     1  0.9109    0.17269 0.488 0.364 0.148
#> SRR1397366     1  0.3412    0.72282 0.876 0.000 0.124
#> SRR1446028     1  0.6796    0.52811 0.612 0.020 0.368
#> SRR1083918     1  0.9140    0.00631 0.452 0.404 0.144
#> SRR1337606     1  0.5268    0.69759 0.776 0.012 0.212
#> SRR659109      1  0.1031    0.71464 0.976 0.000 0.024
#> SRR1337192     1  0.6735    0.64625 0.696 0.044 0.260
#> SRR656946      1  0.4733    0.70203 0.800 0.004 0.196
#> SRR1476102     1  0.6301    0.65952 0.712 0.028 0.260
#> SRR1476447     1  0.6735    0.64625 0.696 0.044 0.260
#> SRR1342067     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1385389     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075971     1  0.6155    0.61174 0.664 0.008 0.328
#> SRR614419      1  0.6341    0.66245 0.716 0.032 0.252
#> SRR1322936     1  0.7485    0.63347 0.680 0.096 0.224
#> SRR1349121     1  0.6019    0.64274 0.700 0.012 0.288
#> SRR1430549     1  0.6688    0.46175 0.580 0.012 0.408
#> SRR612935      1  0.0747    0.72035 0.984 0.000 0.016
#> SRR661481      1  0.7180    0.49570 0.716 0.168 0.116
#> SRR1354117     1  0.2711    0.67760 0.912 0.000 0.088
#> SRR1393596     1  0.9098    0.18341 0.492 0.360 0.148
#> SRR1452164     1  0.6540    0.46691 0.584 0.008 0.408
#> SRR1070503     1  0.4700    0.71483 0.812 0.008 0.180
#> SRR1499894     1  0.1031    0.71796 0.976 0.000 0.024
#> SRR1082883     1  0.6295    0.67258 0.728 0.036 0.236
#> SRR1468271     1  0.6255    0.60501 0.668 0.012 0.320
#> SRR1332443     1  0.6769    0.59760 0.652 0.028 0.320
#> SRR810295      1  0.2945    0.67751 0.908 0.004 0.088
#> SRR662103      3  0.6318    0.38679 0.356 0.008 0.636
#> SRR1328620     1  0.0892    0.72154 0.980 0.000 0.020
#> SRR1396294     1  0.7902    0.59422 0.660 0.132 0.208
#> SRR1419917     1  0.6410    0.45365 0.576 0.004 0.420
#> SRR662114      1  0.4931    0.70228 0.784 0.004 0.212
#> SRR1489199     1  0.3983    0.72465 0.852 0.004 0.144
#> SRR813584      2  0.9014    0.14855 0.380 0.484 0.136
#> SRR1069638     1  0.4682    0.70687 0.804 0.004 0.192
#> SRR614864      1  0.4968    0.70921 0.800 0.012 0.188
#> SRR1433392     1  0.4883    0.70227 0.788 0.004 0.208
#> SRR1377777     1  0.4094    0.64549 0.872 0.028 0.100
#> SRR2167710     1  0.4733    0.70203 0.800 0.004 0.196
#> SRR1401252     2  0.4519    0.61056 0.116 0.852 0.032
#> SRR1309963     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338031     1  0.6661    0.47895 0.588 0.012 0.400
#> SRR1418628     1  0.4174    0.64837 0.872 0.036 0.092
#> SRR1486889     1  0.3412    0.72871 0.876 0.000 0.124
#> SRR1380393     1  0.6451    0.51439 0.608 0.008 0.384
#> SRR1319731     1  0.6777    0.53743 0.616 0.020 0.364
#> SRR1356468     1  0.8688    0.48526 0.596 0.196 0.208
#> SRR1337010     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR1486520     1  0.6570    0.61614 0.668 0.024 0.308
#> SRR1486538     2  0.1315    0.72649 0.008 0.972 0.020
#> SRR1340486     2  0.0592    0.73150 0.000 0.988 0.012
#> SRR1377696     1  0.8677    0.29256 0.572 0.288 0.140
#> SRR1465459     1  0.3038    0.72897 0.896 0.000 0.104
#> SRR1080270     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1312501     1  0.1031    0.71637 0.976 0.000 0.024
#> SRR1093148     1  0.4602    0.71938 0.832 0.016 0.152
#> SRR1467080     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1410866     1  0.8756    0.22928 0.540 0.332 0.128
#> SRR816475      2  0.8577    0.23529 0.356 0.536 0.108
#> SRR1379198     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR613342      1  0.4784    0.70353 0.796 0.004 0.200
#> SRR1452246     1  0.8284    0.39088 0.628 0.224 0.148
#> SRR1338836     1  0.5892    0.59194 0.796 0.100 0.104
#> SRR1369129     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1396616     1  0.2066    0.72708 0.940 0.000 0.060
#> SRR813824      1  0.6540    0.37908 0.584 0.008 0.408
#> SRR1082376     1  0.5982    0.61408 0.668 0.004 0.328
#> SRR1500891     2  0.0475    0.73208 0.004 0.992 0.004
#> SRR807543      1  0.4978    0.69671 0.780 0.004 0.216
#> SRR1091572     1  0.5785    0.63222 0.696 0.004 0.300
#> SRR1346689     2  0.8553    0.19180 0.336 0.552 0.112
#> SRR1332424     1  0.6067    0.67676 0.736 0.028 0.236
#> SRR663729      2  0.9573   -0.09873 0.364 0.436 0.200
#> SRR1097013     1  0.5656    0.65185 0.712 0.004 0.284
#> SRR613675      1  0.7485    0.63347 0.680 0.096 0.224
#> SRR1485357     2  0.0747    0.73136 0.000 0.984 0.016
#> SRR655816      1  0.1163    0.71988 0.972 0.000 0.028
#> SRR1500113     1  0.6143    0.62306 0.684 0.012 0.304
#> SRR1437622     2  0.8972    0.13862 0.412 0.460 0.128
#> SRR1355172     1  0.5656    0.64825 0.712 0.004 0.284
#> SRR655531      1  0.6441    0.64421 0.696 0.028 0.276
#> SRR1338147     1  0.1643    0.72460 0.956 0.000 0.044
#> SRR1413329     1  0.5461    0.67934 0.748 0.008 0.244
#> SRR1485931     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR1420873     1  0.6603    0.58305 0.648 0.020 0.332
#> SRR1333308     1  0.9049    0.39857 0.556 0.232 0.212
#> SRR1452033     1  0.6339    0.55402 0.632 0.008 0.360
#> SRR1467316     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR809018      1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1375351     1  0.4526    0.65245 0.856 0.040 0.104
#> SRR663440      1  0.4629    0.71057 0.808 0.004 0.188
#> SRR1471755     1  0.8983    0.17953 0.508 0.352 0.140
#> SRR808019      1  0.5493    0.68476 0.756 0.012 0.232
#> SRR1479133     1  0.6540    0.37908 0.584 0.008 0.408
#> SRR615069      1  0.4963    0.70940 0.792 0.008 0.200
#> SRR1456185     1  0.3192    0.70022 0.888 0.000 0.112
#> SRR1350069     1  0.7932    0.58826 0.660 0.140 0.200
#> SRR816316      3  0.8266    0.69029 0.240 0.136 0.624
#> SRR664795      1  0.5728    0.65694 0.720 0.008 0.272
#> SRR1490721     2  0.9522   -0.11839 0.404 0.408 0.188
#> SRR810643      1  0.6603    0.58453 0.648 0.020 0.332
#> SRR1430333     1  0.4059    0.72720 0.860 0.012 0.128
#> SRR1085285     1  0.6540    0.37908 0.584 0.008 0.408
#> SRR1099072     1  0.1860    0.72584 0.948 0.000 0.052
#> SRR1317985     1  0.6553    0.45766 0.580 0.008 0.412
#> SRR1487340     1  0.6717    0.55863 0.628 0.020 0.352
#> SRR1420276     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1351347     1  0.0892    0.71847 0.980 0.000 0.020
#> SRR1405525     1  0.5774    0.68302 0.748 0.020 0.232
#> SRR1370329     3  0.5913    0.58226 0.068 0.144 0.788
#> SRR1465001     1  0.6521    0.57856 0.644 0.016 0.340
#> SRR1476525     1  0.6111    0.57905 0.784 0.112 0.104
#> SRR819610      1  0.4749    0.65234 0.844 0.040 0.116
#> SRR2157314     1  0.6629    0.54849 0.624 0.016 0.360
#> SRR1409465     1  0.5966    0.59041 0.792 0.104 0.104
#> SRR809987      1  0.9191    0.35288 0.536 0.256 0.208
#> SRR613639      1  0.6225    0.35860 0.568 0.000 0.432
#> SRR1402285     2  0.0983    0.72609 0.016 0.980 0.004
#> SRR1077038     1  0.5016    0.68743 0.760 0.000 0.240
#> SRR1405660     1  0.0592    0.71472 0.988 0.000 0.012
#> SRR1095455     1  0.1411    0.72583 0.964 0.000 0.036
#> SRR1394734     1  0.9140    0.00631 0.452 0.404 0.144
#> SRR1317771     1  0.5775    0.66640 0.728 0.012 0.260
#> SRR1365894     1  0.8511    0.43004 0.604 0.244 0.152
#> SRR1073581     1  0.6339    0.55402 0.632 0.008 0.360
#> SRR659804      1  0.6629    0.54849 0.624 0.016 0.360
#> SRR1345914     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR1432186     1  0.6111    0.58313 0.784 0.104 0.112
#> SRR1473529     1  0.8825    0.22243 0.532 0.336 0.132
#> SRR660764      1  0.5497    0.63554 0.708 0.000 0.292
#> SRR820448      3  0.8120    0.69550 0.224 0.136 0.640
#> SRR1328845     1  0.8873    0.46074 0.576 0.200 0.224
#> SRR1336415     2  0.0592    0.73150 0.000 0.988 0.012
#> SRR1379065     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459190     1  0.2537    0.72831 0.920 0.000 0.080
#> SRR1346773     1  0.6255    0.60501 0.668 0.012 0.320
#> SRR1499521     1  0.5619    0.67709 0.744 0.012 0.244
#> SRR1440898     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR1347459     1  0.1289    0.72285 0.968 0.000 0.032
#> SRR1081209     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR1400202     1  0.6584    0.51826 0.608 0.012 0.380
#> SRR1333395     1  0.3551    0.70214 0.868 0.000 0.132
#> SRR1309248     1  0.8392    0.44955 0.616 0.236 0.148
#> SRR809161      1  0.5098    0.67835 0.752 0.000 0.248
#> SRR1316320     1  0.5558    0.67255 0.800 0.048 0.152
#> SRR1432629     1  0.8357    0.37318 0.620 0.232 0.148
#> SRR1498931     1  0.6527    0.47646 0.588 0.008 0.404
#> SRR1416578     2  0.9561   -0.05013 0.376 0.428 0.196
#> SRR1405547     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1470534     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380764     1  0.5619    0.67956 0.744 0.012 0.244
#> SRR1309160     1  0.1411    0.72658 0.964 0.000 0.036
#> SRR663489      1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1500450     1  0.5656    0.64825 0.712 0.004 0.284
#> SRR1078489     1  0.1411    0.72694 0.964 0.000 0.036
#> SRR1332648     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR660614      1  0.1163    0.72086 0.972 0.000 0.028
#> SRR1470420     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR1475566     1  0.6584    0.51826 0.608 0.012 0.380
#> SRR1477949     1  0.6075    0.62119 0.676 0.008 0.316
#> SRR1481419     1  0.6111    0.58313 0.784 0.104 0.112
#> SRR1464766     1  0.6228    0.61006 0.672 0.012 0.316
#> SRR615946      1  0.5465    0.64004 0.712 0.000 0.288
#> SRR1446481     1  0.6325    0.58359 0.772 0.112 0.116
#> SRR1467656     1  0.5339    0.60625 0.824 0.080 0.096
#> SRR1402962     1  0.5220    0.69954 0.780 0.012 0.208
#> SRR660224      1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR665586      1  0.5397    0.66044 0.720 0.000 0.280
#> SRR1347166     1  0.4808    0.71047 0.804 0.008 0.188
#> SRR1485722     1  0.5406    0.69108 0.764 0.012 0.224
#> SRR1415316     1  0.5363    0.66396 0.724 0.000 0.276
#> SRR613390      1  0.6081    0.59186 0.652 0.004 0.344
#> SRR661108      1  0.5363    0.65564 0.724 0.000 0.276
#> SRR2170173     1  0.1860    0.72438 0.948 0.000 0.052
#> SRR817329      1  0.3038    0.72941 0.896 0.000 0.104
#> SRR1401990     1  0.9019    0.41270 0.560 0.224 0.216
#> SRR1467745     2  0.8503    0.24497 0.352 0.544 0.104
#> SRR1471795     1  0.8955    0.19028 0.516 0.344 0.140
#> SRR1415637     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR813137      1  0.6410    0.45365 0.576 0.004 0.420
#> SRR1314873     1  0.6540    0.46854 0.584 0.008 0.408
#> SRR1401211     1  0.5690    0.64431 0.708 0.004 0.288
#> SRR1419692     2  0.0983    0.72870 0.004 0.980 0.016
#> SRR818797      1  0.6548    0.47809 0.616 0.012 0.372
#> SRR2164608     1  0.3129    0.73292 0.904 0.008 0.088
#> SRR1455586     1  0.3375    0.68762 0.892 0.008 0.100
#> SRR819459      1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1488939     1  0.2959    0.66948 0.900 0.000 0.100
#> SRR1433232     1  0.7126    0.49396 0.720 0.164 0.116
#> SRR1385501     1  0.4974    0.68989 0.764 0.000 0.236
#> SRR1361652     1  0.1411    0.72712 0.964 0.000 0.036
#> SRR1437119     1  0.6553    0.45775 0.580 0.008 0.412
#> SRR1478547     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1430910     1  0.1163    0.72521 0.972 0.000 0.028
#> SRR1310584     1  0.6796    0.56415 0.632 0.024 0.344
#> SRR1500216     3  0.6093    0.57268 0.068 0.156 0.776
#> SRR1486762     1  0.1860    0.72075 0.948 0.000 0.052
#> SRR1480854     2  0.0424    0.72892 0.000 0.992 0.008
#> SRR1489394     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418085     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340221     2  0.0983    0.72609 0.016 0.980 0.004
#> SRR1473058     2  0.8957    0.14788 0.400 0.472 0.128
#> SRR1405165     1  0.4539    0.72503 0.836 0.016 0.148
#> SRR1433004     1  0.6081    0.59142 0.652 0.004 0.344
#> SRR1471477     1  0.5623    0.65290 0.716 0.004 0.280
#> SRR1098567     1  0.2878    0.67274 0.904 0.000 0.096
#> SRR1098712     1  0.7248    0.64789 0.708 0.108 0.184
#> SRR1455038     3  0.8456    0.56181 0.328 0.108 0.564
#> SRR1375248     1  0.2711    0.67760 0.912 0.000 0.088
#> SRR1403005     1  0.2537    0.73078 0.920 0.000 0.080
#> SRR1348378     1  0.8947    0.11807 0.496 0.372 0.132
#> SRR1413541     1  0.5431    0.65639 0.716 0.000 0.284
#> SRR1392943     1  0.8290    0.54346 0.632 0.164 0.204
#> SRR1475192     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1432085     1  0.3375    0.68762 0.892 0.008 0.100
#> SRR1452468     1  0.3682    0.73034 0.876 0.008 0.116
#> SRR1347060     1  0.0892    0.71510 0.980 0.000 0.020
#> SRR1414139     1  0.3406    0.70952 0.904 0.028 0.068
#> SRR1447962     1  0.2796    0.67477 0.908 0.000 0.092
#> SRR1444324     1  0.2711    0.67760 0.912 0.000 0.088
#> SRR1415004     1  0.6398    0.53581 0.620 0.008 0.372
#> SRR1413436     1  0.5171    0.70158 0.784 0.012 0.204
#> SRR1311266     1  0.5772    0.68662 0.756 0.024 0.220
#> SRR1343302     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1373746     1  0.6688    0.46175 0.580 0.012 0.408
#> SRR1429678     1  0.5785    0.63522 0.696 0.004 0.300
#> SRR1469413     1  0.3112    0.67370 0.900 0.004 0.096
#> SRR1405331     1  0.5070    0.69374 0.772 0.004 0.224
#> SRR1345609     1  0.6737    0.50453 0.600 0.016 0.384
#> SRR1380208     1  0.8357    0.45749 0.620 0.232 0.148
#> SRR1322840     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1399797     1  0.0892    0.71445 0.980 0.000 0.020
#> SRR1416654     1  0.0747    0.71658 0.984 0.000 0.016
#> SRR1315081     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1369196     1  0.1163    0.71844 0.972 0.000 0.028
#> SRR1400847     1  0.6381    0.57958 0.648 0.012 0.340
#> SRR1365291     1  0.3272    0.72895 0.892 0.004 0.104
#> SRR1367920     2  0.0424    0.72892 0.000 0.992 0.008
#> SRR1366648     1  0.0747    0.71301 0.984 0.000 0.016
#> SRR1441679     1  0.2796    0.67495 0.908 0.000 0.092
#> SRR1082173     1  0.3129    0.73292 0.904 0.008 0.088
#> SRR1363968     1  0.5536    0.68214 0.752 0.012 0.236
#> SRR814387      1  0.6521    0.57856 0.644 0.016 0.340
#> SRR657599      3  0.6816   -0.10451 0.472 0.012 0.516
#> SRR1386689     2  0.0592    0.73150 0.000 0.988 0.012
#> SRR1395575     1  0.2356    0.72649 0.928 0.000 0.072
#> SRR1453811     1  0.6540    0.37908 0.584 0.008 0.408
#> SRR1441159     1  0.6684    0.62721 0.676 0.032 0.292
#> SRR1403154     2  0.0237    0.73237 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468722     1  0.0892    0.71510 0.980 0.000 0.020
#> SRR1310275     1  0.3272    0.72895 0.892 0.004 0.104

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.2197    0.71832 0.928 0.048 0.024 0.000
#> SRR1331708     1  0.5487    0.50673 0.644 0.328 0.024 0.004
#> SRR1464258     3  0.5751    0.69636 0.352 0.012 0.616 0.020
#> SRR1454201     1  0.4818    0.65047 0.748 0.216 0.036 0.000
#> SRR661589      2  0.4977    0.17302 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.3818    0.72327 0.844 0.108 0.048 0.000
#> SRR1315165     4  0.5146    0.67292 0.080 0.092 0.032 0.796
#> SRR1488960     1  0.3108    0.72413 0.872 0.112 0.016 0.000
#> SRR1417809     2  0.8444    0.20735 0.380 0.408 0.044 0.168
#> SRR1094457     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1095575     1  0.4994    0.05895 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR1315931     3  0.5783    0.68591 0.360 0.012 0.608 0.020
#> SRR1430066     2  0.4898    0.28161 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1431037     2  0.4955    0.20771 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR1395554     2  0.4907    0.27105 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.8337   -0.22903 0.144 0.428 0.048 0.380
#> SRR1344143     2  0.2814    0.53886 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1362866     1  0.4764    0.65290 0.748 0.220 0.032 0.000
#> SRR1490740     1  0.1975    0.67848 0.936 0.016 0.048 0.000
#> SRR1446627     2  0.3024    0.53903 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.6644    0.32294 0.108 0.696 0.048 0.148
#> SRR1416248     1  0.1888    0.71172 0.940 0.044 0.016 0.000
#> SRR1383907     4  0.8038    0.40997 0.136 0.308 0.044 0.512
#> SRR1311018     1  0.2021    0.67112 0.932 0.012 0.056 0.000
#> SRR1375699     2  0.4086    0.52113 0.216 0.776 0.008 0.000
#> SRR1429846     1  0.4761    0.41715 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR613550      1  0.5088    0.58365 0.688 0.288 0.024 0.000
#> SRR1348402     1  0.2402    0.72403 0.912 0.076 0.012 0.000
#> SRR1345146     2  0.4972    0.17839 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.4830    0.37695 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR1318879     2  0.4916    0.26677 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR820755      1  0.4331    0.58981 0.712 0.288 0.000 0.000
#> SRR1485830     4  0.4928    0.66526 0.072 0.132 0.008 0.788
#> SRR599313      3  0.2877    0.71122 0.060 0.008 0.904 0.028
#> SRR612263      1  0.4262    0.66434 0.756 0.236 0.008 0.000
#> SRR1415398     1  0.4985    0.10017 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.8530    0.21192 0.364 0.400 0.040 0.196
#> SRR1421327     4  0.1182    0.80357 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR1083311     2  0.4898    0.28103 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.4108    0.72238 0.052 0.092 0.012 0.844
#> SRR1079522     2  0.4999    0.04114 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1452935     2  0.4916    0.26431 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.1722    0.67256 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR1470459     2  0.3444    0.53119 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR661361      1  0.5783    0.61683 0.704 0.188 0.108 0.000
#> SRR615778      1  0.4610    0.64825 0.744 0.236 0.020 0.000
#> SRR1447564     1  0.2131    0.69960 0.932 0.036 0.032 0.000
#> SRR1455195     1  0.4463    0.69148 0.808 0.144 0.040 0.008
#> SRR655182      1  0.4262    0.63969 0.756 0.236 0.008 0.000
#> SRR1335140     2  0.7867    0.09495 0.136 0.560 0.048 0.256
#> SRR1433555     2  0.4866    0.30340 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.5161    0.31217 0.400 0.592 0.008 0.000
#> SRR1388354     1  0.2021    0.71122 0.936 0.040 0.024 0.000
#> SRR1317446     2  0.4898    0.28161 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1413602     2  0.4888    0.29527 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.2589    0.53506 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.1929    0.68056 0.940 0.024 0.036 0.000
#> SRR661313      1  0.4937    0.65626 0.764 0.172 0.064 0.000
#> SRR1499935     4  0.4652    0.69640 0.076 0.072 0.028 0.824
#> SRR1447303     1  0.4877    0.32137 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.8539    0.31434 0.140 0.380 0.064 0.416
#> SRR1433950     1  0.3037    0.72801 0.880 0.100 0.020 0.000
#> SRR1362081     2  0.3266    0.53593 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.4844    0.57423 0.688 0.300 0.012 0.000
#> SRR1435229     2  0.4996    0.07601 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.4100    0.72658 0.824 0.128 0.048 0.000
#> SRR1414229     1  0.4745    0.65592 0.756 0.208 0.036 0.000
#> SRR1400974     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.2021    0.67112 0.932 0.012 0.056 0.000
#> SRR613927      1  0.5208    0.64644 0.748 0.172 0.080 0.000
#> SRR1457854     1  0.2111    0.71286 0.932 0.044 0.024 0.000
#> SRR1473714     3  0.2877    0.71122 0.060 0.008 0.904 0.028
#> SRR813776      1  0.4331    0.58981 0.712 0.288 0.000 0.000
#> SRR808196      2  0.8467    0.20579 0.376 0.408 0.044 0.172
#> SRR1101085     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR614395      1  0.2197    0.67691 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR1478251     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1370551     2  0.3400    0.53251 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.1722    0.67256 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR665310      1  0.5060    0.29161 0.584 0.412 0.004 0.000
#> SRR1420109     1  0.5168   -0.00560 0.504 0.492 0.004 0.000
#> SRR1330920     1  0.4123    0.67038 0.772 0.220 0.008 0.000
#> SRR1419539     2  0.5723    0.37522 0.340 0.624 0.032 0.004
#> SRR1359447     2  0.4661    0.37055 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR1347259     2  0.8751    0.05512 0.200 0.440 0.060 0.300
#> SRR613915      1  0.5228    0.62314 0.696 0.268 0.036 0.000
#> SRR1384395     2  0.4866    0.30340 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR821715      1  0.5119    0.18976 0.556 0.440 0.004 0.000
#> SRR1478228     1  0.2021    0.71023 0.936 0.040 0.024 0.000
#> SRR1445637     1  0.5085    0.38976 0.616 0.376 0.008 0.000
#> SRR608150      1  0.5223    0.66437 0.764 0.172 0.044 0.020
#> SRR1096383     1  0.1890    0.72065 0.936 0.056 0.008 0.000
#> SRR1341480     4  0.0779    0.81116 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1341344     1  0.4272    0.70629 0.832 0.108 0.048 0.012
#> SRR1326270     1  0.6282    0.53743 0.664 0.160 0.176 0.000
#> SRR1498838     2  0.4925    0.25364 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1416313     2  0.4907    0.27005 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.8038    0.40997 0.136 0.308 0.044 0.512
#> SRR1430270     4  0.0779    0.81171 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1367825     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR613533      2  0.4967    0.19728 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR661267      1  0.2888    0.72189 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR810665      2  0.3981    0.52167 0.100 0.848 0.012 0.040
#> SRR1407250     1  0.4549    0.67178 0.776 0.188 0.036 0.000
#> SRR1420067     1  0.4466    0.67931 0.784 0.180 0.036 0.000
#> SRR1473632     1  0.1929    0.68056 0.940 0.024 0.036 0.000
#> SRR812536      1  0.5062    0.58804 0.692 0.284 0.024 0.000
#> SRR1370850     2  0.6147    0.43788 0.132 0.720 0.024 0.124
#> SRR1486195     2  0.3400    0.53257 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.7539    0.27074 0.380 0.496 0.032 0.092
#> SRR1446375     2  0.4999    0.02957 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1465230     4  0.0524    0.81283 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR614119      1  0.4776    0.69485 0.776 0.176 0.044 0.004
#> SRR1356101     2  0.3764    0.51470 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.3161    0.72412 0.864 0.124 0.012 0.000
#> SRR1392676     2  0.2868    0.53903 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.2831    0.72211 0.876 0.120 0.004 0.000
#> SRR660510      2  0.4977    0.17302 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR658953      1  0.4991    0.37221 0.608 0.388 0.004 0.000
#> SRR2166459     1  0.3271    0.72275 0.856 0.132 0.012 0.000
#> SRR1070713     2  0.8535    0.25450 0.220 0.504 0.064 0.212
#> SRR1485312     2  0.4916    0.26606 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.7686    0.17807 0.416 0.456 0.040 0.088
#> SRR1488610     1  0.4599    0.68244 0.780 0.184 0.032 0.004
#> SRR1330588     1  0.4985    0.11879 0.532 0.468 0.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.4501    0.67256 0.764 0.212 0.024 0.000
#> SRR1433926     1  0.2060    0.67092 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR1091302     4  0.7840    0.44136 0.132 0.272 0.044 0.552
#> SRR818263      1  0.4353    0.66001 0.756 0.232 0.012 0.000
#> SRR1404909     4  0.4108    0.72170 0.052 0.092 0.012 0.844
#> SRR663076      1  0.1837    0.69092 0.944 0.028 0.028 0.000
#> SRR1323577     2  0.7029    0.30549 0.128 0.660 0.044 0.168
#> SRR1442422     4  0.0524    0.81283 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1465893     1  0.1975    0.71703 0.936 0.048 0.016 0.000
#> SRR654862      1  0.3982    0.67762 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR1407112     4  0.0672    0.81264 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1332969     1  0.4989    0.09105 0.528 0.472 0.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.5060    0.29161 0.584 0.412 0.004 0.000
#> SRR1378885     1  0.4761    0.41516 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR665357      2  0.4888    0.28915 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.3088    0.53763 0.128 0.864 0.008 0.000
#> SRR1501020     2  0.4996    0.07670 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1347819     2  0.4888    0.28993 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.5664    0.41366 0.092 0.764 0.036 0.108
#> SRR1472576     2  0.8347   -0.26366 0.144 0.408 0.048 0.400
#> SRR1431781     4  0.4952    0.68321 0.080 0.080 0.032 0.808
#> SRR1452270     2  0.4916    0.26606 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.4925    0.25386 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1417632     4  0.7802    0.38691 0.120 0.308 0.040 0.532
#> SRR1350153     2  0.3335    0.53713 0.120 0.860 0.000 0.020
#> SRR1458113     1  0.5222    0.57529 0.688 0.280 0.032 0.000
#> SRR1326579     1  0.4197    0.69755 0.808 0.156 0.036 0.000
#> SRR1349363     2  0.3668    0.53286 0.188 0.808 0.004 0.000
#> SRR1096712     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1090407     1  0.4967    0.16618 0.548 0.452 0.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.8182   -0.01241 0.152 0.496 0.044 0.308
#> SRR1377599     4  0.1059    0.80462 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1488449     2  0.5000    0.01160 0.500 0.500 0.000 0.000
#> SRR1318354     2  0.4981    0.14931 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1359062     2  0.4907    0.27215 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4957    0.55196 0.684 0.300 0.016 0.000
#> SRR663783      2  0.4977    0.18326 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.4998    0.05565 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.5455    0.42299 0.088 0.776 0.032 0.104
#> SRR615659      1  0.2060    0.67092 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR1337449     2  0.3306    0.53890 0.156 0.840 0.004 0.000
#> SRR1316982     2  0.4624    0.39067 0.340 0.660 0.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.7889    0.08851 0.136 0.556 0.048 0.260
#> SRR1377423     1  0.5167    0.00843 0.508 0.488 0.004 0.000
#> SRR1312310     2  0.3591    0.53853 0.168 0.824 0.008 0.000
#> SRR1485613     1  0.2101    0.71999 0.928 0.060 0.012 0.000
#> SRR1338426     2  0.4925    0.25842 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1353309     2  0.4888    0.29209 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR658941      1  0.5343    0.51304 0.656 0.316 0.028 0.000
#> SRR1101643     3  0.4567    0.73106 0.196 0.008 0.776 0.020
#> SRR1401468     1  0.2197    0.71832 0.928 0.048 0.024 0.000
#> SRR1368874     2  0.3311    0.53497 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.8259    0.37490 0.136 0.336 0.052 0.476
#> SRR1363858     3  0.2877    0.71122 0.060 0.008 0.904 0.028
#> SRR819820      1  0.5423    0.48311 0.640 0.332 0.028 0.000
#> SRR1337342     1  0.4466    0.67931 0.784 0.180 0.036 0.000
#> SRR655206      2  0.5598    0.39493 0.332 0.636 0.028 0.004
#> SRR1387013     2  0.6793    0.31374 0.116 0.684 0.048 0.152
#> SRR1317410     1  0.1411    0.70056 0.960 0.020 0.020 0.000
#> SRR608198      1  0.4113    0.70837 0.828 0.128 0.040 0.004
#> SRR1440161     2  0.3400    0.53251 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.5512    0.41968 0.088 0.772 0.032 0.108
#> SRR1381288     2  0.3024    0.53903 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1415379     2  0.8490    0.21163 0.368 0.404 0.040 0.188
#> SRR1099622     2  0.5682    0.47492 0.112 0.752 0.020 0.116
#> SRR663197      1  0.5184    0.64674 0.732 0.212 0.056 0.000
#> SRR1394836     2  0.5804    0.34608 0.360 0.604 0.032 0.004
#> SRR661699      2  0.5080    0.28462 0.420 0.576 0.004 0.000
#> SRR813680      1  0.2773    0.72656 0.880 0.116 0.004 0.000
#> SRR1410678     1  0.1722    0.67256 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR1378109     4  0.0524    0.81283 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1499174     1  0.2021    0.67951 0.936 0.024 0.040 0.000
#> SRR1311486     2  0.3306    0.53890 0.156 0.840 0.004 0.000
#> SRR1382851     2  0.8453    0.18470 0.196 0.516 0.064 0.224
#> SRR1433410     1  0.4745    0.67801 0.784 0.168 0.040 0.008
#> SRR661167      1  0.5337    0.24456 0.564 0.424 0.012 0.000
#> SRR1432518     2  0.4925    0.25842 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR660462      2  0.4888    0.28915 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.7824    0.16877 0.420 0.440 0.040 0.100
#> SRR657949      1  0.4866    0.32646 0.596 0.404 0.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR655768      1  0.5263    0.25212 0.704 0.032 0.260 0.004
#> SRR1485870     2  0.8007    0.34136 0.184 0.552 0.044 0.220
#> SRR1444138     1  0.4820    0.56189 0.692 0.296 0.012 0.000
#> SRR1417342     1  0.3080    0.70695 0.880 0.096 0.024 0.000
#> SRR1470193     2  0.8048    0.17830 0.408 0.432 0.044 0.116
#> SRR1091380     1  0.5423    0.48311 0.640 0.332 0.028 0.000
#> SRR1099096     1  0.2224    0.71208 0.928 0.040 0.032 0.000
#> SRR1313583     4  0.7497    0.43627 0.156 0.228 0.028 0.588
#> SRR1467102     2  0.4883    0.45866 0.288 0.696 0.016 0.000
#> SRR1485416     4  0.1661    0.79176 0.004 0.052 0.000 0.944
#> SRR818821      2  0.4967    0.19728 0.452 0.548 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.2197    0.67691 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR1072247     1  0.1411    0.70056 0.960 0.020 0.020 0.000
#> SRR1353710     2  0.8792    0.00811 0.192 0.432 0.064 0.312
#> SRR1445259     2  0.4977    0.16331 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.5050    0.30375 0.588 0.408 0.004 0.000
#> SRR1361522     1  0.2060    0.67092 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR1368597     1  0.3498    0.71981 0.832 0.160 0.008 0.000
#> SRR1309680     2  0.4626    0.51137 0.108 0.816 0.016 0.060
#> SRR1310542     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1406437     2  0.7545    0.16323 0.428 0.456 0.040 0.076
#> SRR1354931     1  0.5228    0.52702 0.664 0.312 0.024 0.000
#> SRR1391856     2  0.8342    0.36440 0.228 0.516 0.052 0.204
#> SRR1446738     2  0.8319    0.26211 0.224 0.520 0.052 0.204
#> SRR1309032     2  0.3444    0.53119 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.5838    0.49383 0.128 0.740 0.020 0.112
#> SRR1432611     2  0.3266    0.53601 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR613150      1  0.4964    0.62340 0.716 0.256 0.028 0.000
#> SRR1375329     1  0.4925    0.25386 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.1510    0.68906 0.956 0.016 0.028 0.000
#> SRR1466792     2  0.3266    0.53601 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.3581    0.53435 0.116 0.852 0.000 0.032
#> SRR1360695     1  0.2589    0.72561 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.1929    0.68056 0.940 0.024 0.036 0.000
#> SRR1400910     2  0.4999    0.03824 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0804    0.81261 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR816177      2  0.8345   -0.07856 0.144 0.496 0.060 0.300
#> SRR658754      2  0.4898    0.28129 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.8762    0.04209 0.200 0.436 0.060 0.304
#> SRR1397366     1  0.4978    0.36386 0.612 0.384 0.004 0.000
#> SRR1446028     1  0.2214    0.69645 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1083918     2  0.8243   -0.13419 0.144 0.480 0.048 0.328
#> SRR1337606     1  0.4745    0.65592 0.756 0.208 0.036 0.000
#> SRR659109      2  0.4907    0.27634 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.4272    0.70801 0.832 0.108 0.048 0.012
#> SRR656946      1  0.4401    0.59451 0.724 0.272 0.004 0.000
#> SRR1476102     1  0.4130    0.70989 0.824 0.136 0.036 0.004
#> SRR1476447     1  0.4272    0.70801 0.832 0.108 0.048 0.012
#> SRR1342067     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1385389     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1075971     1  0.3796    0.72321 0.848 0.096 0.056 0.000
#> SRR614419      1  0.4059    0.71251 0.832 0.124 0.040 0.004
#> SRR1322936     1  0.6134    0.57755 0.716 0.180 0.068 0.036
#> SRR1349121     1  0.2799    0.72471 0.884 0.108 0.008 0.000
#> SRR1430549     1  0.1807    0.67315 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR612935      2  0.4977    0.16327 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR661481      2  0.5664    0.41366 0.092 0.764 0.036 0.108
#> SRR1354117     2  0.3569    0.52527 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1393596     2  0.8751    0.04869 0.200 0.440 0.060 0.300
#> SRR1452164     1  0.2197    0.68347 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR1070503     1  0.4606    0.63358 0.724 0.264 0.012 0.000
#> SRR1499894     2  0.4925    0.25816 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.4830    0.67401 0.780 0.168 0.044 0.008
#> SRR1468271     1  0.1807    0.71768 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1332443     1  0.2772    0.71426 0.908 0.048 0.040 0.004
#> SRR810295      2  0.3591    0.53853 0.168 0.824 0.008 0.000
#> SRR662103      1  0.5215    0.13077 0.680 0.020 0.296 0.004
#> SRR1328620     2  0.4981    0.14931 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1396294     2  0.7684    0.18376 0.412 0.460 0.040 0.088
#> SRR1419917     1  0.2060    0.67092 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR662114      1  0.5366    0.61260 0.684 0.276 0.040 0.000
#> SRR1489199     1  0.4914    0.53920 0.676 0.312 0.012 0.000
#> SRR813584      2  0.8482   -0.30671 0.132 0.404 0.064 0.400
#> SRR1069638     1  0.4252    0.63853 0.744 0.252 0.004 0.000
#> SRR614864      1  0.5055    0.60630 0.712 0.256 0.032 0.000
#> SRR1433392     1  0.4262    0.65555 0.756 0.236 0.008 0.000
#> SRR1377777     2  0.2737    0.53390 0.104 0.888 0.000 0.008
#> SRR2167710     1  0.4401    0.59451 0.724 0.272 0.004 0.000
#> SRR1401252     4  0.4412    0.70989 0.052 0.104 0.016 0.828
#> SRR1309963     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1338031     1  0.1975    0.67848 0.936 0.016 0.048 0.000
#> SRR1418628     2  0.3375    0.53578 0.116 0.864 0.008 0.012
#> SRR1486889     1  0.4679    0.46178 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.1837    0.69092 0.944 0.028 0.028 0.000
#> SRR1319731     1  0.1624    0.69596 0.952 0.020 0.028 0.000
#> SRR1356468     2  0.8311    0.20173 0.392 0.416 0.044 0.148
#> SRR1337010     2  0.3266    0.53593 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.3181    0.71220 0.888 0.064 0.044 0.004
#> SRR1486538     4  0.1297    0.80453 0.020 0.016 0.000 0.964
#> SRR1340486     4  0.0524    0.81283 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1377696     2  0.7445    0.19638 0.128 0.612 0.044 0.216
#> SRR1465459     1  0.5016    0.35138 0.600 0.396 0.004 0.000
#> SRR1080270     2  0.4888    0.28915 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1312501     2  0.4925    0.25454 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.5453    0.49929 0.648 0.320 0.032 0.000
#> SRR1467080     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.7835    0.09205 0.140 0.560 0.044 0.256
#> SRR816475      4  0.8278    0.36855 0.136 0.344 0.052 0.468
#> SRR1379198     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR613342      1  0.5088    0.58365 0.688 0.288 0.024 0.000
#> SRR1452246     2  0.6793    0.31374 0.116 0.684 0.048 0.152
#> SRR1338836     2  0.4641    0.50762 0.120 0.812 0.016 0.052
#> SRR1369129     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1396616     1  0.4994    0.05776 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR813824      1  0.6282    0.53743 0.664 0.160 0.176 0.000
#> SRR1082376     1  0.3818    0.72473 0.844 0.108 0.048 0.000
#> SRR1500891     4  0.0376    0.81397 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR807543      1  0.4123    0.67038 0.772 0.220 0.008 0.000
#> SRR1091572     1  0.3278    0.72463 0.864 0.116 0.020 0.000
#> SRR1346689     4  0.8223    0.37189 0.168 0.284 0.044 0.504
#> SRR1332424     1  0.4655    0.68404 0.792 0.160 0.040 0.008
#> SRR663729      4  0.9172    0.19317 0.248 0.304 0.076 0.372
#> SRR1097013     1  0.3271    0.72275 0.856 0.132 0.012 0.000
#> SRR613675      1  0.6134    0.57755 0.716 0.180 0.068 0.036
#> SRR1485357     4  0.0804    0.81261 0.008 0.012 0.000 0.980
#> SRR655816      2  0.5143    0.19950 0.456 0.540 0.004 0.000
#> SRR1500113     1  0.2342    0.72400 0.912 0.080 0.008 0.000
#> SRR1437622     2  0.8340   -0.23386 0.144 0.424 0.048 0.384
#> SRR1355172     1  0.2921    0.72031 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.3889    0.70626 0.844 0.112 0.040 0.004
#> SRR1338147     2  0.4998    0.05026 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.3494    0.70919 0.824 0.172 0.004 0.000
#> SRR1485931     2  0.2814    0.53886 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.2111    0.71207 0.932 0.044 0.024 0.000
#> SRR1333308     2  0.8536    0.21146 0.372 0.400 0.044 0.184
#> SRR1452033     1  0.1520    0.70487 0.956 0.024 0.020 0.000
#> SRR1467316     2  0.2814    0.53886 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR809018      2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.3703    0.53229 0.140 0.840 0.008 0.012
#> SRR663440      1  0.4482    0.62419 0.728 0.264 0.008 0.000
#> SRR1471755     2  0.7972    0.02196 0.136 0.540 0.048 0.276
#> SRR808019      1  0.4406    0.68158 0.780 0.192 0.028 0.000
#> SRR1479133     1  0.6282    0.53743 0.664 0.160 0.176 0.000
#> SRR615069      1  0.4675    0.65254 0.736 0.244 0.020 0.000
#> SRR1456185     2  0.4546    0.49235 0.256 0.732 0.012 0.000
#> SRR1350069     2  0.7773    0.19181 0.408 0.456 0.040 0.096
#> SRR816316      3  0.5812    0.66572 0.368 0.012 0.600 0.020
#> SRR664795      1  0.2944    0.72077 0.868 0.128 0.004 0.000
#> SRR1490721     2  0.9097   -0.17918 0.244 0.344 0.068 0.344
#> SRR810643      1  0.1706    0.70949 0.948 0.036 0.016 0.000
#> SRR1430333     1  0.5339    0.46111 0.624 0.356 0.020 0.000
#> SRR1085285     1  0.6282    0.53743 0.664 0.160 0.176 0.000
#> SRR1099072     1  0.4992    0.06801 0.524 0.476 0.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.1854    0.67370 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR1487340     1  0.1936    0.70430 0.940 0.032 0.028 0.000
#> SRR1420276     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1351347     2  0.4925    0.25604 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.4508    0.68348 0.780 0.184 0.036 0.000
#> SRR1370329     3  0.3158    0.72249 0.096 0.004 0.880 0.020
#> SRR1465001     1  0.1488    0.70807 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR1476525     2  0.4814    0.50585 0.116 0.804 0.016 0.064
#> SRR819610      2  0.4186    0.53371 0.164 0.808 0.004 0.024
#> SRR2157314     1  0.1411    0.70056 0.960 0.020 0.020 0.000
#> SRR1409465     2  0.4720    0.50842 0.120 0.808 0.016 0.056
#> SRR809987      2  0.8613    0.21487 0.360 0.396 0.044 0.200
#> SRR613639      1  0.5862    0.58075 0.704 0.148 0.148 0.000
#> SRR1402285     4  0.0779    0.81171 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1077038     1  0.3893    0.69195 0.796 0.196 0.008 0.000
#> SRR1405660     2  0.4907    0.27866 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1095455     2  0.4999    0.03824 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.8243   -0.13419 0.144 0.480 0.048 0.328
#> SRR1317771     1  0.3105    0.72604 0.868 0.120 0.012 0.000
#> SRR1365894     2  0.7975    0.33467 0.180 0.556 0.044 0.220
#> SRR1073581     1  0.1520    0.70487 0.956 0.024 0.020 0.000
#> SRR659804      1  0.1411    0.70056 0.960 0.020 0.020 0.000
#> SRR1345914     2  0.2973    0.53932 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.4449    0.50675 0.104 0.824 0.012 0.060
#> SRR1473529     2  0.7889    0.08851 0.136 0.556 0.048 0.260
#> SRR660764      1  0.5148    0.64885 0.736 0.208 0.056 0.000
#> SRR820448      3  0.5751    0.69636 0.352 0.012 0.616 0.020
#> SRR1328845     2  0.8309    0.20208 0.388 0.420 0.044 0.148
#> SRR1336415     4  0.0672    0.81264 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1379065     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1459190     1  0.5126    0.17997 0.552 0.444 0.004 0.000
#> SRR1346773     1  0.1807    0.71768 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1499521     1  0.4104    0.70643 0.808 0.164 0.028 0.000
#> SRR1440898     2  0.3024    0.53903 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR1347459     2  0.4992    0.10231 0.476 0.524 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.2868    0.53903 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.1510    0.68906 0.956 0.016 0.028 0.000
#> SRR1333395     2  0.4188    0.50365 0.244 0.752 0.004 0.000
#> SRR1309248     2  0.8059    0.34854 0.192 0.552 0.048 0.208
#> SRR809161      1  0.5168    0.62598 0.712 0.248 0.040 0.000
#> SRR1316320     2  0.5583    0.49333 0.216 0.724 0.024 0.036
#> SRR1432629     2  0.6878    0.30731 0.116 0.676 0.048 0.160
#> SRR1498931     1  0.1888    0.67588 0.940 0.016 0.044 0.000
#> SRR1416578     4  0.8638    0.17104 0.300 0.288 0.032 0.380
#> SRR1405547     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1380764     1  0.4423    0.68294 0.788 0.176 0.036 0.000
#> SRR1309160     2  0.5000    0.03771 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR663489      2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.2921    0.72042 0.860 0.140 0.000 0.000
#> SRR1078489     2  0.4999    0.04114 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1332648     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR660614      2  0.4998    0.05565 0.488 0.512 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.3266    0.53638 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.1510    0.68906 0.956 0.016 0.028 0.000
#> SRR1477949     1  0.2805    0.72833 0.888 0.100 0.012 0.000
#> SRR1481419     2  0.4449    0.50675 0.104 0.824 0.012 0.060
#> SRR1464766     1  0.2101    0.71999 0.928 0.060 0.012 0.000
#> SRR615946      1  0.5184    0.64674 0.732 0.212 0.056 0.000
#> SRR1446481     2  0.5054    0.50731 0.132 0.784 0.012 0.072
#> SRR1467656     2  0.3981    0.52167 0.100 0.848 0.012 0.040
#> SRR1402962     1  0.4818    0.65047 0.748 0.216 0.036 0.000
#> SRR660224      2  0.2973    0.53932 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.3545    0.71558 0.828 0.164 0.008 0.000
#> SRR1347166     1  0.4610    0.64825 0.744 0.236 0.020 0.000
#> SRR1485722     1  0.4549    0.67178 0.776 0.188 0.036 0.000
#> SRR1415316     1  0.3479    0.72101 0.840 0.148 0.012 0.000
#> SRR613390      1  0.4286    0.70845 0.812 0.136 0.052 0.000
#> SRR661108      1  0.5102    0.64909 0.732 0.220 0.048 0.000
#> SRR2170173     1  0.4994    0.05895 0.520 0.480 0.000 0.000
#> SRR817329      1  0.4936    0.41031 0.624 0.372 0.004 0.000
#> SRR1401990     2  0.8467    0.20471 0.376 0.408 0.044 0.172
#> SRR1467745     4  0.8259    0.37490 0.136 0.336 0.052 0.476
#> SRR1471795     2  0.7849    0.04020 0.128 0.556 0.048 0.268
#> SRR1415637     2  0.2814    0.53886 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.2060    0.67092 0.932 0.016 0.052 0.000
#> SRR1314873     1  0.2002    0.67504 0.936 0.020 0.044 0.000
#> SRR1401211     1  0.2704    0.72445 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0927    0.80816 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR818797      1  0.5859    0.60075 0.704 0.156 0.140 0.000
#> SRR2164608     1  0.5244    0.36653 0.600 0.388 0.012 0.000
#> SRR1455586     2  0.4284    0.51882 0.224 0.764 0.012 0.000
#> SRR819459      2  0.4888    0.28869 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.2814    0.53886 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.5391    0.41580 0.084 0.780 0.032 0.104
#> SRR1385501     1  0.4212    0.68226 0.772 0.216 0.012 0.000
#> SRR1361652     1  0.5000   -0.00168 0.504 0.496 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.2021    0.67112 0.932 0.012 0.056 0.000
#> SRR1478547     2  0.4888    0.28915 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1430910     2  0.4996    0.07601 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.1936    0.70705 0.940 0.032 0.028 0.000
#> SRR1500216     3  0.2877    0.71122 0.060 0.008 0.904 0.028
#> SRR1486762     2  0.4996    0.08318 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.1059    0.80462 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1489394     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1418085     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1340221     4  0.0779    0.81171 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1473058     2  0.8375   -0.25564 0.140 0.416 0.052 0.392
#> SRR1405165     1  0.5543    0.40818 0.612 0.360 0.028 0.000
#> SRR1433004     1  0.3778    0.72076 0.848 0.100 0.052 0.000
#> SRR1471477     1  0.3024    0.71731 0.852 0.148 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.3306    0.53890 0.156 0.840 0.004 0.000
#> SRR1098712     1  0.7101    0.22829 0.560 0.340 0.032 0.068
#> SRR1455038     1  0.6369   -0.39253 0.484 0.032 0.468 0.016
#> SRR1375248     2  0.3764    0.51470 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR1403005     1  0.4925    0.24498 0.572 0.428 0.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.8172    0.00802 0.156 0.504 0.044 0.296
#> SRR1413541     1  0.3495    0.72212 0.844 0.140 0.016 0.000
#> SRR1392943     2  0.8016    0.18756 0.404 0.436 0.040 0.120
#> SRR1475192     2  0.4877    0.29704 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.4284    0.51882 0.224 0.764 0.012 0.000
#> SRR1452468     1  0.5174    0.42172 0.620 0.368 0.012 0.000
#> SRR1347060     2  0.4888    0.28993 0.412 0.588 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.5408    0.46538 0.296 0.672 0.028 0.004
#> SRR1447962     2  0.3688    0.51986 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.3444    0.53131 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.1624    0.70082 0.952 0.020 0.028 0.000
#> SRR1413436     1  0.4502    0.65125 0.748 0.236 0.016 0.000
#> SRR1311266     1  0.4599    0.68244 0.780 0.184 0.032 0.004
#> SRR1343302     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1373746     1  0.1807    0.67315 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR1429678     1  0.3224    0.72218 0.864 0.120 0.016 0.000
#> SRR1469413     2  0.3636    0.53589 0.172 0.820 0.008 0.000
#> SRR1405331     1  0.4212    0.67459 0.772 0.216 0.012 0.000
#> SRR1345609     1  0.1892    0.68822 0.944 0.016 0.036 0.004
#> SRR1380208     2  0.8118    0.36413 0.200 0.544 0.048 0.208
#> SRR1322840     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1399797     2  0.4916    0.26030 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1416654     2  0.4907    0.27635 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1315081     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1369196     2  0.4916    0.26606 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.1798    0.71136 0.944 0.040 0.016 0.000
#> SRR1365291     1  0.4790    0.40796 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.1059    0.80462 0.000 0.012 0.016 0.972
#> SRR1366648     2  0.4877    0.29623 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.3400    0.53490 0.180 0.820 0.000 0.000
#> SRR1082173     1  0.5244    0.36653 0.600 0.388 0.012 0.000
#> SRR1363968     1  0.4194    0.69618 0.800 0.172 0.028 0.000
#> SRR814387      1  0.1488    0.70807 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR657599      1  0.5094    0.50474 0.744 0.044 0.208 0.004
#> SRR1386689     4  0.0524    0.81283 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1395575     1  0.4998    0.02656 0.512 0.488 0.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.6282    0.53743 0.664 0.160 0.176 0.000
#> SRR1441159     1  0.4136    0.71278 0.840 0.092 0.060 0.008
#> SRR1403154     4  0.0188    0.81384 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1468722     2  0.4898    0.28161 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.4790    0.40796 0.620 0.380 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.2863     0.7269 0.876 0.064 0.060 0.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.5448     0.4633 0.584 0.076 0.340 0.000 0.000
#> SRR1464258     5  0.5107     0.6462 0.316 0.048 0.004 0.000 0.632
#> SRR1454201     1  0.5110     0.6411 0.680 0.096 0.224 0.000 0.000
#> SRR661589      3  0.4219     0.3748 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.4084     0.7278 0.800 0.024 0.144 0.000 0.032
#> SRR1315165     4  0.5036     0.6027 0.044 0.164 0.052 0.740 0.000
#> SRR1488960     1  0.3821     0.7266 0.800 0.052 0.148 0.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.7828     0.5725 0.272 0.440 0.188 0.100 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     3  0.4306     0.1507 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1315931     5  0.5140     0.6357 0.324 0.048 0.004 0.000 0.624
#> SRR1430066     3  0.4015     0.4932 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.4114     0.4461 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.4030     0.4879 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.7379     0.5982 0.072 0.500 0.172 0.256 0.000
#> SRR1344143     3  0.0960     0.4446 0.008 0.016 0.972 0.000 0.004
#> SRR1486845     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.5010     0.6466 0.688 0.088 0.224 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.1894     0.6675 0.920 0.072 0.008 0.000 0.000
#> SRR1446627     3  0.1173     0.4681 0.020 0.012 0.964 0.000 0.004
#> SRR1456138     2  0.5938     0.5764 0.040 0.516 0.408 0.036 0.000
#> SRR1416248     1  0.2592     0.7232 0.892 0.052 0.056 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.7010     0.3524 0.064 0.444 0.096 0.396 0.000
#> SRR1311018     1  0.2102     0.6594 0.916 0.068 0.004 0.000 0.012
#> SRR1375699     3  0.3117     0.5213 0.100 0.036 0.860 0.000 0.004
#> SRR1429846     1  0.4219     0.2957 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR613550      1  0.5410     0.4995 0.604 0.056 0.332 0.000 0.008
#> SRR1348402     1  0.2685     0.7307 0.880 0.028 0.092 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.4392     0.4297 0.380 0.008 0.612 0.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.4262     0.2375 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.4341     0.4714 0.364 0.008 0.628 0.000 0.000
#> SRR820755      1  0.4066     0.5389 0.672 0.004 0.324 0.000 0.000
#> SRR1485830     4  0.4863     0.6147 0.040 0.184 0.036 0.740 0.000
#> SRR599313      5  0.1768     0.6351 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR612263      1  0.4268     0.6430 0.708 0.024 0.268 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.4300     0.1701 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.7880     0.5888 0.256 0.452 0.160 0.132 0.000
#> SRR1421327     4  0.2286     0.8366 0.000 0.108 0.004 0.888 0.000
#> SRR1083311     3  0.4015     0.4934 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.3818     0.7221 0.016 0.144 0.028 0.812 0.000
#> SRR1079522     3  0.4497     0.3206 0.424 0.008 0.568 0.000 0.000
#> SRR1452935     3  0.4225     0.4732 0.364 0.004 0.632 0.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.1697     0.6666 0.932 0.060 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470459     3  0.1924     0.5292 0.064 0.008 0.924 0.000 0.004
#> SRR661361      1  0.6136     0.5882 0.644 0.056 0.212 0.000 0.088
#> SRR615778      1  0.4933     0.6509 0.688 0.076 0.236 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.2230     0.7133 0.912 0.044 0.044 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.4717     0.6895 0.736 0.120 0.144 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.4354     0.6212 0.712 0.032 0.256 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.7016     0.6577 0.056 0.528 0.276 0.140 0.000
#> SRR1433555     3  0.3949     0.5073 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> SRR1308650     3  0.4623     0.3988 0.304 0.032 0.664 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.2193     0.7203 0.912 0.028 0.060 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.4015     0.4932 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.4015     0.4974 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1479955     3  0.2166     0.3893 0.012 0.072 0.912 0.000 0.004
#> SRR809853      1  0.2144     0.6826 0.912 0.068 0.020 0.000 0.000
#> SRR661313      1  0.5549     0.6198 0.692 0.088 0.188 0.000 0.032
#> SRR1499935     4  0.4480     0.6790 0.040 0.124 0.048 0.788 0.000
#> SRR1447303     1  0.4273     0.1860 0.552 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.7238     0.5498 0.052 0.492 0.176 0.280 0.000
#> SRR1433950     1  0.2964     0.7337 0.856 0.024 0.120 0.000 0.000
#> SRR1362081     3  0.1644     0.5113 0.048 0.008 0.940 0.000 0.004
#> SRR1409854     1  0.5097     0.5188 0.624 0.056 0.320 0.000 0.000
#> SRR1435229     3  0.4497     0.3192 0.424 0.008 0.568 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.3900     0.7308 0.808 0.016 0.144 0.000 0.032
#> SRR1414229     1  0.5073     0.6516 0.688 0.100 0.212 0.000 0.000
#> SRR1400974     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.2102     0.6594 0.916 0.068 0.004 0.000 0.012
#> SRR613927      1  0.5815     0.6094 0.676 0.092 0.188 0.000 0.044
#> SRR1457854     1  0.2325     0.7228 0.904 0.028 0.068 0.000 0.000
#> SRR1473714     5  0.1768     0.6351 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR813776      1  0.4066     0.5389 0.672 0.004 0.324 0.000 0.000
#> SRR808196      2  0.7737     0.5793 0.268 0.460 0.168 0.104 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.2291     0.6660 0.908 0.072 0.012 0.000 0.008
#> SRR1478251     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     3  0.1970     0.5250 0.060 0.012 0.924 0.000 0.004
#> SRR1362310     1  0.1697     0.6666 0.932 0.060 0.000 0.000 0.008
#> SRR665310      1  0.4781     0.1494 0.552 0.020 0.428 0.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.4440     0.2364 0.468 0.004 0.528 0.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.3728     0.6506 0.748 0.008 0.244 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.6514     0.2067 0.236 0.244 0.516 0.004 0.000
#> SRR1359447     3  0.3844     0.5378 0.256 0.004 0.736 0.000 0.004
#> SRR1347259     2  0.7316     0.6453 0.080 0.524 0.228 0.168 0.000
#> SRR613915      1  0.5370     0.5674 0.640 0.040 0.296 0.000 0.024
#> SRR1384395     3  0.3949     0.5073 0.332 0.000 0.668 0.000 0.000
#> SRR821715      1  0.4450    -0.0443 0.508 0.004 0.488 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.2605     0.7236 0.896 0.044 0.056 0.000 0.004
#> SRR1445637     1  0.4446     0.3012 0.592 0.008 0.400 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.5386     0.6575 0.680 0.148 0.168 0.004 0.000
#> SRR1096383     1  0.3076     0.7329 0.868 0.036 0.088 0.000 0.008
#> SRR1341480     4  0.1121     0.8781 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1341344     1  0.4158     0.7115 0.784 0.124 0.092 0.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.6431     0.5241 0.632 0.060 0.152 0.000 0.156
#> SRR1498838     3  0.4114     0.4498 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.4030     0.4874 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR808566      2  0.7010     0.3524 0.064 0.444 0.096 0.396 0.000
#> SRR1430270     4  0.0794     0.8848 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1367825     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.4150     0.4377 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR661267      1  0.3535     0.7190 0.808 0.028 0.164 0.000 0.000
#> SRR810665      3  0.4403     0.1474 0.032 0.240 0.724 0.000 0.004
#> SRR1407250     1  0.4934     0.6666 0.708 0.104 0.188 0.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.4914     0.6736 0.712 0.108 0.180 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.1942     0.6721 0.920 0.068 0.012 0.000 0.000
#> SRR812536      1  0.5394     0.5059 0.608 0.056 0.328 0.000 0.008
#> SRR1370850     3  0.6388    -0.4072 0.048 0.372 0.524 0.052 0.004
#> SRR1486195     3  0.1970     0.5230 0.060 0.012 0.924 0.000 0.004
#> SRR1407671     3  0.7633    -0.4218 0.256 0.292 0.400 0.052 0.000
#> SRR1446375     3  0.4533     0.2692 0.448 0.008 0.544 0.000 0.000
#> SRR1465230     4  0.0324     0.8936 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR614119      1  0.5183     0.6762 0.708 0.064 0.204 0.000 0.024
#> SRR1356101     3  0.2339     0.5612 0.100 0.004 0.892 0.000 0.004
#> SRR1404209     1  0.3723     0.7246 0.804 0.044 0.152 0.000 0.000
#> SRR1392676     3  0.1074     0.4517 0.012 0.016 0.968 0.000 0.004
#> SRR665538      1  0.3283     0.7265 0.832 0.028 0.140 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.4227     0.3656 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.4597     0.2392 0.564 0.012 0.424 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.3616     0.7218 0.804 0.032 0.164 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.7355     0.6404 0.080 0.448 0.352 0.120 0.000
#> SRR1485312     3  0.4060     0.4802 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.7731     0.4774 0.312 0.368 0.264 0.056 0.000
#> SRR1488610     1  0.4681     0.6831 0.728 0.084 0.188 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.4300     0.1471 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.4224     0.6764 0.744 0.040 0.216 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.2054     0.6561 0.916 0.072 0.004 0.000 0.008
#> SRR1091302     4  0.6807    -0.2312 0.060 0.408 0.080 0.452 0.000
#> SRR818263      1  0.4132     0.6343 0.720 0.020 0.260 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.3938     0.7049 0.016 0.164 0.024 0.796 0.000
#> SRR663076      1  0.2036     0.6961 0.920 0.056 0.024 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.6320     0.6085 0.056 0.536 0.356 0.052 0.000
#> SRR1442422     4  0.0324     0.8936 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1465893     1  0.2426     0.7272 0.900 0.036 0.064 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.3890     0.6538 0.736 0.012 0.252 0.000 0.000
#> SRR1407112     4  0.0451     0.8928 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1332969     3  0.4297     0.1769 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.4781     0.1494 0.552 0.020 0.428 0.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.4192     0.3276 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR665357      3  0.3999     0.4976 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR662186      3  0.3037     0.3554 0.032 0.100 0.864 0.000 0.004
#> SRR1501020     3  0.4397     0.3292 0.432 0.004 0.564 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.3999     0.4980 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1480813     3  0.5564    -0.4386 0.028 0.444 0.504 0.024 0.000
#> SRR1472576     2  0.7468     0.5776 0.072 0.476 0.172 0.280 0.000
#> SRR1431781     4  0.4622     0.6617 0.044 0.124 0.052 0.780 0.000
#> SRR1452270     3  0.4045     0.4831 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.4882     0.1406 0.532 0.024 0.444 0.000 0.000
#> SRR1417632     4  0.7439    -0.2385 0.056 0.276 0.204 0.464 0.000
#> SRR1350153     3  0.3950     0.4008 0.048 0.152 0.796 0.000 0.004
#> SRR1458113     1  0.5233     0.5703 0.636 0.076 0.288 0.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.4573     0.6958 0.744 0.092 0.164 0.000 0.000
#> SRR1349363     3  0.2792     0.5100 0.072 0.040 0.884 0.000 0.004
#> SRR1096712     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.4307     0.0717 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.7312     0.6520 0.072 0.520 0.220 0.188 0.000
#> SRR1377599     4  0.2127     0.8395 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1488449     3  0.4262     0.2864 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.4192     0.3912 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1359062     3  0.4030     0.4875 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4768     0.5359 0.656 0.040 0.304 0.000 0.000
#> SRR663783      3  0.4321     0.4229 0.396 0.004 0.600 0.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.4256     0.3072 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1369070     3  0.5768    -0.4154 0.028 0.428 0.512 0.028 0.004
#> SRR615659      1  0.2054     0.6561 0.916 0.072 0.004 0.000 0.008
#> SRR1337449     3  0.1728     0.4897 0.036 0.020 0.940 0.000 0.004
#> SRR1316982     3  0.3700     0.5451 0.240 0.008 0.752 0.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.7049     0.6567 0.056 0.524 0.276 0.144 0.000
#> SRR1377423     3  0.4443     0.2253 0.472 0.004 0.524 0.000 0.000
#> SRR1312310     3  0.2605     0.4928 0.056 0.044 0.896 0.000 0.004
#> SRR1485613     1  0.2853     0.7283 0.880 0.040 0.076 0.000 0.004
#> SRR1338426     3  0.4354     0.4655 0.368 0.008 0.624 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.3999     0.4993 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR658941      1  0.5664     0.4194 0.560 0.092 0.348 0.000 0.000
#> SRR1101643     5  0.3649     0.6711 0.152 0.040 0.000 0.000 0.808
#> SRR1401468     1  0.2863     0.7269 0.876 0.064 0.060 0.000 0.000
#> SRR1368874     3  0.1717     0.5159 0.052 0.008 0.936 0.000 0.004
#> SRR1324085     2  0.7211     0.4519 0.072 0.456 0.112 0.360 0.000
#> SRR1363858     5  0.1768     0.6351 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR819820      1  0.5395     0.4178 0.576 0.068 0.356 0.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.4914     0.6736 0.712 0.108 0.180 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.6349     0.3050 0.228 0.220 0.548 0.004 0.000
#> SRR1387013     2  0.5966     0.5895 0.044 0.532 0.388 0.036 0.000
#> SRR1317410     1  0.2193     0.7134 0.920 0.044 0.028 0.000 0.008
#> SRR608198      1  0.4450     0.7113 0.760 0.108 0.132 0.000 0.000
#> SRR1440161     3  0.1857     0.5248 0.060 0.008 0.928 0.000 0.004
#> SRR1343741     3  0.5698    -0.4087 0.028 0.432 0.512 0.024 0.004
#> SRR1381288     3  0.1173     0.4681 0.020 0.012 0.964 0.000 0.004
#> SRR1415379     2  0.7930     0.5871 0.256 0.444 0.168 0.132 0.000
#> SRR1099622     3  0.6018    -0.3500 0.036 0.408 0.516 0.036 0.004
#> SRR663197      1  0.5781     0.5812 0.640 0.076 0.256 0.000 0.028
#> SRR1394836     3  0.6542     0.2971 0.264 0.224 0.508 0.004 0.000
#> SRR661699      3  0.4435     0.4984 0.336 0.016 0.648 0.000 0.000
#> SRR813680      1  0.3477     0.7294 0.824 0.040 0.136 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.1697     0.6666 0.932 0.060 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378109     4  0.0324     0.8936 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1499174     1  0.2102     0.6699 0.916 0.068 0.012 0.000 0.004
#> SRR1311486     3  0.1728     0.4897 0.036 0.020 0.940 0.000 0.004
#> SRR1382851     2  0.7185     0.6626 0.068 0.488 0.320 0.124 0.000
#> SRR1433410     1  0.4946     0.6747 0.712 0.120 0.168 0.000 0.000
#> SRR661167      1  0.5047     0.0552 0.504 0.024 0.468 0.000 0.004
#> SRR1432518     3  0.4354     0.4655 0.368 0.008 0.624 0.000 0.000
#> SRR660462      3  0.4030     0.4894 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.7859     0.5017 0.296 0.380 0.252 0.072 0.000
#> SRR657949      1  0.4283     0.1281 0.544 0.000 0.456 0.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0162     0.8938 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR655768      1  0.6058     0.1013 0.632 0.156 0.020 0.000 0.192
#> SRR1485870     3  0.7265    -0.5376 0.060 0.364 0.440 0.136 0.000
#> SRR1444138     1  0.4830     0.5356 0.648 0.032 0.316 0.000 0.004
#> SRR1417342     1  0.2903     0.7025 0.872 0.048 0.080 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.7935     0.5206 0.284 0.388 0.244 0.084 0.000
#> SRR1091380     1  0.5395     0.4178 0.576 0.068 0.356 0.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.2820     0.7259 0.884 0.056 0.056 0.000 0.004
#> SRR1313583     4  0.7006     0.1225 0.104 0.292 0.056 0.540 0.008
#> SRR1467102     3  0.3724     0.5582 0.184 0.028 0.788 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.1732     0.8494 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR818821      3  0.4150     0.4377 0.388 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.2291     0.6660 0.908 0.072 0.012 0.000 0.008
#> SRR1072247     1  0.2193     0.7134 0.920 0.044 0.028 0.000 0.008
#> SRR1353710     2  0.7389     0.6368 0.080 0.516 0.212 0.192 0.000
#> SRR1445259     3  0.4192     0.3925 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.4644     0.0918 0.528 0.012 0.460 0.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.2054     0.6561 0.916 0.072 0.004 0.000 0.008
#> SRR1368597     1  0.3876     0.7130 0.776 0.032 0.192 0.000 0.000
#> SRR1309680     3  0.5342    -0.1049 0.044 0.324 0.620 0.008 0.004
#> SRR1310542     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.7596     0.4664 0.304 0.376 0.276 0.044 0.000
#> SRR1354931     1  0.5419     0.3987 0.580 0.032 0.368 0.000 0.020
#> SRR1391856     3  0.7412    -0.4908 0.088 0.336 0.456 0.120 0.000
#> SRR1446738     2  0.7415     0.6485 0.096 0.460 0.332 0.112 0.000
#> SRR1309032     3  0.1924     0.5292 0.064 0.008 0.924 0.000 0.004
#> SRR1388145     3  0.5938    -0.2891 0.036 0.368 0.556 0.036 0.004
#> SRR1432611     3  0.1644     0.5118 0.048 0.008 0.940 0.000 0.004
#> SRR815869      3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR613150      1  0.5533     0.5493 0.624 0.060 0.300 0.000 0.016
#> SRR1375329     1  0.4882     0.1406 0.532 0.024 0.444 0.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.1444     0.6974 0.948 0.040 0.012 0.000 0.000
#> SRR1466792     3  0.1644     0.5118 0.048 0.008 0.940 0.000 0.004
#> SRR1360478     3  0.4078     0.3617 0.040 0.180 0.776 0.000 0.004
#> SRR1360695     1  0.3283     0.7281 0.832 0.028 0.140 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.2144     0.6826 0.912 0.068 0.020 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.4464     0.3499 0.408 0.008 0.584 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0771     0.8898 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR816177      2  0.6894     0.6516 0.064 0.576 0.196 0.164 0.000
#> SRR658754      3  0.4015     0.4935 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.7295     0.6443 0.080 0.528 0.224 0.168 0.000
#> SRR1397366     1  0.4789     0.2626 0.584 0.024 0.392 0.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.2693     0.7062 0.896 0.060 0.028 0.000 0.016
#> SRR1083918     2  0.7195     0.6318 0.072 0.540 0.184 0.204 0.000
#> SRR1337606     1  0.5073     0.6516 0.688 0.100 0.212 0.000 0.000
#> SRR659109      3  0.4030     0.4918 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.4266     0.7136 0.776 0.120 0.104 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.4498     0.5574 0.688 0.032 0.280 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.4612     0.7104 0.752 0.092 0.152 0.000 0.004
#> SRR1476447     1  0.4266     0.7136 0.776 0.120 0.104 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.3989     0.7341 0.820 0.040 0.108 0.000 0.032
#> SRR614419      1  0.4351     0.7162 0.768 0.100 0.132 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.5956     0.4970 0.564 0.296 0.140 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.3355     0.7283 0.832 0.036 0.132 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.1764     0.6675 0.928 0.064 0.000 0.000 0.008
#> SRR612935      3  0.4182     0.4018 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR661481      3  0.5564    -0.4386 0.028 0.444 0.504 0.024 0.000
#> SRR1354117     3  0.2116     0.5412 0.076 0.008 0.912 0.000 0.004
#> SRR1393596     2  0.7287     0.6457 0.080 0.528 0.228 0.164 0.000
#> SRR1452164     1  0.2437     0.6986 0.904 0.060 0.032 0.000 0.004
#> SRR1070503     1  0.4885     0.6052 0.668 0.056 0.276 0.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.4060     0.4801 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.5198     0.6606 0.688 0.148 0.164 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.2645     0.7264 0.888 0.044 0.068 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.3274     0.7270 0.856 0.076 0.064 0.000 0.004
#> SRR810295      3  0.2369     0.4991 0.056 0.032 0.908 0.000 0.004
#> SRR662103      1  0.5930    -0.0274 0.620 0.152 0.008 0.000 0.220
#> SRR1328620     3  0.4192     0.3912 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1396294     2  0.7723     0.4821 0.312 0.372 0.260 0.056 0.000
#> SRR1419917     1  0.2054     0.6561 0.916 0.072 0.004 0.000 0.008
#> SRR662114      1  0.5503     0.5813 0.644 0.048 0.280 0.000 0.028
#> SRR1489199     1  0.4822     0.5091 0.636 0.028 0.332 0.000 0.004
#> SRR813584      2  0.7161     0.5692 0.052 0.512 0.176 0.260 0.000
#> SRR1069638     1  0.3957     0.6065 0.712 0.008 0.280 0.000 0.000
#> SRR614864      1  0.5309     0.5876 0.644 0.092 0.264 0.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.3809     0.6399 0.736 0.008 0.256 0.000 0.000
#> SRR1377777     3  0.2054     0.4001 0.008 0.072 0.916 0.000 0.004
#> SRR2167710     1  0.4498     0.5574 0.688 0.032 0.280 0.000 0.000
#> SRR1401252     4  0.4146     0.6807 0.020 0.176 0.024 0.780 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.1894     0.6675 0.920 0.072 0.008 0.000 0.000
#> SRR1418628     3  0.3496     0.3937 0.040 0.124 0.832 0.000 0.004
#> SRR1486889     1  0.4574     0.2935 0.576 0.012 0.412 0.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.2036     0.6961 0.920 0.056 0.024 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.1990     0.7136 0.928 0.040 0.028 0.000 0.004
#> SRR1356468     2  0.7785     0.5683 0.276 0.440 0.192 0.092 0.000
#> SRR1337010     3  0.1644     0.5113 0.048 0.008 0.940 0.000 0.004
#> SRR1486520     1  0.3392     0.7228 0.852 0.080 0.060 0.000 0.008
#> SRR1486538     4  0.1364     0.8770 0.012 0.036 0.000 0.952 0.000
#> SRR1340486     4  0.0324     0.8936 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1377696     2  0.6734     0.6454 0.052 0.532 0.316 0.100 0.000
#> SRR1465459     1  0.4622     0.1855 0.548 0.012 0.440 0.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.4030     0.4894 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.4074     0.4712 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.5744     0.4433 0.564 0.104 0.332 0.000 0.000
#> SRR1467080     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.7139     0.6623 0.064 0.516 0.280 0.140 0.000
#> SRR816475      2  0.7198     0.4641 0.072 0.464 0.112 0.352 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      1  0.5410     0.4995 0.604 0.056 0.332 0.000 0.008
#> SRR1452246     2  0.5966     0.5895 0.044 0.532 0.388 0.036 0.000
#> SRR1338836     3  0.4882    -0.1161 0.032 0.328 0.636 0.000 0.004
#> SRR1369129     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.4297     0.1997 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR813824      1  0.6431     0.5241 0.632 0.060 0.152 0.000 0.156
#> SRR1082376     1  0.3767     0.7301 0.820 0.016 0.132 0.000 0.032
#> SRR1500891     4  0.0162     0.8946 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR807543      1  0.3728     0.6506 0.748 0.008 0.244 0.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.3012     0.7299 0.852 0.024 0.124 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.7358    -0.3123 0.084 0.376 0.112 0.428 0.000
#> SRR1332424     1  0.4872     0.6808 0.720 0.120 0.160 0.000 0.000
#> SRR663729      2  0.6851     0.4424 0.068 0.568 0.120 0.244 0.000
#> SRR1097013     1  0.3616     0.7218 0.804 0.032 0.164 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.5956     0.4970 0.564 0.296 0.140 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0771     0.8898 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR655816      3  0.4599     0.4340 0.384 0.016 0.600 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.3037     0.7313 0.860 0.040 0.100 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.7369     0.5950 0.072 0.500 0.168 0.260 0.000
#> SRR1355172     1  0.3687     0.7144 0.792 0.028 0.180 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.4221     0.7098 0.780 0.108 0.112 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.4262     0.2816 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.3821     0.6952 0.764 0.020 0.216 0.000 0.000
#> SRR1485931     3  0.0960     0.4446 0.008 0.016 0.972 0.000 0.004
#> SRR1420873     1  0.2729     0.7248 0.884 0.056 0.060 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.7801     0.5871 0.256 0.460 0.168 0.116 0.000
#> SRR1452033     1  0.1918     0.7147 0.928 0.036 0.036 0.000 0.000
#> SRR1467316     3  0.0960     0.4446 0.008 0.016 0.972 0.000 0.004
#> SRR809018      3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1375351     3  0.4019     0.3368 0.052 0.152 0.792 0.000 0.004
#> SRR663440      1  0.4249     0.5879 0.688 0.016 0.296 0.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.7105     0.6567 0.060 0.532 0.248 0.160 0.000
#> SRR808019      1  0.4766     0.6637 0.708 0.072 0.220 0.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.6431     0.5241 0.632 0.060 0.152 0.000 0.156
#> SRR615069      1  0.4890     0.6452 0.680 0.064 0.256 0.000 0.000
#> SRR1456185     3  0.3764     0.5413 0.148 0.040 0.808 0.000 0.004
#> SRR1350069     2  0.7813     0.4878 0.304 0.368 0.264 0.064 0.000
#> SRR816316      5  0.5272     0.6190 0.328 0.048 0.008 0.000 0.616
#> SRR664795      1  0.3535     0.7191 0.808 0.028 0.164 0.000 0.000
#> SRR1490721     2  0.6915     0.5034 0.056 0.564 0.168 0.212 0.000
#> SRR810643      1  0.2592     0.7226 0.892 0.056 0.052 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.5351     0.3706 0.560 0.060 0.380 0.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.6431     0.5241 0.632 0.060 0.152 0.000 0.156
#> SRR1099072     3  0.4302     0.1794 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.1981     0.6868 0.920 0.064 0.016 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.2313     0.7220 0.912 0.040 0.044 0.000 0.004
#> SRR1420276     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.4088     0.4671 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.4725     0.6908 0.732 0.076 0.188 0.000 0.004
#> SRR1370329     5  0.2284     0.6578 0.056 0.028 0.004 0.000 0.912
#> SRR1465001     1  0.2378     0.7217 0.904 0.048 0.048 0.000 0.000
#> SRR1476525     3  0.4897    -0.1749 0.028 0.352 0.616 0.000 0.004
#> SRR819610      3  0.4732     0.3658 0.084 0.176 0.736 0.000 0.004
#> SRR2157314     1  0.2193     0.7134 0.920 0.044 0.028 0.000 0.008
#> SRR1409465     3  0.4806    -0.1006 0.028 0.328 0.640 0.000 0.004
#> SRR809987      2  0.7921     0.5896 0.252 0.448 0.164 0.136 0.000
#> SRR613639      1  0.6514     0.5505 0.636 0.104 0.156 0.000 0.104
#> SRR1402285     4  0.0794     0.8848 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1077038     1  0.3690     0.6777 0.764 0.012 0.224 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.4211     0.4810 0.360 0.004 0.636 0.000 0.000
#> SRR1095455     3  0.4473     0.3389 0.412 0.008 0.580 0.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.7195     0.6318 0.072 0.540 0.184 0.204 0.000
#> SRR1317771     1  0.3844     0.7220 0.792 0.044 0.164 0.000 0.000
#> SRR1365894     3  0.7209    -0.5347 0.056 0.360 0.448 0.136 0.000
#> SRR1073581     1  0.1918     0.7147 0.928 0.036 0.036 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.2193     0.7134 0.920 0.044 0.028 0.000 0.008
#> SRR1345914     3  0.1074     0.4615 0.016 0.012 0.968 0.000 0.004
#> SRR1432186     3  0.4957    -0.1015 0.028 0.328 0.636 0.004 0.004
#> SRR1473529     2  0.7049     0.6567 0.056 0.524 0.276 0.144 0.000
#> SRR660764      1  0.5758     0.5853 0.644 0.076 0.252 0.000 0.028
#> SRR820448      5  0.5107     0.6462 0.316 0.048 0.004 0.000 0.632
#> SRR1328845     2  0.7653     0.5625 0.288 0.448 0.184 0.080 0.000
#> SRR1336415     4  0.0451     0.8928 0.004 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1379065     4  0.0162     0.8938 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1459190     3  0.4659     0.0979 0.488 0.012 0.500 0.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.2645     0.7264 0.888 0.044 0.068 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.4349     0.7061 0.756 0.068 0.176 0.000 0.000
#> SRR1440898     3  0.1173     0.4681 0.020 0.012 0.964 0.000 0.004
#> SRR1347459     3  0.4219     0.3543 0.416 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1081209     3  0.1074     0.4517 0.012 0.016 0.968 0.000 0.004
#> SRR1400202     1  0.1444     0.6974 0.948 0.040 0.012 0.000 0.000
#> SRR1333395     3  0.4036     0.4962 0.144 0.068 0.788 0.000 0.000
#> SRR1309248     3  0.7246    -0.5749 0.064 0.392 0.420 0.124 0.000
#> SRR809161      1  0.5743     0.5442 0.616 0.064 0.296 0.000 0.024
#> SRR1316320     3  0.5422     0.1084 0.108 0.196 0.684 0.012 0.000
#> SRR1432629     2  0.6087     0.5935 0.044 0.528 0.384 0.044 0.000
#> SRR1498931     1  0.1857     0.6694 0.928 0.060 0.004 0.000 0.008
#> SRR1416578     2  0.7974     0.4681 0.228 0.364 0.088 0.320 0.000
#> SRR1405547     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.4772     0.6853 0.728 0.108 0.164 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.4256     0.3021 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.3650     0.7174 0.796 0.028 0.176 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.4489     0.3323 0.420 0.008 0.572 0.000 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      3  0.4256     0.3072 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1470420     3  0.1644     0.5112 0.048 0.008 0.940 0.000 0.004
#> SRR1475566     1  0.1444     0.6974 0.948 0.040 0.012 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.3291     0.7343 0.840 0.040 0.120 0.000 0.000
#> SRR1481419     3  0.4940    -0.0965 0.028 0.324 0.640 0.004 0.004
#> SRR1464766     1  0.2853     0.7283 0.880 0.040 0.076 0.000 0.004
#> SRR615946      1  0.5781     0.5812 0.640 0.076 0.256 0.000 0.028
#> SRR1446481     3  0.5101    -0.1181 0.032 0.328 0.628 0.012 0.000
#> SRR1467656     3  0.4403     0.1474 0.032 0.240 0.724 0.000 0.004
#> SRR1402962     1  0.5110     0.6411 0.680 0.096 0.224 0.000 0.000
#> SRR660224      3  0.1173     0.4676 0.020 0.012 0.964 0.000 0.004
#> SRR665586      1  0.3812     0.7088 0.772 0.024 0.204 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.4933     0.6509 0.688 0.076 0.236 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.4934     0.6666 0.708 0.104 0.188 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.3343     0.7196 0.812 0.016 0.172 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.4985     0.6942 0.740 0.068 0.164 0.000 0.028
#> SRR661108      1  0.5637     0.5841 0.644 0.068 0.264 0.000 0.024
#> SRR2170173     3  0.4306     0.1507 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR817329      1  0.4375     0.2625 0.576 0.004 0.420 0.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.7819     0.5794 0.264 0.452 0.172 0.112 0.000
#> SRR1467745     2  0.7211     0.4519 0.072 0.456 0.112 0.360 0.000
#> SRR1471795     2  0.7086     0.6595 0.060 0.528 0.264 0.148 0.000
#> SRR1415637     3  0.0960     0.4446 0.008 0.016 0.972 0.000 0.004
#> SRR813137      1  0.2054     0.6561 0.916 0.072 0.004 0.000 0.008
#> SRR1314873     1  0.2054     0.6631 0.916 0.072 0.008 0.000 0.004
#> SRR1401211     1  0.3326     0.7257 0.824 0.024 0.152 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0693     0.8864 0.012 0.008 0.000 0.980 0.000
#> SRR818797      1  0.6130     0.5878 0.660 0.056 0.164 0.000 0.120
#> SRR2164608     1  0.4855     0.2422 0.552 0.024 0.424 0.000 0.000
#> SRR1455586     3  0.3064     0.5350 0.108 0.036 0.856 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.3999     0.4974 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1488939     3  0.0960     0.4446 0.008 0.016 0.972 0.000 0.004
#> SRR1433232     3  0.5694    -0.4234 0.024 0.428 0.516 0.028 0.004
#> SRR1385501     1  0.3961     0.6786 0.760 0.028 0.212 0.000 0.000
#> SRR1361652     3  0.4522     0.2603 0.440 0.008 0.552 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.2102     0.6594 0.916 0.068 0.004 0.000 0.012
#> SRR1478547     3  0.4015     0.4941 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.4497     0.3192 0.424 0.008 0.568 0.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.2605     0.7201 0.896 0.056 0.044 0.000 0.004
#> SRR1500216     5  0.1768     0.6351 0.000 0.072 0.000 0.004 0.924
#> SRR1486762     3  0.4637     0.2902 0.452 0.012 0.536 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.2127     0.8395 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0794     0.8848 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1473058     2  0.7209     0.5714 0.072 0.516 0.140 0.272 0.000
#> SRR1405165     1  0.5697     0.2486 0.512 0.084 0.404 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.3898     0.7263 0.820 0.028 0.120 0.000 0.032
#> SRR1471477     1  0.3795     0.7083 0.780 0.028 0.192 0.000 0.000
#> SRR1098567     3  0.1630     0.4896 0.036 0.016 0.944 0.000 0.004
#> SRR1098712     1  0.7306     0.0341 0.448 0.284 0.232 0.036 0.000
#> SRR1455038     5  0.5257     0.3922 0.476 0.024 0.012 0.000 0.488
#> SRR1375248     3  0.2339     0.5612 0.100 0.004 0.892 0.000 0.004
#> SRR1403005     1  0.4300     0.0361 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.7275     0.6584 0.072 0.524 0.228 0.176 0.000
#> SRR1413541     1  0.3399     0.7184 0.812 0.012 0.172 0.000 0.004
#> SRR1392943     2  0.7866     0.5369 0.276 0.404 0.240 0.080 0.000
#> SRR1475192     3  0.3966     0.5046 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1432085     3  0.3064     0.5350 0.108 0.036 0.856 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.5052     0.2783 0.552 0.036 0.412 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.3999     0.4980 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.4630     0.5379 0.176 0.088 0.736 0.000 0.000
#> SRR1447962     3  0.2228     0.5543 0.092 0.004 0.900 0.000 0.004
#> SRR1444324     3  0.1924     0.5293 0.064 0.008 0.924 0.000 0.004
#> SRR1415004     1  0.1914     0.7110 0.932 0.032 0.032 0.000 0.004
#> SRR1413436     1  0.4706     0.6321 0.692 0.052 0.256 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.4681     0.6831 0.728 0.084 0.188 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.1830     0.6632 0.924 0.068 0.000 0.000 0.008
#> SRR1429678     1  0.2771     0.7271 0.860 0.012 0.128 0.000 0.000
#> SRR1469413     3  0.1845     0.5188 0.056 0.016 0.928 0.000 0.000
#> SRR1405331     1  0.3700     0.6555 0.752 0.008 0.240 0.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.1557     0.6937 0.940 0.052 0.008 0.000 0.000
#> SRR1380208     3  0.7239    -0.5530 0.064 0.380 0.432 0.124 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.4060     0.4760 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.4045     0.4857 0.356 0.000 0.644 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.4060     0.4802 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.2308     0.7214 0.912 0.036 0.048 0.000 0.004
#> SRR1365291     1  0.4227     0.3000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.2127     0.8395 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1366648     3  0.3983     0.5016 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000
#> SRR1441679     3  0.2032     0.5041 0.052 0.020 0.924 0.000 0.004
#> SRR1082173     1  0.4855     0.2422 0.552 0.024 0.424 0.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.4547     0.6916 0.736 0.072 0.192 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.2378     0.7217 0.904 0.048 0.048 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.6266     0.4477 0.652 0.132 0.064 0.000 0.152
#> SRR1386689     4  0.0324     0.8936 0.004 0.004 0.000 0.992 0.000
#> SRR1395575     3  0.4437     0.2352 0.464 0.004 0.532 0.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.6431     0.5241 0.632 0.060 0.152 0.000 0.156
#> SRR1441159     1  0.4091     0.7213 0.804 0.096 0.092 0.000 0.008
#> SRR1403154     4  0.0000     0.8949 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.4015     0.4932 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.4227     0.3000 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.2265     0.5523 0.900 0.024 0.008 0.000 0.068 0.000
#> SRR1331708     1  0.5418     0.4697 0.616 0.072 0.272 0.000 0.040 0.000
#> SRR1464258     6  0.5937     0.3518 0.188 0.004 0.000 0.000 0.360 0.448
#> SRR1454201     1  0.4917     0.5939 0.720 0.072 0.144 0.000 0.064 0.000
#> SRR661589      3  0.4204     0.3481 0.448 0.008 0.540 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456229     1  0.3767     0.5807 0.804 0.008 0.088 0.000 0.096 0.004
#> SRR1315165     4  0.4163     0.6188 0.024 0.228 0.016 0.728 0.004 0.000
#> SRR1488960     1  0.3423     0.6133 0.832 0.024 0.096 0.000 0.048 0.000
#> SRR1417809     2  0.7804     0.4482 0.220 0.452 0.088 0.076 0.164 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.4461    -0.1164 0.512 0.004 0.464 0.000 0.020 0.000
#> SRR1315931     6  0.5988     0.2968 0.200 0.004 0.000 0.000 0.356 0.440
#> SRR1430066     3  0.3852     0.4884 0.384 0.004 0.612 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.3915     0.4392 0.412 0.004 0.584 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.3881     0.4758 0.396 0.004 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.5192     0.5321 0.032 0.672 0.080 0.212 0.004 0.000
#> SRR1344143     3  0.2549     0.3447 0.008 0.072 0.884 0.000 0.036 0.000
#> SRR1486845     4  0.0260     0.9032 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.4835     0.6071 0.720 0.052 0.160 0.000 0.068 0.000
#> SRR1490740     1  0.3298     0.2542 0.756 0.008 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1446627     3  0.2537     0.3794 0.016 0.068 0.888 0.000 0.028 0.000
#> SRR1456138     2  0.4164     0.5200 0.016 0.688 0.280 0.000 0.016 0.000
#> SRR1416248     1  0.2136     0.5422 0.908 0.016 0.012 0.000 0.064 0.000
#> SRR1383907     2  0.4912     0.3212 0.028 0.588 0.028 0.356 0.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.3265     0.2225 0.748 0.004 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1375699     3  0.3774     0.4764 0.096 0.072 0.808 0.000 0.024 0.000
#> SRR1429846     1  0.4394     0.2945 0.608 0.008 0.364 0.000 0.020 0.000
#> SRR613550      1  0.5877     0.4034 0.548 0.020 0.276 0.000 0.156 0.000
#> SRR1348402     1  0.2401     0.5744 0.892 0.004 0.044 0.000 0.060 0.000
#> SRR1345146     3  0.4205     0.4152 0.420 0.016 0.564 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.4294     0.2263 0.592 0.008 0.388 0.000 0.012 0.000
#> SRR1318879     3  0.3993     0.4681 0.400 0.008 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR820755      1  0.4173     0.5009 0.692 0.008 0.272 0.000 0.028 0.000
#> SRR1485830     4  0.4350     0.6101 0.016 0.216 0.000 0.720 0.048 0.000
#> SRR599313      6  0.0000     0.6409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612263      1  0.4234     0.6130 0.732 0.016 0.208 0.000 0.044 0.000
#> SRR1415398     1  0.4226    -0.1703 0.504 0.004 0.484 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326205     2  0.7734     0.4528 0.196 0.456 0.052 0.108 0.188 0.000
#> SRR1421327     4  0.3706     0.7564 0.000 0.172 0.000 0.772 0.056 0.000
#> SRR1083311     3  0.3862     0.4856 0.388 0.004 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.3301     0.7030 0.000 0.216 0.004 0.772 0.008 0.000
#> SRR1079522     3  0.4331     0.2933 0.464 0.020 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452935     3  0.3890     0.4693 0.400 0.004 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.3215     0.2481 0.756 0.004 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1470459     3  0.2520     0.5074 0.068 0.032 0.888 0.000 0.012 0.000
#> SRR661361      1  0.6553     0.2422 0.548 0.008 0.176 0.000 0.204 0.064
#> SRR615778      1  0.4953     0.5996 0.712 0.052 0.156 0.000 0.080 0.000
#> SRR1447564     1  0.3268     0.4525 0.808 0.008 0.020 0.000 0.164 0.000
#> SRR1455195     1  0.4422     0.5796 0.768 0.060 0.076 0.000 0.096 0.000
#> SRR655182      1  0.5051     0.5057 0.656 0.008 0.208 0.000 0.128 0.000
#> SRR1335140     2  0.5173     0.5825 0.016 0.700 0.164 0.096 0.024 0.000
#> SRR1433555     3  0.3672     0.5030 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     3  0.4695     0.3642 0.296 0.024 0.648 0.000 0.032 0.000
#> SRR1388354     1  0.2926     0.5076 0.844 0.004 0.028 0.000 0.124 0.000
#> SRR1317446     3  0.3852     0.4884 0.384 0.004 0.612 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.3986     0.4884 0.384 0.004 0.608 0.000 0.004 0.000
#> SRR1479955     3  0.3010     0.2685 0.004 0.132 0.836 0.000 0.028 0.000
#> SRR809853      1  0.3493     0.2711 0.756 0.008 0.008 0.000 0.228 0.000
#> SRR661313      1  0.5683     0.2245 0.572 0.008 0.152 0.000 0.264 0.004
#> SRR1499935     4  0.3640     0.7029 0.024 0.176 0.016 0.784 0.000 0.000
#> SRR1447303     1  0.4521     0.1758 0.568 0.004 0.400 0.000 0.028 0.000
#> SRR1429408     2  0.5619     0.5312 0.024 0.668 0.092 0.180 0.036 0.000
#> SRR1433950     1  0.3052     0.5869 0.852 0.008 0.064 0.000 0.076 0.000
#> SRR1362081     3  0.2213     0.4838 0.048 0.032 0.908 0.000 0.012 0.000
#> SRR1409854     1  0.4833     0.5106 0.668 0.032 0.256 0.000 0.044 0.000
#> SRR1435229     3  0.4403     0.2849 0.468 0.024 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.3956     0.6013 0.796 0.016 0.092 0.000 0.092 0.004
#> SRR1414229     1  0.4843     0.5900 0.728 0.064 0.136 0.000 0.072 0.000
#> SRR1400974     3  0.3841     0.4952 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.3265     0.2225 0.748 0.004 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR613927      1  0.5777     0.1486 0.548 0.008 0.152 0.000 0.288 0.004
#> SRR1457854     1  0.3000     0.5131 0.840 0.004 0.032 0.000 0.124 0.000
#> SRR1473714     6  0.0000     0.6409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR813776      1  0.4173     0.5009 0.692 0.008 0.272 0.000 0.028 0.000
#> SRR808196      2  0.7643     0.4455 0.216 0.456 0.056 0.080 0.192 0.000
#> SRR1101085     4  0.0363     0.9024 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR614395      1  0.3488     0.2258 0.744 0.004 0.008 0.000 0.244 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     3  0.2390     0.4900 0.052 0.044 0.896 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362310     1  0.3215     0.2481 0.756 0.004 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR665310      1  0.5247     0.1823 0.528 0.012 0.392 0.000 0.068 0.000
#> SRR1420109     3  0.4636     0.1857 0.484 0.008 0.484 0.000 0.024 0.000
#> SRR1330920     1  0.4054     0.6022 0.748 0.008 0.192 0.000 0.052 0.000
#> SRR1419539     3  0.7138     0.1042 0.232 0.212 0.440 0.000 0.116 0.000
#> SRR1359447     3  0.4009     0.5216 0.288 0.028 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     2  0.6753     0.5401 0.040 0.588 0.104 0.108 0.160 0.000
#> SRR613915      1  0.5322     0.4956 0.624 0.008 0.244 0.000 0.120 0.004
#> SRR1384395     3  0.3807     0.5024 0.368 0.004 0.628 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      1  0.4624    -0.0399 0.516 0.008 0.452 0.000 0.024 0.000
#> SRR1478228     1  0.2395     0.5385 0.892 0.012 0.020 0.000 0.076 0.000
#> SRR1445637     1  0.4582     0.2995 0.604 0.008 0.356 0.000 0.032 0.000
#> SRR608150      1  0.5152     0.5533 0.708 0.084 0.100 0.000 0.108 0.000
#> SRR1096383     1  0.2908     0.5689 0.872 0.016 0.044 0.000 0.064 0.004
#> SRR1341480     4  0.1411     0.8802 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004 0.000
#> SRR1341344     1  0.4065     0.5442 0.784 0.048 0.040 0.000 0.128 0.000
#> SRR1326270     1  0.6957    -0.2239 0.500 0.008 0.132 0.000 0.244 0.116
#> SRR1498838     3  0.3923     0.4423 0.416 0.004 0.580 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.3872     0.4801 0.392 0.004 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR808566      2  0.4912     0.3212 0.028 0.588 0.028 0.356 0.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.0713     0.8953 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.4039     0.4253 0.424 0.008 0.568 0.000 0.000 0.000
#> SRR661267      1  0.3396     0.6129 0.828 0.016 0.108 0.000 0.048 0.000
#> SRR810665      3  0.4179     0.0361 0.016 0.324 0.652 0.000 0.008 0.000
#> SRR1407250     1  0.4656     0.5931 0.748 0.064 0.112 0.000 0.076 0.000
#> SRR1420067     1  0.4550     0.5940 0.756 0.056 0.108 0.000 0.080 0.000
#> SRR1473632     1  0.3411     0.2452 0.756 0.008 0.004 0.000 0.232 0.000
#> SRR812536      1  0.5855     0.3956 0.544 0.016 0.276 0.000 0.164 0.000
#> SRR1370850     2  0.5374     0.4351 0.024 0.492 0.440 0.032 0.012 0.000
#> SRR1486195     3  0.2164     0.4980 0.056 0.028 0.908 0.000 0.008 0.000
#> SRR1407671     2  0.7750     0.3487 0.224 0.332 0.328 0.036 0.080 0.000
#> SRR1446375     3  0.4314     0.2301 0.484 0.004 0.500 0.000 0.012 0.000
#> SRR1465230     4  0.0520     0.9023 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR614119      1  0.5232     0.4438 0.644 0.012 0.144 0.000 0.200 0.000
#> SRR1356101     3  0.2196     0.5587 0.108 0.004 0.884 0.000 0.004 0.000
#> SRR1404209     1  0.3707     0.6218 0.808 0.028 0.120 0.000 0.044 0.000
#> SRR1392676     3  0.2611     0.3652 0.012 0.080 0.880 0.000 0.028 0.000
#> SRR665538      1  0.3117     0.6038 0.852 0.016 0.080 0.000 0.052 0.000
#> SRR660510      3  0.4211     0.3318 0.456 0.008 0.532 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445655     4  0.0146     0.9040 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR658953      1  0.4643     0.2603 0.596 0.016 0.364 0.000 0.024 0.000
#> SRR2166459     1  0.3767     0.6021 0.800 0.016 0.120 0.000 0.064 0.000
#> SRR1070713     2  0.6817     0.5448 0.040 0.540 0.232 0.048 0.140 0.000
#> SRR1485312     3  0.3881     0.4751 0.396 0.004 0.600 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.8119     0.3448 0.272 0.352 0.156 0.044 0.176 0.000
#> SRR1488610     1  0.4575     0.6094 0.748 0.048 0.132 0.000 0.072 0.000
#> SRR1330588     1  0.4312    -0.1459 0.508 0.004 0.476 0.000 0.012 0.000
#> SRR1316367     1  0.4219     0.6214 0.764 0.032 0.152 0.000 0.052 0.000
#> SRR1433926     1  0.3290     0.2020 0.744 0.004 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1091302     2  0.5085     0.1764 0.024 0.524 0.016 0.424 0.012 0.000
#> SRR818263      1  0.4325     0.5933 0.724 0.012 0.208 0.000 0.056 0.000
#> SRR1404909     4  0.3411     0.6816 0.000 0.232 0.004 0.756 0.008 0.000
#> SRR663076      1  0.3104     0.3347 0.788 0.004 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR1323577     2  0.4282     0.5422 0.024 0.712 0.244 0.012 0.008 0.000
#> SRR1442422     4  0.0520     0.9023 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1465893     1  0.2151     0.5462 0.904 0.008 0.016 0.000 0.072 0.000
#> SRR654862      1  0.4119     0.6069 0.728 0.004 0.216 0.000 0.052 0.000
#> SRR1407112     4  0.0622     0.9015 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1332969     1  0.4127    -0.1771 0.508 0.004 0.484 0.000 0.004 0.000
#> SRR1353199     1  0.5247     0.1823 0.528 0.012 0.392 0.000 0.068 0.000
#> SRR1378885     1  0.4358     0.3198 0.620 0.008 0.352 0.000 0.020 0.000
#> SRR665357      3  0.3841     0.4943 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      3  0.4084     0.2386 0.020 0.132 0.776 0.000 0.072 0.000
#> SRR1501020     3  0.4384     0.2953 0.460 0.004 0.520 0.000 0.016 0.000
#> SRR1347819     3  0.3841     0.4932 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.4446     0.4541 0.012 0.580 0.396 0.004 0.008 0.000
#> SRR1472576     2  0.5223     0.5094 0.032 0.648 0.080 0.240 0.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.3737     0.6842 0.024 0.188 0.016 0.772 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.3872     0.4792 0.392 0.004 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.4840     0.1807 0.568 0.028 0.384 0.000 0.020 0.000
#> SRR1417632     4  0.6059    -0.1851 0.016 0.428 0.120 0.428 0.008 0.000
#> SRR1350153     3  0.3819     0.3616 0.040 0.200 0.756 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458113     1  0.4969     0.5542 0.684 0.048 0.216 0.000 0.052 0.000
#> SRR1326579     1  0.4298     0.5997 0.776 0.048 0.092 0.000 0.084 0.000
#> SRR1349363     3  0.3205     0.4576 0.060 0.060 0.852 0.000 0.028 0.000
#> SRR1096712     3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     1  0.4384    -0.0743 0.520 0.004 0.460 0.000 0.016 0.000
#> SRR1083752     2  0.5022     0.5873 0.032 0.708 0.108 0.148 0.004 0.000
#> SRR1377599     4  0.3672     0.7599 0.000 0.168 0.000 0.776 0.056 0.000
#> SRR1488449     3  0.3996     0.2583 0.484 0.004 0.512 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.4152     0.3866 0.440 0.012 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359062     3  0.3862     0.4830 0.388 0.004 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4650     0.5349 0.692 0.044 0.236 0.000 0.028 0.000
#> SRR663783      3  0.4503     0.4122 0.412 0.008 0.560 0.000 0.020 0.000
#> SRR1319204     3  0.3995     0.2734 0.480 0.004 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.4370     0.4334 0.008 0.552 0.428 0.000 0.012 0.000
#> SRR615659      1  0.3290     0.2020 0.744 0.004 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1337449     3  0.2917     0.4118 0.032 0.072 0.868 0.000 0.028 0.000
#> SRR1316982     3  0.3499     0.5324 0.264 0.004 0.728 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498595     2  0.5216     0.5832 0.016 0.696 0.164 0.100 0.024 0.000
#> SRR1377423     1  0.4635    -0.1828 0.488 0.008 0.480 0.000 0.024 0.000
#> SRR1312310     3  0.3142     0.4350 0.044 0.092 0.848 0.000 0.016 0.000
#> SRR1485613     1  0.2094     0.5527 0.908 0.004 0.024 0.000 0.064 0.000
#> SRR1338426     3  0.4002     0.4618 0.404 0.008 0.588 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.3841     0.4947 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR658941      1  0.5553     0.4277 0.608 0.080 0.268 0.000 0.044 0.000
#> SRR1101643     6  0.4900     0.5897 0.080 0.004 0.000 0.000 0.292 0.624
#> SRR1401468     1  0.2265     0.5523 0.900 0.024 0.008 0.000 0.068 0.000
#> SRR1368874     3  0.2213     0.4850 0.048 0.032 0.908 0.000 0.012 0.000
#> SRR1324085     2  0.4995     0.3965 0.032 0.612 0.036 0.320 0.000 0.000
#> SRR1363858     6  0.0000     0.6409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR819820      1  0.5275     0.4353 0.628 0.056 0.272 0.000 0.044 0.000
#> SRR1337342     1  0.4550     0.5940 0.756 0.056 0.108 0.000 0.080 0.000
#> SRR655206      3  0.6906     0.2386 0.228 0.180 0.484 0.000 0.108 0.000
#> SRR1387013     2  0.4117     0.5309 0.020 0.708 0.256 0.000 0.016 0.000
#> SRR1317410     1  0.2263     0.4877 0.884 0.016 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR608198      1  0.4344     0.5877 0.772 0.052 0.072 0.000 0.104 0.000
#> SRR1440161     3  0.2321     0.4902 0.052 0.040 0.900 0.000 0.008 0.000
#> SRR1343741     2  0.4370     0.4304 0.008 0.552 0.428 0.000 0.012 0.000
#> SRR1381288     3  0.2537     0.3794 0.016 0.068 0.888 0.000 0.028 0.000
#> SRR1415379     2  0.7828     0.4518 0.196 0.448 0.060 0.108 0.188 0.000
#> SRR1099622     2  0.4681     0.3973 0.020 0.520 0.448 0.008 0.004 0.000
#> SRR663197      1  0.5914     0.3405 0.544 0.008 0.212 0.000 0.232 0.004
#> SRR1394836     3  0.6982     0.2388 0.260 0.192 0.452 0.000 0.096 0.000
#> SRR661699      3  0.4069     0.4911 0.376 0.008 0.612 0.000 0.004 0.000
#> SRR813680      1  0.3367     0.6020 0.836 0.020 0.088 0.000 0.056 0.000
#> SRR1410678     1  0.3215     0.2481 0.756 0.004 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1378109     4  0.0520     0.9023 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1499174     1  0.3411     0.2460 0.756 0.008 0.004 0.000 0.232 0.000
#> SRR1311486     3  0.2917     0.4118 0.032 0.072 0.868 0.000 0.028 0.000
#> SRR1382851     2  0.6656     0.5563 0.032 0.568 0.188 0.052 0.160 0.000
#> SRR1433410     1  0.4711     0.5848 0.744 0.060 0.100 0.000 0.096 0.000
#> SRR661167      1  0.5506     0.0253 0.480 0.008 0.412 0.000 0.100 0.000
#> SRR1432518     3  0.4135     0.4570 0.404 0.008 0.584 0.000 0.004 0.000
#> SRR660462      3  0.3872     0.4828 0.392 0.004 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.8086     0.3906 0.256 0.384 0.136 0.056 0.168 0.000
#> SRR657949      1  0.4242     0.1178 0.572 0.004 0.412 0.000 0.012 0.000
#> SRR1308882     4  0.0291     0.9036 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR655768      5  0.4470     0.8594 0.408 0.004 0.008 0.000 0.568 0.012
#> SRR1485870     2  0.7510     0.4449 0.028 0.388 0.320 0.080 0.184 0.000
#> SRR1444138     1  0.4354     0.5166 0.684 0.008 0.268 0.000 0.040 0.000
#> SRR1417342     1  0.4433     0.3503 0.720 0.012 0.068 0.000 0.200 0.000
#> SRR1470193     2  0.8130     0.4207 0.240 0.396 0.136 0.068 0.160 0.000
#> SRR1091380     1  0.5275     0.4353 0.628 0.056 0.272 0.000 0.044 0.000
#> SRR1099096     1  0.2666     0.5365 0.872 0.028 0.008 0.000 0.092 0.000
#> SRR1313583     4  0.6471     0.2100 0.048 0.256 0.004 0.520 0.172 0.000
#> SRR1467102     3  0.3875     0.5392 0.196 0.028 0.760 0.000 0.016 0.000
#> SRR1485416     4  0.2006     0.8464 0.000 0.104 0.000 0.892 0.004 0.000
#> SRR818821      3  0.4039     0.4253 0.424 0.008 0.568 0.000 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.3488     0.2258 0.744 0.004 0.008 0.000 0.244 0.000
#> SRR1072247     1  0.2263     0.4877 0.884 0.016 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1353710     2  0.6871     0.5440 0.040 0.576 0.100 0.140 0.144 0.000
#> SRR1445259     3  0.4161     0.3707 0.448 0.012 0.540 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.4249     0.0939 0.568 0.004 0.416 0.000 0.012 0.000
#> SRR1361522     1  0.3290     0.2020 0.744 0.004 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1368597     1  0.4092     0.6036 0.772 0.016 0.136 0.000 0.076 0.000
#> SRR1309680     3  0.4619    -0.2028 0.024 0.420 0.548 0.004 0.004 0.000
#> SRR1310542     3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0363     0.9024 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.8020     0.3439 0.272 0.352 0.180 0.032 0.164 0.000
#> SRR1354931     1  0.5642     0.2966 0.536 0.004 0.324 0.000 0.132 0.004
#> SRR1391856     2  0.7297     0.4095 0.052 0.404 0.372 0.072 0.100 0.000
#> SRR1446738     2  0.7085     0.5439 0.060 0.524 0.200 0.044 0.172 0.000
#> SRR1309032     3  0.2520     0.5074 0.068 0.032 0.888 0.000 0.012 0.000
#> SRR1388145     3  0.4794    -0.3618 0.020 0.480 0.484 0.008 0.008 0.000
#> SRR1432611     3  0.2147     0.4802 0.044 0.032 0.912 0.000 0.012 0.000
#> SRR815869      3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      1  0.5871     0.4257 0.548 0.008 0.252 0.000 0.188 0.004
#> SRR1375329     1  0.4840     0.1807 0.568 0.028 0.384 0.000 0.020 0.000
#> SRR1387921     1  0.2737     0.4147 0.832 0.004 0.004 0.000 0.160 0.000
#> SRR1466792     3  0.2147     0.4802 0.044 0.032 0.912 0.000 0.012 0.000
#> SRR1360478     3  0.4105     0.2971 0.036 0.236 0.720 0.000 0.008 0.000
#> SRR1360695     1  0.3000     0.6013 0.856 0.012 0.088 0.000 0.044 0.000
#> SRR812943      1  0.3493     0.2711 0.756 0.008 0.008 0.000 0.228 0.000
#> SRR1400910     3  0.4456     0.3293 0.448 0.028 0.524 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0909     0.8985 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012 0.000
#> SRR816177      2  0.4269     0.5805 0.032 0.772 0.104 0.092 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.3862     0.4872 0.388 0.004 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.6724     0.5416 0.040 0.592 0.104 0.108 0.156 0.000
#> SRR1397366     1  0.5316     0.2738 0.548 0.012 0.360 0.000 0.080 0.000
#> SRR1446028     1  0.2865     0.4478 0.848 0.016 0.004 0.000 0.128 0.004
#> SRR1083918     2  0.4751     0.5628 0.032 0.720 0.084 0.164 0.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.4843     0.5900 0.728 0.064 0.136 0.000 0.072 0.000
#> SRR659109      3  0.3986     0.4848 0.384 0.004 0.608 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337192     1  0.4006     0.5612 0.792 0.048 0.044 0.000 0.116 0.000
#> SRR656946      1  0.5087     0.5007 0.628 0.004 0.252 0.000 0.116 0.000
#> SRR1476102     1  0.4361     0.6032 0.768 0.040 0.096 0.000 0.096 0.000
#> SRR1476447     1  0.4006     0.5612 0.792 0.048 0.044 0.000 0.116 0.000
#> SRR1342067     4  0.0260     0.9032 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.3612     0.5694 0.824 0.024 0.048 0.000 0.100 0.004
#> SRR614419      1  0.4220     0.5944 0.780 0.044 0.072 0.000 0.104 0.000
#> SRR1322936     1  0.6180     0.2767 0.580 0.208 0.072 0.000 0.140 0.000
#> SRR1349121     1  0.3074     0.6072 0.856 0.020 0.080 0.000 0.044 0.000
#> SRR1430549     1  0.3271     0.2573 0.760 0.008 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR612935      3  0.4147     0.3978 0.436 0.012 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR661481      2  0.4437     0.4562 0.012 0.584 0.392 0.004 0.008 0.000
#> SRR1354117     3  0.2639     0.5258 0.084 0.032 0.876 0.000 0.008 0.000
#> SRR1393596     2  0.6724     0.5422 0.040 0.592 0.108 0.104 0.156 0.000
#> SRR1452164     1  0.3455     0.3826 0.776 0.004 0.020 0.000 0.200 0.000
#> SRR1070503     1  0.4636     0.5619 0.700 0.028 0.224 0.000 0.048 0.000
#> SRR1499894     3  0.4006     0.4722 0.392 0.004 0.600 0.000 0.004 0.000
#> SRR1082883     1  0.5102     0.5570 0.712 0.080 0.096 0.000 0.112 0.000
#> SRR1468271     1  0.2239     0.5482 0.900 0.008 0.020 0.000 0.072 0.000
#> SRR1332443     1  0.2958     0.5436 0.852 0.028 0.012 0.000 0.108 0.000
#> SRR810295      3  0.2988     0.4424 0.044 0.080 0.860 0.000 0.016 0.000
#> SRR662103      5  0.4199     0.8478 0.360 0.004 0.000 0.000 0.620 0.016
#> SRR1328620     3  0.4157     0.3786 0.444 0.012 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396294     2  0.8119     0.3493 0.272 0.352 0.156 0.044 0.176 0.000
#> SRR1419917     1  0.3290     0.2020 0.744 0.004 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR662114      1  0.6198     0.4900 0.568 0.024 0.228 0.000 0.164 0.016
#> SRR1489199     1  0.4358     0.5030 0.680 0.012 0.276 0.000 0.032 0.000
#> SRR813584      2  0.5430     0.5446 0.024 0.688 0.092 0.164 0.032 0.000
#> SRR1069638     1  0.4219     0.5691 0.720 0.008 0.224 0.000 0.048 0.000
#> SRR614864      1  0.5224     0.5553 0.676 0.064 0.196 0.000 0.064 0.000
#> SRR1433392     1  0.4229     0.6003 0.728 0.008 0.208 0.000 0.056 0.000
#> SRR1377777     3  0.2983     0.2769 0.000 0.136 0.832 0.000 0.032 0.000
#> SRR2167710     1  0.5087     0.5007 0.628 0.004 0.252 0.000 0.116 0.000
#> SRR1401252     4  0.3512     0.6552 0.000 0.248 0.004 0.740 0.008 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.3298     0.2542 0.756 0.008 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1418628     3  0.3558     0.3266 0.028 0.168 0.792 0.000 0.012 0.000
#> SRR1486889     1  0.4395     0.3016 0.612 0.016 0.360 0.000 0.012 0.000
#> SRR1380393     1  0.3104     0.3347 0.788 0.004 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR1319731     1  0.2361     0.4920 0.880 0.012 0.004 0.000 0.104 0.000
#> SRR1356468     2  0.7724     0.4385 0.228 0.444 0.072 0.068 0.188 0.000
#> SRR1337010     3  0.2213     0.4838 0.048 0.032 0.908 0.000 0.012 0.000
#> SRR1486520     1  0.3075     0.5403 0.856 0.040 0.012 0.000 0.088 0.004
#> SRR1486538     4  0.1245     0.8898 0.000 0.032 0.000 0.952 0.016 0.000
#> SRR1340486     4  0.0520     0.9023 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1377696     2  0.4786     0.5691 0.016 0.712 0.200 0.056 0.016 0.000
#> SRR1465459     1  0.4833     0.1684 0.556 0.012 0.396 0.000 0.036 0.000
#> SRR1080270     3  0.3872     0.4841 0.392 0.004 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.3890     0.4667 0.400 0.004 0.596 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.5716     0.4561 0.604 0.080 0.256 0.000 0.060 0.000
#> SRR1467080     3  0.3841     0.4952 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.5124     0.5895 0.032 0.696 0.160 0.108 0.004 0.000
#> SRR816475      2  0.4965     0.4074 0.032 0.620 0.036 0.312 0.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      1  0.5905     0.3997 0.544 0.020 0.276 0.000 0.160 0.000
#> SRR1452246     2  0.4117     0.5309 0.020 0.708 0.256 0.000 0.016 0.000
#> SRR1338836     3  0.4357    -0.2174 0.012 0.420 0.560 0.000 0.008 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     1  0.4325    -0.1684 0.504 0.008 0.480 0.000 0.008 0.000
#> SRR813824      1  0.6957    -0.2239 0.500 0.008 0.132 0.000 0.244 0.116
#> SRR1082376     1  0.3759     0.5754 0.808 0.012 0.076 0.000 0.100 0.004
#> SRR1500891     4  0.0146     0.9045 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR807543      1  0.4054     0.6022 0.748 0.008 0.192 0.000 0.052 0.000
#> SRR1091572     1  0.3516     0.5727 0.812 0.004 0.088 0.000 0.096 0.000
#> SRR1346689     2  0.6709     0.1834 0.056 0.424 0.040 0.412 0.068 0.000
#> SRR1332424     1  0.4619     0.5844 0.752 0.060 0.092 0.000 0.096 0.000
#> SRR663729      2  0.6996     0.3411 0.032 0.472 0.040 0.172 0.284 0.000
#> SRR1097013     1  0.3767     0.6021 0.800 0.016 0.120 0.000 0.064 0.000
#> SRR613675      1  0.6180     0.2767 0.580 0.208 0.072 0.000 0.140 0.000
#> SRR1485357     4  0.0909     0.8985 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012 0.000
#> SRR655816      3  0.4280     0.4041 0.428 0.008 0.556 0.000 0.008 0.000
#> SRR1500113     1  0.2644     0.5817 0.880 0.008 0.052 0.000 0.060 0.000
#> SRR1437622     2  0.5169     0.5286 0.032 0.672 0.076 0.216 0.004 0.000
#> SRR1355172     1  0.3343     0.6171 0.824 0.016 0.128 0.000 0.032 0.000
#> SRR655531      1  0.3906     0.5687 0.804 0.052 0.048 0.000 0.096 0.000
#> SRR1338147     3  0.4225     0.2517 0.480 0.008 0.508 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413329     1  0.3729     0.6261 0.788 0.012 0.156 0.000 0.044 0.000
#> SRR1485931     3  0.2549     0.3447 0.008 0.072 0.884 0.000 0.036 0.000
#> SRR1420873     1  0.2463     0.5505 0.892 0.020 0.020 0.000 0.068 0.000
#> SRR1333308     2  0.7720     0.4519 0.208 0.452 0.056 0.092 0.192 0.000
#> SRR1452033     1  0.1908     0.4890 0.900 0.004 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1467316     3  0.2658     0.3368 0.008 0.080 0.876 0.000 0.036 0.000
#> SRR809018      3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     3  0.4002     0.2292 0.032 0.216 0.740 0.000 0.012 0.000
#> SRR663440      1  0.4436     0.5574 0.696 0.008 0.240 0.000 0.056 0.000
#> SRR1471755     2  0.5112     0.5857 0.028 0.704 0.136 0.124 0.008 0.000
#> SRR808019      1  0.4232     0.6156 0.764 0.040 0.152 0.000 0.044 0.000
#> SRR1479133     1  0.6957    -0.2239 0.500 0.008 0.132 0.000 0.244 0.116
#> SRR615069      1  0.5072     0.5945 0.696 0.044 0.168 0.000 0.092 0.000
#> SRR1456185     3  0.4190     0.5079 0.144 0.060 0.768 0.000 0.028 0.000
#> SRR1350069     2  0.8196     0.3611 0.264 0.352 0.156 0.052 0.176 0.000
#> SRR816316      6  0.6022     0.2507 0.208 0.004 0.000 0.000 0.356 0.432
#> SRR664795      1  0.3396     0.6151 0.828 0.016 0.108 0.000 0.048 0.000
#> SRR1490721     2  0.7046     0.3861 0.024 0.492 0.076 0.140 0.268 0.000
#> SRR810643      1  0.2252     0.5378 0.900 0.016 0.012 0.000 0.072 0.000
#> SRR1430333     1  0.5251     0.3697 0.592 0.048 0.324 0.000 0.036 0.000
#> SRR1085285     1  0.6957    -0.2239 0.500 0.008 0.132 0.000 0.244 0.116
#> SRR1099072     1  0.4411    -0.1484 0.504 0.008 0.476 0.000 0.012 0.000
#> SRR1317985     1  0.2902     0.3520 0.800 0.004 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1487340     1  0.2665     0.5208 0.868 0.012 0.016 0.000 0.104 0.000
#> SRR1420276     3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.3899     0.4646 0.404 0.004 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.4564     0.6128 0.748 0.044 0.132 0.000 0.076 0.000
#> SRR1370329     6  0.3780     0.6263 0.020 0.004 0.000 0.000 0.248 0.728
#> SRR1465001     1  0.2151     0.5275 0.904 0.016 0.008 0.000 0.072 0.000
#> SRR1476525     3  0.4380    -0.2556 0.012 0.436 0.544 0.000 0.008 0.000
#> SRR819610      3  0.4855     0.2888 0.076 0.236 0.672 0.000 0.016 0.000
#> SRR2157314     1  0.2311     0.4852 0.880 0.016 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1409465     3  0.4344    -0.2031 0.012 0.412 0.568 0.000 0.008 0.000
#> SRR809987      2  0.7814     0.4527 0.192 0.448 0.056 0.112 0.192 0.000
#> SRR613639      1  0.5919    -0.2414 0.480 0.008 0.128 0.000 0.376 0.008
#> SRR1402285     4  0.0713     0.8953 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.3878     0.6078 0.764 0.004 0.176 0.000 0.056 0.000
#> SRR1405660     3  0.4118     0.4716 0.396 0.008 0.592 0.000 0.004 0.000
#> SRR1095455     3  0.4460     0.3178 0.452 0.028 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.4751     0.5628 0.032 0.720 0.084 0.164 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.3630     0.6224 0.812 0.024 0.120 0.000 0.044 0.000
#> SRR1365894     2  0.7441     0.4377 0.024 0.388 0.328 0.080 0.180 0.000
#> SRR1073581     1  0.1908     0.4890 0.900 0.004 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR659804      1  0.2311     0.4852 0.880 0.016 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1345914     3  0.2501     0.3743 0.012 0.072 0.888 0.000 0.028 0.000
#> SRR1432186     3  0.4364    -0.2132 0.012 0.424 0.556 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473529     2  0.5216     0.5832 0.016 0.696 0.164 0.100 0.024 0.000
#> SRR660764      1  0.5893     0.3364 0.548 0.008 0.208 0.000 0.232 0.004
#> SRR820448      6  0.5937     0.3518 0.188 0.004 0.000 0.000 0.360 0.448
#> SRR1328845     2  0.7613     0.4329 0.240 0.444 0.068 0.056 0.192 0.000
#> SRR1336415     4  0.0622     0.9015 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR1379065     4  0.0363     0.9026 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1459190     1  0.4331    -0.0925 0.516 0.000 0.464 0.000 0.020 0.000
#> SRR1346773     1  0.2265     0.5535 0.900 0.008 0.024 0.000 0.068 0.000
#> SRR1499521     1  0.3720     0.6209 0.812 0.036 0.108 0.000 0.044 0.000
#> SRR1440898     3  0.2537     0.3794 0.016 0.068 0.888 0.000 0.028 0.000
#> SRR1347459     3  0.3982     0.3302 0.460 0.004 0.536 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081209     3  0.2611     0.3652 0.012 0.080 0.880 0.000 0.028 0.000
#> SRR1400202     1  0.2737     0.4147 0.832 0.004 0.004 0.000 0.160 0.000
#> SRR1333395     3  0.4495     0.4364 0.144 0.036 0.748 0.000 0.072 0.000
#> SRR1309248     2  0.7382     0.4706 0.024 0.416 0.292 0.072 0.196 0.000
#> SRR809161      1  0.5900     0.4193 0.544 0.008 0.248 0.000 0.196 0.004
#> SRR1316320     3  0.6205    -0.0846 0.088 0.244 0.576 0.004 0.088 0.000
#> SRR1432629     2  0.4339     0.5364 0.020 0.704 0.252 0.008 0.016 0.000
#> SRR1498931     1  0.3081     0.2970 0.776 0.004 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1416578     2  0.7665     0.3484 0.176 0.364 0.012 0.296 0.152 0.000
#> SRR1405547     3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.4511     0.5919 0.760 0.056 0.100 0.000 0.084 0.000
#> SRR1309160     3  0.4222     0.2888 0.472 0.004 0.516 0.000 0.008 0.000
#> SRR663489      3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.3258     0.6163 0.832 0.016 0.120 0.000 0.032 0.000
#> SRR1078489     3  0.4328     0.3061 0.460 0.020 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      3  0.3995     0.2734 0.480 0.004 0.516 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     3  0.2147     0.4800 0.044 0.032 0.912 0.000 0.012 0.000
#> SRR1475566     1  0.2737     0.4147 0.832 0.004 0.004 0.000 0.160 0.000
#> SRR1477949     1  0.3301     0.5892 0.840 0.016 0.072 0.000 0.072 0.000
#> SRR1481419     3  0.4357    -0.2085 0.012 0.420 0.560 0.000 0.008 0.000
#> SRR1464766     1  0.2094     0.5527 0.908 0.004 0.024 0.000 0.064 0.000
#> SRR615946      1  0.5914     0.3405 0.544 0.008 0.212 0.000 0.232 0.004
#> SRR1446481     3  0.4669    -0.2347 0.020 0.436 0.532 0.004 0.008 0.000
#> SRR1467656     3  0.4179     0.0361 0.016 0.324 0.652 0.000 0.008 0.000
#> SRR1402962     1  0.4917     0.5939 0.720 0.072 0.144 0.000 0.064 0.000
#> SRR660224      3  0.2594     0.3818 0.016 0.072 0.884 0.000 0.028 0.000
#> SRR665586      1  0.3505     0.6184 0.808 0.008 0.136 0.000 0.048 0.000
#> SRR1347166     1  0.4953     0.5996 0.712 0.052 0.156 0.000 0.080 0.000
#> SRR1485722     1  0.4656     0.5931 0.748 0.064 0.112 0.000 0.076 0.000
#> SRR1415316     1  0.3504     0.6182 0.820 0.016 0.112 0.000 0.052 0.000
#> SRR613390      1  0.4790     0.4527 0.680 0.004 0.120 0.000 0.196 0.000
#> SRR661108      1  0.5834     0.3683 0.560 0.008 0.212 0.000 0.216 0.004
#> SRR2170173     1  0.4461    -0.1164 0.512 0.004 0.464 0.000 0.020 0.000
#> SRR817329      1  0.4245     0.2398 0.604 0.004 0.376 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401990     2  0.7747     0.4453 0.212 0.448 0.060 0.088 0.192 0.000
#> SRR1467745     2  0.4995     0.3965 0.032 0.612 0.036 0.320 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.5062     0.5866 0.028 0.700 0.156 0.112 0.004 0.000
#> SRR1415637     3  0.2658     0.3368 0.008 0.080 0.876 0.000 0.036 0.000
#> SRR813137      1  0.3290     0.2020 0.744 0.004 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1314873     1  0.3380     0.2246 0.748 0.004 0.004 0.000 0.244 0.000
#> SRR1401211     1  0.2829     0.6139 0.864 0.016 0.096 0.000 0.024 0.000
#> SRR1419692     4  0.0862     0.8977 0.004 0.016 0.000 0.972 0.008 0.000
#> SRR818797      1  0.6591     0.0724 0.552 0.008 0.132 0.000 0.220 0.088
#> SRR2164608     1  0.4702     0.2714 0.596 0.028 0.360 0.000 0.016 0.000
#> SRR1455586     3  0.3174     0.5183 0.104 0.056 0.836 0.000 0.004 0.000
#> SRR819459      3  0.3862     0.4869 0.388 0.004 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     3  0.2658     0.3368 0.008 0.080 0.876 0.000 0.036 0.000
#> SRR1433232     2  0.4364     0.4378 0.008 0.556 0.424 0.000 0.012 0.000
#> SRR1385501     1  0.4579     0.5783 0.716 0.012 0.180 0.000 0.092 0.000
#> SRR1361652     3  0.4602     0.2167 0.484 0.028 0.484 0.000 0.004 0.000
#> SRR1437119     1  0.3265     0.2225 0.748 0.004 0.000 0.000 0.248 0.000
#> SRR1478547     3  0.3852     0.4911 0.384 0.004 0.612 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.4403     0.2849 0.468 0.024 0.508 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.2255     0.5201 0.892 0.016 0.004 0.000 0.088 0.000
#> SRR1500216     6  0.0000     0.6409 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486762     3  0.4699     0.2450 0.468 0.008 0.496 0.000 0.028 0.000
#> SRR1480854     4  0.3672     0.7599 0.000 0.168 0.000 0.776 0.056 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0713     0.8953 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.4814     0.5020 0.032 0.684 0.052 0.232 0.000 0.000
#> SRR1405165     1  0.5720     0.2618 0.544 0.072 0.340 0.000 0.044 0.000
#> SRR1433004     1  0.3924     0.5411 0.788 0.008 0.076 0.000 0.124 0.004
#> SRR1471477     1  0.3455     0.6192 0.816 0.016 0.132 0.000 0.036 0.000
#> SRR1098567     3  0.2860     0.4123 0.032 0.068 0.872 0.000 0.028 0.000
#> SRR1098712     1  0.7301    -0.0585 0.432 0.308 0.160 0.028 0.072 0.000
#> SRR1455038     6  0.6420    -0.4345 0.352 0.008 0.004 0.000 0.272 0.364
#> SRR1375248     3  0.2196     0.5587 0.108 0.004 0.884 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403005     1  0.4522     0.0592 0.548 0.008 0.424 0.000 0.020 0.000
#> SRR1348378     2  0.4895     0.5904 0.032 0.712 0.116 0.140 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.3368     0.6101 0.820 0.004 0.116 0.000 0.060 0.000
#> SRR1392943     2  0.8131     0.4206 0.236 0.392 0.132 0.064 0.176 0.000
#> SRR1475192     3  0.3819     0.4997 0.372 0.004 0.624 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     3  0.3174     0.5183 0.104 0.056 0.836 0.000 0.004 0.000
#> SRR1452468     1  0.4949     0.3050 0.588 0.040 0.352 0.000 0.020 0.000
#> SRR1347060     3  0.3841     0.4932 0.380 0.004 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.4799     0.5117 0.180 0.104 0.700 0.000 0.016 0.000
#> SRR1447962     3  0.2113     0.5445 0.092 0.008 0.896 0.000 0.004 0.000
#> SRR1444324     3  0.2375     0.5022 0.060 0.036 0.896 0.000 0.008 0.000
#> SRR1415004     1  0.2278     0.4621 0.868 0.004 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1413436     1  0.4523     0.6044 0.724 0.044 0.196 0.000 0.036 0.000
#> SRR1311266     1  0.4635     0.6079 0.744 0.052 0.132 0.000 0.072 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.3323     0.2399 0.752 0.008 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1429678     1  0.3368     0.5724 0.824 0.004 0.084 0.000 0.088 0.000
#> SRR1469413     3  0.2541     0.4777 0.052 0.032 0.892 0.000 0.024 0.000
#> SRR1405331     1  0.4082     0.6018 0.748 0.008 0.188 0.000 0.056 0.000
#> SRR1345609     1  0.2871     0.3650 0.804 0.004 0.000 0.000 0.192 0.000
#> SRR1380208     2  0.7380     0.4663 0.024 0.412 0.300 0.072 0.192 0.000
#> SRR1322840     4  0.0146     0.9040 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.3899     0.4627 0.404 0.004 0.592 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.3872     0.4803 0.392 0.004 0.604 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.4015     0.4708 0.396 0.004 0.596 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400847     1  0.2255     0.5203 0.892 0.004 0.016 0.000 0.088 0.000
#> SRR1365291     1  0.4468     0.2808 0.604 0.008 0.364 0.000 0.024 0.000
#> SRR1367920     4  0.3672     0.7599 0.000 0.168 0.000 0.776 0.056 0.000
#> SRR1366648     3  0.3830     0.4969 0.376 0.004 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     3  0.2220     0.4796 0.044 0.036 0.908 0.000 0.012 0.000
#> SRR1082173     1  0.4702     0.2714 0.596 0.028 0.360 0.000 0.016 0.000
#> SRR1363968     1  0.3893     0.6198 0.796 0.036 0.124 0.000 0.044 0.000
#> SRR814387      1  0.2151     0.5275 0.904 0.016 0.008 0.000 0.072 0.000
#> SRR657599      1  0.4688    -0.3850 0.572 0.004 0.020 0.000 0.392 0.012
#> SRR1386689     4  0.0520     0.9023 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008 0.000
#> SRR1395575     3  0.4653     0.1784 0.484 0.012 0.484 0.000 0.020 0.000
#> SRR1453811     1  0.6957    -0.2239 0.500 0.008 0.132 0.000 0.244 0.116
#> SRR1441159     1  0.3743     0.5696 0.808 0.036 0.040 0.000 0.116 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9041 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.3852     0.4884 0.384 0.004 0.612 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.4468     0.2808 0.604 0.008 0.364 0.000 0.024 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:kmeans

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.453           0.852       0.918         0.4137 0.609   0.609
#> 3 3 0.644           0.710       0.847         0.4449 0.654   0.474
#> 4 4 0.697           0.840       0.870         0.1937 0.817   0.550
#> 5 5 0.770           0.706       0.825         0.0779 0.925   0.732
#> 6 6 0.744           0.670       0.816         0.0433 0.963   0.836

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1331708     1  0.4562      0.887 0.904 0.096
#> SRR1464258     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1454201     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.4939      0.884 0.892 0.108
#> SRR1315165     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1417809     2  0.8081      0.616 0.248 0.752
#> SRR1094457     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1430066     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1431037     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1395554     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.3274      0.887 0.060 0.940
#> SRR1344143     1  0.9044      0.461 0.680 0.320
#> SRR1486845     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1446627     1  0.8608      0.544 0.716 0.284
#> SRR1456138     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1416248     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1383907     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1375699     1  0.8443      0.569 0.728 0.272
#> SRR1429846     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1345146     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR599313      2  0.9580      0.308 0.380 0.620
#> SRR612263      1  0.5294      0.881 0.880 0.120
#> SRR1415398     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1421327     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1083311     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1499303     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1470459     1  0.5294      0.807 0.880 0.120
#> SRR661361      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.5059      0.883 0.888 0.112
#> SRR1447564     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1455195     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR655182      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.5408      0.854 0.124 0.876
#> SRR1433555     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1308650     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1317446     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1413602     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.8661      0.701 0.288 0.712
#> SRR809853      1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR661313      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1499935     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1447303     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1362081     1  0.5842      0.784 0.860 0.140
#> SRR1409854     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.5059      0.883 0.888 0.112
#> SRR1414229     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1400974     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR613927      1  0.4939      0.884 0.892 0.108
#> SRR1457854     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1473714     2  0.9286      0.411 0.344 0.656
#> SRR813776      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR808196      2  0.7219      0.704 0.200 0.800
#> SRR1101085     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1478251     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1370551     1  0.7056      0.713 0.808 0.192
#> SRR1362310     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR665310      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1419539     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1359447     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1347259     2  0.0376      0.906 0.004 0.996
#> SRR613915      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1384395     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR821715      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1445637     1  0.4939      0.884 0.892 0.108
#> SRR608150      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1096383     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1341480     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1326270     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1416313     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR808566      2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1430270     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1367825     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR613533      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR661267      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR810665      1  0.9044      0.461 0.680 0.320
#> SRR1407250     1  0.4562      0.887 0.904 0.096
#> SRR1420067     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1473632     1  0.0376      0.903 0.996 0.004
#> SRR812536      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1486195     1  0.6048      0.774 0.852 0.148
#> SRR1407671     1  0.8713      0.546 0.708 0.292
#> SRR1446375     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1465230     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1356101     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1392676     1  0.9044      0.461 0.680 0.320
#> SRR665538      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR660510      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1445655     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.3733      0.892 0.928 0.072
#> SRR1070713     2  0.9209      0.620 0.336 0.664
#> SRR1485312     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1330588     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1433926     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1091302     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1404909     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1323577     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1442422     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR654862      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1332969     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR665357      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR662186      1  0.5946      0.779 0.856 0.144
#> SRR1501020     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1347819     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1472576     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1431781     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1452270     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1417632     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.8661      0.701 0.288 0.712
#> SRR1458113     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1349363     1  0.8555      0.553 0.720 0.280
#> SRR1096712     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1090407     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.5178      0.858 0.116 0.884
#> SRR1377599     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1488449     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1318354     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1359062     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR663783      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1319204     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR615659      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1337449     1  0.9000      0.471 0.684 0.316
#> SRR1316982     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1377423     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1312310     1  0.7056      0.713 0.808 0.192
#> SRR1485613     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1338426     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1353309     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.8386      0.719 0.732 0.268
#> SRR1401468     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1368874     1  0.4431      0.836 0.908 0.092
#> SRR1324085     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1363858     2  0.8909      0.501 0.308 0.692
#> SRR819820      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.1843      0.899 0.972 0.028
#> SRR655206      1  0.3879      0.851 0.924 0.076
#> SRR1387013     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1317410     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR608198      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1440161     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.6048      0.842 0.148 0.852
#> SRR1381288     1  0.9323      0.386 0.652 0.348
#> SRR1415379     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.8813      0.682 0.300 0.700
#> SRR663197      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1394836     1  0.5178      0.811 0.884 0.116
#> SRR661699      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.4161      0.890 0.916 0.084
#> SRR1410678     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1378109     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.5059      0.883 0.888 0.112
#> SRR1311486     1  0.9427      0.351 0.640 0.360
#> SRR1382851     2  0.0376      0.907 0.004 0.996
#> SRR1433410     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR661167      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1432518     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR660462      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.7299      0.697 0.204 0.796
#> SRR657949      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1308882     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1485870     2  0.6712      0.740 0.176 0.824
#> SRR1444138     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1470193     1  0.8608      0.544 0.716 0.284
#> SRR1091380     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1313583     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1467102     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1485416     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR818821      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1072247     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1353710     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1368597     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1309680     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1310542     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1333485     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1406437     1  0.6247      0.798 0.844 0.156
#> SRR1354931     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1391856     1  0.9000      0.473 0.684 0.316
#> SRR1446738     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1309032     1  0.6048      0.774 0.852 0.148
#> SRR1388145     2  0.8661      0.701 0.288 0.712
#> SRR1432611     1  0.7299      0.694 0.796 0.204
#> SRR815869      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR613150      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1466792     1  0.6048      0.774 0.852 0.148
#> SRR1360478     2  0.9686      0.488 0.396 0.604
#> SRR1360695     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR812943      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1400910     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1444203     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.3114      0.889 0.056 0.944
#> SRR658754      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1397366     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1083918     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1337606     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR659109      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR656946      1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1476102     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1476447     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1342067     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1385389     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR614419      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1322936     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1349121     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1430549     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR612935      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1354117     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1393596     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1070503     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1499894     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1468271     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1332443     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR810295      1  0.6048      0.774 0.852 0.148
#> SRR662103      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1328620     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1396294     1  0.9815      0.450 0.580 0.420
#> SRR1419917     1  0.5408      0.879 0.876 0.124
#> SRR662114      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.3274      0.887 0.060 0.940
#> SRR1069638     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR614864      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.4939      0.884 0.892 0.108
#> SRR1377777     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR2167710     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1401252     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1309963     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.5629      0.875 0.868 0.132
#> SRR1418628     2  0.9608      0.517 0.384 0.616
#> SRR1486889     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1319731     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1356468     2  0.7219      0.704 0.200 0.800
#> SRR1337010     1  0.5294      0.807 0.880 0.120
#> SRR1486520     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1486538     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1340486     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.4022      0.877 0.080 0.920
#> SRR1465459     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1080270     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1312501     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1467080     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR816475      2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1379198     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR613342      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.6048      0.842 0.148 0.852
#> SRR1338836     2  0.6343      0.834 0.160 0.840
#> SRR1369129     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1396616     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR813824      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.5059      0.883 0.888 0.112
#> SRR1500891     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1346689     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR663729      2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1097013     1  0.4690      0.886 0.900 0.100
#> SRR613675      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1485357     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR655816      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1437622     2  0.3274      0.887 0.060 0.940
#> SRR1355172     1  0.4022      0.890 0.920 0.080
#> SRR655531      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1338147     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1485931     1  0.8608      0.544 0.716 0.284
#> SRR1420873     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1333308     2  0.5519      0.802 0.128 0.872
#> SRR1452033     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1467316     1  0.9248      0.409 0.660 0.340
#> SRR809018      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.8955      0.662 0.312 0.688
#> SRR663440      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.3274      0.887 0.060 0.940
#> SRR808019      1  0.5629      0.875 0.868 0.132
#> SRR1479133     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1456185     1  0.6973      0.719 0.812 0.188
#> SRR1350069     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.5629      0.875 0.868 0.132
#> SRR664795      1  0.5059      0.883 0.888 0.112
#> SRR1490721     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR810643      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1430333     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1099072     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1487340     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1420276     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1351347     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.5408      0.879 0.876 0.124
#> SRR1370329     1  0.7815      0.771 0.768 0.232
#> SRR1465001     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1476525     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR819610      2  0.3114      0.889 0.056 0.944
#> SRR2157314     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1409465     2  0.8661      0.701 0.288 0.712
#> SRR809987      2  0.7219      0.704 0.200 0.800
#> SRR613639      1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1402285     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.4939      0.884 0.892 0.108
#> SRR1405660     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.5059      0.860 0.112 0.888
#> SRR1317771     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1365894     2  0.6438      0.757 0.164 0.836
#> SRR1073581     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR659804      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1345914     1  0.9000      0.471 0.684 0.316
#> SRR1432186     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1473529     2  0.5178      0.858 0.116 0.884
#> SRR660764      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1328845     2  0.8813      0.500 0.300 0.700
#> SRR1336415     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1379065     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1459190     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1499521     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1440898     2  0.8661      0.701 0.288 0.712
#> SRR1347459     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1081209     1  0.8955      0.480 0.688 0.312
#> SRR1400202     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1333395     1  0.5737      0.794 0.864 0.136
#> SRR1309248     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR809161      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1316320     1  0.8608      0.544 0.716 0.284
#> SRR1432629     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1498931     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1416578     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1405547     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1470534     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1309160     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR663489      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1078489     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1332648     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR660614      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1470420     1  0.6343      0.758 0.840 0.160
#> SRR1475566     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1477949     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1481419     2  0.8608      0.706 0.284 0.716
#> SRR1464766     1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR615946      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1467656     2  0.9983      0.255 0.476 0.524
#> SRR1402962     1  0.5059      0.883 0.888 0.112
#> SRR660224      1  0.6247      0.764 0.844 0.156
#> SRR665586      1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1347166     1  0.4298      0.889 0.912 0.088
#> SRR1485722     1  0.4562      0.887 0.904 0.096
#> SRR1415316     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR613390      1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR661108      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0376      0.903 0.996 0.004
#> SRR1401990     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.2236      0.896 0.036 0.964
#> SRR1471795     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1415637     1  0.9044      0.461 0.680 0.320
#> SRR813137      1  0.4939      0.884 0.892 0.108
#> SRR1314873     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1401211     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1419692     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.5408      0.879 0.876 0.124
#> SRR2164608     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1455586     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR819459      1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1488939     1  0.8608      0.544 0.716 0.284
#> SRR1433232     2  0.5737      0.847 0.136 0.864
#> SRR1385501     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1478547     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1500216     1  1.0000      0.164 0.504 0.496
#> SRR1486762     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1480854     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1489394     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1418085     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1340221     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1473058     2  0.3114      0.889 0.056 0.944
#> SRR1405165     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1471477     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1098567     1  0.6048      0.774 0.852 0.148
#> SRR1098712     1  0.9815      0.450 0.580 0.420
#> SRR1455038     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1375248     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1403005     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.8608      0.707 0.284 0.716
#> SRR1413541     1  0.5294      0.880 0.880 0.120
#> SRR1392943     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1475192     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1432085     1  0.6148      0.769 0.848 0.152
#> SRR1452468     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1347060     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1414139     1  0.3114      0.868 0.944 0.056
#> SRR1447962     1  0.6048      0.774 0.852 0.148
#> SRR1444324     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1413436     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1311266     1  0.5519      0.877 0.872 0.128
#> SRR1343302     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1429678     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1469413     1  0.9000      0.471 0.684 0.316
#> SRR1405331     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1380208     1  0.9358      0.408 0.648 0.352
#> SRR1322840     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1399797     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1416654     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1315081     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1369196     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1365291     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1366648     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1441679     1  0.5629      0.793 0.868 0.132
#> SRR1082173     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR814387      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR657599      1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1386689     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1395575     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.5737      0.873 0.864 0.136
#> SRR1403154     2  0.0000      0.908 0.000 1.000
#> SRR1468722     1  0.0000      0.903 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0000      0.903 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1331708     1  0.4399     0.6372 0.812 0.000 0.188
#> SRR1464258     1  0.1337     0.9136 0.972 0.012 0.016
#> SRR1454201     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR661589      3  0.6274     0.5551 0.456 0.000 0.544
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1488960     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1417809     2  0.7653     0.7136 0.080 0.644 0.276
#> SRR1094457     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0237     0.9248 0.996 0.000 0.004
#> SRR1315931     1  0.1337     0.9136 0.972 0.012 0.016
#> SRR1430066     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1431037     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1395554     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR818002      2  0.3192     0.8668 0.000 0.888 0.112
#> SRR1344143     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1486845     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.3686     0.7329 0.860 0.000 0.140
#> SRR1490740     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1446627     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1456138     3  0.6274    -0.4342 0.000 0.456 0.544
#> SRR1416248     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1383907     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1311018     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1375699     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1429846     1  0.3879     0.7063 0.848 0.000 0.152
#> SRR613550      1  0.6286    -0.3481 0.536 0.000 0.464
#> SRR1348402     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1345146     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1324025     3  0.6244     0.5838 0.440 0.000 0.560
#> SRR1318879     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR820755      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.2152     0.8881 0.948 0.036 0.016
#> SRR612263      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.6274     0.5550 0.456 0.000 0.544
#> SRR1326205     2  0.4178     0.8395 0.000 0.828 0.172
#> SRR1421327     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1083311     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1499303     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1079522     3  0.6260     0.5702 0.448 0.000 0.552
#> SRR1452935     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1379495     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1470459     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR661361      3  0.6309     0.4307 0.500 0.000 0.500
#> SRR615778      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1455195     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.6180     0.6548 0.000 0.584 0.416
#> SRR1433555     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1308650     3  0.1163     0.5838 0.028 0.000 0.972
#> SRR1388354     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1317446     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1413602     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1479955     3  0.0747     0.5578 0.000 0.016 0.984
#> SRR809853      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR661313      1  0.4887     0.5226 0.772 0.000 0.228
#> SRR1499935     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1447303     3  0.6267     0.5628 0.452 0.000 0.548
#> SRR1429408     2  0.1643     0.8995 0.000 0.956 0.044
#> SRR1433950     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1362081     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1409854     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0592     0.9171 0.988 0.000 0.012
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.6267     0.5628 0.452 0.000 0.548
#> SRR1400974     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1399971     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR613927      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1473714     1  0.3091     0.8400 0.912 0.072 0.016
#> SRR813776      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR808196      2  0.6521     0.7718 0.040 0.712 0.248
#> SRR1101085     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR614395      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1362310     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR665310      1  0.6140    -0.1396 0.596 0.000 0.404
#> SRR1420109     3  0.6252     0.5772 0.444 0.000 0.556
#> SRR1330920     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.2959     0.6147 0.100 0.000 0.900
#> SRR1359447     3  0.6168     0.6035 0.412 0.000 0.588
#> SRR1347259     2  0.5706     0.7442 0.000 0.680 0.320
#> SRR613915      1  0.4178     0.6666 0.828 0.000 0.172
#> SRR1384395     3  0.6168     0.6035 0.412 0.000 0.588
#> SRR821715      1  0.2261     0.8446 0.932 0.000 0.068
#> SRR1478228     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1096383     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1341480     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1341344     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1326270     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1416313     3  0.6252     0.5772 0.444 0.000 0.556
#> SRR808566      2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1430270     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.6215     0.5985 0.428 0.000 0.572
#> SRR613533      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR661267      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR810665      3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1407250     1  0.0237     0.9249 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420067     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1370850     3  0.6280    -0.4428 0.000 0.460 0.540
#> SRR1486195     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1407671     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1446375     1  0.3879     0.6946 0.848 0.000 0.152
#> SRR1465230     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1356101     3  0.1163     0.5838 0.028 0.000 0.972
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR665538      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR660510      3  0.6274     0.5550 0.456 0.000 0.544
#> SRR1445655     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR658953      1  0.6302    -0.3986 0.520 0.000 0.480
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     3  0.1832     0.5385 0.008 0.036 0.956
#> SRR1485312     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1317631     2  0.4291     0.8355 0.000 0.820 0.180
#> SRR1488610     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330588     3  0.6244     0.5838 0.440 0.000 0.560
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1091302     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR818263      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR663076      1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1323577     3  0.4178     0.3349 0.000 0.172 0.828
#> SRR1442422     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.6274     0.5550 0.456 0.000 0.544
#> SRR1353199     1  0.5431     0.3551 0.716 0.000 0.284
#> SRR1378885     1  0.4121     0.6749 0.832 0.000 0.168
#> SRR665357      3  0.6168     0.6035 0.412 0.000 0.588
#> SRR662186      3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1501020     3  0.6267     0.5628 0.452 0.000 0.548
#> SRR1347819     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1480813     3  0.4654     0.2590 0.000 0.208 0.792
#> SRR1472576     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1431781     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1452270     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1500472     1  0.5785     0.1694 0.668 0.000 0.332
#> SRR1417632     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1350153     3  0.0747     0.5578 0.000 0.016 0.984
#> SRR1458113     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1326579     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1349363     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1096712     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1090407     3  0.6244     0.5838 0.440 0.000 0.560
#> SRR1083752     2  0.3267     0.8648 0.000 0.884 0.116
#> SRR1377599     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1488449     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1318354     3  0.6260     0.5701 0.448 0.000 0.552
#> SRR1359062     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1398924     1  0.5465     0.3331 0.712 0.000 0.288
#> SRR663783      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1319204     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1369070     3  0.4399     0.3034 0.000 0.188 0.812
#> SRR615659      1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1337449     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1316982     3  0.4399     0.6364 0.188 0.000 0.812
#> SRR1498595     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1377423     1  0.6280    -0.3414 0.540 0.000 0.460
#> SRR1312310     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1485613     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338426     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1353309     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR658941      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1101643     1  0.1636     0.9050 0.964 0.020 0.016
#> SRR1401468     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1368874     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1324085     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1363858     1  0.4209     0.7617 0.856 0.128 0.016
#> SRR819820      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.1860     0.5949 0.052 0.000 0.948
#> SRR1387013     2  0.6252     0.6158 0.000 0.556 0.444
#> SRR1317410     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR608198      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1440161     3  0.1163     0.5838 0.028 0.000 0.972
#> SRR1343741     3  0.4399     0.3034 0.000 0.188 0.812
#> SRR1381288     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1415379     2  0.3038     0.8721 0.000 0.896 0.104
#> SRR1099622     3  0.0747     0.5578 0.000 0.016 0.984
#> SRR663197      3  0.6215     0.5956 0.428 0.000 0.572
#> SRR1394836     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR661699      3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR813680      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1378109     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1382851     2  0.6154     0.6631 0.000 0.592 0.408
#> SRR1433410     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR661167      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1432518     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR660462      3  0.6235     0.5901 0.436 0.000 0.564
#> SRR1374608     2  0.5988     0.7365 0.008 0.688 0.304
#> SRR657949      1  0.6295    -0.3726 0.528 0.000 0.472
#> SRR1308882     2  0.0237     0.9075 0.000 0.996 0.004
#> SRR655768      1  0.0829     0.9255 0.984 0.012 0.004
#> SRR1485870     3  0.6359    -0.2193 0.008 0.364 0.628
#> SRR1444138     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1470193     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1091380     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1099096     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1313583     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.1163     0.5838 0.028 0.000 0.972
#> SRR1485416     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR818821      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR809963      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1353710     2  0.5016     0.8030 0.000 0.760 0.240
#> SRR1445259     3  0.6274     0.5544 0.456 0.000 0.544
#> SRR1408393     1  0.6305    -0.4083 0.516 0.000 0.484
#> SRR1361522     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1368597     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1309680     3  0.5016     0.1787 0.000 0.240 0.760
#> SRR1310542     3  0.6180     0.6027 0.416 0.000 0.584
#> SRR1333485     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1406437     3  0.3112     0.6135 0.096 0.004 0.900
#> SRR1354931     3  0.6309     0.4595 0.496 0.000 0.504
#> SRR1391856     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1446738     3  0.3482     0.4063 0.000 0.128 0.872
#> SRR1309032     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1388145     3  0.0747     0.5578 0.000 0.016 0.984
#> SRR1432611     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR815869      3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR613150      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1375329     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1387921     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1466792     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1360478     3  0.0829     0.5635 0.004 0.012 0.984
#> SRR1360695     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1444203     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.6180     0.6548 0.000 0.584 0.416
#> SRR658754      3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1429603     2  0.4346     0.8368 0.000 0.816 0.184
#> SRR1397366     1  0.6204    -0.2163 0.576 0.000 0.424
#> SRR1446028     1  0.0829     0.9255 0.984 0.012 0.004
#> SRR1083918     2  0.6260     0.6097 0.000 0.552 0.448
#> SRR1337606     3  0.6267     0.5604 0.452 0.000 0.548
#> SRR659109      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1337192     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR656946      1  0.0237     0.9287 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476102     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1476447     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1342067     2  0.0237     0.9075 0.000 0.996 0.004
#> SRR1385389     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR614419      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322936     1  0.0475     0.9273 0.992 0.004 0.004
#> SRR1349121     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1430549     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR612935      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR661481      3  0.6225    -0.3800 0.000 0.432 0.568
#> SRR1354117     3  0.1163     0.5838 0.028 0.000 0.972
#> SRR1393596     2  0.5882     0.7196 0.000 0.652 0.348
#> SRR1452164     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1082883     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468271     1  0.0424     0.9289 0.992 0.008 0.000
#> SRR1332443     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR810295      3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR662103      1  0.1015     0.9219 0.980 0.012 0.008
#> SRR1328620     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1396294     3  0.7097     0.4827 0.108 0.172 0.720
#> SRR1419917     1  0.0424     0.9289 0.992 0.008 0.000
#> SRR662114      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1489199     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR813584      2  0.6140     0.6668 0.000 0.596 0.404
#> SRR1069638     1  0.6252    -0.2867 0.556 0.000 0.444
#> SRR614864      1  0.4062     0.6831 0.836 0.000 0.164
#> SRR1433392     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377777     3  0.6280    -0.4428 0.000 0.460 0.540
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401252     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1309963     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1418628     3  0.0829     0.5635 0.004 0.012 0.984
#> SRR1486889     1  0.5678     0.2617 0.684 0.000 0.316
#> SRR1380393     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1319731     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1356468     2  0.5728     0.7697 0.008 0.720 0.272
#> SRR1337010     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1486520     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1486538     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.5560     0.7536 0.000 0.700 0.300
#> SRR1465459     1  0.1753     0.8729 0.952 0.000 0.048
#> SRR1080270     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1312501     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1093148     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1467080     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1410866     3  0.5254     0.1114 0.000 0.264 0.736
#> SRR816475      2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1379198     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.6299     0.5107 0.476 0.000 0.524
#> SRR1452246     3  0.4178     0.3349 0.000 0.172 0.828
#> SRR1338836     3  0.3340     0.4275 0.000 0.120 0.880
#> SRR1369129     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.6274     0.5550 0.456 0.000 0.544
#> SRR813824      3  0.6267     0.5341 0.452 0.000 0.548
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR807543      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1332424     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR663729      2  0.4121     0.8416 0.000 0.832 0.168
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1485357     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1500113     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1437622     2  0.1031     0.9050 0.000 0.976 0.024
#> SRR1355172     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338147     3  0.6252     0.5772 0.444 0.000 0.556
#> SRR1413329     1  0.0237     0.9248 0.996 0.000 0.004
#> SRR1485931     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1420873     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1333308     2  0.5618     0.7793 0.008 0.732 0.260
#> SRR1452033     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1467316     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR809018      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1375351     3  0.0747     0.5578 0.000 0.016 0.984
#> SRR663440      1  0.1964     0.8615 0.944 0.000 0.056
#> SRR1471755     2  0.6180     0.6548 0.000 0.584 0.416
#> SRR808019      1  0.0424     0.9288 0.992 0.008 0.000
#> SRR1479133     1  0.6274    -0.2803 0.544 0.000 0.456
#> SRR615069      3  0.6215     0.5985 0.428 0.000 0.572
#> SRR1456185     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1350069     2  0.5178     0.7880 0.000 0.744 0.256
#> SRR816316      1  0.1337     0.9136 0.972 0.012 0.016
#> SRR664795      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     2  0.5178     0.7917 0.000 0.744 0.256
#> SRR810643      1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1430333     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1085285     3  0.6252     0.5772 0.444 0.000 0.556
#> SRR1099072     1  0.6192    -0.2016 0.580 0.000 0.420
#> SRR1317985     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1487340     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1420276     3  0.6154     0.6040 0.408 0.000 0.592
#> SRR1351347     3  0.6235     0.5901 0.436 0.000 0.564
#> SRR1405525     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370329     1  0.1491     0.9095 0.968 0.016 0.016
#> SRR1465001     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1476525     3  0.5178     0.1346 0.000 0.256 0.744
#> SRR819610      2  0.6307     0.5411 0.000 0.512 0.488
#> SRR2157314     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1409465     3  0.0747     0.5578 0.000 0.016 0.984
#> SRR809987      2  0.6880     0.7714 0.108 0.736 0.156
#> SRR613639      1  0.0237     0.9268 0.996 0.000 0.004
#> SRR1402285     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1095455     1  0.0237     0.9248 0.996 0.000 0.004
#> SRR1394734     2  0.4654     0.8122 0.000 0.792 0.208
#> SRR1317771     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1365894     3  0.6598    -0.3925 0.008 0.428 0.564
#> SRR1073581     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR659804      1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1345914     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1432186     3  0.5291     0.0997 0.000 0.268 0.732
#> SRR1473529     2  0.3192     0.8668 0.000 0.888 0.112
#> SRR660764      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR820448      1  0.1337     0.9136 0.972 0.012 0.016
#> SRR1328845     2  0.7384     0.7303 0.068 0.660 0.272
#> SRR1336415     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     2  0.0237     0.9075 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459190     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1346773     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1499521     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1440898     3  0.0747     0.5578 0.000 0.016 0.984
#> SRR1347459     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1081209     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1400202     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1333395     3  0.1411     0.5884 0.036 0.000 0.964
#> SRR1309248     2  0.6095     0.6792 0.000 0.608 0.392
#> SRR809161      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316320     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1432629     2  0.5733     0.7298 0.000 0.676 0.324
#> SRR1498931     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1416578     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1470534     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1309160     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR663489      3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1500450     1  0.1129     0.9119 0.976 0.004 0.020
#> SRR1078489     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1332648     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1470420     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1475566     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1477949     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1481419     3  0.0747     0.5578 0.000 0.016 0.984
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      1  0.6215    -0.2332 0.572 0.000 0.428
#> SRR1446481     3  0.4235     0.3271 0.000 0.176 0.824
#> SRR1467656     3  0.0829     0.5635 0.004 0.012 0.984
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR665586      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR613390      1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR661108      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR2170173     1  0.0237     0.9248 0.996 0.000 0.004
#> SRR817329      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.4121     0.8416 0.000 0.832 0.168
#> SRR1467745     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1471795     3  0.6280    -0.4428 0.000 0.460 0.540
#> SRR1415637     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR813137      1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1401211     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      1  0.0747     0.9180 0.984 0.000 0.016
#> SRR2164608     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1455586     3  0.1163     0.5838 0.028 0.000 0.972
#> SRR819459      3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1488939     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1433232     3  0.6235    -0.3893 0.000 0.436 0.564
#> SRR1385501     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361652     3  0.6274     0.5550 0.456 0.000 0.544
#> SRR1437119     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1478547     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1430910     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1310584     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1500216     1  0.2031     0.8920 0.952 0.032 0.016
#> SRR1486762     3  0.6274     0.5550 0.456 0.000 0.544
#> SRR1480854     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1489394     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0747     0.9073 0.000 0.984 0.016
#> SRR1405165     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0829     0.9201 0.984 0.004 0.012
#> SRR1098567     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1098712     3  0.3472     0.5797 0.056 0.040 0.904
#> SRR1455038     1  0.1337     0.9136 0.972 0.012 0.016
#> SRR1375248     3  0.1163     0.5838 0.028 0.000 0.972
#> SRR1403005     1  0.6286    -0.3530 0.536 0.000 0.464
#> SRR1348378     3  0.3941     0.3673 0.000 0.156 0.844
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.5058     0.7964 0.000 0.756 0.244
#> SRR1475192     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1432085     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1452468     3  0.6307     0.4793 0.488 0.000 0.512
#> SRR1347060     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1414139     3  0.0892     0.5801 0.020 0.000 0.980
#> SRR1447962     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1444324     3  0.1163     0.5838 0.028 0.000 0.972
#> SRR1415004     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1413436     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311266     1  0.0237     0.9288 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343302     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1429678     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1469413     3  0.0829     0.5740 0.012 0.004 0.984
#> SRR1405331     1  0.0000     0.9277 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1380208     3  0.1620     0.5539 0.012 0.024 0.964
#> SRR1322840     2  0.0237     0.9075 0.000 0.996 0.004
#> SRR1399797     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1416654     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1315081     3  0.6204     0.6007 0.424 0.000 0.576
#> SRR1369196     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1400847     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1365291     3  0.6302     0.5005 0.480 0.000 0.520
#> SRR1367920     2  0.0592     0.9081 0.000 0.988 0.012
#> SRR1366648     3  0.6215     0.5985 0.428 0.000 0.572
#> SRR1441679     3  0.0747     0.5781 0.016 0.000 0.984
#> SRR1082173     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1363968     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR814387      1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR657599      1  0.1015     0.9219 0.980 0.012 0.008
#> SRR1386689     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.6274     0.5550 0.456 0.000 0.544
#> SRR1453811     1  0.0747     0.9180 0.984 0.000 0.016
#> SRR1441159     1  0.0592     0.9286 0.988 0.012 0.000
#> SRR1403154     2  0.0000     0.9070 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.6225     0.5960 0.432 0.000 0.568
#> SRR1310275     3  0.6252     0.5772 0.444 0.000 0.556

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1331708     1  0.6634    0.59012 0.564 0.100 0.336 0.000
#> SRR1464258     1  0.2919    0.86226 0.896 0.044 0.060 0.000
#> SRR1454201     1  0.6370    0.68974 0.620 0.100 0.280 0.000
#> SRR661589      3  0.1557    0.89144 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1456229     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.5309    0.85003 0.744 0.092 0.164 0.000
#> SRR1417809     4  0.7396    0.33720 0.156 0.340 0.004 0.500
#> SRR1094457     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     3  0.4961    0.13934 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1315931     1  0.3004    0.86319 0.892 0.048 0.060 0.000
#> SRR1430066     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1431037     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1395554     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR818002      4  0.5643    0.18846 0.024 0.428 0.000 0.548
#> SRR1344143     2  0.2921    0.91829 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.6634    0.58930 0.564 0.100 0.336 0.000
#> SRR1490740     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1446627     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1456138     2  0.4271    0.83726 0.020 0.836 0.040 0.104
#> SRR1416248     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1383907     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1311018     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1375699     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1429846     3  0.3239    0.84884 0.052 0.068 0.880 0.000
#> SRR613550      3  0.2589    0.84595 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1348402     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1345146     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1324025     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1318879     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR820755      3  0.3833    0.81331 0.072 0.080 0.848 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.2675    0.84749 0.908 0.048 0.044 0.000
#> SRR612263      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1415398     3  0.0657    0.90987 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1326205     4  0.4562    0.71190 0.028 0.208 0.000 0.764
#> SRR1421327     4  0.0592    0.89906 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1083311     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1499303     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1079522     3  0.1004    0.90653 0.024 0.004 0.972 0.000
#> SRR1452935     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1379495     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1470459     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR661361      3  0.3144    0.85863 0.072 0.044 0.884 0.000
#> SRR615778      1  0.4487    0.89276 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR1447564     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1455195     1  0.4487    0.89408 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR655182      1  0.2611    0.90511 0.896 0.008 0.096 0.000
#> SRR1335140     2  0.3910    0.76195 0.024 0.820 0.000 0.156
#> SRR1433555     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1308650     2  0.3554    0.91533 0.020 0.844 0.136 0.000
#> SRR1388354     1  0.2611    0.90511 0.896 0.008 0.096 0.000
#> SRR1317446     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1413602     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1479955     2  0.3300    0.91763 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR809853      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR661313      3  0.3219    0.79637 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1499935     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1447303     3  0.1022    0.90722 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1429408     4  0.3486    0.82346 0.044 0.092 0.000 0.864
#> SRR1433950     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1362081     2  0.3300    0.91688 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1409854     3  0.5572    0.60329 0.196 0.088 0.716 0.000
#> SRR1435229     3  0.6497    0.30198 0.304 0.100 0.596 0.000
#> SRR1085996     1  0.4591    0.89013 0.800 0.084 0.116 0.000
#> SRR1414229     3  0.3612    0.83338 0.044 0.100 0.856 0.000
#> SRR1400974     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1399971     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR613927      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1457854     1  0.2611    0.90511 0.896 0.008 0.096 0.000
#> SRR1473714     1  0.2825    0.83848 0.908 0.048 0.036 0.008
#> SRR813776      3  0.3525    0.82779 0.100 0.040 0.860 0.000
#> SRR808196      4  0.6537    0.59757 0.164 0.200 0.000 0.636
#> SRR1101085     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR614395      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1362310     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR665310      3  0.2868    0.82807 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1420109     3  0.1661    0.89353 0.052 0.004 0.944 0.000
#> SRR1330920     1  0.4525    0.89830 0.804 0.080 0.116 0.000
#> SRR1419539     3  0.2623    0.81385 0.028 0.064 0.908 0.000
#> SRR1359447     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1347259     4  0.5991    0.25056 0.032 0.432 0.004 0.532
#> SRR613915      3  0.3144    0.84976 0.044 0.072 0.884 0.000
#> SRR1384395     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR821715      3  0.2973    0.81548 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1478228     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1445637     1  0.2675    0.90506 0.892 0.008 0.100 0.000
#> SRR608150      1  0.4549    0.89298 0.804 0.100 0.096 0.000
#> SRR1096383     1  0.4104    0.90061 0.832 0.080 0.088 0.000
#> SRR1341480     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1341344     1  0.4362    0.89501 0.816 0.096 0.088 0.000
#> SRR1326270     3  0.3157    0.81279 0.144 0.004 0.852 0.000
#> SRR1498838     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1416313     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR808566      4  0.0817    0.89586 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1430270     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367825     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR613533      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR661267      1  0.5998    0.74956 0.664 0.088 0.248 0.000
#> SRR810665      2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1407250     1  0.6663    0.56805 0.556 0.100 0.344 0.000
#> SRR1420067     1  0.4784    0.88590 0.788 0.100 0.112 0.000
#> SRR1473632     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR812536      3  0.0336    0.91349 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1370850     2  0.4160    0.83936 0.016 0.840 0.040 0.104
#> SRR1486195     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1407671     2  0.2915    0.86289 0.028 0.892 0.080 0.000
#> SRR1446375     3  0.4955    0.15270 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1356101     2  0.5125    0.58067 0.008 0.604 0.388 0.000
#> SRR1404209     3  0.4609    0.73788 0.156 0.056 0.788 0.000
#> SRR1392676     2  0.2921    0.91829 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR665538      1  0.4483    0.89490 0.808 0.088 0.104 0.000
#> SRR660510      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1445655     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR658953      3  0.2198    0.87882 0.072 0.008 0.920 0.000
#> SRR2166459     1  0.3711    0.88975 0.836 0.024 0.140 0.000
#> SRR1070713     2  0.3659    0.90840 0.024 0.840 0.136 0.000
#> SRR1485312     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1317631     4  0.4635    0.70153 0.028 0.216 0.000 0.756
#> SRR1488610     1  0.4894    0.88122 0.780 0.100 0.120 0.000
#> SRR1330588     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1316367     1  0.4364    0.89639 0.816 0.092 0.092 0.000
#> SRR1433926     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1091302     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR818263      1  0.4235    0.89919 0.824 0.084 0.092 0.000
#> SRR1404909     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR663076      1  0.2676    0.90579 0.896 0.012 0.092 0.000
#> SRR1323577     2  0.3853    0.90802 0.016 0.848 0.116 0.020
#> SRR1442422     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR654862      1  0.6660    0.28085 0.464 0.084 0.452 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0376    0.91205 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1353199     3  0.3569    0.75669 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1378885     3  0.3198    0.84515 0.040 0.080 0.880 0.000
#> SRR665357      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR662186      2  0.3300    0.91688 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1501020     3  0.1557    0.89144 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1347819     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1480813     2  0.4097    0.90350 0.016 0.840 0.112 0.032
#> SRR1472576     4  0.0817    0.89586 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1431781     4  0.0188    0.90176 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1452270     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1500472     3  0.6220    0.46935 0.248 0.104 0.648 0.000
#> SRR1417632     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1350153     2  0.3547    0.91539 0.016 0.840 0.144 0.000
#> SRR1458113     3  0.0707    0.91069 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1326579     1  0.5151    0.86650 0.760 0.100 0.140 0.000
#> SRR1349363     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1096712     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1090407     3  0.0188    0.91289 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1083752     4  0.5495    0.41211 0.028 0.348 0.000 0.624
#> SRR1377599     4  0.0592    0.89906 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1488449     3  0.0188    0.91289 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1318354     3  0.1474    0.89996 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1359062     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1398924     1  0.6773    0.49871 0.532 0.104 0.364 0.000
#> SRR663783      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1319204     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1369070     2  0.4058    0.90585 0.016 0.840 0.116 0.028
#> SRR615659      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1337449     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1316982     3  0.1722    0.86384 0.008 0.048 0.944 0.000
#> SRR1498595     4  0.0592    0.89906 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1377423     3  0.2831    0.84568 0.120 0.004 0.876 0.000
#> SRR1312310     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1485613     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1338426     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1353309     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR658941      3  0.2675    0.86039 0.008 0.100 0.892 0.000
#> SRR1101643     1  0.2919    0.86226 0.896 0.044 0.060 0.000
#> SRR1401468     1  0.4487    0.89408 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR1368874     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1324085     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1363858     1  0.2956    0.83626 0.904 0.048 0.036 0.012
#> SRR819820      3  0.2412    0.87138 0.008 0.084 0.908 0.000
#> SRR1337342     1  0.6677    0.55936 0.552 0.100 0.348 0.000
#> SRR655206      3  0.5495    0.20973 0.028 0.348 0.624 0.000
#> SRR1387013     2  0.4126    0.80569 0.024 0.836 0.020 0.120
#> SRR1317410     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR608198      1  0.4487    0.89408 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR1440161     2  0.4295    0.82229 0.008 0.752 0.240 0.000
#> SRR1343741     2  0.4015    0.90789 0.016 0.840 0.120 0.024
#> SRR1381288     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1415379     4  0.3427    0.81054 0.028 0.112 0.000 0.860
#> SRR1099622     2  0.3300    0.91773 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR663197      3  0.0779    0.91088 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR1394836     2  0.4671    0.83915 0.028 0.752 0.220 0.000
#> SRR661699      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR813680      3  0.5038    0.52464 0.296 0.020 0.684 0.000
#> SRR1410678     1  0.2216    0.90473 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1311486     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1382851     2  0.4578    0.74448 0.052 0.788 0.000 0.160
#> SRR1433410     1  0.4840    0.88362 0.784 0.100 0.116 0.000
#> SRR661167      3  0.0188    0.91289 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1432518     3  0.0336    0.91349 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR660462      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1374608     4  0.6036    0.46293 0.028 0.380 0.012 0.580
#> SRR657949      3  0.1854    0.89118 0.048 0.012 0.940 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.2216    0.90289 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1485870     2  0.4906    0.83916 0.028 0.808 0.068 0.096
#> SRR1444138     1  0.5038    0.67459 0.684 0.020 0.296 0.000
#> SRR1417342     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1470193     2  0.3863    0.91024 0.028 0.828 0.144 0.000
#> SRR1091380     3  0.1867    0.88908 0.000 0.072 0.928 0.000
#> SRR1099096     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1313583     4  0.0336    0.89991 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1467102     3  0.3015    0.78314 0.024 0.092 0.884 0.000
#> SRR1485416     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR818821      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR809963      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1072247     1  0.2334    0.90529 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR1353710     4  0.5646    0.56267 0.048 0.296 0.000 0.656
#> SRR1445259     3  0.3099    0.85404 0.020 0.104 0.876 0.000
#> SRR1408393     3  0.1938    0.89008 0.052 0.012 0.936 0.000
#> SRR1361522     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1368597     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1309680     2  0.4131    0.90079 0.016 0.840 0.108 0.036
#> SRR1310542     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1333485     4  0.0188    0.90176 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1406437     2  0.4323    0.79091 0.028 0.788 0.184 0.000
#> SRR1354931     3  0.1661    0.89342 0.052 0.004 0.944 0.000
#> SRR1391856     2  0.3760    0.90678 0.028 0.836 0.136 0.000
#> SRR1446738     2  0.4052    0.90472 0.028 0.836 0.124 0.012
#> SRR1309032     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1388145     2  0.3300    0.91763 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1432611     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR815869      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR613150      3  0.0336    0.91349 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1375329     3  0.0469    0.91275 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1387921     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1466792     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1360478     2  0.3300    0.91763 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1360695     1  0.3080    0.90602 0.880 0.024 0.096 0.000
#> SRR812943      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1400910     3  0.0592    0.91169 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.3910    0.76195 0.024 0.820 0.000 0.156
#> SRR658754      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1429603     4  0.4877    0.70934 0.044 0.204 0.000 0.752
#> SRR1397366     3  0.2589    0.84592 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1446028     1  0.2412    0.90525 0.908 0.008 0.084 0.000
#> SRR1083918     2  0.4076    0.81197 0.020 0.836 0.020 0.124
#> SRR1337606     3  0.6898    0.02726 0.360 0.116 0.524 0.000
#> SRR659109      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1337192     1  0.4487    0.89408 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR656946      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1476102     1  0.4610    0.89156 0.800 0.100 0.100 0.000
#> SRR1476447     1  0.3667    0.90391 0.856 0.056 0.088 0.000
#> SRR1342067     4  0.0188    0.90176 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1385389     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR614419      1  0.4364    0.89639 0.816 0.092 0.092 0.000
#> SRR1322936     1  0.5051    0.87267 0.768 0.100 0.132 0.000
#> SRR1349121     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1430549     1  0.3667    0.90377 0.856 0.056 0.088 0.000
#> SRR612935      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR661481      2  0.4271    0.83726 0.020 0.836 0.040 0.104
#> SRR1354117     2  0.4792    0.72840 0.008 0.680 0.312 0.000
#> SRR1393596     2  0.5308    0.54876 0.036 0.684 0.000 0.280
#> SRR1452164     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1070503     3  0.3796    0.81856 0.056 0.096 0.848 0.000
#> SRR1499894     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1082883     1  0.4549    0.89298 0.804 0.100 0.096 0.000
#> SRR1468271     1  0.4364    0.89639 0.816 0.092 0.092 0.000
#> SRR1332443     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR810295      2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR662103      1  0.2610    0.89768 0.900 0.012 0.088 0.000
#> SRR1328620     3  0.1022    0.90707 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1396294     3  0.8598   -0.32589 0.028 0.328 0.356 0.288
#> SRR1419917     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR662114      3  0.0524    0.91216 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1489199     3  0.6686   -0.00842 0.388 0.092 0.520 0.000
#> SRR813584      2  0.4004    0.75417 0.024 0.812 0.000 0.164
#> SRR1069638     3  0.2635    0.87772 0.020 0.076 0.904 0.000
#> SRR614864      3  0.3525    0.83042 0.040 0.100 0.860 0.000
#> SRR1433392     1  0.2530    0.89945 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1377777     2  0.4160    0.83936 0.016 0.840 0.040 0.104
#> SRR2167710     1  0.4999    0.11260 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1401252     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1309963     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1418628     2  0.3300    0.91763 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1486889     3  0.2722    0.86961 0.064 0.032 0.904 0.000
#> SRR1380393     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1319731     1  0.3745    0.90343 0.852 0.060 0.088 0.000
#> SRR1356468     4  0.5527    0.51054 0.028 0.356 0.000 0.616
#> SRR1337010     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1486520     1  0.4300    0.89621 0.820 0.092 0.088 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.4348    0.71726 0.024 0.780 0.000 0.196
#> SRR1465459     3  0.2973    0.81548 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1080270     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1312501     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1093148     3  0.2805    0.86016 0.012 0.100 0.888 0.000
#> SRR1467080     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1410866     2  0.4337    0.88749 0.020 0.836 0.092 0.052
#> SRR816475      4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1379198     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.1867    0.88168 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1452246     2  0.3853    0.90802 0.016 0.848 0.116 0.020
#> SRR1338836     2  0.3770    0.91445 0.016 0.840 0.136 0.008
#> SRR1369129     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0524    0.91121 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR813824      3  0.3004    0.86258 0.060 0.048 0.892 0.000
#> SRR1082376     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1500891     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR807543      1  0.4948    0.31058 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1091572     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1346689     4  0.0707    0.89826 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1332424     1  0.4549    0.89298 0.804 0.100 0.096 0.000
#> SRR663729      4  0.4540    0.72573 0.032 0.196 0.000 0.772
#> SRR1097013     1  0.3711    0.88975 0.836 0.024 0.140 0.000
#> SRR613675      1  0.4487    0.89276 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0188    0.91289 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1500113     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1437622     4  0.4225    0.71904 0.024 0.184 0.000 0.792
#> SRR1355172     3  0.3390    0.81474 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR655531      1  0.4487    0.89408 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR1338147     3  0.0336    0.91349 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1413329     3  0.3810    0.81621 0.060 0.092 0.848 0.000
#> SRR1485931     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1420873     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1333308     4  0.5364    0.53743 0.028 0.320 0.000 0.652
#> SRR1452033     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1467316     2  0.2868    0.91720 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR809018      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1375351     2  0.3300    0.91763 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR663440      3  0.3533    0.82909 0.056 0.080 0.864 0.000
#> SRR1471755     2  0.3806    0.76518 0.020 0.824 0.000 0.156
#> SRR808019      1  0.6370    0.69457 0.620 0.100 0.280 0.000
#> SRR1479133     3  0.3793    0.83345 0.112 0.044 0.844 0.000
#> SRR615069      3  0.0707    0.91069 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1456185     2  0.3300    0.91688 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1350069     4  0.5628    0.53085 0.032 0.320 0.004 0.644
#> SRR816316      1  0.2919    0.86226 0.896 0.044 0.060 0.000
#> SRR664795      1  0.5511    0.20169 0.500 0.016 0.484 0.000
#> SRR1490721     4  0.6141    0.37614 0.044 0.392 0.004 0.560
#> SRR810643      1  0.4364    0.89639 0.816 0.092 0.092 0.000
#> SRR1430333     3  0.2342    0.87549 0.008 0.080 0.912 0.000
#> SRR1085285     3  0.0672    0.91052 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1099072     3  0.2408    0.85706 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1317985     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1487340     1  0.2610    0.90607 0.900 0.012 0.088 0.000
#> SRR1420276     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1351347     3  0.0336    0.91349 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1405525     1  0.4426    0.89529 0.812 0.096 0.092 0.000
#> SRR1370329     1  0.2919    0.86226 0.896 0.044 0.060 0.000
#> SRR1465001     1  0.4171    0.89960 0.828 0.084 0.088 0.000
#> SRR1476525     2  0.4337    0.88749 0.020 0.836 0.092 0.052
#> SRR819610      2  0.3850    0.83279 0.008 0.848 0.032 0.112
#> SRR2157314     1  0.2610    0.90581 0.900 0.012 0.088 0.000
#> SRR1409465     2  0.3547    0.91539 0.016 0.840 0.144 0.000
#> SRR809987      4  0.5755    0.52509 0.332 0.044 0.000 0.624
#> SRR613639      1  0.2546    0.90086 0.900 0.008 0.092 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.3726    0.81654 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1405660     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1095455     1  0.4661    0.56196 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1394734     2  0.5560    0.32731 0.024 0.584 0.000 0.392
#> SRR1317771     1  0.5314    0.84016 0.740 0.084 0.176 0.000
#> SRR1365894     2  0.4736    0.81437 0.028 0.812 0.044 0.116
#> SRR1073581     1  0.5248    0.85109 0.748 0.088 0.164 0.000
#> SRR659804      1  0.2610    0.90581 0.900 0.012 0.088 0.000
#> SRR1345914     2  0.2921    0.91829 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1432186     2  0.4363    0.88067 0.020 0.836 0.084 0.060
#> SRR1473529     4  0.5420    0.40786 0.024 0.352 0.000 0.624
#> SRR660764      3  0.0657    0.91144 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR820448      1  0.2919    0.86226 0.896 0.044 0.060 0.000
#> SRR1328845     4  0.6375    0.53380 0.080 0.300 0.004 0.616
#> SRR1336415     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1346773     1  0.4487    0.89408 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR1499521     1  0.4727    0.88793 0.792 0.100 0.108 0.000
#> SRR1440898     2  0.3300    0.91763 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1347459     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1081209     2  0.2921    0.91829 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1400202     1  0.2149    0.90507 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1333395     2  0.3907    0.90996 0.032 0.828 0.140 0.000
#> SRR1309248     2  0.4332    0.73031 0.032 0.792 0.000 0.176
#> SRR809161      3  0.2973    0.81548 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1316320     2  0.3760    0.90678 0.028 0.836 0.136 0.000
#> SRR1432629     2  0.4547    0.74099 0.024 0.784 0.008 0.184
#> SRR1498931     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1416578     4  0.0336    0.89991 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1405547     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.4487    0.89408 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR1309160     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR663489      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1500450     1  0.6546    0.35957 0.492 0.076 0.432 0.000
#> SRR1078489     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1470420     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1475566     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1477949     1  0.2861    0.90566 0.888 0.016 0.096 0.000
#> SRR1481419     2  0.3300    0.91763 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1464766     1  0.3966    0.90192 0.840 0.072 0.088 0.000
#> SRR615946      3  0.2480    0.86814 0.088 0.008 0.904 0.000
#> SRR1446481     2  0.3965    0.90993 0.016 0.840 0.124 0.020
#> SRR1467656     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1402962     1  0.6783    0.46557 0.512 0.100 0.388 0.000
#> SRR660224      2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR665586      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1347166     1  0.5151    0.86687 0.760 0.100 0.140 0.000
#> SRR1485722     1  0.6195    0.73424 0.648 0.100 0.252 0.000
#> SRR1415316     1  0.3978    0.90371 0.836 0.056 0.108 0.000
#> SRR613390      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR661108      3  0.0336    0.91349 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR2170173     3  0.4961    0.13934 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR817329      1  0.4790    0.52501 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1401990     4  0.4406    0.73103 0.028 0.192 0.000 0.780
#> SRR1467745     4  0.0469    0.90038 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1471795     2  0.4271    0.83726 0.020 0.836 0.040 0.104
#> SRR1415637     2  0.3157    0.91823 0.004 0.852 0.144 0.000
#> SRR813137      1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1314873     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1401211     1  0.3149    0.90572 0.880 0.032 0.088 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.3004    0.86319 0.892 0.048 0.060 0.000
#> SRR2164608     3  0.2412    0.87138 0.008 0.084 0.908 0.000
#> SRR1455586     2  0.5172    0.54511 0.008 0.588 0.404 0.000
#> SRR819459      3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1488939     2  0.2868    0.91720 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1433232     2  0.4271    0.83726 0.020 0.836 0.040 0.104
#> SRR1385501     1  0.4916    0.35909 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR1361652     3  0.3004    0.86865 0.048 0.060 0.892 0.000
#> SRR1437119     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1478547     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1430910     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1310584     1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR1500216     1  0.2675    0.84749 0.908 0.048 0.044 0.000
#> SRR1486762     3  0.1059    0.91130 0.016 0.012 0.972 0.000
#> SRR1480854     4  0.0336    0.90136 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1489394     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.1677    0.88472 0.040 0.012 0.000 0.948
#> SRR1405165     3  0.0707    0.91069 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1433004     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1471477     1  0.6626    0.48125 0.528 0.088 0.384 0.000
#> SRR1098567     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1098712     2  0.4424    0.79748 0.100 0.812 0.088 0.000
#> SRR1455038     1  0.3004    0.86319 0.892 0.048 0.060 0.000
#> SRR1375248     3  0.2546    0.79698 0.008 0.092 0.900 0.000
#> SRR1403005     3  0.2216    0.86736 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1348378     2  0.4412    0.91029 0.036 0.820 0.128 0.016
#> SRR1413541     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1392943     4  0.5517    0.54612 0.036 0.316 0.000 0.648
#> SRR1475192     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1432085     2  0.3300    0.91688 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1452468     3  0.3117    0.85053 0.028 0.092 0.880 0.000
#> SRR1347060     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1414139     2  0.5085    0.72734 0.020 0.676 0.304 0.000
#> SRR1447962     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1444324     2  0.4194    0.83650 0.008 0.764 0.228 0.000
#> SRR1415004     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1413436     1  0.4549    0.89298 0.804 0.100 0.096 0.000
#> SRR1311266     1  0.4549    0.89298 0.804 0.100 0.096 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1429678     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1469413     2  0.2973    0.91858 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1405331     1  0.3074    0.87380 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1345609     1  0.2334    0.90529 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR1380208     2  0.2722    0.84079 0.032 0.904 0.064 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1416654     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1315081     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1369196     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1400847     1  0.2281    0.90424 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1365291     3  0.1807    0.89202 0.008 0.052 0.940 0.000
#> SRR1367920     4  0.0592    0.89906 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1366648     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1441679     2  0.3300    0.91688 0.008 0.848 0.144 0.000
#> SRR1082173     3  0.2334    0.87417 0.004 0.088 0.908 0.000
#> SRR1363968     1  0.4894    0.88119 0.780 0.100 0.120 0.000
#> SRR814387      1  0.4236    0.89866 0.824 0.088 0.088 0.000
#> SRR657599      1  0.4535    0.88986 0.804 0.112 0.084 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0524    0.91121 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1453811     1  0.4994    0.74196 0.744 0.048 0.208 0.000
#> SRR1441159     1  0.4487    0.89408 0.808 0.100 0.092 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000    0.90216 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0469    0.91387 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1310275     3  0.0469    0.91283 0.000 0.012 0.988 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.4640   -0.08570 0.584 0.000 0.016 0.000 0.400
#> SRR1331708     5  0.5309    0.58687 0.240 0.000 0.104 0.000 0.656
#> SRR1464258     1  0.3584    0.60796 0.828 0.028 0.012 0.000 0.132
#> SRR1454201     5  0.5639    0.62727 0.340 0.000 0.092 0.000 0.568
#> SRR661589      3  0.0290    0.92148 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0798    0.73652 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1315165     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488960     1  0.5175   -0.41386 0.496 0.000 0.040 0.000 0.464
#> SRR1417809     4  0.8368    0.17983 0.168 0.300 0.000 0.336 0.196
#> SRR1094457     4  0.0000    0.88475 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.3934    0.37811 0.716 0.000 0.276 0.000 0.008
#> SRR1315931     1  0.3584    0.60796 0.828 0.028 0.012 0.000 0.132
#> SRR1430066     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.6187    0.22222 0.008 0.508 0.000 0.372 0.112
#> SRR1344143     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0162    0.88453 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362866     5  0.5699    0.61999 0.308 0.000 0.108 0.000 0.584
#> SRR1490740     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.2681    0.87102 0.008 0.896 0.004 0.024 0.068
#> SRR1416248     1  0.4630   -0.07181 0.588 0.000 0.016 0.000 0.396
#> SRR1383907     4  0.1430    0.87575 0.004 0.000 0.000 0.944 0.052
#> SRR1311018     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0912    0.91246 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR613550      3  0.0703    0.91267 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.4620   -0.05442 0.592 0.000 0.016 0.000 0.392
#> SRR1345146     3  0.0162    0.92316 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324025     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820755      3  0.1469    0.89906 0.016 0.000 0.948 0.000 0.036
#> SRR1485830     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR599313      1  0.3929    0.52396 0.764 0.028 0.000 0.000 0.208
#> SRR612263      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0162    0.92316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.5852    0.60584 0.004 0.192 0.000 0.624 0.180
#> SRR1421327     4  0.2249    0.86016 0.008 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1083311     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.1197    0.87736 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1079522     3  0.2592    0.84584 0.056 0.000 0.892 0.000 0.052
#> SRR1452935     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR661361      3  0.2193    0.87466 0.000 0.028 0.912 0.000 0.060
#> SRR615778      5  0.4817    0.63809 0.404 0.000 0.024 0.000 0.572
#> SRR1447564     1  0.1018    0.73401 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1455195     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR655182      1  0.2293    0.68228 0.900 0.000 0.016 0.000 0.084
#> SRR1335140     2  0.3283    0.84554 0.008 0.848 0.000 0.028 0.116
#> SRR1433555     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.1780    0.88867 0.008 0.940 0.028 0.000 0.024
#> SRR1388354     1  0.1300    0.72817 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1317446     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.1493    0.89306 0.000 0.948 0.028 0.000 0.024
#> SRR809853      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.2179    0.84249 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.1121    0.87843 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1447303     3  0.0510    0.91791 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1429408     4  0.5330    0.70371 0.008 0.068 0.000 0.648 0.276
#> SRR1433950     1  0.0798    0.73652 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1362081     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1409854     3  0.6068    0.11491 0.140 0.000 0.532 0.000 0.328
#> SRR1435229     5  0.6054    0.50413 0.172 0.000 0.260 0.000 0.568
#> SRR1085996     5  0.4974    0.51782 0.464 0.000 0.028 0.000 0.508
#> SRR1414229     5  0.5284    0.35447 0.056 0.000 0.376 0.000 0.568
#> SRR1400974     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.1549    0.72040 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR1473714     1  0.3454    0.57293 0.816 0.028 0.000 0.000 0.156
#> SRR813776      3  0.1012    0.91143 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR808196      4  0.7245    0.50576 0.060 0.192 0.000 0.516 0.232
#> SRR1101085     4  0.0963    0.88014 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR614395      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1478251     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370551     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1362310     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.1270    0.89691 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.0290    0.92148 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.5831   -0.36420 0.496 0.000 0.096 0.000 0.408
#> SRR1419539     3  0.4418    0.68998 0.004 0.060 0.756 0.000 0.180
#> SRR1359447     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     2  0.6778   -0.00632 0.004 0.420 0.000 0.348 0.228
#> SRR613915      3  0.0992    0.91166 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR1384395     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0794    0.90973 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.4599   -0.01856 0.600 0.000 0.016 0.000 0.384
#> SRR1445637     1  0.2426    0.68883 0.900 0.000 0.064 0.000 0.036
#> SRR608150      5  0.4576    0.62558 0.376 0.000 0.016 0.000 0.608
#> SRR1096383     1  0.4538    0.06049 0.620 0.000 0.016 0.000 0.364
#> SRR1341480     4  0.1197    0.87736 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1341344     5  0.4727    0.56349 0.452 0.000 0.016 0.000 0.532
#> SRR1326270     3  0.0865    0.91118 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.2411    0.85454 0.008 0.000 0.000 0.884 0.108
#> SRR1430270     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367825     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661267      1  0.6402   -0.26050 0.472 0.000 0.180 0.000 0.348
#> SRR810665      2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.5880    0.60903 0.304 0.000 0.128 0.000 0.568
#> SRR1420067     5  0.4893    0.63880 0.404 0.000 0.028 0.000 0.568
#> SRR1473632     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.2681    0.87102 0.008 0.896 0.004 0.024 0.068
#> SRR1486195     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1407671     2  0.3551    0.77591 0.000 0.772 0.008 0.000 0.220
#> SRR1446375     1  0.4542    0.10893 0.536 0.000 0.456 0.000 0.008
#> SRR1465230     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614119      1  0.4599   -0.01856 0.600 0.000 0.016 0.000 0.384
#> SRR1356101     2  0.4561    0.08226 0.000 0.504 0.488 0.000 0.008
#> SRR1404209     3  0.3849    0.62083 0.232 0.000 0.752 0.000 0.016
#> SRR1392676     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.4610   -0.03666 0.596 0.000 0.016 0.000 0.388
#> SRR660510      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0794    0.88170 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR658953      3  0.2569    0.85418 0.040 0.000 0.892 0.000 0.068
#> SRR2166459     1  0.4021    0.53569 0.780 0.000 0.052 0.000 0.168
#> SRR1070713     2  0.3596    0.79310 0.000 0.784 0.016 0.000 0.200
#> SRR1485312     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.5852    0.60584 0.004 0.192 0.000 0.624 0.180
#> SRR1488610     5  0.4893    0.63880 0.404 0.000 0.028 0.000 0.568
#> SRR1330588     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     5  0.4689    0.61713 0.424 0.000 0.016 0.000 0.560
#> SRR1433926     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0865    0.88228 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024
#> SRR818263      1  0.4740   -0.39782 0.516 0.000 0.016 0.000 0.468
#> SRR1404909     4  0.1831    0.86876 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076
#> SRR663076      1  0.1549    0.72040 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR1323577     2  0.2713    0.87873 0.008 0.896 0.020 0.008 0.068
#> SRR1442422     4  0.0000    0.88475 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.4599   -0.01856 0.600 0.000 0.016 0.000 0.384
#> SRR654862      5  0.6349    0.53693 0.268 0.000 0.212 0.000 0.520
#> SRR1407112     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332969     3  0.0162    0.92316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.3003    0.75086 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.0898    0.91243 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR665357      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1501020     3  0.0510    0.91750 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.2713    0.87873 0.008 0.896 0.020 0.008 0.068
#> SRR1472576     4  0.2746    0.84787 0.008 0.008 0.000 0.872 0.112
#> SRR1431781     4  0.0162    0.88453 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1452270     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.6253    0.48187 0.188 0.000 0.280 0.000 0.532
#> SRR1417632     4  0.1892    0.86755 0.004 0.000 0.000 0.916 0.080
#> SRR1350153     2  0.1911    0.89038 0.004 0.932 0.028 0.000 0.036
#> SRR1458113     3  0.3074    0.75349 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1326579     5  0.4893    0.63880 0.404 0.000 0.028 0.000 0.568
#> SRR1349363     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.6347    0.24986 0.008 0.364 0.000 0.496 0.132
#> SRR1377599     4  0.2193    0.86136 0.008 0.000 0.000 0.900 0.092
#> SRR1488449     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.3177    0.73292 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1359062     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.5958    0.57580 0.288 0.000 0.144 0.000 0.568
#> SRR663783      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.2713    0.87873 0.008 0.896 0.020 0.008 0.068
#> SRR615659      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1316982     3  0.0898    0.90363 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR1498595     4  0.2249    0.85955 0.008 0.000 0.000 0.896 0.096
#> SRR1377423     3  0.2329    0.82610 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1485613     1  0.4610   -0.03666 0.596 0.000 0.016 0.000 0.388
#> SRR1338426     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658941      5  0.4262    0.15862 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1101643     1  0.3474    0.60338 0.832 0.028 0.008 0.000 0.132
#> SRR1401468     5  0.4702    0.60254 0.432 0.000 0.016 0.000 0.552
#> SRR1368874     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1324085     4  0.1121    0.87844 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1363858     1  0.4085    0.51950 0.760 0.028 0.000 0.004 0.208
#> SRR819820      3  0.1544    0.88273 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1337342     5  0.5958    0.59782 0.288 0.000 0.144 0.000 0.568
#> SRR655206      3  0.6389    0.21375 0.004 0.284 0.528 0.000 0.184
#> SRR1387013     2  0.3197    0.84957 0.008 0.852 0.000 0.024 0.116
#> SRR1317410     1  0.4451    0.14209 0.644 0.000 0.016 0.000 0.340
#> SRR608198      5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR1440161     2  0.3910    0.63327 0.000 0.720 0.272 0.000 0.008
#> SRR1343741     2  0.2713    0.87873 0.008 0.896 0.020 0.008 0.068
#> SRR1381288     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.4972    0.71832 0.004 0.100 0.000 0.716 0.180
#> SRR1099622     2  0.1743    0.89470 0.004 0.940 0.028 0.000 0.028
#> SRR663197      3  0.0579    0.91954 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1394836     2  0.5502    0.66550 0.000 0.652 0.156 0.000 0.192
#> SRR661699      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813680      3  0.3612    0.57264 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499174     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.4936    0.72074 0.008 0.668 0.000 0.040 0.284
#> SRR1433410     5  0.4825    0.63690 0.408 0.000 0.024 0.000 0.568
#> SRR661167      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     5  0.6731   -0.21713 0.004 0.240 0.004 0.256 0.496
#> SRR657949      3  0.0671    0.91634 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1308882     4  0.0162    0.88453 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655768      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.4648    0.73914 0.004 0.724 0.012 0.028 0.232
#> SRR1444138     1  0.5466    0.28466 0.640 0.000 0.244 0.000 0.116
#> SRR1417342     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.4228    0.77640 0.004 0.748 0.032 0.000 0.216
#> SRR1091380     3  0.1478    0.88567 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1099096     1  0.4599   -0.01856 0.600 0.000 0.016 0.000 0.384
#> SRR1313583     4  0.1831    0.85952 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076
#> SRR1467102     3  0.2017    0.85177 0.000 0.080 0.912 0.000 0.008
#> SRR1485416     4  0.1892    0.86746 0.004 0.000 0.000 0.916 0.080
#> SRR818821      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.6658    0.47639 0.008 0.216 0.000 0.500 0.276
#> SRR1445259     3  0.3774    0.58528 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1408393     3  0.0671    0.91634 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1361522     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.1626    0.71813 0.940 0.000 0.016 0.000 0.044
#> SRR1309680     2  0.2663    0.87908 0.008 0.900 0.016 0.012 0.064
#> SRR1310542     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0162    0.88453 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1406437     5  0.5531   -0.30048 0.004 0.432 0.056 0.000 0.508
#> SRR1354931     3  0.0510    0.91750 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.3999    0.76319 0.000 0.740 0.020 0.000 0.240
#> SRR1446738     2  0.4270    0.75450 0.004 0.728 0.016 0.004 0.248
#> SRR1309032     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1388145     2  0.1300    0.89466 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> SRR1432611     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR815869      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0162    0.92317 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375329     3  0.2852    0.78179 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1387921     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1360478     2  0.1300    0.89398 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> SRR1360695     1  0.2625    0.65376 0.876 0.000 0.016 0.000 0.108
#> SRR812943      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.2852    0.78264 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1444203     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR816177      2  0.3283    0.84554 0.008 0.848 0.000 0.028 0.116
#> SRR658754      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.6162    0.59712 0.004 0.172 0.000 0.572 0.252
#> SRR1397366     3  0.0703    0.91267 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0798    0.73571 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1083918     2  0.2744    0.86937 0.008 0.892 0.004 0.024 0.072
#> SRR1337606     5  0.5769    0.51390 0.144 0.004 0.224 0.000 0.628
#> SRR659109      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR656946      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1476102     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR1476447     1  0.4114    0.35858 0.712 0.000 0.016 0.000 0.272
#> SRR1342067     4  0.0162    0.88453 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1385389     4  0.0000    0.88475 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.4538    0.06033 0.620 0.000 0.016 0.000 0.364
#> SRR614419      5  0.4713    0.58604 0.440 0.000 0.016 0.000 0.544
#> SRR1322936     5  0.4849    0.63381 0.360 0.000 0.032 0.000 0.608
#> SRR1349121     1  0.4599   -0.01856 0.600 0.000 0.016 0.000 0.384
#> SRR1430549     1  0.1774    0.70868 0.932 0.000 0.016 0.000 0.052
#> SRR612935      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661481      2  0.2713    0.87327 0.008 0.896 0.008 0.020 0.068
#> SRR1354117     2  0.4283    0.49911 0.000 0.644 0.348 0.000 0.008
#> SRR1393596     2  0.5621    0.61978 0.004 0.632 0.000 0.112 0.252
#> SRR1452164     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.3895    0.53137 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1499894     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.4551    0.62181 0.368 0.000 0.016 0.000 0.616
#> SRR1468271     1  0.4723   -0.29688 0.536 0.000 0.016 0.000 0.448
#> SRR1332443     1  0.4640   -0.08754 0.584 0.000 0.016 0.000 0.400
#> SRR810295      2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR662103      1  0.1278    0.72447 0.960 0.004 0.016 0.000 0.020
#> SRR1328620     3  0.2127    0.85078 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1396294     3  0.8608   -0.20027 0.004 0.276 0.320 0.192 0.208
#> SRR1419917     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0162    0.92317 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1489199     5  0.6661    0.43837 0.256 0.000 0.304 0.000 0.440
#> SRR813584      2  0.3380    0.84301 0.008 0.840 0.000 0.028 0.124
#> SRR1069638     3  0.2338    0.84301 0.004 0.000 0.884 0.000 0.112
#> SRR614864      5  0.4297    0.05301 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR1433392     1  0.2233    0.65757 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004
#> SRR1377777     2  0.2681    0.87102 0.008 0.896 0.004 0.024 0.068
#> SRR2167710     1  0.2929    0.52290 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1401252     4  0.1197    0.87736 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1309963     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338031     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.1300    0.89398 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> SRR1486889     3  0.0510    0.91750 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.3011    0.60956 0.844 0.000 0.016 0.000 0.140
#> SRR1356468     5  0.6797   -0.34981 0.004 0.232 0.000 0.352 0.412
#> SRR1337010     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1486520     5  0.4713    0.58485 0.440 0.000 0.016 0.000 0.544
#> SRR1486538     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340486     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1377696     2  0.3669    0.82960 0.008 0.828 0.000 0.048 0.116
#> SRR1465459     3  0.0794    0.90973 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     5  0.3983    0.34344 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1467080     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.2728    0.87734 0.008 0.896 0.016 0.012 0.068
#> SRR816475      4  0.0794    0.88170 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1379198     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR613342      3  0.0290    0.92148 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.2713    0.87873 0.008 0.896 0.020 0.008 0.068
#> SRR1338836     2  0.2544    0.88201 0.008 0.900 0.028 0.000 0.064
#> SRR1369129     4  0.0000    0.88475 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0162    0.92316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR813824      3  0.3160    0.82296 0.004 0.028 0.852 0.000 0.116
#> SRR1082376     1  0.0798    0.73652 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1500891     4  0.0963    0.88014 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR807543      1  0.4383    0.15321 0.572 0.000 0.424 0.000 0.004
#> SRR1091572     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.3430    0.79507 0.004 0.000 0.000 0.776 0.220
#> SRR1332424     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR663729      4  0.6141    0.59797 0.004 0.172 0.000 0.576 0.248
#> SRR1097013     1  0.3885    0.53587 0.784 0.000 0.040 0.000 0.176
#> SRR613675      5  0.4726    0.63757 0.400 0.000 0.020 0.000 0.580
#> SRR1485357     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655816      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.4610   -0.03666 0.596 0.000 0.016 0.000 0.388
#> SRR1437622     4  0.5591    0.58474 0.008 0.228 0.000 0.652 0.112
#> SRR1355172     3  0.1792    0.86271 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR655531      5  0.4682    0.62410 0.420 0.000 0.016 0.000 0.564
#> SRR1338147     3  0.0162    0.92317 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1413329     3  0.3942    0.62030 0.012 0.000 0.728 0.000 0.260
#> SRR1485931     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.4649   -0.10466 0.580 0.000 0.016 0.000 0.404
#> SRR1333308     4  0.6588    0.42550 0.004 0.276 0.000 0.496 0.224
#> SRR1452033     1  0.1018    0.73401 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1467316     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.1582    0.89188 0.000 0.944 0.028 0.000 0.028
#> SRR663440      3  0.0898    0.91243 0.008 0.000 0.972 0.000 0.020
#> SRR1471755     2  0.2673    0.86670 0.008 0.892 0.000 0.028 0.072
#> SRR808019      5  0.5901    0.60140 0.300 0.000 0.132 0.000 0.568
#> SRR1479133     3  0.3304    0.81139 0.004 0.028 0.840 0.000 0.128
#> SRR615069      3  0.2929    0.77378 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1456185     2  0.1195    0.89496 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1350069     4  0.7196    0.38870 0.044 0.280 0.000 0.488 0.188
#> SRR816316      1  0.3584    0.60796 0.828 0.028 0.012 0.000 0.132
#> SRR664795      3  0.4425    0.23604 0.392 0.000 0.600 0.000 0.008
#> SRR1490721     5  0.6065   -0.20433 0.004 0.304 0.000 0.132 0.560
#> SRR810643      5  0.4718    0.57660 0.444 0.000 0.016 0.000 0.540
#> SRR1430333     3  0.4297    0.13008 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1085285     3  0.0162    0.92345 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0703    0.91267 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.1300    0.72886 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1420276     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405525     5  0.4708    0.59522 0.436 0.000 0.016 0.000 0.548
#> SRR1370329     1  0.3474    0.60338 0.832 0.028 0.008 0.000 0.132
#> SRR1465001     1  0.4482    0.11872 0.636 0.000 0.016 0.000 0.348
#> SRR1476525     2  0.2728    0.87734 0.008 0.896 0.016 0.012 0.068
#> SRR819610      2  0.1871    0.88486 0.012 0.940 0.004 0.024 0.020
#> SRR2157314     1  0.1300    0.72836 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1409465     2  0.2419    0.88302 0.004 0.904 0.028 0.000 0.064
#> SRR809987      4  0.6978    0.36670 0.340 0.024 0.000 0.456 0.180
#> SRR613639      1  0.1179    0.72712 0.964 0.004 0.016 0.000 0.016
#> SRR1402285     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077038     1  0.3003    0.53743 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.3492    0.50790 0.796 0.000 0.188 0.000 0.016
#> SRR1394734     2  0.5407    0.63012 0.008 0.680 0.000 0.196 0.116
#> SRR1317771     1  0.5751   -0.18629 0.540 0.000 0.096 0.000 0.364
#> SRR1365894     2  0.4411    0.74619 0.000 0.732 0.012 0.024 0.232
#> SRR1073581     1  0.5865   -0.18463 0.532 0.000 0.108 0.000 0.360
#> SRR659804      1  0.1211    0.73027 0.960 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1345914     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.2728    0.87734 0.008 0.896 0.016 0.012 0.068
#> SRR1473529     4  0.6400    0.21092 0.008 0.376 0.000 0.480 0.136
#> SRR660764      3  0.0324    0.92230 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR820448      1  0.3584    0.60796 0.828 0.028 0.012 0.000 0.132
#> SRR1328845     4  0.7882    0.38356 0.112 0.244 0.000 0.448 0.196
#> SRR1336415     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1379065     4  0.0162    0.88453 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1459190     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     5  0.4682    0.62410 0.420 0.000 0.016 0.000 0.564
#> SRR1499521     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR1440898     2  0.1300    0.89398 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> SRR1347459     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0912    0.73537 0.972 0.000 0.016 0.000 0.012
#> SRR1333395     2  0.4096    0.78772 0.012 0.772 0.024 0.000 0.192
#> SRR1309248     2  0.4756    0.71062 0.004 0.704 0.000 0.052 0.240
#> SRR809161      3  0.0794    0.90973 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.3819    0.76953 0.000 0.756 0.016 0.000 0.228
#> SRR1432629     2  0.3827    0.82992 0.008 0.824 0.004 0.048 0.116
#> SRR1498931     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.1831    0.85952 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076
#> SRR1405547     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380764     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR1309160     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     3  0.6754   -0.41876 0.356 0.000 0.380 0.000 0.264
#> SRR1078489     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332648     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660614      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1475566     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.1469    0.72328 0.948 0.000 0.016 0.000 0.036
#> SRR1481419     2  0.1300    0.89398 0.000 0.956 0.028 0.000 0.016
#> SRR1464766     1  0.4511    0.08954 0.628 0.000 0.016 0.000 0.356
#> SRR615946      3  0.0981    0.91509 0.012 0.008 0.972 0.000 0.008
#> SRR1446481     2  0.2648    0.88022 0.008 0.900 0.020 0.008 0.064
#> SRR1467656     2  0.1195    0.89480 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1402962     5  0.6108    0.54417 0.224 0.000 0.208 0.000 0.568
#> SRR660224      2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.1117    0.73339 0.964 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR1347166     5  0.5077    0.63972 0.392 0.000 0.040 0.000 0.568
#> SRR1485722     5  0.5535    0.63159 0.352 0.000 0.080 0.000 0.568
#> SRR1415316     1  0.4309    0.25666 0.676 0.000 0.016 0.000 0.308
#> SRR613390      1  0.0798    0.73652 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR661108      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.3980    0.36529 0.708 0.000 0.284 0.000 0.008
#> SRR817329      1  0.4066    0.29503 0.672 0.000 0.324 0.000 0.004
#> SRR1401990     4  0.5630    0.64063 0.004 0.164 0.000 0.652 0.180
#> SRR1467745     4  0.1952    0.86610 0.004 0.000 0.000 0.912 0.084
#> SRR1471795     2  0.2681    0.87102 0.008 0.896 0.004 0.024 0.068
#> SRR1415637     2  0.1082    0.89492 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR813137      1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.2727    0.64513 0.868 0.000 0.016 0.000 0.116
#> SRR1419692     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR818797      1  0.3818    0.60035 0.812 0.028 0.016 0.000 0.144
#> SRR2164608     3  0.1197    0.89918 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1455586     3  0.4497    0.19700 0.000 0.424 0.568 0.000 0.008
#> SRR819459      3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0794    0.89522 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.2681    0.87102 0.008 0.896 0.004 0.024 0.068
#> SRR1385501     1  0.3242    0.46571 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1361652     3  0.5492    0.14538 0.068 0.000 0.536 0.000 0.396
#> SRR1437119     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.1478    0.88468 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1310584     1  0.4576    0.01560 0.608 0.000 0.016 0.000 0.376
#> SRR1500216     1  0.3929    0.52396 0.764 0.028 0.000 0.000 0.208
#> SRR1486762     3  0.0162    0.92316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.1197    0.87736 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1489394     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418085     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340221     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473058     4  0.4216    0.77075 0.008 0.012 0.000 0.720 0.260
#> SRR1405165     3  0.1732    0.87529 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1433004     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1471477     5  0.6810    0.32210 0.348 0.000 0.300 0.000 0.352
#> SRR1098567     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1098712     2  0.5380    0.58782 0.036 0.588 0.016 0.000 0.360
#> SRR1455038     1  0.4145    0.56138 0.772 0.028 0.012 0.000 0.188
#> SRR1375248     3  0.2249    0.83722 0.000 0.096 0.896 0.000 0.008
#> SRR1403005     3  0.0703    0.91267 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.3514    0.86714 0.012 0.840 0.024 0.004 0.120
#> SRR1413541     1  0.1117    0.73221 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1392943     4  0.6651    0.42401 0.004 0.268 0.000 0.484 0.244
#> SRR1475192     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1452468     3  0.4138    0.39435 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1347060     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.4106    0.65100 0.000 0.724 0.256 0.000 0.020
#> SRR1447962     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1444324     2  0.3282    0.74269 0.000 0.804 0.188 0.000 0.008
#> SRR1415004     1  0.1117    0.73221 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1413436     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR1311266     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR1343302     4  0.0000    0.88475 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.1018    0.73401 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1469413     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1405331     1  0.3388    0.51560 0.792 0.000 0.200 0.000 0.008
#> SRR1345609     1  0.0510    0.73833 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.4278    0.52855 0.000 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1322840     4  0.0162    0.88453 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1399797     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.1018    0.73401 0.968 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR1365291     3  0.0510    0.91791 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1367920     4  0.2193    0.86136 0.008 0.000 0.000 0.900 0.092
#> SRR1366648     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.1082    0.89452 0.000 0.964 0.028 0.000 0.008
#> SRR1082173     3  0.1197    0.89918 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1363968     5  0.4752    0.63396 0.412 0.000 0.020 0.000 0.568
#> SRR814387      1  0.4525    0.07525 0.624 0.000 0.016 0.000 0.360
#> SRR657599      5  0.4903    0.62293 0.400 0.008 0.016 0.000 0.576
#> SRR1386689     4  0.0162    0.88492 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395575     3  0.0162    0.92316 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.7184   -0.03256 0.300 0.028 0.448 0.000 0.224
#> SRR1441159     5  0.4674    0.62997 0.416 0.000 0.016 0.000 0.568
#> SRR1403154     4  0.0000    0.88475 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.92445 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0404    0.91985 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     5  0.4787    0.12973 0.480 0.000 0.012 0.000 0.480 0.028
#> SRR1331708     5  0.3602    0.77079 0.068 0.000 0.044 0.000 0.828 0.060
#> SRR1464258     1  0.4935    0.50633 0.556 0.000 0.012 0.000 0.044 0.388
#> SRR1454201     5  0.2901    0.80676 0.128 0.000 0.032 0.000 0.840 0.000
#> SRR661589      3  0.1858    0.87423 0.000 0.000 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR1456229     1  0.2613    0.71254 0.848 0.000 0.012 0.000 0.000 0.140
#> SRR1315165     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1488960     5  0.4706    0.54170 0.336 0.000 0.020 0.000 0.616 0.028
#> SRR1417809     6  0.7343    0.56017 0.256 0.176 0.000 0.140 0.004 0.424
#> SRR1094457     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.4345    0.62586 0.748 0.000 0.128 0.000 0.012 0.112
#> SRR1315931     1  0.4890    0.51504 0.576 0.000 0.012 0.000 0.044 0.368
#> SRR1430066     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.6746    0.17873 0.000 0.476 0.000 0.296 0.112 0.116
#> SRR1344143     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.3076    0.80124 0.112 0.000 0.044 0.000 0.840 0.004
#> SRR1490740     1  0.1074    0.72918 0.960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR1446627     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.3148    0.77256 0.004 0.840 0.000 0.000 0.092 0.064
#> SRR1416248     1  0.4650   -0.10690 0.500 0.000 0.012 0.000 0.468 0.020
#> SRR1383907     4  0.2476    0.81112 0.004 0.000 0.000 0.880 0.024 0.092
#> SRR1311018     1  0.0622    0.72799 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1375699     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.1700    0.87990 0.000 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR613550      3  0.2191    0.85779 0.000 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1348402     1  0.4721   -0.11670 0.492 0.000 0.012 0.000 0.472 0.024
#> SRR1345146     3  0.0603    0.89611 0.000 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1324025     3  0.0508    0.89827 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1318879     3  0.0363    0.89629 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR820755      3  0.2747    0.85242 0.004 0.000 0.860 0.000 0.028 0.108
#> SRR1485830     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR599313      1  0.5183    0.44832 0.528 0.000 0.004 0.000 0.080 0.388
#> SRR612263      1  0.2833    0.70974 0.836 0.000 0.012 0.000 0.004 0.148
#> SRR1415398     3  0.1285    0.89038 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1326205     4  0.5578   -0.31384 0.000 0.140 0.000 0.456 0.000 0.404
#> SRR1421327     4  0.3248    0.77463 0.004 0.000 0.000 0.828 0.052 0.116
#> SRR1083311     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.2320    0.81776 0.004 0.000 0.000 0.892 0.024 0.080
#> SRR1079522     3  0.4346    0.77153 0.040 0.000 0.768 0.000 0.080 0.112
#> SRR1452935     3  0.0458    0.89699 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1379495     1  0.0508    0.72777 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470459     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR661361      3  0.3740    0.74292 0.000 0.000 0.740 0.000 0.032 0.228
#> SRR615778      5  0.3056    0.80588 0.140 0.000 0.012 0.000 0.832 0.016
#> SRR1447564     1  0.0964    0.72637 0.968 0.000 0.012 0.000 0.016 0.004
#> SRR1455195     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR655182      1  0.4087    0.66784 0.772 0.000 0.012 0.000 0.096 0.120
#> SRR1335140     2  0.4016    0.71376 0.004 0.768 0.000 0.000 0.108 0.120
#> SRR1433555     3  0.0146    0.89813 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308650     2  0.2854    0.71004 0.048 0.860 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1388354     1  0.1838    0.71033 0.928 0.000 0.012 0.000 0.040 0.020
#> SRR1317446     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0146    0.89813 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479955     2  0.0717    0.81491 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR809853      1  0.2357    0.71591 0.872 0.000 0.012 0.000 0.000 0.116
#> SRR661313      3  0.4727    0.66982 0.132 0.000 0.692 0.000 0.004 0.172
#> SRR1499935     4  0.2094    0.82537 0.004 0.000 0.000 0.908 0.024 0.064
#> SRR1447303     3  0.1082    0.89375 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1429408     6  0.6030    0.04877 0.004 0.048 0.000 0.436 0.072 0.440
#> SRR1433950     1  0.1275    0.72753 0.956 0.000 0.012 0.000 0.016 0.016
#> SRR1362081     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1409854     5  0.6015    0.32665 0.052 0.000 0.348 0.000 0.512 0.088
#> SRR1435229     5  0.3599    0.77591 0.084 0.000 0.076 0.000 0.820 0.020
#> SRR1085996     5  0.3770    0.74821 0.204 0.000 0.012 0.000 0.760 0.024
#> SRR1414229     5  0.3010    0.72089 0.028 0.000 0.132 0.000 0.836 0.004
#> SRR1400974     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0993    0.72872 0.964 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR613927      1  0.3018    0.70069 0.816 0.000 0.012 0.000 0.004 0.168
#> SRR1457854     1  0.2071    0.70953 0.916 0.000 0.012 0.000 0.044 0.028
#> SRR1473714     1  0.5043    0.46365 0.544 0.000 0.004 0.000 0.068 0.384
#> SRR813776      3  0.2278    0.85346 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004 0.128
#> SRR808196      6  0.7688    0.52251 0.160 0.128 0.000 0.276 0.028 0.408
#> SRR1101085     4  0.2034    0.82729 0.004 0.000 0.000 0.912 0.024 0.060
#> SRR614395      1  0.2872    0.70636 0.832 0.000 0.012 0.000 0.004 0.152
#> SRR1478251     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1362310     1  0.0622    0.72799 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR665310      3  0.3608    0.79640 0.068 0.000 0.800 0.000 0.004 0.128
#> SRR1420109     3  0.1610    0.88040 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1330920     5  0.6724    0.33804 0.300 0.000 0.088 0.000 0.472 0.140
#> SRR1419539     3  0.5177    0.02701 0.000 0.068 0.520 0.000 0.008 0.404
#> SRR1359447     3  0.0363    0.89629 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1347259     6  0.5823    0.45700 0.000 0.332 0.000 0.200 0.000 0.468
#> SRR613915      3  0.2118    0.86675 0.000 0.000 0.888 0.000 0.008 0.104
#> SRR1384395     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.1411    0.88847 0.000 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1478228     1  0.4712   -0.05811 0.512 0.000 0.012 0.000 0.452 0.024
#> SRR1445637     1  0.3720    0.68505 0.816 0.000 0.036 0.000 0.056 0.092
#> SRR608150      5  0.3060    0.80479 0.132 0.000 0.012 0.000 0.836 0.020
#> SRR1096383     1  0.4832   -0.02307 0.516 0.000 0.012 0.000 0.440 0.032
#> SRR1341480     4  0.2265    0.81972 0.004 0.000 0.000 0.896 0.024 0.076
#> SRR1341344     5  0.3231    0.78753 0.180 0.000 0.012 0.000 0.800 0.008
#> SRR1326270     3  0.2632    0.82703 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1498838     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0146    0.89877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR808566      4  0.3838    0.73142 0.004 0.000 0.000 0.784 0.096 0.116
#> SRR1430270     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0937    0.89682 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR661267      5  0.6487    0.22783 0.372 0.000 0.160 0.000 0.424 0.044
#> SRR810665      2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.3141    0.79982 0.112 0.000 0.048 0.000 0.836 0.004
#> SRR1420067     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR1473632     1  0.1745    0.72699 0.920 0.000 0.012 0.000 0.000 0.068
#> SRR812536      3  0.1082    0.89372 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1370850     2  0.2866    0.78342 0.004 0.860 0.000 0.000 0.084 0.052
#> SRR1486195     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1407671     2  0.4192    0.14804 0.000 0.572 0.000 0.000 0.016 0.412
#> SRR1446375     1  0.5128    0.38347 0.600 0.000 0.312 0.000 0.012 0.076
#> SRR1465230     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.5016   -0.09439 0.488 0.000 0.012 0.000 0.456 0.044
#> SRR1356101     3  0.4284    0.25482 0.000 0.392 0.588 0.000 0.004 0.016
#> SRR1404209     3  0.5721    0.35172 0.324 0.000 0.548 0.000 0.028 0.100
#> SRR1392676     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.4844   -0.07360 0.500 0.000 0.012 0.000 0.456 0.032
#> SRR660510      3  0.0790    0.89651 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1445655     4  0.1844    0.83226 0.004 0.000 0.000 0.924 0.024 0.048
#> SRR658953      3  0.4387    0.75864 0.012 0.000 0.744 0.000 0.116 0.128
#> SRR2166459     1  0.4577    0.58903 0.736 0.000 0.028 0.000 0.152 0.084
#> SRR1070713     2  0.4131    0.30588 0.000 0.624 0.000 0.000 0.020 0.356
#> SRR1485312     3  0.0405    0.89833 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1317631     4  0.5598   -0.31609 0.000 0.144 0.000 0.460 0.000 0.396
#> SRR1488610     5  0.2692    0.80734 0.148 0.000 0.012 0.000 0.840 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     5  0.2946    0.80284 0.160 0.000 0.012 0.000 0.824 0.004
#> SRR1433926     1  0.2312    0.71614 0.876 0.000 0.012 0.000 0.000 0.112
#> SRR1091302     4  0.2022    0.83187 0.008 0.000 0.000 0.916 0.024 0.052
#> SRR818263      5  0.5015    0.57013 0.284 0.000 0.012 0.000 0.628 0.076
#> SRR1404909     4  0.2838    0.79130 0.004 0.000 0.000 0.852 0.028 0.116
#> SRR663076      1  0.2071    0.70582 0.916 0.000 0.012 0.000 0.044 0.028
#> SRR1323577     2  0.2918    0.78213 0.004 0.856 0.000 0.000 0.088 0.052
#> SRR1442422     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.4772   -0.03420 0.516 0.000 0.012 0.000 0.444 0.028
#> SRR654862      5  0.5022    0.69174 0.084 0.000 0.128 0.000 0.716 0.072
#> SRR1407112     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.1285    0.89038 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1353199     3  0.5066    0.55801 0.248 0.000 0.632 0.000 0.004 0.116
#> SRR1378885     3  0.1471    0.88669 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR665357      3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1501020     3  0.1349    0.88956 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1347819     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.2866    0.78342 0.004 0.860 0.000 0.000 0.084 0.052
#> SRR1472576     4  0.4362    0.70264 0.004 0.016 0.000 0.760 0.100 0.120
#> SRR1431781     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.4352    0.72204 0.084 0.000 0.144 0.000 0.752 0.020
#> SRR1417632     4  0.3121    0.78069 0.004 0.000 0.000 0.836 0.044 0.116
#> SRR1350153     2  0.1194    0.81244 0.004 0.956 0.000 0.000 0.032 0.008
#> SRR1458113     3  0.4209    0.38361 0.000 0.000 0.596 0.000 0.384 0.020
#> SRR1326579     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR1349363     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0935    0.89539 0.000 0.000 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1083752     4  0.7300   -0.09749 0.008 0.344 0.000 0.356 0.084 0.208
#> SRR1377599     4  0.3248    0.77463 0.004 0.000 0.000 0.828 0.052 0.116
#> SRR1488449     3  0.1285    0.89038 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1318354     3  0.4159    0.32913 0.000 0.000 0.588 0.000 0.396 0.016
#> SRR1359062     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.4050    0.77804 0.124 0.000 0.064 0.000 0.784 0.028
#> SRR663783      3  0.0146    0.89813 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319204     3  0.0363    0.89629 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1369070     2  0.2737    0.78678 0.004 0.868 0.000 0.000 0.084 0.044
#> SRR615659      1  0.2170    0.71907 0.888 0.000 0.012 0.000 0.000 0.100
#> SRR1337449     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1316982     3  0.1232    0.87189 0.000 0.024 0.956 0.000 0.004 0.016
#> SRR1498595     4  0.3845    0.73839 0.008 0.000 0.000 0.788 0.084 0.120
#> SRR1377423     3  0.4206    0.69247 0.176 0.000 0.732 0.000 0.000 0.092
#> SRR1312310     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1485613     1  0.4784   -0.09454 0.496 0.000 0.012 0.000 0.464 0.028
#> SRR1338426     3  0.0260    0.89719 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1353309     3  0.0146    0.89813 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658941      5  0.2668    0.67362 0.000 0.000 0.168 0.000 0.828 0.004
#> SRR1101643     1  0.4900    0.51260 0.572 0.000 0.012 0.000 0.044 0.372
#> SRR1401468     5  0.4216    0.64162 0.292 0.000 0.012 0.000 0.676 0.020
#> SRR1368874     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1324085     4  0.2094    0.82563 0.004 0.000 0.000 0.908 0.024 0.064
#> SRR1363858     1  0.5176    0.44906 0.532 0.000 0.004 0.000 0.080 0.384
#> SRR819820      3  0.2106    0.86189 0.000 0.000 0.904 0.000 0.064 0.032
#> SRR1337342     5  0.3112    0.79630 0.104 0.000 0.052 0.000 0.840 0.004
#> SRR655206      6  0.5944    0.32562 0.000 0.184 0.392 0.000 0.004 0.420
#> SRR1387013     2  0.4016    0.71376 0.004 0.768 0.000 0.000 0.108 0.120
#> SRR1317410     1  0.4546    0.14916 0.580 0.000 0.012 0.000 0.388 0.020
#> SRR608198      5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR1440161     2  0.4265    0.18626 0.000 0.596 0.384 0.000 0.004 0.016
#> SRR1343741     2  0.2737    0.78678 0.004 0.868 0.000 0.000 0.084 0.044
#> SRR1381288     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.4658    0.04625 0.000 0.048 0.000 0.568 0.000 0.384
#> SRR1099622     2  0.2011    0.80965 0.004 0.912 0.000 0.000 0.064 0.020
#> SRR663197      3  0.2402    0.85648 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR1394836     6  0.5946    0.22428 0.000 0.400 0.184 0.000 0.004 0.412
#> SRR661699      3  0.0146    0.89812 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR813680      3  0.5014    0.53083 0.264 0.000 0.640 0.000 0.012 0.084
#> SRR1410678     1  0.0820    0.72569 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1378109     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.2357    0.71591 0.872 0.000 0.012 0.000 0.000 0.116
#> SRR1311486     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.5571    0.03933 0.008 0.456 0.000 0.012 0.072 0.452
#> SRR1433410     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR661167      3  0.0937    0.89465 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1432518     3  0.0363    0.89784 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR660462      3  0.0146    0.89877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374608     6  0.7716    0.56533 0.040 0.160 0.000 0.120 0.244 0.436
#> SRR657949      3  0.1471    0.88676 0.000 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR1308882     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      1  0.1625    0.72680 0.928 0.000 0.012 0.000 0.000 0.060
#> SRR1485870     2  0.4727   -0.03729 0.000 0.504 0.000 0.020 0.016 0.460
#> SRR1444138     1  0.5428    0.52784 0.680 0.000 0.136 0.000 0.092 0.092
#> SRR1417342     1  0.1074    0.72713 0.960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.028
#> SRR1470193     2  0.4304    0.07780 0.000 0.536 0.008 0.000 0.008 0.448
#> SRR1091380     3  0.1745    0.86650 0.000 0.000 0.924 0.000 0.056 0.020
#> SRR1099096     1  0.4647   -0.07831 0.508 0.000 0.012 0.000 0.460 0.020
#> SRR1313583     4  0.4267    0.54436 0.116 0.000 0.000 0.732 0.000 0.152
#> SRR1467102     3  0.2633    0.77959 0.000 0.112 0.864 0.000 0.004 0.020
#> SRR1485416     4  0.2622    0.80305 0.004 0.000 0.000 0.868 0.024 0.104
#> SRR818821      3  0.0458    0.89699 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR809963      1  0.2872    0.70636 0.832 0.000 0.012 0.000 0.004 0.152
#> SRR1072247     1  0.0820    0.72569 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1353710     6  0.5931    0.35460 0.004 0.124 0.000 0.360 0.016 0.496
#> SRR1445259     3  0.4423    0.25051 0.000 0.000 0.552 0.000 0.420 0.028
#> SRR1408393     3  0.1349    0.88956 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR1361522     1  0.2266    0.71702 0.880 0.000 0.012 0.000 0.000 0.108
#> SRR1368597     1  0.3147    0.71740 0.844 0.000 0.012 0.000 0.044 0.100
#> SRR1309680     2  0.2737    0.78734 0.004 0.868 0.000 0.000 0.084 0.044
#> SRR1310542     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     6  0.7351    0.49182 0.064 0.212 0.028 0.000 0.260 0.436
#> SRR1354931     3  0.1219    0.89145 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1391856     2  0.4828   -0.01920 0.000 0.500 0.004 0.000 0.044 0.452
#> SRR1446738     2  0.4262    0.03400 0.000 0.508 0.000 0.000 0.016 0.476
#> SRR1309032     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1388145     2  0.1296    0.81165 0.004 0.948 0.000 0.000 0.044 0.004
#> SRR1432611     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR815869      3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.1082    0.89372 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR1375329     3  0.3998    0.48127 0.000 0.000 0.644 0.000 0.340 0.016
#> SRR1387921     1  0.0725    0.72590 0.976 0.000 0.012 0.000 0.000 0.012
#> SRR1466792     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1360478     2  0.0508    0.81537 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1360695     1  0.2715    0.67320 0.872 0.000 0.012 0.000 0.088 0.028
#> SRR812943      1  0.2402    0.71561 0.868 0.000 0.012 0.000 0.000 0.120
#> SRR1400910     3  0.3998    0.48636 0.000 0.000 0.644 0.000 0.340 0.016
#> SRR1444203     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.4016    0.71376 0.004 0.768 0.000 0.000 0.108 0.120
#> SRR658754      3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     6  0.5406    0.32834 0.000 0.120 0.000 0.380 0.000 0.500
#> SRR1397366     3  0.2420    0.85055 0.004 0.000 0.864 0.000 0.004 0.128
#> SRR1446028     1  0.1251    0.72463 0.956 0.000 0.012 0.000 0.024 0.008
#> SRR1083918     2  0.3148    0.77228 0.004 0.840 0.000 0.000 0.092 0.064
#> SRR1337606     5  0.3305    0.74322 0.040 0.000 0.104 0.000 0.836 0.020
#> SRR659109      3  0.0146    0.89877 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337192     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR656946      1  0.1802    0.72677 0.916 0.000 0.012 0.000 0.000 0.072
#> SRR1476102     5  0.2692    0.80734 0.148 0.000 0.012 0.000 0.840 0.000
#> SRR1476447     1  0.4408   -0.07557 0.512 0.000 0.012 0.000 0.468 0.008
#> SRR1342067     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.4586    0.09564 0.560 0.000 0.012 0.000 0.408 0.020
#> SRR614419      5  0.3230    0.75617 0.212 0.000 0.012 0.000 0.776 0.000
#> SRR1322936     5  0.3060    0.80479 0.132 0.000 0.012 0.000 0.836 0.020
#> SRR1349121     1  0.4784   -0.09454 0.496 0.000 0.012 0.000 0.464 0.028
#> SRR1430549     1  0.1296    0.72273 0.952 0.000 0.012 0.000 0.032 0.004
#> SRR612935      3  0.0547    0.89766 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR661481      2  0.3098    0.77464 0.004 0.844 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR1354117     2  0.4591    0.05853 0.000 0.516 0.452 0.000 0.004 0.028
#> SRR1393596     6  0.5299    0.17479 0.000 0.440 0.000 0.068 0.012 0.480
#> SRR1452164     1  0.1225    0.72883 0.952 0.000 0.012 0.000 0.000 0.036
#> SRR1070503     5  0.5105    0.05542 0.000 0.000 0.432 0.000 0.488 0.080
#> SRR1499894     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.2975    0.80519 0.132 0.000 0.012 0.000 0.840 0.016
#> SRR1468271     5  0.4713    0.39286 0.400 0.000 0.012 0.000 0.560 0.028
#> SRR1332443     1  0.4653   -0.13287 0.492 0.000 0.012 0.000 0.476 0.020
#> SRR810295      2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR662103      1  0.2758    0.71151 0.860 0.000 0.012 0.000 0.016 0.112
#> SRR1328620     3  0.2932    0.76753 0.000 0.000 0.820 0.000 0.164 0.016
#> SRR1396294     6  0.8236    0.53374 0.068 0.180 0.188 0.120 0.012 0.432
#> SRR1419917     1  0.2357    0.71591 0.872 0.000 0.012 0.000 0.000 0.116
#> SRR662114      3  0.2019    0.87563 0.000 0.000 0.900 0.000 0.012 0.088
#> SRR1489199     5  0.6417    0.52575 0.148 0.000 0.216 0.000 0.552 0.084
#> SRR813584      2  0.4057    0.70956 0.004 0.764 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1069638     3  0.4141    0.76186 0.008 0.000 0.760 0.000 0.140 0.092
#> SRR614864      5  0.3012    0.62932 0.000 0.000 0.196 0.000 0.796 0.008
#> SRR1433392     1  0.4348    0.63895 0.732 0.000 0.104 0.000 0.004 0.160
#> SRR1377777     2  0.2866    0.78342 0.004 0.860 0.000 0.000 0.084 0.052
#> SRR2167710     1  0.2724    0.70011 0.864 0.000 0.052 0.000 0.000 0.084
#> SRR1401252     4  0.2456    0.81786 0.008 0.000 0.000 0.888 0.028 0.076
#> SRR1309963     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0622    0.72829 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418628     2  0.0862    0.81460 0.004 0.972 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1486889     3  0.1700    0.88397 0.000 0.000 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR1380393     1  0.0909    0.72485 0.968 0.000 0.012 0.000 0.000 0.020
#> SRR1319731     1  0.3777    0.52401 0.752 0.000 0.012 0.000 0.216 0.020
#> SRR1356468     6  0.7968    0.56892 0.048 0.156 0.000 0.176 0.200 0.420
#> SRR1337010     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1486520     5  0.3093    0.80000 0.164 0.000 0.012 0.000 0.816 0.008
#> SRR1486538     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.4156    0.70971 0.004 0.764 0.000 0.004 0.108 0.120
#> SRR1465459     3  0.2278    0.85281 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004 0.128
#> SRR1080270     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     5  0.3270    0.68129 0.000 0.000 0.120 0.000 0.820 0.060
#> SRR1467080     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.3148    0.77228 0.004 0.840 0.000 0.000 0.092 0.064
#> SRR816475      4  0.1844    0.83226 0.004 0.000 0.000 0.924 0.024 0.048
#> SRR1379198     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.2584    0.84607 0.004 0.000 0.848 0.000 0.004 0.144
#> SRR1452246     2  0.2918    0.78213 0.004 0.856 0.000 0.000 0.088 0.052
#> SRR1338836     2  0.2265    0.79721 0.004 0.896 0.000 0.000 0.076 0.024
#> SRR1369129     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.1349    0.88956 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR813824      3  0.4265    0.64267 0.000 0.000 0.660 0.000 0.040 0.300
#> SRR1082376     1  0.3056    0.71317 0.832 0.000 0.012 0.000 0.016 0.140
#> SRR1500891     4  0.1972    0.82909 0.004 0.000 0.000 0.916 0.024 0.056
#> SRR807543      1  0.6005    0.12458 0.428 0.000 0.400 0.000 0.012 0.160
#> SRR1091572     1  0.2872    0.70636 0.832 0.000 0.012 0.000 0.004 0.152
#> SRR1346689     4  0.3975    0.15466 0.004 0.000 0.000 0.544 0.000 0.452
#> SRR1332424     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR663729      6  0.5788    0.34320 0.000 0.128 0.000 0.384 0.012 0.476
#> SRR1097013     1  0.4462    0.59239 0.744 0.000 0.028 0.000 0.156 0.072
#> SRR613675      5  0.2905    0.80734 0.144 0.000 0.012 0.000 0.836 0.008
#> SRR1485357     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0632    0.89754 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1500113     1  0.4781   -0.06699 0.504 0.000 0.012 0.000 0.456 0.028
#> SRR1437622     4  0.6624    0.28337 0.004 0.236 0.000 0.536 0.104 0.120
#> SRR1355172     3  0.4337    0.66718 0.200 0.000 0.724 0.000 0.008 0.068
#> SRR655531      5  0.2692    0.80734 0.148 0.000 0.012 0.000 0.840 0.000
#> SRR1338147     3  0.0777    0.89673 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1413329     3  0.5188    0.27702 0.024 0.000 0.556 0.000 0.372 0.048
#> SRR1485931     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     5  0.4719    0.19313 0.464 0.000 0.012 0.000 0.500 0.024
#> SRR1333308     6  0.6492    0.44861 0.036 0.164 0.000 0.340 0.004 0.456
#> SRR1452033     1  0.1448    0.72016 0.948 0.000 0.012 0.000 0.016 0.024
#> SRR1467316     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.1036    0.81354 0.004 0.964 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR663440      3  0.1918    0.87526 0.000 0.000 0.904 0.000 0.008 0.088
#> SRR1471755     2  0.3148    0.77228 0.004 0.840 0.000 0.000 0.092 0.064
#> SRR808019      5  0.3757    0.78995 0.104 0.000 0.064 0.000 0.808 0.024
#> SRR1479133     3  0.4634    0.48344 0.000 0.000 0.556 0.000 0.044 0.400
#> SRR615069      3  0.4573    0.41805 0.000 0.000 0.584 0.000 0.372 0.044
#> SRR1456185     2  0.0146    0.81492 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350069     6  0.7465    0.55844 0.184 0.168 0.000 0.232 0.004 0.412
#> SRR816316      1  0.4851    0.51502 0.572 0.000 0.012 0.000 0.040 0.376
#> SRR664795      3  0.5710    0.17088 0.384 0.000 0.500 0.000 0.024 0.092
#> SRR1490721     6  0.6112    0.47215 0.000 0.204 0.000 0.012 0.312 0.472
#> SRR810643      5  0.4178    0.65371 0.284 0.000 0.012 0.000 0.684 0.020
#> SRR1430333     5  0.3653    0.49157 0.000 0.000 0.300 0.000 0.692 0.008
#> SRR1085285     3  0.1644    0.88203 0.000 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR1099072     3  0.2053    0.86541 0.000 0.000 0.888 0.000 0.004 0.108
#> SRR1317985     1  0.0820    0.72885 0.972 0.000 0.012 0.000 0.000 0.016
#> SRR1487340     1  0.1452    0.71985 0.948 0.000 0.012 0.000 0.020 0.020
#> SRR1420276     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0260    0.89861 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1405525     5  0.3087    0.79200 0.176 0.000 0.012 0.000 0.808 0.004
#> SRR1370329     1  0.4763    0.52750 0.604 0.000 0.012 0.000 0.040 0.344
#> SRR1465001     1  0.4651    0.18336 0.588 0.000 0.012 0.000 0.372 0.028
#> SRR1476525     2  0.3098    0.77464 0.004 0.844 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR819610      2  0.2344    0.79685 0.004 0.892 0.000 0.000 0.076 0.028
#> SRR2157314     1  0.1700    0.71535 0.936 0.000 0.012 0.000 0.028 0.024
#> SRR1409465     2  0.1909    0.80399 0.004 0.920 0.000 0.000 0.052 0.024
#> SRR809987      6  0.6311    0.39320 0.360 0.016 0.000 0.216 0.000 0.408
#> SRR613639      1  0.3436    0.69594 0.796 0.000 0.012 0.000 0.020 0.172
#> SRR1402285     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.4962    0.55784 0.664 0.000 0.180 0.000 0.004 0.152
#> SRR1405660     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.4726    0.64121 0.740 0.000 0.084 0.000 0.056 0.120
#> SRR1394734     2  0.5951    0.49795 0.000 0.628 0.000 0.144 0.112 0.116
#> SRR1317771     1  0.6196   -0.08237 0.444 0.000 0.064 0.000 0.408 0.084
#> SRR1365894     2  0.4722   -0.00489 0.000 0.512 0.000 0.016 0.020 0.452
#> SRR1073581     1  0.5910   -0.18279 0.436 0.000 0.096 0.000 0.436 0.032
#> SRR659804      1  0.1364    0.72121 0.952 0.000 0.012 0.000 0.016 0.020
#> SRR1345914     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.3098    0.77464 0.004 0.844 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR1473529     4  0.7333   -0.11404 0.008 0.340 0.000 0.348 0.084 0.220
#> SRR660764      3  0.1765    0.87913 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR820448      1  0.4909    0.51155 0.568 0.000 0.012 0.000 0.044 0.376
#> SRR1328845     6  0.7440    0.52847 0.244 0.124 0.000 0.208 0.008 0.416
#> SRR1336415     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     5  0.3093    0.79700 0.164 0.000 0.012 0.000 0.816 0.008
#> SRR1499521     5  0.3936    0.72653 0.228 0.000 0.012 0.000 0.736 0.024
#> SRR1440898     2  0.0508    0.81537 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1347459     3  0.0632    0.89780 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1081209     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.1275    0.72177 0.956 0.000 0.012 0.000 0.016 0.016
#> SRR1333395     2  0.4837   -0.03509 0.056 0.512 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1309248     2  0.4927   -0.08025 0.000 0.484 0.000 0.032 0.016 0.468
#> SRR809161      3  0.2191    0.85779 0.000 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1316320     2  0.4597    0.10664 0.000 0.548 0.000 0.000 0.040 0.412
#> SRR1432629     2  0.4114    0.71177 0.004 0.768 0.000 0.004 0.108 0.116
#> SRR1498931     1  0.0363    0.72743 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.2632    0.68381 0.004 0.000 0.000 0.832 0.000 0.164
#> SRR1405547     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR1309160     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.6723   -0.07255 0.364 0.000 0.340 0.000 0.260 0.036
#> SRR1078489     3  0.0458    0.89699 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1332648     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      3  0.0363    0.89629 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1470420     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1475566     1  0.0508    0.72710 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477949     1  0.2202    0.70263 0.908 0.000 0.012 0.000 0.052 0.028
#> SRR1481419     2  0.0862    0.81460 0.004 0.972 0.000 0.000 0.016 0.008
#> SRR1464766     1  0.4935    0.24217 0.592 0.000 0.012 0.000 0.344 0.052
#> SRR615946      3  0.3030    0.81470 0.008 0.000 0.816 0.000 0.008 0.168
#> SRR1446481     2  0.2600    0.79027 0.004 0.876 0.000 0.000 0.084 0.036
#> SRR1467656     2  0.0748    0.81239 0.004 0.976 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1402962     5  0.3063    0.78697 0.092 0.000 0.068 0.000 0.840 0.000
#> SRR660224      2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.2933    0.71664 0.844 0.000 0.012 0.000 0.016 0.128
#> SRR1347166     5  0.2794    0.80808 0.144 0.000 0.012 0.000 0.840 0.004
#> SRR1485722     5  0.2973    0.80836 0.136 0.000 0.024 0.000 0.836 0.004
#> SRR1415316     1  0.4530    0.14433 0.552 0.000 0.012 0.000 0.420 0.016
#> SRR613390      1  0.3004    0.71269 0.832 0.000 0.012 0.000 0.012 0.144
#> SRR661108      3  0.1588    0.88466 0.000 0.000 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR2170173     1  0.4464    0.61386 0.736 0.000 0.136 0.000 0.012 0.116
#> SRR817329      1  0.5692    0.34301 0.512 0.000 0.344 0.000 0.008 0.136
#> SRR1401990     4  0.5423   -0.24606 0.000 0.120 0.000 0.488 0.000 0.392
#> SRR1467745     4  0.3368    0.76666 0.004 0.000 0.000 0.820 0.060 0.116
#> SRR1471795     2  0.3098    0.77464 0.004 0.844 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR1415637     2  0.0508    0.81537 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR813137      1  0.2755    0.70978 0.844 0.000 0.012 0.000 0.004 0.140
#> SRR1314873     1  0.2357    0.71591 0.872 0.000 0.012 0.000 0.000 0.116
#> SRR1401211     1  0.2912    0.66096 0.856 0.000 0.012 0.000 0.104 0.028
#> SRR1419692     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      1  0.5280    0.46679 0.496 0.000 0.016 0.000 0.060 0.428
#> SRR2164608     3  0.2066    0.87044 0.000 0.000 0.908 0.000 0.052 0.040
#> SRR1455586     3  0.4134    0.38038 0.000 0.340 0.640 0.000 0.004 0.016
#> SRR819459      3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.81563 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.3098    0.77464 0.004 0.844 0.000 0.000 0.088 0.064
#> SRR1385501     1  0.4572    0.60702 0.708 0.000 0.116 0.000 0.004 0.172
#> SRR1361652     5  0.4913    0.44910 0.040 0.000 0.340 0.000 0.600 0.020
#> SRR1437119     1  0.0622    0.72799 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478547     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.2266    0.82295 0.000 0.000 0.880 0.000 0.108 0.012
#> SRR1310584     1  0.4631   -0.01014 0.528 0.000 0.012 0.000 0.440 0.020
#> SRR1500216     1  0.5183    0.44832 0.528 0.000 0.004 0.000 0.080 0.388
#> SRR1486762     3  0.0790    0.89696 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1480854     4  0.2344    0.81822 0.004 0.000 0.000 0.892 0.028 0.076
#> SRR1489394     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0146    0.85166 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.5786    0.21525 0.008 0.020 0.000 0.508 0.084 0.380
#> SRR1405165     3  0.2793    0.73647 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1433004     1  0.2357    0.71684 0.872 0.000 0.012 0.000 0.000 0.116
#> SRR1471477     5  0.6551    0.30656 0.312 0.000 0.228 0.000 0.428 0.032
#> SRR1098567     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1098712     6  0.6686    0.37937 0.080 0.348 0.000 0.000 0.132 0.440
#> SRR1455038     1  0.5179    0.49609 0.544 0.000 0.012 0.000 0.064 0.380
#> SRR1375248     3  0.2963    0.73285 0.000 0.152 0.828 0.000 0.004 0.016
#> SRR1403005     3  0.1531    0.88553 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1348378     2  0.4329    0.62016 0.004 0.700 0.000 0.000 0.056 0.240
#> SRR1413541     1  0.2933    0.71664 0.844 0.000 0.012 0.000 0.016 0.128
#> SRR1392943     6  0.6195    0.44366 0.000 0.168 0.000 0.336 0.024 0.472
#> SRR1475192     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1452468     5  0.4593   -0.04131 0.000 0.000 0.472 0.000 0.492 0.036
#> SRR1347060     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.4559    0.27101 0.000 0.628 0.324 0.000 0.004 0.044
#> SRR1447962     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1444324     2  0.3915    0.36290 0.000 0.692 0.288 0.000 0.004 0.016
#> SRR1415004     1  0.1364    0.72077 0.952 0.000 0.012 0.000 0.016 0.020
#> SRR1413436     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR1311266     5  0.2692    0.80734 0.148 0.000 0.012 0.000 0.840 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0622    0.72799 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1429678     1  0.1078    0.72401 0.964 0.000 0.012 0.000 0.016 0.008
#> SRR1469413     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1405331     1  0.5699    0.41716 0.548 0.000 0.280 0.000 0.008 0.164
#> SRR1345609     1  0.0508    0.72710 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380208     6  0.5971    0.40770 0.000 0.304 0.000 0.000 0.252 0.444
#> SRR1322840     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0146    0.89813 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315081     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.1275    0.72177 0.956 0.000 0.012 0.000 0.016 0.016
#> SRR1365291     3  0.1285    0.89038 0.000 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR1367920     4  0.3248    0.77463 0.004 0.000 0.000 0.828 0.052 0.116
#> SRR1366648     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0603    0.81153 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1082173     3  0.2066    0.87044 0.000 0.000 0.908 0.000 0.052 0.040
#> SRR1363968     5  0.3958    0.73398 0.220 0.000 0.012 0.000 0.740 0.028
#> SRR814387      1  0.4579    0.10466 0.564 0.000 0.012 0.000 0.404 0.020
#> SRR657599      5  0.3056    0.79913 0.140 0.000 0.012 0.000 0.832 0.016
#> SRR1386689     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.1219    0.89154 0.000 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR1453811     6  0.6732   -0.13228 0.120 0.000 0.368 0.000 0.092 0.420
#> SRR1441159     5  0.2833    0.80783 0.148 0.000 0.012 0.000 0.836 0.004
#> SRR1403154     4  0.0000    0.85236 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.89865 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.1398    0.89028 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.990       0.992         0.4725 0.528   0.528
#> 3 3 0.898           0.909       0.962         0.4103 0.720   0.510
#> 4 4 0.933           0.916       0.966         0.1047 0.869   0.640
#> 5 5 0.904           0.847       0.935         0.0769 0.914   0.690
#> 6 6 0.868           0.832       0.915         0.0421 0.910   0.615

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4

There is also optional best \(k\) = 2 4 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1331708     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1464258     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1454201     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1315165     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1417809     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1094457     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1430066     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1431037     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1395554     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR1344143     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1486845     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1446627     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1456138     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1416248     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1383907     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1375699     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1429846     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1345146     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR599313      2  0.1184      0.979 0.016 0.984
#> SRR612263      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1415398     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1421327     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1083311     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1499303     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1470459     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR661361      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1447564     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1455195     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR655182      1  0.0376      0.993 0.996 0.004
#> SRR1335140     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1433555     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1388354     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1317446     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1413602     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR809853      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR661313      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1499935     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1447303     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1362081     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1409854     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1414229     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1400974     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR613927      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1457854     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1473714     2  0.1633      0.971 0.024 0.976
#> SRR813776      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR808196      2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1101085     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1478251     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1362310     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR665310      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.2043      0.975 0.032 0.968
#> SRR1359447     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1347259     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR613915      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1384395     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR821715      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1445637     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR608150      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1096383     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1341480     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1326270     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1416313     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR808566      2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1430270     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1367825     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR613533      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR661267      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR810665      2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1407250     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1420067     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1473632     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR812536      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1486195     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1407671     2  0.0672      0.990 0.008 0.992
#> SRR1446375     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1465230     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1356101     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1404209     1  0.0376      0.993 0.996 0.004
#> SRR1392676     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR665538      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR660510      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1445655     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0672      0.993 0.992 0.008
#> SRR1070713     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1485312     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1330588     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1433926     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1091302     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1404909     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1323577     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1442422     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR654862      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1332969     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR665357      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1501020     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1347819     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1472576     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1431781     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1452270     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1417632     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1458113     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1349363     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1096712     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1090407     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1377599     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1488449     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1318354     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1359062     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR663783      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1319204     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR615659      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1337449     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1316982     1  0.6531      0.794 0.832 0.168
#> SRR1498595     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1377423     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1485613     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1338426     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1353309     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.3114      0.952 0.944 0.056
#> SRR1401468     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1368874     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1324085     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1363858     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR819820      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0376      0.993 0.996 0.004
#> SRR655206      2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1387013     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1317410     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR608198      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1440161     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1343741     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1381288     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1415379     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR663197      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR661699      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.0672      0.993 0.992 0.008
#> SRR1410678     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1378109     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1311486     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1382851     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1433410     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR661167      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1432518     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR660462      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR657949      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1308882     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1485870     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1444138     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1470193     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1091380     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1313583     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1467102     2  0.5519      0.866 0.128 0.872
#> SRR1485416     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR818821      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1072247     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1353710     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1368597     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1309680     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1310542     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1333485     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1406437     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1354931     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1446738     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1309032     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1388145     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1432611     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR815869      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR613150      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1466792     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1360478     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1360695     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR812943      1  0.0672      0.993 0.992 0.008
#> SRR1400910     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1444203     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR658754      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1397366     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1083918     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1337606     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR659109      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR656946      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1476102     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1476447     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1342067     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1385389     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR614419      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1322936     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1349121     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1430549     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR612935      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1354117     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1393596     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1070503     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1499894     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.1184      0.991 0.984 0.016
#> SRR1468271     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1332443     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR810295      2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR662103      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1328620     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1396294     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR662114      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR1069638     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR614864      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1377777     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR2167710     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1401252     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1309963     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1418628     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1486889     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1319731     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1356468     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1337010     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1486520     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1486538     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1340486     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR1465459     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1080270     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1312501     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1467080     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR816475      2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1379198     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR613342      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1338836     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1369129     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1396616     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR813824      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1500891     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1346689     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR663729      2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1097013     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR613675      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1485357     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR655816      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1437622     2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR1355172     1  0.0672      0.993 0.992 0.008
#> SRR655531      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1338147     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1420873     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1333308     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1452033     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1467316     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR809018      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR663440      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR808019      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1479133     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1350069     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR664795      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1490721     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR810643      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1430333     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1099072     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1487340     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1420276     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1351347     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1370329     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1465001     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1476525     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR819610      2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR2157314     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1409465     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR809987      2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR613639      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1402285     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1405660     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1317771     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1365894     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1073581     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR659804      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1345914     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1432186     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1473529     2  0.0672      0.990 0.008 0.992
#> SRR660764      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1328845     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1336415     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1379065     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1459190     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1499521     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1440898     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1347459     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1400202     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1333395     2  0.0672      0.990 0.008 0.992
#> SRR1309248     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR809161      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1432629     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1498931     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1416578     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1405547     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1470534     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1309160     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR663489      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1078489     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1332648     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR660614      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1475566     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1477949     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1481419     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1464766     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR615946      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1467656     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1402962     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR660224      2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR665586      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1347166     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1485722     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1415316     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR613390      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR661108      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0376      0.993 0.996 0.004
#> SRR1401990     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR1471795     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1415637     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR813137      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1314873     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1401211     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1419692     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR2164608     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR819459      1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1433232     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1385501     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1478547     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1500216     2  0.3114      0.938 0.056 0.944
#> SRR1486762     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1480854     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1489394     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1418085     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1340221     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1473058     2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR1405165     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1471477     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1098567     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1098712     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1455038     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1375248     2  0.9358      0.478 0.352 0.648
#> SRR1403005     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1413541     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1392943     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1475192     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1452468     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1347060     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.6531      0.813 0.168 0.832
#> SRR1447962     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1444324     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1415004     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1413436     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1311266     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1343302     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1429678     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1469413     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1405331     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1380208     2  0.0376      0.991 0.004 0.996
#> SRR1322840     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1399797     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1416654     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1315081     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1369196     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1365291     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1366648     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0938      0.990 0.012 0.988
#> SRR1082173     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR814387      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR657599      1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1386689     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1395575     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0938      0.993 0.988 0.012
#> SRR1403154     2  0.0000      0.990 0.000 1.000
#> SRR1468722     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0000      0.994 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.3340      0.853 0.880 0.000 0.120
#> SRR1464258     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0424      0.959 0.992 0.000 0.008
#> SRR661589      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094457     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.5678      0.524 0.684 0.000 0.316
#> SRR1315931     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0592      0.960 0.000 0.988 0.012
#> SRR1486845     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.2959      0.875 0.900 0.000 0.100
#> SRR1490740     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     3  0.6192      0.286 0.000 0.420 0.580
#> SRR1456138     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0747      0.957 0.000 0.984 0.016
#> SRR1429846     3  0.4555      0.723 0.200 0.000 0.800
#> SRR613550      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324025     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR820755      1  0.4750      0.725 0.784 0.000 0.216
#> SRR1485830     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.6154      0.303 0.592 0.408 0.000
#> SRR612263      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421327     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     3  0.3482      0.836 0.128 0.000 0.872
#> SRR1452935     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     3  0.1163      0.925 0.000 0.028 0.972
#> SRR661361      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     3  0.6126      0.343 0.000 0.400 0.600
#> SRR1388354     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0747      0.957 0.000 0.984 0.016
#> SRR809853      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.1753      0.912 0.048 0.000 0.952
#> SRR1499935     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     3  0.3116      0.852 0.000 0.108 0.892
#> SRR1409854     1  0.0237      0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR1435229     1  0.1411      0.935 0.964 0.000 0.036
#> SRR1085996     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.3941      0.804 0.156 0.000 0.844
#> SRR1400974     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.6126      0.325 0.600 0.400 0.000
#> SRR813776      3  0.5948      0.411 0.360 0.000 0.640
#> SRR808196      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101085     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     3  0.6126      0.343 0.000 0.400 0.600
#> SRR1362310     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.1031      0.930 0.024 0.000 0.976
#> SRR1420109     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330920     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359447     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347259     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR613915      3  0.4555      0.723 0.200 0.000 0.800
#> SRR1384395     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      3  0.0237      0.943 0.004 0.000 0.996
#> SRR1478228     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.1964      0.901 0.056 0.000 0.944
#> SRR1498838     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      1  0.2066      0.914 0.940 0.000 0.060
#> SRR810665      2  0.6126      0.335 0.000 0.600 0.400
#> SRR1407250     1  0.1529      0.932 0.960 0.000 0.040
#> SRR1420067     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     3  0.2537      0.880 0.000 0.080 0.920
#> SRR1407671     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.6286      0.103 0.536 0.000 0.464
#> SRR1465230     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.4654      0.738 0.000 0.792 0.208
#> SRR665538      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      3  0.1860      0.909 0.052 0.000 0.948
#> SRR2166459     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.2711      0.877 0.088 0.000 0.912
#> SRR1378885     3  0.4452      0.735 0.192 0.000 0.808
#> SRR665357      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR662186      3  0.4796      0.711 0.000 0.220 0.780
#> SRR1501020     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.6180      0.263 0.584 0.000 0.416
#> SRR1417632     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.4555      0.750 0.000 0.800 0.200
#> SRR1458113     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.4555      0.750 0.000 0.800 0.200
#> SRR1096712     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359062     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.5497      0.572 0.708 0.000 0.292
#> SRR663783      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0747      0.957 0.000 0.984 0.016
#> SRR615659      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.6126      0.335 0.000 0.600 0.400
#> SRR1316982     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0237      0.943 0.004 0.000 0.996
#> SRR1312310     3  0.6126      0.343 0.000 0.400 0.600
#> SRR1485613     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324085     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.6244      0.213 0.560 0.440 0.000
#> SRR819820      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.1411      0.936 0.964 0.000 0.036
#> SRR655206      3  0.6062      0.386 0.000 0.384 0.616
#> SRR1387013     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0747      0.957 0.000 0.984 0.016
#> SRR1381288     2  0.4702      0.732 0.000 0.788 0.212
#> SRR1415379     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.4605      0.744 0.000 0.796 0.204
#> SRR663197      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     3  0.1411      0.919 0.000 0.036 0.964
#> SRR661699      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813680      1  0.2796      0.883 0.908 0.000 0.092
#> SRR1410678     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.4654      0.738 0.000 0.792 0.208
#> SRR1382851     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR657949      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308882     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091380     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485416     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408393     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361522     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354931     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391856     2  0.1031      0.949 0.000 0.976 0.024
#> SRR1446738     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     3  0.4346      0.762 0.000 0.184 0.816
#> SRR1388145     2  0.0747      0.957 0.000 0.984 0.016
#> SRR1432611     3  0.6180      0.298 0.000 0.416 0.584
#> SRR815869      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR613150      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387921     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     3  0.4555      0.740 0.000 0.200 0.800
#> SRR1360478     2  0.6140      0.324 0.000 0.596 0.404
#> SRR1360695     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444203     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     3  0.5431      0.585 0.284 0.000 0.716
#> SRR659109      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393596     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.6079      0.339 0.388 0.000 0.612
#> SRR1499894     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      3  0.4555      0.740 0.000 0.200 0.800
#> SRR662103      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396294     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419917     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.1529      0.918 0.040 0.000 0.960
#> SRR614864      3  0.4931      0.673 0.232 0.000 0.768
#> SRR1433392     1  0.0237      0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR1377777     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.4931      0.681 0.768 0.000 0.232
#> SRR1401252     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.4842      0.713 0.000 0.776 0.224
#> SRR1486889     3  0.1289      0.922 0.032 0.000 0.968
#> SRR1380393     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337010     3  0.4504      0.746 0.000 0.196 0.804
#> SRR1486520     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.1289      0.924 0.032 0.000 0.968
#> SRR1080270     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467080     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0237      0.966 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338836     2  0.1031      0.951 0.000 0.976 0.024
#> SRR1369129     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.5926      0.473 0.644 0.000 0.356
#> SRR655531      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.5291      0.636 0.268 0.000 0.732
#> SRR1485931     3  0.6286      0.143 0.000 0.464 0.536
#> SRR1420873     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0237      0.966 0.000 0.996 0.004
#> SRR809018      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.4654      0.738 0.000 0.792 0.208
#> SRR663440      3  0.0892      0.931 0.020 0.000 0.980
#> SRR1471755     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.4062      0.802 0.836 0.000 0.164
#> SRR1479133     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0892      0.954 0.000 0.980 0.020
#> SRR1350069     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.3116      0.867 0.892 0.000 0.108
#> SRR1490721     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085285     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.2537      0.896 0.000 0.920 0.080
#> SRR809987      2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR613639      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402285     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0424      0.958 0.992 0.000 0.008
#> SRR1405660     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     1  0.2796      0.874 0.908 0.000 0.092
#> SRR1394734     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.0424      0.958 0.992 0.000 0.008
#> SRR659804      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0892      0.954 0.000 0.980 0.020
#> SRR1432186     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336415     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0892      0.954 0.000 0.980 0.020
#> SRR1347459     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.4750      0.727 0.000 0.784 0.216
#> SRR1400202     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309248     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR809161      3  0.2165      0.894 0.064 0.000 0.936
#> SRR1316320     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.5650      0.568 0.688 0.000 0.312
#> SRR1078489     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332648     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470420     3  0.4452      0.751 0.000 0.192 0.808
#> SRR1475566     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0892      0.954 0.000 0.980 0.020
#> SRR1464766     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     3  0.6225      0.250 0.000 0.432 0.568
#> SRR1402962     1  0.4346      0.776 0.816 0.000 0.184
#> SRR660224      3  0.2448      0.884 0.000 0.076 0.924
#> SRR665586      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     1  0.5621      0.541 0.692 0.000 0.308
#> SRR817329      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.6095      0.358 0.000 0.608 0.392
#> SRR813137      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164608     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455586     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR819459      3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0892      0.954 0.000 0.980 0.020
#> SRR1433232     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361652     3  0.4555      0.747 0.200 0.000 0.800
#> SRR1437119     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.6140      0.314 0.596 0.404 0.000
#> SRR1486762     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480854     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.4750      0.732 0.784 0.000 0.216
#> SRR1098567     3  0.1964      0.902 0.000 0.056 0.944
#> SRR1098712     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403005     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.4555      0.750 0.000 0.800 0.200
#> SRR1413541     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432085     3  0.5968      0.435 0.000 0.364 0.636
#> SRR1452468     3  0.0237      0.943 0.004 0.000 0.996
#> SRR1347060     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447962     3  0.4555      0.740 0.000 0.200 0.800
#> SRR1444324     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.6126      0.335 0.000 0.600 0.400
#> SRR1405331     1  0.0237      0.961 0.996 0.000 0.004
#> SRR1345609     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322840     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369196     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367920     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     3  0.3551      0.826 0.000 0.132 0.868
#> SRR1082173     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     1  0.1643      0.929 0.956 0.000 0.044
#> SRR1441159     1  0.0000      0.964 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.0000      0.969 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000      0.946 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.2704    0.84286 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.2081    0.88240 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR661589      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0469    0.94647 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1417809     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094457     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     3  0.4877    0.31382 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      4  0.4500    0.50579 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1344143     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.3266    0.79634 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613550      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820755      3  0.0336    0.96150 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      4  0.2647    0.84004 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR612263      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083311     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     3  0.2814    0.83068 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1452935     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.4866    0.36260 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1433555     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.3688    0.72871 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1435229     3  0.5000   -0.00319 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.2704    0.83952 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     4  0.2647    0.84004 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR813776      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808196      4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101085     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0469    0.94642 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1419539     3  0.1716    0.90723 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1359447     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613915      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430270     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661267      1  0.3486    0.76950 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR810665      2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.3975    0.69259 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     3  0.4888    0.30318 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.4888    0.32379 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      3  0.0921    0.94229 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.3801    0.71940 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.1302    0.92638 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1378885     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665357      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431781     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.4999    0.02896 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR1417632     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0188    0.95272 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377599     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.6400    0.56224 0.652 0.180 0.168 0.000
#> SRR663783      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     3  0.0336    0.96158 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0188    0.95253 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401468     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     4  0.2281    0.86988 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR819820      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.4331    0.60895 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR655206      2  0.2999    0.82305 0.000 0.864 0.004 0.132
#> SRR1387013     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813680      3  0.4843    0.30664 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.0469    0.96944 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1433410     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657949      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.1118    0.94620 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1444138     1  0.1118    0.92540 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0592    0.96572 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1091380     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467102     2  0.4454    0.55364 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445259     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408393     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     4  0.3610    0.73426 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1354931     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.4998    0.10378 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1309032     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.4643    0.50419 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR658754      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0188    0.94266 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337606     2  0.5728    0.39763 0.036 0.600 0.364 0.000
#> SRR659109      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396294     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.3219    0.79695 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR813584      4  0.4103    0.63100 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1069638     3  0.0188    0.96520 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR614864      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.1557    0.90826 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.4585    0.50233 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337010     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.4998    0.10529 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1465459     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093148     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.3610    0.74258 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR816475      4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      3  0.4916    0.26570 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663729      4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097013     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355172     3  0.0469    0.95755 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR655531      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     3  0.0336    0.96156 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452033     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0336    0.93961 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR808019      1  0.3610    0.75350 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.4304    0.62478 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1490721     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810643      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613639      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.3569    0.76135 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.4661    0.46478 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1394734     2  0.4907    0.31987 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1317771     1  0.0336    0.94961 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1365894     2  0.4843    0.35370 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1073581     1  0.1792    0.89735 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR659804      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.3486    0.75828 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1473529     4  0.0336    0.97314 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR660764      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336415     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.3569    0.74000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1309248     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809161      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.3688    0.73200 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1498931     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.4855    0.36875 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1078489     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.4843    0.37933 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR660224      2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0188    0.95272 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485722     1  0.0921    0.93300 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.4877    0.31382 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR817329      1  0.4304    0.62314 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.1118    0.92620 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR2164608     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.4948    0.21780 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1361652     3  0.3444    0.76347 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     4  0.2647    0.84004 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1486762     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405165     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.4697    0.47664 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.4804    0.35047 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1455038     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.4040    0.66086 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.4855    0.37275 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1413541     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475192     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.0592    0.93119 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     1  0.4961    0.20275 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.2345    0.85707 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1322840     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.94564 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.2408    0.86345 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000    0.95575 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000    0.98028 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0000    0.96879 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     5  0.4235     0.4391 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR1331708     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661589      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     5  0.3210     0.6752 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1417809     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818002      4  0.3966     0.4618 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     5  0.4161     0.4917 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613550      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1348402     5  0.4210     0.4617 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1345146     3  0.1121     0.9090 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820755      3  0.0324     0.9403 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      4  0.4287     0.2059 0.460 0.000 0.000 0.540 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421327     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     3  0.5006     0.6464 0.156 0.000 0.708 0.000 0.136
#> SRR1452935     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR615778      5  0.0162     0.7938 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1447564     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455195     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655182      1  0.0290     0.9525 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1335140     2  0.4210     0.3273 0.000 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.3636     0.6277 0.272 0.000 0.728 0.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.4430     0.2963 0.012 0.000 0.360 0.000 0.628
#> SRR1435229     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085996     5  0.0794     0.7869 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1414229     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613927      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473714     4  0.4283     0.2151 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR813776      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR808196      4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR665310      3  0.3366     0.6869 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.4497     0.0567 0.568 0.000 0.008 0.000 0.424
#> SRR1419539     3  0.0794     0.9214 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613915      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478228     5  0.4227     0.4469 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1445637     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608150      5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1096383     5  0.4306     0.2760 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     5  0.1270     0.7778 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948
#> SRR1326270     3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661267      5  0.6166     0.4922 0.272 0.000 0.180 0.000 0.548
#> SRR810665      2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420067     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473632     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR812536      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.1831     0.8621 0.920 0.000 0.076 0.000 0.004
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      5  0.4210     0.4617 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.4450     0.0186 0.508 0.000 0.488 0.000 0.004
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      5  0.4210     0.4617 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR660510      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      3  0.3171     0.7657 0.008 0.000 0.816 0.000 0.176
#> SRR2166459     1  0.0510     0.9451 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     5  0.0404     0.7925 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      5  0.4182     0.4256 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     5  0.4201     0.4682 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR654862      5  0.0898     0.7879 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.4242     0.2751 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665357      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.4294     0.2311 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1326579     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.4294     0.2089 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.0290     0.7919 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR663783      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.3999     0.4877 0.344 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     5  0.4210     0.4617 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658941      5  0.0162     0.7936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     5  0.2648     0.7231 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     4  0.3949     0.5204 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR819820      3  0.0404     0.9362 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337342     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655206      2  0.3098     0.8014 0.000 0.836 0.016 0.148 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     5  0.4283     0.3707 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR608198      5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813680      3  0.4030     0.4490 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657949      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.0510     0.9466 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1444138     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417342     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470193     4  0.0404     0.9502 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1091380     3  0.0404     0.9362 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099096     5  0.4219     0.4544 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1313583     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.4291     0.1309 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.4291     0.0212 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR1408393     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.3039     0.7334 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     4  0.4256     0.1828 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     3  0.4297     0.2192 0.000 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1387921     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0290     0.9524 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR812943      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.4273     0.2850 0.000 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.3837     0.5671 0.000 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.0703     0.9260 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476447     5  0.4210     0.4369 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     5  0.4294     0.3413 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR614419      5  0.2891     0.7077 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1322936     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1349121     5  0.4227     0.4469 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1430549     1  0.2773     0.7333 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR612935      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     5  0.4302    -0.0298 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468271     5  0.3983     0.5585 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660
#> SRR1332443     5  0.4201     0.4683 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR810295      2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.3837     0.5767 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1396294     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1489199     5  0.3944     0.6846 0.200 0.000 0.032 0.000 0.768
#> SRR813584      4  0.3395     0.6627 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1069638     3  0.3010     0.7681 0.004 0.000 0.824 0.000 0.172
#> SRR614864      5  0.1671     0.7497 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1433392     1  0.0703     0.9306 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319731     1  0.4101     0.2072 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1356468     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.0703     0.7886 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.4297     0.1407 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1465459     3  0.0404     0.9367 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     5  0.0162     0.7936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.3109     0.7434 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0290     0.9398 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.2813     0.7247 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663729      4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0609     0.9409 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR613675      5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     5  0.4201     0.4682 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1437622     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     3  0.3395     0.6662 0.236 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR655531      5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413329     5  0.4283     0.0941 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     5  0.4182     0.4804 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0162     0.9488 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR808019      5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479133     3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR615069      3  0.4210     0.3725 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.3586     0.5750 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1490721     4  0.2605     0.8058 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR810643      5  0.2179     0.7474 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1430333     5  0.3003     0.6396 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1085285     3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487340     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0162     0.9419 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1405525     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     5  0.4297     0.3310 0.472 0.000 0.000 0.000 0.528
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613639      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.1341     0.8910 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.1012     0.9262 0.968 0.000 0.020 0.000 0.012
#> SRR1394734     2  0.4249     0.2698 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1317771     5  0.4867     0.4006 0.432 0.000 0.024 0.000 0.544
#> SRR1365894     2  0.4171     0.3540 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1073581     5  0.5571     0.4868 0.348 0.000 0.084 0.000 0.568
#> SRR659804      1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.3003     0.7597 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1473529     4  0.0162     0.9575 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR660764      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499521     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333395     2  0.3143     0.7323 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1309248     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809161      3  0.0290     0.9398 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.3177     0.7323 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1498931     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     3  0.6728    -0.1353 0.336 0.000 0.404 0.000 0.260
#> SRR1078489     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      3  0.0290     0.9391 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477949     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     5  0.4306     0.2762 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR615946      3  0.0290     0.9398 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485722     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415316     1  0.4273     0.0548 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR613390      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0162     0.9423 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR817329      1  0.1478     0.8800 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0510     0.9451 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      1  0.0794     0.9264 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR2164608     3  0.0162     0.9418 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.1478     0.8772 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1361652     5  0.3508     0.5320 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1437119     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.3109     0.7404 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1310584     5  0.4283     0.3705 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1500216     4  0.4291     0.1935 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR1486762     3  0.0290     0.9398 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.3837     0.5795 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     5  0.6085     0.5263 0.216 0.000 0.212 0.000 0.572
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.4126     0.3544 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.1410     0.8913 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.4182     0.3577 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9554 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.4278     0.0488 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.0963     0.9160 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1413436     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311266     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429678     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     1  0.2179     0.8140 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380208     2  0.5779     0.5270 0.000 0.616 0.000 0.172 0.212
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0162     0.9556 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365291     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9522 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0162     0.9418 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1363968     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR814387      5  0.4294     0.3413 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR657599      5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.2233     0.8507 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> SRR1441159     5  0.0000     0.7957 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9610 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1331708     5  0.0146    0.91252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464258     6  0.0790    0.77604 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1454201     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661589      3  0.3050    0.68788 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1456229     6  0.2135    0.77127 0.128 0.000 0.000 0.000 0.000 0.872
#> SRR1315165     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.2234    0.79733 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124 0.000
#> SRR1417809     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1094457     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.4310    0.27680 0.580 0.000 0.024 0.000 0.000 0.396
#> SRR1315931     6  0.1327    0.77638 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1430066     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818002      4  0.3841    0.34704 0.000 0.380 0.000 0.616 0.000 0.004
#> SRR1344143     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.3446    0.56153 0.692 0.000 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1446627     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416248     1  0.1267    0.84383 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.2340    0.78134 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1375699     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.3288    0.62004 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR613550      6  0.3351    0.59749 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1348402     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1345146     3  0.1219    0.89820 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1324025     3  0.0363    0.93204 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1318879     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR820755      6  0.4284    0.21585 0.012 0.000 0.440 0.000 0.004 0.544
#> SRR1485830     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      6  0.2320    0.71370 0.004 0.000 0.000 0.132 0.000 0.864
#> SRR612263      6  0.2260    0.76466 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1415398     3  0.0790    0.92152 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1326205     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1421327     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079522     6  0.5592    0.59740 0.032 0.000 0.232 0.000 0.120 0.616
#> SRR1452935     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1379495     1  0.2378    0.77793 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1470459     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR661361      6  0.3151    0.61836 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR615778      5  0.0260    0.91072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1447564     1  0.2527    0.75879 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1455195     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.2697    0.72522 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1335140     2  0.3872    0.38571 0.000 0.604 0.000 0.392 0.000 0.004
#> SRR1433555     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308650     2  0.0363    0.92998 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1388354     1  0.0146    0.85384 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1479955     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR809853      6  0.3023    0.69334 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR661313      6  0.2798    0.75999 0.036 0.000 0.112 0.000 0.000 0.852
#> SRR1499935     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0937    0.91467 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1429408     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.2527    0.75935 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1362081     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409854     5  0.2932    0.78871 0.004 0.000 0.020 0.000 0.836 0.140
#> SRR1435229     5  0.0146    0.91252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1085996     5  0.2568    0.83041 0.056 0.000 0.000 0.000 0.876 0.068
#> SRR1414229     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.3515    0.52903 0.676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324
#> SRR613927      6  0.1814    0.77801 0.100 0.000 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1457854     1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473714     6  0.3217    0.62855 0.008 0.000 0.000 0.224 0.000 0.768
#> SRR813776      6  0.3371    0.58809 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR808196      4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1101085     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614395      6  0.1910    0.77622 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1478251     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0260    0.93474 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1362310     1  0.2340    0.78134 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR665310      6  0.3523    0.73652 0.040 0.000 0.180 0.000 0.000 0.780
#> SRR1420109     3  0.3789    0.20730 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1330920     6  0.3592    0.75932 0.116 0.000 0.008 0.000 0.068 0.808
#> SRR1419539     3  0.1138    0.91036 0.004 0.012 0.960 0.000 0.000 0.024
#> SRR1359447     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347259     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR613915      3  0.3869   -0.02410 0.000 0.000 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR1384395     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.1387    0.89351 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1478228     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1445637     1  0.0458    0.85213 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR608150      5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.1984    0.83042 0.912 0.000 0.000 0.000 0.032 0.056
#> SRR1341480     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341344     5  0.0603    0.90437 0.016 0.000 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR1326270     6  0.2664    0.70474 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1498838     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.0146    0.96957 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430270     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661267      1  0.2318    0.81036 0.892 0.000 0.064 0.000 0.044 0.000
#> SRR810665      2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407250     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420067     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.3838    0.18664 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR812536      3  0.0146    0.93598 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370850     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486195     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1407671     2  0.0692    0.92277 0.004 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1446375     1  0.5237    0.45213 0.608 0.000 0.172 0.000 0.000 0.220
#> SRR1465230     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1356101     2  0.3136    0.67877 0.000 0.768 0.228 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404209     1  0.1257    0.84283 0.952 0.000 0.020 0.000 0.000 0.028
#> SRR1392676     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.1075    0.84952 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR660510      3  0.1007    0.91164 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1445655     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      6  0.4765    0.60232 0.000 0.000 0.132 0.000 0.196 0.672
#> SRR2166459     1  0.0291    0.85412 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1070713     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1488610     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     5  0.1267    0.87907 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR1433926     6  0.3023    0.69334 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1091302     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      6  0.4983    0.36587 0.080 0.000 0.000 0.000 0.356 0.564
#> SRR1404909     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323577     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442422     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR654862      5  0.4238    0.67899 0.048 0.000 0.016 0.000 0.736 0.200
#> SRR1407112     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0790    0.92152 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1353199     6  0.3928    0.74164 0.080 0.000 0.160 0.000 0.000 0.760
#> SRR1378885     3  0.2003    0.85047 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR665357      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1501020     3  0.0790    0.92152 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1347819     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472576     4  0.0291    0.96714 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1431781     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.0551    0.90981 0.004 0.000 0.008 0.000 0.984 0.004
#> SRR1417632     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1458113     5  0.1219    0.88231 0.000 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1326579     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1096712     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0363    0.93204 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1083752     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.1141    0.90717 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1318354     5  0.3314    0.64702 0.000 0.000 0.256 0.000 0.740 0.004
#> SRR1359062     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.0146    0.91252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663783      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369070     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615659      6  0.3175    0.66032 0.256 0.000 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1337449     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316982     3  0.0146    0.93574 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498595     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377423     6  0.4780    0.41046 0.056 0.000 0.392 0.000 0.000 0.552
#> SRR1312310     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485613     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1338426     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353309     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR658941      5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101643     6  0.1444    0.77557 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1401468     1  0.2631    0.74496 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1368874     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1324085     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     6  0.3405    0.56439 0.004 0.000 0.000 0.272 0.000 0.724
#> SRR819820      3  0.0837    0.91993 0.020 0.000 0.972 0.000 0.004 0.004
#> SRR1337342     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.6251    0.38831 0.004 0.504 0.296 0.172 0.000 0.024
#> SRR1387013     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317410     1  0.1007    0.85033 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR608198      5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.1908    0.84526 0.000 0.900 0.096 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343741     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1381288     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1099622     2  0.0260    0.93474 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR663197      6  0.3789    0.24431 0.000 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1394836     2  0.0777    0.92201 0.004 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR661699      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813680      1  0.2994    0.66360 0.788 0.000 0.208 0.000 0.000 0.004
#> SRR1410678     1  0.1387    0.83241 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1378109     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     6  0.3023    0.69334 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1311486     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.0146    0.96949 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1433410     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660462      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR657949      3  0.1267    0.90106 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1308882     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      1  0.3371    0.60813 0.708 0.000 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1485870     4  0.1053    0.95321 0.004 0.012 0.000 0.964 0.000 0.020
#> SRR1444138     1  0.0291    0.85389 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1417342     1  0.2416    0.77601 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1470193     4  0.0922    0.95696 0.004 0.004 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR1091380     3  0.0436    0.93218 0.004 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004
#> SRR1099096     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1313583     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.1588    0.86511 0.000 0.072 0.924 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485416     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809963      6  0.1910    0.77622 0.108 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1072247     1  0.0632    0.84911 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1353710     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.3023    0.71574 0.000 0.000 0.212 0.000 0.784 0.004
#> SRR1408393     3  0.0458    0.93072 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1361522     6  0.3023    0.69334 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1368597     6  0.3765    0.34095 0.404 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596
#> SRR1309680     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1310542     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.2890    0.81862 0.004 0.128 0.000 0.844 0.000 0.024
#> SRR1354931     3  0.1267    0.89986 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1391856     2  0.0922    0.91976 0.004 0.968 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1446738     4  0.4407    0.32609 0.004 0.380 0.000 0.592 0.000 0.024
#> SRR1309032     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1388145     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432611     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR815869      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0146    0.93598 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375329     5  0.2772    0.75191 0.000 0.000 0.180 0.000 0.816 0.004
#> SRR1387921     1  0.0458    0.85129 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1466792     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360478     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360695     1  0.0146    0.85384 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812943      6  0.3023    0.69334 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1400910     5  0.2146    0.82365 0.000 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004
#> SRR1444203     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.3426    0.62931 0.000 0.720 0.000 0.276 0.000 0.004
#> SRR658754      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0260    0.96858 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1397366     6  0.3023    0.70543 0.004 0.000 0.212 0.000 0.000 0.784
#> SRR1446028     1  0.2003    0.80356 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1083918     2  0.0291    0.93338 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1337606     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR656946      6  0.3868    0.00629 0.496 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504
#> SRR1476102     5  0.2219    0.80852 0.136 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR1476447     1  0.4751    0.57602 0.624 0.000 0.000 0.000 0.300 0.076
#> SRR1342067     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0937    0.85117 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR614419      5  0.2520    0.78422 0.152 0.000 0.000 0.000 0.844 0.004
#> SRR1322936     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1430549     1  0.2070    0.81959 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR612935      3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661481      2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354117     2  0.3189    0.66804 0.000 0.760 0.236 0.000 0.000 0.004
#> SRR1393596     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1452164     1  0.3706    0.39593 0.620 0.000 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1070503     5  0.4557    0.53282 0.000 0.000 0.072 0.000 0.660 0.268
#> SRR1499894     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.1387    0.83919 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1332443     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR810295      2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662103      6  0.2597    0.73953 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1328620     3  0.3405    0.60785 0.000 0.000 0.724 0.000 0.272 0.004
#> SRR1396294     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1419917     6  0.3023    0.69334 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR662114      3  0.3747    0.39655 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1489199     1  0.4628    0.64544 0.704 0.000 0.016 0.000 0.208 0.072
#> SRR813584      4  0.3314    0.63127 0.000 0.256 0.000 0.740 0.000 0.004
#> SRR1069638     6  0.6163    0.26453 0.008 0.000 0.260 0.000 0.280 0.452
#> SRR614864      5  0.0547    0.90227 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1433392     6  0.2473    0.77264 0.136 0.000 0.008 0.000 0.000 0.856
#> SRR1377777     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2167710     1  0.3175    0.65120 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1401252     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.2697    0.74275 0.812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1418628     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486889     3  0.0363    0.93204 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1380393     1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319731     1  0.0632    0.85345 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1356468     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1337010     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486520     5  0.3766    0.63807 0.256 0.000 0.000 0.000 0.720 0.024
#> SRR1486538     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.3950    0.27360 0.000 0.564 0.000 0.432 0.000 0.004
#> SRR1465459     6  0.3189    0.66920 0.004 0.000 0.236 0.000 0.000 0.760
#> SRR1080270     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     5  0.0146    0.91252 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467080     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.2902    0.74751 0.000 0.800 0.000 0.196 0.000 0.004
#> SRR816475      4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      6  0.3490    0.63970 0.008 0.000 0.268 0.000 0.000 0.724
#> SRR1452246     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1338836     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369129     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.2527    0.78729 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR813824      3  0.3857    0.17435 0.000 0.000 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1082376     6  0.2300    0.76717 0.144 0.000 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1500891     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807543      6  0.2266    0.78032 0.108 0.000 0.012 0.000 0.000 0.880
#> SRR1091572     6  0.1714    0.77899 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1346689     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332424     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663729      4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1097013     1  0.0146    0.85384 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR613675      5  0.0146    0.91242 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485357     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1437622     4  0.0291    0.96714 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1355172     1  0.2793    0.67599 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR655531      5  0.0865    0.89588 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1338147     3  0.0547    0.92768 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1413329     3  0.4908    0.55040 0.124 0.000 0.664 0.000 0.208 0.004
#> SRR1485931     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.1141    0.84823 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1333308     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1452033     1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467316     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR663440      3  0.3727    0.36912 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1471755     2  0.0291    0.93338 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR808019      5  0.2912    0.71389 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR1479133     6  0.3126    0.62422 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR615069      5  0.1341    0.88877 0.000 0.000 0.024 0.000 0.948 0.028
#> SRR1456185     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350069     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR816316      6  0.0865    0.77646 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR664795      1  0.2679    0.77611 0.864 0.000 0.096 0.000 0.000 0.040
#> SRR1490721     4  0.4004    0.40670 0.000 0.000 0.000 0.620 0.368 0.012
#> SRR810643      1  0.2664    0.73825 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1430333     5  0.0935    0.89308 0.000 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1085285     3  0.3244    0.66996 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1099072     6  0.3409    0.58384 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR1317985     1  0.3409    0.57031 0.700 0.000 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1487340     1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420276     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405525     5  0.1007    0.88704 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1370329     6  0.3266    0.58449 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1465001     1  0.0937    0.85117 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1476525     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819610      2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR2157314     1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409465     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR809987      4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR613639      6  0.0790    0.77604 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1402285     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     6  0.2633    0.78187 0.104 0.000 0.032 0.000 0.000 0.864
#> SRR1405660     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     6  0.4319    0.70241 0.196 0.000 0.040 0.000 0.028 0.736
#> SRR1394734     2  0.3890    0.36422 0.000 0.596 0.000 0.400 0.000 0.004
#> SRR1317771     1  0.2138    0.83087 0.908 0.000 0.004 0.000 0.036 0.052
#> SRR1365894     2  0.4159    0.32910 0.000 0.588 0.000 0.396 0.000 0.016
#> SRR1073581     1  0.1863    0.83115 0.920 0.000 0.036 0.000 0.044 0.000
#> SRR659804      1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345914     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.2838    0.75649 0.000 0.808 0.000 0.188 0.000 0.004
#> SRR1473529     4  0.0260    0.96629 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR660764      3  0.3428    0.59322 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR820448      6  0.0865    0.77646 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1328845     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1336415     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     5  0.3464    0.54727 0.312 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR1499521     1  0.3737    0.37103 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR1440898     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347459     3  0.0937    0.91457 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1081209     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333395     2  0.3705    0.66317 0.004 0.740 0.000 0.236 0.000 0.020
#> SRR1309248     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR809161      6  0.3592    0.49128 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1316320     2  0.1806    0.85635 0.000 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004
#> SRR1432629     2  0.2964    0.73912 0.000 0.792 0.000 0.204 0.000 0.004
#> SRR1498931     1  0.2260    0.78349 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1416578     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1405547     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.2933    0.67365 0.796 0.000 0.200 0.000 0.000 0.004
#> SRR1078489     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332648     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      3  0.0603    0.92604 0.000 0.000 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1470420     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1475566     1  0.0458    0.85129 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1477949     1  0.0260    0.85290 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481419     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1464766     1  0.0865    0.85183 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR615946      6  0.2135    0.74407 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR1446481     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1467656     2  0.0260    0.93474 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1402962     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      6  0.2854    0.72166 0.208 0.000 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1347166     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485722     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.5209    0.26618 0.492 0.000 0.000 0.000 0.416 0.092
#> SRR613390      6  0.2416    0.75887 0.156 0.000 0.000 0.000 0.000 0.844
#> SRR661108      3  0.2883    0.74960 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR2170173     1  0.4310    0.27680 0.580 0.000 0.024 0.000 0.000 0.396
#> SRR817329      6  0.2696    0.78039 0.116 0.000 0.028 0.000 0.000 0.856
#> SRR1401990     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1467745     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415637     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      6  0.2092    0.77216 0.124 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1314873     6  0.3023    0.69334 0.232 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1401211     1  0.0146    0.85384 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      6  0.1528    0.77719 0.048 0.000 0.016 0.000 0.000 0.936
#> SRR2164608     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455586     2  0.2442    0.78984 0.000 0.852 0.144 0.000 0.000 0.004
#> SRR819459      3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.93503 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0146    0.93510 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1385501     6  0.1714    0.77887 0.092 0.000 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1361652     5  0.1411    0.87462 0.000 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1437119     1  0.2454    0.77111 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1478547     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.3619    0.52139 0.000 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR1310584     1  0.1075    0.84949 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1500216     6  0.2278    0.71669 0.004 0.000 0.000 0.128 0.000 0.868
#> SRR1486762     3  0.3081    0.70172 0.004 0.000 0.776 0.000 0.000 0.220
#> SRR1480854     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405165     5  0.3864    0.09817 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1433004     6  0.2969    0.70164 0.224 0.000 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1471477     1  0.3522    0.69778 0.784 0.000 0.172 0.000 0.044 0.000
#> SRR1098567     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1098712     4  0.4230    0.47105 0.004 0.324 0.000 0.648 0.000 0.024
#> SRR1455038     6  0.1007    0.77720 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1375248     3  0.0508    0.92749 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403005     3  0.1765    0.87024 0.000 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1348378     2  0.3890    0.36639 0.000 0.596 0.000 0.400 0.000 0.004
#> SRR1413541     6  0.2912    0.71800 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1392943     4  0.0692    0.96156 0.004 0.000 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1475192     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452468     5  0.1753    0.85397 0.000 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1347060     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.2278    0.81055 0.000 0.868 0.128 0.000 0.000 0.004
#> SRR1447962     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444324     2  0.1531    0.87477 0.000 0.928 0.068 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415004     1  0.0363    0.85218 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413436     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311266     5  0.0260    0.91074 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.2454    0.77111 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1429678     1  0.1444    0.82778 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1469413     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405331     6  0.1594    0.77852 0.052 0.000 0.016 0.000 0.000 0.932
#> SRR1345609     1  0.1863    0.81037 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1380208     5  0.4603    0.45708 0.004 0.332 0.000 0.016 0.628 0.020
#> SRR1322840     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1315081     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0146    0.85332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365291     3  0.2092    0.84248 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1367920     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0146    0.93435 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1082173     3  0.0146    0.93619 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1363968     1  0.3765    0.33740 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000
#> SRR814387      1  0.0937    0.85117 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR657599      5  0.3416    0.78130 0.140 0.000 0.000 0.000 0.804 0.056
#> SRR1386689     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0790    0.92068 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1453811     6  0.2218    0.75265 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012 0.884
#> SRR1441159     5  0.0000    0.91369 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000    0.97173 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.93735 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.1814    0.86654 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:pam

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.721           0.896       0.950         0.4401 0.547   0.547
#> 3 3 0.613           0.819       0.902         0.2635 0.892   0.808
#> 4 4 0.758           0.815       0.916         0.2968 0.766   0.520
#> 5 5 0.835           0.837       0.916         0.0995 0.868   0.566
#> 6 6 0.833           0.803       0.906         0.0277 0.959   0.811

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.5059     0.8496 0.888 0.112
#> SRR1094457     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1430066     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1431037     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1395554     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.7950     0.7588 0.240 0.760
#> SRR1486845     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1456138     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1429846     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.9248     0.4126 0.660 0.340
#> SRR612263      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.5842     0.8290 0.140 0.860
#> SRR1421327     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1083311     1  0.0938     0.9584 0.988 0.012
#> SRR1499303     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR661361      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0672     0.9619 0.992 0.008
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0672     0.9013 0.008 0.992
#> SRR1433555     1  0.1843     0.9432 0.972 0.028
#> SRR1308650     2  0.8386     0.7193 0.268 0.732
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1317446     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1413602     1  0.1414     0.9510 0.980 0.020
#> SRR1479955     2  0.4022     0.8807 0.080 0.920
#> SRR809853      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR661313      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1499935     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1447303     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1409854     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1414229     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1400974     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.9944     0.0836 0.544 0.456
#> SRR813776      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR808196      1  0.7674     0.6768 0.776 0.224
#> SRR1101085     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1478251     2  0.2423     0.8891 0.040 0.960
#> SRR1370551     2  0.5629     0.8569 0.132 0.868
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1419539     1  0.6343     0.7849 0.840 0.160
#> SRR1359447     1  0.6531     0.7732 0.832 0.168
#> SRR1347259     2  0.8713     0.6820 0.292 0.708
#> SRR613915      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1384395     1  0.5059     0.8490 0.888 0.112
#> SRR821715      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.2603     0.9275 0.956 0.044
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1416313     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR808566      2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1430270     2  0.9170     0.5558 0.332 0.668
#> SRR1367825     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR613533      1  0.2236     0.9351 0.964 0.036
#> SRR661267      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1407250     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR812536      1  0.8813     0.5300 0.700 0.300
#> SRR1370850     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR1486195     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1407671     2  0.7376     0.7975 0.208 0.792
#> SRR1446375     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1465230     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.8909     0.6550 0.308 0.692
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR665538      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR660510      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1445655     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.0672     0.9619 0.992 0.008
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.5629     0.8569 0.132 0.868
#> SRR1485312     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.8267     0.6903 0.260 0.740
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1330588     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.1184     0.9009 0.016 0.984
#> SRR1442422     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.4939     0.8494 0.108 0.892
#> SRR1332969     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR665357      1  0.0376     0.9653 0.996 0.004
#> SRR662186      2  0.7219     0.8062 0.200 0.800
#> SRR1501020     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1347819     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR1472576     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1431781     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1452270     1  0.3733     0.8972 0.928 0.072
#> SRR1500472     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1417632     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.1184     0.9009 0.016 0.984
#> SRR1458113     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1096712     1  0.1843     0.9435 0.972 0.028
#> SRR1090407     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1377599     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1488449     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1318354     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1359062     1  0.0672     0.9619 0.992 0.008
#> SRR1398924     1  0.8207     0.6147 0.744 0.256
#> SRR663783      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1319204     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR615659      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1316982     2  0.9686     0.4701 0.396 0.604
#> SRR1498595     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1377423     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1338426     1  0.5178     0.8441 0.884 0.116
#> SRR1353309     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1324085     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1363858     2  0.9881     0.3135 0.436 0.564
#> SRR819820      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR655206      1  0.9732     0.2223 0.596 0.404
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.7453     0.7926 0.212 0.788
#> SRR1343741     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR1381288     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1415379     2  0.9896     0.2831 0.440 0.560
#> SRR1099622     2  0.1184     0.9009 0.016 0.984
#> SRR663197      1  0.9248     0.4256 0.660 0.340
#> SRR1394836     2  0.9850     0.3848 0.428 0.572
#> SRR661699      1  0.4939     0.8540 0.892 0.108
#> SRR813680      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.2236     0.8909 0.036 0.964
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1382851     2  0.0672     0.9013 0.008 0.992
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR661167      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1432518     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR660462      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1374608     1  0.9044     0.4809 0.680 0.320
#> SRR657949      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1308882     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.9044     0.6340 0.320 0.680
#> SRR1444138     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.9635     0.2882 0.612 0.388
#> SRR1091380     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.9970     0.0565 0.532 0.468
#> SRR1467102     2  0.9209     0.6027 0.336 0.664
#> SRR1485416     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR818821      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR1310542     1  0.4939     0.8540 0.892 0.108
#> SRR1333485     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1406437     1  0.9286     0.4051 0.656 0.344
#> SRR1354931     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.7883     0.7634 0.236 0.764
#> SRR1446738     2  0.2043     0.8973 0.032 0.968
#> SRR1309032     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1388145     2  0.1414     0.9002 0.020 0.980
#> SRR1432611     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR815869      1  0.5629     0.8240 0.868 0.132
#> SRR613150      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1360478     2  0.1184     0.9009 0.016 0.984
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1400910     1  0.3274     0.9107 0.940 0.060
#> SRR1444203     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR658754      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1397366     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1337606     1  0.4022     0.8886 0.920 0.080
#> SRR659109      1  0.0672     0.9619 0.992 0.008
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1385389     2  0.3584     0.8759 0.068 0.932
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.2948     0.9192 0.948 0.052
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR612935      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.9460     0.5449 0.364 0.636
#> SRR1393596     2  0.1184     0.9010 0.016 0.984
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1499894     1  0.0376     0.9653 0.996 0.004
#> SRR1082883     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR662103      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1328620     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1396294     1  0.9286     0.4076 0.656 0.344
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR662114      1  0.7815     0.6686 0.768 0.232
#> SRR1489199     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1069638     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR614864      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1401252     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1309963     2  0.2778     0.8854 0.048 0.952
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.1414     0.9002 0.020 0.980
#> SRR1486889     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.6438     0.7747 0.836 0.164
#> SRR1337010     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1340486     2  0.4815     0.8520 0.104 0.896
#> SRR1377696     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1465459     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1080270     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1312501     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0938     0.9583 0.988 0.012
#> SRR1467080     1  0.1633     0.9473 0.976 0.024
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR816475      2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1379198     2  0.4298     0.8642 0.088 0.912
#> SRR613342      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR1338836     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR1369129     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1396616     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR813824      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR663729      2  0.6148     0.8459 0.152 0.848
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.9129     0.4604 0.672 0.328
#> SRR1485357     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR655816      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1355172     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.9323     0.3955 0.652 0.348
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR809018      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.1184     0.9009 0.016 0.984
#> SRR663440      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.8813     0.5286 0.700 0.300
#> SRR1456185     2  0.6343     0.8413 0.160 0.840
#> SRR1350069     2  0.9993     0.1359 0.484 0.516
#> SRR816316      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1490721     2  0.2778     0.8926 0.048 0.952
#> SRR810643      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1099072     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1420276     1  0.9732     0.2325 0.596 0.404
#> SRR1351347     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0376     0.9011 0.004 0.996
#> SRR819610      2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.1184     0.9009 0.016 0.984
#> SRR809987      1  0.0672     0.9617 0.992 0.008
#> SRR613639      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1402285     2  0.9170     0.5548 0.332 0.668
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1405660     1  0.0672     0.9622 0.992 0.008
#> SRR1095455     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.7056     0.8142 0.192 0.808
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR660764      1  0.2603     0.9277 0.956 0.044
#> SRR820448      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.0672     0.9616 0.992 0.008
#> SRR1336415     2  0.0376     0.9004 0.004 0.996
#> SRR1379065     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1459190     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.3274     0.8883 0.060 0.940
#> SRR1347459     1  0.5178     0.8442 0.884 0.116
#> SRR1081209     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.8955     0.4996 0.688 0.312
#> SRR1309248     2  0.2778     0.8930 0.048 0.952
#> SRR809161      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.8763     0.6756 0.296 0.704
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.8267     0.6845 0.260 0.740
#> SRR1405547     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1470534     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1309160     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR663489      1  0.5178     0.8440 0.884 0.116
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1078489     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1332648     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR660614      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.1414     0.9002 0.020 0.980
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR615946      1  0.3584     0.9017 0.932 0.068
#> SRR1446481     2  0.0938     0.9013 0.012 0.988
#> SRR1467656     2  0.1633     0.8993 0.024 0.976
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR665586      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR661108      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.9209     0.5461 0.336 0.664
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR813137      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.7219     0.8055 0.200 0.800
#> SRR819459      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.1633     0.9470 0.976 0.024
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1478547     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.2423     0.9310 0.960 0.040
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.6801     0.7549 0.820 0.180
#> SRR1486762     1  0.0938     0.9584 0.988 0.012
#> SRR1480854     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1489394     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1418085     2  0.2778     0.8854 0.048 0.952
#> SRR1340221     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1473058     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1405165     1  0.5294     0.8388 0.880 0.120
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1098712     2  0.9909     0.3461 0.444 0.556
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.8386     0.7193 0.268 0.732
#> SRR1403005     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.9993    -0.1072 0.516 0.484
#> SRR1475192     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1347060     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.8443     0.7145 0.272 0.728
#> SRR1447962     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1444324     2  0.7883     0.7635 0.236 0.764
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.0938     0.8991 0.012 0.988
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.6531     0.8367 0.168 0.832
#> SRR1405331     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.7950     0.7583 0.240 0.760
#> SRR1322840     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1399797     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1416654     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1315081     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1369196     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1366648     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.7453     0.7922 0.212 0.788
#> SRR1082173     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0376     0.9653 0.996 0.004
#> SRR1386689     2  0.1843     0.8941 0.028 0.972
#> SRR1395575     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.0000     0.9009 0.000 1.000
#> SRR1468722     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0000     0.9686 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0237     0.8739 0.996 0.004 0.000
#> SRR1331708     1  0.1031     0.8752 0.976 0.024 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.3412     0.8598 0.876 0.124 0.000
#> SRR661589      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1456229     1  0.0747     0.8750 0.984 0.016 0.000
#> SRR1315165     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0747     0.8667 0.984 0.016 0.000
#> SRR1094457     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.3879     0.8512 0.848 0.152 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1431037     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1395554     1  0.5760     0.6731 0.672 0.328 0.000
#> SRR818002      3  0.5785     0.4830 0.000 0.332 0.668
#> SRR1344143     2  0.2959     0.8114 0.100 0.900 0.000
#> SRR1486845     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0892     0.8752 0.980 0.020 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.1015     0.8868 0.012 0.980 0.008
#> SRR1416248     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.3752     0.7593 0.144 0.856 0.000
#> SRR1429846     1  0.4121     0.8458 0.832 0.168 0.000
#> SRR613550      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.2959     0.8662 0.900 0.100 0.000
#> SRR1324025     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1318879     1  0.5926     0.6259 0.644 0.356 0.000
#> SRR820755      1  0.3551     0.8585 0.868 0.132 0.000
#> SRR1485830     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.0424     0.8700 0.992 0.000 0.008
#> SRR612263      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1415398     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1326205     3  0.0661     0.9378 0.004 0.008 0.988
#> SRR1421327     3  0.1031     0.9265 0.000 0.024 0.976
#> SRR1083311     1  0.6168     0.5183 0.588 0.412 0.000
#> SRR1499303     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.2796     0.8668 0.908 0.092 0.000
#> SRR1452935     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR615778      1  0.1163     0.8752 0.972 0.028 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.3267     0.7779 0.000 0.884 0.116
#> SRR1433555     1  0.4504     0.8310 0.804 0.196 0.000
#> SRR1308650     2  0.3116     0.7880 0.108 0.892 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     1  0.4702     0.8166 0.788 0.212 0.000
#> SRR1413602     1  0.6307     0.3170 0.512 0.488 0.000
#> SRR1479955     2  0.1170     0.8845 0.016 0.976 0.008
#> SRR809853      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1499935     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1429408     3  0.4654     0.7153 0.000 0.208 0.792
#> SRR1433950     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.3686     0.8561 0.860 0.140 0.000
#> SRR1435229     1  0.1964     0.8741 0.944 0.056 0.000
#> SRR1085996     1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1414229     1  0.4399     0.8358 0.812 0.188 0.000
#> SRR1400974     1  0.5016     0.7890 0.760 0.240 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.1031     0.8752 0.976 0.024 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.2625     0.8122 0.916 0.000 0.084
#> SRR813776      1  0.3038     0.8652 0.896 0.104 0.000
#> SRR808196      3  0.5585     0.6469 0.204 0.024 0.772
#> SRR1101085     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.1031     0.8752 0.976 0.024 0.000
#> SRR1478251     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      1  0.3941     0.8503 0.844 0.156 0.000
#> SRR1420109     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1330920     1  0.3482     0.8596 0.872 0.128 0.000
#> SRR1419539     2  0.2878     0.8057 0.096 0.904 0.000
#> SRR1359447     1  0.6260     0.4350 0.552 0.448 0.000
#> SRR1347259     1  0.6703     0.5443 0.692 0.268 0.040
#> SRR613915      1  0.4121     0.8458 0.832 0.168 0.000
#> SRR1384395     2  0.6168     0.0520 0.412 0.588 0.000
#> SRR821715      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.2537     0.8692 0.920 0.080 0.000
#> SRR608150      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.4178     0.8442 0.828 0.172 0.000
#> SRR1498838     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1416313     1  0.4842     0.8060 0.776 0.224 0.000
#> SRR808566      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430270     3  0.0237     0.9412 0.004 0.000 0.996
#> SRR1367825     1  0.5859     0.6466 0.656 0.344 0.000
#> SRR613533      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR661267      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.2796     0.8671 0.908 0.092 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1370850     2  0.3043     0.8253 0.084 0.908 0.008
#> SRR1486195     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.4178     0.7248 0.172 0.828 0.000
#> SRR1446375     1  0.1289     0.8755 0.968 0.032 0.000
#> SRR1465230     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.1289     0.8749 0.968 0.032 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR660510      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1445655     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.1411     0.8749 0.964 0.036 0.000
#> SRR2166459     1  0.1529     0.8752 0.960 0.040 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1317631     3  0.0848     0.9348 0.008 0.008 0.984
#> SRR1488610     1  0.0237     0.8739 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330588     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1316367     1  0.0237     0.8740 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1404909     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1442422     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.1860     0.8739 0.948 0.052 0.000
#> SRR1407112     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1353199     1  0.4178     0.8442 0.828 0.172 0.000
#> SRR1378885     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR665357      2  0.6299    -0.2096 0.476 0.524 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     1  0.4121     0.8458 0.832 0.168 0.000
#> SRR1347819     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1480813     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472576     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431781     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     1  0.5948     0.6187 0.640 0.360 0.000
#> SRR1500472     1  0.1529     0.8752 0.960 0.040 0.000
#> SRR1417632     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1458113     1  0.6192     0.4992 0.580 0.420 0.000
#> SRR1326579     1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1349363     2  0.1163     0.8818 0.028 0.972 0.000
#> SRR1096712     1  0.6180     0.5081 0.584 0.416 0.000
#> SRR1090407     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1083752     3  0.4750     0.6866 0.000 0.216 0.784
#> SRR1377599     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1318354     1  0.5138     0.7783 0.748 0.252 0.000
#> SRR1359062     1  0.6126     0.5443 0.600 0.400 0.000
#> SRR1398924     1  0.4399     0.8341 0.812 0.188 0.000
#> SRR663783      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1319204     1  0.6280     0.3920 0.540 0.460 0.000
#> SRR1369070     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR615659      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0424     0.8885 0.008 0.992 0.000
#> SRR1498595     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     1  0.6274     0.4105 0.544 0.456 0.000
#> SRR1353309     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR658941      1  0.4654     0.8122 0.792 0.208 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     1  0.2261     0.8291 0.932 0.000 0.068
#> SRR819820      1  0.3752     0.8519 0.856 0.144 0.000
#> SRR1337342     1  0.3192     0.8631 0.888 0.112 0.000
#> SRR655206      2  0.3038     0.8027 0.104 0.896 0.000
#> SRR1387013     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1317410     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1381288     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     3  0.0424     0.9378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1099622     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR663197      1  0.4887     0.8049 0.772 0.228 0.000
#> SRR1394836     2  0.0237     0.8928 0.004 0.996 0.000
#> SRR661699      1  0.6215     0.4810 0.572 0.428 0.000
#> SRR813680      1  0.0892     0.8752 0.980 0.020 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0592     0.8749 0.988 0.012 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3692     0.8160 0.056 0.896 0.048
#> SRR1433410     1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR661167      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1432518     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR660462      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1374608     1  0.9496     0.0845 0.492 0.232 0.276
#> SRR657949      1  0.3941     0.8503 0.844 0.156 0.000
#> SRR1308882     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.5650     0.6133 0.312 0.688 0.000
#> SRR1444138     1  0.0237     0.8743 0.996 0.004 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.6286     0.1612 0.536 0.464 0.000
#> SRR1091380     1  0.4887     0.8057 0.772 0.228 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     3  0.0424     0.9378 0.008 0.000 0.992
#> SRR1467102     2  0.1031     0.8756 0.024 0.976 0.000
#> SRR1485416     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR809963      1  0.0592     0.8749 0.988 0.012 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     3  0.1411     0.9156 0.000 0.036 0.964
#> SRR1445259     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1408393     1  0.3879     0.8519 0.848 0.152 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0892     0.8752 0.980 0.020 0.000
#> SRR1309680     2  0.0848     0.8891 0.008 0.984 0.008
#> SRR1310542     2  0.6192     0.0176 0.420 0.580 0.000
#> SRR1333485     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     2  0.5138     0.6804 0.252 0.748 0.000
#> SRR1354931     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1391856     2  0.3551     0.7595 0.132 0.868 0.000
#> SRR1446738     2  0.2625     0.8278 0.084 0.916 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1432611     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      1  0.6295     0.3692 0.528 0.472 0.000
#> SRR613150      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1375329     1  0.4291     0.8415 0.820 0.180 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1360695     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0592     0.8749 0.988 0.012 0.000
#> SRR1400910     1  0.6026     0.5903 0.624 0.376 0.000
#> SRR1444203     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.3267     0.7793 0.000 0.884 0.116
#> SRR658754      1  0.6045     0.5871 0.620 0.380 0.000
#> SRR1429603     3  0.4605     0.7119 0.000 0.204 0.796
#> SRR1397366     1  0.4121     0.8461 0.832 0.168 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.3116     0.7890 0.000 0.892 0.108
#> SRR1337606     1  0.6026     0.5798 0.624 0.376 0.000
#> SRR659109      1  0.5397     0.7432 0.720 0.280 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0892     0.8753 0.980 0.020 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0237     0.8739 0.996 0.004 0.000
#> SRR1349121     1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      1  0.4605     0.8247 0.796 0.204 0.000
#> SRR661481      2  0.2297     0.8600 0.036 0.944 0.020
#> SRR1354117     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393596     2  0.7138     0.5792 0.312 0.644 0.044
#> SRR1452164     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1499894     1  0.4931     0.7983 0.768 0.232 0.000
#> SRR1082883     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     1  0.5138     0.7809 0.748 0.252 0.000
#> SRR1396294     2  0.8675     0.1774 0.108 0.504 0.388
#> SRR1419917     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      1  0.6235     0.4629 0.564 0.436 0.000
#> SRR1489199     1  0.1411     0.8758 0.964 0.036 0.000
#> SRR813584      2  0.4235     0.6843 0.000 0.824 0.176
#> SRR1069638     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR614864      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1433392     1  0.1860     0.8738 0.948 0.052 0.000
#> SRR1377777     2  0.3043     0.8233 0.084 0.908 0.008
#> SRR2167710     1  0.1031     0.8752 0.976 0.024 0.000
#> SRR1401252     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1486889     1  0.2878     0.8671 0.904 0.096 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.8771     0.0817 0.544 0.324 0.132
#> SRR1337010     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.4676     0.7745 0.112 0.848 0.040
#> SRR1465459     1  0.3686     0.8561 0.860 0.140 0.000
#> SRR1080270     1  0.4796     0.8090 0.780 0.220 0.000
#> SRR1312501     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1093148     1  0.5882     0.5015 0.652 0.348 0.000
#> SRR1467080     1  0.6215     0.4833 0.572 0.428 0.000
#> SRR1410866     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR816475      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1452246     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1338836     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1369129     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR813824      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1082376     1  0.0892     0.8758 0.980 0.020 0.000
#> SRR1500891     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1091572     1  0.2625     0.8676 0.916 0.084 0.000
#> SRR1346689     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      3  0.8924     0.4234 0.268 0.172 0.560
#> SRR1097013     1  0.1964     0.8723 0.944 0.056 0.000
#> SRR613675      1  0.0237     0.8739 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485357     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      1  0.4121     0.8458 0.832 0.168 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     3  0.2261     0.8808 0.000 0.068 0.932
#> SRR1355172     1  0.2796     0.8673 0.908 0.092 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1413329     1  0.1289     0.8749 0.968 0.032 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.9864    -0.1907 0.416 0.288 0.296
#> SRR1452033     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0892     0.8847 0.020 0.980 0.000
#> SRR809018      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1375351     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR663440      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1471755     2  0.4235     0.6843 0.000 0.824 0.176
#> SRR808019      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR1479133     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR615069      1  0.6267     0.4226 0.548 0.452 0.000
#> SRR1456185     2  0.3752     0.7405 0.144 0.856 0.000
#> SRR1350069     3  0.4848     0.7551 0.128 0.036 0.836
#> SRR816316      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0892     0.8752 0.980 0.020 0.000
#> SRR1490721     2  0.6521     0.6423 0.248 0.712 0.040
#> SRR810643      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.3038     0.8666 0.896 0.104 0.000
#> SRR1085285     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1099072     1  0.3941     0.8508 0.844 0.156 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.5988     0.2227 0.368 0.632 0.000
#> SRR1351347     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0237     0.8718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1465001     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR819610      2  0.4164     0.7545 0.144 0.848 0.008
#> SRR2157314     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR809987      3  0.6305     0.1149 0.484 0.000 0.516
#> SRR613639      1  0.1163     0.8752 0.972 0.028 0.000
#> SRR1402285     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.0892     0.8752 0.980 0.020 0.000
#> SRR1405660     1  0.6095     0.5598 0.608 0.392 0.000
#> SRR1095455     1  0.4121     0.8445 0.832 0.168 0.000
#> SRR1394734     3  0.6307     0.0524 0.000 0.488 0.512
#> SRR1317771     1  0.0747     0.8750 0.984 0.016 0.000
#> SRR1365894     2  0.3879     0.7559 0.152 0.848 0.000
#> SRR1073581     1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1473529     3  0.5397     0.5809 0.000 0.280 0.720
#> SRR660764      1  0.4399     0.8357 0.812 0.188 0.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     3  0.8213     0.3434 0.344 0.088 0.568
#> SRR1336415     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0237     0.8928 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347459     1  0.4291     0.8403 0.820 0.180 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.5327     0.6201 0.728 0.272 0.000
#> SRR1309248     2  0.5623     0.6461 0.280 0.716 0.004
#> SRR809161      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1316320     2  0.4291     0.7605 0.180 0.820 0.000
#> SRR1432629     2  0.1411     0.8744 0.000 0.964 0.036
#> SRR1498931     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     3  0.0237     0.9412 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405547     1  0.5621     0.7026 0.692 0.308 0.000
#> SRR1470534     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR663489      1  0.6192     0.4991 0.580 0.420 0.000
#> SRR1500450     1  0.0237     0.8741 0.996 0.004 0.000
#> SRR1078489     1  0.5968     0.6124 0.636 0.364 0.000
#> SRR1332648     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      1  0.6291     0.3805 0.532 0.468 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1464766     1  0.0237     0.8741 0.996 0.004 0.000
#> SRR615946      1  0.4452     0.8326 0.808 0.192 0.000
#> SRR1446481     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467656     2  0.0237     0.8929 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402962     1  0.2537     0.8690 0.920 0.080 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0892     0.8752 0.980 0.020 0.000
#> SRR1347166     1  0.1289     0.8749 0.968 0.032 0.000
#> SRR1485722     1  0.2537     0.8698 0.920 0.080 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0424     0.8742 0.992 0.008 0.000
#> SRR661108      1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR2170173     1  0.3619     0.8566 0.864 0.136 0.000
#> SRR817329      1  0.1289     0.8749 0.968 0.032 0.000
#> SRR1401990     3  0.0237     0.9412 0.004 0.000 0.996
#> SRR1467745     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.2066     0.8469 0.000 0.940 0.060
#> SRR1415637     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0592     0.8749 0.988 0.012 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.2625     0.8683 0.916 0.084 0.000
#> SRR2164608     1  0.3038     0.8652 0.896 0.104 0.000
#> SRR1455586     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      1  0.4887     0.8049 0.772 0.228 0.000
#> SRR1488939     2  0.0892     0.8844 0.020 0.980 0.000
#> SRR1433232     2  0.0424     0.8917 0.000 0.992 0.008
#> SRR1385501     1  0.1529     0.8748 0.960 0.040 0.000
#> SRR1361652     1  0.5363     0.7495 0.724 0.276 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1430910     1  0.6154     0.5277 0.592 0.408 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0237     0.8718 0.996 0.000 0.004
#> SRR1486762     1  0.4504     0.8294 0.804 0.196 0.000
#> SRR1480854     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     3  0.0747     0.9316 0.000 0.016 0.984
#> SRR1405165     2  0.6309    -0.2886 0.500 0.500 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.4974     0.6874 0.236 0.764 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1348378     2  0.5656     0.6042 0.008 0.728 0.264
#> SRR1413541     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.8501     0.0317 0.532 0.368 0.100
#> SRR1475192     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.1411     0.8750 0.964 0.036 0.000
#> SRR1347060     1  0.6008     0.5983 0.628 0.372 0.000
#> SRR1414139     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405331     1  0.3619     0.8573 0.864 0.136 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.4178     0.7278 0.172 0.828 0.000
#> SRR1322840     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     1  0.4796     0.8118 0.780 0.220 0.000
#> SRR1416654     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1315081     1  0.6295     0.3695 0.528 0.472 0.000
#> SRR1369196     1  0.5706     0.6850 0.680 0.320 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1367920     3  0.0424     0.9375 0.008 0.000 0.992
#> SRR1366648     1  0.5926     0.6264 0.644 0.356 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.8937 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1453811     1  0.3192     0.8631 0.888 0.112 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.8733 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000
#> SRR1310275     1  0.4235     0.8424 0.824 0.176 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.2530     0.8235 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1331708     1  0.4981     0.0264 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     3  0.4916     0.2124 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR661589      3  0.2973     0.8305 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1456229     1  0.3942     0.6531 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.1584     0.8698 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.4933     0.1354 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.5000     0.0203 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     3  0.4855     0.4092 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.2647     0.8465 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR613550      3  0.2868     0.8366 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.2814     0.8395 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.1302     0.8706 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR820755      3  0.4222     0.6679 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.0336     0.8881 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR612263      1  0.2216     0.8292 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1415398     3  0.2149     0.8609 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1326205     4  0.0336     0.9621 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1421327     4  0.1118     0.9377 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1083311     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.4981     0.0280 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1452935     3  0.2408     0.8517 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.2216     0.8609 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR615778      3  0.4999     0.1088 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0817     0.8799 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.1833     0.8977 0.032 0.944 0.024 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.3123     0.8208 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.2408     0.8637 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1433950     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.3975     0.7265 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1435229     1  0.4955     0.1462 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1085996     1  0.1867     0.8467 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1414229     3  0.0188     0.8726 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.4866     0.2381 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0336     0.8872 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR813776      3  0.3024     0.8273 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR808196      4  0.5256     0.3379 0.392 0.012 0.000 0.596
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.4661     0.3987 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.3486     0.7914 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1420109     3  0.2589     0.8471 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1330920     3  0.4866     0.4242 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1419539     3  0.2469     0.8047 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1359447     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347259     2  0.9419     0.1370 0.272 0.384 0.232 0.112
#> SRR613915      3  0.2530     0.8511 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.1474     0.8634 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     3  0.4998     0.1695 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR608150      1  0.3400     0.7622 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1096383     1  0.0707     0.8819 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.1302     0.8654 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0188     0.8726 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR808566      4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430270     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0469     0.8734 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR661267      1  0.4992     0.1259 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.4898     0.3141 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1420067     1  0.2760     0.7884 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1473632     1  0.0336     0.8879 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.4406     0.5034 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.3610     0.7431 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1356101     2  0.0921     0.9166 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1404209     3  0.4888     0.4068 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.3311     0.7432 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR660510      3  0.1940     0.8633 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      3  0.4977     0.2199 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR2166459     3  0.4985     0.2317 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0657     0.9574 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1488610     1  0.1474     0.8613 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.4164     0.5946 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      3  0.4866     0.4003 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.2216     0.8585 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1353199     3  0.3123     0.8214 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1378885     3  0.1716     0.8654 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR665357      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.2647     0.8465 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     3  0.4746     0.4060 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.2973     0.7884 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1349363     2  0.0188     0.9350 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.1389     0.8654 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1083752     4  0.0707     0.9524 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.2647     0.8465 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1318354     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4996    -0.0817 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.2216     0.8404 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.1716     0.8407 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     3  0.3123     0.8208 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819820      3  0.0707     0.8714 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1337342     3  0.2647     0.8454 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR655206      3  0.5158     0.0822 0.004 0.472 0.524 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.2530     0.8157 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1440161     2  0.3975     0.6784 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.1940     0.8632 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1394836     2  0.2081     0.8576 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR661699      3  0.1867     0.8657 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR813680      3  0.3975     0.6884 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.2530     0.8204 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR661167      3  0.1302     0.8654 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1432518     3  0.1792     0.8654 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     1  0.9995    -0.0432 0.260 0.236 0.256 0.248
#> SRR657949      3  0.2647     0.8453 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.2704     0.8193 0.124 0.876 0.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.0921     0.8807 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.6705     0.4544 0.148 0.608 0.244 0.000
#> SRR1091380     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.0592     0.9535 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1467102     3  0.4564     0.4352 0.000 0.328 0.672 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.1940     0.8630 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR809963      1  0.4304     0.5362 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0921     0.9446 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1445259     3  0.1474     0.8634 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1408393     3  0.2921     0.8337 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.4843     0.2738 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     2  0.4804     0.7412 0.148 0.780 0.072 0.000
#> SRR1354931     3  0.1302     0.8654 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1391856     2  0.5057     0.4809 0.012 0.648 0.340 0.000
#> SRR1446738     2  0.1042     0.9192 0.020 0.972 0.008 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     3  0.2149     0.8593 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.1211     0.8670 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR812943      1  0.2021     0.8603 0.936 0.040 0.024 0.000
#> SRR1400910     3  0.1637     0.8694 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.1211     0.9336 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1397366     3  0.2760     0.8423 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     3  0.3760     0.8220 0.136 0.028 0.836 0.000
#> SRR659109      3  0.1867     0.8640 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.3074     0.7574 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.2814     0.8085 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1349121     1  0.2589     0.8230 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.2281     0.8596 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.3569     0.7455 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1393596     2  0.3547     0.7871 0.144 0.840 0.000 0.016
#> SRR1452164     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.2530     0.8488 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1499894     3  0.1637     0.8674 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1082883     1  0.1489     0.8665 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1468271     1  0.0817     0.8781 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396294     4  0.8224     0.2456 0.020 0.272 0.256 0.452
#> SRR1419917     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.2345     0.8538 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1489199     1  0.3528     0.7238 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.3311     0.7993 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR614864      3  0.0469     0.8720 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1433392     3  0.5000     0.1649 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.4564     0.4401 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.2081     0.8562 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.4807     0.7112 0.788 0.152 0.052 0.008
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0188     0.8898 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.0817     0.9205 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1465459     3  0.3172     0.8171 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0188     0.8726 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1093148     3  0.2408     0.8228 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.2921     0.8339 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0817     0.8727 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR813824      3  0.2011     0.8618 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1082376     1  0.2589     0.8111 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      3  0.4406     0.6363 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1091572     1  0.2011     0.8446 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0188     0.8897 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663729      1  0.3732     0.7734 0.852 0.056 0.000 0.092
#> SRR1097013     1  0.2469     0.8120 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR613675      1  0.2741     0.8282 0.892 0.012 0.096 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.1940     0.8382 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1437622     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355172     3  0.2149     0.8480 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     3  0.3649     0.7203 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0707     0.8805 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1333308     1  0.5148     0.6326 0.736 0.208 0.000 0.056
#> SRR1452033     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.3024     0.8273 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.4998     0.0949 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1479133     3  0.0188     0.8726 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR615069      3  0.1940     0.8632 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1456185     2  0.2002     0.8859 0.044 0.936 0.020 0.000
#> SRR1350069     4  0.3958     0.7764 0.160 0.024 0.000 0.816
#> SRR816316      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      3  0.4624     0.5229 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR1490721     2  0.4605     0.4952 0.336 0.664 0.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.2704     0.8418 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1085285     3  0.2469     0.8533 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1099072     3  0.2704     0.8438 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0707     0.8725 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      1  0.4193     0.6017 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR613639      1  0.3873     0.6704 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     3  0.4967     0.2925 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.4679     0.3956 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1394734     2  0.4477     0.5365 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1317771     1  0.4804     0.3145 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1365894     2  0.2149     0.8555 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.4790     0.3645 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.4866     0.3064 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR660764      3  0.1940     0.8630 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.6101     0.2993 0.388 0.052 0.000 0.560
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.1940     0.8630 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1346773     1  0.0188     0.8896 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1499521     1  0.4040     0.6609 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.2345     0.8539 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     3  0.6953     0.2084 0.412 0.112 0.476 0.000
#> SRR1309248     2  0.3311     0.7640 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR809161      3  0.2814     0.8394 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1316320     2  0.1557     0.8909 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0592     0.9268 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1498931     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.4941     0.2727 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1078489     3  0.2408     0.8517 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      3  0.2271     0.8629 0.076 0.008 0.916 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0188     0.8898 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615946      3  0.2345     0.8538 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     3  0.4804     0.3346 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.4776     0.3344 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1347166     3  0.4843     0.4161 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1485722     3  0.4977     0.1586 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.2149     0.8329 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.4948     0.1079 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR817329      3  0.4916     0.3710 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.4605     0.4223 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1314873     1  0.0707     0.8822 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.4164     0.7017 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR2164608     3  0.1716     0.8664 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1455586     2  0.2469     0.8370 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.4972     0.2747 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1361652     3  0.4647     0.6367 0.288 0.008 0.704 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.0469     0.8728 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0188     0.8898 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486762     3  0.2149     0.8603 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.0188     0.9652 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405165     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.4040     0.6609 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.4776     0.3990 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.4356     0.5699 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR1403005     3  0.3123     0.8208 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1348378     3  0.7565     0.2901 0.004 0.292 0.504 0.200
#> SRR1413541     1  0.0188     0.8898 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1392943     1  0.5535     0.5167 0.672 0.288 0.004 0.036
#> SRR1475192     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     3  0.4164     0.6931 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.4989     0.1683 0.000 0.528 0.472 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.1302     0.9029 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.1940     0.8415 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9382 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.4776     0.4911 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.2999     0.8088 0.132 0.864 0.004 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0707     0.8729 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1367920     4  0.0376     0.9626 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1366648     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0188     0.9353 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1082173     3  0.0707     0.8730 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1363968     1  0.3975     0.6730 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.1716     0.8512 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0188     0.8725 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1453811     3  0.1302     0.8703 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.8914 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9682 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.1389     0.8700 0.048 0.000 0.952 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.0963     0.8921 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1331708     5  0.4730     0.6592 0.260 0.000 0.052 0.000 0.688
#> SRR1464258     5  0.0963     0.8780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1454201     1  0.3689     0.6769 0.740 0.000 0.256 0.000 0.004
#> SRR661589      3  0.4219     0.3576 0.000 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1456229     5  0.1041     0.8821 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.1544     0.8747 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1417809     5  0.1485     0.8758 0.032 0.020 0.000 0.000 0.948
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     5  0.2236     0.8676 0.068 0.000 0.024 0.000 0.908
#> SRR1315931     1  0.2605     0.7951 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818002      4  0.5242     0.1277 0.004 0.444 0.000 0.516 0.036
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.1251     0.8816 0.008 0.000 0.036 0.000 0.956
#> SRR1490740     5  0.3612     0.6848 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.1041     0.9291 0.004 0.964 0.000 0.000 0.032
#> SRR1416248     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383907     4  0.0290     0.9536 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1311018     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.2732     0.8203 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR613550      3  0.3607     0.7073 0.004 0.000 0.752 0.000 0.244
#> SRR1348402     1  0.1341     0.8877 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1345146     3  0.4088     0.6137 0.008 0.000 0.688 0.000 0.304
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0963     0.9009 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR820755      5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      5  0.0880     0.8785 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR612263      5  0.1168     0.8824 0.008 0.000 0.032 0.000 0.960
#> SRR1415398     3  0.1608     0.8849 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1326205     4  0.0613     0.9496 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004
#> SRR1421327     4  0.1728     0.9260 0.004 0.020 0.000 0.940 0.036
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0290     0.9536 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1079522     5  0.1041     0.8821 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1452935     5  0.3074     0.7390 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1379495     1  0.0510     0.9043 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.1732     0.8796 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR615778      5  0.1121     0.8792 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1447564     5  0.3612     0.6854 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1455195     1  0.0703     0.9037 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR655182      5  0.2329     0.8320 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1335140     2  0.1282     0.9251 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.2746     0.8328 0.008 0.872 0.008 0.000 0.112
#> SRR1388354     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      5  0.1197     0.8761 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR661313      5  0.3730     0.5598 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.3117     0.8442 0.004 0.100 0.000 0.860 0.036
#> SRR1433950     5  0.2074     0.8492 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1435229     5  0.1124     0.8821 0.004 0.000 0.036 0.000 0.960
#> SRR1085996     5  0.1195     0.8828 0.012 0.000 0.028 0.000 0.960
#> SRR1414229     3  0.0794     0.9019 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.3274     0.6735 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR613927      5  0.1195     0.8816 0.028 0.000 0.012 0.000 0.960
#> SRR1457854     1  0.2377     0.8069 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1473714     1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR813776      5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR808196      1  0.4359     0.2498 0.584 0.000 0.000 0.412 0.004
#> SRR1101085     4  0.0162     0.9546 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614395      5  0.1281     0.8814 0.032 0.000 0.012 0.000 0.956
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0290     0.9074 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR665310      5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1420109     5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1330920     5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1419539     3  0.1341     0.8788 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     5  0.1790     0.8726 0.004 0.016 0.036 0.004 0.940
#> SRR613915      3  0.2230     0.8574 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0404     0.9079 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1478228     1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1445637     5  0.3424     0.7160 0.240 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR608150      1  0.4588     0.7288 0.748 0.000 0.116 0.000 0.136
#> SRR1096383     1  0.0510     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.3684     0.6411 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1326270     3  0.0404     0.9079 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0404     0.9080 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR808566      4  0.1041     0.9423 0.004 0.000 0.000 0.964 0.032
#> SRR1430270     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0290     0.9093 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR661267      1  0.5470     0.5866 0.628 0.000 0.268 0.000 0.104
#> SRR810665      2  0.0162     0.9353 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.4872     0.6963 0.720 0.000 0.160 0.000 0.120
#> SRR1420067     1  0.0880     0.9003 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1473632     5  0.3586     0.6890 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR812536      3  0.0162     0.9099 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370850     2  0.0162     0.9353 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     5  0.6286     0.4980 0.264 0.000 0.204 0.000 0.532
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.2561     0.8080 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0880     0.9171 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1404209     5  0.1386     0.8824 0.032 0.000 0.016 0.000 0.952
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.3182     0.8066 0.844 0.000 0.032 0.000 0.124
#> SRR660510      3  0.1965     0.8699 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1445655     4  0.0290     0.9536 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR658953      5  0.1041     0.8821 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR2166459     5  0.2813     0.7945 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0566     0.9491 0.004 0.012 0.000 0.984 0.000
#> SRR1488610     5  0.2519     0.8382 0.100 0.000 0.016 0.000 0.884
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433926     5  0.1121     0.8770 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1091302     4  0.0290     0.9536 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR818263      5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1404909     4  0.0963     0.9422 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR663076      1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1323577     2  0.0771     0.9319 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR654862      5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.2966     0.7969 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1353199     3  0.4415     0.4319 0.008 0.000 0.604 0.000 0.388
#> SRR1378885     3  0.1478     0.8886 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR665357      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.2732     0.8204 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0955     0.9302 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1472576     4  0.1124     0.9402 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     3  0.3882     0.6798 0.224 0.000 0.756 0.000 0.020
#> SRR1417632     4  0.0963     0.9422 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1350153     2  0.0865     0.9313 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1458113     3  0.0510     0.9067 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1326579     1  0.4192     0.6838 0.736 0.000 0.032 0.000 0.232
#> SRR1349363     2  0.1410     0.8922 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.1270     0.8904 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1083752     4  0.0912     0.9445 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1377599     4  0.1124     0.9402 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> SRR1488449     3  0.2773     0.8165 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1318354     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.1638     0.8701 0.064 0.000 0.004 0.000 0.932
#> SRR663783      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.2036     0.8784 0.024 0.000 0.920 0.000 0.056
#> SRR1369070     2  0.0955     0.9302 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR615659      5  0.1851     0.8576 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.1478     0.8708 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0794     0.9460 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1377423     5  0.4517     0.1332 0.008 0.000 0.436 0.000 0.556
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658941      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101643     5  0.3586     0.6878 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1401468     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0162     0.9546 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1363858     1  0.0510     0.9063 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR819820      3  0.0404     0.9063 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1337342     5  0.1043     0.8804 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR655206      2  0.4443     0.0981 0.000 0.524 0.472 0.000 0.004
#> SRR1387013     2  0.0955     0.9302 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1317410     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608198      1  0.5049     0.0759 0.488 0.000 0.032 0.000 0.480
#> SRR1440161     2  0.2966     0.7621 0.000 0.816 0.184 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0324     0.9347 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.2280     0.8536 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1394836     2  0.1410     0.8927 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.2424     0.8435 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR813680      5  0.2329     0.8312 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1410678     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     5  0.1197     0.8761 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0955     0.9302 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1433410     1  0.3841     0.7435 0.780 0.000 0.032 0.000 0.188
#> SRR661167      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.1478     0.8860 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR660462      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.9113     0.0272 0.276 0.184 0.192 0.312 0.036
#> SRR657949      5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1485870     2  0.4304     0.1113 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1444138     1  0.0671     0.9047 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1417342     5  0.3612     0.6848 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1470193     5  0.3741     0.7933 0.000 0.108 0.076 0.000 0.816
#> SRR1091380     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313583     4  0.0963     0.9293 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1467102     3  0.3395     0.6562 0.000 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0290     0.9536 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR818821      3  0.2280     0.8500 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR809963      5  0.1043     0.8777 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1072247     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353710     4  0.3122     0.8484 0.004 0.024 0.000 0.852 0.120
#> SRR1445259     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408393     3  0.3932     0.5830 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1361522     5  0.1478     0.8699 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1368597     5  0.1041     0.8821 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1309680     2  0.0290     0.9348 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.4761     0.6932 0.144 0.732 0.124 0.000 0.000
#> SRR1354931     3  0.0162     0.9099 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1391856     2  0.4590     0.2537 0.000 0.568 0.420 0.000 0.012
#> SRR1446738     2  0.1471     0.9205 0.004 0.952 0.024 0.000 0.020
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0324     0.9349 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0162     0.9099 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375329     3  0.3395     0.7235 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1387921     1  0.0290     0.9071 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0510     0.9338 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1360695     1  0.0162     0.9058 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR812943      5  0.1197     0.8761 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1400910     5  0.3816     0.5852 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR658754      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.1996     0.9155 0.004 0.032 0.000 0.928 0.036
#> SRR1397366     3  0.4300     0.1746 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1446028     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083918     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1337606     5  0.1043     0.8806 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR659109      3  0.1608     0.8813 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1337192     1  0.3561     0.6776 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR656946      5  0.2773     0.7999 0.164 0.000 0.000 0.000 0.836
#> SRR1476102     1  0.0963     0.8984 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1476447     5  0.4273     0.1801 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614419      5  0.0963     0.8780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1322936     1  0.1965     0.8745 0.924 0.000 0.024 0.000 0.052
#> SRR1349121     1  0.2248     0.8514 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1430549     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR612935      3  0.1121     0.8960 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR661481      2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1354117     2  0.2471     0.8212 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1393596     5  0.4430     0.0650 0.004 0.456 0.000 0.000 0.540
#> SRR1452164     5  0.3895     0.5970 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1070503     5  0.1478     0.8687 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1499894     3  0.1197     0.8941 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1082883     1  0.3086     0.7762 0.816 0.000 0.004 0.000 0.180
#> SRR1468271     1  0.0451     0.9060 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1332443     1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR810295      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      5  0.1121     0.8770 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR1328620     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396294     4  0.6991     0.2870 0.016 0.268 0.256 0.460 0.000
#> SRR1419917     5  0.2127     0.8447 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR662114      3  0.4302     0.1223 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1489199     5  0.5803     0.2554 0.368 0.000 0.100 0.000 0.532
#> SRR813584      2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1069638     5  0.1851     0.8551 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR614864      3  0.0162     0.9099 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433392     5  0.1041     0.8794 0.032 0.000 0.004 0.000 0.964
#> SRR1377777     2  0.0566     0.9338 0.004 0.984 0.000 0.000 0.012
#> SRR2167710     5  0.3305     0.7382 0.224 0.000 0.000 0.000 0.776
#> SRR1401252     4  0.0880     0.9442 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     5  0.3612     0.6848 0.268 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     5  0.2732     0.7979 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1380393     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319731     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1356468     1  0.1251     0.8883 0.956 0.036 0.008 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.3305     0.7253 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.1822     0.9122 0.004 0.936 0.000 0.024 0.036
#> SRR1465459     5  0.2074     0.8348 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0290     0.9090 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1093148     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR816475      4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.3550     0.7156 0.004 0.000 0.760 0.000 0.236
#> SRR1452246     2  0.0955     0.9302 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1338836     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.2127     0.8587 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR813824      3  0.2424     0.8424 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1082376     5  0.1106     0.8825 0.012 0.000 0.024 0.000 0.964
#> SRR1500891     4  0.0290     0.9536 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR807543      5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1091572     5  0.2504     0.8652 0.040 0.000 0.064 0.000 0.896
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR663729      1  0.0290     0.9035 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1097013     5  0.3684     0.6656 0.280 0.000 0.000 0.000 0.720
#> SRR613675      1  0.1800     0.8806 0.932 0.000 0.048 0.000 0.020
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0162     0.9099 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500113     1  0.0162     0.9058 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1437622     4  0.1124     0.9402 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> SRR1355172     3  0.1121     0.8883 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.3424     0.7046 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413329     3  0.3885     0.6246 0.008 0.000 0.724 0.000 0.268
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333308     1  0.4021     0.7537 0.780 0.168 0.000 0.000 0.052
#> SRR1452033     1  0.1851     0.8657 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0162     0.9353 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663440      3  0.4283     0.2571 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1471755     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR808019      1  0.3612     0.6609 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.0609     0.9068 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR615069      3  0.2329     0.8487 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1456185     2  0.2942     0.8289 0.008 0.856 0.008 0.000 0.128
#> SRR1350069     4  0.3811     0.7770 0.148 0.036 0.000 0.808 0.008
#> SRR816316      5  0.0963     0.8780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR664795      5  0.2798     0.8162 0.008 0.000 0.140 0.000 0.852
#> SRR1490721     2  0.5168     0.1059 0.452 0.508 0.000 0.000 0.040
#> SRR810643      1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1430333     3  0.2891     0.8047 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1085285     3  0.1732     0.8782 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1099072     5  0.1041     0.8823 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1317985     5  0.4287     0.2935 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1487340     1  0.2966     0.7765 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.2648     0.8040 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1405525     1  0.2732     0.7988 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1370329     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465001     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476525     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR819610      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409465     2  0.0955     0.9302 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR809987      1  0.4009     0.5048 0.684 0.000 0.000 0.312 0.004
#> SRR613639      5  0.1764     0.8694 0.008 0.000 0.064 0.000 0.928
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.3756     0.7068 0.248 0.000 0.008 0.000 0.744
#> SRR1394734     2  0.4789     0.5376 0.004 0.668 0.000 0.292 0.036
#> SRR1317771     5  0.1041     0.8821 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1365894     2  0.3039     0.7401 0.000 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1073581     1  0.4766     0.7207 0.732 0.000 0.132 0.000 0.136
#> SRR659804      1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1473529     4  0.5184     0.2628 0.004 0.404 0.000 0.556 0.036
#> SRR660764      3  0.2516     0.8366 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR820448      5  0.0963     0.8780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1328845     4  0.5453     0.4423 0.328 0.060 0.000 0.604 0.008
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.2424     0.8445 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1346773     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499521     1  0.0404     0.9037 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0162     0.9353 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.3932     0.5727 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333395     5  0.1774     0.8763 0.016 0.000 0.052 0.000 0.932
#> SRR1309248     2  0.4273     0.2493 0.000 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR809161      3  0.2773     0.8178 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1316320     2  0.3586     0.6295 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1432629     2  0.1630     0.9185 0.004 0.944 0.000 0.016 0.036
#> SRR1498931     1  0.0290     0.9072 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     3  0.4283     0.1478 0.456 0.000 0.544 0.000 0.000
#> SRR1078489     5  0.1043     0.8806 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      3  0.3013     0.8150 0.000 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477949     5  0.1851     0.8578 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1481419     2  0.0162     0.9353 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.2424     0.8109 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR615946      5  0.4294     0.0713 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1446481     2  0.0955     0.9302 0.004 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1467656     2  0.0771     0.9319 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR1402962     1  0.4291     0.2293 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      5  0.1041     0.8821 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1347166     5  0.1270     0.8761 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1485722     1  0.4535     0.7248 0.748 0.000 0.160 0.000 0.092
#> SRR1415316     5  0.1043     0.8773 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR613390      5  0.1195     0.8828 0.012 0.000 0.028 0.000 0.960
#> SRR661108      3  0.0162     0.9099 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2170173     5  0.1043     0.8777 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR817329      5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1401990     4  0.0162     0.9543 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1467745     4  0.0290     0.9536 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1471795     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      5  0.0963     0.8780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1314873     5  0.1205     0.8791 0.040 0.000 0.004 0.000 0.956
#> SRR1401211     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      5  0.1668     0.8783 0.032 0.000 0.028 0.000 0.940
#> SRR2164608     3  0.1732     0.8800 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1455586     2  0.2020     0.8568 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.1124     0.9278 0.004 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1385501     5  0.1041     0.8821 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964
#> SRR1361652     5  0.1282     0.8802 0.004 0.000 0.044 0.000 0.952
#> SRR1437119     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.2230     0.8416 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1310584     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500216     5  0.0963     0.8780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1486762     5  0.4533     0.1726 0.008 0.000 0.448 0.000 0.544
#> SRR1480854     4  0.0963     0.9422 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.0451     0.9525 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     5  0.0963     0.8780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1471477     1  0.0404     0.9037 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.4030     0.4182 0.352 0.648 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455038     5  0.4304     0.0116 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR1375248     3  0.4219     0.2893 0.000 0.416 0.584 0.000 0.000
#> SRR1403005     5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1348378     3  0.7227     0.0297 0.004 0.380 0.424 0.156 0.036
#> SRR1413541     5  0.0963     0.8780 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1392943     1  0.4910     0.7150 0.740 0.172 0.012 0.004 0.072
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.4227     0.2384 0.000 0.420 0.580 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0609     0.9259 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.1270     0.8817 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1413436     5  0.2127     0.8441 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1311266     1  0.0290     0.9074 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429678     5  0.1043     0.8773 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     5  0.0963     0.8811 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1345609     5  0.4101     0.5133 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1380208     2  0.2376     0.8728 0.052 0.904 0.000 0.000 0.044
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365291     3  0.0880     0.9031 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1367920     4  0.1124     0.9402 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0609     0.9063 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1363968     1  0.0404     0.9040 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0404     0.9067 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR657599      1  0.1043     0.8964 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0880     0.9018 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1453811     3  0.3534     0.6686 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1441159     1  0.0162     0.9078 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9554 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9106 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.1197     0.8958 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.0713     0.8800 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     6  0.5077     0.6270 0.244 0.000 0.052 0.000 0.044 0.660
#> SRR1464258     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1454201     1  0.3314     0.6549 0.740 0.000 0.256 0.000 0.000 0.004
#> SRR661589      3  0.3789     0.3641 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR1456229     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.1387     0.8628 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1417809     6  0.1092     0.8612 0.020 0.020 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     6  0.1564     0.8557 0.040 0.000 0.024 0.000 0.000 0.936
#> SRR1315931     1  0.2300     0.7912 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818002      5  0.1265     0.8444 0.000 0.044 0.000 0.008 0.948 0.000
#> SRR1344143     2  0.0260     0.8943 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     6  0.1285     0.8502 0.004 0.000 0.000 0.000 0.052 0.944
#> SRR1490740     6  0.3266     0.6608 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1446627     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     5  0.1327     0.8412 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     5  0.3823     0.2829 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429846     3  0.2664     0.8038 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR613550      3  0.3240     0.7158 0.004 0.000 0.752 0.000 0.000 0.244
#> SRR1348402     1  0.1444     0.8649 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1345146     3  0.3563     0.5795 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0865     0.9021 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR820755      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR612263      6  0.0363     0.8666 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1415398     3  0.1267     0.8923 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1326205     4  0.0865     0.9203 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1421327     5  0.0260     0.8301 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0865     0.9241 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1079522     6  0.0146     0.8676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1452935     6  0.2597     0.7386 0.000 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1379495     1  0.0260     0.8884 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1470459     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.1610     0.8785 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR615778      6  0.1682     0.8470 0.000 0.000 0.020 0.000 0.052 0.928
#> SRR1447564     6  0.3266     0.6615 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1455195     1  0.0790     0.8841 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR655182      6  0.1610     0.8356 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1335140     5  0.1141     0.8440 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0984     0.8821 0.012 0.968 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1388354     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0632     0.8874 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR809853      6  0.0547     0.8651 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR661313      6  0.3126     0.6092 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1499935     4  0.0260     0.9416 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429408     5  0.1411     0.8304 0.000 0.004 0.000 0.060 0.936 0.000
#> SRR1433950     6  0.1501     0.8440 0.076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1362081     2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409854     6  0.0291     0.8679 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1435229     6  0.0363     0.8665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1085996     6  0.0146     0.8680 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1414229     3  0.1845     0.8781 0.000 0.000 0.920 0.000 0.052 0.028
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.2941     0.6675 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR613927      6  0.0363     0.8666 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1457854     1  0.2135     0.7965 0.872 0.000 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1473714     1  0.0458     0.8877 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR813776      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808196      1  0.3782     0.2508 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0458     0.9375 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR614395      6  0.0458     0.8655 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0713     0.8848 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1362310     1  0.0146     0.8898 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR665310      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330920     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419539     3  0.0458     0.9053 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     6  0.1498     0.8505 0.000 0.000 0.028 0.000 0.032 0.940
#> SRR613915      3  0.1957     0.8619 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0146     0.9108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478228     1  0.0458     0.8877 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1445637     6  0.3076     0.6925 0.240 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760
#> SRR608150      1  0.5211     0.6819 0.692 0.000 0.116 0.000 0.052 0.140
#> SRR1096383     1  0.0547     0.8873 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.4508     0.5355 0.632 0.000 0.000 0.000 0.052 0.316
#> SRR1326270     3  0.0146     0.9108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0363     0.9090 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR808566      5  0.3409     0.5640 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700 0.000
#> SRR1430270     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0260     0.9102 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR661267      1  0.4934     0.5748 0.628 0.000 0.264 0.000 0.000 0.108
#> SRR810665      2  0.0458     0.8894 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1407250     1  0.4593     0.6878 0.716 0.000 0.124 0.000 0.008 0.152
#> SRR1420067     1  0.1367     0.8768 0.944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1473632     6  0.3244     0.6648 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR812536      3  0.0146     0.9106 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370850     5  0.3838     0.2975 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0363     0.8887 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     6  0.5646     0.4777 0.264 0.000 0.204 0.000 0.000 0.532
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.2300     0.7855 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0146     0.8946 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     6  0.0622     0.8674 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980
#> SRR1392676     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.2868     0.7991 0.840 0.000 0.028 0.000 0.000 0.132
#> SRR660510      3  0.1814     0.8689 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1445655     4  0.0790     0.9263 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR658953      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166459     6  0.2260     0.7966 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1070713     5  0.3266     0.6284 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0260     0.9406 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1488610     6  0.1556     0.8285 0.080 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     6  0.0458     0.8655 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1091302     4  0.1007     0.9184 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR818263      6  0.0363     0.8662 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1404909     5  0.1663     0.8165 0.000 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     5  0.3175     0.6828 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0458     0.8877 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR654862      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.2823     0.7821 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1353199     3  0.4199     0.3642 0.016 0.000 0.568 0.000 0.000 0.416
#> SRR1378885     3  0.1141     0.8954 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR665357      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.2597     0.8101 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     5  0.1765     0.8262 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR1472576     5  0.1267     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     3  0.3593     0.6721 0.228 0.000 0.748 0.000 0.000 0.024
#> SRR1417632     5  0.1957     0.7989 0.000 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1350153     2  0.2969     0.6821 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000
#> SRR1458113     3  0.1549     0.8869 0.000 0.000 0.936 0.000 0.044 0.020
#> SRR1326579     1  0.4291     0.6291 0.680 0.000 0.000 0.000 0.052 0.268
#> SRR1349363     2  0.0622     0.8893 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.1327     0.8826 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1083752     5  0.2883     0.6997 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000
#> SRR1377599     5  0.1267     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1488449     3  0.2664     0.8028 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1318354     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     6  0.0790     0.8622 0.032 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR663783      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.2207     0.8678 0.016 0.008 0.900 0.000 0.000 0.076
#> SRR1369070     2  0.3789     0.3090 0.000 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR615659      6  0.1610     0.8381 0.084 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916
#> SRR1337449     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.1387     0.8658 0.000 0.068 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.3727     0.3708 0.000 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR1377423     6  0.4184     0.1945 0.016 0.000 0.408 0.000 0.000 0.576
#> SRR1312310     2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485613     1  0.0458     0.8877 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658941      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1101643     6  0.3221     0.6669 0.264 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1401468     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1324085     4  0.0713     0.9291 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1363858     1  0.0603     0.8881 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR819820      3  0.0146     0.9102 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337342     6  0.1141     0.8512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR655206      2  0.2340     0.7371 0.000 0.852 0.148 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387013     5  0.1141     0.8328 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      6  0.4783     0.0586 0.428 0.000 0.000 0.000 0.052 0.520
#> SRR1440161     2  0.1285     0.8519 0.000 0.944 0.052 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343741     2  0.3810     0.2832 0.000 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0806     0.8844 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020 0.000
#> SRR663197      3  0.2362     0.8433 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR1394836     2  0.0937     0.8629 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.2135     0.8509 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR813680      6  0.1863     0.8099 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR1410678     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     6  0.0547     0.8651 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1311486     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     5  0.1141     0.8328 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1433410     1  0.4033     0.6946 0.724 0.000 0.000 0.000 0.052 0.224
#> SRR661167      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.1387     0.8849 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR660462      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     1  0.7386     0.1265 0.388 0.024 0.224 0.316 0.008 0.040
#> SRR657949      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     6  0.4716     0.5559 0.000 0.136 0.000 0.000 0.184 0.680
#> SRR1444138     1  0.0508     0.8881 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1417342     6  0.3266     0.6608 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1470193     6  0.3790     0.7114 0.000 0.156 0.072 0.000 0.000 0.772
#> SRR1091380     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.0937     0.9095 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.0363     0.9069 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.1501     0.8864 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR818821      3  0.2378     0.8268 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR809963      6  0.0260     0.8674 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1072247     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     5  0.2704     0.7722 0.000 0.000 0.000 0.140 0.844 0.016
#> SRR1445259     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1408393     3  0.3563     0.5753 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1361522     6  0.1075     0.8565 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1368597     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309680     5  0.3838     0.2689 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.5758     0.1175 0.368 0.456 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     3  0.6012     0.0741 0.000 0.336 0.448 0.000 0.212 0.004
#> SRR1446738     5  0.3539     0.6832 0.000 0.220 0.024 0.000 0.756 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.3288     0.5648 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0146     0.9108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375329     3  0.3076     0.7278 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1387921     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360478     2  0.2631     0.7412 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      6  0.0547     0.8651 0.020 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1400910     6  0.3371     0.5860 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      5  0.0713     0.8365 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.3789     0.2991 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1397366     3  0.3868     0.1223 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1446028     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     5  0.1204     0.8439 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1337606     6  0.1141     0.8512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR659109      3  0.1501     0.8802 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1337192     1  0.4426     0.5839 0.652 0.000 0.000 0.000 0.052 0.296
#> SRR656946      6  0.2260     0.7999 0.140 0.000 0.000 0.000 0.000 0.860
#> SRR1476102     1  0.1141     0.8752 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1476447     6  0.4736     0.2365 0.396 0.000 0.000 0.000 0.052 0.552
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      6  0.1141     0.8512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1322936     1  0.2862     0.8365 0.872 0.000 0.020 0.000 0.052 0.056
#> SRR1349121     1  0.2019     0.8352 0.900 0.000 0.088 0.000 0.000 0.012
#> SRR1430549     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.1007     0.8972 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR661481      5  0.1141     0.8440 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1354117     2  0.1349     0.8485 0.000 0.940 0.056 0.000 0.004 0.000
#> SRR1393596     5  0.1265     0.8267 0.000 0.044 0.000 0.000 0.948 0.008
#> SRR1452164     6  0.3409     0.6120 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1070503     6  0.0632     0.8601 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1499894     3  0.1204     0.8922 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1082883     1  0.3896     0.7204 0.744 0.000 0.000 0.000 0.052 0.204
#> SRR1468271     1  0.0508     0.8870 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1332443     1  0.0458     0.8877 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR810295      2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR662103      6  0.0458     0.8655 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1328620     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396294     4  0.5415     0.2605 0.020 0.068 0.400 0.512 0.000 0.000
#> SRR1419917     6  0.1863     0.8253 0.104 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR662114      6  0.4808    -0.0421 0.000 0.000 0.468 0.000 0.052 0.480
#> SRR1489199     6  0.5045     0.2651 0.364 0.000 0.084 0.000 0.000 0.552
#> SRR813584      5  0.1501     0.8390 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1069638     6  0.0937     0.8524 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR614864      3  0.1219     0.8891 0.000 0.000 0.948 0.000 0.048 0.004
#> SRR1433392     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377777     5  0.2854     0.7328 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000
#> SRR2167710     6  0.2912     0.7277 0.216 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1401252     4  0.3126     0.6590 0.000 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     6  0.3266     0.6608 0.272 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1418628     2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486889     6  0.2454     0.7593 0.000 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR1380393     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0622     0.8857 0.980 0.012 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.3337     0.6754 0.736 0.000 0.000 0.000 0.004 0.260
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     5  0.0363     0.8352 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1465459     6  0.1327     0.8323 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0260     0.9100 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1093148     3  0.0146     0.9102 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     5  0.1267     0.8421 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.3265     0.7080 0.004 0.000 0.748 0.000 0.000 0.248
#> SRR1452246     5  0.3244     0.6241 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR1338836     2  0.3797     0.3035 0.000 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.2135     0.8443 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR813824      3  0.2491     0.8189 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1082376     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500891     4  0.1007     0.9176 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR807543      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091572     6  0.3049     0.8240 0.040 0.000 0.052 0.000 0.044 0.864
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.1528     0.8713 0.936 0.000 0.000 0.000 0.048 0.016
#> SRR663729      1  0.1398     0.8680 0.940 0.008 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1097013     6  0.3288     0.6475 0.276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724
#> SRR613675      1  0.2583     0.8477 0.888 0.000 0.044 0.000 0.052 0.016
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0146     0.8892 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     5  0.1141     0.8314 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1355172     3  0.0790     0.8951 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.4332     0.6174 0.672 0.000 0.000 0.000 0.052 0.276
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413329     3  0.3650     0.6227 0.004 0.000 0.716 0.000 0.008 0.272
#> SRR1485931     2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.3897     0.7059 0.756 0.196 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1452033     1  0.1610     0.8548 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1467316     2  0.0146     0.8956 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0632     0.8876 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR663440      3  0.3868     0.1573 0.000 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR1471755     5  0.1267     0.8432 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR808019      1  0.3244     0.6415 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.0458     0.9091 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR615069      3  0.3276     0.8161 0.000 0.000 0.816 0.000 0.052 0.132
#> SRR1456185     2  0.2315     0.8306 0.016 0.892 0.000 0.000 0.084 0.008
#> SRR1350069     4  0.3592     0.7541 0.116 0.068 0.000 0.808 0.000 0.008
#> SRR816316      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR664795      6  0.2553     0.7734 0.008 0.000 0.144 0.000 0.000 0.848
#> SRR1490721     5  0.4901    -0.0616 0.456 0.060 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR810643      1  0.0458     0.8877 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1430333     3  0.3776     0.7649 0.000 0.000 0.760 0.000 0.052 0.188
#> SRR1085285     3  0.1556     0.8784 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1099072     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     6  0.3854     0.2731 0.464 0.000 0.000 0.000 0.000 0.536
#> SRR1487340     1  0.2883     0.7424 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.2416     0.8064 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1405525     1  0.2762     0.7578 0.804 0.000 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR1370329     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     5  0.1204     0.8434 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR819610      5  0.3860     0.2231 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.3717     0.3769 0.000 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR809987      1  0.3464     0.5047 0.688 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR613639      6  0.1219     0.8476 0.004 0.000 0.048 0.000 0.000 0.948
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     6  0.3398     0.6825 0.252 0.000 0.008 0.000 0.000 0.740
#> SRR1394734     5  0.1141     0.8440 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1317771     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1365894     2  0.5961     0.1305 0.000 0.452 0.000 0.000 0.264 0.284
#> SRR1073581     1  0.4343     0.7036 0.724 0.000 0.120 0.000 0.000 0.156
#> SRR659804      1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     5  0.1387     0.8413 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR1473529     5  0.1391     0.8437 0.000 0.040 0.000 0.016 0.944 0.000
#> SRR660764      3  0.2597     0.8100 0.000 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR820448      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1328845     4  0.5272     0.4706 0.268 0.128 0.000 0.600 0.000 0.004
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.2178     0.8476 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1346773     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0547     0.8840 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0363     0.8916 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1347459     3  0.3684     0.5038 0.000 0.000 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1081209     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     6  0.1693     0.8473 0.020 0.004 0.044 0.000 0.000 0.932
#> SRR1309248     6  0.5087     0.2931 0.000 0.092 0.000 0.000 0.348 0.560
#> SRR809161      3  0.2527     0.8206 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1316320     6  0.5564     0.2753 0.000 0.328 0.000 0.000 0.156 0.516
#> SRR1432629     5  0.1141     0.8440 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1498931     1  0.0146     0.8894 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.1461     0.8735 0.940 0.000 0.000 0.000 0.044 0.016
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     3  0.3833     0.1935 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      3  0.3012     0.7860 0.000 0.008 0.796 0.000 0.000 0.196
#> SRR1470420     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     6  0.1387     0.8468 0.068 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1481419     2  0.0458     0.8894 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1464766     1  0.2260     0.7994 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR615946      6  0.3847     0.1003 0.000 0.000 0.456 0.000 0.000 0.544
#> SRR1446481     5  0.2260     0.7971 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1467656     2  0.2562     0.7485 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1402962     1  0.3854     0.2368 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347166     6  0.1845     0.8436 0.000 0.000 0.028 0.000 0.052 0.920
#> SRR1485722     1  0.4095     0.7103 0.748 0.000 0.152 0.000 0.000 0.100
#> SRR1415316     6  0.0146     0.8680 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR613390      6  0.0146     0.8680 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR661108      3  0.0146     0.9108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2170173     6  0.0146     0.8683 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR817329      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401990     4  0.0547     0.9326 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1467745     5  0.3823     0.2829 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1471795     5  0.1141     0.8440 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314873     6  0.0458     0.8655 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1401211     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      6  0.0713     0.8590 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR2164608     3  0.1556     0.8802 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1455586     2  0.1204     0.8489 0.000 0.944 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0146     0.9108 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1488939     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     5  0.1141     0.8440 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR1385501     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361652     6  0.0291     0.8675 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR1437119     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.2048     0.8413 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1310584     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     6  0.0146     0.8684 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1486762     6  0.4224     0.1989 0.016 0.000 0.432 0.000 0.000 0.552
#> SRR1480854     4  0.3151     0.6589 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     5  0.3823     0.2862 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564 0.000
#> SRR1405165     3  0.0260     0.9095 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1433004     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471477     1  0.0458     0.8854 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.3351     0.5183 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455038     6  0.3843     0.0960 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1375248     2  0.2048     0.7725 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.4027     0.5400 0.000 0.672 0.012 0.008 0.308 0.000
#> SRR1413541     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1392943     1  0.4831     0.7157 0.744 0.076 0.004 0.000 0.084 0.092
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     6  0.0146     0.8676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.1141     0.8816 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0291     0.8943 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415004     1  0.1141     0.8654 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1413436     6  0.2776     0.8167 0.088 0.000 0.000 0.000 0.052 0.860
#> SRR1311266     1  0.0363     0.8886 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     6  0.0146     0.8680 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1469413     2  0.0000     0.8960 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     6  0.0000     0.8681 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345609     6  0.3684     0.4979 0.372 0.000 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1380208     2  0.4951     0.2454 0.032 0.572 0.000 0.000 0.372 0.024
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0146     0.8897 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365291     3  0.0865     0.9032 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1367920     5  0.0260     0.8301 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0260     0.8943 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1082173     3  0.0547     0.9073 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1363968     1  0.0547     0.8845 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0458     0.8877 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR657599      1  0.1267     0.8710 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0865     0.9007 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1453811     3  0.3309     0.6413 0.000 0.000 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR1441159     1  0.0000     0.8899 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9464 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9116 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.1075     0.8970 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.995       0.998         0.4755 0.525   0.525
#> 3 3 0.716           0.837       0.879         0.3354 0.812   0.642
#> 4 4 0.576           0.655       0.782         0.1040 0.900   0.728
#> 5 5 0.570           0.652       0.770         0.0786 0.897   0.668
#> 6 6 0.614           0.540       0.729         0.0509 0.897   0.611

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1331708     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1464258     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1454201     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR661589      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1456229     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1315165     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1488960     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1417809     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1094457     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1095575     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1315931     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1430066     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1431037     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1395554     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR818002      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1344143     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1486845     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1362866     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1490740     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1446627     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1456138     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1416248     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1383907     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1311018     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1375699     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1429846     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR613550      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1348402     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1345146     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1324025     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1318879     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR820755      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1485830     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR599313      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR612263      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1415398     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1326205     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1421327     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1083311     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1499303     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1079522     1   0.118      0.982 0.984 0.016
#> SRR1452935     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1379495     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1470459     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR661361      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR615778      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1447564     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1455195     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR655182      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1335140     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1433555     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1308650     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1388354     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1317446     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1413602     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1479955     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR809853      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR661313      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1499935     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1447303     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1429408     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1433950     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1362081     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1409854     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1435229     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1085996     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1414229     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1400974     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1399971     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR613927      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1457854     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1473714     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR813776      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR808196      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1101085     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR614395      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1478251     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1370551     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1362310     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR665310      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1420109     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1330920     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1419539     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1359447     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1347259     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR613915      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1384395     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR821715      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1478228     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1445637     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR608150      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1096383     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1341480     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1341344     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1326270     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1498838     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1416313     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR808566      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1430270     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1367825     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR613533      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR661267      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR810665      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1407250     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1420067     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1473632     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR812536      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1370850     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1486195     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1407671     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1446375     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1465230     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR614119      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1356101     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1404209     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1392676     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR665538      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660510      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1445655     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR658953      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR2166459     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1070713     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1485312     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1317631     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1488610     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1330588     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1316367     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1433926     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1091302     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR818263      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1404909     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR663076      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1323577     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1442422     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1465893     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR654862      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1407112     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1332969     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1353199     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1378885     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR665357      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR662186      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1501020     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1347819     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1480813     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1472576     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1431781     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1452270     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1500472     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1417632     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1350153     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1458113     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1326579     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1349363     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1096712     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1090407     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1083752     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1377599     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1488449     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1318354     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1359062     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1398924     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663783      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1319204     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1369070     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR615659      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1337449     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1316982     2   0.278      0.948 0.048 0.952
#> SRR1498595     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1377423     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1312310     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1485613     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1338426     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1353309     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR658941      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1101643     2   0.722      0.751 0.200 0.800
#> SRR1401468     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1368874     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1324085     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1363858     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR819820      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1337342     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR655206      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1387013     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1317410     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR608198      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1440161     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1343741     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1381288     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1415379     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1099622     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR663197      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1394836     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR661699      2   0.808      0.672 0.248 0.752
#> SRR813680      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1410678     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1378109     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1499174     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1311486     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1382851     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1433410     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR661167      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1432518     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660462      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1374608     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR657949      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1308882     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR655768      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1485870     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1444138     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1417342     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1470193     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1091380     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1099096     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1313583     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1467102     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1485416     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR818821      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR809963      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1072247     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1353710     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1445259     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1408393     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1361522     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1368597     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1309680     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1310542     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1333485     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1406437     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1354931     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1391856     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1446738     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1309032     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1388145     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1432611     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR815869      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR613150      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1375329     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1387921     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1466792     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1360478     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1360695     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR812943      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1400910     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1444203     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR816177      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR658754      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1429603     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1397366     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1446028     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1083918     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1337606     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR659109      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1337192     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR656946      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1476102     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1476447     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1342067     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1385389     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1075971     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR614419      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1322936     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1349121     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1430549     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR612935      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR661481      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1354117     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1393596     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1452164     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1070503     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1499894     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1082883     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1468271     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1332443     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR810295      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR662103      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1328620     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1396294     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1419917     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR662114      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1489199     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR813584      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1069638     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR614864      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1433392     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1377777     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR2167710     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1401252     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1309963     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1338031     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1418628     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1486889     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1380393     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1319731     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1356468     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1337010     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1486520     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1486538     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1340486     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1377696     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1465459     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1080270     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1312501     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1093148     1   0.760      0.718 0.780 0.220
#> SRR1467080     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1410866     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR816475      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1379198     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR613342      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1452246     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1338836     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1369129     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1396616     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR813824      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1082376     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1500891     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR807543      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1091572     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1346689     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1332424     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663729      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1097013     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR613675      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1485357     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR655816      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1500113     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1437622     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1355172     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR655531      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1338147     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1413329     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1485931     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1420873     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1333308     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1452033     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1467316     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR809018      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1375351     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR663440      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1471755     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR808019      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1479133     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR615069      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1456185     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1350069     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR816316      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR664795      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1490721     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR810643      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1430333     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1085285     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1099072     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1317985     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1487340     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1420276     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1351347     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1405525     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1370329     1   0.881      0.571 0.700 0.300
#> SRR1465001     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1476525     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR819610      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR2157314     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1409465     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR809987      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR613639      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1402285     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1077038     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1405660     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1095455     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1394734     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1317771     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1365894     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1073581     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR659804      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1345914     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1432186     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1473529     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR660764      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR820448      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1328845     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1336415     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1379065     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1459190     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1346773     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1499521     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1440898     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1347459     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1081209     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1400202     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1333395     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1309248     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR809161      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1316320     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1432629     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1498931     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1416578     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1405547     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1470534     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1380764     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1309160     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR663489      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1500450     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1078489     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1332648     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR660614      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1470420     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1475566     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1477949     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1481419     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1464766     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR615946      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1446481     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1467656     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1402962     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR660224      2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR665586      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1347166     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1485722     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1415316     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR613390      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR661108      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR2170173     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR817329      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1401990     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1467745     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1471795     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1415637     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR813137      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1314873     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1401211     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1419692     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR818797      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR2164608     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1455586     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR819459      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1488939     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1433232     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1385501     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1361652     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1437119     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1478547     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1430910     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1310584     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1500216     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1486762     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1480854     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1489394     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1418085     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1340221     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1473058     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1405165     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1433004     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1471477     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1098567     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1098712     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1455038     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1375248     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1403005     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1348378     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1413541     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1392943     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1475192     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1432085     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1452468     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1347060     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1414139     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1447962     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1444324     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1415004     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1413436     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1311266     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1343302     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1373746     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1429678     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1469413     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1405331     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1345609     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1380208     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1322840     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1399797     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1416654     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1315081     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1369196     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1400847     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1365291     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1367920     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1366648     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1441679     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1082173     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1363968     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR814387      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR657599      1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1386689     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1395575     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1453811     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1441159     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1403154     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR1468722     1   0.000      0.998 1.000 0.000
#> SRR1310275     1   0.000      0.998 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.5058     0.8507 0.756 0.000 0.244
#> SRR1331708     1  0.4654     0.7837 0.792 0.000 0.208
#> SRR1464258     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1454201     1  0.4750     0.8175 0.784 0.000 0.216
#> SRR661589      3  0.1163     0.8475 0.028 0.000 0.972
#> SRR1456229     1  0.6305     0.3299 0.516 0.000 0.484
#> SRR1315165     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1488960     1  0.5098     0.8514 0.752 0.000 0.248
#> SRR1417809     2  0.1411     0.9691 0.036 0.964 0.000
#> SRR1094457     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1095575     3  0.5363     0.5633 0.276 0.000 0.724
#> SRR1315931     1  0.4346     0.8574 0.816 0.000 0.184
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0592     0.9779 0.012 0.988 0.000
#> SRR1344143     2  0.1753     0.9708 0.048 0.952 0.000
#> SRR1486845     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1362866     1  0.4702     0.7863 0.788 0.000 0.212
#> SRR1490740     1  0.5178     0.8431 0.744 0.000 0.256
#> SRR1446627     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1456138     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1416248     1  0.3816     0.8436 0.852 0.000 0.148
#> SRR1383907     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311018     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1375699     2  0.1529     0.9672 0.040 0.960 0.000
#> SRR1429846     3  0.4002     0.7531 0.160 0.000 0.840
#> SRR613550      3  0.2261     0.8353 0.068 0.000 0.932
#> SRR1348402     1  0.5138     0.8450 0.748 0.000 0.252
#> SRR1345146     3  0.2711     0.8230 0.088 0.000 0.912
#> SRR1324025     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0747     0.8481 0.016 0.000 0.984
#> SRR820755      3  0.5216     0.5903 0.260 0.000 0.740
#> SRR1485830     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR599313      2  0.2537     0.9428 0.080 0.920 0.000
#> SRR612263      1  0.5058     0.8566 0.756 0.000 0.244
#> SRR1415398     3  0.0424     0.8467 0.008 0.000 0.992
#> SRR1326205     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421327     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1079522     3  0.8401    -0.2323 0.444 0.084 0.472
#> SRR1452935     3  0.0424     0.8483 0.008 0.000 0.992
#> SRR1379495     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1470459     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR661361      3  0.6252    -0.1472 0.444 0.000 0.556
#> SRR615778      1  0.4555     0.7958 0.800 0.000 0.200
#> SRR1447564     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1455195     1  0.4121     0.8202 0.832 0.000 0.168
#> SRR655182      3  0.6267    -0.0485 0.452 0.000 0.548
#> SRR1335140     2  0.0747     0.9776 0.016 0.984 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.1643     0.9653 0.044 0.956 0.000
#> SRR1388354     1  0.4887     0.8589 0.772 0.000 0.228
#> SRR1317446     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0592     0.8482 0.012 0.000 0.988
#> SRR1479955     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR809853      1  0.4796     0.8619 0.780 0.000 0.220
#> SRR661313      3  0.3116     0.8139 0.108 0.000 0.892
#> SRR1499935     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447303     3  0.0424     0.8461 0.008 0.000 0.992
#> SRR1429408     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433950     1  0.4842     0.8602 0.776 0.000 0.224
#> SRR1362081     2  0.2066     0.9685 0.060 0.940 0.000
#> SRR1409854     3  0.5968     0.3052 0.364 0.000 0.636
#> SRR1435229     1  0.5291     0.7814 0.732 0.000 0.268
#> SRR1085996     1  0.4399     0.8531 0.812 0.000 0.188
#> SRR1414229     1  0.4654     0.7898 0.792 0.000 0.208
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR613927      1  0.6309     0.2742 0.504 0.000 0.496
#> SRR1457854     1  0.5291     0.8309 0.732 0.000 0.268
#> SRR1473714     2  0.2537     0.9428 0.080 0.920 0.000
#> SRR813776      3  0.4346     0.7195 0.184 0.000 0.816
#> SRR808196      2  0.1289     0.9707 0.032 0.968 0.000
#> SRR1101085     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR614395      1  0.5678     0.7725 0.684 0.000 0.316
#> SRR1478251     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370551     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1362310     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR665310      3  0.2878     0.8211 0.096 0.000 0.904
#> SRR1420109     3  0.2261     0.8340 0.068 0.000 0.932
#> SRR1330920     1  0.5678     0.7872 0.684 0.000 0.316
#> SRR1419539     2  0.0892     0.9743 0.020 0.980 0.000
#> SRR1359447     3  0.1031     0.8473 0.024 0.000 0.976
#> SRR1347259     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR613915      3  0.4750     0.6622 0.216 0.000 0.784
#> SRR1384395     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      3  0.2356     0.8350 0.072 0.000 0.928
#> SRR1478228     1  0.4555     0.8606 0.800 0.000 0.200
#> SRR1445637     3  0.6168     0.1697 0.412 0.000 0.588
#> SRR608150      1  0.4555     0.7839 0.800 0.000 0.200
#> SRR1096383     1  0.5058     0.8507 0.756 0.000 0.244
#> SRR1341480     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1341344     1  0.3192     0.8199 0.888 0.000 0.112
#> SRR1326270     3  0.4654     0.7063 0.208 0.000 0.792
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430270     2  0.0424     0.9771 0.008 0.992 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.1753     0.8417 0.048 0.000 0.952
#> SRR661267      1  0.5905     0.7080 0.648 0.000 0.352
#> SRR810665      2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1407250     1  0.4555     0.8059 0.800 0.000 0.200
#> SRR1420067     1  0.4121     0.8343 0.832 0.000 0.168
#> SRR1473632     1  0.5835     0.7402 0.660 0.000 0.340
#> SRR812536      3  0.2261     0.8329 0.068 0.000 0.932
#> SRR1370850     2  0.1643     0.9723 0.044 0.956 0.000
#> SRR1486195     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1407671     2  0.1289     0.9708 0.032 0.968 0.000
#> SRR1446375     3  0.3482     0.7997 0.128 0.000 0.872
#> SRR1465230     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR614119      1  0.5327     0.8274 0.728 0.000 0.272
#> SRR1356101     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1404209     3  0.5058     0.6489 0.244 0.000 0.756
#> SRR1392676     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR665538      1  0.5397     0.8190 0.720 0.000 0.280
#> SRR660510      3  0.0237     0.8464 0.004 0.000 0.996
#> SRR1445655     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR658953      3  0.5905     0.3004 0.352 0.000 0.648
#> SRR2166459     3  0.5905     0.3953 0.352 0.000 0.648
#> SRR1070713     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.4750     0.7886 0.784 0.000 0.216
#> SRR1330588     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.4702     0.8242 0.788 0.000 0.212
#> SRR1433926     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1091302     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR818263      1  0.4399     0.8506 0.812 0.000 0.188
#> SRR1404909     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR663076      1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1323577     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1442422     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1465893     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR654862      1  0.6305     0.4051 0.516 0.000 0.484
#> SRR1407112     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1332969     3  0.0424     0.8467 0.008 0.000 0.992
#> SRR1353199     3  0.3116     0.8141 0.108 0.000 0.892
#> SRR1378885     3  0.2066     0.8324 0.060 0.000 0.940
#> SRR665357      3  0.0237     0.8475 0.004 0.000 0.996
#> SRR662186      2  0.1964     0.9695 0.056 0.944 0.000
#> SRR1501020     3  0.3038     0.8152 0.104 0.000 0.896
#> SRR1347819     3  0.0237     0.8470 0.004 0.000 0.996
#> SRR1480813     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1472576     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1431781     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.5835     0.7092 0.660 0.000 0.340
#> SRR1417632     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1350153     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1458113     1  0.5621     0.7172 0.692 0.000 0.308
#> SRR1326579     1  0.4555     0.8101 0.800 0.000 0.200
#> SRR1349363     2  0.2165     0.9675 0.064 0.936 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0237     0.8470 0.004 0.000 0.996
#> SRR1083752     2  0.0592     0.9779 0.012 0.988 0.000
#> SRR1377599     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1488449     3  0.0424     0.8480 0.008 0.000 0.992
#> SRR1318354     1  0.6225     0.5383 0.568 0.000 0.432
#> SRR1359062     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.4842     0.7930 0.776 0.000 0.224
#> SRR663783      3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.1643     0.8435 0.044 0.000 0.956
#> SRR1369070     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR615659      1  0.4842     0.8602 0.776 0.000 0.224
#> SRR1337449     2  0.1753     0.9709 0.048 0.952 0.000
#> SRR1316982     2  0.4269     0.9062 0.052 0.872 0.076
#> SRR1498595     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377423     3  0.2959     0.8192 0.100 0.000 0.900
#> SRR1312310     2  0.1753     0.9709 0.048 0.952 0.000
#> SRR1485613     1  0.5591     0.7888 0.696 0.000 0.304
#> SRR1338426     3  0.0892     0.8478 0.020 0.000 0.980
#> SRR1353309     3  0.0424     0.8480 0.008 0.000 0.992
#> SRR658941      1  0.5706     0.7391 0.680 0.000 0.320
#> SRR1101643     2  0.6168     0.4218 0.412 0.588 0.000
#> SRR1401468     1  0.3340     0.8258 0.880 0.000 0.120
#> SRR1368874     2  0.1860     0.9702 0.052 0.948 0.000
#> SRR1324085     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1363858     2  0.2448     0.9458 0.076 0.924 0.000
#> SRR819820      3  0.5621     0.4168 0.308 0.000 0.692
#> SRR1337342     1  0.4654     0.8142 0.792 0.000 0.208
#> SRR655206      2  0.0892     0.9743 0.020 0.980 0.000
#> SRR1387013     2  0.0424     0.9782 0.008 0.992 0.000
#> SRR1317410     1  0.3816     0.8435 0.852 0.000 0.148
#> SRR608198      1  0.4399     0.8026 0.812 0.000 0.188
#> SRR1440161     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1343741     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1381288     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1415379     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR663197      3  0.6079     0.2040 0.388 0.000 0.612
#> SRR1394836     2  0.0892     0.9743 0.020 0.980 0.000
#> SRR661699      2  0.6423     0.6327 0.044 0.728 0.228
#> SRR813680      3  0.5835     0.4327 0.340 0.000 0.660
#> SRR1410678     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1378109     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1499174     1  0.4974     0.8566 0.764 0.000 0.236
#> SRR1311486     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1382851     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433410     1  0.4346     0.7997 0.816 0.000 0.184
#> SRR661167      3  0.0424     0.8480 0.008 0.000 0.992
#> SRR1432518     3  0.0592     0.8444 0.012 0.000 0.988
#> SRR660462      3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     2  0.0592     0.9767 0.012 0.988 0.000
#> SRR657949      3  0.1529     0.8455 0.040 0.000 0.960
#> SRR1308882     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR655768      1  0.4654     0.8608 0.792 0.000 0.208
#> SRR1485870     2  0.0892     0.9746 0.020 0.980 0.000
#> SRR1444138     3  0.5016     0.6566 0.240 0.000 0.760
#> SRR1417342     1  0.4974     0.8555 0.764 0.000 0.236
#> SRR1470193     2  0.0747     0.9754 0.016 0.984 0.000
#> SRR1091380     3  0.3879     0.7431 0.152 0.000 0.848
#> SRR1099096     1  0.4002     0.8494 0.840 0.000 0.160
#> SRR1313583     2  0.1529     0.9673 0.040 0.960 0.000
#> SRR1467102     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1485416     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR818821      3  0.0424     0.8480 0.008 0.000 0.992
#> SRR809963      1  0.5529     0.8000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1072247     1  0.4555     0.8597 0.800 0.000 0.200
#> SRR1353710     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     3  0.6192    -0.0332 0.420 0.000 0.580
#> SRR1408393     3  0.0424     0.8467 0.008 0.000 0.992
#> SRR1361522     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1368597     1  0.5529     0.7994 0.704 0.000 0.296
#> SRR1309680     2  0.1529     0.9734 0.040 0.960 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1406437     2  0.1031     0.9735 0.024 0.976 0.000
#> SRR1354931     3  0.1643     0.8443 0.044 0.000 0.956
#> SRR1391856     2  0.1031     0.9735 0.024 0.976 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1388145     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1432611     2  0.2261     0.9661 0.068 0.932 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR613150      3  0.0237     0.8475 0.004 0.000 0.996
#> SRR1375329     1  0.6008     0.6180 0.628 0.000 0.372
#> SRR1387921     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1466792     2  0.1753     0.9709 0.048 0.952 0.000
#> SRR1360478     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1360695     1  0.5216     0.8388 0.740 0.000 0.260
#> SRR812943      1  0.5835     0.7575 0.660 0.000 0.340
#> SRR1400910     1  0.6095     0.5703 0.608 0.000 0.392
#> SRR1444203     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0237     0.8475 0.004 0.000 0.996
#> SRR1429603     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.2711     0.8258 0.088 0.000 0.912
#> SRR1446028     1  0.3482     0.8327 0.872 0.000 0.128
#> SRR1083918     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1337606     1  0.4555     0.7776 0.800 0.000 0.200
#> SRR659109      3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.4346     0.7997 0.816 0.000 0.184
#> SRR656946      1  0.4974     0.8585 0.764 0.000 0.236
#> SRR1476102     1  0.3340     0.8218 0.880 0.000 0.120
#> SRR1476447     1  0.3941     0.8476 0.844 0.000 0.156
#> SRR1342067     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1385389     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1075971     1  0.4235     0.8555 0.824 0.000 0.176
#> SRR614419      1  0.4605     0.8210 0.796 0.000 0.204
#> SRR1322936     1  0.4605     0.7806 0.796 0.000 0.204
#> SRR1349121     1  0.5216     0.8384 0.740 0.000 0.260
#> SRR1430549     1  0.3551     0.8340 0.868 0.000 0.132
#> SRR612935      3  0.2066     0.8371 0.060 0.000 0.940
#> SRR661481      2  0.1529     0.9734 0.040 0.960 0.000
#> SRR1354117     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1393596     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.4842     0.8602 0.776 0.000 0.224
#> SRR1070503     1  0.6302     0.3996 0.520 0.000 0.480
#> SRR1499894     3  0.0237     0.8475 0.004 0.000 0.996
#> SRR1082883     1  0.4605     0.7806 0.796 0.000 0.204
#> SRR1468271     1  0.5138     0.8451 0.748 0.000 0.252
#> SRR1332443     1  0.3267     0.8227 0.884 0.000 0.116
#> SRR810295      2  0.1964     0.9695 0.056 0.944 0.000
#> SRR662103      1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1328620     3  0.5810     0.3457 0.336 0.000 0.664
#> SRR1396294     2  0.0747     0.9754 0.016 0.984 0.000
#> SRR1419917     1  0.4931     0.8577 0.768 0.000 0.232
#> SRR662114      1  0.6305     0.2818 0.516 0.000 0.484
#> SRR1489199     3  0.6008     0.3071 0.372 0.000 0.628
#> SRR813584      2  0.0592     0.9779 0.012 0.988 0.000
#> SRR1069638     1  0.6274     0.4527 0.544 0.000 0.456
#> SRR614864      1  0.4974     0.8160 0.764 0.000 0.236
#> SRR1433392     3  0.6267    -0.0369 0.452 0.000 0.548
#> SRR1377777     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR2167710     3  0.6252    -0.0338 0.444 0.000 0.556
#> SRR1401252     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1309963     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1338031     1  0.5138     0.8452 0.748 0.000 0.252
#> SRR1418628     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1486889     3  0.5431     0.5187 0.284 0.000 0.716
#> SRR1380393     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1319731     1  0.4605     0.8609 0.796 0.000 0.204
#> SRR1356468     2  0.0892     0.9748 0.020 0.980 0.000
#> SRR1337010     2  0.2356     0.9645 0.072 0.928 0.000
#> SRR1486520     1  0.3340     0.8258 0.880 0.000 0.120
#> SRR1486538     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340486     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377696     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1465459     3  0.3192     0.8114 0.112 0.000 0.888
#> SRR1080270     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     1  0.8265     0.5401 0.636 0.180 0.184
#> SRR1467080     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR816475      2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1379198     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR613342      3  0.3267     0.8049 0.116 0.000 0.884
#> SRR1452246     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1338836     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1369129     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1396616     3  0.2537     0.8284 0.080 0.000 0.920
#> SRR813824      3  0.3038     0.8141 0.104 0.000 0.896
#> SRR1082376     1  0.5859     0.7076 0.656 0.000 0.344
#> SRR1500891     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR807543      3  0.5016     0.6568 0.240 0.000 0.760
#> SRR1091572     1  0.5216     0.8483 0.740 0.000 0.260
#> SRR1346689     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.4399     0.8026 0.812 0.000 0.188
#> SRR663729      2  0.1860     0.9613 0.052 0.948 0.000
#> SRR1097013     3  0.6126     0.2210 0.400 0.000 0.600
#> SRR613675      1  0.4555     0.7776 0.800 0.000 0.200
#> SRR1485357     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR655816      3  0.2066     0.8392 0.060 0.000 0.940
#> SRR1500113     1  0.5058     0.8507 0.756 0.000 0.244
#> SRR1437622     2  0.0424     0.9781 0.008 0.992 0.000
#> SRR1355172     3  0.6215     0.0969 0.428 0.000 0.572
#> SRR655531      1  0.4062     0.8254 0.836 0.000 0.164
#> SRR1338147     3  0.0424     0.8461 0.008 0.000 0.992
#> SRR1413329     3  0.5968     0.2512 0.364 0.000 0.636
#> SRR1485931     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1420873     1  0.4062     0.8504 0.836 0.000 0.164
#> SRR1333308     2  0.1529     0.9674 0.040 0.960 0.000
#> SRR1452033     1  0.4931     0.8574 0.768 0.000 0.232
#> SRR1467316     2  0.1529     0.9713 0.040 0.960 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR663440      3  0.3482     0.7969 0.128 0.000 0.872
#> SRR1471755     2  0.0892     0.9771 0.020 0.980 0.000
#> SRR808019      1  0.4750     0.8184 0.784 0.000 0.216
#> SRR1479133     3  0.3879     0.7670 0.152 0.000 0.848
#> SRR615069      1  0.5363     0.7457 0.724 0.000 0.276
#> SRR1456185     2  0.1643     0.9653 0.044 0.956 0.000
#> SRR1350069     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.4750     0.8616 0.784 0.000 0.216
#> SRR664795      3  0.6286    -0.0963 0.464 0.000 0.536
#> SRR1490721     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR810643      1  0.3412     0.8286 0.876 0.000 0.124
#> SRR1430333     1  0.4931     0.7922 0.768 0.000 0.232
#> SRR1085285     3  0.2261     0.8344 0.068 0.000 0.932
#> SRR1099072     3  0.2878     0.8207 0.096 0.000 0.904
#> SRR1317985     1  0.4842     0.8602 0.776 0.000 0.224
#> SRR1487340     1  0.4796     0.8617 0.780 0.000 0.220
#> SRR1420276     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     3  0.0424     0.8480 0.008 0.000 0.992
#> SRR1405525     1  0.4931     0.8257 0.768 0.000 0.232
#> SRR1370329     1  0.6788     0.6342 0.744 0.136 0.120
#> SRR1465001     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1476525     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1409465     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR809987      2  0.1529     0.9673 0.040 0.960 0.000
#> SRR613639      1  0.5098     0.8486 0.752 0.000 0.248
#> SRR1402285     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     3  0.6079     0.2709 0.388 0.000 0.612
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     3  0.5810     0.3588 0.336 0.000 0.664
#> SRR1394734     2  0.1643     0.9724 0.044 0.956 0.000
#> SRR1317771     1  0.5733     0.7602 0.676 0.000 0.324
#> SRR1365894     2  0.0237     0.9777 0.004 0.996 0.000
#> SRR1073581     1  0.5058     0.8509 0.756 0.000 0.244
#> SRR659804      1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1345914     2  0.1643     0.9724 0.044 0.956 0.000
#> SRR1432186     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1473529     2  0.0424     0.9781 0.008 0.992 0.000
#> SRR660764      3  0.3340     0.8052 0.120 0.000 0.880
#> SRR820448      1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1328845     2  0.1031     0.9733 0.024 0.976 0.000
#> SRR1336415     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1379065     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.3752     0.8354 0.856 0.000 0.144
#> SRR1499521     1  0.3816     0.8403 0.852 0.000 0.148
#> SRR1440898     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1347459     3  0.2448     0.8290 0.076 0.000 0.924
#> SRR1081209     2  0.1753     0.9709 0.048 0.952 0.000
#> SRR1400202     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1333395     2  0.1163     0.9719 0.028 0.972 0.000
#> SRR1309248     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR809161      3  0.3752     0.7834 0.144 0.000 0.856
#> SRR1316320     2  0.1753     0.9635 0.048 0.952 0.000
#> SRR1432629     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1498931     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1416578     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1380764     1  0.3686     0.8271 0.860 0.000 0.140
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.6295     0.3853 0.528 0.000 0.472
#> SRR1078489     3  0.1529     0.8450 0.040 0.000 0.960
#> SRR1332648     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR660614      3  0.3116     0.8123 0.108 0.000 0.892
#> SRR1470420     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1475566     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1477949     1  0.5058     0.8507 0.756 0.000 0.244
#> SRR1481419     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1464766     1  0.5835     0.7275 0.660 0.000 0.340
#> SRR615946      3  0.2878     0.8174 0.096 0.000 0.904
#> SRR1446481     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1467656     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR1402962     1  0.4931     0.8036 0.768 0.000 0.232
#> SRR660224      2  0.2066     0.9685 0.060 0.940 0.000
#> SRR665586      1  0.6260     0.4582 0.552 0.000 0.448
#> SRR1347166     1  0.4702     0.7863 0.788 0.000 0.212
#> SRR1485722     1  0.4555     0.8101 0.800 0.000 0.200
#> SRR1415316     1  0.5016     0.8605 0.760 0.000 0.240
#> SRR613390      1  0.4931     0.8574 0.768 0.000 0.232
#> SRR661108      3  0.1643     0.8437 0.044 0.000 0.956
#> SRR2170173     3  0.4121     0.7541 0.168 0.000 0.832
#> SRR817329      3  0.5431     0.5686 0.284 0.000 0.716
#> SRR1401990     2  0.0000     0.9779 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1471795     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1415637     2  0.1643     0.9713 0.044 0.956 0.000
#> SRR813137      1  0.5138     0.8458 0.748 0.000 0.252
#> SRR1314873     1  0.4796     0.8617 0.780 0.000 0.220
#> SRR1401211     1  0.5016     0.8532 0.760 0.000 0.240
#> SRR1419692     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR818797      1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR2164608     3  0.3482     0.7759 0.128 0.000 0.872
#> SRR1455586     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.1411     0.9691 0.036 0.964 0.000
#> SRR1433232     2  0.1753     0.9711 0.048 0.952 0.000
#> SRR1385501     3  0.3482     0.7986 0.128 0.000 0.872
#> SRR1361652     1  0.5859     0.6744 0.656 0.000 0.344
#> SRR1437119     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1478547     3  0.0424     0.8483 0.008 0.000 0.992
#> SRR1430910     3  0.6192     0.0804 0.420 0.000 0.580
#> SRR1310584     1  0.3267     0.8227 0.884 0.000 0.116
#> SRR1500216     2  0.2711     0.9365 0.088 0.912 0.000
#> SRR1486762     3  0.1031     0.8475 0.024 0.000 0.976
#> SRR1480854     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1489394     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1418085     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1340221     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1473058     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1405165     1  0.7256     0.4378 0.532 0.028 0.440
#> SRR1433004     1  0.5216     0.8388 0.740 0.000 0.260
#> SRR1471477     1  0.5529     0.8078 0.704 0.000 0.296
#> SRR1098567     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1098712     2  0.0892     0.9743 0.020 0.980 0.000
#> SRR1455038     1  0.3551     0.8360 0.868 0.000 0.132
#> SRR1375248     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1403005     3  0.1163     0.8463 0.028 0.000 0.972
#> SRR1348378     2  0.0892     0.9768 0.020 0.980 0.000
#> SRR1413541     1  0.5882     0.7179 0.652 0.000 0.348
#> SRR1392943     2  0.0592     0.9767 0.012 0.988 0.000
#> SRR1475192     3  0.0237     0.8476 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432085     2  0.0892     0.9743 0.020 0.980 0.000
#> SRR1452468     1  0.5859     0.7044 0.656 0.000 0.344
#> SRR1347060     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.0892     0.9743 0.020 0.980 0.000
#> SRR1447962     2  0.2066     0.9685 0.060 0.940 0.000
#> SRR1444324     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1415004     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1413436     1  0.3941     0.8399 0.844 0.000 0.156
#> SRR1311266     1  0.4605     0.8167 0.796 0.000 0.204
#> SRR1343302     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1373746     1  0.4796     0.8614 0.780 0.000 0.220
#> SRR1429678     1  0.5016     0.8532 0.760 0.000 0.240
#> SRR1469413     2  0.1753     0.9709 0.048 0.952 0.000
#> SRR1405331     3  0.6111     0.1414 0.396 0.000 0.604
#> SRR1345609     1  0.4291     0.8550 0.820 0.000 0.180
#> SRR1380208     2  0.1163     0.9723 0.028 0.972 0.000
#> SRR1322840     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1399797     3  0.2165     0.8354 0.064 0.000 0.936
#> SRR1416654     3  0.0237     0.8470 0.004 0.000 0.996
#> SRR1315081     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.4842     0.8602 0.776 0.000 0.224
#> SRR1365291     3  0.1529     0.8461 0.040 0.000 0.960
#> SRR1367920     2  0.0237     0.9776 0.004 0.996 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.2165     0.9673 0.064 0.936 0.000
#> SRR1082173     3  0.5016     0.5964 0.240 0.000 0.760
#> SRR1363968     1  0.4121     0.8475 0.832 0.000 0.168
#> SRR814387      1  0.4235     0.8553 0.824 0.000 0.176
#> SRR657599      1  0.2959     0.8079 0.900 0.000 0.100
#> SRR1386689     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1395575     3  0.2356     0.8341 0.072 0.000 0.928
#> SRR1453811     1  0.5678     0.7804 0.684 0.000 0.316
#> SRR1441159     1  0.3619     0.8184 0.864 0.000 0.136
#> SRR1403154     2  0.0237     0.9780 0.004 0.996 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8463 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.3412     0.7972 0.124 0.000 0.876

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.3833     0.6171 0.848 0.000 0.080 0.072
#> SRR1331708     4  0.7039     0.8021 0.256 0.000 0.176 0.568
#> SRR1464258     1  0.2412     0.6672 0.908 0.000 0.084 0.008
#> SRR1454201     4  0.7133     0.8106 0.344 0.000 0.144 0.512
#> SRR661589      3  0.4456     0.5541 0.280 0.000 0.716 0.004
#> SRR1456229     1  0.4655     0.5205 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1315165     2  0.2124     0.8908 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1488960     1  0.5128     0.5184 0.760 0.000 0.092 0.148
#> SRR1417809     2  0.3143     0.8901 0.024 0.876 0.000 0.100
#> SRR1094457     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1095575     3  0.5290     0.1172 0.476 0.000 0.516 0.008
#> SRR1315931     1  0.5968     0.2331 0.664 0.000 0.084 0.252
#> SRR1430066     3  0.0657     0.7455 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1431037     3  0.0779     0.7468 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1395554     3  0.0657     0.7455 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR818002      2  0.3032     0.8967 0.008 0.868 0.000 0.124
#> SRR1344143     2  0.3498     0.8913 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR1486845     2  0.3616     0.8726 0.036 0.852 0.000 0.112
#> SRR1362866     4  0.6970     0.8106 0.256 0.000 0.168 0.576
#> SRR1490740     1  0.2530     0.6687 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1446627     2  0.3764     0.8769 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1456138     2  0.3257     0.8931 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR1416248     1  0.6299    -0.0338 0.600 0.000 0.080 0.320
#> SRR1383907     2  0.2742     0.8865 0.024 0.900 0.000 0.076
#> SRR1311018     1  0.2593     0.6650 0.904 0.000 0.080 0.016
#> SRR1375699     2  0.3245     0.8948 0.028 0.872 0.000 0.100
#> SRR1429846     3  0.4817     0.3591 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR613550      3  0.4720     0.4995 0.324 0.000 0.672 0.004
#> SRR1348402     1  0.5369     0.4755 0.740 0.000 0.096 0.164
#> SRR1345146     3  0.4155     0.6855 0.100 0.000 0.828 0.072
#> SRR1324025     3  0.0657     0.7455 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1318879     3  0.3004     0.7191 0.048 0.000 0.892 0.060
#> SRR820755      3  0.4948     0.2192 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1485830     2  0.2843     0.8865 0.020 0.892 0.000 0.088
#> SRR599313      2  0.5035     0.8231 0.056 0.748 0.000 0.196
#> SRR612263      1  0.4205     0.6256 0.820 0.000 0.124 0.056
#> SRR1415398     3  0.3300     0.6916 0.144 0.000 0.848 0.008
#> SRR1326205     2  0.1888     0.9013 0.016 0.940 0.000 0.044
#> SRR1421327     2  0.2256     0.9009 0.020 0.924 0.000 0.056
#> SRR1083311     3  0.0657     0.7460 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1499303     2  0.2741     0.8901 0.012 0.892 0.000 0.096
#> SRR1079522     3  0.6959     0.4606 0.172 0.032 0.656 0.140
#> SRR1452935     3  0.1209     0.7490 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1379495     1  0.2342     0.6684 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1470459     2  0.3907     0.8724 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR661361      3  0.6083     0.5013 0.216 0.000 0.672 0.112
#> SRR615778      4  0.6704     0.8357 0.264 0.000 0.136 0.600
#> SRR1447564     1  0.3107     0.6556 0.884 0.000 0.080 0.036
#> SRR1455195     4  0.6867     0.7526 0.384 0.000 0.108 0.508
#> SRR655182      1  0.4819     0.4523 0.652 0.000 0.344 0.004
#> SRR1335140     2  0.2546     0.9021 0.008 0.900 0.000 0.092
#> SRR1433555     3  0.2399     0.7287 0.032 0.000 0.920 0.048
#> SRR1308650     2  0.3245     0.8904 0.028 0.872 0.000 0.100
#> SRR1388354     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1317446     3  0.0657     0.7455 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1413602     3  0.2816     0.7175 0.036 0.000 0.900 0.064
#> SRR1479955     2  0.3172     0.8904 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR809853      1  0.4312     0.6261 0.812 0.000 0.132 0.056
#> SRR661313      3  0.5016     0.3508 0.396 0.000 0.600 0.004
#> SRR1499935     2  0.2473     0.8869 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR1447303     3  0.1545     0.7473 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR1429408     2  0.1807     0.9014 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR1433950     1  0.2342     0.6697 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1362081     2  0.3942     0.8715 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1409854     1  0.4961     0.2058 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1435229     4  0.7816     0.5652 0.260 0.000 0.340 0.400
#> SRR1085996     1  0.6791    -0.2036 0.564 0.000 0.120 0.316
#> SRR1414229     4  0.6661     0.8353 0.264 0.000 0.132 0.604
#> SRR1400974     3  0.0672     0.7448 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1399971     1  0.2342     0.6684 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR613927      1  0.4608     0.5314 0.692 0.000 0.304 0.004
#> SRR1457854     1  0.3105     0.6577 0.856 0.000 0.140 0.004
#> SRR1473714     2  0.4761     0.8405 0.048 0.768 0.000 0.184
#> SRR813776      3  0.4817     0.3719 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR808196      2  0.3215     0.8910 0.032 0.876 0.000 0.092
#> SRR1101085     2  0.3082     0.8833 0.032 0.884 0.000 0.084
#> SRR614395      1  0.3710     0.6260 0.804 0.000 0.192 0.004
#> SRR1478251     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1370551     2  0.3751     0.8834 0.004 0.800 0.000 0.196
#> SRR1362310     1  0.2342     0.6684 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR665310      3  0.4920     0.4208 0.368 0.000 0.628 0.004
#> SRR1420109     3  0.4509     0.5691 0.288 0.000 0.708 0.004
#> SRR1330920     1  0.7828    -0.3536 0.396 0.000 0.340 0.264
#> SRR1419539     2  0.3037     0.8939 0.020 0.880 0.000 0.100
#> SRR1359447     3  0.1743     0.7452 0.056 0.000 0.940 0.004
#> SRR1347259     2  0.2282     0.8993 0.024 0.924 0.000 0.052
#> SRR613915      3  0.4244     0.6906 0.168 0.000 0.800 0.032
#> SRR1384395     3  0.0524     0.7440 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR821715      3  0.4978     0.3539 0.384 0.000 0.612 0.004
#> SRR1478228     1  0.6065     0.1409 0.644 0.000 0.080 0.276
#> SRR1445637     1  0.4761     0.4808 0.664 0.000 0.332 0.004
#> SRR608150      4  0.6637     0.8284 0.260 0.000 0.132 0.608
#> SRR1096383     1  0.2342     0.6693 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1341480     2  0.3117     0.8885 0.028 0.880 0.000 0.092
#> SRR1341344     1  0.6574    -0.3101 0.532 0.000 0.084 0.384
#> SRR1326270     3  0.5165     0.0748 0.484 0.000 0.512 0.004
#> SRR1498838     3  0.0804     0.7457 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1416313     3  0.0927     0.7469 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR808566      2  0.2198     0.8892 0.008 0.920 0.000 0.072
#> SRR1430270     2  0.3342     0.8921 0.032 0.868 0.000 0.100
#> SRR1367825     3  0.0672     0.7448 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR613533      3  0.1978     0.7418 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR661267      1  0.3444     0.6336 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR810665      2  0.3649     0.8810 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1407250     4  0.6835     0.8358 0.288 0.000 0.136 0.576
#> SRR1420067     4  0.7001     0.6976 0.420 0.000 0.116 0.464
#> SRR1473632     1  0.5393     0.5327 0.688 0.000 0.268 0.044
#> SRR812536      3  0.3761     0.7064 0.068 0.000 0.852 0.080
#> SRR1370850     2  0.3401     0.8908 0.008 0.840 0.000 0.152
#> SRR1486195     2  0.3942     0.8715 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1407671     2  0.2973     0.8916 0.020 0.884 0.000 0.096
#> SRR1446375     3  0.5143     0.2063 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1465230     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR614119      1  0.2760     0.6646 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1356101     2  0.4198     0.8728 0.004 0.768 0.004 0.224
#> SRR1404209     1  0.5168    -0.0149 0.500 0.000 0.496 0.004
#> SRR1392676     2  0.3873     0.8762 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR665538      1  0.3196     0.6627 0.856 0.000 0.136 0.008
#> SRR660510      3  0.1042     0.7474 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1445655     2  0.2915     0.8849 0.028 0.892 0.000 0.080
#> SRR658953      3  0.5495     0.5778 0.176 0.000 0.728 0.096
#> SRR2166459     1  0.4855     0.4353 0.644 0.000 0.352 0.004
#> SRR1070713     2  0.3032     0.8973 0.008 0.868 0.000 0.124
#> SRR1485312     3  0.0937     0.7451 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1317631     2  0.1706     0.9035 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR1488610     4  0.6770     0.8355 0.268 0.000 0.140 0.592
#> SRR1330588     3  0.0779     0.7468 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1316367     4  0.7009     0.7432 0.392 0.000 0.120 0.488
#> SRR1433926     1  0.2197     0.6699 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1091302     2  0.2271     0.8882 0.008 0.916 0.000 0.076
#> SRR818263      1  0.6765    -0.0246 0.576 0.000 0.124 0.300
#> SRR1404909     2  0.2450     0.8886 0.016 0.912 0.000 0.072
#> SRR663076      1  0.2473     0.6681 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR1323577     2  0.3311     0.8959 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1442422     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1465893     1  0.2915     0.6608 0.892 0.000 0.080 0.028
#> SRR654862      1  0.6064     0.1766 0.512 0.000 0.444 0.044
#> SRR1407112     2  0.3215     0.8809 0.032 0.876 0.000 0.092
#> SRR1332969     3  0.1807     0.7415 0.052 0.000 0.940 0.008
#> SRR1353199     3  0.5039     0.3299 0.404 0.000 0.592 0.004
#> SRR1378885     3  0.4964     0.3394 0.380 0.000 0.616 0.004
#> SRR665357      3  0.0524     0.7440 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR662186      2  0.4008     0.8696 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1501020     3  0.4905     0.4143 0.364 0.000 0.632 0.004
#> SRR1347819     3  0.0779     0.7465 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1480813     2  0.3306     0.8908 0.004 0.840 0.000 0.156
#> SRR1472576     2  0.2124     0.8901 0.008 0.924 0.000 0.068
#> SRR1431781     2  0.3404     0.8761 0.032 0.864 0.000 0.104
#> SRR1452270     3  0.1824     0.7191 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR1500472     3  0.7803    -0.4305 0.252 0.000 0.396 0.352
#> SRR1417632     2  0.2473     0.8893 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR1350153     2  0.3311     0.8888 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1458113     4  0.7745     0.4748 0.232 0.000 0.372 0.396
#> SRR1326579     4  0.6924     0.8066 0.340 0.000 0.124 0.536
#> SRR1349363     2  0.3900     0.8907 0.020 0.816 0.000 0.164
#> SRR1096712     3  0.1807     0.7235 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1090407     3  0.1635     0.7447 0.044 0.000 0.948 0.008
#> SRR1083752     2  0.2546     0.8976 0.008 0.900 0.000 0.092
#> SRR1377599     2  0.2142     0.8995 0.016 0.928 0.000 0.056
#> SRR1488449     3  0.1576     0.7476 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1318354     3  0.7380    -0.0177 0.200 0.000 0.512 0.288
#> SRR1359062     3  0.0524     0.7450 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1398924     4  0.7733     0.6275 0.256 0.000 0.304 0.440
#> SRR663783      3  0.0804     0.7466 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1319204     3  0.3935     0.7002 0.100 0.000 0.840 0.060
#> SRR1369070     2  0.3355     0.8902 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR615659      1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1337449     2  0.3873     0.8737 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1316982     2  0.5238     0.8608 0.016 0.752 0.040 0.192
#> SRR1498595     2  0.2546     0.8938 0.008 0.900 0.000 0.092
#> SRR1377423     3  0.4872     0.4522 0.356 0.000 0.640 0.004
#> SRR1312310     2  0.3801     0.8757 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1485613     1  0.3356     0.6380 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1338426     3  0.3521     0.6987 0.052 0.000 0.864 0.084
#> SRR1353309     3  0.2313     0.7375 0.044 0.000 0.924 0.032
#> SRR658941      3  0.7591    -0.3092 0.204 0.000 0.444 0.352
#> SRR1101643     1  0.7964    -0.0598 0.392 0.352 0.004 0.252
#> SRR1401468     1  0.6280    -0.0331 0.604 0.000 0.080 0.316
#> SRR1368874     2  0.3873     0.8737 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1324085     2  0.2593     0.8864 0.016 0.904 0.000 0.080
#> SRR1363858     2  0.4677     0.8473 0.048 0.776 0.000 0.176
#> SRR819820      3  0.4982     0.6346 0.136 0.000 0.772 0.092
#> SRR1337342     4  0.6835     0.8368 0.288 0.000 0.136 0.576
#> SRR655206      2  0.2563     0.8976 0.020 0.908 0.000 0.072
#> SRR1387013     2  0.2466     0.9073 0.004 0.900 0.000 0.096
#> SRR1317410     1  0.6299    -0.0338 0.600 0.000 0.080 0.320
#> SRR608198      4  0.6910     0.8209 0.324 0.000 0.128 0.548
#> SRR1440161     2  0.4198     0.8728 0.004 0.768 0.004 0.224
#> SRR1343741     2  0.3219     0.8906 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1381288     2  0.3356     0.8850 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1415379     2  0.2174     0.8998 0.020 0.928 0.000 0.052
#> SRR1099622     2  0.3172     0.8888 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR663197      3  0.6576     0.3789 0.168 0.000 0.632 0.200
#> SRR1394836     2  0.2988     0.8950 0.012 0.876 0.000 0.112
#> SRR661699      2  0.7795     0.4383 0.092 0.564 0.276 0.068
#> SRR813680      1  0.4978     0.3645 0.612 0.000 0.384 0.004
#> SRR1410678     1  0.2473     0.6681 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR1378109     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1499174     1  0.3969     0.6382 0.804 0.000 0.180 0.016
#> SRR1311486     2  0.3801     0.8781 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1382851     2  0.2401     0.9074 0.004 0.904 0.000 0.092
#> SRR1433410     4  0.6639     0.8342 0.284 0.000 0.120 0.596
#> SRR661167      3  0.1042     0.7489 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1432518     3  0.3485     0.6802 0.028 0.000 0.856 0.116
#> SRR660462      3  0.0804     0.7457 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1374608     2  0.2489     0.8969 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR657949      3  0.4647     0.5470 0.288 0.000 0.704 0.008
#> SRR1308882     2  0.2882     0.8930 0.024 0.892 0.000 0.084
#> SRR655768      1  0.4039     0.6114 0.836 0.000 0.084 0.080
#> SRR1485870     2  0.2730     0.8940 0.016 0.896 0.000 0.088
#> SRR1444138     1  0.5050     0.2986 0.588 0.000 0.408 0.004
#> SRR1417342     1  0.2859     0.6702 0.880 0.000 0.112 0.008
#> SRR1470193     2  0.2706     0.8940 0.020 0.900 0.000 0.080
#> SRR1091380     3  0.4022     0.6957 0.096 0.000 0.836 0.068
#> SRR1099096     1  0.6158     0.0878 0.628 0.000 0.080 0.292
#> SRR1313583     2  0.4070     0.8784 0.044 0.824 0.000 0.132
#> SRR1467102     2  0.4034     0.8834 0.008 0.796 0.004 0.192
#> SRR1485416     2  0.2376     0.8971 0.016 0.916 0.000 0.068
#> SRR818821      3  0.1211     0.7476 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR809963      1  0.3402     0.6456 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1072247     1  0.4292     0.5767 0.820 0.000 0.080 0.100
#> SRR1353710     2  0.1151     0.9019 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR1445259     3  0.6063     0.4797 0.124 0.000 0.680 0.196
#> SRR1408393     3  0.4313     0.5591 0.260 0.000 0.736 0.004
#> SRR1361522     1  0.2342     0.6684 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1368597     1  0.3257     0.6555 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1309680     2  0.3249     0.8931 0.008 0.852 0.000 0.140
#> SRR1310542     3  0.0376     0.7428 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1333485     2  0.3279     0.8791 0.032 0.872 0.000 0.096
#> SRR1406437     2  0.2775     0.8931 0.020 0.896 0.000 0.084
#> SRR1354931     3  0.4761     0.4655 0.332 0.000 0.664 0.004
#> SRR1391856     2  0.2861     0.8955 0.016 0.888 0.000 0.096
#> SRR1446738     2  0.2053     0.8998 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1309032     2  0.3873     0.8735 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1388145     2  0.2921     0.8935 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1432611     2  0.4008     0.8700 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR815869      3  0.0524     0.7435 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR613150      3  0.1610     0.7488 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR1375329     3  0.7609    -0.1981 0.224 0.000 0.464 0.312
#> SRR1387921     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1466792     2  0.3837     0.8747 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1360478     2  0.3266     0.8891 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1360695     1  0.2530     0.6694 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR812943      1  0.6595     0.3153 0.608 0.000 0.268 0.124
#> SRR1400910     3  0.7519    -0.1329 0.208 0.000 0.480 0.312
#> SRR1444203     2  0.2813     0.8854 0.024 0.896 0.000 0.080
#> SRR816177      2  0.2773     0.9052 0.004 0.880 0.000 0.116
#> SRR658754      3  0.1677     0.7329 0.012 0.000 0.948 0.040
#> SRR1429603     2  0.1109     0.9024 0.004 0.968 0.000 0.028
#> SRR1397366     3  0.4800     0.4689 0.340 0.000 0.656 0.004
#> SRR1446028     1  0.6259     0.0787 0.616 0.000 0.084 0.300
#> SRR1083918     2  0.3450     0.8901 0.008 0.836 0.000 0.156
#> SRR1337606     4  0.6612     0.8242 0.256 0.000 0.132 0.612
#> SRR659109      3  0.0804     0.7457 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1337192     4  0.6813     0.7520 0.380 0.000 0.104 0.516
#> SRR656946      1  0.3913     0.6420 0.824 0.000 0.148 0.028
#> SRR1476102     1  0.6844    -0.5955 0.456 0.000 0.100 0.444
#> SRR1476447     1  0.6299    -0.0323 0.600 0.000 0.080 0.320
#> SRR1342067     2  0.3404     0.8761 0.032 0.864 0.000 0.104
#> SRR1385389     2  0.3616     0.8726 0.036 0.852 0.000 0.112
#> SRR1075971     1  0.6158     0.0704 0.628 0.000 0.080 0.292
#> SRR614419      4  0.7001     0.6601 0.420 0.000 0.116 0.464
#> SRR1322936     4  0.6637     0.8284 0.260 0.000 0.132 0.608
#> SRR1349121     1  0.2345     0.6716 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1430549     1  0.6316    -0.0500 0.596 0.000 0.080 0.324
#> SRR612935      3  0.2466     0.7301 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR661481      2  0.3196     0.8951 0.008 0.856 0.000 0.136
#> SRR1354117     2  0.4018     0.8740 0.004 0.772 0.000 0.224
#> SRR1393596     2  0.2489     0.8969 0.020 0.912 0.000 0.068
#> SRR1452164     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1070503     3  0.6831     0.2653 0.352 0.000 0.536 0.112
#> SRR1499894     3  0.1151     0.7490 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR1082883     4  0.6661     0.8311 0.264 0.000 0.132 0.604
#> SRR1468271     1  0.2882     0.6661 0.892 0.000 0.084 0.024
#> SRR1332443     1  0.6316    -0.0487 0.596 0.000 0.080 0.324
#> SRR810295      2  0.3873     0.8735 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR662103      1  0.2542     0.6652 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR1328620     3  0.6381     0.4247 0.152 0.000 0.652 0.196
#> SRR1396294     2  0.2335     0.8988 0.020 0.920 0.000 0.060
#> SRR1419917     1  0.2593     0.6718 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR662114      3  0.7337     0.0411 0.204 0.000 0.524 0.272
#> SRR1489199     1  0.4907     0.2702 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR813584      2  0.3401     0.8929 0.008 0.840 0.000 0.152
#> SRR1069638     3  0.7199     0.1456 0.216 0.000 0.552 0.232
#> SRR614864      3  0.7861    -0.5078 0.272 0.000 0.368 0.360
#> SRR1433392     1  0.4677     0.5097 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR1377777     2  0.2921     0.8964 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR2167710     1  0.5508     0.2747 0.572 0.000 0.408 0.020
#> SRR1401252     2  0.2563     0.8888 0.020 0.908 0.000 0.072
#> SRR1309963     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1338031     1  0.2081     0.6718 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1418628     2  0.3219     0.8893 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1486889     3  0.5459     0.2551 0.432 0.000 0.552 0.016
#> SRR1380393     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1319731     1  0.5962     0.2023 0.660 0.000 0.080 0.260
#> SRR1356468     2  0.3107     0.8933 0.036 0.884 0.000 0.080
#> SRR1337010     2  0.4008     0.8695 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1486520     1  0.6334    -0.0860 0.592 0.000 0.080 0.328
#> SRR1486538     2  0.2813     0.8854 0.024 0.896 0.000 0.080
#> SRR1340486     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1377696     2  0.2053     0.9069 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR1465459     3  0.5151     0.1486 0.464 0.000 0.532 0.004
#> SRR1080270     3  0.0657     0.7455 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1312501     3  0.0779     0.7468 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1093148     4  0.8771     0.6504 0.212 0.076 0.232 0.480
#> SRR1467080     3  0.0657     0.7455 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1410866     2  0.3498     0.8896 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR816475      2  0.2342     0.8874 0.008 0.912 0.000 0.080
#> SRR1379198     2  0.3616     0.8726 0.036 0.852 0.000 0.112
#> SRR613342      3  0.3791     0.6754 0.200 0.000 0.796 0.004
#> SRR1452246     2  0.3311     0.8972 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1338836     2  0.3402     0.8894 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR1369129     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1396616     3  0.2799     0.7308 0.108 0.000 0.884 0.008
#> SRR813824      3  0.3791     0.6747 0.200 0.000 0.796 0.004
#> SRR1082376     1  0.4420     0.5917 0.748 0.000 0.240 0.012
#> SRR1500891     2  0.2882     0.8843 0.024 0.892 0.000 0.084
#> SRR807543      1  0.5088     0.2518 0.572 0.000 0.424 0.004
#> SRR1091572     1  0.4274     0.6286 0.808 0.000 0.148 0.044
#> SRR1346689     2  0.1488     0.9006 0.012 0.956 0.000 0.032
#> SRR1332424     4  0.6664     0.8370 0.272 0.000 0.128 0.600
#> SRR663729      2  0.4499     0.8607 0.048 0.792 0.000 0.160
#> SRR1097013     1  0.4837     0.4422 0.648 0.000 0.348 0.004
#> SRR613675      4  0.6617     0.8236 0.264 0.000 0.128 0.608
#> SRR1485357     2  0.2984     0.8839 0.028 0.888 0.000 0.084
#> SRR655816      3  0.4511     0.5755 0.268 0.000 0.724 0.008
#> SRR1500113     1  0.2266     0.6719 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1437622     2  0.2737     0.8934 0.008 0.888 0.000 0.104
#> SRR1355172     1  0.4837     0.4565 0.648 0.000 0.348 0.004
#> SRR655531      4  0.6716     0.7188 0.404 0.000 0.092 0.504
#> SRR1338147     3  0.1489     0.7452 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1413329     3  0.5808     0.2532 0.424 0.000 0.544 0.032
#> SRR1485931     2  0.3764     0.8783 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1420873     1  0.6180     0.0525 0.624 0.000 0.080 0.296
#> SRR1333308     2  0.3497     0.8875 0.036 0.860 0.000 0.104
#> SRR1452033     1  0.2197     0.6703 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1467316     2  0.3351     0.8921 0.008 0.844 0.000 0.148
#> SRR809018      3  0.0672     0.7448 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1375351     2  0.3311     0.8878 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR663440      3  0.4543     0.4995 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1471755     2  0.3498     0.8908 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR808019      4  0.6918     0.6700 0.420 0.000 0.108 0.472
#> SRR1479133     3  0.5203     0.4760 0.348 0.000 0.636 0.016
#> SRR615069      3  0.7820    -0.4684 0.256 0.000 0.384 0.360
#> SRR1456185     2  0.3182     0.8899 0.028 0.876 0.000 0.096
#> SRR1350069     2  0.2363     0.8995 0.024 0.920 0.000 0.056
#> SRR816316      1  0.4535     0.5648 0.804 0.000 0.084 0.112
#> SRR664795      1  0.4837     0.4588 0.648 0.000 0.348 0.004
#> SRR1490721     2  0.2662     0.8978 0.016 0.900 0.000 0.084
#> SRR810643      1  0.6508    -0.2422 0.556 0.000 0.084 0.360
#> SRR1430333     3  0.7832    -0.4807 0.260 0.000 0.380 0.360
#> SRR1085285     3  0.3791     0.6746 0.200 0.000 0.796 0.004
#> SRR1099072     3  0.4872     0.4456 0.356 0.000 0.640 0.004
#> SRR1317985     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1487340     1  0.5522     0.3619 0.716 0.000 0.080 0.204
#> SRR1420276     3  0.0927     0.7410 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1351347     3  0.1305     0.7487 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR1405525     4  0.7026     0.7186 0.404 0.000 0.120 0.476
#> SRR1370329     1  0.7391     0.2382 0.616 0.104 0.052 0.228
#> SRR1465001     1  0.3833     0.6159 0.848 0.000 0.080 0.072
#> SRR1476525     2  0.3450     0.8903 0.008 0.836 0.000 0.156
#> SRR819610      2  0.1284     0.9034 0.012 0.964 0.000 0.024
#> SRR2157314     1  0.2706     0.6644 0.900 0.000 0.080 0.020
#> SRR1409465     2  0.3074     0.8899 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR809987      2  0.3706     0.8860 0.040 0.848 0.000 0.112
#> SRR613639      1  0.3647     0.6537 0.832 0.000 0.152 0.016
#> SRR1402285     2  0.3037     0.8947 0.036 0.888 0.000 0.076
#> SRR1077038     1  0.4819     0.4613 0.652 0.000 0.344 0.004
#> SRR1405660     3  0.2699     0.7145 0.028 0.000 0.904 0.068
#> SRR1095455     3  0.6407     0.1700 0.412 0.000 0.520 0.068
#> SRR1394734     2  0.3498     0.8907 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR1317771     1  0.3969     0.6402 0.804 0.000 0.180 0.016
#> SRR1365894     2  0.2714     0.8976 0.004 0.884 0.000 0.112
#> SRR1073581     1  0.3935     0.6491 0.840 0.000 0.100 0.060
#> SRR659804      1  0.2915     0.6600 0.892 0.000 0.080 0.028
#> SRR1345914     2  0.3649     0.8833 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1432186     2  0.3402     0.8896 0.004 0.832 0.000 0.164
#> SRR1473529     2  0.2546     0.8967 0.008 0.900 0.000 0.092
#> SRR660764      3  0.4017     0.6871 0.128 0.000 0.828 0.044
#> SRR820448      1  0.2662     0.6654 0.900 0.000 0.084 0.016
#> SRR1328845     2  0.2882     0.8945 0.024 0.892 0.000 0.084
#> SRR1336415     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1379065     2  0.3215     0.8805 0.032 0.876 0.000 0.092
#> SRR1459190     3  0.1004     0.7492 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1346773     1  0.6752    -0.5833 0.468 0.000 0.092 0.440
#> SRR1499521     1  0.6280    -0.0370 0.604 0.000 0.080 0.316
#> SRR1440898     2  0.3123     0.8895 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1347459     3  0.3616     0.7073 0.112 0.000 0.852 0.036
#> SRR1081209     2  0.3942     0.8723 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1400202     1  0.3013     0.6585 0.888 0.000 0.080 0.032
#> SRR1333395     2  0.2706     0.8948 0.020 0.900 0.000 0.080
#> SRR1309248     2  0.2053     0.8994 0.004 0.924 0.000 0.072
#> SRR809161      3  0.5143     0.1696 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1316320     2  0.3143     0.8902 0.024 0.876 0.000 0.100
#> SRR1432629     2  0.3355     0.8928 0.004 0.836 0.000 0.160
#> SRR1498931     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1416578     2  0.2623     0.9003 0.028 0.908 0.000 0.064
#> SRR1405547     3  0.0672     0.7448 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1470534     2  0.3616     0.8726 0.036 0.852 0.000 0.112
#> SRR1380764     4  0.6795     0.6624 0.432 0.000 0.096 0.472
#> SRR1309160     3  0.0657     0.7455 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR663489      3  0.0376     0.7428 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1500450     1  0.5203     0.4552 0.636 0.000 0.348 0.016
#> SRR1078489     3  0.3505     0.7033 0.048 0.000 0.864 0.088
#> SRR1332648     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR660614      3  0.4388     0.6721 0.132 0.000 0.808 0.060
#> SRR1470420     2  0.3907     0.8724 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1475566     1  0.3370     0.6485 0.872 0.000 0.080 0.048
#> SRR1477949     1  0.2882     0.6654 0.892 0.000 0.084 0.024
#> SRR1481419     2  0.3311     0.8888 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1464766     1  0.4053     0.5968 0.768 0.000 0.228 0.004
#> SRR615946      3  0.4905     0.4400 0.364 0.000 0.632 0.004
#> SRR1446481     2  0.3257     0.8921 0.004 0.844 0.000 0.152
#> SRR1467656     2  0.3266     0.8888 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1402962     4  0.7016     0.8196 0.320 0.000 0.140 0.540
#> SRR660224      2  0.3942     0.8723 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR665586      1  0.4252     0.5779 0.744 0.000 0.252 0.004
#> SRR1347166     4  0.6747     0.8340 0.264 0.000 0.140 0.596
#> SRR1485722     4  0.6783     0.8316 0.304 0.000 0.124 0.572
#> SRR1415316     1  0.3796     0.6319 0.848 0.000 0.096 0.056
#> SRR613390      1  0.2334     0.6720 0.908 0.000 0.088 0.004
#> SRR661108      3  0.3439     0.7183 0.084 0.000 0.868 0.048
#> SRR2170173     3  0.5290     0.1225 0.476 0.000 0.516 0.008
#> SRR817329      1  0.5151     0.1162 0.532 0.000 0.464 0.004
#> SRR1401990     2  0.1510     0.9022 0.016 0.956 0.000 0.028
#> SRR1467745     2  0.2859     0.8918 0.008 0.880 0.000 0.112
#> SRR1471795     2  0.3498     0.8895 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR1415637     2  0.3837     0.8776 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR813137      1  0.3271     0.6651 0.856 0.000 0.132 0.012
#> SRR1314873     1  0.2984     0.6601 0.888 0.000 0.084 0.028
#> SRR1401211     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1419692     2  0.3404     0.8772 0.032 0.864 0.000 0.104
#> SRR818797      1  0.2843     0.6654 0.892 0.000 0.088 0.020
#> SRR2164608     3  0.3474     0.7186 0.064 0.000 0.868 0.068
#> SRR1455586     2  0.4198     0.8740 0.004 0.768 0.004 0.224
#> SRR819459      3  0.0592     0.7475 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1488939     2  0.3300     0.8924 0.008 0.848 0.000 0.144
#> SRR1433232     2  0.3498     0.8915 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR1385501     1  0.5161     0.0588 0.520 0.000 0.476 0.004
#> SRR1361652     3  0.7717    -0.4462 0.224 0.000 0.388 0.388
#> SRR1437119     1  0.2342     0.6684 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1478547     3  0.1256     0.7496 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1430910     3  0.7211     0.1119 0.192 0.000 0.544 0.264
#> SRR1310584     1  0.6334    -0.0654 0.592 0.000 0.080 0.328
#> SRR1500216     2  0.5564     0.7813 0.076 0.708 0.000 0.216
#> SRR1486762     3  0.2125     0.7426 0.076 0.000 0.920 0.004
#> SRR1480854     2  0.2742     0.8954 0.024 0.900 0.000 0.076
#> SRR1489394     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1418085     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1340221     2  0.3182     0.8923 0.028 0.876 0.000 0.096
#> SRR1473058     2  0.1722     0.8952 0.008 0.944 0.000 0.048
#> SRR1405165     3  0.7542    -0.1631 0.176 0.004 0.484 0.336
#> SRR1433004     1  0.3300     0.6569 0.848 0.000 0.144 0.008
#> SRR1471477     1  0.4868     0.5592 0.720 0.000 0.256 0.024
#> SRR1098567     2  0.3942     0.8715 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1098712     2  0.2775     0.8931 0.020 0.896 0.000 0.084
#> SRR1455038     1  0.6382    -0.1212 0.580 0.000 0.080 0.340
#> SRR1375248     2  0.4303     0.8731 0.004 0.768 0.008 0.220
#> SRR1403005     3  0.4535     0.5256 0.292 0.000 0.704 0.004
#> SRR1348378     2  0.1902     0.9084 0.004 0.932 0.000 0.064
#> SRR1413541     1  0.4122     0.5934 0.760 0.000 0.236 0.004
#> SRR1392943     2  0.3107     0.8934 0.036 0.884 0.000 0.080
#> SRR1475192     3  0.1042     0.7487 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR1432085     2  0.3448     0.8899 0.004 0.828 0.000 0.168
#> SRR1452468     3  0.7715    -0.3024 0.240 0.000 0.436 0.324
#> SRR1347060     3  0.0657     0.7460 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1414139     2  0.3432     0.8927 0.004 0.848 0.008 0.140
#> SRR1447962     2  0.3907     0.8724 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1444324     2  0.4053     0.8729 0.004 0.768 0.000 0.228
#> SRR1415004     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1413436     1  0.6652    -0.4198 0.516 0.000 0.088 0.396
#> SRR1311266     4  0.6919     0.7957 0.352 0.000 0.120 0.528
#> SRR1343302     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1373746     1  0.3198     0.6520 0.880 0.000 0.080 0.040
#> SRR1429678     1  0.2011     0.6709 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1469413     2  0.3837     0.8753 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1405331     1  0.5372     0.1688 0.544 0.000 0.444 0.012
#> SRR1345609     1  0.4938     0.4905 0.772 0.000 0.080 0.148
#> SRR1380208     2  0.2796     0.8933 0.016 0.892 0.000 0.092
#> SRR1322840     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1399797     3  0.2401     0.7343 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR1416654     3  0.0895     0.7478 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1315081     3  0.1510     0.7412 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1369196     3  0.0657     0.7455 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1400847     1  0.2197     0.6703 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1365291     3  0.2654     0.7314 0.108 0.000 0.888 0.004
#> SRR1367920     2  0.2335     0.9004 0.020 0.920 0.000 0.060
#> SRR1366648     3  0.0804     0.7457 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1441679     2  0.3942     0.8718 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1082173     3  0.5010     0.6373 0.108 0.000 0.772 0.120
#> SRR1363968     1  0.6334    -0.0923 0.592 0.000 0.080 0.328
#> SRR814387      1  0.6136     0.0883 0.632 0.000 0.080 0.288
#> SRR657599      1  0.6599    -0.4873 0.488 0.000 0.080 0.432
#> SRR1386689     2  0.3404     0.8766 0.032 0.864 0.000 0.104
#> SRR1395575     3  0.4632     0.5243 0.308 0.000 0.688 0.004
#> SRR1453811     1  0.4468     0.5905 0.752 0.000 0.232 0.016
#> SRR1441159     4  0.6758     0.7133 0.400 0.000 0.096 0.504
#> SRR1403154     2  0.3523     0.8728 0.032 0.856 0.000 0.112
#> SRR1468722     3  0.0804     0.7457 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1310275     3  0.4227     0.6824 0.060 0.000 0.820 0.120

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.3019    0.81271 0.864 0.000 0.088 0.000 0.048
#> SRR1331708     5  0.5303    0.77321 0.108 0.000 0.232 0.000 0.660
#> SRR1464258     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1454201     5  0.5222    0.80306 0.196 0.000 0.124 0.000 0.680
#> SRR661589      3  0.2574    0.79619 0.112 0.000 0.876 0.012 0.000
#> SRR1456229     1  0.2471    0.79802 0.864 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.2629    0.69319 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR1488960     1  0.3812    0.77461 0.812 0.000 0.092 0.000 0.096
#> SRR1417809     4  0.6307    0.54469 0.020 0.404 0.000 0.484 0.092
#> SRR1094457     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1095575     3  0.4607    0.45380 0.368 0.000 0.616 0.012 0.004
#> SRR1315931     1  0.4923    0.64612 0.700 0.000 0.088 0.000 0.212
#> SRR1430066     3  0.0671    0.81818 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1431037     3  0.0671    0.81818 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1395554     3  0.0955    0.81955 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR818002      2  0.4491    0.41741 0.000 0.624 0.004 0.364 0.008
#> SRR1344143     2  0.5359    0.01446 0.000 0.616 0.000 0.304 0.080
#> SRR1486845     4  0.1739    0.66761 0.000 0.024 0.004 0.940 0.032
#> SRR1362866     5  0.5205    0.77779 0.104 0.000 0.224 0.000 0.672
#> SRR1490740     1  0.2408    0.81967 0.892 0.000 0.092 0.000 0.016
#> SRR1446627     2  0.1928    0.76729 0.000 0.920 0.004 0.004 0.072
#> SRR1456138     2  0.3643    0.64305 0.000 0.776 0.004 0.212 0.008
#> SRR1416248     1  0.5422    0.44689 0.616 0.000 0.088 0.000 0.296
#> SRR1383907     4  0.2972    0.68158 0.000 0.108 0.004 0.864 0.024
#> SRR1311018     1  0.2871    0.81433 0.872 0.000 0.088 0.000 0.040
#> SRR1375699     4  0.6287    0.49981 0.016 0.432 0.000 0.456 0.096
#> SRR1429846     3  0.4383    0.29218 0.424 0.000 0.572 0.004 0.000
#> SRR613550      3  0.3391    0.74178 0.188 0.000 0.800 0.012 0.000
#> SRR1348402     1  0.3255    0.80922 0.848 0.000 0.100 0.000 0.052
#> SRR1345146     3  0.2124    0.79889 0.056 0.000 0.916 0.000 0.028
#> SRR1324025     3  0.0671    0.81838 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1318879     3  0.1300    0.81031 0.028 0.000 0.956 0.000 0.016
#> SRR820755      3  0.5178    0.00394 0.476 0.000 0.484 0.000 0.040
#> SRR1485830     4  0.2575    0.69735 0.012 0.100 0.000 0.884 0.004
#> SRR599313      4  0.7335    0.53185 0.088 0.332 0.000 0.468 0.112
#> SRR612263      1  0.4038    0.77577 0.792 0.000 0.128 0.000 0.080
#> SRR1415398     3  0.2575    0.78577 0.100 0.000 0.884 0.012 0.004
#> SRR1326205     4  0.6154    0.56347 0.020 0.388 0.000 0.512 0.080
#> SRR1421327     4  0.4880    0.66148 0.016 0.240 0.004 0.708 0.032
#> SRR1083311     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1499303     4  0.2497    0.68121 0.000 0.112 0.004 0.880 0.004
#> SRR1079522     3  0.4582    0.70659 0.084 0.000 0.792 0.060 0.064
#> SRR1452935     3  0.1124    0.81870 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1379495     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1470459     2  0.1608    0.76512 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR661361      3  0.3485    0.76624 0.124 0.000 0.828 0.000 0.048
#> SRR615778      5  0.4734    0.80085 0.160 0.000 0.108 0.000 0.732
#> SRR1447564     1  0.3291    0.80237 0.848 0.000 0.088 0.000 0.064
#> SRR1455195     5  0.5037    0.76575 0.228 0.000 0.088 0.000 0.684
#> SRR655182      1  0.3210    0.72337 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.3797    0.60582 0.000 0.756 0.004 0.232 0.008
#> SRR1433555     3  0.0693    0.80922 0.008 0.000 0.980 0.000 0.012
#> SRR1308650     4  0.6491    0.52252 0.016 0.408 0.004 0.468 0.104
#> SRR1388354     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1317446     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1413602     3  0.1668    0.80015 0.032 0.000 0.940 0.000 0.028
#> SRR1479955     2  0.1798    0.74914 0.000 0.928 0.004 0.064 0.004
#> SRR809853      1  0.4016    0.76653 0.796 0.000 0.112 0.000 0.092
#> SRR661313      3  0.4470    0.43468 0.372 0.000 0.616 0.012 0.000
#> SRR1499935     4  0.3006    0.68456 0.000 0.156 0.004 0.836 0.004
#> SRR1447303     3  0.2077    0.80126 0.084 0.000 0.908 0.000 0.008
#> SRR1429408     4  0.4533    0.65046 0.000 0.260 0.004 0.704 0.032
#> SRR1433950     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1362081     2  0.1965    0.75967 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1409854     1  0.5080    0.43371 0.588 0.000 0.368 0.000 0.044
#> SRR1435229     5  0.5618    0.72875 0.112 0.000 0.280 0.000 0.608
#> SRR1085996     1  0.6172    0.01369 0.500 0.000 0.144 0.000 0.356
#> SRR1414229     5  0.4855    0.79752 0.112 0.000 0.168 0.000 0.720
#> SRR1400974     3  0.0854    0.81708 0.012 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR1399971     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR613927      1  0.2561    0.79140 0.856 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.2280    0.80789 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1473714     4  0.7328    0.53231 0.084 0.332 0.000 0.468 0.116
#> SRR813776      3  0.4650    0.10752 0.468 0.000 0.520 0.000 0.012
#> SRR808196      4  0.6488    0.54757 0.028 0.396 0.000 0.480 0.096
#> SRR1101085     4  0.2919    0.67821 0.000 0.104 0.004 0.868 0.024
#> SRR614395      1  0.2612    0.80996 0.868 0.000 0.124 0.000 0.008
#> SRR1478251     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1370551     2  0.2473    0.76508 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072
#> SRR1362310     1  0.2712    0.81619 0.880 0.000 0.088 0.000 0.032
#> SRR665310      3  0.4044    0.67095 0.252 0.000 0.732 0.012 0.004
#> SRR1420109     3  0.2833    0.79318 0.120 0.000 0.864 0.012 0.004
#> SRR1330920     5  0.6754    0.49895 0.272 0.000 0.332 0.000 0.396
#> SRR1419539     4  0.5893    0.50259 0.000 0.436 0.000 0.464 0.100
#> SRR1359447     3  0.1408    0.81825 0.044 0.000 0.948 0.000 0.008
#> SRR1347259     4  0.6312    0.53499 0.020 0.408 0.000 0.480 0.092
#> SRR613915      3  0.4589    0.61017 0.248 0.000 0.704 0.000 0.048
#> SRR1384395     3  0.0613    0.81520 0.008 0.000 0.984 0.004 0.004
#> SRR821715      3  0.4517    0.33189 0.388 0.000 0.600 0.012 0.000
#> SRR1478228     1  0.4482    0.70542 0.752 0.000 0.088 0.000 0.160
#> SRR1445637     1  0.2806    0.78338 0.844 0.000 0.152 0.000 0.004
#> SRR608150      5  0.4884    0.80326 0.128 0.000 0.152 0.000 0.720
#> SRR1096383     1  0.2351    0.81869 0.896 0.000 0.088 0.000 0.016
#> SRR1341480     4  0.3355    0.68247 0.008 0.116 0.004 0.848 0.024
#> SRR1341344     5  0.5691    0.42832 0.376 0.000 0.088 0.000 0.536
#> SRR1326270     1  0.4610    0.26285 0.556 0.000 0.432 0.012 0.000
#> SRR1498838     3  0.1074    0.81757 0.016 0.000 0.968 0.012 0.004
#> SRR1416313     3  0.1267    0.81793 0.024 0.000 0.960 0.012 0.004
#> SRR808566      4  0.3365    0.67858 0.000 0.180 0.004 0.808 0.008
#> SRR1430270     4  0.5936    0.64418 0.044 0.252 0.000 0.636 0.068
#> SRR1367825     3  0.0727    0.81704 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR613533      3  0.1638    0.81709 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> SRR661267      1  0.2536    0.80456 0.868 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR810665      2  0.1877    0.76925 0.000 0.924 0.000 0.012 0.064
#> SRR1407250     5  0.5144    0.80666 0.176 0.000 0.132 0.000 0.692
#> SRR1420067     5  0.5354    0.75864 0.240 0.000 0.108 0.000 0.652
#> SRR1473632     1  0.5082    0.64431 0.680 0.000 0.244 0.004 0.072
#> SRR812536      3  0.1809    0.80688 0.060 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR1370850     2  0.3001    0.71313 0.000 0.844 0.004 0.144 0.008
#> SRR1486195     2  0.1732    0.76398 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1407671     4  0.5932    0.49547 0.000 0.440 0.000 0.456 0.104
#> SRR1446375     3  0.4403    0.56981 0.316 0.000 0.668 0.012 0.004
#> SRR1465230     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR614119      1  0.2179    0.81136 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.2612    0.74739 0.000 0.868 0.000 0.008 0.124
#> SRR1404209     1  0.4426    0.42098 0.612 0.000 0.380 0.004 0.004
#> SRR1392676     2  0.2069    0.76882 0.000 0.912 0.000 0.012 0.076
#> SRR665538      1  0.2389    0.81002 0.880 0.000 0.116 0.000 0.004
#> SRR660510      3  0.1442    0.81668 0.032 0.000 0.952 0.012 0.004
#> SRR1445655     4  0.2482    0.68018 0.000 0.084 0.000 0.892 0.024
#> SRR658953      3  0.2597    0.79340 0.092 0.000 0.884 0.000 0.024
#> SRR2166459     1  0.2970    0.77080 0.828 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR1070713     2  0.5492   -0.41403 0.000 0.504 0.000 0.432 0.064
#> SRR1485312     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1317631     4  0.5963    0.59024 0.020 0.348 0.000 0.560 0.072
#> SRR1488610     5  0.4916    0.80549 0.160 0.000 0.124 0.000 0.716
#> SRR1330588     3  0.0771    0.81920 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1316367     5  0.5060    0.76228 0.224 0.000 0.092 0.000 0.684
#> SRR1433926     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1091302     4  0.3048    0.68471 0.000 0.176 0.000 0.820 0.004
#> SRR818263      5  0.5985    0.34021 0.408 0.000 0.112 0.000 0.480
#> SRR1404909     4  0.2956    0.67556 0.000 0.140 0.004 0.848 0.008
#> SRR663076      1  0.2793    0.81548 0.876 0.000 0.088 0.000 0.036
#> SRR1323577     2  0.2720    0.73559 0.000 0.880 0.004 0.096 0.020
#> SRR1442422     4  0.1300    0.66391 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1465893     1  0.3019    0.81292 0.864 0.000 0.088 0.000 0.048
#> SRR654862      1  0.5851    0.42246 0.580 0.000 0.288 0.000 0.132
#> SRR1407112     4  0.1300    0.66391 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1332969     3  0.1970    0.80932 0.060 0.000 0.924 0.012 0.004
#> SRR1353199     3  0.4507    0.51548 0.340 0.000 0.644 0.012 0.004
#> SRR1378885     3  0.4787    0.13654 0.432 0.000 0.548 0.000 0.020
#> SRR665357      3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR662186      2  0.2536    0.74703 0.000 0.868 0.000 0.004 0.128
#> SRR1501020     3  0.3720    0.69170 0.228 0.000 0.760 0.012 0.000
#> SRR1347819     3  0.0771    0.81913 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1480813     2  0.2672    0.73087 0.000 0.872 0.004 0.116 0.008
#> SRR1472576     4  0.3170    0.68117 0.000 0.160 0.004 0.828 0.008
#> SRR1431781     4  0.2304    0.67874 0.000 0.068 0.004 0.908 0.020
#> SRR1452270     3  0.0404    0.80663 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1500472     5  0.5959    0.48269 0.108 0.000 0.420 0.000 0.472
#> SRR1417632     4  0.3511    0.67782 0.000 0.184 0.004 0.800 0.012
#> SRR1350153     2  0.2463    0.73891 0.000 0.888 0.004 0.100 0.008
#> SRR1458113     5  0.5688    0.65608 0.100 0.000 0.328 0.000 0.572
#> SRR1326579     5  0.5076    0.79195 0.200 0.000 0.108 0.000 0.692
#> SRR1349363     2  0.3838    0.63649 0.008 0.820 0.000 0.108 0.064
#> SRR1096712     3  0.0794    0.79043 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1090407     3  0.1605    0.81747 0.040 0.000 0.944 0.012 0.004
#> SRR1083752     2  0.4538    0.24437 0.000 0.564 0.004 0.428 0.004
#> SRR1377599     4  0.4440    0.67292 0.008 0.208 0.004 0.748 0.032
#> SRR1488449     3  0.1670    0.81969 0.052 0.000 0.936 0.012 0.000
#> SRR1318354     3  0.5867   -0.25653 0.100 0.000 0.496 0.000 0.404
#> SRR1359062     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1398924     5  0.5211    0.77144 0.100 0.000 0.232 0.000 0.668
#> SRR663783      3  0.0960    0.81862 0.016 0.000 0.972 0.008 0.004
#> SRR1319204     3  0.1943    0.80563 0.056 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR1369070     2  0.2865    0.72125 0.000 0.856 0.004 0.132 0.008
#> SRR615659      1  0.2540    0.81801 0.888 0.000 0.088 0.000 0.024
#> SRR1337449     2  0.1704    0.76675 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1316982     2  0.3752    0.69397 0.000 0.828 0.072 0.008 0.092
#> SRR1498595     4  0.3797    0.63870 0.000 0.232 0.004 0.756 0.008
#> SRR1377423     3  0.3596    0.72167 0.212 0.000 0.776 0.012 0.000
#> SRR1312310     2  0.1792    0.76305 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1485613     1  0.2439    0.80637 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1338426     3  0.2370    0.77940 0.040 0.000 0.904 0.000 0.056
#> SRR1353309     3  0.1444    0.81500 0.040 0.000 0.948 0.000 0.012
#> SRR658941      5  0.5915    0.55350 0.108 0.000 0.384 0.000 0.508
#> SRR1101643     1  0.7887   -0.02131 0.468 0.196 0.000 0.140 0.196
#> SRR1401468     1  0.5785    0.03877 0.504 0.000 0.092 0.000 0.404
#> SRR1368874     2  0.1671    0.76467 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1324085     4  0.2052    0.68581 0.000 0.080 0.004 0.912 0.004
#> SRR1363858     4  0.7301    0.53397 0.084 0.336 0.000 0.468 0.112
#> SRR819820      3  0.2359    0.79280 0.060 0.000 0.904 0.000 0.036
#> SRR1337342     5  0.4946    0.80442 0.168 0.000 0.120 0.000 0.712
#> SRR655206      4  0.5959    0.52163 0.000 0.420 0.000 0.472 0.108
#> SRR1387013     4  0.5192    0.41376 0.000 0.472 0.004 0.492 0.032
#> SRR1317410     1  0.5282    0.51527 0.644 0.000 0.088 0.000 0.268
#> SRR608198      5  0.4797    0.79732 0.172 0.000 0.104 0.000 0.724
#> SRR1440161     2  0.2624    0.74967 0.000 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR1343741     2  0.2784    0.73906 0.000 0.872 0.004 0.108 0.016
#> SRR1381288     2  0.2331    0.76850 0.000 0.908 0.004 0.024 0.064
#> SRR1415379     4  0.6174    0.58866 0.024 0.360 0.000 0.536 0.080
#> SRR1099622     2  0.2024    0.74629 0.004 0.920 0.004 0.068 0.004
#> SRR663197      3  0.3798    0.68914 0.064 0.000 0.808 0.000 0.128
#> SRR1394836     4  0.5895    0.49059 0.000 0.444 0.000 0.456 0.100
#> SRR661699      3  0.7742    0.23908 0.056 0.184 0.524 0.204 0.032
#> SRR813680      1  0.3333    0.73097 0.788 0.000 0.208 0.004 0.000
#> SRR1410678     1  0.2793    0.81574 0.876 0.000 0.088 0.000 0.036
#> SRR1378109     4  0.1300    0.66391 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1499174     1  0.2787    0.81812 0.880 0.000 0.088 0.004 0.028
#> SRR1311486     2  0.2166    0.76844 0.000 0.912 0.004 0.012 0.072
#> SRR1382851     4  0.5149    0.49971 0.000 0.424 0.004 0.540 0.032
#> SRR1433410     5  0.4761    0.79861 0.168 0.000 0.104 0.000 0.728
#> SRR661167      3  0.1153    0.81974 0.024 0.000 0.964 0.008 0.004
#> SRR1432518     3  0.1211    0.80912 0.024 0.000 0.960 0.000 0.016
#> SRR660462      3  0.1173    0.81818 0.020 0.000 0.964 0.012 0.004
#> SRR1374608     4  0.6307    0.54191 0.020 0.404 0.000 0.484 0.092
#> SRR657949      3  0.3635    0.66902 0.248 0.000 0.748 0.000 0.004
#> SRR1308882     4  0.4218    0.68910 0.016 0.168 0.004 0.784 0.028
#> SRR655768      1  0.4104    0.75804 0.788 0.000 0.088 0.000 0.124
#> SRR1485870     4  0.6075    0.48847 0.004 0.444 0.000 0.448 0.104
#> SRR1444138     1  0.3737    0.70558 0.764 0.000 0.224 0.008 0.004
#> SRR1417342     1  0.2616    0.82017 0.880 0.000 0.100 0.000 0.020
#> SRR1470193     4  0.5959    0.52163 0.000 0.420 0.000 0.472 0.108
#> SRR1091380     3  0.1943    0.80334 0.056 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR1099096     1  0.5010    0.60611 0.688 0.000 0.088 0.000 0.224
#> SRR1313583     4  0.6520    0.56854 0.060 0.348 0.000 0.528 0.064
#> SRR1467102     2  0.4049    0.68432 0.000 0.780 0.000 0.056 0.164
#> SRR1485416     4  0.4211    0.67773 0.008 0.200 0.004 0.764 0.024
#> SRR818821      3  0.1121    0.81827 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.2280    0.80796 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.3649    0.78664 0.824 0.000 0.088 0.000 0.088
#> SRR1353710     4  0.5410    0.59596 0.016 0.348 0.000 0.596 0.040
#> SRR1445259     3  0.5440    0.20530 0.088 0.000 0.612 0.000 0.300
#> SRR1408393     3  0.3280    0.72011 0.176 0.000 0.812 0.012 0.000
#> SRR1361522     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1368597     1  0.2230    0.80889 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.2621    0.73340 0.000 0.876 0.004 0.112 0.008
#> SRR1310542     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1333485     4  0.2484    0.67926 0.000 0.068 0.004 0.900 0.028
#> SRR1406437     4  0.5959    0.52163 0.000 0.420 0.000 0.472 0.108
#> SRR1354931     3  0.4109    0.57842 0.288 0.000 0.700 0.012 0.000
#> SRR1391856     2  0.5895   -0.48277 0.000 0.456 0.000 0.444 0.100
#> SRR1446738     4  0.6323    0.49816 0.024 0.436 0.000 0.456 0.084
#> SRR1309032     2  0.1544    0.76554 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1388145     2  0.1891    0.74718 0.004 0.928 0.004 0.060 0.004
#> SRR1432611     2  0.2068    0.76318 0.000 0.904 0.000 0.004 0.092
#> SRR815869      3  0.0854    0.81502 0.012 0.000 0.976 0.004 0.008
#> SRR613150      3  0.1502    0.81933 0.056 0.000 0.940 0.000 0.004
#> SRR1375329     3  0.5884   -0.30761 0.100 0.000 0.480 0.000 0.420
#> SRR1387921     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1466792     2  0.1732    0.76404 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1360478     2  0.2885    0.76282 0.000 0.880 0.004 0.052 0.064
#> SRR1360695     1  0.2286    0.81435 0.888 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR812943      3  0.6229    0.04068 0.392 0.000 0.464 0.000 0.144
#> SRR1400910     3  0.5831   -0.24584 0.096 0.000 0.496 0.000 0.408
#> SRR1444203     4  0.2011    0.69252 0.000 0.088 0.004 0.908 0.000
#> SRR816177      2  0.4618    0.39915 0.000 0.636 0.004 0.344 0.016
#> SRR658754      3  0.0798    0.81797 0.016 0.000 0.976 0.000 0.008
#> SRR1429603     4  0.5868    0.59954 0.016 0.332 0.004 0.584 0.064
#> SRR1397366     3  0.3783    0.71255 0.216 0.000 0.768 0.012 0.004
#> SRR1446028     1  0.5422    0.49833 0.616 0.000 0.088 0.000 0.296
#> SRR1083918     2  0.3737    0.63050 0.000 0.764 0.004 0.224 0.008
#> SRR1337606     5  0.4886    0.78826 0.100 0.000 0.188 0.000 0.712
#> SRR659109      3  0.0727    0.81704 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1337192     5  0.4752    0.78651 0.184 0.000 0.092 0.000 0.724
#> SRR656946      1  0.4564    0.60047 0.696 0.000 0.272 0.008 0.024
#> SRR1476102     5  0.5639    0.70614 0.260 0.000 0.124 0.000 0.616
#> SRR1476447     1  0.5238    0.53698 0.652 0.000 0.088 0.000 0.260
#> SRR1342067     4  0.2152    0.67113 0.000 0.044 0.004 0.920 0.032
#> SRR1385389     4  0.1356    0.66239 0.000 0.012 0.004 0.956 0.028
#> SRR1075971     1  0.4832    0.64930 0.712 0.000 0.088 0.000 0.200
#> SRR614419      5  0.5237    0.75561 0.236 0.000 0.100 0.000 0.664
#> SRR1322936     5  0.4855    0.79752 0.112 0.000 0.168 0.000 0.720
#> SRR1349121     1  0.2361    0.81759 0.892 0.000 0.096 0.000 0.012
#> SRR1430549     1  0.5700    0.16919 0.532 0.000 0.088 0.000 0.380
#> SRR612935      3  0.1704    0.81369 0.068 0.000 0.928 0.000 0.004
#> SRR661481      2  0.3402    0.67815 0.000 0.804 0.004 0.184 0.008
#> SRR1354117     2  0.2771    0.74356 0.000 0.860 0.000 0.012 0.128
#> SRR1393596     4  0.6415    0.54239 0.028 0.404 0.000 0.480 0.088
#> SRR1452164     1  0.2448    0.81837 0.892 0.000 0.088 0.000 0.020
#> SRR1070503     3  0.6756   -0.24323 0.364 0.000 0.372 0.000 0.264
#> SRR1499894     3  0.0932    0.81927 0.020 0.000 0.972 0.004 0.004
#> SRR1082883     5  0.4879    0.79456 0.108 0.000 0.176 0.000 0.716
#> SRR1468271     1  0.2408    0.81798 0.892 0.000 0.092 0.000 0.016
#> SRR1332443     1  0.5691    0.18110 0.536 0.000 0.088 0.000 0.376
#> SRR810295      2  0.1671    0.76467 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR662103      1  0.3159    0.80564 0.856 0.000 0.088 0.000 0.056
#> SRR1328620     3  0.4679    0.51261 0.068 0.000 0.716 0.000 0.216
#> SRR1396294     4  0.6307    0.53961 0.020 0.404 0.000 0.484 0.092
#> SRR1419917     1  0.2740    0.81919 0.876 0.000 0.096 0.000 0.028
#> SRR662114      3  0.5579   -0.01121 0.080 0.000 0.552 0.000 0.368
#> SRR1489199     1  0.4400    0.56970 0.672 0.000 0.308 0.000 0.020
#> SRR813584      2  0.4156    0.54544 0.000 0.700 0.004 0.288 0.008
#> SRR1069638     3  0.5708    0.21505 0.112 0.000 0.588 0.000 0.300
#> SRR614864      5  0.6155    0.74602 0.212 0.000 0.228 0.000 0.560
#> SRR1433392     1  0.2719    0.78978 0.852 0.000 0.144 0.000 0.004
#> SRR1377777     2  0.3365    0.67946 0.000 0.808 0.004 0.180 0.008
#> SRR2167710     1  0.4783    0.17010 0.532 0.000 0.452 0.012 0.004
#> SRR1401252     4  0.2770    0.68730 0.000 0.124 0.004 0.864 0.008
#> SRR1309963     4  0.1300    0.66391 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1338031     1  0.2011    0.81807 0.908 0.000 0.088 0.000 0.004
#> SRR1418628     2  0.2888    0.76153 0.000 0.880 0.004 0.060 0.056
#> SRR1486889     3  0.4003    0.63048 0.288 0.000 0.704 0.008 0.000
#> SRR1380393     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1319731     1  0.4767    0.65985 0.720 0.000 0.088 0.000 0.192
#> SRR1356468     4  0.6493    0.54454 0.028 0.400 0.000 0.476 0.096
#> SRR1337010     2  0.2280    0.75007 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1486520     1  0.5778   -0.15839 0.464 0.000 0.088 0.000 0.448
#> SRR1486538     4  0.1892    0.68978 0.000 0.080 0.000 0.916 0.004
#> SRR1340486     4  0.1300    0.66391 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1377696     4  0.4929    0.59477 0.000 0.340 0.004 0.624 0.032
#> SRR1465459     3  0.4545    0.26597 0.432 0.000 0.560 0.004 0.004
#> SRR1080270     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1312501     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1093148     5  0.6846    0.69768 0.084 0.040 0.236 0.036 0.604
#> SRR1467080     3  0.0727    0.81704 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1410866     2  0.3365    0.68446 0.000 0.808 0.004 0.180 0.008
#> SRR816475      4  0.1851    0.68986 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1379198     4  0.1300    0.66474 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR613342      3  0.2536    0.78795 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR1452246     2  0.3248    0.72583 0.000 0.852 0.004 0.104 0.040
#> SRR1338836     2  0.2621    0.73292 0.000 0.876 0.004 0.112 0.008
#> SRR1369129     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1396616     3  0.2833    0.78315 0.140 0.000 0.852 0.004 0.004
#> SRR813824      3  0.3242    0.75505 0.172 0.000 0.816 0.012 0.000
#> SRR1082376     1  0.2969    0.80613 0.852 0.000 0.128 0.000 0.020
#> SRR1500891     4  0.2582    0.68187 0.000 0.080 0.004 0.892 0.024
#> SRR807543      1  0.3480    0.67690 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.4280    0.76668 0.772 0.000 0.140 0.000 0.088
#> SRR1346689     4  0.4209    0.66906 0.000 0.224 0.004 0.744 0.028
#> SRR1332424     5  0.4781    0.80253 0.160 0.000 0.112 0.000 0.728
#> SRR663729      4  0.7201    0.54260 0.088 0.340 0.000 0.476 0.096
#> SRR1097013     1  0.2930    0.77402 0.832 0.000 0.164 0.000 0.004
#> SRR613675      5  0.4761    0.79698 0.124 0.000 0.144 0.000 0.732
#> SRR1485357     4  0.1106    0.67382 0.000 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR655816      3  0.2771    0.78329 0.128 0.000 0.860 0.012 0.000
#> SRR1500113     1  0.2193    0.81675 0.900 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR1437622     2  0.4664    0.26625 0.000 0.552 0.004 0.436 0.008
#> SRR1355172     1  0.3659    0.71430 0.768 0.000 0.220 0.012 0.000
#> SRR655531      5  0.5117    0.75053 0.240 0.000 0.088 0.000 0.672
#> SRR1338147     3  0.2727    0.75789 0.116 0.000 0.868 0.000 0.016
#> SRR1413329     3  0.3969    0.60326 0.304 0.000 0.692 0.000 0.004
#> SRR1485931     2  0.1830    0.76752 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1420873     1  0.5064    0.58119 0.680 0.000 0.088 0.000 0.232
#> SRR1333308     4  0.6617    0.55205 0.044 0.392 0.000 0.480 0.084
#> SRR1452033     1  0.2248    0.81903 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1467316     2  0.5559   -0.16622 0.000 0.572 0.000 0.344 0.084
#> SRR809018      3  0.0727    0.81731 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1375351     2  0.3277    0.75382 0.000 0.856 0.004 0.072 0.068
#> SRR663440      3  0.5236    0.24715 0.408 0.000 0.544 0.000 0.048
#> SRR1471755     2  0.4199    0.53124 0.000 0.692 0.004 0.296 0.008
#> SRR808019      5  0.5382    0.74542 0.260 0.000 0.100 0.000 0.640
#> SRR1479133     3  0.3740    0.73414 0.196 0.000 0.784 0.008 0.012
#> SRR615069      5  0.5744    0.55759 0.092 0.000 0.380 0.000 0.528
#> SRR1456185     4  0.6354    0.51422 0.016 0.416 0.000 0.464 0.104
#> SRR1350069     4  0.6327    0.55330 0.024 0.392 0.000 0.496 0.088
#> SRR816316      1  0.3535    0.79457 0.832 0.000 0.088 0.000 0.080
#> SRR664795      1  0.3231    0.74466 0.800 0.000 0.196 0.004 0.000
#> SRR1490721     4  0.6709    0.52965 0.056 0.404 0.000 0.464 0.076
#> SRR810643      5  0.5831    0.36647 0.408 0.000 0.096 0.000 0.496
#> SRR1430333     5  0.5970    0.60225 0.120 0.000 0.356 0.000 0.524
#> SRR1085285     3  0.2629    0.80127 0.104 0.000 0.880 0.012 0.004
#> SRR1099072     3  0.3659    0.71060 0.220 0.000 0.768 0.012 0.000
#> SRR1317985     1  0.2351    0.81895 0.896 0.000 0.088 0.000 0.016
#> SRR1487340     1  0.3535    0.79230 0.832 0.000 0.088 0.000 0.080
#> SRR1420276     3  0.0833    0.80456 0.004 0.000 0.976 0.004 0.016
#> SRR1351347     3  0.1043    0.81917 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1405525     5  0.5341    0.77398 0.212 0.000 0.124 0.000 0.664
#> SRR1370329     1  0.6341    0.37841 0.664 0.052 0.020 0.084 0.180
#> SRR1465001     1  0.3416    0.79812 0.840 0.000 0.088 0.000 0.072
#> SRR1476525     2  0.2865    0.72211 0.000 0.856 0.004 0.132 0.008
#> SRR819610      4  0.6255    0.55509 0.036 0.392 0.000 0.508 0.064
#> SRR2157314     1  0.2871    0.81455 0.872 0.000 0.088 0.000 0.040
#> SRR1409465     2  0.3151    0.75767 0.000 0.864 0.004 0.064 0.068
#> SRR809987      4  0.6560    0.56144 0.040 0.368 0.000 0.504 0.088
#> SRR613639      1  0.2193    0.81845 0.900 0.000 0.092 0.000 0.008
#> SRR1402285     4  0.4833    0.68630 0.040 0.144 0.000 0.760 0.056
#> SRR1077038     1  0.3006    0.77987 0.836 0.000 0.156 0.004 0.004
#> SRR1405660     3  0.1168    0.79127 0.008 0.000 0.960 0.000 0.032
#> SRR1095455     3  0.5701    0.34714 0.332 0.000 0.568 0.000 0.100
#> SRR1394734     2  0.4220    0.52382 0.000 0.688 0.004 0.300 0.008
#> SRR1317771     1  0.2825    0.80834 0.860 0.000 0.124 0.000 0.016
#> SRR1365894     2  0.5733   -0.45572 0.000 0.476 0.000 0.440 0.084
#> SRR1073581     1  0.3255    0.80647 0.848 0.000 0.100 0.000 0.052
#> SRR659804      1  0.3159    0.80749 0.856 0.000 0.088 0.000 0.056
#> SRR1345914     2  0.2573    0.75510 0.000 0.880 0.000 0.016 0.104
#> SRR1432186     2  0.2865    0.72269 0.000 0.856 0.004 0.132 0.008
#> SRR1473529     2  0.4698    0.08722 0.000 0.520 0.004 0.468 0.008
#> SRR660764      3  0.2006    0.80752 0.072 0.000 0.916 0.000 0.012
#> SRR820448      1  0.2871    0.81538 0.872 0.000 0.088 0.000 0.040
#> SRR1328845     4  0.6307    0.54469 0.020 0.404 0.000 0.484 0.092
#> SRR1336415     4  0.1743    0.67013 0.004 0.028 0.000 0.940 0.028
#> SRR1379065     4  0.2369    0.67595 0.000 0.056 0.004 0.908 0.032
#> SRR1459190     3  0.1281    0.82071 0.032 0.000 0.956 0.012 0.000
#> SRR1346773     5  0.5379    0.70817 0.268 0.000 0.096 0.000 0.636
#> SRR1499521     1  0.5803   -0.13193 0.488 0.000 0.092 0.000 0.420
#> SRR1440898     2  0.2888    0.76131 0.000 0.880 0.004 0.060 0.056
#> SRR1347459     3  0.1981    0.80820 0.064 0.000 0.920 0.000 0.016
#> SRR1081209     2  0.1732    0.76472 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1400202     1  0.3090    0.81151 0.860 0.000 0.088 0.000 0.052
#> SRR1333395     4  0.5959    0.52140 0.000 0.420 0.000 0.472 0.108
#> SRR1309248     4  0.6346    0.52060 0.028 0.424 0.000 0.468 0.080
#> SRR809161      1  0.4794    0.11533 0.520 0.000 0.464 0.012 0.004
#> SRR1316320     4  0.6432    0.48491 0.016 0.432 0.000 0.440 0.112
#> SRR1432629     2  0.3737    0.62833 0.000 0.764 0.004 0.224 0.008
#> SRR1498931     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1416578     4  0.5172    0.68011 0.024 0.188 0.000 0.716 0.072
#> SRR1405547     3  0.0854    0.81708 0.012 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR1470534     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1380764     5  0.5216    0.73853 0.248 0.000 0.092 0.000 0.660
#> SRR1309160     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR663489      3  0.0854    0.81502 0.012 0.000 0.976 0.004 0.008
#> SRR1500450     1  0.3766    0.64898 0.728 0.000 0.268 0.004 0.000
#> SRR1078489     3  0.1915    0.79745 0.040 0.000 0.928 0.000 0.032
#> SRR1332648     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR660614      3  0.1809    0.80740 0.060 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR1470420     2  0.1671    0.76467 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1475566     1  0.3090    0.81188 0.860 0.000 0.088 0.000 0.052
#> SRR1477949     1  0.2505    0.81908 0.888 0.000 0.092 0.000 0.020
#> SRR1481419     2  0.2408    0.74038 0.000 0.892 0.004 0.096 0.008
#> SRR1464766     1  0.2377    0.80317 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.3618    0.73360 0.196 0.000 0.788 0.012 0.004
#> SRR1446481     2  0.2570    0.73485 0.000 0.880 0.004 0.108 0.008
#> SRR1467656     2  0.2398    0.76914 0.004 0.908 0.004 0.020 0.064
#> SRR1402962     5  0.5460    0.79721 0.196 0.000 0.148 0.000 0.656
#> SRR660224      2  0.2377    0.74737 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR665586      1  0.2424    0.80095 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1347166     5  0.4887    0.80421 0.132 0.000 0.148 0.000 0.720
#> SRR1485722     5  0.5076    0.79545 0.200 0.000 0.108 0.000 0.692
#> SRR1415316     1  0.3641    0.79554 0.820 0.000 0.120 0.000 0.060
#> SRR613390      1  0.2616    0.81974 0.880 0.000 0.100 0.000 0.020
#> SRR661108      3  0.1877    0.81085 0.064 0.000 0.924 0.000 0.012
#> SRR2170173     3  0.4604    0.27399 0.428 0.000 0.560 0.012 0.000
#> SRR817329      1  0.4151    0.52177 0.652 0.000 0.344 0.000 0.004
#> SRR1401990     4  0.6036    0.58390 0.020 0.356 0.000 0.548 0.076
#> SRR1467745     4  0.4698   -0.07422 0.000 0.468 0.004 0.520 0.008
#> SRR1471795     2  0.3707    0.63392 0.000 0.768 0.004 0.220 0.008
#> SRR1415637     2  0.2074    0.76930 0.000 0.920 0.004 0.016 0.060
#> SRR813137      1  0.2570    0.81487 0.880 0.000 0.108 0.004 0.008
#> SRR1314873     1  0.2871    0.81715 0.872 0.000 0.088 0.000 0.040
#> SRR1401211     1  0.2248    0.81881 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1419692     4  0.2379    0.68086 0.012 0.048 0.000 0.912 0.028
#> SRR818797      1  0.2946    0.81590 0.868 0.000 0.088 0.000 0.044
#> SRR2164608     3  0.1774    0.81099 0.052 0.000 0.932 0.000 0.016
#> SRR1455586     2  0.2719    0.73812 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR819459      3  0.0404    0.81774 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.6059   -0.36730 0.000 0.468 0.000 0.412 0.120
#> SRR1433232     2  0.3707    0.63331 0.000 0.768 0.004 0.220 0.008
#> SRR1385501     1  0.4151    0.51570 0.652 0.000 0.344 0.004 0.000
#> SRR1361652     5  0.5786    0.56722 0.096 0.000 0.380 0.000 0.524
#> SRR1437119     1  0.2793    0.81546 0.876 0.000 0.088 0.000 0.036
#> SRR1478547     3  0.1356    0.82141 0.028 0.000 0.956 0.012 0.004
#> SRR1430910     3  0.5136    0.37842 0.080 0.000 0.660 0.000 0.260
#> SRR1310584     1  0.5775   -0.09750 0.472 0.000 0.088 0.000 0.440
#> SRR1500216     4  0.7436    0.51955 0.092 0.328 0.000 0.460 0.120
#> SRR1486762     3  0.2305    0.80298 0.092 0.000 0.896 0.012 0.000
#> SRR1480854     4  0.4140    0.68767 0.016 0.152 0.004 0.796 0.032
#> SRR1489394     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1418085     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1340221     4  0.5665    0.66308 0.040 0.220 0.000 0.672 0.068
#> SRR1473058     4  0.4029    0.62764 0.000 0.316 0.000 0.680 0.004
#> SRR1405165     5  0.5779    0.45116 0.076 0.004 0.428 0.000 0.492
#> SRR1433004     1  0.2879    0.81910 0.868 0.000 0.100 0.000 0.032
#> SRR1471477     1  0.3456    0.75396 0.800 0.000 0.184 0.000 0.016
#> SRR1098567     2  0.1671    0.76467 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1098712     4  0.5962    0.51708 0.000 0.424 0.000 0.468 0.108
#> SRR1455038     1  0.5630    0.33524 0.560 0.000 0.088 0.000 0.352
#> SRR1375248     2  0.2771    0.74369 0.000 0.860 0.000 0.012 0.128
#> SRR1403005     3  0.3391    0.73384 0.188 0.000 0.800 0.012 0.000
#> SRR1348378     2  0.4115    0.60410 0.016 0.764 0.000 0.204 0.016
#> SRR1413541     1  0.2536    0.80638 0.868 0.000 0.128 0.000 0.004
#> SRR1392943     4  0.6712    0.55138 0.048 0.388 0.000 0.476 0.088
#> SRR1475192     3  0.0932    0.81997 0.020 0.000 0.972 0.004 0.004
#> SRR1432085     2  0.6144   -0.07621 0.000 0.520 0.000 0.332 0.148
#> SRR1452468     5  0.5956    0.47651 0.108 0.000 0.416 0.000 0.476
#> SRR1347060     3  0.0566    0.81673 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1414139     2  0.6321   -0.24460 0.000 0.464 0.000 0.376 0.160
#> SRR1447962     2  0.1608    0.76512 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1444324     2  0.2389    0.75172 0.000 0.880 0.000 0.004 0.116
#> SRR1415004     1  0.2628    0.81721 0.884 0.000 0.088 0.000 0.028
#> SRR1413436     5  0.5674    0.59549 0.324 0.000 0.100 0.000 0.576
#> SRR1311266     5  0.4981    0.80077 0.172 0.000 0.120 0.000 0.708
#> SRR1343302     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1373746     1  0.3704    0.78345 0.820 0.000 0.088 0.000 0.092
#> SRR1429678     1  0.2248    0.81881 0.900 0.000 0.088 0.000 0.012
#> SRR1469413     2  0.1704    0.76675 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR1405331     1  0.4383    0.28060 0.572 0.000 0.424 0.000 0.004
#> SRR1345609     1  0.4404    0.71984 0.760 0.000 0.088 0.000 0.152
#> SRR1380208     2  0.5895   -0.48277 0.000 0.456 0.000 0.444 0.100
#> SRR1322840     4  0.1281    0.66231 0.000 0.012 0.000 0.956 0.032
#> SRR1399797     3  0.1638    0.81680 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004
#> SRR1416654     3  0.0771    0.81944 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1315081     3  0.1200    0.81031 0.012 0.000 0.964 0.008 0.016
#> SRR1369196     3  0.0671    0.81838 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1400847     1  0.2540    0.81874 0.888 0.000 0.088 0.000 0.024
#> SRR1365291     3  0.3318    0.72328 0.192 0.000 0.800 0.000 0.008
#> SRR1367920     4  0.4797    0.66594 0.016 0.228 0.004 0.720 0.032
#> SRR1366648     3  0.0854    0.81708 0.012 0.000 0.976 0.008 0.004
#> SRR1441679     2  0.2873    0.74147 0.000 0.856 0.000 0.016 0.128
#> SRR1082173     3  0.2344    0.79737 0.064 0.000 0.904 0.000 0.032
#> SRR1363968     1  0.5751    0.14725 0.540 0.000 0.096 0.000 0.364
#> SRR814387      1  0.4923    0.62735 0.700 0.000 0.088 0.000 0.212
#> SRR657599      5  0.5458    0.59041 0.304 0.000 0.088 0.000 0.608
#> SRR1386689     4  0.1300    0.66391 0.000 0.016 0.000 0.956 0.028
#> SRR1395575     3  0.3280    0.75215 0.176 0.000 0.812 0.012 0.000
#> SRR1453811     1  0.3081    0.78766 0.832 0.000 0.156 0.000 0.012
#> SRR1441159     5  0.4974    0.76279 0.212 0.000 0.092 0.000 0.696
#> SRR1403154     4  0.1195    0.66236 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1468722     3  0.0671    0.81818 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1310275     3  0.3339    0.72837 0.048 0.000 0.840 0.000 0.112

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.3434     0.7683 0.836 0.000 0.072 0.000 0.064 0.028
#> SRR1331708     5  0.3004     0.5669 0.012 0.000 0.112 0.000 0.848 0.028
#> SRR1464258     1  0.2742     0.7629 0.876 0.000 0.072 0.000 0.036 0.016
#> SRR1454201     5  0.3740     0.6499 0.100 0.000 0.072 0.000 0.808 0.020
#> SRR661589      3  0.3873     0.5395 0.044 0.000 0.804 0.000 0.048 0.104
#> SRR1456229     1  0.4633     0.7191 0.736 0.000 0.120 0.000 0.028 0.116
#> SRR1315165     4  0.4064     0.7737 0.000 0.080 0.000 0.776 0.016 0.128
#> SRR1488960     1  0.4987     0.7125 0.708 0.000 0.080 0.000 0.160 0.052
#> SRR1417809     2  0.6273     0.5869 0.032 0.588 0.000 0.228 0.032 0.120
#> SRR1094457     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1095575     3  0.5530     0.2877 0.160 0.000 0.656 0.000 0.052 0.132
#> SRR1315931     1  0.5688     0.2257 0.548 0.000 0.056 0.000 0.340 0.056
#> SRR1430066     3  0.1168     0.6077 0.016 0.000 0.956 0.000 0.000 0.028
#> SRR1431037     3  0.3231     0.5086 0.016 0.000 0.784 0.000 0.000 0.200
#> SRR1395554     3  0.1500     0.6051 0.012 0.000 0.936 0.000 0.000 0.052
#> SRR818002      4  0.5756     0.4127 0.000 0.344 0.000 0.492 0.004 0.160
#> SRR1344143     2  0.4367     0.6837 0.004 0.752 0.000 0.144 0.012 0.088
#> SRR1486845     4  0.0964     0.8138 0.000 0.012 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR1362866     5  0.2844     0.5734 0.012 0.000 0.112 0.000 0.856 0.020
#> SRR1490740     1  0.3351     0.7735 0.840 0.000 0.084 0.000 0.028 0.048
#> SRR1446627     2  0.1141     0.7142 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1456138     2  0.5536     0.1546 0.000 0.540 0.000 0.292 0.000 0.168
#> SRR1416248     5  0.5418     0.3951 0.396 0.000 0.052 0.000 0.520 0.032
#> SRR1383907     4  0.1909     0.8150 0.000 0.052 0.000 0.920 0.004 0.024
#> SRR1311018     1  0.2968     0.7484 0.868 0.000 0.056 0.000 0.044 0.032
#> SRR1375699     2  0.5294     0.6531 0.008 0.676 0.000 0.176 0.024 0.116
#> SRR1429846     1  0.6426    -0.1997 0.424 0.000 0.304 0.000 0.020 0.252
#> SRR613550      3  0.4518     0.4718 0.100 0.000 0.752 0.000 0.036 0.112
#> SRR1348402     1  0.5250     0.6607 0.676 0.000 0.084 0.000 0.188 0.052
#> SRR1345146     3  0.5607     0.1605 0.008 0.000 0.544 0.000 0.136 0.312
#> SRR1324025     3  0.3702     0.4234 0.012 0.000 0.720 0.000 0.004 0.264
#> SRR1318879     3  0.4482     0.4744 0.004 0.000 0.712 0.000 0.096 0.188
#> SRR820755      1  0.6303     0.5477 0.584 0.000 0.168 0.000 0.108 0.140
#> SRR1485830     4  0.4004     0.7919 0.012 0.076 0.004 0.808 0.016 0.084
#> SRR599313      2  0.7439     0.5260 0.076 0.512 0.004 0.164 0.056 0.188
#> SRR612263      1  0.6229     0.5945 0.584 0.000 0.116 0.000 0.200 0.100
#> SRR1415398     3  0.2213     0.5833 0.048 0.000 0.904 0.000 0.004 0.044
#> SRR1326205     2  0.6458     0.5028 0.008 0.516 0.000 0.264 0.036 0.176
#> SRR1421327     4  0.5744     0.5613 0.008 0.200 0.000 0.576 0.004 0.212
#> SRR1083311     3  0.1599     0.6012 0.008 0.000 0.940 0.000 0.028 0.024
#> SRR1499303     4  0.2094     0.8125 0.000 0.064 0.000 0.908 0.004 0.024
#> SRR1079522     3  0.6273     0.1223 0.016 0.000 0.540 0.016 0.200 0.228
#> SRR1452935     3  0.4273     0.4388 0.012 0.000 0.704 0.000 0.036 0.248
#> SRR1379495     1  0.2763     0.7608 0.876 0.000 0.072 0.000 0.028 0.024
#> SRR1470459     2  0.1152     0.7154 0.000 0.952 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR661361      3  0.6667    -0.2175 0.056 0.000 0.428 0.000 0.172 0.344
#> SRR615778      5  0.2618     0.6369 0.052 0.000 0.076 0.000 0.872 0.000
#> SRR1447564     1  0.3185     0.7561 0.852 0.000 0.060 0.000 0.064 0.024
#> SRR1455195     5  0.4210     0.6470 0.168 0.000 0.052 0.000 0.756 0.024
#> SRR655182      1  0.4746     0.6924 0.720 0.000 0.144 0.000 0.024 0.112
#> SRR1335140     2  0.5113     0.5341 0.000 0.628 0.000 0.204 0.000 0.168
#> SRR1433555     3  0.2579     0.5922 0.000 0.000 0.872 0.000 0.088 0.040
#> SRR1308650     2  0.5425     0.6480 0.012 0.664 0.000 0.176 0.020 0.128
#> SRR1388354     1  0.2415     0.7712 0.888 0.000 0.084 0.000 0.016 0.012
#> SRR1317446     3  0.0951     0.6070 0.008 0.000 0.968 0.000 0.004 0.020
#> SRR1413602     3  0.4406     0.5198 0.008 0.000 0.736 0.000 0.116 0.140
#> SRR1479955     2  0.1624     0.7175 0.000 0.936 0.000 0.020 0.004 0.040
#> SRR809853      1  0.5503     0.6526 0.664 0.000 0.096 0.000 0.168 0.072
#> SRR661313      3  0.5725     0.2192 0.188 0.000 0.620 0.000 0.040 0.152
#> SRR1499935     4  0.3663     0.7848 0.000 0.072 0.000 0.796 0.004 0.128
#> SRR1447303     3  0.5513     0.1678 0.076 0.000 0.576 0.000 0.032 0.316
#> SRR1429408     4  0.5501     0.4896 0.000 0.236 0.000 0.564 0.000 0.200
#> SRR1433950     1  0.3025     0.7750 0.860 0.000 0.080 0.000 0.028 0.032
#> SRR1362081     2  0.1082     0.7154 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1409854     1  0.6424     0.5075 0.564 0.000 0.184 0.000 0.152 0.100
#> SRR1435229     5  0.4123     0.5209 0.020 0.000 0.136 0.000 0.772 0.072
#> SRR1085996     5  0.6093     0.4264 0.284 0.000 0.100 0.000 0.552 0.064
#> SRR1414229     5  0.2070     0.6083 0.012 0.000 0.092 0.000 0.896 0.000
#> SRR1400974     3  0.1321     0.6020 0.004 0.000 0.952 0.000 0.020 0.024
#> SRR1399971     1  0.2815     0.7517 0.876 0.000 0.056 0.000 0.044 0.024
#> SRR613927      1  0.4505     0.7242 0.748 0.000 0.120 0.000 0.028 0.104
#> SRR1457854     1  0.3316     0.7695 0.840 0.000 0.084 0.000 0.020 0.056
#> SRR1473714     2  0.7261     0.5447 0.072 0.524 0.004 0.164 0.044 0.192
#> SRR813776      1  0.6837     0.0770 0.468 0.000 0.220 0.000 0.076 0.236
#> SRR808196      2  0.6347     0.5846 0.032 0.584 0.000 0.232 0.040 0.112
#> SRR1101085     4  0.1890     0.8137 0.000 0.060 0.000 0.916 0.000 0.024
#> SRR614395      1  0.3996     0.7518 0.792 0.000 0.104 0.000 0.028 0.076
#> SRR1478251     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1370551     2  0.1768     0.7235 0.004 0.932 0.000 0.020 0.004 0.040
#> SRR1362310     1  0.2867     0.7553 0.872 0.000 0.064 0.000 0.040 0.024
#> SRR665310      3  0.5032     0.3685 0.136 0.000 0.704 0.000 0.040 0.120
#> SRR1420109     3  0.4447     0.5084 0.052 0.000 0.764 0.000 0.080 0.104
#> SRR1330920     5  0.7491    -0.3613 0.172 0.000 0.188 0.000 0.356 0.284
#> SRR1419539     2  0.4966     0.6424 0.000 0.680 0.000 0.204 0.020 0.096
#> SRR1359447     3  0.2711     0.5936 0.008 0.000 0.872 0.000 0.084 0.036
#> SRR1347259     2  0.6014     0.6090 0.024 0.604 0.000 0.224 0.024 0.124
#> SRR613915      3  0.7256    -0.4638 0.184 0.000 0.360 0.000 0.120 0.336
#> SRR1384395     3  0.1908     0.6005 0.000 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> SRR821715      3  0.6087    -0.2555 0.408 0.000 0.424 0.000 0.020 0.148
#> SRR1478228     1  0.5250     0.3069 0.604 0.000 0.052 0.000 0.308 0.036
#> SRR1445637     1  0.4477     0.7170 0.740 0.000 0.120 0.000 0.016 0.124
#> SRR608150      5  0.2019     0.6089 0.012 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000
#> SRR1096383     1  0.3139     0.7746 0.852 0.000 0.080 0.000 0.020 0.048
#> SRR1341480     4  0.2830     0.8082 0.000 0.068 0.000 0.864 0.004 0.064
#> SRR1341344     5  0.5003     0.6055 0.252 0.000 0.044 0.000 0.660 0.044
#> SRR1326270     3  0.6149    -0.2245 0.396 0.000 0.432 0.000 0.024 0.148
#> SRR1498838     3  0.0717     0.6055 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1416313     3  0.0909     0.6037 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR808566      4  0.4250     0.7509 0.000 0.108 0.000 0.744 0.004 0.144
#> SRR1430270     4  0.6744     0.4068 0.016 0.228 0.004 0.516 0.036 0.200
#> SRR1367825     3  0.1405     0.6005 0.004 0.000 0.948 0.000 0.024 0.024
#> SRR613533      3  0.4341     0.4638 0.012 0.000 0.712 0.000 0.048 0.228
#> SRR661267      1  0.4548     0.7410 0.744 0.000 0.108 0.000 0.028 0.120
#> SRR810665      2  0.1411     0.7139 0.000 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR1407250     5  0.3409     0.6467 0.076 0.000 0.076 0.000 0.832 0.016
#> SRR1420067     5  0.4368     0.6457 0.164 0.000 0.060 0.000 0.748 0.028
#> SRR1473632     1  0.6644     0.2471 0.504 0.000 0.268 0.000 0.132 0.096
#> SRR812536      3  0.5125     0.3870 0.008 0.000 0.644 0.000 0.128 0.220
#> SRR1370850     2  0.4734     0.5000 0.000 0.680 0.000 0.152 0.000 0.168
#> SRR1486195     2  0.1082     0.7154 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1407671     2  0.5174     0.6485 0.008 0.684 0.000 0.188 0.024 0.096
#> SRR1446375     3  0.5749     0.1190 0.224 0.000 0.596 0.000 0.028 0.152
#> SRR1465230     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR614119      1  0.4075     0.7627 0.788 0.000 0.080 0.000 0.032 0.100
#> SRR1356101     2  0.1605     0.7164 0.000 0.936 0.000 0.004 0.016 0.044
#> SRR1404209     1  0.5524     0.5674 0.632 0.000 0.192 0.000 0.028 0.148
#> SRR1392676     2  0.1204     0.7232 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR665538      1  0.3958     0.7509 0.784 0.000 0.096 0.000 0.012 0.108
#> SRR660510      3  0.1232     0.6044 0.016 0.000 0.956 0.000 0.004 0.024
#> SRR1445655     4  0.1788     0.8170 0.000 0.040 0.000 0.928 0.004 0.028
#> SRR658953      3  0.6388    -0.0666 0.036 0.000 0.480 0.000 0.184 0.300
#> SRR2166459     1  0.4924     0.6719 0.704 0.000 0.156 0.000 0.028 0.112
#> SRR1070713     2  0.4379     0.6869 0.008 0.748 0.000 0.136 0.004 0.104
#> SRR1485312     3  0.2488     0.5693 0.008 0.000 0.864 0.000 0.004 0.124
#> SRR1317631     2  0.6613     0.4392 0.012 0.484 0.000 0.300 0.036 0.168
#> SRR1488610     5  0.2854     0.6358 0.048 0.000 0.088 0.000 0.860 0.004
#> SRR1330588     3  0.3608     0.4459 0.012 0.000 0.736 0.000 0.004 0.248
#> SRR1316367     5  0.4256     0.6454 0.176 0.000 0.056 0.000 0.748 0.020
#> SRR1433926     1  0.2681     0.7622 0.880 0.000 0.072 0.000 0.028 0.020
#> SRR1091302     4  0.4303     0.7560 0.000 0.108 0.000 0.752 0.012 0.128
#> SRR818263      5  0.6052     0.3950 0.320 0.000 0.084 0.000 0.532 0.064
#> SRR1404909     4  0.2373     0.8058 0.000 0.084 0.000 0.888 0.004 0.024
#> SRR663076      1  0.2950     0.7619 0.868 0.000 0.064 0.000 0.036 0.032
#> SRR1323577     2  0.2923     0.7065 0.000 0.848 0.000 0.052 0.000 0.100
#> SRR1442422     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1465893     1  0.3338     0.7691 0.844 0.000 0.064 0.000 0.060 0.032
#> SRR654862      1  0.6713     0.3165 0.472 0.000 0.160 0.000 0.292 0.076
#> SRR1407112     4  0.0405     0.8110 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1332969     3  0.1642     0.5948 0.028 0.000 0.936 0.000 0.004 0.032
#> SRR1353199     3  0.5232     0.2965 0.176 0.000 0.672 0.000 0.032 0.120
#> SRR1378885     1  0.6484     0.1429 0.468 0.000 0.348 0.000 0.092 0.092
#> SRR665357      3  0.1857     0.6038 0.004 0.000 0.924 0.000 0.044 0.028
#> SRR662186      2  0.1757     0.7191 0.000 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR1501020     3  0.4829     0.4041 0.132 0.000 0.724 0.000 0.040 0.104
#> SRR1347819     3  0.3345     0.5217 0.028 0.000 0.788 0.000 0.000 0.184
#> SRR1480813     2  0.3612     0.6334 0.000 0.780 0.000 0.052 0.000 0.168
#> SRR1472576     4  0.3875     0.7744 0.000 0.092 0.000 0.780 0.004 0.124
#> SRR1431781     4  0.1245     0.8178 0.000 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR1452270     3  0.3777     0.4976 0.008 0.000 0.756 0.000 0.028 0.208
#> SRR1500472     5  0.5953    -0.1243 0.008 0.000 0.216 0.000 0.508 0.268
#> SRR1417632     4  0.4361     0.7524 0.004 0.116 0.000 0.744 0.004 0.132
#> SRR1350153     2  0.2066     0.7050 0.000 0.908 0.000 0.040 0.000 0.052
#> SRR1458113     5  0.4882     0.4060 0.016 0.000 0.180 0.000 0.692 0.112
#> SRR1326579     5  0.3776     0.6528 0.132 0.000 0.056 0.000 0.796 0.016
#> SRR1349363     2  0.3281     0.7167 0.004 0.848 0.000 0.080 0.020 0.048
#> SRR1096712     3  0.2145     0.5974 0.000 0.000 0.900 0.000 0.072 0.028
#> SRR1090407     3  0.1924     0.6013 0.028 0.000 0.920 0.000 0.004 0.048
#> SRR1083752     4  0.5850     0.3583 0.004 0.352 0.000 0.488 0.004 0.152
#> SRR1377599     4  0.5392     0.6164 0.004 0.180 0.000 0.620 0.004 0.192
#> SRR1488449     3  0.2918     0.5906 0.020 0.000 0.868 0.000 0.048 0.064
#> SRR1318354     5  0.6243    -0.2505 0.012 0.000 0.288 0.000 0.448 0.252
#> SRR1359062     3  0.3273     0.4988 0.008 0.000 0.776 0.000 0.004 0.212
#> SRR1398924     5  0.3208     0.5614 0.008 0.000 0.120 0.000 0.832 0.040
#> SRR663783      3  0.1890     0.6079 0.008 0.000 0.924 0.000 0.044 0.024
#> SRR1319204     3  0.3376     0.5603 0.004 0.000 0.816 0.000 0.128 0.052
#> SRR1369070     2  0.4328     0.5669 0.000 0.724 0.000 0.112 0.000 0.164
#> SRR615659      1  0.2793     0.7668 0.872 0.000 0.080 0.000 0.024 0.024
#> SRR1337449     2  0.1204     0.7138 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1316982     2  0.3118     0.6932 0.000 0.860 0.020 0.004 0.068 0.048
#> SRR1498595     4  0.4371     0.7474 0.000 0.116 0.000 0.732 0.004 0.148
#> SRR1377423     3  0.4818     0.4112 0.120 0.000 0.728 0.000 0.044 0.108
#> SRR1312310     2  0.1010     0.7154 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1485613     1  0.4088     0.7517 0.780 0.000 0.096 0.000 0.020 0.104
#> SRR1338426     3  0.4957     0.4215 0.004 0.000 0.664 0.000 0.148 0.184
#> SRR1353309     3  0.4568     0.4342 0.008 0.000 0.684 0.000 0.064 0.244
#> SRR658941      5  0.5503     0.1850 0.008 0.000 0.220 0.000 0.596 0.176
#> SRR1101643     2  0.8634     0.1105 0.256 0.284 0.004 0.068 0.184 0.204
#> SRR1401468     5  0.5332     0.5168 0.332 0.000 0.052 0.000 0.580 0.036
#> SRR1368874     2  0.0865     0.7156 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1324085     4  0.2437     0.8155 0.000 0.036 0.000 0.888 0.004 0.072
#> SRR1363858     2  0.7227     0.5433 0.072 0.524 0.004 0.164 0.040 0.196
#> SRR819820      3  0.6188    -0.0442 0.028 0.000 0.480 0.000 0.156 0.336
#> SRR1337342     5  0.3382     0.6484 0.080 0.000 0.064 0.000 0.836 0.020
#> SRR655206      2  0.5347     0.6368 0.012 0.660 0.000 0.204 0.016 0.108
#> SRR1387013     2  0.5562     0.5655 0.008 0.588 0.000 0.192 0.000 0.212
#> SRR1317410     5  0.5473     0.4021 0.392 0.000 0.052 0.000 0.520 0.036
#> SRR608198      5  0.2680     0.6477 0.076 0.000 0.056 0.000 0.868 0.000
#> SRR1440161     2  0.1391     0.7154 0.000 0.944 0.000 0.000 0.016 0.040
#> SRR1343741     2  0.3470     0.6436 0.000 0.796 0.000 0.052 0.000 0.152
#> SRR1381288     2  0.1524     0.7133 0.000 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1415379     2  0.6561     0.2401 0.000 0.404 0.000 0.360 0.036 0.200
#> SRR1099622     2  0.1794     0.7113 0.000 0.924 0.000 0.036 0.000 0.040
#> SRR663197      3  0.6081    -0.2867 0.000 0.000 0.384 0.000 0.276 0.340
#> SRR1394836     2  0.4647     0.6520 0.000 0.700 0.000 0.196 0.008 0.096
#> SRR661699      3  0.8060    -0.0242 0.008 0.324 0.380 0.084 0.112 0.092
#> SRR813680      1  0.4961     0.6676 0.688 0.000 0.148 0.000 0.016 0.148
#> SRR1410678     1  0.3020     0.7533 0.864 0.000 0.064 0.000 0.040 0.032
#> SRR1378109     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1499174     1  0.4189     0.7555 0.780 0.000 0.112 0.000 0.040 0.068
#> SRR1311486     2  0.1462     0.7134 0.000 0.936 0.000 0.008 0.000 0.056
#> SRR1382851     2  0.5894     0.4228 0.004 0.500 0.000 0.280 0.000 0.216
#> SRR1433410     5  0.2629     0.6451 0.068 0.000 0.060 0.000 0.872 0.000
#> SRR661167      3  0.2665     0.6051 0.024 0.000 0.884 0.000 0.032 0.060
#> SRR1432518     3  0.5270     0.1822 0.008 0.000 0.560 0.000 0.088 0.344
#> SRR660462      3  0.0909     0.6038 0.012 0.000 0.968 0.000 0.000 0.020
#> SRR1374608     2  0.5963     0.6240 0.020 0.624 0.000 0.200 0.036 0.120
#> SRR657949      3  0.6071    -0.0422 0.168 0.000 0.520 0.000 0.024 0.288
#> SRR1308882     4  0.4483     0.7533 0.004 0.092 0.000 0.724 0.004 0.176
#> SRR655768      1  0.4051     0.7235 0.788 0.000 0.068 0.000 0.112 0.032
#> SRR1485870     2  0.5437     0.6432 0.020 0.660 0.000 0.188 0.012 0.120
#> SRR1444138     1  0.4961     0.6595 0.688 0.000 0.152 0.000 0.016 0.144
#> SRR1417342     1  0.3717     0.7595 0.808 0.000 0.092 0.000 0.016 0.084
#> SRR1470193     2  0.5507     0.6323 0.016 0.656 0.000 0.204 0.024 0.100
#> SRR1091380     3  0.5929     0.0845 0.028 0.000 0.516 0.000 0.120 0.336
#> SRR1099096     5  0.5523     0.2307 0.452 0.000 0.052 0.000 0.460 0.036
#> SRR1313583     2  0.6808     0.5346 0.032 0.532 0.004 0.264 0.048 0.120
#> SRR1467102     2  0.3548     0.7114 0.000 0.816 0.000 0.052 0.016 0.116
#> SRR1485416     4  0.4686     0.7281 0.004 0.120 0.000 0.708 0.004 0.164
#> SRR818821      3  0.4497     0.4380 0.012 0.000 0.692 0.000 0.052 0.244
#> SRR809963      1  0.3827     0.7575 0.804 0.000 0.096 0.000 0.024 0.076
#> SRR1072247     1  0.3739     0.7218 0.816 0.000 0.056 0.000 0.088 0.040
#> SRR1353710     2  0.6330     0.3819 0.008 0.472 0.000 0.336 0.020 0.164
#> SRR1445259     5  0.6554    -0.4928 0.020 0.000 0.328 0.000 0.336 0.316
#> SRR1408393     3  0.4734     0.4193 0.104 0.000 0.692 0.000 0.008 0.196
#> SRR1361522     1  0.2838     0.7593 0.872 0.000 0.072 0.000 0.032 0.024
#> SRR1368597     1  0.4167     0.7466 0.776 0.000 0.096 0.000 0.024 0.104
#> SRR1309680     2  0.3730     0.6331 0.000 0.772 0.000 0.060 0.000 0.168
#> SRR1310542     3  0.1565     0.5997 0.004 0.000 0.940 0.000 0.028 0.028
#> SRR1333485     4  0.1498     0.8170 0.000 0.032 0.000 0.940 0.000 0.028
#> SRR1406437     2  0.5346     0.6397 0.012 0.664 0.000 0.192 0.016 0.116
#> SRR1354931     3  0.4849     0.3629 0.156 0.000 0.700 0.000 0.016 0.128
#> SRR1391856     2  0.4792     0.6552 0.004 0.704 0.000 0.184 0.012 0.096
#> SRR1446738     2  0.5280     0.6460 0.016 0.664 0.000 0.196 0.008 0.116
#> SRR1309032     2  0.1007     0.7149 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1388145     2  0.1633     0.7146 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000 0.044
#> SRR1432611     2  0.1124     0.7158 0.000 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR815869      3  0.1565     0.5995 0.004 0.000 0.940 0.000 0.028 0.028
#> SRR613150      3  0.4871     0.3772 0.024 0.000 0.648 0.000 0.048 0.280
#> SRR1375329     5  0.6223    -0.4252 0.004 0.000 0.292 0.000 0.376 0.328
#> SRR1387921     1  0.2684     0.7618 0.880 0.000 0.072 0.000 0.024 0.024
#> SRR1466792     2  0.1010     0.7154 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1360478     2  0.2237     0.7037 0.000 0.896 0.000 0.036 0.000 0.068
#> SRR1360695     1  0.3367     0.7717 0.836 0.000 0.088 0.000 0.020 0.056
#> SRR812943      3  0.7689    -0.5066 0.216 0.000 0.304 0.000 0.232 0.248
#> SRR1400910     5  0.6209    -0.4116 0.004 0.000 0.288 0.000 0.388 0.320
#> SRR1444203     4  0.2789     0.8070 0.000 0.044 0.000 0.864 0.004 0.088
#> SRR816177      2  0.5716     0.1370 0.000 0.500 0.000 0.312 0.000 0.188
#> SRR658754      3  0.2285     0.6024 0.008 0.000 0.900 0.000 0.064 0.028
#> SRR1429603     2  0.6342     0.1922 0.008 0.408 0.000 0.388 0.012 0.184
#> SRR1397366     3  0.4771     0.4502 0.100 0.000 0.732 0.000 0.044 0.124
#> SRR1446028     5  0.6203     0.3349 0.372 0.000 0.052 0.000 0.472 0.104
#> SRR1083918     2  0.5650     0.0192 0.000 0.500 0.000 0.332 0.000 0.168
#> SRR1337606     5  0.2520     0.5804 0.008 0.000 0.108 0.000 0.872 0.012
#> SRR659109      3  0.0881     0.6076 0.008 0.000 0.972 0.000 0.008 0.012
#> SRR1337192     5  0.3758     0.6546 0.112 0.000 0.048 0.000 0.808 0.032
#> SRR656946      3  0.5714    -0.2030 0.412 0.000 0.484 0.000 0.048 0.056
#> SRR1476102     5  0.4258     0.6470 0.172 0.000 0.048 0.000 0.752 0.028
#> SRR1476447     5  0.5426     0.3289 0.412 0.000 0.056 0.000 0.504 0.028
#> SRR1342067     4  0.1341     0.8167 0.000 0.028 0.000 0.948 0.000 0.024
#> SRR1385389     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1075971     1  0.5648    -0.0034 0.504 0.000 0.072 0.000 0.392 0.032
#> SRR614419      5  0.4544     0.6383 0.184 0.000 0.056 0.000 0.728 0.032
#> SRR1322936     5  0.2020     0.5999 0.008 0.000 0.096 0.000 0.896 0.000
#> SRR1349121     1  0.3577     0.7739 0.828 0.000 0.080 0.000 0.040 0.052
#> SRR1430549     5  0.5346     0.4967 0.340 0.000 0.056 0.000 0.572 0.032
#> SRR612935      3  0.4132     0.5049 0.008 0.000 0.748 0.000 0.064 0.180
#> SRR661481      2  0.4923     0.4953 0.000 0.656 0.000 0.176 0.000 0.168
#> SRR1354117     2  0.1605     0.7170 0.000 0.936 0.000 0.004 0.016 0.044
#> SRR1393596     2  0.6020     0.5711 0.020 0.568 0.000 0.236 0.008 0.168
#> SRR1452164     1  0.2449     0.7712 0.888 0.000 0.080 0.000 0.020 0.012
#> SRR1070503     5  0.6536     0.2209 0.332 0.000 0.152 0.000 0.460 0.056
#> SRR1499894     3  0.1887     0.6097 0.012 0.000 0.924 0.000 0.048 0.016
#> SRR1082883     5  0.2020     0.5999 0.008 0.000 0.096 0.000 0.896 0.000
#> SRR1468271     1  0.3742     0.7730 0.816 0.000 0.080 0.000 0.036 0.068
#> SRR1332443     5  0.5313     0.5240 0.324 0.000 0.048 0.000 0.588 0.040
#> SRR810295      2  0.1082     0.7154 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR662103      1  0.3242     0.7534 0.848 0.000 0.068 0.000 0.060 0.024
#> SRR1328620     3  0.6309    -0.3689 0.008 0.000 0.372 0.000 0.284 0.336
#> SRR1396294     2  0.5892     0.6163 0.016 0.620 0.000 0.220 0.036 0.108
#> SRR1419917     1  0.3552     0.7727 0.828 0.000 0.088 0.000 0.040 0.044
#> SRR662114      5  0.6246    -0.4914 0.004 0.000 0.312 0.000 0.352 0.332
#> SRR1489199     1  0.6077     0.6007 0.612 0.000 0.156 0.000 0.128 0.104
#> SRR813584      2  0.5696    -0.1106 0.000 0.464 0.000 0.372 0.000 0.164
#> SRR1069638     6  0.6815     0.0962 0.040 0.000 0.316 0.000 0.300 0.344
#> SRR614864      5  0.4944     0.5598 0.104 0.000 0.152 0.000 0.708 0.036
#> SRR1433392     1  0.4477     0.7178 0.740 0.000 0.124 0.000 0.016 0.120
#> SRR1377777     2  0.5138     0.3881 0.000 0.624 0.000 0.208 0.000 0.168
#> SRR2167710     3  0.5619     0.2242 0.188 0.000 0.636 0.000 0.044 0.132
#> SRR1401252     4  0.3253     0.7971 0.000 0.068 0.000 0.832 0.004 0.096
#> SRR1309963     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1338031     1  0.2778     0.7731 0.872 0.000 0.080 0.000 0.016 0.032
#> SRR1418628     2  0.2237     0.7047 0.000 0.896 0.000 0.036 0.000 0.068
#> SRR1486889     3  0.5707     0.2787 0.160 0.000 0.628 0.000 0.044 0.168
#> SRR1380393     1  0.2684     0.7618 0.880 0.000 0.072 0.000 0.024 0.024
#> SRR1319731     1  0.5562    -0.1412 0.480 0.000 0.056 0.000 0.428 0.036
#> SRR1356468     2  0.6176     0.5983 0.020 0.596 0.000 0.212 0.036 0.136
#> SRR1337010     2  0.1524     0.7176 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR1486520     5  0.5214     0.5175 0.332 0.000 0.048 0.000 0.588 0.032
#> SRR1486538     4  0.2721     0.8108 0.000 0.040 0.000 0.868 0.004 0.088
#> SRR1340486     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1377696     4  0.6080     0.2087 0.004 0.332 0.000 0.460 0.004 0.200
#> SRR1465459     1  0.6084     0.2932 0.544 0.000 0.268 0.000 0.036 0.152
#> SRR1080270     3  0.1218     0.6080 0.012 0.000 0.956 0.000 0.004 0.028
#> SRR1312501     3  0.2615     0.5636 0.008 0.000 0.852 0.000 0.004 0.136
#> SRR1093148     5  0.3853     0.5373 0.008 0.012 0.128 0.012 0.808 0.032
#> SRR1467080     3  0.1426     0.6047 0.008 0.000 0.948 0.000 0.028 0.016
#> SRR1410866     2  0.5202     0.3717 0.000 0.612 0.000 0.224 0.000 0.164
#> SRR816475      4  0.2721     0.8124 0.000 0.040 0.000 0.868 0.004 0.088
#> SRR1379198     4  0.0748     0.8089 0.004 0.000 0.000 0.976 0.004 0.016
#> SRR613342      3  0.5667     0.3331 0.048 0.000 0.612 0.000 0.096 0.244
#> SRR1452246     2  0.3196     0.7113 0.004 0.836 0.000 0.064 0.000 0.096
#> SRR1338836     2  0.3542     0.6381 0.000 0.788 0.000 0.052 0.000 0.160
#> SRR1369129     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1396616     3  0.4430     0.5089 0.084 0.000 0.748 0.000 0.024 0.144
#> SRR813824      3  0.4990     0.4370 0.100 0.000 0.716 0.000 0.056 0.128
#> SRR1082376     1  0.5413     0.6945 0.680 0.000 0.108 0.000 0.136 0.076
#> SRR1500891     4  0.1478     0.8175 0.000 0.032 0.000 0.944 0.004 0.020
#> SRR807543      1  0.4980     0.6808 0.700 0.000 0.140 0.000 0.028 0.132
#> SRR1091572     1  0.5838     0.6267 0.636 0.000 0.156 0.000 0.120 0.088
#> SRR1346689     4  0.5399     0.6030 0.000 0.188 0.000 0.624 0.012 0.176
#> SRR1332424     5  0.2733     0.6406 0.056 0.000 0.080 0.000 0.864 0.000
#> SRR663729      2  0.7226     0.5377 0.060 0.512 0.004 0.176 0.040 0.208
#> SRR1097013     1  0.4639     0.7111 0.732 0.000 0.124 0.000 0.024 0.120
#> SRR613675      5  0.2060     0.6126 0.016 0.000 0.084 0.000 0.900 0.000
#> SRR1485357     4  0.0653     0.8150 0.000 0.004 0.000 0.980 0.004 0.012
#> SRR655816      3  0.4341     0.4949 0.080 0.000 0.772 0.000 0.048 0.100
#> SRR1500113     1  0.3902     0.7711 0.804 0.000 0.080 0.000 0.036 0.080
#> SRR1437622     4  0.5494     0.5558 0.000 0.268 0.000 0.572 0.004 0.156
#> SRR1355172     1  0.5862     0.3755 0.556 0.000 0.276 0.000 0.024 0.144
#> SRR655531      5  0.4557     0.6300 0.212 0.000 0.048 0.000 0.712 0.028
#> SRR1338147     3  0.5473     0.1883 0.088 0.000 0.608 0.000 0.032 0.272
#> SRR1413329     6  0.7022     0.2111 0.312 0.000 0.292 0.000 0.060 0.336
#> SRR1485931     2  0.1141     0.7142 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1420873     1  0.5385    -0.1744 0.476 0.000 0.056 0.000 0.444 0.024
#> SRR1333308     2  0.6376     0.5813 0.032 0.576 0.000 0.228 0.032 0.132
#> SRR1452033     1  0.2649     0.7670 0.880 0.000 0.076 0.000 0.016 0.028
#> SRR1467316     2  0.4269     0.6825 0.004 0.760 0.000 0.144 0.012 0.080
#> SRR809018      3  0.1421     0.6032 0.000 0.000 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR1375351     2  0.2474     0.7004 0.000 0.880 0.000 0.040 0.000 0.080
#> SRR663440      1  0.7169    -0.0587 0.432 0.000 0.232 0.000 0.116 0.220
#> SRR1471755     2  0.5723    -0.2254 0.000 0.428 0.000 0.408 0.000 0.164
#> SRR808019      5  0.4131     0.6382 0.168 0.000 0.052 0.000 0.760 0.020
#> SRR1479133     3  0.6166     0.2005 0.116 0.000 0.568 0.000 0.072 0.244
#> SRR615069      5  0.5466     0.1871 0.008 0.000 0.192 0.000 0.604 0.196
#> SRR1456185     2  0.5583     0.6434 0.016 0.652 0.000 0.176 0.020 0.136
#> SRR1350069     2  0.6014     0.5795 0.012 0.588 0.000 0.252 0.036 0.112
#> SRR816316      1  0.3677     0.7439 0.816 0.000 0.072 0.000 0.088 0.024
#> SRR664795      1  0.5140     0.6429 0.672 0.000 0.164 0.000 0.020 0.144
#> SRR1490721     2  0.5891     0.6168 0.028 0.612 0.000 0.208 0.012 0.140
#> SRR810643      5  0.5145     0.5425 0.312 0.000 0.048 0.000 0.608 0.032
#> SRR1430333     5  0.4771     0.3808 0.008 0.000 0.184 0.000 0.692 0.116
#> SRR1085285     3  0.4191     0.5299 0.048 0.000 0.784 0.000 0.072 0.096
#> SRR1099072     3  0.4958     0.4013 0.124 0.000 0.712 0.000 0.040 0.124
#> SRR1317985     1  0.2519     0.7640 0.888 0.000 0.072 0.000 0.020 0.020
#> SRR1487340     1  0.4440     0.6732 0.752 0.000 0.076 0.000 0.140 0.032
#> SRR1420276     3  0.1970     0.5999 0.000 0.000 0.912 0.000 0.060 0.028
#> SRR1351347     3  0.4592     0.3599 0.008 0.000 0.652 0.000 0.048 0.292
#> SRR1405525     5  0.3840     0.6531 0.104 0.000 0.076 0.000 0.800 0.020
#> SRR1370329     1  0.7497     0.1773 0.520 0.052 0.016 0.064 0.188 0.160
#> SRR1465001     1  0.3569     0.7313 0.828 0.000 0.056 0.000 0.080 0.036
#> SRR1476525     2  0.4319     0.5692 0.000 0.724 0.000 0.108 0.000 0.168
#> SRR819610      2  0.6014     0.6107 0.028 0.604 0.000 0.240 0.028 0.100
#> SRR2157314     1  0.2950     0.7550 0.868 0.000 0.064 0.000 0.036 0.032
#> SRR1409465     2  0.2420     0.7010 0.000 0.884 0.000 0.040 0.000 0.076
#> SRR809987      2  0.6523     0.5647 0.036 0.560 0.000 0.248 0.040 0.116
#> SRR613639      1  0.3923     0.7626 0.796 0.000 0.112 0.000 0.028 0.064
#> SRR1402285     4  0.5403     0.7110 0.016 0.088 0.004 0.680 0.024 0.188
#> SRR1077038     1  0.4747     0.6982 0.712 0.000 0.132 0.000 0.016 0.140
#> SRR1405660     3  0.3159     0.5819 0.004 0.000 0.836 0.000 0.108 0.052
#> SRR1095455     3  0.7677    -0.5284 0.280 0.000 0.280 0.000 0.192 0.248
#> SRR1394734     4  0.5827     0.2737 0.000 0.404 0.000 0.432 0.004 0.160
#> SRR1317771     1  0.4148     0.7579 0.780 0.000 0.088 0.000 0.028 0.104
#> SRR1365894     2  0.4985     0.6687 0.008 0.692 0.000 0.156 0.008 0.136
#> SRR1073581     1  0.4882     0.7232 0.728 0.000 0.116 0.000 0.096 0.060
#> SRR659804      1  0.3159     0.7430 0.856 0.000 0.056 0.000 0.056 0.032
#> SRR1345914     2  0.2288     0.7220 0.000 0.896 0.000 0.028 0.004 0.072
#> SRR1432186     2  0.4154     0.5973 0.000 0.740 0.000 0.096 0.000 0.164
#> SRR1473529     4  0.5499     0.5206 0.000 0.284 0.000 0.564 0.004 0.148
#> SRR660764      3  0.5235     0.3305 0.004 0.000 0.608 0.000 0.128 0.260
#> SRR820448      1  0.2924     0.7589 0.868 0.000 0.068 0.000 0.040 0.024
#> SRR1328845     2  0.6122     0.5838 0.020 0.592 0.000 0.244 0.040 0.104
#> SRR1336415     4  0.1223     0.8139 0.004 0.012 0.000 0.960 0.008 0.016
#> SRR1379065     4  0.1341     0.8161 0.000 0.028 0.000 0.948 0.000 0.024
#> SRR1459190     3  0.2818     0.5948 0.024 0.000 0.876 0.000 0.048 0.052
#> SRR1346773     5  0.4826     0.6139 0.244 0.000 0.048 0.000 0.676 0.032
#> SRR1499521     5  0.5486     0.4696 0.344 0.000 0.052 0.000 0.560 0.044
#> SRR1440898     2  0.2119     0.7058 0.000 0.904 0.000 0.036 0.000 0.060
#> SRR1347459     3  0.5004     0.3231 0.008 0.000 0.620 0.000 0.080 0.292
#> SRR1081209     2  0.1007     0.7146 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1400202     1  0.3329     0.7525 0.844 0.000 0.072 0.000 0.052 0.032
#> SRR1333395     2  0.5451     0.6342 0.012 0.660 0.000 0.204 0.028 0.096
#> SRR1309248     2  0.5634     0.6149 0.016 0.612 0.000 0.204 0.004 0.164
#> SRR809161      1  0.6231     0.1664 0.492 0.000 0.316 0.000 0.032 0.160
#> SRR1316320     2  0.5246     0.6584 0.008 0.684 0.000 0.160 0.024 0.124
#> SRR1432629     2  0.5641     0.0346 0.000 0.504 0.000 0.328 0.000 0.168
#> SRR1498931     1  0.2706     0.7602 0.880 0.000 0.068 0.000 0.028 0.024
#> SRR1416578     4  0.5554     0.6808 0.008 0.120 0.004 0.672 0.036 0.160
#> SRR1405547     3  0.1321     0.6047 0.004 0.000 0.952 0.000 0.024 0.020
#> SRR1470534     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1380764     5  0.4740     0.6274 0.220 0.000 0.052 0.000 0.696 0.032
#> SRR1309160     3  0.1116     0.6079 0.008 0.000 0.960 0.000 0.004 0.028
#> SRR663489      3  0.1716     0.5997 0.004 0.000 0.932 0.000 0.036 0.028
#> SRR1500450     1  0.6025     0.4659 0.580 0.000 0.224 0.000 0.048 0.148
#> SRR1078489     3  0.5354     0.2854 0.008 0.000 0.588 0.000 0.116 0.288
#> SRR1332648     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR660614      3  0.4097     0.5385 0.004 0.000 0.760 0.000 0.108 0.128
#> SRR1470420     2  0.1082     0.7151 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1475566     1  0.3390     0.7506 0.840 0.000 0.072 0.000 0.056 0.032
#> SRR1477949     1  0.3645     0.7730 0.824 0.000 0.080 0.000 0.048 0.048
#> SRR1481419     2  0.2527     0.6929 0.000 0.876 0.000 0.040 0.000 0.084
#> SRR1464766     1  0.4285     0.7558 0.772 0.000 0.116 0.000 0.040 0.072
#> SRR615946      3  0.4762     0.4651 0.076 0.000 0.740 0.000 0.072 0.112
#> SRR1446481     2  0.3578     0.6359 0.000 0.784 0.000 0.052 0.000 0.164
#> SRR1467656     2  0.1643     0.7126 0.000 0.924 0.000 0.008 0.000 0.068
#> SRR1402962     5  0.3965     0.6481 0.108 0.000 0.076 0.000 0.792 0.024
#> SRR660224      2  0.1411     0.7186 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR665586      1  0.4347     0.7338 0.760 0.000 0.108 0.000 0.024 0.108
#> SRR1347166     5  0.2019     0.6093 0.012 0.000 0.088 0.000 0.900 0.000
#> SRR1485722     5  0.3603     0.6528 0.124 0.000 0.056 0.000 0.808 0.012
#> SRR1415316     1  0.5406     0.7052 0.684 0.000 0.096 0.000 0.124 0.096
#> SRR613390      1  0.4039     0.7695 0.796 0.000 0.092 0.000 0.052 0.060
#> SRR661108      3  0.5435     0.2503 0.020 0.000 0.576 0.000 0.088 0.316
#> SRR2170173     3  0.5643     0.1932 0.200 0.000 0.624 0.000 0.036 0.140
#> SRR817329      1  0.5224     0.6428 0.676 0.000 0.156 0.000 0.032 0.136
#> SRR1401990     2  0.6525     0.4079 0.004 0.468 0.000 0.312 0.036 0.180
#> SRR1467745     4  0.4882     0.6829 0.000 0.188 0.000 0.672 0.004 0.136
#> SRR1471795     2  0.5667    -0.0111 0.000 0.492 0.000 0.340 0.000 0.168
#> SRR1415637     2  0.1333     0.7160 0.000 0.944 0.000 0.008 0.000 0.048
#> SRR813137      1  0.3822     0.7628 0.800 0.000 0.112 0.000 0.020 0.068
#> SRR1314873     1  0.3270     0.7722 0.844 0.000 0.088 0.000 0.040 0.028
#> SRR1401211     1  0.2602     0.7674 0.884 0.000 0.072 0.000 0.020 0.024
#> SRR1419692     4  0.2563     0.8134 0.008 0.028 0.004 0.900 0.016 0.044
#> SRR818797      1  0.4058     0.7715 0.796 0.000 0.076 0.000 0.052 0.076
#> SRR2164608     3  0.5587     0.1191 0.016 0.000 0.540 0.000 0.104 0.340
#> SRR1455586     2  0.2149     0.7183 0.000 0.900 0.000 0.004 0.016 0.080
#> SRR819459      3  0.2308     0.5824 0.008 0.000 0.880 0.000 0.004 0.108
#> SRR1488939     2  0.4423     0.6824 0.004 0.748 0.000 0.140 0.012 0.096
#> SRR1433232     2  0.5631     0.0455 0.000 0.508 0.000 0.324 0.000 0.168
#> SRR1385501     1  0.5693     0.5357 0.612 0.000 0.208 0.000 0.032 0.148
#> SRR1361652     5  0.5599     0.0440 0.004 0.000 0.212 0.000 0.568 0.216
#> SRR1437119     1  0.2893     0.7499 0.872 0.000 0.056 0.000 0.044 0.028
#> SRR1478547     3  0.1616     0.6080 0.012 0.000 0.940 0.000 0.020 0.028
#> SRR1430910     3  0.6199    -0.2954 0.004 0.000 0.392 0.000 0.280 0.324
#> SRR1310584     5  0.5174     0.5360 0.320 0.000 0.048 0.000 0.600 0.032
#> SRR1500216     2  0.7487     0.5211 0.076 0.508 0.004 0.164 0.060 0.188
#> SRR1486762     3  0.4133     0.5264 0.060 0.000 0.788 0.000 0.052 0.100
#> SRR1480854     4  0.4464     0.7569 0.004 0.096 0.000 0.728 0.004 0.168
#> SRR1489394     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1418085     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1340221     4  0.6507     0.5277 0.016 0.184 0.004 0.560 0.036 0.200
#> SRR1473058     4  0.6005     0.1294 0.004 0.356 0.000 0.472 0.008 0.160
#> SRR1405165     5  0.5977    -0.1571 0.004 0.000 0.252 0.000 0.484 0.260
#> SRR1433004     1  0.4541     0.7475 0.752 0.000 0.108 0.000 0.040 0.100
#> SRR1471477     1  0.5807     0.5760 0.624 0.000 0.188 0.000 0.060 0.128
#> SRR1098567     2  0.1010     0.7154 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1098712     2  0.5615     0.6322 0.016 0.648 0.000 0.196 0.024 0.116
#> SRR1455038     5  0.6185     0.3832 0.352 0.000 0.056 0.000 0.492 0.100
#> SRR1375248     2  0.2137     0.7171 0.000 0.912 0.000 0.012 0.028 0.048
#> SRR1403005     3  0.4311     0.4657 0.108 0.000 0.760 0.000 0.020 0.112
#> SRR1348378     2  0.4135     0.6857 0.000 0.764 0.000 0.152 0.016 0.068
#> SRR1413541     1  0.4313     0.7437 0.768 0.000 0.108 0.000 0.032 0.092
#> SRR1392943     2  0.6211     0.5952 0.028 0.592 0.000 0.216 0.028 0.136
#> SRR1475192     3  0.1622     0.6125 0.016 0.000 0.940 0.000 0.028 0.016
#> SRR1432085     2  0.4036     0.6958 0.000 0.772 0.000 0.100 0.008 0.120
#> SRR1452468     5  0.6317    -0.3516 0.012 0.000 0.256 0.000 0.412 0.320
#> SRR1347060     3  0.1036     0.6078 0.008 0.000 0.964 0.000 0.004 0.024
#> SRR1414139     2  0.4791     0.6782 0.000 0.716 0.000 0.140 0.024 0.120
#> SRR1447962     2  0.1007     0.7155 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1444324     2  0.1367     0.7160 0.000 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR1415004     1  0.2706     0.7602 0.880 0.000 0.068 0.000 0.028 0.024
#> SRR1413436     5  0.4848     0.6061 0.240 0.000 0.056 0.000 0.676 0.028
#> SRR1311266     5  0.3151     0.6513 0.076 0.000 0.064 0.000 0.848 0.012
#> SRR1343302     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1373746     1  0.3516     0.7321 0.832 0.000 0.056 0.000 0.076 0.036
#> SRR1429678     1  0.2395     0.7680 0.892 0.000 0.076 0.000 0.012 0.020
#> SRR1469413     2  0.1204     0.7138 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1405331     1  0.6633     0.2358 0.508 0.000 0.220 0.000 0.072 0.200
#> SRR1345609     1  0.4963     0.4778 0.664 0.000 0.056 0.000 0.248 0.032
#> SRR1380208     2  0.5030     0.6540 0.008 0.692 0.000 0.184 0.016 0.100
#> SRR1322840     4  0.0653     0.8114 0.000 0.004 0.000 0.980 0.004 0.012
#> SRR1399797     3  0.4405     0.4370 0.024 0.000 0.696 0.000 0.028 0.252
#> SRR1416654     3  0.3833     0.4098 0.016 0.000 0.708 0.000 0.004 0.272
#> SRR1315081     3  0.2488     0.5996 0.000 0.000 0.880 0.000 0.076 0.044
#> SRR1369196     3  0.3281     0.5100 0.012 0.000 0.784 0.000 0.004 0.200
#> SRR1400847     1  0.2488     0.7652 0.888 0.000 0.076 0.000 0.016 0.020
#> SRR1365291     3  0.6292    -0.1934 0.156 0.000 0.480 0.000 0.036 0.328
#> SRR1367920     4  0.5647     0.5907 0.008 0.188 0.000 0.592 0.004 0.208
#> SRR1366648     3  0.1518     0.6005 0.008 0.000 0.944 0.000 0.024 0.024
#> SRR1441679     2  0.1957     0.7191 0.000 0.912 0.000 0.008 0.008 0.072
#> SRR1082173     3  0.5865     0.0622 0.020 0.000 0.512 0.000 0.128 0.340
#> SRR1363968     5  0.5482     0.4475 0.348 0.000 0.060 0.000 0.556 0.036
#> SRR814387      1  0.5513    -0.1517 0.484 0.000 0.052 0.000 0.428 0.036
#> SRR657599      5  0.5139     0.6225 0.160 0.000 0.044 0.000 0.692 0.104
#> SRR1386689     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1395575     3  0.4548     0.4337 0.120 0.000 0.744 0.000 0.028 0.108
#> SRR1453811     1  0.4914     0.7242 0.716 0.000 0.132 0.000 0.040 0.112
#> SRR1441159     5  0.4467     0.6398 0.180 0.000 0.040 0.000 0.736 0.044
#> SRR1403154     4  0.0508     0.8101 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR1468722     3  0.0622     0.6072 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR1310275     3  0.6101    -0.1192 0.020 0.000 0.488 0.000 0.168 0.324

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.995       0.998         0.4702 0.531   0.531
#> 3 3 0.871           0.913       0.960         0.3282 0.773   0.597
#> 4 4 0.732           0.810       0.892         0.1722 0.817   0.554
#> 5 5 0.830           0.829       0.910         0.0846 0.861   0.545
#> 6 6 0.809           0.766       0.877         0.0383 0.925   0.668

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1094457     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1430066     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1431037     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1395554     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486845     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1429846     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.6973      0.769 0.812 0.188
#> SRR612263      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1421327     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1083311     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1499303     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661361      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433555     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.5842      0.838 0.140 0.860
#> SRR1388354     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1317446     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1413602     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809853      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661313      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1499935     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1447303     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1414229     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1400974     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.3114      0.939 0.944 0.056
#> SRR813776      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR808196      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1101085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1478251     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1359447     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1347259     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613915      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1384395     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR821715      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1416313     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR808566      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1430270     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1367825     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613533      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661267      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR812536      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1407671     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1446375     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1465230     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR1404209     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR660510      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1445655     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485312     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1330588     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1442422     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1332969     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR665357      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1347819     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1472576     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1431781     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452270     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1417632     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1458113     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1096712     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1090407     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377599     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488449     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1318354     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1359062     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR663783      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1319204     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1316982     1  0.9248      0.484 0.660 0.340
#> SRR1498595     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377423     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1338426     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1353309     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1324085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1363858     2  0.0376      0.994 0.004 0.996
#> SRR819820      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1317410     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415379     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663197      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661699      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433410     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661167      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1432518     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR660462      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR657949      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1308882     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1444138     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1091380     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1313583     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467102     2  0.6048      0.827 0.148 0.852
#> SRR1485416     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818821      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1310542     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1333485     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1406437     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354931     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1446738     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309032     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432611     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR815869      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613150      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1400910     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1444203     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658754      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1397366     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1337606     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR659109      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1385389     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR612935      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1393596     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1499894     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1328620     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1396294     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR662114      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1069638     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR614864      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2167710     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1401252     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309963     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1337010     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1340486     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1465459     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1080270     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1312501     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1467080     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816475      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1379198     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613342      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338836     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1369129     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1396616     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR813824      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR663729      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1097013     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485357     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR655816      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1355172     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452033     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809018      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663440      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1350069     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1490721     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR810643      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1099072     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1420276     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1351347     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2157314     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809987      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613639      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1402285     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1405660     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1073581     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660764      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1336415     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1379065     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1459190     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1347459     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309248     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809161      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432629     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405547     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1470534     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1309160     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR663489      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1078489     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1332648     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660614      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR615946      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661108      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819459      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433232     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1478547     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.8016      0.679 0.756 0.244
#> SRR1486762     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1480854     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1489394     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1418085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1340221     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1473058     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405165     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1098712     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1455038     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.1414      0.978 0.020 0.980
#> SRR1403005     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1475192     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1347060     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.2043      0.966 0.032 0.968
#> SRR1447962     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405331     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1322840     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1399797     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1416654     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1315081     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1369196     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1366648     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1082173     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1386689     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1395575     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1468722     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0000      0.997 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.2066      0.920 0.940 0.000 0.060
#> SRR1464258     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094457     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.6126      0.445 0.400 0.000 0.600
#> SRR1431037     3  0.5327      0.699 0.272 0.000 0.728
#> SRR1395554     3  0.6244      0.336 0.440 0.000 0.560
#> SRR818002      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.6235      0.314 0.000 0.564 0.436
#> SRR1486845     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     3  0.6111      0.388 0.396 0.000 0.604
#> SRR1490740     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.6215      0.334 0.000 0.572 0.428
#> SRR1416248     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.6225      0.325 0.000 0.568 0.432
#> SRR1429846     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.4654      0.723 0.792 0.000 0.208
#> SRR1324025     3  0.5465      0.674 0.288 0.000 0.712
#> SRR1318879     3  0.0424      0.883 0.008 0.000 0.992
#> SRR820755      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.3551      0.829 0.868 0.132 0.000
#> SRR612263      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421327     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.1529      0.872 0.040 0.000 0.960
#> SRR1499303     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.1411      0.948 0.964 0.000 0.036
#> SRR1379495     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR661361      1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR615778      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.4555      0.786 0.200 0.000 0.800
#> SRR1413602     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     3  0.6215      0.148 0.000 0.428 0.572
#> SRR809853      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499935     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     1  0.3192      0.860 0.888 0.000 0.112
#> SRR1429408     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.4702      0.776 0.212 0.000 0.788
#> SRR1400974     3  0.4555      0.786 0.200 0.000 0.800
#> SRR1399971     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.1289      0.949 0.968 0.032 0.000
#> SRR813776      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR808196      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101085     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     3  0.0747      0.875 0.000 0.016 0.984
#> SRR1362310     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.0892      0.873 0.000 0.020 0.980
#> SRR1359447     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347259     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR613915      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0424      0.975 0.992 0.000 0.008
#> SRR1096383     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.3619      0.829 0.864 0.000 0.136
#> SRR1416313     1  0.0747      0.967 0.984 0.000 0.016
#> SRR808566      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.3752      0.820 0.144 0.000 0.856
#> SRR613533      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR661267      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR810665      3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.0237      0.978 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420067     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.5882      0.565 0.348 0.000 0.652
#> SRR1370850     2  0.0747      0.956 0.000 0.984 0.016
#> SRR1486195     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1407671     2  0.6168      0.378 0.000 0.588 0.412
#> SRR1446375     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465230     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      1  0.3551      0.834 0.868 0.000 0.132
#> SRR1445655     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     3  0.1860      0.846 0.000 0.052 0.948
#> SRR1485312     3  0.5178      0.722 0.256 0.000 0.744
#> SRR1317631     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     1  0.5926      0.383 0.644 0.000 0.356
#> SRR1316367     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     3  0.0237      0.882 0.000 0.004 0.996
#> SRR1442422     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR665357      3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR662186      3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.4605      0.783 0.204 0.000 0.796
#> SRR1480813     3  0.6045      0.314 0.000 0.380 0.620
#> SRR1472576     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.4121      0.806 0.168 0.000 0.832
#> SRR1500472     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417632     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350153     3  0.0892      0.872 0.000 0.020 0.980
#> SRR1458113     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.2796      0.888 0.000 0.908 0.092
#> SRR1096712     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488449     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.5431      0.681 0.284 0.000 0.716
#> SRR1359062     3  0.2537      0.855 0.080 0.000 0.920
#> SRR1398924     1  0.0237      0.978 0.996 0.000 0.004
#> SRR663783      1  0.5760      0.460 0.672 0.000 0.328
#> SRR1319204     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369070     3  0.3412      0.778 0.000 0.124 0.876
#> SRR615659      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316982     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312310     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.1411      0.874 0.036 0.000 0.964
#> SRR658941      1  0.5968      0.368 0.636 0.000 0.364
#> SRR1101643     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324085     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     2  0.0892      0.946 0.020 0.980 0.000
#> SRR819820      1  0.4555      0.735 0.800 0.000 0.200
#> SRR1337342     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.3941      0.820 0.000 0.844 0.156
#> SRR1317410     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.5948      0.428 0.000 0.640 0.360
#> SRR1381288     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415379     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     3  0.5098      0.626 0.000 0.248 0.752
#> SRR663197      3  0.4452      0.792 0.192 0.000 0.808
#> SRR1394836     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR661699      3  0.2448      0.856 0.076 0.000 0.924
#> SRR813680      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      1  0.0892      0.964 0.980 0.000 0.020
#> SRR1432518     3  0.4399      0.794 0.188 0.000 0.812
#> SRR660462      1  0.3941      0.798 0.844 0.000 0.156
#> SRR1374608     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR657949      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308882     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.4452      0.776 0.000 0.808 0.192
#> SRR1444138     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091380     1  0.2625      0.896 0.916 0.000 0.084
#> SRR1099096     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485416     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      1  0.2356      0.911 0.928 0.000 0.072
#> SRR809963      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0424      0.962 0.000 0.992 0.008
#> SRR1310542     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.2261      0.911 0.000 0.932 0.068
#> SRR1354931     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     3  0.1289      0.863 0.000 0.032 0.968
#> SRR1446738     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1388145     3  0.5948      0.364 0.000 0.360 0.640
#> SRR1432611     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR815869      3  0.1753      0.869 0.048 0.000 0.952
#> SRR613150      1  0.5529      0.538 0.704 0.000 0.296
#> SRR1375329     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387921     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360478     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444203     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0747      0.956 0.000 0.984 0.016
#> SRR658754      3  0.2796      0.849 0.092 0.000 0.908
#> SRR1429603     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     3  0.0424      0.883 0.008 0.000 0.992
#> SRR659109      3  0.4555      0.786 0.200 0.000 0.800
#> SRR1337192     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.1411      0.949 0.964 0.000 0.036
#> SRR1349121     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      1  0.5760      0.461 0.672 0.000 0.328
#> SRR661481      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1393596     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.5497      0.668 0.292 0.000 0.708
#> SRR1082883     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.4555      0.786 0.200 0.000 0.800
#> SRR1396294     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419917     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.4002      0.811 0.160 0.000 0.840
#> SRR1489199     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     1  0.0747      0.968 0.984 0.000 0.016
#> SRR614864      1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1433392     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.5178      0.688 0.000 0.744 0.256
#> SRR2167710     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401252     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337010     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.5098      0.733 0.248 0.000 0.752
#> SRR1312501     1  0.4002      0.794 0.840 0.000 0.160
#> SRR1093148     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467080     3  0.4555      0.786 0.200 0.000 0.800
#> SRR1410866     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452246     3  0.3412      0.777 0.000 0.124 0.876
#> SRR1338836     2  0.0424      0.961 0.000 0.992 0.008
#> SRR1369129     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR813824      1  0.0747      0.967 0.984 0.000 0.016
#> SRR1082376     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.5178      0.627 0.744 0.000 0.256
#> SRR1413329     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485931     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR809018      3  0.4842      0.764 0.224 0.000 0.776
#> SRR1375351     3  0.1031      0.869 0.000 0.024 0.976
#> SRR663440      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR615069      3  0.3482      0.829 0.128 0.000 0.872
#> SRR1456185     2  0.2066      0.915 0.000 0.940 0.060
#> SRR1350069     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     2  0.0237      0.965 0.000 0.996 0.004
#> SRR810643      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.0237      0.883 0.004 0.000 0.996
#> SRR1085285     1  0.0592      0.971 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099072     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     1  0.3116      0.866 0.892 0.000 0.108
#> SRR1405525     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR819610      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     3  0.0592      0.877 0.000 0.012 0.988
#> SRR809987      2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR613639      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402285     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.6126      0.409 0.000 0.600 0.400
#> SRR1073581     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473529     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.4654      0.780 0.208 0.000 0.792
#> SRR820448      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336415     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347459     3  0.4504      0.789 0.196 0.000 0.804
#> SRR1081209     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309248     2  0.1753      0.929 0.000 0.952 0.048
#> SRR809161      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316320     3  0.5905      0.373 0.000 0.352 0.648
#> SRR1432629     2  0.0237      0.964 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498931     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.4504      0.789 0.196 0.000 0.804
#> SRR1470534     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.4605      0.783 0.204 0.000 0.796
#> SRR663489      3  0.1411      0.874 0.036 0.000 0.964
#> SRR1500450     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     1  0.3116      0.865 0.892 0.000 0.108
#> SRR1332648     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470420     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     3  0.1163      0.866 0.000 0.028 0.972
#> SRR1464766     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0424      0.961 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467656     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.5216      0.716 0.260 0.000 0.740
#> SRR2170173     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455586     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR819459      3  0.4605      0.783 0.204 0.000 0.796
#> SRR1488939     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433232     2  0.1753      0.925 0.000 0.952 0.048
#> SRR1385501     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.0237      0.978 0.996 0.000 0.004
#> SRR1437119     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     1  0.1289      0.952 0.968 0.000 0.032
#> SRR1430910     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.4452      0.749 0.808 0.192 0.000
#> SRR1486762     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480854     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1098712     2  0.4452      0.777 0.000 0.808 0.192
#> SRR1455038     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1403005     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475192     3  0.4555      0.786 0.200 0.000 0.800
#> SRR1432085     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.2711      0.851 0.088 0.000 0.912
#> SRR1414139     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447962     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444324     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405331     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.6180      0.368 0.000 0.584 0.416
#> SRR1322840     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.4555      0.786 0.200 0.000 0.800
#> SRR1416654     3  0.4702      0.776 0.212 0.000 0.788
#> SRR1315081     3  0.1289      0.875 0.032 0.000 0.968
#> SRR1369196     3  0.4555      0.786 0.200 0.000 0.800
#> SRR1400847     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.5591      0.647 0.304 0.000 0.696
#> SRR1441679     3  0.0000      0.884 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082173     1  0.0424      0.975 0.992 0.000 0.008
#> SRR1363968     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000      0.981 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.0000      0.967 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.5678      0.626 0.316 0.000 0.684
#> SRR1310275     3  0.5988      0.522 0.368 0.000 0.632

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.1059    0.88164 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1331708     2  0.5399   -0.12048 0.468 0.520 0.012 0.000
#> SRR1464258     1  0.4103    0.65175 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1454201     1  0.5351    0.76670 0.744 0.152 0.104 0.000
#> SRR661589      3  0.3356    0.80767 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1456229     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.5102    0.73856 0.748 0.064 0.188 0.000
#> SRR1417809     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094457     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1315931     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1430066     3  0.0817    0.85359 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1431037     3  0.0672    0.84914 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1395554     3  0.0817    0.85359 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR818002      4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.3439    0.81916 0.000 0.868 0.048 0.084
#> SRR1486845     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     2  0.2060    0.77392 0.016 0.932 0.052 0.000
#> SRR1490740     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1446627     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1456138     2  0.3674    0.80153 0.000 0.848 0.036 0.116
#> SRR1416248     1  0.2021    0.86438 0.932 0.056 0.012 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1375699     2  0.3931    0.83762 0.000 0.832 0.128 0.040
#> SRR1429846     3  0.3123    0.81653 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR613550      3  0.4406    0.65376 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1348402     1  0.1677    0.87113 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1345146     1  0.7359    0.42119 0.508 0.188 0.304 0.000
#> SRR1324025     3  0.0469    0.85203 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1318879     3  0.0707    0.83975 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR820755      1  0.4843    0.37689 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.5036    0.61491 0.696 0.000 0.024 0.280
#> SRR612263      1  0.0469    0.88581 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1415398     3  0.3266    0.81146 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     4  0.0469    0.96342 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1083311     3  0.0817    0.83904 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.1042    0.88308 0.972 0.020 0.008 0.000
#> SRR1452935     1  0.5604    0.09616 0.504 0.020 0.476 0.000
#> SRR1379495     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1470459     2  0.3569    0.81200 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR661361      3  0.3172    0.81806 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR615778      1  0.3547    0.81132 0.840 0.144 0.016 0.000
#> SRR1447564     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1455195     1  0.3479    0.80609 0.840 0.148 0.012 0.000
#> SRR655182      1  0.0817    0.88395 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1335140     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433555     3  0.0817    0.83830 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1308650     3  0.5643   -0.03723 0.024 0.428 0.548 0.000
#> SRR1388354     1  0.0188    0.88527 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317446     3  0.0469    0.84504 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1413602     3  0.0592    0.84087 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1479955     2  0.3638    0.84035 0.000 0.848 0.120 0.032
#> SRR809853      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661313      3  0.3444    0.80253 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.2149    0.84624 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1429408     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1362081     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1409854     1  0.1474    0.87470 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1435229     1  0.3577    0.79988 0.832 0.156 0.012 0.000
#> SRR1085996     1  0.3557    0.83020 0.856 0.036 0.108 0.000
#> SRR1414229     2  0.3907    0.69263 0.120 0.836 0.044 0.000
#> SRR1400974     3  0.1109    0.85323 0.028 0.004 0.968 0.000
#> SRR1399971     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR613927      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1457854     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1473714     1  0.7784    0.10054 0.412 0.000 0.252 0.336
#> SRR813776      1  0.4955    0.20081 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR808196      4  0.0188    0.96915 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1101085     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.7540    0.39231 0.000 0.444 0.364 0.192
#> SRR1362310     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR665310      1  0.0921    0.88244 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1420109     3  0.3172    0.81796 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1330920     1  0.1211    0.87899 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1419539     3  0.5100    0.62541 0.004 0.152 0.768 0.076
#> SRR1359447     3  0.0921    0.83577 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613915      3  0.4761    0.46630 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1384395     3  0.0921    0.83577 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR821715      3  0.3400    0.80099 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1478228     1  0.1584    0.87267 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1445637     1  0.0817    0.88493 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR608150      2  0.4978    0.39716 0.324 0.664 0.012 0.000
#> SRR1096383     1  0.3486    0.75663 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.2888    0.82663 0.872 0.124 0.004 0.000
#> SRR1326270     3  0.3356    0.80630 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1498838     3  0.2011    0.84835 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1416313     3  0.2647    0.83683 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR808566      4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430270     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367825     3  0.0469    0.84504 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR613533      1  0.4500    0.53636 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR661267      1  0.3444    0.76395 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR810665      2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1407250     1  0.7692    0.34717 0.456 0.268 0.276 0.000
#> SRR1420067     1  0.3598    0.82426 0.848 0.124 0.028 0.000
#> SRR1473632     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR812536      3  0.1635    0.85227 0.044 0.008 0.948 0.000
#> SRR1370850     4  0.2081    0.89432 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1486195     2  0.3123    0.84027 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1407671     2  0.0672    0.79459 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR1446375     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0921    0.88534 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1356101     3  0.3688    0.60353 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1404209     1  0.0817    0.88548 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1392676     2  0.2704    0.84232 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR665538      1  0.1174    0.87814 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR660510      3  0.2345    0.84452 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.0672    0.88533 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR2166459     1  0.0817    0.88525 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1070713     2  0.0707    0.81071 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1485312     3  0.0376    0.84889 0.004 0.004 0.992 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.3529    0.80282 0.836 0.152 0.012 0.000
#> SRR1330588     3  0.1118    0.85410 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1316367     1  0.3428    0.80919 0.844 0.144 0.012 0.000
#> SRR1433926     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0895    0.88606 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0336    0.88554 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323577     2  0.2888    0.84313 0.000 0.872 0.124 0.004
#> SRR1442422     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.1388    0.87549 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR654862      1  0.1356    0.88339 0.960 0.008 0.032 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.3172    0.81556 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1353199     1  0.3123    0.76606 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1378885     3  0.5000    0.00698 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR665357      3  0.0921    0.83577 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR662186      2  0.2589    0.84125 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR1501020     3  0.3219    0.81440 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1347819     3  0.0336    0.84682 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1480813     2  0.4181    0.83251 0.000 0.820 0.128 0.052
#> SRR1472576     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431781     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.0469    0.84504 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1500472     1  0.6078    0.70667 0.684 0.152 0.164 0.000
#> SRR1417632     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.3806    0.83669 0.000 0.824 0.156 0.020
#> SRR1458113     2  0.1938    0.77994 0.012 0.936 0.052 0.000
#> SRR1326579     1  0.4485    0.79593 0.796 0.152 0.052 0.000
#> SRR1349363     2  0.3873    0.68690 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1096712     3  0.0817    0.83830 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1090407     3  0.2921    0.82596 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1083752     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377599     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.2773    0.83877 0.116 0.004 0.880 0.000
#> SRR1318354     2  0.5670    0.57340 0.152 0.720 0.128 0.000
#> SRR1359062     3  0.0707    0.84118 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1398924     2  0.5018    0.37818 0.332 0.656 0.012 0.000
#> SRR663783      3  0.1576    0.85287 0.048 0.004 0.948 0.000
#> SRR1319204     3  0.2149    0.77968 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR1369070     2  0.3501    0.84230 0.000 0.848 0.132 0.020
#> SRR615659      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1337449     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1316982     3  0.1302    0.82323 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     3  0.4679    0.56339 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1312310     2  0.3123    0.84027 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1485613     1  0.1174    0.87814 0.968 0.020 0.012 0.000
#> SRR1338426     3  0.0817    0.83830 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1353309     3  0.0592    0.84259 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR658941      3  0.4237    0.75711 0.040 0.152 0.808 0.000
#> SRR1101643     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401468     1  0.2329    0.85601 0.916 0.072 0.012 0.000
#> SRR1368874     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     4  0.1940    0.87994 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR819820      3  0.2521    0.84632 0.064 0.024 0.912 0.000
#> SRR1337342     1  0.4782    0.78939 0.780 0.152 0.068 0.000
#> SRR655206      4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.2197    0.80333 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR1317410     1  0.1256    0.87605 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR608198      1  0.3529    0.80282 0.836 0.152 0.012 0.000
#> SRR1440161     3  0.4948   -0.04058 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1343741     2  0.3935    0.81382 0.000 0.840 0.060 0.100
#> SRR1381288     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     4  0.4990    0.66499 0.000 0.060 0.184 0.756
#> SRR663197      3  0.1004    0.84228 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR1394836     3  0.4964    0.17452 0.000 0.380 0.616 0.004
#> SRR661699      3  0.2053    0.80101 0.004 0.072 0.924 0.000
#> SRR813680      1  0.4605    0.51561 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1410678     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1311486     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1382851     2  0.4661    0.49466 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1433410     1  0.3577    0.79988 0.832 0.156 0.012 0.000
#> SRR661167      3  0.2888    0.83472 0.124 0.004 0.872 0.000
#> SRR1432518     3  0.2773    0.80260 0.004 0.116 0.880 0.000
#> SRR660462      3  0.2469    0.84111 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1374608     4  0.0188    0.96956 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR657949      1  0.3400    0.76044 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1485870     2  0.5039    0.35745 0.004 0.592 0.000 0.404
#> SRR1444138     1  0.0817    0.88545 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000    0.88473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091380     3  0.2919    0.83768 0.060 0.044 0.896 0.000
#> SRR1099096     1  0.1677    0.87113 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR1313583     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467102     3  0.1302    0.82323 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.3161    0.83698 0.124 0.012 0.864 0.000
#> SRR809963      1  0.0817    0.88365 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1072247     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.4322    0.79856 0.804 0.152 0.044 0.000
#> SRR1408393     1  0.3688    0.73785 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1361522     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1368597     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1309680     4  0.1867    0.90690 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1310542     3  0.0817    0.83830 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     4  0.4132    0.76752 0.012 0.176 0.008 0.804
#> SRR1354931     3  0.3172    0.81556 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1391856     2  0.2216    0.83388 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1446738     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309032     2  0.3219    0.83620 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1388145     2  0.7149    0.27535 0.000 0.452 0.132 0.416
#> SRR1432611     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR815869      3  0.0707    0.84185 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR613150      3  0.1716    0.85133 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1375329     2  0.1151    0.79067 0.008 0.968 0.024 0.000
#> SRR1387921     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1466792     2  0.3172    0.83837 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1360478     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1360695     1  0.0592    0.88423 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR812943      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1400910     2  0.1174    0.78948 0.012 0.968 0.020 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      4  0.1182    0.94418 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR658754      3  0.0817    0.83904 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.3356    0.80741 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1446028     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1083918     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337606     2  0.1059    0.78879 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR659109      3  0.0937    0.84993 0.012 0.012 0.976 0.000
#> SRR1337192     1  0.3529    0.80282 0.836 0.152 0.012 0.000
#> SRR656946      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1476102     1  0.3479    0.80609 0.840 0.148 0.012 0.000
#> SRR1476447     1  0.0895    0.87985 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.1584    0.87267 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR614419      1  0.3324    0.81531 0.852 0.136 0.012 0.000
#> SRR1322936     2  0.3718    0.66868 0.168 0.820 0.012 0.000
#> SRR1349121     1  0.1388    0.88286 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR1430549     1  0.2124    0.85897 0.924 0.068 0.008 0.000
#> SRR612935      3  0.6644    0.23285 0.392 0.088 0.520 0.000
#> SRR661481      4  0.4746    0.38163 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1354117     2  0.3356    0.82821 0.000 0.824 0.176 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1070503     1  0.4889    0.46471 0.636 0.004 0.360 0.000
#> SRR1499894     3  0.1209    0.85347 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1082883     1  0.5189    0.49275 0.616 0.372 0.012 0.000
#> SRR1468271     1  0.1488    0.87414 0.956 0.032 0.012 0.000
#> SRR1332443     1  0.2928    0.83473 0.880 0.108 0.012 0.000
#> SRR810295      2  0.3219    0.83620 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR662103      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1328620     3  0.4364    0.71527 0.016 0.220 0.764 0.000
#> SRR1396294     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR662114      3  0.3688    0.63165 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR1489199     1  0.0817    0.88492 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR813584      4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1069638     1  0.4579    0.73258 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR614864      1  0.6934    0.52755 0.572 0.152 0.276 0.000
#> SRR1433392     1  0.4477    0.55186 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1377777     2  0.3638    0.79799 0.000 0.848 0.032 0.120
#> SRR2167710     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1418628     2  0.3266    0.83375 0.000 0.832 0.168 0.000
#> SRR1486889     1  0.4431    0.58166 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1380393     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1319731     1  0.1059    0.88164 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1356468     4  0.1985    0.91630 0.016 0.040 0.004 0.940
#> SRR1337010     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1486520     1  0.2915    0.85810 0.892 0.028 0.080 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.4804    0.41311 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1465459     1  0.4746    0.40486 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1080270     3  0.0524    0.84836 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1312501     3  0.1389    0.85373 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1093148     2  0.3790    0.67171 0.016 0.820 0.164 0.000
#> SRR1467080     3  0.0592    0.84380 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1410866     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816475      4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      1  0.4989   -0.03193 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1452246     2  0.2089    0.82657 0.000 0.932 0.048 0.020
#> SRR1338836     2  0.4391    0.65813 0.000 0.740 0.008 0.252
#> SRR1369129     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.3219    0.81458 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR813824      3  0.2647    0.83680 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1082376     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.1940    0.85520 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1091572     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.3852    0.77985 0.808 0.180 0.012 0.000
#> SRR663729      4  0.5480    0.66833 0.140 0.124 0.000 0.736
#> SRR1097013     1  0.1302    0.88090 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR613675      2  0.5366    0.02997 0.440 0.548 0.012 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.3074    0.82065 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1500113     1  0.1388    0.87549 0.960 0.028 0.012 0.000
#> SRR1437622     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355172     3  0.3444    0.79750 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR655531      1  0.3271    0.81829 0.856 0.132 0.012 0.000
#> SRR1338147     3  0.1389    0.85389 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1413329     1  0.5130    0.54949 0.668 0.020 0.312 0.000
#> SRR1485931     2  0.2814    0.84289 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1420873     1  0.1584    0.87267 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1333308     4  0.3626    0.75578 0.004 0.184 0.000 0.812
#> SRR1452033     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1467316     2  0.2814    0.84289 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR809018      3  0.1305    0.85362 0.036 0.004 0.960 0.000
#> SRR1375351     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR663440      1  0.4967    0.16591 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1471755     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.6952    0.36610 0.516 0.120 0.364 0.000
#> SRR1479133     3  0.2868    0.82907 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR615069      2  0.4560    0.55890 0.004 0.700 0.296 0.000
#> SRR1456185     2  0.4440    0.78950 0.000 0.804 0.060 0.136
#> SRR1350069     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.1022    0.88065 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR664795      1  0.2408    0.83739 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1490721     2  0.1059    0.79236 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR810643      1  0.2867    0.83738 0.884 0.104 0.012 0.000
#> SRR1430333     2  0.3791    0.62186 0.004 0.796 0.200 0.000
#> SRR1085285     3  0.2589    0.83825 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1099072     3  0.3266    0.81204 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1317985     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1487340     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1420276     3  0.0921    0.83577 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR1351347     3  0.3048    0.83219 0.108 0.016 0.876 0.000
#> SRR1405525     1  0.3377    0.81233 0.848 0.140 0.012 0.000
#> SRR1370329     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1465001     1  0.1059    0.88164 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR1476525     4  0.4843    0.27133 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR819610      4  0.2281    0.87982 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR2157314     1  0.0188    0.88527 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409465     2  0.3324    0.84344 0.000 0.852 0.136 0.012
#> SRR809987      4  0.0336    0.96536 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR613639      1  0.1940    0.85490 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.3528    0.74304 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1405660     3  0.0817    0.83904 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1095455     1  0.0336    0.88540 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1394734     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0817    0.88537 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1365894     2  0.2466    0.82069 0.000 0.916 0.028 0.056
#> SRR1073581     1  0.3764    0.72439 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR659804      1  0.0000    0.88473 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.2647    0.84182 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1432186     4  0.2345    0.87014 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1473529     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660764      3  0.1256    0.85257 0.028 0.008 0.964 0.000
#> SRR820448      1  0.0921    0.88226 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1328845     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336415     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.3074    0.82197 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1346773     1  0.3377    0.81233 0.848 0.140 0.012 0.000
#> SRR1499521     1  0.4332    0.81446 0.816 0.072 0.112 0.000
#> SRR1440898     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1347459     3  0.0707    0.84192 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1081209     2  0.2868    0.84292 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR1400202     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1333395     4  0.2469    0.86425 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1309248     2  0.4972    0.21979 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR809161      3  0.4866    0.39878 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000    0.80204 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.4981    0.21489 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1498931     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0336    0.84682 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.3271    0.81829 0.856 0.132 0.012 0.000
#> SRR1309160     3  0.0469    0.84504 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR663489      3  0.0707    0.84118 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1500450     1  0.5271    0.50241 0.640 0.020 0.340 0.000
#> SRR1078489     1  0.7587    0.20990 0.412 0.392 0.196 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      2  0.4040    0.75773 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR1470420     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1475566     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1477949     1  0.0592    0.88549 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1481419     2  0.3257    0.84173 0.000 0.844 0.152 0.004
#> SRR1464766     1  0.0817    0.88545 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR615946      3  0.3528    0.79690 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1446481     4  0.1284    0.94303 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1467656     2  0.3172    0.83837 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1402962     1  0.5568    0.75358 0.728 0.152 0.120 0.000
#> SRR660224      2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR665586      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1347166     1  0.3577    0.79988 0.832 0.156 0.012 0.000
#> SRR1485722     1  0.3647    0.80256 0.832 0.152 0.016 0.000
#> SRR1415316     1  0.2179    0.86032 0.924 0.064 0.012 0.000
#> SRR613390      1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR661108      3  0.0927    0.85183 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR2170173     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR817329      1  0.1022    0.88082 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471795     4  0.0188    0.96972 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1415637     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR813137      1  0.1118    0.87919 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1314873     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401211     1  0.0707    0.88481 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.3975    0.73281 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR2164608     1  0.5756    0.41988 0.592 0.036 0.372 0.000
#> SRR1455586     3  0.4730    0.23498 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR819459      3  0.0592    0.84380 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1488939     2  0.2081    0.83377 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1433232     2  0.3401    0.76726 0.000 0.840 0.008 0.152
#> SRR1385501     1  0.0817    0.88365 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1361652     2  0.4718    0.49225 0.280 0.708 0.012 0.000
#> SRR1437119     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1478547     3  0.2647    0.83459 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1430910     2  0.1297    0.78704 0.016 0.964 0.020 0.000
#> SRR1310584     1  0.2255    0.85819 0.920 0.068 0.012 0.000
#> SRR1500216     1  0.5003    0.57110 0.676 0.000 0.016 0.308
#> SRR1486762     3  0.4382    0.66751 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405165     3  0.3123    0.77071 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1433004     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1471477     3  0.5271    0.49619 0.340 0.020 0.640 0.000
#> SRR1098567     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1098712     4  0.3726    0.71583 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1455038     1  0.2408    0.83406 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1375248     3  0.3649    0.61110 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1403005     3  0.3444    0.79973 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1348378     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1392943     4  0.0469    0.96341 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1475192     3  0.0469    0.84504 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1432085     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1452468     1  0.6555    0.64653 0.632 0.156 0.212 0.000
#> SRR1347060     3  0.0592    0.84259 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1414139     2  0.3610    0.80829 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR1447962     2  0.4996    0.28644 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR1444324     2  0.3219    0.83620 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1415004     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1413436     1  0.2988    0.83210 0.876 0.112 0.012 0.000
#> SRR1311266     1  0.3479    0.80609 0.840 0.148 0.012 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0469    0.88556 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1429678     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1469413     2  0.3311    0.83109 0.000 0.828 0.172 0.000
#> SRR1405331     1  0.3942    0.68434 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1345609     1  0.0592    0.88151 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0992    0.79203 0.012 0.976 0.008 0.004
#> SRR1322840     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0592    0.84380 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1416654     3  0.2730    0.81032 0.016 0.088 0.896 0.000
#> SRR1315081     3  0.0469    0.84590 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1369196     3  0.0336    0.84561 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1400847     1  0.0592    0.88553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1365291     3  0.3074    0.81709 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1367920     4  0.2011    0.89786 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1366648     3  0.1209    0.85347 0.032 0.004 0.964 0.000
#> SRR1441679     2  0.3074    0.84196 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1082173     3  0.4610    0.70800 0.236 0.020 0.744 0.000
#> SRR1363968     1  0.2805    0.83979 0.888 0.100 0.012 0.000
#> SRR814387      1  0.1406    0.87834 0.960 0.024 0.016 0.000
#> SRR657599      1  0.3479    0.80086 0.840 0.012 0.148 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.3074    0.82065 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1453811     3  0.3400    0.80099 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1441159     1  0.3529    0.80282 0.836 0.152 0.012 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000    0.97286 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0779    0.85216 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1310275     3  0.0376    0.85041 0.004 0.004 0.992 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     5  0.3612     0.8159 0.172 0.000 0.028 0.000 0.800
#> SRR1331708     5  0.2221     0.8428 0.036 0.052 0.000 0.000 0.912
#> SRR1464258     1  0.2929     0.7633 0.820 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1454201     5  0.2408     0.8408 0.008 0.004 0.096 0.000 0.892
#> SRR661589      3  0.3895     0.5201 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     5  0.1106     0.8431 0.024 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR1417809     4  0.1560     0.9364 0.020 0.004 0.000 0.948 0.028
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818002      4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.1502     0.8285 0.000 0.056 0.004 0.000 0.940
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0162     0.9263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416248     5  0.3366     0.7563 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0290     0.9257 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613550      1  0.2179     0.8294 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000
#> SRR1348402     5  0.2891     0.8136 0.176 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1345146     5  0.1282     0.8438 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0794     0.8869 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR820755      3  0.4040     0.5907 0.016 0.000 0.724 0.000 0.260
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.3800     0.7748 0.812 0.000 0.080 0.108 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0162     0.8993 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0404     0.9603 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1421327     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.1082     0.8870 0.964 0.008 0.000 0.000 0.028
#> SRR1452935     5  0.4497     0.3222 0.008 0.000 0.424 0.000 0.568
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0510     0.9209 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0880     0.8844 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR615778      5  0.3577     0.8354 0.084 0.004 0.076 0.000 0.836
#> SRR1447564     1  0.0162     0.9020 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1455195     5  0.2550     0.8562 0.084 0.004 0.020 0.000 0.892
#> SRR655182      1  0.0290     0.9011 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.4304     0.1544 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1433555     3  0.1732     0.8541 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1308650     2  0.1928     0.8710 0.072 0.920 0.004 0.004 0.000
#> SRR1388354     1  0.1544     0.8570 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.1732     0.8541 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1479955     2  0.0162     0.9263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      1  0.3837     0.5806 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.0162     0.9636 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433950     1  0.0162     0.9020 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362081     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.5115     0.6886 0.232 0.000 0.092 0.000 0.676
#> SRR1435229     5  0.2971     0.8583 0.072 0.016 0.032 0.000 0.880
#> SRR1085996     5  0.4890     0.6933 0.256 0.000 0.064 0.000 0.680
#> SRR1414229     5  0.2922     0.8484 0.024 0.016 0.080 0.000 0.880
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.1732     0.8511 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0290     0.9001 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473714     1  0.5697     0.6166 0.660 0.000 0.208 0.116 0.016
#> SRR813776      3  0.1082     0.8835 0.028 0.000 0.964 0.000 0.008
#> SRR808196      4  0.2708     0.8735 0.072 0.000 0.000 0.884 0.044
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0162     0.9019 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0566     0.9240 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      1  0.1544     0.8615 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.3003     0.7558 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.1981     0.8673 0.924 0.000 0.048 0.000 0.028
#> SRR1419539     3  0.4381     0.7601 0.000 0.064 0.788 0.020 0.128
#> SRR1359447     3  0.0794     0.8876 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613915      3  0.1168     0.8826 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1384395     3  0.1121     0.8783 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR821715      3  0.0290     0.8973 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1478228     5  0.3837     0.6325 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692
#> SRR1445637     1  0.0566     0.8973 0.984 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR608150      5  0.2463     0.8510 0.100 0.008 0.004 0.000 0.888
#> SRR1096383     1  0.5876     0.4716 0.604 0.000 0.204 0.000 0.192
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.4101     0.3072 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR1326270     3  0.0963     0.8811 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.0703     0.9541 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.4306    -0.0240 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR661267      3  0.4756     0.4755 0.044 0.000 0.668 0.000 0.288
#> SRR810665      2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.2408     0.8392 0.004 0.008 0.096 0.000 0.892
#> SRR1420067     5  0.2673     0.8579 0.060 0.004 0.044 0.000 0.892
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0404     0.8960 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.1908     0.8732 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1486195     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.1732     0.8745 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1446375     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.6060     0.0656 0.492 0.000 0.124 0.000 0.384
#> SRR1356101     3  0.5498     0.3706 0.000 0.340 0.580 0.000 0.080
#> SRR1404209     1  0.2914     0.8228 0.872 0.000 0.052 0.000 0.076
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      5  0.4074     0.5419 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR660510      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.3301     0.8142 0.848 0.000 0.072 0.000 0.080
#> SRR2166459     1  0.3876     0.6886 0.776 0.000 0.032 0.000 0.192
#> SRR1070713     2  0.2280     0.8201 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.2179     0.8954 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1488610     5  0.2193     0.8505 0.092 0.008 0.000 0.000 0.900
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     5  0.2439     0.8461 0.120 0.004 0.000 0.000 0.876
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      5  0.5199     0.6296 0.292 0.000 0.072 0.000 0.636
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0510     0.8957 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     5  0.4242     0.3624 0.428 0.000 0.000 0.000 0.572
#> SRR654862      5  0.3649     0.8398 0.088 0.000 0.088 0.000 0.824
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0404     0.8982 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.1357     0.8701 0.004 0.000 0.948 0.000 0.048
#> SRR665357      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0162     0.8993 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0510     0.9229 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.2228     0.8558 0.056 0.008 0.020 0.000 0.916
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0510     0.9229 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1458113     5  0.3003     0.8346 0.000 0.044 0.092 0.000 0.864
#> SRR1326579     5  0.2582     0.8491 0.024 0.004 0.080 0.000 0.892
#> SRR1349363     2  0.0510     0.9229 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     5  0.2850     0.8455 0.016 0.016 0.088 0.000 0.880
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.3375     0.8413 0.104 0.056 0.000 0.000 0.840
#> SRR663783      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.4558     0.6919 0.000 0.180 0.740 0.000 0.080
#> SRR1369070     2  0.0162     0.9263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.2130     0.8481 0.000 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     1  0.0404     0.8984 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0324     0.9261 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1485613     5  0.4150     0.5052 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1338426     3  0.0404     0.8959 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658941      5  0.2074     0.8348 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     5  0.2179     0.8466 0.112 0.000 0.000 0.000 0.888
#> SRR1368874     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     4  0.4126     0.3399 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR819820      3  0.1732     0.8541 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1337342     5  0.2635     0.8455 0.016 0.008 0.088 0.000 0.888
#> SRR655206      4  0.0992     0.9501 0.000 0.000 0.008 0.968 0.024
#> SRR1387013     2  0.0162     0.9241 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1317410     1  0.4300    -0.1124 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR608198      5  0.2879     0.8578 0.080 0.008 0.032 0.000 0.880
#> SRR1440161     2  0.0963     0.9075 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0162     0.9263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0794     0.9519 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1099622     2  0.3596     0.7402 0.000 0.776 0.012 0.212 0.000
#> SRR663197      3  0.0865     0.8894 0.004 0.024 0.972 0.000 0.000
#> SRR1394836     3  0.4321     0.3329 0.000 0.396 0.600 0.000 0.004
#> SRR661699      3  0.1469     0.8746 0.000 0.016 0.948 0.000 0.036
#> SRR813680      3  0.1571     0.8655 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3752     0.6089 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1433410     5  0.2804     0.8559 0.048 0.008 0.056 0.000 0.888
#> SRR661167      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.4305    -0.0463 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR660462      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.1197     0.9392 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR657949      3  0.4455     0.2794 0.404 0.000 0.588 0.000 0.008
#> SRR1308882     4  0.0510     0.9582 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR655768      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.4565     0.5327 0.000 0.664 0.000 0.308 0.028
#> SRR1444138     1  0.1671     0.8490 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0880     0.9498 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1091380     3  0.3774     0.6177 0.000 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1099096     5  0.3707     0.6772 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1313583     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.2249     0.8399 0.000 0.008 0.896 0.000 0.096
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      3  0.1430     0.8742 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> SRR809963      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.2707     0.8502 0.024 0.008 0.080 0.000 0.888
#> SRR1408393     3  0.6247    -0.1940 0.144 0.000 0.432 0.000 0.424
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.1270     0.9014 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.4701     0.6981 0.000 0.060 0.000 0.704 0.236
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.3586     0.6474 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1446738     4  0.0880     0.9498 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1309032     2  0.0290     0.9249 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0703     0.9186 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1432611     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.2984     0.8128 0.000 0.108 0.032 0.000 0.860
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0290     0.9249 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0324     0.9261 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1360695     1  0.2280     0.8092 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR812943      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     5  0.2921     0.8028 0.000 0.124 0.020 0.000 0.856
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      4  0.2020     0.8708 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.4305    -0.0203 0.488 0.000 0.512 0.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.3857     0.5960 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1337606     5  0.2646     0.8022 0.004 0.124 0.004 0.000 0.868
#> SRR659109      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.2358     0.8489 0.104 0.008 0.000 0.000 0.888
#> SRR656946      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     5  0.1732     0.8490 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1476447     1  0.3109     0.7059 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     5  0.4268     0.3818 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR614419      5  0.3242     0.7892 0.216 0.000 0.000 0.000 0.784
#> SRR1322936     5  0.2595     0.8337 0.032 0.080 0.000 0.000 0.888
#> SRR1349121     5  0.5052     0.5705 0.340 0.000 0.048 0.000 0.612
#> SRR1430549     5  0.4305     0.2545 0.488 0.000 0.000 0.000 0.512
#> SRR612935      3  0.5904     0.4922 0.232 0.172 0.596 0.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0510     0.9229 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1354117     2  0.0404     0.9231 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     5  0.4689     0.3041 0.016 0.000 0.424 0.000 0.560
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.2017     0.8498 0.080 0.008 0.000 0.000 0.912
#> SRR1468271     5  0.2358     0.8467 0.104 0.000 0.008 0.000 0.888
#> SRR1332443     5  0.2605     0.8251 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR810295      2  0.0290     0.9249 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     5  0.2513     0.8278 0.000 0.008 0.116 0.000 0.876
#> SRR1396294     4  0.2230     0.8924 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.4420     0.2130 0.000 0.448 0.548 0.000 0.004
#> SRR1489199     5  0.3916     0.8283 0.104 0.000 0.092 0.000 0.804
#> SRR813584      4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     5  0.4956     0.5485 0.048 0.000 0.316 0.000 0.636
#> SRR614864      5  0.2770     0.8230 0.004 0.008 0.124 0.000 0.864
#> SRR1433392     1  0.3990     0.5843 0.688 0.000 0.308 0.000 0.004
#> SRR1377777     2  0.0162     0.9263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0451     0.9255 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1486889     3  0.1872     0.8634 0.020 0.000 0.928 0.000 0.052
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.3707     0.5520 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1356468     4  0.3561     0.7227 0.000 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.3454     0.8504 0.100 0.000 0.064 0.000 0.836
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.3612     0.6598 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1465459     3  0.4306    -0.0169 0.492 0.000 0.508 0.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     5  0.0579     0.8352 0.000 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     4  0.1478     0.9097 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      1  0.2424     0.8132 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0510     0.9229 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0162     0.8993 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0510     0.8962 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.1792     0.8484 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     5  0.2408     0.8517 0.096 0.008 0.004 0.000 0.892
#> SRR663729      4  0.4435     0.7792 0.012 0.084 0.000 0.780 0.124
#> SRR1097013     1  0.4766     0.6007 0.708 0.000 0.072 0.000 0.220
#> SRR613675      5  0.2899     0.8268 0.028 0.096 0.004 0.000 0.872
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     5  0.3932     0.5938 0.328 0.000 0.000 0.000 0.672
#> SRR1437622     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     3  0.1792     0.8528 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR655531      5  0.2127     0.8483 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413329     5  0.3300     0.7504 0.004 0.000 0.204 0.000 0.792
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     5  0.2561     0.8330 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1333308     4  0.3844     0.7913 0.008 0.144 0.000 0.808 0.040
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0290     0.9257 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR663440      3  0.2505     0.8239 0.020 0.000 0.888 0.000 0.092
#> SRR1471755     2  0.4300     0.1814 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR808019      5  0.2605     0.7930 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1479133     3  0.0162     0.8993 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR615069      2  0.6285     0.3233 0.000 0.536 0.220 0.000 0.244
#> SRR1456185     2  0.0404     0.9245 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1350069     4  0.0703     0.9539 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR816316      1  0.1671     0.8542 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.3336     0.7131 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1490721     5  0.2280     0.8026 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR810643      5  0.1908     0.8494 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1430333     5  0.3051     0.8220 0.000 0.028 0.120 0.000 0.852
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.1877     0.8577 0.064 0.000 0.924 0.000 0.012
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0162     0.9020 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.3123     0.7271 0.004 0.000 0.812 0.000 0.184
#> SRR1405525     5  0.3861     0.6888 0.284 0.004 0.000 0.000 0.712
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.3983     0.4117 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1476525     2  0.3074     0.7699 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR819610      2  0.1671     0.8850 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR2157314     1  0.0162     0.9019 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409465     2  0.0162     0.9263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR809987      4  0.2423     0.8802 0.080 0.000 0.000 0.896 0.024
#> SRR613639      1  0.1732     0.8511 0.920 0.000 0.080 0.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0162     0.9636 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1077038     1  0.2690     0.7876 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.0290     0.9000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1394734     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     5  0.3847     0.8076 0.180 0.000 0.036 0.000 0.784
#> SRR1365894     2  0.0162     0.9254 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1073581     3  0.3551     0.7415 0.008 0.000 0.772 0.000 0.220
#> SRR659804      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.4291     0.2214 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1473529     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.0162     0.8996 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.1410     0.8676 0.940 0.000 0.060 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.2233     0.8987 0.004 0.000 0.000 0.892 0.104
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     5  0.2020     0.8492 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1499521     5  0.2036     0.8562 0.056 0.000 0.024 0.000 0.920
#> SRR1440898     2  0.0162     0.9263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.3548     0.7511 0.012 0.188 0.000 0.796 0.004
#> SRR1309248     4  0.5615     0.3969 0.000 0.320 0.000 0.584 0.096
#> SRR809161      1  0.3684     0.6372 0.720 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0794     0.9088 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1432629     2  0.3242     0.7424 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0290     0.9621 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.2249     0.8523 0.096 0.000 0.008 0.000 0.896
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     5  0.6718     0.1357 0.260 0.000 0.328 0.000 0.412
#> SRR1078489     5  0.3425     0.8232 0.004 0.044 0.112 0.000 0.840
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.2930     0.7690 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR1470420     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.2563     0.8193 0.872 0.000 0.008 0.000 0.120
#> SRR1481419     2  0.0290     0.9257 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1464766     1  0.3003     0.7155 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR615946      1  0.4088     0.4414 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.2732     0.8111 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1467656     2  0.0451     0.9255 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1402962     5  0.2233     0.8345 0.000 0.004 0.104 0.000 0.892
#> SRR660224      2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     5  0.3003     0.8537 0.040 0.016 0.064 0.000 0.880
#> SRR1485722     5  0.2597     0.8554 0.040 0.004 0.060 0.000 0.896
#> SRR1415316     1  0.4114     0.3263 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR613390      1  0.1341     0.8705 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817329      1  0.1671     0.8576 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.0880     0.9498 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1467745     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.3003     0.7801 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.2648     0.7865 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      3  0.3109     0.7104 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR2164608     5  0.3366     0.7157 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1455586     3  0.4182     0.3288 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9256 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0162     0.9263 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1385501     1  0.1197     0.8759 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1361652     5  0.3164     0.8558 0.068 0.040 0.020 0.000 0.872
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.2983     0.8363 0.000 0.056 0.076 0.000 0.868
#> SRR1310584     5  0.3074     0.7990 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1500216     1  0.4059     0.7260 0.776 0.000 0.052 0.172 0.000
#> SRR1486762     1  0.3074     0.7432 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0794     0.9519 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1473058     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.4283     0.0856 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     3  0.2813     0.8007 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1098567     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.4743     0.7178 0.000 0.156 0.000 0.732 0.112
#> SRR1455038     1  0.2377     0.8150 0.872 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.5233     0.4952 0.000 0.288 0.636 0.000 0.076
#> SRR1403005     3  0.3816     0.5240 0.304 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1348378     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.1792     0.9104 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1475192     3  0.0880     0.8854 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1432085     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.3201     0.8100 0.008 0.016 0.132 0.000 0.844
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.3534     0.6389 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0963     0.9075 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0290     0.9249 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     5  0.2482     0.8570 0.084 0.000 0.024 0.000 0.892
#> SRR1311266     5  0.2233     0.8487 0.104 0.004 0.000 0.000 0.892
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0290     0.9249 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1405331     1  0.3109     0.7426 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0290     0.9000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1380208     5  0.3707     0.5869 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.1341     0.8687 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1315081     3  0.1410     0.8677 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9036 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0162     0.8993 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1367920     4  0.0798     0.9512 0.000 0.008 0.000 0.976 0.016
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0162     0.9260 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.3661     0.5710 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1363968     5  0.1892     0.8510 0.080 0.000 0.004 0.000 0.916
#> SRR814387      5  0.4287     0.3244 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR657599      5  0.3454     0.8362 0.064 0.000 0.100 0.000 0.836
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0609     0.8909 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1441159     5  0.2233     0.8487 0.104 0.004 0.000 0.000 0.892
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9657 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9011 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.2648     0.7681 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     6  0.4449     0.6730 0.216 0.000 0.000 0.000 0.088 0.696
#> SRR1331708     5  0.1910     0.7737 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1464258     1  0.3652     0.5909 0.720 0.000 0.264 0.000 0.000 0.016
#> SRR1454201     5  0.0260     0.8435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR661589      3  0.3717     0.6276 0.276 0.000 0.708 0.000 0.000 0.016
#> SRR1456229     1  0.1320     0.7929 0.948 0.000 0.036 0.000 0.000 0.016
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     6  0.3215     0.5941 0.004 0.000 0.000 0.000 0.240 0.756
#> SRR1417809     6  0.4250     0.7116 0.108 0.004 0.000 0.144 0.000 0.744
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.1007     0.8123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1315931     1  0.1528     0.7873 0.936 0.000 0.048 0.000 0.000 0.016
#> SRR1430066     3  0.1075     0.8735 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1431037     3  0.0363     0.8764 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1395554     3  0.0146     0.8749 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR818002      4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.0260     0.8435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1490740     1  0.1007     0.8123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     6  0.5002     0.6090 0.136 0.000 0.000 0.000 0.228 0.636
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.2260     0.7611 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0891     0.8684 0.024 0.000 0.968 0.000 0.000 0.008
#> SRR613550      1  0.3695     0.5809 0.712 0.000 0.272 0.000 0.000 0.016
#> SRR1348402     6  0.5296     0.5818 0.168 0.000 0.000 0.000 0.236 0.596
#> SRR1345146     5  0.3961     0.0898 0.004 0.000 0.000 0.000 0.556 0.440
#> SRR1324025     3  0.0146     0.8759 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1318879     3  0.1528     0.8711 0.000 0.000 0.936 0.000 0.016 0.048
#> SRR820755      3  0.4711     0.5807 0.052 0.000 0.676 0.000 0.252 0.020
#> SRR1485830     4  0.0547     0.9340 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR599313      1  0.6349     0.3991 0.544 0.000 0.204 0.212 0.012 0.028
#> SRR612263      1  0.1391     0.7913 0.944 0.000 0.040 0.000 0.000 0.016
#> SRR1415398     3  0.0777     0.8701 0.024 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004
#> SRR1326205     6  0.3833     0.2931 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1421327     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0937     0.8751 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.3745     0.6730 0.784 0.116 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1452935     5  0.4183     0.1053 0.012 0.000 0.480 0.000 0.508 0.000
#> SRR1379495     1  0.1610     0.7983 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.2747     0.8220 0.096 0.000 0.868 0.000 0.016 0.020
#> SRR615778      5  0.2428     0.7864 0.024 0.000 0.060 0.000 0.896 0.020
#> SRR1447564     1  0.1387     0.8052 0.932 0.000 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1455195     5  0.0260     0.8435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR655182      1  0.1462     0.8128 0.936 0.000 0.008 0.000 0.000 0.056
#> SRR1335140     4  0.1663     0.8601 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.2793     0.7600 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1308650     2  0.0790     0.9054 0.032 0.968 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.3499     0.4780 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1317446     3  0.1007     0.8744 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1413602     3  0.2854     0.7516 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0260     0.8125 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR661313      1  0.4205     0.2269 0.564 0.000 0.420 0.000 0.000 0.016
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.1065     0.8699 0.020 0.000 0.964 0.000 0.008 0.008
#> SRR1429408     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.1141     0.8108 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.5042     0.5702 0.160 0.000 0.168 0.000 0.664 0.008
#> SRR1435229     5  0.0000     0.8436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085996     5  0.3838     0.6900 0.156 0.000 0.040 0.000 0.784 0.020
#> SRR1414229     5  0.0000     0.8436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400974     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1399971     1  0.1007     0.8123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR613927      1  0.2489     0.7328 0.860 0.000 0.128 0.000 0.000 0.012
#> SRR1457854     1  0.2378     0.7506 0.848 0.000 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1473714     4  0.7022    -0.0385 0.332 0.000 0.236 0.372 0.004 0.056
#> SRR813776      3  0.3499     0.7843 0.128 0.000 0.816 0.000 0.036 0.020
#> SRR808196      6  0.3728     0.7120 0.060 0.000 0.000 0.152 0.004 0.784
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614395      1  0.1074     0.7981 0.960 0.000 0.028 0.000 0.000 0.012
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.1863     0.7881 0.896 0.000 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR665310      1  0.2402     0.7406 0.868 0.000 0.120 0.000 0.000 0.012
#> SRR1420109     1  0.3509     0.6165 0.744 0.000 0.240 0.000 0.000 0.016
#> SRR1330920     1  0.2515     0.7689 0.888 0.000 0.072 0.000 0.024 0.016
#> SRR1419539     6  0.3709     0.6022 0.000 0.028 0.148 0.000 0.028 0.796
#> SRR1359447     3  0.1714     0.8608 0.024 0.024 0.936 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347259     4  0.1204     0.8957 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR613915      3  0.2488     0.8355 0.076 0.000 0.888 0.000 0.016 0.020
#> SRR1384395     3  0.1204     0.8711 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR821715      3  0.1219     0.8627 0.048 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478228     6  0.3979     0.7063 0.172 0.000 0.000 0.000 0.076 0.752
#> SRR1445637     1  0.2006     0.7909 0.892 0.000 0.004 0.000 0.000 0.104
#> SRR608150      5  0.0146     0.8438 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096383     6  0.4427     0.6745 0.192 0.000 0.072 0.000 0.012 0.724
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341344     5  0.3151     0.5967 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR1326270     3  0.2704     0.7957 0.140 0.000 0.844 0.000 0.000 0.016
#> SRR1498838     3  0.1007     0.8746 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1416313     3  0.0717     0.8709 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR808566      4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.1327     0.8920 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1367825     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR613533      3  0.4378     0.3543 0.388 0.000 0.588 0.000 0.008 0.016
#> SRR661267      6  0.5321     0.4506 0.080 0.000 0.308 0.000 0.020 0.592
#> SRR810665      2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.0146     0.8438 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420067     5  0.0547     0.8397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1473632     1  0.1007     0.8123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR812536      3  0.1624     0.8588 0.040 0.000 0.936 0.000 0.004 0.020
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.4109     0.4578 0.000 0.648 0.000 0.000 0.024 0.328
#> SRR1446375     1  0.2092     0.7754 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      6  0.5694     0.5354 0.164 0.000 0.224 0.000 0.020 0.592
#> SRR1356101     2  0.5466     0.4309 0.000 0.556 0.280 0.000 0.000 0.164
#> SRR1404209     6  0.5077     0.3424 0.404 0.000 0.068 0.000 0.004 0.524
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      6  0.3896     0.6947 0.196 0.000 0.000 0.000 0.056 0.748
#> SRR660510      3  0.1461     0.8587 0.044 0.000 0.940 0.000 0.000 0.016
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      1  0.5354     0.3638 0.572 0.000 0.084 0.000 0.328 0.016
#> SRR2166459     1  0.4179     0.6665 0.744 0.000 0.016 0.000 0.048 0.192
#> SRR1070713     2  0.2738     0.7603 0.000 0.820 0.000 0.000 0.176 0.004
#> SRR1485312     3  0.0790     0.8761 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1317631     6  0.3050     0.5976 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1488610     5  0.0260     0.8435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1330588     3  0.0291     0.8760 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1316367     5  0.0146     0.8438 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433926     1  0.0547     0.8136 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      5  0.5298     0.4892 0.252 0.000 0.140 0.000 0.604 0.004
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663076      6  0.3634     0.5119 0.356 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1323577     2  0.0146     0.9308 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     6  0.3695     0.7105 0.164 0.000 0.000 0.000 0.060 0.776
#> SRR654862      5  0.3885     0.6993 0.100 0.000 0.116 0.000 0.780 0.004
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0717     0.8731 0.016 0.000 0.976 0.000 0.000 0.008
#> SRR1353199     1  0.0692     0.8138 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1378885     3  0.2034     0.8484 0.024 0.000 0.912 0.000 0.060 0.004
#> SRR665357      3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR662186      2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1347819     3  0.0291     0.8745 0.004 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.1075     0.8735 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1500472     5  0.1556     0.7999 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1417632     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.0790     0.8313 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1326579     5  0.0260     0.8435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1090407     3  0.0547     0.8770 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1083752     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.1297     0.8623 0.040 0.000 0.948 0.000 0.000 0.012
#> SRR1318354     5  0.0000     0.8436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359062     3  0.0363     0.8764 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1398924     5  0.0260     0.8427 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR663783      3  0.0891     0.8776 0.008 0.000 0.968 0.000 0.000 0.024
#> SRR1319204     2  0.5173     0.5233 0.000 0.620 0.200 0.000 0.000 0.180
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0713     0.8134 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.3230     0.7359 0.000 0.012 0.776 0.000 0.000 0.212
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377423     1  0.0692     0.8137 0.976 0.000 0.004 0.000 0.000 0.020
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     6  0.4382     0.6671 0.228 0.000 0.000 0.000 0.076 0.696
#> SRR1338426     3  0.2724     0.8140 0.000 0.000 0.864 0.000 0.084 0.052
#> SRR1353309     3  0.0458     0.8769 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR658941      5  0.1007     0.8276 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1101643     1  0.1765     0.7839 0.924 0.000 0.052 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401468     5  0.4703     0.1156 0.048 0.000 0.000 0.000 0.544 0.408
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     4  0.3997     0.7093 0.112 0.000 0.052 0.800 0.008 0.028
#> SRR819820      3  0.3221     0.6950 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1337342     5  0.0146     0.8434 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR655206      6  0.5064     0.5516 0.000 0.000 0.152 0.216 0.000 0.632
#> SRR1387013     2  0.0603     0.9199 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1317410     1  0.3745     0.6064 0.732 0.000 0.000 0.000 0.028 0.240
#> SRR608198      5  0.0000     0.8436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     6  0.3607     0.5054 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1099622     2  0.1806     0.8536 0.000 0.908 0.004 0.088 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.2502     0.8322 0.084 0.000 0.884 0.000 0.012 0.020
#> SRR1394836     2  0.5790     0.2478 0.000 0.512 0.184 0.004 0.000 0.300
#> SRR661699      3  0.1531     0.8664 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR813680      3  0.2912     0.8073 0.072 0.000 0.852 0.000 0.000 0.076
#> SRR1410678     1  0.3101     0.6271 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0547     0.8136 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.2416     0.7715 0.000 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1433410     5  0.0000     0.8436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661167      3  0.1320     0.8622 0.036 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016
#> SRR1432518     5  0.3833     0.1829 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR660462      3  0.0547     0.8766 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1374608     6  0.4026     0.4955 0.000 0.000 0.000 0.348 0.016 0.636
#> SRR657949      3  0.4714     0.5825 0.268 0.000 0.664 0.000 0.052 0.016
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      1  0.1007     0.8123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1485870     2  0.4335     0.7206 0.000 0.768 0.000 0.036 0.088 0.108
#> SRR1444138     1  0.3078     0.6972 0.796 0.000 0.000 0.000 0.012 0.192
#> SRR1417342     1  0.3547     0.4370 0.668 0.000 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1470193     6  0.3782     0.4749 0.000 0.004 0.000 0.360 0.000 0.636
#> SRR1091380     3  0.4563     0.4369 0.000 0.000 0.588 0.000 0.044 0.368
#> SRR1099096     6  0.4154     0.7075 0.164 0.000 0.000 0.000 0.096 0.740
#> SRR1313583     4  0.2856     0.7806 0.068 0.000 0.000 0.856 0.000 0.076
#> SRR1467102     3  0.4537     0.5999 0.000 0.072 0.664 0.000 0.000 0.264
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818821      3  0.2121     0.8416 0.012 0.000 0.892 0.000 0.000 0.096
#> SRR809963      1  0.0806     0.8027 0.972 0.000 0.020 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072247     1  0.1957     0.7827 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.0603     0.8425 0.000 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1408393     3  0.3461     0.8025 0.048 0.000 0.836 0.000 0.076 0.040
#> SRR1361522     1  0.0632     0.8135 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1368597     1  0.1082     0.8159 0.956 0.000 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.1075     0.8735 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     6  0.3140     0.6733 0.000 0.044 0.048 0.020 0.020 0.868
#> SRR1354931     3  0.0632     0.8764 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1391856     2  0.3778     0.6010 0.000 0.708 0.000 0.000 0.272 0.020
#> SRR1446738     4  0.6820     0.2110 0.000 0.196 0.000 0.504 0.108 0.192
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR613150      3  0.0458     0.8763 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1375329     5  0.1599     0.8274 0.000 0.024 0.028 0.000 0.940 0.008
#> SRR1387921     1  0.2178     0.7680 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     6  0.3489     0.6142 0.288 0.000 0.000 0.000 0.004 0.708
#> SRR812943      1  0.0405     0.8127 0.988 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1400910     5  0.0146     0.8431 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      4  0.2260     0.7897 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0363     0.8760 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.4176     0.3265 0.404 0.000 0.580 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446028     1  0.1141     0.8110 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1083918     2  0.2996     0.6869 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.0000     0.8436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0146     0.8749 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337192     5  0.0146     0.8438 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR656946      1  0.1007     0.8123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1476102     5  0.3101     0.5933 0.000 0.000 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR1476447     1  0.2956     0.7469 0.840 0.000 0.000 0.000 0.120 0.040
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.4863     0.5377 0.664 0.000 0.000 0.000 0.168 0.168
#> SRR614419      5  0.2442     0.7222 0.144 0.000 0.004 0.000 0.852 0.000
#> SRR1322936     5  0.0146     0.8438 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1349121     6  0.4542     0.6715 0.224 0.000 0.012 0.000 0.064 0.700
#> SRR1430549     1  0.3834     0.6963 0.776 0.000 0.000 0.000 0.116 0.108
#> SRR612935      3  0.5125     0.5009 0.288 0.064 0.628 0.000 0.012 0.008
#> SRR661481      2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0937     0.9129 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0937     0.8127 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1070503     5  0.4641     0.4263 0.028 0.000 0.340 0.000 0.616 0.016
#> SRR1499894     3  0.1075     0.8738 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1082883     5  0.0363     0.8424 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1468271     6  0.4003     0.6829 0.092 0.000 0.000 0.000 0.152 0.756
#> SRR1332443     6  0.4392     0.6874 0.136 0.000 0.000 0.000 0.144 0.720
#> SRR810295      2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0717     0.8044 0.976 0.000 0.008 0.000 0.000 0.016
#> SRR1328620     5  0.2070     0.7847 0.000 0.000 0.100 0.000 0.892 0.008
#> SRR1396294     6  0.2553     0.6743 0.000 0.000 0.008 0.144 0.000 0.848
#> SRR1419917     1  0.0458     0.8134 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR662114      3  0.4924     0.5065 0.052 0.000 0.632 0.000 0.296 0.020
#> SRR1489199     5  0.4683     0.6162 0.060 0.000 0.216 0.000 0.700 0.024
#> SRR813584      2  0.3756     0.3271 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1069638     5  0.5084     0.3943 0.052 0.000 0.340 0.000 0.588 0.020
#> SRR614864      5  0.2558     0.7213 0.000 0.000 0.156 0.000 0.840 0.004
#> SRR1433392     1  0.4057     0.3317 0.600 0.000 0.388 0.000 0.000 0.012
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.2854     0.6819 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.1610     0.7983 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.3921     0.5416 0.012 0.000 0.676 0.000 0.004 0.308
#> SRR1380393     1  0.2300     0.7574 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1319731     6  0.4099     0.4643 0.372 0.000 0.000 0.000 0.016 0.612
#> SRR1356468     6  0.3588     0.6576 0.000 0.000 0.000 0.060 0.152 0.788
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.2315     0.7795 0.084 0.000 0.008 0.000 0.892 0.016
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     4  0.1957     0.8299 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1465459     1  0.4260     0.0387 0.512 0.000 0.472 0.000 0.000 0.016
#> SRR1080270     3  0.0865     0.8755 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1312501     3  0.0291     0.8750 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1093148     5  0.0547     0.8397 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1467080     3  0.1075     0.8735 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1410866     4  0.0260     0.9431 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      1  0.3990     0.5232 0.676 0.000 0.304 0.000 0.004 0.016
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.1693     0.8568 0.044 0.000 0.932 0.000 0.004 0.020
#> SRR813824      3  0.2034     0.8486 0.060 0.000 0.912 0.000 0.004 0.024
#> SRR1082376     1  0.1686     0.7822 0.924 0.000 0.064 0.000 0.000 0.012
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR807543      1  0.3200     0.6665 0.788 0.000 0.196 0.000 0.000 0.016
#> SRR1091572     1  0.1391     0.7911 0.944 0.000 0.040 0.000 0.000 0.016
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332424     5  0.0146     0.8438 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR663729      6  0.6721     0.3215 0.004 0.032 0.000 0.236 0.324 0.404
#> SRR1097013     1  0.4466     0.6417 0.724 0.000 0.020 0.000 0.060 0.196
#> SRR613675      5  0.0000     0.8436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0146     0.9473 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655816      3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1500113     6  0.4061     0.7093 0.164 0.000 0.000 0.000 0.088 0.748
#> SRR1437622     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355172     6  0.4116     0.0404 0.012 0.000 0.416 0.000 0.000 0.572
#> SRR655531      5  0.0520     0.8420 0.008 0.000 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR1338147     3  0.0551     0.8740 0.004 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR1413329     3  0.5812     0.0915 0.000 0.000 0.460 0.000 0.348 0.192
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     6  0.4641     0.6450 0.116 0.000 0.000 0.000 0.200 0.684
#> SRR1333308     6  0.4695     0.6756 0.000 0.052 0.000 0.144 0.068 0.736
#> SRR1452033     1  0.1910     0.7855 0.892 0.000 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.4523     0.6458 0.056 0.000 0.712 0.000 0.212 0.020
#> SRR1471755     2  0.1501     0.8671 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR808019      5  0.4899     0.1770 0.000 0.000 0.064 0.000 0.532 0.404
#> SRR1479133     3  0.2152     0.8443 0.068 0.000 0.904 0.000 0.004 0.024
#> SRR615069      5  0.4085     0.6199 0.016 0.004 0.228 0.000 0.732 0.020
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     6  0.3684     0.4448 0.000 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR816316      1  0.3183     0.6948 0.812 0.000 0.164 0.000 0.008 0.016
#> SRR664795      1  0.6118    -0.0679 0.360 0.000 0.304 0.000 0.000 0.336
#> SRR1490721     5  0.0146     0.8427 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR810643      5  0.4543     0.2229 0.040 0.000 0.000 0.000 0.576 0.384
#> SRR1430333     5  0.0260     0.8425 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1085285     3  0.1320     0.8622 0.036 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016
#> SRR1099072     3  0.2907     0.7855 0.152 0.000 0.828 0.000 0.000 0.020
#> SRR1317985     1  0.1007     0.8123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1487340     1  0.1765     0.7930 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1420276     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1351347     3  0.3087     0.7395 0.012 0.000 0.808 0.000 0.176 0.004
#> SRR1405525     5  0.4392     0.5727 0.136 0.000 0.000 0.000 0.720 0.144
#> SRR1370329     1  0.0363     0.8083 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1465001     6  0.3734     0.6399 0.264 0.000 0.000 0.000 0.020 0.716
#> SRR1476525     2  0.1075     0.8931 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.3076     0.6390 0.760 0.000 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      6  0.4062     0.6930 0.196 0.000 0.000 0.068 0.000 0.736
#> SRR613639      1  0.3231     0.6600 0.784 0.000 0.200 0.000 0.000 0.016
#> SRR1402285     4  0.2664     0.7242 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1077038     1  0.3394     0.6258 0.752 0.000 0.236 0.000 0.000 0.012
#> SRR1405660     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1095455     1  0.0551     0.8085 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR1394734     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     6  0.6865     0.4340 0.132 0.000 0.136 0.000 0.240 0.492
#> SRR1365894     2  0.0790     0.9084 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1073581     6  0.1864     0.6968 0.040 0.000 0.032 0.000 0.004 0.924
#> SRR659804      1  0.2454     0.7427 0.840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.3409     0.5572 0.000 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660764      3  0.2476     0.8284 0.092 0.000 0.880 0.000 0.004 0.024
#> SRR820448      1  0.1657     0.7836 0.928 0.000 0.056 0.000 0.000 0.016
#> SRR1328845     6  0.3003     0.6922 0.016 0.000 0.000 0.172 0.000 0.812
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1346773     5  0.2491     0.7122 0.000 0.000 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1499521     6  0.3499     0.4995 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.2220     0.8478 0.052 0.000 0.908 0.000 0.020 0.020
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.2092     0.7746 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1333395     6  0.5431     0.3795 0.076 0.360 0.000 0.020 0.000 0.544
#> SRR1309248     4  0.6324     0.1413 0.000 0.352 0.000 0.436 0.024 0.188
#> SRR809161      3  0.4260     0.1012 0.472 0.000 0.512 0.000 0.000 0.016
#> SRR1316320     2  0.2454     0.7853 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR1432629     4  0.3930     0.2652 0.000 0.420 0.000 0.576 0.000 0.004
#> SRR1498931     1  0.1075     0.8115 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1416578     6  0.3851     0.2550 0.000 0.000 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1405547     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     5  0.0632     0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1309160     3  0.1007     0.8744 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR663489      3  0.1075     0.8735 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1500450     6  0.1565     0.6977 0.028 0.000 0.004 0.000 0.028 0.940
#> SRR1078489     5  0.2113     0.7938 0.028 0.000 0.060 0.000 0.908 0.004
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.3807     0.6311 0.000 0.740 0.228 0.000 0.028 0.004
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.1714     0.7947 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1477949     6  0.3360     0.6402 0.264 0.000 0.000 0.000 0.004 0.732
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.3037     0.7156 0.808 0.000 0.000 0.000 0.016 0.176
#> SRR615946      3  0.4256     0.1362 0.464 0.000 0.520 0.000 0.000 0.016
#> SRR1446481     2  0.0260     0.9272 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.0508     0.8435 0.000 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR660224      2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0260     0.8094 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     5  0.0291     0.8419 0.000 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1485722     5  0.0260     0.8435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1415316     1  0.5205     0.2440 0.496 0.000 0.000 0.000 0.412 0.092
#> SRR613390      1  0.2214     0.7590 0.888 0.000 0.096 0.000 0.000 0.016
#> SRR661108      3  0.1088     0.8663 0.024 0.000 0.960 0.000 0.000 0.016
#> SRR2170173     1  0.1007     0.8123 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR817329      1  0.2613     0.7240 0.848 0.000 0.140 0.000 0.000 0.012
#> SRR1401990     6  0.3607     0.5032 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1467745     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0790     0.9084 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0508     0.8127 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 0.012
#> SRR1314873     1  0.0632     0.8135 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401211     6  0.3189     0.6652 0.236 0.000 0.000 0.000 0.004 0.760
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      3  0.3806     0.7044 0.212 0.000 0.752 0.000 0.008 0.028
#> SRR2164608     3  0.5285     0.2572 0.000 0.000 0.536 0.000 0.112 0.352
#> SRR1455586     2  0.4632     0.1676 0.000 0.520 0.440 0.000 0.000 0.040
#> SRR819459      3  0.1075     0.8735 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.1951     0.7726 0.908 0.000 0.076 0.000 0.000 0.016
#> SRR1361652     5  0.0000     0.8436 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.1765     0.7926 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1478547     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1430910     5  0.0146     0.8431 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1310584     5  0.6050    -0.1186 0.276 0.000 0.000 0.000 0.412 0.312
#> SRR1500216     1  0.6446     0.2467 0.468 0.000 0.144 0.348 0.012 0.028
#> SRR1486762     1  0.2778     0.7048 0.824 0.000 0.168 0.000 0.000 0.008
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.1204     0.9006 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1473058     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405165     5  0.4034     0.4583 0.000 0.000 0.328 0.000 0.652 0.020
#> SRR1433004     1  0.0622     0.8083 0.980 0.000 0.012 0.000 0.000 0.008
#> SRR1471477     6  0.1584     0.6663 0.000 0.000 0.064 0.000 0.008 0.928
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     6  0.1816     0.6902 0.000 0.048 0.004 0.016 0.004 0.928
#> SRR1455038     1  0.4860     0.5565 0.668 0.000 0.252 0.000 0.052 0.028
#> SRR1375248     2  0.4396     0.4265 0.000 0.612 0.352 0.000 0.000 0.036
#> SRR1403005     3  0.3586     0.6304 0.268 0.000 0.720 0.000 0.000 0.012
#> SRR1348378     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0146     0.8118 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392943     6  0.4760     0.5044 0.000 0.000 0.000 0.328 0.068 0.604
#> SRR1475192     3  0.1267     0.8693 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1432085     2  0.0146     0.9308 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452468     5  0.0603     0.8407 0.000 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1347060     3  0.0937     0.8750 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1414139     2  0.1461     0.8852 0.000 0.940 0.044 0.000 0.000 0.016
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.2092     0.7741 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1413436     5  0.0458     0.8417 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1311266     5  0.1765     0.7843 0.000 0.000 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.1444     0.8037 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1429678     1  0.1075     0.8118 0.952 0.000 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1469413     2  0.0146     0.9308 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405331     1  0.3816     0.5401 0.688 0.000 0.296 0.000 0.000 0.016
#> SRR1345609     1  0.1957     0.7833 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1380208     5  0.2020     0.7660 0.000 0.096 0.000 0.000 0.896 0.008
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0551     0.8742 0.004 0.000 0.984 0.000 0.004 0.008
#> SRR1416654     3  0.2302     0.8181 0.000 0.000 0.872 0.000 0.120 0.008
#> SRR1315081     3  0.2003     0.8354 0.000 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1369196     3  0.1007     0.8744 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1400847     1  0.2260     0.7623 0.860 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1365291     3  0.1710     0.8608 0.028 0.000 0.936 0.000 0.020 0.016
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9330 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.1951     0.8579 0.000 0.000 0.908 0.000 0.016 0.076
#> SRR1363968     6  0.3647     0.4361 0.000 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR814387      6  0.4598     0.4799 0.360 0.000 0.000 0.000 0.048 0.592
#> SRR657599      5  0.2537     0.7841 0.028 0.000 0.068 0.000 0.888 0.016
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1453811     3  0.3050     0.8096 0.108 0.000 0.848 0.000 0.016 0.028
#> SRR1441159     5  0.0363     0.8427 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9504 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.1141     0.8724 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1310275     3  0.4274     0.5510 0.024 0.000 0.676 0.000 0.288 0.012

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
#> Error in mat[ceiling(1:nr/h_ratio), ceiling(1:nc/w_ratio), drop = FALSE]: subscript out of bounds

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.210           0.714       0.846         0.4696 0.503   0.503
#> 3 3 0.254           0.565       0.771         0.2554 0.843   0.703
#> 4 4 0.311           0.383       0.679         0.1532 0.861   0.680
#> 5 5 0.385           0.466       0.654         0.0866 0.884   0.669
#> 6 6 0.429           0.461       0.664         0.0498 0.966   0.870

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.9944     0.1352 0.544 0.456
#> SRR1331708     1  0.5737     0.7924 0.864 0.136
#> SRR1464258     1  0.6148     0.7800 0.848 0.152
#> SRR1454201     1  0.5842     0.7960 0.860 0.140
#> SRR661589      2  0.7453     0.7837 0.212 0.788
#> SRR1456229     1  0.0938     0.8348 0.988 0.012
#> SRR1315165     1  0.7602     0.7238 0.780 0.220
#> SRR1488960     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0672     0.8338 0.992 0.008
#> SRR1094457     1  0.2948     0.8317 0.948 0.052
#> SRR1095575     1  0.9983     0.0124 0.524 0.476
#> SRR1315931     1  0.6048     0.7835 0.852 0.148
#> SRR1430066     2  0.3879     0.8270 0.076 0.924
#> SRR1431037     2  0.4562     0.8303 0.096 0.904
#> SRR1395554     2  0.4022     0.8288 0.080 0.920
#> SRR818002      2  0.7299     0.7693 0.204 0.796
#> SRR1344143     2  0.7815     0.7052 0.232 0.768
#> SRR1486845     1  0.0376     0.8326 0.996 0.004
#> SRR1362866     1  0.5629     0.8012 0.868 0.132
#> SRR1490740     1  0.0376     0.8325 0.996 0.004
#> SRR1446627     2  0.4022     0.8106 0.080 0.920
#> SRR1456138     2  0.7453     0.7365 0.212 0.788
#> SRR1416248     1  0.0376     0.8324 0.996 0.004
#> SRR1383907     1  0.7453     0.7129 0.788 0.212
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1375699     1  0.9522     0.3855 0.628 0.372
#> SRR1429846     2  0.9087     0.6186 0.324 0.676
#> SRR613550      2  0.6973     0.7983 0.188 0.812
#> SRR1348402     1  0.0938     0.8349 0.988 0.012
#> SRR1345146     1  0.7219     0.7259 0.800 0.200
#> SRR1324025     2  0.9460     0.5301 0.364 0.636
#> SRR1318879     2  0.8144     0.7424 0.252 0.748
#> SRR820755      1  0.8955     0.5599 0.688 0.312
#> SRR1485830     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.4431     0.8194 0.908 0.092
#> SRR612263      1  0.2423     0.8325 0.960 0.040
#> SRR1415398     2  0.6148     0.8145 0.152 0.848
#> SRR1326205     1  0.2603     0.8344 0.956 0.044
#> SRR1421327     1  0.3114     0.8319 0.944 0.056
#> SRR1083311     2  0.3879     0.8294 0.076 0.924
#> SRR1499303     1  0.5178     0.8139 0.884 0.116
#> SRR1079522     1  0.4298     0.8162 0.912 0.088
#> SRR1452935     2  0.9044     0.6314 0.320 0.680
#> SRR1379495     1  0.1414     0.8358 0.980 0.020
#> SRR1470459     2  0.1184     0.8019 0.016 0.984
#> SRR661361      2  0.6247     0.8198 0.156 0.844
#> SRR615778      1  0.8661     0.6168 0.712 0.288
#> SRR1447564     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.5629     0.8011 0.868 0.132
#> SRR655182      1  0.3274     0.8287 0.940 0.060
#> SRR1335140     1  0.9129     0.5006 0.672 0.328
#> SRR1433555     2  0.4161     0.8314 0.084 0.916
#> SRR1308650     2  0.8608     0.6899 0.284 0.716
#> SRR1388354     1  0.1414     0.8355 0.980 0.020
#> SRR1317446     2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR1413602     2  0.5059     0.8314 0.112 0.888
#> SRR1479955     2  0.7950     0.6999 0.240 0.760
#> SRR809853      1  0.1633     0.8339 0.976 0.024
#> SRR661313      2  0.6531     0.8083 0.168 0.832
#> SRR1499935     1  0.5178     0.8139 0.884 0.116
#> SRR1447303     2  0.9393     0.5649 0.356 0.644
#> SRR1429408     2  0.9393     0.5638 0.356 0.644
#> SRR1433950     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.2778     0.8081 0.048 0.952
#> SRR1409854     1  0.9170     0.5191 0.668 0.332
#> SRR1435229     1  0.9996    -0.0761 0.512 0.488
#> SRR1085996     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1414229     1  0.9732     0.3390 0.596 0.404
#> SRR1400974     2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR1399971     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR613927      2  0.7674     0.7661 0.224 0.776
#> SRR1457854     1  0.1414     0.8355 0.980 0.020
#> SRR1473714     1  0.4562     0.8166 0.904 0.096
#> SRR813776      1  0.8955     0.5599 0.688 0.312
#> SRR808196      1  0.5629     0.8011 0.868 0.132
#> SRR1101085     1  0.0376     0.8326 0.996 0.004
#> SRR614395      1  0.6148     0.7800 0.848 0.152
#> SRR1478251     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.3274     0.8139 0.060 0.940
#> SRR1362310     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR665310      2  0.7453     0.7832 0.212 0.788
#> SRR1420109     2  0.8713     0.6925 0.292 0.708
#> SRR1330920     1  0.7056     0.7420 0.808 0.192
#> SRR1419539     2  0.3274     0.8248 0.060 0.940
#> SRR1359447     2  0.1414     0.8011 0.020 0.980
#> SRR1347259     1  0.2603     0.8324 0.956 0.044
#> SRR613915      2  0.7950     0.7489 0.240 0.760
#> SRR1384395     2  0.3114     0.8226 0.056 0.944
#> SRR821715      2  0.6438     0.8107 0.164 0.836
#> SRR1478228     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR1445637     1  0.4939     0.8130 0.892 0.108
#> SRR608150      1  0.7056     0.7497 0.808 0.192
#> SRR1096383     1  0.9970     0.0806 0.532 0.468
#> SRR1341480     1  0.1414     0.8350 0.980 0.020
#> SRR1341344     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR1326270     2  0.5519     0.8259 0.128 0.872
#> SRR1498838     2  0.4431     0.8298 0.092 0.908
#> SRR1416313     2  0.5178     0.8266 0.116 0.884
#> SRR808566      1  0.9427     0.4431 0.640 0.360
#> SRR1430270     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR613533      2  0.7219     0.7862 0.200 0.800
#> SRR661267      1  0.9977     0.0702 0.528 0.472
#> SRR810665      2  0.4562     0.8174 0.096 0.904
#> SRR1407250     1  0.8555     0.6386 0.720 0.280
#> SRR1420067     1  0.7299     0.7364 0.796 0.204
#> SRR1473632     1  0.1633     0.8339 0.976 0.024
#> SRR812536      2  0.5178     0.8298 0.116 0.884
#> SRR1370850     2  0.6973     0.7835 0.188 0.812
#> SRR1486195     2  0.3274     0.8119 0.060 0.940
#> SRR1407671     2  0.9954     0.2585 0.460 0.540
#> SRR1446375     2  0.9833     0.3987 0.424 0.576
#> SRR1465230     1  0.1843     0.8349 0.972 0.028
#> SRR614119      1  0.9754     0.3048 0.592 0.408
#> SRR1356101     2  0.0672     0.7979 0.008 0.992
#> SRR1404209     1  0.7674     0.7099 0.776 0.224
#> SRR1392676     2  0.4431     0.8052 0.092 0.908
#> SRR665538      1  0.9977     0.0686 0.528 0.472
#> SRR660510      2  0.4562     0.8291 0.096 0.904
#> SRR1445655     1  0.1184     0.8359 0.984 0.016
#> SRR658953      1  0.9286     0.4687 0.656 0.344
#> SRR2166459     1  0.4815     0.8137 0.896 0.104
#> SRR1070713     2  0.9795     0.3845 0.416 0.584
#> SRR1485312     2  0.3879     0.8270 0.076 0.924
#> SRR1317631     2  1.0000     0.0975 0.496 0.504
#> SRR1488610     1  0.0938     0.8347 0.988 0.012
#> SRR1330588     2  0.9998     0.1048 0.492 0.508
#> SRR1316367     1  0.2948     0.8312 0.948 0.052
#> SRR1433926     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.2236     0.8363 0.964 0.036
#> SRR818263      1  0.8661     0.6081 0.712 0.288
#> SRR1404909     1  0.5519     0.7907 0.872 0.128
#> SRR663076      1  0.4815     0.8131 0.896 0.104
#> SRR1323577     2  0.7453     0.7632 0.212 0.788
#> SRR1442422     1  0.1843     0.8349 0.972 0.028
#> SRR1465893     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR654862      1  0.5737     0.7994 0.864 0.136
#> SRR1407112     1  0.5294     0.8069 0.880 0.120
#> SRR1332969     2  0.7453     0.7837 0.212 0.788
#> SRR1353199     2  0.6531     0.8083 0.168 0.832
#> SRR1378885     2  0.9732     0.4177 0.404 0.596
#> SRR665357      2  0.3274     0.8256 0.060 0.940
#> SRR662186      2  0.1843     0.8054 0.028 0.972
#> SRR1501020     2  0.8144     0.7444 0.252 0.748
#> SRR1347819     2  0.4298     0.8295 0.088 0.912
#> SRR1480813     2  0.5059     0.8122 0.112 0.888
#> SRR1472576     1  0.8813     0.5744 0.700 0.300
#> SRR1431781     1  0.7602     0.7238 0.780 0.220
#> SRR1452270     2  0.4161     0.8287 0.084 0.916
#> SRR1500472     2  0.9833     0.3867 0.424 0.576
#> SRR1417632     1  0.8386     0.6209 0.732 0.268
#> SRR1350153     2  0.2948     0.8086 0.052 0.948
#> SRR1458113     1  0.9881     0.2191 0.564 0.436
#> SRR1326579     1  0.4562     0.8199 0.904 0.096
#> SRR1349363     1  0.9661     0.3282 0.608 0.392
#> SRR1096712     2  0.4298     0.8305 0.088 0.912
#> SRR1090407     2  0.6148     0.8149 0.152 0.848
#> SRR1083752     2  0.6712     0.7927 0.176 0.824
#> SRR1377599     1  0.2423     0.8336 0.960 0.040
#> SRR1488449     2  0.6887     0.8000 0.184 0.816
#> SRR1318354     2  0.7139     0.7921 0.196 0.804
#> SRR1359062     2  0.3733     0.8279 0.072 0.928
#> SRR1398924     1  0.8813     0.5582 0.700 0.300
#> SRR663783      2  0.3584     0.8261 0.068 0.932
#> SRR1319204     2  0.4562     0.8296 0.096 0.904
#> SRR1369070     2  0.5946     0.7872 0.144 0.856
#> SRR615659      1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.5059     0.8164 0.112 0.888
#> SRR1316982     2  0.0000     0.7924 0.000 1.000
#> SRR1498595     1  0.8555     0.6019 0.720 0.280
#> SRR1377423     2  0.7674     0.7751 0.224 0.776
#> SRR1312310     2  0.3114     0.8079 0.056 0.944
#> SRR1485613     1  0.5842     0.7955 0.860 0.140
#> SRR1338426     2  0.6247     0.8171 0.156 0.844
#> SRR1353309     2  0.6623     0.8072 0.172 0.828
#> SRR658941      1  0.9993     0.0131 0.516 0.484
#> SRR1101643     1  0.0938     0.8352 0.988 0.012
#> SRR1401468     1  0.9944     0.1352 0.544 0.456
#> SRR1368874     2  0.2948     0.8077 0.052 0.948
#> SRR1324085     1  0.9963     0.0821 0.536 0.464
#> SRR1363858     1  0.4431     0.8179 0.908 0.092
#> SRR819820      2  0.8443     0.7093 0.272 0.728
#> SRR1337342     1  0.8081     0.6850 0.752 0.248
#> SRR655206      2  0.3274     0.8248 0.060 0.940
#> SRR1387013     2  0.9710     0.4264 0.400 0.600
#> SRR1317410     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR608198      1  0.4690     0.8178 0.900 0.100
#> SRR1440161     2  0.2948     0.8086 0.052 0.948
#> SRR1343741     2  0.5946     0.7872 0.144 0.856
#> SRR1381288     2  0.4022     0.8106 0.080 0.920
#> SRR1415379     1  0.0376     0.8323 0.996 0.004
#> SRR1099622     2  0.2236     0.8132 0.036 0.964
#> SRR663197      2  0.4939     0.8284 0.108 0.892
#> SRR1394836     2  0.3274     0.8248 0.060 0.940
#> SRR661699      2  0.6531     0.8087 0.168 0.832
#> SRR813680      1  0.9970     0.0852 0.532 0.468
#> SRR1410678     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR1378109     1  0.2948     0.8317 0.948 0.052
#> SRR1499174     1  0.5629     0.8007 0.868 0.132
#> SRR1311486     2  0.5059     0.8164 0.112 0.888
#> SRR1382851     1  0.9909     0.1556 0.556 0.444
#> SRR1433410     1  0.6438     0.7695 0.836 0.164
#> SRR661167      2  0.5519     0.8230 0.128 0.872
#> SRR1432518     2  0.9044     0.6314 0.320 0.680
#> SRR660462      2  0.3733     0.8268 0.072 0.928
#> SRR1374608     2  0.9996     0.1384 0.488 0.512
#> SRR657949      2  0.8267     0.7283 0.260 0.740
#> SRR1308882     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.9815     0.2547 0.580 0.420
#> SRR1485870     1  0.7219     0.7259 0.800 0.200
#> SRR1444138     1  0.9881     0.1887 0.564 0.436
#> SRR1417342     1  0.4022     0.8219 0.920 0.080
#> SRR1470193     1  0.2603     0.8344 0.956 0.044
#> SRR1091380     2  0.8443     0.7093 0.272 0.728
#> SRR1099096     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR1313583     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.3431     0.8247 0.064 0.936
#> SRR1485416     1  0.1414     0.8350 0.980 0.020
#> SRR818821      2  0.7219     0.7862 0.200 0.800
#> SRR809963      1  0.6148     0.7800 0.848 0.152
#> SRR1072247     1  0.1414     0.8358 0.980 0.020
#> SRR1353710     1  0.0672     0.8337 0.992 0.008
#> SRR1445259     2  0.7376     0.7788 0.208 0.792
#> SRR1408393     2  0.9775     0.4195 0.412 0.588
#> SRR1361522     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.2043     0.8354 0.968 0.032
#> SRR1309680     2  0.6973     0.7693 0.188 0.812
#> SRR1310542     2  0.3584     0.8265 0.068 0.932
#> SRR1333485     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.9248     0.5929 0.340 0.660
#> SRR1354931     2  0.5408     0.8267 0.124 0.876
#> SRR1391856     2  0.4161     0.8310 0.084 0.916
#> SRR1446738     2  0.9635     0.4761 0.388 0.612
#> SRR1309032     2  0.1414     0.8030 0.020 0.980
#> SRR1388145     2  0.4815     0.8158 0.104 0.896
#> SRR1432611     2  0.3274     0.8086 0.060 0.940
#> SRR815869      2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR613150      2  0.3879     0.8284 0.076 0.924
#> SRR1375329     1  0.9993    -0.0532 0.516 0.484
#> SRR1387921     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.2948     0.8077 0.052 0.948
#> SRR1360478     2  0.2948     0.8086 0.052 0.948
#> SRR1360695     1  0.7299     0.7320 0.796 0.204
#> SRR812943      1  0.2603     0.8314 0.956 0.044
#> SRR1400910     2  0.9635     0.4618 0.388 0.612
#> SRR1444203     1  0.2948     0.8329 0.948 0.052
#> SRR816177      2  0.7528     0.7599 0.216 0.784
#> SRR658754      2  0.4161     0.8285 0.084 0.916
#> SRR1429603     1  0.2603     0.8324 0.956 0.044
#> SRR1397366     2  0.6887     0.7989 0.184 0.816
#> SRR1446028     1  0.1184     0.8355 0.984 0.016
#> SRR1083918     2  0.9970     0.2415 0.468 0.532
#> SRR1337606     1  0.6623     0.7627 0.828 0.172
#> SRR659109      2  0.4161     0.8278 0.084 0.916
#> SRR1337192     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR656946      1  0.9977     0.0242 0.528 0.472
#> SRR1476102     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0376     0.8326 0.996 0.004
#> SRR1385389     1  0.0376     0.8326 0.996 0.004
#> SRR1075971     1  0.1184     0.8354 0.984 0.016
#> SRR614419      1  0.2423     0.8332 0.960 0.040
#> SRR1322936     1  0.6531     0.7660 0.832 0.168
#> SRR1349121     1  0.9710     0.3378 0.600 0.400
#> SRR1430549     1  0.0376     0.8324 0.996 0.004
#> SRR612935      2  0.6801     0.8025 0.180 0.820
#> SRR661481      2  0.4939     0.8128 0.108 0.892
#> SRR1354117     2  0.1414     0.8011 0.020 0.980
#> SRR1393596     1  0.2948     0.8319 0.948 0.052
#> SRR1452164     1  0.5294     0.8060 0.880 0.120
#> SRR1070503     1  0.9129     0.5273 0.672 0.328
#> SRR1499894     2  0.4562     0.8280 0.096 0.904
#> SRR1082883     1  0.7139     0.7460 0.804 0.196
#> SRR1468271     1  0.7883     0.6950 0.764 0.236
#> SRR1332443     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.3114     0.8079 0.056 0.944
#> SRR662103      1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.7139     0.7921 0.196 0.804
#> SRR1396294     2  1.0000     0.0975 0.496 0.504
#> SRR1419917     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR662114      2  0.7139     0.7951 0.196 0.804
#> SRR1489199     1  0.9963     0.0968 0.536 0.464
#> SRR813584      2  0.9393     0.5638 0.356 0.644
#> SRR1069638     1  0.8081     0.6837 0.752 0.248
#> SRR614864      2  0.6247     0.8152 0.156 0.844
#> SRR1433392     1  0.7299     0.7293 0.796 0.204
#> SRR1377777     2  0.7602     0.7247 0.220 0.780
#> SRR2167710     1  0.9977     0.0242 0.528 0.472
#> SRR1401252     1  0.1414     0.8359 0.980 0.020
#> SRR1309963     1  0.4022     0.8244 0.920 0.080
#> SRR1338031     1  0.0672     0.8343 0.992 0.008
#> SRR1418628     2  0.3114     0.8079 0.056 0.944
#> SRR1486889     1  0.7745     0.7048 0.772 0.228
#> SRR1380393     1  0.1414     0.8355 0.980 0.020
#> SRR1319731     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR1356468     1  0.5519     0.8043 0.872 0.128
#> SRR1337010     2  0.3879     0.8150 0.076 0.924
#> SRR1486520     1  0.4690     0.8196 0.900 0.100
#> SRR1486538     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.5294     0.8069 0.880 0.120
#> SRR1377696     1  0.8386     0.6209 0.732 0.268
#> SRR1465459     1  0.9323     0.4772 0.652 0.348
#> SRR1080270     2  0.3733     0.8280 0.072 0.928
#> SRR1312501     2  0.8386     0.7190 0.268 0.732
#> SRR1093148     2  0.9522     0.5096 0.372 0.628
#> SRR1467080     2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR1410866     2  0.3274     0.8092 0.060 0.940
#> SRR816475      1  0.9963     0.0821 0.536 0.464
#> SRR1379198     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.6712     0.8163 0.176 0.824
#> SRR1452246     2  0.7139     0.7618 0.196 0.804
#> SRR1338836     2  0.3274     0.8086 0.060 0.940
#> SRR1369129     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.7056     0.7994 0.192 0.808
#> SRR813824      2  0.4690     0.8295 0.100 0.900
#> SRR1082376     1  0.4562     0.8177 0.904 0.096
#> SRR1500891     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.7139     0.7378 0.804 0.196
#> SRR1091572     1  0.8555     0.6380 0.720 0.280
#> SRR1346689     1  0.0376     0.8320 0.996 0.004
#> SRR1332424     1  0.6438     0.7695 0.836 0.164
#> SRR663729      1  0.1414     0.8350 0.980 0.020
#> SRR1097013     1  0.4815     0.8137 0.896 0.104
#> SRR613675      1  0.6531     0.7660 0.832 0.168
#> SRR1485357     1  0.5629     0.7987 0.868 0.132
#> SRR655816      2  0.6343     0.8128 0.160 0.840
#> SRR1500113     1  0.2423     0.8350 0.960 0.040
#> SRR1437622     1  0.9491     0.4151 0.632 0.368
#> SRR1355172     1  0.9977     0.0611 0.528 0.472
#> SRR655531      1  0.4562     0.8211 0.904 0.096
#> SRR1338147     2  0.7883     0.7559 0.236 0.764
#> SRR1413329     2  0.9922     0.2939 0.448 0.552
#> SRR1485931     2  0.7815     0.7052 0.232 0.768
#> SRR1420873     1  0.4939     0.8148 0.892 0.108
#> SRR1333308     1  0.1184     0.8360 0.984 0.016
#> SRR1452033     1  0.6247     0.7797 0.844 0.156
#> SRR1467316     2  0.7950     0.6999 0.240 0.760
#> SRR809018      2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR1375351     2  0.3114     0.8079 0.056 0.944
#> SRR663440      2  0.9248     0.5964 0.340 0.660
#> SRR1471755     2  0.5178     0.8118 0.116 0.884
#> SRR808019      1  0.9988     0.0309 0.520 0.480
#> SRR1479133     2  0.6048     0.8179 0.148 0.852
#> SRR615069      2  0.9491     0.5129 0.368 0.632
#> SRR1456185     2  0.8763     0.6613 0.296 0.704
#> SRR1350069     2  1.0000     0.0975 0.496 0.504
#> SRR816316      1  0.6048     0.7835 0.852 0.148
#> SRR664795      1  0.9970     0.0852 0.532 0.468
#> SRR1490721     1  0.3114     0.8319 0.944 0.056
#> SRR810643      1  0.0376     0.8324 0.996 0.004
#> SRR1430333     1  0.9710     0.3452 0.600 0.400
#> SRR1085285     2  0.6048     0.8179 0.148 0.852
#> SRR1099072     2  0.7453     0.7832 0.212 0.788
#> SRR1317985     1  0.1184     0.8354 0.984 0.016
#> SRR1487340     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR1420276     2  0.3114     0.8226 0.056 0.944
#> SRR1351347     2  0.6712     0.8052 0.176 0.824
#> SRR1405525     1  0.1184     0.8351 0.984 0.016
#> SRR1370329     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0672     0.8339 0.992 0.008
#> SRR1476525     2  0.4562     0.8166 0.096 0.904
#> SRR819610      2  0.8763     0.6613 0.296 0.704
#> SRR2157314     1  0.2043     0.8351 0.968 0.032
#> SRR1409465     2  0.3274     0.8086 0.060 0.940
#> SRR809987      1  0.0376     0.8323 0.996 0.004
#> SRR613639      2  0.7950     0.7494 0.240 0.760
#> SRR1402285     1  0.1184     0.8347 0.984 0.016
#> SRR1077038     1  0.6247     0.7765 0.844 0.156
#> SRR1405660     2  0.4161     0.8287 0.084 0.916
#> SRR1095455     2  0.7376     0.7788 0.208 0.792
#> SRR1394734     2  0.9970     0.2415 0.468 0.532
#> SRR1317771     1  0.7674     0.7099 0.776 0.224
#> SRR1365894     1  0.6438     0.7658 0.836 0.164
#> SRR1073581     1  0.9710     0.3378 0.600 0.400
#> SRR659804      1  0.2043     0.8351 0.968 0.032
#> SRR1345914     2  0.6712     0.7922 0.176 0.824
#> SRR1432186     2  0.6148     0.7951 0.152 0.848
#> SRR1473529     1  0.8555     0.6019 0.720 0.280
#> SRR660764      2  0.5408     0.8278 0.124 0.876
#> SRR820448      1  0.6148     0.7800 0.848 0.152
#> SRR1328845     2  1.0000     0.0975 0.496 0.504
#> SRR1336415     1  0.1184     0.8347 0.984 0.016
#> SRR1379065     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1459190     2  0.9710     0.4537 0.400 0.600
#> SRR1346773     1  0.0376     0.8324 0.996 0.004
#> SRR1499521     1  0.9977     0.0624 0.528 0.472
#> SRR1440898     2  0.5059     0.8162 0.112 0.888
#> SRR1347459     2  0.6712     0.8100 0.176 0.824
#> SRR1081209     2  0.6973     0.7597 0.188 0.812
#> SRR1400202     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.7299     0.7146 0.796 0.204
#> SRR1309248     1  0.7056     0.7334 0.808 0.192
#> SRR809161      2  0.6531     0.8084 0.168 0.832
#> SRR1316320     1  0.5629     0.7953 0.868 0.132
#> SRR1432629     2  0.7299     0.7552 0.204 0.796
#> SRR1498931     1  0.0672     0.8337 0.992 0.008
#> SRR1416578     1  0.0376     0.8323 0.996 0.004
#> SRR1405547     2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR1470534     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.2603     0.8358 0.956 0.044
#> SRR1309160     2  0.4690     0.8290 0.100 0.900
#> SRR663489      2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR1500450     1  0.6148     0.7824 0.848 0.152
#> SRR1078489     2  0.9993     0.1237 0.484 0.516
#> SRR1332648     1  0.1414     0.8349 0.980 0.020
#> SRR660614      2  0.4562     0.8296 0.096 0.904
#> SRR1470420     2  0.1184     0.8019 0.016 0.984
#> SRR1475566     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.5946     0.8005 0.144 0.856
#> SRR1464766     1  0.1633     0.8362 0.976 0.024
#> SRR615946      2  0.5178     0.8266 0.116 0.884
#> SRR1446481     2  0.5059     0.8164 0.112 0.888
#> SRR1467656     2  0.3114     0.8095 0.056 0.944
#> SRR1402962     1  0.5629     0.8011 0.868 0.132
#> SRR660224      2  0.5629     0.8130 0.132 0.868
#> SRR665586      1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.8661     0.6168 0.712 0.288
#> SRR1485722     1  0.8555     0.6386 0.720 0.280
#> SRR1415316     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR661108      2  0.4161     0.8290 0.084 0.916
#> SRR2170173     1  0.9983     0.0124 0.524 0.476
#> SRR817329      1  0.1414     0.8350 0.980 0.020
#> SRR1401990     1  0.8267     0.6534 0.740 0.260
#> SRR1467745     2  1.0000     0.0719 0.500 0.500
#> SRR1471795     2  0.7299     0.7693 0.204 0.796
#> SRR1415637     2  0.4431     0.8052 0.092 0.908
#> SRR813137      1  0.4690     0.8176 0.900 0.100
#> SRR1314873     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.7299     0.7320 0.796 0.204
#> SRR1419692     1  0.2778     0.8326 0.952 0.048
#> SRR818797      2  0.9323     0.5714 0.348 0.652
#> SRR2164608     2  0.7950     0.7510 0.240 0.760
#> SRR1455586     2  0.0672     0.7979 0.008 0.992
#> SRR819459      2  0.3879     0.8284 0.076 0.924
#> SRR1488939     2  0.7950     0.6999 0.240 0.760
#> SRR1433232     2  0.6801     0.7632 0.180 0.820
#> SRR1385501     1  0.6247     0.7765 0.844 0.156
#> SRR1361652     1  0.9209     0.4832 0.664 0.336
#> SRR1437119     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR1430910     2  0.9988     0.1871 0.480 0.520
#> SRR1310584     1  0.0376     0.8324 0.996 0.004
#> SRR1500216     1  0.4431     0.8194 0.908 0.092
#> SRR1486762     2  0.8267     0.7314 0.260 0.740
#> SRR1480854     1  0.2423     0.8336 0.960 0.040
#> SRR1489394     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.1633     0.8350 0.976 0.024
#> SRR1340221     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1473058     1  0.9963     0.0821 0.536 0.464
#> SRR1405165     2  0.6343     0.8163 0.160 0.840
#> SRR1433004     1  0.0376     0.8325 0.996 0.004
#> SRR1471477     1  0.7528     0.7181 0.784 0.216
#> SRR1098567     2  0.4690     0.8207 0.100 0.900
#> SRR1098712     2  1.0000     0.0975 0.496 0.504
#> SRR1455038     1  0.0938     0.8348 0.988 0.012
#> SRR1375248     2  0.0672     0.7979 0.008 0.992
#> SRR1403005     2  0.6623     0.8058 0.172 0.828
#> SRR1348378     2  0.6712     0.7925 0.176 0.824
#> SRR1413541     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.1633     0.8363 0.976 0.024
#> SRR1475192     2  0.4161     0.8298 0.084 0.916
#> SRR1432085     2  0.3274     0.8241 0.060 0.940
#> SRR1452468     1  0.9552     0.4157 0.624 0.376
#> SRR1347060     2  0.3733     0.8268 0.072 0.928
#> SRR1414139     2  0.2948     0.8226 0.052 0.948
#> SRR1447962     2  0.2043     0.8089 0.032 0.968
#> SRR1444324     2  0.0938     0.7979 0.012 0.988
#> SRR1415004     1  0.1184     0.8351 0.984 0.016
#> SRR1413436     1  0.7674     0.7099 0.776 0.224
#> SRR1311266     1  0.9833     0.2395 0.576 0.424
#> SRR1343302     1  0.2948     0.8317 0.948 0.052
#> SRR1373746     1  0.0376     0.8324 0.996 0.004
#> SRR1429678     1  0.1184     0.8358 0.984 0.016
#> SRR1469413     2  0.3584     0.8249 0.068 0.932
#> SRR1405331     1  0.7056     0.7420 0.808 0.192
#> SRR1345609     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.8661     0.6085 0.712 0.288
#> SRR1322840     1  0.0000     0.8307 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.4939     0.8284 0.108 0.892
#> SRR1416654     2  0.6247     0.8152 0.156 0.844
#> SRR1315081     2  0.3431     0.8248 0.064 0.936
#> SRR1369196     2  0.3431     0.8247 0.064 0.936
#> SRR1400847     1  0.1633     0.8362 0.976 0.024
#> SRR1365291     2  0.9998     0.1048 0.492 0.508
#> SRR1367920     1  0.2423     0.8336 0.960 0.040
#> SRR1366648     2  0.3584     0.8255 0.068 0.932
#> SRR1441679     2  0.3274     0.8086 0.060 0.940
#> SRR1082173     2  0.7950     0.7510 0.240 0.760
#> SRR1363968     1  0.6438     0.7738 0.836 0.164
#> SRR814387      1  0.0376     0.8324 0.996 0.004
#> SRR657599      1  0.9993     0.0131 0.516 0.484
#> SRR1386689     1  0.5294     0.8069 0.880 0.120
#> SRR1395575     2  0.5408     0.8282 0.124 0.876
#> SRR1453811     2  0.8499     0.7050 0.276 0.724
#> SRR1441159     1  0.0938     0.8352 0.988 0.012
#> SRR1403154     1  0.2948     0.8317 0.948 0.052
#> SRR1468722     2  0.3733     0.8265 0.072 0.928
#> SRR1310275     2  0.9998     0.1048 0.492 0.508

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     3  0.7174     0.1501 0.460 0.024 0.516
#> SRR1331708     1  0.6451     0.6665 0.684 0.292 0.024
#> SRR1464258     1  0.5147     0.7249 0.800 0.020 0.180
#> SRR1454201     1  0.5944     0.7623 0.792 0.088 0.120
#> SRR661589      3  0.3983     0.6181 0.144 0.004 0.852
#> SRR1456229     1  0.1585     0.8172 0.964 0.028 0.008
#> SRR1315165     1  0.7862     0.6697 0.668 0.148 0.184
#> SRR1488960     1  0.0592     0.8147 0.988 0.012 0.000
#> SRR1417809     1  0.3607     0.8057 0.880 0.112 0.008
#> SRR1094457     1  0.4357     0.8094 0.868 0.080 0.052
#> SRR1095575     3  0.7919     0.1388 0.464 0.056 0.480
#> SRR1315931     1  0.5092     0.7294 0.804 0.020 0.176
#> SRR1430066     3  0.0661     0.6049 0.008 0.004 0.988
#> SRR1431037     3  0.1399     0.6182 0.028 0.004 0.968
#> SRR1395554     3  0.0829     0.6093 0.012 0.004 0.984
#> SRR818002      2  0.8228     0.5813 0.084 0.552 0.364
#> SRR1344143     2  0.3459     0.5520 0.012 0.892 0.096
#> SRR1486845     1  0.3619     0.7971 0.864 0.136 0.000
#> SRR1362866     1  0.5966     0.7676 0.792 0.104 0.104
#> SRR1490740     1  0.0848     0.8162 0.984 0.008 0.008
#> SRR1446627     2  0.5810     0.6355 0.000 0.664 0.336
#> SRR1456138     2  0.5526     0.6111 0.036 0.792 0.172
#> SRR1416248     1  0.0747     0.8154 0.984 0.016 0.000
#> SRR1383907     1  0.8399     0.5872 0.608 0.256 0.136
#> SRR1311018     1  0.0424     0.8135 0.992 0.008 0.000
#> SRR1375699     2  0.9191    -0.0481 0.420 0.432 0.148
#> SRR1429846     3  0.5884     0.5272 0.272 0.012 0.716
#> SRR613550      3  0.3500     0.6285 0.116 0.004 0.880
#> SRR1348402     1  0.1482     0.8180 0.968 0.020 0.012
#> SRR1345146     1  0.7084     0.5884 0.628 0.336 0.036
#> SRR1324025     3  0.6341     0.4871 0.312 0.016 0.672
#> SRR1318879     3  0.6677     0.5588 0.180 0.080 0.740
#> SRR820755      1  0.6796     0.4363 0.632 0.024 0.344
#> SRR1485830     1  0.2959     0.8053 0.900 0.100 0.000
#> SRR599313      1  0.4786     0.7969 0.844 0.112 0.044
#> SRR612263      1  0.2804     0.8157 0.924 0.060 0.016
#> SRR1415398     3  0.2772     0.6319 0.080 0.004 0.916
#> SRR1326205     1  0.4636     0.8069 0.852 0.104 0.044
#> SRR1421327     1  0.5493     0.7447 0.756 0.232 0.012
#> SRR1083311     3  0.1877     0.6033 0.012 0.032 0.956
#> SRR1499303     1  0.5944     0.7821 0.792 0.120 0.088
#> SRR1079522     1  0.3987     0.8004 0.872 0.108 0.020
#> SRR1452935     3  0.8137     0.4211 0.252 0.120 0.628
#> SRR1379495     1  0.1482     0.8175 0.968 0.012 0.020
#> SRR1470459     3  0.6045    -0.1298 0.000 0.380 0.620
#> SRR661361      3  0.3445     0.6294 0.088 0.016 0.896
#> SRR615778      1  0.8298     0.5660 0.628 0.152 0.220
#> SRR1447564     1  0.0237     0.8139 0.996 0.004 0.000
#> SRR1455195     1  0.5722     0.7708 0.804 0.084 0.112
#> SRR655182      1  0.2947     0.8123 0.920 0.020 0.060
#> SRR1335140     2  0.6701    -0.0659 0.412 0.576 0.012
#> SRR1433555     3  0.2414     0.6045 0.020 0.040 0.940
#> SRR1308650     3  0.9479    -0.1245 0.192 0.348 0.460
#> SRR1388354     1  0.1781     0.8176 0.960 0.020 0.020
#> SRR1317446     3  0.0237     0.5977 0.000 0.004 0.996
#> SRR1413602     3  0.3039     0.6173 0.044 0.036 0.920
#> SRR1479955     2  0.4270     0.5783 0.024 0.860 0.116
#> SRR809853      1  0.1832     0.8176 0.956 0.036 0.008
#> SRR661313      3  0.3112     0.6316 0.096 0.004 0.900
#> SRR1499935     1  0.5944     0.7821 0.792 0.120 0.088
#> SRR1447303     3  0.6262     0.5119 0.284 0.020 0.696
#> SRR1429408     3  0.9120     0.2764 0.256 0.200 0.544
#> SRR1433950     1  0.0237     0.8139 0.996 0.004 0.000
#> SRR1362081     3  0.6305    -0.4171 0.000 0.484 0.516
#> SRR1409854     1  0.7442     0.4065 0.604 0.048 0.348
#> SRR1435229     1  0.9266    -0.1433 0.424 0.156 0.420
#> SRR1085996     1  0.0592     0.8140 0.988 0.012 0.000
#> SRR1414229     1  0.9131     0.2816 0.520 0.168 0.312
#> SRR1400974     3  0.0237     0.5977 0.000 0.004 0.996
#> SRR1399971     1  0.0424     0.8135 0.992 0.008 0.000
#> SRR613927      3  0.4663     0.6129 0.156 0.016 0.828
#> SRR1457854     1  0.1781     0.8176 0.960 0.020 0.020
#> SRR1473714     1  0.5393     0.7822 0.808 0.148 0.044
#> SRR813776      1  0.6796     0.4363 0.632 0.024 0.344
#> SRR808196      1  0.5631     0.7775 0.804 0.064 0.132
#> SRR1101085     1  0.3752     0.7933 0.856 0.144 0.000
#> SRR614395      1  0.5147     0.7249 0.800 0.020 0.180
#> SRR1478251     1  0.3038     0.8035 0.896 0.104 0.000
#> SRR1370551     3  0.6498    -0.1978 0.008 0.396 0.596
#> SRR1362310     1  0.1015     0.8161 0.980 0.012 0.008
#> SRR665310      3  0.3918     0.6185 0.140 0.004 0.856
#> SRR1420109     3  0.5849     0.5626 0.216 0.028 0.756
#> SRR1330920     1  0.5726     0.6799 0.760 0.024 0.216
#> SRR1419539     3  0.2173     0.5761 0.008 0.048 0.944
#> SRR1359447     2  0.6307     0.4476 0.000 0.512 0.488
#> SRR1347259     1  0.4351     0.7892 0.828 0.168 0.004
#> SRR613915      3  0.4589     0.6054 0.172 0.008 0.820
#> SRR1384395     3  0.1289     0.5843 0.000 0.032 0.968
#> SRR821715      3  0.3030     0.6315 0.092 0.004 0.904
#> SRR1478228     1  0.0661     0.8157 0.988 0.008 0.004
#> SRR1445637     1  0.4139     0.7832 0.860 0.016 0.124
#> SRR608150      1  0.7082     0.6947 0.724 0.156 0.120
#> SRR1096383     3  0.7043     0.2013 0.448 0.020 0.532
#> SRR1341480     1  0.4235     0.7793 0.824 0.176 0.000
#> SRR1341344     1  0.1529     0.8165 0.960 0.040 0.000
#> SRR1326270     3  0.2200     0.6291 0.056 0.004 0.940
#> SRR1498838     3  0.1267     0.6165 0.024 0.004 0.972
#> SRR1416313     3  0.1878     0.6254 0.044 0.004 0.952
#> SRR808566      1  0.9484     0.2882 0.496 0.264 0.240
#> SRR1430270     1  0.3038     0.8035 0.896 0.104 0.000
#> SRR1367825     3  0.0237     0.5977 0.000 0.004 0.996
#> SRR613533      3  0.8544     0.2839 0.152 0.248 0.600
#> SRR661267      3  0.7152     0.2053 0.444 0.024 0.532
#> SRR810665      2  0.6688     0.6067 0.012 0.580 0.408
#> SRR1407250     1  0.7944     0.5969 0.656 0.132 0.212
#> SRR1420067     1  0.6255     0.6982 0.748 0.048 0.204
#> SRR1473632     1  0.1832     0.8176 0.956 0.036 0.008
#> SRR812536      3  0.2681     0.6168 0.040 0.028 0.932
#> SRR1370850     2  0.7945     0.5828 0.064 0.548 0.388
#> SRR1486195     3  0.6291    -0.3906 0.000 0.468 0.532
#> SRR1407671     3  0.9481     0.1610 0.384 0.184 0.432
#> SRR1446375     3  0.8643     0.3146 0.376 0.108 0.516
#> SRR1465230     1  0.3850     0.8105 0.884 0.088 0.028
#> SRR614119      1  0.7181     0.0347 0.508 0.024 0.468
#> SRR1356101     3  0.4504     0.3703 0.000 0.196 0.804
#> SRR1404209     1  0.6026     0.6570 0.732 0.024 0.244
#> SRR1392676     2  0.5591     0.6389 0.000 0.696 0.304
#> SRR665538      3  0.7036     0.2105 0.444 0.020 0.536
#> SRR660510      3  0.1585     0.6175 0.028 0.008 0.964
#> SRR1445655     1  0.3965     0.8026 0.860 0.132 0.008
#> SRR658953      1  0.8331     0.2211 0.484 0.436 0.080
#> SRR2166459     1  0.4342     0.7857 0.856 0.024 0.120
#> SRR1070713     2  0.9931     0.2233 0.300 0.392 0.308
#> SRR1485312     3  0.0661     0.6049 0.008 0.004 0.988
#> SRR1317631     3  0.7192     0.2910 0.412 0.028 0.560
#> SRR1488610     1  0.2173     0.8183 0.944 0.048 0.008
#> SRR1330588     3  0.7029     0.2563 0.440 0.020 0.540
#> SRR1316367     1  0.5047     0.7862 0.824 0.140 0.036
#> SRR1433926     1  0.0829     0.8151 0.984 0.012 0.004
#> SRR1091302     1  0.4485     0.8015 0.844 0.136 0.020
#> SRR818263      1  0.6625     0.5056 0.660 0.024 0.316
#> SRR1404909     1  0.6155     0.6394 0.664 0.328 0.008
#> SRR663076      1  0.4810     0.7686 0.832 0.028 0.140
#> SRR1323577     2  0.8295     0.5620 0.084 0.532 0.384
#> SRR1442422     1  0.3850     0.8105 0.884 0.088 0.028
#> SRR1465893     1  0.1015     0.8170 0.980 0.012 0.008
#> SRR654862      1  0.5047     0.7720 0.824 0.036 0.140
#> SRR1407112     1  0.5036     0.7870 0.832 0.048 0.120
#> SRR1332969     3  0.3983     0.6181 0.144 0.004 0.852
#> SRR1353199     3  0.3112     0.6316 0.096 0.004 0.900
#> SRR1378885     3  0.6587     0.4428 0.352 0.016 0.632
#> SRR665357      3  0.4059     0.5189 0.012 0.128 0.860
#> SRR662186      2  0.6307     0.4463 0.000 0.512 0.488
#> SRR1501020     3  0.4749     0.5976 0.172 0.012 0.816
#> SRR1347819     3  0.1129     0.6142 0.020 0.004 0.976
#> SRR1480813     2  0.7378     0.5871 0.036 0.560 0.404
#> SRR1472576     1  0.9099     0.4365 0.544 0.264 0.192
#> SRR1431781     1  0.7862     0.6697 0.668 0.148 0.184
#> SRR1452270     3  0.1482     0.6097 0.012 0.020 0.968
#> SRR1500472     3  0.8700     0.3432 0.344 0.120 0.536
#> SRR1417632     2  0.6819    -0.2761 0.476 0.512 0.012
#> SRR1350153     2  0.6280     0.5180 0.000 0.540 0.460
#> SRR1458113     1  0.9243     0.1740 0.492 0.168 0.340
#> SRR1326579     1  0.4995     0.7944 0.840 0.092 0.068
#> SRR1349363     2  0.7901     0.0105 0.400 0.540 0.060
#> SRR1096712     3  0.1919     0.6129 0.020 0.024 0.956
#> SRR1090407     3  0.2955     0.6319 0.080 0.008 0.912
#> SRR1083752     3  0.8414    -0.2021 0.092 0.380 0.528
#> SRR1377599     1  0.4887     0.7484 0.772 0.228 0.000
#> SRR1488449     3  0.3500     0.6279 0.116 0.004 0.880
#> SRR1318354     3  0.8452     0.2648 0.140 0.256 0.604
#> SRR1359062     3  0.1170     0.6020 0.008 0.016 0.976
#> SRR1398924     1  0.8010     0.3646 0.548 0.384 0.068
#> SRR663783      3  0.0983     0.5998 0.004 0.016 0.980
#> SRR1319204     3  0.7388     0.0114 0.044 0.356 0.600
#> SRR1369070     2  0.5285     0.6344 0.004 0.752 0.244
#> SRR615659      1  0.0829     0.8151 0.984 0.012 0.004
#> SRR1337449     2  0.6962     0.5984 0.020 0.568 0.412
#> SRR1316982     3  0.4605     0.3776 0.000 0.204 0.796
#> SRR1498595     2  0.6804    -0.2327 0.460 0.528 0.012
#> SRR1377423     3  0.4679     0.6040 0.148 0.020 0.832
#> SRR1312310     2  0.6280     0.5202 0.000 0.540 0.460
#> SRR1485613     1  0.4897     0.7455 0.812 0.016 0.172
#> SRR1338426     3  0.4902     0.6073 0.092 0.064 0.844
#> SRR1353309     3  0.4818     0.6135 0.108 0.048 0.844
#> SRR658941      3  0.7130     0.2415 0.432 0.024 0.544
#> SRR1101643     1  0.1525     0.8195 0.964 0.032 0.004
#> SRR1401468     3  0.7174     0.1501 0.460 0.024 0.516
#> SRR1368874     2  0.6126     0.5953 0.000 0.600 0.400
#> SRR1324085     1  0.9760     0.0273 0.420 0.236 0.344
#> SRR1363858     1  0.5285     0.7833 0.812 0.148 0.040
#> SRR819820      3  0.5842     0.5717 0.196 0.036 0.768
#> SRR1337342     1  0.7222     0.6487 0.696 0.084 0.220
#> SRR655206      3  0.2173     0.5761 0.008 0.048 0.944
#> SRR1387013     2  0.9019     0.4204 0.224 0.560 0.216
#> SRR1317410     1  0.0829     0.8163 0.984 0.012 0.004
#> SRR608198      1  0.4995     0.7942 0.840 0.092 0.068
#> SRR1440161     2  0.6280     0.5180 0.000 0.540 0.460
#> SRR1343741     2  0.5285     0.6344 0.004 0.752 0.244
#> SRR1381288     2  0.5810     0.6355 0.000 0.664 0.336
#> SRR1415379     1  0.3112     0.8068 0.900 0.096 0.004
#> SRR1099622     3  0.6307     0.0625 0.012 0.328 0.660
#> SRR663197      3  0.2152     0.6203 0.036 0.016 0.948
#> SRR1394836     3  0.2173     0.5761 0.008 0.048 0.944
#> SRR661699      3  0.3207     0.6298 0.084 0.012 0.904
#> SRR813680      3  0.7159     0.1930 0.448 0.024 0.528
#> SRR1410678     1  0.1015     0.8161 0.980 0.012 0.008
#> SRR1378109     1  0.4269     0.8104 0.872 0.076 0.052
#> SRR1499174     1  0.4280     0.7847 0.856 0.020 0.124
#> SRR1311486     2  0.6962     0.5984 0.020 0.568 0.412
#> SRR1382851     2  0.9593     0.1158 0.380 0.420 0.200
#> SRR1433410     1  0.6882     0.7118 0.732 0.172 0.096
#> SRR661167      3  0.1964     0.6282 0.056 0.000 0.944
#> SRR1432518     3  0.8137     0.4211 0.252 0.120 0.628
#> SRR660462      3  0.0475     0.6020 0.004 0.004 0.992
#> SRR1374608     3  0.8549     0.2996 0.384 0.100 0.516
#> SRR657949      3  0.4861     0.5939 0.192 0.008 0.800
#> SRR1308882     1  0.3551     0.7955 0.868 0.132 0.000
#> SRR655768      1  0.7480     0.0373 0.508 0.036 0.456
#> SRR1485870     1  0.7084     0.5884 0.628 0.336 0.036
#> SRR1444138     1  0.7755    -0.0199 0.492 0.048 0.460
#> SRR1417342     1  0.6124     0.7423 0.744 0.220 0.036
#> SRR1470193     1  0.4636     0.8069 0.852 0.104 0.044
#> SRR1091380     3  0.5842     0.5717 0.196 0.036 0.768
#> SRR1099096     1  0.1015     0.8170 0.980 0.012 0.008
#> SRR1313583     1  0.2959     0.8053 0.900 0.100 0.000
#> SRR1467102     3  0.1529     0.5796 0.000 0.040 0.960
#> SRR1485416     1  0.4235     0.7793 0.824 0.176 0.000
#> SRR818821      3  0.8544     0.2839 0.152 0.248 0.600
#> SRR809963      1  0.5147     0.7249 0.800 0.020 0.180
#> SRR1072247     1  0.1482     0.8175 0.968 0.012 0.020
#> SRR1353710     1  0.3644     0.8033 0.872 0.124 0.004
#> SRR1445259     3  0.8703     0.2576 0.160 0.256 0.584
#> SRR1408393     3  0.6629     0.4351 0.360 0.016 0.624
#> SRR1361522     1  0.0829     0.8151 0.984 0.012 0.004
#> SRR1368597     1  0.2636     0.8174 0.932 0.020 0.048
#> SRR1309680     2  0.7851     0.6250 0.080 0.616 0.304
#> SRR1310542     3  0.0661     0.6008 0.004 0.008 0.988
#> SRR1333485     1  0.3619     0.7955 0.864 0.136 0.000
#> SRR1406437     3  0.8625     0.3620 0.252 0.156 0.592
#> SRR1354931     3  0.2096     0.6281 0.052 0.004 0.944
#> SRR1391856     3  0.5285     0.4717 0.040 0.148 0.812
#> SRR1446738     3  0.9883    -0.1583 0.264 0.344 0.392
#> SRR1309032     3  0.6062    -0.1458 0.000 0.384 0.616
#> SRR1388145     2  0.6675     0.6075 0.012 0.584 0.404
#> SRR1432611     3  0.6309    -0.4494 0.000 0.496 0.504
#> SRR815869      3  0.0424     0.5962 0.000 0.008 0.992
#> SRR613150      3  0.0848     0.6045 0.008 0.008 0.984
#> SRR1375329     1  0.9367    -0.1180 0.428 0.168 0.404
#> SRR1387921     1  0.0592     0.8142 0.988 0.012 0.000
#> SRR1466792     3  0.6307    -0.4278 0.000 0.488 0.512
#> SRR1360478     2  0.6280     0.5180 0.000 0.540 0.460
#> SRR1360695     1  0.6108     0.6624 0.732 0.028 0.240
#> SRR812943      1  0.2902     0.8145 0.920 0.064 0.016
#> SRR1400910     2  0.9145     0.4336 0.240 0.544 0.216
#> SRR1444203     1  0.4443     0.8106 0.864 0.084 0.052
#> SRR816177      2  0.8350     0.5589 0.088 0.532 0.380
#> SRR658754      3  0.1170     0.6125 0.016 0.008 0.976
#> SRR1429603     1  0.4351     0.7892 0.828 0.168 0.004
#> SRR1397366     3  0.3425     0.6287 0.112 0.004 0.884
#> SRR1446028     1  0.1182     0.8172 0.976 0.012 0.012
#> SRR1083918     2  0.9975     0.1886 0.332 0.364 0.304
#> SRR1337606     1  0.7266     0.6741 0.688 0.232 0.080
#> SRR659109      3  0.0983     0.6116 0.016 0.004 0.980
#> SRR1337192     1  0.1529     0.8165 0.960 0.040 0.000
#> SRR656946      3  0.7841     0.1269 0.468 0.052 0.480
#> SRR1476102     1  0.0592     0.8147 0.988 0.012 0.000
#> SRR1476447     1  0.1289     0.8162 0.968 0.032 0.000
#> SRR1342067     1  0.3752     0.7933 0.856 0.144 0.000
#> SRR1385389     1  0.3193     0.8055 0.896 0.100 0.004
#> SRR1075971     1  0.1950     0.8160 0.952 0.040 0.008
#> SRR614419      1  0.4485     0.7920 0.844 0.136 0.020
#> SRR1322936     1  0.7169     0.6901 0.704 0.208 0.088
#> SRR1349121     1  0.7059     0.0881 0.520 0.020 0.460
#> SRR1430549     1  0.0424     0.8146 0.992 0.008 0.000
#> SRR612935      3  0.8221     0.3035 0.128 0.248 0.624
#> SRR661481      2  0.7156     0.5940 0.028 0.572 0.400
#> SRR1354117     2  0.6305     0.4520 0.000 0.516 0.484
#> SRR1393596     1  0.4861     0.7820 0.808 0.180 0.012
#> SRR1452164     1  0.3845     0.7901 0.872 0.012 0.116
#> SRR1070503     1  0.6879     0.3959 0.616 0.024 0.360
#> SRR1499894     3  0.1267     0.6157 0.024 0.004 0.972
#> SRR1082883     1  0.7147     0.6901 0.720 0.156 0.124
#> SRR1468271     1  0.6126     0.6133 0.712 0.020 0.268
#> SRR1332443     1  0.0592     0.8147 0.988 0.012 0.000
#> SRR810295      2  0.6280     0.5202 0.000 0.540 0.460
#> SRR662103      1  0.0829     0.8151 0.984 0.012 0.004
#> SRR1328620     3  0.8452     0.2648 0.140 0.256 0.604
#> SRR1396294     3  0.7192     0.2910 0.412 0.028 0.560
#> SRR1419917     1  0.0829     0.8151 0.984 0.012 0.004
#> SRR662114      3  0.5138     0.6004 0.120 0.052 0.828
#> SRR1489199     1  0.7758    -0.0407 0.484 0.048 0.468
#> SRR813584      3  0.9120     0.2764 0.256 0.200 0.544
#> SRR1069638     1  0.6981     0.6317 0.704 0.068 0.228
#> SRR614864      3  0.3359     0.6323 0.084 0.016 0.900
#> SRR1433392     1  0.5860     0.6638 0.748 0.024 0.228
#> SRR1377777     2  0.4618     0.5913 0.024 0.840 0.136
#> SRR2167710     3  0.7841     0.1269 0.468 0.052 0.480
#> SRR1401252     1  0.4178     0.7856 0.828 0.172 0.000
#> SRR1309963     1  0.4556     0.8062 0.860 0.060 0.080
#> SRR1338031     1  0.1015     0.8177 0.980 0.008 0.012
#> SRR1418628     2  0.6280     0.5202 0.000 0.540 0.460
#> SRR1486889     1  0.6066     0.6518 0.728 0.024 0.248
#> SRR1380393     1  0.1781     0.8176 0.960 0.020 0.020
#> SRR1319731     1  0.0829     0.8161 0.984 0.012 0.004
#> SRR1356468     1  0.6625     0.7385 0.744 0.080 0.176
#> SRR1337010     2  0.6398     0.6170 0.008 0.620 0.372
#> SRR1486520     1  0.4206     0.8042 0.872 0.040 0.088
#> SRR1486538     1  0.3038     0.8041 0.896 0.104 0.000
#> SRR1340486     1  0.5036     0.7870 0.832 0.048 0.120
#> SRR1377696     2  0.6819    -0.2761 0.476 0.512 0.012
#> SRR1465459     1  0.6985     0.3223 0.592 0.024 0.384
#> SRR1080270     3  0.0848     0.6042 0.008 0.008 0.984
#> SRR1312501     3  0.6449     0.5578 0.204 0.056 0.740
#> SRR1093148     3  0.8421     0.3513 0.300 0.116 0.584
#> SRR1467080     3  0.0237     0.5977 0.000 0.004 0.996
#> SRR1410866     2  0.6267     0.5271 0.000 0.548 0.452
#> SRR816475      1  0.9760     0.0273 0.420 0.236 0.344
#> SRR1379198     1  0.3038     0.8035 0.896 0.104 0.000
#> SRR613342      3  0.5585     0.5795 0.096 0.092 0.812
#> SRR1452246     2  0.6276     0.6266 0.040 0.736 0.224
#> SRR1338836     2  0.5988     0.6210 0.000 0.632 0.368
#> SRR1369129     1  0.3038     0.8035 0.896 0.104 0.000
#> SRR1396616     3  0.3826     0.6239 0.124 0.008 0.868
#> SRR813824      3  0.1711     0.6200 0.032 0.008 0.960
#> SRR1082376     1  0.4206     0.7997 0.872 0.040 0.088
#> SRR1500891     1  0.3551     0.7970 0.868 0.132 0.000
#> SRR807543      1  0.5772     0.6745 0.756 0.024 0.220
#> SRR1091572     1  0.7651     0.5940 0.672 0.108 0.220
#> SRR1346689     1  0.3573     0.8018 0.876 0.120 0.004
#> SRR1332424     1  0.6882     0.7118 0.732 0.172 0.096
#> SRR663729      1  0.4235     0.7793 0.824 0.176 0.000
#> SRR1097013     1  0.4342     0.7857 0.856 0.024 0.120
#> SRR613675      1  0.7169     0.6901 0.704 0.208 0.088
#> SRR1485357     1  0.5136     0.7784 0.824 0.044 0.132
#> SRR655816      3  0.3031     0.6299 0.076 0.012 0.912
#> SRR1500113     1  0.3370     0.8102 0.904 0.024 0.072
#> SRR1437622     1  0.9496     0.2667 0.492 0.276 0.232
#> SRR1355172     3  0.7036     0.2151 0.444 0.020 0.536
#> SRR655531      1  0.4925     0.7970 0.844 0.076 0.080
#> SRR1338147     3  0.4692     0.6061 0.168 0.012 0.820
#> SRR1413329     3  0.7582     0.3895 0.380 0.048 0.572
#> SRR1485931     2  0.3459     0.5520 0.012 0.892 0.096
#> SRR1420873     1  0.4411     0.7741 0.844 0.016 0.140
#> SRR1333308     1  0.4261     0.7981 0.848 0.140 0.012
#> SRR1452033     1  0.4663     0.7609 0.828 0.016 0.156
#> SRR1467316     2  0.4270     0.5786 0.024 0.860 0.116
#> SRR809018      3  0.0237     0.5977 0.000 0.004 0.996
#> SRR1375351     2  0.6280     0.5202 0.000 0.540 0.460
#> SRR663440      3  0.6062     0.5213 0.276 0.016 0.708
#> SRR1471755     2  0.7366     0.5883 0.036 0.564 0.400
#> SRR808019      3  0.7138     0.2308 0.436 0.024 0.540
#> SRR1479133     3  0.2955     0.6330 0.080 0.008 0.912
#> SRR615069      3  0.8487     0.3602 0.292 0.124 0.584
#> SRR1456185     3  0.9574    -0.2538 0.196 0.392 0.412
#> SRR1350069     3  0.7192     0.2910 0.412 0.028 0.560
#> SRR816316      1  0.5092     0.7294 0.804 0.020 0.176
#> SRR664795      3  0.7159     0.1930 0.448 0.024 0.528
#> SRR1490721     1  0.5493     0.7447 0.756 0.232 0.012
#> SRR810643      1  0.0592     0.8150 0.988 0.012 0.000
#> SRR1430333     1  0.9167     0.2618 0.512 0.168 0.320
#> SRR1085285     3  0.2955     0.6330 0.080 0.008 0.912
#> SRR1099072     3  0.3918     0.6185 0.140 0.004 0.856
#> SRR1317985     1  0.1315     0.8191 0.972 0.008 0.020
#> SRR1487340     1  0.1315     0.8172 0.972 0.020 0.008
#> SRR1420276     3  0.1289     0.5843 0.000 0.032 0.968
#> SRR1351347     3  0.4964     0.6088 0.116 0.048 0.836
#> SRR1405525     1  0.2280     0.8177 0.940 0.052 0.008
#> SRR1370329     1  0.0424     0.8135 0.992 0.008 0.000
#> SRR1465001     1  0.0829     0.8161 0.984 0.012 0.004
#> SRR1476525     2  0.6701     0.6000 0.012 0.576 0.412
#> SRR819610      3  0.9574    -0.2538 0.196 0.392 0.412
#> SRR2157314     1  0.1774     0.8183 0.960 0.024 0.016
#> SRR1409465     2  0.5988     0.6210 0.000 0.632 0.368
#> SRR809987      1  0.3193     0.8065 0.896 0.100 0.004
#> SRR613639      3  0.4897     0.6038 0.172 0.016 0.812
#> SRR1402285     1  0.3528     0.8096 0.892 0.092 0.016
#> SRR1077038     1  0.5200     0.7204 0.796 0.020 0.184
#> SRR1405660     3  0.1482     0.6097 0.012 0.020 0.968
#> SRR1095455     3  0.8733     0.2463 0.160 0.260 0.580
#> SRR1394734     2  0.9975     0.1886 0.332 0.364 0.304
#> SRR1317771     1  0.6026     0.6570 0.732 0.024 0.244
#> SRR1365894     1  0.6473     0.6287 0.652 0.332 0.016
#> SRR1073581     1  0.7059     0.0881 0.520 0.020 0.460
#> SRR659804      1  0.1774     0.8183 0.960 0.024 0.016
#> SRR1345914     2  0.7980     0.5733 0.064 0.536 0.400
#> SRR1432186     2  0.7424     0.6275 0.044 0.592 0.364
#> SRR1473529     2  0.6804    -0.2327 0.460 0.528 0.012
#> SRR660764      3  0.7064     0.3838 0.076 0.220 0.704
#> SRR820448      1  0.5147     0.7249 0.800 0.020 0.180
#> SRR1328845     3  0.7192     0.2910 0.412 0.028 0.560
#> SRR1336415     1  0.3528     0.8096 0.892 0.092 0.016
#> SRR1379065     1  0.3551     0.7984 0.868 0.132 0.000
#> SRR1459190     3  0.6566     0.4463 0.348 0.016 0.636
#> SRR1346773     1  0.0592     0.8150 0.988 0.012 0.000
#> SRR1499521     3  0.7152     0.2051 0.444 0.024 0.532
#> SRR1440898     2  0.6881     0.6199 0.020 0.592 0.388
#> SRR1347459     3  0.4399     0.6140 0.092 0.044 0.864
#> SRR1081209     2  0.5061     0.6216 0.008 0.784 0.208
#> SRR1400202     1  0.0424     0.8135 0.992 0.008 0.000
#> SRR1333395     1  0.7379     0.5584 0.616 0.336 0.048
#> SRR1309248     1  0.6629     0.5810 0.624 0.360 0.016
#> SRR809161      3  0.3112     0.6319 0.096 0.004 0.900
#> SRR1316320     1  0.6597     0.6548 0.664 0.312 0.024
#> SRR1432629     2  0.7340     0.6202 0.076 0.676 0.248
#> SRR1498931     1  0.1015     0.8170 0.980 0.008 0.012
#> SRR1416578     1  0.3112     0.8068 0.900 0.096 0.004
#> SRR1405547     3  0.0237     0.5977 0.000 0.004 0.996
#> SRR1470534     1  0.3038     0.8035 0.896 0.104 0.000
#> SRR1380764     1  0.2599     0.8191 0.932 0.016 0.052
#> SRR1309160     3  0.1711     0.6216 0.032 0.008 0.960
#> SRR663489      3  0.0237     0.5977 0.000 0.004 0.996
#> SRR1500450     1  0.5631     0.7487 0.792 0.044 0.164
#> SRR1078489     3  0.9336     0.1493 0.412 0.164 0.424
#> SRR1332648     1  0.3670     0.8097 0.888 0.092 0.020
#> SRR660614      3  0.7388     0.0114 0.044 0.356 0.600
#> SRR1470420     3  0.6045    -0.1298 0.000 0.380 0.620
#> SRR1475566     1  0.0424     0.8135 0.992 0.008 0.000
#> SRR1477949     1  0.0592     0.8147 0.988 0.012 0.000
#> SRR1481419     2  0.7459     0.6237 0.044 0.584 0.372
#> SRR1464766     1  0.1919     0.8189 0.956 0.020 0.024
#> SRR615946      3  0.1878     0.6254 0.044 0.004 0.952
#> SRR1446481     2  0.6962     0.5984 0.020 0.568 0.412
#> SRR1467656     2  0.6008     0.6185 0.000 0.628 0.372
#> SRR1402962     1  0.5722     0.7708 0.804 0.084 0.112
#> SRR660224      2  0.6962     0.5922 0.020 0.568 0.412
#> SRR665586      1  0.0983     0.8161 0.980 0.016 0.004
#> SRR1347166     1  0.8298     0.5660 0.628 0.152 0.220
#> SRR1485722     1  0.7944     0.5969 0.656 0.132 0.212
#> SRR1415316     1  0.0424     0.8145 0.992 0.008 0.000
#> SRR613390      1  0.0892     0.8149 0.980 0.020 0.000
#> SRR661108      3  0.1170     0.6125 0.016 0.008 0.976
#> SRR2170173     3  0.7919     0.1388 0.464 0.056 0.480
#> SRR817329      1  0.2297     0.8178 0.944 0.020 0.036
#> SRR1401990     1  0.6416     0.6260 0.708 0.032 0.260
#> SRR1467745     1  0.9880    -0.1089 0.384 0.260 0.356
#> SRR1471795     2  0.8228     0.5813 0.084 0.552 0.364
#> SRR1415637     2  0.5591     0.6389 0.000 0.696 0.304
#> SRR813137      1  0.3690     0.7991 0.884 0.016 0.100
#> SRR1314873     1  0.0424     0.8135 0.992 0.008 0.000
#> SRR1401211     1  0.6108     0.6624 0.732 0.028 0.240
#> SRR1419692     1  0.4253     0.8101 0.872 0.080 0.048
#> SRR818797      3  0.5928     0.5070 0.296 0.008 0.696
#> SRR2164608     3  0.5239     0.5961 0.160 0.032 0.808
#> SRR1455586     3  0.4291     0.4039 0.000 0.180 0.820
#> SRR819459      3  0.0848     0.6045 0.008 0.008 0.984
#> SRR1488939     2  0.4270     0.5786 0.024 0.860 0.116
#> SRR1433232     2  0.5008     0.6161 0.016 0.804 0.180
#> SRR1385501     1  0.5277     0.7234 0.796 0.024 0.180
#> SRR1361652     1  0.8179     0.2675 0.504 0.424 0.072
#> SRR1437119     1  0.0424     0.8135 0.992 0.008 0.000
#> SRR1478547     3  0.0237     0.5977 0.000 0.004 0.996
#> SRR1430910     3  0.9172     0.2187 0.396 0.148 0.456
#> SRR1310584     1  0.0592     0.8142 0.988 0.012 0.000
#> SRR1500216     1  0.4786     0.7969 0.844 0.112 0.044
#> SRR1486762     3  0.5253     0.5859 0.188 0.020 0.792
#> SRR1480854     1  0.4887     0.7484 0.772 0.228 0.000
#> SRR1489394     1  0.2959     0.8053 0.900 0.100 0.000
#> SRR1418085     1  0.3722     0.8108 0.888 0.088 0.024
#> SRR1340221     1  0.3038     0.8035 0.896 0.104 0.000
#> SRR1473058     1  0.9760     0.0273 0.420 0.236 0.344
#> SRR1405165     3  0.4712     0.6100 0.108 0.044 0.848
#> SRR1433004     1  0.1129     0.8167 0.976 0.020 0.004
#> SRR1471477     1  0.6226     0.6434 0.720 0.028 0.252
#> SRR1098567     3  0.7063    -0.4407 0.020 0.464 0.516
#> SRR1098712     3  0.7192     0.2910 0.412 0.028 0.560
#> SRR1455038     1  0.1711     0.8171 0.960 0.032 0.008
#> SRR1375248     3  0.4346     0.3954 0.000 0.184 0.816
#> SRR1403005     3  0.3193     0.6310 0.100 0.004 0.896
#> SRR1348378     3  0.8307    -0.2185 0.084 0.388 0.528
#> SRR1413541     1  0.0592     0.8140 0.988 0.012 0.000
#> SRR1392943     1  0.4634     0.7884 0.824 0.164 0.012
#> SRR1475192     3  0.1482     0.6138 0.020 0.012 0.968
#> SRR1432085     3  0.6062     0.1739 0.016 0.276 0.708
#> SRR1452468     1  0.9028     0.3511 0.540 0.168 0.292
#> SRR1347060     3  0.0475     0.6017 0.004 0.004 0.992
#> SRR1414139     3  0.5881     0.2378 0.016 0.256 0.728
#> SRR1447962     3  0.6180     0.0214 0.008 0.332 0.660
#> SRR1444324     3  0.6140    -0.1822 0.000 0.404 0.596
#> SRR1415004     1  0.1491     0.8175 0.968 0.016 0.016
#> SRR1413436     1  0.6026     0.6570 0.732 0.024 0.244
#> SRR1311266     1  0.8107     0.0867 0.508 0.068 0.424
#> SRR1343302     1  0.4357     0.8094 0.868 0.080 0.052
#> SRR1373746     1  0.0424     0.8146 0.992 0.008 0.000
#> SRR1429678     1  0.1491     0.8184 0.968 0.016 0.016
#> SRR1469413     3  0.6255     0.0864 0.016 0.300 0.684
#> SRR1405331     1  0.5726     0.6799 0.760 0.024 0.216
#> SRR1345609     1  0.0424     0.8135 0.992 0.008 0.000
#> SRR1380208     1  0.8790     0.4379 0.540 0.328 0.132
#> SRR1322840     1  0.3482     0.7985 0.872 0.128 0.000
#> SRR1399797     3  0.2152     0.6203 0.036 0.016 0.948
#> SRR1416654     3  0.3359     0.6323 0.084 0.016 0.900
#> SRR1315081     3  0.0747     0.5920 0.000 0.016 0.984
#> SRR1369196     3  0.0592     0.5954 0.000 0.012 0.988
#> SRR1400847     1  0.1919     0.8189 0.956 0.020 0.024
#> SRR1365291     3  0.7029     0.2563 0.440 0.020 0.540
#> SRR1367920     1  0.4887     0.7484 0.772 0.228 0.000
#> SRR1366648     3  0.0424     0.5962 0.000 0.008 0.992
#> SRR1441679     2  0.5988     0.6210 0.000 0.632 0.368
#> SRR1082173     3  0.5239     0.5961 0.160 0.032 0.808
#> SRR1363968     1  0.5728     0.7169 0.772 0.032 0.196
#> SRR814387      1  0.0592     0.8150 0.988 0.012 0.000
#> SRR657599      3  0.7130     0.2415 0.432 0.024 0.544
#> SRR1386689     1  0.5036     0.7870 0.832 0.048 0.120
#> SRR1395575     3  0.2384     0.6271 0.056 0.008 0.936
#> SRR1453811     3  0.5220     0.5792 0.208 0.012 0.780
#> SRR1441159     1  0.1647     0.8178 0.960 0.036 0.004
#> SRR1403154     1  0.4357     0.8094 0.868 0.080 0.052
#> SRR1468722     3  0.0475     0.6018 0.004 0.004 0.992
#> SRR1310275     3  0.7036     0.2456 0.444 0.020 0.536

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     3  0.7520    0.11872 0.384 0.024 0.488 0.104
#> SRR1331708     1  0.7369   -0.15599 0.492 0.148 0.004 0.356
#> SRR1464258     1  0.7997   -0.16690 0.432 0.028 0.144 0.396
#> SRR1454201     4  0.7618    0.36349 0.404 0.052 0.068 0.476
#> SRR661589      3  0.3993    0.65414 0.092 0.004 0.844 0.060
#> SRR1456229     1  0.5147    0.25595 0.536 0.004 0.000 0.460
#> SRR1315165     1  0.7825   -0.04381 0.616 0.108 0.128 0.148
#> SRR1488960     1  0.4543    0.45266 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1417809     1  0.1733    0.45386 0.948 0.024 0.000 0.028
#> SRR1094457     1  0.2010    0.43974 0.940 0.008 0.040 0.012
#> SRR1095575     3  0.8477    0.02732 0.316 0.040 0.444 0.200
#> SRR1315931     1  0.7965   -0.14860 0.436 0.028 0.140 0.396
#> SRR1430066     3  0.0967    0.64161 0.004 0.016 0.976 0.004
#> SRR1431037     3  0.1749    0.65255 0.024 0.012 0.952 0.012
#> SRR1395554     3  0.1484    0.64353 0.004 0.020 0.960 0.016
#> SRR818002      2  0.6988    0.71201 0.060 0.664 0.188 0.088
#> SRR1344143     2  0.4850    0.57550 0.052 0.776 0.004 0.168
#> SRR1486845     1  0.2670    0.42568 0.908 0.040 0.000 0.052
#> SRR1362866     1  0.7807   -0.32764 0.448 0.072 0.060 0.420
#> SRR1490740     1  0.4855    0.44352 0.644 0.000 0.004 0.352
#> SRR1446627     2  0.3401    0.73274 0.000 0.840 0.152 0.008
#> SRR1456138     2  0.3934    0.65292 0.036 0.860 0.028 0.076
#> SRR1416248     1  0.4836    0.44286 0.672 0.008 0.000 0.320
#> SRR1383907     1  0.8612   -0.22532 0.500 0.164 0.080 0.256
#> SRR1311018     1  0.4605    0.44498 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1375699     1  0.9187   -0.17620 0.404 0.280 0.088 0.228
#> SRR1429846     3  0.6077    0.54458 0.168 0.012 0.708 0.112
#> SRR613550      3  0.3313    0.66221 0.084 0.008 0.880 0.028
#> SRR1348402     1  0.5270    0.43300 0.660 0.008 0.012 0.320
#> SRR1345146     1  0.7313    0.01762 0.544 0.148 0.008 0.300
#> SRR1324025     3  0.6926    0.46896 0.188 0.024 0.648 0.140
#> SRR1318879     3  0.6643    0.58684 0.104 0.076 0.708 0.112
#> SRR820755      4  0.8618    0.35235 0.316 0.028 0.312 0.344
#> SRR1485830     1  0.1174    0.45852 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR599313      1  0.6251    0.16831 0.564 0.052 0.004 0.380
#> SRR612263      1  0.5626    0.35925 0.588 0.020 0.004 0.388
#> SRR1415398     3  0.2467    0.66315 0.052 0.004 0.920 0.024
#> SRR1326205     1  0.2845    0.44258 0.912 0.028 0.032 0.028
#> SRR1421327     1  0.6352    0.05680 0.632 0.108 0.000 0.260
#> SRR1083311     3  0.1985    0.63733 0.004 0.040 0.940 0.016
#> SRR1499303     1  0.5932    0.27481 0.752 0.088 0.052 0.108
#> SRR1079522     1  0.6094    0.29920 0.608 0.052 0.004 0.336
#> SRR1452935     3  0.8109    0.44445 0.128 0.104 0.584 0.184
#> SRR1379495     1  0.5306    0.44029 0.664 0.004 0.020 0.312
#> SRR1470459     3  0.5696   -0.30399 0.000 0.480 0.496 0.024
#> SRR661361      3  0.3638    0.66320 0.044 0.024 0.876 0.056
#> SRR615778      4  0.9238    0.49019 0.324 0.124 0.156 0.396
#> SRR1447564     1  0.4500    0.46045 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1455195     4  0.7518    0.32719 0.420 0.052 0.060 0.468
#> SRR655182      1  0.5697    0.42800 0.656 0.000 0.052 0.292
#> SRR1335140     1  0.7932   -0.17438 0.392 0.364 0.004 0.240
#> SRR1433555     3  0.2467    0.63567 0.004 0.052 0.920 0.024
#> SRR1308650     2  0.9009    0.40869 0.136 0.440 0.304 0.120
#> SRR1388354     1  0.4933    0.46247 0.688 0.000 0.016 0.296
#> SRR1317446     3  0.1004    0.63376 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1413602     3  0.3178    0.64735 0.020 0.052 0.896 0.032
#> SRR1479955     2  0.4387    0.61131 0.048 0.824 0.012 0.116
#> SRR809853      1  0.4955    0.43716 0.648 0.008 0.000 0.344
#> SRR661313      3  0.2927    0.66313 0.068 0.008 0.900 0.024
#> SRR1499935     1  0.5932    0.27481 0.752 0.088 0.052 0.108
#> SRR1447303     3  0.6701    0.52755 0.144 0.024 0.672 0.160
#> SRR1429408     3  0.9349    0.03555 0.148 0.252 0.428 0.172
#> SRR1433950     1  0.4679    0.44241 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1362081     2  0.5467    0.57935 0.000 0.612 0.364 0.024
#> SRR1409854     1  0.8676   -0.22543 0.428 0.048 0.308 0.216
#> SRR1435229     3  0.9585   -0.20166 0.220 0.136 0.364 0.280
#> SRR1085996     1  0.4679    0.44219 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1414229     4  0.9277    0.40225 0.172 0.176 0.196 0.456
#> SRR1400974     3  0.1059    0.63393 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1399971     1  0.4624    0.44723 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR613927      3  0.4241    0.65375 0.124 0.012 0.828 0.036
#> SRR1457854     1  0.4933    0.46247 0.688 0.000 0.016 0.296
#> SRR1473714     1  0.6401    0.14573 0.572 0.056 0.008 0.364
#> SRR813776      4  0.8618    0.35235 0.316 0.028 0.312 0.344
#> SRR808196      1  0.3850    0.36132 0.848 0.008 0.112 0.032
#> SRR1101085     1  0.3706    0.37294 0.848 0.040 0.000 0.112
#> SRR614395      1  0.7997   -0.16690 0.432 0.028 0.144 0.396
#> SRR1478251     1  0.0804    0.45607 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1370551     2  0.6005    0.40127 0.000 0.500 0.460 0.040
#> SRR1362310     1  0.4991    0.44288 0.672 0.004 0.008 0.316
#> SRR665310      3  0.3994    0.65505 0.088 0.008 0.848 0.056
#> SRR1420109     3  0.6039    0.61278 0.116 0.028 0.732 0.124
#> SRR1330920     4  0.8241    0.28468 0.392 0.028 0.180 0.400
#> SRR1419539     3  0.2820    0.61165 0.008 0.068 0.904 0.020
#> SRR1359447     2  0.6014    0.53399 0.000 0.588 0.360 0.052
#> SRR1347259     1  0.4070    0.37584 0.824 0.044 0.000 0.132
#> SRR613915      3  0.4602    0.64755 0.120 0.012 0.812 0.056
#> SRR1384395     3  0.2060    0.61889 0.000 0.052 0.932 0.016
#> SRR821715      3  0.2896    0.66316 0.056 0.008 0.904 0.032
#> SRR1478228     1  0.4897    0.44018 0.668 0.004 0.004 0.324
#> SRR1445637     1  0.6606    0.34568 0.636 0.008 0.112 0.244
#> SRR608150      4  0.8042    0.47160 0.348 0.124 0.044 0.484
#> SRR1096383     3  0.7090    0.17310 0.384 0.012 0.512 0.092
#> SRR1341480     1  0.5221    0.23235 0.732 0.060 0.000 0.208
#> SRR1341344     1  0.5355    0.36173 0.620 0.020 0.000 0.360
#> SRR1326270     3  0.1911    0.66027 0.032 0.004 0.944 0.020
#> SRR1498838     3  0.1762    0.65067 0.020 0.016 0.952 0.012
#> SRR1416313     3  0.1962    0.65594 0.024 0.008 0.944 0.024
#> SRR808566      1  0.9669   -0.32269 0.336 0.276 0.136 0.252
#> SRR1430270     1  0.1059    0.45384 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1367825     3  0.1059    0.63393 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR613533      3  0.8339    0.21405 0.056 0.272 0.508 0.164
#> SRR661267      3  0.7413    0.16268 0.376 0.024 0.504 0.096
#> SRR810665      2  0.4779    0.73237 0.004 0.756 0.212 0.028
#> SRR1407250     4  0.8801    0.52015 0.276 0.112 0.132 0.480
#> SRR1420067     1  0.8131    0.03820 0.540 0.052 0.164 0.244
#> SRR1473632     1  0.4955    0.43716 0.648 0.008 0.000 0.344
#> SRR812536      3  0.2660    0.64803 0.024 0.048 0.916 0.012
#> SRR1370850     2  0.6797    0.71236 0.036 0.660 0.212 0.092
#> SRR1486195     2  0.5453    0.54656 0.000 0.592 0.388 0.020
#> SRR1407671     3  0.9844   -0.15100 0.268 0.224 0.324 0.184
#> SRR1446375     3  0.9171    0.15884 0.248 0.120 0.448 0.184
#> SRR1465230     1  0.1509    0.44979 0.960 0.008 0.020 0.012
#> SRR614119      3  0.7516   -0.02522 0.420 0.020 0.452 0.108
#> SRR1356101     3  0.4855    0.31770 0.000 0.268 0.712 0.020
#> SRR1404209     1  0.7755    0.09936 0.552 0.024 0.216 0.208
#> SRR1392676     2  0.2466    0.72225 0.000 0.900 0.096 0.004
#> SRR665538      3  0.7040    0.18089 0.384 0.012 0.516 0.088
#> SRR660510      3  0.1394    0.64860 0.012 0.008 0.964 0.016
#> SRR1445655     1  0.3726    0.39382 0.860 0.040 0.008 0.092
#> SRR658953      4  0.8273    0.29308 0.216 0.292 0.028 0.464
#> SRR2166459     1  0.6596    0.34385 0.612 0.004 0.104 0.280
#> SRR1070713     2  0.9081    0.36047 0.128 0.452 0.148 0.272
#> SRR1485312     3  0.0967    0.64161 0.004 0.016 0.976 0.004
#> SRR1317631     3  0.6682    0.23933 0.400 0.020 0.532 0.048
#> SRR1488610     1  0.5284    0.39480 0.616 0.016 0.000 0.368
#> SRR1330588     3  0.8008    0.13853 0.228 0.024 0.512 0.236
#> SRR1316367     4  0.6222    0.20100 0.412 0.056 0.000 0.532
#> SRR1433926     1  0.4713    0.43795 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1091302     1  0.3442    0.42203 0.880 0.040 0.012 0.068
#> SRR818263      4  0.8597    0.34364 0.340 0.028 0.284 0.348
#> SRR1404909     1  0.6683    0.06087 0.620 0.176 0.000 0.204
#> SRR663076      1  0.6327    0.33475 0.652 0.000 0.132 0.216
#> SRR1323577     2  0.7142    0.70591 0.044 0.640 0.208 0.108
#> SRR1442422     1  0.1509    0.44979 0.960 0.008 0.020 0.012
#> SRR1465893     1  0.5012    0.44916 0.668 0.004 0.008 0.320
#> SRR654862      4  0.7623    0.22701 0.436 0.036 0.088 0.440
#> SRR1407112     1  0.3383    0.38173 0.872 0.012 0.100 0.016
#> SRR1332969     3  0.3993    0.65414 0.092 0.004 0.844 0.060
#> SRR1353199     3  0.2927    0.66313 0.068 0.008 0.900 0.024
#> SRR1378885     3  0.7337    0.37365 0.208 0.024 0.604 0.164
#> SRR665357      3  0.4456    0.54308 0.004 0.148 0.804 0.044
#> SRR662186      2  0.5848    0.57349 0.000 0.616 0.336 0.048
#> SRR1501020     3  0.4750    0.64042 0.092 0.008 0.804 0.096
#> SRR1347819     3  0.1762    0.64812 0.016 0.020 0.952 0.012
#> SRR1480813     2  0.5846    0.72691 0.016 0.708 0.216 0.060
#> SRR1472576     1  0.9263   -0.28845 0.404 0.256 0.096 0.244
#> SRR1431781     1  0.7825   -0.04381 0.616 0.108 0.128 0.148
#> SRR1452270     3  0.1690    0.64418 0.008 0.032 0.952 0.008
#> SRR1500472     3  0.9188    0.20355 0.220 0.128 0.456 0.196
#> SRR1417632     1  0.7799   -0.16626 0.420 0.308 0.000 0.272
#> SRR1350153     2  0.5322    0.64938 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR1458113     4  0.9492    0.34524 0.168 0.188 0.228 0.416
#> SRR1326579     1  0.6935   -0.21897 0.464 0.060 0.020 0.456
#> SRR1349363     1  0.8236   -0.11028 0.392 0.300 0.012 0.296
#> SRR1096712     3  0.1953    0.64696 0.012 0.032 0.944 0.012
#> SRR1090407     3  0.2549    0.66352 0.056 0.004 0.916 0.024
#> SRR1083752     2  0.7831    0.45598 0.056 0.468 0.396 0.080
#> SRR1377599     1  0.6056    0.10058 0.660 0.092 0.000 0.248
#> SRR1488449     3  0.3436    0.66173 0.080 0.008 0.876 0.036
#> SRR1318354     3  0.8274    0.17289 0.052 0.296 0.500 0.152
#> SRR1359062     3  0.1892    0.63526 0.004 0.036 0.944 0.016
#> SRR1398924     4  0.7701    0.34587 0.240 0.268 0.004 0.488
#> SRR663783      3  0.1593    0.63953 0.004 0.024 0.956 0.016
#> SRR1319204     3  0.7126   -0.03131 0.016 0.376 0.520 0.088
#> SRR1369070     2  0.2474    0.69420 0.008 0.920 0.056 0.016
#> SRR615659      1  0.4713    0.43795 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1337449     2  0.5334    0.72372 0.004 0.716 0.236 0.044
#> SRR1316982     3  0.4775    0.39767 0.000 0.232 0.740 0.028
#> SRR1498595     1  0.7844   -0.17249 0.404 0.308 0.000 0.288
#> SRR1377423     3  0.4843    0.64281 0.076 0.020 0.808 0.096
#> SRR1312310     2  0.5161    0.66041 0.000 0.676 0.300 0.024
#> SRR1485613     1  0.7349    0.20213 0.564 0.012 0.156 0.268
#> SRR1338426     3  0.4769    0.63285 0.036 0.076 0.820 0.068
#> SRR1353309     3  0.4968    0.63703 0.056 0.060 0.812 0.072
#> SRR658941      3  0.7404    0.18610 0.372 0.024 0.508 0.096
#> SRR1101643     1  0.4957    0.45629 0.668 0.012 0.000 0.320
#> SRR1401468     3  0.7520    0.11872 0.384 0.024 0.488 0.104
#> SRR1368874     2  0.4194    0.71308 0.000 0.764 0.228 0.008
#> SRR1324085     2  0.9980   -0.08120 0.248 0.276 0.224 0.252
#> SRR1363858     1  0.6269    0.14732 0.576 0.056 0.004 0.364
#> SRR819820      3  0.6099    0.60722 0.156 0.040 0.728 0.076
#> SRR1337342     1  0.8723   -0.21586 0.484 0.080 0.176 0.260
#> SRR655206      3  0.2820    0.61165 0.008 0.068 0.904 0.020
#> SRR1387013     2  0.7522    0.47965 0.108 0.612 0.060 0.220
#> SRR1317410     1  0.5012    0.43862 0.668 0.008 0.004 0.320
#> SRR608198      4  0.6934    0.23674 0.452 0.060 0.020 0.468
#> SRR1440161     2  0.5322    0.64938 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR1343741     2  0.2474    0.69420 0.008 0.920 0.056 0.016
#> SRR1381288     2  0.3401    0.73274 0.000 0.840 0.152 0.008
#> SRR1415379     1  0.1584    0.45917 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1099622     3  0.6201   -0.18826 0.004 0.420 0.532 0.044
#> SRR663197      3  0.2319    0.64877 0.016 0.028 0.932 0.024
#> SRR1394836     3  0.2820    0.61165 0.008 0.068 0.904 0.020
#> SRR661699      3  0.3544    0.66096 0.072 0.016 0.876 0.036
#> SRR813680      3  0.7460    0.15426 0.376 0.024 0.500 0.100
#> SRR1410678     1  0.4991    0.44288 0.672 0.004 0.008 0.316
#> SRR1378109     1  0.2131    0.44004 0.936 0.008 0.040 0.016
#> SRR1499174     1  0.7031    0.27276 0.572 0.016 0.096 0.316
#> SRR1311486     2  0.5334    0.72372 0.004 0.716 0.236 0.044
#> SRR1382851     2  0.9383    0.04022 0.236 0.360 0.100 0.304
#> SRR1433410     4  0.7715    0.45606 0.340 0.116 0.032 0.512
#> SRR661167      3  0.2261    0.66038 0.036 0.008 0.932 0.024
#> SRR1432518     3  0.8109    0.44445 0.128 0.104 0.584 0.184
#> SRR660462      3  0.1191    0.63613 0.004 0.024 0.968 0.004
#> SRR1374608     3  0.8357    0.12961 0.360 0.116 0.456 0.068
#> SRR657949      3  0.5133    0.63746 0.124 0.016 0.784 0.076
#> SRR1308882     1  0.2943    0.40660 0.892 0.032 0.000 0.076
#> SRR655768      3  0.8236   -0.13014 0.380 0.028 0.412 0.180
#> SRR1485870     1  0.7313    0.01762 0.544 0.148 0.008 0.300
#> SRR1444138     3  0.8524   -0.13064 0.356 0.040 0.408 0.196
#> SRR1417342     1  0.5488    0.26537 0.692 0.028 0.012 0.268
#> SRR1470193     1  0.2845    0.44258 0.912 0.028 0.032 0.028
#> SRR1091380     3  0.6099    0.60722 0.156 0.040 0.728 0.076
#> SRR1099096     1  0.4991    0.44810 0.672 0.004 0.008 0.316
#> SRR1313583     1  0.1174    0.45852 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1467102     3  0.2542    0.60725 0.000 0.084 0.904 0.012
#> SRR1485416     1  0.5184    0.23671 0.736 0.060 0.000 0.204
#> SRR818821      3  0.8339    0.21405 0.056 0.272 0.508 0.164
#> SRR809963      1  0.7997   -0.16690 0.432 0.028 0.144 0.396
#> SRR1072247     1  0.5306    0.44029 0.664 0.004 0.020 0.312
#> SRR1353710     1  0.2111    0.44834 0.932 0.024 0.000 0.044
#> SRR1445259     3  0.8451    0.19154 0.060 0.276 0.496 0.168
#> SRR1408393     3  0.6904    0.39437 0.264 0.012 0.608 0.116
#> SRR1361522     1  0.4713    0.43795 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1368597     1  0.5947    0.41032 0.616 0.004 0.044 0.336
#> SRR1309680     2  0.6031    0.70996 0.056 0.744 0.124 0.076
#> SRR1310542     3  0.1151    0.63624 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1333485     1  0.3037    0.40559 0.888 0.036 0.000 0.076
#> SRR1406437     3  0.8914    0.25215 0.152 0.188 0.504 0.156
#> SRR1354931     3  0.1796    0.65969 0.032 0.004 0.948 0.016
#> SRR1391856     3  0.5142    0.47634 0.008 0.168 0.764 0.060
#> SRR1446738     2  0.9271    0.38968 0.104 0.416 0.240 0.240
#> SRR1309032     3  0.5696   -0.31720 0.000 0.484 0.492 0.024
#> SRR1388145     2  0.5047    0.73270 0.004 0.744 0.212 0.040
#> SRR1432611     2  0.5306    0.60785 0.000 0.632 0.348 0.020
#> SRR815869      3  0.1174    0.63268 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR613150      3  0.1339    0.64223 0.004 0.024 0.964 0.008
#> SRR1375329     3  0.9614   -0.21449 0.220 0.136 0.344 0.300
#> SRR1387921     1  0.4406    0.46754 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1466792     2  0.5436    0.59006 0.000 0.620 0.356 0.024
#> SRR1360478     2  0.5322    0.64938 0.000 0.660 0.312 0.028
#> SRR1360695     1  0.6885    0.17874 0.620 0.008 0.220 0.152
#> SRR812943      1  0.5614    0.36022 0.592 0.020 0.004 0.384
#> SRR1400910     2  0.8680    0.38730 0.140 0.504 0.104 0.252
#> SRR1444203     1  0.2245    0.43904 0.932 0.008 0.040 0.020
#> SRR816177      2  0.7160    0.70465 0.044 0.640 0.204 0.112
#> SRR658754      3  0.1617    0.64621 0.012 0.024 0.956 0.008
#> SRR1429603     1  0.4070    0.37584 0.824 0.044 0.000 0.132
#> SRR1397366     3  0.3245    0.66212 0.080 0.008 0.884 0.028
#> SRR1446028     1  0.5154    0.43667 0.660 0.004 0.012 0.324
#> SRR1083918     2  0.9334    0.28406 0.204 0.444 0.156 0.196
#> SRR1337606     4  0.7850    0.36063 0.396 0.136 0.024 0.444
#> SRR659109      3  0.1247    0.64412 0.004 0.016 0.968 0.012
#> SRR1337192     1  0.5355    0.36173 0.620 0.020 0.000 0.360
#> SRR656946      3  0.8416    0.02191 0.320 0.036 0.444 0.200
#> SRR1476102     1  0.4643    0.43290 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR1476447     1  0.5143    0.37458 0.628 0.012 0.000 0.360
#> SRR1342067     1  0.3706    0.37294 0.848 0.040 0.000 0.112
#> SRR1385389     1  0.1471    0.45111 0.960 0.012 0.004 0.024
#> SRR1075971     1  0.5427    0.21607 0.544 0.008 0.004 0.444
#> SRR614419      4  0.6125    0.12725 0.436 0.048 0.000 0.516
#> SRR1322936     4  0.7811    0.39988 0.384 0.124 0.028 0.464
#> SRR1349121     3  0.7857   -0.06792 0.408 0.024 0.432 0.136
#> SRR1430549     1  0.4781    0.43553 0.660 0.004 0.000 0.336
#> SRR612935      3  0.7959    0.26443 0.044 0.272 0.540 0.144
#> SRR661481      2  0.5625    0.72934 0.012 0.720 0.212 0.056
#> SRR1354117     2  0.5985    0.54433 0.000 0.596 0.352 0.052
#> SRR1393596     1  0.4984    0.31229 0.772 0.064 0.004 0.160
#> SRR1452164     1  0.6943    0.30248 0.584 0.016 0.092 0.308
#> SRR1070503     4  0.8622    0.34885 0.312 0.028 0.328 0.332
#> SRR1499894     3  0.1114    0.64902 0.008 0.004 0.972 0.016
#> SRR1082883     4  0.8100    0.47466 0.344 0.124 0.048 0.484
#> SRR1468271     1  0.7705    0.00968 0.536 0.016 0.248 0.200
#> SRR1332443     1  0.4624    0.43809 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR810295      2  0.5184    0.65604 0.000 0.672 0.304 0.024
#> SRR662103      1  0.4713    0.43795 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1328620     3  0.8274    0.17289 0.052 0.296 0.500 0.152
#> SRR1396294     3  0.6682    0.23933 0.400 0.020 0.532 0.048
#> SRR1419917     1  0.4713    0.43795 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR662114      3  0.5316    0.61806 0.056 0.068 0.792 0.084
#> SRR1489199     3  0.8851   -0.11721 0.316 0.060 0.412 0.212
#> SRR813584      3  0.9349    0.03555 0.148 0.252 0.428 0.172
#> SRR1069638     4  0.8678    0.40187 0.344 0.052 0.192 0.412
#> SRR614864      3  0.3135    0.66236 0.044 0.012 0.896 0.048
#> SRR1433392     4  0.8306    0.29702 0.388 0.028 0.192 0.392
#> SRR1377777     2  0.4331    0.63006 0.040 0.832 0.020 0.108
#> SRR2167710     3  0.8416    0.02191 0.320 0.036 0.444 0.200
#> SRR1401252     1  0.4203    0.35486 0.824 0.068 0.000 0.108
#> SRR1309963     1  0.2716    0.42110 0.908 0.012 0.068 0.012
#> SRR1338031     1  0.4936    0.44823 0.652 0.000 0.008 0.340
#> SRR1418628     2  0.5161    0.66041 0.000 0.676 0.300 0.024
#> SRR1486889     1  0.7754    0.09366 0.552 0.024 0.220 0.204
#> SRR1380393     1  0.4933    0.46247 0.688 0.000 0.016 0.296
#> SRR1319731     1  0.4917    0.43963 0.664 0.004 0.004 0.328
#> SRR1356468     1  0.4328    0.28158 0.804 0.008 0.164 0.024
#> SRR1337010     2  0.4663    0.73682 0.000 0.788 0.148 0.064
#> SRR1486520     1  0.6936   -0.12198 0.476 0.040 0.036 0.448
#> SRR1486538     1  0.2741    0.41957 0.892 0.012 0.000 0.096
#> SRR1340486     1  0.3383    0.38173 0.872 0.012 0.100 0.016
#> SRR1377696     1  0.7799   -0.16626 0.420 0.308 0.000 0.272
#> SRR1465459     3  0.8601   -0.40653 0.292 0.028 0.356 0.324
#> SRR1080270     3  0.1284    0.63913 0.000 0.024 0.964 0.012
#> SRR1312501     3  0.6539    0.59187 0.112 0.052 0.708 0.128
#> SRR1093148     3  0.8795    0.29595 0.124 0.136 0.500 0.240
#> SRR1467080     3  0.1004    0.63376 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR1410866     2  0.5272    0.66940 0.000 0.680 0.288 0.032
#> SRR816475      2  0.9974   -0.08195 0.248 0.280 0.220 0.252
#> SRR1379198     1  0.0804    0.45607 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR613342      3  0.5389    0.60133 0.044 0.120 0.780 0.056
#> SRR1452246     2  0.3892    0.65571 0.024 0.852 0.020 0.104
#> SRR1338836     2  0.3494    0.72985 0.000 0.824 0.172 0.004
#> SRR1369129     1  0.1059    0.45384 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1396616     3  0.3849    0.65907 0.072 0.012 0.860 0.056
#> SRR813824      3  0.1509    0.65058 0.012 0.008 0.960 0.020
#> SRR1082376     1  0.7005    0.03437 0.492 0.024 0.060 0.424
#> SRR1500891     1  0.3279    0.39575 0.872 0.032 0.000 0.096
#> SRR807543      4  0.8263    0.28890 0.392 0.028 0.184 0.396
#> SRR1091572     4  0.9090    0.43624 0.308 0.108 0.160 0.424
#> SRR1346689     1  0.2023    0.45047 0.940 0.028 0.004 0.028
#> SRR1332424     4  0.7715    0.45606 0.340 0.116 0.032 0.512
#> SRR663729      1  0.5147    0.24208 0.740 0.060 0.000 0.200
#> SRR1097013     1  0.6596    0.34385 0.612 0.004 0.104 0.280
#> SRR613675      4  0.7811    0.39988 0.384 0.124 0.028 0.464
#> SRR1485357     1  0.3564    0.36412 0.860 0.012 0.112 0.016
#> SRR655816      3  0.2982    0.66054 0.068 0.004 0.896 0.032
#> SRR1500113     1  0.5949    0.41779 0.668 0.004 0.068 0.260
#> SRR1437622     1  0.9523   -0.30464 0.352 0.300 0.120 0.228
#> SRR1355172     3  0.7081    0.18380 0.380 0.012 0.516 0.092
#> SRR655531      4  0.6906    0.20320 0.432 0.048 0.028 0.492
#> SRR1338147     3  0.5007    0.64379 0.100 0.024 0.800 0.076
#> SRR1413329     3  0.8328    0.26531 0.260 0.068 0.524 0.148
#> SRR1485931     2  0.4805    0.57518 0.052 0.780 0.004 0.164
#> SRR1420873     1  0.6968    0.27266 0.596 0.008 0.132 0.264
#> SRR1333308     1  0.3877    0.40334 0.852 0.044 0.008 0.096
#> SRR1452033     1  0.7290    0.23783 0.588 0.020 0.136 0.256
#> SRR1467316     2  0.4505    0.61684 0.048 0.820 0.016 0.116
#> SRR809018      3  0.1059    0.63393 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1375351     2  0.5161    0.66041 0.000 0.676 0.300 0.024
#> SRR663440      3  0.6709    0.52663 0.152 0.032 0.680 0.136
#> SRR1471755     2  0.5812    0.72763 0.016 0.712 0.212 0.060
#> SRR808019      3  0.7413    0.17575 0.376 0.024 0.504 0.096
#> SRR1479133     3  0.2613    0.66430 0.052 0.008 0.916 0.024
#> SRR615069      3  0.8480    0.34451 0.124 0.104 0.528 0.244
#> SRR1456185     2  0.8955    0.48272 0.152 0.476 0.252 0.120
#> SRR1350069     3  0.6682    0.23933 0.400 0.020 0.532 0.048
#> SRR816316      1  0.7965   -0.14860 0.436 0.028 0.140 0.396
#> SRR664795      3  0.7460    0.15426 0.376 0.024 0.500 0.100
#> SRR1490721     1  0.6352    0.05680 0.632 0.108 0.000 0.260
#> SRR810643      1  0.4761    0.43776 0.664 0.004 0.000 0.332
#> SRR1430333     4  0.9686    0.44020 0.272 0.136 0.264 0.328
#> SRR1085285     3  0.2613    0.66430 0.052 0.008 0.916 0.024
#> SRR1099072     3  0.3994    0.65505 0.088 0.008 0.848 0.056
#> SRR1317985     1  0.5250    0.44241 0.640 0.004 0.012 0.344
#> SRR1487340     1  0.5170    0.43814 0.660 0.008 0.008 0.324
#> SRR1420276     3  0.2060    0.61889 0.000 0.052 0.932 0.016
#> SRR1351347     3  0.5159    0.62886 0.056 0.056 0.800 0.088
#> SRR1405525     1  0.5298    0.38864 0.612 0.016 0.000 0.372
#> SRR1370329     1  0.4564    0.44330 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1465001     1  0.4917    0.43963 0.664 0.004 0.004 0.328
#> SRR1476525     2  0.5118    0.72935 0.004 0.736 0.220 0.040
#> SRR819610      2  0.8955    0.48272 0.152 0.476 0.252 0.120
#> SRR2157314     1  0.5360    0.44111 0.660 0.008 0.016 0.316
#> SRR1409465     2  0.3448    0.73054 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR809987      1  0.1584    0.45663 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR613639      3  0.4579    0.64933 0.124 0.012 0.812 0.052
#> SRR1402285     1  0.1114    0.45374 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR1077038     1  0.8030   -0.20416 0.424 0.028 0.148 0.400
#> SRR1405660     3  0.1690    0.64418 0.008 0.032 0.952 0.008
#> SRR1095455     3  0.8468    0.17954 0.060 0.280 0.492 0.168
#> SRR1394734     2  0.9334    0.28406 0.204 0.444 0.156 0.196
#> SRR1317771     1  0.7755    0.09936 0.552 0.024 0.216 0.208
#> SRR1365894     1  0.7021    0.03876 0.588 0.160 0.004 0.248
#> SRR1073581     3  0.7857   -0.06792 0.408 0.024 0.432 0.136
#> SRR659804      1  0.5360    0.44111 0.660 0.008 0.016 0.316
#> SRR1345914     2  0.6807    0.70986 0.032 0.652 0.224 0.092
#> SRR1432186     2  0.5937    0.73378 0.024 0.720 0.188 0.068
#> SRR1473529     1  0.7844   -0.17249 0.404 0.308 0.000 0.288
#> SRR660764      3  0.6871    0.37488 0.024 0.228 0.640 0.108
#> SRR820448      1  0.7997   -0.16690 0.432 0.028 0.144 0.396
#> SRR1328845     3  0.6682    0.23933 0.400 0.020 0.532 0.048
#> SRR1336415     1  0.1114    0.45374 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR1379065     1  0.3215    0.39781 0.876 0.032 0.000 0.092
#> SRR1459190     3  0.6806    0.41772 0.256 0.012 0.620 0.112
#> SRR1346773     1  0.4720    0.44450 0.672 0.004 0.000 0.324
#> SRR1499521     3  0.7378    0.15806 0.380 0.020 0.500 0.100
#> SRR1440898     2  0.5019    0.73620 0.004 0.752 0.200 0.044
#> SRR1347459     3  0.4583    0.63296 0.048 0.068 0.832 0.052
#> SRR1081209     2  0.4382    0.69233 0.032 0.840 0.072 0.056
#> SRR1400202     1  0.4564    0.44330 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1333395     1  0.7119    0.06971 0.576 0.140 0.008 0.276
#> SRR1309248     1  0.7222   -0.01039 0.560 0.172 0.004 0.264
#> SRR809161      3  0.3240    0.66337 0.056 0.016 0.892 0.036
#> SRR1316320     1  0.7418   -0.14300 0.500 0.160 0.004 0.336
#> SRR1432629     2  0.5034    0.68235 0.032 0.800 0.060 0.108
#> SRR1498931     1  0.5018    0.44506 0.656 0.000 0.012 0.332
#> SRR1416578     1  0.1584    0.45917 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR1405547     3  0.1059    0.63393 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1470534     1  0.0804    0.45607 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR1380764     1  0.6023    0.40674 0.636 0.008 0.048 0.308
#> SRR1309160     3  0.1394    0.65293 0.012 0.008 0.964 0.016
#> SRR663489      3  0.1059    0.63393 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1500450     1  0.6214    0.30518 0.684 0.004 0.152 0.160
#> SRR1078489     3  0.9470   -0.15724 0.180 0.140 0.380 0.300
#> SRR1332648     1  0.1262    0.45177 0.968 0.008 0.016 0.008
#> SRR660614      3  0.7126   -0.03131 0.016 0.376 0.520 0.088
#> SRR1470420     3  0.5696   -0.30399 0.000 0.480 0.496 0.024
#> SRR1475566     1  0.4564    0.44330 0.672 0.000 0.000 0.328
#> SRR1477949     1  0.4543    0.45266 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1481419     2  0.5950    0.73294 0.020 0.712 0.200 0.068
#> SRR1464766     1  0.5541    0.43093 0.656 0.008 0.024 0.312
#> SRR615946      3  0.1962    0.65594 0.024 0.008 0.944 0.024
#> SRR1446481     2  0.5269    0.72656 0.004 0.724 0.228 0.044
#> SRR1467656     2  0.3626    0.72841 0.000 0.812 0.184 0.004
#> SRR1402962     4  0.7518    0.32719 0.420 0.052 0.060 0.468
#> SRR660224      2  0.5638    0.72246 0.008 0.708 0.228 0.056
#> SRR665586      1  0.4776    0.42610 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1347166     4  0.9238    0.49019 0.324 0.124 0.156 0.396
#> SRR1485722     4  0.8801    0.52015 0.276 0.112 0.132 0.480
#> SRR1415316     1  0.4543    0.45746 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR613390      1  0.4866    0.38856 0.596 0.000 0.000 0.404
#> SRR661108      3  0.1509    0.64729 0.008 0.020 0.960 0.012
#> SRR2170173     3  0.8477    0.02732 0.316 0.040 0.444 0.200
#> SRR817329      1  0.5577    0.43064 0.636 0.000 0.036 0.328
#> SRR1401990     1  0.5751    0.16078 0.708 0.020 0.228 0.044
#> SRR1467745     2  0.9924    0.03723 0.220 0.312 0.224 0.244
#> SRR1471795     2  0.6988    0.71201 0.060 0.664 0.188 0.088
#> SRR1415637     2  0.2466    0.72225 0.000 0.900 0.096 0.004
#> SRR813137      1  0.6757    0.32103 0.564 0.008 0.084 0.344
#> SRR1314873     1  0.4624    0.45198 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1401211     1  0.6885    0.17874 0.620 0.008 0.220 0.152
#> SRR1419692     1  0.1917    0.44115 0.944 0.008 0.036 0.012
#> SRR818797      3  0.6386    0.50530 0.188 0.016 0.684 0.112
#> SRR2164608     3  0.5517    0.62702 0.124 0.044 0.772 0.060
#> SRR1455586     3  0.4711    0.38910 0.000 0.236 0.740 0.024
#> SRR819459      3  0.1339    0.64223 0.004 0.024 0.964 0.008
#> SRR1488939     2  0.4505    0.61684 0.048 0.820 0.016 0.116
#> SRR1433232     2  0.2780    0.65323 0.024 0.912 0.016 0.048
#> SRR1385501     1  0.8026   -0.19405 0.432 0.028 0.148 0.392
#> SRR1361652     4  0.8315    0.33186 0.232 0.280 0.028 0.460
#> SRR1437119     1  0.4624    0.44723 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1478547     3  0.0937    0.63521 0.000 0.012 0.976 0.012
#> SRR1430910     3  0.9462   -0.07716 0.196 0.136 0.396 0.272
#> SRR1310584     1  0.4741    0.43676 0.668 0.004 0.000 0.328
#> SRR1500216     1  0.6251    0.16831 0.564 0.052 0.004 0.380
#> SRR1486762     3  0.5344    0.62946 0.096 0.016 0.772 0.116
#> SRR1480854     1  0.6056    0.10058 0.660 0.092 0.000 0.248
#> SRR1489394     1  0.1174    0.45852 0.968 0.012 0.000 0.020
#> SRR1418085     1  0.1362    0.45189 0.964 0.004 0.020 0.012
#> SRR1340221     1  0.1059    0.45384 0.972 0.012 0.000 0.016
#> SRR1473058     2  0.9974   -0.08195 0.248 0.280 0.220 0.252
#> SRR1405165     3  0.5001    0.62377 0.048 0.056 0.808 0.088
#> SRR1433004     1  0.5039    0.38683 0.592 0.000 0.004 0.404
#> SRR1471477     1  0.7011    0.15664 0.604 0.008 0.232 0.156
#> SRR1098567     2  0.6291    0.61279 0.008 0.588 0.352 0.052
#> SRR1098712     3  0.6682    0.23933 0.400 0.020 0.532 0.048
#> SRR1455038     1  0.5151    0.24763 0.532 0.004 0.000 0.464
#> SRR1375248     3  0.4642    0.37869 0.000 0.240 0.740 0.020
#> SRR1403005     3  0.3182    0.66286 0.064 0.012 0.892 0.032
#> SRR1348378     2  0.7704    0.46451 0.048 0.476 0.396 0.080
#> SRR1413541     1  0.4697    0.43995 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1392943     1  0.5240    0.24891 0.748 0.052 0.008 0.192
#> SRR1475192     3  0.1739    0.64685 0.008 0.024 0.952 0.016
#> SRR1432085     3  0.6140   -0.03197 0.008 0.372 0.580 0.040
#> SRR1452468     4  0.9658    0.44814 0.300 0.136 0.236 0.328
#> SRR1347060     3  0.1174    0.63707 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1414139     3  0.6004    0.10317 0.008 0.336 0.616 0.040
#> SRR1447962     3  0.5964   -0.19630 0.000 0.424 0.536 0.040
#> SRR1444324     2  0.5781    0.31108 0.000 0.492 0.480 0.028
#> SRR1415004     1  0.4844    0.46414 0.688 0.000 0.012 0.300
#> SRR1413436     1  0.7755    0.09936 0.552 0.024 0.216 0.208
#> SRR1311266     3  0.9285   -0.26813 0.300 0.084 0.356 0.260
#> SRR1343302     1  0.2010    0.43974 0.940 0.008 0.040 0.012
#> SRR1373746     1  0.4781    0.43553 0.660 0.004 0.000 0.336
#> SRR1429678     1  0.5360    0.43449 0.660 0.016 0.008 0.316
#> SRR1469413     3  0.6258   -0.20570 0.008 0.420 0.532 0.040
#> SRR1405331     4  0.8241    0.28468 0.392 0.028 0.180 0.400
#> SRR1345609     1  0.4406    0.46379 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1380208     1  0.9086   -0.35444 0.352 0.240 0.068 0.340
#> SRR1322840     1  0.3015    0.40049 0.884 0.024 0.000 0.092
#> SRR1399797     3  0.2319    0.64877 0.016 0.028 0.932 0.024
#> SRR1416654     3  0.3050    0.66256 0.044 0.012 0.900 0.044
#> SRR1315081     3  0.1388    0.62899 0.000 0.028 0.960 0.012
#> SRR1369196     3  0.1118    0.63255 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1400847     1  0.5541    0.43093 0.656 0.008 0.024 0.312
#> SRR1365291     3  0.8008    0.13853 0.228 0.024 0.512 0.236
#> SRR1367920     1  0.6056    0.10058 0.660 0.092 0.000 0.248
#> SRR1366648     3  0.1174    0.63268 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1441679     2  0.3583    0.72885 0.000 0.816 0.180 0.004
#> SRR1082173     3  0.5517    0.62702 0.124 0.044 0.772 0.060
#> SRR1363968     1  0.6929    0.24137 0.620 0.008 0.180 0.192
#> SRR814387      1  0.4761    0.43776 0.664 0.004 0.000 0.332
#> SRR657599      3  0.7451    0.18088 0.372 0.024 0.504 0.100
#> SRR1386689     1  0.3383    0.38173 0.872 0.012 0.100 0.016
#> SRR1395575     3  0.2165    0.66024 0.032 0.008 0.936 0.024
#> SRR1453811     3  0.5317    0.62680 0.128 0.016 0.772 0.084
#> SRR1441159     1  0.5125    0.36897 0.604 0.008 0.000 0.388
#> SRR1403154     1  0.2010    0.43974 0.940 0.008 0.040 0.012
#> SRR1468722     3  0.1247    0.63717 0.004 0.016 0.968 0.012
#> SRR1310275     3  0.8031    0.12445 0.232 0.024 0.508 0.236

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     3  0.7953     0.2571 0.296 0.012 0.452 0.108 0.132
#> SRR1331708     4  0.8063    -0.2171 0.212 0.092 0.004 0.396 0.296
#> SRR1464258     1  0.6614     0.4012 0.628 0.012 0.144 0.044 0.172
#> SRR1454201     1  0.7499    -0.1787 0.468 0.028 0.052 0.100 0.352
#> SRR661589      3  0.3787     0.6678 0.104 0.000 0.824 0.008 0.064
#> SRR1456229     1  0.4173     0.5661 0.784 0.004 0.000 0.064 0.148
#> SRR1315165     4  0.9117     0.2518 0.280 0.104 0.096 0.372 0.148
#> SRR1488960     1  0.2984     0.6204 0.860 0.000 0.000 0.108 0.032
#> SRR1417809     4  0.4696     0.6235 0.400 0.004 0.000 0.584 0.012
#> SRR1094457     4  0.5839     0.6215 0.392 0.012 0.020 0.544 0.032
#> SRR1095575     3  0.8159     0.1755 0.312 0.020 0.420 0.088 0.160
#> SRR1315931     1  0.6544     0.4114 0.636 0.012 0.140 0.044 0.168
#> SRR1430066     3  0.0992     0.6590 0.000 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR1431037     3  0.1299     0.6693 0.012 0.008 0.960 0.000 0.020
#> SRR1395554     3  0.1471     0.6630 0.004 0.020 0.952 0.000 0.024
#> SRR818002      2  0.5939     0.6317 0.024 0.700 0.136 0.028 0.112
#> SRR1344143     2  0.5766     0.3742 0.000 0.616 0.000 0.164 0.220
#> SRR1486845     4  0.5343     0.6467 0.368 0.008 0.000 0.580 0.044
#> SRR1362866     1  0.7876    -0.3245 0.416 0.032 0.040 0.164 0.348
#> SRR1490740     1  0.2158     0.6581 0.920 0.000 0.008 0.052 0.020
#> SRR1446627     2  0.2573     0.6678 0.000 0.880 0.104 0.000 0.016
#> SRR1456138     2  0.3872     0.5421 0.000 0.816 0.008 0.060 0.116
#> SRR1416248     1  0.2790     0.6465 0.880 0.000 0.000 0.068 0.052
#> SRR1383907     4  0.9147    -0.1302 0.192 0.136 0.060 0.360 0.252
#> SRR1311018     1  0.0703     0.6551 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1375699     4  0.8780    -0.1373 0.088 0.236 0.072 0.428 0.176
#> SRR1429846     3  0.5368     0.5694 0.188 0.004 0.700 0.012 0.096
#> SRR613550      3  0.3038     0.6769 0.080 0.000 0.872 0.008 0.040
#> SRR1348402     1  0.2663     0.6588 0.896 0.000 0.008 0.048 0.048
#> SRR1345146     4  0.7332     0.1473 0.168 0.108 0.004 0.560 0.160
#> SRR1324025     3  0.6090     0.5060 0.224 0.016 0.648 0.020 0.092
#> SRR1318879     3  0.6497     0.5979 0.080 0.072 0.680 0.040 0.128
#> SRR820755      1  0.7578     0.0970 0.456 0.012 0.296 0.040 0.196
#> SRR1485830     4  0.4383     0.6205 0.424 0.000 0.000 0.572 0.004
#> SRR599313      1  0.7268     0.0268 0.460 0.028 0.008 0.324 0.180
#> SRR612263      1  0.4877     0.5695 0.732 0.004 0.000 0.136 0.128
#> SRR1415398     3  0.2012     0.6770 0.060 0.000 0.920 0.000 0.020
#> SRR1326205     4  0.5573     0.6322 0.376 0.012 0.020 0.572 0.020
#> SRR1421327     4  0.7221     0.1960 0.164 0.060 0.000 0.508 0.268
#> SRR1083311     3  0.2067     0.6582 0.004 0.028 0.924 0.000 0.044
#> SRR1499303     4  0.7684     0.5512 0.296 0.092 0.040 0.504 0.068
#> SRR1079522     1  0.6798     0.1511 0.536 0.028 0.004 0.288 0.144
#> SRR1452935     3  0.7739     0.3908 0.120 0.072 0.544 0.044 0.220
#> SRR1379495     1  0.1904     0.6601 0.936 0.000 0.020 0.028 0.016
#> SRR1470459     2  0.5313     0.3375 0.000 0.504 0.452 0.004 0.040
#> SRR661361      3  0.3005     0.6788 0.052 0.012 0.884 0.004 0.048
#> SRR615778      5  0.9004     0.6173 0.260 0.076 0.116 0.152 0.396
#> SRR1447564     1  0.3193     0.6119 0.840 0.000 0.000 0.132 0.028
#> SRR1455195     1  0.7416    -0.1440 0.476 0.028 0.044 0.104 0.348
#> SRR655182      1  0.4823     0.5380 0.756 0.000 0.044 0.156 0.044
#> SRR1335140     4  0.7944    -0.1113 0.084 0.260 0.000 0.388 0.268
#> SRR1433555     3  0.2536     0.6582 0.004 0.044 0.900 0.000 0.052
#> SRR1308650     2  0.8430     0.3653 0.080 0.456 0.256 0.056 0.152
#> SRR1388354     1  0.3666     0.5654 0.824 0.000 0.012 0.132 0.032
#> SRR1317446     3  0.1310     0.6544 0.000 0.020 0.956 0.000 0.024
#> SRR1413602     3  0.3247     0.6630 0.012 0.052 0.864 0.000 0.072
#> SRR1479955     2  0.4962     0.4690 0.000 0.720 0.004 0.108 0.168
#> SRR809853      1  0.4049     0.5996 0.792 0.000 0.000 0.124 0.084
#> SRR661313      3  0.2569     0.6769 0.068 0.000 0.896 0.004 0.032
#> SRR1499935     4  0.7684     0.5512 0.296 0.092 0.040 0.504 0.068
#> SRR1447303     3  0.5952     0.5492 0.180 0.016 0.672 0.016 0.116
#> SRR1429408     3  0.8838    -0.0743 0.048 0.256 0.376 0.096 0.224
#> SRR1433950     1  0.2795     0.6422 0.872 0.000 0.000 0.100 0.028
#> SRR1362081     2  0.5008     0.5891 0.000 0.632 0.324 0.004 0.040
#> SRR1409854     1  0.8226     0.1312 0.436 0.024 0.292 0.100 0.148
#> SRR1435229     3  0.9138    -0.2705 0.192 0.096 0.336 0.080 0.296
#> SRR1085996     1  0.2653     0.6414 0.880 0.000 0.000 0.096 0.024
#> SRR1414229     5  0.8255     0.5353 0.140 0.148 0.128 0.060 0.524
#> SRR1400974     3  0.1331     0.6543 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1399971     1  0.0963     0.6554 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR613927      3  0.4036     0.6686 0.108 0.000 0.816 0.024 0.052
#> SRR1457854     1  0.3666     0.5654 0.824 0.000 0.012 0.132 0.032
#> SRR1473714     1  0.7422    -0.0806 0.416 0.028 0.012 0.364 0.180
#> SRR813776      1  0.7578     0.0970 0.456 0.012 0.296 0.040 0.196
#> SRR808196      4  0.7053     0.5072 0.356 0.008 0.096 0.488 0.052
#> SRR1101085     4  0.5497     0.6203 0.328 0.012 0.000 0.604 0.056
#> SRR614395      1  0.6614     0.4012 0.628 0.012 0.144 0.044 0.172
#> SRR1478251     4  0.4219     0.6260 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1370551     2  0.5359     0.4427 0.000 0.532 0.412 0.000 0.056
#> SRR1362310     1  0.1498     0.6580 0.952 0.000 0.008 0.024 0.016
#> SRR665310      3  0.3735     0.6681 0.100 0.000 0.828 0.008 0.064
#> SRR1420109     3  0.5585     0.6225 0.136 0.016 0.720 0.024 0.104
#> SRR1330920     1  0.7011     0.3080 0.572 0.012 0.172 0.040 0.204
#> SRR1419539     3  0.3244     0.6223 0.004 0.068 0.864 0.004 0.060
#> SRR1359447     2  0.6335     0.5091 0.000 0.552 0.312 0.020 0.116
#> SRR1347259     4  0.5360     0.6128 0.296 0.012 0.000 0.636 0.056
#> SRR613915      3  0.4020     0.6662 0.128 0.008 0.812 0.008 0.044
#> SRR1384395     3  0.2522     0.6337 0.000 0.052 0.896 0.000 0.052
#> SRR821715      3  0.2519     0.6765 0.060 0.000 0.900 0.004 0.036
#> SRR1478228     1  0.2464     0.6517 0.904 0.000 0.004 0.048 0.044
#> SRR1445637     1  0.6068     0.4999 0.672 0.000 0.108 0.152 0.068
#> SRR608150      5  0.7908     0.6382 0.272 0.072 0.020 0.164 0.472
#> SRR1096383     3  0.7653     0.2907 0.284 0.004 0.480 0.116 0.116
#> SRR1341480     4  0.6654     0.4160 0.220 0.024 0.000 0.556 0.200
#> SRR1341344     1  0.4577     0.5464 0.748 0.000 0.000 0.144 0.108
#> SRR1326270     3  0.1822     0.6764 0.036 0.000 0.936 0.004 0.024
#> SRR1498838     3  0.1314     0.6681 0.012 0.012 0.960 0.000 0.016
#> SRR1416313     3  0.2109     0.6735 0.016 0.012 0.928 0.004 0.040
#> SRR808566      2  0.9588    -0.3006 0.152 0.284 0.092 0.216 0.256
#> SRR1430270     4  0.4350     0.6317 0.408 0.000 0.000 0.588 0.004
#> SRR1367825     3  0.1331     0.6543 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR613533      3  0.7807     0.2340 0.068 0.236 0.460 0.008 0.228
#> SRR661267      3  0.7938     0.2809 0.280 0.012 0.464 0.108 0.136
#> SRR810665      2  0.3804     0.6831 0.000 0.796 0.160 0.000 0.044
#> SRR1407250     5  0.8478     0.6216 0.264 0.076 0.092 0.108 0.460
#> SRR1420067     1  0.7762     0.3718 0.544 0.020 0.148 0.132 0.156
#> SRR1473632     1  0.4049     0.5996 0.792 0.000 0.000 0.124 0.084
#> SRR812536      3  0.2684     0.6659 0.024 0.044 0.900 0.000 0.032
#> SRR1370850     2  0.5724     0.6382 0.004 0.692 0.156 0.028 0.120
#> SRR1486195     2  0.5030     0.5630 0.000 0.612 0.348 0.004 0.036
#> SRR1407671     3  0.9652    -0.3256 0.088 0.228 0.280 0.196 0.208
#> SRR1446375     3  0.8924     0.1627 0.244 0.104 0.400 0.064 0.188
#> SRR1465230     4  0.5250     0.6306 0.400 0.008 0.008 0.564 0.020
#> SRR614119      3  0.7998     0.1366 0.332 0.008 0.412 0.116 0.132
#> SRR1356101     3  0.4657     0.2949 0.000 0.296 0.668 0.000 0.036
#> SRR1404209     1  0.7377     0.3790 0.560 0.012 0.204 0.136 0.088
#> SRR1392676     2  0.1943     0.6407 0.000 0.924 0.056 0.000 0.020
#> SRR665538      3  0.7708     0.2896 0.280 0.004 0.476 0.116 0.124
#> SRR660510      3  0.1363     0.6665 0.004 0.004 0.956 0.004 0.032
#> SRR1445655     4  0.5546     0.6412 0.344 0.016 0.004 0.596 0.040
#> SRR658953      5  0.8656     0.4946 0.188 0.192 0.016 0.212 0.392
#> SRR2166459     1  0.5939     0.4977 0.684 0.000 0.088 0.152 0.076
#> SRR1070713     2  0.8067     0.1716 0.044 0.456 0.096 0.088 0.316
#> SRR1485312     3  0.0992     0.6590 0.000 0.008 0.968 0.000 0.024
#> SRR1317631     3  0.7898     0.2906 0.192 0.008 0.492 0.192 0.116
#> SRR1488610     1  0.4262     0.6041 0.776 0.000 0.000 0.124 0.100
#> SRR1330588     3  0.7299     0.2665 0.288 0.016 0.508 0.036 0.152
#> SRR1316367     1  0.6910    -0.1085 0.492 0.028 0.000 0.168 0.312
#> SRR1433926     1  0.2585     0.6502 0.896 0.000 0.004 0.064 0.036
#> SRR1091302     4  0.5771     0.6407 0.364 0.020 0.012 0.572 0.032
#> SRR818263      1  0.7466     0.1484 0.488 0.012 0.268 0.040 0.192
#> SRR1404909     4  0.7427     0.3030 0.180 0.112 0.000 0.532 0.176
#> SRR663076      1  0.6304     0.3970 0.640 0.000 0.124 0.180 0.056
#> SRR1323577     2  0.6084     0.6265 0.004 0.660 0.152 0.032 0.152
#> SRR1442422     4  0.5250     0.6306 0.400 0.008 0.008 0.564 0.020
#> SRR1465893     1  0.2456     0.6502 0.904 0.000 0.008 0.064 0.024
#> SRR654862      1  0.6976     0.3354 0.584 0.024 0.076 0.064 0.252
#> SRR1407112     4  0.6840     0.5490 0.364 0.008 0.080 0.500 0.048
#> SRR1332969     3  0.3787     0.6678 0.104 0.000 0.824 0.008 0.064
#> SRR1353199     3  0.2569     0.6769 0.068 0.000 0.896 0.004 0.032
#> SRR1378885     3  0.6536     0.4332 0.256 0.016 0.600 0.028 0.100
#> SRR665357      3  0.4234     0.5673 0.004 0.148 0.780 0.000 0.068
#> SRR662186      2  0.6131     0.5469 0.000 0.580 0.292 0.016 0.112
#> SRR1501020     3  0.4590     0.6504 0.116 0.000 0.776 0.020 0.088
#> SRR1347819     3  0.1405     0.6647 0.008 0.016 0.956 0.000 0.020
#> SRR1480813     2  0.5139     0.6774 0.004 0.728 0.168 0.016 0.084
#> SRR1472576     4  0.9462    -0.2636 0.172 0.244 0.064 0.272 0.248
#> SRR1431781     4  0.9117     0.2518 0.280 0.104 0.096 0.372 0.148
#> SRR1452270     3  0.1728     0.6640 0.004 0.020 0.940 0.000 0.036
#> SRR1500472     3  0.8845     0.1569 0.188 0.112 0.404 0.052 0.244
#> SRR1417632     4  0.7853    -0.0931 0.088 0.208 0.000 0.416 0.288
#> SRR1350153     2  0.4842     0.6481 0.000 0.684 0.264 0.004 0.048
#> SRR1458113     5  0.8566     0.4808 0.140 0.160 0.164 0.056 0.480
#> SRR1326579     1  0.7201    -0.1615 0.464 0.024 0.012 0.160 0.340
#> SRR1349363     4  0.6830    -0.0505 0.044 0.200 0.000 0.564 0.192
#> SRR1096712     3  0.2104     0.6644 0.008 0.024 0.924 0.000 0.044
#> SRR1090407     3  0.2124     0.6769 0.056 0.000 0.916 0.000 0.028
#> SRR1083752     2  0.7230     0.4979 0.008 0.476 0.344 0.048 0.124
#> SRR1377599     4  0.6969     0.2521 0.168 0.044 0.000 0.532 0.256
#> SRR1488449     3  0.3229     0.6766 0.088 0.000 0.860 0.008 0.044
#> SRR1318354     3  0.7675     0.1600 0.056 0.276 0.440 0.004 0.224
#> SRR1359062     3  0.2300     0.6577 0.000 0.040 0.908 0.000 0.052
#> SRR1398924     5  0.8255     0.5358 0.212 0.180 0.004 0.176 0.428
#> SRR663783      3  0.1549     0.6587 0.000 0.016 0.944 0.000 0.040
#> SRR1319204     3  0.6893    -0.0218 0.012 0.352 0.484 0.016 0.136
#> SRR1369070     2  0.2807     0.6076 0.000 0.892 0.032 0.020 0.056
#> SRR615659      1  0.2585     0.6502 0.896 0.000 0.004 0.064 0.036
#> SRR1337449     2  0.4298     0.6807 0.000 0.756 0.184 0.000 0.060
#> SRR1316982     3  0.4915     0.3979 0.000 0.236 0.696 0.004 0.064
#> SRR1498595     4  0.7853    -0.1007 0.088 0.208 0.000 0.416 0.288
#> SRR1377423     3  0.4620     0.6594 0.092 0.008 0.788 0.020 0.092
#> SRR1312310     2  0.4605     0.6582 0.000 0.708 0.248 0.004 0.040
#> SRR1485613     1  0.5583     0.5456 0.720 0.004 0.140 0.060 0.076
#> SRR1338426     3  0.4593     0.6517 0.048 0.064 0.796 0.004 0.088
#> SRR1353309     3  0.4652     0.6522 0.060 0.052 0.784 0.000 0.104
#> SRR658941      3  0.8148     0.2857 0.256 0.020 0.464 0.112 0.148
#> SRR1101643     1  0.3649     0.6007 0.808 0.000 0.000 0.152 0.040
#> SRR1401468     3  0.7953     0.2571 0.296 0.012 0.452 0.108 0.132
#> SRR1368874     2  0.3550     0.6793 0.000 0.796 0.184 0.000 0.020
#> SRR1324085     2  0.9647    -0.1617 0.112 0.288 0.172 0.160 0.268
#> SRR1363858     1  0.7353    -0.0885 0.412 0.028 0.008 0.368 0.184
#> SRR819820      3  0.6164     0.6171 0.104 0.044 0.700 0.036 0.116
#> SRR1337342     1  0.8535     0.1076 0.456 0.040 0.152 0.132 0.220
#> SRR655206      3  0.3244     0.6223 0.004 0.068 0.864 0.004 0.060
#> SRR1387013     2  0.6758     0.3225 0.024 0.576 0.032 0.088 0.280
#> SRR1317410     1  0.2538     0.6513 0.900 0.000 0.004 0.048 0.048
#> SRR608198      1  0.7201    -0.2001 0.452 0.024 0.012 0.156 0.356
#> SRR1440161     2  0.4842     0.6481 0.000 0.684 0.264 0.004 0.048
#> SRR1343741     2  0.2807     0.6076 0.000 0.892 0.032 0.020 0.056
#> SRR1381288     2  0.2573     0.6678 0.000 0.880 0.104 0.000 0.016
#> SRR1415379     4  0.4604     0.5976 0.428 0.000 0.000 0.560 0.012
#> SRR1099622     3  0.5293    -0.2426 0.000 0.460 0.492 0.000 0.048
#> SRR663197      3  0.2308     0.6648 0.004 0.036 0.912 0.000 0.048
#> SRR1394836     3  0.3244     0.6223 0.004 0.068 0.864 0.004 0.060
#> SRR661699      3  0.3509     0.6770 0.056 0.016 0.860 0.008 0.060
#> SRR813680      3  0.7919     0.2801 0.284 0.012 0.464 0.108 0.132
#> SRR1410678     1  0.1498     0.6580 0.952 0.000 0.008 0.024 0.016
#> SRR1378109     4  0.5919     0.6183 0.392 0.012 0.024 0.540 0.032
#> SRR1499174     1  0.5434     0.5934 0.740 0.004 0.084 0.080 0.092
#> SRR1311486     2  0.4298     0.6807 0.000 0.756 0.184 0.000 0.060
#> SRR1382851     5  0.8681     0.1661 0.056 0.336 0.068 0.196 0.344
#> SRR1433410     5  0.7961     0.6333 0.288 0.068 0.020 0.172 0.452
#> SRR661167      3  0.2029     0.6733 0.028 0.008 0.932 0.004 0.028
#> SRR1432518     3  0.7739     0.3908 0.120 0.072 0.544 0.044 0.220
#> SRR660462      3  0.1399     0.6561 0.000 0.020 0.952 0.000 0.028
#> SRR1374608     3  0.9150     0.1350 0.172 0.116 0.420 0.176 0.116
#> SRR657949      3  0.4508     0.6464 0.148 0.008 0.776 0.008 0.060
#> SRR1308882     4  0.5408     0.6510 0.356 0.012 0.000 0.588 0.044
#> SRR655768      3  0.8017     0.0720 0.360 0.012 0.380 0.080 0.168
#> SRR1485870     4  0.7332     0.1473 0.168 0.108 0.004 0.560 0.160
#> SRR1444138     3  0.8179     0.0654 0.352 0.024 0.376 0.068 0.180
#> SRR1417342     4  0.5991     0.3256 0.304 0.000 0.004 0.568 0.124
#> SRR1470193     4  0.5573     0.6322 0.376 0.012 0.020 0.572 0.020
#> SRR1091380     3  0.6164     0.6171 0.104 0.044 0.700 0.036 0.116
#> SRR1099096     1  0.2390     0.6511 0.908 0.000 0.008 0.060 0.024
#> SRR1313583     4  0.4390     0.6162 0.428 0.000 0.000 0.568 0.004
#> SRR1467102     3  0.2850     0.6151 0.000 0.092 0.872 0.000 0.036
#> SRR1485416     4  0.6651     0.4137 0.224 0.024 0.000 0.556 0.196
#> SRR818821      3  0.7807     0.2340 0.068 0.236 0.460 0.008 0.228
#> SRR809963      1  0.6614     0.4012 0.628 0.012 0.144 0.044 0.172
#> SRR1072247     1  0.1904     0.6601 0.936 0.000 0.020 0.028 0.016
#> SRR1353710     4  0.4737     0.6351 0.380 0.004 0.000 0.600 0.016
#> SRR1445259     3  0.7902     0.2046 0.072 0.240 0.444 0.008 0.236
#> SRR1408393     3  0.6686     0.4504 0.248 0.004 0.592 0.076 0.080
#> SRR1361522     1  0.2650     0.6496 0.892 0.000 0.004 0.068 0.036
#> SRR1368597     1  0.4617     0.6267 0.784 0.000 0.048 0.112 0.056
#> SRR1309680     2  0.5209     0.6194 0.016 0.764 0.076 0.048 0.096
#> SRR1310542     3  0.1579     0.6534 0.000 0.024 0.944 0.000 0.032
#> SRR1333485     4  0.5472     0.6491 0.356 0.012 0.000 0.584 0.048
#> SRR1406437     3  0.8576     0.1515 0.048 0.184 0.448 0.100 0.220
#> SRR1354931     3  0.1739     0.6760 0.032 0.000 0.940 0.004 0.024
#> SRR1391856     3  0.5090     0.4525 0.000 0.172 0.708 0.004 0.116
#> SRR1446738     2  0.8452     0.2131 0.040 0.424 0.184 0.080 0.272
#> SRR1309032     2  0.5310     0.3499 0.000 0.508 0.448 0.004 0.040
#> SRR1388145     2  0.4010     0.6835 0.000 0.784 0.160 0.000 0.056
#> SRR1432611     2  0.4867     0.6143 0.000 0.652 0.308 0.004 0.036
#> SRR815869      3  0.1444     0.6532 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR613150      3  0.1701     0.6618 0.012 0.016 0.944 0.000 0.028
#> SRR1375329     3  0.9200    -0.2599 0.212 0.088 0.320 0.088 0.292
#> SRR1387921     1  0.2248     0.6136 0.900 0.000 0.000 0.088 0.012
#> SRR1466792     2  0.4974     0.6006 0.000 0.640 0.316 0.004 0.040
#> SRR1360478     2  0.4818     0.6497 0.000 0.688 0.260 0.004 0.048
#> SRR1360695     1  0.7405     0.2703 0.524 0.000 0.196 0.188 0.092
#> SRR812943      1  0.4918     0.5653 0.728 0.004 0.000 0.140 0.128
#> SRR1400910     2  0.8615     0.0393 0.104 0.428 0.064 0.120 0.284
#> SRR1444203     4  0.5869     0.6175 0.380 0.008 0.032 0.552 0.028
#> SRR816177      2  0.6083     0.6222 0.004 0.660 0.148 0.032 0.156
#> SRR658754      3  0.1756     0.6617 0.008 0.016 0.940 0.000 0.036
#> SRR1429603     4  0.5360     0.6128 0.296 0.012 0.000 0.636 0.056
#> SRR1397366     3  0.2960     0.6762 0.080 0.000 0.876 0.008 0.036
#> SRR1446028     1  0.2149     0.6609 0.924 0.000 0.012 0.036 0.028
#> SRR1083918     2  0.8753     0.1750 0.100 0.460 0.108 0.116 0.216
#> SRR1337606     5  0.8279     0.5273 0.216 0.080 0.020 0.276 0.408
#> SRR659109      3  0.1442     0.6609 0.004 0.012 0.952 0.000 0.032
#> SRR1337192     1  0.4577     0.5464 0.748 0.000 0.000 0.144 0.108
#> SRR656946      3  0.8119     0.1725 0.312 0.016 0.420 0.092 0.160
#> SRR1476102     1  0.3141     0.6241 0.852 0.000 0.000 0.108 0.040
#> SRR1476447     1  0.4343     0.5588 0.768 0.000 0.000 0.136 0.096
#> SRR1342067     4  0.5497     0.6203 0.328 0.012 0.000 0.604 0.056
#> SRR1385389     4  0.4640     0.6374 0.400 0.000 0.000 0.584 0.016
#> SRR1075971     1  0.4270     0.5546 0.772 0.004 0.000 0.060 0.164
#> SRR614419      1  0.6680     0.0107 0.524 0.020 0.000 0.168 0.288
#> SRR1322936     5  0.8205     0.5713 0.260 0.076 0.016 0.240 0.408
#> SRR1349121     3  0.7958     0.0890 0.360 0.012 0.400 0.100 0.128
#> SRR1430549     1  0.2036     0.6486 0.920 0.000 0.000 0.056 0.024
#> SRR612935      3  0.7483     0.2733 0.056 0.244 0.488 0.004 0.208
#> SRR661481      2  0.4992     0.6786 0.004 0.740 0.164 0.016 0.076
#> SRR1354117     2  0.6259     0.5215 0.000 0.560 0.304 0.016 0.120
#> SRR1393596     4  0.6428     0.5401 0.264 0.032 0.004 0.592 0.108
#> SRR1452164     1  0.4534     0.6182 0.796 0.004 0.080 0.032 0.088
#> SRR1070503     1  0.7584     0.0749 0.444 0.012 0.316 0.040 0.188
#> SRR1499894     3  0.1490     0.6676 0.004 0.008 0.952 0.004 0.032
#> SRR1082883     5  0.7881     0.6396 0.272 0.072 0.020 0.160 0.476
#> SRR1468271     1  0.7005     0.3749 0.584 0.004 0.204 0.084 0.124
#> SRR1332443     1  0.2932     0.6289 0.864 0.000 0.000 0.104 0.032
#> SRR810295      2  0.4675     0.6574 0.000 0.704 0.248 0.004 0.044
#> SRR662103      1  0.2650     0.6496 0.892 0.000 0.004 0.068 0.036
#> SRR1328620     3  0.7675     0.1600 0.056 0.276 0.440 0.004 0.224
#> SRR1396294     3  0.7898     0.2906 0.192 0.008 0.492 0.192 0.116
#> SRR1419917     1  0.2650     0.6496 0.892 0.000 0.004 0.068 0.036
#> SRR662114      3  0.4959     0.6333 0.048 0.056 0.764 0.004 0.128
#> SRR1489199     3  0.8572     0.0221 0.312 0.048 0.368 0.064 0.208
#> SRR813584      3  0.8838    -0.0743 0.048 0.256 0.376 0.096 0.224
#> SRR1069638     1  0.7894     0.0849 0.476 0.028 0.172 0.056 0.268
#> SRR614864      3  0.2788     0.6779 0.040 0.008 0.888 0.000 0.064
#> SRR1433392     1  0.7125     0.2821 0.556 0.012 0.188 0.040 0.204
#> SRR1377777     2  0.4572     0.4979 0.000 0.756 0.004 0.092 0.148
#> SRR2167710     3  0.8119     0.1725 0.312 0.016 0.420 0.092 0.160
#> SRR1401252     4  0.6080     0.6168 0.324 0.036 0.000 0.576 0.064
#> SRR1309963     4  0.6245     0.5930 0.380 0.008 0.056 0.528 0.028
#> SRR1338031     1  0.1808     0.6597 0.936 0.000 0.004 0.040 0.020
#> SRR1418628     2  0.4605     0.6582 0.000 0.708 0.248 0.004 0.040
#> SRR1486889     1  0.7402     0.3725 0.556 0.012 0.208 0.136 0.088
#> SRR1380393     1  0.3666     0.5654 0.824 0.000 0.012 0.132 0.032
#> SRR1319731     1  0.2605     0.6489 0.896 0.000 0.004 0.056 0.044
#> SRR1356468     4  0.7535     0.4278 0.344 0.012 0.144 0.448 0.052
#> SRR1337010     2  0.4295     0.6642 0.000 0.796 0.104 0.016 0.084
#> SRR1486520     1  0.6502     0.3315 0.600 0.024 0.024 0.084 0.268
#> SRR1486538     4  0.4709     0.6458 0.364 0.000 0.000 0.612 0.024
#> SRR1340486     4  0.6840     0.5490 0.364 0.008 0.080 0.500 0.048
#> SRR1377696     4  0.7853    -0.0931 0.088 0.208 0.000 0.416 0.288
#> SRR1465459     1  0.7610     0.0347 0.420 0.012 0.344 0.040 0.184
#> SRR1080270     3  0.1560     0.6583 0.004 0.020 0.948 0.000 0.028
#> SRR1312501     3  0.6278     0.6069 0.088 0.048 0.692 0.040 0.132
#> SRR1093148     3  0.8176     0.1496 0.076 0.120 0.432 0.044 0.328
#> SRR1467080     3  0.1493     0.6521 0.000 0.024 0.948 0.000 0.028
#> SRR1410866     2  0.4847     0.6607 0.000 0.704 0.240 0.012 0.044
#> SRR816475      2  0.9645    -0.1584 0.112 0.292 0.172 0.160 0.264
#> SRR1379198     4  0.4219     0.6260 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR613342      3  0.5234     0.6202 0.044 0.100 0.748 0.004 0.104
#> SRR1452246     2  0.3771     0.5461 0.004 0.804 0.000 0.036 0.156
#> SRR1338836     2  0.2771     0.6749 0.000 0.860 0.128 0.000 0.012
#> SRR1369129     4  0.4350     0.6317 0.408 0.000 0.000 0.588 0.004
#> SRR1396616     3  0.3450     0.6728 0.084 0.000 0.848 0.008 0.060
#> SRR813824      3  0.1490     0.6687 0.008 0.004 0.952 0.004 0.032
#> SRR1082376     1  0.5912     0.4924 0.676 0.012 0.048 0.056 0.208
#> SRR1500891     4  0.5117     0.6424 0.340 0.008 0.000 0.616 0.036
#> SRR807543      1  0.7041     0.3017 0.568 0.012 0.176 0.040 0.204
#> SRR1091572     1  0.8681    -0.0378 0.444 0.088 0.148 0.076 0.244
#> SRR1346689     4  0.4817     0.6384 0.384 0.008 0.004 0.596 0.008
#> SRR1332424     5  0.7961     0.6333 0.288 0.068 0.020 0.172 0.452
#> SRR663729      4  0.6620     0.4239 0.228 0.024 0.000 0.560 0.188
#> SRR1097013     1  0.5939     0.4977 0.684 0.000 0.088 0.152 0.076
#> SRR613675      5  0.8205     0.5713 0.260 0.076 0.016 0.240 0.408
#> SRR1485357     4  0.6981     0.5379 0.356 0.008 0.084 0.496 0.056
#> SRR655816      3  0.2820     0.6756 0.052 0.004 0.892 0.008 0.044
#> SRR1500113     1  0.5034     0.5564 0.752 0.000 0.068 0.132 0.048
#> SRR1437622     2  0.9568    -0.2836 0.156 0.296 0.088 0.224 0.236
#> SRR1355172     3  0.7617     0.2967 0.284 0.004 0.484 0.112 0.116
#> SRR655531      1  0.6617     0.1580 0.556 0.024 0.016 0.092 0.312
#> SRR1338147     3  0.4229     0.6599 0.116 0.016 0.808 0.008 0.052
#> SRR1413329     3  0.8055     0.3033 0.240 0.056 0.480 0.040 0.184
#> SRR1485931     2  0.5740     0.3740 0.000 0.620 0.000 0.164 0.216
#> SRR1420873     1  0.5358     0.5777 0.736 0.000 0.112 0.072 0.080
#> SRR1333308     4  0.6186     0.6425 0.340 0.020 0.004 0.556 0.080
#> SRR1452033     1  0.4825     0.5802 0.772 0.008 0.108 0.020 0.092
#> SRR1467316     2  0.4791     0.4814 0.000 0.736 0.004 0.100 0.160
#> SRR809018      3  0.1331     0.6543 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1375351     2  0.4605     0.6582 0.000 0.708 0.248 0.004 0.040
#> SRR663440      3  0.5843     0.5419 0.208 0.016 0.668 0.012 0.096
#> SRR1471755     2  0.5102     0.6763 0.004 0.732 0.164 0.016 0.084
#> SRR808019      3  0.8081     0.2836 0.260 0.016 0.464 0.112 0.148
#> SRR1479133     3  0.1857     0.6786 0.060 0.000 0.928 0.004 0.008
#> SRR615069      3  0.8077     0.2257 0.076 0.092 0.484 0.064 0.284
#> SRR1456185     2  0.8438     0.3953 0.068 0.488 0.208 0.092 0.144
#> SRR1350069     3  0.7898     0.2906 0.192 0.008 0.492 0.192 0.116
#> SRR816316      1  0.6544     0.4114 0.636 0.012 0.140 0.044 0.168
#> SRR664795      3  0.7919     0.2801 0.284 0.012 0.464 0.108 0.132
#> SRR1490721     4  0.7221     0.1960 0.164 0.060 0.000 0.508 0.268
#> SRR810643      1  0.2588     0.6482 0.892 0.000 0.000 0.060 0.048
#> SRR1430333     5  0.9384     0.5162 0.216 0.088 0.224 0.128 0.344
#> SRR1085285     3  0.1857     0.6786 0.060 0.000 0.928 0.004 0.008
#> SRR1099072     3  0.3735     0.6681 0.100 0.000 0.828 0.008 0.064
#> SRR1317985     1  0.2116     0.6631 0.924 0.000 0.008 0.040 0.028
#> SRR1487340     1  0.2434     0.6562 0.908 0.000 0.008 0.048 0.036
#> SRR1420276     3  0.2522     0.6337 0.000 0.052 0.896 0.000 0.052
#> SRR1351347     3  0.4928     0.6398 0.060 0.060 0.764 0.000 0.116
#> SRR1405525     1  0.4312     0.6020 0.772 0.000 0.000 0.124 0.104
#> SRR1370329     1  0.0671     0.6539 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1465001     1  0.2605     0.6489 0.896 0.000 0.004 0.056 0.044
#> SRR1476525     2  0.4021     0.6830 0.000 0.780 0.168 0.000 0.052
#> SRR819610      2  0.8438     0.3953 0.068 0.488 0.208 0.092 0.144
#> SRR2157314     1  0.2774     0.6630 0.892 0.000 0.012 0.048 0.048
#> SRR1409465     2  0.2723     0.6742 0.000 0.864 0.124 0.000 0.012
#> SRR809987      4  0.4590     0.6054 0.420 0.000 0.000 0.568 0.012
#> SRR613639      3  0.4463     0.6565 0.112 0.000 0.788 0.024 0.076
#> SRR1402285     4  0.4976     0.6279 0.408 0.004 0.008 0.568 0.012
#> SRR1077038     1  0.6743     0.3789 0.612 0.012 0.148 0.044 0.184
#> SRR1405660     3  0.1728     0.6640 0.004 0.020 0.940 0.000 0.036
#> SRR1095455     3  0.7917     0.1930 0.072 0.244 0.440 0.008 0.236
#> SRR1394734     2  0.8753     0.1750 0.100 0.460 0.108 0.116 0.216
#> SRR1317771     1  0.7377     0.3790 0.560 0.012 0.204 0.136 0.088
#> SRR1365894     4  0.7476     0.2235 0.176 0.120 0.000 0.528 0.176
#> SRR1073581     3  0.7958     0.0890 0.360 0.012 0.400 0.100 0.128
#> SRR659804      1  0.2774     0.6630 0.892 0.000 0.012 0.048 0.048
#> SRR1345914     2  0.5750     0.6441 0.004 0.684 0.168 0.024 0.120
#> SRR1432186     2  0.4916     0.6657 0.004 0.756 0.136 0.020 0.084
#> SRR1473529     4  0.7853    -0.1007 0.088 0.208 0.000 0.416 0.288
#> SRR660764      3  0.6263     0.4022 0.028 0.208 0.616 0.000 0.148
#> SRR820448      1  0.6614     0.4012 0.628 0.012 0.144 0.044 0.172
#> SRR1328845     3  0.7898     0.2906 0.192 0.008 0.492 0.192 0.116
#> SRR1336415     4  0.4976     0.6279 0.408 0.004 0.008 0.568 0.012
#> SRR1379065     4  0.5016     0.6444 0.344 0.004 0.000 0.616 0.036
#> SRR1459190     3  0.6619     0.4680 0.236 0.004 0.604 0.076 0.080
#> SRR1346773     1  0.2719     0.6472 0.884 0.000 0.000 0.068 0.048
#> SRR1499521     3  0.8043     0.2718 0.264 0.012 0.460 0.116 0.148
#> SRR1440898     2  0.3953     0.6804 0.000 0.792 0.148 0.000 0.060
#> SRR1347459     3  0.4428     0.6505 0.040 0.056 0.804 0.004 0.096
#> SRR1081209     2  0.3706     0.5959 0.000 0.844 0.032 0.052 0.072
#> SRR1400202     1  0.0771     0.6527 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1333395     4  0.6662     0.1988 0.164 0.080 0.000 0.616 0.140
#> SRR1309248     4  0.7517     0.1676 0.164 0.128 0.000 0.524 0.184
#> SRR809161      3  0.2869     0.6772 0.064 0.008 0.888 0.004 0.036
#> SRR1316320     4  0.8022    -0.1705 0.192 0.100 0.004 0.420 0.284
#> SRR1432629     2  0.4351     0.5678 0.000 0.776 0.020 0.040 0.164
#> SRR1498931     1  0.1299     0.6607 0.960 0.000 0.012 0.020 0.008
#> SRR1416578     4  0.4604     0.5976 0.428 0.000 0.000 0.560 0.012
#> SRR1405547     3  0.1331     0.6543 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1470534     4  0.4219     0.6260 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR1380764     1  0.4045     0.6441 0.824 0.000 0.036 0.064 0.076
#> SRR1309160     3  0.1012     0.6719 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR663489      3  0.1331     0.6543 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1500450     1  0.7132     0.2080 0.540 0.000 0.132 0.248 0.080
#> SRR1078489     3  0.9184    -0.2432 0.224 0.096 0.344 0.080 0.256
#> SRR1332648     4  0.5081     0.6315 0.404 0.008 0.008 0.568 0.012
#> SRR660614      3  0.6893    -0.0218 0.012 0.352 0.484 0.016 0.136
#> SRR1470420     2  0.5313     0.3375 0.000 0.504 0.452 0.004 0.040
#> SRR1475566     1  0.0771     0.6527 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1477949     1  0.2984     0.6204 0.860 0.000 0.000 0.108 0.032
#> SRR1481419     2  0.4947     0.6705 0.004 0.748 0.148 0.016 0.084
#> SRR1464766     1  0.2507     0.6623 0.908 0.000 0.020 0.028 0.044
#> SRR615946      3  0.2109     0.6735 0.016 0.012 0.928 0.004 0.040
#> SRR1446481     2  0.4226     0.6807 0.000 0.764 0.176 0.000 0.060
#> SRR1467656     2  0.2909     0.6769 0.000 0.848 0.140 0.000 0.012
#> SRR1402962     1  0.7378    -0.1326 0.480 0.028 0.044 0.100 0.348
#> SRR660224      2  0.4797     0.6667 0.000 0.736 0.176 0.008 0.080
#> SRR665586      1  0.2889     0.6523 0.872 0.000 0.000 0.084 0.044
#> SRR1347166     5  0.9004     0.6173 0.260 0.076 0.116 0.152 0.396
#> SRR1485722     5  0.8478     0.6216 0.264 0.076 0.092 0.108 0.460
#> SRR1415316     1  0.3051     0.6188 0.852 0.000 0.000 0.120 0.028
#> SRR613390      1  0.3239     0.6461 0.852 0.000 0.000 0.068 0.080
#> SRR661108      3  0.1314     0.6665 0.012 0.012 0.960 0.000 0.016
#> SRR2170173     3  0.8159     0.1755 0.312 0.020 0.420 0.088 0.160
#> SRR817329      1  0.4460     0.6226 0.792 0.000 0.044 0.116 0.048
#> SRR1401990     4  0.8197     0.2640 0.328 0.008 0.192 0.372 0.100
#> SRR1467745     2  0.9476    -0.0656 0.096 0.324 0.176 0.144 0.260
#> SRR1471795     2  0.5939     0.6317 0.024 0.700 0.136 0.028 0.112
#> SRR1415637     2  0.1943     0.6407 0.000 0.924 0.056 0.000 0.020
#> SRR813137      1  0.4523     0.6139 0.796 0.000 0.080 0.068 0.056
#> SRR1314873     1  0.2653     0.6377 0.880 0.000 0.000 0.096 0.024
#> SRR1401211     1  0.7405     0.2703 0.524 0.000 0.196 0.188 0.092
#> SRR1419692     4  0.5746     0.6279 0.388 0.012 0.016 0.552 0.032
#> SRR818797      3  0.5620     0.5374 0.208 0.004 0.676 0.016 0.096
#> SRR2164608     3  0.5541     0.6380 0.088 0.036 0.736 0.020 0.120
#> SRR1455586     3  0.4597     0.3652 0.000 0.260 0.696 0.000 0.044
#> SRR819459      3  0.1701     0.6618 0.012 0.016 0.944 0.000 0.028
#> SRR1488939     2  0.4791     0.4814 0.000 0.736 0.004 0.100 0.160
#> SRR1433232     2  0.3130     0.5505 0.000 0.856 0.000 0.048 0.096
#> SRR1385501     1  0.6571     0.3916 0.624 0.012 0.144 0.036 0.184
#> SRR1361652     5  0.8623     0.5008 0.196 0.184 0.016 0.204 0.400
#> SRR1437119     1  0.0963     0.6554 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1478547     3  0.1251     0.6554 0.000 0.008 0.956 0.000 0.036
#> SRR1430910     3  0.8988    -0.1746 0.180 0.088 0.360 0.076 0.296
#> SRR1310584     1  0.1750     0.6562 0.936 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR1500216     1  0.7268     0.0268 0.460 0.028 0.008 0.324 0.180
#> SRR1486762     3  0.5075     0.6395 0.112 0.008 0.752 0.020 0.108
#> SRR1480854     4  0.6969     0.2521 0.168 0.044 0.000 0.532 0.256
#> SRR1489394     4  0.4390     0.6162 0.428 0.000 0.000 0.568 0.004
#> SRR1418085     4  0.5145     0.6272 0.404 0.004 0.008 0.564 0.020
#> SRR1340221     4  0.4350     0.6317 0.408 0.000 0.000 0.588 0.004
#> SRR1473058     2  0.9645    -0.1584 0.112 0.292 0.172 0.160 0.264
#> SRR1405165     3  0.4791     0.6317 0.032 0.044 0.784 0.020 0.120
#> SRR1433004     1  0.3397     0.6478 0.848 0.000 0.004 0.068 0.080
#> SRR1471477     1  0.7406     0.2752 0.520 0.000 0.208 0.184 0.088
#> SRR1098567     2  0.5333     0.6280 0.000 0.628 0.300 0.004 0.068
#> SRR1098712     3  0.7898     0.2906 0.192 0.008 0.492 0.192 0.116
#> SRR1455038     1  0.4254     0.5589 0.776 0.004 0.000 0.064 0.156
#> SRR1375248     3  0.4552     0.3566 0.000 0.264 0.696 0.000 0.040
#> SRR1403005     3  0.2728     0.6765 0.068 0.000 0.888 0.004 0.040
#> SRR1348378     2  0.7068     0.5132 0.008 0.492 0.340 0.040 0.120
#> SRR1413541     1  0.2685     0.6417 0.880 0.000 0.000 0.092 0.028
#> SRR1392943     4  0.6609     0.4450 0.224 0.020 0.004 0.572 0.180
#> SRR1475192     3  0.1772     0.6638 0.008 0.020 0.940 0.000 0.032
#> SRR1432085     3  0.5601    -0.0980 0.000 0.404 0.528 0.004 0.064
#> SRR1452468     5  0.9407     0.5187 0.240 0.088 0.196 0.136 0.340
#> SRR1347060     3  0.1568     0.6559 0.000 0.020 0.944 0.000 0.036
#> SRR1414139     3  0.5512     0.0454 0.000 0.364 0.568 0.004 0.064
#> SRR1447962     3  0.5350    -0.2602 0.000 0.460 0.488 0.000 0.052
#> SRR1444324     2  0.5479     0.3370 0.000 0.508 0.436 0.004 0.052
#> SRR1415004     1  0.3427     0.5705 0.836 0.000 0.008 0.128 0.028
#> SRR1413436     1  0.7377     0.3790 0.560 0.012 0.204 0.136 0.088
#> SRR1311266     3  0.8964    -0.1854 0.300 0.068 0.312 0.072 0.248
#> SRR1343302     4  0.5839     0.6215 0.392 0.012 0.020 0.544 0.032
#> SRR1373746     1  0.1943     0.6490 0.924 0.000 0.000 0.056 0.020
#> SRR1429678     1  0.2680     0.6630 0.904 0.008 0.012 0.036 0.040
#> SRR1469413     3  0.5600    -0.2728 0.000 0.456 0.480 0.004 0.060
#> SRR1405331     1  0.7011     0.3080 0.572 0.012 0.172 0.040 0.204
#> SRR1345609     1  0.2249     0.6242 0.896 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR1380208     5  0.9047     0.4295 0.124 0.200 0.052 0.272 0.352
#> SRR1322840     4  0.4880     0.6449 0.348 0.000 0.000 0.616 0.036
#> SRR1399797     3  0.2308     0.6648 0.004 0.036 0.912 0.000 0.048
#> SRR1416654     3  0.2722     0.6781 0.040 0.008 0.892 0.000 0.060
#> SRR1315081     3  0.1648     0.6503 0.000 0.020 0.940 0.000 0.040
#> SRR1369196     3  0.1753     0.6510 0.000 0.032 0.936 0.000 0.032
#> SRR1400847     1  0.2507     0.6623 0.908 0.000 0.020 0.028 0.044
#> SRR1365291     3  0.7299     0.2665 0.288 0.016 0.508 0.036 0.152
#> SRR1367920     4  0.6969     0.2521 0.168 0.044 0.000 0.532 0.256
#> SRR1366648     3  0.1444     0.6532 0.000 0.012 0.948 0.000 0.040
#> SRR1441679     2  0.2864     0.6763 0.000 0.852 0.136 0.000 0.012
#> SRR1082173     3  0.5541     0.6380 0.088 0.036 0.736 0.020 0.120
#> SRR1363968     1  0.6860     0.3840 0.588 0.000 0.168 0.172 0.072
#> SRR814387      1  0.2588     0.6482 0.892 0.000 0.000 0.060 0.048
#> SRR657599      3  0.8176     0.2812 0.256 0.020 0.460 0.112 0.152
#> SRR1386689     4  0.6840     0.5490 0.364 0.008 0.080 0.500 0.048
#> SRR1395575     3  0.2075     0.6791 0.032 0.000 0.924 0.004 0.040
#> SRR1453811     3  0.4761     0.6322 0.132 0.004 0.768 0.020 0.076
#> SRR1441159     1  0.3689     0.6194 0.828 0.004 0.000 0.092 0.076
#> SRR1403154     4  0.5839     0.6215 0.392 0.012 0.020 0.544 0.032
#> SRR1468722     3  0.1331     0.6554 0.000 0.008 0.952 0.000 0.040
#> SRR1310275     3  0.7313     0.2572 0.292 0.016 0.504 0.036 0.152

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     3   0.775     0.2249 0.212 0.000 0.420 0.172 0.172 0.024
#> SRR1331708     5   0.796     0.0584 0.128 0.040 0.004 0.332 0.352 0.144
#> SRR1464258     1   0.575     0.4087 0.624 0.004 0.132 0.020 0.212 0.008
#> SRR1454201     5   0.610     0.2270 0.388 0.008 0.032 0.072 0.492 0.008
#> SRR661589      3   0.387     0.6490 0.080 0.004 0.808 0.024 0.084 0.000
#> SRR1456229     1   0.377     0.5811 0.780 0.000 0.000 0.048 0.164 0.008
#> SRR1315165     4   0.802     0.2813 0.132 0.108 0.076 0.468 0.204 0.012
#> SRR1488960     1   0.329     0.6624 0.824 0.000 0.000 0.132 0.032 0.012
#> SRR1417809     4   0.419     0.6912 0.244 0.004 0.000 0.716 0.020 0.016
#> SRR1094457     4   0.434     0.6957 0.220 0.012 0.008 0.724 0.036 0.000
#> SRR1095575     3   0.790     0.1331 0.288 0.012 0.392 0.072 0.196 0.040
#> SRR1315931     1   0.569     0.4190 0.632 0.004 0.128 0.020 0.208 0.008
#> SRR1430066     3   0.154     0.6659 0.000 0.012 0.944 0.000 0.020 0.024
#> SRR1431037     3   0.200     0.6722 0.004 0.016 0.928 0.004 0.024 0.024
#> SRR1395554     3   0.221     0.6669 0.004 0.024 0.916 0.004 0.012 0.040
#> SRR818002      2   0.540     0.5451 0.012 0.728 0.088 0.032 0.100 0.040
#> SRR1344143     6   0.443     0.4483 0.000 0.352 0.000 0.024 0.008 0.616
#> SRR1486845     4   0.450     0.6963 0.204 0.008 0.000 0.720 0.060 0.008
#> SRR1362866     5   0.657     0.3622 0.328 0.020 0.024 0.136 0.488 0.004
#> SRR1490740     1   0.203     0.6851 0.912 0.000 0.004 0.060 0.024 0.000
#> SRR1446627     2   0.296     0.5635 0.000 0.864 0.064 0.000 0.016 0.056
#> SRR1456138     2   0.507     0.1794 0.000 0.648 0.008 0.016 0.060 0.268
#> SRR1416248     1   0.299     0.6776 0.852 0.000 0.000 0.084 0.060 0.004
#> SRR1383907     4   0.822    -0.1056 0.096 0.116 0.052 0.376 0.328 0.032
#> SRR1311018     1   0.184     0.6847 0.916 0.000 0.000 0.072 0.008 0.004
#> SRR1375699     6   0.908     0.3377 0.064 0.188 0.068 0.264 0.108 0.308
#> SRR1429846     3   0.529     0.5507 0.168 0.016 0.688 0.024 0.104 0.000
#> SRR613550      3   0.318     0.6671 0.060 0.008 0.860 0.020 0.052 0.000
#> SRR1348402     1   0.324     0.6842 0.848 0.000 0.008 0.080 0.056 0.008
#> SRR1345146     4   0.745    -0.2334 0.088 0.048 0.004 0.436 0.096 0.328
#> SRR1324025     3   0.589     0.4897 0.200 0.024 0.636 0.024 0.112 0.004
#> SRR1318879     3   0.621     0.5720 0.052 0.088 0.656 0.040 0.152 0.012
#> SRR820755      1   0.676     0.0955 0.440 0.008 0.284 0.024 0.240 0.004
#> SRR1485830     4   0.372     0.6993 0.248 0.000 0.000 0.732 0.012 0.008
#> SRR599313      1   0.778    -0.0108 0.420 0.016 0.008 0.204 0.220 0.132
#> SRR612263      1   0.479     0.5849 0.732 0.000 0.000 0.096 0.124 0.048
#> SRR1415398     3   0.221     0.6736 0.044 0.004 0.912 0.012 0.028 0.000
#> SRR1326205     4   0.492     0.6888 0.224 0.012 0.016 0.700 0.028 0.020
#> SRR1421327     4   0.663     0.2605 0.080 0.036 0.000 0.500 0.332 0.052
#> SRR1083311     3   0.238     0.6670 0.000 0.028 0.908 0.008 0.032 0.024
#> SRR1499303     4   0.677     0.5904 0.148 0.084 0.024 0.620 0.084 0.040
#> SRR1079522     1   0.716     0.0728 0.464 0.012 0.004 0.292 0.132 0.096
#> SRR1452935     3   0.731     0.3198 0.076 0.088 0.504 0.032 0.276 0.024
#> SRR1379495     1   0.260     0.6871 0.888 0.000 0.024 0.068 0.016 0.004
#> SRR1470459     2   0.572     0.4600 0.000 0.540 0.352 0.004 0.036 0.068
#> SRR661361      3   0.304     0.6805 0.036 0.020 0.876 0.008 0.052 0.008
#> SRR615778      5   0.750     0.5040 0.160 0.060 0.092 0.112 0.552 0.024
#> SRR1447564     1   0.330     0.6621 0.832 0.000 0.000 0.116 0.032 0.020
#> SRR1455195     5   0.603     0.2027 0.396 0.008 0.024 0.076 0.488 0.008
#> SRR655182      1   0.524     0.5739 0.700 0.000 0.040 0.184 0.040 0.036
#> SRR1335140     6   0.801     0.2753 0.036 0.132 0.000 0.312 0.196 0.324
#> SRR1433555     3   0.279     0.6672 0.000 0.048 0.884 0.008 0.040 0.020
#> SRR1308650     2   0.775     0.3359 0.052 0.488 0.216 0.040 0.164 0.040
#> SRR1388354     1   0.433     0.6062 0.756 0.000 0.012 0.172 0.024 0.036
#> SRR1317446     3   0.239     0.6516 0.000 0.032 0.900 0.000 0.020 0.048
#> SRR1413602     3   0.339     0.6696 0.000 0.064 0.844 0.008 0.068 0.016
#> SRR1479955     2   0.496    -0.1959 0.000 0.520 0.000 0.016 0.036 0.428
#> SRR809853      1   0.390     0.6449 0.804 0.000 0.000 0.096 0.060 0.040
#> SRR661313      3   0.277     0.6705 0.048 0.008 0.884 0.016 0.044 0.000
#> SRR1499935     4   0.677     0.5904 0.148 0.084 0.024 0.620 0.084 0.040
#> SRR1447303     3   0.571     0.5251 0.160 0.024 0.656 0.016 0.140 0.004
#> SRR1429408     3   0.824    -0.1881 0.012 0.268 0.316 0.096 0.268 0.040
#> SRR1433950     1   0.253     0.6772 0.884 0.000 0.000 0.080 0.024 0.012
#> SRR1362081     2   0.503     0.5562 0.000 0.660 0.236 0.000 0.020 0.084
#> SRR1409854     1   0.784     0.0979 0.388 0.016 0.272 0.108 0.204 0.012
#> SRR1435229     5   0.814     0.2823 0.136 0.076 0.308 0.056 0.396 0.028
#> SRR1085996     1   0.253     0.6758 0.884 0.000 0.000 0.080 0.024 0.012
#> SRR1414229     5   0.541     0.4004 0.060 0.136 0.088 0.016 0.700 0.000
#> SRR1400974     3   0.248     0.6479 0.000 0.016 0.892 0.000 0.028 0.064
#> SRR1399971     1   0.195     0.6852 0.912 0.000 0.000 0.072 0.004 0.012
#> SRR613927      3   0.413     0.6521 0.088 0.008 0.804 0.040 0.056 0.004
#> SRR1457854     1   0.433     0.6062 0.756 0.000 0.012 0.172 0.024 0.036
#> SRR1473714     1   0.813    -0.1158 0.352 0.016 0.012 0.240 0.216 0.164
#> SRR813776      1   0.676     0.0955 0.440 0.008 0.284 0.024 0.240 0.004
#> SRR808196      4   0.601     0.5799 0.204 0.008 0.080 0.632 0.068 0.008
#> SRR1101085     4   0.496     0.6527 0.172 0.008 0.000 0.712 0.076 0.032
#> SRR614395      1   0.575     0.4087 0.624 0.004 0.132 0.020 0.212 0.008
#> SRR1478251     4   0.324     0.7015 0.244 0.000 0.000 0.752 0.004 0.000
#> SRR1370551     2   0.562     0.5068 0.000 0.572 0.316 0.000 0.056 0.056
#> SRR1362310     1   0.218     0.6856 0.908 0.000 0.008 0.064 0.016 0.004
#> SRR665310      3   0.379     0.6474 0.084 0.004 0.812 0.020 0.080 0.000
#> SRR1420109     3   0.538     0.6051 0.104 0.016 0.720 0.036 0.108 0.016
#> SRR1330920     1   0.616     0.3075 0.552 0.004 0.160 0.024 0.256 0.004
#> SRR1419539     3   0.438     0.6006 0.004 0.080 0.792 0.012 0.052 0.060
#> SRR1359447     2   0.650     0.3276 0.000 0.472 0.248 0.000 0.036 0.244
#> SRR1347259     4   0.500     0.6192 0.156 0.004 0.000 0.716 0.056 0.068
#> SRR613915      3   0.429     0.6470 0.096 0.016 0.788 0.028 0.072 0.000
#> SRR1384395     3   0.374     0.6070 0.000 0.076 0.816 0.000 0.036 0.072
#> SRR821715      3   0.268     0.6704 0.048 0.008 0.888 0.012 0.044 0.000
#> SRR1478228     1   0.283     0.6789 0.868 0.000 0.004 0.080 0.044 0.004
#> SRR1445637     1   0.648     0.5276 0.608 0.000 0.096 0.176 0.084 0.036
#> SRR608150      5   0.585     0.4873 0.168 0.036 0.012 0.124 0.652 0.008
#> SRR1096383     3   0.760     0.2615 0.200 0.000 0.448 0.184 0.144 0.024
#> SRR1341480     4   0.611     0.4598 0.120 0.016 0.000 0.588 0.240 0.036
#> SRR1341344     1   0.484     0.5468 0.696 0.000 0.000 0.152 0.140 0.012
#> SRR1326270     3   0.237     0.6789 0.032 0.008 0.912 0.008 0.028 0.012
#> SRR1498838     3   0.209     0.6702 0.004 0.020 0.924 0.004 0.020 0.028
#> SRR1416313     3   0.262     0.6783 0.016 0.028 0.900 0.004 0.036 0.016
#> SRR808566      5   0.851     0.1585 0.076 0.288 0.068 0.220 0.324 0.024
#> SRR1430270     4   0.319     0.7034 0.236 0.000 0.000 0.760 0.004 0.000
#> SRR1367825     3   0.248     0.6479 0.000 0.016 0.892 0.000 0.028 0.064
#> SRR613533      3   0.784     0.1773 0.032 0.236 0.392 0.012 0.260 0.068
#> SRR661267      3   0.781     0.2453 0.200 0.004 0.432 0.172 0.168 0.024
#> SRR810665      2   0.344     0.6027 0.000 0.828 0.108 0.000 0.036 0.028
#> SRR1407250     5   0.597     0.5124 0.168 0.040 0.072 0.064 0.656 0.000
#> SRR1420067     1   0.725     0.3469 0.496 0.004 0.136 0.140 0.212 0.012
#> SRR1473632     1   0.390     0.6449 0.804 0.000 0.000 0.096 0.060 0.040
#> SRR812536      3   0.282     0.6656 0.008 0.060 0.880 0.000 0.036 0.016
#> SRR1370850     2   0.554     0.5522 0.004 0.704 0.112 0.020 0.096 0.064
#> SRR1486195     2   0.504     0.5520 0.000 0.656 0.260 0.004 0.028 0.052
#> SRR1407671     2   0.905    -0.2187 0.036 0.236 0.232 0.212 0.232 0.052
#> SRR1446375     3   0.863     0.1122 0.212 0.092 0.364 0.060 0.236 0.036
#> SRR1465230     4   0.383     0.7034 0.232 0.004 0.000 0.736 0.028 0.000
#> SRR614119      3   0.798     0.1448 0.240 0.004 0.384 0.180 0.168 0.024
#> SRR1356101     3   0.597     0.0860 0.000 0.336 0.532 0.004 0.044 0.084
#> SRR1404209     1   0.740     0.3684 0.496 0.004 0.192 0.168 0.116 0.024
#> SRR1392676     2   0.250     0.5034 0.000 0.884 0.020 0.000 0.012 0.084
#> SRR665538      3   0.773     0.2576 0.200 0.004 0.444 0.180 0.148 0.024
#> SRR660510      3   0.176     0.6695 0.004 0.024 0.936 0.000 0.012 0.024
#> SRR1445655     4   0.495     0.6756 0.180 0.016 0.004 0.720 0.052 0.028
#> SRR658953      5   0.821     0.0124 0.144 0.096 0.012 0.072 0.392 0.284
#> SRR2166459     1   0.635     0.5345 0.620 0.000 0.080 0.176 0.088 0.036
#> SRR1070713     2   0.704     0.1549 0.012 0.452 0.068 0.056 0.368 0.044
#> SRR1485312     3   0.154     0.6659 0.000 0.012 0.944 0.000 0.020 0.024
#> SRR1317631     3   0.795     0.2313 0.132 0.008 0.436 0.244 0.132 0.048
#> SRR1488610     1   0.441     0.6200 0.760 0.000 0.000 0.100 0.108 0.032
#> SRR1330588     3   0.692     0.2494 0.264 0.024 0.492 0.036 0.180 0.004
#> SRR1316367     1   0.644    -0.0765 0.456 0.012 0.000 0.100 0.384 0.048
#> SRR1433926     1   0.221     0.6782 0.912 0.000 0.004 0.048 0.020 0.016
#> SRR1091302     4   0.500     0.6861 0.212 0.016 0.012 0.700 0.048 0.012
#> SRR818263      1   0.670     0.1419 0.464 0.008 0.248 0.024 0.252 0.004
#> SRR1404909     4   0.714     0.2786 0.084 0.052 0.000 0.544 0.168 0.152
#> SRR663076      1   0.661     0.4499 0.580 0.000 0.112 0.204 0.072 0.032
#> SRR1323577     2   0.580     0.5353 0.004 0.672 0.108 0.016 0.140 0.060
#> SRR1442422     4   0.383     0.7034 0.232 0.004 0.000 0.736 0.028 0.000
#> SRR1465893     1   0.281     0.6858 0.868 0.000 0.008 0.092 0.028 0.004
#> SRR654862      1   0.606     0.3248 0.548 0.008 0.060 0.040 0.332 0.012
#> SRR1407112     4   0.535     0.6411 0.200 0.008 0.064 0.680 0.044 0.004
#> SRR1332969     3   0.387     0.6490 0.080 0.004 0.808 0.024 0.084 0.000
#> SRR1353199     3   0.277     0.6705 0.048 0.008 0.884 0.016 0.044 0.000
#> SRR1378885     3   0.629     0.4180 0.232 0.024 0.588 0.032 0.120 0.004
#> SRR665357      3   0.496     0.5523 0.000 0.152 0.720 0.004 0.072 0.052
#> SRR662186      2   0.636     0.3775 0.000 0.528 0.232 0.004 0.036 0.200
#> SRR1501020     3   0.442     0.6315 0.100 0.000 0.772 0.024 0.092 0.012
#> SRR1347819     3   0.240     0.6640 0.004 0.028 0.908 0.004 0.020 0.036
#> SRR1480813     2   0.495     0.6034 0.000 0.736 0.120 0.012 0.084 0.048
#> SRR1472576     5   0.844     0.1307 0.080 0.236 0.048 0.296 0.312 0.028
#> SRR1431781     4   0.802     0.2813 0.132 0.108 0.076 0.468 0.204 0.012
#> SRR1452270     3   0.219     0.6703 0.000 0.024 0.916 0.004 0.032 0.024
#> SRR1500472     3   0.854     0.0673 0.140 0.096 0.364 0.068 0.296 0.036
#> SRR1417632     4   0.792    -0.3071 0.040 0.096 0.000 0.340 0.236 0.288
#> SRR1350153     2   0.465     0.5792 0.000 0.716 0.188 0.000 0.024 0.072
#> SRR1458113     5   0.594     0.3805 0.060 0.152 0.120 0.012 0.652 0.004
#> SRR1326579     5   0.605     0.2180 0.388 0.004 0.004 0.128 0.464 0.012
#> SRR1349363     6   0.660     0.4737 0.040 0.076 0.000 0.296 0.056 0.532
#> SRR1096712     3   0.245     0.6693 0.000 0.028 0.904 0.008 0.036 0.024
#> SRR1090407     3   0.233     0.6748 0.040 0.008 0.908 0.012 0.032 0.000
#> SRR1083752     2   0.707     0.4647 0.000 0.504 0.268 0.048 0.120 0.060
#> SRR1377599     4   0.642     0.3071 0.088 0.024 0.000 0.528 0.312 0.048
#> SRR1488449     3   0.357     0.6653 0.068 0.012 0.836 0.020 0.064 0.000
#> SRR1318354     3   0.761     0.0931 0.024 0.280 0.372 0.008 0.260 0.056
#> SRR1359062     3   0.330     0.6594 0.000 0.060 0.852 0.004 0.052 0.032
#> SRR1398924     5   0.789     0.1725 0.164 0.100 0.004 0.084 0.476 0.172
#> SRR663783      3   0.267     0.6577 0.000 0.024 0.888 0.004 0.028 0.056
#> SRR1319204     3   0.742    -0.0863 0.012 0.316 0.420 0.008 0.100 0.144
#> SRR1369070     2   0.339     0.4229 0.000 0.820 0.012 0.008 0.020 0.140
#> SRR615659      1   0.221     0.6782 0.912 0.000 0.004 0.048 0.020 0.016
#> SRR1337449     2   0.382     0.6086 0.000 0.796 0.128 0.000 0.056 0.020
#> SRR1316982     3   0.605     0.2607 0.000 0.256 0.580 0.004 0.056 0.104
#> SRR1498595     4   0.787    -0.3649 0.036 0.096 0.000 0.332 0.228 0.308
#> SRR1377423     3   0.465     0.6439 0.080 0.008 0.772 0.024 0.096 0.020
#> SRR1312310     2   0.436     0.5923 0.000 0.748 0.172 0.004 0.020 0.056
#> SRR1485613     1   0.595     0.5370 0.648 0.004 0.136 0.116 0.092 0.004
#> SRR1338426     3   0.469     0.6481 0.028 0.080 0.768 0.008 0.100 0.016
#> SRR1353309     3   0.490     0.6419 0.032 0.064 0.752 0.012 0.124 0.016
#> SRR658941      3   0.795     0.2462 0.180 0.012 0.432 0.164 0.188 0.024
#> SRR1101643     1   0.388     0.6426 0.800 0.000 0.000 0.116 0.040 0.044
#> SRR1401468     3   0.775     0.2249 0.212 0.000 0.420 0.172 0.172 0.024
#> SRR1368874     2   0.355     0.5937 0.000 0.808 0.108 0.000 0.004 0.080
#> SRR1324085     5   0.849     0.1787 0.056 0.296 0.136 0.148 0.344 0.020
#> SRR1363858     1   0.807    -0.1204 0.348 0.016 0.008 0.244 0.220 0.164
#> SRR819820      3   0.625     0.5865 0.064 0.064 0.668 0.052 0.132 0.020
#> SRR1337342     1   0.779     0.0398 0.396 0.020 0.140 0.124 0.308 0.012
#> SRR655206      3   0.432     0.6012 0.004 0.080 0.796 0.012 0.052 0.056
#> SRR1387013     2   0.649     0.1721 0.004 0.528 0.016 0.048 0.304 0.100
#> SRR1317410     1   0.275     0.6790 0.868 0.000 0.004 0.080 0.048 0.000
#> SRR608198      5   0.600     0.2531 0.372 0.004 0.004 0.124 0.484 0.012
#> SRR1440161     2   0.465     0.5792 0.000 0.716 0.188 0.000 0.024 0.072
#> SRR1343741     2   0.339     0.4229 0.000 0.820 0.012 0.008 0.020 0.140
#> SRR1381288     2   0.296     0.5635 0.000 0.864 0.064 0.000 0.016 0.056
#> SRR1415379     4   0.446     0.6712 0.264 0.000 0.000 0.684 0.032 0.020
#> SRR1099622     2   0.606     0.3753 0.000 0.480 0.392 0.004 0.068 0.056
#> SRR663197      3   0.270     0.6690 0.000 0.056 0.884 0.004 0.044 0.012
#> SRR1394836     3   0.432     0.6012 0.004 0.080 0.796 0.012 0.052 0.056
#> SRR661699      3   0.405     0.6743 0.036 0.024 0.828 0.020 0.056 0.036
#> SRR813680      3   0.770     0.2451 0.204 0.000 0.432 0.172 0.168 0.024
#> SRR1410678     1   0.218     0.6856 0.908 0.000 0.008 0.064 0.016 0.004
#> SRR1378109     4   0.444     0.6933 0.220 0.012 0.012 0.720 0.036 0.000
#> SRR1499174     1   0.516     0.6021 0.724 0.000 0.068 0.068 0.124 0.016
#> SRR1311486     2   0.382     0.6086 0.000 0.796 0.128 0.000 0.056 0.020
#> SRR1382851     5   0.794     0.0710 0.024 0.312 0.048 0.148 0.404 0.064
#> SRR1433410     5   0.610     0.4862 0.184 0.028 0.020 0.116 0.636 0.016
#> SRR661167      3   0.211     0.6803 0.024 0.008 0.924 0.008 0.028 0.008
#> SRR1432518     3   0.731     0.3198 0.076 0.088 0.504 0.032 0.276 0.024
#> SRR660462      3   0.239     0.6526 0.000 0.032 0.900 0.000 0.020 0.048
#> SRR1374608     3   0.906     0.0305 0.116 0.132 0.352 0.216 0.144 0.040
#> SRR657949      3   0.474     0.6239 0.116 0.016 0.752 0.032 0.084 0.000
#> SRR1308882     4   0.454     0.6877 0.192 0.008 0.000 0.728 0.056 0.016
#> SRR655768      3   0.790     0.0722 0.308 0.012 0.348 0.108 0.208 0.016
#> SRR1485870     4   0.745    -0.2334 0.088 0.048 0.004 0.436 0.096 0.328
#> SRR1444138     3   0.807     0.0478 0.296 0.020 0.340 0.096 0.228 0.020
#> SRR1417342     4   0.702     0.0269 0.252 0.000 0.000 0.404 0.072 0.272
#> SRR1470193     4   0.492     0.6888 0.224 0.012 0.016 0.700 0.028 0.020
#> SRR1091380     3   0.625     0.5865 0.064 0.064 0.668 0.052 0.132 0.020
#> SRR1099096     1   0.276     0.6852 0.872 0.000 0.008 0.088 0.028 0.004
#> SRR1313583     4   0.376     0.6973 0.256 0.000 0.000 0.724 0.012 0.008
#> SRR1467102     3   0.414     0.5762 0.000 0.112 0.788 0.004 0.032 0.064
#> SRR1485416     4   0.610     0.4547 0.124 0.016 0.000 0.584 0.244 0.032
#> SRR818821      3   0.784     0.1773 0.032 0.236 0.392 0.012 0.260 0.068
#> SRR809963      1   0.575     0.4087 0.624 0.004 0.132 0.020 0.212 0.008
#> SRR1072247     1   0.260     0.6871 0.888 0.000 0.024 0.068 0.016 0.004
#> SRR1353710     4   0.426     0.6918 0.220 0.004 0.000 0.728 0.016 0.032
#> SRR1445259     3   0.792     0.1465 0.036 0.240 0.376 0.012 0.268 0.068
#> SRR1408393     3   0.668     0.4185 0.212 0.008 0.572 0.072 0.120 0.016
#> SRR1361522     1   0.223     0.6768 0.912 0.000 0.004 0.044 0.020 0.020
#> SRR1368597     1   0.450     0.6490 0.772 0.000 0.044 0.116 0.052 0.016
#> SRR1309680     2   0.545     0.4756 0.008 0.724 0.044 0.040 0.080 0.104
#> SRR1310542     3   0.256     0.6518 0.000 0.036 0.892 0.000 0.028 0.044
#> SRR1333485     4   0.460     0.6862 0.192 0.008 0.000 0.724 0.060 0.016
#> SRR1406437     3   0.818    -0.0554 0.012 0.204 0.372 0.108 0.264 0.040
#> SRR1354931     3   0.229     0.6791 0.028 0.008 0.916 0.008 0.028 0.012
#> SRR1391856     3   0.583     0.3671 0.000 0.196 0.632 0.004 0.100 0.068
#> SRR1446738     2   0.738     0.1667 0.008 0.412 0.144 0.056 0.348 0.032
#> SRR1309032     2   0.570     0.4672 0.000 0.548 0.344 0.004 0.036 0.068
#> SRR1388145     2   0.361     0.6071 0.000 0.816 0.112 0.000 0.048 0.024
#> SRR1432611     2   0.469     0.5730 0.000 0.696 0.224 0.000 0.028 0.052
#> SRR815869      3   0.265     0.6458 0.000 0.024 0.884 0.000 0.028 0.064
#> SRR613150      3   0.262     0.6586 0.004 0.028 0.892 0.000 0.028 0.048
#> SRR1375329     5   0.862     0.2801 0.184 0.084 0.288 0.052 0.344 0.048
#> SRR1387921     1   0.302     0.6589 0.840 0.000 0.000 0.128 0.020 0.012
#> SRR1466792     2   0.498     0.5621 0.000 0.668 0.228 0.000 0.020 0.084
#> SRR1360478     2   0.462     0.5804 0.000 0.720 0.184 0.000 0.024 0.072
#> SRR1360695     1   0.757     0.3204 0.456 0.000 0.172 0.224 0.116 0.032
#> SRR812943      1   0.479     0.5847 0.732 0.000 0.000 0.100 0.120 0.048
#> SRR1400910     2   0.840    -0.3246 0.060 0.308 0.040 0.044 0.248 0.300
#> SRR1444203     4   0.449     0.6926 0.208 0.008 0.016 0.728 0.036 0.004
#> SRR816177      2   0.582     0.5287 0.004 0.672 0.104 0.016 0.140 0.064
#> SRR658754      3   0.211     0.6650 0.000 0.028 0.920 0.004 0.028 0.020
#> SRR1429603     4   0.500     0.6192 0.156 0.004 0.000 0.716 0.056 0.068
#> SRR1397366     3   0.311     0.6664 0.064 0.008 0.864 0.020 0.044 0.000
#> SRR1446028     1   0.255     0.6861 0.892 0.000 0.012 0.060 0.032 0.004
#> SRR1083918     2   0.767     0.1686 0.048 0.480 0.064 0.104 0.272 0.032
#> SRR1337606     5   0.704     0.3541 0.120 0.040 0.016 0.228 0.548 0.048
#> SRR659109      3   0.188     0.6633 0.000 0.024 0.928 0.000 0.020 0.028
#> SRR1337192     1   0.484     0.5468 0.696 0.000 0.000 0.152 0.140 0.012
#> SRR656946      3   0.784     0.1323 0.288 0.008 0.392 0.072 0.200 0.040
#> SRR1476102     1   0.350     0.6630 0.808 0.000 0.000 0.136 0.048 0.008
#> SRR1476447     1   0.470     0.5686 0.712 0.000 0.000 0.144 0.132 0.012
#> SRR1342067     4   0.496     0.6527 0.172 0.008 0.000 0.712 0.076 0.032
#> SRR1385389     4   0.351     0.7053 0.228 0.000 0.000 0.752 0.020 0.000
#> SRR1075971     1   0.424     0.5699 0.740 0.000 0.000 0.060 0.188 0.012
#> SRR614419      1   0.627     0.0201 0.488 0.008 0.000 0.100 0.360 0.044
#> SRR1322936     5   0.719     0.4233 0.164 0.036 0.016 0.204 0.532 0.048
#> SRR1349121     3   0.773     0.1295 0.284 0.000 0.380 0.148 0.168 0.020
#> SRR1430549     1   0.260     0.6764 0.876 0.000 0.000 0.084 0.036 0.004
#> SRR612935      3   0.763     0.2382 0.028 0.240 0.428 0.012 0.232 0.060
#> SRR661481      2   0.481     0.6023 0.000 0.748 0.116 0.012 0.076 0.048
#> SRR1354117     2   0.642     0.3493 0.000 0.492 0.240 0.000 0.036 0.232
#> SRR1393596     4   0.623     0.5590 0.156 0.020 0.004 0.636 0.104 0.080
#> SRR1452164     1   0.456     0.6285 0.760 0.000 0.064 0.056 0.116 0.004
#> SRR1070503     1   0.681     0.0640 0.420 0.008 0.296 0.024 0.248 0.004
#> SRR1499894     3   0.226     0.6708 0.004 0.036 0.912 0.000 0.020 0.028
#> SRR1082883     5   0.592     0.4886 0.168 0.040 0.012 0.124 0.648 0.008
#> SRR1468271     1   0.723     0.3368 0.496 0.004 0.184 0.144 0.164 0.008
#> SRR1332443     1   0.333     0.6663 0.820 0.000 0.000 0.132 0.040 0.008
#> SRR810295      2   0.442     0.5917 0.000 0.744 0.172 0.004 0.020 0.060
#> SRR662103      1   0.223     0.6768 0.912 0.000 0.004 0.044 0.020 0.020
#> SRR1328620     3   0.761     0.0931 0.024 0.280 0.372 0.008 0.260 0.056
#> SRR1396294     3   0.795     0.2313 0.132 0.008 0.436 0.244 0.132 0.048
#> SRR1419917     1   0.223     0.6768 0.912 0.000 0.004 0.044 0.020 0.020
#> SRR662114      3   0.522     0.6130 0.020 0.088 0.720 0.020 0.140 0.012
#> SRR1489199     3   0.823    -0.0184 0.260 0.036 0.336 0.076 0.268 0.024
#> SRR813584      3   0.824    -0.1881 0.012 0.268 0.316 0.096 0.268 0.040
#> SRR1069638     1   0.703     0.1021 0.448 0.016 0.164 0.036 0.324 0.012
#> SRR614864      3   0.302     0.6769 0.020 0.024 0.876 0.016 0.060 0.004
#> SRR1433392     1   0.626     0.2827 0.536 0.004 0.176 0.024 0.256 0.004
#> SRR1377777     2   0.485    -0.0516 0.000 0.580 0.000 0.016 0.036 0.368
#> SRR2167710     3   0.784     0.1323 0.288 0.008 0.392 0.072 0.200 0.040
#> SRR1401252     4   0.534     0.6489 0.176 0.016 0.000 0.692 0.056 0.060
#> SRR1309963     4   0.481     0.6782 0.216 0.004 0.036 0.704 0.036 0.004
#> SRR1338031     1   0.215     0.6882 0.904 0.000 0.004 0.068 0.024 0.000
#> SRR1418628     2   0.436     0.5923 0.000 0.748 0.172 0.004 0.020 0.056
#> SRR1486889     1   0.742     0.3614 0.492 0.004 0.196 0.168 0.116 0.024
#> SRR1380393     1   0.433     0.6062 0.756 0.000 0.012 0.172 0.024 0.036
#> SRR1319731     1   0.295     0.6770 0.860 0.000 0.004 0.084 0.048 0.004
#> SRR1356468     4   0.699     0.4529 0.224 0.012 0.128 0.540 0.080 0.016
#> SRR1337010     2   0.407     0.5692 0.000 0.796 0.060 0.000 0.076 0.068
#> SRR1486520     1   0.585     0.3206 0.536 0.008 0.012 0.080 0.352 0.012
#> SRR1486538     4   0.426     0.6810 0.196 0.000 0.000 0.740 0.032 0.032
#> SRR1340486     4   0.535     0.6411 0.200 0.008 0.064 0.680 0.044 0.004
#> SRR1377696     4   0.792    -0.3071 0.040 0.096 0.000 0.340 0.236 0.288
#> SRR1465459     1   0.684     0.0200 0.396 0.008 0.324 0.024 0.244 0.004
#> SRR1080270     3   0.256     0.6549 0.000 0.032 0.892 0.000 0.028 0.048
#> SRR1312501     3   0.591     0.5819 0.056 0.056 0.672 0.052 0.160 0.004
#> SRR1093148     5   0.742    -0.0131 0.040 0.132 0.372 0.032 0.400 0.024
#> SRR1467080     3   0.248     0.6501 0.000 0.036 0.896 0.000 0.024 0.044
#> SRR1410866     2   0.452     0.5934 0.000 0.740 0.168 0.004 0.024 0.064
#> SRR816475      5   0.849     0.1756 0.056 0.300 0.136 0.148 0.340 0.020
#> SRR1379198     4   0.324     0.7015 0.244 0.000 0.000 0.752 0.004 0.000
#> SRR613342      3   0.530     0.6249 0.024 0.088 0.724 0.012 0.124 0.028
#> SRR1452246     2   0.477     0.3456 0.000 0.704 0.000 0.012 0.132 0.152
#> SRR1338836     2   0.275     0.5770 0.000 0.868 0.080 0.000 0.004 0.048
#> SRR1369129     4   0.319     0.7034 0.236 0.000 0.000 0.760 0.004 0.000
#> SRR1396616     3   0.353     0.6567 0.068 0.004 0.832 0.020 0.076 0.000
#> SRR813824      3   0.196     0.6712 0.008 0.024 0.928 0.000 0.012 0.028
#> SRR1082376     1   0.519     0.4887 0.652 0.000 0.036 0.040 0.260 0.012
#> SRR1500891     4   0.452     0.6762 0.180 0.008 0.000 0.740 0.040 0.032
#> SRR807543      1   0.617     0.3067 0.552 0.004 0.164 0.024 0.252 0.004
#> SRR1091572     1   0.783     0.0149 0.424 0.068 0.140 0.040 0.304 0.024
#> SRR1346689     4   0.449     0.6984 0.228 0.008 0.004 0.716 0.024 0.020
#> SRR1332424     5   0.610     0.4862 0.184 0.028 0.020 0.116 0.636 0.016
#> SRR663729      4   0.605     0.4637 0.128 0.016 0.000 0.588 0.240 0.028
#> SRR1097013     1   0.635     0.5345 0.620 0.000 0.080 0.176 0.088 0.036
#> SRR613675      5   0.719     0.4233 0.164 0.036 0.016 0.204 0.532 0.048
#> SRR1485357     4   0.549     0.6293 0.196 0.008 0.068 0.672 0.052 0.004
#> SRR655816      3   0.327     0.6770 0.036 0.008 0.868 0.016 0.032 0.040
#> SRR1500113     1   0.546     0.5844 0.692 0.000 0.060 0.164 0.060 0.024
#> SRR1437622     2   0.856    -0.2618 0.072 0.300 0.056 0.236 0.300 0.036
#> SRR1355172     3   0.758     0.2676 0.200 0.000 0.452 0.180 0.144 0.024
#> SRR655531      1   0.551     0.1577 0.520 0.008 0.004 0.052 0.400 0.016
#> SRR1338147     3   0.450     0.6430 0.092 0.028 0.784 0.012 0.072 0.012
#> SRR1413329     3   0.784     0.2487 0.196 0.044 0.444 0.060 0.236 0.020
#> SRR1485931     6   0.444     0.4476 0.000 0.356 0.000 0.024 0.008 0.612
#> SRR1420873     1   0.585     0.5574 0.660 0.004 0.112 0.120 0.100 0.004
#> SRR1333308     4   0.550     0.6778 0.200 0.020 0.004 0.660 0.104 0.012
#> SRR1452033     1   0.512     0.5926 0.716 0.000 0.092 0.068 0.120 0.004
#> SRR1467316     2   0.491    -0.1131 0.000 0.556 0.000 0.016 0.036 0.392
#> SRR809018      3   0.248     0.6479 0.000 0.016 0.892 0.000 0.028 0.064
#> SRR1375351     2   0.436     0.5923 0.000 0.748 0.172 0.004 0.020 0.056
#> SRR663440      3   0.577     0.5201 0.176 0.020 0.652 0.024 0.124 0.004
#> SRR1471755     2   0.491     0.6003 0.000 0.740 0.116 0.012 0.084 0.048
#> SRR808019      3   0.789     0.2458 0.184 0.008 0.432 0.168 0.184 0.024
#> SRR1479133     3   0.199     0.6775 0.040 0.004 0.924 0.016 0.016 0.000
#> SRR615069      3   0.701     0.1493 0.032 0.100 0.456 0.028 0.360 0.024
#> SRR1456185     2   0.819     0.3179 0.040 0.488 0.176 0.088 0.116 0.092
#> SRR1350069     3   0.795     0.2313 0.132 0.008 0.436 0.244 0.132 0.048
#> SRR816316      1   0.569     0.4190 0.632 0.004 0.128 0.020 0.208 0.008
#> SRR664795      3   0.770     0.2451 0.204 0.000 0.432 0.172 0.168 0.024
#> SRR1490721     4   0.663     0.2605 0.080 0.036 0.000 0.500 0.332 0.052
#> SRR810643      1   0.288     0.6749 0.860 0.000 0.000 0.080 0.056 0.004
#> SRR1430333     5   0.820     0.4465 0.148 0.076 0.196 0.096 0.460 0.024
#> SRR1085285     3   0.199     0.6775 0.040 0.004 0.924 0.016 0.016 0.000
#> SRR1099072     3   0.379     0.6474 0.084 0.004 0.812 0.020 0.080 0.000
#> SRR1317985     1   0.219     0.6875 0.904 0.000 0.004 0.060 0.032 0.000
#> SRR1487340     1   0.310     0.6852 0.856 0.000 0.008 0.084 0.044 0.008
#> SRR1420276     3   0.374     0.6070 0.000 0.076 0.816 0.000 0.036 0.072
#> SRR1351347     3   0.525     0.6300 0.032 0.072 0.724 0.016 0.140 0.016
#> SRR1405525     1   0.440     0.6202 0.760 0.000 0.000 0.096 0.112 0.032
#> SRR1370329     1   0.169     0.6829 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012 0.000
#> SRR1465001     1   0.295     0.6770 0.860 0.000 0.004 0.084 0.048 0.004
#> SRR1476525     2   0.361     0.6093 0.000 0.812 0.120 0.000 0.048 0.020
#> SRR819610      2   0.819     0.3179 0.040 0.488 0.176 0.088 0.116 0.092
#> SRR2157314     1   0.304     0.6890 0.864 0.000 0.012 0.072 0.044 0.008
#> SRR1409465     2   0.270     0.5757 0.000 0.872 0.076 0.000 0.004 0.048
#> SRR809987      4   0.430     0.6790 0.260 0.000 0.000 0.696 0.024 0.020
#> SRR613639      3   0.462     0.6322 0.096 0.008 0.768 0.044 0.080 0.004
#> SRR1402285     4   0.373     0.7030 0.240 0.004 0.000 0.736 0.020 0.000
#> SRR1077038     1   0.585     0.3877 0.608 0.004 0.136 0.020 0.224 0.008
#> SRR1405660     3   0.219     0.6703 0.000 0.024 0.916 0.004 0.032 0.024
#> SRR1095455     3   0.793     0.1356 0.036 0.244 0.372 0.012 0.268 0.068
#> SRR1394734     2   0.767     0.1686 0.048 0.480 0.064 0.104 0.272 0.032
#> SRR1317771     1   0.740     0.3684 0.496 0.004 0.192 0.168 0.116 0.024
#> SRR1365894     4   0.723    -0.0325 0.064 0.052 0.000 0.492 0.132 0.260
#> SRR1073581     3   0.773     0.1295 0.284 0.000 0.380 0.148 0.168 0.020
#> SRR659804      1   0.304     0.6890 0.864 0.000 0.012 0.072 0.044 0.008
#> SRR1345914     2   0.558     0.5643 0.004 0.696 0.124 0.016 0.096 0.064
#> SRR1432186     2   0.423     0.5761 0.000 0.796 0.084 0.016 0.068 0.036
#> SRR1473529     4   0.787    -0.3649 0.036 0.096 0.000 0.332 0.228 0.308
#> SRR660764      3   0.638     0.3939 0.008 0.204 0.584 0.004 0.140 0.060
#> SRR820448      1   0.575     0.4087 0.624 0.004 0.132 0.020 0.212 0.008
#> SRR1328845     3   0.795     0.2313 0.132 0.008 0.436 0.244 0.132 0.048
#> SRR1336415     4   0.373     0.7030 0.240 0.004 0.000 0.736 0.020 0.000
#> SRR1379065     4   0.440     0.6766 0.180 0.004 0.000 0.744 0.044 0.028
#> SRR1459190     3   0.658     0.4344 0.208 0.008 0.584 0.068 0.116 0.016
#> SRR1346773     1   0.293     0.6781 0.856 0.000 0.000 0.084 0.056 0.004
#> SRR1499521     3   0.791     0.2392 0.184 0.008 0.428 0.172 0.184 0.024
#> SRR1440898     2   0.380     0.5990 0.000 0.808 0.104 0.000 0.052 0.036
#> SRR1347459     3   0.468     0.6436 0.020 0.088 0.768 0.016 0.096 0.012
#> SRR1081209     2   0.416     0.3735 0.000 0.748 0.020 0.008 0.024 0.200
#> SRR1400202     1   0.174     0.6826 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012 0.000
#> SRR1333395     4   0.683    -0.2502 0.116 0.016 0.000 0.416 0.064 0.388
#> SRR1309248     4   0.733    -0.1206 0.060 0.056 0.000 0.468 0.136 0.280
#> SRR809161      3   0.310     0.6709 0.052 0.016 0.868 0.016 0.048 0.000
#> SRR1316320     4   0.796    -0.0852 0.108 0.052 0.004 0.356 0.340 0.140
#> SRR1432629     2   0.449     0.4158 0.000 0.740 0.004 0.012 0.152 0.092
#> SRR1498931     1   0.200     0.6895 0.912 0.000 0.012 0.068 0.008 0.000
#> SRR1416578     4   0.446     0.6712 0.264 0.000 0.000 0.684 0.032 0.020
#> SRR1405547     3   0.248     0.6479 0.000 0.016 0.892 0.000 0.028 0.064
#> SRR1470534     4   0.324     0.7015 0.244 0.000 0.000 0.752 0.004 0.000
#> SRR1380764     1   0.440     0.6547 0.772 0.004 0.040 0.100 0.084 0.000
#> SRR1309160     3   0.154     0.6768 0.012 0.004 0.948 0.004 0.024 0.008
#> SRR663489      3   0.248     0.6479 0.000 0.016 0.892 0.000 0.028 0.064
#> SRR1500450     1   0.755     0.2670 0.460 0.000 0.120 0.268 0.092 0.060
#> SRR1078489     3   0.857    -0.2461 0.176 0.100 0.324 0.068 0.308 0.024
#> SRR1332648     4   0.371     0.7040 0.236 0.004 0.000 0.740 0.020 0.000
#> SRR660614      3   0.742    -0.0863 0.012 0.316 0.420 0.008 0.100 0.144
#> SRR1470420     2   0.572     0.4600 0.000 0.540 0.352 0.004 0.036 0.068
#> SRR1475566     1   0.174     0.6826 0.920 0.000 0.000 0.068 0.012 0.000
#> SRR1477949     1   0.329     0.6624 0.824 0.000 0.000 0.132 0.032 0.012
#> SRR1481419     2   0.429     0.5865 0.000 0.788 0.096 0.012 0.068 0.036
#> SRR1464766     1   0.319     0.6833 0.860 0.000 0.024 0.064 0.044 0.008
#> SRR615946      3   0.262     0.6783 0.016 0.028 0.900 0.004 0.036 0.016
#> SRR1446481     2   0.372     0.6084 0.000 0.804 0.124 0.000 0.052 0.020
#> SRR1467656     2   0.292     0.5793 0.000 0.856 0.088 0.000 0.004 0.052
#> SRR1402962     5   0.599     0.1925 0.400 0.008 0.024 0.072 0.488 0.008
#> SRR660224      2   0.471     0.5852 0.000 0.744 0.136 0.004 0.060 0.056
#> SRR665586      1   0.246     0.6801 0.892 0.000 0.000 0.064 0.032 0.012
#> SRR1347166     5   0.750     0.5040 0.160 0.060 0.092 0.112 0.552 0.024
#> SRR1485722     5   0.597     0.5124 0.168 0.040 0.072 0.064 0.656 0.000
#> SRR1415316     1   0.317     0.6659 0.840 0.000 0.000 0.112 0.032 0.016
#> SRR613390      1   0.294     0.6629 0.860 0.000 0.000 0.060 0.072 0.008
#> SRR661108      3   0.192     0.6705 0.004 0.020 0.932 0.004 0.024 0.016
#> SRR2170173     3   0.790     0.1331 0.288 0.012 0.392 0.072 0.196 0.040
#> SRR817329      1   0.422     0.6527 0.788 0.000 0.044 0.116 0.040 0.012
#> SRR1401990     4   0.742     0.3536 0.208 0.008 0.164 0.492 0.108 0.020
#> SRR1467745     5   0.842     0.0929 0.044 0.328 0.136 0.132 0.332 0.028
#> SRR1471795     2   0.540     0.5451 0.012 0.728 0.088 0.032 0.100 0.040
#> SRR1415637     2   0.250     0.5034 0.000 0.884 0.020 0.000 0.012 0.084
#> SRR813137      1   0.428     0.6286 0.796 0.000 0.084 0.056 0.044 0.020
#> SRR1314873     1   0.251     0.6753 0.884 0.000 0.000 0.084 0.016 0.016
#> SRR1401211     1   0.757     0.3204 0.456 0.000 0.172 0.224 0.116 0.032
#> SRR1419692     4   0.421     0.6991 0.216 0.012 0.004 0.732 0.036 0.000
#> SRR818797      3   0.544     0.5204 0.188 0.012 0.664 0.024 0.112 0.000
#> SRR2164608     3   0.587     0.5971 0.060 0.044 0.700 0.044 0.124 0.028
#> SRR1455586     3   0.587     0.1958 0.000 0.288 0.576 0.004 0.048 0.084
#> SRR819459      3   0.262     0.6586 0.004 0.028 0.892 0.000 0.028 0.048
#> SRR1488939     2   0.492    -0.1236 0.000 0.552 0.000 0.016 0.036 0.396
#> SRR1433232     2   0.425     0.2499 0.000 0.724 0.000 0.016 0.040 0.220
#> SRR1385501     1   0.591     0.3912 0.604 0.004 0.132 0.024 0.228 0.008
#> SRR1361652     5   0.816     0.0391 0.156 0.088 0.012 0.068 0.400 0.276
#> SRR1437119     1   0.195     0.6852 0.912 0.000 0.000 0.072 0.004 0.012
#> SRR1478547     3   0.228     0.6539 0.000 0.016 0.904 0.000 0.024 0.056
#> SRR1430910     5   0.800     0.2160 0.120 0.084 0.324 0.056 0.396 0.020
#> SRR1310584     1   0.236     0.6837 0.896 0.000 0.000 0.064 0.032 0.008
#> SRR1500216     1   0.778    -0.0108 0.420 0.016 0.008 0.204 0.220 0.132
#> SRR1486762     3   0.485     0.6212 0.092 0.008 0.752 0.024 0.108 0.016
#> SRR1480854     4   0.642     0.3071 0.088 0.024 0.000 0.528 0.312 0.048
#> SRR1489394     4   0.376     0.6973 0.256 0.000 0.000 0.724 0.012 0.008
#> SRR1418085     4   0.386     0.7025 0.236 0.004 0.000 0.732 0.028 0.000
#> SRR1340221     4   0.319     0.7034 0.236 0.000 0.000 0.760 0.004 0.000
#> SRR1473058     5   0.849     0.1756 0.056 0.300 0.136 0.148 0.340 0.020
#> SRR1405165     3   0.491     0.6232 0.016 0.068 0.740 0.008 0.144 0.024
#> SRR1433004     1   0.299     0.6624 0.856 0.000 0.000 0.060 0.076 0.008
#> SRR1471477     1   0.757     0.3153 0.456 0.000 0.188 0.212 0.112 0.032
#> SRR1098567     2   0.507     0.5865 0.000 0.676 0.224 0.004 0.064 0.032
#> SRR1098712     3   0.795     0.2313 0.132 0.008 0.436 0.244 0.132 0.048
#> SRR1455038     1   0.383     0.5750 0.772 0.000 0.000 0.048 0.172 0.008
#> SRR1375248     3   0.586     0.1800 0.000 0.300 0.568 0.004 0.044 0.084
#> SRR1403005     3   0.297     0.6689 0.052 0.008 0.872 0.016 0.052 0.000
#> SRR1348378     2   0.690     0.4768 0.000 0.520 0.264 0.040 0.120 0.056
#> SRR1413541     1   0.256     0.6752 0.884 0.000 0.000 0.076 0.028 0.012
#> SRR1392943     4   0.602     0.4829 0.116 0.020 0.004 0.608 0.228 0.024
#> SRR1475192     3   0.219     0.6675 0.000 0.024 0.916 0.004 0.024 0.032
#> SRR1432085     2   0.604     0.2755 0.000 0.452 0.428 0.008 0.064 0.048
#> SRR1452468     5   0.841     0.4535 0.180 0.076 0.176 0.104 0.436 0.028
#> SRR1347060     3   0.218     0.6581 0.000 0.028 0.912 0.000 0.020 0.040
#> SRR1414139     3   0.608    -0.1701 0.000 0.408 0.468 0.008 0.064 0.052
#> SRR1447962     2   0.600     0.3892 0.000 0.492 0.384 0.004 0.064 0.056
#> SRR1444324     2   0.608     0.4278 0.000 0.504 0.348 0.004 0.032 0.112
#> SRR1415004     1   0.413     0.6109 0.768 0.000 0.008 0.168 0.024 0.032
#> SRR1413436     1   0.740     0.3684 0.496 0.004 0.192 0.168 0.116 0.024
#> SRR1311266     5   0.843     0.1882 0.248 0.060 0.284 0.076 0.312 0.020
#> SRR1343302     4   0.434     0.6957 0.220 0.012 0.008 0.724 0.036 0.000
#> SRR1373746     1   0.265     0.6776 0.872 0.000 0.000 0.088 0.036 0.004
#> SRR1429678     1   0.306     0.6871 0.860 0.000 0.012 0.072 0.052 0.004
#> SRR1469413     2   0.585     0.4052 0.000 0.508 0.384 0.008 0.060 0.040
#> SRR1405331     1   0.616     0.3075 0.552 0.004 0.160 0.024 0.256 0.004
#> SRR1345609     1   0.293     0.6678 0.848 0.000 0.000 0.120 0.012 0.020
#> SRR1380208     5   0.822     0.1840 0.056 0.172 0.044 0.212 0.448 0.068
#> SRR1322840     4   0.435     0.6794 0.184 0.000 0.000 0.740 0.048 0.028
#> SRR1399797     3   0.270     0.6690 0.000 0.056 0.884 0.004 0.044 0.012
#> SRR1416654     3   0.307     0.6780 0.020 0.024 0.876 0.016 0.056 0.008
#> SRR1315081     3   0.295     0.6379 0.000 0.040 0.868 0.000 0.028 0.064
#> SRR1369196     3   0.262     0.6510 0.000 0.044 0.888 0.000 0.024 0.044
#> SRR1400847     1   0.319     0.6833 0.860 0.000 0.024 0.064 0.044 0.008
#> SRR1365291     3   0.692     0.2494 0.264 0.024 0.492 0.036 0.180 0.004
#> SRR1367920     4   0.642     0.3071 0.088 0.024 0.000 0.528 0.312 0.048
#> SRR1366648     3   0.257     0.6460 0.000 0.020 0.888 0.000 0.028 0.064
#> SRR1441679     2   0.287     0.5780 0.000 0.860 0.084 0.000 0.004 0.052
#> SRR1082173     3   0.587     0.5971 0.060 0.044 0.700 0.044 0.124 0.028
#> SRR1363968     1   0.713     0.4203 0.524 0.000 0.148 0.200 0.096 0.032
#> SRR814387      1   0.288     0.6749 0.860 0.000 0.000 0.080 0.056 0.004
#> SRR657599      3   0.797     0.2412 0.180 0.012 0.428 0.164 0.192 0.024
#> SRR1386689     4   0.535     0.6411 0.200 0.008 0.064 0.680 0.044 0.004
#> SRR1395575     3   0.263     0.6812 0.024 0.008 0.896 0.008 0.052 0.012
#> SRR1453811     3   0.453     0.6157 0.116 0.012 0.756 0.016 0.100 0.000
#> SRR1441159     1   0.370     0.6307 0.796 0.000 0.000 0.088 0.112 0.004
#> SRR1403154     4   0.434     0.6957 0.220 0.012 0.008 0.724 0.036 0.000
#> SRR1468722     3   0.224     0.6563 0.000 0.016 0.908 0.000 0.032 0.044
#> SRR1310275     3   0.698     0.2417 0.264 0.024 0.488 0.040 0.180 0.004

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.458           0.837       0.902         0.4946 0.500   0.500
#> 3 3 0.599           0.652       0.837         0.3048 0.761   0.563
#> 4 4 0.958           0.924       0.957         0.1356 0.859   0.629
#> 5 5 0.828           0.814       0.898         0.0781 0.915   0.698
#> 6 6 0.775           0.663       0.815         0.0400 0.980   0.905

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.8081     0.5738 0.752 0.248
#> SRR1331708     1  0.3114     0.8869 0.944 0.056
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR661589      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.6438     0.8432 0.836 0.164
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1094457     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1095575     1  0.9795     0.0214 0.584 0.416
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1430066     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1431037     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1395554     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR818002      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.9954    -0.0894 0.460 0.540
#> SRR1486845     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.9998    -0.2069 0.492 0.508
#> SRR1429846     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR613550      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1324025     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1318879     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR820755      1  0.9954    -0.1172 0.540 0.460
#> SRR1485830     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR599313      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1415398     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1326205     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1421327     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1083311     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1499303     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1079522     1  0.0672     0.9036 0.992 0.008
#> SRR1452935     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR661361      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR615778      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.9087     0.3861 0.324 0.676
#> SRR1433555     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1308650     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1413602     2  0.6247     0.8876 0.156 0.844
#> SRR1479955     2  0.6247     0.7146 0.156 0.844
#> SRR809853      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR661313      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1499935     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1447303     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1429408     2  0.9393     0.2635 0.356 0.644
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.7602     0.6301 0.780 0.220
#> SRR1435229     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1400974     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR613927      2  0.7299     0.8504 0.204 0.796
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR813776      1  0.9954    -0.1172 0.540 0.460
#> SRR808196      1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1101085     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR614395      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1370551     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR665310      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1420109     2  0.7219     0.8562 0.200 0.800
#> SRR1330920     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1359447     2  0.5946     0.8856 0.144 0.856
#> SRR1347259     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR613915      2  0.7745     0.8250 0.228 0.772
#> SRR1384395     2  0.6048     0.8858 0.148 0.852
#> SRR821715      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0672     0.9036 0.992 0.008
#> SRR1096383     1  0.4562     0.8163 0.904 0.096
#> SRR1341480     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1326270     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1498838     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1416313     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR808566      2  0.9170     0.3380 0.332 0.668
#> SRR1430270     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1367825     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR613533      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR661267      1  0.9552     0.2223 0.624 0.376
#> SRR810665      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.7602     0.6301 0.780 0.220
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR812536      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1370850     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1407671     1  0.6623     0.8351 0.828 0.172
#> SRR1446375     1  0.9775     0.0387 0.588 0.412
#> SRR1465230     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR614119      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR660510      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1445655     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR658953      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1485312     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1317631     1  0.7139     0.8215 0.804 0.196
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1330588     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR818263      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1404909     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR663076      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1442422     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1332969     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1353199     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1378885     2  0.9358     0.6396 0.352 0.648
#> SRR665357      2  0.6048     0.8858 0.148 0.852
#> SRR662186      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1501020     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1347819     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1480813     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1472576     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1431781     1  0.9933     0.4098 0.548 0.452
#> SRR1452270     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1500472     1  0.9896    -0.0814 0.560 0.440
#> SRR1417632     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1350153     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1458113     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.9954    -0.0894 0.460 0.540
#> SRR1096712     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1090407     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1083752     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1377599     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1488449     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1318354     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1359062     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1398924     1  0.9608     0.1656 0.616 0.384
#> SRR663783      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1319204     2  0.6247     0.8876 0.156 0.844
#> SRR1369070     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0672     0.8594 0.008 0.992
#> SRR1498595     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1377423     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1312310     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1338426     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1353309     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR658941      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.8608     0.7304 0.716 0.284
#> SRR1363858     1  0.0376     0.9047 0.996 0.004
#> SRR819820      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1415379     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1099622     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR663197      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1394836     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR661699      2  0.6148     0.8874 0.152 0.848
#> SRR813680      1  0.8016     0.5822 0.756 0.244
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.0376     0.8558 0.004 0.996
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR661167      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1432518     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR660462      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1374608     1  0.9209     0.6410 0.664 0.336
#> SRR657949      2  0.9754     0.5211 0.408 0.592
#> SRR1308882     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR655768      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1444138     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1091380     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.5294     0.8617 0.880 0.120
#> SRR1467102     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1485416     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR818821      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR809963      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1445259     2  0.9944     0.4241 0.456 0.544
#> SRR1408393     1  0.6531     0.7191 0.832 0.168
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1310542     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1333485     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1406437     2  0.1414     0.8561 0.020 0.980
#> SRR1354931     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1391856     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR613150      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1375329     2  0.9732     0.5497 0.404 0.596
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.9393     0.6343 0.356 0.644
#> SRR1444203     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR816177      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR658754      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1429603     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1397366     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1337606     1  0.2043     0.8956 0.968 0.032
#> SRR659109      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1385389     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0672     0.9036 0.992 0.008
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR661481      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1393596     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1070503     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1499894     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1082883     1  0.1414     0.8997 0.980 0.020
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1396294     1  0.9922     0.4030 0.552 0.448
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR662114      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1489199     1  0.0938     0.8974 0.988 0.012
#> SRR813584      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1069638     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR614864      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1433392     1  0.0376     0.9032 0.996 0.004
#> SRR1377777     2  0.6148     0.7201 0.152 0.848
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1401252     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1309963     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0938     0.8975 0.988 0.012
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1337010     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1340486     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1377696     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1465459     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1080270     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1312501     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1093148     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1467080     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1410866     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR816475      2  0.9209     0.3261 0.336 0.664
#> SRR1379198     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR613342      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1452246     2  0.0376     0.8558 0.004 0.996
#> SRR1338836     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1369129     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1396616     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR813824      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1500891     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR807543      2  0.9686     0.5489 0.396 0.604
#> SRR1091572     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1346689     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR663729      1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0672     0.9036 0.992 0.008
#> SRR1485357     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR655816      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1355172     1  0.7815     0.6067 0.768 0.232
#> SRR655531      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1338147     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1413329     1  0.9209     0.3521 0.664 0.336
#> SRR1485931     2  0.6048     0.7254 0.148 0.852
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.7299     0.6410 0.204 0.796
#> SRR809018      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1375351     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR663440      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1471755     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.7528     0.6375 0.784 0.216
#> SRR1479133     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR615069      2  0.5737     0.8847 0.136 0.864
#> SRR1456185     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1350069     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR816316      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.6623     0.7125 0.828 0.172
#> SRR1490721     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR810643      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1430333     2  0.9580     0.5837 0.380 0.620
#> SRR1085285     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1099072     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.6048     0.8858 0.148 0.852
#> SRR1351347     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.4815     0.7789 0.104 0.896
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.5737     0.8553 0.864 0.136
#> SRR613639      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1402285     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1405660     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1095455     2  0.9998     0.3210 0.492 0.508
#> SRR1394734     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1365894     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1073581     1  0.6048     0.7483 0.852 0.148
#> SRR659804      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.9944    -0.0738 0.456 0.544
#> SRR660764      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR820448      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1336415     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1379065     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1459190     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1347459     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1081209     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1309248     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR809161      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1316320     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1432629     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1405547     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1470534     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1309160     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR663489      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1078489     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1332648     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR660614      2  0.5946     0.8856 0.144 0.856
#> SRR1470420     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR615946      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1446481     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.7453     0.6449 0.788 0.212
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR661108      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR2170173     2  0.9922     0.4458 0.448 0.552
#> SRR817329      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1467745     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1419692     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR818797      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR2164608     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1455586     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR819459      2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1488939     2  0.8763     0.4567 0.296 0.704
#> SRR1433232     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.1184     0.8945 0.984 0.016
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1430910     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1480854     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1489394     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1418085     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1340221     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1473058     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1405165     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1098712     1  0.9850     0.4652 0.572 0.428
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1403005     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1348378     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1475192     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1432085     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1347060     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1414139     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1405331     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1322840     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1399797     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1416654     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1315081     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1369196     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1365291     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1367920     1  0.6343     0.8413 0.840 0.160
#> SRR1366648     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1441679     2  0.0000     0.8576 0.000 1.000
#> SRR1082173     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.7453     0.6448 0.788 0.212
#> SRR1386689     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1395575     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1453811     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9059 1.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.6048     0.8501 0.852 0.148
#> SRR1468722     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840
#> SRR1310275     2  0.6343     0.8883 0.160 0.840

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     3  0.6111     0.4330 0.396 0.000 0.604
#> SRR1331708     1  0.0747     0.8074 0.984 0.016 0.000
#> SRR1464258     1  0.5070     0.5700 0.772 0.004 0.224
#> SRR1454201     1  0.5754     0.4192 0.700 0.004 0.296
#> SRR661589      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1315165     2  0.6274    -0.2132 0.456 0.544 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.6225     0.4394 0.568 0.432 0.000
#> SRR1094457     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1095575     1  0.6330     0.1493 0.600 0.004 0.396
#> SRR1315931     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.1643     0.6593 0.000 0.956 0.044
#> SRR1344143     2  0.0848     0.6332 0.008 0.984 0.008
#> SRR1486845     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1362866     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.5733     0.6386 0.000 0.676 0.324
#> SRR1456138     2  0.3816     0.6853 0.000 0.852 0.148
#> SRR1416248     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.6267    -0.2110 0.452 0.548 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.3038     0.6775 0.000 0.896 0.104
#> SRR1429846     3  0.3879     0.7446 0.152 0.000 0.848
#> SRR613550      3  0.2261     0.8172 0.068 0.000 0.932
#> SRR1348402     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0237     0.8705 0.000 0.004 0.996
#> SRR820755      3  0.5902     0.5747 0.316 0.004 0.680
#> SRR1485830     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR599313      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR612263      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.6260     0.4169 0.552 0.448 0.000
#> SRR1421327     2  0.6308    -0.3082 0.492 0.508 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.5397     0.2426 0.280 0.720 0.000
#> SRR1079522     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1452935     3  0.0475     0.8681 0.004 0.004 0.992
#> SRR1379495     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.6215     0.4781 0.000 0.572 0.428
#> SRR661361      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1447564     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1455195     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR655182      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000     0.6311 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.6204     0.4867 0.000 0.576 0.424
#> SRR1388354     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.3941     0.6860 0.000 0.844 0.156
#> SRR809853      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     2  0.6192    -0.1299 0.420 0.580 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.3482     0.5093 0.128 0.872 0.000
#> SRR1433950     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1362081     2  0.6180     0.5019 0.000 0.584 0.416
#> SRR1409854     3  0.6081     0.5295 0.344 0.004 0.652
#> SRR1435229     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1085996     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1414229     3  0.0237     0.8705 0.000 0.004 0.996
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.5656     0.6078 0.284 0.004 0.712
#> SRR1457854     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR813776      3  0.5845     0.5832 0.308 0.004 0.688
#> SRR808196      1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1101085     1  0.6309     0.3273 0.504 0.496 0.000
#> SRR614395      1  0.6008     0.3496 0.664 0.004 0.332
#> SRR1478251     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1370551     2  0.5882     0.6129 0.000 0.652 0.348
#> SRR1362310     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     3  0.3500     0.7709 0.116 0.004 0.880
#> SRR1330920     1  0.1267     0.7933 0.972 0.004 0.024
#> SRR1419539     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359447     3  0.4887     0.5240 0.000 0.228 0.772
#> SRR1347259     1  0.6260     0.4169 0.552 0.448 0.000
#> SRR613915      3  0.4110     0.7416 0.152 0.004 0.844
#> SRR1384395     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1096383     1  0.6095     0.2321 0.608 0.000 0.392
#> SRR1341480     2  0.6305    -0.2892 0.484 0.516 0.000
#> SRR1341344     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1326270     3  0.3879     0.7446 0.152 0.000 0.848
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.4178     0.4478 0.172 0.828 0.000
#> SRR1430270     1  0.5678     0.5689 0.684 0.316 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      3  0.5465     0.6077 0.288 0.000 0.712
#> SRR810665      2  0.5785     0.6310 0.000 0.668 0.332
#> SRR1407250     3  0.6373     0.4053 0.408 0.004 0.588
#> SRR1420067     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.4291     0.6848 0.000 0.820 0.180
#> SRR1486195     2  0.6204     0.4867 0.000 0.576 0.424
#> SRR1407671     2  0.0000     0.6311 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.6442     0.0271 0.564 0.004 0.432
#> SRR1465230     1  0.6260     0.4169 0.552 0.448 0.000
#> SRR614119      1  0.6225     0.0399 0.568 0.000 0.432
#> SRR1356101     2  0.6267     0.4238 0.000 0.548 0.452
#> SRR1404209     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.5497     0.6623 0.000 0.708 0.292
#> SRR665538      1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     2  0.6235    -0.1622 0.436 0.564 0.000
#> SRR658953      1  0.0661     0.8069 0.988 0.004 0.008
#> SRR2166459     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1070713     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1485312     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.6291     0.3802 0.532 0.468 0.000
#> SRR1488610     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.6295    -0.2519 0.472 0.528 0.000
#> SRR818263      1  0.5244     0.5432 0.756 0.004 0.240
#> SRR1404909     2  0.5926     0.0533 0.356 0.644 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1442422     1  0.6280     0.3953 0.540 0.460 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.4733     0.6097 0.800 0.004 0.196
#> SRR1407112     1  0.6260     0.4169 0.552 0.448 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.5158     0.6613 0.232 0.004 0.764
#> SRR665357      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.5529     0.6599 0.000 0.704 0.296
#> SRR1501020     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.5529     0.6599 0.000 0.704 0.296
#> SRR1472576     2  0.0000     0.6311 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     2  0.5882     0.0827 0.348 0.652 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.6451     0.0731 0.560 0.004 0.436
#> SRR1417632     1  0.6309     0.3273 0.504 0.496 0.000
#> SRR1350153     2  0.5835     0.6227 0.000 0.660 0.340
#> SRR1458113     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1349363     2  0.4228     0.6851 0.008 0.844 0.148
#> SRR1096712     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.2878     0.6753 0.000 0.904 0.096
#> SRR1377599     2  0.6252    -0.1909 0.444 0.556 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.7351     0.3664 0.664 0.268 0.068
#> SRR663783      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.0747     0.8576 0.000 0.016 0.984
#> SRR1369070     2  0.5465     0.6647 0.000 0.712 0.288
#> SRR615659      1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.5835     0.6227 0.000 0.660 0.340
#> SRR1316982     3  0.4555     0.5838 0.000 0.200 0.800
#> SRR1498595     2  0.0000     0.6311 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.5859     0.6180 0.000 0.656 0.344
#> SRR1485613     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0747     0.8015 0.984 0.000 0.016
#> SRR1368874     2  0.6180     0.5019 0.000 0.584 0.416
#> SRR1324085     2  0.6225    -0.1520 0.432 0.568 0.000
#> SRR1363858     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR819820      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR655206      3  0.0892     0.8534 0.000 0.020 0.980
#> SRR1387013     2  0.2878     0.6756 0.000 0.904 0.096
#> SRR1317410     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1440161     2  0.6260     0.4324 0.000 0.552 0.448
#> SRR1343741     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1381288     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1415379     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1099622     2  0.6204     0.4867 0.000 0.576 0.424
#> SRR663197      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     3  0.4121     0.6386 0.000 0.168 0.832
#> SRR661699      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR813680      3  0.5733     0.5687 0.324 0.000 0.676
#> SRR1410678     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.6280     0.3953 0.540 0.460 0.000
#> SRR1499174     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311486     2  0.5733     0.6386 0.000 0.676 0.324
#> SRR1382851     2  0.0000     0.6311 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.8691     0.2676 0.452 0.444 0.104
#> SRR657949      3  0.5929     0.5692 0.320 0.004 0.676
#> SRR1308882     1  0.6280     0.3953 0.540 0.460 0.000
#> SRR655768      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485870     2  0.6302    -0.2796 0.480 0.520 0.000
#> SRR1444138     1  0.6476    -0.0352 0.548 0.004 0.448
#> SRR1417342     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.6274    -0.2132 0.456 0.544 0.000
#> SRR1091380     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.5098     0.6337 0.752 0.248 0.000
#> SRR1467102     3  0.0424     0.8657 0.000 0.008 0.992
#> SRR1485416     1  0.6309     0.3273 0.504 0.496 0.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.6008     0.3496 0.664 0.004 0.332
#> SRR1072247     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.6291     0.3796 0.532 0.468 0.000
#> SRR1445259     1  0.6520    -0.1677 0.508 0.004 0.488
#> SRR1408393     3  0.6104     0.5229 0.348 0.004 0.648
#> SRR1361522     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.3941     0.6860 0.000 0.844 0.156
#> SRR1310542     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.6295     0.3714 0.528 0.472 0.000
#> SRR1406437     3  0.7400     0.0974 0.036 0.412 0.552
#> SRR1354931     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391856     2  0.6308     0.3269 0.000 0.508 0.492
#> SRR1446738     2  0.4842     0.6801 0.000 0.776 0.224
#> SRR1309032     2  0.6026     0.5708 0.000 0.624 0.376
#> SRR1388145     2  0.5621     0.6513 0.000 0.692 0.308
#> SRR1432611     2  0.5835     0.6227 0.000 0.660 0.340
#> SRR815869      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     1  0.6608     0.3048 0.628 0.016 0.356
#> SRR1387921     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.6204     0.4867 0.000 0.576 0.424
#> SRR1360478     2  0.5733     0.6386 0.000 0.676 0.324
#> SRR1360695     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400910     2  0.9982     0.3028 0.344 0.352 0.304
#> SRR1444203     1  0.6280     0.3953 0.540 0.460 0.000
#> SRR816177      2  0.2625     0.6720 0.000 0.916 0.084
#> SRR658754      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.6286     0.3876 0.536 0.464 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1083918     2  0.4605     0.6827 0.000 0.796 0.204
#> SRR1337606     1  0.0892     0.8047 0.980 0.020 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR656946      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1342067     1  0.6302     0.3546 0.520 0.480 0.000
#> SRR1385389     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322936     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1354117     2  0.6225     0.4693 0.000 0.568 0.432
#> SRR1393596     2  0.6302    -0.2796 0.480 0.520 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.4575     0.7102 0.184 0.004 0.812
#> SRR1499894     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.5882     0.6129 0.000 0.652 0.348
#> SRR662103      1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396294     2  0.9172    -0.1767 0.396 0.456 0.148
#> SRR1419917     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR662114      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     3  0.6468     0.3327 0.444 0.004 0.552
#> SRR813584      2  0.2625     0.6720 0.000 0.916 0.084
#> SRR1069638     3  0.4883     0.6867 0.208 0.004 0.788
#> SRR614864      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     3  0.6521     0.1897 0.496 0.004 0.500
#> SRR1377777     2  0.3752     0.6851 0.000 0.856 0.144
#> SRR2167710     1  0.1267     0.7934 0.972 0.004 0.024
#> SRR1401252     1  0.6309     0.3273 0.504 0.496 0.000
#> SRR1309963     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.5835     0.6227 0.000 0.660 0.340
#> SRR1486889     1  0.4842     0.5987 0.776 0.000 0.224
#> SRR1380393     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1337010     2  0.5882     0.6129 0.000 0.652 0.348
#> SRR1486520     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1340486     1  0.6260     0.4169 0.552 0.448 0.000
#> SRR1377696     2  0.1289     0.6092 0.032 0.968 0.000
#> SRR1465459     3  0.4110     0.7416 0.152 0.004 0.844
#> SRR1080270     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.5678     0.6451 0.000 0.684 0.316
#> SRR816475      2  0.7340     0.2721 0.248 0.676 0.076
#> SRR1379198     1  0.6192     0.4546 0.580 0.420 0.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.3941     0.6860 0.000 0.844 0.156
#> SRR1338836     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1369129     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.6359     0.1288 0.592 0.004 0.404
#> SRR1500891     1  0.6309     0.3273 0.504 0.496 0.000
#> SRR807543      3  0.5982     0.5569 0.328 0.004 0.668
#> SRR1091572     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1346689     1  0.6291     0.3869 0.532 0.468 0.000
#> SRR1332424     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR663729      1  0.6180     0.4595 0.584 0.416 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485357     1  0.6280     0.3953 0.540 0.460 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0237     0.6336 0.000 0.996 0.004
#> SRR1355172     3  0.5529     0.5994 0.296 0.000 0.704
#> SRR655531      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.6008     0.5498 0.332 0.004 0.664
#> SRR1485931     2  0.3941     0.6860 0.000 0.844 0.156
#> SRR1420873     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.3752     0.6851 0.000 0.856 0.144
#> SRR809018      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.5529     0.6599 0.000 0.704 0.296
#> SRR663440      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.2796     0.6743 0.000 0.908 0.092
#> SRR808019      3  0.6274     0.2834 0.456 0.000 0.544
#> SRR1479133     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.1289     0.8407 0.000 0.032 0.968
#> SRR1456185     2  0.5785     0.6310 0.000 0.668 0.332
#> SRR1350069     1  0.6260     0.4169 0.552 0.448 0.000
#> SRR816316      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR664795      3  0.5835     0.5424 0.340 0.000 0.660
#> SRR1490721     2  0.6307    -0.2988 0.488 0.512 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.4978     0.6780 0.216 0.004 0.780
#> SRR1085285     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0424     0.8677 0.008 0.000 0.992
#> SRR1317985     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR819610      2  0.0592     0.6403 0.000 0.988 0.012
#> SRR2157314     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.5529     0.6599 0.000 0.704 0.296
#> SRR809987      1  0.5465     0.5967 0.712 0.288 0.000
#> SRR613639      3  0.3879     0.7446 0.152 0.000 0.848
#> SRR1402285     1  0.6045     0.5011 0.620 0.380 0.000
#> SRR1077038     1  0.3784     0.6866 0.864 0.004 0.132
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     1  0.6460     0.0128 0.556 0.004 0.440
#> SRR1394734     2  0.3816     0.6853 0.000 0.852 0.148
#> SRR1317771     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.5397     0.2424 0.280 0.720 0.000
#> SRR1073581     1  0.5529     0.4779 0.704 0.000 0.296
#> SRR659804      1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1432186     2  0.5363     0.6700 0.000 0.724 0.276
#> SRR1473529     2  0.0000     0.6311 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1328845     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1336415     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1379065     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499521     1  0.0747     0.8015 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440898     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1347459     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1400202     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.6260     0.4226 0.552 0.448 0.000
#> SRR1309248     2  0.6260    -0.2012 0.448 0.552 0.000
#> SRR809161      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316320     2  0.4121     0.4569 0.168 0.832 0.000
#> SRR1432629     2  0.3941     0.6860 0.000 0.844 0.156
#> SRR1498931     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.6204     0.4496 0.576 0.424 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.0983     0.8594 0.016 0.004 0.980
#> SRR1332648     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR660614      3  0.5810     0.2352 0.000 0.336 0.664
#> SRR1470420     2  0.5882     0.6129 0.000 0.652 0.348
#> SRR1475566     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1464766     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1467656     2  0.5859     0.6180 0.000 0.656 0.344
#> SRR1402962     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR660224      2  0.5760     0.6349 0.000 0.672 0.328
#> SRR665586      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1347166     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485722     3  0.6421     0.3717 0.424 0.004 0.572
#> SRR1415316     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR613390      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     3  0.6509     0.2356 0.472 0.004 0.524
#> SRR817329      1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1401990     1  0.6280     0.3953 0.540 0.460 0.000
#> SRR1467745     2  0.4796     0.6807 0.000 0.780 0.220
#> SRR1471795     2  0.5397     0.6690 0.000 0.720 0.280
#> SRR1415637     2  0.5733     0.6386 0.000 0.676 0.324
#> SRR813137      3  0.6274     0.3122 0.456 0.000 0.544
#> SRR1314873     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR818797      3  0.3879     0.7446 0.152 0.000 0.848
#> SRR2164608     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455586     3  0.4346     0.6127 0.000 0.184 0.816
#> SRR819459      3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.3752     0.6851 0.000 0.856 0.144
#> SRR1433232     2  0.3941     0.6860 0.000 0.844 0.156
#> SRR1385501     3  0.6521     0.2071 0.492 0.004 0.504
#> SRR1361652     1  0.0424     0.8101 0.992 0.008 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1486762     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.6309     0.3273 0.504 0.496 0.000
#> SRR1489394     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1418085     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1340221     1  0.6180     0.4595 0.584 0.416 0.000
#> SRR1473058     2  0.0237     0.6336 0.000 0.996 0.004
#> SRR1405165     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1471477     1  0.0237     0.8107 0.996 0.000 0.004
#> SRR1098567     2  0.5882     0.6129 0.000 0.652 0.348
#> SRR1098712     2  0.5988     0.0264 0.368 0.632 0.000
#> SRR1455038     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1375248     3  0.6286    -0.2111 0.000 0.464 0.536
#> SRR1403005     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.5835     0.6227 0.000 0.660 0.340
#> SRR1413541     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1392943     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.6204     0.4867 0.000 0.576 0.424
#> SRR1452468     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     3  0.3116     0.7389 0.000 0.108 0.892
#> SRR1447962     2  0.6204     0.4867 0.000 0.576 0.424
#> SRR1444324     2  0.6260     0.4324 0.000 0.552 0.448
#> SRR1415004     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1343302     1  0.6286     0.3876 0.536 0.464 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.6204     0.4867 0.000 0.576 0.424
#> SRR1405331     3  0.5845     0.5832 0.308 0.004 0.688
#> SRR1345609     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.4555     0.3998 0.200 0.800 0.000
#> SRR1322840     1  0.6252     0.4234 0.556 0.444 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.4110     0.7416 0.152 0.004 0.844
#> SRR1367920     2  0.6305    -0.2892 0.484 0.516 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.5859     0.6180 0.000 0.656 0.344
#> SRR1082173     3  0.3752     0.7517 0.144 0.000 0.856
#> SRR1363968     1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.8128 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      3  0.6168     0.4002 0.412 0.000 0.588
#> SRR1386689     1  0.6260     0.4169 0.552 0.448 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.3879     0.7446 0.152 0.000 0.848
#> SRR1441159     1  0.0237     0.8124 0.996 0.004 0.000
#> SRR1403154     1  0.6280     0.3953 0.540 0.460 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8735 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.1399     0.8494 0.028 0.004 0.968

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     3  0.5760     0.1588 0.432 0.016 0.544 0.008
#> SRR1331708     1  0.1732     0.9482 0.948 0.008 0.004 0.040
#> SRR1464258     1  0.1489     0.9412 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1454201     1  0.2324     0.9446 0.932 0.020 0.020 0.028
#> SRR661589      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1456229     1  0.0376     0.9602 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1315165     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1488960     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1417809     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1094457     4  0.1211     0.9429 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1095575     1  0.3257     0.8688 0.872 0.012 0.108 0.008
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1431037     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1395554     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR818002      2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1344143     2  0.4546     0.6604 0.012 0.732 0.000 0.256
#> SRR1486845     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1362866     1  0.1892     0.9477 0.944 0.016 0.004 0.036
#> SRR1490740     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446627     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1456138     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1416248     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1383907     4  0.0657     0.9398 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1311018     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1375699     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1429846     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR613550      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1348402     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1345146     1  0.1706     0.9513 0.948 0.016 0.000 0.036
#> SRR1324025     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1318879     3  0.0336     0.9640 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR820755      3  0.0672     0.9585 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1485830     4  0.1022     0.9445 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR599313      1  0.1396     0.9497 0.960 0.004 0.004 0.032
#> SRR612263      1  0.1492     0.9483 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1415398     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1326205     4  0.1211     0.9429 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1421327     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1083311     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1499303     4  0.0592     0.9353 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1079522     1  0.1492     0.9483 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1452935     3  0.0657     0.9599 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR1379495     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1470459     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR661361      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615778      1  0.1639     0.9481 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.1362     0.9555 0.964 0.012 0.004 0.020
#> SRR655182      1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335140     2  0.4103     0.6758 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1433555     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1308650     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1388354     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1317446     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413602     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1479955     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR809853      1  0.0188     0.9607 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1499935     4  0.0336     0.9391 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1447303     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1429408     4  0.4643     0.5027 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1409854     1  0.5112     0.5599 0.668 0.012 0.316 0.004
#> SRR1435229     1  0.1639     0.9481 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR1085996     1  0.0376     0.9603 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1414229     3  0.1471     0.9441 0.004 0.012 0.960 0.024
#> SRR1400974     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1399971     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613927      3  0.0657     0.9581 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1457854     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473714     1  0.0937     0.9571 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR813776      3  0.0672     0.9585 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR808196      4  0.1584     0.9371 0.036 0.012 0.000 0.952
#> SRR1101085     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR614395      1  0.1489     0.9403 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1478251     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1370551     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1362310     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR665310      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420109     3  0.1743     0.9153 0.056 0.004 0.940 0.000
#> SRR1330920     1  0.1590     0.9485 0.956 0.008 0.028 0.008
#> SRR1419539     3  0.0524     0.9647 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1359447     3  0.4855     0.3218 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1347259     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR613915      3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1384395     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR821715      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1478228     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1445637     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR608150      1  0.1985     0.9472 0.940 0.016 0.004 0.040
#> SRR1096383     1  0.4978     0.6773 0.732 0.016 0.240 0.012
#> SRR1341480     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1341344     1  0.1639     0.9481 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR1326270     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1498838     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416313     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR808566      4  0.4790     0.4193 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1430270     4  0.1576     0.9392 0.048 0.004 0.000 0.948
#> SRR1367825     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR613533      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR661267      3  0.0895     0.9546 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR810665      2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1407250     1  0.5438     0.6911 0.720 0.020 0.232 0.028
#> SRR1420067     1  0.0657     0.9606 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1370850     2  0.0927     0.9557 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1486195     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1407671     2  0.4072     0.6864 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1446375     1  0.3375     0.8622 0.864 0.012 0.116 0.008
#> SRR1465230     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR614119      1  0.1526     0.9540 0.960 0.016 0.012 0.012
#> SRR1356101     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1404209     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1392676     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR665538      1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR660510      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1445655     4  0.0469     0.9379 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR658953      1  0.1492     0.9483 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR2166459     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070713     2  0.0937     0.9577 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR1485312     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1317631     4  0.1584     0.9371 0.036 0.012 0.000 0.952
#> SRR1488610     1  0.1639     0.9481 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9671 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.1492     0.9483 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR818263      1  0.1732     0.9425 0.948 0.008 0.040 0.004
#> SRR1404909     4  0.0657     0.9398 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR663076      1  0.0657     0.9592 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1323577     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1442422     4  0.1211     0.9429 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1465893     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR654862      1  0.1690     0.9458 0.952 0.008 0.032 0.008
#> SRR1407112     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1332969     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1353199     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1378885     3  0.0336     0.9635 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR665357      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR662186      2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1501020     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1347819     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1480813     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1472576     4  0.0817     0.9328 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1431781     4  0.1211     0.9248 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1452270     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1500472     1  0.4053     0.8598 0.844 0.020 0.108 0.028
#> SRR1417632     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1350153     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1458113     3  0.0376     0.9640 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1326579     1  0.1771     0.9483 0.948 0.012 0.004 0.036
#> SRR1349363     2  0.3945     0.7235 0.004 0.780 0.000 0.216
#> SRR1096712     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1090407     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1083752     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1377599     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1488449     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1318354     3  0.0376     0.9644 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1359062     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1398924     1  0.5672     0.5077 0.648 0.312 0.004 0.036
#> SRR663783      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1319204     3  0.2737     0.8749 0.000 0.104 0.888 0.008
#> SRR1369070     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR615659      1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337449     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1316982     3  0.4277     0.6048 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR1498595     4  0.0592     0.9353 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1377423     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312310     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1485613     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1338426     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1353309     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR658941      3  0.0927     0.9544 0.000 0.016 0.976 0.008
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.1369     0.9568 0.964 0.016 0.004 0.016
#> SRR1368874     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1324085     4  0.0469     0.9379 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1363858     1  0.0844     0.9578 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR819820      3  0.0804     0.9608 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1337342     1  0.1985     0.9472 0.940 0.016 0.004 0.040
#> SRR655206      3  0.1256     0.9513 0.000 0.028 0.964 0.008
#> SRR1387013     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1317410     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR608198      1  0.1639     0.9481 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR1440161     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1343741     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1381288     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1415379     4  0.1211     0.9429 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1099622     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR663197      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1394836     3  0.4356     0.5830 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR661699      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR813680      3  0.1114     0.9533 0.008 0.016 0.972 0.004
#> SRR1410678     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1378109     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1382851     2  0.4356     0.6004 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1433410     1  0.1771     0.9483 0.948 0.012 0.004 0.036
#> SRR661167      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1432518     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR660462      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1374608     4  0.4229     0.7860 0.020 0.016 0.144 0.820
#> SRR657949      3  0.0804     0.9566 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1308882     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR655768      1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1485870     4  0.0657     0.9398 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR1444138     1  0.1509     0.9521 0.960 0.012 0.020 0.008
#> SRR1417342     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470193     4  0.0376     0.9410 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1091380     3  0.0804     0.9608 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR1099096     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1313583     4  0.1792     0.9271 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR1467102     3  0.0469     0.9632 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1485416     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR818821      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR809963      1  0.1489     0.9403 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR1072247     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1353710     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1445259     1  0.3791     0.8454 0.844 0.012 0.128 0.016
#> SRR1408393     3  0.0779     0.9552 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1361522     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1368597     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1309680     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1310542     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1333485     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1406437     4  0.6428     0.5477 0.000 0.112 0.264 0.624
#> SRR1354931     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1391856     2  0.0817     0.9538 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1446738     2  0.0895     0.9534 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR1309032     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1388145     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1432611     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR815869      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR613150      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1375329     1  0.2049     0.9448 0.940 0.012 0.012 0.036
#> SRR1387921     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1466792     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1360478     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1360695     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR812943      1  0.1492     0.9483 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1400910     2  0.6332     0.0925 0.448 0.504 0.012 0.036
#> SRR1444203     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR816177      2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR658754      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1429603     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1397366     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1446028     1  0.0188     0.9611 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0927     0.9557 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1337606     1  0.1732     0.9473 0.948 0.008 0.004 0.040
#> SRR659109      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1337192     1  0.1639     0.9481 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR656946      1  0.0804     0.9580 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1476102     1  0.0336     0.9610 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1385389     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.1492     0.9483 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1322936     1  0.1892     0.9477 0.944 0.016 0.004 0.036
#> SRR1349121     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0336     0.9670 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR661481      2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1354117     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1393596     4  0.0524     0.9412 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR1452164     1  0.0469     0.9597 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1070503     3  0.0336     0.9635 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1499894     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082883     1  0.1985     0.9472 0.940 0.016 0.004 0.040
#> SRR1468271     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1332443     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR810295      2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR662103      1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1328620     3  0.0804     0.9578 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR1396294     4  0.1584     0.9371 0.036 0.012 0.000 0.952
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1489199     1  0.2284     0.9400 0.932 0.020 0.036 0.012
#> SRR813584      2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1069638     3  0.5478     0.2613 0.404 0.008 0.580 0.008
#> SRR614864      3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433392     1  0.1743     0.9328 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR1377777     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2167710     1  0.0804     0.9580 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1401252     4  0.0592     0.9411 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1309963     4  0.1305     0.9409 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR1338031     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418628     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1486889     1  0.4504     0.7439 0.772 0.020 0.204 0.004
#> SRR1380393     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1319731     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1356468     4  0.1305     0.9409 0.036 0.004 0.000 0.960
#> SRR1337010     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1486520     1  0.1114     0.9590 0.972 0.016 0.004 0.008
#> SRR1486538     4  0.1022     0.9445 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1340486     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1377696     4  0.4744     0.5718 0.012 0.284 0.000 0.704
#> SRR1465459     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1080270     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1312501     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1093148     3  0.1174     0.9504 0.000 0.012 0.968 0.020
#> SRR1467080     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1410866     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR816475      4  0.4018     0.7131 0.000 0.224 0.004 0.772
#> SRR1379198     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR613342      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452246     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1338836     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1369129     4  0.1022     0.9445 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1396616     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR813824      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1082376     1  0.1585     0.9428 0.952 0.004 0.040 0.004
#> SRR1500891     4  0.0592     0.9411 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR807543      3  0.0779     0.9552 0.016 0.004 0.980 0.000
#> SRR1091572     1  0.1575     0.9494 0.956 0.004 0.012 0.028
#> SRR1346689     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1332424     1  0.1771     0.9483 0.948 0.012 0.004 0.036
#> SRR663729      4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1097013     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613675      1  0.1892     0.9477 0.944 0.016 0.004 0.036
#> SRR1485357     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR655816      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1500113     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1437622     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1355172     3  0.1262     0.9507 0.008 0.016 0.968 0.008
#> SRR655531      1  0.1771     0.9483 0.948 0.012 0.004 0.036
#> SRR1338147     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1413329     3  0.1174     0.9500 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1485931     2  0.0921     0.9490 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1420873     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1333308     4  0.0469     0.9424 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1452033     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1467316     2  0.0921     0.9490 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR809018      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1375351     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR663440      3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1471755     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR808019      1  0.5738     0.4059 0.596 0.016 0.376 0.012
#> SRR1479133     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR615069      3  0.2928     0.8535 0.000 0.108 0.880 0.012
#> SRR1456185     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1350069     4  0.1584     0.9371 0.036 0.012 0.000 0.952
#> SRR816316      1  0.0564     0.9596 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR664795      3  0.4377     0.7376 0.188 0.016 0.788 0.008
#> SRR1490721     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR810643      1  0.0804     0.9605 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1430333     3  0.4100     0.8231 0.100 0.016 0.844 0.040
#> SRR1085285     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1099072     3  0.0336     0.9671 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1317985     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487340     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1420276     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.9671 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.1022     0.9524 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1370329     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465001     1  0.0672     0.9600 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1476525     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR819610      2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR2157314     1  0.0524     0.9603 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1409465     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR809987      4  0.1743     0.9337 0.056 0.004 0.000 0.940
#> SRR613639      3  0.0336     0.9639 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1402285     4  0.1489     0.9415 0.044 0.004 0.000 0.952
#> SRR1077038     1  0.1004     0.9531 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1405660     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1095455     1  0.2960     0.8930 0.892 0.004 0.084 0.020
#> SRR1394734     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1317771     1  0.0376     0.9609 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1365894     4  0.0657     0.9365 0.004 0.012 0.000 0.984
#> SRR1073581     1  0.4912     0.6946 0.740 0.016 0.232 0.012
#> SRR659804      1  0.0524     0.9603 0.988 0.004 0.000 0.008
#> SRR1345914     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1432186     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1473529     2  0.4877     0.3465 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR660764      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR820448      1  0.0188     0.9607 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.1584     0.9371 0.036 0.012 0.000 0.952
#> SRR1336415     4  0.1211     0.9429 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR1379065     4  0.0707     0.9438 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1459190     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1346773     1  0.0524     0.9608 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1499521     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1440898     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1347459     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1081209     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1400202     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333395     4  0.1022     0.9445 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1309248     4  0.0657     0.9398 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR809161      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1316320     4  0.5244     0.3196 0.012 0.388 0.000 0.600
#> SRR1432629     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1498931     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416578     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1405547     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1470534     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1380764     1  0.0937     0.9597 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR1309160     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR663489      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1500450     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1078489     3  0.1443     0.9416 0.008 0.004 0.960 0.028
#> SRR1332648     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR660614      2  0.5183     0.2938 0.000 0.584 0.408 0.008
#> SRR1470420     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1475566     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1477949     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1481419     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1464766     1  0.0937     0.9580 0.976 0.012 0.000 0.012
#> SRR615946      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1446481     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1467656     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1402962     1  0.1631     0.9550 0.956 0.016 0.008 0.020
#> SRR660224      2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR665586      1  0.0188     0.9607 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.1639     0.9481 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR1485722     1  0.5031     0.7360 0.752 0.020 0.208 0.020
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0188     0.9607 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2170173     3  0.5595     0.2732 0.404 0.012 0.576 0.008
#> SRR817329      1  0.0188     0.9607 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.1452     0.9393 0.036 0.008 0.000 0.956
#> SRR1467745     2  0.0927     0.9557 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1471795     2  0.0804     0.9593 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1415637     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR813137      1  0.2011     0.9095 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9609 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1419692     4  0.1211     0.9429 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR818797      3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR2164608     3  0.1059     0.9531 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1455586     3  0.4585     0.4989 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR819459      3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1488939     2  0.0921     0.9490 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1433232     2  0.0817     0.9509 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1385501     1  0.1675     0.9397 0.948 0.004 0.044 0.004
#> SRR1361652     1  0.1492     0.9483 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1437119     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478547     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1430910     3  0.0657     0.9596 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1310584     1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1500216     1  0.1396     0.9497 0.960 0.004 0.004 0.032
#> SRR1486762     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1480854     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1489394     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1418085     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1340221     4  0.1302     0.9426 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1473058     4  0.4431     0.5835 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1405165     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1433004     1  0.0564     0.9596 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1471477     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1098567     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1098712     4  0.3842     0.8397 0.036 0.128 0.000 0.836
#> SRR1455038     1  0.1492     0.9483 0.956 0.004 0.004 0.036
#> SRR1375248     2  0.1716     0.9120 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1403005     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1348378     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1413541     1  0.0188     0.9607 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1475192     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1432085     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1452468     1  0.1639     0.9481 0.952 0.008 0.004 0.036
#> SRR1347060     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1414139     3  0.4040     0.6630 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR1447962     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1444324     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1415004     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1413436     1  0.0657     0.9606 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR1311266     1  0.1484     0.9559 0.960 0.016 0.004 0.020
#> SRR1343302     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1373746     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429678     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1469413     2  0.0707     0.9569 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1405331     3  0.0657     0.9581 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1345609     1  0.0188     0.9607 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1380208     4  0.5152     0.3626 0.004 0.384 0.004 0.608
#> SRR1322840     4  0.0707     0.9438 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1399797     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1416654     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1315081     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1369196     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1400847     1  0.0376     0.9605 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1365291     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1367920     4  0.0469     0.9393 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1366648     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441679     2  0.0779     0.9589 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR1082173     3  0.1174     0.9500 0.000 0.020 0.968 0.012
#> SRR1363968     1  0.1059     0.9567 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR814387      1  0.0524     0.9605 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR657599      1  0.5710     0.4267 0.604 0.016 0.368 0.012
#> SRR1386689     4  0.1118     0.9423 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1395575     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1453811     3  0.0188     0.9655 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1441159     1  0.0657     0.9600 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1403154     4  0.0921     0.9440 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR1468722     3  0.0188     0.9686 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1310275     3  0.0524     0.9618 0.000 0.008 0.988 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.6797    -0.0258 0.420 0.004 0.340 0.000 0.236
#> SRR1331708     5  0.2674     0.7228 0.140 0.000 0.000 0.004 0.856
#> SRR1464258     1  0.2488     0.8260 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR1454201     5  0.3039     0.7155 0.192 0.000 0.000 0.000 0.808
#> SRR661589      3  0.0880     0.9288 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1456229     1  0.2179     0.8354 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1315165     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1488960     1  0.0703     0.8691 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1417809     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1094457     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1095575     5  0.4999     0.4027 0.360 0.004 0.032 0.000 0.604
#> SRR1315931     1  0.1831     0.8535 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1430066     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0162     0.9324 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR818002      2  0.0451     0.9550 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1344143     2  0.6272     0.2520 0.000 0.492 0.000 0.160 0.348
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.3231     0.7150 0.196 0.000 0.000 0.004 0.800
#> SRR1490740     1  0.1608     0.8551 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1446627     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1456138     2  0.1830     0.9127 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR1416248     1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1383907     4  0.1544     0.9036 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.1764     0.9157 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1429846     3  0.1121     0.9254 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR613550      3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1348402     1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1345146     5  0.3422     0.7134 0.200 0.004 0.000 0.004 0.792
#> SRR1324025     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1318879     3  0.3906     0.5845 0.000 0.004 0.704 0.000 0.292
#> SRR820755      3  0.2424     0.8600 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1485830     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR599313      1  0.4288     0.3028 0.612 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR612263      5  0.4030     0.5267 0.352 0.000 0.000 0.000 0.648
#> SRR1415398     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1326205     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1421327     4  0.3210     0.7653 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1083311     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0794     0.9211 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1079522     5  0.3647     0.6368 0.228 0.004 0.000 0.004 0.764
#> SRR1452935     5  0.2929     0.6799 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1379495     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR661361      3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR615778      5  0.2583     0.7250 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864
#> SRR1447564     1  0.1197     0.8661 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1455195     1  0.4306    -0.1188 0.508 0.000 0.000 0.000 0.492
#> SRR655182      1  0.1043     0.8678 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1335140     2  0.6162     0.3513 0.000 0.532 0.000 0.160 0.308
#> SRR1433555     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0693     0.9545 0.000 0.980 0.008 0.000 0.012
#> SRR1388354     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.1830     0.9127 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR809853      1  0.3039     0.7360 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR661313      3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1429408     4  0.4238     0.4373 0.000 0.368 0.000 0.628 0.004
#> SRR1433950     1  0.0963     0.8701 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1362081     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1409854     5  0.5006     0.6176 0.156 0.000 0.136 0.000 0.708
#> SRR1435229     5  0.2719     0.7212 0.144 0.000 0.000 0.004 0.852
#> SRR1085996     1  0.1908     0.8490 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1414229     5  0.2929     0.6820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1400974     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.2020     0.8842 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1457854     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.1952     0.8592 0.912 0.004 0.000 0.000 0.084
#> SRR813776      3  0.2516     0.8496 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR808196      4  0.0613     0.9255 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> SRR1101085     4  0.1544     0.9038 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR614395      1  0.2629     0.8227 0.860 0.000 0.004 0.000 0.136
#> SRR1478251     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1370551     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1362310     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1420109     3  0.3368     0.8066 0.024 0.000 0.820 0.000 0.156
#> SRR1330920     5  0.4238     0.4086 0.368 0.000 0.004 0.000 0.628
#> SRR1419539     3  0.0865     0.9235 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024
#> SRR1359447     3  0.4430     0.4191 0.000 0.360 0.628 0.000 0.012
#> SRR1347259     4  0.1478     0.9056 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR613915      3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1384395     3  0.0566     0.9277 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR821715      3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1478228     1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1445637     1  0.1043     0.8678 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR608150      5  0.2970     0.7235 0.168 0.000 0.000 0.004 0.828
#> SRR1096383     1  0.5023     0.5912 0.708 0.004 0.096 0.000 0.192
#> SRR1341480     4  0.1732     0.8969 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1341344     5  0.4410     0.4077 0.440 0.000 0.000 0.004 0.556
#> SRR1326270     3  0.1205     0.9257 0.000 0.004 0.956 0.000 0.040
#> SRR1498838     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0162     0.9327 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR808566      4  0.4150     0.3911 0.000 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR1430270     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1367825     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0880     0.9273 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR661267      3  0.5070     0.6434 0.124 0.004 0.712 0.000 0.160
#> SRR810665      2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1407250     5  0.3849     0.7211 0.112 0.000 0.080 0.000 0.808
#> SRR1420067     1  0.2929     0.7410 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1473632     1  0.2179     0.8317 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR812536      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0290     0.9560 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486195     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1407671     5  0.4865     0.4960 0.000 0.252 0.000 0.064 0.684
#> SRR1446375     5  0.4984     0.3938 0.380 0.004 0.028 0.000 0.588
#> SRR1465230     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR614119      1  0.3522     0.7054 0.780 0.004 0.004 0.000 0.212
#> SRR1356101     2  0.1195     0.9371 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR1404209     1  0.2694     0.7967 0.864 0.004 0.004 0.000 0.128
#> SRR1392676     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR665538      1  0.3196     0.7243 0.804 0.004 0.000 0.000 0.192
#> SRR660510      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0404     0.9258 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR658953      5  0.2170     0.7208 0.088 0.004 0.000 0.004 0.904
#> SRR2166459     1  0.1043     0.8678 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1070713     2  0.0290     0.9560 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1485312     3  0.0324     0.9328 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1317631     4  0.0613     0.9253 0.004 0.004 0.000 0.984 0.008
#> SRR1488610     5  0.4047     0.6231 0.320 0.000 0.000 0.004 0.676
#> SRR1330588     3  0.1121     0.9254 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1316367     5  0.3969     0.5939 0.304 0.000 0.000 0.004 0.692
#> SRR1433926     1  0.1608     0.8551 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1091302     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR818263      1  0.4420     0.3070 0.548 0.000 0.004 0.000 0.448
#> SRR1404909     4  0.1732     0.8969 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR663076      1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1442422     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1465893     1  0.0609     0.8702 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR654862      5  0.3636     0.5662 0.272 0.000 0.000 0.000 0.728
#> SRR1407112     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1332969     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1353199     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1378885     3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR665357      3  0.0566     0.9277 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR662186      2  0.0486     0.9568 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1501020     3  0.0880     0.9288 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1347819     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0727     0.9560 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1472576     4  0.2069     0.8930 0.000 0.012 0.000 0.912 0.076
#> SRR1431781     4  0.0324     0.9271 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1452270     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.3086     0.7207 0.180 0.000 0.004 0.000 0.816
#> SRR1417632     4  0.3837     0.6176 0.000 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR1350153     2  0.0727     0.9560 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1458113     5  0.3561     0.6184 0.000 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR1326579     5  0.3430     0.7059 0.220 0.000 0.000 0.004 0.776
#> SRR1349363     2  0.4179     0.7435 0.000 0.776 0.000 0.152 0.072
#> SRR1096712     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1083752     2  0.0798     0.9504 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1377599     5  0.4302    -0.1032 0.000 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR1488449     3  0.0963     0.9280 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1318354     5  0.4210     0.3406 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1359062     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.3663     0.6912 0.132 0.044 0.000 0.004 0.820
#> SRR663783      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1319204     5  0.5778     0.3542 0.000 0.096 0.376 0.000 0.528
#> SRR1369070     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR615659      1  0.1608     0.8551 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1337449     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1316982     3  0.4063     0.5888 0.000 0.280 0.708 0.000 0.012
#> SRR1498595     4  0.2305     0.8822 0.000 0.012 0.000 0.896 0.092
#> SRR1377423     3  0.0609     0.9309 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1312310     2  0.0727     0.9560 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1485613     1  0.3196     0.7243 0.804 0.004 0.000 0.000 0.192
#> SRR1338426     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR658941      3  0.3700     0.6619 0.000 0.008 0.752 0.000 0.240
#> SRR1101643     1  0.1671     0.8543 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1401468     1  0.4286     0.4423 0.652 0.004 0.004 0.000 0.340
#> SRR1368874     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1324085     4  0.0162     0.9279 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1363858     1  0.4101     0.3395 0.628 0.000 0.000 0.000 0.372
#> SRR819820      3  0.2798     0.8074 0.000 0.008 0.852 0.000 0.140
#> SRR1337342     5  0.3266     0.7114 0.200 0.000 0.000 0.004 0.796
#> SRR655206      3  0.2580     0.8590 0.000 0.064 0.892 0.000 0.044
#> SRR1387013     2  0.2077     0.9004 0.000 0.908 0.000 0.008 0.084
#> SRR1317410     1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR608198      5  0.3048     0.7216 0.176 0.000 0.000 0.004 0.820
#> SRR1440161     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1343741     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1381288     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1415379     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1099622     2  0.1012     0.9440 0.000 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR663197      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1394836     3  0.4384     0.5049 0.000 0.324 0.660 0.000 0.016
#> SRR661699      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR813680      3  0.5384     0.5335 0.228 0.004 0.664 0.000 0.104
#> SRR1410678     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1499174     1  0.1831     0.8535 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1311486     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1382851     5  0.5232     0.3003 0.000 0.340 0.000 0.060 0.600
#> SRR1433410     5  0.3333     0.7133 0.208 0.000 0.000 0.004 0.788
#> SRR661167      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.1124     0.9229 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036
#> SRR660462      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.4056     0.6877 0.004 0.004 0.024 0.772 0.196
#> SRR657949      3  0.3143     0.7820 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.3160     0.7293 0.808 0.004 0.000 0.000 0.188
#> SRR1485870     4  0.1851     0.8921 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1444138     1  0.3243     0.7586 0.812 0.004 0.004 0.000 0.180
#> SRR1417342     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0162     0.9279 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1091380     3  0.2798     0.8074 0.000 0.008 0.852 0.000 0.140
#> SRR1099096     1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1313583     4  0.4297     0.0965 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR1467102     3  0.1012     0.9174 0.000 0.020 0.968 0.000 0.012
#> SRR1485416     4  0.1608     0.9017 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR818821      3  0.0880     0.9273 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR809963      1  0.2629     0.8227 0.860 0.000 0.004 0.000 0.136
#> SRR1072247     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0963     0.9177 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1445259     5  0.2411     0.7281 0.108 0.000 0.008 0.000 0.884
#> SRR1408393     3  0.2997     0.8290 0.012 0.000 0.840 0.000 0.148
#> SRR1361522     1  0.1608     0.8551 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1368597     1  0.1478     0.8592 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1309680     2  0.0451     0.9550 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1310542     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.5654     0.3340 0.008 0.024 0.028 0.584 0.356
#> SRR1354931     3  0.0794     0.9297 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1391856     2  0.1364     0.9301 0.000 0.952 0.036 0.000 0.012
#> SRR1446738     2  0.4341     0.4181 0.000 0.628 0.000 0.008 0.364
#> SRR1309032     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1388145     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1432611     2  0.0727     0.9560 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR815869      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.2054     0.7310 0.072 0.008 0.000 0.004 0.916
#> SRR1387921     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1360478     2  0.0486     0.9574 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1360695     1  0.0865     0.8690 0.972 0.004 0.000 0.000 0.024
#> SRR812943      5  0.4084     0.5604 0.328 0.000 0.000 0.004 0.668
#> SRR1400910     5  0.2589     0.7063 0.020 0.076 0.004 0.004 0.896
#> SRR1444203     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR816177      2  0.0451     0.9550 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR658754      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.1043     0.9162 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1397366     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1446028     1  0.0162     0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083918     2  0.0290     0.9560 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337606     5  0.1901     0.7245 0.056 0.012 0.000 0.004 0.928
#> SRR659109      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.4151     0.5936 0.344 0.000 0.000 0.004 0.652
#> SRR656946      1  0.1704     0.8630 0.928 0.004 0.000 0.000 0.068
#> SRR1476102     1  0.1270     0.8651 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1476447     1  0.0510     0.8738 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1075971     1  0.0162     0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR614419      5  0.4009     0.5831 0.312 0.000 0.000 0.004 0.684
#> SRR1322936     5  0.3086     0.7215 0.180 0.000 0.000 0.004 0.816
#> SRR1349121     1  0.2338     0.8132 0.884 0.004 0.000 0.000 0.112
#> SRR1430549     1  0.0290     0.8744 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR612935      3  0.2179     0.8517 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR661481      2  0.0486     0.9574 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1354117     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1393596     4  0.1732     0.8969 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1452164     1  0.0162     0.8746 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.1608     0.9096 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1499894     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.2970     0.7235 0.168 0.000 0.000 0.004 0.828
#> SRR1468271     1  0.3456     0.7080 0.788 0.004 0.004 0.000 0.204
#> SRR1332443     1  0.0290     0.8744 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR810295      2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR662103      1  0.1608     0.8551 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1328620     5  0.4219     0.3381 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1396294     4  0.1059     0.9154 0.000 0.008 0.004 0.968 0.020
#> SRR1419917     1  0.1608     0.8551 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR662114      3  0.3534     0.6443 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1489199     5  0.3461     0.6883 0.224 0.000 0.004 0.000 0.772
#> SRR813584      2  0.0290     0.9560 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1069638     5  0.2561     0.7162 0.020 0.000 0.096 0.000 0.884
#> SRR614864      3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1433392     1  0.3888     0.7632 0.796 0.000 0.056 0.000 0.148
#> SRR1377777     2  0.1830     0.9127 0.000 0.924 0.000 0.008 0.068
#> SRR2167710     1  0.1991     0.8586 0.916 0.004 0.004 0.000 0.076
#> SRR1401252     4  0.1732     0.8969 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1309963     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1338031     1  0.0880     0.8702 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1418628     2  0.0727     0.9560 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1486889     1  0.5530     0.5564 0.644 0.004 0.108 0.000 0.244
#> SRR1380393     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1356468     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1337010     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1486520     1  0.4161     0.3022 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1486538     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1340486     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1377696     5  0.5313     0.1399 0.000 0.056 0.000 0.388 0.556
#> SRR1465459     3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1080270     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0963     0.9274 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1093148     5  0.3582     0.6520 0.000 0.008 0.224 0.000 0.768
#> SRR1467080     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0727     0.9560 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR816475      4  0.3123     0.7602 0.000 0.184 0.000 0.812 0.004
#> SRR1379198     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR613342      3  0.0510     0.9316 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1452246     2  0.1764     0.9162 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR1338836     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1369129     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1396616     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR813824      3  0.0290     0.9324 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1082376     1  0.2970     0.8046 0.828 0.000 0.004 0.000 0.168
#> SRR1500891     4  0.1608     0.9015 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR807543      3  0.2605     0.8410 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1091572     5  0.3461     0.6619 0.224 0.000 0.004 0.000 0.772
#> SRR1346689     4  0.1197     0.9128 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1332424     5  0.3333     0.7133 0.208 0.000 0.000 0.004 0.788
#> SRR663729      4  0.1704     0.9039 0.004 0.000 0.000 0.928 0.068
#> SRR1097013     1  0.0162     0.8746 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613675      5  0.3086     0.7215 0.180 0.000 0.000 0.004 0.816
#> SRR1485357     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR655816      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.1282     0.8602 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR1437622     2  0.0451     0.9550 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1355172     3  0.4468     0.6064 0.228 0.004 0.728 0.000 0.040
#> SRR655531      5  0.3210     0.7101 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1338147     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1413329     5  0.4333     0.4354 0.004 0.004 0.352 0.000 0.640
#> SRR1485931     2  0.2017     0.9027 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR1420873     1  0.3160     0.7284 0.808 0.004 0.000 0.000 0.188
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.2597     0.8061 0.872 0.004 0.004 0.000 0.120
#> SRR1467316     2  0.2017     0.9027 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR809018      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0486     0.9574 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR663440      3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1471755     2  0.0290     0.9560 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR808019      5  0.6397     0.3752 0.352 0.004 0.156 0.000 0.488
#> SRR1479133     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR615069      5  0.4465     0.6552 0.000 0.056 0.212 0.000 0.732
#> SRR1456185     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1350069     4  0.0613     0.9255 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> SRR816316      1  0.2488     0.8271 0.872 0.000 0.004 0.000 0.124
#> SRR664795      3  0.6129     0.2919 0.312 0.004 0.548 0.000 0.136
#> SRR1490721     5  0.4030     0.2912 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR810643      1  0.2732     0.7634 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1430333     5  0.3239     0.6999 0.012 0.000 0.156 0.004 0.828
#> SRR1085285     3  0.0451     0.9325 0.000 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1099072     3  0.1043     0.9268 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1317985     1  0.0794     0.8714 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1487340     1  0.0290     0.8744 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420276     3  0.0566     0.9277 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1351347     3  0.1544     0.8918 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1405525     5  0.4251     0.5770 0.372 0.000 0.000 0.004 0.624
#> SRR1370329     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1476525     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR819610      2  0.0451     0.9550 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2157314     1  0.0162     0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409465     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR809987      4  0.0609     0.9206 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR613639      3  0.1282     0.9241 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044
#> SRR1402285     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1077038     1  0.2536     0.8238 0.868 0.000 0.004 0.000 0.128
#> SRR1405660     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.2848     0.7147 0.156 0.000 0.004 0.000 0.840
#> SRR1394734     2  0.0290     0.9560 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1317771     1  0.1121     0.8718 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1365894     4  0.3707     0.6595 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1073581     1  0.5319     0.5418 0.676 0.004 0.108 0.000 0.212
#> SRR659804      1  0.0162     0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345914     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1432186     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1473529     2  0.6651     0.1654 0.000 0.440 0.000 0.312 0.248
#> SRR660764      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.2286     0.8344 0.888 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR1328845     4  0.0740     0.9237 0.008 0.004 0.000 0.980 0.008
#> SRR1336415     4  0.0451     0.9271 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR1379065     4  0.0404     0.9258 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1459190     3  0.0963     0.9280 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1346773     1  0.1671     0.8439 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1499521     1  0.3616     0.6800 0.768 0.004 0.004 0.000 0.224
#> SRR1440898     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1347459     3  0.0609     0.9313 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1081209     2  0.1116     0.9437 0.000 0.964 0.004 0.004 0.028
#> SRR1400202     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.1830     0.9050 0.008 0.000 0.000 0.924 0.068
#> SRR1309248     4  0.4327     0.5080 0.000 0.008 0.000 0.632 0.360
#> SRR809161      3  0.1121     0.9255 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1316320     5  0.4958     0.4801 0.000 0.084 0.000 0.224 0.692
#> SRR1432629     2  0.0451     0.9550 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1498931     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1405547     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1380764     1  0.4225     0.3650 0.632 0.004 0.000 0.000 0.364
#> SRR1309160     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.1041     0.8662 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR1078489     5  0.2516     0.6989 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1332648     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR660614      5  0.6114     0.3931 0.000 0.312 0.152 0.000 0.536
#> SRR1470420     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1475566     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1464766     1  0.2833     0.7911 0.852 0.004 0.004 0.000 0.140
#> SRR615946      3  0.0609     0.9309 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1446481     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1467656     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1402962     5  0.4304     0.1481 0.484 0.000 0.000 0.000 0.516
#> SRR660224      2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR665586      1  0.1732     0.8528 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1347166     5  0.2583     0.7250 0.132 0.000 0.000 0.004 0.864
#> SRR1485722     5  0.3840     0.7220 0.116 0.000 0.076 0.000 0.808
#> SRR1415316     1  0.1478     0.8592 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR613390      1  0.1792     0.8515 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR661108      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR2170173     5  0.6706     0.3976 0.224 0.004 0.316 0.000 0.456
#> SRR817329      1  0.1792     0.8515 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1401990     4  0.0486     0.9270 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004
#> SRR1467745     2  0.0798     0.9546 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1471795     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1415637     2  0.0324     0.9575 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR813137      1  0.2574     0.8249 0.876 0.000 0.012 0.000 0.112
#> SRR1314873     1  0.1608     0.8551 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1401211     1  0.1205     0.8624 0.956 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR1419692     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR818797      3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR2164608     3  0.4299     0.3374 0.000 0.004 0.608 0.000 0.388
#> SRR1455586     3  0.4574     0.2866 0.000 0.412 0.576 0.000 0.012
#> SRR819459      3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.2017     0.9027 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR1433232     2  0.0451     0.9550 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1385501     5  0.4452     0.0497 0.496 0.000 0.004 0.000 0.500
#> SRR1361652     5  0.2408     0.7210 0.096 0.008 0.000 0.004 0.892
#> SRR1437119     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.3452     0.6308 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR1310584     1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1500216     1  0.4288     0.3028 0.612 0.000 0.000 0.004 0.384
#> SRR1486762     3  0.0510     0.9315 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1480854     4  0.2020     0.8836 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1489394     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1418085     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1340221     4  0.0290     0.9277 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1473058     4  0.3949     0.5822 0.000 0.300 0.000 0.696 0.004
#> SRR1405165     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.1908     0.8488 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1471477     1  0.3196     0.7272 0.804 0.004 0.000 0.000 0.192
#> SRR1098567     2  0.0162     0.9566 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.3636     0.7993 0.004 0.084 0.000 0.832 0.080
#> SRR1455038     5  0.4074     0.5052 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1375248     2  0.3280     0.7523 0.000 0.812 0.176 0.000 0.012
#> SRR1403005     3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1348378     2  0.0833     0.9554 0.000 0.976 0.004 0.004 0.016
#> SRR1413541     1  0.1732     0.8528 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1392943     4  0.1197     0.9103 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1475192     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1452468     5  0.2338     0.7289 0.112 0.000 0.000 0.004 0.884
#> SRR1347060     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.4016     0.6063 0.000 0.272 0.716 0.000 0.012
#> SRR1447962     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1444324     2  0.0566     0.9550 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1415004     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.3336     0.6938 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1311266     5  0.3689     0.6684 0.256 0.004 0.000 0.000 0.740
#> SRR1343302     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1373746     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0404     0.8741 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1469413     2  0.1012     0.9440 0.000 0.968 0.020 0.000 0.012
#> SRR1405331     3  0.2605     0.8410 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1345609     1  0.0290     0.8744 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1380208     5  0.3242     0.6651 0.000 0.072 0.000 0.076 0.852
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9279 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0324     0.9326 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1315081     3  0.0566     0.9277 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1369196     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.8744 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1367920     4  0.4235     0.3704 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1366648     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0162     0.9566 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.4321     0.3535 0.000 0.004 0.396 0.000 0.600
#> SRR1363968     1  0.3196     0.7243 0.804 0.004 0.000 0.000 0.192
#> SRR814387      1  0.0880     0.8661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR657599      5  0.6269     0.4271 0.336 0.004 0.144 0.000 0.516
#> SRR1386689     4  0.0324     0.9282 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1395575     3  0.0566     0.9325 0.000 0.004 0.984 0.000 0.012
#> SRR1453811     3  0.1197     0.9239 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1441159     1  0.3586     0.5302 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1403154     4  0.0162     0.9286 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1468722     3  0.0162     0.9327 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.4304     0.0521 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     5  0.7281    0.16423 0.300 0.000 0.108 0.000 0.368 0.224
#> SRR1331708     5  0.4002    0.36598 0.036 0.000 0.000 0.000 0.704 0.260
#> SRR1464258     1  0.4707    0.46606 0.584 0.000 0.000 0.000 0.056 0.360
#> SRR1454201     5  0.2660    0.54408 0.048 0.000 0.000 0.000 0.868 0.084
#> SRR661589      3  0.2527    0.80351 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1456229     1  0.4151    0.58582 0.684 0.000 0.000 0.000 0.040 0.276
#> SRR1315165     4  0.0146    0.84909 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1488960     1  0.0692    0.78781 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1417809     4  0.0260    0.84936 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1094457     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     5  0.6349    0.27763 0.180 0.000 0.028 0.000 0.440 0.352
#> SRR1315931     1  0.3351    0.71612 0.800 0.000 0.000 0.000 0.040 0.160
#> SRR1430066     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0790    0.83311 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR818002      2  0.1082    0.89143 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1344143     6  0.7140    0.29010 0.000 0.244 0.000 0.084 0.292 0.380
#> SRR1486845     4  0.0405    0.84890 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1362866     5  0.1152    0.55002 0.044 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR1490740     1  0.2651    0.74294 0.860 0.000 0.000 0.000 0.028 0.112
#> SRR1446627     2  0.1010    0.88791 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1456138     2  0.3136    0.69162 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004 0.228
#> SRR1416248     1  0.1116    0.78419 0.960 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR1383907     4  0.3103    0.74746 0.000 0.000 0.000 0.784 0.008 0.208
#> SRR1311018     1  0.0146    0.79004 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.3052    0.70326 0.000 0.780 0.000 0.000 0.004 0.216
#> SRR1429846     3  0.2912    0.78198 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR613550      3  0.2762    0.79302 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1348402     1  0.1367    0.77907 0.944 0.000 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR1345146     5  0.4699    0.48440 0.104 0.000 0.000 0.000 0.668 0.228
#> SRR1324025     3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1318879     3  0.5925   -0.05088 0.000 0.000 0.416 0.000 0.372 0.212
#> SRR820755      3  0.5590    0.48591 0.004 0.000 0.532 0.000 0.144 0.320
#> SRR1485830     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR599313      1  0.5921    0.15515 0.460 0.000 0.000 0.000 0.300 0.240
#> SRR612263      5  0.5683    0.18524 0.348 0.000 0.000 0.000 0.484 0.168
#> SRR1415398     3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1326205     4  0.0146    0.84867 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1421327     4  0.5778    0.33240 0.000 0.000 0.000 0.504 0.228 0.268
#> SRR1083311     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.2980    0.76164 0.000 0.000 0.000 0.800 0.008 0.192
#> SRR1079522     5  0.4994    0.18930 0.076 0.000 0.000 0.000 0.544 0.380
#> SRR1452935     5  0.3221    0.51650 0.000 0.000 0.076 0.000 0.828 0.096
#> SRR1379495     1  0.0291    0.79021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1470459     2  0.1863    0.88114 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR661361      3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR615778      5  0.1845    0.54019 0.028 0.000 0.000 0.000 0.920 0.052
#> SRR1447564     1  0.1616    0.77652 0.932 0.000 0.000 0.000 0.020 0.048
#> SRR1455195     5  0.4371    0.28361 0.392 0.000 0.000 0.000 0.580 0.028
#> SRR655182      1  0.1074    0.78638 0.960 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028
#> SRR1335140     6  0.7159    0.30699 0.000 0.276 0.000 0.084 0.264 0.376
#> SRR1433555     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.2006    0.87912 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1388354     1  0.0146    0.79004 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0622    0.82662 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1479955     2  0.3298    0.67374 0.000 0.756 0.000 0.000 0.008 0.236
#> SRR809853      1  0.4516    0.60849 0.700 0.000 0.000 0.000 0.112 0.188
#> SRR661313      3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1499935     4  0.1196    0.84121 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1447303     3  0.3403    0.77170 0.000 0.000 0.768 0.000 0.020 0.212
#> SRR1429408     4  0.5415    0.22555 0.000 0.400 0.000 0.512 0.020 0.068
#> SRR1433950     1  0.1700    0.77717 0.928 0.000 0.000 0.000 0.024 0.048
#> SRR1362081     2  0.1765    0.88283 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1409854     5  0.5100    0.35421 0.036 0.000 0.036 0.000 0.596 0.332
#> SRR1435229     5  0.3044    0.51467 0.048 0.000 0.000 0.000 0.836 0.116
#> SRR1085996     1  0.3278    0.71805 0.808 0.000 0.000 0.000 0.040 0.152
#> SRR1414229     5  0.1863    0.53959 0.000 0.000 0.044 0.000 0.920 0.036
#> SRR1400974     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0748    0.78914 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR613927      3  0.3758    0.71072 0.000 0.000 0.700 0.000 0.016 0.284
#> SRR1457854     1  0.0146    0.79004 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.4435    0.65470 0.672 0.000 0.000 0.000 0.064 0.264
#> SRR813776      3  0.5047    0.56652 0.004 0.000 0.584 0.000 0.080 0.332
#> SRR808196      4  0.0363    0.84520 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1101085     4  0.2980    0.75978 0.000 0.000 0.000 0.800 0.008 0.192
#> SRR614395      1  0.4938    0.45148 0.568 0.000 0.000 0.000 0.076 0.356
#> SRR1478251     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1370551     2  0.1814    0.88026 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1362310     1  0.0291    0.78975 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR665310      3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1420109     3  0.5557    0.47647 0.020 0.000 0.532 0.000 0.088 0.360
#> SRR1330920     5  0.5809    0.17654 0.188 0.000 0.000 0.000 0.452 0.360
#> SRR1419539     3  0.3839    0.61485 0.000 0.036 0.748 0.004 0.000 0.212
#> SRR1359447     3  0.4614    0.56066 0.000 0.148 0.720 0.000 0.012 0.120
#> SRR1347259     4  0.3394    0.72383 0.000 0.000 0.000 0.752 0.012 0.236
#> SRR613915      3  0.3287    0.77175 0.000 0.000 0.768 0.000 0.012 0.220
#> SRR1384395     3  0.1082    0.81200 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR821715      3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1478228     1  0.1116    0.78419 0.960 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR1445637     1  0.0820    0.78737 0.972 0.000 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR608150      5  0.1391    0.54847 0.040 0.000 0.000 0.000 0.944 0.016
#> SRR1096383     1  0.5833    0.36232 0.564 0.000 0.020 0.000 0.252 0.164
#> SRR1341480     4  0.3947    0.70527 0.000 0.000 0.000 0.732 0.048 0.220
#> SRR1341344     5  0.4301    0.29082 0.392 0.000 0.000 0.000 0.584 0.024
#> SRR1326270     3  0.2697    0.79679 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1498838     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0260    0.83369 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR808566      4  0.4262    0.26862 0.000 0.424 0.000 0.560 0.004 0.012
#> SRR1430270     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1367825     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.2798    0.79905 0.000 0.000 0.852 0.000 0.036 0.112
#> SRR661267      3  0.7267    0.00234 0.096 0.000 0.344 0.000 0.252 0.308
#> SRR810665      2  0.0632    0.89263 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1407250     5  0.2604    0.54584 0.036 0.000 0.008 0.000 0.880 0.076
#> SRR1420067     1  0.3794    0.57912 0.724 0.000 0.000 0.000 0.248 0.028
#> SRR1473632     1  0.3247    0.71860 0.808 0.000 0.000 0.000 0.036 0.156
#> SRR812536      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0713    0.89441 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1486195     2  0.1814    0.88026 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1407671     5  0.5679    0.08571 0.000 0.172 0.000 0.004 0.536 0.288
#> SRR1446375     5  0.6153    0.36455 0.196 0.000 0.028 0.000 0.528 0.248
#> SRR1465230     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.5716    0.24349 0.504 0.000 0.000 0.000 0.304 0.192
#> SRR1356101     2  0.3045    0.82942 0.000 0.840 0.060 0.000 0.000 0.100
#> SRR1404209     1  0.4589    0.56722 0.696 0.000 0.000 0.000 0.172 0.132
#> SRR1392676     2  0.1010    0.88791 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR665538      1  0.5220    0.41586 0.596 0.000 0.000 0.000 0.264 0.140
#> SRR660510      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.1757    0.82822 0.000 0.000 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR658953      5  0.3993    0.37421 0.024 0.000 0.000 0.000 0.676 0.300
#> SRR2166459     1  0.0914    0.78693 0.968 0.000 0.000 0.000 0.016 0.016
#> SRR1070713     2  0.1745    0.88960 0.000 0.924 0.000 0.000 0.020 0.056
#> SRR1485312     3  0.1444    0.82745 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1317631     4  0.1556    0.79663 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1488610     5  0.4339    0.39084 0.256 0.000 0.000 0.000 0.684 0.060
#> SRR1330588     3  0.2902    0.79113 0.000 0.000 0.800 0.000 0.004 0.196
#> SRR1316367     5  0.3925    0.38990 0.236 0.000 0.000 0.000 0.724 0.040
#> SRR1433926     1  0.2988    0.72574 0.828 0.000 0.000 0.000 0.028 0.144
#> SRR1091302     4  0.0405    0.84927 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR818263      5  0.5956    0.13719 0.224 0.000 0.000 0.000 0.420 0.356
#> SRR1404909     4  0.4460    0.60056 0.000 0.000 0.000 0.644 0.052 0.304
#> SRR663076      1  0.0291    0.78987 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1323577     2  0.0713    0.89435 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1442422     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.1036    0.78517 0.964 0.000 0.000 0.004 0.024 0.008
#> SRR654862      5  0.5285    0.27655 0.112 0.000 0.000 0.000 0.536 0.352
#> SRR1407112     4  0.0146    0.84867 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332969     3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1353199     3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1378885     3  0.3487    0.76309 0.000 0.000 0.756 0.000 0.020 0.224
#> SRR665357      3  0.1563    0.79972 0.000 0.012 0.932 0.000 0.000 0.056
#> SRR662186      2  0.1908    0.89037 0.000 0.900 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1501020     3  0.2527    0.80351 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1347819     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.1814    0.88158 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1472576     4  0.4929    0.60082 0.000 0.100 0.000 0.644 0.004 0.252
#> SRR1431781     4  0.0291    0.84918 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1452270     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.2867    0.54105 0.040 0.000 0.000 0.000 0.848 0.112
#> SRR1417632     4  0.6112   -0.01344 0.000 0.000 0.000 0.372 0.320 0.308
#> SRR1350153     2  0.1765    0.88283 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1458113     5  0.3270    0.49645 0.000 0.000 0.120 0.000 0.820 0.060
#> SRR1326579     5  0.2070    0.54776 0.092 0.000 0.000 0.000 0.896 0.012
#> SRR1349363     2  0.5224    0.40924 0.004 0.620 0.000 0.084 0.012 0.280
#> SRR1096712     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1083752     2  0.2872    0.83413 0.000 0.832 0.000 0.004 0.012 0.152
#> SRR1377599     5  0.6069   -0.13819 0.000 0.000 0.000 0.288 0.404 0.308
#> SRR1488449     3  0.2631    0.79982 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1318354     5  0.4887    0.31247 0.000 0.000 0.300 0.000 0.612 0.088
#> SRR1359062     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.4779    0.34448 0.072 0.008 0.000 0.000 0.656 0.264
#> SRR663783      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     5  0.6671    0.22808 0.000 0.044 0.248 0.000 0.444 0.264
#> SRR1369070     2  0.1010    0.88791 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR615659      1  0.2988    0.72574 0.828 0.000 0.000 0.000 0.028 0.144
#> SRR1337449     2  0.1814    0.88026 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1316982     3  0.4892    0.36668 0.000 0.272 0.628 0.000 0.000 0.100
#> SRR1498595     4  0.5684    0.47412 0.000 0.048 0.000 0.560 0.068 0.324
#> SRR1377423     3  0.1387    0.82947 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1312310     2  0.1663    0.88567 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1485613     1  0.5351    0.35631 0.568 0.000 0.000 0.000 0.288 0.144
#> SRR1338426     3  0.1649    0.80223 0.000 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032
#> SRR1353309     3  0.0508    0.82788 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR658941      5  0.5999    0.14739 0.008 0.000 0.388 0.000 0.428 0.176
#> SRR1101643     1  0.3175    0.71639 0.808 0.000 0.000 0.000 0.028 0.164
#> SRR1401468     5  0.5719    0.17042 0.372 0.000 0.000 0.000 0.460 0.168
#> SRR1368874     2  0.2092    0.88606 0.000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1324085     4  0.0405    0.84903 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1363858     1  0.5894    0.18858 0.472 0.000 0.000 0.000 0.284 0.244
#> SRR819820      3  0.4858    0.50177 0.000 0.000 0.664 0.000 0.180 0.156
#> SRR1337342     5  0.2201    0.54991 0.048 0.000 0.000 0.000 0.900 0.052
#> SRR655206      3  0.6413    0.26335 0.000 0.168 0.540 0.004 0.052 0.236
#> SRR1387013     2  0.3894    0.69433 0.000 0.760 0.000 0.000 0.072 0.168
#> SRR1317410     1  0.1116    0.78419 0.960 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR608198      5  0.1890    0.54722 0.060 0.000 0.000 0.000 0.916 0.024
#> SRR1440161     2  0.1765    0.88283 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1343741     2  0.1010    0.88791 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1381288     2  0.1010    0.88791 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1415379     4  0.0260    0.84936 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1099622     2  0.2558    0.86082 0.000 0.868 0.028 0.000 0.000 0.104
#> SRR663197      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     3  0.5808    0.05046 0.000 0.360 0.472 0.000 0.004 0.164
#> SRR661699      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813680      3  0.7197    0.12140 0.156 0.000 0.388 0.000 0.132 0.324
#> SRR1410678     1  0.0436    0.78940 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1378109     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.3210    0.71675 0.812 0.000 0.000 0.000 0.036 0.152
#> SRR1311486     2  0.0260    0.89610 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1382851     5  0.5751   -0.05237 0.000 0.156 0.000 0.008 0.524 0.312
#> SRR1433410     5  0.1802    0.54789 0.072 0.000 0.000 0.000 0.916 0.012
#> SRR661167      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.3078    0.75215 0.000 0.000 0.836 0.000 0.108 0.056
#> SRR660462      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.5484    0.30624 0.004 0.000 0.000 0.568 0.280 0.148
#> SRR657949      3  0.5347    0.55339 0.004 0.000 0.572 0.000 0.120 0.304
#> SRR1308882     4  0.0935    0.84425 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR655768      1  0.5234    0.41773 0.596 0.000 0.000 0.000 0.260 0.144
#> SRR1485870     4  0.4844    0.55176 0.000 0.000 0.000 0.608 0.080 0.312
#> SRR1444138     1  0.5625    0.34019 0.540 0.000 0.000 0.000 0.244 0.216
#> SRR1417342     1  0.0405    0.79027 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1470193     4  0.0405    0.84902 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR1091380     3  0.4858    0.50177 0.000 0.000 0.664 0.000 0.180 0.156
#> SRR1099096     1  0.1116    0.78419 0.960 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR1313583     1  0.3993    0.12869 0.520 0.000 0.000 0.476 0.000 0.004
#> SRR1467102     3  0.3953    0.60352 0.000 0.132 0.764 0.000 0.000 0.104
#> SRR1485416     4  0.3738    0.72391 0.000 0.000 0.000 0.752 0.040 0.208
#> SRR818821      3  0.2798    0.79905 0.000 0.000 0.852 0.000 0.036 0.112
#> SRR809963      1  0.4938    0.45148 0.568 0.000 0.000 0.000 0.076 0.356
#> SRR1072247     1  0.0665    0.78850 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1353710     4  0.2053    0.81521 0.000 0.000 0.000 0.888 0.004 0.108
#> SRR1445259     5  0.2622    0.54972 0.024 0.000 0.004 0.000 0.868 0.104
#> SRR1408393     3  0.5325    0.52492 0.016 0.000 0.560 0.000 0.076 0.348
#> SRR1361522     1  0.3027    0.72383 0.824 0.000 0.000 0.000 0.028 0.148
#> SRR1368597     1  0.2309    0.75961 0.888 0.000 0.000 0.000 0.028 0.084
#> SRR1309680     2  0.1082    0.88863 0.000 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1310542     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.1644    0.82933 0.000 0.000 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1406437     5  0.6967    0.13374 0.008 0.032 0.008 0.304 0.424 0.224
#> SRR1354931     3  0.2416    0.80768 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1391856     2  0.3952    0.76690 0.000 0.780 0.108 0.000 0.008 0.104
#> SRR1446738     2  0.5400    0.15518 0.000 0.492 0.000 0.004 0.404 0.100
#> SRR1309032     2  0.1765    0.88283 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1388145     2  0.0363    0.89563 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1432611     2  0.1610    0.88694 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR815869      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.2513    0.51356 0.008 0.000 0.000 0.000 0.852 0.140
#> SRR1387921     1  0.0146    0.79004 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.1765    0.88283 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1360478     2  0.1075    0.89295 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1360695     1  0.3395    0.70089 0.816 0.000 0.000 0.004 0.056 0.124
#> SRR812943      5  0.5731    0.22836 0.276 0.000 0.000 0.000 0.512 0.212
#> SRR1400910     5  0.3163    0.45080 0.004 0.004 0.000 0.000 0.780 0.212
#> SRR1444203     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0692    0.89466 0.000 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR658754      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.2778    0.77949 0.000 0.000 0.000 0.824 0.008 0.168
#> SRR1397366     3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1446028     1  0.1141    0.78131 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1083918     2  0.0508    0.89533 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1337606     5  0.3245    0.40419 0.008 0.000 0.000 0.000 0.764 0.228
#> SRR659109      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.3898    0.34903 0.336 0.000 0.000 0.000 0.652 0.012
#> SRR656946      1  0.3953    0.68425 0.744 0.000 0.000 0.000 0.060 0.196
#> SRR1476102     1  0.1082    0.78561 0.956 0.000 0.000 0.000 0.040 0.004
#> SRR1476447     1  0.1564    0.78155 0.936 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040
#> SRR1342067     4  0.1471    0.83388 0.000 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR1385389     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1075971     1  0.0405    0.79068 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR614419      5  0.4684    0.33075 0.256 0.000 0.000 0.000 0.656 0.088
#> SRR1322936     5  0.1633    0.54745 0.044 0.000 0.000 0.000 0.932 0.024
#> SRR1349121     1  0.3717    0.66086 0.780 0.000 0.000 0.000 0.148 0.072
#> SRR1430549     1  0.0291    0.79047 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR612935      3  0.3877    0.67741 0.000 0.000 0.764 0.000 0.160 0.076
#> SRR661481      2  0.0260    0.89602 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1354117     2  0.1814    0.88302 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1393596     4  0.4420    0.60540 0.000 0.000 0.000 0.644 0.048 0.308
#> SRR1452164     1  0.1219    0.78335 0.948 0.000 0.000 0.000 0.048 0.004
#> SRR1070503     3  0.4881    0.65541 0.000 0.000 0.648 0.000 0.120 0.232
#> SRR1499894     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.1297    0.54913 0.040 0.000 0.000 0.000 0.948 0.012
#> SRR1468271     1  0.5480    0.30619 0.540 0.000 0.000 0.000 0.308 0.152
#> SRR1332443     1  0.0291    0.78975 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR810295      2  0.1765    0.88283 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR662103      1  0.3027    0.72383 0.824 0.000 0.000 0.000 0.028 0.148
#> SRR1328620     5  0.5336    0.34126 0.000 0.000 0.244 0.000 0.588 0.168
#> SRR1396294     4  0.3388    0.68054 0.004 0.000 0.000 0.804 0.036 0.156
#> SRR1419917     1  0.3065    0.72150 0.820 0.000 0.000 0.000 0.028 0.152
#> SRR662114      3  0.5240    0.48852 0.000 0.000 0.584 0.000 0.284 0.132
#> SRR1489199     5  0.3978    0.50985 0.084 0.000 0.000 0.000 0.756 0.160
#> SRR813584      2  0.1010    0.89483 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1069638     5  0.3839    0.43513 0.004 0.000 0.036 0.000 0.748 0.212
#> SRR614864      3  0.3403    0.77170 0.000 0.000 0.768 0.000 0.020 0.212
#> SRR1433392     1  0.5811    0.37053 0.520 0.000 0.036 0.000 0.088 0.356
#> SRR1377777     2  0.3298    0.67374 0.000 0.756 0.000 0.000 0.008 0.236
#> SRR2167710     1  0.4037    0.67652 0.736 0.000 0.000 0.000 0.064 0.200
#> SRR1401252     4  0.4229    0.63151 0.000 0.000 0.000 0.668 0.040 0.292
#> SRR1309963     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0820    0.78722 0.972 0.000 0.000 0.000 0.012 0.016
#> SRR1418628     2  0.1327    0.89127 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1486889     1  0.6365    0.36034 0.512 0.000 0.044 0.000 0.180 0.264
#> SRR1380393     1  0.0146    0.79004 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.1116    0.78419 0.960 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR1356468     4  0.0146    0.84867 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1337010     2  0.1863    0.88114 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1486520     5  0.4715    0.18213 0.416 0.000 0.000 0.000 0.536 0.048
#> SRR1486538     4  0.1007    0.84169 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1340486     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     5  0.6921   -0.20407 0.000 0.068 0.000 0.204 0.396 0.332
#> SRR1465459     3  0.3487    0.76309 0.000 0.000 0.756 0.000 0.020 0.224
#> SRR1080270     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.2632    0.80692 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1093148     5  0.3876    0.49449 0.004 0.000 0.068 0.000 0.772 0.156
#> SRR1467080     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.1765    0.88164 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR816475      4  0.3695    0.64306 0.000 0.176 0.000 0.776 0.004 0.044
#> SRR1379198     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR613342      3  0.2257    0.81528 0.000 0.000 0.876 0.000 0.008 0.116
#> SRR1452246     2  0.2572    0.79734 0.000 0.852 0.000 0.000 0.012 0.136
#> SRR1338836     2  0.1010    0.88791 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1369129     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1396616     3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR813824      3  0.0713    0.83331 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1082376     1  0.5465    0.36313 0.508 0.000 0.000 0.000 0.132 0.360
#> SRR1500891     4  0.3349    0.71761 0.000 0.000 0.000 0.748 0.008 0.244
#> SRR807543      3  0.5249    0.50054 0.004 0.000 0.544 0.000 0.092 0.360
#> SRR1091572     5  0.5084    0.34236 0.124 0.000 0.000 0.000 0.612 0.264
#> SRR1346689     4  0.3023    0.74898 0.000 0.000 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1332424     5  0.1858    0.54635 0.076 0.000 0.000 0.000 0.912 0.012
#> SRR663729      4  0.3649    0.73456 0.000 0.000 0.000 0.764 0.040 0.196
#> SRR1097013     1  0.0000    0.79041 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      5  0.1633    0.54745 0.044 0.000 0.000 0.000 0.932 0.024
#> SRR1485357     4  0.0146    0.84867 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR655816      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.3482    0.69865 0.812 0.000 0.000 0.004 0.068 0.116
#> SRR1437622     2  0.1285    0.88525 0.000 0.944 0.000 0.000 0.004 0.052
#> SRR1355172     3  0.6470    0.21097 0.252 0.000 0.508 0.000 0.052 0.188
#> SRR655531      5  0.2487    0.54833 0.092 0.000 0.000 0.000 0.876 0.032
#> SRR1338147     3  0.2697    0.79680 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1413329     5  0.5144    0.41590 0.012 0.000 0.128 0.000 0.652 0.208
#> SRR1485931     2  0.3950    0.57810 0.000 0.696 0.000 0.000 0.028 0.276
#> SRR1420873     1  0.5255    0.39505 0.588 0.000 0.000 0.000 0.272 0.140
#> SRR1333308     4  0.0935    0.84423 0.000 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1452033     1  0.4693    0.55792 0.684 0.000 0.000 0.000 0.176 0.140
#> SRR1467316     2  0.3592    0.64856 0.000 0.740 0.000 0.000 0.020 0.240
#> SRR809018      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0865    0.89197 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR663440      3  0.3460    0.76610 0.000 0.000 0.760 0.000 0.020 0.220
#> SRR1471755     2  0.0363    0.89563 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR808019      5  0.6165    0.31575 0.268 0.000 0.024 0.000 0.512 0.196
#> SRR1479133     3  0.2664    0.79844 0.000 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR615069      5  0.3438    0.50321 0.000 0.004 0.068 0.000 0.816 0.112
#> SRR1456185     2  0.0508    0.89533 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1350069     4  0.1556    0.79663 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR816316      1  0.4758    0.46094 0.580 0.000 0.000 0.000 0.060 0.360
#> SRR664795      6  0.7545   -0.09997 0.212 0.000 0.304 0.000 0.164 0.320
#> SRR1490721     5  0.5138    0.13791 0.000 0.000 0.000 0.128 0.604 0.268
#> SRR810643      1  0.3934    0.55241 0.708 0.000 0.000 0.000 0.260 0.032
#> SRR1430333     5  0.1749    0.54311 0.008 0.000 0.036 0.000 0.932 0.024
#> SRR1085285     3  0.1501    0.82713 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1099072     3  0.2823    0.78889 0.000 0.000 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1317985     1  0.1168    0.78345 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1487340     1  0.0291    0.79047 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1420276     3  0.1082    0.81200 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR1351347     3  0.3506    0.71090 0.000 0.000 0.792 0.000 0.156 0.052
#> SRR1405525     5  0.4658    0.30030 0.384 0.000 0.000 0.000 0.568 0.048
#> SRR1370329     1  0.0748    0.78914 0.976 0.000 0.000 0.004 0.004 0.016
#> SRR1465001     1  0.1116    0.78419 0.960 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR1476525     2  0.0632    0.89263 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR819610      2  0.0777    0.89403 0.000 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR2157314     1  0.0972    0.78503 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1409465     2  0.1010    0.88791 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR809987      4  0.0858    0.83192 0.028 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR613639      3  0.3163    0.77366 0.000 0.000 0.764 0.000 0.004 0.232
#> SRR1402285     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.4808    0.46024 0.576 0.000 0.000 0.000 0.064 0.360
#> SRR1405660     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.4278    0.46974 0.076 0.000 0.000 0.000 0.712 0.212
#> SRR1394734     2  0.0508    0.89533 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1317771     1  0.1794    0.78627 0.924 0.000 0.000 0.000 0.040 0.036
#> SRR1365894     4  0.6305    0.03496 0.000 0.008 0.000 0.384 0.292 0.316
#> SRR1073581     1  0.6490    0.20800 0.476 0.000 0.040 0.000 0.280 0.204
#> SRR659804      1  0.1036    0.78517 0.964 0.000 0.000 0.004 0.024 0.008
#> SRR1345914     2  0.0713    0.89225 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1432186     2  0.0935    0.89316 0.000 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1473529     6  0.7521    0.28683 0.000 0.208 0.000 0.188 0.232 0.372
#> SRR660764      3  0.1124    0.81546 0.000 0.000 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR820448      1  0.4285    0.53943 0.644 0.000 0.000 0.000 0.036 0.320
#> SRR1328845     4  0.1556    0.79663 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1336415     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.1285    0.83792 0.000 0.000 0.000 0.944 0.004 0.052
#> SRR1459190     3  0.2378    0.81061 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1346773     1  0.2257    0.73997 0.876 0.000 0.000 0.000 0.116 0.008
#> SRR1499521     1  0.5537    0.25910 0.520 0.000 0.000 0.000 0.328 0.152
#> SRR1440898     2  0.0713    0.89155 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1347459     3  0.1610    0.82710 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1081209     2  0.1858    0.85136 0.000 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR1400202     1  0.0291    0.79021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1333395     4  0.3954    0.65549 0.004 0.000 0.000 0.684 0.016 0.296
#> SRR1309248     4  0.6124   -0.05515 0.000 0.000 0.000 0.356 0.328 0.316
#> SRR809161      3  0.2697    0.79749 0.000 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1316320     5  0.5486    0.08230 0.000 0.020 0.000 0.088 0.560 0.332
#> SRR1432629     2  0.1219    0.88761 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1498931     1  0.0291    0.79021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1416578     4  0.0260    0.84936 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1405547     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380764     5  0.4903    0.03413 0.464 0.000 0.000 0.000 0.476 0.060
#> SRR1309160     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.3376    0.69954 0.816 0.000 0.000 0.004 0.052 0.128
#> SRR1078489     5  0.3424    0.48407 0.004 0.000 0.032 0.000 0.796 0.168
#> SRR1332648     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR660614      5  0.6676    0.26664 0.000 0.132 0.108 0.000 0.512 0.248
#> SRR1470420     2  0.1814    0.88202 0.000 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1475566     1  0.0291    0.79021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1477949     1  0.0000    0.79041 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0713    0.89155 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1464766     1  0.4537    0.50566 0.664 0.000 0.000 0.000 0.264 0.072
#> SRR615946      3  0.1610    0.82712 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1446481     2  0.0363    0.89563 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1467656     2  0.1765    0.88283 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1402962     5  0.4975    0.34819 0.312 0.000 0.000 0.000 0.596 0.092
#> SRR660224      2  0.0713    0.89155 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR665586      1  0.3247    0.71449 0.808 0.000 0.000 0.000 0.036 0.156
#> SRR1347166     5  0.1845    0.54019 0.028 0.000 0.000 0.000 0.920 0.052
#> SRR1485722     5  0.3251    0.53142 0.040 0.000 0.008 0.000 0.828 0.124
#> SRR1415316     1  0.1908    0.77054 0.916 0.000 0.000 0.000 0.028 0.056
#> SRR613390      1  0.3210    0.71675 0.812 0.000 0.000 0.000 0.036 0.152
#> SRR661108      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     5  0.6978    0.18807 0.076 0.000 0.196 0.000 0.380 0.348
#> SRR817329      1  0.3210    0.71675 0.812 0.000 0.000 0.000 0.036 0.152
#> SRR1401990     4  0.1141    0.81904 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1467745     2  0.2006    0.87912 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1471795     2  0.0632    0.89309 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1415637     2  0.1010    0.88791 0.000 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR813137      1  0.4196    0.53101 0.640 0.000 0.000 0.000 0.028 0.332
#> SRR1314873     1  0.3139    0.71934 0.816 0.000 0.000 0.000 0.032 0.152
#> SRR1401211     1  0.3454    0.69739 0.812 0.000 0.000 0.004 0.060 0.124
#> SRR1419692     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      3  0.3109    0.77429 0.000 0.000 0.772 0.000 0.004 0.224
#> SRR2164608     5  0.5737    0.23417 0.000 0.000 0.304 0.000 0.500 0.196
#> SRR1455586     3  0.5319   -0.05777 0.000 0.420 0.476 0.000 0.000 0.104
#> SRR819459      3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.3886    0.59486 0.000 0.708 0.000 0.000 0.028 0.264
#> SRR1433232     2  0.1349    0.87845 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1385501     6  0.6119   -0.19700 0.324 0.000 0.000 0.000 0.312 0.364
#> SRR1361652     5  0.3695    0.40864 0.024 0.000 0.000 0.000 0.732 0.244
#> SRR1437119     1  0.0291    0.79021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1478547     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.3328    0.50819 0.000 0.000 0.064 0.000 0.816 0.120
#> SRR1310584     1  0.1268    0.78221 0.952 0.000 0.000 0.004 0.036 0.008
#> SRR1500216     1  0.5921    0.15515 0.460 0.000 0.000 0.000 0.300 0.240
#> SRR1486762     3  0.1204    0.83076 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1480854     4  0.5048    0.55866 0.000 0.000 0.000 0.616 0.120 0.264
#> SRR1489394     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1418085     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0146    0.84962 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1473058     4  0.4963    0.26065 0.000 0.392 0.000 0.544 0.004 0.060
#> SRR1405165     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.3351    0.70944 0.800 0.000 0.000 0.000 0.040 0.160
#> SRR1471477     1  0.5183    0.43185 0.604 0.000 0.000 0.000 0.256 0.140
#> SRR1098567     2  0.1007    0.89438 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1098712     4  0.5355    0.52400 0.008 0.036 0.000 0.676 0.096 0.184
#> SRR1455038     5  0.5666    0.18112 0.352 0.000 0.000 0.000 0.484 0.164
#> SRR1375248     2  0.4946    0.47187 0.000 0.616 0.284 0.000 0.000 0.100
#> SRR1403005     3  0.2854    0.78682 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1348378     2  0.2006    0.87912 0.000 0.892 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1413541     1  0.3210    0.71675 0.812 0.000 0.000 0.000 0.036 0.152
#> SRR1392943     4  0.3112    0.78007 0.000 0.000 0.000 0.836 0.096 0.068
#> SRR1475192     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.1863    0.87957 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1452468     5  0.2573    0.52105 0.024 0.000 0.000 0.000 0.864 0.112
#> SRR1347060     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.5083    0.27035 0.000 0.320 0.580 0.000 0.000 0.100
#> SRR1447962     2  0.1863    0.87957 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1444324     2  0.1765    0.88283 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1415004     1  0.0146    0.79004 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.3929    0.56385 0.700 0.000 0.000 0.000 0.272 0.028
#> SRR1311266     5  0.3953    0.50206 0.132 0.000 0.000 0.000 0.764 0.104
#> SRR1343302     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0291    0.79047 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1429678     1  0.1168    0.78571 0.956 0.000 0.000 0.000 0.016 0.028
#> SRR1469413     2  0.2558    0.86082 0.000 0.868 0.028 0.000 0.000 0.104
#> SRR1405331     3  0.5327    0.48738 0.004 0.000 0.536 0.000 0.100 0.360
#> SRR1345609     1  0.0291    0.79021 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1380208     5  0.3875    0.30800 0.000 0.016 0.000 0.004 0.700 0.280
#> SRR1322840     4  0.1152    0.84058 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR1399797     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.1082    0.81200 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR1369196     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0436    0.79017 0.988 0.000 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1365291     3  0.3641    0.75690 0.000 0.000 0.748 0.000 0.028 0.224
#> SRR1367920     5  0.6122   -0.17083 0.000 0.000 0.000 0.336 0.356 0.308
#> SRR1366648     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.1349    0.89346 0.000 0.940 0.000 0.000 0.004 0.056
#> SRR1082173     5  0.5195    0.37196 0.000 0.000 0.176 0.000 0.616 0.208
#> SRR1363968     1  0.5096    0.44801 0.616 0.000 0.000 0.000 0.252 0.132
#> SRR814387      1  0.1116    0.78419 0.960 0.000 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR657599      5  0.6042    0.33037 0.260 0.000 0.020 0.000 0.528 0.192
#> SRR1386689     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.1387    0.82813 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1453811     3  0.3487    0.76309 0.000 0.000 0.756 0.000 0.020 0.224
#> SRR1441159     1  0.2664    0.67044 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000    0.84933 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.83366 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.5708    0.18496 0.000 0.000 0.264 0.000 0.520 0.216

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.918           0.923       0.970         0.5010 0.500   0.500
#> 3 3 0.769           0.865       0.937         0.3114 0.758   0.556
#> 4 4 0.950           0.923       0.969         0.1224 0.843   0.591
#> 5 5 0.907           0.895       0.945         0.0729 0.921   0.714
#> 6 6 0.853           0.707       0.857         0.0398 0.956   0.803

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 4

There is also optional best \(k\) = 2 4 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.9686     0.3642 0.604 0.396
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR661589      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.2043     0.9354 0.968 0.032
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1095575     2  0.9815     0.2813 0.420 0.580
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1430066     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1431037     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1395554     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1344143     1  0.9710     0.3237 0.600 0.400
#> SRR1486845     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0376     0.9689 0.004 0.996
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1375699     1  0.9635     0.3564 0.612 0.388
#> SRR1429846     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR613550      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1324025     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1318879     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR820755      2  0.9286     0.4559 0.344 0.656
#> SRR1485830     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1415398     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1421327     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1083311     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1499303     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1452935     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR661361      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.9732     0.3264 0.404 0.596
#> SRR1433555     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1413602     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.7219     0.7415 0.200 0.800
#> SRR809853      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR661313      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1499935     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1447303     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.8207     0.6414 0.256 0.744
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.9775     0.3219 0.588 0.412
#> SRR1435229     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1400974     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR613927      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR813776      2  0.7299     0.7294 0.204 0.796
#> SRR808196      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR665310      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1420109     2  0.0376     0.9689 0.004 0.996
#> SRR1330920     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1359447     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1347259     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR613915      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR821715      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.5629     0.8288 0.868 0.132
#> SRR1341480     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1326270     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1498838     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1416313     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.3733     0.9014 0.072 0.928
#> SRR1430270     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR613533      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR661267      2  0.9795     0.2598 0.416 0.584
#> SRR810665      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.9635     0.3844 0.612 0.388
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR812536      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1407671     1  0.3114     0.9115 0.944 0.056
#> SRR1446375     2  0.9963     0.1411 0.464 0.536
#> SRR1465230     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR660510      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1445655     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.1414     0.9463 0.980 0.020
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1485312     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.3733     0.8961 0.928 0.072
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1330588     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1404909     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1442422     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1332969     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1353199     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1378885     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR665357      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1501020     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1347819     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1472576     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1431781     1  0.9970     0.1507 0.532 0.468
#> SRR1452270     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1500472     2  0.9909     0.2080 0.444 0.556
#> SRR1417632     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1458113     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1349363     1  0.9881     0.2168 0.564 0.436
#> SRR1096712     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1090407     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1377599     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1488449     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1318354     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1359062     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.9732     0.3125 0.596 0.404
#> SRR663783      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1319204     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1498595     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1377423     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1338426     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1353309     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR658941      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.7219     0.7389 0.800 0.200
#> SRR1363858     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR819820      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1415379     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR663197      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1394836     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR661699      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR813680      1  0.9732     0.3434 0.596 0.404
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR661167      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1432518     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR660462      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.9000     0.5440 0.684 0.316
#> SRR657949      2  0.1843     0.9465 0.028 0.972
#> SRR1308882     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.1414     0.9465 0.980 0.020
#> SRR1091380     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1485416     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR818821      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1445259     2  0.8081     0.6654 0.248 0.752
#> SRR1408393     1  0.9970     0.1506 0.532 0.468
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0376     0.9689 0.004 0.996
#> SRR1310542     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1354931     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1391856     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR613150      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1375329     2  0.7219     0.7419 0.200 0.800
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.7674     0.7047 0.224 0.776
#> SRR1444203     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR658754      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1397366     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1337606     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR659109      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1393596     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1070503     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1499894     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1396294     1  1.0000     0.0486 0.504 0.496
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR662114      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.1184     0.9500 0.984 0.016
#> SRR813584      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1069638     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR614864      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1433392     1  0.4022     0.8877 0.920 0.080
#> SRR1377777     2  0.7056     0.7531 0.192 0.808
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1401252     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.4939     0.8570 0.892 0.108
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1377696     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1465459     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1080270     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1312501     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1093148     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1467080     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR816475      2  0.7219     0.7356 0.200 0.800
#> SRR1379198     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0376     0.9689 0.004 0.996
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1369129     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR813824      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1500891     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR807543      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1091572     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1346689     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1485357     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR655816      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1355172     1  0.9710     0.3538 0.600 0.400
#> SRR655531      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1338147     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1413329     2  0.5178     0.8514 0.116 0.884
#> SRR1485931     2  0.7219     0.7415 0.200 0.800
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.8608     0.6003 0.284 0.716
#> SRR809018      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR663440      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.9580     0.4042 0.620 0.380
#> SRR1479133     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR615069      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1350069     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.8861     0.5673 0.696 0.304
#> SRR1490721     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1430333     2  0.3879     0.8971 0.076 0.924
#> SRR1085285     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1099072     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1351347     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.2423     0.9350 0.040 0.960
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR613639      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1402285     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1405660     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1095455     2  0.9686     0.3479 0.396 0.604
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1365894     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.7219     0.7389 0.800 0.200
#> SRR659804      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1473529     1  0.9993     0.0490 0.516 0.484
#> SRR660764      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1336415     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1459190     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1347459     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1309248     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR809161      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1316320     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1405547     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1309160     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR663489      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1078489     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1332648     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR615946      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.9552     0.4136 0.624 0.376
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR661108      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR2170173     2  0.9358     0.4576 0.352 0.648
#> SRR817329      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1419692     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR818797      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR2164608     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR819459      2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.9732     0.3264 0.404 0.596
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.4690     0.8652 0.900 0.100
#> SRR1361652     1  0.4939     0.8548 0.892 0.108
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1430910     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1405165     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1098712     1  0.9922     0.2166 0.552 0.448
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1403005     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1347060     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1405331     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1322840     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1416654     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1315081     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1369196     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1365291     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1367920     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1366648     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1082173     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.9580     0.4042 0.620 0.380
#> SRR1386689     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1395575     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1453811     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0000     0.9639 1.000 0.000
#> SRR1468722     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000
#> SRR1310275     2  0.0000     0.9724 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     3  0.4504     0.7397 0.196 0.000 0.804
#> SRR1331708     1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR1464258     1  0.6286     0.0600 0.536 0.000 0.464
#> SRR1454201     3  0.6295     0.1831 0.472 0.000 0.528
#> SRR661589      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.4235     0.7387 0.176 0.824 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.4504     0.7876 0.804 0.196 0.000
#> SRR1094457     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1095575     3  0.5810     0.5407 0.336 0.000 0.664
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486845     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.4842     0.6562 0.224 0.776 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR613550      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR820755      3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1485830     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR599313      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.4605     0.7807 0.796 0.204 0.000
#> SRR1421327     1  0.6204     0.4027 0.576 0.424 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR1452935     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0592     0.9416 0.000 0.988 0.012
#> SRR661361      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.0747     0.9384 0.000 0.984 0.016
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     2  0.0424     0.9404 0.008 0.992 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1409854     3  0.0424     0.9424 0.008 0.000 0.992
#> SRR1435229     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.3482     0.8282 0.000 0.128 0.872
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR813776      3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR808196      1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1101085     1  0.5291     0.7034 0.732 0.268 0.000
#> SRR614395      3  0.6286     0.1967 0.464 0.000 0.536
#> SRR1478251     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1370551     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1330920     1  0.5859     0.4281 0.656 0.000 0.344
#> SRR1419539     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359447     3  0.4887     0.6967 0.000 0.228 0.772
#> SRR1347259     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR613915      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR1096383     1  0.6008     0.4384 0.628 0.000 0.372
#> SRR1341480     2  0.5497     0.5146 0.292 0.708 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR810665      2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1407250     3  0.3482     0.8285 0.128 0.000 0.872
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446375     3  0.5706     0.5724 0.320 0.000 0.680
#> SRR1465230     1  0.4605     0.7807 0.796 0.204 0.000
#> SRR614119      1  0.5733     0.4762 0.676 0.000 0.324
#> SRR1356101     2  0.4555     0.7287 0.000 0.800 0.200
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR665538      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     2  0.4887     0.6487 0.228 0.772 0.000
#> SRR658953      1  0.7784     0.2110 0.556 0.388 0.056
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.5621     0.6432 0.692 0.308 0.000
#> SRR818263      1  0.6126     0.2758 0.600 0.000 0.400
#> SRR1404909     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1442422     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.6215     0.1855 0.572 0.000 0.428
#> SRR1407112     1  0.4605     0.7807 0.796 0.204 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR665357      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1501020     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1472576     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     2  0.3551     0.8034 0.132 0.868 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     2  0.8740     0.1493 0.432 0.460 0.108
#> SRR1417632     1  0.5760     0.6097 0.672 0.328 0.000
#> SRR1350153     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1458113     3  0.1411     0.9188 0.000 0.036 0.964
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.0747     0.9334 0.016 0.984 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     2  0.5948     0.4722 0.360 0.640 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     2  0.4750     0.7057 0.000 0.784 0.216
#> SRR1369070     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR615659      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1316982     3  0.5254     0.6370 0.000 0.264 0.736
#> SRR1498595     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1324085     2  0.5968     0.3185 0.364 0.636 0.000
#> SRR1363858     1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR819820      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      2  0.4654     0.7172 0.000 0.792 0.208
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.4504     0.7346 0.000 0.804 0.196
#> SRR1343741     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381288     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415379     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1099622     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR663197      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     2  0.4178     0.7682 0.000 0.828 0.172
#> SRR661699      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR813680      3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1382851     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.5948     0.5477 0.640 0.360 0.000
#> SRR657949      3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1308882     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.3619     0.7979 0.136 0.864 0.000
#> SRR1444138     3  0.5016     0.7054 0.240 0.000 0.760
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.4504     0.7062 0.196 0.804 0.000
#> SRR1091380     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.4291     0.7643 0.000 0.180 0.820
#> SRR1485416     1  0.5905     0.5648 0.648 0.352 0.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      3  0.6286     0.1967 0.464 0.000 0.536
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR1445259     3  0.4654     0.7480 0.208 0.000 0.792
#> SRR1408393     3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.4702     0.7725 0.788 0.212 0.000
#> SRR1406437     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391856     2  0.4555     0.7287 0.000 0.800 0.200
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1388145     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432611     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR815869      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     2  0.4629     0.7459 0.188 0.808 0.004
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1360478     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.4834     0.7250 0.204 0.792 0.004
#> SRR1444203     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.5560     0.6563 0.700 0.300 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     2  0.4555     0.7302 0.200 0.800 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR1385389     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354117     2  0.3267     0.8381 0.000 0.884 0.116
#> SRR1393596     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR662103      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396294     1  0.6291     0.2768 0.532 0.468 0.000
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     3  0.4555     0.7580 0.200 0.000 0.800
#> SRR813584      2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.4346     0.7601 0.000 0.184 0.816
#> SRR614864      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     3  0.3879     0.8115 0.152 0.000 0.848
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.3192     0.8121 0.888 0.000 0.112
#> SRR1401252     1  0.5327     0.6979 0.728 0.272 0.000
#> SRR1309963     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486889     1  0.5621     0.5732 0.692 0.000 0.308
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1337010     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1340486     1  0.4605     0.7807 0.796 0.204 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.5254     0.6319 0.000 0.264 0.736
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR816475      2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     1  0.1643     0.8858 0.956 0.044 0.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1369129     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     3  0.5760     0.5545 0.328 0.000 0.672
#> SRR1500891     1  0.5497     0.6689 0.708 0.292 0.000
#> SRR807543      3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1091572     1  0.4002     0.7590 0.840 0.000 0.160
#> SRR1346689     1  0.4702     0.7725 0.788 0.212 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      1  0.1529     0.8879 0.960 0.040 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485357     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR655531      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR663440      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      3  0.6045     0.3618 0.380 0.000 0.620
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      2  0.5621     0.5471 0.000 0.692 0.308
#> SRR1456185     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1350069     1  0.4605     0.7807 0.796 0.204 0.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      3  0.0237     0.9454 0.004 0.000 0.996
#> SRR1490721     1  0.6309     0.1887 0.504 0.496 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR819610      2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR809987      1  0.0237     0.9054 0.996 0.004 0.000
#> SRR613639      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402285     1  0.1031     0.8961 0.976 0.024 0.000
#> SRR1077038     1  0.4931     0.6552 0.768 0.000 0.232
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     3  0.5858     0.6931 0.240 0.020 0.740
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.5988     0.4479 0.632 0.000 0.368
#> SRR659804      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432186     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473529     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.4605     0.7807 0.796 0.204 0.000
#> SRR1336415     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1379065     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1309248     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR809161      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316320     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.4178     0.8053 0.828 0.172 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.4062     0.7858 0.000 0.164 0.836
#> SRR1332648     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR660614      2  0.4702     0.7115 0.000 0.788 0.212
#> SRR1470420     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467656     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR665586      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     3  0.3752     0.8153 0.144 0.000 0.856
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     3  0.4605     0.7523 0.204 0.000 0.796
#> SRR817329      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415637     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR813137      3  0.4178     0.7895 0.172 0.000 0.828
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR818797      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164608     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455586     3  0.6225     0.2272 0.000 0.432 0.568
#> SRR819459      3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.4605     0.7530 0.204 0.000 0.796
#> SRR1361652     1  0.6286     0.0619 0.536 0.464 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.4605     0.7326 0.000 0.204 0.796
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486762     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.5327     0.6979 0.728 0.272 0.000
#> SRR1489394     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1418085     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1340221     1  0.1411     0.8900 0.964 0.036 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1098712     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.5760     0.5062 0.000 0.672 0.328
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.4555     0.7844 0.800 0.200 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     3  0.5431     0.5820 0.000 0.284 0.716
#> SRR1447962     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1444324     2  0.4555     0.7287 0.000 0.800 0.200
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0424     0.9445 0.000 0.992 0.008
#> SRR1405331     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000     0.9461 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322840     1  0.4605     0.7807 0.796 0.204 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367920     2  0.2796     0.8545 0.092 0.908 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0237     0.9464 0.000 0.996 0.004
#> SRR1082173     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      3  0.4974     0.6763 0.236 0.000 0.764
#> SRR1386689     1  0.4605     0.7807 0.796 0.204 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9070 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.4654     0.7768 0.792 0.208 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000     0.9481 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     3  0.4843      0.331 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1331708     1  0.3219      0.788 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1464258     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661589      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094457     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.4608      0.571 0.692 0.004 0.304 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.3569      0.748 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1486845     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613550      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820755      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083311     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.2216      0.873 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1452935     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.3486      0.760 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1433555     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.4866      0.357 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR1433950     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.4941      0.238 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.4855      0.350 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813776      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808196      4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101085     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0336      0.954 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.0188      0.965 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.4877      0.328 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613915      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.4624      0.490 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.4855      0.367 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR1430270     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367825     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661267      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.4661      0.472 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0188      0.961 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446375     1  0.3219      0.795 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0469      0.950 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.1389      0.917 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665357      3  0.0817      0.947 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR662186      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431781     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.4855      0.322 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1417632     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.3123      0.801 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.3569      0.748 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1096712     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.2281      0.873 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4916      0.253 0.576 0.424 0.000 0.000
#> SRR663783      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.0336      0.957 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.4948      0.234 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0188      0.957 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     1  0.3400      0.767 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR819820      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655206      2  0.2216      0.869 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.2281      0.865 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR661699      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813680      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657949      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444138     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091380     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467102     3  0.3907      0.693 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0336      0.954 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.4746      0.439 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1408393     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     4  0.3486      0.766 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1354931     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     2  0.2814      0.818 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.3726      0.717 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     2  0.5839      0.414 0.352 0.604 0.000 0.044
#> SRR659109      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0336      0.962 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR661481      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.3024      0.809 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1468271     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0336      0.962 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1396294     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.0188      0.957 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR813584      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.4948      0.236 0.000 0.440 0.560 0.000
#> SRR614864      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.4164      0.639 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0469      0.950 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.4193      0.632 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337010     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     4  0.4776      0.365 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR1465459     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093148     3  0.4761      0.417 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.3569      0.755 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1379198     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663729      4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1097013     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1355172     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452033     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.4866      0.332 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      2  0.4454      0.532 0.000 0.692 0.308 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      3  0.1389      0.919 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1490721     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810643      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.0469      0.957 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613639      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.3982      0.698 0.776 0.220 0.004 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.0188      0.971 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1073581     1  0.4730      0.435 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR659804      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.4855      0.351 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR660764      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336415     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309248     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR809161      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.4933      0.262 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1432629     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.3907      0.693 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      2  0.0469      0.953 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.3907      0.692 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.4605      0.464 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR817329      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      3  0.3486      0.754 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164608     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.3024      0.805 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR819459      3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.4697      0.436 0.644 0.356 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.4855      0.350 0.000 0.400 0.600 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486762     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.4746      0.445 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1405165     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.3801      0.721 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR1455038     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1475192     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.4564      0.501 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.1637      0.910 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1322840     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.4866      0.332 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000      0.960 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000      0.975 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0000      0.968 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.6028     0.1547 0.468 0.000 0.416 0.000 0.116
#> SRR1331708     5  0.2439     0.8680 0.120 0.000 0.000 0.004 0.876
#> SRR1464258     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1454201     5  0.0703     0.8434 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR661589      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0162     0.9331 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417809     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.4101     0.6875 0.768 0.000 0.184 0.000 0.048
#> SRR1315931     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.4725     0.6644 0.000 0.720 0.000 0.200 0.080
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.2074     0.8672 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1490740     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613550      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1345146     1  0.3966     0.5691 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820755      3  0.0162     0.9628 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.3336     0.6787 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR612263      5  0.2280     0.8637 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1415398     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1421327     4  0.1197     0.9112 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     5  0.2280     0.8637 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1452935     5  0.2424     0.8087 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1379495     1  0.0162     0.9332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615778      5  0.2074     0.8683 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1447564     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1455195     5  0.3336     0.7665 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR655182      1  0.0162     0.9331 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335140     2  0.3074     0.7488 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.1671     0.8898 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR661313      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.4192     0.3461 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1433950     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.5423     0.6781 0.124 0.000 0.224 0.000 0.652
#> SRR1435229     5  0.2127     0.8673 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1085996     1  0.0794     0.9274 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1414229     5  0.1484     0.8408 0.000 0.008 0.048 0.000 0.944
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0162     0.9628 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.1851     0.8931 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR813776      3  0.0162     0.9628 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR808196      4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0865     0.9278 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.1579     0.9102 0.032 0.000 0.944 0.000 0.024
#> SRR1330920     5  0.3336     0.7737 0.228 0.000 0.000 0.000 0.772
#> SRR1419539     3  0.1341     0.9146 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1359447     3  0.4192     0.3210 0.000 0.404 0.596 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613915      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1445637     1  0.0162     0.9331 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608150      5  0.1197     0.8557 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1096383     1  0.2727     0.8638 0.868 0.000 0.016 0.000 0.116
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     5  0.2329     0.8642 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1326270     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.4182     0.3567 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1430270     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661267      3  0.4851     0.6115 0.196 0.000 0.712 0.000 0.092
#> SRR810665      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.0703     0.8434 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1420067     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1473632     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR812536      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.3242     0.8485 0.844 0.000 0.040 0.000 0.116
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.2230     0.8753 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.1851     0.8951 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.2230     0.8753 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR660510      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      5  0.2230     0.8650 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR2166459     1  0.0162     0.9331 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     5  0.2280     0.8656 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     5  0.2280     0.8637 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1433926     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      5  0.4283     0.3297 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0290     0.9326 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR654862      5  0.2732     0.8401 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665357      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.0771     0.8430 0.020 0.004 0.000 0.000 0.976
#> SRR1417632     4  0.1792     0.8755 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.2424     0.8087 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1326579     5  0.2127     0.8676 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1349363     2  0.3074     0.7488 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.3774     0.5704 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     5  0.3730     0.6030 0.000 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.2462     0.8661 0.112 0.008 0.000 0.000 0.880
#> SRR663783      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.1732     0.9012 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.4283     0.1479 0.000 0.544 0.456 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.2230     0.8753 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658941      3  0.2280     0.8486 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1101643     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401468     1  0.2280     0.8724 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.3819     0.6585 0.756 0.000 0.000 0.016 0.228
#> SRR819820      3  0.1732     0.8900 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1337342     5  0.1197     0.8557 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR655206      2  0.1270     0.9292 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR608198      5  0.1851     0.8699 0.088 0.000 0.000 0.000 0.912
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0162     0.9717 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813680      3  0.5552     0.3664 0.328 0.000 0.584 0.000 0.088
#> SRR1410678     1  0.0290     0.9326 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3003     0.7545 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1433410     5  0.2127     0.8676 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR661167      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.2179     0.8515 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR657949      3  0.0162     0.9628 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.2179     0.8780 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1485870     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.2074     0.8823 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091380     3  0.1732     0.8900 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1099096     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1313583     4  0.4302     0.0224 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR1467102     3  0.4283     0.1587 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0865     0.9278 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1072247     1  0.0609     0.9295 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     5  0.1282     0.8573 0.044 0.000 0.004 0.000 0.952
#> SRR1408393     3  0.0865     0.9406 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR1361522     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1368597     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.3866     0.7803 0.000 0.096 0.000 0.808 0.096
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.2554     0.8618 0.072 0.036 0.000 0.000 0.892
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.2127     0.8805 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR812943      5  0.2280     0.8637 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1400910     5  0.2358     0.8678 0.104 0.008 0.000 0.000 0.888
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.2233     0.8686 0.104 0.000 0.000 0.004 0.892
#> SRR659109      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.2280     0.8656 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR656946      1  0.0703     0.9295 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1476102     1  0.0794     0.9242 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1476447     1  0.0609     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      5  0.2280     0.8637 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1322936     5  0.1341     0.8587 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1349121     1  0.2127     0.8805 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0162     0.9332 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070503     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.1197     0.8557 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1468271     1  0.2230     0.8753 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1332443     1  0.0162     0.9331 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810295      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1328620     5  0.3534     0.6335 0.000 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1396294     4  0.1732     0.8823 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1419917     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR662114      3  0.3508     0.6254 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1489199     5  0.1410     0.8399 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR813584      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     5  0.2462     0.8193 0.000 0.008 0.112 0.000 0.880
#> SRR614864      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.3565     0.7370 0.800 0.000 0.176 0.000 0.024
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0703     0.9295 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0162     0.9331 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.3266     0.7160 0.796 0.000 0.200 0.000 0.004
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1356468     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.4201     0.3330 0.408 0.000 0.000 0.000 0.592
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     4  0.4481     0.2705 0.000 0.008 0.000 0.576 0.416
#> SRR1465459     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     5  0.1410     0.8290 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.3109     0.7384 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR807543      3  0.0703     0.9440 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1091572     5  0.2329     0.8620 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332424     5  0.2074     0.8672 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR663729      4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      5  0.1608     0.8638 0.072 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.1851     0.8941 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1437622     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355172     3  0.5652     0.2771 0.360 0.000 0.552 0.000 0.088
#> SRR655531      5  0.2074     0.8672 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413329     5  0.3636     0.6058 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.2230     0.8753 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.2127     0.8805 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      5  0.5518     0.2743 0.384 0.000 0.072 0.000 0.544
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615069      5  0.3098     0.7945 0.000 0.016 0.148 0.000 0.836
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR664795      3  0.5708     0.2025 0.384 0.000 0.528 0.000 0.088
#> SRR1490721     5  0.2813     0.7421 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR810643      1  0.1410     0.9115 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1430333     5  0.1430     0.8412 0.004 0.000 0.052 0.000 0.944
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0162     0.9331 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1487340     1  0.0290     0.9326 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405525     5  0.2561     0.8624 0.144 0.000 0.000 0.000 0.856
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0703     0.9280 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613639      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.2280     0.8637 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0703     0.9303 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1365894     4  0.0290     0.9455 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1073581     1  0.4016     0.7894 0.796 0.000 0.092 0.000 0.112
#> SRR659804      1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.4192     0.3209 0.000 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR660764      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1328845     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.1671     0.8981 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1499521     1  0.2280     0.8724 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309248     4  0.1792     0.8755 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR809161      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316320     5  0.2753     0.7721 0.000 0.008 0.000 0.136 0.856
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.4302     0.0443 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.2074     0.8836 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1078489     5  0.2338     0.8198 0.000 0.004 0.112 0.000 0.884
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.2127     0.8759 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.2127     0.8805 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR615946      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.4045     0.4660 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR660224      2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1347166     5  0.2074     0.8683 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1485722     5  0.0703     0.8434 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1415316     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR613390      1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR661108      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.5043     0.3760 0.356 0.000 0.600 0.000 0.044
#> SRR817329      1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.1741     0.9044 0.936 0.000 0.040 0.000 0.024
#> SRR1314873     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401211     1  0.2127     0.8805 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164608     3  0.2280     0.8497 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1455586     2  0.0404     0.9635 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     5  0.3586     0.7280 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1361652     5  0.2127     0.8673 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.2612     0.8121 0.000 0.008 0.124 0.000 0.868
#> SRR1310584     1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1500216     1  0.3336     0.6787 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1486762     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.4249     0.2670 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1471477     1  0.2230     0.8753 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.4238     0.7290 0.000 0.164 0.000 0.768 0.068
#> SRR1455038     5  0.2280     0.8637 0.120 0.000 0.000 0.000 0.880
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0703     0.9287 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1392943     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.2074     0.8683 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.1792     0.8794 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0290     0.9328 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1311266     5  0.0880     0.8442 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0609     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0703     0.9440 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9335 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     5  0.2424     0.7867 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0290     0.9327 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365291     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.3730     0.5855 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9759 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.4060     0.4262 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1363968     1  0.2230     0.8753 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR814387      1  0.0794     0.9267 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR657599      5  0.5729     0.2189 0.396 0.000 0.088 0.000 0.516
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.3730     0.5313 0.712 0.000 0.000 0.000 0.288
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9520 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9662 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.3796     0.6107 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.5040    0.40583 0.528 0.000 0.056 0.000 0.008 0.408
#> SRR1331708     5  0.0291    0.81600 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1464258     6  0.3782    0.41449 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1454201     5  0.2100    0.76364 0.004 0.000 0.000 0.000 0.884 0.112
#> SRR661589      3  0.3050    0.67490 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1456229     6  0.3915    0.40962 0.412 0.000 0.000 0.000 0.004 0.584
#> SRR1315165     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0405    0.73781 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1417809     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.6194   -0.04856 0.484 0.000 0.236 0.000 0.016 0.264
#> SRR1315931     1  0.3531    0.38158 0.672 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328
#> SRR1430066     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     5  0.5850    0.11038 0.000 0.412 0.000 0.164 0.420 0.004
#> SRR1486845     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.0692    0.81710 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1490740     1  0.3337    0.48817 0.736 0.000 0.000 0.000 0.004 0.260
#> SRR1446627     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0363    0.94265 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1416248     1  0.1152    0.73274 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1383907     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0363    0.94265 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1429846     3  0.3464    0.59466 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR613550      3  0.3266    0.64399 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1348402     1  0.1219    0.73148 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1345146     5  0.5137    0.41951 0.284 0.000 0.000 0.000 0.596 0.120
#> SRR1324025     3  0.3288    0.63999 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1318879     3  0.0405    0.81575 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR820755      6  0.3868   -0.17233 0.000 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR1485830     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      1  0.5944   -0.05796 0.452 0.000 0.000 0.000 0.244 0.304
#> SRR612263      5  0.5027    0.39625 0.100 0.000 0.000 0.000 0.596 0.304
#> SRR1415398     3  0.3288    0.63999 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1326205     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421327     4  0.3782    0.29811 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1079522     5  0.2489    0.73699 0.012 0.000 0.000 0.000 0.860 0.128
#> SRR1452935     5  0.1643    0.77501 0.000 0.000 0.068 0.000 0.924 0.008
#> SRR1379495     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.3198    0.65513 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR615778      5  0.0458    0.81680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1447564     1  0.2212    0.66203 0.880 0.000 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR1455195     5  0.4482    0.39507 0.324 0.000 0.000 0.000 0.628 0.048
#> SRR655182      1  0.0146    0.73700 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1335140     2  0.3980    0.68627 0.000 0.760 0.000 0.168 0.068 0.004
#> SRR1433555     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0363    0.94265 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR809853      1  0.5535    0.10788 0.532 0.000 0.000 0.000 0.160 0.308
#> SRR661313      3  0.3330    0.63154 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1499935     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.3330    0.63154 0.000 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1429408     4  0.3797    0.29491 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.2473    0.63876 0.856 0.000 0.000 0.000 0.008 0.136
#> SRR1362081     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     6  0.5939    0.31084 0.036 0.000 0.296 0.000 0.120 0.548
#> SRR1435229     5  0.0291    0.81600 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1085996     1  0.3766    0.41533 0.684 0.000 0.000 0.000 0.012 0.304
#> SRR1414229     5  0.0692    0.81549 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1400974     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0363    0.73418 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR613927      3  0.3854    0.26011 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1457854     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.3547    0.56897 0.696 0.000 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR813776      6  0.3857   -0.07889 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR808196      4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR614395      6  0.3782    0.41449 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1478251     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.3244    0.64826 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1420109     3  0.4902    0.12133 0.060 0.000 0.572 0.000 0.004 0.364
#> SRR1330920     6  0.5319    0.44754 0.220 0.000 0.000 0.000 0.184 0.596
#> SRR1419539     3  0.3833    0.37521 0.000 0.008 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1359447     3  0.2615    0.67014 0.000 0.136 0.852 0.000 0.008 0.004
#> SRR1347259     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR613915      3  0.3464    0.59466 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1384395     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.3288    0.63999 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1478228     1  0.1152    0.73274 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1445637     1  0.0458    0.73270 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR608150      5  0.0547    0.81623 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1096383     1  0.4218    0.47250 0.584 0.000 0.012 0.000 0.004 0.400
#> SRR1341480     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1341344     5  0.1528    0.79872 0.048 0.000 0.000 0.000 0.936 0.016
#> SRR1326270     3  0.3288    0.63999 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1498838     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.3756    0.34807 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0291    0.81845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR661267      6  0.4988    0.27895 0.136 0.000 0.188 0.000 0.008 0.668
#> SRR810665      2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.2053    0.76703 0.004 0.000 0.000 0.000 0.888 0.108
#> SRR1420067     1  0.1657    0.72482 0.928 0.000 0.000 0.000 0.016 0.056
#> SRR1473632     1  0.3541    0.48629 0.728 0.000 0.000 0.000 0.012 0.260
#> SRR812536      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0405    0.94294 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1446375     6  0.6275   -0.17305 0.376 0.000 0.204 0.000 0.016 0.404
#> SRR1465230     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.3899    0.48208 0.592 0.000 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1356101     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.1588    0.72189 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1392676     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.3890    0.48546 0.596 0.000 0.000 0.000 0.004 0.400
#> SRR660510      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      5  0.2165    0.75681 0.008 0.000 0.000 0.000 0.884 0.108
#> SRR2166459     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.1556    0.78265 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1317631     4  0.0632    0.91386 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1488610     5  0.0806    0.81338 0.020 0.000 0.000 0.000 0.972 0.008
#> SRR1330588     3  0.3244    0.64776 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1316367     5  0.1168    0.80648 0.028 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016
#> SRR1433926     1  0.3565    0.41988 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1091302     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      6  0.5315    0.45308 0.224 0.000 0.000 0.000 0.180 0.596
#> SRR1404909     4  0.0458    0.92246 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR663076      1  0.0632    0.73674 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1323577     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.1082    0.73376 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR654862      6  0.5080    0.26981 0.112 0.000 0.000 0.000 0.288 0.600
#> SRR1407112     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.3288    0.63999 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1353199     3  0.3266    0.64451 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1378885     3  0.3499    0.58289 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR665357      3  0.0146    0.82034 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0146    0.94802 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1501020     3  0.3126    0.66544 0.000 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1347819     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.2613    0.77975 0.000 0.140 0.000 0.848 0.012 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.3601    0.58477 0.004 0.000 0.000 0.000 0.684 0.312
#> SRR1417632     4  0.3789    0.27712 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.1700    0.76555 0.000 0.000 0.080 0.000 0.916 0.004
#> SRR1326579     5  0.0820    0.81649 0.012 0.000 0.000 0.000 0.972 0.016
#> SRR1349363     2  0.2980    0.73381 0.000 0.808 0.000 0.180 0.012 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.3244    0.64776 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1083752     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377599     5  0.3672    0.37982 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1488449     3  0.2969    0.68429 0.000 0.000 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1318354     3  0.5042    0.28278 0.000 0.000 0.592 0.000 0.308 0.100
#> SRR1359062     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.0692    0.81327 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR663783      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.6466    0.15861 0.000 0.412 0.280 0.000 0.020 0.288
#> SRR1369070     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.3565    0.41988 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1337449     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.2562    0.62508 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.0458    0.92246 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1377423     3  0.0146    0.82152 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1312310     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.4002    0.47873 0.588 0.000 0.000 0.000 0.008 0.404
#> SRR1338426     3  0.0291    0.81845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1353309     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658941      3  0.4939    0.18030 0.004 0.000 0.532 0.000 0.056 0.408
#> SRR1101643     1  0.3528    0.43335 0.700 0.000 0.000 0.000 0.004 0.296
#> SRR1401468     1  0.4101    0.47134 0.580 0.000 0.000 0.000 0.012 0.408
#> SRR1368874     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.6128   -0.00045 0.484 0.000 0.000 0.012 0.236 0.268
#> SRR819820      3  0.3782    0.35332 0.000 0.000 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1337342     5  0.0632    0.81542 0.000 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR655206      2  0.6058    0.13206 0.000 0.404 0.324 0.000 0.000 0.272
#> SRR1387013     2  0.0363    0.94265 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1317410     1  0.1152    0.73274 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR608198      5  0.0717    0.81728 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR1440161     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.3464    0.55116 0.000 0.688 0.312 0.000 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813680      6  0.4990    0.27792 0.152 0.000 0.184 0.000 0.004 0.660
#> SRR1410678     1  0.0547    0.73719 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1378109     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.3565    0.41988 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1311486     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     5  0.3867    0.04431 0.000 0.488 0.000 0.000 0.512 0.000
#> SRR1433410     5  0.0717    0.81728 0.008 0.000 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR661167      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0291    0.81845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR660462      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.3830    0.52342 0.000 0.000 0.000 0.620 0.004 0.376
#> SRR657949      3  0.3563    0.55751 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR1308882     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      1  0.3890    0.48546 0.596 0.000 0.000 0.000 0.004 0.400
#> SRR1485870     4  0.0547    0.91994 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1444138     1  0.3819    0.50791 0.624 0.000 0.000 0.000 0.004 0.372
#> SRR1417342     1  0.0146    0.73700 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091380     3  0.3782    0.35332 0.000 0.000 0.636 0.000 0.004 0.360
#> SRR1099096     1  0.1082    0.73376 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1313583     4  0.3482    0.48342 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.2219    0.67540 0.000 0.136 0.864 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR818821      3  0.0291    0.81845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR809963      6  0.3782    0.41449 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1072247     1  0.0865    0.73495 0.964 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1353710     4  0.0146    0.92812 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1445259     5  0.0692    0.81667 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR1408393     6  0.4129    0.07382 0.012 0.000 0.424 0.000 0.000 0.564
#> SRR1361522     1  0.3565    0.41988 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1368597     1  0.2191    0.65712 0.876 0.000 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR1309680     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.4861    0.44036 0.000 0.044 0.000 0.552 0.008 0.396
#> SRR1354931     3  0.3198    0.65490 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR1391856     2  0.0260    0.94390 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.0291    0.81600 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1387921     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.3881    0.48830 0.600 0.000 0.000 0.000 0.004 0.396
#> SRR812943      5  0.4911    0.44552 0.100 0.000 0.000 0.000 0.624 0.276
#> SRR1400910     5  0.0291    0.81600 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1444203     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0146    0.92814 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1397366     3  0.3244    0.64826 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1446028     1  0.0508    0.73794 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1083918     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.0405    0.81678 0.004 0.000 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR659109      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.1088    0.81179 0.024 0.000 0.000 0.000 0.960 0.016
#> SRR656946      1  0.0260    0.73785 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1476102     1  0.1858    0.70092 0.904 0.000 0.000 0.000 0.092 0.004
#> SRR1476447     1  0.2312    0.66299 0.876 0.000 0.000 0.000 0.012 0.112
#> SRR1342067     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0291    0.73736 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR614419      5  0.1984    0.78239 0.032 0.000 0.000 0.000 0.912 0.056
#> SRR1322936     5  0.0603    0.81745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1349121     1  0.2006    0.70582 0.892 0.000 0.000 0.000 0.004 0.104
#> SRR1430549     1  0.0508    0.73561 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR612935      3  0.0405    0.81575 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR661481      2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.3620    0.52870 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1499894     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.0547    0.81623 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1468271     1  0.4010    0.47515 0.584 0.000 0.000 0.000 0.008 0.408
#> SRR1332443     1  0.0260    0.73731 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.3565    0.41988 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR1328620     3  0.5914   -0.02143 0.000 0.000 0.412 0.000 0.208 0.380
#> SRR1396294     4  0.3769    0.54898 0.000 0.000 0.000 0.640 0.004 0.356
#> SRR1419917     1  0.3565    0.41988 0.692 0.000 0.000 0.000 0.004 0.304
#> SRR662114      3  0.1501    0.76351 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1489199     5  0.5691    0.31588 0.164 0.000 0.000 0.000 0.468 0.368
#> SRR813584      2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     5  0.4292    0.33672 0.000 0.000 0.024 0.000 0.588 0.388
#> SRR614864      3  0.3221    0.65143 0.000 0.000 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR1433392     6  0.5003    0.47885 0.320 0.000 0.092 0.000 0.000 0.588
#> SRR1377777     2  0.0363    0.94265 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR2167710     1  0.0508    0.73703 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1401252     4  0.0458    0.92246 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0146    0.73679 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1418628     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.3776    0.48783 0.760 0.000 0.188 0.000 0.000 0.052
#> SRR1380393     1  0.0146    0.73783 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319731     1  0.1152    0.73274 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR1356468     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.5391    0.42917 0.580 0.000 0.000 0.000 0.244 0.176
#> SRR1486538     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     5  0.3714    0.43861 0.000 0.000 0.000 0.340 0.656 0.004
#> SRR1465459     3  0.3578    0.55022 0.000 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1080270     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     6  0.6043   -0.19751 0.000 0.000 0.252 0.000 0.364 0.384
#> SRR1467080     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.2730    0.72396 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0291    0.81845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1452246     2  0.0363    0.94265 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.3266    0.64399 0.000 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR813824      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082376     6  0.3782    0.41449 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1500891     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR807543      6  0.3782    0.10747 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1091572     5  0.5309    0.18516 0.104 0.000 0.000 0.000 0.488 0.408
#> SRR1346689     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1332424     5  0.0692    0.81710 0.004 0.000 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR663729      4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      5  0.0603    0.81745 0.004 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1485357     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.2933    0.64377 0.796 0.000 0.000 0.000 0.004 0.200
#> SRR1437622     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.5455    0.34966 0.496 0.000 0.108 0.000 0.004 0.392
#> SRR655531      5  0.1245    0.81129 0.016 0.000 0.000 0.000 0.952 0.032
#> SRR1338147     3  0.3288    0.63999 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276
#> SRR1413329     6  0.6119    0.02418 0.008 0.000 0.380 0.000 0.204 0.408
#> SRR1485931     2  0.0547    0.93654 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1420873     1  0.4076    0.48407 0.592 0.000 0.000 0.000 0.012 0.396
#> SRR1333308     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.3890    0.48546 0.596 0.000 0.000 0.000 0.004 0.400
#> SRR1467316     2  0.0547    0.93654 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.3446    0.60025 0.000 0.000 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR1471755     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.5696    0.37134 0.488 0.000 0.040 0.000 0.064 0.408
#> SRR1479133     3  0.3198    0.65513 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR615069      5  0.2101    0.73917 0.000 0.004 0.100 0.000 0.892 0.004
#> SRR1456185     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0458    0.91975 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR816316      6  0.3782    0.41449 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR664795      1  0.5353    0.29763 0.464 0.000 0.092 0.000 0.004 0.440
#> SRR1490721     5  0.1049    0.80477 0.000 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR810643      1  0.2513    0.68270 0.852 0.000 0.000 0.000 0.008 0.140
#> SRR1430333     5  0.0692    0.81549 0.000 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1085285     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.3482    0.58893 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1317985     1  0.0260    0.73572 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487340     1  0.0547    0.73099 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1420276     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405525     5  0.1349    0.79850 0.056 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004
#> SRR1370329     1  0.0146    0.73679 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465001     1  0.1219    0.73148 0.948 0.000 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR1476525     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.1007    0.73338 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1409465     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613639      3  0.3244    0.64776 0.000 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR1402285     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     6  0.3782    0.41449 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1405660     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.3947    0.60497 0.048 0.000 0.000 0.000 0.732 0.220
#> SRR1394734     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0858    0.72928 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1365894     4  0.3136    0.67700 0.000 0.004 0.000 0.768 0.228 0.000
#> SRR1073581     1  0.4586    0.45187 0.564 0.000 0.032 0.000 0.004 0.400
#> SRR659804      1  0.1007    0.73338 0.956 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1345914     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.4486    0.30116 0.000 0.584 0.000 0.384 0.028 0.004
#> SRR660764      3  0.0291    0.81845 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR820448      6  0.3782    0.41449 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1328845     4  0.0632    0.91386 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1336415     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.2625    0.69279 0.872 0.000 0.000 0.000 0.072 0.056
#> SRR1499521     1  0.4101    0.47134 0.580 0.000 0.000 0.000 0.012 0.408
#> SRR1440898     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0260    0.81992 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1081209     2  0.0260    0.94545 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0363    0.92464 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1309248     4  0.3823    0.22113 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR809161      3  0.1387    0.79040 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1316320     5  0.0858    0.80548 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR1432629     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.4587    0.55993 0.688 0.000 0.000 0.000 0.108 0.204
#> SRR1309160     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.3555    0.58016 0.712 0.000 0.000 0.008 0.000 0.280
#> SRR1078489     5  0.1461    0.80092 0.000 0.000 0.016 0.000 0.940 0.044
#> SRR1332648     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.6251    0.37654 0.000 0.536 0.260 0.000 0.048 0.156
#> SRR1470420     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.3575    0.57812 0.708 0.000 0.000 0.000 0.008 0.284
#> SRR615946      3  0.0865    0.80670 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1446481     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.5531   -0.02920 0.416 0.000 0.000 0.000 0.452 0.132
#> SRR660224      2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.3672    0.41538 0.688 0.000 0.000 0.000 0.008 0.304
#> SRR1347166     5  0.0458    0.81680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1485722     5  0.3684    0.56204 0.004 0.000 0.000 0.000 0.664 0.332
#> SRR1415316     1  0.2212    0.66203 0.880 0.000 0.000 0.000 0.008 0.112
#> SRR613390      1  0.3672    0.41538 0.688 0.000 0.000 0.000 0.008 0.304
#> SRR661108      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.5950   -0.18371 0.336 0.000 0.488 0.000 0.012 0.164
#> SRR817329      1  0.3672    0.41538 0.688 0.000 0.000 0.000 0.008 0.304
#> SRR1401990     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      6  0.3782    0.41449 0.412 0.000 0.000 0.000 0.000 0.588
#> SRR1314873     1  0.3672    0.41538 0.688 0.000 0.000 0.000 0.008 0.304
#> SRR1401211     1  0.3890    0.48546 0.596 0.000 0.000 0.000 0.004 0.400
#> SRR1419692     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      3  0.3499    0.58289 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR2164608     3  0.4872    0.21157 0.000 0.000 0.548 0.000 0.064 0.388
#> SRR1455586     2  0.3727    0.41993 0.000 0.612 0.388 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0547    0.93654 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     6  0.5206    0.46319 0.284 0.000 0.000 0.000 0.128 0.588
#> SRR1361652     5  0.0291    0.81600 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1437119     1  0.0146    0.73679 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1478547     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.1082    0.79818 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR1310584     1  0.1196    0.73324 0.952 0.000 0.000 0.000 0.008 0.040
#> SRR1500216     1  0.5944   -0.05796 0.452 0.000 0.000 0.000 0.244 0.304
#> SRR1486762     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.1501    0.87103 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.3828    0.23707 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.3766    0.40935 0.684 0.000 0.000 0.000 0.012 0.304
#> SRR1471477     1  0.3890    0.48546 0.596 0.000 0.000 0.000 0.004 0.400
#> SRR1098567     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.4653    0.49299 0.000 0.052 0.000 0.588 0.000 0.360
#> SRR1455038     5  0.4986    0.40371 0.096 0.000 0.000 0.000 0.600 0.304
#> SRR1375248     2  0.3515    0.53389 0.000 0.676 0.324 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.3464    0.59491 0.000 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR1348378     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.3672    0.41538 0.688 0.000 0.000 0.000 0.008 0.304
#> SRR1392943     4  0.0146    0.92812 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.0291    0.81600 0.004 0.000 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1347060     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.3823    0.29691 0.000 0.564 0.436 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000    0.73760 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.1643    0.71663 0.924 0.000 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1311266     5  0.6066    0.13577 0.268 0.000 0.000 0.000 0.392 0.340
#> SRR1343302     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0146    0.73679 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1429678     1  0.1714    0.68327 0.908 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1469413     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     6  0.3782    0.10747 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR1345609     1  0.0291    0.73584 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1380208     5  0.0363    0.81327 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0260    0.73803 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365291     3  0.3482    0.58894 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1367920     5  0.3684    0.37168 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.95084 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.5744   -0.00638 0.000 0.000 0.424 0.000 0.168 0.408
#> SRR1363968     1  0.3890    0.48546 0.596 0.000 0.000 0.000 0.004 0.400
#> SRR814387      1  0.1152    0.73274 0.952 0.000 0.000 0.000 0.004 0.044
#> SRR657599      1  0.5650    0.37558 0.492 0.000 0.040 0.000 0.060 0.408
#> SRR1386689     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.3499    0.58289 0.000 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320
#> SRR1441159     1  0.3833    0.12983 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000    0.92965 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.82298 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.5979    0.13705 0.000 0.000 0.440 0.000 0.252 0.308

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:pam

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.401           0.678       0.833         0.4761 0.500   0.500
#> 3 3 0.744           0.803       0.920         0.3588 0.721   0.505
#> 4 4 0.830           0.871       0.943         0.1323 0.862   0.632
#> 5 5 0.775           0.675       0.843         0.0851 0.879   0.591
#> 6 6 0.763           0.718       0.819         0.0410 0.915   0.627

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     2  0.8955    -0.1889 0.312 0.688
#> SRR1331708     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1464258     2  0.6438     0.3593 0.164 0.836
#> SRR1454201     2  0.7299     0.2325 0.204 0.796
#> SRR661589      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.9881     0.8061 0.564 0.436
#> SRR1315165     1  0.7139     0.7179 0.804 0.196
#> SRR1488960     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1417809     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1094457     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1095575     2  0.5178     0.4876 0.116 0.884
#> SRR1315931     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1430066     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1431037     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1395554     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.9896     0.6755 0.440 0.560
#> SRR1344143     1  0.8267    -0.1745 0.740 0.260
#> SRR1486845     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1362866     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1490740     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1446627     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1456138     2  1.0000     0.6280 0.496 0.504
#> SRR1416248     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1383907     1  0.6801     0.7064 0.820 0.180
#> SRR1311018     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1375699     1  0.3584     0.3387 0.932 0.068
#> SRR1429846     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR613550      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1345146     1  0.9635     0.8624 0.612 0.388
#> SRR1324025     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1318879     2  0.3584     0.5743 0.068 0.932
#> SRR820755      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1485830     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR599313      2  0.7376     0.2394 0.208 0.792
#> SRR612263      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1415398     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.8081     0.7808 0.752 0.248
#> SRR1421327     1  0.7299     0.7340 0.796 0.204
#> SRR1083311     2  0.9286     0.7159 0.344 0.656
#> SRR1499303     1  0.4690     0.2759 0.900 0.100
#> SRR1079522     2  0.9552    -0.4001 0.376 0.624
#> SRR1452935     2  0.2948     0.5985 0.052 0.948
#> SRR1379495     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1470459     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR661361      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1447564     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1455195     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR655182      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1335140     2  0.9988     0.6436 0.480 0.520
#> SRR1433555     2  0.7745     0.7238 0.228 0.772
#> SRR1308650     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1388354     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1317446     2  0.7376     0.7222 0.208 0.792
#> SRR1413602     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1479955     1  0.8661    -0.2510 0.712 0.288
#> SRR809853      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR661313      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1499935     1  0.0672     0.4390 0.992 0.008
#> SRR1447303     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1429408     1  0.4431     0.2967 0.908 0.092
#> SRR1433950     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1362081     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1409854     2  0.0938     0.6505 0.012 0.988
#> SRR1435229     1  0.9815     0.8250 0.580 0.420
#> SRR1085996     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1414229     2  0.6531     0.7194 0.168 0.832
#> SRR1400974     2  0.6887     0.7207 0.184 0.816
#> SRR1399971     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR613927      2  0.0672     0.6549 0.008 0.992
#> SRR1457854     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1473714     1  0.9686     0.8534 0.604 0.396
#> SRR813776      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR808196      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1101085     1  0.7219     0.7296 0.800 0.200
#> SRR614395      2  0.8909    -0.1763 0.308 0.692
#> SRR1478251     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1370551     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1362310     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR665310      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1420109     2  0.4161     0.5481 0.084 0.916
#> SRR1330920     2  0.0938     0.6504 0.012 0.988
#> SRR1419539     2  0.8144     0.7236 0.252 0.748
#> SRR1359447     2  0.9170     0.7173 0.332 0.668
#> SRR1347259     1  0.9286     0.8708 0.656 0.344
#> SRR613915      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1384395     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR821715      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1445637     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR608150      1  0.9580     0.8701 0.620 0.380
#> SRR1096383     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1341480     1  0.7299     0.7340 0.796 0.204
#> SRR1341344     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1326270     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1498838     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1416313     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR808566      1  0.8861    -0.2776 0.696 0.304
#> SRR1430270     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1367825     2  0.7219     0.7222 0.200 0.800
#> SRR613533      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR661267      2  0.9996    -0.6794 0.488 0.512
#> SRR810665      2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1407250     2  0.7299     0.2325 0.204 0.796
#> SRR1420067     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1473632     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR812536      2  0.8016     0.7233 0.244 0.756
#> SRR1370850     1  0.8267    -0.1745 0.740 0.260
#> SRR1486195     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1407671     1  0.1184     0.4281 0.984 0.016
#> SRR1446375     2  0.5178     0.4876 0.116 0.884
#> SRR1465230     1  0.8016     0.7766 0.756 0.244
#> SRR614119      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1356101     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1404209     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1392676     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR665538      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR660510      2  0.7219     0.7229 0.200 0.800
#> SRR1445655     1  0.9635     0.2431 0.612 0.388
#> SRR658953      2  0.5408     0.4705 0.124 0.876
#> SRR2166459     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1070713     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1485312     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.9427     0.8826 0.640 0.360
#> SRR1488610     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1330588     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.9580     0.8704 0.620 0.380
#> SRR1433926     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1091302     1  0.6801     0.7064 0.820 0.180
#> SRR818263      2  0.8207     0.0453 0.256 0.744
#> SRR1404909     1  0.0000     0.4492 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1323577     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1442422     1  0.8763     0.8286 0.704 0.296
#> SRR1465893     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR654862      2  0.5737     0.4444 0.136 0.864
#> SRR1407112     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1332969     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1353199     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1378885     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR665357      2  0.9393     0.7140 0.356 0.644
#> SRR662186      2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1501020     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1347819     2  0.0938     0.6699 0.012 0.988
#> SRR1480813     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1472576     1  0.0000     0.4492 1.000 0.000
#> SRR1431781     1  0.5946     0.1788 0.856 0.144
#> SRR1452270     2  0.7299     0.7230 0.204 0.796
#> SRR1500472     2  0.5178     0.4876 0.116 0.884
#> SRR1417632     1  0.7299     0.7340 0.796 0.204
#> SRR1350153     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1458113     2  0.6801     0.7209 0.180 0.820
#> SRR1326579     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1349363     1  0.7815    -0.0986 0.768 0.232
#> SRR1096712     2  0.8327     0.7230 0.264 0.736
#> SRR1090407     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1377599     1  0.4815     0.4979 0.896 0.104
#> SRR1488449     2  0.0938     0.6696 0.012 0.988
#> SRR1318354     2  0.6438     0.7171 0.164 0.836
#> SRR1359062     2  0.9393     0.7140 0.356 0.644
#> SRR1398924     2  0.4431     0.5337 0.092 0.908
#> SRR663783      2  0.1843     0.6762 0.028 0.972
#> SRR1319204     2  0.9000     0.6593 0.316 0.684
#> SRR1369070     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR615659      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1337449     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1316982     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1498595     1  0.7139     0.0159 0.804 0.196
#> SRR1377423     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1485613     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1338426     2  0.7299     0.7219 0.204 0.796
#> SRR1353309     2  0.7139     0.7216 0.196 0.804
#> SRR658941      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1401468     1  0.9963     0.7552 0.536 0.464
#> SRR1368874     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1324085     1  0.9209     0.4539 0.664 0.336
#> SRR1363858     1  0.9732     0.8453 0.596 0.404
#> SRR819820      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.9815     0.8250 0.580 0.420
#> SRR655206      2  0.7602     0.7231 0.220 0.780
#> SRR1387013     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1317410     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR608198      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1440161     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1343741     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1381288     2  0.9775     0.6926 0.412 0.588
#> SRR1415379     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1099622     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR663197      2  0.8763     0.7210 0.296 0.704
#> SRR1394836     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR661699      2  0.4939     0.6913 0.108 0.892
#> SRR813680      1  0.9815     0.8265 0.580 0.420
#> SRR1410678     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1378109     1  0.9248     0.8674 0.660 0.340
#> SRR1499174     2  0.9866    -0.5444 0.432 0.568
#> SRR1311486     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1382851     2  0.9732     0.6967 0.404 0.596
#> SRR1433410     1  0.9815     0.8250 0.580 0.420
#> SRR661167      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1432518     2  0.1843     0.6769 0.028 0.972
#> SRR660462      2  0.7056     0.7213 0.192 0.808
#> SRR1374608     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR657949      2  0.7376     0.2338 0.208 0.792
#> SRR1308882     1  0.7745     0.7609 0.772 0.228
#> SRR655768      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1485870     1  0.0000     0.4492 1.000 0.000
#> SRR1444138     2  0.9129    -0.2251 0.328 0.672
#> SRR1417342     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1470193     1  0.8861     0.5850 0.696 0.304
#> SRR1091380     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1313583     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1467102     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1485416     1  0.8499     0.8108 0.724 0.276
#> SRR818821      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR809963      2  0.9522    -0.3933 0.372 0.628
#> SRR1072247     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1353710     1  0.8207     0.7903 0.744 0.256
#> SRR1445259     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1408393     2  0.9491    -0.3784 0.368 0.632
#> SRR1361522     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1368597     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1309680     1  0.9998    -0.6182 0.508 0.492
#> SRR1310542     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1333485     1  0.7299     0.7340 0.796 0.204
#> SRR1406437     2  0.8909     0.3304 0.308 0.692
#> SRR1354931     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1391856     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1446738     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1309032     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1388145     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1432611     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR815869      2  0.9129     0.7178 0.328 0.672
#> SRR613150      2  0.5178     0.7063 0.116 0.884
#> SRR1375329     2  0.9552    -0.4001 0.376 0.624
#> SRR1387921     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1466792     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1360478     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1360695     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR812943      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1400910     2  0.4939     0.5918 0.108 0.892
#> SRR1444203     1  0.7950     0.7723 0.760 0.240
#> SRR816177      2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR658754      2  0.9358     0.7147 0.352 0.648
#> SRR1429603     1  0.7376     0.7409 0.792 0.208
#> SRR1397366     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1083918     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1337606     2  0.6148     0.5216 0.152 0.848
#> SRR659109      2  0.7139     0.7216 0.196 0.804
#> SRR1337192     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR656946      2  0.9909    -0.5733 0.444 0.556
#> SRR1476102     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1476447     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1342067     1  0.7299     0.7340 0.796 0.204
#> SRR1385389     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1075971     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR614419      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1322936     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1349121     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1430549     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR612935      2  0.5946     0.7131 0.144 0.856
#> SRR661481      2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1354117     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1393596     1  0.7299     0.7367 0.796 0.204
#> SRR1452164     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1070503     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1499894     2  0.5629     0.7109 0.132 0.868
#> SRR1082883     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1468271     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1332443     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR810295      2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR662103      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1328620     2  0.6343     0.7164 0.160 0.840
#> SRR1396294     2  0.9248    -0.1972 0.340 0.660
#> SRR1419917     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR662114      2  0.7674     0.7239 0.224 0.776
#> SRR1489199     2  0.6148     0.4053 0.152 0.848
#> SRR813584      1  0.8267    -0.1745 0.740 0.260
#> SRR1069638     2  0.0938     0.6682 0.012 0.988
#> SRR614864      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1433392     2  0.9427    -0.3561 0.360 0.640
#> SRR1377777     1  0.9732    -0.4977 0.596 0.404
#> SRR2167710     2  0.9850    -0.5351 0.428 0.572
#> SRR1401252     1  0.6801     0.7064 0.820 0.180
#> SRR1309963     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1338031     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1418628     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1486889     2  0.9896    -0.5640 0.440 0.560
#> SRR1380393     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1319731     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1356468     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1337010     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1486520     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1486538     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1340486     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1377696     1  0.6623     0.0898 0.828 0.172
#> SRR1465459     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1080270     2  0.6887     0.7205 0.184 0.816
#> SRR1312501     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1093148     2  0.2948     0.6860 0.052 0.948
#> SRR1467080     2  0.9358     0.7149 0.352 0.648
#> SRR1410866     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR816475      2  0.6973     0.6997 0.188 0.812
#> SRR1379198     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR613342      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1338836     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1369129     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1396616     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR813824      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1082376     2  0.7376     0.2197 0.208 0.792
#> SRR1500891     1  0.7139     0.7251 0.804 0.196
#> SRR807543      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1091572     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1346689     1  0.7299     0.7340 0.796 0.204
#> SRR1332424     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR663729      1  0.9393     0.8796 0.644 0.356
#> SRR1097013     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR613675      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1485357     1  0.9427     0.8826 0.640 0.360
#> SRR655816      2  0.0938     0.6696 0.012 0.988
#> SRR1500113     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1437622     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1355172     1  0.9896     0.7977 0.560 0.440
#> SRR655531      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1338147     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1413329     2  0.3584     0.5743 0.068 0.932
#> SRR1485931     2  0.9988     0.6436 0.480 0.520
#> SRR1420873     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1333308     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1452033     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1467316     1  0.8267    -0.1745 0.740 0.260
#> SRR809018      2  0.6531     0.7189 0.168 0.832
#> SRR1375351     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR663440      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR808019      1  1.0000     0.7067 0.504 0.496
#> SRR1479133     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR615069      2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1456185     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1350069     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR816316      1  0.9608     0.8660 0.616 0.384
#> SRR664795      1  0.9491     0.8817 0.632 0.368
#> SRR1490721     1  0.8763     0.8302 0.704 0.296
#> SRR810643      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1430333     2  0.7453     0.2185 0.212 0.788
#> SRR1085285     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1099072     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1487340     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1420276     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1351347     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1370329     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1465001     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1476525     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR819610      1  0.0672     0.4388 0.992 0.008
#> SRR2157314     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1409465     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR809987      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR613639      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1402285     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1077038     1  0.9850     0.8162 0.572 0.428
#> SRR1405660     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1095455     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1394734     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1317771     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1365894     1  0.3274     0.3567 0.940 0.060
#> SRR1073581     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR659804      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1345914     2  0.9866     0.6800 0.432 0.568
#> SRR1432186     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1473529     1  0.8608    -0.2404 0.716 0.284
#> SRR660764      2  0.7219     0.7222 0.200 0.800
#> SRR820448      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1328845     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1336415     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1379065     1  0.9427     0.8825 0.640 0.360
#> SRR1459190     2  0.5178     0.4876 0.116 0.884
#> SRR1346773     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1499521     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1440898     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1347459     2  0.6887     0.7211 0.184 0.816
#> SRR1081209     2  0.9815     0.6882 0.420 0.580
#> SRR1400202     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1333395     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1309248     1  0.3733     0.3925 0.928 0.072
#> SRR809161      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1316320     1  0.3274     0.3980 0.940 0.060
#> SRR1432629     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1498931     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1416578     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1405547     2  0.6887     0.7207 0.184 0.816
#> SRR1470534     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1380764     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1309160     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR663489      2  0.9129     0.7178 0.328 0.672
#> SRR1500450     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1078489     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1332648     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR660614      2  0.9129     0.7178 0.328 0.672
#> SRR1470420     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1475566     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1477949     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1481419     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1464766     2  0.9358    -0.3028 0.352 0.648
#> SRR615946      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1467656     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1402962     1  0.9552     0.8744 0.624 0.376
#> SRR660224      2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR665586      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1347166     1  0.9795     0.8308 0.584 0.416
#> SRR1485722     2  0.7299     0.2325 0.204 0.796
#> SRR1415316     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR613390      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR661108      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR2170173     2  0.7056     0.2910 0.192 0.808
#> SRR817329      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1401990     1  0.8144     0.7850 0.748 0.252
#> SRR1467745     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1471795     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1415637     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR813137      1  0.9909     0.7962 0.556 0.444
#> SRR1314873     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1401211     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1419692     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR818797      2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR2164608     2  0.3584     0.5743 0.068 0.932
#> SRR1455586     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR819459      2  0.6531     0.7179 0.168 0.832
#> SRR1488939     1  0.7883    -0.1096 0.764 0.236
#> SRR1433232     2  0.9815     0.6882 0.420 0.580
#> SRR1385501     2  0.3584     0.5743 0.068 0.932
#> SRR1361652     2  0.9552    -0.4001 0.376 0.624
#> SRR1437119     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1478547     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1430910     2  0.7299     0.7240 0.204 0.796
#> SRR1310584     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1500216     2  0.6438     0.3731 0.164 0.836
#> SRR1486762     2  0.0376     0.6658 0.004 0.996
#> SRR1480854     1  0.8909     0.8404 0.692 0.308
#> SRR1489394     1  0.9087     0.8540 0.676 0.324
#> SRR1418085     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1340221     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1473058     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1405165     2  0.7950     0.7232 0.240 0.760
#> SRR1433004     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1471477     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1098567     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1098712     1  0.9170     0.8611 0.668 0.332
#> SRR1455038     1  0.9815     0.8250 0.580 0.420
#> SRR1375248     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1403005     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1413541     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1392943     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1475192     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1452468     1  0.9977     0.7490 0.528 0.472
#> SRR1347060     2  0.7219     0.7218 0.200 0.800
#> SRR1414139     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1447962     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1444324     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1415004     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1413436     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1311266     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1343302     1  0.9427     0.8826 0.640 0.360
#> SRR1373746     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1429678     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1469413     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1405331     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1380208     1  0.5946     0.2040 0.856 0.144
#> SRR1322840     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1399797     2  0.8016     0.7236 0.244 0.756
#> SRR1416654     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1315081     2  0.9129     0.7178 0.328 0.672
#> SRR1369196     2  0.6623     0.7187 0.172 0.828
#> SRR1400847     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1365291     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1367920     1  0.4939     0.6106 0.892 0.108
#> SRR1366648     2  0.8207     0.7233 0.256 0.744
#> SRR1441679     2  0.9460     0.7126 0.364 0.636
#> SRR1082173     2  0.3584     0.5743 0.068 0.932
#> SRR1363968     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR814387      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR657599      1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1386689     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1395575     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1453811     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.9460     0.8852 0.636 0.364
#> SRR1403154     1  0.7376     0.7384 0.792 0.208
#> SRR1468722     2  0.1184     0.6712 0.016 0.984
#> SRR1310275     2  0.0000     0.6638 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.6192    0.23407 0.580 0.000 0.420
#> SRR1331708     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464258     3  0.1753    0.87313 0.048 0.000 0.952
#> SRR1454201     1  0.5859    0.45897 0.656 0.000 0.344
#> SRR661589      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     3  0.5254    0.65650 0.264 0.000 0.736
#> SRR1315165     2  0.6126    0.37746 0.400 0.600 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0592    0.91754 0.988 0.012 0.000
#> SRR1095575     3  0.6154    0.34893 0.408 0.000 0.592
#> SRR1315931     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.5650    0.55938 0.312 0.688 0.000
#> SRR1486845     1  0.0747    0.91457 0.984 0.016 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.6359    0.36368 0.404 0.592 0.004
#> SRR1311018     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.5650    0.55467 0.312 0.688 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR613550      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0237    0.92281 0.996 0.000 0.004
#> SRR1324025     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.5397    0.61946 0.280 0.000 0.720
#> SRR820755      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485830     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      3  0.6062    0.41985 0.384 0.000 0.616
#> SRR612263      1  0.1163    0.90489 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415398     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.1860    0.88459 0.948 0.052 0.000
#> SRR1421327     1  0.6280    0.07558 0.540 0.460 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.4931    0.67141 0.232 0.768 0.000
#> SRR1079522     1  0.0475    0.92117 0.992 0.004 0.004
#> SRR1452935     3  0.1860    0.86853 0.052 0.000 0.948
#> SRR1379495     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.3816    0.78827 0.852 0.000 0.148
#> SRR1447564     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.5529    0.54491 0.000 0.704 0.296
#> SRR1388354     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.5988    0.43168 0.000 0.368 0.632
#> SRR1479955     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     2  0.1529    0.85777 0.040 0.960 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.0237    0.90337 0.004 0.000 0.996
#> SRR1435229     1  0.1860    0.88439 0.948 0.000 0.052
#> SRR1085996     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.0237    0.90331 0.000 0.004 0.996
#> SRR1400974     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457854     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     3  0.6126    0.38635 0.400 0.000 0.600
#> SRR813776      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR808196      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     2  0.6180    0.33706 0.416 0.584 0.000
#> SRR614395      3  0.6302    0.13323 0.480 0.000 0.520
#> SRR1478251     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     3  0.4796    0.71144 0.220 0.000 0.780
#> SRR1330920     3  0.4121    0.76992 0.168 0.000 0.832
#> SRR1419539     3  0.5733    0.51893 0.000 0.324 0.676
#> SRR1359447     3  0.0424    0.90013 0.000 0.008 0.992
#> SRR1347259     1  0.1529    0.89533 0.960 0.040 0.000
#> SRR613915      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384395     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.1182    0.91089 0.976 0.012 0.012
#> SRR1096383     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.6180    0.33684 0.416 0.584 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      3  0.2711    0.83929 0.088 0.000 0.912
#> SRR810665      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.5760    0.50871 0.328 0.000 0.672
#> SRR1420067     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.6026    0.43684 0.376 0.624 0.000
#> SRR1446375     1  0.2356    0.86698 0.928 0.000 0.072
#> SRR1465230     1  0.3116    0.82835 0.892 0.108 0.000
#> SRR614119      1  0.0592    0.91703 0.988 0.000 0.012
#> SRR1356101     2  0.1860    0.84334 0.000 0.948 0.052
#> SRR1404209     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     2  0.8148    0.50230 0.296 0.604 0.100
#> SRR658953      3  0.6079    0.39791 0.388 0.000 0.612
#> SRR2166459     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.2625    0.85456 0.916 0.084 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0237    0.92281 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433926     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.6192    0.32658 0.420 0.580 0.000
#> SRR818263      1  0.6308   -0.00694 0.508 0.000 0.492
#> SRR1404909     2  0.5497    0.58573 0.292 0.708 0.000
#> SRR663076      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     1  0.4062    0.75967 0.836 0.164 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      3  0.3686    0.79627 0.140 0.000 0.860
#> SRR1407112     1  0.0592    0.91722 0.988 0.012 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR665357      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.0237    0.87715 0.000 0.996 0.004
#> SRR1501020     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.5254    0.62781 0.264 0.736 0.000
#> SRR1431781     2  0.0237    0.87726 0.000 0.996 0.004
#> SRR1452270     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.6159    0.67633 0.756 0.048 0.196
#> SRR1417632     1  0.5882    0.41944 0.652 0.348 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.5621    0.56245 0.308 0.692 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.6026    0.43138 0.376 0.624 0.000
#> SRR1488449     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359062     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.7744    0.02797 0.504 0.048 0.448
#> SRR663783      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.8718    0.31592 0.364 0.116 0.520
#> SRR1369070     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.5968    0.43983 0.000 0.364 0.636
#> SRR1498595     2  0.5431    0.59782 0.284 0.716 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.9417    0.22425 0.364 0.180 0.456
#> SRR1101643     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.2261    0.86729 0.932 0.000 0.068
#> SRR1368874     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     2  0.5165    0.77646 0.072 0.832 0.096
#> SRR1363858     3  0.6302    0.14397 0.480 0.000 0.520
#> SRR819820      3  0.4605    0.72583 0.204 0.000 0.796
#> SRR1337342     1  0.1643    0.89253 0.956 0.000 0.044
#> SRR655206      2  0.4399    0.69932 0.000 0.812 0.188
#> SRR1387013     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.4291    0.69854 0.000 0.820 0.180
#> SRR1343741     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     2  0.1753    0.84604 0.000 0.952 0.048
#> SRR661699      3  0.0237    0.90337 0.004 0.000 0.996
#> SRR813680      3  0.4399    0.74766 0.188 0.000 0.812
#> SRR1410678     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.3038    0.83334 0.896 0.104 0.000
#> SRR1499174     1  0.1964    0.87993 0.944 0.000 0.056
#> SRR1311486     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0237    0.92281 0.996 0.000 0.004
#> SRR661167      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.3690    0.82963 0.884 0.100 0.016
#> SRR657949      3  0.5058    0.67805 0.244 0.000 0.756
#> SRR1308882     1  0.0892    0.91195 0.980 0.020 0.000
#> SRR655768      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.6286    0.19999 0.464 0.536 0.000
#> SRR1444138     1  0.1753    0.88795 0.952 0.000 0.048
#> SRR1417342     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.6717    0.46879 0.352 0.628 0.020
#> SRR1091380     3  0.4062    0.76863 0.164 0.000 0.836
#> SRR1099096     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467102     3  0.6168    0.33591 0.000 0.412 0.588
#> SRR1485416     1  0.6260    0.10443 0.552 0.448 0.000
#> SRR818821      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.6154    0.25539 0.592 0.000 0.408
#> SRR1072247     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.6309   -0.08823 0.500 0.500 0.000
#> SRR1445259     3  0.4399    0.74985 0.188 0.000 0.812
#> SRR1408393     3  0.5859    0.49704 0.344 0.000 0.656
#> SRR1361522     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.6192    0.21204 0.580 0.420 0.000
#> SRR1406437     2  0.1411    0.85500 0.000 0.964 0.036
#> SRR1354931     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391856     2  0.3941    0.73884 0.000 0.844 0.156
#> SRR1446738     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     3  0.8058    0.33459 0.376 0.072 0.552
#> SRR1387921     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.6302    0.69410 0.208 0.048 0.744
#> SRR1444203     1  0.2165    0.87426 0.936 0.064 0.000
#> SRR816177      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.6291    0.03982 0.532 0.468 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     2  0.9069    0.14754 0.424 0.440 0.136
#> SRR659109      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.6291    0.04476 0.532 0.468 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0237    0.92281 0.996 0.000 0.004
#> SRR1349121     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.1529    0.85280 0.000 0.960 0.040
#> SRR1393596     2  0.6309    0.09698 0.496 0.504 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499894     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.1753    0.88783 0.952 0.048 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.3192    0.81209 0.000 0.112 0.888
#> SRR1396294     1  0.7186   -0.01416 0.500 0.476 0.024
#> SRR1419917     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     3  0.6295    0.14951 0.472 0.000 0.528
#> SRR813584      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR614864      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     3  0.0237    0.90324 0.004 0.000 0.996
#> SRR1377777     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401252     1  0.6235    0.15854 0.564 0.436 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.4121    0.76156 0.832 0.000 0.168
#> SRR1380393     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0237    0.92291 0.996 0.004 0.000
#> SRR1377696     2  0.1031    0.86662 0.024 0.976 0.000
#> SRR1465459     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080270     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     2  0.9707    0.10490 0.224 0.424 0.352
#> SRR1467080     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      2  0.6225    0.26741 0.000 0.568 0.432
#> SRR1379198     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.0237    0.92291 0.996 0.004 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     3  0.4974    0.67666 0.236 0.000 0.764
#> SRR1500891     2  0.6302    0.14522 0.480 0.520 0.000
#> SRR807543      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091572     3  0.1964    0.86699 0.056 0.000 0.944
#> SRR1346689     1  0.5397    0.56776 0.720 0.280 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     1  0.0892    0.91147 0.980 0.020 0.000
#> SRR655816      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     3  0.5098    0.67287 0.248 0.000 0.752
#> SRR655531      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.5529    0.59134 0.296 0.000 0.704
#> SRR1485931     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.5178    0.62185 0.744 0.000 0.256
#> SRR1479133     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.4654    0.70050 0.000 0.208 0.792
#> SRR1456185     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350069     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR816316      1  0.5431    0.56336 0.716 0.000 0.284
#> SRR664795      1  0.6168    0.25336 0.588 0.000 0.412
#> SRR1490721     1  0.5905    0.41509 0.648 0.352 0.000
#> SRR810643      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.7699    0.14921 0.532 0.048 0.420
#> SRR1085285     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR613639      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402285     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.6260    0.12347 0.552 0.000 0.448
#> SRR1405660     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     3  0.4555    0.74294 0.200 0.000 0.800
#> SRR1394734     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0892    0.86971 0.020 0.980 0.000
#> SRR1073581     1  0.0237    0.92283 0.996 0.000 0.004
#> SRR659804      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.2959    0.81385 0.100 0.900 0.000
#> SRR660764      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.5733    0.47348 0.676 0.000 0.324
#> SRR1328845     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336415     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0237    0.92291 0.996 0.004 0.000
#> SRR1459190     3  0.5905    0.47989 0.352 0.000 0.648
#> SRR1346773     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309248     2  0.6154    0.35769 0.408 0.592 0.000
#> SRR809161      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316320     2  0.6308    0.09979 0.492 0.508 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332648     1  0.0237    0.92291 0.996 0.004 0.000
#> SRR660614      2  0.7389   -0.02907 0.032 0.504 0.464
#> SRR1470420     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.3412    0.80561 0.876 0.000 0.124
#> SRR615946      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0892    0.91127 0.980 0.000 0.020
#> SRR660224      2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.3879    0.78396 0.848 0.000 0.152
#> SRR1485722     1  0.5254    0.61714 0.736 0.000 0.264
#> SRR1415316     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     3  0.6140    0.36006 0.404 0.000 0.596
#> SRR817329      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.3619    0.79604 0.864 0.136 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      3  0.6126    0.37833 0.400 0.000 0.600
#> SRR1314873     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     1  0.2625    0.85359 0.916 0.084 0.000
#> SRR818797      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164608     3  0.5058    0.67726 0.244 0.000 0.756
#> SRR1455586     2  0.3340    0.78094 0.000 0.880 0.120
#> SRR819459      3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0424    0.87565 0.008 0.992 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.4062    0.77270 0.164 0.000 0.836
#> SRR1361652     1  0.6562    0.67086 0.744 0.072 0.184
#> SRR1437119     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.1163    0.88467 0.000 0.028 0.972
#> SRR1310584     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     3  0.6026    0.43879 0.376 0.000 0.624
#> SRR1486762     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.5216    0.60421 0.740 0.260 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.1753    0.84626 0.000 0.952 0.048
#> SRR1405165     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.5560    0.58740 0.300 0.700 0.000
#> SRR1455038     1  0.5882    0.43497 0.652 0.000 0.348
#> SRR1375248     3  0.6307    0.11272 0.000 0.488 0.512
#> SRR1403005     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.4504    0.70213 0.000 0.804 0.196
#> SRR1413541     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.3879    0.78417 0.848 0.000 0.152
#> SRR1347060     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.6168    0.19958 0.000 0.588 0.412
#> SRR1447962     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.1163    0.86128 0.000 0.972 0.028
#> SRR1415004     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.6299    0.00558 0.524 0.476 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000    0.87957 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.5760    0.53072 0.328 0.672 0.000
#> SRR1322840     1  0.4887    0.65338 0.772 0.228 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367920     2  0.6215    0.30406 0.428 0.572 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0237    0.87715 0.000 0.996 0.004
#> SRR1082173     3  0.3038    0.82681 0.104 0.000 0.896
#> SRR1363968     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.0747    0.91483 0.984 0.016 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.0000    0.92531 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.4452    0.72243 0.808 0.192 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000    0.90597 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.3400     0.7622 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464258     3  0.3266     0.8134 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1454201     1  0.3024     0.8065 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR661589      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     3  0.4040     0.7214 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.0707     0.9271 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     3  0.4072     0.7136 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.4544     0.7330 0.048 0.788 0.000 0.164
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.5690     0.6483 0.116 0.716 0.000 0.168
#> SRR1429846     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613550      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.3311     0.8081 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR820755      3  0.2345     0.8632 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      3  0.4103     0.7107 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR612263      1  0.0921     0.9240 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     4  0.0188     0.9407 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.4981     0.1144 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR1452935     3  0.2469     0.8583 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.3649     0.7266 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.3837     0.6906 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.4585     0.5191 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     2  0.4888     0.2729 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.2921     0.7977 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.2921     0.8346 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1435229     1  0.0188     0.9428 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.1182     0.9087 0.016 0.016 0.968 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     3  0.4830     0.4602 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR813776      3  0.1211     0.9007 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR808196      4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      3  0.4193     0.6947 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420109     3  0.3311     0.8081 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1330920     3  0.3528     0.7869 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1419539     2  0.4331     0.6152 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1359447     3  0.3123     0.7704 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613915      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1384395     3  0.0188     0.9205 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR821715      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0707     0.9306 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.4164     0.6380 0.000 0.264 0.000 0.736
#> SRR1430270     1  0.4730     0.4390 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661267      3  0.3610     0.7787 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.3569     0.7453 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0921     0.9218 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR812536      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.4999     0.0279 0.492 0.508 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.1022     0.9217 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      3  0.3528     0.7869 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0188     0.9426 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.4040     0.6619 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      3  0.3528     0.7880 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR665357      3  0.2973     0.7852 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.0188     0.9408 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1431781     4  0.0188     0.9410 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.4098     0.6972 0.784 0.012 0.204 0.000
#> SRR1417632     4  0.0188     0.9407 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.5860     0.3232 0.040 0.580 0.000 0.380
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.3801     0.6874 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1377599     4  0.0188     0.9407 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.0336     0.9178 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.4795     0.5502 0.696 0.012 0.292 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.6570     0.3756 0.100 0.580 0.320 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.3219     0.7770 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR1498595     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0188     0.9205 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.7874     0.0208 0.380 0.336 0.284 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0707     0.9300 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     3  0.4992     0.2247 0.476 0.000 0.524 0.000
#> SRR819820      3  0.2469     0.8612 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1337342     1  0.1637     0.8963 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR655206      2  0.0921     0.9131 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813680      3  0.3074     0.8266 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.1940     0.8786 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.2973     0.7935 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.4315     0.7433 0.172 0.020 0.008 0.800
#> SRR657949      3  0.3123     0.8222 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444138     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.2011     0.8685 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1470193     4  0.0188     0.9410 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1091380     3  0.2011     0.8784 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.2589     0.8357 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1467102     2  0.0188     0.9348 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809963      3  0.4605     0.5799 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445259     3  0.5000     0.0814 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1408393     3  0.3400     0.7994 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     2  0.4364     0.6790 0.220 0.764 0.000 0.016
#> SRR1354931     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0188     0.9348 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1446738     2  0.0188     0.9349 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     3  0.4214     0.7667 0.204 0.016 0.780 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     3  0.4204     0.7790 0.192 0.020 0.788 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.6339     0.5870 0.656 0.148 0.196 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.6133     0.6366 0.124 0.204 0.672 0.000
#> SRR1396294     4  0.5722     0.6717 0.136 0.148 0.000 0.716
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.3649     0.7272 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614864      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433392     3  0.2868     0.8381 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0188     0.9429 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     4  0.6552     0.4016 0.328 0.000 0.096 0.576
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.4661     0.4748 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     4  0.4624     0.4638 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1465459     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093148     2  0.5864     0.5611 0.264 0.664 0.072 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.6171     0.6718 0.048 0.052 0.188 0.712
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     3  0.4996     0.1197 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1500891     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091572     3  0.4454     0.6099 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1346689     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663729      1  0.4382     0.5730 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     4  0.4193     0.6321 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR1355172     3  0.4406     0.6410 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     3  0.3486     0.7912 0.188 0.000 0.812 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.1867     0.8858 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      3  0.4746     0.3655 0.000 0.368 0.632 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.4164     0.6279 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR816316      1  0.4999    -0.1123 0.508 0.000 0.492 0.000
#> SRR664795      3  0.4277     0.6759 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1490721     1  0.4713     0.4482 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR810643      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.5110     0.4142 0.636 0.012 0.352 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.4961     0.1381 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.2011     0.8719 0.080 0.000 0.000 0.920
#> SRR613639      3  0.2760     0.8441 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     3  0.4454     0.6304 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     3  0.4790     0.4569 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.4888     0.3249 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1073581     1  0.0188     0.9428 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.4855     0.3157 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR660764      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      3  0.4605     0.5800 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1328845     4  0.3074     0.7905 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.2868     0.8409 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0817     0.9232 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1309248     4  0.1256     0.9170 0.028 0.008 0.000 0.964
#> SRR809161      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316320     1  0.6547     0.4735 0.616 0.124 0.000 0.260
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.0336     0.9190 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      2  0.1356     0.9043 0.008 0.960 0.032 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0817     0.9273 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.3649     0.7266 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1485722     1  0.2973     0.8074 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.3726     0.7656 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR817329      1  0.0336     0.9399 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.0188     0.9349 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      3  0.4356     0.6549 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1314873     1  0.4406     0.5538 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2164608     3  0.3219     0.8147 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1455586     2  0.0188     0.9348 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0336     0.9305 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.3444     0.7956 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1361652     1  0.2101     0.8899 0.928 0.012 0.060 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.0707     0.9096 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     3  0.4134     0.7050 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1486762     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.4331     0.5966 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.7584     0.1966 0.204 0.348 0.000 0.448
#> SRR1455038     1  0.2408     0.8522 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1375248     2  0.0336     0.9316 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.5004     0.3259 0.000 0.604 0.392 0.004
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.4679     0.4655 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.3528     0.7442 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.1474     0.8986 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1380208     2  0.3311     0.7527 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9378 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.3219     0.8148 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9457 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9436 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0000     0.9231 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.8259   -0.20212 0.380 0.000 0.144 0.224 0.252
#> SRR1331708     5  0.4060    0.52077 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1464258     1  0.7023   -0.02605 0.392 0.000 0.240 0.356 0.012
#> SRR1454201     5  0.4114    0.52119 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR661589      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.7676    0.00103 0.368 0.000 0.216 0.356 0.060
#> SRR1315165     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1488960     1  0.0290    0.80254 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1417809     4  0.6724    0.60149 0.252 0.000 0.000 0.392 0.356
#> SRR1094457     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1095575     4  0.8313   -0.45609 0.156 0.000 0.200 0.356 0.288
#> SRR1315931     1  0.4045    0.41553 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR818002      2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.5726    0.49837 0.000 0.612 0.000 0.140 0.248
#> SRR1486845     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1362866     5  0.4101    0.51990 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1490740     1  0.0404    0.80154 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446627     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0290    0.80230 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383907     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1311018     1  0.0162    0.80307 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375699     2  0.5820    0.51034 0.192 0.612 0.000 0.196 0.000
#> SRR1429846     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR613550      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1348402     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     5  0.4126    0.51657 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR1324025     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1318879     5  0.4576    0.39907 0.016 0.000 0.376 0.000 0.608
#> SRR820755      3  0.4464    0.69970 0.008 0.000 0.632 0.356 0.004
#> SRR1485830     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR599313      5  0.6092    0.50309 0.016 0.000 0.088 0.356 0.540
#> SRR612263      5  0.4182    0.59868 0.004 0.000 0.000 0.352 0.644
#> SRR1415398     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326205     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1421327     5  0.3300   -0.15490 0.004 0.000 0.000 0.204 0.792
#> SRR1083311     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.4227    0.83148 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1079522     5  0.4218    0.60564 0.008 0.000 0.000 0.332 0.660
#> SRR1452935     5  0.6486    0.40165 0.008 0.000 0.152 0.356 0.484
#> SRR1379495     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR615778      5  0.4416    0.59637 0.012 0.000 0.000 0.356 0.632
#> SRR1447564     1  0.2329    0.70334 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1455195     5  0.4126    0.51657 0.380 0.000 0.000 0.000 0.620
#> SRR655182      1  0.1341    0.76975 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1335140     2  0.5525    0.54222 0.000 0.636 0.000 0.240 0.124
#> SRR1433555     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.6253    0.02728 0.000 0.504 0.356 0.136 0.004
#> SRR1388354     1  0.0510    0.80041 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1317446     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.4297   -0.11247 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.2690    0.66681 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR661313      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1499935     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1447303     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1429408     2  0.5211    0.51039 0.000 0.668 0.000 0.100 0.232
#> SRR1433950     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1362081     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.5711    0.55304 0.020 0.000 0.052 0.356 0.572
#> SRR1435229     5  0.4045    0.52483 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1085996     5  0.4074    0.51652 0.364 0.000 0.000 0.000 0.636
#> SRR1414229     5  0.4599    0.58367 0.000 0.000 0.020 0.356 0.624
#> SRR1400974     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0510    0.80070 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR613927      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1457854     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.6510    0.11503 0.444 0.000 0.196 0.360 0.000
#> SRR813776      3  0.4347    0.70296 0.004 0.000 0.636 0.356 0.004
#> SRR808196      4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1101085     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR614395      1  0.4464    0.40133 0.632 0.000 0.008 0.356 0.004
#> SRR1478251     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1370551     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0404    0.80154 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR665310      3  0.4166    0.70857 0.000 0.000 0.648 0.348 0.004
#> SRR1420109     3  0.6698    0.48512 0.016 0.000 0.472 0.356 0.156
#> SRR1330920     5  0.7161    0.41634 0.060 0.000 0.124 0.356 0.460
#> SRR1419539     3  0.2891    0.61228 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.4403    0.38195 0.000 0.384 0.608 0.008 0.000
#> SRR1347259     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR613915      3  0.3048    0.75031 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR1384395     3  0.0404    0.76267 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0404    0.80154 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1445637     1  0.0404    0.79751 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR608150      5  0.4088    0.52427 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1096383     1  0.0290    0.79971 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1341344     5  0.4101    0.50794 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1326270     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR808566      4  0.6416    0.71187 0.000 0.180 0.000 0.464 0.356
#> SRR1430270     1  0.4653    0.10376 0.516 0.000 0.000 0.472 0.012
#> SRR1367825     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.3074    0.74884 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR661267      3  0.4986    0.69601 0.084 0.000 0.688 0.228 0.000
#> SRR810665      2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.4668    0.53806 0.352 0.000 0.000 0.024 0.624
#> SRR1420067     1  0.4297   -0.23406 0.528 0.000 0.000 0.000 0.472
#> SRR1473632     1  0.1732    0.75197 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR812536      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.5804    0.31319 0.304 0.576 0.000 0.000 0.120
#> SRR1446375     1  0.6488    0.24351 0.516 0.000 0.032 0.356 0.096
#> SRR1465230     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR614119      1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR658953      5  0.4045    0.59556 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR2166459     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1488610     5  0.4060    0.52077 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1330588     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1316367     5  0.4150    0.48105 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1433926     1  0.4585    0.41834 0.628 0.000 0.000 0.352 0.020
#> SRR1091302     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR818263      5  0.6583    0.52422 0.152 0.000 0.012 0.356 0.480
#> SRR1404909     4  0.4210    0.83904 0.000 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR663076      1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1465893     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      5  0.5859    0.52436 0.012 0.000 0.076 0.356 0.556
#> SRR1407112     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1332969     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1353199     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1378885     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR665357      3  0.3752    0.53886 0.000 0.292 0.708 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.4135    0.71119 0.000 0.000 0.656 0.340 0.004
#> SRR1480813     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1431781     4  0.4196    0.88208 0.000 0.004 0.000 0.640 0.356
#> SRR1452270     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.4682    0.59636 0.024 0.000 0.000 0.356 0.620
#> SRR1417632     4  0.4420    0.79675 0.004 0.000 0.000 0.548 0.448
#> SRR1350153     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.6140    0.43153 0.000 0.000 0.140 0.356 0.504
#> SRR1326579     5  0.4060    0.52077 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1349363     2  0.5019    0.28416 0.000 0.568 0.000 0.396 0.036
#> SRR1096712     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.4572    0.53269 0.000 0.684 0.000 0.280 0.036
#> SRR1377599     5  0.4321   -0.59162 0.004 0.000 0.000 0.396 0.600
#> SRR1488449     3  0.1671    0.76725 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1318354     3  0.6611    0.49183 0.000 0.012 0.476 0.356 0.156
#> SRR1359062     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.4045    0.59556 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR663783      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.4380    0.59908 0.000 0.708 0.032 0.000 0.260
#> SRR1369070     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0510    0.80070 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337449     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.4307   -0.00496 0.000 0.496 0.504 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1377423     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1312310     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.3932    0.29892 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1353309     3  0.0404    0.76309 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR658941      5  0.4958    0.36189 0.032 0.000 0.400 0.000 0.568
#> SRR1101643     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1401468     1  0.5527   -0.32304 0.476 0.000 0.012 0.040 0.472
#> SRR1368874     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1363858     4  0.7782   -0.33411 0.368 0.000 0.180 0.368 0.084
#> SRR819820      3  0.2624    0.66281 0.012 0.000 0.872 0.000 0.116
#> SRR1337342     5  0.5441    0.57001 0.280 0.000 0.000 0.096 0.624
#> SRR655206      2  0.1831    0.86586 0.000 0.920 0.076 0.004 0.000
#> SRR1387013     2  0.1544    0.87069 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1317410     1  0.0162    0.80295 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR608198      5  0.4045    0.52483 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1440161     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1099622     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1394836     2  0.1478    0.87864 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.3074    0.56765 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR813680      3  0.3375    0.74240 0.056 0.000 0.840 0.104 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1499174     1  0.4196    0.41471 0.640 0.000 0.000 0.356 0.004
#> SRR1311486     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.4182    0.54221 0.000 0.644 0.000 0.004 0.352
#> SRR1433410     5  0.4045    0.52483 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR661167      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.4114    0.17506 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR660462      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     5  0.5140   -0.65272 0.020 0.012 0.000 0.428 0.540
#> SRR657949      5  0.7022    0.25589 0.016 0.000 0.216 0.356 0.412
#> SRR1308882     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR655768      1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     5  0.3074   -0.14839 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1444138     1  0.2358    0.70253 0.888 0.000 0.104 0.000 0.008
#> SRR1417342     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1470193     4  0.4196    0.88208 0.000 0.004 0.000 0.640 0.356
#> SRR1091380     3  0.3706    0.56670 0.012 0.012 0.796 0.000 0.180
#> SRR1099096     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.5970    0.06780 0.524 0.000 0.000 0.120 0.356
#> SRR1467102     2  0.3452    0.69339 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR818821      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809963      1  0.4464    0.40244 0.632 0.000 0.008 0.356 0.004
#> SRR1072247     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1445259     5  0.5523    0.57177 0.024 0.000 0.036 0.352 0.588
#> SRR1408393     3  0.2720    0.68599 0.020 0.000 0.880 0.004 0.096
#> SRR1361522     1  0.4599    0.41315 0.624 0.000 0.000 0.356 0.020
#> SRR1368597     1  0.4074    0.15005 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1309680     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1406437     2  0.6176    0.47792 0.236 0.612 0.000 0.128 0.024
#> SRR1354931     3  0.1478    0.76765 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1391856     2  0.0162    0.92541 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.5167    0.53568 0.000 0.668 0.000 0.240 0.092
#> SRR1309032     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.4298    0.59933 0.008 0.000 0.000 0.352 0.640
#> SRR1387921     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1466792     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.3304    0.64373 0.816 0.000 0.000 0.016 0.168
#> SRR1400910     5  0.4045    0.59556 0.000 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1444203     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR816177      2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1397366     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1446028     1  0.0404    0.80189 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1083918     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.4313    0.59633 0.008 0.000 0.000 0.356 0.636
#> SRR659109      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.4060    0.52077 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR656946      1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.4219   -0.02378 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1476447     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1342067     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1385389     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1075971     1  0.0404    0.80154 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR614419      5  0.4088    0.51165 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1322936     5  0.4101    0.52008 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1349121     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR612935      3  0.6040    0.63320 0.000 0.192 0.620 0.176 0.012
#> SRR661481      2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.4192    0.84621 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1452164     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1499894     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1082883     5  0.4101    0.52304 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1468271     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR810295      2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.4599    0.41315 0.624 0.000 0.000 0.356 0.020
#> SRR1328620     5  0.6559    0.46097 0.016 0.004 0.120 0.356 0.504
#> SRR1396294     4  0.7294    0.71458 0.032 0.152 0.012 0.460 0.344
#> SRR1419917     1  0.3724    0.60220 0.776 0.000 0.000 0.204 0.020
#> SRR662114      4  0.6813   -0.48744 0.000 0.000 0.340 0.356 0.304
#> SRR1489199     5  0.5383    0.58284 0.032 0.000 0.020 0.356 0.592
#> SRR813584      2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.4908    0.67680 0.000 0.000 0.608 0.356 0.036
#> SRR614864      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1433392     3  0.4749    0.68982 0.020 0.000 0.620 0.356 0.004
#> SRR1377777     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.3169    0.69263 0.856 0.000 0.084 0.060 0.000
#> SRR1401252     4  0.4227    0.83148 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1309963     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1338031     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     5  0.6149    0.38717 0.140 0.000 0.360 0.000 0.500
#> SRR1380393     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.4403    0.26952 0.384 0.000 0.000 0.608 0.008
#> SRR1337010     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.4294    0.36316 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1486538     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1340486     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1377696     5  0.6060   -0.43980 0.000 0.124 0.000 0.384 0.492
#> SRR1465459     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1080270     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.4313    0.70241 0.000 0.000 0.636 0.356 0.008
#> SRR1093148     5  0.7316    0.51653 0.020 0.160 0.156 0.080 0.584
#> SRR1467080     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.7321    0.71431 0.004 0.064 0.120 0.456 0.356
#> SRR1379198     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR613342      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1452246     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1396616     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR813824      3  0.4066    0.71566 0.000 0.000 0.672 0.324 0.004
#> SRR1082376     3  0.7179    0.45959 0.156 0.000 0.444 0.356 0.044
#> SRR1500891     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR807543      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1091572     4  0.7448   -0.50380 0.032 0.000 0.340 0.356 0.272
#> SRR1346689     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1332424     5  0.4060    0.52077 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR663729      1  0.3074    0.60519 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      5  0.4101    0.52008 0.372 0.000 0.000 0.000 0.628
#> SRR1485357     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR655816      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     4  0.6752    0.59299 0.000 0.264 0.000 0.384 0.352
#> SRR1355172     3  0.2179    0.67898 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR655531      5  0.5254    0.56691 0.272 0.000 0.000 0.084 0.644
#> SRR1338147     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1413329     5  0.5454    0.56973 0.020 0.000 0.036 0.356 0.588
#> SRR1485931     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1452033     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.1043    0.89802 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR809018      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1471755     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.4305   -0.27459 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1479133     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615069      5  0.6074    0.58005 0.000 0.100 0.028 0.256 0.616
#> SRR1456185     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.6504    0.67565 0.196 0.000 0.000 0.448 0.356
#> SRR816316      1  0.4880    0.39042 0.616 0.000 0.016 0.356 0.012
#> SRR664795      1  0.4219    0.34656 0.584 0.000 0.416 0.000 0.000
#> SRR1490721     5  0.4682    0.52356 0.356 0.000 0.000 0.024 0.620
#> SRR810643      1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     5  0.4599    0.59596 0.020 0.000 0.000 0.356 0.624
#> SRR1085285     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1317985     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0510    0.80070 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1420276     3  0.0404    0.76267 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.5107    0.66419 0.000 0.000 0.596 0.356 0.048
#> SRR1405525     5  0.4088    0.51164 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1370329     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1465001     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.5769    0.24987 0.000 0.556 0.000 0.340 0.104
#> SRR2157314     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      1  0.6771   -0.35849 0.372 0.000 0.000 0.272 0.356
#> SRR613639      3  0.4661    0.69293 0.016 0.000 0.624 0.356 0.004
#> SRR1402285     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1077038     1  0.4986    0.37371 0.608 0.000 0.032 0.356 0.004
#> SRR1405660     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.6544    0.27580 0.000 0.000 0.204 0.356 0.440
#> SRR1394734     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0162    0.80170 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1365894     5  0.1502    0.28820 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR1073581     1  0.1549    0.76666 0.944 0.000 0.016 0.000 0.040
#> SRR659804      1  0.0290    0.80271 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1345914     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.6343    0.32800 0.000 0.332 0.000 0.492 0.176
#> SRR660764      3  0.3284    0.75472 0.000 0.024 0.828 0.148 0.000
#> SRR820448      1  0.4682    0.40783 0.620 0.000 0.000 0.356 0.024
#> SRR1328845     4  0.5894    0.77913 0.112 0.000 0.000 0.532 0.356
#> SRR1336415     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1379065     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1459190     3  0.0290    0.76522 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.3424    0.52776 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1499521     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1081209     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1333395     4  0.4848    0.81726 0.024 0.000 0.000 0.556 0.420
#> SRR1309248     5  0.4211   -0.52728 0.004 0.000 0.000 0.360 0.636
#> SRR809161      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1316320     5  0.5733    0.48314 0.348 0.012 0.000 0.068 0.572
#> SRR1432629     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1405547     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1380764     1  0.4273   -0.14790 0.552 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR1309160     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     5  0.5932    0.46970 0.000 0.000 0.116 0.356 0.528
#> SRR1332648     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR660614      2  0.3480    0.65271 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR1470420     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1477949     1  0.0290    0.80254 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1481419     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.4196    0.41041 0.640 0.000 0.000 0.356 0.004
#> SRR615946      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1446481     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.4114    0.52119 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR660224      2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.5759    0.41367 0.616 0.000 0.000 0.224 0.160
#> SRR1347166     5  0.4416    0.59637 0.012 0.000 0.000 0.356 0.632
#> SRR1485722     5  0.4114    0.52119 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1415316     5  0.4235    0.41571 0.424 0.000 0.000 0.000 0.576
#> SRR613390      1  0.1518    0.78631 0.952 0.000 0.012 0.016 0.020
#> SRR661108      3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     4  0.8429   -0.42424 0.240 0.000 0.184 0.352 0.224
#> SRR817329      1  0.5757    0.34209 0.564 0.000 0.012 0.356 0.068
#> SRR1401990     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1467745     2  0.4462    0.57497 0.000 0.672 0.016 0.308 0.004
#> SRR1471795     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.5057    0.37114 0.604 0.000 0.036 0.356 0.004
#> SRR1314873     1  0.3143    0.62322 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1401211     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR818797      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR2164608     5  0.6638    0.42174 0.024 0.000 0.296 0.148 0.532
#> SRR1455586     2  0.0162    0.92541 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1488939     2  0.0963    0.90107 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1433232     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.6520    0.57912 0.048 0.000 0.520 0.356 0.076
#> SRR1361652     5  0.4045    0.52483 0.356 0.000 0.000 0.000 0.644
#> SRR1437119     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1478547     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.4599    0.58367 0.000 0.000 0.020 0.356 0.624
#> SRR1310584     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1500216     5  0.6001    0.50399 0.012 0.000 0.088 0.356 0.544
#> SRR1486762     3  0.2424    0.75969 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR1480854     4  0.4273    0.80422 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1489394     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1418085     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1340221     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1473058     4  0.6504    0.68927 0.000 0.196 0.000 0.448 0.356
#> SRR1405165     3  0.0404    0.76277 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1433004     1  0.6396    0.20540 0.488 0.000 0.000 0.324 0.188
#> SRR1471477     1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.8310    0.55026 0.168 0.184 0.000 0.360 0.288
#> SRR1455038     5  0.6961    0.59478 0.120 0.000 0.080 0.236 0.564
#> SRR1375248     2  0.0162    0.92541 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1348378     2  0.2522    0.81572 0.000 0.880 0.108 0.012 0.000
#> SRR1413541     1  0.1341    0.77530 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1392943     5  0.6504    0.38110 0.356 0.000 0.000 0.196 0.448
#> SRR1475192     3  0.2179    0.76230 0.000 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.4585    0.59935 0.020 0.000 0.000 0.352 0.628
#> SRR1347060     3  0.1671    0.76657 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1414139     2  0.3452    0.69305 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1413436     5  0.4150    0.50717 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1311266     5  0.4219    0.46536 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1343302     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1373746     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1429678     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1469413     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1345609     1  0.0609    0.79918 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1380208     5  0.5725    0.52166 0.224 0.156 0.000 0.000 0.620
#> SRR1322840     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1399797     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1416654     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0404    0.76267 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0290    0.80248 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1365291     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1367920     5  0.3561   -0.30919 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1366648     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.92857 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.5469    0.57665 0.028 0.000 0.028 0.356 0.588
#> SRR1363968     1  0.1792    0.72693 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR814387      1  0.0000    0.80336 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.4305   -0.27489 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1386689     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1395575     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.4196    0.70592 0.000 0.000 0.640 0.356 0.004
#> SRR1441159     1  0.2230    0.71760 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1403154     4  0.4045    0.88498 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1468722     3  0.0000    0.76925 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.6462    0.44623 0.000 0.000 0.456 0.356 0.188

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.6426    0.02656 0.428 0.000 0.024 0.000 0.220 0.328
#> SRR1331708     5  0.1910    0.75733 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR1464258     6  0.4389    0.66950 0.188 0.000 0.100 0.000 0.000 0.712
#> SRR1454201     5  0.3530    0.74684 0.152 0.000 0.000 0.000 0.792 0.056
#> SRR661589      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     6  0.4909    0.65443 0.032 0.000 0.092 0.000 0.172 0.704
#> SRR1315165     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1417809     4  0.4629    0.20035 0.436 0.000 0.000 0.524 0.040 0.000
#> SRR1094457     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     6  0.5115    0.27356 0.012 0.000 0.088 0.000 0.276 0.624
#> SRR1315931     1  0.2527    0.72270 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1430066     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     6  0.3634    0.70902 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR818002      2  0.4240    0.75296 0.000 0.736 0.000 0.000 0.140 0.124
#> SRR1344143     5  0.5304    0.30571 0.000 0.216 0.000 0.008 0.624 0.152
#> SRR1486845     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.2593    0.75305 0.148 0.000 0.000 0.000 0.844 0.008
#> SRR1490740     1  0.0858    0.88623 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1446627     2  0.0260    0.86411 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1456138     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1416248     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.1297    0.87407 0.000 0.000 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR1311018     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.8472    0.29776 0.176 0.376 0.000 0.188 0.136 0.124
#> SRR1429846     6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR613550      6  0.3607    0.71704 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1348402     1  0.0363    0.89696 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1345146     5  0.2340    0.75215 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1324025     6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1318879     5  0.5162    0.57171 0.000 0.000 0.212 0.000 0.620 0.168
#> SRR820755      6  0.3126    0.72035 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1485830     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      6  0.3531    0.45881 0.000 0.000 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR612263      6  0.3607    0.41840 0.000 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1415398     3  0.0458    0.86497 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1326205     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1421327     5  0.4488    0.50642 0.052 0.000 0.000 0.280 0.664 0.004
#> SRR1083311     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.2854    0.71917 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1079522     5  0.0713    0.71665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1452935     5  0.4189    0.28734 0.000 0.000 0.020 0.000 0.604 0.376
#> SRR1379495     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR615778      5  0.2378    0.67878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1447564     1  0.2912    0.64823 0.784 0.000 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR1455195     5  0.2821    0.75132 0.152 0.000 0.000 0.000 0.832 0.016
#> SRR655182      1  0.1913    0.83153 0.908 0.000 0.000 0.000 0.080 0.012
#> SRR1335140     5  0.6696    0.01011 0.000 0.292 0.000 0.100 0.484 0.124
#> SRR1433555     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.5949   -0.22356 0.000 0.416 0.220 0.000 0.000 0.364
#> SRR1388354     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.4044    0.53652 0.000 0.256 0.704 0.000 0.000 0.040
#> SRR1479955     2  0.3961    0.77172 0.000 0.764 0.000 0.000 0.112 0.124
#> SRR809853      1  0.4763    0.13839 0.536 0.000 0.000 0.000 0.412 0.052
#> SRR661313      6  0.3547    0.72644 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1499935     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1447303     6  0.3547    0.72601 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1429408     2  0.3898    0.46569 0.000 0.652 0.000 0.336 0.012 0.000
#> SRR1433950     1  0.0858    0.88623 0.968 0.000 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1362081     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.3868    0.20262 0.000 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR1435229     5  0.2340    0.75215 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1085996     5  0.3278    0.74702 0.152 0.000 0.000 0.000 0.808 0.040
#> SRR1414229     5  0.2631    0.65891 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1400974     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      6  0.3531    0.72754 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1457854     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473714     6  0.5179    0.41199 0.348 0.000 0.088 0.000 0.004 0.560
#> SRR813776      6  0.3499    0.72955 0.000 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR808196      4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR614395      6  0.3482    0.54443 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR1478251     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      6  0.3592    0.71832 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1420109     6  0.3914    0.69987 0.000 0.000 0.128 0.000 0.104 0.768
#> SRR1330920     6  0.4048    0.67544 0.048 0.000 0.080 0.000 0.076 0.796
#> SRR1419539     3  0.3376    0.71303 0.000 0.092 0.816 0.000 0.000 0.092
#> SRR1359447     3  0.3965    0.37696 0.000 0.388 0.604 0.000 0.000 0.008
#> SRR1347259     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR613915      3  0.3727   -0.00669 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1384395     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0508    0.89686 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR608150      5  0.2988    0.75228 0.152 0.000 0.000 0.000 0.824 0.024
#> SRR1096383     1  0.2738    0.76177 0.820 0.000 0.000 0.000 0.004 0.176
#> SRR1341480     4  0.1082    0.87729 0.000 0.000 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1341344     5  0.2933    0.72494 0.200 0.000 0.000 0.000 0.796 0.004
#> SRR1326270     3  0.0146    0.87283 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1498838     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     6  0.3634    0.70902 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR808566      4  0.3198    0.59778 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.3101    0.64003 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.3371    0.33854 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000 0.292
#> SRR661267      6  0.3984    0.32431 0.008 0.000 0.396 0.000 0.000 0.596
#> SRR810665      2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.4716    0.70804 0.136 0.000 0.000 0.000 0.680 0.184
#> SRR1420067     1  0.4141    0.04081 0.556 0.000 0.000 0.000 0.432 0.012
#> SRR1473632     1  0.3027    0.73762 0.824 0.000 0.000 0.000 0.148 0.028
#> SRR812536      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.5973    0.25864 0.028 0.516 0.000 0.000 0.328 0.128
#> SRR1446375     6  0.3134    0.52878 0.208 0.000 0.004 0.000 0.004 0.784
#> SRR1465230     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.1765    0.83884 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1356101     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.1908    0.83879 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1392676     2  0.3792    0.78037 0.000 0.780 0.000 0.000 0.108 0.112
#> SRR665538      1  0.2597    0.76175 0.824 0.000 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR660510      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      5  0.3266    0.56056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR2166459     1  0.0508    0.89686 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1070713     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.1556    0.83223 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1488610     5  0.2340    0.75215 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1330588     6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1316367     5  0.3247    0.74739 0.156 0.000 0.000 0.000 0.808 0.036
#> SRR1433926     1  0.2664    0.71463 0.816 0.000 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1091302     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      6  0.4808    0.55898 0.160 0.000 0.004 0.000 0.152 0.684
#> SRR1404909     4  0.5204    0.50773 0.000 0.000 0.000 0.584 0.292 0.124
#> SRR663076      1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      6  0.3420    0.53535 0.000 0.000 0.012 0.000 0.240 0.748
#> SRR1407112     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     6  0.3607    0.71693 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1353199     6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1378885     6  0.3578    0.72251 0.000 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR665357      3  0.3244    0.55464 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.3868   -0.42035 0.000 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1480813     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.4273    0.70485 0.000 0.000 0.000 0.732 0.148 0.120
#> SRR1431781     4  0.0146    0.88494 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.3652    0.62547 0.004 0.000 0.000 0.000 0.672 0.324
#> SRR1417632     4  0.5319    0.37927 0.000 0.000 0.000 0.520 0.368 0.112
#> SRR1350153     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.4333    0.20884 0.000 0.000 0.020 0.000 0.512 0.468
#> SRR1326579     5  0.2730    0.75004 0.152 0.000 0.000 0.000 0.836 0.012
#> SRR1349363     4  0.7282   -0.07881 0.000 0.344 0.000 0.348 0.184 0.124
#> SRR1096712     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0146    0.87290 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1083752     2  0.6221    0.57965 0.000 0.588 0.000 0.192 0.108 0.112
#> SRR1377599     5  0.4931    0.39627 0.000 0.000 0.000 0.200 0.652 0.148
#> SRR1488449     3  0.1814    0.76972 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1318354     6  0.3269    0.69878 0.000 0.000 0.184 0.000 0.024 0.792
#> SRR1359062     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.3869    0.13997 0.000 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR663783      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.6352    0.13377 0.000 0.480 0.036 0.000 0.312 0.172
#> SRR1369070     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR615659      1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.3847    0.20446 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.4313    0.70117 0.000 0.000 0.000 0.728 0.148 0.124
#> SRR1377423     6  0.3620    0.71316 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1312310     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0458    0.89554 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1338426     3  0.3754    0.66241 0.000 0.000 0.776 0.000 0.072 0.152
#> SRR1353309     3  0.1204    0.83176 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR658941      5  0.5781    0.20524 0.000 0.000 0.396 0.000 0.428 0.176
#> SRR1101643     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1401468     5  0.6952    0.42378 0.308 0.000 0.000 0.088 0.428 0.176
#> SRR1368874     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     6  0.6077    0.59134 0.168 0.000 0.068 0.008 0.136 0.620
#> SRR819820      3  0.2778    0.71380 0.000 0.000 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1337342     5  0.2937    0.74833 0.096 0.000 0.000 0.000 0.848 0.056
#> SRR655206      2  0.5314    0.50130 0.000 0.612 0.220 0.004 0.000 0.164
#> SRR1387013     2  0.5234    0.55540 0.000 0.576 0.000 0.000 0.300 0.124
#> SRR1317410     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      5  0.2378    0.75063 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1381288     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0458    0.88395 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1394836     2  0.1753    0.81000 0.000 0.912 0.084 0.000 0.000 0.004
#> SRR661699      3  0.2527    0.76274 0.000 0.000 0.868 0.000 0.024 0.108
#> SRR813680      3  0.3620    0.49402 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1410678     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.4062    0.10240 0.552 0.000 0.000 0.000 0.008 0.440
#> SRR1311486     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.5527    0.34406 0.000 0.484 0.000 0.000 0.380 0.136
#> SRR1433410     5  0.2482    0.75312 0.148 0.000 0.000 0.000 0.848 0.004
#> SRR661167      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.4045    0.52819 0.000 0.000 0.696 0.000 0.268 0.036
#> SRR660462      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.4682    0.59613 0.000 0.004 0.000 0.696 0.124 0.176
#> SRR657949      6  0.4156    0.63635 0.000 0.000 0.080 0.000 0.188 0.732
#> SRR1308882     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR655768      1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485870     5  0.2631    0.64215 0.000 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR1444138     6  0.4308   -0.00377 0.468 0.000 0.004 0.000 0.012 0.516
#> SRR1417342     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470193     4  0.1082    0.87786 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040 0.000
#> SRR1091380     3  0.3841    0.64752 0.000 0.000 0.764 0.000 0.068 0.168
#> SRR1099096     1  0.0363    0.89696 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1313583     1  0.3446    0.53969 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.3409    0.54140 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR818821      3  0.0632    0.86315 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR809963      6  0.3619    0.54903 0.316 0.000 0.004 0.000 0.000 0.680
#> SRR1072247     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1445259     5  0.3971    0.17167 0.000 0.000 0.004 0.000 0.548 0.448
#> SRR1408393     3  0.4747    0.47709 0.000 0.000 0.632 0.000 0.080 0.288
#> SRR1361522     1  0.2805    0.71432 0.812 0.000 0.000 0.000 0.004 0.184
#> SRR1368597     1  0.3993    0.23645 0.592 0.000 0.000 0.000 0.400 0.008
#> SRR1309680     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1310542     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1406437     2  0.6616    0.17823 0.004 0.448 0.000 0.336 0.044 0.168
#> SRR1354931     3  0.1814    0.76636 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1391856     2  0.0146    0.86430 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446738     2  0.4442    0.58380 0.000 0.712 0.000 0.000 0.120 0.168
#> SRR1309032     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0146    0.87314 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1375329     5  0.0547    0.72267 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1387921     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1360695     1  0.0363    0.89696 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR812943      1  0.4574    0.10914 0.524 0.000 0.000 0.000 0.440 0.036
#> SRR1400910     5  0.1007    0.71805 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1444203     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.2499    0.82717 0.000 0.880 0.000 0.000 0.048 0.072
#> SRR658754      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0790    0.88052 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1397366     6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1446028     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.1910    0.70375 0.000 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR659109      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.2378    0.75063 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR656946      1  0.0363    0.89685 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476102     5  0.3843    0.26701 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR1476447     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1342067     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0937    0.88470 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR614419      5  0.3315    0.74469 0.156 0.000 0.000 0.000 0.804 0.040
#> SRR1322936     5  0.2340    0.75215 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1349121     1  0.1908    0.83879 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1430549     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      6  0.6055    0.41553 0.000 0.248 0.236 0.000 0.012 0.504
#> SRR661481      2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.2454    0.77759 0.000 0.000 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR1452164     1  0.0508    0.89686 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1070503     6  0.3531    0.72754 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1499894     6  0.3695    0.61464 0.000 0.000 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1082883     5  0.4798    0.69475 0.156 0.000 0.000 0.000 0.672 0.172
#> SRR1468271     1  0.0363    0.89696 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1332443     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.2558    0.73245 0.840 0.000 0.000 0.000 0.004 0.156
#> SRR1328620     6  0.3841    0.01159 0.000 0.000 0.004 0.000 0.380 0.616
#> SRR1396294     4  0.4725    0.67042 0.008 0.020 0.080 0.728 0.000 0.164
#> SRR1419917     1  0.2118    0.81559 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR662114      6  0.3982    0.71537 0.000 0.000 0.200 0.000 0.060 0.740
#> SRR1489199     6  0.2178    0.55016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR813584      2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     6  0.4294    0.72946 0.000 0.000 0.280 0.000 0.048 0.672
#> SRR614864      6  0.3607    0.71721 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1433392     6  0.3446    0.73059 0.000 0.000 0.308 0.000 0.000 0.692
#> SRR1377777     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR2167710     1  0.2038    0.84738 0.920 0.000 0.020 0.000 0.028 0.032
#> SRR1401252     4  0.3403    0.70004 0.000 0.000 0.000 0.768 0.212 0.020
#> SRR1309963     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     5  0.6832    0.47221 0.224 0.000 0.176 0.000 0.496 0.104
#> SRR1380393     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.3281    0.67441 0.200 0.000 0.000 0.784 0.012 0.004
#> SRR1337010     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.4282    0.58800 0.304 0.000 0.000 0.000 0.656 0.040
#> SRR1486538     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     5  0.5357    0.10403 0.000 0.000 0.000 0.340 0.536 0.124
#> SRR1465459     6  0.3531    0.72754 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1080270     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     6  0.3309    0.72499 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR1093148     5  0.5250    0.64866 0.000 0.120 0.028 0.000 0.664 0.188
#> SRR1467080     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.4146    0.67231 0.000 0.020 0.032 0.736 0.000 0.212
#> SRR1379198     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1452246     2  0.3873    0.77631 0.000 0.772 0.000 0.000 0.104 0.124
#> SRR1338836     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1369129     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     6  0.3659    0.69614 0.000 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR813824      3  0.3866   -0.39659 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR1082376     6  0.4418    0.69860 0.128 0.000 0.140 0.000 0.004 0.728
#> SRR1500891     4  0.2333    0.83491 0.000 0.000 0.000 0.884 0.092 0.024
#> SRR807543      6  0.3464    0.72985 0.000 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1091572     6  0.3748    0.63602 0.004 0.000 0.064 0.000 0.148 0.784
#> SRR1346689     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1332424     5  0.2378    0.75201 0.152 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR663729      1  0.4089    0.56258 0.696 0.000 0.000 0.264 0.040 0.000
#> SRR1097013     1  0.0692    0.89371 0.976 0.000 0.000 0.000 0.004 0.020
#> SRR613675      5  0.2340    0.75215 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0260    0.89857 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1437622     2  0.7066    0.26833 0.000 0.428 0.000 0.300 0.148 0.124
#> SRR1355172     3  0.1958    0.78446 0.004 0.000 0.896 0.000 0.000 0.100
#> SRR655531      5  0.5009    0.54668 0.120 0.000 0.000 0.000 0.624 0.256
#> SRR1338147     6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1413329     5  0.3699    0.61403 0.004 0.000 0.000 0.000 0.660 0.336
#> SRR1485931     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1420873     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1452033     1  0.1814    0.83591 0.900 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1467316     2  0.5103    0.60539 0.000 0.608 0.000 0.000 0.268 0.124
#> SRR809018      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.3464    0.79403 0.000 0.808 0.000 0.000 0.108 0.084
#> SRR663440      6  0.3531    0.72754 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1471755     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      5  0.5774    0.32771 0.384 0.000 0.000 0.000 0.440 0.176
#> SRR1479133     3  0.0363    0.86738 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR615069      5  0.4053    0.69347 0.000 0.104 0.004 0.000 0.764 0.128
#> SRR1456185     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.4280    0.65499 0.168 0.000 0.000 0.736 0.004 0.092
#> SRR816316      6  0.3351    0.55767 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR664795      3  0.5377    0.42531 0.156 0.000 0.572 0.000 0.000 0.272
#> SRR1490721     5  0.2006    0.75682 0.104 0.000 0.000 0.004 0.892 0.000
#> SRR810643      1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     5  0.3023    0.66759 0.000 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR1085285     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     6  0.3547    0.72601 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1317985     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     6  0.3714    0.71977 0.000 0.000 0.340 0.000 0.004 0.656
#> SRR1405525     5  0.3065    0.74917 0.152 0.000 0.000 0.000 0.820 0.028
#> SRR1370329     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.6764    0.47783 0.000 0.516 0.000 0.212 0.148 0.124
#> SRR2157314     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.3657    0.78636 0.000 0.792 0.000 0.000 0.108 0.100
#> SRR809987      4  0.3717    0.35289 0.384 0.000 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR613639      6  0.2527    0.68955 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1402285     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     6  0.3103    0.59066 0.208 0.000 0.008 0.000 0.000 0.784
#> SRR1405660     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     6  0.4549    0.61328 0.000 0.000 0.088 0.000 0.232 0.680
#> SRR1394734     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.1010    0.88639 0.960 0.000 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR1365894     5  0.2519    0.71883 0.000 0.044 0.000 0.048 0.892 0.016
#> SRR1073581     1  0.2871    0.75017 0.804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.192
#> SRR659804      1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     4  0.6623    0.21535 0.000 0.076 0.000 0.420 0.380 0.124
#> SRR660764      3  0.3618    0.57111 0.000 0.040 0.768 0.000 0.000 0.192
#> SRR820448      6  0.3409    0.55411 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1328845     4  0.3472    0.74104 0.100 0.000 0.000 0.808 0.000 0.092
#> SRR1336415     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0937    0.87849 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR1459190     3  0.2100    0.78241 0.000 0.000 0.884 0.000 0.004 0.112
#> SRR1346773     1  0.3727    0.23493 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1499521     1  0.1765    0.83884 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1440898     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     6  0.3547    0.72601 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1081209     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1400202     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.4198    0.64716 0.060 0.000 0.000 0.708 0.232 0.000
#> SRR1309248     5  0.4634    0.43284 0.000 0.000 0.000 0.188 0.688 0.124
#> SRR809161      6  0.3592    0.72031 0.000 0.000 0.344 0.000 0.000 0.656
#> SRR1316320     5  0.2234    0.65726 0.000 0.000 0.000 0.004 0.872 0.124
#> SRR1432629     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1498931     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.4039    0.06326 0.568 0.000 0.000 0.000 0.424 0.008
#> SRR1309160     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1078489     5  0.3747    0.28468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1332648     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.4569    0.58816 0.000 0.700 0.000 0.000 0.144 0.156
#> SRR1470420     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     6  0.3607    0.50082 0.348 0.000 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR615946      6  0.3620    0.71332 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1446481     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.2907    0.75121 0.152 0.000 0.000 0.000 0.828 0.020
#> SRR660224      2  0.0146    0.86519 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR665586      6  0.5571    0.35587 0.228 0.000 0.000 0.000 0.220 0.552
#> SRR1347166     5  0.2378    0.67878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1485722     5  0.4825    0.69397 0.152 0.000 0.000 0.000 0.668 0.180
#> SRR1415316     5  0.3279    0.73221 0.176 0.000 0.000 0.000 0.796 0.028
#> SRR613390      6  0.3991    0.13146 0.472 0.000 0.000 0.000 0.004 0.524
#> SRR661108      3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     6  0.3078    0.67138 0.016 0.000 0.104 0.000 0.032 0.848
#> SRR817329      6  0.4701    0.54287 0.128 0.000 0.000 0.000 0.192 0.680
#> SRR1401990     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.4452    0.47220 0.000 0.636 0.000 0.316 0.000 0.048
#> SRR1471795     2  0.1531    0.84323 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1415637     2  0.0935    0.85566 0.000 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004
#> SRR813137      6  0.3741    0.55147 0.320 0.000 0.008 0.000 0.000 0.672
#> SRR1314873     1  0.2384    0.82687 0.884 0.000 0.000 0.032 0.084 0.000
#> SRR1401211     1  0.0146    0.89986 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1419692     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      6  0.3531    0.72754 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR2164608     6  0.6105   -0.16345 0.000 0.000 0.308 0.000 0.312 0.380
#> SRR1455586     2  0.0146    0.86395 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      6  0.3620    0.71332 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR1488939     2  0.5313    0.53441 0.000 0.552 0.000 0.000 0.324 0.124
#> SRR1433232     2  0.3918    0.77412 0.000 0.768 0.000 0.000 0.108 0.124
#> SRR1385501     6  0.4526    0.68015 0.000 0.000 0.132 0.000 0.164 0.704
#> SRR1361652     5  0.0713    0.71665 0.000 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1437119     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.2378    0.67878 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR1310584     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     6  0.3515    0.46419 0.000 0.000 0.000 0.000 0.324 0.676
#> SRR1486762     3  0.2912    0.54963 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1480854     4  0.3383    0.63162 0.000 0.000 0.000 0.728 0.268 0.004
#> SRR1489394     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0260    0.88537 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1473058     4  0.4125    0.65588 0.000 0.184 0.000 0.736 0.000 0.080
#> SRR1405165     3  0.0865    0.84764 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1433004     6  0.4718    0.53658 0.124 0.000 0.000 0.000 0.200 0.676
#> SRR1471477     1  0.1908    0.83879 0.900 0.000 0.000 0.000 0.004 0.096
#> SRR1098567     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.6377    0.47412 0.196 0.080 0.000 0.560 0.000 0.164
#> SRR1455038     6  0.4452    0.40951 0.048 0.000 0.000 0.000 0.316 0.636
#> SRR1375248     2  0.0146    0.86395 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     6  0.3547    0.72601 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1348378     2  0.1753    0.80853 0.000 0.912 0.084 0.004 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.3481    0.67868 0.776 0.000 0.000 0.000 0.192 0.032
#> SRR1392943     5  0.5194    0.58030 0.140 0.000 0.000 0.232 0.624 0.004
#> SRR1475192     3  0.2631    0.62857 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1432085     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.2340    0.68093 0.000 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1347060     3  0.1957    0.74821 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1414139     2  0.3351    0.56203 0.000 0.712 0.288 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1413436     5  0.4108    0.71990 0.164 0.000 0.000 0.000 0.744 0.092
#> SRR1311266     5  0.4892    0.68542 0.164 0.000 0.000 0.000 0.660 0.176
#> SRR1343302     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000    0.86616 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     6  0.3175    0.72915 0.000 0.000 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1345609     1  0.0146    0.90029 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1380208     5  0.0146    0.71881 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     6  0.3607    0.71721 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR1416654     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     6  0.3547    0.72601 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1367920     5  0.5084    0.31363 0.000 0.000 0.000 0.264 0.612 0.124
#> SRR1366648     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.3657    0.78636 0.000 0.792 0.000 0.000 0.108 0.100
#> SRR1082173     5  0.3868    0.35328 0.000 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR1363968     1  0.2020    0.83644 0.896 0.000 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR814387      1  0.0000    0.90065 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      5  0.5794    0.32239 0.384 0.000 0.000 0.000 0.436 0.180
#> SRR1386689     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0146    0.87300 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1453811     6  0.3531    0.72754 0.000 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1441159     1  0.3468    0.54663 0.712 0.000 0.000 0.000 0.284 0.004
#> SRR1403154     4  0.0000    0.88651 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.87562 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     6  0.4407    0.71936 0.000 0.000 0.232 0.000 0.076 0.692

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.994       0.998         0.4681 0.533   0.533
#> 3 3 0.766           0.916       0.934         0.3709 0.805   0.635
#> 4 4 0.762           0.865       0.903         0.1347 0.872   0.653
#> 5 5 0.749           0.759       0.863         0.0785 0.911   0.681
#> 6 6 0.725           0.658       0.779         0.0296 0.952   0.783

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1094457     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1430066     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1431037     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1395554     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486845     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1429846     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1421327     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1083311     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1499303     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1079522     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661361      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433555     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1308650     1  0.9460      0.428 0.636 0.364
#> SRR1388354     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1317446     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1413602     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809853      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661313      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1499935     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1447303     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1414229     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1400974     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR813776      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR808196      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1101085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1478251     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1359447     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1347259     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613915      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1384395     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR821715      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1416313     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR808566      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1430270     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1367825     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613533      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661267      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR812536      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1407671     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1446375     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1465230     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR660510      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1445655     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485312     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1330588     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1442422     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1332969     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR665357      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1347819     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1472576     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1431781     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452270     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1417632     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1458113     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1096712     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1090407     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377599     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1488449     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1318354     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1359062     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR663783      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1319204     1  0.2778      0.947 0.952 0.048
#> SRR1369070     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377423     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1338426     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1353309     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1324085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1363858     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR819820      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1317410     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415379     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663197      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR661699      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433410     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661167      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1432518     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR660462      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1374608     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR657949      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1308882     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1444138     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1470193     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1091380     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.9775      0.299 0.588 0.412
#> SRR1467102     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1485416     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818821      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1445259     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1310542     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1333485     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1406437     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354931     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1446738     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309032     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432611     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR815869      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613150      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1400910     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1444203     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR658754      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1397366     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1337606     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR659109      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1385389     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR612935      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1393596     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1499894     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1082883     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1328620     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1396294     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR662114      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1069638     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR614864      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2167710     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1401252     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309963     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1337010     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1340486     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1465459     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1080270     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1312501     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1467080     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816475      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1379198     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613342      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1338836     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1369129     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1396616     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR813824      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR663729      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1097013     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485357     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR655816      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1355172     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452033     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809018      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR663440      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.2423      0.957 0.040 0.960
#> SRR1350069     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1490721     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR810643      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1099072     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1420276     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1351347     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR2157314     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809987      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR613639      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1402285     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1405660     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1073581     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660764      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1336415     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1379065     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1459190     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1347459     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1309248     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR809161      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1432629     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405547     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1470534     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1309160     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR663489      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0376      0.993 0.996 0.004
#> SRR1078489     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1332648     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR660614      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR615946      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR661108      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR819459      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1433232     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1478547     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1486762     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1480854     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1489394     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1418085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1340221     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1473058     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405165     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1098712     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1455038     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1403005     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.2043      0.966 0.032 0.968
#> SRR1475192     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1347060     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.8763      0.578 0.296 0.704
#> SRR1447962     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1405331     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1322840     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1399797     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1416654     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1315081     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1369196     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1366648     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1082173     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1386689     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1395575     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.0000      0.998 0.000 1.000
#> SRR1468722     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0000      0.997 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.3610     0.8500 0.888 0.096 0.016
#> SRR1464258     3  0.4750     0.8433 0.216 0.000 0.784
#> SRR1454201     1  0.1031     0.9478 0.976 0.000 0.024
#> SRR661589      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1456229     3  0.5760     0.6921 0.328 0.000 0.672
#> SRR1315165     2  0.2796     0.9426 0.000 0.908 0.092
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.2448     0.9493 0.000 0.924 0.076
#> SRR1094457     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1095575     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1315931     1  0.0747     0.9499 0.984 0.000 0.016
#> SRR1430066     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1431037     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1395554     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR818002      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486845     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1362866     1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR1490740     1  0.1163     0.9415 0.972 0.000 0.028
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1429846     3  0.3038     0.9362 0.104 0.000 0.896
#> SRR613550      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1324025     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1318879     1  0.1163     0.9462 0.972 0.000 0.028
#> SRR820755      3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR1485830     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR599313      1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR612263      1  0.1964     0.9243 0.944 0.000 0.056
#> SRR1415398     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1326205     2  0.2796     0.9426 0.000 0.908 0.092
#> SRR1421327     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1083311     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1499303     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1079522     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1452935     1  0.3412     0.8479 0.876 0.000 0.124
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR615778      1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0424     0.9507 0.992 0.000 0.008
#> SRR655182      1  0.0592     0.9507 0.988 0.000 0.012
#> SRR1335140     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433555     3  0.4002     0.8946 0.160 0.000 0.840
#> SRR1308650     2  0.6704     0.3534 0.376 0.608 0.016
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1413602     1  0.6309    -0.1732 0.504 0.000 0.496
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR661313      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1499935     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1447303     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1429408     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0424     0.9507 0.992 0.000 0.008
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.4974     0.8209 0.236 0.000 0.764
#> SRR1435229     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1085996     1  0.1753     0.9313 0.952 0.000 0.048
#> SRR1414229     1  0.1289     0.9438 0.968 0.000 0.032
#> SRR1400974     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0424     0.9507 0.992 0.000 0.008
#> SRR813776      3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR808196      2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1101085     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR614395      3  0.5098     0.8062 0.248 0.000 0.752
#> SRR1478251     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1420109     1  0.2878     0.8855 0.904 0.000 0.096
#> SRR1330920     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1419539     2  0.1753     0.9593 0.000 0.952 0.048
#> SRR1359447     1  0.5098     0.6415 0.752 0.000 0.248
#> SRR1347259     2  0.0747     0.9703 0.000 0.984 0.016
#> SRR613915      3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR1384395     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR821715      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.1753     0.9293 0.952 0.000 0.048
#> SRR608150      1  0.1491     0.9430 0.968 0.016 0.016
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1341344     1  0.0592     0.9507 0.988 0.000 0.012
#> SRR1326270     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1498838     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1416313     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR808566      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1367825     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR613533      3  0.5882     0.6500 0.348 0.000 0.652
#> SRR661267      1  0.5926     0.3374 0.644 0.000 0.356
#> SRR810665      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR812536      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1446375     1  0.1643     0.9351 0.956 0.000 0.044
#> SRR1465230     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR614119      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1445655     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR658953      1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR2166459     1  0.2625     0.8937 0.916 0.000 0.084
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1317631     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1488610     1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR1330588     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1316367     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1433926     1  0.1753     0.9293 0.952 0.000 0.048
#> SRR1091302     2  0.1643     0.9614 0.000 0.956 0.044
#> SRR818263      3  0.5591     0.7260 0.304 0.000 0.696
#> SRR1404909     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR663076      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      3  0.6260     0.4076 0.448 0.000 0.552
#> SRR1407112     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1332969     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1353199     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1378885     3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR665357      3  0.3941     0.8983 0.156 0.000 0.844
#> SRR662186      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.3038     0.9362 0.104 0.000 0.896
#> SRR1347819     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1431781     2  0.1411     0.9641 0.000 0.964 0.036
#> SRR1452270     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1500472     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1417632     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     1  0.4178     0.7837 0.828 0.000 0.172
#> SRR1326579     1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR1349363     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096712     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1090407     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488449     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1318354     1  0.6291    -0.0909 0.532 0.000 0.468
#> SRR1359062     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1398924     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR663783      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1319204     1  0.5239     0.7481 0.808 0.160 0.032
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      1  0.1163     0.9415 0.972 0.000 0.028
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1377423     3  0.4842     0.8275 0.224 0.000 0.776
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     1  0.2625     0.8986 0.916 0.000 0.084
#> SRR1353309     3  0.4842     0.8278 0.224 0.000 0.776
#> SRR658941      1  0.1399     0.9444 0.968 0.004 0.028
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1363858     1  0.0983     0.9495 0.980 0.004 0.016
#> SRR819820      1  0.5016     0.6702 0.760 0.000 0.240
#> SRR1337342     1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR655206      2  0.1529     0.9621 0.000 0.960 0.040
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR663197      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1394836     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR661699      1  0.3112     0.8940 0.916 0.056 0.028
#> SRR813680      1  0.5859     0.3920 0.656 0.000 0.344
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1499174     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR661167      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1432518     3  0.6307     0.2719 0.488 0.000 0.512
#> SRR660462      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1374608     2  0.1753     0.9593 0.000 0.952 0.048
#> SRR657949      3  0.4974     0.8233 0.236 0.000 0.764
#> SRR1308882     2  0.2261     0.9527 0.000 0.932 0.068
#> SRR655768      1  0.0592     0.9507 0.988 0.000 0.012
#> SRR1485870     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1444138     1  0.6026     0.3121 0.624 0.000 0.376
#> SRR1417342     1  0.1031     0.9323 0.976 0.024 0.000
#> SRR1470193     2  0.0592     0.9714 0.000 0.988 0.012
#> SRR1091380     1  0.3879     0.8167 0.848 0.000 0.152
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     2  0.8608     0.2054 0.412 0.488 0.100
#> SRR1467102     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR818821      3  0.6192     0.4862 0.420 0.000 0.580
#> SRR809963      3  0.5621     0.7186 0.308 0.000 0.692
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.0892     0.9692 0.000 0.980 0.020
#> SRR1445259     1  0.2959     0.8773 0.900 0.000 0.100
#> SRR1408393     3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR1361522     1  0.0237     0.9504 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1333485     2  0.1163     0.9668 0.000 0.972 0.028
#> SRR1406437     2  0.1753     0.9593 0.000 0.952 0.048
#> SRR1354931     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1391856     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR613150      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1375329     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1400910     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1444203     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR816177      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1429603     2  0.2066     0.9557 0.000 0.940 0.060
#> SRR1397366     3  0.3038     0.9361 0.104 0.000 0.896
#> SRR1446028     1  0.0592     0.9507 0.988 0.000 0.012
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.1636     0.9399 0.964 0.020 0.016
#> SRR659109      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1337192     1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR656946      1  0.0592     0.9507 0.988 0.000 0.012
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.1163     0.9668 0.000 0.972 0.028
#> SRR1385389     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1075971     1  0.1643     0.9311 0.956 0.000 0.044
#> SRR614419      1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1322936     1  0.1905     0.9328 0.956 0.028 0.016
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      1  0.5785     0.4300 0.668 0.000 0.332
#> SRR661481      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393596     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR1499894     3  0.3340     0.9262 0.120 0.000 0.880
#> SRR1082883     1  0.1905     0.9328 0.956 0.028 0.016
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      1  0.1163     0.9415 0.972 0.000 0.028
#> SRR1328620     1  0.4796     0.6965 0.780 0.000 0.220
#> SRR1396294     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1419917     1  0.1964     0.9234 0.944 0.000 0.056
#> SRR662114      1  0.6062     0.2736 0.616 0.000 0.384
#> SRR1489199     3  0.6274     0.3819 0.456 0.000 0.544
#> SRR813584      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR614864      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1433392     3  0.4399     0.8713 0.188 0.000 0.812
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0592     0.9507 0.988 0.000 0.012
#> SRR1401252     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1309963     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1338031     1  0.1031     0.9441 0.976 0.000 0.024
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1340486     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1377696     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465459     3  0.3116     0.9343 0.108 0.000 0.892
#> SRR1080270     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1312501     3  0.5465     0.7480 0.288 0.000 0.712
#> SRR1093148     1  0.2050     0.9343 0.952 0.020 0.028
#> SRR1467080     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      2  0.1529     0.9621 0.000 0.960 0.040
#> SRR1379198     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR613342      3  0.4842     0.8315 0.224 0.000 0.776
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1396616     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR813824      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1082376     3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR1500891     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR807543      3  0.3192     0.9321 0.112 0.000 0.888
#> SRR1091572     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1346689     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332424     1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR663729      2  0.0747     0.9703 0.000 0.984 0.016
#> SRR1097013     1  0.0892     0.9464 0.980 0.000 0.020
#> SRR613675      1  0.1636     0.9399 0.964 0.020 0.016
#> SRR1485357     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR655816      3  0.6154     0.4838 0.408 0.000 0.592
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.1031     0.9425 0.976 0.000 0.024
#> SRR655531      1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1338147     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1413329     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.2796     0.9426 0.000 0.908 0.092
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR809018      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR615069      1  0.1289     0.9438 0.968 0.000 0.032
#> SRR1456185     2  0.0983     0.9599 0.016 0.980 0.004
#> SRR1350069     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR816316      3  0.4702     0.8474 0.212 0.000 0.788
#> SRR664795      1  0.1964     0.9190 0.944 0.000 0.056
#> SRR1490721     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR810643      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1085285     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1099072     3  0.3038     0.9361 0.104 0.000 0.896
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1351347     3  0.4121     0.8873 0.168 0.000 0.832
#> SRR1405525     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR2157314     1  0.0592     0.9507 0.988 0.000 0.012
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR613639      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1402285     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1077038     3  0.6295     0.3280 0.472 0.000 0.528
#> SRR1405660     3  0.3038     0.9361 0.104 0.000 0.896
#> SRR1095455     1  0.2356     0.9091 0.928 0.000 0.072
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR660764      3  0.5810     0.6639 0.336 0.000 0.664
#> SRR820448      3  0.5465     0.7567 0.288 0.000 0.712
#> SRR1328845     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1336415     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1379065     2  0.2356     0.9510 0.000 0.928 0.072
#> SRR1459190     1  0.6274     0.0029 0.544 0.000 0.456
#> SRR1346773     1  0.0424     0.9507 0.992 0.000 0.008
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.6126     0.5248 0.400 0.000 0.600
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.2711     0.9444 0.000 0.912 0.088
#> SRR1309248     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR809161      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1316320     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1405547     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1470534     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR663489      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1500450     1  0.3043     0.8520 0.908 0.084 0.008
#> SRR1078489     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1332648     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR660614      1  0.1289     0.9438 0.968 0.000 0.032
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.3340     0.8497 0.880 0.000 0.120
#> SRR615946      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR660224      2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR665586      1  0.1964     0.9245 0.944 0.000 0.056
#> SRR1347166     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1485722     1  0.1163     0.9457 0.972 0.000 0.028
#> SRR1415316     1  0.0237     0.9504 0.996 0.000 0.004
#> SRR613390      3  0.6274     0.3912 0.456 0.000 0.544
#> SRR661108      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR2170173     1  0.2261     0.9129 0.932 0.000 0.068
#> SRR817329      1  0.1753     0.9313 0.952 0.000 0.048
#> SRR1401990     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      3  0.3879     0.9043 0.152 0.000 0.848
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR818797      3  0.3116     0.9343 0.108 0.000 0.892
#> SRR2164608     1  0.3619     0.8352 0.864 0.000 0.136
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1488939     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.5733     0.6939 0.324 0.000 0.676
#> SRR1361652     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1430910     1  0.1289     0.9438 0.968 0.000 0.032
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1486762     3  0.5291     0.7685 0.268 0.000 0.732
#> SRR1480854     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1489394     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1418085     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1340221     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1473058     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     1  0.5098     0.6385 0.752 0.000 0.248
#> SRR1433004     1  0.3116     0.8679 0.892 0.000 0.108
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1455038     1  0.1964     0.9243 0.944 0.000 0.056
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.1753     0.9313 0.952 0.000 0.048
#> SRR1392943     2  0.0661     0.9709 0.004 0.988 0.008
#> SRR1475192     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.0892     0.9495 0.980 0.000 0.020
#> SRR1347060     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1414139     2  0.0983     0.9609 0.004 0.980 0.016
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR1343302     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.3412     0.9249 0.124 0.000 0.876
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1322840     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1399797     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1416654     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1315081     3  0.3116     0.9341 0.108 0.000 0.892
#> SRR1369196     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.3116     0.9343 0.108 0.000 0.892
#> SRR1367920     2  0.0237     0.9731 0.000 0.996 0.004
#> SRR1366648     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9734 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     1  0.1289     0.9438 0.968 0.000 0.032
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9502 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0592     0.9507 0.988 0.000 0.012
#> SRR1386689     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1395575     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1453811     3  0.3038     0.9362 0.104 0.000 0.896
#> SRR1441159     1  0.0747     0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR1403154     2  0.2959     0.9392 0.000 0.900 0.100
#> SRR1468722     3  0.2959     0.9377 0.100 0.000 0.900
#> SRR1310275     3  0.5291     0.7752 0.268 0.000 0.732

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.1890     0.8855 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1331708     1  0.7175     0.6397 0.632 0.052 0.088 0.228
#> SRR1464258     3  0.1902     0.8984 0.064 0.004 0.932 0.000
#> SRR1454201     1  0.4417     0.8183 0.796 0.044 0.160 0.000
#> SRR661589      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     3  0.3808     0.8061 0.176 0.012 0.812 0.000
#> SRR1315165     4  0.1637     0.8906 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1488960     1  0.1118     0.8972 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.2149     0.8865 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1094457     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.3734     0.8633 0.848 0.044 0.108 0.000
#> SRR1315931     1  0.2593     0.8854 0.904 0.016 0.080 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.2530     0.9506 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1344143     4  0.3569     0.8329 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1486845     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.3570     0.8713 0.860 0.048 0.092 0.000
#> SRR1490740     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1456138     2  0.2281     0.9620 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1416248     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1311018     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1375699     4  0.3400     0.8496 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1429846     3  0.1211     0.9103 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR613550      3  0.0188     0.9186 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1348402     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.2844     0.8861 0.900 0.048 0.052 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.5446     0.6663 0.680 0.044 0.276 0.000
#> SRR820755      3  0.1474     0.9058 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.3634     0.8695 0.856 0.048 0.096 0.000
#> SRR612263      3  0.6214    -0.0185 0.468 0.052 0.480 0.000
#> SRR1415398     3  0.0592     0.9145 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1326205     4  0.1637     0.8906 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1421327     4  0.3311     0.8558 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1079522     1  0.3634     0.8695 0.856 0.048 0.096 0.000
#> SRR1452935     3  0.5090     0.6763 0.228 0.044 0.728 0.000
#> SRR1379495     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR661361      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.3674     0.8653 0.852 0.044 0.104 0.000
#> SRR1447564     1  0.0921     0.8990 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.2773     0.8869 0.900 0.028 0.072 0.000
#> SRR655182      1  0.0469     0.8998 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.3726     0.8225 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1433555     3  0.1936     0.8983 0.032 0.028 0.940 0.000
#> SRR1308650     2  0.6335     0.5036 0.256 0.664 0.040 0.040
#> SRR1388354     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.4677     0.7239 0.192 0.040 0.768 0.000
#> SRR1479955     2  0.3266     0.8866 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR809853      1  0.3505     0.8735 0.864 0.048 0.088 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1447303     3  0.0336     0.9184 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1429408     4  0.4713     0.5431 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR1433950     1  0.1398     0.8976 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR1362081     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1409854     3  0.1474     0.9062 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1435229     1  0.3697     0.8675 0.852 0.048 0.100 0.000
#> SRR1085996     1  0.5055     0.6686 0.712 0.032 0.256 0.000
#> SRR1414229     1  0.5936     0.4019 0.576 0.044 0.380 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.1474     0.9058 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1457854     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0927     0.8999 0.976 0.016 0.008 0.000
#> SRR813776      3  0.1474     0.9058 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR808196      4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101085     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR614395      3  0.2048     0.8967 0.064 0.008 0.928 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1362310     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0188     0.9186 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1420109     3  0.6077     0.0250 0.460 0.044 0.496 0.000
#> SRR1330920     1  0.3793     0.8600 0.844 0.044 0.112 0.000
#> SRR1419539     2  0.3400     0.8790 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1359447     3  0.4370     0.7713 0.156 0.044 0.800 0.000
#> SRR1347259     4  0.2589     0.8796 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR613915      3  0.0817     0.9153 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.0817     0.9131 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1478228     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.4933     0.5206 0.688 0.016 0.296 0.000
#> SRR608150      1  0.3570     0.8713 0.860 0.048 0.092 0.000
#> SRR1096383     1  0.0657     0.8999 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1341480     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1341344     1  0.3587     0.8741 0.860 0.052 0.088 0.000
#> SRR1326270     3  0.1302     0.9083 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.4454     0.6588 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1430270     4  0.0707     0.8898 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.2843     0.8633 0.088 0.020 0.892 0.000
#> SRR661267      3  0.3681     0.8126 0.176 0.008 0.816 0.000
#> SRR810665      2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1407250     1  0.4123     0.8416 0.820 0.044 0.136 0.000
#> SRR1420067     1  0.0469     0.8991 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.2197     0.8910 0.928 0.048 0.024 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.2216     0.9637 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1486195     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1407671     4  0.3444     0.8456 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1446375     1  0.5522     0.5807 0.668 0.044 0.288 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.2412     0.8600 0.908 0.008 0.084 0.000
#> SRR1356101     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1404209     1  0.0469     0.8994 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.2281     0.9616 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR665538      1  0.0336     0.8989 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR658953      1  0.3697     0.8675 0.852 0.048 0.100 0.000
#> SRR2166459     1  0.5217     0.2845 0.608 0.012 0.380 0.000
#> SRR1070713     2  0.2281     0.9616 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1485312     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.3370     0.8769 0.872 0.048 0.080 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.3634     0.8720 0.856 0.048 0.096 0.000
#> SRR1433926     1  0.4988     0.5445 0.692 0.020 0.288 0.000
#> SRR1091302     4  0.2216     0.8859 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR818263      3  0.1902     0.8984 0.064 0.004 0.932 0.000
#> SRR1404909     4  0.3528     0.8376 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR663076      1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1442422     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0336     0.8996 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR654862      3  0.2888     0.8619 0.124 0.004 0.872 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0592     0.9145 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.1474     0.9058 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR665357      3  0.0779     0.9143 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR662186      2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1501020     3  0.2081     0.8825 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1472576     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1431781     4  0.2868     0.8735 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.3674     0.8657 0.852 0.044 0.104 0.000
#> SRR1417632     4  0.3356     0.8527 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1350153     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1458113     3  0.4951     0.6906 0.212 0.044 0.744 0.000
#> SRR1326579     1  0.3505     0.8731 0.864 0.048 0.088 0.000
#> SRR1349363     2  0.4996     0.0711 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1096712     3  0.0469     0.9169 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1090407     3  0.0592     0.9145 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1083752     2  0.2469     0.9537 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1377599     4  0.3400     0.8494 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.2644     0.8798 0.060 0.032 0.908 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     1  0.3758     0.8654 0.848 0.048 0.104 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     1  0.6242     0.7099 0.692 0.204 0.084 0.020
#> SRR1369070     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR615659      1  0.3674     0.8222 0.848 0.036 0.116 0.000
#> SRR1337449     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1316982     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1498595     4  0.4730     0.5248 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1377423     3  0.2593     0.8585 0.104 0.004 0.892 0.000
#> SRR1312310     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1485613     1  0.0336     0.8989 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.5022     0.6737 0.220 0.044 0.736 0.000
#> SRR1353309     3  0.3107     0.8608 0.080 0.036 0.884 0.000
#> SRR658941      1  0.3674     0.8670 0.852 0.044 0.104 0.000
#> SRR1101643     1  0.0921     0.8984 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0188     0.8998 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368874     2  0.2408     0.9565 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1324085     4  0.3356     0.8536 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1363858     1  0.2300     0.8905 0.924 0.048 0.028 0.000
#> SRR819820      3  0.5392     0.5704 0.280 0.040 0.680 0.000
#> SRR1337342     1  0.3674     0.8653 0.852 0.044 0.104 0.000
#> SRR655206      2  0.3024     0.9190 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1387013     2  0.2589     0.9474 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1317410     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.3634     0.8695 0.856 0.048 0.096 0.000
#> SRR1440161     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1343741     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1381288     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1415379     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR663197      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.2345     0.9591 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR661699      1  0.5602     0.7911 0.736 0.116 0.144 0.004
#> SRR813680      3  0.4422     0.7226 0.256 0.008 0.736 0.000
#> SRR1410678     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.2722     0.8849 0.904 0.032 0.064 0.000
#> SRR1311486     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1382851     2  0.3311     0.8803 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1433410     1  0.3634     0.8695 0.856 0.048 0.096 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.3435     0.8441 0.100 0.036 0.864 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.2868     0.8705 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR657949      3  0.1389     0.9091 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1308882     4  0.1118     0.8914 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR655768      1  0.1022     0.8975 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1444138     3  0.5570     0.3251 0.440 0.020 0.540 0.000
#> SRR1417342     1  0.1059     0.8993 0.972 0.016 0.000 0.012
#> SRR1470193     4  0.3356     0.8536 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1091380     3  0.5639     0.4666 0.324 0.040 0.636 0.000
#> SRR1099096     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.2443     0.8455 0.060 0.024 0.000 0.916
#> SRR1467102     2  0.1940     0.9578 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1485416     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR818821      3  0.3427     0.8348 0.112 0.028 0.860 0.000
#> SRR809963      3  0.2124     0.8948 0.068 0.008 0.924 0.000
#> SRR1072247     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.2408     0.8829 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1445259     3  0.5839     0.4180 0.352 0.044 0.604 0.000
#> SRR1408393     3  0.1474     0.9058 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1361522     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.2530     0.9510 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.1118     0.8915 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1406437     4  0.3942     0.7546 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1354931     3  0.0469     0.9158 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1391856     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1446738     2  0.2530     0.9506 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1309032     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1388145     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1432611     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR815869      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.3697     0.8676 0.852 0.048 0.100 0.000
#> SRR1387921     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1360478     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1360695     1  0.0707     0.8987 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.3634     0.8695 0.856 0.048 0.096 0.000
#> SRR1400910     1  0.3758     0.8654 0.848 0.048 0.104 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.2469     0.9540 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR658754      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.2216     0.8857 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1397366     3  0.0188     0.9186 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1446028     1  0.0921     0.8981 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1337606     1  0.3697     0.8676 0.852 0.048 0.100 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.3570     0.8713 0.860 0.048 0.092 0.000
#> SRR656946      1  0.1004     0.8985 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1476102     1  0.1211     0.8995 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.1798     0.8992 0.944 0.040 0.016 0.000
#> SRR1342067     4  0.1302     0.8912 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1385389     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.3900     0.7660 0.816 0.020 0.164 0.000
#> SRR614419      1  0.3796     0.8712 0.848 0.056 0.096 0.000
#> SRR1322936     1  0.4427     0.8654 0.836 0.048 0.084 0.032
#> SRR1349121     1  0.1209     0.8979 0.964 0.032 0.004 0.000
#> SRR1430549     1  0.1118     0.8972 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.4070     0.8019 0.132 0.044 0.824 0.000
#> SRR661481      2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1354117     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1393596     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1452164     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.1211     0.9110 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1499894     3  0.1820     0.9006 0.036 0.020 0.944 0.000
#> SRR1082883     1  0.5064     0.8461 0.804 0.048 0.092 0.056
#> SRR1468271     1  0.0524     0.8994 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1332443     1  0.1118     0.8972 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR662103      1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.4720     0.7259 0.188 0.044 0.768 0.000
#> SRR1396294     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.5355     0.3545 0.620 0.020 0.360 0.000
#> SRR662114      3  0.3176     0.8583 0.084 0.036 0.880 0.000
#> SRR1489199     3  0.3636     0.8109 0.172 0.008 0.820 0.000
#> SRR813584      2  0.3074     0.9069 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1069638     1  0.4123     0.8420 0.820 0.044 0.136 0.000
#> SRR614864      3  0.0188     0.9186 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1433392     3  0.2048     0.8967 0.064 0.008 0.928 0.000
#> SRR1377777     2  0.2530     0.9510 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR2167710     1  0.1109     0.8980 0.968 0.028 0.004 0.000
#> SRR1401252     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1309963     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1486889     1  0.1970     0.8915 0.932 0.008 0.060 0.000
#> SRR1380393     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.1118     0.8911 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1337010     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1486520     1  0.2131     0.8989 0.932 0.032 0.036 0.000
#> SRR1486538     4  0.0188     0.8874 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1340486     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     4  0.3528     0.8374 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1465459     3  0.1389     0.9078 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0895     0.9138 0.004 0.020 0.976 0.000
#> SRR1093148     1  0.4123     0.8458 0.820 0.044 0.136 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR816475      4  0.4454     0.6568 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1379198     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      3  0.0188     0.9183 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452246     2  0.2530     0.9510 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1338836     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1369129     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     3  0.1716     0.8998 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1500891     4  0.3266     0.8586 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR807543      3  0.1474     0.9058 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1091572     1  0.3907     0.8540 0.836 0.044 0.120 0.000
#> SRR1346689     4  0.3024     0.8679 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1332424     1  0.3570     0.8713 0.860 0.048 0.092 0.000
#> SRR663729      4  0.2149     0.8867 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1097013     1  0.0592     0.8986 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR613675      1  0.3439     0.8750 0.868 0.048 0.084 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.3803     0.8113 0.132 0.032 0.836 0.000
#> SRR1500113     1  0.0336     0.8996 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.2530     0.9513 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1355172     1  0.4283     0.6271 0.740 0.004 0.256 0.000
#> SRR655531      1  0.3505     0.8741 0.864 0.048 0.088 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.4370     0.8243 0.800 0.044 0.156 0.000
#> SRR1485931     2  0.2530     0.9510 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1420873     1  0.0921     0.8981 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.1867     0.8892 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1452033     1  0.0469     0.8986 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.3873     0.7973 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR809018      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR663440      3  0.0469     0.9173 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1471755     2  0.2149     0.9654 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR808019      1  0.1938     0.8944 0.936 0.012 0.052 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.4322     0.8328 0.804 0.044 0.152 0.000
#> SRR1456185     2  0.4622     0.8482 0.060 0.800 0.004 0.136
#> SRR1350069     4  0.0336     0.8882 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR816316      3  0.2402     0.8906 0.076 0.012 0.912 0.000
#> SRR664795      3  0.5172     0.4536 0.404 0.008 0.588 0.000
#> SRR1490721     4  0.3356     0.8527 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR810643      1  0.1022     0.8974 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.4017     0.8492 0.828 0.044 0.128 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0188     0.9186 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1317985     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.2142     0.8898 0.056 0.016 0.928 0.000
#> SRR1405525     1  0.2844     0.8862 0.900 0.048 0.052 0.000
#> SRR1370329     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR819610      4  0.3942     0.7813 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR2157314     1  0.0817     0.8985 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR809987      4  0.0707     0.8898 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR613639      3  0.1211     0.9098 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1402285     4  0.0188     0.8874 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1077038     3  0.2329     0.8916 0.072 0.012 0.916 0.000
#> SRR1405660     3  0.0927     0.9138 0.016 0.008 0.976 0.000
#> SRR1095455     3  0.5839     0.4194 0.352 0.044 0.604 0.000
#> SRR1394734     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1317771     1  0.2021     0.8985 0.936 0.024 0.040 0.000
#> SRR1365894     4  0.4356     0.6890 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR1073581     1  0.0524     0.9001 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR659804      1  0.1022     0.8974 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.2216     0.9637 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1432186     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1473529     2  0.4134     0.7408 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR660764      3  0.0895     0.9135 0.004 0.020 0.976 0.000
#> SRR820448      3  0.3271     0.8504 0.132 0.012 0.856 0.000
#> SRR1328845     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336415     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.1557     0.8908 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1459190     3  0.4379     0.7608 0.172 0.036 0.792 0.000
#> SRR1346773     1  0.1118     0.8995 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0376     0.8997 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1440898     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1347459     3  0.1004     0.9119 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR1081209     2  0.2469     0.9537 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1400202     1  0.1022     0.8974 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.1716     0.8902 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1309248     4  0.3400     0.8494 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR809161      3  0.0707     0.9148 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1316320     4  0.3444     0.8456 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1432629     2  0.2216     0.9639 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1498931     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0817     0.8988 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.1722     0.8895 0.944 0.008 0.000 0.048
#> SRR1078489     1  0.4174     0.8387 0.816 0.044 0.140 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      1  0.5472     0.6595 0.676 0.044 0.280 0.000
#> SRR1470420     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1475566     1  0.1118     0.8972 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0817     0.8995 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1464766     3  0.5339     0.4877 0.384 0.016 0.600 0.000
#> SRR615946      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1467656     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1402962     1  0.3037     0.8801 0.888 0.036 0.076 0.000
#> SRR660224      2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR665586      1  0.5713     0.4074 0.604 0.036 0.360 0.000
#> SRR1347166     1  0.3697     0.8678 0.852 0.048 0.100 0.000
#> SRR1485722     1  0.4914     0.7584 0.748 0.044 0.208 0.000
#> SRR1415316     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR613390      3  0.4327     0.7535 0.216 0.016 0.768 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.6071     0.1511 0.504 0.044 0.452 0.000
#> SRR817329      1  0.4868     0.6658 0.720 0.024 0.256 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.2469     0.9537 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1471795     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1415637     2  0.2281     0.9616 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR813137      3  0.2921     0.8455 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1314873     1  0.2124     0.8999 0.932 0.040 0.028 0.000
#> SRR1401211     1  0.0592     0.8986 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      3  0.1389     0.9070 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR2164608     3  0.5312     0.5932 0.268 0.040 0.692 0.000
#> SRR1455586     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR819459      3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.4193     0.7257 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1433232     2  0.2149     0.9651 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1385501     3  0.2412     0.8900 0.084 0.008 0.908 0.000
#> SRR1361652     1  0.3697     0.8675 0.852 0.048 0.100 0.000
#> SRR1437119     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.5056     0.7500 0.732 0.044 0.224 0.000
#> SRR1310584     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.3634     0.8695 0.856 0.048 0.096 0.000
#> SRR1486762     3  0.2909     0.8604 0.092 0.020 0.888 0.000
#> SRR1480854     4  0.3311     0.8558 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1489394     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.5000     0.0693 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1405165     3  0.3962     0.8083 0.124 0.044 0.832 0.000
#> SRR1433004     3  0.5980     0.3326 0.396 0.044 0.560 0.000
#> SRR1471477     1  0.0188     0.8993 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1098712     4  0.1022     0.8909 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1455038     3  0.6130     0.2612 0.400 0.052 0.548 0.000
#> SRR1375248     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1403005     3  0.0336     0.9184 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1348378     2  0.2469     0.9537 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1413541     1  0.4964     0.6906 0.724 0.032 0.244 0.000
#> SRR1392943     4  0.3881     0.8543 0.016 0.172 0.000 0.812
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1452468     1  0.3634     0.8695 0.856 0.048 0.096 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.1970     0.9387 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1447962     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1444324     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1415004     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.2335     0.8913 0.920 0.020 0.060 0.000
#> SRR1311266     1  0.2675     0.8875 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.1211     0.8964 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1405331     3  0.1022     0.9129 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1345609     1  0.1022     0.8989 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1380208     4  0.4284     0.8342 0.020 0.200 0.000 0.780
#> SRR1322840     4  0.0336     0.8882 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.0336     0.9181 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0817     0.9153 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1367920     4  0.3356     0.8527 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.2081     0.9670 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1082173     1  0.4761     0.7841 0.764 0.044 0.192 0.000
#> SRR1363968     1  0.0188     0.8992 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.1118     0.8968 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.1929     0.8961 0.940 0.036 0.024 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0469     0.9184 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1453811     3  0.1211     0.9103 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1441159     1  0.1302     0.8975 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.8864 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9189 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0779     0.9161 0.016 0.004 0.980 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.2006     0.7620 0.916 0.000 0.012 0.000 0.072
#> SRR1331708     5  0.4633     0.6596 0.068 0.004 0.028 0.116 0.784
#> SRR1464258     3  0.6724    -0.0690 0.356 0.000 0.392 0.000 0.252
#> SRR1454201     5  0.4593     0.7562 0.124 0.000 0.128 0.000 0.748
#> SRR661589      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.6534     0.1995 0.436 0.000 0.200 0.000 0.364
#> SRR1315165     4  0.0404     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1488960     1  0.0609     0.7723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1417809     4  0.2278     0.8337 0.000 0.060 0.000 0.908 0.032
#> SRR1094457     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1095575     5  0.4934     0.7296 0.188 0.000 0.104 0.000 0.708
#> SRR1315931     1  0.3885     0.6273 0.724 0.000 0.008 0.000 0.268
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0794     0.9395 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1344143     4  0.5449     0.5506 0.000 0.376 0.000 0.556 0.068
#> SRR1486845     4  0.0000     0.8392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.3152     0.7814 0.136 0.000 0.024 0.000 0.840
#> SRR1490740     1  0.2377     0.7511 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0162     0.9617 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416248     1  0.0290     0.7680 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1383907     4  0.3916     0.7566 0.000 0.256 0.000 0.732 0.012
#> SRR1311018     1  0.0609     0.7715 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1375699     4  0.4761     0.6175 0.000 0.356 0.000 0.616 0.028
#> SRR1429846     3  0.1557     0.8788 0.008 0.000 0.940 0.000 0.052
#> SRR613550      3  0.0880     0.8875 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1348402     1  0.1792     0.7707 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1345146     5  0.4276     0.6960 0.256 0.000 0.028 0.000 0.716
#> SRR1324025     3  0.0290     0.8952 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1318879     5  0.5404     0.7014 0.152 0.000 0.184 0.000 0.664
#> SRR820755      3  0.4059     0.7473 0.052 0.000 0.776 0.000 0.172
#> SRR1485830     4  0.0162     0.8387 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR599313      5  0.3909     0.7356 0.216 0.000 0.024 0.000 0.760
#> SRR612263      5  0.5093     0.5677 0.180 0.000 0.124 0.000 0.696
#> SRR1415398     3  0.1043     0.8884 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1326205     4  0.0290     0.8392 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1421327     4  0.4430     0.7514 0.000 0.256 0.000 0.708 0.036
#> SRR1083311     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.3885     0.7475 0.000 0.268 0.000 0.724 0.008
#> SRR1079522     5  0.2707     0.7777 0.100 0.000 0.024 0.000 0.876
#> SRR1452935     3  0.4555     0.0866 0.008 0.000 0.520 0.000 0.472
#> SRR1379495     1  0.0609     0.7723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615778      5  0.3197     0.7808 0.140 0.000 0.024 0.000 0.836
#> SRR1447564     1  0.3949     0.4546 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332
#> SRR1455195     1  0.4494     0.4169 0.608 0.000 0.012 0.000 0.380
#> SRR655182      1  0.4074     0.3831 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1335140     2  0.2966     0.7919 0.000 0.848 0.000 0.136 0.016
#> SRR1433555     3  0.0404     0.8945 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1308650     2  0.5423     0.3856 0.036 0.616 0.024 0.000 0.324
#> SRR1388354     1  0.0510     0.7706 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1317446     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.3728     0.6395 0.008 0.000 0.748 0.000 0.244
#> SRR1479955     2  0.1809     0.8988 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR809853      5  0.2864     0.7744 0.112 0.000 0.024 0.000 0.864
#> SRR661313      3  0.0703     0.8921 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1499935     4  0.3809     0.7577 0.000 0.256 0.000 0.736 0.008
#> SRR1447303     3  0.0963     0.8899 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1429408     4  0.4436     0.5563 0.000 0.396 0.000 0.596 0.008
#> SRR1433950     1  0.3752     0.6025 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.3513     0.7723 0.020 0.000 0.800 0.000 0.180
#> SRR1435229     5  0.2570     0.7736 0.084 0.000 0.028 0.000 0.888
#> SRR1085996     1  0.4963     0.4841 0.608 0.000 0.040 0.000 0.352
#> SRR1414229     5  0.5252     0.4691 0.056 0.000 0.364 0.000 0.580
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0609     0.7723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR613927      3  0.3016     0.8171 0.020 0.000 0.848 0.000 0.132
#> SRR1457854     1  0.1043     0.7716 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1473714     1  0.4815    -0.1052 0.524 0.000 0.020 0.000 0.456
#> SRR813776      3  0.3565     0.7729 0.024 0.000 0.800 0.000 0.176
#> SRR808196      4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1101085     4  0.4430     0.7514 0.000 0.256 0.000 0.708 0.036
#> SRR614395      1  0.6719     0.1272 0.380 0.000 0.372 0.000 0.248
#> SRR1478251     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0510     0.7718 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR665310      3  0.0290     0.8964 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1420109     5  0.5894     0.4771 0.112 0.000 0.356 0.000 0.532
#> SRR1330920     5  0.3412     0.7780 0.152 0.000 0.028 0.000 0.820
#> SRR1419539     2  0.1597     0.9097 0.000 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR1359447     3  0.3582     0.6695 0.008 0.000 0.768 0.000 0.224
#> SRR1347259     4  0.3132     0.8037 0.000 0.172 0.000 0.820 0.008
#> SRR613915      3  0.2233     0.8565 0.016 0.000 0.904 0.000 0.080
#> SRR1384395     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.1851     0.8638 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1478228     1  0.0510     0.7718 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1445637     1  0.4073     0.6698 0.752 0.000 0.032 0.000 0.216
#> SRR608150      5  0.2171     0.7629 0.064 0.000 0.024 0.000 0.912
#> SRR1096383     1  0.1697     0.7671 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1341480     4  0.4503     0.7502 0.000 0.256 0.000 0.704 0.040
#> SRR1341344     5  0.3819     0.7220 0.228 0.000 0.016 0.000 0.756
#> SRR1326270     3  0.1764     0.8715 0.008 0.000 0.928 0.000 0.064
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.4298     0.6366 0.000 0.352 0.000 0.640 0.008
#> SRR1430270     4  0.1386     0.8236 0.016 0.000 0.000 0.952 0.032
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.1124     0.8852 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR661267      1  0.6311     0.2649 0.504 0.000 0.320 0.000 0.176
#> SRR810665      2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.3950     0.7858 0.136 0.000 0.068 0.000 0.796
#> SRR1420067     1  0.4425     0.2856 0.600 0.000 0.008 0.000 0.392
#> SRR1473632     5  0.4003     0.6490 0.288 0.000 0.008 0.000 0.704
#> SRR812536      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     4  0.4525     0.6193 0.000 0.360 0.000 0.624 0.016
#> SRR1446375     5  0.6231     0.5602 0.252 0.000 0.204 0.000 0.544
#> SRR1465230     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR614119      1  0.1571     0.7683 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.2389     0.7556 0.880 0.000 0.004 0.000 0.116
#> SRR1392676     2  0.0162     0.9617 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR665538      1  0.1571     0.7683 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR660510      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.3700     0.7693 0.000 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR658953      5  0.2450     0.7732 0.076 0.000 0.028 0.000 0.896
#> SRR2166459     1  0.3460     0.7166 0.828 0.000 0.044 0.000 0.128
#> SRR1070713     2  0.0162     0.9617 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488610     5  0.3152     0.7815 0.136 0.000 0.024 0.000 0.840
#> SRR1330588     3  0.0290     0.8952 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1316367     5  0.2351     0.7693 0.088 0.000 0.016 0.000 0.896
#> SRR1433926     1  0.4269     0.6439 0.732 0.000 0.036 0.000 0.232
#> SRR1091302     4  0.2583     0.8185 0.000 0.132 0.000 0.864 0.004
#> SRR818263      3  0.6712     0.0157 0.332 0.000 0.412 0.000 0.256
#> SRR1404909     4  0.4573     0.7488 0.000 0.256 0.000 0.700 0.044
#> SRR663076      1  0.0703     0.7736 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1465893     1  0.2411     0.7390 0.884 0.000 0.008 0.000 0.108
#> SRR654862      3  0.6392     0.1928 0.176 0.000 0.468 0.000 0.356
#> SRR1407112     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332969     3  0.0510     0.8952 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1353199     3  0.0290     0.8952 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1378885     3  0.2921     0.8225 0.020 0.000 0.856 0.000 0.124
#> SRR665357      3  0.0609     0.8911 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR662186      2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.2304     0.8421 0.008 0.000 0.892 0.000 0.100
#> SRR1347819     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.3967     0.7501 0.000 0.264 0.000 0.724 0.012
#> SRR1431781     4  0.3551     0.7823 0.000 0.220 0.000 0.772 0.008
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.3946     0.7683 0.080 0.000 0.120 0.000 0.800
#> SRR1417632     4  0.4730     0.7412 0.000 0.260 0.000 0.688 0.052
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.4003     0.5747 0.008 0.000 0.704 0.000 0.288
#> SRR1326579     5  0.3098     0.7771 0.148 0.000 0.016 0.000 0.836
#> SRR1349363     2  0.4825     0.0254 0.000 0.568 0.000 0.408 0.024
#> SRR1096712     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0794     0.8917 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1083752     2  0.0290     0.9590 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1377599     4  0.5396     0.6176 0.000 0.340 0.000 0.588 0.072
#> SRR1488449     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.2583     0.8030 0.004 0.000 0.864 0.000 0.132
#> SRR1359062     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.2473     0.7745 0.072 0.000 0.032 0.000 0.896
#> SRR663783      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     5  0.6980     0.5503 0.104 0.220 0.104 0.000 0.572
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.3238     0.7342 0.836 0.000 0.028 0.000 0.136
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.4599     0.5789 0.000 0.384 0.000 0.600 0.016
#> SRR1377423     3  0.2629     0.7974 0.004 0.000 0.860 0.000 0.136
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.1732     0.7673 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1338426     3  0.4640     0.2406 0.016 0.000 0.584 0.000 0.400
#> SRR1353309     3  0.1571     0.8670 0.004 0.000 0.936 0.000 0.060
#> SRR658941      5  0.4877     0.7185 0.236 0.000 0.072 0.000 0.692
#> SRR1101643     1  0.3177     0.6478 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1401468     1  0.3942     0.5428 0.728 0.000 0.012 0.000 0.260
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.3728     0.7670 0.000 0.244 0.000 0.748 0.008
#> SRR1363858     5  0.4654     0.5402 0.348 0.000 0.024 0.000 0.628
#> SRR819820      5  0.6118     0.3553 0.128 0.000 0.404 0.000 0.468
#> SRR1337342     5  0.3615     0.7807 0.156 0.000 0.036 0.000 0.808
#> SRR655206      2  0.0807     0.9481 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1387013     2  0.0162     0.9617 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317410     1  0.0609     0.7715 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR608198      5  0.3011     0.7787 0.140 0.000 0.016 0.000 0.844
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0162     0.9614 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR661699      5  0.5921     0.7216 0.156 0.088 0.072 0.000 0.684
#> SRR813680      1  0.6052     0.3805 0.572 0.000 0.248 0.000 0.180
#> SRR1410678     1  0.0609     0.7723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1378109     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1499174     5  0.4016     0.6339 0.272 0.000 0.012 0.000 0.716
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.3074     0.7081 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1433410     5  0.3152     0.7813 0.136 0.000 0.024 0.000 0.840
#> SRR661167      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.1768     0.8628 0.004 0.000 0.924 0.000 0.072
#> SRR660462      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.3583     0.7958 0.004 0.192 0.000 0.792 0.012
#> SRR657949      3  0.3550     0.7716 0.020 0.000 0.796 0.000 0.184
#> SRR1308882     4  0.0693     0.8405 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR655768      5  0.4656     0.2687 0.480 0.000 0.012 0.000 0.508
#> SRR1485870     4  0.3835     0.7543 0.000 0.260 0.000 0.732 0.008
#> SRR1444138     1  0.6290     0.2649 0.500 0.000 0.332 0.000 0.168
#> SRR1417342     1  0.3737     0.6063 0.764 0.000 0.008 0.004 0.224
#> SRR1470193     4  0.3700     0.7693 0.000 0.240 0.000 0.752 0.008
#> SRR1091380     5  0.6031     0.4924 0.128 0.000 0.352 0.000 0.520
#> SRR1099096     1  0.0290     0.7681 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1313583     4  0.4964     0.5415 0.204 0.000 0.000 0.700 0.096
#> SRR1467102     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.4014     0.7557 0.000 0.256 0.000 0.728 0.016
#> SRR818821      3  0.1502     0.8732 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR809963      1  0.6712     0.1543 0.396 0.000 0.356 0.000 0.248
#> SRR1072247     1  0.0609     0.7723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1353710     4  0.3013     0.8084 0.000 0.160 0.000 0.832 0.008
#> SRR1445259     5  0.4855     0.1511 0.024 0.000 0.424 0.000 0.552
#> SRR1408393     3  0.4800     0.6692 0.088 0.000 0.716 0.000 0.196
#> SRR1361522     1  0.1965     0.7645 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1368597     1  0.2230     0.7472 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1309680     2  0.0324     0.9595 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1310542     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.2632     0.8299 0.000 0.072 0.000 0.888 0.040
#> SRR1406437     4  0.3992     0.7311 0.000 0.268 0.000 0.720 0.012
#> SRR1354931     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.1124     0.9331 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.3579     0.7732 0.072 0.000 0.100 0.000 0.828
#> SRR1387921     1  0.0794     0.7726 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.1341     0.7717 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR812943      5  0.2482     0.7726 0.084 0.000 0.024 0.000 0.892
#> SRR1400910     5  0.3346     0.7729 0.064 0.000 0.092 0.000 0.844
#> SRR1444203     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR816177      2  0.1341     0.9134 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.2660     0.8194 0.000 0.128 0.000 0.864 0.008
#> SRR1397366     3  0.0404     0.8955 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1446028     5  0.4497     0.4078 0.424 0.000 0.008 0.000 0.568
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     5  0.2590     0.7562 0.060 0.000 0.028 0.012 0.900
#> SRR659109      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     5  0.3055     0.7774 0.144 0.000 0.016 0.000 0.840
#> SRR656946      1  0.4560    -0.1863 0.508 0.000 0.008 0.000 0.484
#> SRR1476102     1  0.3003     0.6809 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1476447     1  0.3999     0.4636 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1342067     4  0.0798     0.8406 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1385389     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1075971     1  0.3929     0.6752 0.764 0.000 0.028 0.000 0.208
#> SRR614419      5  0.2248     0.7662 0.088 0.000 0.012 0.000 0.900
#> SRR1322936     5  0.3013     0.7494 0.068 0.000 0.028 0.024 0.880
#> SRR1349121     1  0.0703     0.7723 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1430549     1  0.3074     0.6885 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR612935      3  0.3086     0.7540 0.004 0.000 0.816 0.000 0.180
#> SRR661481      2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.3809     0.7576 0.000 0.256 0.000 0.736 0.008
#> SRR1452164     1  0.1908     0.7599 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1070503     3  0.2771     0.8277 0.012 0.000 0.860 0.000 0.128
#> SRR1499894     3  0.0703     0.8893 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1082883     5  0.3279     0.7383 0.064 0.000 0.028 0.040 0.868
#> SRR1468271     1  0.1571     0.7683 0.936 0.000 0.004 0.000 0.060
#> SRR1332443     1  0.0609     0.7709 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR810295      2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.2561     0.7460 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1328620     3  0.4025     0.5570 0.008 0.000 0.700 0.000 0.292
#> SRR1396294     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1419917     1  0.4576     0.5996 0.692 0.000 0.040 0.000 0.268
#> SRR662114      3  0.3430     0.7000 0.004 0.000 0.776 0.000 0.220
#> SRR1489199     3  0.4420     0.6314 0.028 0.000 0.692 0.000 0.280
#> SRR813584      2  0.2890     0.7694 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> SRR1069638     5  0.3828     0.7675 0.072 0.000 0.120 0.000 0.808
#> SRR614864      3  0.0404     0.8955 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1433392     3  0.6694    -0.0153 0.348 0.000 0.408 0.000 0.244
#> SRR1377777     2  0.0451     0.9568 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR2167710     1  0.4559    -0.1712 0.512 0.000 0.008 0.000 0.480
#> SRR1401252     4  0.4503     0.7502 0.000 0.256 0.000 0.704 0.040
#> SRR1309963     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338031     1  0.1671     0.7611 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     5  0.4659     0.1032 0.492 0.000 0.012 0.000 0.496
#> SRR1380393     1  0.0609     0.7723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1319731     1  0.0703     0.7724 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1356468     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.3160     0.6952 0.808 0.000 0.004 0.000 0.188
#> SRR1486538     4  0.0609     0.8341 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1340486     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1377696     4  0.5395     0.5911 0.000 0.356 0.000 0.576 0.068
#> SRR1465459     3  0.2707     0.8279 0.008 0.000 0.860 0.000 0.132
#> SRR1080270     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0609     0.8940 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1093148     5  0.4374     0.7812 0.144 0.008 0.072 0.000 0.776
#> SRR1467080     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.4283     0.6424 0.000 0.348 0.000 0.644 0.008
#> SRR1379198     4  0.0000     0.8392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0290     0.8964 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1452246     2  0.0162     0.9617 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.8392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0162     0.8966 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082376     3  0.6627     0.1655 0.296 0.000 0.452 0.000 0.252
#> SRR1500891     4  0.4573     0.7486 0.000 0.256 0.000 0.700 0.044
#> SRR807543      3  0.4028     0.7381 0.040 0.000 0.768 0.000 0.192
#> SRR1091572     5  0.3193     0.7852 0.132 0.000 0.028 0.000 0.840
#> SRR1346689     4  0.3912     0.7756 0.000 0.228 0.000 0.752 0.020
#> SRR1332424     5  0.3012     0.7812 0.124 0.000 0.024 0.000 0.852
#> SRR663729      4  0.3409     0.8124 0.000 0.144 0.000 0.824 0.032
#> SRR1097013     1  0.2068     0.7634 0.904 0.000 0.004 0.000 0.092
#> SRR613675      5  0.2325     0.7623 0.068 0.000 0.028 0.000 0.904
#> SRR1485357     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655816      3  0.3582     0.6714 0.008 0.000 0.768 0.000 0.224
#> SRR1500113     1  0.3700     0.5719 0.752 0.000 0.008 0.000 0.240
#> SRR1437622     2  0.1831     0.8860 0.000 0.920 0.000 0.076 0.004
#> SRR1355172     1  0.2359     0.7577 0.904 0.000 0.036 0.000 0.060
#> SRR655531      5  0.3163     0.7412 0.164 0.000 0.012 0.000 0.824
#> SRR1338147     3  0.0609     0.8919 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1413329     5  0.5064     0.7143 0.232 0.000 0.088 0.000 0.680
#> SRR1485931     2  0.0162     0.9617 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420873     1  0.0880     0.7724 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1333308     4  0.0579     0.8402 0.000 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1452033     1  0.1410     0.7691 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1467316     2  0.2707     0.8387 0.000 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR809018      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.1478     0.8784 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1471755     2  0.0162     0.9612 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR808019      1  0.4520     0.4647 0.684 0.000 0.032 0.000 0.284
#> SRR1479133     3  0.0162     0.8972 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615069      5  0.3752     0.7631 0.064 0.000 0.124 0.000 0.812
#> SRR1456185     2  0.3332     0.8132 0.008 0.844 0.000 0.028 0.120
#> SRR1350069     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR816316      1  0.6740     0.1565 0.404 0.000 0.268 0.000 0.328
#> SRR664795      1  0.4297     0.6740 0.764 0.000 0.072 0.000 0.164
#> SRR1490721     4  0.4573     0.7488 0.000 0.256 0.000 0.700 0.044
#> SRR810643      1  0.1478     0.7622 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1430333     5  0.3767     0.7866 0.120 0.000 0.068 0.000 0.812
#> SRR1085285     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0963     0.8854 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1317985     1  0.0880     0.7728 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1487340     1  0.2230     0.7497 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1420276     3  0.0162     0.8973 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1351347     3  0.0566     0.8933 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1405525     5  0.3319     0.7746 0.160 0.000 0.020 0.000 0.820
#> SRR1370329     1  0.0880     0.7729 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1465001     1  0.0609     0.7723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      4  0.4752     0.5099 0.000 0.412 0.000 0.568 0.020
#> SRR2157314     1  0.2966     0.7130 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0451     0.8354 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004
#> SRR613639      3  0.1270     0.8813 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1402285     4  0.0000     0.8392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.6718     0.1721 0.412 0.000 0.328 0.000 0.260
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.4808     0.1923 0.024 0.000 0.400 0.000 0.576
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.2773     0.7075 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1365894     4  0.4327     0.6237 0.000 0.360 0.000 0.632 0.008
#> SRR1073581     1  0.2674     0.7366 0.868 0.000 0.012 0.000 0.120
#> SRR659804      1  0.2424     0.7090 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.3602     0.7086 0.000 0.796 0.000 0.180 0.024
#> SRR660764      3  0.1341     0.8682 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR820448      1  0.6699     0.1958 0.428 0.000 0.304 0.000 0.268
#> SRR1328845     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1336415     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1379065     4  0.0162     0.8401 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1459190     3  0.5515     0.4038 0.108 0.000 0.624 0.000 0.268
#> SRR1346773     1  0.3999     0.3389 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344
#> SRR1499521     1  0.1697     0.7671 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.1732     0.8613 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1081209     2  0.0162     0.9617 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400202     1  0.1410     0.7652 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1333395     4  0.1830     0.8352 0.000 0.028 0.000 0.932 0.040
#> SRR1309248     4  0.5202     0.6160 0.000 0.348 0.000 0.596 0.056
#> SRR809161      3  0.1197     0.8853 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1316320     4  0.5498     0.5843 0.000 0.356 0.000 0.568 0.076
#> SRR1432629     2  0.0162     0.9617 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498931     1  0.0703     0.7723 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1416578     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380764     1  0.3366     0.5739 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.2912     0.7510 0.876 0.000 0.008 0.028 0.088
#> SRR1078489     5  0.3810     0.7828 0.100 0.000 0.088 0.000 0.812
#> SRR1332648     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR660614      5  0.4252     0.7308 0.064 0.000 0.172 0.000 0.764
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0794     0.7726 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1477949     1  0.2471     0.7066 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.5210     0.5740 0.684 0.000 0.132 0.000 0.184
#> SRR615946      3  0.0162     0.8966 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.4980     0.3058 0.584 0.000 0.036 0.000 0.380
#> SRR660224      2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.4840     0.5401 0.640 0.000 0.040 0.000 0.320
#> SRR1347166     5  0.3197     0.7808 0.140 0.000 0.024 0.000 0.836
#> SRR1485722     5  0.5159     0.7340 0.164 0.000 0.144 0.000 0.692
#> SRR1415316     1  0.3366     0.6790 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR613390      1  0.6215     0.3078 0.500 0.000 0.152 0.000 0.348
#> SRR661108      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     5  0.5834     0.5961 0.136 0.000 0.276 0.000 0.588
#> SRR817329      1  0.4747     0.5425 0.636 0.000 0.032 0.000 0.332
#> SRR1401990     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1467745     2  0.0798     0.9469 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      3  0.5082     0.6294 0.096 0.000 0.684 0.000 0.220
#> SRR1314873     1  0.3966     0.4725 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336
#> SRR1401211     1  0.1831     0.7669 0.920 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1419692     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR818797      3  0.2563     0.8389 0.008 0.000 0.872 0.000 0.120
#> SRR2164608     3  0.5723     0.0402 0.088 0.000 0.520 0.000 0.392
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.3194     0.7694 0.000 0.832 0.000 0.148 0.020
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.4622     0.6317 0.044 0.000 0.692 0.000 0.264
#> SRR1361652     5  0.2325     0.7709 0.068 0.000 0.028 0.000 0.904
#> SRR1437119     1  0.0609     0.7715 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1478547     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     5  0.4058     0.7468 0.064 0.000 0.152 0.000 0.784
#> SRR1310584     1  0.0609     0.7715 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1500216     5  0.3909     0.7356 0.216 0.000 0.024 0.000 0.760
#> SRR1486762     3  0.1430     0.8727 0.004 0.000 0.944 0.000 0.052
#> SRR1480854     4  0.4430     0.7514 0.000 0.256 0.000 0.708 0.036
#> SRR1489394     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1418085     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1340221     4  0.0000     0.8392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.4425     0.1445 0.000 0.600 0.000 0.392 0.008
#> SRR1405165     3  0.3671     0.6351 0.008 0.000 0.756 0.000 0.236
#> SRR1433004     1  0.5906     0.2929 0.492 0.000 0.104 0.000 0.404
#> SRR1471477     1  0.3132     0.6709 0.820 0.000 0.008 0.000 0.172
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.0290     0.8393 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1455038     5  0.5982     0.2442 0.312 0.000 0.136 0.000 0.552
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.1792     0.8663 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1348378     2  0.0290     0.9590 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1413541     1  0.4763     0.5208 0.632 0.000 0.032 0.000 0.336
#> SRR1392943     4  0.4851     0.7683 0.004 0.224 0.008 0.716 0.048
#> SRR1475192     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     5  0.3106     0.7814 0.132 0.000 0.024 0.000 0.844
#> SRR1347060     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0609     0.7700 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1413436     5  0.4644     0.2779 0.460 0.000 0.012 0.000 0.528
#> SRR1311266     5  0.4540     0.6269 0.320 0.000 0.024 0.000 0.656
#> SRR1343302     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1373746     1  0.1197     0.7679 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1429678     1  0.1197     0.7734 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.3203     0.7927 0.012 0.000 0.820 0.000 0.168
#> SRR1345609     1  0.2127     0.7303 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1380208     4  0.6296     0.4788 0.000 0.360 0.000 0.480 0.160
#> SRR1322840     4  0.0000     0.8392 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.1197     0.8777 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1369196     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0794     0.7724 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1365291     3  0.1732     0.8701 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1367920     4  0.4645     0.7363 0.000 0.268 0.000 0.688 0.044
#> SRR1366648     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9638 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.5507     0.6933 0.160 0.000 0.188 0.000 0.652
#> SRR1363968     1  0.1764     0.7671 0.928 0.000 0.008 0.000 0.064
#> SRR814387      1  0.0609     0.7723 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR657599      5  0.5036     0.3482 0.452 0.000 0.032 0.000 0.516
#> SRR1386689     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1395575     3  0.0510     0.8953 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1453811     3  0.2179     0.8542 0.004 0.000 0.896 0.000 0.100
#> SRR1441159     5  0.4538     0.3444 0.452 0.000 0.008 0.000 0.540
#> SRR1403154     4  0.0162     0.8391 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.1732     0.8682 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.2702     0.7824 0.868 0.000 0.004 0.000 0.092 0.036
#> SRR1331708     5  0.4710     0.6214 0.136 0.016 0.000 0.000 0.716 0.132
#> SRR1464258     3  0.7412    -0.1145 0.192 0.000 0.332 0.000 0.332 0.144
#> SRR1454201     5  0.4631     0.6522 0.112 0.000 0.140 0.000 0.728 0.020
#> SRR661589      3  0.0146     0.8654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1456229     5  0.7321     0.2424 0.264 0.000 0.240 0.000 0.380 0.116
#> SRR1315165     4  0.2053     0.7581 0.000 0.004 0.000 0.888 0.000 0.108
#> SRR1488960     1  0.0865     0.8205 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1417809     4  0.3278     0.6862 0.000 0.040 0.000 0.808 0.000 0.152
#> SRR1094457     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     5  0.4590     0.5823 0.224 0.000 0.096 0.000 0.680 0.000
#> SRR1315931     1  0.5887     0.3118 0.540 0.000 0.044 0.000 0.324 0.092
#> SRR1430066     3  0.0146     0.8644 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1431037     3  0.0146     0.8644 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1395554     3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.2941     0.5546 0.000 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1344143     2  0.4632    -0.2706 0.000 0.520 0.000 0.040 0.000 0.440
#> SRR1486845     4  0.0790     0.8089 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1362866     5  0.2454     0.6326 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1490740     1  0.3624     0.6857 0.784 0.000 0.000 0.000 0.156 0.060
#> SRR1446627     2  0.1444     0.7578 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1456138     2  0.1387     0.7274 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1416248     1  0.0146     0.8124 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1383907     6  0.5852     0.8004 0.000 0.208 0.000 0.328 0.000 0.464
#> SRR1311018     1  0.0717     0.8177 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1375699     2  0.5449    -0.5235 0.000 0.456 0.000 0.120 0.000 0.424
#> SRR1429846     3  0.2737     0.8218 0.004 0.000 0.868 0.000 0.044 0.084
#> SRR613550      3  0.0858     0.8636 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1348402     1  0.1265     0.8225 0.948 0.000 0.000 0.000 0.044 0.008
#> SRR1345146     5  0.4134     0.4534 0.316 0.000 0.000 0.000 0.656 0.028
#> SRR1324025     3  0.1265     0.8586 0.000 0.000 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1318879     5  0.4310     0.3154 0.004 0.000 0.404 0.000 0.576 0.016
#> SRR820755      3  0.6440     0.3767 0.064 0.000 0.520 0.000 0.264 0.152
#> SRR1485830     4  0.1910     0.7392 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR599313      5  0.2416     0.6367 0.156 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR612263      5  0.4426     0.5408 0.112 0.000 0.036 0.000 0.760 0.092
#> SRR1415398     3  0.3453     0.7721 0.000 0.000 0.792 0.000 0.044 0.164
#> SRR1326205     4  0.1858     0.7704 0.000 0.004 0.000 0.904 0.000 0.092
#> SRR1421327     6  0.5844     0.8134 0.000 0.216 0.000 0.308 0.000 0.476
#> SRR1083311     3  0.0508     0.8648 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1499303     6  0.5894     0.7972 0.000 0.216 0.000 0.332 0.000 0.452
#> SRR1079522     5  0.3023     0.6415 0.140 0.000 0.000 0.000 0.828 0.032
#> SRR1452935     3  0.2697     0.7478 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1379495     1  0.0713     0.8194 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1470459     2  0.2762     0.7514 0.000 0.804 0.000 0.000 0.000 0.196
#> SRR661361      3  0.0260     0.8646 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615778      5  0.2664     0.6259 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1447564     1  0.2165     0.7986 0.884 0.000 0.000 0.000 0.108 0.008
#> SRR1455195     1  0.4697     0.2285 0.548 0.000 0.000 0.000 0.404 0.048
#> SRR655182      1  0.3136     0.7119 0.768 0.000 0.000 0.000 0.228 0.004
#> SRR1335140     2  0.3695     0.1498 0.000 0.624 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR1433555     3  0.0717     0.8651 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1308650     2  0.6396     0.2894 0.000 0.416 0.016 0.000 0.288 0.280
#> SRR1388354     1  0.0508     0.8170 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1317446     3  0.0363     0.8641 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1413602     3  0.2450     0.8109 0.000 0.000 0.868 0.000 0.116 0.016
#> SRR1479955     2  0.3647     0.2040 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR809853      5  0.2001     0.6202 0.048 0.000 0.000 0.000 0.912 0.040
#> SRR661313      3  0.1926     0.8456 0.000 0.000 0.912 0.000 0.020 0.068
#> SRR1499935     6  0.5784     0.7543 0.000 0.184 0.000 0.356 0.000 0.460
#> SRR1447303     3  0.2983     0.7979 0.000 0.000 0.832 0.000 0.032 0.136
#> SRR1429408     2  0.6059    -0.6380 0.000 0.380 0.000 0.360 0.000 0.260
#> SRR1433950     1  0.3052     0.7095 0.780 0.000 0.000 0.000 0.216 0.004
#> SRR1362081     2  0.2697     0.7545 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1409854     3  0.6241     0.3602 0.044 0.000 0.516 0.000 0.296 0.144
#> SRR1435229     5  0.2039     0.6382 0.072 0.000 0.004 0.000 0.908 0.016
#> SRR1085996     5  0.5408    -0.0176 0.412 0.000 0.004 0.000 0.484 0.100
#> SRR1414229     5  0.3717     0.3474 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1400974     3  0.0508     0.8648 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1399971     1  0.0632     0.8193 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR613927      3  0.5940     0.4940 0.040 0.000 0.584 0.000 0.224 0.152
#> SRR1457854     1  0.0858     0.8205 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1473714     1  0.4453     0.4361 0.624 0.000 0.000 0.000 0.332 0.044
#> SRR813776      3  0.6207     0.4234 0.048 0.000 0.544 0.000 0.256 0.152
#> SRR808196      4  0.0146     0.8218 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1101085     6  0.5855     0.7701 0.000 0.200 0.000 0.352 0.000 0.448
#> SRR614395      5  0.7513     0.1639 0.228 0.000 0.300 0.000 0.324 0.148
#> SRR1478251     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.2793     0.7497 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1362310     1  0.0547     0.8191 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR665310      3  0.0520     0.8654 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1420109     5  0.4600     0.1022 0.028 0.000 0.468 0.000 0.500 0.004
#> SRR1330920     5  0.3869     0.6292 0.184 0.000 0.024 0.000 0.768 0.024
#> SRR1419539     2  0.3888     0.6662 0.000 0.672 0.000 0.016 0.000 0.312
#> SRR1359447     3  0.1958     0.8303 0.000 0.000 0.896 0.000 0.100 0.004
#> SRR1347259     4  0.4619     0.3905 0.000 0.088 0.000 0.668 0.000 0.244
#> SRR613915      3  0.3653     0.7796 0.028 0.000 0.820 0.000 0.076 0.076
#> SRR1384395     3  0.1625     0.8473 0.000 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR821715      3  0.3728     0.7591 0.004 0.000 0.784 0.000 0.060 0.152
#> SRR1478228     1  0.0632     0.8193 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1445637     1  0.4479     0.5754 0.684 0.000 0.000 0.000 0.236 0.080
#> SRR608150      5  0.3962     0.6408 0.128 0.004 0.000 0.000 0.772 0.096
#> SRR1096383     1  0.2560     0.7841 0.872 0.000 0.000 0.000 0.092 0.036
#> SRR1341480     6  0.5831     0.7737 0.000 0.196 0.000 0.348 0.000 0.456
#> SRR1341344     5  0.3470     0.5805 0.248 0.000 0.000 0.000 0.740 0.012
#> SRR1326270     3  0.2814     0.8181 0.004 0.000 0.864 0.000 0.080 0.052
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.5618    -0.2250 0.000 0.252 0.000 0.540 0.000 0.208
#> SRR1430270     4  0.1633     0.7941 0.024 0.000 0.000 0.932 0.000 0.044
#> SRR1367825     3  0.1074     0.8617 0.000 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR613533      3  0.0790     0.8642 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR661267      1  0.5894    -0.0212 0.464 0.000 0.368 0.000 0.160 0.008
#> SRR810665      2  0.2378     0.7625 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1407250     5  0.4893     0.6216 0.172 0.000 0.168 0.000 0.660 0.000
#> SRR1420067     1  0.2300     0.7847 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1473632     5  0.4057     0.3106 0.388 0.000 0.000 0.000 0.600 0.012
#> SRR812536      3  0.0291     0.8653 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1370850     2  0.0865     0.7451 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1486195     2  0.2823     0.7478 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1407671     6  0.4882     0.5206 0.000 0.428 0.000 0.060 0.000 0.512
#> SRR1446375     5  0.6288     0.3444 0.316 0.000 0.248 0.000 0.424 0.012
#> SRR1465230     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.2443     0.7866 0.880 0.000 0.004 0.000 0.096 0.020
#> SRR1356101     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1404209     1  0.1643     0.8089 0.924 0.000 0.000 0.000 0.068 0.008
#> SRR1392676     2  0.1007     0.7463 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR665538      1  0.2237     0.7989 0.896 0.000 0.000 0.000 0.068 0.036
#> SRR660510      3  0.0146     0.8644 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1445655     4  0.5426    -0.3015 0.000 0.128 0.000 0.516 0.000 0.356
#> SRR658953      5  0.1644     0.6571 0.028 0.000 0.040 0.000 0.932 0.000
#> SRR2166459     1  0.4091     0.6202 0.732 0.000 0.000 0.000 0.200 0.068
#> SRR1070713     2  0.1075     0.7557 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1485312     3  0.0146     0.8660 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1317631     4  0.0508     0.8187 0.000 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1488610     5  0.3342     0.5926 0.228 0.000 0.000 0.000 0.760 0.012
#> SRR1330588     3  0.0858     0.8632 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1316367     5  0.2070     0.6199 0.048 0.000 0.000 0.000 0.908 0.044
#> SRR1433926     1  0.4873     0.5010 0.632 0.000 0.000 0.000 0.268 0.100
#> SRR1091302     4  0.3229     0.6716 0.000 0.044 0.000 0.816 0.000 0.140
#> SRR818263      3  0.7288    -0.0194 0.160 0.000 0.368 0.000 0.328 0.144
#> SRR1404909     6  0.5767     0.8031 0.000 0.260 0.000 0.232 0.000 0.508
#> SRR663076      1  0.1341     0.8197 0.948 0.000 0.000 0.000 0.024 0.028
#> SRR1323577     2  0.1075     0.7392 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1442422     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.2457     0.7906 0.880 0.000 0.000 0.000 0.084 0.036
#> SRR654862      3  0.7022     0.0791 0.116 0.000 0.404 0.000 0.340 0.140
#> SRR1407112     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.1074     0.8635 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1353199     3  0.0508     0.8652 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1378885     3  0.5459     0.6001 0.036 0.000 0.652 0.000 0.160 0.152
#> SRR665357      3  0.1625     0.8473 0.000 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR662186      2  0.1075     0.7392 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1501020     3  0.1556     0.8431 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1347819     3  0.0146     0.8656 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480813     2  0.0146     0.7541 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1472576     6  0.5894     0.8166 0.000 0.244 0.000 0.284 0.000 0.472
#> SRR1431781     4  0.4046     0.5474 0.000 0.084 0.000 0.748 0.000 0.168
#> SRR1452270     3  0.0363     0.8641 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1500472     5  0.3225     0.6627 0.092 0.000 0.080 0.000 0.828 0.000
#> SRR1417632     6  0.5705     0.7891 0.000 0.280 0.000 0.204 0.000 0.516
#> SRR1350153     2  0.2340     0.7632 0.000 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1458113     3  0.2520     0.7884 0.000 0.000 0.844 0.000 0.152 0.004
#> SRR1326579     5  0.3050     0.5856 0.236 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1349363     2  0.4593    -0.3141 0.000 0.492 0.000 0.036 0.000 0.472
#> SRR1096712     3  0.1686     0.8460 0.000 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR1090407     3  0.2255     0.8338 0.000 0.000 0.892 0.000 0.028 0.080
#> SRR1083752     2  0.2527     0.6334 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1377599     6  0.4985     0.5831 0.000 0.400 0.000 0.072 0.000 0.528
#> SRR1488449     3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1318354     3  0.2006     0.8303 0.000 0.000 0.892 0.000 0.104 0.004
#> SRR1359062     3  0.0508     0.8648 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1398924     5  0.1578     0.6508 0.004 0.000 0.048 0.000 0.936 0.012
#> SRR663783      3  0.0405     0.8657 0.000 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1319204     5  0.7236     0.4404 0.024 0.124 0.156 0.000 0.508 0.188
#> SRR1369070     2  0.1204     0.7350 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR615659      1  0.3730     0.6774 0.772 0.000 0.000 0.000 0.168 0.060
#> SRR1337449     2  0.2260     0.7638 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1316982     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1498595     6  0.5547     0.6949 0.000 0.344 0.000 0.148 0.000 0.508
#> SRR1377423     3  0.0937     0.8609 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1312310     2  0.2454     0.7613 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1485613     1  0.1757     0.8165 0.916 0.000 0.000 0.000 0.076 0.008
#> SRR1338426     3  0.3136     0.6652 0.000 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004
#> SRR1353309     3  0.0909     0.8638 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR658941      5  0.6710     0.4156 0.308 0.004 0.168 0.000 0.464 0.056
#> SRR1101643     1  0.1556     0.8114 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1401468     1  0.3023     0.7669 0.828 0.000 0.000 0.000 0.140 0.032
#> SRR1368874     2  0.2697     0.7546 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1324085     4  0.5219     0.0889 0.000 0.176 0.000 0.612 0.000 0.212
#> SRR1363858     5  0.5141     0.2053 0.420 0.004 0.000 0.000 0.504 0.072
#> SRR819820      3  0.4392     0.3641 0.040 0.000 0.628 0.000 0.332 0.000
#> SRR1337342     5  0.3483     0.5916 0.236 0.000 0.016 0.000 0.748 0.000
#> SRR655206      2  0.3636     0.6681 0.000 0.676 0.000 0.004 0.000 0.320
#> SRR1387013     2  0.2793     0.5761 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1317410     1  0.0632     0.8193 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR608198      5  0.3168     0.6198 0.192 0.000 0.000 0.000 0.792 0.016
#> SRR1440161     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1343741     2  0.1204     0.7350 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1381288     2  0.1075     0.7392 0.000 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1415379     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR663197      3  0.0291     0.8653 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1394836     2  0.3198     0.7230 0.000 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR661699      5  0.7074     0.4736 0.024 0.096 0.136 0.000 0.512 0.232
#> SRR813680      1  0.5484     0.2277 0.568 0.000 0.280 0.000 0.148 0.004
#> SRR1410678     1  0.0713     0.8194 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     5  0.3923     0.1683 0.416 0.000 0.000 0.000 0.580 0.004
#> SRR1311486     2  0.2219     0.7640 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1382851     2  0.3795     0.1754 0.000 0.632 0.000 0.004 0.000 0.364
#> SRR1433410     5  0.2778     0.6354 0.168 0.000 0.000 0.000 0.824 0.008
#> SRR661167      3  0.0405     0.8653 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1432518     3  0.1204     0.8574 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR660462      3  0.0146     0.8644 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374608     4  0.5019     0.2806 0.000 0.104 0.000 0.604 0.000 0.292
#> SRR657949      3  0.6004     0.4097 0.040 0.000 0.548 0.000 0.288 0.124
#> SRR1308882     4  0.3240     0.5385 0.000 0.004 0.000 0.752 0.000 0.244
#> SRR655768      1  0.3911     0.3880 0.624 0.000 0.000 0.000 0.368 0.008
#> SRR1485870     6  0.5841     0.7969 0.000 0.204 0.000 0.332 0.000 0.464
#> SRR1444138     1  0.6817     0.1733 0.476 0.000 0.200 0.000 0.244 0.080
#> SRR1417342     1  0.3580     0.7513 0.812 0.000 0.000 0.024 0.128 0.036
#> SRR1470193     4  0.4929     0.2837 0.000 0.100 0.000 0.620 0.000 0.280
#> SRR1091380     3  0.5578     0.0592 0.080 0.000 0.520 0.000 0.376 0.024
#> SRR1099096     1  0.0146     0.8124 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1313583     4  0.4572     0.5773 0.124 0.000 0.000 0.744 0.032 0.100
#> SRR1467102     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1485416     6  0.5852     0.8004 0.000 0.208 0.000 0.328 0.000 0.464
#> SRR818821      3  0.0937     0.8624 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR809963      5  0.7539     0.2168 0.256 0.000 0.272 0.000 0.324 0.148
#> SRR1072247     1  0.0632     0.8193 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1353710     4  0.4200     0.5110 0.000 0.072 0.000 0.720 0.000 0.208
#> SRR1445259     5  0.5173     0.1554 0.036 0.000 0.384 0.000 0.548 0.032
#> SRR1408393     3  0.6633     0.2887 0.072 0.000 0.480 0.000 0.296 0.152
#> SRR1361522     1  0.1434     0.8122 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR1368597     1  0.1444     0.8142 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1309680     2  0.1556     0.7196 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1310542     3  0.0820     0.8647 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1333485     4  0.4065     0.3584 0.000 0.028 0.000 0.672 0.000 0.300
#> SRR1406437     4  0.5470     0.0882 0.000 0.136 0.000 0.516 0.000 0.348
#> SRR1354931     3  0.0146     0.8654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1391856     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1446738     2  0.3394     0.6584 0.000 0.752 0.000 0.012 0.000 0.236
#> SRR1309032     2  0.2664     0.7557 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1388145     2  0.2378     0.7625 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1432611     2  0.2454     0.7613 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR815869      3  0.0820     0.8645 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR613150      3  0.0363     0.8641 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1375329     5  0.3718     0.6512 0.084 0.000 0.132 0.000 0.784 0.000
#> SRR1387921     1  0.0713     0.8194 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1466792     2  0.2697     0.7545 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1360478     2  0.1610     0.7616 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1360695     1  0.1421     0.8214 0.944 0.000 0.000 0.000 0.028 0.028
#> SRR812943      5  0.2230     0.6474 0.084 0.000 0.000 0.000 0.892 0.024
#> SRR1400910     5  0.3213     0.6616 0.084 0.000 0.076 0.000 0.836 0.004
#> SRR1444203     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.2165     0.6805 0.000 0.884 0.000 0.008 0.000 0.108
#> SRR658754      3  0.1297     0.8572 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040 0.012
#> SRR1429603     4  0.4236     0.3818 0.000 0.036 0.000 0.656 0.000 0.308
#> SRR1397366     3  0.0547     0.8658 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1446028     1  0.3727     0.3444 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR1083918     2  0.1204     0.7343 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1337606     5  0.4336     0.6513 0.120 0.004 0.024 0.000 0.768 0.084
#> SRR659109      3  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1337192     5  0.3368     0.5912 0.232 0.000 0.000 0.000 0.756 0.012
#> SRR656946      1  0.4362     0.3236 0.584 0.000 0.000 0.000 0.388 0.028
#> SRR1476102     1  0.1584     0.8067 0.928 0.000 0.000 0.000 0.064 0.008
#> SRR1476447     1  0.2793     0.7184 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1342067     4  0.3330     0.4840 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1385389     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.4727     0.5367 0.660 0.000 0.000 0.000 0.240 0.100
#> SRR614419      5  0.2070     0.6180 0.048 0.000 0.000 0.000 0.908 0.044
#> SRR1322936     5  0.4117     0.6361 0.144 0.004 0.000 0.000 0.756 0.096
#> SRR1349121     1  0.0790     0.8205 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1430549     1  0.1714     0.8012 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR612935      3  0.2178     0.8074 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR661481      2  0.0458     0.7503 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1354117     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1393596     6  0.5862     0.8029 0.000 0.212 0.000 0.324 0.000 0.464
#> SRR1452164     1  0.0858     0.8178 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1070503     3  0.4971     0.6556 0.020 0.000 0.692 0.000 0.136 0.152
#> SRR1499894     3  0.1686     0.8460 0.000 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR1082883     5  0.4036     0.6409 0.120 0.008 0.000 0.000 0.772 0.100
#> SRR1468271     1  0.2560     0.7841 0.872 0.000 0.000 0.000 0.092 0.036
#> SRR1332443     1  0.0146     0.8124 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810295      2  0.2491     0.7606 0.000 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR662103      1  0.2750     0.7458 0.844 0.000 0.000 0.000 0.136 0.020
#> SRR1328620     3  0.2234     0.8146 0.000 0.000 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR1396294     4  0.0692     0.8158 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1419917     1  0.5266     0.3758 0.560 0.000 0.004 0.000 0.336 0.100
#> SRR662114      3  0.2442     0.7970 0.000 0.000 0.852 0.000 0.144 0.004
#> SRR1489199     3  0.6199     0.2677 0.044 0.000 0.484 0.000 0.352 0.120
#> SRR813584      2  0.4493     0.4074 0.000 0.708 0.000 0.132 0.000 0.160
#> SRR1069638     5  0.4205     0.6363 0.084 0.000 0.188 0.000 0.728 0.000
#> SRR614864      3  0.0777     0.8645 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1433392     5  0.7483     0.1283 0.212 0.000 0.316 0.000 0.324 0.148
#> SRR1377777     2  0.2664     0.6058 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR2167710     1  0.4468     0.3818 0.612 0.000 0.016 0.000 0.356 0.016
#> SRR1401252     6  0.5836     0.8102 0.000 0.212 0.000 0.312 0.000 0.476
#> SRR1309963     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.2358     0.7503 0.876 0.000 0.000 0.000 0.108 0.016
#> SRR1418628     2  0.2260     0.7636 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1486889     1  0.3997     0.6037 0.688 0.000 0.004 0.000 0.288 0.020
#> SRR1380393     1  0.1168     0.8207 0.956 0.000 0.000 0.000 0.028 0.016
#> SRR1319731     1  0.0790     0.8193 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1356468     4  0.0260     0.8208 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1337010     2  0.2664     0.7562 0.000 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1486520     1  0.2699     0.7667 0.856 0.000 0.012 0.000 0.124 0.008
#> SRR1486538     4  0.1327     0.7992 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1340486     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     6  0.4735     0.4921 0.000 0.432 0.000 0.048 0.000 0.520
#> SRR1465459     3  0.4364     0.7043 0.004 0.000 0.732 0.000 0.112 0.152
#> SRR1080270     3  0.0363     0.8641 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1312501     3  0.0790     0.8642 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1093148     5  0.6114     0.6220 0.104 0.040 0.124 0.000 0.656 0.076
#> SRR1467080     3  0.0508     0.8648 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1410866     2  0.0713     0.7601 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR816475      4  0.5289     0.2055 0.000 0.140 0.000 0.580 0.000 0.280
#> SRR1379198     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0632     0.8652 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1452246     2  0.2003     0.6873 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1338836     2  0.1204     0.7350 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1369129     4  0.0260     0.8205 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1396616     3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0260     0.8646 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1082376     3  0.7292    -0.0200 0.156 0.000 0.364 0.000 0.332 0.148
#> SRR1500891     6  0.5844     0.8134 0.000 0.216 0.000 0.308 0.000 0.476
#> SRR807543      3  0.6427     0.3390 0.056 0.000 0.504 0.000 0.288 0.152
#> SRR1091572     5  0.3678     0.6628 0.128 0.000 0.084 0.000 0.788 0.000
#> SRR1346689     6  0.5498     0.5814 0.000 0.128 0.000 0.408 0.000 0.464
#> SRR1332424     5  0.2932     0.6327 0.164 0.000 0.000 0.000 0.820 0.016
#> SRR663729      4  0.4996     0.1423 0.000 0.100 0.000 0.604 0.000 0.296
#> SRR1097013     1  0.1434     0.8113 0.940 0.000 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR613675      5  0.4117     0.6361 0.144 0.004 0.000 0.000 0.756 0.096
#> SRR1485357     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.2165     0.8208 0.000 0.000 0.884 0.000 0.108 0.008
#> SRR1500113     1  0.2651     0.7912 0.860 0.000 0.000 0.000 0.112 0.028
#> SRR1437622     2  0.2996     0.5400 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1355172     1  0.3466     0.7535 0.832 0.000 0.040 0.000 0.092 0.036
#> SRR655531      5  0.3652     0.5991 0.188 0.000 0.000 0.000 0.768 0.044
#> SRR1338147     3  0.1926     0.8456 0.000 0.000 0.912 0.000 0.020 0.068
#> SRR1413329     5  0.5468     0.5537 0.160 0.000 0.288 0.000 0.552 0.000
#> SRR1485931     2  0.1663     0.7129 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1420873     1  0.0260     0.8168 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333308     4  0.3081     0.6350 0.000 0.004 0.000 0.776 0.000 0.220
#> SRR1452033     1  0.1418     0.8139 0.944 0.000 0.000 0.000 0.024 0.032
#> SRR1467316     2  0.3634     0.2173 0.000 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR809018      3  0.0622     0.8651 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1375351     2  0.1007     0.7414 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR663440      3  0.2726     0.8160 0.000 0.000 0.856 0.000 0.032 0.112
#> SRR1471755     2  0.2260     0.6653 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR808019      1  0.3883     0.7127 0.788 0.000 0.040 0.000 0.144 0.028
#> SRR1479133     3  0.0405     0.8653 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR615069      5  0.4304     0.5999 0.040 0.000 0.228 0.000 0.716 0.016
#> SRR1456185     2  0.5378     0.5173 0.000 0.556 0.000 0.000 0.140 0.304
#> SRR1350069     4  0.0603     0.8173 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000 0.016
#> SRR816316      5  0.7413     0.2484 0.248 0.000 0.264 0.000 0.360 0.128
#> SRR664795      1  0.4233     0.6369 0.752 0.000 0.100 0.000 0.140 0.008
#> SRR1490721     6  0.5889     0.8160 0.000 0.260 0.000 0.264 0.000 0.476
#> SRR810643      1  0.1075     0.8157 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1430333     5  0.4731     0.6350 0.108 0.000 0.156 0.000 0.716 0.020
#> SRR1085285     3  0.0146     0.8654 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099072     3  0.0865     0.8617 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1317985     1  0.0777     0.8204 0.972 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004
#> SRR1487340     1  0.1501     0.8147 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1420276     3  0.1625     0.8473 0.000 0.000 0.928 0.000 0.060 0.012
#> SRR1351347     3  0.0260     0.8662 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1405525     5  0.3445     0.5815 0.244 0.000 0.000 0.000 0.744 0.012
#> SRR1370329     1  0.0865     0.8188 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1465001     1  0.0632     0.8193 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476525     2  0.0937     0.7427 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR819610      2  0.6089    -0.5217 0.000 0.392 0.000 0.308 0.000 0.300
#> SRR2157314     1  0.2020     0.8124 0.896 0.000 0.000 0.000 0.096 0.008
#> SRR1409465     2  0.1007     0.7415 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR809987      4  0.0713     0.8165 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR613639      3  0.1921     0.8488 0.000 0.000 0.916 0.000 0.052 0.032
#> SRR1402285     4  0.0146     0.8216 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1077038     5  0.7514     0.1974 0.288 0.000 0.232 0.000 0.332 0.148
#> SRR1405660     3  0.1500     0.8515 0.000 0.000 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1095455     5  0.4619     0.3569 0.020 0.000 0.296 0.000 0.652 0.032
#> SRR1394734     2  0.1444     0.7218 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1317771     1  0.2048     0.7768 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1365894     6  0.5962     0.8072 0.000 0.280 0.000 0.268 0.000 0.452
#> SRR1073581     1  0.2798     0.7770 0.852 0.000 0.000 0.000 0.112 0.036
#> SRR659804      1  0.1204     0.8123 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1345914     2  0.0363     0.7522 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1432186     2  0.0632     0.7480 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1473529     2  0.3851    -0.1728 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR660764      3  0.1152     0.8611 0.000 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR820448      5  0.7361     0.2308 0.272 0.000 0.240 0.000 0.368 0.120
#> SRR1328845     4  0.0692     0.8158 0.000 0.004 0.000 0.976 0.000 0.020
#> SRR1336415     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0937     0.8080 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1459190     3  0.1908     0.8302 0.004 0.000 0.900 0.000 0.096 0.000
#> SRR1346773     1  0.2006     0.7972 0.892 0.000 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR1499521     1  0.2560     0.7841 0.872 0.000 0.000 0.000 0.092 0.036
#> SRR1440898     2  0.0458     0.7508 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1347459     3  0.1858     0.8391 0.000 0.000 0.904 0.000 0.092 0.004
#> SRR1081209     2  0.1141     0.7387 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1400202     1  0.0937     0.8180 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1333395     4  0.4044     0.5543 0.000 0.040 0.000 0.704 0.000 0.256
#> SRR1309248     6  0.4829     0.5288 0.000 0.424 0.000 0.056 0.000 0.520
#> SRR809161      3  0.3344     0.7760 0.000 0.000 0.804 0.000 0.044 0.152
#> SRR1316320     2  0.4589    -0.3160 0.000 0.504 0.000 0.036 0.000 0.460
#> SRR1432629     2  0.1267     0.7326 0.000 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1498931     1  0.0891     0.8204 0.968 0.000 0.000 0.000 0.024 0.008
#> SRR1416578     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0820     0.8645 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1470534     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.1267     0.8107 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.1367     0.8556 0.000 0.000 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR1500450     1  0.3493     0.7658 0.828 0.000 0.000 0.036 0.100 0.036
#> SRR1078489     5  0.4576     0.6271 0.084 0.000 0.192 0.000 0.712 0.012
#> SRR1332648     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      5  0.3894     0.4617 0.004 0.000 0.324 0.000 0.664 0.008
#> SRR1470420     2  0.2454     0.7616 0.000 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1475566     1  0.0632     0.8193 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1477949     1  0.1267     0.8132 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1481419     2  0.0937     0.7427 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1464766     1  0.6060     0.4048 0.596 0.000 0.084 0.000 0.212 0.108
#> SRR615946      3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0458     0.7569 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1467656     2  0.2527     0.7607 0.000 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1402962     1  0.5037     0.1776 0.540 0.000 0.080 0.000 0.380 0.000
#> SRR660224      2  0.2562     0.7610 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172
#> SRR665586      1  0.5387     0.1477 0.464 0.000 0.004 0.000 0.436 0.096
#> SRR1347166     5  0.2454     0.6357 0.160 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1485722     5  0.5591     0.5547 0.196 0.000 0.232 0.000 0.568 0.004
#> SRR1415316     1  0.2631     0.7698 0.840 0.000 0.000 0.000 0.152 0.008
#> SRR613390      5  0.7077     0.1601 0.328 0.000 0.152 0.000 0.404 0.116
#> SRR661108      3  0.0146     0.8644 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR2170173     5  0.5328     0.5000 0.132 0.000 0.308 0.000 0.560 0.000
#> SRR817329      1  0.5317     0.1848 0.464 0.000 0.004 0.000 0.444 0.088
#> SRR1401990     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.2730     0.7196 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1471795     2  0.0632     0.7480 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1415637     2  0.1910     0.7618 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR813137      3  0.6969     0.1859 0.180 0.000 0.456 0.000 0.264 0.100
#> SRR1314873     1  0.3076     0.6568 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1401211     1  0.2537     0.8004 0.872 0.000 0.000 0.000 0.096 0.032
#> SRR1419692     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      3  0.4322     0.7085 0.004 0.000 0.736 0.000 0.108 0.152
#> SRR2164608     3  0.3470     0.6354 0.000 0.000 0.740 0.000 0.248 0.012
#> SRR1455586     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR819459      3  0.0508     0.8650 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1488939     2  0.3706     0.1357 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000 0.380
#> SRR1433232     2  0.1327     0.7300 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1385501     3  0.6251     0.2431 0.052 0.000 0.476 0.000 0.360 0.112
#> SRR1361652     5  0.1679     0.6519 0.016 0.000 0.036 0.000 0.936 0.012
#> SRR1437119     1  0.0458     0.8185 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1478547     3  0.0291     0.8653 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1430910     5  0.3756     0.4772 0.004 0.000 0.316 0.000 0.676 0.004
#> SRR1310584     1  0.0363     0.8178 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1500216     5  0.2664     0.6262 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR1486762     3  0.0993     0.8637 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1480854     6  0.5877     0.7980 0.000 0.212 0.000 0.332 0.000 0.456
#> SRR1489394     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0260     0.8205 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1473058     4  0.5982    -0.2158 0.000 0.288 0.000 0.444 0.000 0.268
#> SRR1405165     3  0.2480     0.8123 0.000 0.000 0.872 0.000 0.104 0.024
#> SRR1433004     5  0.6865     0.1885 0.308 0.000 0.128 0.000 0.452 0.112
#> SRR1471477     1  0.2752     0.7774 0.856 0.000 0.000 0.000 0.108 0.036
#> SRR1098567     2  0.2730     0.7530 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1098712     4  0.1701     0.7818 0.000 0.008 0.000 0.920 0.000 0.072
#> SRR1455038     5  0.5439     0.3925 0.224 0.000 0.040 0.000 0.640 0.096
#> SRR1375248     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1403005     3  0.3408     0.7725 0.000 0.000 0.800 0.000 0.048 0.152
#> SRR1348378     2  0.3023     0.7367 0.000 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1413541     5  0.5295    -0.0987 0.440 0.000 0.000 0.000 0.460 0.100
#> SRR1392943     4  0.5727    -0.0853 0.000 0.156 0.000 0.532 0.008 0.304
#> SRR1475192     3  0.0622     0.8652 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1432085     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1452468     5  0.2520     0.6377 0.152 0.000 0.004 0.000 0.844 0.000
#> SRR1347060     3  0.0363     0.8641 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1414139     2  0.3217     0.7337 0.000 0.768 0.000 0.000 0.008 0.224
#> SRR1447962     2  0.2823     0.7478 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1444324     2  0.2854     0.7457 0.000 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1415004     1  0.0508     0.8169 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1413436     1  0.3446     0.5478 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR1311266     5  0.3782     0.2947 0.412 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0790     0.8194 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1429678     1  0.1075     0.8194 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1469413     2  0.2823     0.7478 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1405331     3  0.5102     0.6218 0.012 0.000 0.664 0.000 0.172 0.152
#> SRR1345609     1  0.0603     0.8177 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1380208     2  0.4293    -0.0733 0.000 0.536 0.000 0.004 0.012 0.448
#> SRR1322840     4  0.0260     0.8205 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1399797     3  0.0291     0.8653 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1416654     3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.1802     0.8428 0.000 0.000 0.916 0.000 0.072 0.012
#> SRR1369196     3  0.0363     0.8641 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1400847     1  0.0713     0.8197 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1365291     3  0.3276     0.7862 0.000 0.000 0.816 0.000 0.052 0.132
#> SRR1367920     6  0.5770     0.7923 0.000 0.288 0.000 0.212 0.000 0.500
#> SRR1366648     3  0.0622     0.8651 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1441679     2  0.2631     0.7569 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1082173     5  0.5453     0.2894 0.076 0.000 0.424 0.000 0.484 0.016
#> SRR1363968     1  0.2179     0.7997 0.900 0.000 0.000 0.000 0.064 0.036
#> SRR814387      1  0.0632     0.8193 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR657599      1  0.4105     0.4599 0.648 0.000 0.004 0.000 0.332 0.016
#> SRR1386689     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.1700     0.8414 0.000 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1453811     3  0.4047     0.7348 0.004 0.000 0.760 0.000 0.084 0.152
#> SRR1441159     1  0.4109     0.2285 0.576 0.000 0.000 0.000 0.412 0.012
#> SRR1403154     4  0.0000     0.8224 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.8645 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.2384     0.8352 0.000 0.000 0.888 0.000 0.064 0.048

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:NMF

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.811           0.904       0.959         0.4953 0.505   0.505
#> 3 3 0.782           0.830       0.927         0.3283 0.743   0.533
#> 4 4 0.826           0.847       0.931         0.1165 0.769   0.448
#> 5 5 0.769           0.756       0.877         0.0773 0.869   0.566
#> 6 6 0.697           0.575       0.772         0.0387 0.868   0.480

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.9522      0.432 0.628 0.372
#> SRR1331708     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0938      0.947 0.988 0.012
#> SRR1454201     1  0.0672      0.951 0.992 0.008
#> SRR661589      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1430066     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1431037     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1395554     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.7056      0.763 0.192 0.808
#> SRR1344143     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1486845     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.7139      0.757 0.196 0.804
#> SRR1416248     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1375699     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1429846     2  0.7674      0.708 0.224 0.776
#> SRR613550      2  0.4815      0.864 0.104 0.896
#> SRR1348402     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1324025     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1318879     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR820755      1  0.9850      0.280 0.572 0.428
#> SRR1485830     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1415398     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1421327     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1083311     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1499303     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1452935     2  0.1414      0.941 0.020 0.980
#> SRR1379495     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR661361      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1335140     1  0.9580      0.368 0.620 0.380
#> SRR1433555     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1413602     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.9044      0.549 0.320 0.680
#> SRR809853      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR661313      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1499935     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1447303     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1429408     2  0.7602      0.736 0.220 0.780
#> SRR1433950     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.9170      0.523 0.668 0.332
#> SRR1435229     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1400974     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR613927      2  0.9850      0.238 0.428 0.572
#> SRR1457854     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR813776      1  0.9896      0.243 0.560 0.440
#> SRR808196      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.4815      0.862 0.896 0.104
#> SRR1478251     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR665310      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1420109     1  0.9000      0.556 0.684 0.316
#> SRR1330920     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1359447     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1347259     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR613915      2  0.7602      0.714 0.220 0.780
#> SRR1384395     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR821715      2  0.0672      0.950 0.008 0.992
#> SRR1478228     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.7139      0.751 0.804 0.196
#> SRR1341480     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1326270     2  0.9393      0.444 0.356 0.644
#> SRR1498838     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1416313     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR808566      1  0.9710      0.312 0.600 0.400
#> SRR1430270     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR613533      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR661267      1  0.9963      0.163 0.536 0.464
#> SRR810665      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.9248      0.506 0.660 0.340
#> SRR1420067     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR812536      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0672      0.950 0.008 0.992
#> SRR1486195     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1407671     1  0.6887      0.754 0.816 0.184
#> SRR1446375     1  0.1633      0.938 0.976 0.024
#> SRR1465230     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.5842      0.822 0.860 0.140
#> SRR1356101     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR660510      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1445655     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1485312     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1330588     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.1414      0.941 0.980 0.020
#> SRR1404909     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1442422     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1332969     2  0.0938      0.947 0.012 0.988
#> SRR1353199     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1378885     2  0.9661      0.348 0.392 0.608
#> SRR665357      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1501020     2  0.7139      0.750 0.196 0.804
#> SRR1347819     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1472576     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1431781     1  0.4298      0.879 0.912 0.088
#> SRR1452270     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.9815      0.253 0.580 0.420
#> SRR1417632     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1458113     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1349363     1  0.0938      0.947 0.988 0.012
#> SRR1096712     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1090407     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.6343      0.803 0.160 0.840
#> SRR1377599     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1488449     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1318354     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1359062     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1398924     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR663783      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1319204     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1498595     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1377423     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1338426     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1353309     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR658941      2  0.0672      0.950 0.008 0.992
#> SRR1101643     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.2423      0.924 0.960 0.040
#> SRR1368874     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR819820      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.7299      0.747 0.204 0.796
#> SRR1317410     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.3879      0.893 0.076 0.924
#> SRR1381288     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1415379     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR663197      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1394836     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR661699      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR813680      1  0.9491      0.442 0.632 0.368
#> SRR1410678     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.8813      0.589 0.300 0.700
#> SRR1433410     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR661167      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1432518     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR660462      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.8207      0.663 0.744 0.256
#> SRR657949      1  0.9754      0.339 0.592 0.408
#> SRR1308882     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1444138     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1091380     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1485416     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR818821      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.4939      0.858 0.892 0.108
#> SRR1072247     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1445259     1  0.5059      0.857 0.888 0.112
#> SRR1408393     1  0.8443      0.636 0.728 0.272
#> SRR1361522     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.7219      0.752 0.200 0.800
#> SRR1310542     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1406437     2  0.2948      0.915 0.052 0.948
#> SRR1354931     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1391856     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1446738     2  0.0376      0.953 0.004 0.996
#> SRR1309032     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1432611     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR613150      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1375329     1  0.8555      0.603 0.720 0.280
#> SRR1387921     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.9286      0.498 0.344 0.656
#> SRR1444203     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.4690      0.870 0.100 0.900
#> SRR658754      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1397366     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0672      0.950 0.008 0.992
#> SRR1337606     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR659109      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.1184      0.944 0.016 0.984
#> SRR1354117     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1393596     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1070503     2  0.6712      0.778 0.176 0.824
#> SRR1499894     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1396294     1  0.9710      0.361 0.600 0.400
#> SRR1419917     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR662114      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.6712      0.778 0.824 0.176
#> SRR813584      2  0.4431      0.878 0.092 0.908
#> SRR1069638     2  0.1633      0.939 0.024 0.976
#> SRR614864      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1433392     1  0.6887      0.767 0.816 0.184
#> SRR1377777     2  0.8327      0.654 0.264 0.736
#> SRR2167710     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1401252     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.7219      0.746 0.800 0.200
#> SRR1380393     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1377696     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1465459     2  0.8661      0.595 0.288 0.712
#> SRR1080270     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1312501     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1093148     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1467080     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR816475      2  0.9491      0.414 0.368 0.632
#> SRR1379198     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.7299      0.746 0.204 0.796
#> SRR1338836     2  0.1414      0.941 0.020 0.980
#> SRR1369129     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR813824      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.1184      0.944 0.984 0.016
#> SRR1500891     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.9393      0.470 0.644 0.356
#> SRR1091572     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1346689     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1485357     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR655816      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.8016      0.687 0.244 0.756
#> SRR1355172     1  0.8861      0.579 0.696 0.304
#> SRR655531      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1338147     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1413329     1  0.9988      0.104 0.520 0.480
#> SRR1485931     2  0.7528      0.729 0.216 0.784
#> SRR1420873     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.9460      0.451 0.364 0.636
#> SRR809018      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR663440      2  0.2778      0.918 0.048 0.952
#> SRR1471755     2  0.5629      0.836 0.132 0.868
#> SRR808019      1  0.9427      0.461 0.640 0.360
#> SRR1479133     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR615069      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1350069     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.7528      0.723 0.784 0.216
#> SRR1490721     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1430333     2  0.8443      0.626 0.272 0.728
#> SRR1085285     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1099072     2  0.2603      0.922 0.044 0.956
#> SRR1317985     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1351347     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR819610      1  0.1843      0.934 0.972 0.028
#> SRR2157314     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR613639      2  0.8016      0.676 0.244 0.756
#> SRR1402285     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.2043      0.931 0.968 0.032
#> SRR1405660     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1095455     1  0.5519      0.829 0.872 0.128
#> SRR1394734     2  0.0376      0.953 0.004 0.996
#> SRR1317771     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1365894     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.7219      0.746 0.800 0.200
#> SRR659804      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.1184      0.944 0.016 0.984
#> SRR1432186     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1473529     1  0.7674      0.694 0.776 0.224
#> SRR660764      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1336415     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1459190     2  0.7299      0.738 0.204 0.796
#> SRR1346773     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.2778      0.917 0.952 0.048
#> SRR1440898     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1347459     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.1414      0.941 0.020 0.980
#> SRR1400202     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1309248     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR809161      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1316320     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.6438      0.798 0.164 0.836
#> SRR1498931     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1405547     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1309160     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR663489      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1078489     2  0.9635      0.359 0.388 0.612
#> SRR1332648     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1470420     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR615946      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.9044      0.548 0.680 0.320
#> SRR1415316     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR661108      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR2170173     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0672      0.950 0.008 0.992
#> SRR1415637     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.4939      0.858 0.892 0.108
#> SRR1314873     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1419692     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR818797      2  0.7950      0.682 0.240 0.760
#> SRR2164608     2  0.2948      0.915 0.052 0.948
#> SRR1455586     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR819459      2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1488939     1  0.9850      0.228 0.572 0.428
#> SRR1433232     2  0.6887      0.773 0.184 0.816
#> SRR1385501     1  0.1633      0.938 0.976 0.024
#> SRR1361652     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1430910     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1405165     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.1843      0.934 0.972 0.028
#> SRR1098567     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1098712     1  0.5946      0.818 0.856 0.144
#> SRR1455038     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1403005     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1347060     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1447962     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1405331     2  0.8955      0.546 0.312 0.688
#> SRR1345609     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1322840     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1416654     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1315081     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1369196     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1365291     2  0.1184      0.944 0.016 0.984
#> SRR1367920     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1366648     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1082173     2  0.0938      0.947 0.012 0.988
#> SRR1363968     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.8713      0.601 0.708 0.292
#> SRR1386689     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1395575     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1453811     2  0.5408      0.842 0.124 0.876
#> SRR1441159     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0000      0.957 1.000 0.000
#> SRR1468722     2  0.0000      0.955 0.000 1.000
#> SRR1310275     2  0.0000      0.955 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.4062     0.7881 0.836 0.000 0.164
#> SRR1331708     2  0.4062     0.7832 0.164 0.836 0.000
#> SRR1464258     1  0.1031     0.9068 0.976 0.000 0.024
#> SRR1454201     1  0.1289     0.9015 0.968 0.000 0.032
#> SRR661589      3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1456229     1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR1315165     2  0.4178     0.7680 0.172 0.828 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.5529     0.5580 0.704 0.296 0.000
#> SRR1094457     1  0.6235     0.1980 0.564 0.436 0.000
#> SRR1095575     1  0.0592     0.9137 0.988 0.000 0.012
#> SRR1315931     1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430066     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1431037     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1395554     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR818002      2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486845     2  0.5905     0.4886 0.352 0.648 0.000
#> SRR1362866     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0892     0.8808 0.000 0.980 0.020
#> SRR1456138     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.1163     0.8818 0.028 0.972 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0592     0.8865 0.012 0.988 0.000
#> SRR1429846     3  0.1643     0.9176 0.044 0.000 0.956
#> SRR613550      3  0.1031     0.9335 0.024 0.000 0.976
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1324025     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318879     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR820755      1  0.6308     0.0349 0.508 0.000 0.492
#> SRR1485830     2  0.5760     0.5399 0.328 0.672 0.000
#> SRR599313      1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1326205     2  0.5465     0.6114 0.288 0.712 0.000
#> SRR1421327     2  0.0892     0.8845 0.020 0.980 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     2  0.3941     0.7869 0.156 0.844 0.000
#> SRR1452935     3  0.1289     0.9276 0.032 0.000 0.968
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     3  0.4399     0.7631 0.000 0.188 0.812
#> SRR661361      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR615778      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     3  0.3340     0.8442 0.000 0.120 0.880
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1499935     2  0.0237     0.8878 0.004 0.996 0.000
#> SRR1447303     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1429408     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.6274     0.1001 0.000 0.544 0.456
#> SRR1409854     1  0.4291     0.7623 0.820 0.000 0.180
#> SRR1435229     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.0592     0.9382 0.000 0.012 0.988
#> SRR1400974     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.4842     0.7050 0.224 0.000 0.776
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR813776      3  0.6267     0.1659 0.452 0.000 0.548
#> SRR808196      1  0.4750     0.6924 0.784 0.216 0.000
#> SRR1101085     2  0.1753     0.8724 0.048 0.952 0.000
#> SRR614395      1  0.1529     0.8959 0.960 0.000 0.040
#> SRR1478251     1  0.5650     0.5267 0.688 0.312 0.000
#> SRR1370551     3  0.6307     0.0795 0.000 0.488 0.512
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0592     0.9409 0.012 0.000 0.988
#> SRR1420109     1  0.5529     0.5780 0.704 0.000 0.296
#> SRR1330920     1  0.0592     0.9137 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419539     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359447     3  0.0592     0.9377 0.000 0.012 0.988
#> SRR1347259     2  0.4750     0.7159 0.216 0.784 0.000
#> SRR613915      3  0.1643     0.9176 0.044 0.000 0.956
#> SRR1384395     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR821715      3  0.1031     0.9335 0.024 0.000 0.976
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR608150      2  0.5760     0.5564 0.328 0.672 0.000
#> SRR1096383     1  0.1411     0.8999 0.964 0.000 0.036
#> SRR1341480     2  0.0747     0.8856 0.016 0.984 0.000
#> SRR1341344     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1326270     3  0.2448     0.8877 0.076 0.000 0.924
#> SRR1498838     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1416313     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR808566      2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     1  0.1643     0.8888 0.956 0.044 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR661267      3  0.6045     0.3696 0.380 0.000 0.620
#> SRR810665      2  0.1964     0.8576 0.000 0.944 0.056
#> SRR1407250     1  0.3941     0.7954 0.844 0.000 0.156
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.0424     0.9147 0.992 0.008 0.000
#> SRR812536      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486195     3  0.5785     0.5257 0.000 0.332 0.668
#> SRR1407671     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.2066     0.8800 0.940 0.000 0.060
#> SRR1465230     1  0.6302     0.0331 0.520 0.480 0.000
#> SRR614119      1  0.1860     0.8864 0.948 0.000 0.052
#> SRR1356101     3  0.1411     0.9207 0.000 0.036 0.964
#> SRR1404209     1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR1392676     2  0.0592     0.8846 0.000 0.988 0.012
#> SRR665538      1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR660510      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     2  0.1643     0.8745 0.044 0.956 0.000
#> SRR658953      1  0.0424     0.9147 0.992 0.008 0.000
#> SRR2166459     1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR1070713     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485312     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1317631     1  0.6295     0.0694 0.528 0.472 0.000
#> SRR1488610     1  0.0747     0.9097 0.984 0.016 0.000
#> SRR1330588     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1316367     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.6111     0.3809 0.396 0.604 0.000
#> SRR818263      1  0.1289     0.9020 0.968 0.000 0.032
#> SRR1404909     2  0.0424     0.8873 0.008 0.992 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1442422     1  0.6235     0.1977 0.564 0.436 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0892     0.9091 0.980 0.000 0.020
#> SRR1407112     1  0.5431     0.5805 0.716 0.284 0.000
#> SRR1332969     3  0.0892     0.9362 0.020 0.000 0.980
#> SRR1353199     3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1378885     3  0.3340     0.8420 0.120 0.000 0.880
#> SRR665357      3  0.0424     0.9400 0.000 0.008 0.992
#> SRR662186      2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1501020     3  0.1031     0.9335 0.024 0.000 0.976
#> SRR1347819     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1480813     2  0.0592     0.8846 0.000 0.988 0.012
#> SRR1472576     2  0.0424     0.8873 0.008 0.992 0.000
#> SRR1431781     2  0.0237     0.8878 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     1  0.5696     0.7382 0.800 0.136 0.064
#> SRR1417632     2  0.0892     0.8846 0.020 0.980 0.000
#> SRR1350153     2  0.2165     0.8506 0.000 0.936 0.064
#> SRR1458113     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1083752     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     2  0.0424     0.8873 0.008 0.992 0.000
#> SRR1488449     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318354     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359062     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1398924     2  0.4291     0.7496 0.180 0.820 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.2261     0.8943 0.000 0.068 0.932
#> SRR1369070     2  0.0424     0.8861 0.000 0.992 0.008
#> SRR615659      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.2066     0.8537 0.000 0.940 0.060
#> SRR1316982     3  0.0747     0.9351 0.000 0.016 0.984
#> SRR1498595     2  0.0237     0.8878 0.004 0.996 0.000
#> SRR1377423     3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1312310     2  0.2878     0.8222 0.000 0.904 0.096
#> SRR1485613     1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR1338426     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.0592     0.9410 0.012 0.000 0.988
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0592     0.9136 0.988 0.000 0.012
#> SRR1368874     2  0.5905     0.3984 0.000 0.648 0.352
#> SRR1324085     2  0.2356     0.8571 0.072 0.928 0.000
#> SRR1363858     1  0.0424     0.9147 0.992 0.008 0.000
#> SRR819820      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1337342     1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR655206      3  0.1289     0.9238 0.000 0.032 0.968
#> SRR1387013     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1440161     3  0.3816     0.8126 0.000 0.148 0.852
#> SRR1343741     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381288     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415379     1  0.5882     0.4484 0.652 0.348 0.000
#> SRR1099622     3  0.4504     0.7486 0.000 0.196 0.804
#> SRR663197      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     3  0.2165     0.8966 0.000 0.064 0.936
#> SRR661699      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR813680      1  0.5058     0.6725 0.756 0.000 0.244
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.6260     0.2296 0.448 0.552 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.1031     0.8788 0.000 0.976 0.024
#> SRR1382851     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR661167      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.7410     0.3436 0.576 0.040 0.384
#> SRR657949      1  0.5254     0.6412 0.736 0.000 0.264
#> SRR1308882     2  0.3619     0.8050 0.136 0.864 0.000
#> SRR655768      1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR1485870     2  0.0892     0.8845 0.020 0.980 0.000
#> SRR1444138     1  0.1860     0.8863 0.948 0.000 0.052
#> SRR1417342     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1470193     2  0.2959     0.8361 0.100 0.900 0.000
#> SRR1091380     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1467102     3  0.0424     0.9400 0.000 0.008 0.992
#> SRR1485416     2  0.1964     0.8677 0.056 0.944 0.000
#> SRR818821      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR809963      1  0.1529     0.8959 0.960 0.000 0.040
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.5905     0.4868 0.352 0.648 0.000
#> SRR1445259     1  0.3482     0.8159 0.872 0.000 0.128
#> SRR1408393     1  0.3116     0.8383 0.892 0.000 0.108
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     2  0.1753     0.8724 0.048 0.952 0.000
#> SRR1406437     3  0.6054     0.7141 0.052 0.180 0.768
#> SRR1354931     3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1391856     2  0.6168     0.2368 0.000 0.588 0.412
#> SRR1446738     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1309032     2  0.5431     0.5542 0.000 0.716 0.284
#> SRR1388145     2  0.1163     0.8767 0.000 0.972 0.028
#> SRR1432611     2  0.1411     0.8715 0.000 0.964 0.036
#> SRR815869      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     2  0.0592     0.8859 0.012 0.988 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.6291     0.0539 0.000 0.532 0.468
#> SRR1360478     2  0.1031     0.8788 0.000 0.976 0.024
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      1  0.1643     0.8890 0.956 0.044 0.000
#> SRR1400910     2  0.3551     0.7943 0.132 0.868 0.000
#> SRR1444203     2  0.5560     0.5883 0.300 0.700 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     2  0.2537     0.8514 0.080 0.920 0.000
#> SRR1397366     3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1337606     2  0.0892     0.8845 0.020 0.980 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0424     0.9147 0.992 0.008 0.000
#> SRR656946      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.3879     0.7894 0.152 0.848 0.000
#> SRR1385389     1  0.6079     0.3452 0.612 0.388 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1322936     2  0.6204     0.3375 0.424 0.576 0.000
#> SRR1349121     1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430549     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR612935      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1354117     3  0.5882     0.4953 0.000 0.348 0.652
#> SRR1393596     2  0.0424     0.8873 0.008 0.992 0.000
#> SRR1452164     1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR1070503     3  0.1529     0.9210 0.040 0.000 0.960
#> SRR1499894     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     2  0.5926     0.5074 0.356 0.644 0.000
#> SRR1468271     1  0.0892     0.9091 0.980 0.000 0.020
#> SRR1332443     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR810295      2  0.2959     0.8182 0.000 0.900 0.100
#> SRR662103      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396294     3  0.7395    -0.0012 0.476 0.032 0.492
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.1860     0.8866 0.948 0.000 0.052
#> SRR813584      2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     3  0.3816     0.8073 0.148 0.000 0.852
#> SRR614864      3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1433392     1  0.2261     0.8741 0.932 0.000 0.068
#> SRR1377777     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR1401252     2  0.1860     0.8702 0.052 0.948 0.000
#> SRR1309963     1  0.5431     0.5805 0.716 0.284 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.2356     0.8441 0.000 0.928 0.072
#> SRR1486889     1  0.0892     0.9103 0.980 0.000 0.020
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.5926     0.4279 0.644 0.356 0.000
#> SRR1337010     2  0.2165     0.8508 0.000 0.936 0.064
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.6168     0.2734 0.588 0.412 0.000
#> SRR1340486     1  0.5760     0.4926 0.672 0.328 0.000
#> SRR1377696     2  0.0237     0.8878 0.004 0.996 0.000
#> SRR1465459     3  0.1753     0.9142 0.048 0.000 0.952
#> SRR1080270     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1093148     3  0.0592     0.9378 0.000 0.012 0.988
#> SRR1467080     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0747     0.8828 0.000 0.984 0.016
#> SRR816475      2  0.3752     0.7938 0.144 0.856 0.000
#> SRR1379198     1  0.4178     0.7533 0.828 0.172 0.000
#> SRR613342      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1452246     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338836     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1369129     1  0.6291     0.0808 0.532 0.468 0.000
#> SRR1396616     3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR813824      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1082376     1  0.1031     0.9068 0.976 0.000 0.024
#> SRR1500891     2  0.1860     0.8702 0.052 0.948 0.000
#> SRR807543      1  0.5327     0.6158 0.728 0.000 0.272
#> SRR1091572     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.1860     0.8702 0.052 0.948 0.000
#> SRR1332424     1  0.2261     0.8677 0.932 0.068 0.000
#> SRR663729      2  0.6244     0.2620 0.440 0.560 0.000
#> SRR1097013     1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR613675      1  0.5733     0.4885 0.676 0.324 0.000
#> SRR1485357     2  0.6291     0.1587 0.468 0.532 0.000
#> SRR655816      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.5016     0.6857 0.760 0.000 0.240
#> SRR655531      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1413329     1  0.6252     0.2049 0.556 0.000 0.444
#> SRR1485931     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.5529     0.5961 0.296 0.704 0.000
#> SRR1452033     1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR1467316     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1375351     2  0.0592     0.8846 0.000 0.988 0.012
#> SRR663440      3  0.1031     0.9335 0.024 0.000 0.976
#> SRR1471755     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.5678     0.5559 0.684 0.000 0.316
#> SRR1479133     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR615069      3  0.5859     0.5082 0.000 0.344 0.656
#> SRR1456185     2  0.1643     0.8662 0.000 0.956 0.044
#> SRR1350069     1  0.4002     0.7681 0.840 0.160 0.000
#> SRR816316      1  0.0592     0.9136 0.988 0.000 0.012
#> SRR664795      1  0.3116     0.8395 0.892 0.000 0.108
#> SRR1490721     2  0.0892     0.8845 0.020 0.980 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.5650     0.5268 0.312 0.000 0.688
#> SRR1085285     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1099072     3  0.0892     0.9362 0.020 0.000 0.980
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1351347     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1405525     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR819610      2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0424     0.8861 0.000 0.992 0.008
#> SRR809987      1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR613639      3  0.1860     0.9107 0.052 0.000 0.948
#> SRR1402285     1  0.2878     0.8411 0.904 0.096 0.000
#> SRR1077038     1  0.1031     0.9068 0.976 0.000 0.024
#> SRR1405660     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     1  0.1289     0.9020 0.968 0.000 0.032
#> SRR1394734     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.0424     0.8873 0.008 0.992 0.000
#> SRR1073581     1  0.1860     0.8891 0.948 0.000 0.052
#> SRR659804      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1432186     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1473529     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR1328845     1  0.3193     0.8350 0.896 0.100 0.004
#> SRR1336415     1  0.4796     0.6866 0.780 0.220 0.000
#> SRR1379065     2  0.6305     0.1047 0.484 0.516 0.000
#> SRR1459190     3  0.1529     0.9210 0.040 0.000 0.960
#> SRR1346773     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499521     1  0.0747     0.9114 0.984 0.000 0.016
#> SRR1440898     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347459     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.4887     0.7010 0.228 0.772 0.000
#> SRR1309248     2  0.0592     0.8865 0.012 0.988 0.000
#> SRR809161      3  0.0747     0.9387 0.016 0.000 0.984
#> SRR1316320     2  0.0424     0.8873 0.008 0.992 0.000
#> SRR1432629     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.5621     0.5349 0.692 0.308 0.000
#> SRR1405547     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1470534     1  0.5650     0.5260 0.688 0.312 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR663489      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.6286     0.1027 0.464 0.000 0.536
#> SRR1332648     1  0.6299     0.0496 0.524 0.476 0.000
#> SRR660614      3  0.5591     0.5847 0.000 0.304 0.696
#> SRR1470420     2  0.4974     0.6420 0.000 0.764 0.236
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464766     1  0.0747     0.9114 0.984 0.000 0.016
#> SRR615946      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1446481     2  0.0424     0.8861 0.000 0.992 0.008
#> SRR1467656     2  0.3686     0.7718 0.000 0.860 0.140
#> SRR1402962     1  0.0747     0.9114 0.984 0.000 0.016
#> SRR660224      2  0.1031     0.8788 0.000 0.976 0.024
#> SRR665586      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1485722     1  0.3116     0.8395 0.892 0.000 0.108
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR661108      3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR2170173     1  0.1289     0.9013 0.968 0.000 0.032
#> SRR817329      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.6307     0.0836 0.488 0.512 0.000
#> SRR1467745     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471795     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415637     2  0.1031     0.8788 0.000 0.976 0.024
#> SRR813137      1  0.1643     0.8928 0.956 0.000 0.044
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0237     0.9173 0.996 0.000 0.004
#> SRR1419692     2  0.5497     0.6063 0.292 0.708 0.000
#> SRR818797      3  0.2261     0.8964 0.068 0.000 0.932
#> SRR2164608     3  0.1031     0.9335 0.024 0.000 0.976
#> SRR1455586     3  0.0747     0.9351 0.000 0.016 0.984
#> SRR819459      3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0237     0.8874 0.000 0.996 0.004
#> SRR1385501     1  0.1753     0.8899 0.952 0.000 0.048
#> SRR1361652     2  0.3340     0.8255 0.120 0.880 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1430910     3  0.1411     0.9213 0.000 0.036 0.964
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1486762     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480854     2  0.2796     0.8425 0.092 0.908 0.000
#> SRR1489394     2  0.6154     0.3520 0.408 0.592 0.000
#> SRR1418085     1  0.6008     0.3879 0.628 0.372 0.000
#> SRR1340221     1  0.5859     0.4564 0.656 0.344 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0424     0.9156 0.992 0.000 0.008
#> SRR1098567     2  0.3686     0.7755 0.000 0.860 0.140
#> SRR1098712     2  0.6095     0.3909 0.392 0.608 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.0892     0.9323 0.000 0.020 0.980
#> SRR1403005     3  0.0892     0.9363 0.020 0.000 0.980
#> SRR1348378     2  0.2959     0.8200 0.000 0.900 0.100
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     2  0.6168     0.3400 0.412 0.588 0.000
#> SRR1475192     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432085     3  0.5363     0.6248 0.000 0.276 0.724
#> SRR1452468     1  0.0424     0.9147 0.992 0.008 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     3  0.0747     0.9352 0.000 0.016 0.984
#> SRR1447962     3  0.3482     0.8331 0.000 0.128 0.872
#> SRR1444324     3  0.6026     0.4327 0.000 0.376 0.624
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.5926     0.4777 0.356 0.644 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     3  0.4062     0.7901 0.000 0.164 0.836
#> SRR1405331     3  0.4702     0.7265 0.212 0.000 0.788
#> SRR1345609     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000     0.8879 0.000 1.000 0.000
#> SRR1322840     2  0.5882     0.4972 0.348 0.652 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1315081     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369196     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.1031     0.9335 0.024 0.000 0.976
#> SRR1367920     2  0.0747     0.8856 0.016 0.984 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000     0.9442 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.1031     0.8788 0.000 0.976 0.024
#> SRR1082173     3  0.0892     0.9362 0.020 0.000 0.980
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9185 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.4002     0.7929 0.840 0.000 0.160
#> SRR1386689     1  0.5926     0.4292 0.644 0.356 0.000
#> SRR1395575     3  0.0424     0.9430 0.008 0.000 0.992
#> SRR1453811     3  0.1031     0.9335 0.024 0.000 0.976
#> SRR1441159     1  0.0237     0.9169 0.996 0.004 0.000
#> SRR1403154     2  0.5397     0.6224 0.280 0.720 0.000
#> SRR1468722     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996
#> SRR1310275     3  0.0237     0.9445 0.004 0.000 0.996

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     3  0.3710    0.73734 0.004 0.000 0.804 0.192
#> SRR1331708     2  0.0469    0.91968 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454201     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661589      3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0336    0.89149 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1488960     1  0.1302    0.91312 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1417809     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1094457     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     1  0.0524    0.92581 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1315931     1  0.0336    0.92565 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430066     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0921    0.92889 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR818002      2  0.0336    0.92347 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1344143     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1362866     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0707    0.92292 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1446627     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.4543    0.56919 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR1383907     4  0.4304    0.60731 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1311018     4  0.3024    0.77170 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR1375699     4  0.4830    0.39220 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1429846     1  0.2081    0.88180 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR613550      1  0.3172    0.80771 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1348402     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1345146     1  0.1792    0.90043 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1324025     3  0.0817    0.93247 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1318879     1  0.4996    0.11735 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR820755      1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR612263      1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.3074    0.79925 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1326205     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     2  0.4713    0.38384 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1083311     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.2814    0.79986 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1079522     2  0.0817    0.91236 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.3219    0.81650 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1470459     3  0.0707    0.93204 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR661361      3  0.0817    0.93247 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR615778      1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.1022    0.91864 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1455195     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR655182      1  0.2281    0.87966 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1335140     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     3  0.0188    0.94296 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1388354     1  0.4989    0.19783 0.528 0.000 0.000 0.472
#> SRR1317446     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0188    0.92461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR809853      1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.3801    0.71711 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1499935     4  0.1474    0.86556 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1447303     1  0.2647    0.84570 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1429408     4  0.3074    0.77982 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR1433950     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.4250    0.62529 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR1409854     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.4804    0.42060 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.3074    0.82964 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR613927      1  0.0336    0.92509 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1457854     1  0.2408    0.87411 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1473714     4  0.0188    0.89233 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR813776      1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808196      4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101085     4  0.3801    0.70234 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR614395      1  0.0336    0.92565 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478251     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     3  0.3266    0.76840 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR1362310     1  0.2530    0.86712 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR665310      1  0.3837    0.72085 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1420109     1  0.0469    0.92411 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359447     3  0.3448    0.77646 0.004 0.168 0.828 0.000
#> SRR1347259     4  0.2216    0.83739 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR613915      1  0.0336    0.92493 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1384395     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      1  0.4431    0.59188 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1478228     1  0.2704    0.85722 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1445637     1  0.0592    0.92409 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR608150      2  0.3942    0.69334 0.236 0.764 0.000 0.000
#> SRR1096383     4  0.3667    0.80102 0.088 0.000 0.056 0.856
#> SRR1341480     4  0.3486    0.73984 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1341344     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.4730    0.40122 0.364 0.000 0.636 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.2704    0.80741 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1430270     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      1  0.1022    0.91392 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR661267      1  0.5000    0.07622 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR810665      2  0.0336    0.92474 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1407250     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1473632     1  0.1557    0.90680 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR812536      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0817    0.91477 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1486195     3  0.2704    0.82938 0.000 0.124 0.876 0.000
#> SRR1407671     2  0.2408    0.84573 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1446375     1  0.1833    0.90982 0.944 0.000 0.032 0.024
#> SRR1465230     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.1837    0.91196 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR1356101     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0817    0.92165 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1392676     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR665538      4  0.2647    0.80229 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR660510      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.1867    0.85187 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR658953      1  0.0817    0.91722 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0707    0.92292 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1070713     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.1022    0.92696 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1316367     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0707    0.92292 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1091302     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR818263      1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.1022    0.90929 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR663076      4  0.0592    0.88606 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1323577     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     4  0.0188    0.89233 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR654862      1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.0707    0.93533 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1353199     3  0.1118    0.92287 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1378885     1  0.0336    0.92509 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR665357      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1501020     3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1347819     3  0.0188    0.94366 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1480813     2  0.0336    0.92474 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1472576     4  0.4999    0.08345 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1431781     4  0.0707    0.88556 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1452270     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.1302    0.90250 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1417632     2  0.0592    0.91977 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1350153     2  0.0469    0.92313 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1458113     2  0.5929    0.62338 0.108 0.688 0.204 0.000
#> SRR1326579     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.1118    0.90732 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1096712     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.1118    0.92193 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1083752     2  0.0921    0.91284 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1377599     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488449     3  0.1211    0.91834 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1318354     3  0.7626    0.15828 0.384 0.204 0.412 0.000
#> SRR1359062     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     2  0.3569    0.74254 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR663783      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.4817    0.36114 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR1369070     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR615659      1  0.1022    0.91875 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1337449     2  0.3873    0.70795 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR1316982     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.1474    0.89463 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1377423     3  0.0707    0.93439 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1312310     2  0.0336    0.92474 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1485613     1  0.2868    0.84445 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1338426     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.1118    0.91699 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1401468     4  0.2973    0.78198 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR1368874     2  0.0336    0.92456 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1324085     4  0.1118    0.87644 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR1363858     4  0.0921    0.87986 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR819820      3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1337342     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.0188    0.94310 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1387013     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.2469    0.87093 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR608198      1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1440161     3  0.0592    0.93553 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1343741     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1381288     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     3  0.0188    0.94284 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR663197      3  0.0336    0.94182 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1394836     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661699      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.3982    0.73487 0.776 0.000 0.220 0.004
#> SRR1410678     4  0.4999   -0.04469 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1378109     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0469    0.92488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1311486     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1382851     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0469    0.93957 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1432518     1  0.4948    0.22688 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR660462      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0817    0.88267 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR657949      1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0469    0.88954 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR655768      1  0.1557    0.90681 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1485870     4  0.3907    0.68661 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1444138     1  0.0336    0.92574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1417342     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470193     4  0.0707    0.88569 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1091380     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.4804    0.43369 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1313583     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467102     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.3873    0.69218 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR818821      1  0.2868    0.82722 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR809963      1  0.0336    0.92565 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072247     4  0.4985    0.06043 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR1353710     4  0.0336    0.89188 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1445259     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1361522     1  0.0817    0.92165 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1368597     1  0.1022    0.91879 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1309680     2  0.0188    0.92461 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1310542     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0817    0.88317 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1406437     4  0.1209    0.87603 0.000 0.004 0.032 0.964
#> SRR1354931     3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1391856     3  0.1022    0.92312 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1446738     4  0.7140    0.11421 0.000 0.404 0.132 0.464
#> SRR1309032     3  0.4981    0.10695 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR1388145     2  0.1118    0.90931 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1432611     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR815869      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     2  0.2011    0.86830 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1387921     4  0.4730    0.37125 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1466792     2  0.1022    0.91165 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR1360478     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1360695     4  0.3942    0.64882 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR812943      1  0.1118    0.91072 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.2281    0.85211 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR816177      2  0.2814    0.80841 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR658754      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0469    0.88954 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1397366     3  0.4994    0.01887 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1446028     1  0.0336    0.92574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1083918     2  0.0376    0.92494 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1337606     2  0.1118    0.90387 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR656946      4  0.4992    0.01424 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1476102     1  0.1940    0.88930 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1476447     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1342067     4  0.0592    0.88773 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1385389     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR614419      1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1322936     2  0.3801    0.71238 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.1716    0.90138 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1430549     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR612935      1  0.1888    0.89322 0.940 0.044 0.016 0.000
#> SRR661481      2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1354117     2  0.4406    0.57318 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR1393596     4  0.2345    0.82927 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1452164     1  0.0592    0.92406 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1070503     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     2  0.2868    0.80944 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1468271     4  0.4356    0.55086 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1332443     1  0.4406    0.59275 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR810295      2  0.0817    0.91682 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR662103      1  0.0817    0.92165 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1328620     3  0.4313    0.65563 0.260 0.004 0.736 0.000
#> SRR1396294     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0469    0.92488 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR662114      1  0.5607    0.00489 0.496 0.020 0.484 0.000
#> SRR1489199     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813584      2  0.4888    0.25310 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1069638     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR614864      1  0.1557    0.89826 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1433392     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1377777     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.4304    0.65084 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1401252     4  0.4925    0.29602 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1309963     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.2760    0.85335 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1418628     2  0.0336    0.92474 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1486889     1  0.4343    0.63823 0.732 0.000 0.004 0.264
#> SRR1380393     4  0.1302    0.86577 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR1319731     1  0.3123    0.82574 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1356468     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337010     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1486520     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486538     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465459     1  0.0188    0.92564 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     1  0.2973    0.81999 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1093148     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467080     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0921    0.91470 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR816475      4  0.2329    0.84254 0.000 0.012 0.072 0.916
#> SRR1379198     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      1  0.2216    0.87224 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.2149    0.87384 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR813824      3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.4331    0.60012 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR807543      1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1346689     4  0.1867    0.85229 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1332424     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR663729      4  0.0336    0.89227 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1097013     1  0.1022    0.91889 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR613675      2  0.3975    0.68774 0.240 0.760 0.000 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1500113     4  0.4072    0.62002 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1437622     2  0.3024    0.79054 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1355172     3  0.2401    0.86549 0.004 0.000 0.904 0.092
#> SRR655531      1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0707    0.93526 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1413329     1  0.1022    0.91367 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.2647    0.85909 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1333308     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1452033     1  0.3907    0.73312 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR1467316     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR663440      1  0.0188    0.92564 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1471755     2  0.0469    0.92189 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR808019      3  0.1913    0.90843 0.040 0.000 0.940 0.020
#> SRR1479133     3  0.2408    0.85428 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR615069      2  0.1059    0.91430 0.012 0.972 0.016 0.000
#> SRR1456185     2  0.3569    0.73988 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.3447    0.83909 0.852 0.000 0.128 0.020
#> SRR1490721     2  0.3400    0.73902 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR810643      1  0.0592    0.92379 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1430333     1  0.2704    0.82940 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1085285     3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1099072     1  0.2868    0.83496 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1317985     1  0.3024    0.83359 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1487340     1  0.0592    0.92406 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1420276     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     1  0.4500    0.55135 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1405525     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.2081    0.88888 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1465001     1  0.3688    0.76372 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1476525     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR819610      4  0.4431    0.57335 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR2157314     1  0.2704    0.85547 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1409465     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR809987      4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613639      1  0.4222    0.65198 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1402285     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1077038     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405660     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.0779    0.91934 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR1317771     1  0.0921    0.92041 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1365894     2  0.4500    0.49272 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1073581     4  0.6677    0.34677 0.100 0.000 0.348 0.552
#> SRR659804      1  0.2814    0.84937 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1345914     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1432186     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1473529     2  0.0469    0.92182 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR660764      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0336    0.92565 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1328845     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336415     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1459190     3  0.3975    0.66779 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1346773     1  0.0895    0.92191 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR1499521     4  0.2334    0.83116 0.088 0.000 0.004 0.908
#> SRR1440898     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1347459     3  0.2281    0.86882 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1081209     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1400202     1  0.1637    0.90446 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1333395     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1309248     2  0.0336    0.92339 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR809161      1  0.2704    0.84473 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.4994    0.17367 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR1416578     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1380764     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     4  0.0188    0.89233 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1078489     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      2  0.2412    0.86167 0.008 0.908 0.084 0.000
#> SRR1470420     3  0.1637    0.89887 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1475566     1  0.2281    0.87998 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR1477949     1  0.2973    0.83760 0.856 0.000 0.000 0.144
#> SRR1481419     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1464766     1  0.0336    0.92565 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR615946      3  0.0469    0.94027 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1446481     2  0.0707    0.91920 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1467656     2  0.4855    0.33261 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR665586      1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347166     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR613390      1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0336    0.92574 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR817329      1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1401990     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     4  0.6182    0.52531 0.000 0.088 0.276 0.636
#> SRR1471795     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1415637     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR813137      1  0.1004    0.92140 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1314873     1  0.0817    0.92165 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401211     4  0.0707    0.88353 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1419692     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.0707    0.92116 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR2164608     1  0.4643    0.50198 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1455586     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.92511 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361652     2  0.2081    0.86483 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.4948    0.30259 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1478547     3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1430910     2  0.2714    0.83571 0.112 0.884 0.004 0.000
#> SRR1310584     1  0.1211    0.91543 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1500216     1  0.0188    0.92599 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486762     3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1480854     4  0.4985    0.17851 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1489394     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     4  0.2521    0.84275 0.000 0.024 0.064 0.912
#> SRR1405165     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     4  0.0188    0.89233 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1098567     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1098712     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455038     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1375248     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     1  0.0469    0.92411 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1348378     3  0.0895    0.92988 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR1413541     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.0336    0.89160 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1475192     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     3  0.4008    0.65034 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR1452468     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447962     3  0.1389    0.90832 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1444324     2  0.5000    0.01381 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR1415004     4  0.4103    0.63006 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR1413436     1  0.0592    0.92421 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1311266     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1373746     1  0.0817    0.92198 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1429678     1  0.0817    0.92165 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1469413     3  0.0469    0.93813 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1405331     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.3873    0.72908 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1380208     2  0.0188    0.92380 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1322840     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1399797     3  0.0336    0.94182 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1416654     3  0.0469    0.93987 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1315081     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.1867    0.89692 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR1365291     1  0.0000    0.92574 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.0336    0.92302 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1366648     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0188    0.92575 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1082173     3  0.4776    0.37305 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1363968     4  0.3444    0.73751 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR814387      1  0.1302    0.91302 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR657599      1  0.5220    0.29163 0.568 0.000 0.424 0.008
#> SRR1386689     4  0.0000    0.89405 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0188    0.94360 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1453811     1  0.0336    0.92509 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1441159     1  0.0657    0.92442 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR1403154     4  0.0188    0.89319 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1468722     3  0.0000    0.94509 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0188    0.92525 0.996 0.004 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     3  0.4792    0.65298 0.004 0.000 0.724 0.196 0.076
#> SRR1331708     5  0.4288    0.35196 0.000 0.384 0.000 0.004 0.612
#> SRR1464258     1  0.1408    0.82031 0.948 0.000 0.008 0.000 0.044
#> SRR1454201     5  0.0703    0.81277 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR661589      3  0.4196    0.47610 0.356 0.000 0.640 0.000 0.004
#> SRR1456229     1  0.1197    0.82033 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1315165     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.3386    0.78438 0.832 0.000 0.000 0.040 0.128
#> SRR1417809     4  0.1195    0.86258 0.028 0.000 0.000 0.960 0.012
#> SRR1094457     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0955    0.81755 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1315931     1  0.2179    0.80887 0.896 0.000 0.000 0.004 0.100
#> SRR1430066     3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0451    0.91596 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1395554     3  0.0324    0.91660 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR818002      2  0.0510    0.92080 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1344143     2  0.0162    0.92226 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0162    0.87177 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362866     5  0.0992    0.81280 0.024 0.008 0.000 0.000 0.968
#> SRR1490740     1  0.1251    0.82188 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR1446627     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     4  0.4857    0.46797 0.040 0.000 0.000 0.636 0.324
#> SRR1383907     4  0.4045    0.41963 0.000 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1311018     4  0.4629    0.61238 0.244 0.000 0.000 0.704 0.052
#> SRR1375699     2  0.3021    0.85723 0.052 0.880 0.000 0.052 0.016
#> SRR1429846     1  0.4624    0.50211 0.636 0.000 0.340 0.000 0.024
#> SRR613550      1  0.1168    0.81354 0.960 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR1348402     1  0.4425    0.31714 0.544 0.000 0.000 0.004 0.452
#> SRR1345146     1  0.4012    0.74930 0.788 0.008 0.000 0.036 0.168
#> SRR1324025     3  0.1168    0.90455 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR1318879     1  0.4599    0.40334 0.600 0.000 0.384 0.000 0.016
#> SRR820755      1  0.3857    0.58142 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312
#> SRR1485830     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.1041    0.82102 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR612263      1  0.2074    0.80783 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1415398     3  0.4549    0.12742 0.464 0.000 0.528 0.000 0.008
#> SRR1326205     4  0.0912    0.86682 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012
#> SRR1421327     5  0.5693    0.46533 0.000 0.236 0.000 0.144 0.620
#> SRR1083311     3  0.0451    0.91582 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1499303     4  0.1410    0.84419 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1079522     2  0.1704    0.87777 0.068 0.928 0.000 0.000 0.004
#> SRR1452935     5  0.4273    0.01904 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1379495     1  0.3934    0.76154 0.800 0.000 0.000 0.124 0.076
#> SRR1470459     3  0.0510    0.91103 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.1168    0.90455 0.032 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR615778      5  0.1205    0.80962 0.040 0.004 0.000 0.000 0.956
#> SRR1447564     1  0.1697    0.81732 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR1455195     5  0.0794    0.81271 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR655182      1  0.2149    0.80693 0.916 0.000 0.000 0.048 0.036
#> SRR1335140     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0771    0.91200 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1308650     3  0.0671    0.91191 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1388354     1  0.4622    0.60638 0.692 0.000 0.000 0.264 0.044
#> SRR1317446     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1479955     2  0.0162    0.92306 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR809853      1  0.1124    0.82146 0.960 0.000 0.000 0.004 0.036
#> SRR661313      3  0.4108    0.57210 0.308 0.000 0.684 0.000 0.008
#> SRR1499935     4  0.0404    0.86899 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1447303     3  0.3876    0.69328 0.032 0.000 0.776 0.000 0.192
#> SRR1429408     4  0.2464    0.81983 0.000 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR1433950     1  0.2127    0.80580 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1362081     2  0.1270    0.89433 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.2280    0.80053 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1435229     1  0.4196    0.52968 0.640 0.004 0.000 0.000 0.356
#> SRR1085996     1  0.1851    0.81319 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1414229     5  0.1117    0.81180 0.020 0.016 0.000 0.000 0.964
#> SRR1400974     3  0.0955    0.90825 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1399971     1  0.2922    0.80483 0.872 0.000 0.000 0.072 0.056
#> SRR613927      1  0.1082    0.82002 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1457854     1  0.2446    0.80720 0.900 0.000 0.000 0.044 0.056
#> SRR1473714     4  0.1830    0.84140 0.068 0.000 0.000 0.924 0.008
#> SRR813776      1  0.1557    0.81890 0.940 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR808196      4  0.0609    0.86977 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1101085     4  0.2648    0.76826 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR614395      1  0.1041    0.82074 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1478251     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.3554    0.71037 0.000 0.776 0.216 0.004 0.004
#> SRR1362310     1  0.4428    0.73013 0.760 0.000 0.000 0.144 0.096
#> SRR665310      1  0.0771    0.81064 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1420109     1  0.0898    0.81837 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1330920     1  0.3013    0.76157 0.832 0.000 0.008 0.000 0.160
#> SRR1419539     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1359447     3  0.3521    0.68787 0.000 0.232 0.764 0.000 0.004
#> SRR1347259     4  0.3978    0.76308 0.036 0.144 0.000 0.804 0.016
#> SRR613915      1  0.3413    0.75995 0.832 0.000 0.124 0.000 0.044
#> SRR1384395     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      1  0.3970    0.66913 0.752 0.000 0.224 0.000 0.024
#> SRR1478228     1  0.6692    0.24822 0.432 0.000 0.000 0.296 0.272
#> SRR1445637     1  0.1124    0.82141 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR608150      5  0.1074    0.81167 0.016 0.012 0.000 0.004 0.968
#> SRR1096383     4  0.4606    0.76375 0.096 0.000 0.068 0.788 0.048
#> SRR1341480     4  0.2325    0.83196 0.000 0.068 0.000 0.904 0.028
#> SRR1341344     5  0.1341    0.80367 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1326270     1  0.2338    0.77206 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR1498838     3  0.0324    0.91660 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1416313     3  0.0771    0.91145 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR808566      4  0.2813    0.74839 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1430270     4  0.0162    0.87177 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1367825     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      1  0.4645    0.63640 0.688 0.000 0.268 0.000 0.044
#> SRR661267      3  0.4276    0.59266 0.028 0.000 0.716 0.000 0.256
#> SRR810665      2  0.0566    0.92036 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1407250     5  0.0703    0.81277 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1420067     1  0.4375    0.40166 0.576 0.000 0.000 0.004 0.420
#> SRR1473632     1  0.1653    0.81390 0.944 0.004 0.000 0.028 0.024
#> SRR812536      3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0609    0.91932 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1486195     3  0.2852    0.76584 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.3563    0.70827 0.000 0.780 0.000 0.208 0.012
#> SRR1446375     1  0.4341    0.77284 0.796 0.000 0.088 0.020 0.096
#> SRR1465230     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.7465    0.05175 0.348 0.000 0.284 0.032 0.336
#> SRR1356101     3  0.0162    0.91621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1404209     1  0.1571    0.81917 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR1392676     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      4  0.3317    0.79400 0.044 0.000 0.000 0.840 0.116
#> SRR660510      3  0.1205    0.90110 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1445655     4  0.1851    0.82428 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR658953      1  0.3906    0.73988 0.800 0.132 0.000 0.000 0.068
#> SRR2166459     1  0.1408    0.81707 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1070713     5  0.4161    0.29125 0.000 0.392 0.000 0.000 0.608
#> SRR1485312     3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0898    0.86959 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR1488610     5  0.4102    0.46078 0.300 0.004 0.000 0.004 0.692
#> SRR1330588     3  0.1041    0.90035 0.004 0.000 0.964 0.000 0.032
#> SRR1316367     5  0.1041    0.81191 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> SRR1433926     1  0.1205    0.82092 0.956 0.000 0.000 0.004 0.040
#> SRR1091302     4  0.1197    0.85215 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR818263      1  0.4219    0.33632 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1404909     2  0.1608    0.88700 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR663076      4  0.3193    0.78285 0.132 0.000 0.000 0.840 0.028
#> SRR1323577     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     4  0.1522    0.85852 0.012 0.000 0.000 0.944 0.044
#> SRR654862      5  0.3074    0.67041 0.196 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1407112     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.4403    0.25164 0.436 0.000 0.560 0.000 0.004
#> SRR1353199     1  0.4415    0.19864 0.552 0.000 0.444 0.000 0.004
#> SRR1378885     1  0.2843    0.80268 0.876 0.000 0.048 0.000 0.076
#> SRR665357      3  0.0162    0.91621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR662186      2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     1  0.4420    0.13179 0.548 0.000 0.448 0.000 0.004
#> SRR1347819     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0451    0.92245 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1472576     2  0.1671    0.88248 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1431781     4  0.0404    0.86889 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1452270     3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.0703    0.81277 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1417632     2  0.0404    0.92234 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1350153     2  0.0566    0.92036 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1458113     5  0.1623    0.80670 0.016 0.016 0.020 0.000 0.948
#> SRR1326579     5  0.0794    0.81271 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1349363     2  0.2575    0.87566 0.044 0.904 0.000 0.036 0.016
#> SRR1096712     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.2488    0.83138 0.124 0.000 0.872 0.000 0.004
#> SRR1083752     2  0.0963    0.91218 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1377599     2  0.3123    0.75130 0.000 0.812 0.000 0.004 0.184
#> SRR1488449     1  0.4299    0.35669 0.608 0.000 0.388 0.000 0.004
#> SRR1318354     5  0.1547    0.80689 0.016 0.004 0.032 0.000 0.948
#> SRR1359062     3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.3508    0.60724 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR663783      3  0.0671    0.91366 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1319204     2  0.4972    0.49225 0.024 0.648 0.312 0.000 0.016
#> SRR1369070     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0671    0.82085 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1337449     2  0.2280    0.82980 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1498595     2  0.0794    0.91598 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1377423     1  0.3838    0.58966 0.716 0.000 0.280 0.000 0.004
#> SRR1312310     2  0.0566    0.92036 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1485613     5  0.6622    0.12015 0.328 0.000 0.000 0.232 0.440
#> SRR1338426     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1353309     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR658941      5  0.4443    0.09531 0.004 0.000 0.472 0.000 0.524
#> SRR1101643     1  0.0693    0.81999 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008
#> SRR1401468     5  0.3779    0.60270 0.012 0.000 0.000 0.236 0.752
#> SRR1368874     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0703    0.86393 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1363858     4  0.1661    0.85241 0.024 0.000 0.000 0.940 0.036
#> SRR819820      3  0.0451    0.91451 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1337342     5  0.0703    0.81277 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR655206      3  0.2170    0.84776 0.004 0.000 0.904 0.088 0.004
#> SRR1387013     2  0.4235    0.28271 0.000 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1317410     5  0.6229    0.23460 0.320 0.000 0.000 0.164 0.516
#> SRR608198      5  0.1041    0.81191 0.032 0.004 0.000 0.000 0.964
#> SRR1440161     3  0.3123    0.75405 0.000 0.184 0.812 0.000 0.004
#> SRR1343741     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0162    0.92306 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415379     4  0.0912    0.86682 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012
#> SRR1099622     3  0.0324    0.91500 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR663197      3  0.0324    0.91660 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1394836     3  0.0486    0.91420 0.004 0.000 0.988 0.004 0.004
#> SRR661699      3  0.1549    0.89781 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> SRR813680      1  0.4966    0.40391 0.564 0.000 0.404 0.000 0.032
#> SRR1410678     4  0.5508   -0.00823 0.460 0.000 0.000 0.476 0.064
#> SRR1378109     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0955    0.82132 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1311486     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     5  0.4752    0.20250 0.000 0.412 0.000 0.020 0.568
#> SRR1433410     5  0.0992    0.81280 0.024 0.008 0.000 0.000 0.968
#> SRR661167      3  0.1704    0.88235 0.068 0.000 0.928 0.000 0.004
#> SRR1432518     3  0.4610    0.69648 0.128 0.004 0.756 0.000 0.112
#> SRR660462      3  0.0324    0.91660 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1374608     4  0.1739    0.85445 0.004 0.000 0.032 0.940 0.024
#> SRR657949      1  0.0865    0.82263 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1308882     4  0.0671    0.86975 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR655768      1  0.3641    0.78199 0.820 0.000 0.000 0.060 0.120
#> SRR1485870     4  0.3940    0.70242 0.008 0.208 0.000 0.768 0.016
#> SRR1444138     1  0.2193    0.81112 0.900 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR1417342     4  0.4760    0.30401 0.416 0.000 0.000 0.564 0.020
#> SRR1470193     4  0.1200    0.86798 0.008 0.016 0.000 0.964 0.012
#> SRR1091380     3  0.0566    0.91295 0.004 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR1099096     4  0.4404    0.59588 0.036 0.000 0.000 0.712 0.252
#> SRR1313583     4  0.0771    0.86862 0.020 0.000 0.000 0.976 0.004
#> SRR1467102     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1485416     4  0.3182    0.77839 0.000 0.124 0.000 0.844 0.032
#> SRR818821      1  0.4757    0.45578 0.596 0.000 0.380 0.000 0.024
#> SRR809963      1  0.1082    0.82002 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1072247     4  0.3141    0.78288 0.040 0.000 0.000 0.852 0.108
#> SRR1353710     4  0.2569    0.83219 0.016 0.076 0.000 0.896 0.012
#> SRR1445259     1  0.4390    0.37382 0.568 0.004 0.000 0.000 0.428
#> SRR1408393     1  0.0579    0.81622 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1361522     1  0.0324    0.81849 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1368597     1  0.0671    0.81191 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1309680     2  0.0404    0.92190 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0324    0.87178 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1406437     4  0.2632    0.82319 0.004 0.000 0.072 0.892 0.032
#> SRR1354931     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     3  0.1758    0.89210 0.004 0.008 0.944 0.020 0.024
#> SRR1446738     5  0.5175    0.65076 0.000 0.032 0.152 0.084 0.732
#> SRR1309032     2  0.2329    0.82205 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0693    0.92080 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0451    0.91582 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR613150      3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1375329     2  0.2124    0.84338 0.004 0.900 0.000 0.000 0.096
#> SRR1387921     1  0.4583    0.55209 0.672 0.000 0.000 0.296 0.032
#> SRR1466792     2  0.1043    0.90259 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0162    0.92306 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1360695     4  0.5181    0.35785 0.360 0.000 0.000 0.588 0.052
#> SRR812943      1  0.2889    0.79044 0.872 0.084 0.000 0.000 0.044
#> SRR1400910     2  0.4305    0.00693 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR1444203     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.3336    0.70763 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR658754      3  0.0451    0.91582 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1429603     4  0.0807    0.86993 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR1397366     1  0.2583    0.75827 0.864 0.000 0.132 0.000 0.004
#> SRR1446028     1  0.4708    0.33505 0.548 0.000 0.000 0.016 0.436
#> SRR1083918     2  0.0703    0.91807 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1337606     5  0.2329    0.73601 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR659109      3  0.0324    0.91660 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1337192     5  0.1124    0.81136 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960
#> SRR656946      1  0.2172    0.79372 0.908 0.000 0.000 0.076 0.016
#> SRR1476102     5  0.5296   -0.12701 0.472 0.000 0.000 0.048 0.480
#> SRR1476447     1  0.2966    0.75662 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1342067     4  0.0404    0.86889 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1385389     4  0.0290    0.87117 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1075971     1  0.4276    0.47830 0.616 0.000 0.000 0.004 0.380
#> SRR614419      5  0.4088    0.31190 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1322936     5  0.1357    0.79570 0.004 0.048 0.000 0.000 0.948
#> SRR1349121     1  0.3764    0.76642 0.800 0.000 0.000 0.044 0.156
#> SRR1430549     1  0.4101    0.57498 0.664 0.000 0.000 0.004 0.332
#> SRR612935      1  0.7678    0.31817 0.452 0.248 0.224 0.000 0.076
#> SRR661481      2  0.0404    0.92190 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1354117     2  0.2488    0.82380 0.004 0.872 0.124 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.1197    0.85626 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1452164     1  0.2193    0.81092 0.900 0.000 0.000 0.008 0.092
#> SRR1070503     1  0.4232    0.56130 0.676 0.000 0.012 0.000 0.312
#> SRR1499894     3  0.0162    0.91621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1082883     5  0.1278    0.80450 0.004 0.016 0.000 0.020 0.960
#> SRR1468271     4  0.4749    0.44340 0.016 0.000 0.008 0.628 0.348
#> SRR1332443     4  0.6100   -0.02455 0.428 0.000 0.000 0.448 0.124
#> SRR810295      2  0.0566    0.92036 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR662103      1  0.0324    0.81635 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1328620     5  0.2046    0.79140 0.016 0.000 0.068 0.000 0.916
#> SRR1396294     4  0.0727    0.87035 0.004 0.000 0.004 0.980 0.012
#> SRR1419917     1  0.0324    0.81849 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR662114      5  0.4704    0.58555 0.036 0.012 0.240 0.000 0.712
#> SRR1489199     5  0.2605    0.71881 0.148 0.000 0.000 0.000 0.852
#> SRR813584      4  0.4305    0.03657 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1069638     5  0.1168    0.81188 0.032 0.008 0.000 0.000 0.960
#> SRR614864      3  0.4909    0.31395 0.032 0.000 0.588 0.000 0.380
#> SRR1433392     1  0.1331    0.82006 0.952 0.000 0.008 0.000 0.040
#> SRR1377777     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.1914    0.80158 0.924 0.000 0.000 0.060 0.016
#> SRR1401252     2  0.4227    0.28463 0.000 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1309963     4  0.0404    0.87029 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1338031     1  0.1907    0.81066 0.928 0.000 0.000 0.044 0.028
#> SRR1418628     2  0.0566    0.92036 0.000 0.984 0.012 0.004 0.000
#> SRR1486889     1  0.1934    0.79198 0.928 0.000 0.004 0.052 0.016
#> SRR1380393     4  0.4546    0.52933 0.304 0.000 0.000 0.668 0.028
#> SRR1319731     4  0.6719   -0.16333 0.372 0.000 0.000 0.380 0.248
#> SRR1356468     4  0.0510    0.87007 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1337010     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.1041    0.81099 0.032 0.000 0.000 0.004 0.964
#> SRR1486538     4  0.0854    0.86930 0.012 0.004 0.000 0.976 0.008
#> SRR1340486     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0290    0.92014 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1465459     1  0.1956    0.81338 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1080270     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.4909    0.18880 0.412 0.000 0.560 0.000 0.028
#> SRR1093148     5  0.2011    0.77116 0.004 0.000 0.088 0.000 0.908
#> SRR1467080     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0807    0.91930 0.000 0.976 0.012 0.012 0.000
#> SRR816475      4  0.1124    0.85564 0.000 0.004 0.036 0.960 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      1  0.3861    0.63540 0.728 0.000 0.264 0.000 0.008
#> SRR1452246     2  0.2605    0.79973 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1338836     2  0.0290    0.92277 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.4166    0.47819 0.348 0.000 0.648 0.000 0.004
#> SRR813824      3  0.1205    0.90110 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1082376     1  0.2377    0.79428 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1500891     2  0.4278    0.19579 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR807543      1  0.1956    0.81400 0.916 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR1091572     5  0.4300    0.04308 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1346689     4  0.1768    0.83673 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004
#> SRR1332424     5  0.0703    0.81277 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR663729      4  0.0451    0.87166 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1097013     1  0.1725    0.81953 0.936 0.000 0.000 0.020 0.044
#> SRR613675      5  0.1251    0.80190 0.008 0.036 0.000 0.000 0.956
#> SRR1485357     4  0.0162    0.87185 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR655816      3  0.0451    0.91631 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1500113     4  0.4886    0.64254 0.188 0.000 0.000 0.712 0.100
#> SRR1437622     2  0.1282    0.90574 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1355172     3  0.4922    0.71482 0.104 0.000 0.756 0.112 0.028
#> SRR655531      5  0.0703    0.81277 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1338147     3  0.1282    0.89057 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044
#> SRR1413329     5  0.2769    0.77187 0.032 0.000 0.092 0.000 0.876
#> SRR1485931     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     5  0.3165    0.74341 0.036 0.000 0.000 0.116 0.848
#> SRR1333308     4  0.0404    0.87029 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1452033     1  0.5623    0.53204 0.596 0.000 0.000 0.300 0.104
#> SRR1467316     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0566    0.91475 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1375351     2  0.0162    0.92306 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663440      1  0.6186    0.08961 0.452 0.000 0.136 0.000 0.412
#> SRR1471755     2  0.1121    0.90696 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR808019      5  0.1808    0.79679 0.004 0.000 0.040 0.020 0.936
#> SRR1479133     3  0.4101    0.51092 0.332 0.000 0.664 0.000 0.004
#> SRR615069      2  0.4392    0.35355 0.000 0.612 0.008 0.000 0.380
#> SRR1456185     2  0.1334    0.91285 0.004 0.960 0.012 0.020 0.004
#> SRR1350069     4  0.0290    0.87193 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR816316      1  0.1732    0.81277 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR664795      1  0.4141    0.66931 0.736 0.000 0.236 0.000 0.028
#> SRR1490721     5  0.3291    0.72845 0.000 0.088 0.000 0.064 0.848
#> SRR810643      5  0.1106    0.81081 0.024 0.000 0.000 0.012 0.964
#> SRR1430333     5  0.1117    0.81181 0.020 0.016 0.000 0.000 0.964
#> SRR1085285     3  0.1831    0.87627 0.076 0.000 0.920 0.000 0.004
#> SRR1099072     1  0.1124    0.80950 0.960 0.000 0.036 0.000 0.004
#> SRR1317985     1  0.1444    0.80986 0.948 0.000 0.000 0.040 0.012
#> SRR1487340     1  0.2338    0.80380 0.884 0.000 0.000 0.004 0.112
#> SRR1420276     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.4654    0.39237 0.024 0.000 0.628 0.000 0.348
#> SRR1405525     1  0.4341    0.44427 0.592 0.000 0.000 0.004 0.404
#> SRR1370329     1  0.2228    0.81842 0.912 0.000 0.000 0.040 0.048
#> SRR1465001     4  0.5848    0.43593 0.168 0.000 0.000 0.604 0.228
#> SRR1476525     2  0.0290    0.92277 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR819610      2  0.3832    0.69586 0.004 0.756 0.004 0.232 0.004
#> SRR2157314     1  0.5046    0.68618 0.704 0.000 0.000 0.156 0.140
#> SRR1409465     2  0.0162    0.92306 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR809987      4  0.0404    0.87115 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR613639      3  0.4436    0.23346 0.396 0.000 0.596 0.000 0.008
#> SRR1402285     4  0.0404    0.87029 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1077038     1  0.1082    0.82002 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1405660     3  0.0451    0.91582 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1095455     1  0.3171    0.76259 0.816 0.008 0.000 0.000 0.176
#> SRR1394734     2  0.1478    0.89289 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1317771     1  0.0955    0.81656 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR1365894     2  0.3452    0.66156 0.000 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1073581     4  0.6007    0.19161 0.048 0.000 0.420 0.500 0.032
#> SRR659804      1  0.5236    0.66426 0.684 0.000 0.000 0.164 0.152
#> SRR1345914     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0290    0.92277 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473529     2  0.0162    0.92306 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660764      3  0.0162    0.91621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR820448      1  0.1168    0.81946 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR1328845     4  0.0404    0.87121 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1336415     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0510    0.86802 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1459190     1  0.1216    0.80738 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1346773     5  0.1331    0.80707 0.040 0.000 0.000 0.008 0.952
#> SRR1499521     4  0.4586    0.17994 0.004 0.000 0.004 0.524 0.468
#> SRR1440898     2  0.0290    0.92277 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1347459     3  0.2172    0.86993 0.076 0.000 0.908 0.000 0.016
#> SRR1081209     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.3192    0.79442 0.848 0.000 0.000 0.040 0.112
#> SRR1333395     4  0.4081    0.77791 0.080 0.092 0.000 0.812 0.016
#> SRR1309248     2  0.0290    0.92285 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR809161      1  0.4687    0.51677 0.636 0.000 0.336 0.000 0.028
#> SRR1316320     2  0.0703    0.91130 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1432629     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.4248    0.66904 0.728 0.000 0.000 0.240 0.032
#> SRR1416578     4  0.0912    0.86682 0.016 0.000 0.000 0.972 0.012
#> SRR1405547     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0162    0.87177 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1380764     5  0.0955    0.81176 0.028 0.000 0.000 0.004 0.968
#> SRR1309160     3  0.1124    0.90411 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR663489      3  0.0451    0.91582 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1500450     4  0.2685    0.81934 0.092 0.000 0.000 0.880 0.028
#> SRR1078489     5  0.3578    0.67516 0.204 0.008 0.004 0.000 0.784
#> SRR1332648     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.3122    0.79035 0.004 0.852 0.120 0.000 0.024
#> SRR1470420     3  0.2583    0.81007 0.000 0.132 0.864 0.000 0.004
#> SRR1475566     1  0.3297    0.79564 0.848 0.000 0.000 0.068 0.084
#> SRR1477949     1  0.2708    0.79389 0.884 0.000 0.000 0.072 0.044
#> SRR1481419     2  0.0290    0.92277 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1464766     5  0.4443   -0.07059 0.472 0.000 0.000 0.004 0.524
#> SRR615946      3  0.1124    0.90340 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1446481     2  0.0510    0.92080 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1467656     2  0.0794    0.91188 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.1410    0.79613 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR660224      2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0162    0.81741 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1347166     5  0.1124    0.81096 0.036 0.004 0.000 0.000 0.960
#> SRR1485722     5  0.0703    0.81277 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1415316     1  0.1792    0.81377 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR613390      1  0.1121    0.82067 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR661108      3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0865    0.81432 0.972 0.000 0.000 0.004 0.024
#> SRR817329      1  0.0324    0.81634 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1401990     4  0.0404    0.87135 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1467745     4  0.5206    0.17950 0.000 0.044 0.428 0.528 0.000
#> SRR1471795     2  0.0404    0.92190 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0579    0.81370 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1314873     1  0.0451    0.81491 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1401211     4  0.2843    0.81927 0.076 0.000 0.000 0.876 0.048
#> SRR1419692     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      1  0.3255    0.77580 0.848 0.000 0.100 0.000 0.052
#> SRR2164608     5  0.6439    0.26575 0.184 0.000 0.356 0.000 0.460
#> SRR1455586     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR819459      3  0.0162    0.91621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1488939     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.1671    0.81416 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1361652     2  0.3160    0.72148 0.004 0.808 0.000 0.000 0.188
#> SRR1437119     1  0.5316    0.46691 0.588 0.000 0.000 0.348 0.064
#> SRR1478547     3  0.0162    0.91621 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1430910     5  0.4291    0.12996 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1310584     5  0.1750    0.80163 0.036 0.000 0.000 0.028 0.936
#> SRR1500216     1  0.1041    0.82102 0.964 0.000 0.000 0.004 0.032
#> SRR1486762     1  0.3766    0.58761 0.728 0.000 0.268 0.000 0.004
#> SRR1480854     4  0.6510    0.27225 0.000 0.232 0.000 0.484 0.284
#> SRR1489394     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0404    0.87029 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1473058     4  0.1216    0.85889 0.000 0.020 0.020 0.960 0.000
#> SRR1405165     3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.1341    0.81986 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1471477     4  0.2116    0.85454 0.028 0.000 0.008 0.924 0.040
#> SRR1098567     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.0671    0.87000 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR1455038     1  0.3366    0.70611 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1375248     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     1  0.1668    0.81579 0.940 0.000 0.032 0.000 0.028
#> SRR1348378     3  0.1074    0.90517 0.000 0.016 0.968 0.012 0.004
#> SRR1413541     1  0.0963    0.82135 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1392943     4  0.4182    0.47833 0.000 0.004 0.000 0.644 0.352
#> SRR1475192     3  0.0000    0.91693 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     3  0.1908    0.85245 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.3988    0.67391 0.732 0.016 0.000 0.000 0.252
#> SRR1347060     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1414139     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1447962     3  0.1851    0.85388 0.000 0.088 0.912 0.000 0.000
#> SRR1444324     3  0.3741    0.63377 0.000 0.264 0.732 0.000 0.004
#> SRR1415004     4  0.4938    0.50264 0.312 0.000 0.000 0.640 0.048
#> SRR1413436     1  0.2286    0.80644 0.888 0.000 0.000 0.004 0.108
#> SRR1311266     5  0.0865    0.81219 0.024 0.000 0.000 0.004 0.972
#> SRR1343302     4  0.0404    0.87029 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1373746     1  0.3438    0.76185 0.808 0.000 0.000 0.020 0.172
#> SRR1429678     1  0.2189    0.81329 0.904 0.000 0.000 0.012 0.084
#> SRR1469413     3  0.0703    0.90723 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR1405331     1  0.1697    0.81716 0.932 0.000 0.008 0.000 0.060
#> SRR1345609     1  0.4021    0.71202 0.780 0.000 0.000 0.168 0.052
#> SRR1380208     5  0.3039    0.65810 0.000 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1322840     4  0.0162    0.87123 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1399797     3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0510    0.91254 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1315081     3  0.0162    0.91695 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369196     3  0.0324    0.91514 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1400847     1  0.4138    0.75272 0.776 0.000 0.000 0.064 0.160
#> SRR1365291     5  0.6491    0.19828 0.336 0.000 0.200 0.000 0.464
#> SRR1367920     5  0.5245    0.37037 0.000 0.328 0.000 0.064 0.608
#> SRR1366648     3  0.0451    0.91582 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1441679     2  0.0000    0.92293 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.4387    0.42463 0.012 0.000 0.348 0.000 0.640
#> SRR1363968     4  0.3366    0.77640 0.032 0.000 0.000 0.828 0.140
#> SRR814387      5  0.5752    0.12795 0.384 0.000 0.000 0.092 0.524
#> SRR657599      5  0.2228    0.79705 0.020 0.000 0.044 0.016 0.920
#> SRR1386689     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0162    0.91703 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.5719    0.42985 0.552 0.000 0.352 0.000 0.096
#> SRR1441159     5  0.1124    0.80952 0.036 0.000 0.000 0.004 0.960
#> SRR1403154     4  0.0000    0.87199 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0290    0.91667 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1310275     5  0.1408    0.80875 0.044 0.000 0.008 0.000 0.948

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     3  0.5571    0.22546 0.320 0.000 0.568 0.080 0.032 0.000
#> SRR1331708     1  0.5267    0.20561 0.588 0.292 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR1464258     6  0.1858    0.55958 0.092 0.000 0.000 0.000 0.004 0.904
#> SRR1454201     5  0.1349    0.75822 0.056 0.000 0.000 0.000 0.940 0.004
#> SRR661589      6  0.3547    0.09629 0.000 0.000 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1456229     6  0.2933    0.43881 0.200 0.000 0.000 0.000 0.004 0.796
#> SRR1315165     4  0.0146    0.86175 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.1588    0.68498 0.924 0.000 0.000 0.000 0.004 0.072
#> SRR1417809     4  0.2595    0.78166 0.160 0.000 0.000 0.836 0.004 0.000
#> SRR1094457     4  0.0260    0.86210 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.3937    0.45619 0.572 0.004 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1315931     6  0.4138    0.06033 0.368 0.000 0.000 0.004 0.012 0.616
#> SRR1430066     3  0.3930    0.60243 0.004 0.000 0.628 0.000 0.004 0.364
#> SRR1431037     3  0.3862    0.57212 0.000 0.000 0.608 0.000 0.004 0.388
#> SRR1395554     3  0.3807    0.58798 0.000 0.000 0.628 0.000 0.004 0.368
#> SRR818002      2  0.3989    0.15240 0.000 0.528 0.004 0.468 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0458    0.88351 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0146    0.86199 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.2362    0.70600 0.136 0.000 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR1490740     1  0.3862    0.36918 0.524 0.000 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1446627     2  0.0146    0.88643 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.3507    0.67277 0.820 0.000 0.000 0.020 0.116 0.044
#> SRR1383907     4  0.0777    0.85107 0.000 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1311018     1  0.3003    0.69024 0.812 0.000 0.000 0.016 0.000 0.172
#> SRR1375699     2  0.1419    0.87728 0.016 0.952 0.000 0.016 0.004 0.012
#> SRR1429846     6  0.2738    0.45461 0.000 0.000 0.176 0.000 0.004 0.820
#> SRR613550      6  0.2134    0.60129 0.052 0.000 0.044 0.000 0.000 0.904
#> SRR1348402     1  0.5383    0.59690 0.584 0.000 0.000 0.000 0.232 0.184
#> SRR1345146     1  0.0870    0.66040 0.972 0.012 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1324025     6  0.4091   -0.34097 0.000 0.000 0.472 0.000 0.008 0.520
#> SRR1318879     1  0.6822    0.14821 0.464 0.252 0.224 0.000 0.004 0.056
#> SRR820755      6  0.1983    0.59198 0.000 0.000 0.020 0.000 0.072 0.908
#> SRR1485830     4  0.0260    0.86205 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR599313      6  0.3351    0.28610 0.288 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR612263      6  0.4332    0.07044 0.352 0.000 0.000 0.000 0.032 0.616
#> SRR1415398     6  0.3052    0.38021 0.000 0.000 0.216 0.000 0.004 0.780
#> SRR1326205     4  0.3109    0.73045 0.224 0.000 0.000 0.772 0.004 0.000
#> SRR1421327     5  0.3937    0.16621 0.000 0.004 0.000 0.424 0.572 0.000
#> SRR1083311     3  0.3607    0.61953 0.000 0.000 0.652 0.000 0.000 0.348
#> SRR1499303     4  0.0146    0.86107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1079522     2  0.2636    0.81208 0.120 0.860 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1452935     5  0.4768    0.51925 0.140 0.000 0.004 0.000 0.688 0.168
#> SRR1379495     1  0.3499    0.60552 0.680 0.000 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1470459     3  0.2697    0.63722 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      6  0.3989   -0.31892 0.000 0.000 0.468 0.000 0.004 0.528
#> SRR615778      5  0.0790    0.76546 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1447564     1  0.3756    0.49297 0.600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400
#> SRR1455195     5  0.0622    0.76903 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR655182      1  0.2003    0.68326 0.884 0.000 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1335140     2  0.0363    0.88448 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.3756    0.67250 0.020 0.000 0.712 0.000 0.000 0.268
#> SRR1308650     3  0.4562    0.60654 0.004 0.180 0.732 0.024 0.000 0.060
#> SRR1388354     1  0.1700    0.68663 0.916 0.000 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1317446     3  0.2191    0.72696 0.000 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1413602     3  0.2103    0.72371 0.020 0.000 0.912 0.000 0.012 0.056
#> SRR1479955     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      6  0.4328   -0.23440 0.460 0.020 0.000 0.000 0.000 0.520
#> SRR661313      6  0.2520    0.49812 0.000 0.000 0.152 0.000 0.004 0.844
#> SRR1499935     4  0.0146    0.86107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1447303     6  0.4975   -0.28887 0.000 0.000 0.428 0.000 0.068 0.504
#> SRR1429408     4  0.1396    0.85160 0.024 0.004 0.008 0.952 0.012 0.000
#> SRR1433950     1  0.4253    0.40145 0.524 0.000 0.000 0.000 0.016 0.460
#> SRR1362081     2  0.3050    0.66157 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     6  0.4604    0.19490 0.300 0.000 0.000 0.000 0.064 0.636
#> SRR1435229     5  0.5966   -0.02163 0.344 0.012 0.000 0.000 0.480 0.164
#> SRR1085996     6  0.4018   -0.07004 0.412 0.000 0.000 0.000 0.008 0.580
#> SRR1414229     5  0.0291    0.76888 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1400974     3  0.3841    0.58164 0.004 0.000 0.616 0.000 0.000 0.380
#> SRR1399971     1  0.4103    0.42480 0.544 0.000 0.000 0.004 0.004 0.448
#> SRR613927      6  0.1967    0.57349 0.084 0.000 0.012 0.000 0.000 0.904
#> SRR1457854     1  0.2527    0.68913 0.832 0.000 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1473714     1  0.5027    0.58896 0.640 0.000 0.000 0.200 0.000 0.160
#> SRR813776      6  0.0520    0.60699 0.000 0.000 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR808196      4  0.3819    0.51740 0.372 0.000 0.000 0.624 0.004 0.000
#> SRR1101085     4  0.0146    0.86107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR614395      6  0.2762    0.44735 0.196 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804
#> SRR1478251     4  0.0146    0.86199 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.3807    0.38391 0.000 0.628 0.368 0.004 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.3050    0.66675 0.764 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR665310      6  0.1500    0.59295 0.012 0.000 0.052 0.000 0.000 0.936
#> SRR1420109     6  0.0935    0.59625 0.032 0.000 0.004 0.000 0.000 0.964
#> SRR1330920     6  0.1155    0.60170 0.004 0.000 0.004 0.000 0.036 0.956
#> SRR1419539     3  0.1563    0.67630 0.056 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000
#> SRR1359447     3  0.4300   -0.00472 0.012 0.456 0.528 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347259     4  0.3497    0.73876 0.224 0.008 0.000 0.760 0.004 0.004
#> SRR613915      6  0.2846    0.49271 0.016 0.000 0.140 0.000 0.004 0.840
#> SRR1384395     3  0.1267    0.72766 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR821715      6  0.2355    0.54788 0.008 0.000 0.112 0.000 0.004 0.876
#> SRR1478228     1  0.3220    0.69773 0.832 0.000 0.000 0.004 0.056 0.108
#> SRR1445637     6  0.3847   -0.20016 0.456 0.000 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR608150      5  0.0291    0.76846 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1096383     1  0.2993    0.61000 0.844 0.000 0.120 0.028 0.008 0.000
#> SRR1341480     4  0.0405    0.86020 0.000 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000
#> SRR1341344     5  0.2887    0.68469 0.120 0.000 0.000 0.000 0.844 0.036
#> SRR1326270     6  0.2199    0.58038 0.020 0.000 0.088 0.000 0.000 0.892
#> SRR1498838     3  0.3647    0.60068 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR1416313     3  0.3993    0.42641 0.000 0.000 0.520 0.000 0.004 0.476
#> SRR808566      4  0.0363    0.85781 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.0363    0.86161 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.2431    0.72573 0.008 0.000 0.860 0.000 0.000 0.132
#> SRR613533      3  0.5888   -0.09053 0.220 0.000 0.460 0.000 0.000 0.320
#> SRR661267      3  0.4490    0.49703 0.128 0.000 0.720 0.000 0.148 0.004
#> SRR810665      2  0.0146    0.88676 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.0146    0.76828 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1420067     1  0.3284    0.64531 0.800 0.000 0.000 0.000 0.168 0.032
#> SRR1473632     1  0.4720    0.49230 0.560 0.052 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR812536      3  0.3841    0.58697 0.000 0.000 0.616 0.000 0.004 0.380
#> SRR1370850     2  0.2456    0.82754 0.000 0.880 0.012 0.100 0.004 0.004
#> SRR1486195     3  0.3860    0.11278 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.2531    0.79557 0.132 0.856 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.3668    0.63622 0.728 0.000 0.008 0.000 0.008 0.256
#> SRR1465230     4  0.0260    0.86210 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.4254    0.60474 0.764 0.000 0.124 0.000 0.092 0.020
#> SRR1356101     3  0.0260    0.71097 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.2146    0.66523 0.880 0.000 0.000 0.000 0.004 0.116
#> SRR1392676     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.2624    0.63800 0.884 0.000 0.020 0.068 0.028 0.000
#> SRR660510      3  0.3997    0.40345 0.000 0.000 0.508 0.000 0.004 0.488
#> SRR1445655     4  0.0000    0.86121 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      2  0.5428    0.32221 0.140 0.540 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR2166459     1  0.2941    0.64846 0.780 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220
#> SRR1070713     5  0.3259    0.60906 0.000 0.216 0.000 0.012 0.772 0.000
#> SRR1485312     3  0.4158    0.53689 0.004 0.000 0.572 0.000 0.008 0.416
#> SRR1317631     4  0.3741    0.61880 0.320 0.000 0.000 0.672 0.008 0.000
#> SRR1488610     1  0.4996    0.35680 0.548 0.004 0.000 0.000 0.384 0.064
#> SRR1330588     3  0.4417    0.50963 0.000 0.000 0.556 0.000 0.028 0.416
#> SRR1316367     5  0.1713    0.75270 0.044 0.000 0.000 0.000 0.928 0.028
#> SRR1433926     6  0.3899   -0.03513 0.404 0.000 0.000 0.004 0.000 0.592
#> SRR1091302     4  0.0146    0.86146 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR818263      6  0.3709    0.48312 0.040 0.000 0.000 0.000 0.204 0.756
#> SRR1404909     4  0.2562    0.73304 0.000 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR663076      1  0.2046    0.67250 0.908 0.000 0.000 0.060 0.000 0.032
#> SRR1323577     2  0.0622    0.88491 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0146    0.86199 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.3265    0.49853 0.748 0.000 0.000 0.248 0.004 0.000
#> SRR654862      5  0.4400    0.33909 0.032 0.000 0.000 0.000 0.592 0.376
#> SRR1407112     4  0.0865    0.85451 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1332969     6  0.3528    0.18437 0.004 0.000 0.296 0.000 0.000 0.700
#> SRR1353199     6  0.2667    0.54633 0.020 0.000 0.128 0.000 0.000 0.852
#> SRR1378885     6  0.2011    0.58049 0.004 0.000 0.064 0.000 0.020 0.912
#> SRR665357      3  0.0622    0.71546 0.008 0.000 0.980 0.000 0.000 0.012
#> SRR662186      2  0.0260    0.88553 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     6  0.3797    0.24849 0.016 0.000 0.292 0.000 0.000 0.692
#> SRR1347819     3  0.2520    0.72168 0.000 0.000 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR1480813     2  0.1995    0.85772 0.000 0.912 0.036 0.052 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.2631    0.72465 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000    0.86121 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.3965    0.59286 0.004 0.000 0.616 0.000 0.004 0.376
#> SRR1500472     5  0.4045    0.42967 0.336 0.008 0.008 0.000 0.648 0.000
#> SRR1417632     2  0.4088    0.39226 0.016 0.616 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0632    0.88247 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.0260    0.76843 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1326579     5  0.0622    0.76907 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1349363     2  0.2476    0.81940 0.120 0.868 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1096712     3  0.3201    0.70420 0.012 0.000 0.780 0.000 0.000 0.208
#> SRR1090407     6  0.3852   -0.08983 0.000 0.000 0.384 0.000 0.004 0.612
#> SRR1083752     4  0.3499    0.49568 0.000 0.320 0.000 0.680 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.5819    0.09437 0.000 0.188 0.000 0.444 0.368 0.000
#> SRR1488449     6  0.3595    0.20228 0.008 0.000 0.288 0.000 0.000 0.704
#> SRR1318354     5  0.2699    0.73255 0.008 0.012 0.124 0.000 0.856 0.000
#> SRR1359062     3  0.2964    0.70382 0.000 0.000 0.792 0.000 0.004 0.204
#> SRR1398924     5  0.2883    0.62647 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR663783      3  0.1398    0.72675 0.008 0.000 0.940 0.000 0.000 0.052
#> SRR1319204     2  0.5622    0.41586 0.332 0.520 0.144 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      6  0.3930   -0.09170 0.420 0.000 0.000 0.004 0.000 0.576
#> SRR1337449     2  0.2883    0.69711 0.000 0.788 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.0000    0.71284 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.3620    0.45656 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR1377423     6  0.3213    0.57174 0.048 0.000 0.132 0.000 0.000 0.820
#> SRR1312310     2  0.0363    0.88563 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.3587    0.66970 0.804 0.000 0.000 0.008 0.132 0.056
#> SRR1338426     3  0.2358    0.71393 0.040 0.000 0.900 0.000 0.012 0.048
#> SRR1353309     3  0.1873    0.72375 0.020 0.000 0.924 0.000 0.008 0.048
#> SRR658941      3  0.5734    0.03460 0.256 0.000 0.516 0.000 0.228 0.000
#> SRR1101643     6  0.3961   -0.14938 0.440 0.000 0.000 0.004 0.000 0.556
#> SRR1401468     5  0.6807    0.10767 0.384 0.000 0.116 0.104 0.396 0.000
#> SRR1368874     2  0.0146    0.88665 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000    0.86121 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     4  0.5026    0.17112 0.356 0.000 0.000 0.568 0.004 0.072
#> SRR819820      3  0.3934    0.29680 0.376 0.000 0.616 0.000 0.008 0.000
#> SRR1337342     5  0.1010    0.76407 0.036 0.000 0.000 0.000 0.960 0.004
#> SRR655206      3  0.2036    0.66223 0.064 0.000 0.912 0.016 0.008 0.000
#> SRR1387013     5  0.4246    0.24183 0.000 0.400 0.000 0.020 0.580 0.000
#> SRR1317410     1  0.3746    0.67645 0.780 0.000 0.000 0.000 0.140 0.080
#> SRR608198      5  0.0508    0.76852 0.004 0.000 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR1440161     2  0.3828    0.19682 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0146    0.88643 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.3684    0.61343 0.332 0.000 0.000 0.664 0.004 0.000
#> SRR1099622     3  0.0508    0.71324 0.000 0.012 0.984 0.000 0.000 0.004
#> SRR663197      3  0.3872    0.56456 0.000 0.000 0.604 0.000 0.004 0.392
#> SRR1394836     3  0.1065    0.70298 0.020 0.000 0.964 0.008 0.008 0.000
#> SRR661699      6  0.5870   -0.37972 0.168 0.000 0.404 0.000 0.004 0.424
#> SRR813680      1  0.6321    0.24889 0.456 0.000 0.300 0.000 0.020 0.224
#> SRR1410678     1  0.2980    0.68805 0.808 0.000 0.000 0.012 0.000 0.180
#> SRR1378109     4  0.0260    0.86210 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1499174     6  0.3843   -0.18768 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1311486     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     5  0.4148    0.62669 0.000 0.108 0.000 0.148 0.744 0.000
#> SRR1433410     5  0.0508    0.76853 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR661167      6  0.3866   -0.34766 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1432518     3  0.6307    0.42336 0.040 0.000 0.428 0.000 0.136 0.396
#> SRR660462      3  0.3601    0.63886 0.000 0.000 0.684 0.000 0.004 0.312
#> SRR1374608     4  0.4415    0.64677 0.268 0.000 0.020 0.684 0.028 0.000
#> SRR657949      6  0.2377    0.57798 0.124 0.000 0.004 0.000 0.004 0.868
#> SRR1308882     4  0.1327    0.84284 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR655768      1  0.2520    0.69087 0.844 0.000 0.000 0.000 0.004 0.152
#> SRR1485870     4  0.6062    0.37734 0.320 0.232 0.000 0.444 0.004 0.000
#> SRR1444138     1  0.3830    0.53407 0.620 0.000 0.000 0.000 0.004 0.376
#> SRR1417342     1  0.2290    0.67526 0.892 0.000 0.000 0.020 0.004 0.084
#> SRR1470193     4  0.2196    0.81992 0.108 0.004 0.000 0.884 0.004 0.000
#> SRR1091380     3  0.3653    0.41158 0.300 0.000 0.692 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099096     1  0.4360    0.65403 0.768 0.000 0.000 0.092 0.100 0.040
#> SRR1313583     4  0.2700    0.75699 0.156 0.000 0.000 0.836 0.004 0.004
#> SRR1467102     3  0.0291    0.71404 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1485416     4  0.0363    0.85914 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR818821      3  0.5384    0.33584 0.208 0.004 0.604 0.000 0.000 0.184
#> SRR809963      6  0.2454    0.49309 0.160 0.000 0.000 0.000 0.000 0.840
#> SRR1072247     1  0.4805    0.65734 0.696 0.000 0.000 0.116 0.012 0.176
#> SRR1353710     4  0.0291    0.86187 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004 0.000
#> SRR1445259     5  0.6114   -0.23376 0.348 0.004 0.000 0.000 0.412 0.236
#> SRR1408393     6  0.1444    0.58955 0.072 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928
#> SRR1361522     6  0.3756   -0.02184 0.400 0.000 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1368597     1  0.3966    0.29896 0.552 0.000 0.000 0.000 0.004 0.444
#> SRR1309680     2  0.0632    0.88217 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.2703    0.71617 0.000 0.000 0.824 0.000 0.004 0.172
#> SRR1333485     4  0.0146    0.86107 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.6354    0.17742 0.164 0.000 0.384 0.420 0.032 0.000
#> SRR1354931     3  0.2234    0.72794 0.004 0.000 0.872 0.000 0.000 0.124
#> SRR1391856     3  0.1608    0.70515 0.000 0.016 0.940 0.004 0.036 0.004
#> SRR1446738     5  0.3084    0.69721 0.004 0.000 0.032 0.132 0.832 0.000
#> SRR1309032     2  0.1141    0.87285 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.1563    0.86314 0.000 0.932 0.056 0.012 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0146    0.88675 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.3189    0.69058 0.004 0.000 0.760 0.000 0.000 0.236
#> SRR613150      3  0.1167    0.71797 0.008 0.000 0.960 0.000 0.012 0.020
#> SRR1375329     2  0.2377    0.81387 0.124 0.868 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1387921     1  0.3023    0.67726 0.784 0.000 0.000 0.004 0.000 0.212
#> SRR1466792     2  0.1957    0.82983 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.1957    0.68802 0.920 0.000 0.000 0.024 0.008 0.048
#> SRR812943      6  0.5986   -0.21927 0.360 0.232 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1400910     2  0.3916    0.50111 0.020 0.680 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1444203     4  0.1007    0.85180 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR816177      4  0.3245    0.65462 0.000 0.228 0.008 0.764 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.3852    0.57837 0.000 0.000 0.612 0.000 0.004 0.384
#> SRR1429603     4  0.0748    0.86059 0.016 0.004 0.000 0.976 0.004 0.000
#> SRR1397366     6  0.2006    0.55708 0.004 0.000 0.104 0.000 0.000 0.892
#> SRR1446028     1  0.4931    0.62774 0.636 0.000 0.000 0.000 0.116 0.248
#> SRR1083918     2  0.4682    0.27867 0.000 0.548 0.020 0.416 0.000 0.016
#> SRR1337606     5  0.0632    0.76574 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR659109      3  0.3890    0.55693 0.000 0.000 0.596 0.000 0.004 0.400
#> SRR1337192     5  0.1594    0.75473 0.052 0.000 0.000 0.000 0.932 0.016
#> SRR656946      1  0.1663    0.68883 0.912 0.000 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1476102     1  0.4446    0.59098 0.752 0.000 0.000 0.048 0.148 0.052
#> SRR1476447     1  0.4990    0.37013 0.480 0.000 0.000 0.000 0.068 0.452
#> SRR1342067     4  0.0000    0.86121 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0146    0.86199 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.5505    0.38794 0.452 0.000 0.000 0.000 0.128 0.420
#> SRR614419      5  0.3493    0.64441 0.056 0.000 0.000 0.000 0.796 0.148
#> SRR1322936     5  0.2402    0.71028 0.140 0.004 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1349121     1  0.2825    0.69550 0.844 0.000 0.000 0.008 0.012 0.136
#> SRR1430549     1  0.5442    0.48472 0.508 0.000 0.000 0.000 0.128 0.364
#> SRR612935      2  0.5043    0.61297 0.064 0.680 0.220 0.000 0.004 0.032
#> SRR661481      2  0.1500    0.86721 0.000 0.936 0.012 0.052 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.1957    0.83389 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.1036    0.85664 0.008 0.024 0.000 0.964 0.004 0.000
#> SRR1452164     1  0.3966    0.43885 0.552 0.000 0.000 0.000 0.004 0.444
#> SRR1070503     6  0.2714    0.57113 0.004 0.000 0.064 0.000 0.060 0.872
#> SRR1499894     3  0.1364    0.72660 0.004 0.000 0.944 0.000 0.004 0.048
#> SRR1082883     5  0.0291    0.76846 0.000 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000
#> SRR1468271     1  0.4894    0.55270 0.724 0.000 0.064 0.076 0.136 0.000
#> SRR1332443     1  0.4517    0.67927 0.720 0.000 0.000 0.056 0.024 0.200
#> SRR810295      2  0.0458    0.88456 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      6  0.3747    0.00383 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1328620     5  0.5252    0.31650 0.096 0.000 0.424 0.000 0.480 0.000
#> SRR1396294     4  0.5048    0.51479 0.344 0.000 0.068 0.580 0.008 0.000
#> SRR1419917     6  0.3747   -0.00765 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR662114      5  0.5260    0.28252 0.000 0.004 0.096 0.000 0.552 0.348
#> SRR1489199     5  0.4368    0.39667 0.296 0.000 0.000 0.000 0.656 0.048
#> SRR813584      4  0.4702    0.56786 0.024 0.276 0.024 0.668 0.008 0.000
#> SRR1069638     5  0.2573    0.71638 0.000 0.004 0.008 0.000 0.856 0.132
#> SRR614864      5  0.6049   -0.12760 0.000 0.000 0.264 0.000 0.404 0.332
#> SRR1433392     6  0.0922    0.60102 0.024 0.000 0.004 0.000 0.004 0.968
#> SRR1377777     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.1471    0.68118 0.932 0.000 0.000 0.000 0.004 0.064
#> SRR1401252     4  0.1477    0.83678 0.008 0.048 0.000 0.940 0.004 0.000
#> SRR1309963     4  0.0713    0.85785 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.3765    0.50584 0.596 0.000 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1418628     2  0.0547    0.88334 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.4181    0.27554 0.616 0.000 0.004 0.008 0.004 0.368
#> SRR1380393     1  0.2250    0.69386 0.888 0.000 0.000 0.020 0.000 0.092
#> SRR1319731     1  0.4084    0.67927 0.744 0.000 0.000 0.008 0.052 0.196
#> SRR1356468     4  0.4039    0.45735 0.424 0.000 0.000 0.568 0.008 0.000
#> SRR1337010     2  0.1141    0.87033 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     5  0.1606    0.75801 0.056 0.000 0.000 0.004 0.932 0.008
#> SRR1486538     4  0.0405    0.86174 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1340486     4  0.0260    0.86210 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.1078    0.87966 0.008 0.964 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR1465459     6  0.1605    0.60775 0.016 0.000 0.032 0.000 0.012 0.940
#> SRR1080270     3  0.2442    0.72291 0.000 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR1312501     6  0.4199   -0.28499 0.008 0.000 0.444 0.000 0.004 0.544
#> SRR1093148     5  0.4931    0.57561 0.116 0.000 0.248 0.000 0.636 0.000
#> SRR1467080     3  0.2442    0.72358 0.000 0.000 0.852 0.000 0.004 0.144
#> SRR1410866     2  0.3730    0.73529 0.000 0.772 0.060 0.168 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0146    0.86067 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0260    0.86186 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR613342      6  0.5563    0.43606 0.184 0.000 0.272 0.000 0.000 0.544
#> SRR1452246     2  0.2048    0.80872 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000    0.86121 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     6  0.3584    0.15681 0.000 0.000 0.308 0.000 0.004 0.688
#> SRR813824      6  0.3995   -0.35236 0.000 0.000 0.480 0.000 0.004 0.516
#> SRR1082376     6  0.3440    0.43173 0.196 0.000 0.000 0.000 0.028 0.776
#> SRR1500891     4  0.0790    0.84883 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR807543      6  0.0881    0.60607 0.008 0.000 0.008 0.000 0.012 0.972
#> SRR1091572     6  0.5880    0.18328 0.200 0.000 0.012 0.000 0.248 0.540
#> SRR1346689     4  0.0436    0.86178 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1332424     5  0.0508    0.76853 0.012 0.000 0.000 0.000 0.984 0.004
#> SRR663729      4  0.0436    0.86178 0.004 0.004 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1097013     1  0.2854    0.67872 0.792 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR613675      5  0.2632    0.69036 0.164 0.004 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1485357     4  0.1957    0.81358 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.2752    0.72070 0.036 0.000 0.856 0.000 0.000 0.108
#> SRR1500113     1  0.1620    0.68140 0.940 0.000 0.000 0.024 0.012 0.024
#> SRR1437622     4  0.3563    0.46064 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.4045    0.39145 0.648 0.000 0.336 0.008 0.008 0.000
#> SRR655531      5  0.0291    0.76854 0.000 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1338147     3  0.4310    0.53904 0.000 0.000 0.580 0.000 0.024 0.396
#> SRR1413329     5  0.5438    0.47106 0.260 0.000 0.172 0.000 0.568 0.000
#> SRR1485931     2  0.0363    0.88448 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.3866    0.56681 0.736 0.000 0.000 0.024 0.232 0.008
#> SRR1333308     4  0.0458    0.86108 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.3301    0.66659 0.772 0.000 0.000 0.004 0.008 0.216
#> SRR1467316     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.3741    0.63876 0.008 0.000 0.672 0.000 0.000 0.320
#> SRR1375351     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      6  0.3424    0.51093 0.000 0.000 0.096 0.000 0.092 0.812
#> SRR1471755     2  0.4095    0.11407 0.000 0.512 0.008 0.480 0.000 0.000
#> SRR808019      5  0.5608    0.45679 0.260 0.000 0.200 0.000 0.540 0.000
#> SRR1479133     6  0.3954   -0.05958 0.004 0.000 0.372 0.000 0.004 0.620
#> SRR615069      5  0.4462    0.15795 0.008 0.436 0.016 0.000 0.540 0.000
#> SRR1456185     2  0.3765    0.76845 0.000 0.808 0.112 0.036 0.000 0.044
#> SRR1350069     4  0.3081    0.72657 0.220 0.000 0.000 0.776 0.004 0.000
#> SRR816316      6  0.2531    0.52168 0.132 0.000 0.000 0.000 0.012 0.856
#> SRR664795      1  0.4866    0.56945 0.704 0.000 0.136 0.000 0.020 0.140
#> SRR1490721     5  0.1168    0.76179 0.000 0.016 0.000 0.028 0.956 0.000
#> SRR810643      1  0.4168    0.31796 0.584 0.000 0.000 0.000 0.400 0.016
#> SRR1430333     5  0.0291    0.76867 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992 0.004
#> SRR1085285     3  0.4076    0.47721 0.008 0.000 0.540 0.000 0.000 0.452
#> SRR1099072     6  0.1349    0.58637 0.004 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940
#> SRR1317985     1  0.3851    0.40566 0.540 0.000 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1487340     6  0.4378   -0.22685 0.452 0.000 0.000 0.004 0.016 0.528
#> SRR1420276     3  0.1327    0.72810 0.000 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1351347     3  0.3642    0.53717 0.008 0.000 0.744 0.000 0.236 0.012
#> SRR1405525     1  0.4584    0.67951 0.724 0.012 0.000 0.000 0.128 0.136
#> SRR1370329     1  0.4111    0.40755 0.536 0.000 0.000 0.004 0.004 0.456
#> SRR1465001     1  0.3869    0.69611 0.804 0.000 0.000 0.040 0.052 0.104
#> SRR1476525     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      4  0.3296    0.74862 0.000 0.132 0.004 0.824 0.004 0.036
#> SRR2157314     1  0.2871    0.68388 0.804 0.000 0.000 0.000 0.004 0.192
#> SRR1409465     2  0.0146    0.88643 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.3023    0.73166 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004 0.000
#> SRR613639      3  0.5812   -0.05523 0.180 0.000 0.500 0.000 0.004 0.316
#> SRR1402285     4  0.1444    0.83653 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1077038     6  0.1075    0.58640 0.048 0.000 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1405660     3  0.4009    0.61098 0.008 0.000 0.632 0.000 0.004 0.356
#> SRR1095455     6  0.5571   -0.26460 0.424 0.048 0.000 0.000 0.044 0.484
#> SRR1394734     4  0.4689    0.28063 0.000 0.380 0.020 0.580 0.000 0.020
#> SRR1317771     6  0.3728    0.37277 0.344 0.000 0.000 0.000 0.004 0.652
#> SRR1365894     2  0.4046    0.70035 0.068 0.752 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR1073581     1  0.4305    0.50948 0.752 0.000 0.148 0.084 0.016 0.000
#> SRR659804      1  0.3141    0.68071 0.788 0.000 0.000 0.000 0.012 0.200
#> SRR1345914     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.2828    0.83006 0.000 0.872 0.036 0.072 0.000 0.020
#> SRR1473529     2  0.1858    0.84555 0.012 0.912 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR660764      3  0.1080    0.72436 0.004 0.000 0.960 0.000 0.004 0.032
#> SRR820448      6  0.2003    0.53890 0.116 0.000 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1328845     4  0.3373    0.69633 0.248 0.000 0.000 0.744 0.008 0.000
#> SRR1336415     4  0.0146    0.86199 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000    0.86121 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     6  0.4223    0.46846 0.192 0.000 0.072 0.000 0.004 0.732
#> SRR1346773     1  0.3859    0.52190 0.692 0.000 0.000 0.000 0.288 0.020
#> SRR1499521     1  0.5986    0.35375 0.600 0.000 0.084 0.096 0.220 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     6  0.4107   -0.29416 0.000 0.004 0.452 0.000 0.004 0.540
#> SRR1081209     2  0.0146    0.88647 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.4151    0.49273 0.576 0.000 0.000 0.004 0.008 0.412
#> SRR1333395     1  0.5368   -0.06504 0.544 0.080 0.000 0.364 0.004 0.008
#> SRR1309248     2  0.4373    0.66587 0.084 0.720 0.000 0.192 0.004 0.000
#> SRR809161      6  0.3087    0.47524 0.012 0.000 0.176 0.000 0.004 0.808
#> SRR1316320     2  0.1225    0.86777 0.012 0.952 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1432629     2  0.0632    0.88216 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.3620    0.57201 0.648 0.000 0.000 0.000 0.000 0.352
#> SRR1416578     4  0.3163    0.71422 0.232 0.000 0.000 0.764 0.004 0.000
#> SRR1405547     3  0.2631    0.72264 0.008 0.000 0.840 0.000 0.000 0.152
#> SRR1470534     4  0.0260    0.86186 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.3991    0.11199 0.524 0.000 0.000 0.000 0.472 0.004
#> SRR1309160     3  0.4211    0.47281 0.008 0.000 0.532 0.000 0.004 0.456
#> SRR663489      3  0.3690    0.65031 0.008 0.000 0.684 0.000 0.000 0.308
#> SRR1500450     1  0.1949    0.61721 0.904 0.000 0.000 0.088 0.004 0.004
#> SRR1078489     5  0.4226    0.18241 0.004 0.000 0.008 0.000 0.504 0.484
#> SRR1332648     4  0.0146    0.86199 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.2088    0.85113 0.068 0.904 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     3  0.3930    0.15133 0.000 0.420 0.576 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475566     1  0.3965    0.54495 0.616 0.000 0.000 0.004 0.004 0.376
#> SRR1477949     1  0.1501    0.68343 0.924 0.000 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1481419     2  0.0291    0.88643 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.5701    0.52527 0.524 0.000 0.000 0.000 0.228 0.248
#> SRR615946      6  0.3995   -0.34234 0.000 0.000 0.480 0.000 0.004 0.516
#> SRR1446481     2  0.1257    0.87805 0.000 0.952 0.020 0.028 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.1610    0.84119 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.0972    0.76690 0.028 0.000 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR660224      2  0.0260    0.88611 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      6  0.3782    0.08490 0.360 0.000 0.000 0.000 0.004 0.636
#> SRR1347166     5  0.0547    0.76757 0.000 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1485722     5  0.1501    0.75224 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR1415316     1  0.3695    0.50273 0.624 0.000 0.000 0.000 0.000 0.376
#> SRR613390      6  0.3409    0.26016 0.300 0.000 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR661108      3  0.3819    0.59024 0.000 0.000 0.624 0.000 0.004 0.372
#> SRR2170173     1  0.3634    0.51337 0.644 0.000 0.000 0.000 0.000 0.356
#> SRR817329      6  0.2597    0.48551 0.176 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824
#> SRR1401990     4  0.3512    0.66928 0.272 0.000 0.000 0.720 0.008 0.000
#> SRR1467745     4  0.1390    0.83815 0.000 0.016 0.032 0.948 0.000 0.004
#> SRR1471795     2  0.1333    0.87023 0.000 0.944 0.008 0.048 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      6  0.2838    0.45762 0.188 0.000 0.000 0.004 0.000 0.808
#> SRR1314873     6  0.3565    0.24050 0.304 0.000 0.000 0.000 0.004 0.692
#> SRR1401211     1  0.2118    0.65123 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR1419692     4  0.0260    0.86210 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR818797      6  0.2123    0.59219 0.020 0.000 0.064 0.000 0.008 0.908
#> SRR2164608     3  0.5784   -0.02574 0.408 0.000 0.416 0.000 0.176 0.000
#> SRR1455586     3  0.0692    0.71976 0.000 0.004 0.976 0.000 0.000 0.020
#> SRR819459      3  0.0858    0.72325 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1488939     2  0.0363    0.88448 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.88674 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     6  0.2019    0.56469 0.088 0.000 0.000 0.000 0.012 0.900
#> SRR1361652     2  0.1794    0.85278 0.036 0.924 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1437119     1  0.3772    0.60431 0.672 0.000 0.000 0.004 0.004 0.320
#> SRR1478547     3  0.1297    0.72427 0.012 0.000 0.948 0.000 0.000 0.040
#> SRR1430910     5  0.4542    0.35523 0.016 0.360 0.008 0.000 0.608 0.008
#> SRR1310584     5  0.5005   -0.01445 0.420 0.000 0.000 0.008 0.520 0.052
#> SRR1500216     6  0.3330    0.29442 0.284 0.000 0.000 0.000 0.000 0.716
#> SRR1486762     6  0.4338    0.23556 0.036 0.000 0.300 0.000 0.004 0.660
#> SRR1480854     4  0.2558    0.74815 0.000 0.004 0.000 0.840 0.156 0.000
#> SRR1489394     4  0.0146    0.86199 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0146    0.86199 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.1141    0.84710 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1473058     4  0.0291    0.86004 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.4278    0.60707 0.004 0.000 0.616 0.000 0.020 0.360
#> SRR1433004     6  0.3965    0.01158 0.388 0.000 0.000 0.000 0.008 0.604
#> SRR1471477     1  0.4040    0.52147 0.772 0.000 0.076 0.140 0.012 0.000
#> SRR1098567     2  0.0146    0.88665 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     4  0.5416    0.45880 0.340 0.000 0.104 0.548 0.008 0.000
#> SRR1455038     6  0.5071    0.24784 0.212 0.000 0.000 0.000 0.156 0.632
#> SRR1375248     3  0.0777    0.72096 0.000 0.004 0.972 0.000 0.000 0.024
#> SRR1403005     6  0.1410    0.59752 0.008 0.000 0.044 0.000 0.004 0.944
#> SRR1348378     4  0.4289    0.24814 0.000 0.020 0.424 0.556 0.000 0.000
#> SRR1413541     6  0.3747   -0.01019 0.396 0.000 0.000 0.000 0.000 0.604
#> SRR1392943     4  0.3843    0.21794 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR1475192     3  0.2402    0.72435 0.000 0.000 0.856 0.000 0.004 0.140
#> SRR1432085     3  0.3763    0.67569 0.000 0.144 0.788 0.000 0.008 0.060
#> SRR1452468     1  0.7085    0.21308 0.464 0.224 0.000 0.000 0.172 0.140
#> SRR1347060     3  0.0922    0.72171 0.004 0.000 0.968 0.000 0.004 0.024
#> SRR1414139     3  0.1007    0.72722 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1447962     3  0.3348    0.61714 0.000 0.216 0.768 0.000 0.000 0.016
#> SRR1444324     3  0.3864   -0.01293 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.2624    0.69443 0.856 0.000 0.000 0.020 0.000 0.124
#> SRR1413436     1  0.1858    0.66800 0.904 0.000 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR1311266     1  0.3989    0.12758 0.528 0.000 0.000 0.000 0.468 0.004
#> SRR1343302     4  0.0405    0.86187 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR1373746     1  0.4002    0.50800 0.588 0.000 0.000 0.000 0.008 0.404
#> SRR1429678     1  0.3995    0.35859 0.516 0.000 0.000 0.000 0.004 0.480
#> SRR1469413     3  0.2852    0.70995 0.000 0.080 0.856 0.000 0.000 0.064
#> SRR1405331     6  0.0984    0.60628 0.012 0.000 0.012 0.000 0.008 0.968
#> SRR1345609     1  0.3665    0.62578 0.696 0.000 0.000 0.004 0.004 0.296
#> SRR1380208     5  0.0790    0.76383 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000    0.86121 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.3795    0.59800 0.000 0.000 0.632 0.000 0.004 0.364
#> SRR1416654     3  0.2672    0.71597 0.020 0.000 0.884 0.000 0.048 0.048
#> SRR1315081     3  0.1010    0.72473 0.004 0.000 0.960 0.000 0.000 0.036
#> SRR1369196     3  0.1719    0.72862 0.000 0.000 0.924 0.000 0.016 0.060
#> SRR1400847     1  0.3852    0.59931 0.664 0.000 0.000 0.000 0.012 0.324
#> SRR1365291     6  0.3953    0.46139 0.000 0.000 0.104 0.000 0.132 0.764
#> SRR1367920     5  0.3956    0.51143 0.000 0.032 0.000 0.264 0.704 0.000
#> SRR1366648     3  0.2703    0.71596 0.004 0.000 0.824 0.000 0.000 0.172
#> SRR1441679     2  0.0146    0.88643 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.6061   -0.23059 0.284 0.000 0.408 0.000 0.308 0.000
#> SRR1363968     1  0.2277    0.63802 0.892 0.000 0.000 0.076 0.032 0.000
#> SRR814387      1  0.4361    0.66876 0.720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.112
#> SRR657599      1  0.5787    0.13431 0.504 0.000 0.248 0.000 0.248 0.000
#> SRR1386689     4  0.0260    0.86210 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.3081    0.69994 0.004 0.000 0.776 0.000 0.000 0.220
#> SRR1453811     6  0.2494    0.53178 0.000 0.000 0.120 0.000 0.016 0.864
#> SRR1441159     1  0.4660    0.31744 0.540 0.000 0.000 0.000 0.416 0.044
#> SRR1403154     4  0.0146    0.86175 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.3833    0.61959 0.008 0.000 0.648 0.000 0.000 0.344
#> SRR1310275     5  0.2006    0.73952 0.000 0.000 0.016 0.000 0.904 0.080

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.512           0.776       0.893         0.4475 0.516   0.516
#> 3 3 0.488           0.707       0.836         0.3656 0.788   0.617
#> 4 4 0.495           0.674       0.763         0.1033 0.979   0.948
#> 5 5 0.540           0.544       0.752         0.0552 0.922   0.801
#> 6 6 0.545           0.523       0.731         0.0470 0.941   0.820

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.9044     0.4535 0.680 0.320
#> SRR1464258     1  0.1184     0.9111 0.984 0.016
#> SRR1454201     1  0.9963    -0.1116 0.536 0.464
#> SRR661589      1  0.9608     0.2205 0.616 0.384
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.2948     0.8863 0.948 0.052
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0376     0.9156 0.996 0.004
#> SRR1094457     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1095575     2  0.9988     0.3204 0.480 0.520
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1430066     2  0.9248     0.6343 0.340 0.660
#> SRR1431037     2  0.9754     0.5167 0.408 0.592
#> SRR1395554     2  0.7883     0.7449 0.236 0.764
#> SRR818002      2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.3584     0.8120 0.068 0.932
#> SRR1486845     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.1184     0.9112 0.984 0.016
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.1414     0.9089 0.980 0.020
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0938     0.8102 0.012 0.988
#> SRR1429846     1  0.1414     0.9090 0.980 0.020
#> SRR613550      1  0.5059     0.8241 0.888 0.112
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1345146     2  0.9881     0.4475 0.436 0.564
#> SRR1324025     2  0.9866     0.4609 0.432 0.568
#> SRR1318879     2  0.9993     0.3068 0.484 0.516
#> SRR820755      1  0.0376     0.9155 0.996 0.004
#> SRR1485830     1  0.3431     0.8754 0.936 0.064
#> SRR599313      1  0.1184     0.9112 0.984 0.016
#> SRR612263      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.6247     0.7657 0.844 0.156
#> SRR1326205     1  0.8081     0.6136 0.752 0.248
#> SRR1421327     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1083311     2  0.9608     0.5631 0.384 0.616
#> SRR1499303     1  0.6438     0.7556 0.836 0.164
#> SRR1079522     1  0.3879     0.8641 0.924 0.076
#> SRR1452935     2  0.9608     0.5640 0.384 0.616
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR661361      2  0.9983     0.3383 0.476 0.524
#> SRR615778      1  0.1633     0.9068 0.976 0.024
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR655182      2  0.9209     0.6395 0.336 0.664
#> SRR1335140     2  0.8861     0.6804 0.304 0.696
#> SRR1433555     2  0.9732     0.5234 0.404 0.596
#> SRR1308650     2  0.3431     0.8122 0.064 0.936
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.1633     0.8119 0.024 0.976
#> SRR1413602     2  0.9044     0.6636 0.320 0.680
#> SRR1479955     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR809853      1  0.3733     0.8669 0.928 0.072
#> SRR661313      2  0.9815     0.4899 0.420 0.580
#> SRR1499935     1  0.4161     0.8567 0.916 0.084
#> SRR1447303     2  0.9686     0.5404 0.396 0.604
#> SRR1429408     1  0.9129     0.4317 0.672 0.328
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.1184     0.9113 0.984 0.016
#> SRR1435229     2  0.8327     0.7220 0.264 0.736
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.3879     0.8102 0.076 0.924
#> SRR1400974     2  0.9129     0.6519 0.328 0.672
#> SRR1399971     1  0.0938     0.9130 0.988 0.012
#> SRR613927      1  0.1184     0.9111 0.984 0.016
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.1184     0.9112 0.984 0.016
#> SRR813776      1  0.0376     0.9155 0.996 0.004
#> SRR808196      1  0.2236     0.8983 0.964 0.036
#> SRR1101085     1  0.1633     0.9067 0.976 0.024
#> SRR614395      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.6712     0.7365 0.824 0.176
#> SRR1420109     2  0.9608     0.5632 0.384 0.616
#> SRR1330920     1  0.2236     0.8990 0.964 0.036
#> SRR1419539     2  0.8763     0.6936 0.296 0.704
#> SRR1359447     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1347259     1  0.3879     0.8635 0.924 0.076
#> SRR613915      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR821715      1  0.1184     0.9111 0.984 0.016
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.3879     0.8649 0.924 0.076
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1341480     1  0.0938     0.9127 0.988 0.012
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.9732     0.1440 0.596 0.404
#> SRR1498838     2  0.9881     0.4512 0.436 0.564
#> SRR1416313     2  0.9661     0.5500 0.392 0.608
#> SRR808566      1  0.2043     0.9019 0.968 0.032
#> SRR1430270     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.8955     0.6716 0.312 0.688
#> SRR613533      2  0.8661     0.7000 0.288 0.712
#> SRR661267      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.4298     0.8482 0.912 0.088
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1473632     2  0.7815     0.7474 0.232 0.768
#> SRR812536      1  0.0938     0.9127 0.988 0.012
#> SRR1370850     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1407671     1  0.9922    -0.0196 0.552 0.448
#> SRR1446375     2  0.8608     0.7027 0.284 0.716
#> SRR1465230     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0376     0.9155 0.996 0.004
#> SRR1356101     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR660510      2  0.9710     0.5321 0.400 0.600
#> SRR1445655     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.0672     0.9140 0.992 0.008
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.7602     0.7574 0.220 0.780
#> SRR1485312     1  0.9933    -0.0686 0.548 0.452
#> SRR1317631     1  0.0938     0.9129 0.988 0.012
#> SRR1488610     1  0.0376     0.9157 0.996 0.004
#> SRR1330588     2  1.0000     0.2579 0.500 0.500
#> SRR1316367     2  0.9608     0.5615 0.384 0.616
#> SRR1433926     1  0.0938     0.9130 0.988 0.012
#> SRR1091302     1  0.0938     0.9129 0.988 0.012
#> SRR818263      1  0.0938     0.9129 0.988 0.012
#> SRR1404909     1  0.3733     0.8675 0.928 0.072
#> SRR663076      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1442422     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.1633     0.9067 0.976 0.024
#> SRR1407112     1  0.0672     0.9144 0.992 0.008
#> SRR1332969     1  0.9427     0.3087 0.640 0.360
#> SRR1353199     2  0.9850     0.4696 0.428 0.572
#> SRR1378885     1  0.0938     0.9127 0.988 0.012
#> SRR665357      2  0.1414     0.8114 0.020 0.980
#> SRR662186      2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.9686     0.1801 0.604 0.396
#> SRR1347819     2  0.9248     0.6351 0.340 0.660
#> SRR1480813     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1472576     2  0.7299     0.7675 0.204 0.796
#> SRR1431781     1  0.2603     0.8924 0.956 0.044
#> SRR1452270     1  0.7950     0.6247 0.760 0.240
#> SRR1500472     2  0.6801     0.7799 0.180 0.820
#> SRR1417632     2  0.4562     0.8075 0.096 0.904
#> SRR1350153     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1458113     2  0.8713     0.6959 0.292 0.708
#> SRR1326579     1  0.0376     0.9155 0.996 0.004
#> SRR1349363     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1096712     2  0.8661     0.6994 0.288 0.712
#> SRR1090407     1  0.9000     0.4448 0.684 0.316
#> SRR1083752     2  0.8016     0.7394 0.244 0.756
#> SRR1377599     1  0.4690     0.8467 0.900 0.100
#> SRR1488449     1  0.7950     0.6247 0.760 0.240
#> SRR1318354     2  0.2236     0.8127 0.036 0.964
#> SRR1359062     2  0.1633     0.8119 0.024 0.976
#> SRR1398924     2  0.5737     0.7968 0.136 0.864
#> SRR663783      2  0.4815     0.8060 0.104 0.896
#> SRR1319204     2  0.6887     0.7782 0.184 0.816
#> SRR1369070     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.3733     0.8115 0.072 0.928
#> SRR1377423     2  0.9686     0.5393 0.396 0.604
#> SRR1312310     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1338426     2  0.8909     0.6787 0.308 0.692
#> SRR1353309     1  0.9732     0.1519 0.596 0.404
#> SRR658941      2  0.8763     0.6936 0.296 0.704
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0672     0.9144 0.992 0.008
#> SRR1368874     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.1843     0.9041 0.972 0.028
#> SRR1363858     1  0.1184     0.9112 0.984 0.016
#> SRR819820      2  0.9922     0.4206 0.448 0.552
#> SRR1337342     1  0.0672     0.9142 0.992 0.008
#> SRR655206      2  0.9286     0.6296 0.344 0.656
#> SRR1387013     2  0.6623     0.7839 0.172 0.828
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.3733     0.8684 0.928 0.072
#> SRR1440161     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1415379     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.2423     0.8128 0.040 0.960
#> SRR663197      2  0.9044     0.6638 0.320 0.680
#> SRR1394836     1  0.9608     0.2512 0.616 0.384
#> SRR661699      1  0.4161     0.8567 0.916 0.084
#> SRR813680      1  0.0376     0.9155 0.996 0.004
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.5946     0.7872 0.856 0.144
#> SRR1311486     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1382851     1  0.9491     0.3081 0.632 0.368
#> SRR1433410     1  0.0672     0.9142 0.992 0.008
#> SRR661167      1  0.9491     0.2887 0.632 0.368
#> SRR1432518     2  0.9686     0.5399 0.396 0.604
#> SRR660462      2  0.9491     0.5895 0.368 0.632
#> SRR1374608     1  0.0672     0.9144 0.992 0.008
#> SRR657949      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1308882     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.2236     0.8975 0.964 0.036
#> SRR1485870     1  0.3733     0.8682 0.928 0.072
#> SRR1444138     2  0.8144     0.7318 0.252 0.748
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.8081     0.6136 0.752 0.248
#> SRR1091380     2  0.9922     0.4206 0.448 0.552
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.1633     0.8120 0.024 0.976
#> SRR1485416     1  0.0938     0.9127 0.988 0.012
#> SRR818821      2  0.8661     0.7000 0.288 0.712
#> SRR809963      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.1633     0.9064 0.976 0.024
#> SRR1445259     2  0.6712     0.7815 0.176 0.824
#> SRR1408393     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0376     0.8086 0.004 0.996
#> SRR1310542     2  0.7376     0.7635 0.208 0.792
#> SRR1333485     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1406437     1  0.9460     0.3106 0.636 0.364
#> SRR1354931     2  0.9522     0.5878 0.372 0.628
#> SRR1391856     1  0.6531     0.7484 0.832 0.168
#> SRR1446738     2  0.9286     0.6223 0.344 0.656
#> SRR1309032     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.4690     0.8064 0.100 0.900
#> SRR1432611     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.1633     0.8119 0.024 0.976
#> SRR613150      2  0.9983     0.3386 0.476 0.524
#> SRR1375329     2  0.9850     0.4695 0.428 0.572
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR812943      2  0.8813     0.6859 0.300 0.700
#> SRR1400910     2  0.6048     0.7928 0.148 0.852
#> SRR1444203     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.5408     0.8008 0.124 0.876
#> SRR658754      2  0.7299     0.7657 0.204 0.796
#> SRR1429603     1  0.4022     0.8593 0.920 0.080
#> SRR1397366     1  0.9635     0.2057 0.612 0.388
#> SRR1446028     1  0.0672     0.9143 0.992 0.008
#> SRR1083918     2  0.4939     0.8046 0.108 0.892
#> SRR1337606     1  0.6623     0.7428 0.828 0.172
#> SRR659109      2  0.8661     0.6994 0.288 0.712
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR656946      2  0.8555     0.7065 0.280 0.720
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.9044     0.4452 0.680 0.320
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.3584     0.8120 0.068 0.932
#> SRR661481      2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1393596     1  0.7815     0.6426 0.768 0.232
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.1414     0.9090 0.980 0.020
#> SRR1499894     2  0.8267     0.7260 0.260 0.740
#> SRR1082883     1  0.4298     0.8516 0.912 0.088
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.3584     0.8120 0.068 0.932
#> SRR1396294     1  0.8327     0.5809 0.736 0.264
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR662114      2  0.9996     0.2994 0.488 0.512
#> SRR1489199     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.5408     0.8008 0.124 0.876
#> SRR1069638     2  0.5294     0.8016 0.120 0.880
#> SRR614864      1  0.7299     0.6909 0.796 0.204
#> SRR1433392     1  0.0938     0.9129 0.988 0.012
#> SRR1377777     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR2167710     1  0.0376     0.9154 0.996 0.004
#> SRR1401252     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.1633     0.9064 0.976 0.024
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.2948     0.8856 0.948 0.052
#> SRR1337010     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.1843     0.9039 0.972 0.028
#> SRR1340486     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.2603     0.8128 0.044 0.956
#> SRR1465459     1  0.2043     0.9013 0.968 0.032
#> SRR1080270     2  0.7376     0.7635 0.208 0.792
#> SRR1312501     1  0.9998    -0.2350 0.508 0.492
#> SRR1093148     1  0.9850     0.0489 0.572 0.428
#> SRR1467080     2  0.1633     0.8119 0.024 0.976
#> SRR1410866     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR816475      1  0.1843     0.9040 0.972 0.028
#> SRR1379198     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.7602     0.7579 0.220 0.780
#> SRR1452246     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1369129     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.9686     0.5422 0.396 0.604
#> SRR813824      2  0.9983     0.3383 0.476 0.524
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1500891     1  0.6973     0.7230 0.812 0.188
#> SRR807543      1  0.1414     0.9090 0.980 0.020
#> SRR1091572     1  0.9286     0.3835 0.656 0.344
#> SRR1346689     1  0.8081     0.6136 0.752 0.248
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.9044     0.4452 0.680 0.320
#> SRR1485357     1  0.2778     0.8892 0.952 0.048
#> SRR655816      1  0.0938     0.9127 0.988 0.012
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.8267     0.7278 0.260 0.740
#> SRR1355172     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1338147     2  0.9815     0.4897 0.420 0.580
#> SRR1413329     1  0.8813     0.4950 0.700 0.300
#> SRR1485931     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.3274     0.8791 0.940 0.060
#> SRR1452033     1  0.0376     0.9155 0.996 0.004
#> SRR1467316     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR809018      2  0.9129     0.6519 0.328 0.672
#> SRR1375351     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR663440      1  0.0938     0.9127 0.988 0.012
#> SRR1471755     2  0.4562     0.8081 0.096 0.904
#> SRR808019      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.9552     0.2579 0.624 0.376
#> SRR615069      2  0.7602     0.7579 0.220 0.780
#> SRR1456185     2  0.0938     0.8102 0.012 0.988
#> SRR1350069     1  0.4815     0.8361 0.896 0.104
#> SRR816316      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.0938     0.9127 0.988 0.012
#> SRR810643      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.2423     0.8962 0.960 0.040
#> SRR1085285     2  0.9983     0.3378 0.476 0.524
#> SRR1099072     1  0.9635     0.2057 0.612 0.388
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1351347     1  0.9775     0.1209 0.588 0.412
#> SRR1405525     1  0.2603     0.8915 0.956 0.044
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.7453     0.7628 0.212 0.788
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.3431     0.8754 0.936 0.064
#> SRR613639      1  0.4431     0.8470 0.908 0.092
#> SRR1402285     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1405660     2  0.9710     0.5319 0.400 0.600
#> SRR1095455     2  0.6801     0.7799 0.180 0.820
#> SRR1394734     2  0.4939     0.8046 0.108 0.892
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1365894     1  0.6623     0.7428 0.828 0.172
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.2236     0.8125 0.036 0.964
#> SRR660764      2  0.1843     0.8121 0.028 0.972
#> SRR820448      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.8327     0.5809 0.736 0.264
#> SRR1336415     1  0.0672     0.9144 0.992 0.008
#> SRR1379065     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1459190     2  0.9996     0.2976 0.488 0.512
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1347459     2  0.7299     0.7657 0.204 0.796
#> SRR1081209     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.3584     0.8719 0.932 0.068
#> SRR1309248     2  0.4939     0.8047 0.108 0.892
#> SRR809161      1  0.5178     0.8190 0.884 0.116
#> SRR1316320     1  0.9963    -0.0839 0.536 0.464
#> SRR1432629     2  0.2603     0.8130 0.044 0.956
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1405547     2  0.9209     0.6402 0.336 0.664
#> SRR1470534     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1309160     2  0.9754     0.5151 0.408 0.592
#> SRR663489      2  0.8813     0.6872 0.300 0.700
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1078489     1  0.9209     0.4076 0.664 0.336
#> SRR1332648     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.1414     0.8114 0.020 0.980
#> SRR1470420     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR615946      2  0.7528     0.7600 0.216 0.784
#> SRR1446481     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.3584     0.8117 0.068 0.932
#> SRR665586      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.1633     0.9068 0.976 0.024
#> SRR1485722     1  0.4298     0.8482 0.912 0.088
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR661108      2  0.9896     0.4410 0.440 0.560
#> SRR2170173     1  0.0376     0.9154 0.996 0.004
#> SRR817329      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.2236     0.8983 0.964 0.036
#> SRR1467745     2  0.3733     0.8110 0.072 0.928
#> SRR1471795     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.4431     0.8073 0.092 0.908
#> SRR818797      1  0.1414     0.9090 0.980 0.020
#> SRR2164608     1  0.0376     0.9154 0.996 0.004
#> SRR1455586     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR819459      2  0.7453     0.7609 0.212 0.788
#> SRR1488939     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.1414     0.9093 0.980 0.020
#> SRR1361652     2  0.2043     0.8124 0.032 0.968
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.9170     0.6463 0.332 0.668
#> SRR1430910     2  0.5737     0.7969 0.136 0.864
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.1184     0.9112 0.984 0.016
#> SRR1486762     2  0.2603     0.8122 0.044 0.956
#> SRR1480854     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1473058     1  0.9608     0.2512 0.616 0.384
#> SRR1405165     2  0.9922     0.4199 0.448 0.552
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.1184     0.8107 0.016 0.984
#> SRR1098712     2  0.8763     0.6936 0.296 0.704
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1403005     1  0.9491     0.2887 0.632 0.368
#> SRR1348378     2  0.3274     0.8123 0.060 0.940
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.3584     0.8112 0.068 0.932
#> SRR1432085     2  0.1414     0.8115 0.020 0.980
#> SRR1452468     1  0.1414     0.9093 0.980 0.020
#> SRR1347060     2  0.7376     0.7635 0.208 0.792
#> SRR1414139     2  0.3274     0.8123 0.060 0.940
#> SRR1447962     2  0.1414     0.8115 0.020 0.980
#> SRR1444324     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.0672     0.9144 0.992 0.008
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.1414     0.8115 0.020 0.980
#> SRR1405331     2  0.9977     0.3500 0.472 0.528
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.9248     0.3850 0.660 0.340
#> SRR1322840     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.9044     0.6638 0.320 0.680
#> SRR1416654     2  0.9686     0.5404 0.396 0.604
#> SRR1315081     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1369196     2  0.6887     0.7770 0.184 0.816
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.2778     0.8897 0.952 0.048
#> SRR1367920     1  0.4690     0.8467 0.900 0.100
#> SRR1366648     2  0.8955     0.6716 0.312 0.688
#> SRR1441679     2  0.0000     0.8077 0.000 1.000
#> SRR1082173     2  0.9993     0.3124 0.484 0.516
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.0672     0.9144 0.992 0.008
#> SRR1395575     1  0.9954    -0.1035 0.540 0.460
#> SRR1453811     1  0.8555     0.5323 0.720 0.280
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0000     0.9166 1.000 0.000
#> SRR1468722     1  0.9732     0.1564 0.596 0.404
#> SRR1310275     2  1.0000     0.2742 0.496 0.504

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0237    0.89015 0.996 0.000 0.004
#> SRR1331708     3  0.7448    0.44014 0.332 0.052 0.616
#> SRR1464258     1  0.3340    0.86658 0.880 0.000 0.120
#> SRR1454201     3  0.7024    0.63413 0.224 0.072 0.704
#> SRR661589      3  0.5775    0.59905 0.260 0.012 0.728
#> SRR1456229     1  0.2537    0.88328 0.920 0.000 0.080
#> SRR1315165     1  0.5929    0.63884 0.676 0.004 0.320
#> SRR1488960     1  0.0829    0.89172 0.984 0.004 0.012
#> SRR1417809     1  0.1525    0.89313 0.964 0.004 0.032
#> SRR1094457     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1095575     3  0.5428    0.68090 0.120 0.064 0.816
#> SRR1315931     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1430066     3  0.4099    0.64553 0.008 0.140 0.852
#> SRR1431037     3  0.4712    0.67684 0.044 0.108 0.848
#> SRR1395554     3  0.5722    0.51776 0.004 0.292 0.704
#> SRR818002      2  0.3482    0.79541 0.000 0.872 0.128
#> SRR1344143     2  0.6309    0.12212 0.000 0.504 0.496
#> SRR1486845     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1362866     1  0.4062    0.83867 0.836 0.000 0.164
#> SRR1490740     1  0.0592    0.89181 0.988 0.000 0.012
#> SRR1446627     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1456138     2  0.0592    0.84068 0.000 0.988 0.012
#> SRR1416248     1  0.0000    0.88889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.5115    0.76878 0.768 0.004 0.228
#> SRR1311018     1  0.1411    0.89241 0.964 0.000 0.036
#> SRR1375699     2  0.3752    0.78463 0.000 0.856 0.144
#> SRR1429846     1  0.3816    0.84933 0.852 0.000 0.148
#> SRR613550      1  0.6126    0.56863 0.644 0.004 0.352
#> SRR1348402     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1345146     3  0.5426    0.68369 0.092 0.088 0.820
#> SRR1324025     3  0.4642    0.68219 0.060 0.084 0.856
#> SRR1318879     3  0.5334    0.68019 0.120 0.060 0.820
#> SRR820755      1  0.2261    0.88850 0.932 0.000 0.068
#> SRR1485830     1  0.6209    0.55007 0.628 0.004 0.368
#> SRR599313      1  0.5621    0.67517 0.692 0.000 0.308
#> SRR612263      1  0.1399    0.89348 0.968 0.004 0.028
#> SRR1415398     1  0.6225    0.36570 0.568 0.000 0.432
#> SRR1326205     3  0.6950    0.21348 0.408 0.020 0.572
#> SRR1421327     1  0.0475    0.88958 0.992 0.004 0.004
#> SRR1083311     3  0.4489    0.66931 0.036 0.108 0.856
#> SRR1499303     1  0.6678    0.20096 0.512 0.008 0.480
#> SRR1079522     1  0.5988    0.54652 0.632 0.000 0.368
#> SRR1452935     3  0.4742    0.67758 0.048 0.104 0.848
#> SRR1379495     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1470459     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR661361      3  0.4316    0.68213 0.088 0.044 0.868
#> SRR615778      1  0.4235    0.82922 0.824 0.000 0.176
#> SRR1447564     1  0.0829    0.89172 0.984 0.004 0.012
#> SRR1455195     1  0.0475    0.88975 0.992 0.004 0.004
#> SRR655182      3  0.6297    0.62756 0.060 0.184 0.756
#> SRR1335140     3  0.7145    0.58686 0.072 0.236 0.692
#> SRR1433555     3  0.3921    0.67299 0.036 0.080 0.884
#> SRR1308650     2  0.5810    0.52968 0.000 0.664 0.336
#> SRR1388354     1  0.0829    0.89075 0.984 0.004 0.012
#> SRR1317446     2  0.6126    0.41720 0.000 0.600 0.400
#> SRR1413602     3  0.4390    0.64088 0.012 0.148 0.840
#> SRR1479955     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR809853      1  0.5327    0.72263 0.728 0.000 0.272
#> SRR661313      3  0.4845    0.68017 0.052 0.104 0.844
#> SRR1499935     1  0.6318    0.56481 0.636 0.008 0.356
#> SRR1447303     3  0.4007    0.67418 0.036 0.084 0.880
#> SRR1429408     3  0.7491    0.45788 0.324 0.056 0.620
#> SRR1433950     1  0.1964    0.89067 0.944 0.000 0.056
#> SRR1362081     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1409854     1  0.4235    0.82751 0.824 0.000 0.176
#> SRR1435229     3  0.5325    0.55164 0.004 0.248 0.748
#> SRR1085996     1  0.2448    0.88474 0.924 0.000 0.076
#> SRR1414229     2  0.5327    0.61453 0.000 0.728 0.272
#> SRR1400974     3  0.4228    0.63877 0.008 0.148 0.844
#> SRR1399971     1  0.4399    0.82042 0.812 0.000 0.188
#> SRR613927      1  0.3715    0.86159 0.868 0.004 0.128
#> SRR1457854     1  0.1529    0.89233 0.960 0.000 0.040
#> SRR1473714     1  0.5621    0.67517 0.692 0.000 0.308
#> SRR813776      1  0.2261    0.88850 0.932 0.000 0.068
#> SRR808196      1  0.5070    0.77090 0.772 0.004 0.224
#> SRR1101085     1  0.4887    0.77059 0.772 0.000 0.228
#> SRR614395      1  0.1267    0.89307 0.972 0.004 0.024
#> SRR1478251     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1370551     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1362310     1  0.0747    0.89220 0.984 0.000 0.016
#> SRR665310      1  0.6291    0.25575 0.532 0.000 0.468
#> SRR1420109     3  0.5028    0.66784 0.040 0.132 0.828
#> SRR1330920     1  0.4654    0.79905 0.792 0.000 0.208
#> SRR1419539     3  0.6970    0.55737 0.048 0.276 0.676
#> SRR1359447     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1347259     1  0.6026    0.53475 0.624 0.000 0.376
#> SRR613915      1  0.2096    0.88998 0.944 0.004 0.052
#> SRR1384395     2  0.1643    0.83317 0.000 0.956 0.044
#> SRR821715      1  0.3784    0.85814 0.864 0.004 0.132
#> SRR1478228     1  0.1411    0.89241 0.964 0.000 0.036
#> SRR1445637     1  0.2796    0.88077 0.908 0.000 0.092
#> SRR608150      1  0.5929    0.63447 0.676 0.004 0.320
#> SRR1096383     1  0.0237    0.89015 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341480     1  0.3551    0.85527 0.868 0.000 0.132
#> SRR1341344     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1326270     3  0.6187    0.62316 0.248 0.028 0.724
#> SRR1498838     3  0.3896    0.67887 0.052 0.060 0.888
#> SRR1416313     3  0.5174    0.67375 0.048 0.128 0.824
#> SRR808566      1  0.5285    0.75074 0.752 0.004 0.244
#> SRR1430270     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1367825     3  0.4293    0.62747 0.004 0.164 0.832
#> SRR613533      3  0.5305    0.61522 0.020 0.192 0.788
#> SRR661267      1  0.0237    0.89015 0.996 0.000 0.004
#> SRR810665      2  0.0747    0.84010 0.000 0.984 0.016
#> SRR1407250     1  0.6008    0.61502 0.664 0.004 0.332
#> SRR1420067     1  0.1964    0.89051 0.944 0.000 0.056
#> SRR1473632     3  0.6033    0.42826 0.004 0.336 0.660
#> SRR812536      1  0.4346    0.80879 0.816 0.000 0.184
#> SRR1370850     2  0.4399    0.74921 0.000 0.812 0.188
#> SRR1486195     2  0.0592    0.84062 0.000 0.988 0.012
#> SRR1407671     3  0.7403    0.61998 0.216 0.096 0.688
#> SRR1446375     3  0.5360    0.58293 0.012 0.220 0.768
#> SRR1465230     1  0.1163    0.89287 0.972 0.000 0.028
#> SRR614119      1  0.2959    0.87613 0.900 0.000 0.100
#> SRR1356101     2  0.0592    0.84063 0.000 0.988 0.012
#> SRR1404209     1  0.0983    0.89277 0.980 0.004 0.016
#> SRR1392676     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR665538      1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR660510      3  0.4479    0.67476 0.044 0.096 0.860
#> SRR1445655     1  0.1129    0.89188 0.976 0.004 0.020
#> SRR658953      1  0.4233    0.82313 0.836 0.004 0.160
#> SRR2166459     1  0.4047    0.83332 0.848 0.004 0.148
#> SRR1070713     3  0.7438    0.22078 0.036 0.428 0.536
#> SRR1485312     3  0.4723    0.66253 0.160 0.016 0.824
#> SRR1317631     1  0.3038    0.86842 0.896 0.000 0.104
#> SRR1488610     1  0.3038    0.87682 0.896 0.000 0.104
#> SRR1330588     3  0.4519    0.67701 0.116 0.032 0.852
#> SRR1316367     3  0.6599    0.64190 0.084 0.168 0.748
#> SRR1433926     1  0.4399    0.82042 0.812 0.000 0.188
#> SRR1091302     1  0.3500    0.86318 0.880 0.004 0.116
#> SRR818263      1  0.3112    0.87900 0.900 0.004 0.096
#> SRR1404909     1  0.6062    0.51653 0.616 0.000 0.384
#> SRR663076      1  0.0424    0.89011 0.992 0.000 0.008
#> SRR1323577     2  0.3619    0.79104 0.000 0.864 0.136
#> SRR1442422     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465893     1  0.1753    0.89188 0.952 0.000 0.048
#> SRR654862      1  0.4235    0.82854 0.824 0.000 0.176
#> SRR1407112     1  0.2625    0.87976 0.916 0.000 0.084
#> SRR1332969     3  0.6422    0.49534 0.324 0.016 0.660
#> SRR1353199     3  0.5331    0.67040 0.076 0.100 0.824
#> SRR1378885     1  0.3192    0.87136 0.888 0.000 0.112
#> SRR665357      2  0.4931    0.69306 0.000 0.768 0.232
#> SRR662186      2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1501020     3  0.5803    0.61281 0.248 0.016 0.736
#> SRR1347819     3  0.4679    0.65296 0.020 0.148 0.832
#> SRR1480813     2  0.0424    0.84085 0.000 0.992 0.008
#> SRR1472576     3  0.7567    0.32401 0.048 0.376 0.576
#> SRR1431781     1  0.5754    0.67769 0.700 0.004 0.296
#> SRR1452270     3  0.6633    0.09328 0.444 0.008 0.548
#> SRR1500472     3  0.6200    0.44781 0.012 0.312 0.676
#> SRR1417632     3  0.6274    0.03510 0.000 0.456 0.544
#> SRR1350153     2  0.0892    0.83966 0.000 0.980 0.020
#> SRR1458113     3  0.5220    0.61106 0.012 0.208 0.780
#> SRR1326579     1  0.3619    0.85793 0.864 0.000 0.136
#> SRR1349363     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1096712     3  0.5109    0.60433 0.008 0.212 0.780
#> SRR1090407     3  0.6603    0.44043 0.332 0.020 0.648
#> SRR1083752     3  0.7379    0.35577 0.040 0.376 0.584
#> SRR1377599     1  0.7141    0.49461 0.600 0.032 0.368
#> SRR1488449     3  0.6633    0.09328 0.444 0.008 0.548
#> SRR1318354     2  0.6126    0.41105 0.000 0.600 0.400
#> SRR1359062     2  0.5431    0.63217 0.000 0.716 0.284
#> SRR1398924     3  0.6026    0.31959 0.000 0.376 0.624
#> SRR663783      3  0.6140    0.20570 0.000 0.404 0.596
#> SRR1319204     3  0.6008    0.43044 0.004 0.332 0.664
#> SRR1369070     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR615659      1  0.1031    0.89310 0.976 0.000 0.024
#> SRR1337449     2  0.2066    0.82943 0.000 0.940 0.060
#> SRR1316982     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1498595     3  0.6309   -0.10860 0.000 0.496 0.504
#> SRR1377423     3  0.5403    0.65384 0.060 0.124 0.816
#> SRR1312310     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1485613     1  0.1964    0.89023 0.944 0.000 0.056
#> SRR1338426     3  0.5610    0.63142 0.028 0.196 0.776
#> SRR1353309     3  0.5318    0.63980 0.204 0.016 0.780
#> SRR658941      3  0.6970    0.55737 0.048 0.276 0.676
#> SRR1101643     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1401468     1  0.2796    0.88090 0.908 0.000 0.092
#> SRR1368874     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1324085     1  0.5404    0.73480 0.740 0.004 0.256
#> SRR1363858     1  0.5621    0.67517 0.692 0.000 0.308
#> SRR819820      3  0.4469    0.68434 0.076 0.060 0.864
#> SRR1337342     1  0.2796    0.88052 0.908 0.000 0.092
#> SRR655206      3  0.6027    0.65379 0.060 0.164 0.776
#> SRR1387013     3  0.6669    0.06952 0.008 0.468 0.524
#> SRR1317410     1  0.1411    0.89241 0.964 0.000 0.036
#> SRR608198      1  0.5845    0.65476 0.688 0.004 0.308
#> SRR1440161     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1343741     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1381288     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415379     1  0.0661    0.89083 0.988 0.004 0.008
#> SRR1099622     2  0.5733    0.56569 0.000 0.676 0.324
#> SRR663197      3  0.4915    0.63175 0.012 0.184 0.804
#> SRR1394836     3  0.6875    0.60142 0.244 0.056 0.700
#> SRR661699      1  0.5810    0.61407 0.664 0.000 0.336
#> SRR813680      1  0.1163    0.89379 0.972 0.000 0.028
#> SRR1410678     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1378109     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1499174     1  0.6490    0.53192 0.628 0.012 0.360
#> SRR1311486     2  0.2066    0.82943 0.000 0.940 0.060
#> SRR1382851     3  0.7022    0.57690 0.260 0.056 0.684
#> SRR1433410     1  0.3551    0.86140 0.868 0.000 0.132
#> SRR661167      3  0.5812    0.57474 0.264 0.012 0.724
#> SRR1432518     3  0.4092    0.67269 0.036 0.088 0.876
#> SRR660462      3  0.6208    0.63110 0.068 0.164 0.768
#> SRR1374608     1  0.2496    0.88409 0.928 0.004 0.068
#> SRR657949      1  0.2096    0.88902 0.944 0.004 0.052
#> SRR1308882     1  0.1129    0.89188 0.976 0.004 0.020
#> SRR655768      1  0.4235    0.82683 0.824 0.000 0.176
#> SRR1485870     1  0.6282    0.51359 0.612 0.004 0.384
#> SRR1444138     3  0.5480    0.53045 0.004 0.264 0.732
#> SRR1417342     1  0.0661    0.89083 0.988 0.004 0.008
#> SRR1470193     3  0.6962    0.20124 0.412 0.020 0.568
#> SRR1091380     3  0.4469    0.68434 0.076 0.060 0.864
#> SRR1099096     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1313583     1  0.0747    0.89223 0.984 0.000 0.016
#> SRR1467102     2  0.5465    0.62554 0.000 0.712 0.288
#> SRR1485416     1  0.3340    0.86218 0.880 0.000 0.120
#> SRR818821      3  0.5305    0.61522 0.020 0.192 0.788
#> SRR809963      1  0.1267    0.89307 0.972 0.004 0.024
#> SRR1072247     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1353710     1  0.4346    0.80873 0.816 0.000 0.184
#> SRR1445259     3  0.6075    0.43841 0.008 0.316 0.676
#> SRR1408393     1  0.2860    0.87781 0.912 0.004 0.084
#> SRR1361522     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1368597     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1309680     2  0.4605    0.73329 0.000 0.796 0.204
#> SRR1310542     3  0.5810    0.43790 0.000 0.336 0.664
#> SRR1333485     1  0.1647    0.89288 0.960 0.004 0.036
#> SRR1406437     3  0.6126    0.56996 0.268 0.020 0.712
#> SRR1354931     3  0.5852    0.65219 0.044 0.180 0.776
#> SRR1391856     3  0.6659   -0.00353 0.460 0.008 0.532
#> SRR1446738     3  0.8454    0.48424 0.112 0.316 0.572
#> SRR1309032     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1388145     3  0.6309   -0.06766 0.000 0.496 0.504
#> SRR1432611     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR815869      2  0.5431    0.63217 0.000 0.716 0.284
#> SRR613150      3  0.4423    0.68342 0.088 0.048 0.864
#> SRR1375329     3  0.5263    0.68311 0.084 0.088 0.828
#> SRR1387921     1  0.0424    0.89011 0.992 0.000 0.008
#> SRR1466792     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360478     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1360695     1  0.1529    0.89233 0.960 0.000 0.040
#> SRR812943      3  0.6012    0.59241 0.032 0.220 0.748
#> SRR1400910     3  0.5905    0.36701 0.000 0.352 0.648
#> SRR1444203     1  0.1267    0.89344 0.972 0.004 0.024
#> SRR816177      3  0.6672    0.02139 0.008 0.472 0.520
#> SRR658754      3  0.5859    0.42001 0.000 0.344 0.656
#> SRR1429603     1  0.6126    0.48021 0.600 0.000 0.400
#> SRR1397366     3  0.5881    0.60652 0.256 0.016 0.728
#> SRR1446028     1  0.2625    0.88374 0.916 0.000 0.084
#> SRR1083918     3  0.6308   -0.05456 0.000 0.492 0.508
#> SRR1337606     3  0.6641    0.02992 0.448 0.008 0.544
#> SRR659109      3  0.5109    0.60433 0.008 0.212 0.780
#> SRR1337192     1  0.0475    0.88999 0.992 0.004 0.004
#> SRR656946      3  0.5493    0.57230 0.012 0.232 0.756
#> SRR1476102     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1476447     1  0.0661    0.89140 0.988 0.004 0.008
#> SRR1342067     1  0.1129    0.89188 0.976 0.004 0.020
#> SRR1385389     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1075971     1  0.1860    0.89091 0.948 0.000 0.052
#> SRR614419      1  0.1647    0.88527 0.960 0.004 0.036
#> SRR1322936     3  0.6800    0.49376 0.308 0.032 0.660
#> SRR1349121     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1430549     1  0.1411    0.89241 0.964 0.000 0.036
#> SRR612935      3  0.6299   -0.06095 0.000 0.476 0.524
#> SRR661481      2  0.0424    0.84085 0.000 0.992 0.008
#> SRR1354117     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1393596     3  0.6386    0.19898 0.412 0.004 0.584
#> SRR1452164     1  0.0747    0.89219 0.984 0.000 0.016
#> SRR1070503     1  0.4121    0.83279 0.832 0.000 0.168
#> SRR1499894     3  0.5728    0.55035 0.008 0.272 0.720
#> SRR1082883     1  0.5873    0.64446 0.684 0.004 0.312
#> SRR1468271     1  0.2959    0.87567 0.900 0.000 0.100
#> SRR1332443     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR810295      2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR662103      1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1328620     2  0.6295    0.19649 0.000 0.528 0.472
#> SRR1396294     3  0.7464    0.25164 0.400 0.040 0.560
#> SRR1419917     1  0.2537    0.88442 0.920 0.000 0.080
#> SRR662114      3  0.4217    0.67909 0.100 0.032 0.868
#> SRR1489199     1  0.2878    0.87911 0.904 0.000 0.096
#> SRR813584      3  0.6672    0.02139 0.008 0.472 0.520
#> SRR1069638     2  0.6298    0.37246 0.004 0.608 0.388
#> SRR614864      3  0.6495    0.02060 0.460 0.004 0.536
#> SRR1433392     1  0.3112    0.87871 0.900 0.004 0.096
#> SRR1377777     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR2167710     1  0.4233    0.82454 0.836 0.004 0.160
#> SRR1401252     1  0.1129    0.89188 0.976 0.004 0.020
#> SRR1309963     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1338031     1  0.2448    0.88465 0.924 0.000 0.076
#> SRR1418628     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486889     1  0.4409    0.82033 0.824 0.004 0.172
#> SRR1380393     1  0.0592    0.89096 0.988 0.000 0.012
#> SRR1319731     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1356468     1  0.5956    0.62930 0.672 0.004 0.324
#> SRR1337010     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1486520     1  0.0661    0.88968 0.988 0.004 0.008
#> SRR1486538     1  0.5098    0.75444 0.752 0.000 0.248
#> SRR1340486     1  0.0000    0.88889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.6286    0.23207 0.000 0.536 0.464
#> SRR1465459     1  0.4452    0.81319 0.808 0.000 0.192
#> SRR1080270     3  0.5810    0.43790 0.000 0.336 0.664
#> SRR1312501     3  0.4342    0.67557 0.120 0.024 0.856
#> SRR1093148     3  0.5585    0.64936 0.204 0.024 0.772
#> SRR1467080     2  0.6062    0.45358 0.000 0.616 0.384
#> SRR1410866     2  0.0424    0.84085 0.000 0.992 0.008
#> SRR816475      1  0.5158    0.76421 0.764 0.004 0.232
#> SRR1379198     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR613342      3  0.5864    0.50739 0.008 0.288 0.704
#> SRR1452246     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1338836     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1369129     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1396616     3  0.5536    0.67055 0.052 0.144 0.804
#> SRR813824      3  0.4316    0.68213 0.088 0.044 0.868
#> SRR1082376     1  0.2448    0.88474 0.924 0.000 0.076
#> SRR1500891     1  0.7159    0.25250 0.528 0.024 0.448
#> SRR807543      1  0.3941    0.84174 0.844 0.000 0.156
#> SRR1091572     3  0.7453    0.52777 0.292 0.064 0.644
#> SRR1346689     3  0.6950    0.21348 0.408 0.020 0.572
#> SRR1332424     1  0.3267    0.87005 0.884 0.000 0.116
#> SRR663729      1  0.0475    0.88967 0.992 0.004 0.004
#> SRR1097013     1  0.2796    0.87981 0.908 0.000 0.092
#> SRR613675      3  0.6800    0.49376 0.308 0.032 0.660
#> SRR1485357     1  0.5690    0.68904 0.708 0.004 0.288
#> SRR655816      1  0.4346    0.80879 0.816 0.000 0.184
#> SRR1500113     1  0.2959    0.87620 0.900 0.000 0.100
#> SRR1437622     3  0.7613    0.47592 0.064 0.316 0.620
#> SRR1355172     1  0.0237    0.89015 0.996 0.000 0.004
#> SRR655531      1  0.1647    0.88527 0.960 0.004 0.036
#> SRR1338147     3  0.4768    0.67935 0.052 0.100 0.848
#> SRR1413329     3  0.7069    0.27461 0.408 0.024 0.568
#> SRR1485931     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1420873     1  0.0475    0.88902 0.992 0.004 0.004
#> SRR1333308     1  0.6126    0.58235 0.644 0.004 0.352
#> SRR1452033     1  0.2165    0.88991 0.936 0.000 0.064
#> SRR1467316     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR809018      3  0.4228    0.63877 0.008 0.148 0.844
#> SRR1375351     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR663440      1  0.4399    0.81134 0.812 0.000 0.188
#> SRR1471755     2  0.6386    0.35649 0.004 0.584 0.412
#> SRR808019      1  0.0237    0.89015 0.996 0.000 0.004
#> SRR1479133     3  0.6016    0.58809 0.256 0.020 0.724
#> SRR615069      3  0.5864    0.50739 0.008 0.288 0.704
#> SRR1456185     2  0.3816    0.78179 0.000 0.852 0.148
#> SRR1350069     1  0.6398    0.43758 0.580 0.004 0.416
#> SRR816316      1  0.1289    0.89320 0.968 0.000 0.032
#> SRR664795      1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1490721     1  0.4178    0.82779 0.828 0.000 0.172
#> SRR810643      1  0.1860    0.89079 0.948 0.000 0.052
#> SRR1430333     1  0.5325    0.74823 0.748 0.004 0.248
#> SRR1085285     3  0.3832    0.67957 0.076 0.036 0.888
#> SRR1099072     3  0.5881    0.60652 0.256 0.016 0.728
#> SRR1317985     1  0.0747    0.89219 0.984 0.000 0.016
#> SRR1487340     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1420276     2  0.2711    0.81564 0.000 0.912 0.088
#> SRR1351347     3  0.5536    0.64354 0.200 0.024 0.776
#> SRR1405525     1  0.4555    0.81152 0.800 0.000 0.200
#> SRR1370329     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.88889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.1163    0.83766 0.000 0.972 0.028
#> SRR819610      3  0.7150    0.39775 0.036 0.348 0.616
#> SRR2157314     1  0.4047    0.83332 0.848 0.004 0.148
#> SRR1409465     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR809987      1  0.6148    0.57474 0.640 0.004 0.356
#> SRR613639      1  0.5591    0.66540 0.696 0.000 0.304
#> SRR1402285     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1077038     1  0.0829    0.89119 0.984 0.004 0.012
#> SRR1405660     3  0.4007    0.67296 0.036 0.084 0.880
#> SRR1095455     3  0.6200    0.44781 0.012 0.312 0.676
#> SRR1394734     3  0.6308   -0.05456 0.000 0.492 0.508
#> SRR1317771     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1365894     3  0.6641    0.02992 0.448 0.008 0.544
#> SRR1073581     1  0.0829    0.89182 0.984 0.004 0.012
#> SRR659804      1  0.2066    0.88978 0.940 0.000 0.060
#> SRR1345914     2  0.4399    0.74921 0.000 0.812 0.188
#> SRR1432186     2  0.2878    0.81313 0.000 0.904 0.096
#> SRR1473529     2  0.6274    0.26100 0.000 0.544 0.456
#> SRR660764      2  0.6079    0.44461 0.000 0.612 0.388
#> SRR820448      1  0.1289    0.89320 0.968 0.000 0.032
#> SRR1328845     3  0.7464    0.25164 0.400 0.040 0.560
#> SRR1336415     1  0.2625    0.87976 0.916 0.000 0.084
#> SRR1379065     1  0.0475    0.88958 0.992 0.004 0.004
#> SRR1459190     3  0.5237    0.68054 0.120 0.056 0.824
#> SRR1346773     1  0.2878    0.87775 0.904 0.000 0.096
#> SRR1499521     1  0.0000    0.88889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0747    0.84004 0.000 0.984 0.016
#> SRR1347459     3  0.5859    0.42001 0.000 0.344 0.656
#> SRR1081209     2  0.0592    0.84068 0.000 0.988 0.012
#> SRR1400202     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1333395     1  0.5905    0.57817 0.648 0.000 0.352
#> SRR1309248     3  0.6235    0.10704 0.000 0.436 0.564
#> SRR809161      1  0.5785    0.59223 0.668 0.000 0.332
#> SRR1316320     3  0.7501    0.61878 0.212 0.104 0.684
#> SRR1432629     2  0.5621    0.59529 0.000 0.692 0.308
#> SRR1498931     1  0.0747    0.89164 0.984 0.000 0.016
#> SRR1416578     1  0.0661    0.89083 0.988 0.004 0.008
#> SRR1405547     3  0.4164    0.64316 0.008 0.144 0.848
#> SRR1470534     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1380764     1  0.1643    0.89220 0.956 0.000 0.044
#> SRR1309160     3  0.4035    0.67473 0.040 0.080 0.880
#> SRR663489      3  0.4805    0.62327 0.012 0.176 0.812
#> SRR1500450     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1078489     3  0.7509    0.51101 0.300 0.064 0.636
#> SRR1332648     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR660614      2  0.4887    0.69769 0.000 0.772 0.228
#> SRR1470420     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1475566     1  0.0000    0.88889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0983    0.89229 0.980 0.004 0.016
#> SRR1481419     2  0.2537    0.82081 0.000 0.920 0.080
#> SRR1464766     1  0.1529    0.89277 0.960 0.000 0.040
#> SRR615946      3  0.5733    0.45706 0.000 0.324 0.676
#> SRR1446481     2  0.2066    0.82943 0.000 0.940 0.060
#> SRR1467656     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1402962     1  0.1289    0.89272 0.968 0.000 0.032
#> SRR660224      3  0.6286   -0.03340 0.000 0.464 0.536
#> SRR665586      1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1347166     1  0.4235    0.82922 0.824 0.000 0.176
#> SRR1485722     1  0.6008    0.61502 0.664 0.004 0.332
#> SRR1415316     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR613390      1  0.2537    0.88328 0.920 0.000 0.080
#> SRR661108      3  0.3797    0.67842 0.052 0.056 0.892
#> SRR2170173     1  0.4172    0.82716 0.840 0.004 0.156
#> SRR817329      1  0.1647    0.89353 0.960 0.004 0.036
#> SRR1401990     1  0.5070    0.77090 0.772 0.004 0.224
#> SRR1467745     2  0.6079    0.39768 0.000 0.612 0.388
#> SRR1471795     2  0.3482    0.79541 0.000 0.872 0.128
#> SRR1415637     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR813137      1  0.1525    0.89302 0.964 0.004 0.032
#> SRR1314873     1  0.0829    0.89187 0.984 0.004 0.012
#> SRR1401211     1  0.0000    0.88889 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.4842    0.66650 0.000 0.776 0.224
#> SRR818797      1  0.3816    0.84933 0.852 0.000 0.148
#> SRR2164608     1  0.4172    0.82716 0.840 0.004 0.156
#> SRR1455586     2  0.2165    0.82689 0.000 0.936 0.064
#> SRR819459      3  0.5678    0.47058 0.000 0.316 0.684
#> SRR1488939     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1433232     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1385501     1  0.3879    0.84668 0.848 0.000 0.152
#> SRR1361652     2  0.6280    0.24596 0.000 0.540 0.460
#> SRR1437119     1  0.1411    0.89241 0.964 0.000 0.036
#> SRR1478547     3  0.4164    0.64056 0.008 0.144 0.848
#> SRR1430910     3  0.6244    0.10819 0.000 0.440 0.560
#> SRR1310584     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1500216     1  0.5621    0.67517 0.692 0.000 0.308
#> SRR1486762     2  0.4002    0.75046 0.000 0.840 0.160
#> SRR1480854     1  0.0475    0.88958 0.992 0.004 0.004
#> SRR1489394     1  0.1129    0.89188 0.976 0.004 0.020
#> SRR1418085     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1340221     1  0.1267    0.89344 0.972 0.004 0.024
#> SRR1473058     3  0.6875    0.60142 0.244 0.056 0.700
#> SRR1405165     3  0.4189    0.68269 0.068 0.056 0.876
#> SRR1433004     1  0.2796    0.87899 0.908 0.000 0.092
#> SRR1471477     1  0.2878    0.87758 0.904 0.000 0.096
#> SRR1098567     2  0.5397    0.63868 0.000 0.720 0.280
#> SRR1098712     3  0.6970    0.55737 0.048 0.276 0.676
#> SRR1455038     1  0.2537    0.88328 0.920 0.000 0.080
#> SRR1375248     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1403005     3  0.5812    0.57474 0.264 0.012 0.724
#> SRR1348378     2  0.5968    0.47113 0.000 0.636 0.364
#> SRR1413541     1  0.1964    0.89067 0.944 0.000 0.056
#> SRR1392943     1  0.0475    0.88975 0.992 0.004 0.004
#> SRR1475192     2  0.4555    0.69652 0.000 0.800 0.200
#> SRR1432085     2  0.5327    0.64965 0.000 0.728 0.272
#> SRR1452468     1  0.4121    0.83628 0.832 0.000 0.168
#> SRR1347060     3  0.5810    0.43790 0.000 0.336 0.664
#> SRR1414139     2  0.6286    0.23801 0.000 0.536 0.464
#> SRR1447962     2  0.5760    0.56225 0.000 0.672 0.328
#> SRR1444324     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1415004     1  0.1529    0.89287 0.960 0.000 0.040
#> SRR1413436     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1311266     1  0.2878    0.87911 0.904 0.000 0.096
#> SRR1343302     1  0.2537    0.88139 0.920 0.000 0.080
#> SRR1373746     1  0.1411    0.89241 0.964 0.000 0.036
#> SRR1429678     1  0.0475    0.88839 0.992 0.004 0.004
#> SRR1469413     2  0.5760    0.56225 0.000 0.672 0.328
#> SRR1405331     3  0.4505    0.68303 0.092 0.048 0.860
#> SRR1345609     1  0.0237    0.88837 0.996 0.004 0.000
#> SRR1380208     3  0.6890    0.45224 0.340 0.028 0.632
#> SRR1322840     1  0.1129    0.89188 0.976 0.004 0.020
#> SRR1399797     3  0.4915    0.63175 0.012 0.184 0.804
#> SRR1416654     3  0.4007    0.67418 0.036 0.084 0.880
#> SRR1315081     2  0.3116    0.80568 0.000 0.892 0.108
#> SRR1369196     3  0.6079    0.33110 0.000 0.388 0.612
#> SRR1400847     1  0.0661    0.88968 0.988 0.004 0.008
#> SRR1365291     1  0.4702    0.79607 0.788 0.000 0.212
#> SRR1367920     1  0.7141    0.49461 0.600 0.032 0.368
#> SRR1366648     3  0.4293    0.62747 0.004 0.164 0.832
#> SRR1441679     2  0.0237    0.84123 0.000 0.996 0.004
#> SRR1082173     3  0.4137    0.67936 0.096 0.032 0.872
#> SRR1363968     1  0.0424    0.89131 0.992 0.000 0.008
#> SRR814387      1  0.0000    0.88889 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0237    0.89015 0.996 0.000 0.004
#> SRR1386689     1  0.2625    0.87976 0.916 0.000 0.084
#> SRR1395575     3  0.4802    0.66497 0.156 0.020 0.824
#> SRR1453811     3  0.7059    0.12264 0.460 0.020 0.520
#> SRR1441159     1  0.3192    0.87207 0.888 0.000 0.112
#> SRR1403154     1  0.1031    0.89279 0.976 0.000 0.024
#> SRR1468722     3  0.5860    0.62407 0.228 0.024 0.748
#> SRR1310275     3  0.4446    0.67866 0.112 0.032 0.856

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3 p4
#> SRR1474533     1  0.0376     0.8369 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR1331708     3  0.7395     0.5419 0.144 0.008 0.516 NA
#> SRR1464258     1  0.4786     0.7958 0.788 0.000 0.108 NA
#> SRR1454201     3  0.6879     0.6502 0.148 0.028 0.660 NA
#> SRR661589      3  0.5979     0.6185 0.172 0.000 0.692 NA
#> SRR1456229     1  0.4036     0.8175 0.836 0.000 0.088 NA
#> SRR1315165     1  0.7692     0.3875 0.456 0.000 0.272 NA
#> SRR1488960     1  0.1059     0.8398 0.972 0.000 0.016 NA
#> SRR1417809     1  0.1837     0.8407 0.944 0.000 0.028 NA
#> SRR1094457     1  0.0336     0.8348 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1095575     3  0.4981     0.6960 0.056 0.016 0.788 NA
#> SRR1315931     1  0.0336     0.8349 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1430066     3  0.3013     0.6847 0.000 0.032 0.888 NA
#> SRR1431037     3  0.3377     0.6967 0.016 0.032 0.884 NA
#> SRR1395554     3  0.5657     0.6113 0.000 0.120 0.720 NA
#> SRR818002      2  0.4756     0.7448 0.000 0.784 0.144 NA
#> SRR1344143     3  0.7534     0.2915 0.000 0.268 0.492 NA
#> SRR1486845     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1362866     1  0.5664     0.7509 0.720 0.000 0.156 NA
#> SRR1490740     1  0.0927     0.8402 0.976 0.000 0.016 NA
#> SRR1446627     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1456138     2  0.0592     0.8414 0.000 0.984 0.016 NA
#> SRR1416248     1  0.0188     0.8357 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1383907     1  0.7034     0.5914 0.576 0.000 0.204 NA
#> SRR1311018     1  0.3013     0.8328 0.888 0.000 0.032 NA
#> SRR1375699     2  0.4872     0.7373 0.000 0.776 0.148 NA
#> SRR1429846     1  0.4920     0.7846 0.776 0.000 0.136 NA
#> SRR613550      1  0.7156     0.4319 0.520 0.000 0.328 NA
#> SRR1348402     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1345146     3  0.4745     0.6988 0.028 0.028 0.800 NA
#> SRR1324025     3  0.3744     0.6981 0.028 0.028 0.868 NA
#> SRR1318879     3  0.5031     0.6952 0.056 0.016 0.784 NA
#> SRR820755      1  0.3828     0.8250 0.848 0.000 0.068 NA
#> SRR1485830     1  0.7863     0.2396 0.396 0.000 0.304 NA
#> SRR599313      1  0.7786     0.3348 0.424 0.000 0.268 NA
#> SRR612263      1  0.1624     0.8411 0.952 0.000 0.028 NA
#> SRR1415398     1  0.7480     0.2084 0.444 0.000 0.376 NA
#> SRR1326205     3  0.7816     0.3549 0.248 0.004 0.460 NA
#> SRR1421327     1  0.0779     0.8354 0.980 0.000 0.004 NA
#> SRR1083311     3  0.3285     0.6930 0.016 0.020 0.884 NA
#> SRR1499303     3  0.7821     0.0303 0.344 0.000 0.396 NA
#> SRR1079522     1  0.7773     0.3114 0.432 0.000 0.288 NA
#> SRR1452935     3  0.3662     0.6991 0.012 0.024 0.860 NA
#> SRR1379495     1  0.0336     0.8349 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1470459     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR661361      3  0.3128     0.6926 0.040 0.000 0.884 NA
#> SRR615778      1  0.5815     0.7426 0.708 0.000 0.152 NA
#> SRR1447564     1  0.1182     0.8405 0.968 0.000 0.016 NA
#> SRR1455195     1  0.0657     0.8373 0.984 0.000 0.004 NA
#> SRR655182      3  0.6471     0.6558 0.032 0.076 0.680 NA
#> SRR1335140     3  0.6807     0.6330 0.020 0.092 0.624 NA
#> SRR1433555     3  0.2553     0.6931 0.016 0.008 0.916 NA
#> SRR1308650     2  0.7212     0.3704 0.000 0.516 0.324 NA
#> SRR1388354     1  0.1059     0.8390 0.972 0.000 0.016 NA
#> SRR1317446     3  0.7367    -0.0244 0.000 0.404 0.436 NA
#> SRR1413602     3  0.3051     0.6830 0.000 0.028 0.884 NA
#> SRR1479955     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR809853      1  0.6758     0.6200 0.604 0.000 0.240 NA
#> SRR661313      3  0.3377     0.6969 0.016 0.032 0.884 NA
#> SRR1499935     1  0.7793     0.3095 0.424 0.000 0.300 NA
#> SRR1447303     3  0.2076     0.6946 0.008 0.004 0.932 NA
#> SRR1429408     3  0.7532     0.5368 0.148 0.012 0.512 NA
#> SRR1433950     1  0.3009     0.8360 0.892 0.000 0.056 NA
#> SRR1362081     2  0.0188     0.8425 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR1409854     1  0.5624     0.7462 0.720 0.000 0.172 NA
#> SRR1435229     3  0.6245     0.6076 0.000 0.108 0.648 NA
#> SRR1085996     1  0.3970     0.8194 0.840 0.000 0.084 NA
#> SRR1414229     2  0.7138     0.4984 0.000 0.552 0.180 NA
#> SRR1400974     3  0.3149     0.6797 0.000 0.032 0.880 NA
#> SRR1399971     1  0.6162     0.7160 0.676 0.000 0.156 NA
#> SRR613927      1  0.4669     0.7964 0.796 0.000 0.104 NA
#> SRR1457854     1  0.2313     0.8390 0.924 0.000 0.044 NA
#> SRR1473714     1  0.7786     0.3348 0.424 0.000 0.268 NA
#> SRR813776      1  0.3828     0.8250 0.848 0.000 0.068 NA
#> SRR808196      1  0.6722     0.6211 0.616 0.000 0.184 NA
#> SRR1101085     1  0.7036     0.5911 0.576 0.000 0.208 NA
#> SRR614395      1  0.1004     0.8391 0.972 0.000 0.024 NA
#> SRR1478251     1  0.0336     0.8348 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1370551     2  0.0188     0.8425 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR1362310     1  0.1411     0.8408 0.960 0.000 0.020 NA
#> SRR665310      1  0.7425     0.0876 0.420 0.000 0.412 NA
#> SRR1420109     3  0.5153     0.6944 0.016 0.048 0.768 NA
#> SRR1330920     1  0.5911     0.7183 0.692 0.000 0.196 NA
#> SRR1419539     3  0.7332     0.5823 0.028 0.148 0.608 NA
#> SRR1359447     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1347259     1  0.7867     0.2277 0.392 0.000 0.292 NA
#> SRR613915      1  0.2500     0.8303 0.916 0.000 0.040 NA
#> SRR1384395     2  0.2844     0.8173 0.000 0.900 0.052 NA
#> SRR821715      1  0.4844     0.7905 0.784 0.000 0.108 NA
#> SRR1478228     1  0.2644     0.8370 0.908 0.000 0.032 NA
#> SRR1445637     1  0.3885     0.8220 0.844 0.000 0.092 NA
#> SRR608150      1  0.7508     0.4442 0.496 0.000 0.272 NA
#> SRR1096383     1  0.0188     0.8362 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1341480     1  0.5568     0.7505 0.728 0.000 0.120 NA
#> SRR1341344     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1326270     3  0.5842     0.6307 0.168 0.000 0.704 NA
#> SRR1498838     3  0.2335     0.6946 0.020 0.000 0.920 NA
#> SRR1416313     3  0.3973     0.6967 0.020 0.044 0.856 NA
#> SRR808566      1  0.7093     0.5747 0.568 0.000 0.220 NA
#> SRR1430270     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1367825     3  0.3144     0.6759 0.000 0.044 0.884 NA
#> SRR613533      3  0.4500     0.6678 0.004 0.068 0.812 NA
#> SRR661267      1  0.0188     0.8362 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR810665      2  0.1004     0.8393 0.000 0.972 0.024 NA
#> SRR1407250     1  0.7189     0.4889 0.532 0.000 0.300 NA
#> SRR1420067     1  0.2546     0.8383 0.912 0.000 0.060 NA
#> SRR1473632     3  0.7149     0.5080 0.000 0.184 0.552 NA
#> SRR812536      1  0.5339     0.7073 0.744 0.000 0.100 NA
#> SRR1370850     2  0.6016     0.6399 0.000 0.680 0.208 NA
#> SRR1486195     2  0.0804     0.8419 0.000 0.980 0.008 NA
#> SRR1407671     3  0.7275     0.6188 0.092 0.032 0.576 NA
#> SRR1446375     3  0.5881     0.6311 0.000 0.084 0.676 NA
#> SRR1465230     1  0.2882     0.8322 0.892 0.000 0.024 NA
#> SRR614119      1  0.4780     0.7970 0.788 0.000 0.096 NA
#> SRR1356101     2  0.0937     0.8411 0.000 0.976 0.012 NA
#> SRR1404209     1  0.1182     0.8406 0.968 0.000 0.016 NA
#> SRR1392676     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR665538      1  0.0469     0.8331 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR660510      3  0.3103     0.6947 0.016 0.016 0.892 NA
#> SRR1445655     1  0.2142     0.8340 0.928 0.000 0.016 NA
#> SRR658953      1  0.5076     0.7226 0.756 0.000 0.072 NA
#> SRR2166459     1  0.4758     0.7316 0.780 0.000 0.064 NA
#> SRR1070713     3  0.7919     0.3078 0.012 0.296 0.476 NA
#> SRR1485312     3  0.4906     0.6740 0.084 0.000 0.776 NA
#> SRR1317631     1  0.4030     0.8039 0.836 0.000 0.092 NA
#> SRR1488610     1  0.4669     0.8054 0.796 0.000 0.104 NA
#> SRR1330588     3  0.3959     0.6862 0.068 0.000 0.840 NA
#> SRR1316367     3  0.6677     0.6640 0.052 0.064 0.672 NA
#> SRR1433926     1  0.6162     0.7160 0.676 0.000 0.156 NA
#> SRR1091302     1  0.5325     0.7521 0.744 0.000 0.096 NA
#> SRR818263      1  0.4106     0.8189 0.832 0.000 0.084 NA
#> SRR1404909     1  0.7862     0.2371 0.396 0.000 0.308 NA
#> SRR663076      1  0.0672     0.8373 0.984 0.000 0.008 NA
#> SRR1323577     2  0.5174     0.7320 0.000 0.756 0.152 NA
#> SRR1442422     1  0.0336     0.8348 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1465893     1  0.2751     0.8370 0.904 0.000 0.040 NA
#> SRR654862      1  0.5484     0.7546 0.732 0.000 0.164 NA
#> SRR1407112     1  0.4568     0.7881 0.800 0.000 0.076 NA
#> SRR1332969     3  0.6344     0.5380 0.224 0.000 0.648 NA
#> SRR1353199     3  0.5032     0.6763 0.016 0.020 0.744 NA
#> SRR1378885     1  0.4130     0.8145 0.828 0.000 0.108 NA
#> SRR665357      2  0.6110     0.5773 0.000 0.660 0.240 NA
#> SRR662186      2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1501020     3  0.5902     0.6278 0.160 0.000 0.700 NA
#> SRR1347819     3  0.3556     0.6881 0.004 0.036 0.864 NA
#> SRR1480813     2  0.0376     0.8433 0.000 0.992 0.004 NA
#> SRR1472576     3  0.7941     0.4988 0.036 0.168 0.540 NA
#> SRR1431781     1  0.7539     0.4592 0.492 0.000 0.252 NA
#> SRR1452270     3  0.7410     0.2323 0.328 0.000 0.488 NA
#> SRR1500472     3  0.6392     0.5717 0.004 0.108 0.648 NA
#> SRR1417632     3  0.7372     0.3787 0.000 0.236 0.524 NA
#> SRR1350153     2  0.1151     0.8387 0.000 0.968 0.024 NA
#> SRR1458113     3  0.4816     0.6626 0.004 0.080 0.792 NA
#> SRR1326579     1  0.5280     0.7759 0.752 0.000 0.128 NA
#> SRR1349363     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1096712     3  0.4356     0.6646 0.000 0.064 0.812 NA
#> SRR1090407     3  0.6761     0.4981 0.224 0.000 0.608 NA
#> SRR1083752     3  0.7540     0.4381 0.004 0.232 0.520 NA
#> SRR1377599     1  0.8143     0.2062 0.388 0.008 0.312 NA
#> SRR1488449     3  0.7410     0.2323 0.328 0.000 0.488 NA
#> SRR1318354     3  0.7488     0.0144 0.000 0.384 0.436 NA
#> SRR1359062     2  0.6616     0.4526 0.000 0.584 0.308 NA
#> SRR1398924     3  0.6731     0.5089 0.000 0.148 0.604 NA
#> SRR663783      3  0.6957     0.4500 0.000 0.172 0.580 NA
#> SRR1319204     3  0.5985     0.5788 0.000 0.140 0.692 NA
#> SRR1369070     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR615659      1  0.1510     0.8416 0.956 0.000 0.028 NA
#> SRR1337449     2  0.2908     0.8148 0.000 0.896 0.064 NA
#> SRR1316982     2  0.0469     0.8404 0.000 0.988 0.000 NA
#> SRR1498595     3  0.7518     0.3048 0.000 0.260 0.496 NA
#> SRR1377423     3  0.5378     0.6532 0.004 0.036 0.696 NA
#> SRR1312310     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1485613     1  0.3697     0.8234 0.852 0.000 0.048 NA
#> SRR1338426     3  0.4411     0.6819 0.012 0.052 0.824 NA
#> SRR1353309     3  0.5470     0.6547 0.100 0.000 0.732 NA
#> SRR658941      3  0.7332     0.5823 0.028 0.148 0.608 NA
#> SRR1101643     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1401468     1  0.4673     0.8035 0.792 0.000 0.076 NA
#> SRR1368874     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1324085     1  0.7324     0.5242 0.532 0.000 0.228 NA
#> SRR1363858     1  0.7786     0.3348 0.424 0.000 0.268 NA
#> SRR819820      3  0.3015     0.6980 0.024 0.000 0.884 NA
#> SRR1337342     1  0.4235     0.8151 0.824 0.000 0.092 NA
#> SRR655206      3  0.5838     0.6831 0.024 0.056 0.720 NA
#> SRR1387013     3  0.7566     0.2192 0.000 0.320 0.468 NA
#> SRR1317410     1  0.2644     0.8370 0.908 0.000 0.032 NA
#> SRR608198      1  0.7430     0.4743 0.512 0.000 0.260 NA
#> SRR1440161     2  0.0188     0.8425 0.000 0.996 0.000 NA
#> SRR1343741     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1381288     2  0.0188     0.8434 0.000 0.996 0.004 NA
#> SRR1415379     1  0.0804     0.8377 0.980 0.000 0.008 NA
#> SRR1099622     2  0.6887     0.3586 0.000 0.528 0.356 NA
#> SRR663197      3  0.4353     0.6746 0.004 0.060 0.820 NA
#> SRR1394836     3  0.6975     0.5922 0.100 0.012 0.572 NA
#> SRR661699      1  0.7200     0.4868 0.552 0.000 0.228 NA
#> SRR813680      1  0.2131     0.8400 0.932 0.000 0.032 NA
#> SRR1410678     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1378109     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1499174     1  0.7483     0.4190 0.496 0.000 0.288 NA
#> SRR1311486     2  0.3071     0.8115 0.000 0.888 0.068 NA
#> SRR1382851     3  0.6957     0.5860 0.096 0.012 0.568 NA
#> SRR1433410     1  0.5228     0.7787 0.756 0.000 0.124 NA
#> SRR661167      3  0.6854     0.5808 0.172 0.000 0.596 NA
#> SRR1432518     3  0.2474     0.6933 0.016 0.008 0.920 NA
#> SRR660462      3  0.5775     0.6282 0.004 0.048 0.660 NA
#> SRR1374608     1  0.3247     0.8228 0.880 0.000 0.060 NA
#> SRR657949      1  0.2494     0.8286 0.916 0.000 0.036 NA
#> SRR1308882     1  0.1798     0.8351 0.944 0.000 0.016 NA
#> SRR655768      1  0.5834     0.7345 0.704 0.000 0.172 NA
#> SRR1485870     1  0.7905     0.1681 0.368 0.000 0.312 NA
#> SRR1444138     3  0.6400     0.5929 0.000 0.116 0.632 NA
#> SRR1417342     1  0.0927     0.8386 0.976 0.000 0.008 NA
#> SRR1470193     3  0.7816     0.3540 0.248 0.004 0.460 NA
#> SRR1091380     3  0.3015     0.6980 0.024 0.000 0.884 NA
#> SRR1099096     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1313583     1  0.1677     0.8410 0.948 0.000 0.012 NA
#> SRR1467102     2  0.6653     0.4285 0.000 0.568 0.328 NA
#> SRR1485416     1  0.5116     0.7759 0.764 0.000 0.108 NA
#> SRR818821      3  0.4500     0.6678 0.004 0.068 0.812 NA
#> SRR809963      1  0.1004     0.8391 0.972 0.000 0.024 NA
#> SRR1072247     1  0.0336     0.8349 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1353710     1  0.5842     0.7059 0.704 0.000 0.168 NA
#> SRR1445259     3  0.6216     0.5674 0.000 0.108 0.652 NA
#> SRR1408393     1  0.3398     0.8067 0.872 0.000 0.060 NA
#> SRR1361522     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1368597     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1309680     2  0.6102     0.6346 0.000 0.672 0.212 NA
#> SRR1310542     3  0.6245     0.5546 0.000 0.164 0.668 NA
#> SRR1333485     1  0.2546     0.8337 0.912 0.000 0.028 NA
#> SRR1406437     3  0.6613     0.6036 0.116 0.000 0.596 NA
#> SRR1354931     3  0.5406     0.6686 0.004 0.076 0.740 NA
#> SRR1391856     3  0.7566     0.3479 0.192 0.000 0.416 NA
#> SRR1446738     3  0.8444     0.4867 0.048 0.196 0.484 NA
#> SRR1309032     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1388145     3  0.7264     0.2436 0.000 0.320 0.512 NA
#> SRR1432611     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR815869      2  0.6616     0.4526 0.000 0.584 0.308 NA
#> SRR613150      3  0.3725     0.6970 0.028 0.004 0.848 NA
#> SRR1375329     3  0.4726     0.7005 0.036 0.028 0.808 NA
#> SRR1387921     1  0.0672     0.8373 0.984 0.000 0.008 NA
#> SRR1466792     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1360478     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1360695     1  0.2021     0.8402 0.936 0.000 0.040 NA
#> SRR812943      3  0.6311     0.6330 0.008 0.088 0.656 NA
#> SRR1400910     3  0.6566     0.5310 0.000 0.140 0.624 NA
#> SRR1444203     1  0.1724     0.8413 0.948 0.000 0.020 NA
#> SRR816177      3  0.7465     0.3117 0.004 0.288 0.520 NA
#> SRR658754      3  0.6285     0.5482 0.000 0.168 0.664 NA
#> SRR1429603     1  0.7913     0.1467 0.360 0.000 0.316 NA
#> SRR1397366     3  0.5891     0.6249 0.168 0.000 0.700 NA
#> SRR1446028     1  0.4344     0.8125 0.816 0.000 0.076 NA
#> SRR1083918     3  0.7344     0.2713 0.000 0.300 0.512 NA
#> SRR1337606     3  0.7476     0.3612 0.176 0.000 0.416 NA
#> SRR659109      3  0.4356     0.6646 0.000 0.064 0.812 NA
#> SRR1337192     1  0.0524     0.8366 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR656946      3  0.6027     0.6224 0.000 0.092 0.664 NA
#> SRR1476102     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1476447     1  0.0779     0.8385 0.980 0.000 0.004 NA
#> SRR1342067     1  0.1975     0.8341 0.936 0.000 0.016 NA
#> SRR1385389     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1075971     1  0.3090     0.8335 0.888 0.000 0.056 NA
#> SRR614419      1  0.1854     0.8220 0.940 0.000 0.012 NA
#> SRR1322936     3  0.6980     0.5769 0.132 0.000 0.536 NA
#> SRR1349121     1  0.0336     0.8349 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1430549     1  0.3013     0.8328 0.888 0.000 0.032 NA
#> SRR612935      3  0.7456     0.3255 0.000 0.236 0.508 NA
#> SRR661481      2  0.0524     0.8426 0.000 0.988 0.004 NA
#> SRR1354117     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1393596     3  0.7542     0.3861 0.212 0.000 0.476 NA
#> SRR1452164     1  0.1042     0.8404 0.972 0.000 0.020 NA
#> SRR1070503     1  0.5383     0.7601 0.740 0.000 0.160 NA
#> SRR1499894     3  0.5321     0.6299 0.000 0.112 0.748 NA
#> SRR1082883     1  0.7539     0.4428 0.492 0.000 0.252 NA
#> SRR1468271     1  0.4780     0.7962 0.788 0.000 0.096 NA
#> SRR1332443     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR810295      2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR662103      1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1328620     3  0.7345     0.1982 0.000 0.336 0.492 NA
#> SRR1396294     3  0.7417     0.4347 0.208 0.000 0.508 NA
#> SRR1419917     1  0.4039     0.8195 0.836 0.000 0.084 NA
#> SRR662114      3  0.3301     0.6899 0.048 0.000 0.876 NA
#> SRR1489199     1  0.4605     0.8068 0.800 0.000 0.092 NA
#> SRR813584      3  0.7465     0.3117 0.004 0.288 0.520 NA
#> SRR1069638     2  0.7771     0.1864 0.000 0.424 0.320 NA
#> SRR614864      3  0.7225     0.1413 0.352 0.000 0.496 NA
#> SRR1433392     1  0.4104     0.8185 0.832 0.000 0.088 NA
#> SRR1377777     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR2167710     1  0.5011     0.7218 0.764 0.000 0.076 NA
#> SRR1401252     1  0.2142     0.8340 0.928 0.000 0.016 NA
#> SRR1309963     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1338031     1  0.3761     0.8229 0.852 0.000 0.080 NA
#> SRR1418628     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1486889     1  0.5560     0.7315 0.728 0.000 0.156 NA
#> SRR1380393     1  0.0937     0.8388 0.976 0.000 0.012 NA
#> SRR1319731     1  0.0336     0.8349 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1356468     1  0.7735     0.3523 0.444 0.000 0.276 NA
#> SRR1337010     2  0.1576     0.8243 0.000 0.948 0.004 NA
#> SRR1486520     1  0.1109     0.8388 0.968 0.000 0.004 NA
#> SRR1486538     1  0.6621     0.6328 0.628 0.000 0.188 NA
#> SRR1340486     1  0.0921     0.8395 0.972 0.000 0.000 NA
#> SRR1377696     3  0.7636     0.2395 0.000 0.284 0.468 NA
#> SRR1465459     1  0.5569     0.7440 0.724 0.000 0.172 NA
#> SRR1080270     3  0.6245     0.5546 0.000 0.164 0.668 NA
#> SRR1312501     3  0.4010     0.6865 0.064 0.000 0.836 NA
#> SRR1093148     3  0.5705     0.6620 0.108 0.000 0.712 NA
#> SRR1467080     2  0.7371     0.0716 0.000 0.424 0.416 NA
#> SRR1410866     2  0.0376     0.8433 0.000 0.992 0.004 NA
#> SRR816475      1  0.7064     0.5852 0.572 0.000 0.208 NA
#> SRR1379198     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR613342      3  0.5869     0.6148 0.008 0.112 0.720 NA
#> SRR1452246     2  0.2053     0.8139 0.000 0.924 0.004 NA
#> SRR1338836     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1369129     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1396616     3  0.4957     0.6828 0.004 0.060 0.772 NA
#> SRR813824      3  0.2983     0.6934 0.040 0.000 0.892 NA
#> SRR1082376     1  0.3970     0.8194 0.840 0.000 0.084 NA
#> SRR1500891     1  0.7752     0.0989 0.404 0.000 0.360 NA
#> SRR807543      1  0.5188     0.7716 0.756 0.000 0.148 NA
#> SRR1091572     3  0.7371     0.5749 0.116 0.016 0.524 NA
#> SRR1346689     3  0.7816     0.3549 0.248 0.004 0.460 NA
#> SRR1332424     1  0.5012     0.7884 0.772 0.000 0.112 NA
#> SRR663729      1  0.0469     0.8347 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR1097013     1  0.4163     0.8149 0.828 0.000 0.096 NA
#> SRR613675      3  0.6980     0.5769 0.132 0.000 0.536 NA
#> SRR1485357     1  0.7547     0.4498 0.488 0.000 0.236 NA
#> SRR655816      1  0.5339     0.7073 0.744 0.000 0.100 NA
#> SRR1500113     1  0.4784     0.7957 0.788 0.000 0.100 NA
#> SRR1437622     3  0.7664     0.5789 0.040 0.140 0.580 NA
#> SRR1355172     1  0.0376     0.8373 0.992 0.000 0.004 NA
#> SRR655531      1  0.1854     0.8220 0.940 0.000 0.012 NA
#> SRR1338147     3  0.3562     0.6966 0.020 0.032 0.876 NA
#> SRR1413329     3  0.7315     0.3648 0.300 0.000 0.516 NA
#> SRR1485931     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1420873     1  0.0817     0.8387 0.976 0.000 0.000 NA
#> SRR1333308     1  0.7846     0.2677 0.404 0.000 0.296 NA
#> SRR1452033     1  0.3679     0.8275 0.856 0.000 0.060 NA
#> SRR1467316     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR809018      3  0.3082     0.6799 0.000 0.032 0.884 NA
#> SRR1375351     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR663440      1  0.5551     0.7132 0.728 0.000 0.112 NA
#> SRR1471755     2  0.7577     0.1700 0.000 0.428 0.376 NA
#> SRR808019      1  0.0188     0.8362 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1479133     3  0.6162     0.6104 0.168 0.000 0.676 NA
#> SRR615069      3  0.5869     0.6148 0.008 0.112 0.720 NA
#> SRR1456185     2  0.4919     0.7334 0.000 0.772 0.152 NA
#> SRR1350069     1  0.7899     0.1200 0.364 0.000 0.340 NA
#> SRR816316      1  0.1929     0.8415 0.940 0.000 0.036 NA
#> SRR664795      1  0.0469     0.8331 0.988 0.000 0.000 NA
#> SRR1490721     1  0.6240     0.6951 0.668 0.000 0.156 NA
#> SRR810643      1  0.2759     0.8365 0.904 0.000 0.044 NA
#> SRR1430333     1  0.6608     0.6274 0.628 0.000 0.168 NA
#> SRR1085285     3  0.3435     0.6931 0.036 0.000 0.864 NA
#> SRR1099072     3  0.5891     0.6249 0.168 0.000 0.700 NA
#> SRR1317985     1  0.1042     0.8404 0.972 0.000 0.020 NA
#> SRR1487340     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1420276     2  0.4231     0.7775 0.000 0.824 0.096 NA
#> SRR1351347     3  0.5517     0.6626 0.092 0.000 0.724 NA
#> SRR1405525     1  0.5972     0.7295 0.692 0.000 0.176 NA
#> SRR1370329     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1465001     1  0.0000     0.8348 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1476525     2  0.1584     0.8342 0.000 0.952 0.036 NA
#> SRR819610      3  0.7366     0.5411 0.016 0.156 0.576 NA
#> SRR2157314     1  0.4804     0.7315 0.776 0.000 0.064 NA
#> SRR1409465     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR809987      1  0.7845     0.2700 0.404 0.000 0.292 NA
#> SRR613639      1  0.6773     0.5595 0.584 0.000 0.284 NA
#> SRR1402285     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1077038     1  0.1059     0.8395 0.972 0.000 0.012 NA
#> SRR1405660     3  0.2631     0.6933 0.016 0.008 0.912 NA
#> SRR1095455     3  0.6392     0.5717 0.004 0.108 0.648 NA
#> SRR1394734     3  0.7344     0.2713 0.000 0.300 0.512 NA
#> SRR1317771     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1365894     3  0.7476     0.3612 0.176 0.000 0.416 NA
#> SRR1073581     1  0.1174     0.8406 0.968 0.000 0.012 NA
#> SRR659804      1  0.3935     0.8200 0.840 0.000 0.060 NA
#> SRR1345914     2  0.6016     0.6399 0.000 0.680 0.208 NA
#> SRR1432186     2  0.4094     0.7757 0.000 0.828 0.116 NA
#> SRR1473529     3  0.7626     0.2042 0.000 0.304 0.464 NA
#> SRR660764      3  0.7500    -0.0618 0.000 0.404 0.416 NA
#> SRR820448      1  0.1929     0.8415 0.940 0.000 0.036 NA
#> SRR1328845     3  0.7417     0.4347 0.208 0.000 0.508 NA
#> SRR1336415     1  0.4568     0.7881 0.800 0.000 0.076 NA
#> SRR1379065     1  0.0657     0.8356 0.984 0.000 0.004 NA
#> SRR1459190     3  0.4363     0.6949 0.052 0.004 0.816 NA
#> SRR1346773     1  0.4724     0.7975 0.792 0.000 0.096 NA
#> SRR1499521     1  0.0188     0.8357 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1440898     2  0.1059     0.8402 0.000 0.972 0.016 NA
#> SRR1347459     3  0.6285     0.5482 0.000 0.168 0.664 NA
#> SRR1081209     2  0.0895     0.8405 0.000 0.976 0.020 NA
#> SRR1400202     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1333395     1  0.7692     0.3558 0.456 0.000 0.276 NA
#> SRR1309248     3  0.7276     0.4072 0.000 0.224 0.540 NA
#> SRR809161      1  0.6885     0.4927 0.596 0.000 0.208 NA
#> SRR1316320     3  0.7057     0.6173 0.076 0.028 0.576 NA
#> SRR1432629     2  0.6966     0.4098 0.000 0.540 0.328 NA
#> SRR1498931     1  0.1297     0.8401 0.964 0.000 0.016 NA
#> SRR1416578     1  0.0804     0.8377 0.980 0.000 0.008 NA
#> SRR1405547     3  0.3107     0.6832 0.000 0.036 0.884 NA
#> SRR1470534     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1380764     1  0.2494     0.8384 0.916 0.000 0.036 NA
#> SRR1309160     3  0.2553     0.6934 0.016 0.008 0.916 NA
#> SRR663489      3  0.3793     0.6712 0.000 0.044 0.844 NA
#> SRR1500450     1  0.0336     0.8352 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1078489     3  0.7394     0.5699 0.116 0.016 0.516 NA
#> SRR1332648     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR660614      2  0.6134     0.5779 0.000 0.660 0.236 NA
#> SRR1470420     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1475566     1  0.0188     0.8357 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1477949     1  0.1610     0.8415 0.952 0.000 0.016 NA
#> SRR1481419     2  0.3674     0.7904 0.000 0.852 0.104 NA
#> SRR1464766     1  0.3176     0.8327 0.880 0.000 0.036 NA
#> SRR615946      3  0.6542     0.5417 0.000 0.168 0.636 NA
#> SRR1446481     2  0.3071     0.8115 0.000 0.888 0.068 NA
#> SRR1467656     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1402962     1  0.2036     0.8407 0.936 0.000 0.032 NA
#> SRR660224      3  0.7494     0.3293 0.000 0.236 0.500 NA
#> SRR665586      1  0.0336     0.8334 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1347166     1  0.5815     0.7426 0.708 0.000 0.152 NA
#> SRR1485722     1  0.7189     0.4889 0.532 0.000 0.300 NA
#> SRR1415316     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR613390      1  0.3970     0.8189 0.840 0.000 0.084 NA
#> SRR661108      3  0.2489     0.6937 0.020 0.000 0.912 NA
#> SRR2170173     1  0.4944     0.7247 0.768 0.000 0.072 NA
#> SRR817329      1  0.1724     0.8410 0.948 0.000 0.032 NA
#> SRR1401990     1  0.6722     0.6211 0.616 0.000 0.184 NA
#> SRR1467745     2  0.7582     0.2465 0.000 0.456 0.336 NA
#> SRR1471795     2  0.4756     0.7448 0.000 0.784 0.144 NA
#> SRR1415637     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR813137      1  0.1510     0.8400 0.956 0.000 0.028 NA
#> SRR1314873     1  0.0657     0.8378 0.984 0.000 0.012 NA
#> SRR1401211     1  0.0188     0.8357 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1419692     2  0.6323     0.5904 0.000 0.640 0.112 NA
#> SRR818797      1  0.4920     0.7846 0.776 0.000 0.136 NA
#> SRR2164608     1  0.4944     0.7247 0.768 0.000 0.072 NA
#> SRR1455586     2  0.3453     0.8019 0.000 0.868 0.080 NA
#> SRR819459      3  0.5944     0.5820 0.000 0.140 0.696 NA
#> SRR1488939     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1433232     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1385501     1  0.5266     0.7731 0.752 0.000 0.140 NA
#> SRR1361652     3  0.7621     0.2215 0.000 0.296 0.468 NA
#> SRR1437119     1  0.3013     0.8328 0.888 0.000 0.032 NA
#> SRR1478547     3  0.3013     0.6807 0.000 0.032 0.888 NA
#> SRR1430910     3  0.7247     0.4211 0.000 0.240 0.544 NA
#> SRR1310584     1  0.0336     0.8349 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1500216     1  0.7786     0.3348 0.424 0.000 0.268 NA
#> SRR1486762     2  0.5790     0.6641 0.000 0.684 0.080 NA
#> SRR1480854     1  0.0779     0.8354 0.980 0.000 0.004 NA
#> SRR1489394     1  0.2060     0.8345 0.932 0.000 0.016 NA
#> SRR1418085     1  0.0336     0.8348 0.992 0.000 0.000 NA
#> SRR1340221     1  0.1724     0.8413 0.948 0.000 0.020 NA
#> SRR1473058     3  0.6975     0.5922 0.100 0.012 0.572 NA
#> SRR1405165     3  0.3328     0.6958 0.024 0.004 0.872 NA
#> SRR1433004     1  0.4364     0.8090 0.816 0.000 0.092 NA
#> SRR1471477     1  0.4718     0.7987 0.792 0.000 0.092 NA
#> SRR1098567     2  0.6585     0.4585 0.000 0.584 0.312 NA
#> SRR1098712     3  0.7332     0.5823 0.028 0.148 0.608 NA
#> SRR1455038     1  0.4036     0.8175 0.836 0.000 0.088 NA
#> SRR1375248     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1403005     3  0.6854     0.5808 0.172 0.000 0.596 NA
#> SRR1348378     2  0.7384     0.2742 0.000 0.476 0.352 NA
#> SRR1413541     1  0.3247     0.8330 0.880 0.000 0.060 NA
#> SRR1392943     1  0.0524     0.8361 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1475192     2  0.6111     0.6140 0.000 0.652 0.092 NA
#> SRR1432085     2  0.6585     0.4678 0.000 0.584 0.312 NA
#> SRR1452468     1  0.5657     0.7504 0.720 0.000 0.160 NA
#> SRR1347060     3  0.6245     0.5546 0.000 0.164 0.668 NA
#> SRR1414139     3  0.7352     0.2099 0.000 0.328 0.496 NA
#> SRR1447962     2  0.7148     0.2817 0.000 0.496 0.364 NA
#> SRR1444324     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1415004     1  0.2830     0.8370 0.900 0.000 0.040 NA
#> SRR1413436     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1311266     1  0.4605     0.8068 0.800 0.000 0.092 NA
#> SRR1343302     1  0.4444     0.7917 0.808 0.000 0.072 NA
#> SRR1373746     1  0.3013     0.8328 0.888 0.000 0.032 NA
#> SRR1429678     1  0.0524     0.8350 0.988 0.000 0.004 NA
#> SRR1469413     2  0.7148     0.2817 0.000 0.496 0.364 NA
#> SRR1405331     3  0.3697     0.6962 0.048 0.000 0.852 NA
#> SRR1345609     1  0.0188     0.8338 0.996 0.000 0.000 NA
#> SRR1380208     3  0.7319     0.5032 0.216 0.004 0.556 NA
#> SRR1322840     1  0.2142     0.8340 0.928 0.000 0.016 NA
#> SRR1399797     3  0.4353     0.6746 0.004 0.060 0.820 NA
#> SRR1416654     3  0.2076     0.6946 0.008 0.004 0.932 NA
#> SRR1315081     2  0.4710     0.7531 0.000 0.792 0.120 NA
#> SRR1369196     3  0.6578     0.4736 0.000 0.244 0.620 NA
#> SRR1400847     1  0.1109     0.8388 0.968 0.000 0.004 NA
#> SRR1365291     1  0.5710     0.7280 0.708 0.000 0.192 NA
#> SRR1367920     1  0.8143     0.2062 0.388 0.008 0.312 NA
#> SRR1366648     3  0.3144     0.6759 0.000 0.044 0.884 NA
#> SRR1441679     2  0.0000     0.8439 0.000 1.000 0.000 NA
#> SRR1082173     3  0.3570     0.6904 0.048 0.000 0.860 NA
#> SRR1363968     1  0.0672     0.8390 0.984 0.000 0.008 NA
#> SRR814387      1  0.0000     0.8348 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR657599      1  0.0188     0.8362 0.996 0.000 0.004 NA
#> SRR1386689     1  0.4568     0.7881 0.800 0.000 0.076 NA
#> SRR1395575     3  0.4906     0.6758 0.084 0.000 0.776 NA
#> SRR1453811     3  0.6894     0.1592 0.376 0.000 0.512 NA
#> SRR1441159     1  0.4727     0.7994 0.792 0.000 0.108 NA
#> SRR1403154     1  0.1888     0.8403 0.940 0.000 0.016 NA
#> SRR1468722     3  0.5816     0.6364 0.144 0.000 0.708 NA
#> SRR1310275     3  0.3732     0.6886 0.056 0.000 0.852 NA

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.0771    0.80346 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1331708     4  0.6902    0.23858 0.068 0.004 0.396 0.464 0.068
#> SRR1464258     1  0.4583    0.68054 0.740 0.000 0.064 0.192 0.004
#> SRR1454201     3  0.6910    0.32183 0.124 0.008 0.604 0.188 0.076
#> SRR661589      3  0.6007    0.24593 0.132 0.000 0.640 0.204 0.024
#> SRR1456229     1  0.4078    0.71983 0.776 0.000 0.040 0.180 0.004
#> SRR1315165     4  0.6351    0.60011 0.344 0.000 0.152 0.500 0.004
#> SRR1488960     1  0.1356    0.80667 0.956 0.000 0.012 0.028 0.004
#> SRR1417809     1  0.1697    0.80055 0.932 0.000 0.008 0.060 0.000
#> SRR1094457     1  0.0290    0.80081 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1095575     3  0.5128    0.55220 0.024 0.008 0.736 0.172 0.060
#> SRR1315931     1  0.0451    0.80177 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1430066     3  0.2819    0.60999 0.000 0.008 0.884 0.032 0.076
#> SRR1431037     3  0.3804    0.60810 0.004 0.012 0.832 0.100 0.052
#> SRR1395554     3  0.5359    0.50093 0.000 0.060 0.700 0.036 0.204
#> SRR818002      2  0.5377    0.44991 0.000 0.716 0.124 0.028 0.132
#> SRR1344143     3  0.6837    0.15943 0.000 0.148 0.444 0.024 0.384
#> SRR1486845     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.5527    0.53594 0.656 0.000 0.104 0.232 0.008
#> SRR1490740     1  0.1386    0.80669 0.952 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0579    0.74616 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1416248     1  0.0566    0.80218 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1383907     1  0.5998   -0.22673 0.464 0.000 0.112 0.424 0.000
#> SRR1311018     1  0.3308    0.76239 0.832 0.000 0.020 0.144 0.004
#> SRR1375699     2  0.5598    0.37547 0.000 0.688 0.120 0.024 0.168
#> SRR1429846     1  0.4973    0.65387 0.724 0.000 0.080 0.184 0.012
#> SRR613550      1  0.7269   -0.12855 0.472 0.000 0.264 0.224 0.040
#> SRR1348402     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.4757    0.58590 0.008 0.016 0.764 0.152 0.060
#> SRR1324025     3  0.4086    0.59780 0.008 0.008 0.812 0.116 0.056
#> SRR1318879     3  0.5189    0.54912 0.024 0.008 0.732 0.172 0.064
#> SRR820755      1  0.3935    0.75320 0.808 0.000 0.036 0.140 0.016
#> SRR1485830     4  0.6310    0.69736 0.272 0.000 0.164 0.556 0.008
#> SRR599313      4  0.6461    0.64025 0.300 0.000 0.156 0.532 0.012
#> SRR612263      1  0.2032    0.80296 0.924 0.000 0.020 0.052 0.004
#> SRR1415398     1  0.7691   -0.30383 0.416 0.000 0.316 0.196 0.072
#> SRR1326205     4  0.7410    0.50463 0.172 0.000 0.336 0.436 0.056
#> SRR1421327     1  0.0510    0.79838 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1083311     3  0.2751    0.61259 0.004 0.000 0.888 0.052 0.056
#> SRR1499303     4  0.6817    0.65373 0.248 0.000 0.280 0.464 0.008
#> SRR1079522     4  0.6687    0.64596 0.316 0.000 0.156 0.508 0.020
#> SRR1452935     3  0.3752    0.61645 0.000 0.008 0.828 0.092 0.072
#> SRR1379495     1  0.0324    0.80039 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1470459     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.3631    0.55954 0.012 0.000 0.820 0.144 0.024
#> SRR615778      1  0.5654    0.47027 0.620 0.000 0.080 0.288 0.012
#> SRR1447564     1  0.1442    0.80693 0.952 0.000 0.012 0.032 0.004
#> SRR1455195     1  0.0771    0.80456 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR655182      3  0.6494    0.52006 0.028 0.012 0.620 0.136 0.204
#> SRR1335140     3  0.6847    0.43877 0.004 0.020 0.528 0.188 0.260
#> SRR1433555     3  0.2171    0.61092 0.000 0.000 0.912 0.064 0.024
#> SRR1308650     2  0.7827   -0.45301 0.000 0.364 0.284 0.064 0.288
#> SRR1388354     1  0.1525    0.80607 0.948 0.000 0.012 0.036 0.004
#> SRR1317446     3  0.6887   -0.07442 0.000 0.308 0.404 0.004 0.284
#> SRR1413602     3  0.2819    0.60737 0.000 0.008 0.884 0.032 0.076
#> SRR1479955     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.6403    0.19884 0.540 0.000 0.172 0.280 0.008
#> SRR661313      3  0.3804    0.60609 0.004 0.012 0.832 0.100 0.052
#> SRR1499935     4  0.6484    0.66601 0.312 0.000 0.184 0.500 0.004
#> SRR1447303     3  0.2139    0.61464 0.000 0.000 0.916 0.052 0.032
#> SRR1429408     4  0.6411    0.22390 0.056 0.008 0.396 0.504 0.036
#> SRR1433950     1  0.3195    0.77978 0.856 0.000 0.040 0.100 0.004
#> SRR1362081     2  0.0162    0.74988 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1409854     1  0.5605    0.54282 0.656 0.000 0.104 0.228 0.012
#> SRR1435229     3  0.6189    0.45240 0.000 0.024 0.580 0.100 0.296
#> SRR1085996     1  0.4003    0.72447 0.780 0.000 0.036 0.180 0.004
#> SRR1414229     5  0.7550    0.70866 0.000 0.300 0.128 0.104 0.468
#> SRR1400974     3  0.2734    0.60276 0.000 0.008 0.888 0.028 0.076
#> SRR1399971     1  0.5802    0.38030 0.588 0.000 0.092 0.312 0.008
#> SRR613927      1  0.4723    0.69694 0.776 0.000 0.072 0.112 0.040
#> SRR1457854     1  0.2520    0.79410 0.888 0.000 0.012 0.096 0.004
#> SRR1473714     4  0.6461    0.64025 0.300 0.000 0.156 0.532 0.012
#> SRR813776      1  0.3935    0.75320 0.808 0.000 0.036 0.140 0.016
#> SRR808196      1  0.5678   -0.05122 0.524 0.000 0.084 0.392 0.000
#> SRR1101085     1  0.5966   -0.23996 0.460 0.000 0.108 0.432 0.000
#> SRR614395      1  0.1211    0.80618 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> SRR1478251     1  0.0162    0.79968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1370551     2  0.0162    0.74988 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362310     1  0.1934    0.80395 0.928 0.000 0.016 0.052 0.004
#> SRR665310      1  0.7689   -0.35327 0.396 0.000 0.344 0.188 0.072
#> SRR1420109     3  0.4975    0.59578 0.000 0.012 0.736 0.124 0.128
#> SRR1330920     1  0.5900    0.47336 0.628 0.000 0.132 0.228 0.012
#> SRR1419539     3  0.7006    0.36842 0.000 0.060 0.556 0.176 0.208
#> SRR1359447     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.6280    0.69587 0.272 0.000 0.160 0.560 0.008
#> SRR613915      1  0.2564    0.78178 0.904 0.000 0.020 0.052 0.024
#> SRR1384395     2  0.2798    0.67456 0.000 0.888 0.044 0.008 0.060
#> SRR821715      1  0.4890    0.68650 0.764 0.000 0.072 0.120 0.044
#> SRR1478228     1  0.2932    0.78134 0.864 0.000 0.020 0.112 0.004
#> SRR1445637     1  0.3946    0.74636 0.804 0.000 0.048 0.140 0.008
#> SRR608150      4  0.6740    0.47073 0.384 0.000 0.188 0.420 0.008
#> SRR1096383     1  0.0609    0.80316 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1341480     1  0.4924    0.49530 0.668 0.000 0.060 0.272 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.5933    0.27782 0.136 0.000 0.644 0.200 0.020
#> SRR1498838     3  0.2550    0.59573 0.004 0.000 0.892 0.084 0.020
#> SRR1416313     3  0.4305    0.60789 0.004 0.024 0.808 0.092 0.072
#> SRR808566      1  0.6156   -0.27530 0.456 0.000 0.132 0.412 0.000
#> SRR1430270     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.2569    0.60241 0.000 0.016 0.896 0.012 0.076
#> SRR613533      3  0.4552    0.59359 0.000 0.032 0.780 0.056 0.132
#> SRR661267      1  0.0609    0.80316 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR810665      2  0.1074    0.73781 0.000 0.968 0.016 0.004 0.012
#> SRR1407250     1  0.6793   -0.21519 0.448 0.000 0.212 0.332 0.008
#> SRR1420067     1  0.2754    0.79229 0.884 0.000 0.032 0.080 0.004
#> SRR1473632     3  0.7136    0.27511 0.000 0.068 0.488 0.116 0.328
#> SRR812536      1  0.5398    0.56734 0.724 0.000 0.048 0.140 0.088
#> SRR1370850     2  0.5761    0.26061 0.000 0.620 0.184 0.000 0.196
#> SRR1486195     2  0.0740    0.74480 0.000 0.980 0.008 0.004 0.008
#> SRR1407671     3  0.6654    0.20002 0.024 0.004 0.484 0.380 0.108
#> SRR1446375     3  0.6052    0.50359 0.000 0.028 0.620 0.100 0.252
#> SRR1465230     1  0.2777    0.76584 0.864 0.000 0.016 0.120 0.000
#> SRR614119      1  0.4649    0.66773 0.732 0.000 0.064 0.200 0.004
#> SRR1356101     2  0.0854    0.74309 0.000 0.976 0.012 0.008 0.004
#> SRR1404209     1  0.1251    0.80720 0.956 0.000 0.008 0.036 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0324    0.79795 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR660510      3  0.2885    0.61386 0.004 0.000 0.880 0.064 0.052
#> SRR1445655     1  0.1892    0.78306 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR658953      1  0.5025    0.60504 0.744 0.000 0.032 0.148 0.076
#> SRR2166459     1  0.4689    0.62375 0.772 0.000 0.028 0.124 0.076
#> SRR1070713     3  0.8085   -0.08280 0.000 0.176 0.416 0.144 0.264
#> SRR1485312     3  0.5059    0.45880 0.060 0.000 0.720 0.196 0.024
#> SRR1317631     1  0.3732    0.69212 0.792 0.000 0.032 0.176 0.000
#> SRR1488610     1  0.4522    0.69271 0.744 0.000 0.060 0.192 0.004
#> SRR1330588     3  0.4255    0.51318 0.032 0.000 0.772 0.180 0.016
#> SRR1316367     3  0.6931    0.48881 0.048 0.008 0.580 0.152 0.212
#> SRR1433926     1  0.5802    0.38030 0.588 0.000 0.092 0.312 0.008
#> SRR1091302     1  0.4907    0.43978 0.656 0.000 0.052 0.292 0.000
#> SRR818263      1  0.3794    0.73876 0.800 0.000 0.048 0.152 0.000
#> SRR1404909     4  0.6291    0.69224 0.280 0.000 0.172 0.544 0.004
#> SRR663076      1  0.1202    0.80481 0.960 0.000 0.004 0.032 0.004
#> SRR1323577     2  0.5584    0.42493 0.000 0.696 0.132 0.028 0.144
#> SRR1442422     1  0.0162    0.79968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465893     1  0.3059    0.78037 0.860 0.000 0.028 0.108 0.004
#> SRR654862      1  0.5569    0.55700 0.664 0.000 0.108 0.216 0.012
#> SRR1407112     1  0.4441    0.58297 0.720 0.000 0.044 0.236 0.000
#> SRR1332969     3  0.6233    0.06331 0.180 0.000 0.592 0.216 0.012
#> SRR1353199     3  0.5353    0.53171 0.004 0.000 0.684 0.156 0.156
#> SRR1378885     1  0.4252    0.72717 0.784 0.000 0.064 0.144 0.008
#> SRR665357      2  0.5871    0.18151 0.000 0.604 0.212 0.000 0.184
#> SRR662186      2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.6007    0.26058 0.136 0.000 0.648 0.188 0.028
#> SRR1347819     3  0.3552    0.60583 0.000 0.016 0.844 0.044 0.096
#> SRR1480813     2  0.0451    0.74856 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1472576     3  0.7616    0.23251 0.020 0.076 0.452 0.096 0.356
#> SRR1431781     4  0.6114    0.50845 0.376 0.000 0.132 0.492 0.000
#> SRR1452270     3  0.7730   -0.28385 0.304 0.000 0.420 0.200 0.076
#> SRR1500472     3  0.5885    0.47025 0.000 0.040 0.624 0.060 0.276
#> SRR1417632     3  0.6763    0.23793 0.000 0.112 0.464 0.036 0.388
#> SRR1350153     2  0.1026    0.73627 0.000 0.968 0.024 0.004 0.004
#> SRR1458113     3  0.4890    0.56806 0.000 0.036 0.748 0.052 0.164
#> SRR1326579     1  0.5138    0.59486 0.684 0.000 0.084 0.228 0.004
#> SRR1349363     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.4044    0.57887 0.000 0.028 0.804 0.028 0.140
#> SRR1090407     3  0.7066   -0.04273 0.196 0.000 0.548 0.196 0.060
#> SRR1083752     3  0.7869    0.13083 0.000 0.160 0.468 0.148 0.224
#> SRR1377599     4  0.7069    0.70270 0.260 0.000 0.180 0.516 0.044
#> SRR1488449     3  0.7730   -0.28385 0.304 0.000 0.420 0.200 0.076
#> SRR1318354     3  0.7079   -0.04393 0.000 0.288 0.400 0.012 0.300
#> SRR1359062     2  0.6303    0.04206 0.000 0.524 0.280 0.000 0.196
#> SRR1398924     3  0.5933    0.35754 0.000 0.048 0.544 0.032 0.376
#> SRR663783      3  0.6422    0.34552 0.000 0.084 0.560 0.044 0.312
#> SRR1319204     3  0.5683    0.48706 0.000 0.072 0.660 0.032 0.236
#> SRR1369070     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.1893    0.80330 0.928 0.000 0.024 0.048 0.000
#> SRR1337449     2  0.3418    0.64826 0.000 0.856 0.056 0.016 0.072
#> SRR1316982     2  0.0451    0.74622 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1498595     3  0.6656    0.16999 0.000 0.132 0.452 0.020 0.396
#> SRR1377423     3  0.5653    0.48744 0.000 0.000 0.632 0.160 0.208
#> SRR1312310     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.3691    0.74239 0.804 0.000 0.028 0.164 0.004
#> SRR1338426     3  0.3685    0.60717 0.000 0.016 0.832 0.040 0.112
#> SRR1353309     3  0.4957    0.35798 0.032 0.000 0.660 0.296 0.012
#> SRR658941      3  0.7006    0.36842 0.000 0.060 0.556 0.176 0.208
#> SRR1101643     1  0.0290    0.80092 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1401468     1  0.4288    0.68330 0.740 0.000 0.032 0.224 0.004
#> SRR1368874     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.6300    0.41287 0.416 0.000 0.132 0.448 0.004
#> SRR1363858     4  0.6461    0.64025 0.300 0.000 0.156 0.532 0.012
#> SRR819820      3  0.3011    0.58923 0.000 0.000 0.844 0.140 0.016
#> SRR1337342     1  0.4039    0.72946 0.784 0.000 0.044 0.168 0.004
#> SRR655206      3  0.5571    0.55810 0.000 0.028 0.688 0.188 0.096
#> SRR1387013     3  0.8028   -0.16572 0.000 0.200 0.400 0.112 0.288
#> SRR1317410     1  0.2932    0.78134 0.864 0.000 0.020 0.112 0.004
#> SRR608198      4  0.6705    0.42464 0.400 0.000 0.180 0.412 0.008
#> SRR1440161     2  0.0162    0.74988 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0162    0.75072 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415379     1  0.0703    0.80298 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1099622     2  0.7001   -0.19974 0.000 0.420 0.324 0.012 0.244
#> SRR663197      3  0.4491    0.58479 0.000 0.024 0.776 0.052 0.148
#> SRR1394836     3  0.5839    0.05345 0.012 0.008 0.472 0.464 0.044
#> SRR661699      1  0.7202    0.03243 0.512 0.000 0.116 0.288 0.084
#> SRR813680      1  0.2351    0.79625 0.896 0.000 0.016 0.088 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.7485   -0.32601 0.416 0.000 0.212 0.324 0.048
#> SRR1311486     2  0.3849    0.62439 0.000 0.832 0.060 0.024 0.084
#> SRR1382851     4  0.5836   -0.01179 0.012 0.008 0.452 0.484 0.044
#> SRR1433410     1  0.4933    0.60987 0.688 0.000 0.060 0.248 0.004
#> SRR661167      3  0.7588    0.19395 0.152 0.000 0.504 0.224 0.120
#> SRR1432518     3  0.2104    0.61134 0.000 0.000 0.916 0.060 0.024
#> SRR660462      3  0.5875    0.43576 0.000 0.004 0.616 0.156 0.224
#> SRR1374608     1  0.3061    0.74253 0.844 0.000 0.020 0.136 0.000
#> SRR657949      1  0.2581    0.78088 0.904 0.000 0.020 0.048 0.028
#> SRR1308882     1  0.1638    0.78706 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR655768      1  0.5585    0.50871 0.644 0.000 0.120 0.232 0.004
#> SRR1485870     4  0.6182    0.70694 0.240 0.000 0.168 0.584 0.008
#> SRR1444138     3  0.6264    0.43052 0.000 0.024 0.568 0.104 0.304
#> SRR1417342     1  0.0880    0.80328 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1470193     4  0.7410    0.50556 0.172 0.000 0.336 0.436 0.056
#> SRR1091380     3  0.3011    0.58923 0.000 0.000 0.844 0.140 0.016
#> SRR1099096     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.2463    0.79601 0.888 0.000 0.008 0.100 0.004
#> SRR1467102     2  0.6671   -0.01868 0.000 0.492 0.292 0.008 0.208
#> SRR1485416     1  0.4771    0.58952 0.712 0.000 0.060 0.224 0.004
#> SRR818821      3  0.4552    0.59359 0.000 0.032 0.780 0.056 0.132
#> SRR809963      1  0.1211    0.80618 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> SRR1072247     1  0.0324    0.80039 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1353710     1  0.5416    0.36482 0.632 0.000 0.080 0.284 0.004
#> SRR1445259     3  0.5826    0.46679 0.000 0.040 0.628 0.056 0.276
#> SRR1408393     1  0.3348    0.73626 0.860 0.000 0.020 0.080 0.040
#> SRR1361522     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0290    0.80092 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1309680     2  0.6127    0.22097 0.000 0.608 0.180 0.012 0.200
#> SRR1310542     3  0.5825    0.42276 0.000 0.076 0.632 0.028 0.264
#> SRR1333485     1  0.2286    0.77666 0.888 0.000 0.004 0.108 0.000
#> SRR1406437     3  0.5959   -0.00479 0.044 0.000 0.492 0.432 0.032
#> SRR1354931     3  0.5742    0.54768 0.000 0.028 0.680 0.148 0.144
#> SRR1391856     4  0.5458    0.46614 0.064 0.000 0.292 0.632 0.012
#> SRR1446738     3  0.8292    0.10902 0.012 0.096 0.400 0.244 0.248
#> SRR1309032     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     3  0.7232    0.00314 0.000 0.204 0.456 0.036 0.304
#> SRR1432611     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.6303    0.04206 0.000 0.524 0.280 0.000 0.196
#> SRR613150      3  0.4181    0.57123 0.016 0.000 0.796 0.136 0.052
#> SRR1375329     3  0.4777    0.58950 0.016 0.016 0.772 0.140 0.056
#> SRR1387921     1  0.1116    0.80451 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1466792     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.2289    0.79951 0.904 0.000 0.012 0.080 0.004
#> SRR812943      3  0.6273    0.48686 0.000 0.020 0.592 0.140 0.248
#> SRR1400910     3  0.5870    0.39279 0.000 0.048 0.568 0.032 0.352
#> SRR1444203     1  0.1628    0.80226 0.936 0.000 0.008 0.056 0.000
#> SRR816177      3  0.7190    0.06726 0.000 0.164 0.460 0.044 0.332
#> SRR658754      3  0.6032    0.41383 0.000 0.084 0.624 0.036 0.256
#> SRR1429603     4  0.6271    0.70370 0.240 0.000 0.180 0.572 0.008
#> SRR1397366     3  0.5822    0.25988 0.128 0.000 0.648 0.208 0.016
#> SRR1446028     1  0.3994    0.71175 0.772 0.000 0.040 0.188 0.000
#> SRR1083918     3  0.7150    0.02846 0.000 0.176 0.452 0.036 0.336
#> SRR1337606     4  0.4749    0.46706 0.040 0.000 0.252 0.700 0.008
#> SRR659109      3  0.4044    0.57887 0.000 0.028 0.804 0.028 0.140
#> SRR1337192     1  0.0566    0.80351 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR656946      3  0.6084    0.48864 0.000 0.024 0.612 0.108 0.256
#> SRR1476102     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0771    0.80572 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1342067     1  0.1831    0.78537 0.920 0.000 0.004 0.076 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.3219    0.77015 0.840 0.000 0.020 0.136 0.004
#> SRR614419      1  0.1799    0.78046 0.940 0.000 0.012 0.028 0.020
#> SRR1322936     4  0.6446    0.10315 0.040 0.000 0.416 0.472 0.072
#> SRR1349121     1  0.0451    0.80182 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1430549     1  0.3308    0.76239 0.832 0.000 0.020 0.144 0.004
#> SRR612935      3  0.7118    0.20558 0.000 0.144 0.472 0.048 0.336
#> SRR661481      2  0.0579    0.74646 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1354117     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.6113    0.46516 0.108 0.000 0.356 0.528 0.008
#> SRR1452164     1  0.1549    0.80633 0.944 0.000 0.016 0.040 0.000
#> SRR1070503     1  0.5389    0.59244 0.684 0.000 0.100 0.204 0.012
#> SRR1499894     3  0.5274    0.52131 0.000 0.056 0.712 0.040 0.192
#> SRR1082883     4  0.6447    0.51740 0.364 0.000 0.160 0.472 0.004
#> SRR1468271     1  0.4681    0.66108 0.728 0.000 0.064 0.204 0.004
#> SRR1332443     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.6809    0.09844 0.000 0.240 0.464 0.008 0.288
#> SRR1396294     4  0.6559    0.38340 0.128 0.000 0.420 0.436 0.016
#> SRR1419917     1  0.3921    0.73262 0.784 0.000 0.044 0.172 0.000
#> SRR662114      3  0.3573    0.54311 0.016 0.000 0.816 0.156 0.012
#> SRR1489199     1  0.4524    0.68512 0.736 0.000 0.052 0.208 0.004
#> SRR813584      3  0.7190    0.06726 0.000 0.164 0.460 0.044 0.332
#> SRR1069638     5  0.7930    0.55870 0.000 0.200 0.252 0.112 0.436
#> SRR614864      3  0.6964   -0.46520 0.272 0.000 0.412 0.308 0.008
#> SRR1433392     1  0.3835    0.73624 0.796 0.000 0.048 0.156 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.4943    0.60440 0.752 0.000 0.032 0.140 0.076
#> SRR1401252     1  0.1831    0.78261 0.920 0.000 0.004 0.076 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.3771    0.74245 0.804 0.000 0.036 0.156 0.004
#> SRR1418628     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.5147    0.45410 0.664 0.000 0.068 0.264 0.004
#> SRR1380393     1  0.1285    0.80531 0.956 0.000 0.004 0.036 0.004
#> SRR1319731     1  0.0324    0.80039 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1356468     4  0.6354    0.64508 0.316 0.000 0.148 0.528 0.008
#> SRR1337010     2  0.2522    0.62800 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR1486520     1  0.1365    0.80613 0.952 0.000 0.004 0.040 0.004
#> SRR1486538     1  0.6426   -0.03085 0.516 0.000 0.096 0.360 0.028
#> SRR1340486     1  0.0963    0.80500 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1377696     3  0.6850    0.11296 0.000 0.148 0.416 0.024 0.412
#> SRR1465459     1  0.5510    0.54502 0.664 0.000 0.112 0.216 0.008
#> SRR1080270     3  0.5825    0.42276 0.000 0.076 0.632 0.028 0.264
#> SRR1312501     3  0.4100    0.52263 0.028 0.000 0.784 0.172 0.016
#> SRR1093148     3  0.5428    0.36541 0.060 0.000 0.668 0.248 0.024
#> SRR1467080     3  0.6918   -0.12313 0.000 0.332 0.380 0.004 0.284
#> SRR1410866     2  0.0451    0.74856 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR816475      1  0.6064   -0.25137 0.460 0.000 0.120 0.420 0.000
#> SRR1379198     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.5364    0.51361 0.004 0.048 0.696 0.032 0.220
#> SRR1452246     2  0.3594    0.51002 0.000 0.804 0.004 0.020 0.172
#> SRR1338836     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.5397    0.57417 0.000 0.028 0.712 0.152 0.108
#> SRR813824      3  0.3543    0.56456 0.012 0.000 0.828 0.136 0.024
#> SRR1082376     1  0.4003    0.72447 0.780 0.000 0.036 0.180 0.004
#> SRR1500891     4  0.7763    0.61998 0.300 0.000 0.264 0.376 0.060
#> SRR807543      1  0.5241    0.61530 0.696 0.000 0.088 0.204 0.012
#> SRR1091572     4  0.6312    0.02858 0.020 0.000 0.408 0.480 0.092
#> SRR1346689     4  0.7410    0.50463 0.172 0.000 0.336 0.436 0.056
#> SRR1332424     1  0.4729    0.64172 0.708 0.000 0.052 0.236 0.004
#> SRR663729      1  0.0290    0.79877 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1097013     1  0.4186    0.71438 0.768 0.000 0.044 0.184 0.004
#> SRR613675      4  0.6446    0.10315 0.040 0.000 0.416 0.472 0.072
#> SRR1485357     4  0.6140    0.51316 0.388 0.000 0.116 0.492 0.004
#> SRR655816      1  0.5398    0.56734 0.724 0.000 0.048 0.140 0.088
#> SRR1500113     1  0.4681    0.66126 0.728 0.000 0.064 0.204 0.004
#> SRR1437622     3  0.7681    0.36298 0.024 0.064 0.504 0.136 0.272
#> SRR1355172     1  0.0703    0.80409 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR655531      1  0.1799    0.78046 0.940 0.000 0.012 0.028 0.020
#> SRR1338147     3  0.3907    0.60404 0.004 0.012 0.824 0.108 0.052
#> SRR1413329     3  0.7159   -0.32341 0.244 0.000 0.464 0.264 0.028
#> SRR1485931     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0963    0.80606 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1333308     4  0.6262    0.69285 0.280 0.000 0.168 0.548 0.004
#> SRR1452033     1  0.3730    0.75046 0.808 0.000 0.036 0.152 0.004
#> SRR1467316     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.2673    0.60306 0.000 0.008 0.892 0.028 0.072
#> SRR1375351     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      1  0.5588    0.56226 0.704 0.000 0.052 0.164 0.080
#> SRR1471755     3  0.8098   -0.47771 0.000 0.284 0.324 0.092 0.300
#> SRR808019      1  0.0609    0.80316 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1479133     3  0.6496    0.19920 0.144 0.000 0.620 0.180 0.056
#> SRR615069      3  0.5364    0.51361 0.004 0.048 0.696 0.032 0.220
#> SRR1456185     2  0.5641    0.36620 0.000 0.684 0.124 0.024 0.168
#> SRR1350069     4  0.6686    0.69197 0.236 0.000 0.236 0.516 0.012
#> SRR816316      1  0.2300    0.79855 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR664795      1  0.0324    0.79795 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1490721     1  0.5590    0.27057 0.592 0.000 0.080 0.324 0.004
#> SRR810643      1  0.3110    0.77717 0.856 0.000 0.028 0.112 0.004
#> SRR1430333     1  0.6600    0.36076 0.596 0.000 0.100 0.236 0.068
#> SRR1085285     3  0.3754    0.56581 0.016 0.000 0.824 0.124 0.036
#> SRR1099072     3  0.5822    0.25988 0.128 0.000 0.648 0.208 0.016
#> SRR1317985     1  0.1549    0.80633 0.944 0.000 0.016 0.040 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.4294    0.56021 0.000 0.788 0.092 0.008 0.112
#> SRR1351347     3  0.5190    0.39040 0.028 0.000 0.656 0.288 0.028
#> SRR1405525     1  0.5916    0.50510 0.632 0.000 0.124 0.228 0.016
#> SRR1370329     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0162    0.79967 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1476525     2  0.1471    0.72768 0.000 0.952 0.024 0.004 0.020
#> SRR819610      3  0.7345    0.34224 0.008 0.076 0.504 0.108 0.304
#> SRR2157314     1  0.4778    0.62174 0.764 0.000 0.028 0.132 0.076
#> SRR1409465     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.6358    0.69658 0.276 0.000 0.168 0.548 0.008
#> SRR613639      1  0.6972    0.15984 0.540 0.000 0.224 0.192 0.044
#> SRR1402285     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.1408    0.80664 0.948 0.000 0.008 0.044 0.000
#> SRR1405660     3  0.2104    0.61129 0.000 0.000 0.916 0.060 0.024
#> SRR1095455     3  0.5905    0.46729 0.000 0.040 0.620 0.060 0.280
#> SRR1394734     3  0.7150    0.02846 0.000 0.176 0.452 0.036 0.336
#> SRR1317771     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.4749    0.46706 0.040 0.000 0.252 0.700 0.008
#> SRR1073581     1  0.1430    0.80688 0.944 0.000 0.004 0.052 0.000
#> SRR659804      1  0.4041    0.72300 0.780 0.000 0.040 0.176 0.004
#> SRR1345914     2  0.5761    0.26061 0.000 0.620 0.184 0.000 0.196
#> SRR1432186     2  0.4444    0.56215 0.000 0.788 0.104 0.020 0.088
#> SRR1473529     3  0.6830    0.09152 0.000 0.188 0.420 0.012 0.380
#> SRR660764      3  0.7198   -0.11864 0.000 0.316 0.372 0.016 0.296
#> SRR820448      1  0.2300    0.79855 0.904 0.000 0.024 0.072 0.000
#> SRR1328845     4  0.6529    0.37441 0.124 0.000 0.424 0.436 0.016
#> SRR1336415     1  0.4441    0.58297 0.720 0.000 0.044 0.236 0.000
#> SRR1379065     1  0.0404    0.79900 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1459190     3  0.4162    0.55447 0.024 0.000 0.796 0.144 0.036
#> SRR1346773     1  0.4649    0.66549 0.732 0.000 0.064 0.200 0.004
#> SRR1499521     1  0.0671    0.80289 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1440898     2  0.1095    0.73914 0.000 0.968 0.012 0.008 0.012
#> SRR1347459     3  0.6032    0.41383 0.000 0.084 0.624 0.036 0.256
#> SRR1081209     2  0.0968    0.74053 0.000 0.972 0.012 0.004 0.012
#> SRR1400202     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.6678    0.59622 0.348 0.000 0.144 0.488 0.020
#> SRR1309248     3  0.6754    0.26800 0.000 0.108 0.488 0.040 0.364
#> SRR809161      1  0.7148    0.21942 0.568 0.000 0.140 0.180 0.112
#> SRR1316320     3  0.6795    0.24624 0.012 0.012 0.480 0.364 0.132
#> SRR1432629     2  0.7142   -0.19357 0.000 0.448 0.292 0.024 0.236
#> SRR1498931     1  0.1662    0.80542 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004
#> SRR1416578     1  0.0703    0.80298 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1405547     3  0.2930    0.60853 0.000 0.012 0.880 0.032 0.076
#> SRR1470534     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.2866    0.78469 0.872 0.000 0.024 0.100 0.004
#> SRR1309160     3  0.2300    0.60922 0.000 0.000 0.904 0.072 0.024
#> SRR663489      3  0.3241    0.59387 0.000 0.012 0.856 0.028 0.104
#> SRR1500450     1  0.0404    0.80184 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1078489     4  0.6265    0.03953 0.020 0.000 0.404 0.488 0.088
#> SRR1332648     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.5902    0.17306 0.000 0.600 0.208 0.000 0.192
#> SRR1470420     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0451    0.80141 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1477949     1  0.1901    0.80497 0.928 0.000 0.012 0.056 0.004
#> SRR1481419     2  0.4023    0.60061 0.000 0.816 0.092 0.016 0.076
#> SRR1464766     1  0.3219    0.77085 0.840 0.000 0.020 0.136 0.004
#> SRR615946      3  0.6676    0.35546 0.000 0.076 0.580 0.088 0.256
#> SRR1446481     2  0.3849    0.62439 0.000 0.832 0.060 0.024 0.084
#> SRR1467656     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.2166    0.80021 0.912 0.000 0.012 0.072 0.004
#> SRR660224      3  0.7247    0.16142 0.000 0.148 0.436 0.052 0.364
#> SRR665586      1  0.0162    0.79847 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1347166     1  0.5654    0.47027 0.620 0.000 0.080 0.288 0.012
#> SRR1485722     1  0.6793   -0.21519 0.448 0.000 0.212 0.332 0.008
#> SRR1415316     1  0.0290    0.80092 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR613390      1  0.4003    0.72349 0.780 0.000 0.036 0.180 0.004
#> SRR661108      3  0.2720    0.59111 0.004 0.000 0.880 0.096 0.020
#> SRR2170173     1  0.4901    0.61029 0.756 0.000 0.032 0.136 0.076
#> SRR817329      1  0.2100    0.80381 0.924 0.000 0.016 0.048 0.012
#> SRR1401990     1  0.5678   -0.05122 0.524 0.000 0.084 0.392 0.000
#> SRR1467745     5  0.8052    0.45745 0.000 0.284 0.284 0.088 0.344
#> SRR1471795     2  0.5377    0.44991 0.000 0.716 0.124 0.028 0.132
#> SRR1415637     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.2027    0.80316 0.928 0.000 0.024 0.040 0.008
#> SRR1314873     1  0.0798    0.80518 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1401211     1  0.0671    0.80289 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1419692     5  0.6869    0.68005 0.000 0.324 0.044 0.124 0.508
#> SRR818797      1  0.4973    0.65387 0.724 0.000 0.080 0.184 0.012
#> SRR2164608     1  0.4901    0.61029 0.756 0.000 0.032 0.136 0.076
#> SRR1455586     2  0.3401    0.63745 0.000 0.852 0.072 0.008 0.068
#> SRR819459      3  0.5550    0.45957 0.000 0.068 0.668 0.028 0.236
#> SRR1488939     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.5165    0.61539 0.696 0.000 0.088 0.208 0.008
#> SRR1361652     3  0.6793    0.12239 0.000 0.164 0.424 0.016 0.396
#> SRR1437119     1  0.3308    0.76239 0.832 0.000 0.020 0.144 0.004
#> SRR1478547     3  0.2757    0.60409 0.000 0.008 0.888 0.032 0.072
#> SRR1430910     3  0.7101    0.29003 0.000 0.124 0.504 0.064 0.308
#> SRR1310584     1  0.0451    0.80176 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1500216     4  0.6461    0.64025 0.300 0.000 0.156 0.532 0.012
#> SRR1486762     5  0.6811    0.58416 0.000 0.408 0.048 0.096 0.448
#> SRR1480854     1  0.0510    0.79838 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1489394     1  0.1892    0.78528 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR1418085     1  0.0162    0.79968 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1340221     1  0.1628    0.80226 0.936 0.000 0.008 0.056 0.000
#> SRR1473058     3  0.5839    0.05345 0.012 0.008 0.472 0.464 0.044
#> SRR1405165     3  0.3396    0.58360 0.008 0.000 0.844 0.112 0.036
#> SRR1433004     1  0.4251    0.69822 0.756 0.000 0.040 0.200 0.004
#> SRR1471477     1  0.4588    0.66903 0.732 0.000 0.056 0.208 0.004
#> SRR1098567     2  0.6399    0.05106 0.000 0.528 0.280 0.004 0.188
#> SRR1098712     3  0.7006    0.36842 0.000 0.060 0.556 0.176 0.208
#> SRR1455038     1  0.4078    0.71983 0.776 0.000 0.040 0.180 0.004
#> SRR1375248     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.7588    0.19395 0.152 0.000 0.504 0.224 0.120
#> SRR1348378     2  0.7756   -0.44748 0.000 0.344 0.328 0.056 0.272
#> SRR1413541     1  0.3350    0.77188 0.844 0.000 0.040 0.112 0.004
#> SRR1392943     1  0.0510    0.80238 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1475192     5  0.6787    0.67827 0.000 0.344 0.040 0.116 0.500
#> SRR1432085     2  0.6615    0.01725 0.000 0.508 0.276 0.008 0.208
#> SRR1452468     1  0.5571    0.49865 0.632 0.000 0.088 0.272 0.008
#> SRR1347060     3  0.5825    0.42276 0.000 0.076 0.632 0.028 0.264
#> SRR1414139     3  0.6958    0.10672 0.000 0.232 0.464 0.016 0.288
#> SRR1447962     2  0.6834   -0.12522 0.000 0.416 0.328 0.004 0.252
#> SRR1444324     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.2951    0.77785 0.860 0.000 0.028 0.112 0.000
#> SRR1413436     1  0.0290    0.80092 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311266     1  0.4524    0.68512 0.736 0.000 0.052 0.208 0.004
#> SRR1343302     1  0.4313    0.59798 0.732 0.000 0.040 0.228 0.000
#> SRR1373746     1  0.3308    0.76239 0.832 0.000 0.020 0.144 0.004
#> SRR1429678     1  0.0324    0.80071 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1469413     2  0.6834   -0.12522 0.000 0.416 0.328 0.004 0.252
#> SRR1405331     3  0.4178    0.56011 0.016 0.000 0.788 0.156 0.040
#> SRR1345609     1  0.0000    0.79818 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     3  0.6881   -0.20269 0.148 0.000 0.492 0.328 0.032
#> SRR1322840     1  0.1892    0.78306 0.916 0.000 0.004 0.080 0.000
#> SRR1399797     3  0.4491    0.58479 0.000 0.024 0.776 0.052 0.148
#> SRR1416654     3  0.2139    0.61464 0.000 0.000 0.916 0.052 0.032
#> SRR1315081     2  0.4687    0.51324 0.000 0.756 0.116 0.008 0.120
#> SRR1369196     3  0.6485    0.34225 0.000 0.140 0.584 0.032 0.244
#> SRR1400847     1  0.1365    0.80613 0.952 0.000 0.004 0.040 0.004
#> SRR1365291     1  0.5834    0.49192 0.640 0.000 0.136 0.212 0.012
#> SRR1367920     4  0.7069    0.70270 0.260 0.000 0.180 0.516 0.044
#> SRR1366648     3  0.2569    0.60241 0.000 0.016 0.896 0.012 0.076
#> SRR1441679     2  0.0000    0.75191 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.3768    0.54704 0.016 0.000 0.808 0.156 0.020
#> SRR1363968     1  0.0955    0.80530 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR814387      1  0.0162    0.79967 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR657599      1  0.0404    0.80218 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1386689     1  0.4441    0.58297 0.720 0.000 0.044 0.236 0.000
#> SRR1395575     3  0.5059    0.46444 0.060 0.000 0.720 0.196 0.024
#> SRR1453811     3  0.6824   -0.35641 0.340 0.000 0.452 0.196 0.012
#> SRR1441159     1  0.4555    0.67416 0.732 0.000 0.052 0.212 0.004
#> SRR1403154     1  0.1809    0.80020 0.928 0.000 0.012 0.060 0.000
#> SRR1468722     3  0.6198    0.29249 0.120 0.000 0.652 0.172 0.056
#> SRR1310275     3  0.4015    0.52804 0.024 0.000 0.788 0.172 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.1124   0.774355 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1331708     4  0.6651   0.087121 0.036 0.000 0.360 0.476 0.072 0.056
#> SRR1464258     1  0.5033   0.582648 0.644 0.000 0.064 0.268 0.024 0.000
#> SRR1454201     3  0.6569   0.413967 0.104 0.000 0.600 0.156 0.112 0.028
#> SRR661589      3  0.5129   0.435770 0.100 0.000 0.700 0.164 0.024 0.012
#> SRR1456229     1  0.4796   0.597940 0.652 0.000 0.048 0.280 0.020 0.000
#> SRR1315165     4  0.5106   0.673437 0.236 0.000 0.116 0.640 0.008 0.000
#> SRR1488960     1  0.1719   0.777971 0.928 0.000 0.008 0.056 0.008 0.000
#> SRR1417809     1  0.2101   0.767658 0.892 0.000 0.004 0.100 0.004 0.000
#> SRR1094457     1  0.0622   0.766789 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1095575     3  0.4303   0.531435 0.008 0.000 0.760 0.136 0.088 0.008
#> SRR1315931     1  0.0891   0.772665 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1430066     3  0.3101   0.491057 0.000 0.004 0.848 0.008 0.104 0.036
#> SRR1431037     3  0.3181   0.538558 0.000 0.000 0.852 0.044 0.028 0.076
#> SRR1395554     3  0.5928   0.218096 0.000 0.016 0.588 0.012 0.216 0.168
#> SRR818002      2  0.5458   0.545651 0.000 0.672 0.068 0.000 0.148 0.112
#> SRR1344143     5  0.4938   0.578754 0.000 0.072 0.232 0.012 0.676 0.008
#> SRR1486845     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1362866     1  0.5717   0.365424 0.540 0.000 0.096 0.336 0.028 0.000
#> SRR1490740     1  0.1888   0.777520 0.916 0.000 0.012 0.068 0.004 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0458   0.820802 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1416248     1  0.0935   0.774175 0.964 0.000 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1383907     4  0.5105   0.438773 0.352 0.000 0.080 0.564 0.004 0.000
#> SRR1311018     1  0.3942   0.697631 0.752 0.000 0.024 0.204 0.020 0.000
#> SRR1375699     2  0.5847   0.464531 0.000 0.632 0.076 0.000 0.148 0.144
#> SRR1429846     1  0.5392   0.543345 0.620 0.000 0.084 0.264 0.032 0.000
#> SRR613550      1  0.7210  -0.241952 0.380 0.000 0.284 0.256 0.076 0.004
#> SRR1348402     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345146     3  0.4257   0.521302 0.000 0.004 0.760 0.128 0.100 0.008
#> SRR1324025     3  0.3440   0.547000 0.004 0.000 0.840 0.060 0.024 0.072
#> SRR1318879     3  0.4389   0.529730 0.008 0.000 0.752 0.140 0.092 0.008
#> SRR820755      1  0.4601   0.678817 0.712 0.000 0.032 0.208 0.048 0.000
#> SRR1485830     4  0.4704   0.690801 0.156 0.000 0.132 0.704 0.008 0.000
#> SRR599313      4  0.5549   0.668321 0.160 0.000 0.132 0.660 0.044 0.004
#> SRR612263      1  0.2455   0.773688 0.888 0.000 0.016 0.080 0.016 0.000
#> SRR1415398     3  0.7288  -0.324411 0.340 0.000 0.356 0.204 0.096 0.004
#> SRR1326205     4  0.7073   0.407635 0.108 0.000 0.320 0.464 0.076 0.032
#> SRR1421327     1  0.0972   0.764393 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1083311     3  0.2443   0.511491 0.000 0.000 0.880 0.020 0.096 0.004
#> SRR1499303     4  0.6228   0.617673 0.172 0.000 0.240 0.552 0.024 0.012
#> SRR1079522     4  0.5498   0.688637 0.224 0.000 0.108 0.632 0.036 0.000
#> SRR1452935     3  0.3821   0.522226 0.000 0.000 0.804 0.060 0.108 0.028
#> SRR1379495     1  0.0972   0.773058 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.3196   0.549295 0.004 0.000 0.848 0.096 0.016 0.036
#> SRR615778      1  0.5519   0.286035 0.512 0.000 0.072 0.392 0.024 0.000
#> SRR1447564     1  0.1781   0.778149 0.924 0.000 0.008 0.060 0.008 0.000
#> SRR1455195     1  0.1333   0.777074 0.944 0.000 0.000 0.048 0.008 0.000
#> SRR655182      3  0.6949   0.208148 0.020 0.004 0.536 0.080 0.220 0.140
#> SRR1335140     5  0.6059   0.241106 0.000 0.000 0.360 0.176 0.452 0.012
#> SRR1433555     3  0.1528   0.528781 0.000 0.000 0.936 0.016 0.048 0.000
#> SRR1308650     6  0.7503   0.214526 0.000 0.260 0.220 0.000 0.160 0.360
#> SRR1388354     1  0.1882   0.777584 0.920 0.000 0.012 0.060 0.008 0.000
#> SRR1317446     5  0.6022   0.468281 0.000 0.232 0.244 0.000 0.512 0.012
#> SRR1413602     3  0.2794   0.476757 0.000 0.000 0.840 0.012 0.144 0.004
#> SRR1479955     2  0.0146   0.823672 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809853      1  0.6441  -0.064566 0.424 0.000 0.172 0.368 0.036 0.000
#> SRR661313      3  0.3533   0.544666 0.004 0.000 0.836 0.048 0.036 0.076
#> SRR1499935     4  0.5522   0.702692 0.220 0.000 0.148 0.616 0.012 0.004
#> SRR1447303     3  0.2015   0.528749 0.000 0.000 0.916 0.016 0.056 0.012
#> SRR1429408     4  0.6376   0.067270 0.032 0.000 0.376 0.480 0.032 0.080
#> SRR1433950     1  0.3926   0.718934 0.768 0.000 0.040 0.176 0.016 0.000
#> SRR1362081     2  0.0146   0.823408 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409854     1  0.5936   0.415082 0.556 0.000 0.116 0.288 0.040 0.000
#> SRR1435229     3  0.6706   0.003134 0.000 0.008 0.488 0.048 0.268 0.188
#> SRR1085996     1  0.4737   0.604512 0.656 0.000 0.044 0.280 0.020 0.000
#> SRR1414229     6  0.3522   0.482584 0.000 0.024 0.072 0.000 0.076 0.828
#> SRR1400974     3  0.3013   0.464273 0.000 0.004 0.828 0.012 0.152 0.004
#> SRR1399971     1  0.6075   0.153741 0.476 0.000 0.104 0.384 0.032 0.004
#> SRR613927      1  0.4928   0.642654 0.712 0.000 0.088 0.156 0.044 0.000
#> SRR1457854     1  0.3082   0.750606 0.828 0.000 0.020 0.144 0.008 0.000
#> SRR1473714     4  0.5549   0.668321 0.160 0.000 0.132 0.660 0.044 0.004
#> SRR813776      1  0.4601   0.678817 0.712 0.000 0.032 0.208 0.048 0.000
#> SRR808196      4  0.4925   0.317653 0.424 0.000 0.064 0.512 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.5141   0.459310 0.344 0.000 0.076 0.572 0.008 0.000
#> SRR614395      1  0.1624   0.778351 0.936 0.000 0.008 0.044 0.012 0.000
#> SRR1478251     1  0.0520   0.765070 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1370551     2  0.0146   0.823408 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362310     1  0.2568   0.768619 0.876 0.000 0.012 0.096 0.016 0.000
#> SRR665310      3  0.7189  -0.274101 0.340 0.000 0.388 0.164 0.104 0.004
#> SRR1420109     3  0.4993   0.476471 0.000 0.004 0.728 0.080 0.116 0.072
#> SRR1330920     1  0.6199   0.330427 0.528 0.000 0.136 0.296 0.036 0.004
#> SRR1419539     3  0.6651   0.229695 0.000 0.008 0.516 0.096 0.100 0.280
#> SRR1359447     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.5296   0.689585 0.192 0.000 0.108 0.668 0.028 0.004
#> SRR613915      1  0.2988   0.751329 0.860 0.000 0.016 0.080 0.044 0.000
#> SRR1384395     2  0.3072   0.745730 0.000 0.856 0.024 0.000 0.084 0.036
#> SRR821715      1  0.5265   0.611129 0.680 0.000 0.088 0.176 0.056 0.000
#> SRR1478228     1  0.3586   0.731187 0.796 0.000 0.024 0.160 0.020 0.000
#> SRR1445637     1  0.4720   0.649854 0.692 0.000 0.052 0.228 0.028 0.000
#> SRR608150      4  0.5934   0.579866 0.284 0.000 0.160 0.536 0.020 0.000
#> SRR1096383     1  0.1124   0.774733 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1341480     1  0.4891   0.327459 0.576 0.000 0.060 0.360 0.004 0.000
#> SRR1341344     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1326270     3  0.5045   0.454141 0.104 0.000 0.700 0.168 0.016 0.012
#> SRR1498838     3  0.1642   0.540075 0.000 0.000 0.936 0.032 0.028 0.004
#> SRR1416313     3  0.3695   0.528210 0.000 0.000 0.820 0.044 0.052 0.084
#> SRR808566      4  0.5298   0.464848 0.348 0.000 0.100 0.548 0.004 0.000
#> SRR1430270     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1367825     3  0.3232   0.464633 0.000 0.004 0.824 0.004 0.140 0.028
#> SRR613533      3  0.4744   0.359439 0.000 0.012 0.700 0.032 0.228 0.028
#> SRR661267      1  0.1124   0.774733 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR810665      2  0.1332   0.808563 0.000 0.952 0.008 0.000 0.028 0.012
#> SRR1407250     4  0.6683   0.356273 0.344 0.000 0.236 0.388 0.028 0.004
#> SRR1420067     1  0.3310   0.750496 0.824 0.000 0.028 0.132 0.016 0.000
#> SRR1473632     3  0.7028  -0.186636 0.000 0.008 0.388 0.048 0.244 0.312
#> SRR812536      1  0.6007   0.484949 0.640 0.000 0.064 0.156 0.124 0.016
#> SRR1370850     2  0.5739   0.382460 0.000 0.580 0.084 0.000 0.288 0.048
#> SRR1486195     2  0.0665   0.820087 0.000 0.980 0.004 0.000 0.008 0.008
#> SRR1407671     3  0.6866   0.273406 0.012 0.004 0.432 0.368 0.128 0.056
#> SRR1446375     3  0.6496   0.117265 0.000 0.012 0.536 0.052 0.264 0.136
#> SRR1465230     1  0.2968   0.720770 0.816 0.000 0.016 0.168 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.5158   0.534077 0.616 0.000 0.064 0.296 0.024 0.000
#> SRR1356101     2  0.0964   0.814329 0.000 0.968 0.012 0.000 0.004 0.016
#> SRR1404209     1  0.1728   0.779577 0.924 0.000 0.004 0.064 0.008 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0993   0.767489 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024 0.000
#> SRR660510      3  0.2320   0.521290 0.000 0.000 0.892 0.024 0.080 0.004
#> SRR1445655     1  0.2118   0.746421 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR658953      1  0.5716   0.530018 0.660 0.000 0.044 0.164 0.116 0.016
#> SRR2166459     1  0.5342   0.569691 0.700 0.000 0.040 0.132 0.112 0.016
#> SRR1070713     3  0.7845  -0.320148 0.000 0.092 0.356 0.064 0.140 0.348
#> SRR1485312     3  0.4205   0.527488 0.048 0.000 0.780 0.136 0.024 0.012
#> SRR1317631     1  0.3673   0.620126 0.736 0.000 0.016 0.244 0.004 0.000
#> SRR1488610     1  0.5032   0.559937 0.620 0.000 0.052 0.304 0.024 0.000
#> SRR1330588     3  0.3778   0.544994 0.020 0.000 0.808 0.128 0.012 0.032
#> SRR1316367     3  0.7553   0.208967 0.040 0.004 0.492 0.112 0.200 0.152
#> SRR1433926     1  0.6075   0.153741 0.476 0.000 0.104 0.384 0.032 0.004
#> SRR1091302     1  0.4593   0.278292 0.576 0.000 0.044 0.380 0.000 0.000
#> SRR818263      1  0.4378   0.670221 0.724 0.000 0.048 0.208 0.020 0.000
#> SRR1404909     4  0.5323   0.700206 0.204 0.000 0.124 0.648 0.024 0.000
#> SRR663076      1  0.1493   0.776054 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR1323577     2  0.5583   0.538690 0.000 0.660 0.076 0.000 0.156 0.108
#> SRR1442422     1  0.0520   0.765070 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1465893     1  0.3578   0.732653 0.796 0.000 0.028 0.160 0.016 0.000
#> SRR654862      1  0.5883   0.409771 0.552 0.000 0.112 0.300 0.036 0.000
#> SRR1407112     1  0.4186   0.477265 0.656 0.000 0.032 0.312 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.5790   0.300363 0.140 0.000 0.628 0.192 0.028 0.012
#> SRR1353199     3  0.5010   0.369201 0.004 0.000 0.684 0.100 0.196 0.016
#> SRR1378885     1  0.4956   0.622894 0.668 0.000 0.064 0.240 0.028 0.000
#> SRR665357      2  0.5266   0.170614 0.000 0.544 0.112 0.000 0.344 0.000
#> SRR662186      2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.5224   0.433288 0.108 0.000 0.700 0.148 0.032 0.012
#> SRR1347819     3  0.3767   0.491834 0.000 0.000 0.800 0.012 0.104 0.084
#> SRR1480813     2  0.0405   0.822649 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1472576     5  0.7165   0.388840 0.012 0.016 0.312 0.076 0.468 0.116
#> SRR1431781     4  0.4728   0.631055 0.256 0.000 0.092 0.652 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.7147  -0.104014 0.256 0.000 0.464 0.164 0.108 0.008
#> SRR1500472     3  0.5220  -0.289205 0.000 0.012 0.480 0.036 0.460 0.012
#> SRR1417632     5  0.4800   0.556284 0.000 0.032 0.248 0.020 0.684 0.016
#> SRR1350153     2  0.1148   0.811762 0.000 0.960 0.016 0.000 0.020 0.004
#> SRR1458113     3  0.5302   0.382799 0.000 0.012 0.680 0.020 0.160 0.128
#> SRR1326579     1  0.5371   0.435214 0.564 0.000 0.068 0.344 0.024 0.000
#> SRR1349363     2  0.0146   0.823672 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1096712     3  0.4532   0.399864 0.000 0.000 0.720 0.008 0.164 0.108
#> SRR1090407     3  0.6302   0.209040 0.164 0.000 0.596 0.156 0.076 0.008
#> SRR1083752     3  0.8277  -0.250346 0.000 0.104 0.360 0.092 0.180 0.264
#> SRR1377599     4  0.5776   0.686660 0.152 0.000 0.120 0.660 0.052 0.016
#> SRR1488449     3  0.7147  -0.104014 0.256 0.000 0.464 0.164 0.108 0.008
#> SRR1318354     5  0.5530   0.512227 0.000 0.216 0.224 0.000 0.560 0.000
#> SRR1359062     2  0.6271  -0.090792 0.000 0.468 0.188 0.000 0.320 0.024
#> SRR1398924     5  0.5758   0.471750 0.000 0.012 0.348 0.008 0.528 0.104
#> SRR663783      5  0.5143   0.529582 0.000 0.032 0.368 0.028 0.568 0.004
#> SRR1319204     3  0.5957  -0.155013 0.000 0.032 0.496 0.004 0.376 0.092
#> SRR1369070     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.2555   0.769691 0.876 0.000 0.020 0.096 0.008 0.000
#> SRR1337449     2  0.3562   0.728173 0.000 0.828 0.032 0.000 0.076 0.064
#> SRR1316982     2  0.0603   0.818512 0.000 0.980 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1498595     5  0.5068   0.567461 0.000 0.056 0.236 0.008 0.672 0.028
#> SRR1377423     3  0.5330   0.263507 0.000 0.000 0.620 0.112 0.252 0.016
#> SRR1312310     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.4281   0.656509 0.708 0.000 0.028 0.244 0.020 0.000
#> SRR1338426     3  0.4371   0.451883 0.000 0.008 0.744 0.032 0.188 0.028
#> SRR1353309     3  0.4309   0.497146 0.004 0.000 0.712 0.236 0.040 0.008
#> SRR658941      3  0.6651   0.229695 0.000 0.008 0.516 0.096 0.100 0.280
#> SRR1101643     1  0.0508   0.768730 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1401468     1  0.4761   0.561064 0.632 0.000 0.032 0.312 0.024 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.5642   0.532145 0.332 0.000 0.104 0.544 0.020 0.000
#> SRR1363858     4  0.5549   0.668321 0.160 0.000 0.132 0.660 0.044 0.004
#> SRR819820      3  0.1926   0.549150 0.000 0.000 0.912 0.068 0.020 0.000
#> SRR1337342     1  0.4442   0.645134 0.696 0.000 0.036 0.248 0.020 0.000
#> SRR655206      3  0.5963   0.355439 0.000 0.012 0.612 0.160 0.184 0.032
#> SRR1387013     6  0.7626   0.083702 0.000 0.112 0.340 0.028 0.152 0.368
#> SRR1317410     1  0.3586   0.731187 0.796 0.000 0.024 0.160 0.020 0.000
#> SRR608198      4  0.5891   0.558649 0.296 0.000 0.148 0.536 0.020 0.000
#> SRR1440161     2  0.0146   0.823408 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343741     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0146   0.823968 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415379     1  0.1049   0.768350 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008 0.000
#> SRR1099622     2  0.7481  -0.427979 0.000 0.332 0.212 0.000 0.308 0.148
#> SRR663197      3  0.4689   0.427969 0.000 0.012 0.736 0.012 0.128 0.112
#> SRR1394836     3  0.6178   0.204049 0.008 0.000 0.464 0.400 0.044 0.084
#> SRR661699      1  0.7164  -0.118408 0.436 0.000 0.092 0.320 0.136 0.016
#> SRR813680      1  0.2825   0.755948 0.844 0.000 0.012 0.136 0.008 0.000
#> SRR1410678     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1378109     1  0.0405   0.763414 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1499174     4  0.7424   0.408781 0.332 0.000 0.232 0.356 0.040 0.040
#> SRR1311486     2  0.3880   0.708163 0.000 0.804 0.032 0.000 0.088 0.076
#> SRR1382851     3  0.6154   0.136985 0.008 0.000 0.440 0.428 0.044 0.080
#> SRR1433410     1  0.5172   0.451778 0.572 0.000 0.056 0.352 0.020 0.000
#> SRR661167      3  0.6912   0.298569 0.128 0.000 0.552 0.152 0.148 0.020
#> SRR1432518     3  0.1672   0.528535 0.000 0.000 0.932 0.016 0.048 0.004
#> SRR660462      3  0.5591   0.129164 0.000 0.000 0.556 0.112 0.316 0.016
#> SRR1374608     1  0.3187   0.686475 0.796 0.000 0.012 0.188 0.004 0.000
#> SRR657949      1  0.3000   0.750688 0.860 0.000 0.016 0.076 0.048 0.000
#> SRR1308882     1  0.1757   0.747690 0.916 0.000 0.000 0.076 0.008 0.000
#> SRR655768      1  0.5910   0.366500 0.544 0.000 0.132 0.296 0.028 0.000
#> SRR1485870     4  0.4673   0.672078 0.132 0.000 0.132 0.720 0.016 0.000
#> SRR1444138     3  0.6747  -0.046447 0.000 0.008 0.472 0.044 0.272 0.204
#> SRR1417342     1  0.1219   0.773291 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR1470193     4  0.7073   0.407489 0.108 0.000 0.320 0.464 0.076 0.032
#> SRR1091380     3  0.1926   0.549150 0.000 0.000 0.912 0.068 0.020 0.000
#> SRR1099096     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1313583     1  0.3457   0.743637 0.800 0.000 0.016 0.164 0.020 0.000
#> SRR1467102     2  0.6669  -0.207887 0.000 0.428 0.184 0.000 0.336 0.052
#> SRR1485416     1  0.4864   0.459269 0.624 0.000 0.056 0.308 0.012 0.000
#> SRR818821      3  0.4744   0.359439 0.000 0.012 0.700 0.032 0.228 0.028
#> SRR809963      1  0.1624   0.778351 0.936 0.000 0.008 0.044 0.012 0.000
#> SRR1072247     1  0.0806   0.771279 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR1353710     1  0.5160   0.199177 0.560 0.000 0.052 0.368 0.020 0.000
#> SRR1445259     3  0.5161  -0.297126 0.000 0.012 0.484 0.032 0.460 0.012
#> SRR1408393     1  0.4078   0.700162 0.800 0.000 0.032 0.088 0.072 0.008
#> SRR1361522     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1368597     1  0.0508   0.768730 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1309680     2  0.6137   0.337553 0.000 0.560 0.088 0.000 0.268 0.084
#> SRR1310542     3  0.6314   0.050274 0.000 0.032 0.528 0.004 0.240 0.196
#> SRR1333485     1  0.2445   0.739694 0.868 0.000 0.008 0.120 0.004 0.000
#> SRR1406437     3  0.5818   0.178227 0.028 0.000 0.492 0.408 0.056 0.016
#> SRR1354931     3  0.5277   0.432032 0.000 0.000 0.664 0.064 0.060 0.212
#> SRR1391856     4  0.5316   0.340749 0.024 0.000 0.280 0.628 0.056 0.012
#> SRR1446738     3  0.7925  -0.091839 0.008 0.020 0.348 0.180 0.128 0.316
#> SRR1309032     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     5  0.7254   0.285739 0.000 0.104 0.332 0.000 0.348 0.216
#> SRR1432611     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.6271  -0.090792 0.000 0.468 0.188 0.000 0.320 0.024
#> SRR613150      3  0.3576   0.548029 0.008 0.000 0.824 0.084 0.076 0.008
#> SRR1375329     3  0.4180   0.525773 0.004 0.004 0.776 0.116 0.092 0.008
#> SRR1387921     1  0.1429   0.775875 0.940 0.000 0.004 0.052 0.004 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.2547   0.767044 0.868 0.000 0.016 0.112 0.004 0.000
#> SRR812943      3  0.6836   0.097449 0.000 0.008 0.508 0.084 0.244 0.156
#> SRR1400910     5  0.5834   0.453879 0.000 0.012 0.380 0.012 0.500 0.096
#> SRR1444203     1  0.2146   0.766219 0.880 0.000 0.000 0.116 0.004 0.000
#> SRR816177      3  0.7332  -0.470485 0.000 0.072 0.348 0.012 0.340 0.228
#> SRR658754      3  0.6503   0.012517 0.000 0.036 0.512 0.008 0.252 0.192
#> SRR1429603     4  0.5345   0.682583 0.172 0.000 0.128 0.668 0.028 0.004
#> SRR1397366     3  0.5051   0.449240 0.092 0.000 0.704 0.168 0.028 0.008
#> SRR1446028     1  0.4383   0.637058 0.696 0.000 0.036 0.252 0.016 0.000
#> SRR1083918     5  0.7113   0.281533 0.000 0.080 0.328 0.000 0.360 0.232
#> SRR1337606     4  0.4287   0.393000 0.008 0.000 0.216 0.728 0.040 0.008
#> SRR659109      3  0.4532   0.399864 0.000 0.000 0.720 0.008 0.164 0.108
#> SRR1337192     1  0.0862   0.772286 0.972 0.000 0.004 0.016 0.008 0.000
#> SRR656946      3  0.6609   0.084799 0.000 0.012 0.524 0.052 0.256 0.156
#> SRR1476102     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476447     1  0.1340   0.778782 0.948 0.000 0.004 0.040 0.008 0.000
#> SRR1342067     1  0.2020   0.747645 0.896 0.000 0.000 0.096 0.008 0.000
#> SRR1385389     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1075971     1  0.3944   0.694341 0.744 0.000 0.024 0.216 0.016 0.000
#> SRR614419      1  0.2213   0.749593 0.908 0.000 0.012 0.032 0.048 0.000
#> SRR1322936     3  0.6299   0.093747 0.028 0.000 0.432 0.420 0.016 0.104
#> SRR1349121     1  0.0891   0.772526 0.968 0.000 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1430549     1  0.3942   0.697631 0.752 0.000 0.024 0.204 0.020 0.000
#> SRR612935      5  0.5402   0.582265 0.000 0.080 0.248 0.032 0.636 0.004
#> SRR661481      2  0.0508   0.821617 0.000 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1354117     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.5556   0.375711 0.072 0.000 0.324 0.568 0.036 0.000
#> SRR1452164     1  0.2013   0.776146 0.908 0.000 0.008 0.076 0.008 0.000
#> SRR1070503     1  0.5766   0.456479 0.572 0.000 0.104 0.288 0.036 0.000
#> SRR1499894     3  0.5862   0.254344 0.000 0.020 0.608 0.012 0.192 0.168
#> SRR1082883     4  0.5654   0.626915 0.252 0.000 0.140 0.588 0.020 0.000
#> SRR1468271     1  0.5174   0.525955 0.612 0.000 0.064 0.300 0.024 0.000
#> SRR1332443     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810295      2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1328620     5  0.6463   0.527547 0.000 0.172 0.292 0.000 0.488 0.048
#> SRR1396294     4  0.5673   0.197769 0.052 0.000 0.396 0.512 0.028 0.012
#> SRR1419917     1  0.4575   0.620638 0.668 0.000 0.040 0.276 0.016 0.000
#> SRR662114      3  0.3311   0.547016 0.004 0.000 0.836 0.112 0.016 0.032
#> SRR1489199     1  0.4917   0.563870 0.628 0.000 0.044 0.304 0.024 0.000
#> SRR813584      3  0.7332  -0.470485 0.000 0.072 0.348 0.012 0.340 0.228
#> SRR1069638     6  0.4958   0.379647 0.000 0.012 0.212 0.008 0.084 0.684
#> SRR614864      3  0.6477  -0.310337 0.212 0.000 0.456 0.304 0.024 0.004
#> SRR1433392     1  0.4406   0.666892 0.720 0.000 0.048 0.212 0.020 0.000
#> SRR1377777     2  0.0146   0.823672 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR2167710     1  0.5653   0.532812 0.668 0.000 0.044 0.156 0.116 0.016
#> SRR1401252     1  0.2070   0.745875 0.892 0.000 0.000 0.100 0.008 0.000
#> SRR1309963     1  0.0405   0.763414 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1338031     1  0.4592   0.635855 0.684 0.000 0.044 0.252 0.020 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.4999   0.312732 0.592 0.000 0.040 0.344 0.024 0.000
#> SRR1380393     1  0.1615   0.776615 0.928 0.000 0.004 0.064 0.004 0.000
#> SRR1319731     1  0.0972   0.773058 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1356468     4  0.4705   0.706754 0.192 0.000 0.104 0.696 0.008 0.000
#> SRR1337010     2  0.3050   0.630308 0.000 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1486520     1  0.1820   0.777282 0.924 0.000 0.008 0.056 0.012 0.000
#> SRR1486538     4  0.5946   0.313333 0.408 0.000 0.068 0.468 0.056 0.000
#> SRR1340486     1  0.1643   0.773855 0.924 0.000 0.000 0.068 0.008 0.000
#> SRR1377696     5  0.4498   0.550969 0.000 0.068 0.176 0.008 0.736 0.012
#> SRR1465459     1  0.5716   0.424602 0.572 0.000 0.124 0.284 0.016 0.004
#> SRR1080270     3  0.6314   0.050274 0.000 0.032 0.528 0.004 0.240 0.196
#> SRR1312501     3  0.3097   0.546327 0.012 0.000 0.848 0.112 0.008 0.020
#> SRR1093148     3  0.5077   0.497425 0.052 0.000 0.696 0.200 0.040 0.012
#> SRR1467080     5  0.6069   0.434748 0.000 0.256 0.232 0.000 0.500 0.012
#> SRR1410866     2  0.0405   0.822649 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR816475      4  0.5179   0.455244 0.348 0.000 0.088 0.560 0.004 0.000
#> SRR1379198     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR613342      3  0.5990   0.058263 0.000 0.020 0.540 0.012 0.316 0.112
#> SRR1452246     2  0.3647   0.448718 0.000 0.640 0.000 0.000 0.000 0.360
#> SRR1338836     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1396616     3  0.5020   0.478480 0.000 0.000 0.704 0.080 0.052 0.164
#> SRR813824      3  0.3097   0.549852 0.004 0.000 0.856 0.088 0.016 0.036
#> SRR1082376     1  0.4737   0.604512 0.656 0.000 0.044 0.280 0.020 0.000
#> SRR1500891     4  0.7231   0.603276 0.200 0.000 0.212 0.464 0.116 0.008
#> SRR807543      1  0.5647   0.483425 0.584 0.000 0.092 0.288 0.036 0.000
#> SRR1091572     4  0.6210  -0.149590 0.008 0.000 0.396 0.436 0.016 0.144
#> SRR1346689     4  0.7073   0.407635 0.108 0.000 0.320 0.464 0.076 0.032
#> SRR1332424     1  0.5170   0.474524 0.580 0.000 0.052 0.344 0.024 0.000
#> SRR663729      1  0.1088   0.769834 0.960 0.000 0.000 0.024 0.016 0.000
#> SRR1097013     1  0.4872   0.588532 0.644 0.000 0.052 0.284 0.020 0.000
#> SRR613675      3  0.6299   0.093747 0.028 0.000 0.432 0.420 0.016 0.104
#> SRR1485357     4  0.5046   0.639850 0.276 0.000 0.100 0.620 0.004 0.000
#> SRR655816      1  0.6007   0.484949 0.640 0.000 0.064 0.156 0.124 0.016
#> SRR1500113     1  0.5190   0.523932 0.608 0.000 0.064 0.304 0.024 0.000
#> SRR1437622     3  0.7393  -0.298333 0.016 0.012 0.384 0.112 0.380 0.096
#> SRR1355172     1  0.1265   0.776374 0.948 0.000 0.000 0.044 0.008 0.000
#> SRR655531      1  0.2213   0.749593 0.908 0.000 0.012 0.032 0.048 0.000
#> SRR1338147     3  0.3292   0.541515 0.000 0.000 0.844 0.056 0.024 0.076
#> SRR1413329     3  0.7102  -0.138968 0.172 0.000 0.444 0.296 0.076 0.012
#> SRR1485931     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.1769   0.777856 0.924 0.000 0.004 0.060 0.012 0.000
#> SRR1333308     4  0.5223   0.703847 0.196 0.000 0.136 0.652 0.016 0.000
#> SRR1452033     1  0.4438   0.663356 0.712 0.000 0.040 0.224 0.024 0.000
#> SRR1467316     2  0.0146   0.823672 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR809018      3  0.2975   0.466909 0.000 0.004 0.832 0.012 0.148 0.004
#> SRR1375351     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      1  0.5998   0.481419 0.624 0.000 0.064 0.184 0.120 0.008
#> SRR1471755     6  0.7493   0.245684 0.000 0.176 0.268 0.008 0.144 0.404
#> SRR808019      1  0.1010   0.773839 0.960 0.000 0.000 0.036 0.004 0.000
#> SRR1479133     3  0.5535   0.393506 0.124 0.000 0.680 0.128 0.060 0.008
#> SRR615069      3  0.5990   0.058263 0.000 0.020 0.540 0.012 0.316 0.112
#> SRR1456185     2  0.5894   0.455649 0.000 0.628 0.080 0.000 0.148 0.144
#> SRR1350069     4  0.5495   0.644193 0.140 0.000 0.212 0.628 0.016 0.004
#> SRR816316      1  0.2971   0.762928 0.848 0.000 0.024 0.116 0.012 0.000
#> SRR664795      1  0.0993   0.767489 0.964 0.000 0.000 0.012 0.024 0.000
#> SRR1490721     1  0.5244   0.001023 0.496 0.000 0.072 0.424 0.008 0.000
#> SRR810643      1  0.3691   0.724685 0.784 0.000 0.024 0.172 0.020 0.000
#> SRR1430333     1  0.6637   0.234152 0.512 0.000 0.088 0.288 0.104 0.008
#> SRR1085285     3  0.2635   0.544526 0.016 0.000 0.892 0.048 0.036 0.008
#> SRR1099072     3  0.5051   0.449240 0.092 0.000 0.704 0.168 0.028 0.008
#> SRR1317985     1  0.2013   0.776146 0.908 0.000 0.008 0.076 0.008 0.000
#> SRR1487340     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420276     2  0.4272   0.648826 0.000 0.752 0.040 0.000 0.172 0.036
#> SRR1351347     3  0.4900   0.493853 0.004 0.000 0.684 0.232 0.044 0.036
#> SRR1405525     1  0.6157   0.291540 0.504 0.000 0.120 0.332 0.044 0.000
#> SRR1370329     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465001     1  0.0520   0.767192 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1476525     2  0.1528   0.803478 0.000 0.944 0.016 0.000 0.028 0.012
#> SRR819610      5  0.6867   0.363876 0.000 0.016 0.384 0.080 0.420 0.100
#> SRR2157314     1  0.5455   0.560822 0.688 0.000 0.040 0.140 0.116 0.016
#> SRR1409465     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.4810   0.690614 0.160 0.000 0.140 0.692 0.008 0.000
#> SRR613639      1  0.6862  -0.021882 0.444 0.000 0.248 0.252 0.052 0.004
#> SRR1402285     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1077038     1  0.1769   0.777754 0.924 0.000 0.004 0.060 0.012 0.000
#> SRR1405660     3  0.1657   0.527336 0.000 0.000 0.928 0.016 0.056 0.000
#> SRR1095455     3  0.5221  -0.298949 0.000 0.012 0.476 0.036 0.464 0.012
#> SRR1394734     5  0.7113   0.281533 0.000 0.080 0.328 0.000 0.360 0.232
#> SRR1317771     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1365894     4  0.4287   0.393000 0.008 0.000 0.216 0.728 0.040 0.008
#> SRR1073581     1  0.1970   0.776677 0.900 0.000 0.000 0.092 0.008 0.000
#> SRR659804      1  0.4629   0.626942 0.680 0.000 0.040 0.256 0.024 0.000
#> SRR1345914     2  0.5739   0.382460 0.000 0.580 0.084 0.000 0.288 0.048
#> SRR1432186     2  0.4717   0.638825 0.000 0.744 0.068 0.000 0.108 0.080
#> SRR1473529     5  0.4490   0.574847 0.000 0.104 0.196 0.000 0.700 0.000
#> SRR660764      5  0.5511   0.466482 0.000 0.236 0.180 0.004 0.580 0.000
#> SRR820448      1  0.2971   0.762928 0.848 0.000 0.024 0.116 0.012 0.000
#> SRR1328845     4  0.5637   0.160697 0.048 0.000 0.408 0.504 0.028 0.012
#> SRR1336415     1  0.4186   0.477265 0.656 0.000 0.032 0.312 0.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0717   0.762182 0.976 0.000 0.000 0.016 0.008 0.000
#> SRR1459190     3  0.3584   0.548185 0.012 0.000 0.820 0.104 0.060 0.004
#> SRR1346773     1  0.5174   0.529893 0.612 0.000 0.064 0.300 0.024 0.000
#> SRR1499521     1  0.1124   0.774287 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1440898     2  0.1353   0.808484 0.000 0.952 0.012 0.000 0.012 0.024
#> SRR1347459     3  0.6503   0.012517 0.000 0.036 0.512 0.008 0.252 0.192
#> SRR1081209     2  0.1218   0.810899 0.000 0.956 0.004 0.000 0.028 0.012
#> SRR1400202     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333395     4  0.5528   0.662797 0.252 0.000 0.096 0.616 0.036 0.000
#> SRR1309248     5  0.5193   0.534643 0.000 0.032 0.296 0.020 0.628 0.024
#> SRR809161      1  0.7344   0.109269 0.488 0.000 0.160 0.184 0.148 0.020
#> SRR1316320     3  0.6993   0.267931 0.004 0.004 0.436 0.340 0.100 0.116
#> SRR1432629     2  0.7502  -0.312525 0.000 0.364 0.200 0.000 0.264 0.172
#> SRR1498931     1  0.2162   0.775091 0.896 0.000 0.012 0.088 0.004 0.000
#> SRR1416578     1  0.1124   0.769918 0.956 0.000 0.000 0.036 0.008 0.000
#> SRR1405547     3  0.3147   0.486658 0.000 0.004 0.844 0.008 0.108 0.036
#> SRR1470534     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1380764     1  0.3476   0.738606 0.808 0.000 0.024 0.148 0.020 0.000
#> SRR1309160     3  0.1549   0.531576 0.000 0.000 0.936 0.020 0.044 0.000
#> SRR663489      3  0.3154   0.432656 0.000 0.004 0.800 0.012 0.184 0.000
#> SRR1500450     1  0.0777   0.773080 0.972 0.000 0.000 0.024 0.004 0.000
#> SRR1078489     4  0.6182  -0.138781 0.008 0.000 0.392 0.444 0.016 0.140
#> SRR1332648     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR660614      2  0.5250   0.161589 0.000 0.540 0.108 0.000 0.352 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0858   0.773809 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1477949     1  0.2362   0.774340 0.892 0.000 0.012 0.080 0.016 0.000
#> SRR1481419     2  0.4327   0.675904 0.000 0.776 0.060 0.000 0.088 0.076
#> SRR1464766     1  0.4067   0.701425 0.748 0.000 0.024 0.200 0.028 0.000
#> SRR615946      3  0.5833   0.110328 0.000 0.008 0.512 0.004 0.140 0.336
#> SRR1446481     2  0.3880   0.708163 0.000 0.804 0.032 0.000 0.088 0.076
#> SRR1467656     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.3141   0.749788 0.828 0.000 0.012 0.140 0.020 0.000
#> SRR660224      5  0.5279   0.558297 0.000 0.080 0.220 0.028 0.664 0.008
#> SRR665586      1  0.0363   0.763407 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1347166     1  0.5519   0.286035 0.512 0.000 0.072 0.392 0.024 0.000
#> SRR1485722     4  0.6683   0.356273 0.344 0.000 0.236 0.388 0.028 0.004
#> SRR1415316     1  0.0508   0.768730 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR613390      1  0.4717   0.608169 0.660 0.000 0.044 0.276 0.020 0.000
#> SRR661108      3  0.1708   0.542087 0.000 0.000 0.932 0.040 0.024 0.004
#> SRR2170173     1  0.5620   0.539887 0.672 0.000 0.044 0.152 0.116 0.016
#> SRR817329      1  0.2691   0.772117 0.872 0.000 0.008 0.088 0.032 0.000
#> SRR1401990     4  0.4925   0.317653 0.424 0.000 0.064 0.512 0.000 0.000
#> SRR1467745     6  0.7068   0.311669 0.000 0.172 0.220 0.000 0.140 0.468
#> SRR1471795     2  0.5458   0.545651 0.000 0.672 0.068 0.000 0.148 0.112
#> SRR1415637     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.2542   0.774079 0.884 0.000 0.020 0.080 0.016 0.000
#> SRR1314873     1  0.1155   0.776204 0.956 0.000 0.004 0.036 0.004 0.000
#> SRR1401211     1  0.1049   0.773740 0.960 0.000 0.000 0.032 0.008 0.000
#> SRR1419692     6  0.0984   0.461508 0.000 0.012 0.008 0.012 0.000 0.968
#> SRR818797      1  0.5392   0.543345 0.620 0.000 0.084 0.264 0.032 0.000
#> SRR2164608     1  0.5620   0.539887 0.672 0.000 0.044 0.152 0.116 0.016
#> SRR1455586     2  0.3693   0.712065 0.000 0.816 0.048 0.000 0.100 0.036
#> SRR819459      3  0.6092   0.118226 0.000 0.028 0.560 0.004 0.232 0.176
#> SRR1488939     2  0.0146   0.823672 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.5655   0.467116 0.576 0.000 0.096 0.296 0.032 0.000
#> SRR1361652     5  0.4294   0.571308 0.000 0.080 0.188 0.000 0.728 0.004
#> SRR1437119     1  0.3942   0.697631 0.752 0.000 0.024 0.204 0.020 0.000
#> SRR1478547     3  0.2936   0.470837 0.000 0.004 0.836 0.012 0.144 0.004
#> SRR1430910     5  0.7115   0.445308 0.000 0.092 0.344 0.036 0.444 0.084
#> SRR1310584     1  0.1151   0.775210 0.956 0.000 0.000 0.032 0.012 0.000
#> SRR1500216     4  0.5549   0.668321 0.160 0.000 0.132 0.660 0.044 0.004
#> SRR1486762     6  0.3354   0.467098 0.000 0.100 0.012 0.004 0.048 0.836
#> SRR1480854     1  0.0972   0.764393 0.964 0.000 0.000 0.028 0.008 0.000
#> SRR1489394     1  0.2118   0.748462 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR1418085     1  0.0622   0.765605 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1340221     1  0.2100   0.767082 0.884 0.000 0.000 0.112 0.004 0.000
#> SRR1473058     3  0.6178   0.204049 0.008 0.000 0.464 0.400 0.044 0.084
#> SRR1405165     3  0.2585   0.545032 0.000 0.000 0.880 0.068 0.048 0.004
#> SRR1433004     1  0.4843   0.567302 0.632 0.000 0.044 0.304 0.020 0.000
#> SRR1471477     1  0.5086   0.536471 0.616 0.000 0.056 0.304 0.024 0.000
#> SRR1098567     2  0.6490  -0.112782 0.000 0.456 0.184 0.000 0.320 0.040
#> SRR1098712     3  0.6651   0.229695 0.000 0.008 0.516 0.096 0.100 0.280
#> SRR1455038     1  0.4796   0.597940 0.652 0.000 0.048 0.280 0.020 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.6912   0.298569 0.128 0.000 0.552 0.152 0.148 0.020
#> SRR1348378     6  0.7674   0.134417 0.000 0.272 0.208 0.000 0.220 0.300
#> SRR1413541     1  0.4086   0.705805 0.752 0.000 0.044 0.188 0.016 0.000
#> SRR1392943     1  0.0858   0.771861 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004 0.000
#> SRR1475192     6  0.1413   0.476512 0.000 0.036 0.004 0.004 0.008 0.948
#> SRR1432085     2  0.6628  -0.133465 0.000 0.444 0.168 0.000 0.332 0.056
#> SRR1452468     1  0.5794   0.335167 0.528 0.000 0.088 0.348 0.036 0.000
#> SRR1347060     3  0.6314   0.050274 0.000 0.032 0.528 0.004 0.240 0.196
#> SRR1414139     5  0.6070   0.520797 0.000 0.168 0.316 0.008 0.500 0.008
#> SRR1447962     5  0.6547   0.275715 0.000 0.344 0.200 0.000 0.420 0.036
#> SRR1444324     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.3736   0.726541 0.788 0.000 0.032 0.160 0.020 0.000
#> SRR1413436     1  0.0508   0.768730 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1311266     1  0.4917   0.563870 0.628 0.000 0.044 0.304 0.024 0.000
#> SRR1343302     1  0.4098   0.506181 0.676 0.000 0.032 0.292 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.3942   0.697631 0.752 0.000 0.024 0.204 0.020 0.000
#> SRR1429678     1  0.0665   0.767491 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008 0.000
#> SRR1469413     5  0.6547   0.275715 0.000 0.344 0.200 0.000 0.420 0.036
#> SRR1405331     3  0.3944   0.548340 0.012 0.000 0.808 0.104 0.028 0.048
#> SRR1345609     1  0.0260   0.763295 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1380208     3  0.6642   0.000366 0.100 0.000 0.464 0.356 0.068 0.012
#> SRR1322840     1  0.2118   0.746421 0.888 0.000 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR1399797     3  0.4689   0.427969 0.000 0.012 0.736 0.012 0.128 0.112
#> SRR1416654     3  0.2015   0.528749 0.000 0.000 0.916 0.016 0.056 0.012
#> SRR1315081     2  0.4689   0.597485 0.000 0.712 0.060 0.000 0.196 0.032
#> SRR1369196     3  0.6920  -0.184329 0.000 0.088 0.480 0.004 0.256 0.172
#> SRR1400847     1  0.1820   0.777282 0.924 0.000 0.008 0.056 0.012 0.000
#> SRR1365291     1  0.6065   0.319337 0.528 0.000 0.144 0.296 0.032 0.000
#> SRR1367920     4  0.5776   0.686660 0.152 0.000 0.120 0.660 0.052 0.016
#> SRR1366648     3  0.3232   0.464633 0.000 0.004 0.824 0.004 0.140 0.028
#> SRR1441679     2  0.0000   0.824653 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.3383   0.547485 0.004 0.000 0.832 0.112 0.016 0.036
#> SRR1363968     1  0.1606   0.776857 0.932 0.000 0.004 0.056 0.008 0.000
#> SRR814387      1  0.0520   0.767192 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR657599      1  0.1003   0.774220 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016 0.000
#> SRR1386689     1  0.4186   0.477265 0.656 0.000 0.032 0.312 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.4205   0.529160 0.048 0.000 0.780 0.136 0.024 0.012
#> SRR1453811     3  0.6315  -0.220648 0.292 0.000 0.492 0.192 0.012 0.012
#> SRR1441159     1  0.4989   0.542061 0.616 0.000 0.052 0.312 0.020 0.000
#> SRR1403154     1  0.2361   0.762920 0.880 0.000 0.012 0.104 0.004 0.000
#> SRR1468722     3  0.5367   0.459415 0.092 0.000 0.696 0.140 0.064 0.008
#> SRR1310275     3  0.3552   0.545534 0.008 0.000 0.820 0.124 0.016 0.032

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.975       0.990         0.4735 0.526   0.526
#> 3 3 0.983           0.940       0.969         0.3404 0.708   0.506
#> 4 4 0.690           0.592       0.788         0.1506 0.853   0.626
#> 5 5 0.677           0.563       0.745         0.0738 0.826   0.470
#> 6 6 0.711           0.560       0.724         0.0417 0.924   0.680

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1430066     2  0.6048     0.8277 0.148 0.852
#> SRR1431037     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1395554     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1486845     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1429846     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1485830     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1326205     1  0.4022     0.9088 0.920 0.080
#> SRR1421327     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1083311     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1499303     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1452935     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR661361      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR655182      2  0.9209     0.5038 0.336 0.664
#> SRR1335140     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1433555     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1413602     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR661313      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1499935     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1447303     1  0.5519     0.8499 0.872 0.128
#> SRR1429408     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1435229     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1400974     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR813776      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR808196      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1420109     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1330920     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1359447     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1347259     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR613915      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR821715      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1341480     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1498838     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1416313     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR808566      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1430270     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR613533      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR661267      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1473632     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR812536      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1446375     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1465230     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR660510      2  0.2603     0.9435 0.044 0.956
#> SRR1445655     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1485312     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1317631     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1330588     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.7950     0.6839 0.760 0.240
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1404909     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1442422     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1332969     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1353199     2  0.9993     0.0768 0.484 0.516
#> SRR1378885     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR665357      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1347819     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1472576     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1431781     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1452270     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1500472     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1417632     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1458113     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1096712     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1090407     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1377599     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1488449     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1318354     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1359062     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1398924     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR663783      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1319204     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1377423     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1338426     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1353309     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR658941      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR819820      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1415379     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR663197      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1394836     2  0.0938     0.9733 0.012 0.988
#> SRR661699      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.7602     0.7230 0.220 0.780
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR661167      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1432518     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR660462      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR657949      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1308882     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1444138     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1091380     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1485416     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR818821      2  0.0376     0.9803 0.004 0.996
#> SRR809963      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1445259     2  0.4298     0.8980 0.088 0.912
#> SRR1408393     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1310542     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1406437     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1354931     2  0.4431     0.8941 0.092 0.908
#> SRR1391856     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR613150      1  0.9286     0.4689 0.656 0.344
#> SRR1375329     2  0.4815     0.8808 0.104 0.896
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR812943      2  0.7745     0.7108 0.228 0.772
#> SRR1400910     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1444203     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR658754      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1397366     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1337606     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR659109      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR656946      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1393596     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1499894     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1396294     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR662114      1  0.9833     0.2519 0.576 0.424
#> SRR1489199     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1069638     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR614864      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR2167710     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1401252     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1465459     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1080270     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1312501     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1467080     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR816475      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1379198     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1369129     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.6623     0.7961 0.172 0.828
#> SRR813824      2  0.9795     0.3017 0.416 0.584
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1500891     1  0.2603     0.9486 0.956 0.044
#> SRR807543      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.4431     0.8946 0.908 0.092
#> SRR1346689     2  0.9248     0.4953 0.340 0.660
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.4431     0.8946 0.908 0.092
#> SRR1485357     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR655816      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.3431     0.9238 0.064 0.936
#> SRR1355172     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR809018      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR663440      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR615069      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1350069     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1085285     2  0.6247     0.8172 0.156 0.844
#> SRR1099072     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1351347     1  0.2603     0.9487 0.956 0.044
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR613639      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1402285     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1405660     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1095455     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1365894     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR660764      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.0938     0.9812 0.988 0.012
#> SRR1336415     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1459190     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1347459     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1309248     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR809161      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1405547     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1309160     2  0.6048     0.8276 0.148 0.852
#> SRR663489      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1078489     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1332648     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR615946      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR661108      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR819459      2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1361652     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1430910     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1405165     1  0.9460     0.4190 0.636 0.364
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1098712     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1403005     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1347060     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1405331     1  0.8386     0.6332 0.732 0.268
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1322840     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1416654     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1315081     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1369196     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1367920     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1366648     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9838 0.000 1.000
#> SRR1082173     1  0.0672     0.9852 0.992 0.008
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1395575     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1468722     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0000     0.9929 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     3  0.0892      0.966 0.020 0.000 0.980
#> SRR1464258     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR661589      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1456229     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1094457     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1095575     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1315931     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1431037     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1395554     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR818002      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.3941      0.815 0.000 0.844 0.156
#> SRR1486845     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1362866     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1490740     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1311018     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429846     1  0.5948      0.426 0.640 0.000 0.360
#> SRR613550      3  0.6267      0.203 0.452 0.000 0.548
#> SRR1348402     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1324025     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1318879     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR820755      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485830     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR599313      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.6095      0.383 0.392 0.000 0.608
#> SRR1326205     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1083311     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1499303     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1452935     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1379495     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR615778      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1335140     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433555     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1308650     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.5058      0.688 0.000 0.244 0.756
#> SRR1413602     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1479955     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      3  0.5760      0.539 0.328 0.000 0.672
#> SRR661313      3  0.1129      0.966 0.020 0.004 0.976
#> SRR1499935     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1429408     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.5650      0.535 0.688 0.000 0.312
#> SRR1435229     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1085996     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.2625      0.908 0.000 0.084 0.916
#> SRR1400974     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1399971     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR813776      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR808196      1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1101085     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR614395      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1370551     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1420109     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1330920     1  0.5178      0.649 0.744 0.000 0.256
#> SRR1419539     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1359447     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347259     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR613915      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      1  0.5905      0.445 0.648 0.000 0.352
#> SRR1478228     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      3  0.1860      0.942 0.052 0.000 0.948
#> SRR1096383     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1341344     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1326270     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1498838     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1416313     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR808566      3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430270     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1367825     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR613533      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR661267      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.1289      0.960 0.032 0.000 0.968
#> SRR1420067     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR812536      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1370850     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1446375     3  0.1170      0.965 0.016 0.008 0.976
#> SRR1465230     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR614119      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1445655     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR658953      1  0.6126      0.318 0.600 0.000 0.400
#> SRR2166459     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1485312     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1317631     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1488610     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1316367     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1433926     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR818263      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR663076      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1465893     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1332969     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1353199     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1378885     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR665357      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1347819     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1480813     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1431781     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1452270     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1500472     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1417632     3  0.0237      0.960 0.000 0.004 0.996
#> SRR1350153     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1326579     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1090407     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1083752     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1377599     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1318354     2  0.3619      0.836 0.000 0.864 0.136
#> SRR1359062     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR663783      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1319204     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1369070     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.5254      0.653 0.000 0.736 0.264
#> SRR1377423     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1312310     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1353309     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR658941      3  0.1182      0.965 0.012 0.012 0.976
#> SRR1101643     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1363858     3  0.1643      0.949 0.044 0.000 0.956
#> SRR819820      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1337342     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1387013     3  0.2448      0.916 0.000 0.076 0.924
#> SRR1317410     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1099622     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR663197      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1394836     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR661699      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR813680      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1499174     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1311486     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433410     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1432518     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR660462      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1374608     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR657949      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308882     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR655768      3  0.1643      0.950 0.044 0.000 0.956
#> SRR1485870     3  0.5291      0.617 0.268 0.000 0.732
#> SRR1444138     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1417342     1  0.0237      0.967 0.996 0.000 0.004
#> SRR1470193     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091380     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1099096     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467102     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR818821      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR809963      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1353710     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1445259     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1408393     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.2165      0.928 0.000 0.064 0.936
#> SRR1333485     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1406437     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1354931     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1391856     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446738     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1309032     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1375329     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1387921     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1400910     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1444203     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR816177      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR658754      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1429603     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1397366     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1446028     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.4750      0.732 0.000 0.784 0.216
#> SRR1337606     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR659109      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1337192     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR656946      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1476102     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1476447     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1385389     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1075971     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1349121     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      2  0.5988      0.407 0.000 0.632 0.368
#> SRR661481      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393596     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0237      0.965 0.996 0.000 0.004
#> SRR1499894     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1082883     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1468271     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR810295      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1396294     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1489199     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR813584      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1069638     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR614864      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1433392     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1401252     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1309963     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1338031     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.0237      0.967 0.996 0.000 0.004
#> SRR1380393     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1337010     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1340486     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1377696     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.2796      0.895 0.092 0.000 0.908
#> SRR1080270     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1312501     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1093148     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1467080     2  0.4291      0.778 0.000 0.820 0.180
#> SRR1410866     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      1  0.6291      0.179 0.532 0.000 0.468
#> SRR1379198     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR613342      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1452246     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1396616     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR813824      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1082376     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091572     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1346689     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1097013     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1485357     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR655816      1  0.5948      0.426 0.640 0.000 0.360
#> SRR1500113     1  0.4605      0.730 0.796 0.000 0.204
#> SRR1437622     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355172     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1413329     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1485931     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1452033     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1375351     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      1  0.6062      0.363 0.616 0.000 0.384
#> SRR1471755     2  0.5291      0.646 0.000 0.732 0.268
#> SRR808019      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR615069      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1456185     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350069     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR810643      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.5948      0.426 0.640 0.000 0.360
#> SRR1085285     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1099072     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1317985     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1405525     1  0.3752      0.812 0.856 0.000 0.144
#> SRR1370329     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR2157314     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR613639      3  0.6026      0.424 0.376 0.000 0.624
#> SRR1402285     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1077038     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1095455     3  0.1129      0.966 0.020 0.004 0.976
#> SRR1394734     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1317771     1  0.0237      0.967 0.996 0.000 0.004
#> SRR1365894     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073581     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336415     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1379065     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1459190     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1346773     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1081209     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1309248     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR809161      3  0.6154      0.339 0.408 0.000 0.592
#> SRR1316320     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1432629     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1405547     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1470534     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1380764     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR663489      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1500450     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1332648     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR660614      2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1446481     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.1163      0.954 0.000 0.972 0.028
#> SRR665586      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     3  0.1163      0.964 0.028 0.000 0.972
#> SRR1415316     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR2170173     1  0.5859      0.464 0.656 0.000 0.344
#> SRR817329      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1467745     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     3  0.0747      0.961 0.000 0.016 0.984
#> SRR818797      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.6180      0.271 0.584 0.000 0.416
#> SRR1455586     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1488939     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.5254      0.661 0.264 0.000 0.736
#> SRR1361652     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.1129      0.966 0.020 0.004 0.976
#> SRR1430910     2  0.4346      0.773 0.000 0.816 0.184
#> SRR1310584     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480854     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1489394     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1418085     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1340221     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1473058     3  0.0892      0.961 0.000 0.020 0.980
#> SRR1405165     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1433004     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1455038     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1348378     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1475192     2  0.4702      0.730 0.000 0.788 0.212
#> SRR1432085     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1414139     3  0.3619      0.846 0.000 0.136 0.864
#> SRR1447962     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1373746     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1345609     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1380208     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1322840     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1399797     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1416654     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1315081     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1400847     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.5810      0.482 0.664 0.000 0.336
#> SRR1367920     3  0.0000      0.958 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.1031      0.961 0.000 0.024 0.976
#> SRR1441679     2  0.0000      0.978 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1363968     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1395575     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1453811     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1441159     1  0.0000      0.968 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.1031      0.960 0.976 0.000 0.024
#> SRR1468722     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976
#> SRR1310275     3  0.1031      0.966 0.024 0.000 0.976

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     4  0.2921     0.4466 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1464258     1  0.4877     0.4039 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1454201     4  0.4072     0.2263 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR661589      4  0.4040     0.2359 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1456229     1  0.2149     0.7496 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1315165     4  0.4406     0.4785 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR1488960     1  0.0188     0.7832 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1417809     1  0.7180     0.4397 0.504 0.000 0.348 0.148
#> SRR1094457     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1095575     4  0.3873     0.2793 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1315931     1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1431037     3  0.4761     0.8631 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR1395554     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR818002      2  0.0469     0.9300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1344143     2  0.5543     0.3347 0.000 0.556 0.424 0.020
#> SRR1486845     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1362866     4  0.0921     0.4000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1490740     1  0.0469     0.7821 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383907     4  0.6508     0.3592 0.088 0.000 0.344 0.568
#> SRR1311018     1  0.0592     0.7820 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1375699     2  0.0469     0.9300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1429846     4  0.7391     0.1188 0.396 0.000 0.164 0.440
#> SRR613550      4  0.7170     0.3957 0.268 0.000 0.184 0.548
#> SRR1348402     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1345146     4  0.3907     0.2724 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1324025     3  0.4907     0.8008 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1318879     4  0.4193     0.1829 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR820755      1  0.1389     0.7704 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1485830     4  0.6106     0.3957 0.060 0.000 0.348 0.592
#> SRR599313      1  0.5016     0.4126 0.600 0.000 0.004 0.396
#> SRR612263      1  0.0592     0.7810 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1415398     4  0.7036     0.3999 0.208 0.000 0.216 0.576
#> SRR1326205     4  0.4961    -0.0354 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1421327     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1083311     3  0.4790     0.8623 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1499303     4  0.4605     0.4764 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR1079522     4  0.0921     0.3942 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1452935     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1379495     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      4  0.5000    -0.6096 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR615778      1  0.4925     0.3720 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1447564     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455195     1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      3  0.4746     0.8601 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1335140     4  0.4877    -0.4967 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1433555     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1308650     2  0.4866     0.4135 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1388354     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1317446     3  0.5220     0.8486 0.000 0.016 0.632 0.352
#> SRR1413602     3  0.4776     0.8626 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      4  0.7251     0.0540 0.416 0.000 0.144 0.440
#> SRR661313      3  0.4790     0.8623 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1499935     4  0.4585     0.4767 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1447303     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1429408     4  0.3610     0.4642 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1433950     1  0.1302     0.7715 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     4  0.7485     0.1620 0.380 0.000 0.180 0.440
#> SRR1435229     3  0.4730     0.8606 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1085996     1  0.0592     0.7810 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1414229     3  0.6302     0.7522 0.000 0.068 0.564 0.368
#> SRR1400974     3  0.4790     0.8623 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1399971     1  0.4790     0.4400 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR613927      1  0.4925     0.3676 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR1457854     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473714     4  0.2586     0.4214 0.040 0.000 0.048 0.912
#> SRR813776      1  0.4888     0.3967 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR808196      1  0.7706     0.3103 0.424 0.000 0.348 0.228
#> SRR1101085     4  0.6106     0.3957 0.060 0.000 0.348 0.592
#> SRR614395      1  0.4072     0.6087 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR1478251     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      4  0.4538     0.3126 0.024 0.000 0.216 0.760
#> SRR1420109     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1330920     1  0.5273     0.2990 0.536 0.000 0.008 0.456
#> SRR1419539     3  0.4830     0.8143 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR1359447     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.6295     0.3837 0.072 0.000 0.348 0.580
#> SRR613915      1  0.1557     0.7669 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      4  0.7488     0.1545 0.384 0.000 0.180 0.436
#> SRR1478228     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1445637     1  0.4605     0.5078 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR608150      4  0.5036     0.3121 0.280 0.000 0.024 0.696
#> SRR1096383     1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.6234     0.3880 0.068 0.000 0.348 0.584
#> SRR1341344     1  0.0817     0.7779 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1326270     4  0.3907     0.2724 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1498838     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1416313     3  0.4790     0.8623 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR808566      4  0.4331     0.4792 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR1430270     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1367825     3  0.4730     0.8609 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR613533      3  0.4713     0.8605 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR661267      1  0.0469     0.7820 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR810665      2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     4  0.7527     0.3425 0.300 0.000 0.216 0.484
#> SRR1420067     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473632     3  0.4843     0.8074 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR812536      4  0.3764     0.2928 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1370850     2  0.0592     0.9279 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     4  0.4955    -0.5298 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1446375     3  0.4713     0.8605 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1465230     1  0.4973     0.5634 0.644 0.000 0.348 0.008
#> SRR614119      1  0.4855     0.4165 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.2081     0.7520 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660510      3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1445655     1  0.7561     0.3044 0.452 0.000 0.348 0.200
#> SRR658953      4  0.5055     0.3788 0.256 0.000 0.032 0.712
#> SRR2166459     1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1070713     4  0.4955    -0.5298 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR1485312     4  0.3873     0.2779 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1317631     4  0.6819     0.3319 0.112 0.000 0.348 0.540
#> SRR1488610     1  0.4843     0.4164 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1330588     4  0.4790    -0.2389 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR1316367     4  0.4933    -0.5378 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1433926     1  0.4877     0.4039 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1091302     3  0.7921    -0.3956 0.328 0.000 0.348 0.324
#> SRR818263      1  0.2011     0.7546 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1404909     4  0.5970     0.4012 0.052 0.000 0.348 0.600
#> SRR663076      1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1323577     2  0.0188     0.9334 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1442422     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1465893     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR654862      1  0.4877     0.4039 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1407112     1  0.5495     0.5451 0.624 0.000 0.348 0.028
#> SRR1332969     4  0.3726     0.2985 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1353199     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1378885     1  0.4817     0.4360 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR665357      2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     4  0.3764     0.2928 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1347819     3  0.4776     0.8626 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.4948    -0.5227 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1431781     4  0.6171     0.3899 0.064 0.000 0.348 0.588
#> SRR1452270     4  0.3837     0.2826 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1500472     3  0.4746     0.8628 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1417632     3  0.4961     0.3184 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1326579     1  0.4843     0.4164 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.4697     0.8593 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1090407     4  0.3945     0.2969 0.004 0.000 0.216 0.780
#> SRR1083752     4  0.4948    -0.5227 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1377599     4  0.4103     0.4739 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1488449     4  0.3764     0.2928 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1318354     2  0.7734    -0.2213 0.000 0.420 0.344 0.236
#> SRR1359062     2  0.1118     0.9130 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1398924     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR663783      3  0.4746     0.8605 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1319204     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0592     0.7810 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     3  0.7722     0.1212 0.000 0.336 0.428 0.236
#> SRR1377423     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.4746     0.4583 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1338426     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1353309     4  0.3907     0.2724 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR658941      3  0.4898     0.8031 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1101643     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1401468     1  0.4843     0.4164 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.6171     0.3911 0.064 0.000 0.348 0.588
#> SRR1363858     4  0.2984     0.4495 0.084 0.000 0.028 0.888
#> SRR819820      4  0.3907     0.2701 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1337342     1  0.4855     0.4134 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR655206      4  0.4981    -0.5679 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR1387013     3  0.7154     0.3936 0.000 0.132 0.436 0.432
#> SRR1317410     1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.4888     0.3943 0.588 0.000 0.000 0.412
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1099622     2  0.2530     0.8415 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR663197      3  0.4776     0.8626 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1394836     4  0.4933    -0.5321 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR661699      4  0.3649     0.3035 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR813680      1  0.2216     0.7471 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1410678     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1378109     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1499174     4  0.3873     0.2793 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     3  0.4989     0.2606 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR1433410     1  0.4843     0.4164 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR661167      3  0.4941     0.7673 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1432518     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR660462      3  0.4776     0.8626 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1374608     1  0.5495     0.5553 0.624 0.000 0.348 0.028
#> SRR657949      1  0.1211     0.7738 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1308882     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR655768      4  0.7628     0.2368 0.348 0.000 0.212 0.440
#> SRR1485870     4  0.5040     0.4548 0.008 0.000 0.364 0.628
#> SRR1444138     3  0.4713     0.8605 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1417342     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1470193     4  0.3569     0.4652 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1091380     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1099096     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1313583     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1467102     2  0.0469     0.9300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1485416     4  0.5937     0.4039 0.052 0.000 0.340 0.608
#> SRR818821      3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR809963      1  0.0469     0.7820 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1072247     1  0.0921     0.7763 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1353710     3  0.7919    -0.4353 0.316 0.000 0.348 0.336
#> SRR1445259     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1408393     1  0.2921     0.7145 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1361522     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1368597     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1309680     2  0.0592     0.9279 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1310542     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1333485     1  0.5306     0.5511 0.632 0.000 0.348 0.020
#> SRR1406437     4  0.1474     0.3594 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1354931     3  0.4776     0.8616 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1391856     4  0.0592     0.3971 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1446738     4  0.4948    -0.5227 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.5643     0.2993 0.000 0.548 0.428 0.024
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.0469     0.9300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR613150      3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1375329     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1387921     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR812943      3  0.4843     0.8339 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR1400910     3  0.4746     0.8427 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1444203     1  0.7687     0.3169 0.428 0.000 0.348 0.224
#> SRR816177      4  0.4948    -0.5227 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR658754      3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1429603     4  0.5970     0.4012 0.052 0.000 0.348 0.600
#> SRR1397366     4  0.3873     0.2779 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1446028     1  0.4804     0.4356 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1083918     2  0.6315     0.2073 0.000 0.508 0.432 0.060
#> SRR1337606     4  0.3356     0.4578 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR659109      3  0.4790     0.8623 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1337192     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR656946      4  0.4972    -0.5527 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR1476102     1  0.0817     0.7779 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1476447     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1342067     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1385389     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1075971     1  0.0469     0.7821 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR614419      1  0.0592     0.7810 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1322936     4  0.2281     0.3015 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1349121     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1430549     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR612935      3  0.7344     0.5815 0.000 0.188 0.512 0.300
#> SRR661481      2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.4819     0.4751 0.004 0.000 0.344 0.652
#> SRR1452164     1  0.0188     0.7832 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1070503     1  0.5360     0.3261 0.552 0.000 0.012 0.436
#> SRR1499894     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1082883     4  0.6547     0.3589 0.092 0.000 0.340 0.568
#> SRR1468271     1  0.4843     0.4164 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1332443     1  0.1022     0.7746 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0524     0.7831 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1328620     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1396294     4  0.4356     0.4785 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1419917     1  0.1867     0.7588 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR662114      3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1489199     1  0.4941     0.3521 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR813584      4  0.6323    -0.4906 0.000 0.060 0.440 0.500
#> SRR1069638     3  0.4830     0.8138 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR614864      4  0.4086     0.3005 0.008 0.000 0.216 0.776
#> SRR1433392     1  0.2704     0.7254 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     4  0.3610     0.3085 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1401252     1  0.5306     0.5511 0.632 0.000 0.348 0.020
#> SRR1309963     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1338031     1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.6952     0.3626 0.516 0.000 0.120 0.364
#> SRR1380393     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319731     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356468     4  0.7432     0.2160 0.180 0.000 0.348 0.472
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486538     1  0.6106     0.5040 0.592 0.000 0.348 0.060
#> SRR1340486     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1377696     2  0.0817     0.9230 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR1465459     4  0.6946     0.4009 0.200 0.000 0.212 0.588
#> SRR1080270     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1312501     4  0.4222     0.1715 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR1093148     4  0.3801     0.2822 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR1467080     2  0.7728    -0.2133 0.000 0.424 0.340 0.236
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.5478     0.4318 0.028 0.000 0.344 0.628
#> SRR1379198     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR613342      3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1396616     3  0.4776     0.8616 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR813824      3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1082376     1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1500891     3  0.4972    -0.0988 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR807543      1  0.4933     0.3607 0.568 0.000 0.000 0.432
#> SRR1091572     4  0.4697    -0.4163 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1346689     3  0.4972     0.2853 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR1332424     1  0.4843     0.4164 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR663729      1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1097013     1  0.4790     0.4474 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR613675      4  0.4522    -0.3372 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1485357     4  0.6106     0.3957 0.060 0.000 0.348 0.592
#> SRR655816      4  0.7072     0.3970 0.268 0.000 0.172 0.560
#> SRR1500113     1  0.5193     0.3746 0.580 0.000 0.008 0.412
#> SRR1437622     4  0.4877    -0.4854 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR1355172     1  0.1118     0.7753 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR655531      1  0.0469     0.7820 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1338147     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1413329     4  0.2918     0.3716 0.008 0.000 0.116 0.876
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.6234     0.3880 0.068 0.000 0.348 0.584
#> SRR1452033     1  0.4776     0.4471 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.4776     0.8626 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      4  0.7105     0.3965 0.268 0.000 0.176 0.556
#> SRR1471755     2  0.6487     0.2242 0.000 0.500 0.428 0.072
#> SRR808019      1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     4  0.3873     0.2753 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR615069      3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1456185     2  0.0592     0.9279 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1350069     4  0.4331     0.4772 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR816316      1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR664795      1  0.0469     0.7820 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1490721     4  0.6265     0.3837 0.072 0.000 0.340 0.588
#> SRR810643      1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430333     4  0.5130     0.2158 0.332 0.000 0.016 0.652
#> SRR1085285     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1099072     4  0.3726     0.2985 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR1317985     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1487340     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1405525     1  0.5212     0.3676 0.572 0.000 0.008 0.420
#> SRR1370329     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465001     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      4  0.4948    -0.5308 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR2157314     1  0.0592     0.7810 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.6106     0.3957 0.060 0.000 0.348 0.592
#> SRR613639      4  0.7468     0.2993 0.320 0.000 0.196 0.484
#> SRR1402285     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1077038     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405660     3  0.4776     0.8626 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR1095455     3  0.4713     0.8605 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1394734     4  0.5257    -0.5360 0.000 0.008 0.444 0.548
#> SRR1317771     1  0.0707     0.7794 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1365894     4  0.4697     0.4727 0.000 0.000 0.356 0.644
#> SRR1073581     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR659804      1  0.4697     0.4730 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1345914     2  0.0592     0.9279 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1432186     2  0.0469     0.9300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1473529     2  0.0592     0.9279 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR660764      2  0.0469     0.9300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR820448      1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1328845     4  0.3942     0.4040 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1336415     1  0.5403     0.5479 0.628 0.000 0.348 0.024
#> SRR1379065     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1459190     4  0.3975     0.2487 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1346773     1  0.4746     0.4576 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1499521     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1333395     4  0.6627     0.3422 0.096 0.000 0.348 0.556
#> SRR1309248     4  0.4941    -0.5163 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR809161      4  0.7036     0.3999 0.208 0.000 0.216 0.576
#> SRR1316320     4  0.4933    -0.5102 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1432629     2  0.0469     0.9300 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR1498931     1  0.0188     0.7832 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1416578     1  0.4973     0.5634 0.644 0.000 0.348 0.008
#> SRR1405547     3  0.4790     0.8623 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1470534     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1380764     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1309160     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR663489      3  0.4790     0.8623 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1500450     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1078489     4  0.1211     0.3847 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1332648     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1477949     1  0.4500     0.5304 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.4776     0.4471 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR615946      3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR660224      2  0.5821     0.2584 0.000 0.536 0.432 0.032
#> SRR665586      1  0.0469     0.7820 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1347166     1  0.4916     0.3798 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR1485722     4  0.7247     0.4128 0.240 0.000 0.216 0.544
#> SRR1415316     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR613390      1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR661108      3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR2170173     4  0.7375     0.2402 0.348 0.000 0.172 0.480
#> SRR817329      1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1401990     4  0.6819     0.3319 0.112 0.000 0.348 0.540
#> SRR1467745     2  0.5611     0.3660 0.000 0.564 0.412 0.024
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1314873     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1401211     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1419692     3  0.4925     0.2851 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR818797      1  0.4941     0.3521 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR2164608     4  0.7128     0.4082 0.260 0.000 0.184 0.556
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     4  0.7613     0.2278 0.352 0.000 0.208 0.440
#> SRR1361652     2  0.6292     0.2221 0.000 0.524 0.416 0.060
#> SRR1437119     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1478547     3  0.4790     0.8623 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1430910     3  0.7252     0.5940 0.000 0.180 0.528 0.292
#> SRR1310584     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1500216     1  0.2053     0.7568 0.924 0.000 0.004 0.072
#> SRR1486762     2  0.1118     0.9130 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1480854     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1489394     1  0.5306     0.5511 0.632 0.000 0.348 0.020
#> SRR1418085     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1340221     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1473058     4  0.4941    -0.5163 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR1405165     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1433004     1  0.4817     0.4356 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1471477     1  0.4877     0.3958 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR1098567     2  0.0188     0.9334 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1098712     4  0.4948    -0.5227 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR1455038     1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     4  0.3764     0.2928 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1348378     2  0.4103     0.6690 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR1413541     1  0.2345     0.7420 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1392943     1  0.4643     0.5744 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1475192     3  0.7467     0.5381 0.000 0.216 0.500 0.284
#> SRR1432085     2  0.0592     0.9279 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1452468     1  0.4961     0.3341 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1347060     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1414139     3  0.4990     0.8559 0.000 0.008 0.640 0.352
#> SRR1447962     2  0.0592     0.9279 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.4730     0.4603 0.636 0.000 0.000 0.364
#> SRR1413436     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1311266     1  0.3172     0.6930 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1343302     1  0.5306     0.5511 0.632 0.000 0.348 0.020
#> SRR1373746     1  0.0336     0.7828 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1429678     1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1469413     2  0.2081     0.8697 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR1405331     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1345609     1  0.0817     0.7779 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1380208     4  0.1716     0.3541 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR1322840     1  0.4661     0.5713 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1399797     3  0.4730     0.8605 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1416654     3  0.4804     0.8606 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR1315081     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.4679     0.8578 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1400847     1  0.0188     0.7834 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365291     4  0.7310     0.0839 0.408 0.000 0.152 0.440
#> SRR1367920     4  0.4585     0.4767 0.000 0.000 0.332 0.668
#> SRR1366648     3  0.4713     0.8602 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9349 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.4855     0.8378 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1363968     1  0.0000     0.7835 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0336     0.7830 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR657599      1  0.0817     0.7790 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1386689     3  0.7917    -0.3824 0.312 0.000 0.348 0.340
#> SRR1395575     4  0.4304     0.1319 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR1453811     4  0.4049     0.3059 0.008 0.000 0.212 0.780
#> SRR1441159     1  0.3569     0.6569 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1403154     1  0.4837     0.5673 0.648 0.000 0.348 0.004
#> SRR1468722     4  0.3873     0.2753 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1310275     4  0.3873     0.2793 0.000 0.000 0.228 0.772

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.1341     0.7489 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1331708     5  0.6532     0.0547 0.000 0.000 0.204 0.348 0.448
#> SRR1464258     1  0.5874     0.5967 0.604 0.000 0.188 0.208 0.000
#> SRR1454201     3  0.2358     0.4937 0.000 0.000 0.888 0.008 0.104
#> SRR661589      3  0.2712     0.4949 0.000 0.000 0.880 0.032 0.088
#> SRR1456229     1  0.4636     0.7089 0.744 0.000 0.132 0.124 0.000
#> SRR1315165     4  0.6092     0.2167 0.000 0.000 0.132 0.504 0.364
#> SRR1488960     1  0.0798     0.7689 0.976 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1417809     4  0.4575     0.5856 0.236 0.000 0.052 0.712 0.000
#> SRR1094457     4  0.4101     0.5758 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1095575     3  0.3346     0.4933 0.000 0.000 0.844 0.092 0.064
#> SRR1315931     1  0.1121     0.7552 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1430066     3  0.3684     0.4309 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1431037     3  0.4210     0.2195 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1395554     5  0.4278     0.1697 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR818002      2  0.2690     0.8557 0.000 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1344143     5  0.2424     0.5464 0.000 0.132 0.000 0.000 0.868
#> SRR1486845     4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1362866     3  0.6987     0.0172 0.020 0.000 0.436 0.192 0.352
#> SRR1490740     1  0.0671     0.7745 0.980 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.1544     0.7435 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1383907     4  0.3018     0.5859 0.004 0.000 0.068 0.872 0.056
#> SRR1311018     1  0.3012     0.7518 0.860 0.000 0.036 0.104 0.000
#> SRR1375699     2  0.2648     0.8597 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1429846     3  0.6504    -0.1805 0.356 0.000 0.448 0.196 0.000
#> SRR613550      3  0.5008     0.3977 0.140 0.000 0.708 0.152 0.000
#> SRR1348402     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1345146     3  0.3242     0.4781 0.000 0.000 0.844 0.040 0.116
#> SRR1324025     3  0.3424     0.4480 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1318879     3  0.3171     0.4694 0.000 0.000 0.816 0.008 0.176
#> SRR820755      1  0.3994     0.7270 0.772 0.000 0.188 0.040 0.000
#> SRR1485830     4  0.2955     0.5890 0.004 0.000 0.060 0.876 0.060
#> SRR599313      1  0.5629     0.5363 0.588 0.000 0.100 0.312 0.000
#> SRR612263      1  0.1430     0.7749 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1415398     3  0.3569     0.4609 0.068 0.000 0.828 0.104 0.000
#> SRR1326205     5  0.5490     0.4536 0.000 0.000 0.148 0.200 0.652
#> SRR1421327     4  0.4030     0.5923 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR1083311     3  0.4074     0.3254 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1499303     4  0.6208     0.1941 0.000 0.000 0.144 0.480 0.376
#> SRR1079522     5  0.6785     0.0567 0.000 0.000 0.304 0.308 0.388
#> SRR1452935     3  0.4114     0.3018 0.000 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1379495     1  0.1544     0.7409 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.3143     0.4625 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR615778      1  0.6572     0.4174 0.452 0.000 0.328 0.220 0.000
#> SRR1447564     1  0.0703     0.7752 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.1121     0.7552 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR655182      5  0.3424     0.4984 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1335140     5  0.4322     0.5426 0.000 0.000 0.144 0.088 0.768
#> SRR1433555     3  0.3876     0.3968 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1308650     5  0.4302    -0.1388 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520
#> SRR1388354     1  0.1106     0.7760 0.964 0.000 0.024 0.012 0.000
#> SRR1317446     5  0.4161     0.2125 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1413602     3  0.4138     0.2857 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      3  0.6180    -0.2027 0.404 0.000 0.460 0.136 0.000
#> SRR661313      3  0.4138     0.2857 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1499935     4  0.6054     0.2097 0.000 0.000 0.124 0.496 0.380
#> SRR1447303     3  0.3730     0.4261 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1429408     4  0.6438     0.0901 0.000 0.000 0.176 0.424 0.400
#> SRR1433950     1  0.4317     0.7208 0.772 0.000 0.116 0.112 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.6232    -0.1515 0.372 0.000 0.480 0.148 0.000
#> SRR1435229     5  0.3366     0.5049 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1085996     1  0.1430     0.7751 0.944 0.000 0.052 0.004 0.000
#> SRR1414229     5  0.1478     0.5847 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1400974     3  0.4074     0.3254 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1399971     1  0.5329     0.6220 0.656 0.000 0.108 0.236 0.000
#> SRR613927      1  0.5744     0.5640 0.572 0.000 0.320 0.108 0.000
#> SRR1457854     1  0.1012     0.7757 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1473714     5  0.7329     0.0326 0.024 0.000 0.284 0.320 0.372
#> SRR813776      1  0.5811     0.5627 0.568 0.000 0.316 0.116 0.000
#> SRR808196      4  0.2569     0.6302 0.076 0.000 0.016 0.896 0.012
#> SRR1101085     4  0.3021     0.5875 0.004 0.000 0.064 0.872 0.060
#> SRR614395      1  0.5201     0.6770 0.684 0.000 0.188 0.128 0.000
#> SRR1478251     4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0671     0.7739 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR665310      3  0.3336     0.4679 0.060 0.000 0.844 0.096 0.000
#> SRR1420109     3  0.4101     0.3088 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1330920     3  0.6477    -0.1711 0.352 0.000 0.456 0.192 0.000
#> SRR1419539     5  0.2230     0.5600 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1359447     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.2819     0.5915 0.004 0.000 0.052 0.884 0.060
#> SRR613915      1  0.3910     0.7259 0.772 0.000 0.196 0.032 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.4967     0.3924 0.192 0.000 0.704 0.104 0.000
#> SRR1478228     1  0.0324     0.7719 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1445637     1  0.4971     0.6885 0.712 0.000 0.144 0.144 0.000
#> SRR608150      5  0.7509    -0.0741 0.052 0.000 0.196 0.368 0.384
#> SRR1096383     1  0.0290     0.7681 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1341480     4  0.3085     0.5856 0.004 0.000 0.068 0.868 0.060
#> SRR1341344     1  0.2179     0.7104 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1326270     3  0.2889     0.4960 0.000 0.000 0.872 0.044 0.084
#> SRR1498838     3  0.3837     0.4062 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1416313     3  0.4138     0.2857 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR808566      4  0.6356     0.1683 0.000 0.000 0.168 0.468 0.364
#> SRR1430270     4  0.4126     0.5656 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR1367825     3  0.4294     0.0593 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR613533      3  0.4306    -0.0299 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR661267      1  0.1403     0.7718 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> SRR810665      2  0.1410     0.9194 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1407250     3  0.6554    -0.2383 0.392 0.000 0.408 0.200 0.000
#> SRR1420067     1  0.1012     0.7757 0.968 0.000 0.020 0.012 0.000
#> SRR1473632     5  0.2424     0.5724 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR812536      3  0.2068     0.4858 0.004 0.000 0.904 0.092 0.000
#> SRR1370850     2  0.3003     0.8246 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     5  0.2408     0.5905 0.000 0.000 0.092 0.016 0.892
#> SRR1446375     5  0.4307     0.0565 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1465230     4  0.3999     0.5957 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR614119      1  0.5696     0.6198 0.628 0.000 0.172 0.200 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.4591     0.7114 0.748 0.000 0.132 0.120 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR660510      3  0.3707     0.4292 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1445655     4  0.3174     0.6425 0.132 0.000 0.004 0.844 0.020
#> SRR658953      3  0.5887     0.3558 0.164 0.000 0.668 0.136 0.032
#> SRR2166459     1  0.3053     0.7484 0.828 0.000 0.164 0.008 0.000
#> SRR1070713     5  0.1018     0.5949 0.000 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR1485312     3  0.2389     0.4866 0.000 0.000 0.880 0.116 0.004
#> SRR1317631     4  0.3009     0.6157 0.028 0.000 0.080 0.876 0.016
#> SRR1488610     1  0.5799     0.5946 0.612 0.000 0.168 0.220 0.000
#> SRR1330588     3  0.3280     0.4695 0.000 0.000 0.812 0.012 0.176
#> SRR1316367     5  0.2920     0.5739 0.000 0.000 0.132 0.016 0.852
#> SRR1433926     1  0.5930     0.5885 0.596 0.000 0.196 0.208 0.000
#> SRR1091302     4  0.1673     0.6266 0.032 0.000 0.008 0.944 0.016
#> SRR818263      1  0.4723     0.7036 0.736 0.000 0.132 0.132 0.000
#> SRR1404909     4  0.3021     0.5875 0.004 0.000 0.064 0.872 0.060
#> SRR663076      1  0.1608     0.7379 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1323577     2  0.1908     0.9029 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1442422     4  0.4060     0.5869 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1465893     1  0.1282     0.7669 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR654862      1  0.5819     0.6056 0.612 0.000 0.188 0.200 0.000
#> SRR1407112     4  0.2813     0.6413 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR1332969     3  0.2389     0.4851 0.004 0.000 0.880 0.116 0.000
#> SRR1353199     3  0.3707     0.4292 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1378885     1  0.5334     0.6647 0.672 0.000 0.180 0.148 0.000
#> SRR665357      2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.2338     0.4858 0.004 0.000 0.884 0.112 0.000
#> SRR1347819     3  0.4171     0.2655 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     5  0.1018     0.5949 0.000 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR1431781     4  0.2955     0.5890 0.004 0.000 0.060 0.876 0.060
#> SRR1452270     3  0.1831     0.4911 0.000 0.000 0.920 0.076 0.004
#> SRR1500472     3  0.4306    -0.0259 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1417632     5  0.3119     0.5822 0.000 0.000 0.072 0.068 0.860
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.4273     0.1768 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1326579     1  0.5841     0.5918 0.608 0.000 0.180 0.212 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.4302     0.0121 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1090407     3  0.2624     0.4827 0.012 0.000 0.872 0.116 0.000
#> SRR1083752     5  0.1469     0.5977 0.000 0.000 0.036 0.016 0.948
#> SRR1377599     4  0.6416     0.1418 0.000 0.000 0.176 0.452 0.372
#> SRR1488449     3  0.1851     0.4878 0.000 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1318354     5  0.6047     0.2494 0.000 0.136 0.332 0.000 0.532
#> SRR1359062     2  0.3949     0.6129 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR1398924     5  0.2020     0.5811 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR663783      3  0.4210     0.2296 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1319204     5  0.4256     0.1972 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.1041     0.7754 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     5  0.2110     0.5694 0.000 0.072 0.000 0.016 0.912
#> SRR1377423     3  0.3857     0.4018 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.5335     0.6458 0.668 0.000 0.132 0.200 0.000
#> SRR1338426     5  0.4305     0.0747 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1353309     3  0.2790     0.4993 0.000 0.000 0.880 0.052 0.068
#> SRR658941      5  0.2605     0.5656 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1101643     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1401468     1  0.5666     0.5928 0.620 0.000 0.136 0.244 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.2819     0.5915 0.004 0.000 0.052 0.884 0.060
#> SRR1363858     5  0.6946     0.0045 0.008 0.000 0.244 0.360 0.388
#> SRR819820      3  0.2228     0.5001 0.000 0.000 0.912 0.040 0.048
#> SRR1337342     1  0.5805     0.6039 0.612 0.000 0.172 0.216 0.000
#> SRR655206      5  0.2470     0.5870 0.000 0.000 0.104 0.012 0.884
#> SRR1387013     5  0.1018     0.5949 0.000 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR1317410     1  0.0324     0.7719 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR608198      1  0.5831     0.5563 0.592 0.000 0.140 0.268 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.4088     0.5794 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1099622     2  0.4060     0.5597 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR663197      3  0.4138     0.2857 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1394836     5  0.3810     0.5543 0.000 0.000 0.168 0.040 0.792
#> SRR661699      3  0.2964     0.4652 0.000 0.000 0.856 0.120 0.024
#> SRR813680      1  0.4720     0.7047 0.736 0.000 0.140 0.124 0.000
#> SRR1410678     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1378109     4  0.4060     0.5869 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1499174     3  0.6246     0.2522 0.256 0.000 0.600 0.116 0.028
#> SRR1311486     2  0.1341     0.9213 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1382851     5  0.5180     0.4867 0.000 0.000 0.120 0.196 0.684
#> SRR1433410     1  0.5766     0.5987 0.616 0.000 0.164 0.220 0.000
#> SRR661167      3  0.3003     0.4730 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1432518     3  0.3796     0.4148 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR660462      3  0.4101     0.3156 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1374608     4  0.4616     0.6051 0.288 0.000 0.036 0.676 0.000
#> SRR657949      1  0.3527     0.7361 0.792 0.000 0.192 0.016 0.000
#> SRR1308882     4  0.4060     0.5869 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR655768      3  0.6157    -0.1280 0.364 0.000 0.496 0.140 0.000
#> SRR1485870     4  0.5766     0.2857 0.004 0.000 0.088 0.560 0.348
#> SRR1444138     3  0.4307    -0.0511 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1417342     1  0.1484     0.7592 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000
#> SRR1470193     4  0.6596     0.0979 0.000 0.000 0.212 0.416 0.372
#> SRR1091380     3  0.4074     0.3255 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1099096     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1313583     4  0.4171     0.5544 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000
#> SRR1467102     2  0.2280     0.8846 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1485416     4  0.3334     0.5764 0.004 0.000 0.080 0.852 0.064
#> SRR818821      3  0.3837     0.4062 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR809963      1  0.2795     0.7630 0.872 0.000 0.100 0.028 0.000
#> SRR1072247     1  0.2127     0.7136 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR1353710     4  0.2467     0.6217 0.052 0.000 0.024 0.908 0.016
#> SRR1445259     3  0.3932     0.3816 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1408393     1  0.5060     0.6724 0.684 0.000 0.224 0.092 0.000
#> SRR1361522     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1368597     1  0.1908     0.7258 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1309680     2  0.3074     0.8164 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1310542     5  0.4126     0.2386 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1333485     4  0.3949     0.6018 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR1406437     3  0.6188    -0.1292 0.000 0.000 0.448 0.136 0.416
#> SRR1354931     3  0.4060     0.3259 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1391856     5  0.6800     0.0463 0.000 0.000 0.292 0.344 0.364
#> SRR1446738     5  0.1469     0.5979 0.000 0.000 0.036 0.016 0.948
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     5  0.3487     0.4946 0.000 0.212 0.008 0.000 0.780
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.2074     0.8956 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR613150      3  0.3586     0.4399 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1375329     3  0.3730     0.4244 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1387921     1  0.1608     0.7379 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0162     0.7714 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR812943      5  0.3039     0.5387 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1400910     5  0.2516     0.5692 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1444203     4  0.2689     0.6316 0.084 0.000 0.016 0.888 0.012
#> SRR816177      5  0.1469     0.5977 0.000 0.000 0.036 0.016 0.948
#> SRR658754      5  0.4268     0.1819 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1429603     4  0.2955     0.5891 0.004 0.000 0.060 0.876 0.060
#> SRR1397366     3  0.2233     0.4901 0.000 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR1446028     1  0.5507     0.6367 0.652 0.000 0.160 0.188 0.000
#> SRR1083918     5  0.2338     0.5581 0.000 0.112 0.004 0.000 0.884
#> SRR1337606     4  0.6458     0.0827 0.000 0.000 0.180 0.424 0.396
#> SRR659109      3  0.4138     0.2857 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384
#> SRR1337192     1  0.1671     0.7392 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR656946      5  0.2361     0.5885 0.000 0.000 0.096 0.012 0.892
#> SRR1476102     1  0.2179     0.7104 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1476447     1  0.0955     0.7719 0.968 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR1342067     4  0.4060     0.5869 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1385389     4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1075971     1  0.0404     0.7733 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.2769     0.7626 0.876 0.000 0.092 0.032 0.000
#> SRR1322936     5  0.6330     0.2904 0.000 0.000 0.236 0.236 0.528
#> SRR1349121     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1430549     1  0.1403     0.7758 0.952 0.000 0.024 0.024 0.000
#> SRR612935      5  0.5518     0.2069 0.000 0.072 0.384 0.000 0.544
#> SRR661481      2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.6114     0.2067 0.000 0.000 0.132 0.492 0.376
#> SRR1452164     1  0.0162     0.7714 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.6530    -0.2313 0.380 0.000 0.424 0.196 0.000
#> SRR1499894     5  0.4302     0.0970 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1082883     4  0.3714     0.5747 0.024 0.000 0.084 0.840 0.052
#> SRR1468271     1  0.6084     0.5541 0.572 0.000 0.220 0.208 0.000
#> SRR1332443     1  0.2891     0.6135 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.2020     0.7254 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1328620     5  0.4126     0.2413 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1396294     4  0.6092     0.2167 0.000 0.000 0.132 0.504 0.364
#> SRR1419917     1  0.4630     0.7099 0.744 0.000 0.140 0.116 0.000
#> SRR662114      3  0.3684     0.4310 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1489199     1  0.6385     0.4809 0.504 0.000 0.296 0.200 0.000
#> SRR813584      5  0.1018     0.5949 0.000 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR1069638     5  0.1671     0.5863 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR614864      3  0.3085     0.4783 0.032 0.000 0.852 0.116 0.000
#> SRR1433392     1  0.4766     0.7011 0.732 0.000 0.132 0.136 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     3  0.3134     0.4707 0.028 0.000 0.864 0.096 0.012
#> SRR1401252     4  0.3949     0.6018 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000
#> SRR1309963     4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1338031     1  0.2358     0.7661 0.888 0.000 0.104 0.008 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     4  0.6184    -0.1675 0.380 0.000 0.140 0.480 0.000
#> SRR1380393     1  0.1410     0.7451 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1319731     1  0.1544     0.7409 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1356468     4  0.2640     0.6160 0.052 0.000 0.032 0.900 0.016
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.1851     0.7285 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1486538     4  0.4818     0.6141 0.284 0.000 0.028 0.676 0.012
#> SRR1340486     4  0.4045     0.5878 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1377696     5  0.4219    -0.0663 0.000 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1465459     3  0.4025     0.4530 0.076 0.000 0.792 0.132 0.000
#> SRR1080270     5  0.4126     0.2386 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1312501     3  0.3280     0.4689 0.000 0.000 0.812 0.012 0.176
#> SRR1093148     3  0.6100    -0.0480 0.000 0.000 0.484 0.128 0.388
#> SRR1467080     5  0.6282     0.2237 0.000 0.164 0.340 0.000 0.496
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.4013     0.5434 0.004 0.000 0.108 0.804 0.084
#> SRR1379198     4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR613342      5  0.4273     0.1768 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1396616     3  0.3913     0.3791 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR813824      3  0.3730     0.4261 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1082376     1  0.2017     0.7713 0.912 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR1500891     5  0.5619     0.4275 0.000 0.000 0.156 0.208 0.636
#> SRR807543      1  0.6491     0.4134 0.464 0.000 0.336 0.200 0.000
#> SRR1091572     5  0.5039     0.4979 0.000 0.000 0.116 0.184 0.700
#> SRR1346689     5  0.4734     0.5247 0.000 0.000 0.108 0.160 0.732
#> SRR1332424     1  0.5759     0.5958 0.616 0.000 0.160 0.224 0.000
#> SRR663729      4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1097013     1  0.5478     0.6467 0.656 0.000 0.164 0.180 0.000
#> SRR613675      5  0.5039     0.4979 0.000 0.000 0.116 0.184 0.700
#> SRR1485357     4  0.3021     0.5875 0.004 0.000 0.064 0.872 0.060
#> SRR655816      3  0.4266     0.4333 0.120 0.000 0.776 0.104 0.000
#> SRR1500113     1  0.6132     0.5427 0.564 0.000 0.224 0.212 0.000
#> SRR1437622     5  0.5002     0.5084 0.000 0.000 0.160 0.132 0.708
#> SRR1355172     1  0.3099     0.7561 0.848 0.000 0.124 0.028 0.000
#> SRR655531      1  0.2843     0.7542 0.876 0.000 0.076 0.048 0.000
#> SRR1338147     3  0.3661     0.4337 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1413329     3  0.3870     0.4421 0.028 0.000 0.816 0.132 0.024
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.1638     0.7445 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR1333308     4  0.2819     0.5915 0.004 0.000 0.052 0.884 0.060
#> SRR1452033     1  0.5547     0.6263 0.644 0.000 0.148 0.208 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.4101     0.3103 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.4634     0.4132 0.136 0.000 0.744 0.120 0.000
#> SRR1471755     5  0.2304     0.5614 0.000 0.100 0.000 0.008 0.892
#> SRR808019      1  0.0703     0.7629 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1479133     3  0.1522     0.5000 0.000 0.000 0.944 0.012 0.044
#> SRR615069      5  0.4262     0.1924 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1456185     2  0.2966     0.8289 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1350069     4  0.6060     0.2037 0.000 0.000 0.124 0.492 0.384
#> SRR816316      1  0.2873     0.7579 0.856 0.000 0.128 0.016 0.000
#> SRR664795      1  0.2719     0.7554 0.884 0.000 0.068 0.048 0.000
#> SRR1490721     4  0.3078     0.5869 0.008 0.000 0.064 0.872 0.056
#> SRR810643      1  0.1195     0.7767 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR1430333     3  0.6308    -0.1672 0.352 0.000 0.484 0.164 0.000
#> SRR1085285     3  0.3707     0.4292 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1099072     3  0.2563     0.4832 0.008 0.000 0.872 0.120 0.000
#> SRR1317985     1  0.0404     0.7733 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.1851     0.7295 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR1420276     2  0.0609     0.9362 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1351347     3  0.3752     0.4207 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1405525     1  0.6398     0.4748 0.500 0.000 0.300 0.200 0.000
#> SRR1370329     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1465001     1  0.1608     0.7379 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      5  0.2677     0.5830 0.000 0.000 0.112 0.016 0.872
#> SRR2157314     1  0.2305     0.7659 0.896 0.000 0.092 0.012 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.3277     0.5791 0.004 0.000 0.068 0.856 0.072
#> SRR613639      3  0.4929     0.4081 0.148 0.000 0.716 0.136 0.000
#> SRR1402285     4  0.4150     0.5553 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1077038     1  0.1281     0.7769 0.956 0.000 0.032 0.012 0.000
#> SRR1405660     3  0.4150     0.2783 0.000 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1095455     5  0.4307     0.0462 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1394734     5  0.1018     0.5949 0.000 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR1317771     1  0.2179     0.7104 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1365894     4  0.6002     0.2002 0.000 0.000 0.116 0.492 0.392
#> SRR1073581     1  0.1197     0.7533 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR659804      1  0.5361     0.6471 0.668 0.000 0.144 0.188 0.000
#> SRR1345914     2  0.2966     0.8289 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR1432186     2  0.2074     0.8953 0.000 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1473529     2  0.3109     0.8122 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR660764      2  0.2280     0.8846 0.000 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR820448      1  0.2136     0.7704 0.904 0.000 0.088 0.008 0.000
#> SRR1328845     5  0.6115     0.2676 0.000 0.000 0.168 0.280 0.552
#> SRR1336415     4  0.3336     0.6308 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR1379065     4  0.4088     0.5794 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000
#> SRR1459190     3  0.1270     0.4970 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1346773     1  0.5392     0.6434 0.664 0.000 0.144 0.192 0.000
#> SRR1499521     1  0.1478     0.7461 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     5  0.4101     0.2511 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.2020     0.7208 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1333395     4  0.3976     0.5841 0.016 0.000 0.124 0.812 0.048
#> SRR1309248     5  0.2491     0.5912 0.000 0.000 0.068 0.036 0.896
#> SRR809161      3  0.3517     0.4627 0.068 0.000 0.832 0.100 0.000
#> SRR1316320     5  0.3055     0.5835 0.000 0.000 0.072 0.064 0.864
#> SRR1432629     2  0.2605     0.8626 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR1498931     1  0.0324     0.7719 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1416578     4  0.4015     0.5933 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1405547     3  0.3983     0.3621 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1470534     4  0.4150     0.5553 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR1380764     1  0.0912     0.7751 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR1309160     3  0.3707     0.4292 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR663489      3  0.3895     0.3907 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1500450     1  0.1478     0.7440 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1078489     5  0.6496     0.2063 0.000 0.000 0.232 0.280 0.488
#> SRR1332648     4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.1671     0.7357 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1477949     1  0.4766     0.6999 0.732 0.000 0.132 0.136 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.5405     0.6385 0.660 0.000 0.136 0.204 0.000
#> SRR615946      5  0.4262     0.1865 0.000 0.000 0.440 0.000 0.560
#> SRR1446481     2  0.1544     0.9157 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.2727     0.7613 0.868 0.000 0.116 0.016 0.000
#> SRR660224      5  0.5754     0.3583 0.000 0.292 0.120 0.000 0.588
#> SRR665586      1  0.1893     0.7647 0.928 0.000 0.024 0.048 0.000
#> SRR1347166     1  0.6538     0.4207 0.452 0.000 0.340 0.208 0.000
#> SRR1485722     3  0.6554    -0.2383 0.392 0.000 0.408 0.200 0.000
#> SRR1415316     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR613390      1  0.2077     0.7706 0.908 0.000 0.084 0.008 0.000
#> SRR661108      3  0.3305     0.4572 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR2170173     3  0.4879     0.3935 0.176 0.000 0.716 0.108 0.000
#> SRR817329      1  0.2249     0.7681 0.896 0.000 0.096 0.008 0.000
#> SRR1401990     4  0.2483     0.6153 0.028 0.000 0.048 0.908 0.016
#> SRR1467745     5  0.3003     0.5071 0.000 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR1471795     2  0.1671     0.9117 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.3171     0.7438 0.816 0.000 0.176 0.008 0.000
#> SRR1314873     1  0.1638     0.7522 0.932 0.000 0.004 0.064 0.000
#> SRR1401211     1  0.1965     0.7234 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR1419692     5  0.2329     0.5496 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR818797      1  0.6490     0.3349 0.432 0.000 0.380 0.188 0.000
#> SRR2164608     3  0.4171     0.4366 0.112 0.000 0.784 0.104 0.000
#> SRR1455586     2  0.1544     0.9157 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR819459      5  0.4249     0.1952 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.6092    -0.1231 0.364 0.000 0.504 0.132 0.000
#> SRR1361652     5  0.2824     0.5619 0.000 0.096 0.032 0.000 0.872
#> SRR1437119     1  0.1211     0.7755 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> SRR1478547     3  0.4074     0.3254 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1430910     5  0.4592     0.3023 0.000 0.024 0.332 0.000 0.644
#> SRR1310584     1  0.1544     0.7435 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1500216     1  0.3752     0.7411 0.812 0.000 0.064 0.124 0.000
#> SRR1486762     2  0.3983     0.6006 0.000 0.660 0.000 0.000 0.340
#> SRR1480854     4  0.4060     0.5869 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1489394     4  0.3895     0.6052 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1418085     4  0.4114     0.5713 0.376 0.000 0.000 0.624 0.000
#> SRR1340221     4  0.4101     0.5724 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1473058     5  0.4010     0.5570 0.000 0.000 0.088 0.116 0.796
#> SRR1405165     3  0.3586     0.4389 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1433004     1  0.5283     0.6648 0.676 0.000 0.188 0.136 0.000
#> SRR1471477     1  0.6337     0.4932 0.524 0.000 0.260 0.216 0.000
#> SRR1098567     2  0.1851     0.9052 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1098712     5  0.1774     0.5974 0.000 0.000 0.052 0.016 0.932
#> SRR1455038     1  0.3193     0.7539 0.840 0.000 0.132 0.028 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.1410     0.4935 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1348378     2  0.4262     0.3595 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1413541     1  0.4630     0.7099 0.744 0.000 0.140 0.116 0.000
#> SRR1392943     4  0.4201     0.5299 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR1475192     5  0.3779     0.5174 0.000 0.052 0.144 0.000 0.804
#> SRR1432085     2  0.2891     0.8365 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR1452468     3  0.6584    -0.2575 0.380 0.000 0.412 0.208 0.000
#> SRR1347060     5  0.4273     0.1768 0.000 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1414139     5  0.4161     0.2125 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1447962     2  0.2929     0.8324 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.4960     0.6149 0.668 0.000 0.064 0.268 0.000
#> SRR1413436     1  0.1908     0.7258 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1311266     1  0.4926     0.6809 0.712 0.000 0.112 0.176 0.000
#> SRR1343302     4  0.3586     0.6226 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR1373746     1  0.1211     0.7755 0.960 0.000 0.016 0.024 0.000
#> SRR1429678     1  0.1908     0.7258 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1469413     2  0.4045     0.5608 0.000 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR1405331     3  0.3876     0.3968 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1345609     1  0.2179     0.7104 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR1380208     5  0.6246     0.3310 0.000 0.000 0.272 0.192 0.536
#> SRR1322840     4  0.4060     0.5869 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR1399797     5  0.4307     0.0405 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR1416654     3  0.4074     0.3249 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1315081     2  0.1544     0.9157 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1369196     5  0.4126     0.2386 0.000 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1400847     1  0.1410     0.7451 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1365291     3  0.6378    -0.1282 0.348 0.000 0.476 0.176 0.000
#> SRR1367920     4  0.6066     0.1996 0.000 0.000 0.124 0.488 0.388
#> SRR1366648     5  0.4302     0.0814 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9438 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.3612     0.4367 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1363968     1  0.0865     0.7666 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR814387      1  0.1908     0.7258 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR657599      1  0.3565     0.7394 0.800 0.000 0.176 0.024 0.000
#> SRR1386689     4  0.1869     0.6254 0.036 0.000 0.012 0.936 0.016
#> SRR1395575     3  0.3224     0.4751 0.000 0.000 0.824 0.016 0.160
#> SRR1453811     3  0.3555     0.4647 0.052 0.000 0.824 0.124 0.000
#> SRR1441159     1  0.4325     0.6986 0.756 0.000 0.064 0.180 0.000
#> SRR1403154     4  0.4015     0.5933 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1468722     3  0.2450     0.4980 0.000 0.000 0.900 0.052 0.048
#> SRR1310275     3  0.2659     0.4979 0.000 0.000 0.888 0.052 0.060

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.2738    0.70971 0.820 0.000 0.000 0.176 0.000 0.004
#> SRR1331708     6  0.5614    0.11654 0.000 0.000 0.048 0.056 0.352 0.544
#> SRR1464258     1  0.3622    0.63461 0.744 0.000 0.004 0.016 0.000 0.236
#> SRR1454201     3  0.3076    0.60400 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR661589      3  0.2941    0.59012 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1456229     1  0.2805    0.70009 0.828 0.000 0.000 0.012 0.000 0.160
#> SRR1315165     6  0.6138    0.14463 0.000 0.000 0.036 0.124 0.364 0.476
#> SRR1488960     1  0.1820    0.75330 0.924 0.000 0.000 0.056 0.012 0.008
#> SRR1417809     4  0.5065    0.53426 0.200 0.000 0.000 0.668 0.016 0.116
#> SRR1094457     4  0.2260    0.76200 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1095575     3  0.3482    0.49228 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000 0.316
#> SRR1315931     1  0.2730    0.69785 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000    0.70713 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.1910    0.66721 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1395554     3  0.3109    0.51131 0.000 0.000 0.772 0.004 0.224 0.000
#> SRR818002      2  0.4341    0.47569 0.000 0.564 0.000 0.024 0.412 0.000
#> SRR1344143     5  0.4085    0.57796 0.000 0.012 0.048 0.024 0.792 0.124
#> SRR1486845     4  0.2340    0.75755 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1362866     6  0.5503    0.29621 0.032 0.000 0.144 0.008 0.152 0.664
#> SRR1490740     1  0.0260    0.75834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1446627     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.2668    0.71213 0.828 0.000 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR1383907     4  0.4266    0.58578 0.004 0.000 0.000 0.620 0.020 0.356
#> SRR1311018     1  0.2538    0.71888 0.860 0.000 0.000 0.016 0.000 0.124
#> SRR1375699     2  0.4334    0.48074 0.000 0.568 0.000 0.024 0.408 0.000
#> SRR1429846     6  0.5609    0.39330 0.236 0.000 0.220 0.000 0.000 0.544
#> SRR613550      6  0.5634    0.29875 0.172 0.000 0.316 0.000 0.000 0.512
#> SRR1348402     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.5081    0.40332 0.000 0.000 0.588 0.000 0.104 0.308
#> SRR1324025     3  0.0865    0.70214 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1318879     3  0.2871    0.62701 0.000 0.000 0.804 0.000 0.004 0.192
#> SRR820755      1  0.4867    0.27612 0.548 0.000 0.000 0.032 0.016 0.404
#> SRR1485830     4  0.4426    0.56366 0.008 0.000 0.000 0.596 0.020 0.376
#> SRR599313      1  0.4939    0.48899 0.612 0.000 0.000 0.052 0.016 0.320
#> SRR612263      1  0.0622    0.75884 0.980 0.000 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1415398     6  0.6579    0.18043 0.136 0.000 0.372 0.024 0.024 0.444
#> SRR1326205     5  0.6244    0.17465 0.000 0.000 0.112 0.048 0.440 0.400
#> SRR1421327     4  0.2178    0.76448 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.1267    0.69732 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1499303     6  0.6050    0.07551 0.000 0.000 0.036 0.112 0.368 0.484
#> SRR1079522     6  0.5565    0.14691 0.000 0.000 0.076 0.040 0.296 0.588
#> SRR1452935     3  0.2114    0.68329 0.000 0.000 0.904 0.008 0.076 0.012
#> SRR1379495     1  0.2793    0.69211 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.2454    0.64577 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR615778      6  0.4616    0.15151 0.368 0.000 0.032 0.008 0.000 0.592
#> SRR1447564     1  0.0881    0.75716 0.972 0.000 0.000 0.012 0.008 0.008
#> SRR1455195     1  0.2697    0.70035 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR655182      3  0.5718   -0.10833 0.000 0.000 0.464 0.008 0.400 0.128
#> SRR1335140     5  0.6082    0.28082 0.000 0.000 0.152 0.020 0.460 0.368
#> SRR1433555     3  0.1075    0.70121 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1308650     5  0.5334    0.04385 0.000 0.368 0.060 0.024 0.548 0.000
#> SRR1388354     1  0.0862    0.75770 0.972 0.000 0.000 0.008 0.004 0.016
#> SRR1317446     5  0.4401    0.20765 0.000 0.000 0.464 0.024 0.512 0.000
#> SRR1413602     3  0.1663    0.68266 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.5575    0.00287 0.460 0.000 0.140 0.000 0.000 0.400
#> SRR661313      3  0.1556    0.68780 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1499935     6  0.5994    0.10906 0.000 0.000 0.028 0.116 0.396 0.460
#> SRR1447303     3  0.0717    0.70768 0.000 0.000 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1429408     6  0.6099    0.08904 0.000 0.000 0.044 0.100 0.404 0.452
#> SRR1433950     1  0.2653    0.70808 0.844 0.000 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1362081     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     6  0.5600    0.32942 0.304 0.000 0.172 0.000 0.000 0.524
#> SRR1435229     3  0.5568    0.07952 0.000 0.000 0.544 0.008 0.320 0.128
#> SRR1085996     1  0.0508    0.75846 0.984 0.000 0.000 0.004 0.000 0.012
#> SRR1414229     5  0.4035    0.45760 0.000 0.000 0.296 0.020 0.680 0.004
#> SRR1400974     3  0.1327    0.69572 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1399971     1  0.3682    0.65180 0.764 0.000 0.004 0.032 0.000 0.200
#> SRR613927      6  0.5816    0.00483 0.436 0.000 0.048 0.024 0.024 0.468
#> SRR1457854     1  0.0260    0.75834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1473714     6  0.6781    0.17298 0.064 0.000 0.064 0.052 0.316 0.504
#> SRR813776      6  0.5705    0.01466 0.428 0.000 0.040 0.024 0.024 0.484
#> SRR808196      4  0.4245    0.63354 0.020 0.000 0.000 0.684 0.016 0.280
#> SRR1101085     4  0.4345    0.59004 0.008 0.000 0.000 0.624 0.020 0.348
#> SRR614395      1  0.4556    0.50141 0.640 0.000 0.000 0.040 0.008 0.312
#> SRR1478251     4  0.2260    0.76200 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0909    0.75719 0.968 0.000 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR665310      3  0.5830    0.05817 0.044 0.000 0.464 0.028 0.024 0.440
#> SRR1420109     3  0.1858    0.68711 0.000 0.000 0.912 0.000 0.076 0.012
#> SRR1330920     6  0.5238    0.33405 0.292 0.000 0.128 0.000 0.000 0.580
#> SRR1419539     5  0.3782    0.38529 0.000 0.000 0.360 0.000 0.636 0.004
#> SRR1359447     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.4254    0.58977 0.004 0.000 0.000 0.624 0.020 0.352
#> SRR613915      1  0.5535    0.17807 0.520 0.000 0.020 0.040 0.020 0.400
#> SRR1384395     2  0.1682    0.83853 0.000 0.928 0.000 0.020 0.052 0.000
#> SRR821715      6  0.6757    0.29836 0.188 0.000 0.300 0.024 0.024 0.464
#> SRR1478228     1  0.0260    0.75834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1445637     1  0.2703    0.69579 0.824 0.000 0.000 0.004 0.000 0.172
#> SRR608150      6  0.5750    0.15578 0.004 0.000 0.040 0.064 0.360 0.532
#> SRR1096383     1  0.1285    0.75486 0.944 0.000 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1341480     4  0.4358    0.58697 0.008 0.000 0.000 0.620 0.020 0.352
#> SRR1341344     1  0.3351    0.60535 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.3076    0.56856 0.000 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR1498838     3  0.0260    0.70734 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1416313     3  0.1663    0.68266 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR808566      6  0.6268    0.15563 0.000 0.000 0.040 0.136 0.356 0.468
#> SRR1430270     4  0.2527    0.74096 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.2340    0.62813 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR613533      3  0.2573    0.63609 0.000 0.000 0.856 0.008 0.132 0.004
#> SRR661267      1  0.2513    0.73001 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR810665      2  0.2950    0.77126 0.000 0.828 0.000 0.024 0.148 0.000
#> SRR1407250     1  0.6012   -0.03946 0.436 0.000 0.136 0.020 0.000 0.408
#> SRR1420067     1  0.0603    0.75818 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1473632     5  0.5253    0.53587 0.000 0.000 0.224 0.008 0.628 0.140
#> SRR812536      3  0.5114    0.19791 0.004 0.000 0.516 0.028 0.024 0.428
#> SRR1370850     2  0.4396    0.38307 0.000 0.520 0.000 0.024 0.456 0.000
#> SRR1486195     2  0.0508    0.86889 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1407671     5  0.4994    0.54604 0.000 0.000 0.184 0.008 0.668 0.140
#> SRR1446375     3  0.4100    0.52651 0.000 0.000 0.752 0.008 0.176 0.064
#> SRR1465230     4  0.2135    0.76476 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.3348    0.65668 0.768 0.000 0.000 0.016 0.000 0.216
#> SRR1356101     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.2653    0.70986 0.844 0.000 0.000 0.012 0.000 0.144
#> SRR1392676     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.3271    0.66595 0.760 0.000 0.000 0.232 0.000 0.008
#> SRR660510      3  0.0000    0.70713 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.4077    0.69399 0.060 0.000 0.000 0.752 0.008 0.180
#> SRR658953      6  0.6344    0.36450 0.156 0.000 0.212 0.028 0.028 0.576
#> SRR2166459     1  0.4394    0.58213 0.724 0.000 0.000 0.044 0.024 0.208
#> SRR1070713     5  0.2030    0.58809 0.000 0.000 0.064 0.000 0.908 0.028
#> SRR1485312     3  0.3915    0.30740 0.004 0.000 0.584 0.000 0.000 0.412
#> SRR1317631     4  0.3957    0.62236 0.004 0.000 0.000 0.696 0.020 0.280
#> SRR1488610     1  0.3514    0.64290 0.752 0.000 0.000 0.020 0.000 0.228
#> SRR1330588     3  0.2454    0.64597 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1316367     5  0.5885    0.39342 0.000 0.000 0.284 0.008 0.516 0.192
#> SRR1433926     1  0.3570    0.64252 0.752 0.000 0.004 0.016 0.000 0.228
#> SRR1091302     4  0.4203    0.63250 0.016 0.000 0.000 0.680 0.016 0.288
#> SRR818263      1  0.2768    0.70304 0.832 0.000 0.000 0.012 0.000 0.156
#> SRR1404909     4  0.4266    0.58467 0.000 0.000 0.004 0.620 0.020 0.356
#> SRR663076      1  0.2762    0.69459 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.4206    0.55994 0.000 0.620 0.000 0.024 0.356 0.000
#> SRR1442422     4  0.2219    0.76319 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.1334    0.75721 0.948 0.000 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR654862      1  0.3564    0.60778 0.724 0.000 0.000 0.012 0.000 0.264
#> SRR1407112     4  0.4135    0.70141 0.072 0.000 0.000 0.760 0.012 0.156
#> SRR1332969     3  0.3944    0.27497 0.004 0.000 0.568 0.000 0.000 0.428
#> SRR1353199     3  0.1010    0.70472 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR1378885     1  0.3923    0.33726 0.580 0.000 0.000 0.004 0.000 0.416
#> SRR665357      2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.3923    0.29885 0.004 0.000 0.580 0.000 0.000 0.416
#> SRR1347819     3  0.1714    0.67960 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     5  0.3375    0.57980 0.000 0.000 0.056 0.008 0.824 0.112
#> SRR1431781     4  0.4227    0.59372 0.000 0.000 0.004 0.632 0.020 0.344
#> SRR1452270     3  0.4850    0.20979 0.000 0.000 0.524 0.024 0.020 0.432
#> SRR1500472     3  0.3606    0.59625 0.000 0.000 0.800 0.008 0.140 0.052
#> SRR1417632     5  0.5345    0.48361 0.000 0.000 0.140 0.012 0.624 0.224
#> SRR1350153     2  0.0547    0.86679 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.3248    0.50921 0.000 0.000 0.768 0.004 0.224 0.004
#> SRR1326579     1  0.3596    0.63865 0.748 0.000 0.004 0.016 0.000 0.232
#> SRR1349363     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.1957    0.66367 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1090407     3  0.4177    0.17817 0.012 0.000 0.520 0.000 0.000 0.468
#> SRR1083752     5  0.3063    0.58568 0.000 0.000 0.092 0.000 0.840 0.068
#> SRR1377599     6  0.5880    0.12819 0.000 0.000 0.036 0.100 0.336 0.528
#> SRR1488449     3  0.4708    0.21730 0.000 0.000 0.528 0.020 0.016 0.436
#> SRR1318354     5  0.5936    0.32737 0.000 0.036 0.364 0.032 0.528 0.040
#> SRR1359062     5  0.6230    0.31712 0.000 0.240 0.232 0.024 0.504 0.000
#> SRR1398924     5  0.5364    0.53608 0.000 0.000 0.236 0.020 0.628 0.116
#> SRR663783      3  0.2556    0.65163 0.000 0.000 0.864 0.008 0.120 0.008
#> SRR1319204     3  0.5029   -0.14656 0.000 0.000 0.492 0.008 0.448 0.052
#> SRR1369070     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0146    0.75817 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     5  0.3822    0.57687 0.000 0.008 0.048 0.020 0.808 0.116
#> SRR1377423     3  0.0713    0.70603 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.3284    0.67084 0.784 0.000 0.000 0.020 0.000 0.196
#> SRR1338426     3  0.2742    0.63579 0.000 0.000 0.852 0.008 0.128 0.012
#> SRR1353309     3  0.3290    0.55002 0.004 0.000 0.744 0.000 0.000 0.252
#> SRR658941      3  0.5034   -0.13696 0.000 0.000 0.468 0.000 0.460 0.072
#> SRR1101643     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.3782    0.63530 0.740 0.000 0.000 0.036 0.000 0.224
#> SRR1368874     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.4332    0.59372 0.008 0.000 0.000 0.628 0.020 0.344
#> SRR1363858     6  0.5692    0.16025 0.008 0.000 0.032 0.064 0.344 0.552
#> SRR819820      3  0.3265    0.55517 0.004 0.000 0.748 0.000 0.000 0.248
#> SRR1337342     1  0.3582    0.61837 0.732 0.000 0.000 0.016 0.000 0.252
#> SRR655206      5  0.3529    0.56282 0.000 0.000 0.208 0.000 0.764 0.028
#> SRR1387013     5  0.2250    0.58657 0.000 0.000 0.064 0.000 0.896 0.040
#> SRR1317410     1  0.0891    0.75841 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000 0.024
#> SRR608198      1  0.4164    0.59652 0.708 0.000 0.004 0.032 0.004 0.252
#> SRR1440161     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.2260    0.76200 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1099622     5  0.4979   -0.13875 0.000 0.424 0.028 0.024 0.524 0.000
#> SRR663197      3  0.1663    0.68266 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1394836     5  0.5977    0.29238 0.000 0.000 0.256 0.004 0.484 0.256
#> SRR661699      6  0.5118   -0.06322 0.000 0.000 0.440 0.036 0.024 0.500
#> SRR813680      1  0.3171    0.67362 0.784 0.000 0.000 0.012 0.000 0.204
#> SRR1410678     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.2178    0.76448 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1499174     3  0.6195   -0.02373 0.176 0.000 0.440 0.004 0.012 0.368
#> SRR1311486     2  0.2988    0.76881 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152 0.000
#> SRR1382851     5  0.5987    0.11742 0.000 0.000 0.100 0.036 0.464 0.400
#> SRR1433410     1  0.3487    0.64657 0.756 0.000 0.000 0.020 0.000 0.224
#> SRR661167      3  0.1610    0.68935 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1432518     3  0.0935    0.70540 0.000 0.000 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR660462      3  0.1327    0.69658 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1374608     4  0.3033    0.73980 0.108 0.000 0.000 0.848 0.012 0.032
#> SRR657949      1  0.5605    0.22715 0.544 0.000 0.020 0.044 0.024 0.368
#> SRR1308882     4  0.2178    0.76448 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR655768      6  0.5612    0.32545 0.308 0.000 0.172 0.000 0.000 0.520
#> SRR1485870     6  0.5913    0.13792 0.000 0.000 0.012 0.152 0.356 0.480
#> SRR1444138     3  0.3682    0.58235 0.000 0.000 0.792 0.008 0.148 0.052
#> SRR1417342     1  0.1901    0.75482 0.912 0.000 0.000 0.076 0.004 0.008
#> SRR1470193     6  0.5900    0.14053 0.000 0.000 0.040 0.088 0.372 0.500
#> SRR1091380     3  0.1588    0.69103 0.000 0.000 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1099096     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.2632    0.74703 0.164 0.000 0.000 0.832 0.000 0.004
#> SRR1467102     2  0.4273    0.52638 0.000 0.596 0.000 0.024 0.380 0.000
#> SRR1485416     4  0.4637    0.53500 0.004 0.000 0.004 0.572 0.028 0.392
#> SRR818821      3  0.0993    0.70783 0.000 0.000 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR809963      1  0.4940    0.59442 0.688 0.000 0.000 0.104 0.020 0.188
#> SRR1072247     1  0.3151    0.65053 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.4276    0.61958 0.016 0.000 0.000 0.664 0.016 0.304
#> SRR1445259     3  0.2697    0.68060 0.000 0.000 0.876 0.008 0.068 0.048
#> SRR1408393     1  0.5657    0.07085 0.484 0.000 0.032 0.028 0.024 0.432
#> SRR1361522     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.2996    0.67184 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.4405    0.35005 0.000 0.504 0.000 0.024 0.472 0.000
#> SRR1310542     5  0.4401    0.20765 0.000 0.000 0.464 0.024 0.512 0.000
#> SRR1333485     4  0.2278    0.76469 0.128 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR1406437     3  0.6375   -0.11081 0.000 0.000 0.400 0.016 0.344 0.240
#> SRR1354931     3  0.2046    0.69405 0.000 0.000 0.908 0.000 0.060 0.032
#> SRR1391856     6  0.6245    0.20678 0.000 0.000 0.132 0.060 0.264 0.544
#> SRR1446738     5  0.2948    0.58699 0.000 0.000 0.092 0.000 0.848 0.060
#> SRR1309032     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     5  0.5376    0.48404 0.000 0.156 0.172 0.024 0.648 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.4973    0.51359 0.000 0.584 0.036 0.024 0.356 0.000
#> SRR613150      3  0.1141    0.69933 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1375329     3  0.2361    0.67955 0.000 0.000 0.896 0.008 0.032 0.064
#> SRR1387921     1  0.2730    0.69702 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0363    0.75797 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR812943      5  0.5798    0.28993 0.000 0.000 0.372 0.008 0.476 0.144
#> SRR1400910     5  0.5553    0.44304 0.000 0.000 0.296 0.008 0.560 0.136
#> SRR1444203     4  0.4158    0.63895 0.028 0.000 0.000 0.708 0.012 0.252
#> SRR816177      5  0.2629    0.59199 0.000 0.000 0.092 0.000 0.868 0.040
#> SRR658754      3  0.3737    0.13989 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1429603     4  0.4266    0.58467 0.000 0.000 0.004 0.620 0.020 0.356
#> SRR1397366     3  0.3899    0.32182 0.004 0.000 0.592 0.000 0.000 0.404
#> SRR1446028     1  0.3168    0.67561 0.792 0.000 0.000 0.016 0.000 0.192
#> SRR1083918     5  0.2094    0.58651 0.000 0.000 0.064 0.024 0.908 0.004
#> SRR1337606     6  0.5946    0.12002 0.000 0.000 0.048 0.080 0.384 0.488
#> SRR659109      3  0.1556    0.68780 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1337192     1  0.3230    0.69185 0.776 0.000 0.000 0.212 0.000 0.012
#> SRR656946      5  0.5239    0.51927 0.000 0.000 0.216 0.008 0.632 0.144
#> SRR1476102     1  0.3409    0.58723 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.1245    0.75643 0.952 0.000 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1342067     4  0.2178    0.76448 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.2416    0.75125 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0405    0.75837 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR614419      1  0.4678    0.62541 0.724 0.000 0.000 0.096 0.024 0.156
#> SRR1322936     6  0.6015   -0.09957 0.000 0.000 0.136 0.020 0.420 0.424
#> SRR1349121     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.1625    0.74857 0.928 0.000 0.000 0.012 0.000 0.060
#> SRR612935      5  0.5828    0.29854 0.000 0.020 0.388 0.032 0.512 0.048
#> SRR661481      2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     6  0.6030    0.09230 0.000 0.000 0.032 0.112 0.404 0.452
#> SRR1452164     1  0.0363    0.75797 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1070503     6  0.5355    0.22398 0.356 0.000 0.104 0.004 0.000 0.536
#> SRR1499894     3  0.2260    0.63603 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1082883     4  0.5187    0.44161 0.012 0.000 0.004 0.500 0.048 0.436
#> SRR1468271     1  0.3673    0.62580 0.736 0.000 0.004 0.016 0.000 0.244
#> SRR1332443     1  0.3482    0.56154 0.684 0.000 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.3163    0.66719 0.764 0.000 0.000 0.232 0.000 0.004
#> SRR1328620     5  0.5219    0.26978 0.000 0.000 0.416 0.028 0.516 0.040
#> SRR1396294     6  0.6212    0.15351 0.000 0.000 0.036 0.136 0.356 0.472
#> SRR1419917     1  0.2572    0.71220 0.852 0.000 0.000 0.012 0.000 0.136
#> SRR662114      3  0.0632    0.70554 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1489199     1  0.4455    0.35728 0.584 0.000 0.020 0.008 0.000 0.388
#> SRR813584      5  0.1471    0.58914 0.000 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1069638     5  0.3044    0.59706 0.000 0.000 0.116 0.000 0.836 0.048
#> SRR614864      3  0.4224    0.23710 0.016 0.000 0.552 0.000 0.000 0.432
#> SRR1433392     1  0.2877    0.69580 0.820 0.000 0.000 0.012 0.000 0.168
#> SRR1377777     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     6  0.5287   -0.09009 0.008 0.000 0.436 0.028 0.028 0.500
#> SRR1401252     4  0.2278    0.76469 0.128 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR1309963     4  0.2260    0.76200 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0777    0.75767 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1418628     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.6031    0.18187 0.456 0.000 0.000 0.228 0.004 0.312
#> SRR1380393     1  0.2697    0.69939 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.2730    0.69702 0.808 0.000 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.4627    0.58968 0.028 0.000 0.000 0.620 0.016 0.336
#> SRR1337010     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.3141    0.69593 0.788 0.000 0.000 0.200 0.000 0.012
#> SRR1486538     4  0.3474    0.73302 0.112 0.000 0.000 0.820 0.012 0.056
#> SRR1340486     4  0.2178    0.76395 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1377696     5  0.4783    0.46882 0.000 0.168 0.000 0.032 0.716 0.084
#> SRR1465459     6  0.5616    0.28216 0.164 0.000 0.328 0.000 0.000 0.508
#> SRR1080270     5  0.4336    0.18446 0.000 0.000 0.476 0.020 0.504 0.000
#> SRR1312501     3  0.2378    0.65193 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR1093148     3  0.6018    0.05022 0.000 0.000 0.456 0.008 0.348 0.188
#> SRR1467080     5  0.5364    0.25472 0.000 0.056 0.416 0.024 0.504 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.5863    0.32043 0.000 0.000 0.016 0.440 0.124 0.420
#> SRR1379198     4  0.2260    0.76200 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.3262    0.54723 0.000 0.000 0.788 0.008 0.196 0.008
#> SRR1452246     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.2260    0.76200 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.1789    0.69940 0.000 0.000 0.924 0.000 0.044 0.032
#> SRR813824      3  0.0260    0.70693 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1082376     1  0.0935    0.75696 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1500891     5  0.6192    0.20500 0.000 0.000 0.120 0.040 0.452 0.388
#> SRR807543      6  0.4570    0.01810 0.436 0.000 0.036 0.000 0.000 0.528
#> SRR1091572     5  0.5980    0.16426 0.000 0.000 0.144 0.016 0.452 0.388
#> SRR1346689     5  0.6025    0.27618 0.000 0.000 0.144 0.020 0.472 0.364
#> SRR1332424     1  0.3858    0.62796 0.732 0.000 0.004 0.028 0.000 0.236
#> SRR663729      4  0.2378    0.75454 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.2980    0.68575 0.808 0.000 0.000 0.012 0.000 0.180
#> SRR613675      5  0.6030    0.16736 0.000 0.000 0.152 0.016 0.444 0.388
#> SRR1485357     4  0.4447    0.56623 0.004 0.000 0.004 0.600 0.020 0.372
#> SRR655816      6  0.6772    0.24282 0.164 0.000 0.340 0.028 0.024 0.444
#> SRR1500113     1  0.3673    0.62704 0.736 0.000 0.004 0.016 0.000 0.244
#> SRR1437622     5  0.6062    0.23250 0.000 0.000 0.148 0.024 0.496 0.332
#> SRR1355172     1  0.1806    0.74175 0.908 0.000 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR655531      1  0.5573    0.58709 0.620 0.000 0.000 0.196 0.024 0.160
#> SRR1338147     3  0.0858    0.70497 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR1413329     6  0.5010    0.15131 0.024 0.000 0.356 0.024 0.008 0.588
#> SRR1485931     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.2531    0.73667 0.860 0.000 0.000 0.128 0.004 0.008
#> SRR1333308     4  0.4358    0.58789 0.008 0.000 0.000 0.620 0.020 0.352
#> SRR1452033     1  0.3231    0.67049 0.784 0.000 0.000 0.016 0.000 0.200
#> SRR1467316     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.1327    0.69572 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      6  0.6759    0.27611 0.168 0.000 0.320 0.028 0.024 0.460
#> SRR1471755     5  0.1750    0.58531 0.000 0.008 0.056 0.004 0.928 0.004
#> SRR808019      1  0.2520    0.72277 0.844 0.000 0.000 0.152 0.000 0.004
#> SRR1479133     3  0.3547    0.45260 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR615069      3  0.4493    0.25938 0.000 0.000 0.644 0.008 0.312 0.036
#> SRR1456185     2  0.4393    0.39319 0.000 0.524 0.000 0.024 0.452 0.000
#> SRR1350069     6  0.6053    0.10127 0.000 0.000 0.036 0.108 0.400 0.456
#> SRR816316      1  0.1444    0.74720 0.928 0.000 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR664795      1  0.5639    0.56905 0.604 0.000 0.000 0.200 0.020 0.176
#> SRR1490721     4  0.4302    0.57478 0.004 0.000 0.000 0.608 0.020 0.368
#> SRR810643      1  0.1643    0.74698 0.924 0.000 0.000 0.008 0.000 0.068
#> SRR1430333     6  0.6480    0.41425 0.220 0.000 0.180 0.028 0.024 0.548
#> SRR1085285     3  0.0547    0.70609 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1099072     3  0.4083    0.19889 0.008 0.000 0.532 0.000 0.000 0.460
#> SRR1317985     1  0.0291    0.75829 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1487340     1  0.2996    0.67184 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.2282    0.81447 0.000 0.888 0.000 0.024 0.088 0.000
#> SRR1351347     3  0.1644    0.70342 0.000 0.000 0.932 0.000 0.040 0.028
#> SRR1405525     1  0.4687    0.29039 0.536 0.000 0.036 0.004 0.000 0.424
#> SRR1370329     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.2762    0.69429 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      5  0.5019    0.43525 0.000 0.000 0.292 0.000 0.604 0.104
#> SRR2157314     1  0.4604    0.61061 0.724 0.000 0.000 0.076 0.024 0.176
#> SRR1409465     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.5101    0.48966 0.004 0.000 0.008 0.540 0.052 0.396
#> SRR613639      6  0.5908    0.28799 0.176 0.000 0.324 0.000 0.008 0.492
#> SRR1402285     4  0.2562    0.73744 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.1713    0.76010 0.928 0.000 0.000 0.028 0.000 0.044
#> SRR1405660     3  0.1765    0.67663 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1095455     3  0.3792    0.56865 0.000 0.000 0.780 0.008 0.160 0.052
#> SRR1394734     5  0.1471    0.58914 0.000 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1317771     1  0.3309    0.61624 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000 0.000
#> SRR1365894     6  0.5936    0.09689 0.000 0.000 0.024 0.116 0.404 0.456
#> SRR1073581     1  0.2668    0.71486 0.828 0.000 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR659804      1  0.3071    0.68400 0.804 0.000 0.000 0.016 0.000 0.180
#> SRR1345914     2  0.4381    0.41994 0.000 0.536 0.000 0.024 0.440 0.000
#> SRR1432186     2  0.4252    0.53685 0.000 0.604 0.000 0.024 0.372 0.000
#> SRR1473529     2  0.5457    0.31025 0.000 0.484 0.000 0.032 0.432 0.052
#> SRR660764      2  0.4654    0.52275 0.000 0.592 0.016 0.024 0.368 0.000
#> SRR820448      1  0.1692    0.75121 0.932 0.000 0.000 0.012 0.008 0.048
#> SRR1328845     5  0.5870   -0.00177 0.000 0.000 0.060 0.056 0.452 0.432
#> SRR1336415     4  0.2487    0.75261 0.092 0.000 0.000 0.876 0.000 0.032
#> SRR1379065     4  0.2260    0.76200 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.3953    0.44003 0.000 0.000 0.656 0.000 0.016 0.328
#> SRR1346773     1  0.3136    0.67857 0.796 0.000 0.000 0.016 0.000 0.188
#> SRR1499521     1  0.2848    0.71131 0.816 0.000 0.000 0.176 0.000 0.008
#> SRR1440898     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     5  0.4393    0.23066 0.000 0.000 0.452 0.024 0.524 0.000
#> SRR1081209     2  0.0260    0.87257 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.3050    0.66438 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.4570    0.55438 0.008 0.000 0.000 0.588 0.028 0.376
#> SRR1309248     5  0.4944    0.53699 0.000 0.000 0.148 0.008 0.676 0.168
#> SRR809161      6  0.6685    0.19796 0.144 0.000 0.364 0.028 0.024 0.440
#> SRR1316320     5  0.5463    0.48319 0.000 0.000 0.144 0.016 0.616 0.224
#> SRR1432629     2  0.4348    0.46973 0.000 0.560 0.000 0.024 0.416 0.000
#> SRR1498931     1  0.0260    0.75834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1416578     4  0.2135    0.76476 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0865    0.70381 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1470534     4  0.2562    0.73744 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.1151    0.75568 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1309160     3  0.0458    0.70659 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR663489      3  0.0547    0.70683 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1500450     1  0.2838    0.70213 0.808 0.000 0.000 0.188 0.004 0.000
#> SRR1078489     6  0.5910    0.02944 0.000 0.000 0.064 0.056 0.420 0.460
#> SRR1332648     4  0.2340    0.75755 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.2912    0.68076 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.2744    0.70741 0.840 0.000 0.000 0.016 0.000 0.144
#> SRR1481419     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.3231    0.67049 0.784 0.000 0.000 0.016 0.000 0.200
#> SRR615946      3  0.3747    0.12753 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1446481     2  0.3333    0.73580 0.000 0.784 0.000 0.024 0.192 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.1204    0.75098 0.944 0.000 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR660224      5  0.6643    0.43430 0.000 0.172 0.204 0.024 0.552 0.048
#> SRR665586      1  0.3658    0.69557 0.772 0.000 0.000 0.192 0.008 0.028
#> SRR1347166     6  0.4675    0.18438 0.360 0.000 0.044 0.000 0.004 0.592
#> SRR1485722     1  0.6063   -0.06095 0.428 0.000 0.144 0.020 0.000 0.408
#> SRR1415316     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0777    0.75782 0.972 0.000 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR661108      3  0.1387    0.69399 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR2170173     6  0.6828    0.28261 0.184 0.000 0.312 0.028 0.024 0.452
#> SRR817329      1  0.1890    0.75414 0.924 0.000 0.000 0.024 0.008 0.044
#> SRR1401990     4  0.4172    0.62142 0.012 0.000 0.000 0.672 0.016 0.300
#> SRR1467745     5  0.2359    0.58115 0.000 0.016 0.052 0.024 0.904 0.004
#> SRR1471795     2  0.3956    0.63402 0.000 0.684 0.000 0.024 0.292 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.4334    0.56793 0.720 0.000 0.000 0.040 0.020 0.220
#> SRR1314873     1  0.3093    0.72221 0.816 0.000 0.000 0.164 0.008 0.012
#> SRR1401211     1  0.3023    0.66836 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1419692     5  0.3456    0.51945 0.000 0.000 0.040 0.004 0.800 0.156
#> SRR818797      6  0.4886    0.12058 0.396 0.000 0.064 0.000 0.000 0.540
#> SRR2164608     6  0.6772    0.24282 0.164 0.000 0.340 0.028 0.024 0.444
#> SRR1455586     2  0.3593    0.70514 0.000 0.748 0.000 0.024 0.228 0.000
#> SRR819459      3  0.3847   -0.05639 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     6  0.5688    0.38706 0.264 0.000 0.212 0.000 0.000 0.524
#> SRR1361652     5  0.5275    0.51889 0.000 0.008 0.224 0.032 0.664 0.072
#> SRR1437119     1  0.1367    0.75396 0.944 0.000 0.000 0.012 0.000 0.044
#> SRR1478547     3  0.1267    0.69732 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1430910     5  0.5374    0.33941 0.000 0.000 0.372 0.032 0.544 0.052
#> SRR1310584     1  0.2814    0.71078 0.820 0.000 0.000 0.172 0.000 0.008
#> SRR1500216     1  0.3307    0.73317 0.828 0.000 0.000 0.040 0.012 0.120
#> SRR1486762     5  0.6096    0.22585 0.000 0.288 0.172 0.024 0.516 0.000
#> SRR1480854     4  0.2178    0.76448 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.2212    0.76318 0.112 0.000 0.000 0.880 0.000 0.008
#> SRR1418085     4  0.2340    0.75755 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.2219    0.76319 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1473058     5  0.5881    0.31602 0.000 0.000 0.164 0.012 0.516 0.308
#> SRR1405165     3  0.1007    0.70119 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1433004     1  0.2912    0.66644 0.784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.216
#> SRR1471477     1  0.4134    0.48735 0.640 0.000 0.004 0.016 0.000 0.340
#> SRR1098567     2  0.4193    0.56468 0.000 0.624 0.000 0.024 0.352 0.000
#> SRR1098712     5  0.3206    0.58478 0.000 0.000 0.104 0.000 0.828 0.068
#> SRR1455038     1  0.2278    0.72440 0.868 0.000 0.000 0.004 0.000 0.128
#> SRR1375248     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.4676    0.26796 0.000 0.000 0.552 0.020 0.016 0.412
#> SRR1348378     5  0.5241   -0.05339 0.000 0.400 0.048 0.024 0.528 0.000
#> SRR1413541     1  0.2730    0.70379 0.836 0.000 0.000 0.012 0.000 0.152
#> SRR1392943     4  0.2631    0.73290 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR1475192     5  0.4591    0.35888 0.000 0.012 0.376 0.024 0.588 0.000
#> SRR1432085     2  0.4366    0.44297 0.000 0.548 0.000 0.024 0.428 0.000
#> SRR1452468     6  0.4987    0.26206 0.328 0.000 0.088 0.000 0.000 0.584
#> SRR1347060     3  0.3717    0.15945 0.000 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1414139     5  0.4401    0.20765 0.000 0.000 0.464 0.024 0.512 0.000
#> SRR1447962     2  0.4355    0.45703 0.000 0.556 0.000 0.024 0.420 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.3385    0.67087 0.788 0.000 0.000 0.032 0.000 0.180
#> SRR1413436     1  0.2996    0.67184 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.3003    0.69137 0.812 0.000 0.000 0.016 0.000 0.172
#> SRR1343302     4  0.2301    0.75920 0.096 0.000 0.000 0.884 0.000 0.020
#> SRR1373746     1  0.1434    0.75304 0.940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.048
#> SRR1429678     1  0.2996    0.67184 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1469413     5  0.5094   -0.10955 0.000 0.416 0.036 0.024 0.524 0.000
#> SRR1405331     3  0.2190    0.70151 0.000 0.000 0.900 0.000 0.060 0.040
#> SRR1345609     1  0.3409    0.58723 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1380208     5  0.6153    0.13919 0.000 0.000 0.148 0.024 0.416 0.412
#> SRR1322840     4  0.2135    0.76436 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.2416    0.61898 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1416654     3  0.1444    0.69241 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1315081     2  0.3645    0.69740 0.000 0.740 0.000 0.024 0.236 0.000
#> SRR1369196     5  0.4401    0.20765 0.000 0.000 0.464 0.024 0.512 0.000
#> SRR1400847     1  0.2631    0.70398 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR1365291     6  0.5667    0.37847 0.228 0.000 0.240 0.000 0.000 0.532
#> SRR1367920     6  0.5963    0.10442 0.000 0.000 0.028 0.112 0.396 0.464
#> SRR1366648     3  0.3309    0.41862 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.87612 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.1625    0.70165 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR1363968     1  0.1297    0.75880 0.948 0.000 0.000 0.040 0.000 0.012
#> SRR814387      1  0.2996    0.67184 0.772 0.000 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.4019    0.61241 0.740 0.000 0.000 0.028 0.016 0.216
#> SRR1386689     4  0.4123    0.63408 0.016 0.000 0.000 0.696 0.016 0.272
#> SRR1395575     3  0.2762    0.61331 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1453811     3  0.4337    0.12114 0.020 0.000 0.500 0.000 0.000 0.480
#> SRR1441159     1  0.2981    0.69579 0.820 0.000 0.000 0.020 0.000 0.160
#> SRR1403154     4  0.2135    0.76476 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.4581    0.34766 0.000 0.000 0.596 0.020 0.016 0.368
#> SRR1310275     3  0.3288    0.53455 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.981       0.992          0.495 0.505   0.505
#> 3 3 0.960           0.937       0.972          0.240 0.858   0.726
#> 4 4 0.958           0.931       0.972          0.180 0.868   0.667
#> 5 5 0.936           0.875       0.952          0.070 0.915   0.706
#> 6 6 0.899           0.837       0.921          0.034 0.944   0.766

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4

There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.9954      0.148 0.540 0.460
#> SRR661589      2  0.6438      0.802 0.164 0.836
#> SRR1456229     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.0376      0.990 0.996 0.004
#> SRR1315931     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1430066     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1431037     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1395554     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1486845     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1429846     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1345146     2  0.9087      0.526 0.324 0.676
#> SRR1324025     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1318879     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR820755      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1485830     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1421327     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1083311     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1499303     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1452935     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661361      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR655182      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1335140     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1433555     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1413602     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809853      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR661313      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1499935     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1447303     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1429408     1  0.0376      0.990 0.996 0.004
#> SRR1433950     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1435229     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1085996     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1400974     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR813776      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR808196      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1420109     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1330920     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1359447     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1347259     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR613915      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR821715      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1341480     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1326270     2  0.9866      0.246 0.432 0.568
#> SRR1498838     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1416313     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR808566      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1430270     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR613533      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661267      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1473632     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR812536      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1407671     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1446375     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1465230     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR660510      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1445655     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1485312     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1317631     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1330588     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1316367     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1404909     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1442422     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1332969     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1353199     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1378885     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR665357      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1347819     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1472576     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1431781     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1452270     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1500472     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1417632     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1458113     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1096712     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1090407     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1377599     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1488449     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1318354     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1359062     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1398924     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR663783      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1319204     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1377423     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1338426     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1353309     1  0.8661      0.592 0.712 0.288
#> SRR658941      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR819820      1  0.4022      0.908 0.920 0.080
#> SRR1337342     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1317410     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1415379     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR663197      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1394836     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661699      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR813680      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1433410     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR661167      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1432518     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR660462      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR657949      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1308882     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1444138     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1417342     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1091380     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1485416     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR818821      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1445259     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1408393     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1310542     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1406437     1  0.8443      0.626 0.728 0.272
#> SRR1354931     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1391856     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1309032     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1432611     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR613150      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1375329     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1387921     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR812943      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1400910     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1444203     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR658754      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1397366     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1337606     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR659109      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR656946      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.7815      0.696 0.768 0.232
#> SRR1349121     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1393596     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1499894     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1396294     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1419917     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR662114      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1489199     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1069638     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR614864      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2167710     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1401252     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1465459     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1080270     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1312501     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1093148     2  0.7139      0.756 0.196 0.804
#> SRR1467080     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR816475      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1379198     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1338836     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1369129     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1396616     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR813824      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR807543      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1091572     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1346689     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR613675      2  0.8661      0.597 0.288 0.712
#> SRR1485357     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR655816      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1355172     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1338147     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1413329     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809018      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR663440      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.1843      0.965 0.972 0.028
#> SRR615069      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1350069     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1085285     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1099072     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1351347     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1405525     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2157314     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR613639      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1402285     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1405660     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1095455     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1394734     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.9491      0.426 0.368 0.632
#> SRR1073581     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR660764      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1336415     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1459190     2  0.7950      0.686 0.240 0.760
#> SRR1346773     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1347459     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1309248     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR809161      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1432629     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1405547     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1309160     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR663489      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1078489     2  0.1184      0.975 0.016 0.984
#> SRR1332648     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1470420     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR615946      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR661108      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR2170173     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR818797      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR819459      2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1433232     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1361652     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1437119     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1430910     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1405165     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1433004     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1098712     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1455038     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1403005     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1347060     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1447962     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1405331     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1322840     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1416654     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1315081     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1369196     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1367920     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1366648     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1082173     2  0.0000      0.991 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1395575     2  0.0938      0.979 0.012 0.988
#> SRR1453811     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0000      0.993 1.000 0.000
#> SRR1468722     1  0.9866      0.232 0.568 0.432
#> SRR1310275     1  0.0000      0.993 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1464258     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR661589      3  0.0661      0.932 0.008 0.004 0.988
#> SRR1456229     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1488960     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1094457     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1095575     3  0.2959      0.857 0.100 0.000 0.900
#> SRR1315931     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1431037     3  0.5291      0.654 0.000 0.268 0.732
#> SRR1395554     2  0.0237      0.972 0.000 0.996 0.004
#> SRR818002      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486845     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1362866     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1311018     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429846     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR613550      1  0.5678      0.518 0.684 0.000 0.316
#> SRR1348402     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.1877      0.918 0.012 0.032 0.956
#> SRR1324025     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1318879     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR820755      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485830     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR599313      1  0.0237      0.978 0.996 0.000 0.004
#> SRR612263      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.1031      0.924 0.024 0.000 0.976
#> SRR1326205     2  0.0424      0.968 0.000 0.992 0.008
#> SRR1421327     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1083311     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1499303     1  0.1482      0.958 0.968 0.020 0.012
#> SRR1079522     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1452935     3  0.4452      0.761 0.000 0.192 0.808
#> SRR1379495     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR615778      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1308650     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.5397      0.604 0.000 0.720 0.280
#> SRR1413602     3  0.1031      0.929 0.000 0.024 0.976
#> SRR1479955     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.1529      0.918 0.000 0.040 0.960
#> SRR1499935     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1447303     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1429408     1  0.6381      0.487 0.648 0.340 0.012
#> SRR1433950     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1435229     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400974     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1399971     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR813776      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR808196      1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1101085     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR614395      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1370551     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.1031      0.924 0.024 0.000 0.976
#> SRR1420109     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1330920     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359447     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347259     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR613915      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.6126      0.363 0.400 0.000 0.600
#> SRR1478228     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1096383     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1341344     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1498838     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1416313     3  0.3816      0.818 0.000 0.148 0.852
#> SRR808566      1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1430270     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1367825     3  0.2537      0.887 0.000 0.080 0.920
#> SRR613533      2  0.6045      0.366 0.000 0.620 0.380
#> SRR661267      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1370850     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446375     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465230     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR614119      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1445655     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR658953      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1317631     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1488610     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1316367     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR818263      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR663076      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1465893     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1332969     3  0.1643      0.908 0.044 0.000 0.956
#> SRR1353199     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1378885     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR665357      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1347819     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1480813     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431781     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1452270     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1500472     2  0.3116      0.866 0.000 0.892 0.108
#> SRR1417632     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     2  0.0237      0.972 0.000 0.996 0.004
#> SRR1326579     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.5254      0.661 0.000 0.264 0.736
#> SRR1090407     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1083752     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377599     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1488449     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1318354     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359062     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR663783      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1319204     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1312310     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     2  0.5327      0.620 0.000 0.728 0.272
#> SRR1353309     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR658941      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1363858     1  0.0424      0.977 0.992 0.000 0.008
#> SRR819820      3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1337342     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1099622     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR663197      3  0.2537      0.887 0.000 0.080 0.920
#> SRR1394836     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR661699      3  0.2356      0.875 0.072 0.000 0.928
#> SRR813680      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1499174     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.0424      0.968 0.000 0.992 0.008
#> SRR1433410     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1432518     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR660462      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1374608     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR657949      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308882     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR655768      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1444138     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1091380     3  0.2261      0.897 0.000 0.068 0.932
#> SRR1099096     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1467102     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR818821      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR809963      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1445259     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1408393     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     2  0.4399      0.762 0.000 0.812 0.188
#> SRR1333485     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1406437     1  0.9061      0.286 0.548 0.264 0.188
#> SRR1354931     3  0.5431      0.626 0.000 0.284 0.716
#> SRR1391856     3  0.6111      0.347 0.396 0.000 0.604
#> SRR1446738     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1375329     3  0.2537      0.883 0.000 0.080 0.920
#> SRR1387921     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444203     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR816177      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR658754      2  0.4555      0.744 0.000 0.800 0.200
#> SRR1429603     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1397366     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1446028     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337606     1  0.1015      0.970 0.980 0.008 0.012
#> SRR659109      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1337192     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1385389     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1075971     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.6129      0.507 0.668 0.324 0.008
#> SRR1349121     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      2  0.3038      0.871 0.000 0.896 0.104
#> SRR661481      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393596     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1452164     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499894     2  0.5098      0.664 0.000 0.752 0.248
#> SRR1082883     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1468271     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396294     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1419917     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1489199     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1069638     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR614864      3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1433392     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.5465      0.580 0.712 0.000 0.288
#> SRR1401252     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1309963     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1338031     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1380393     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1337010     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1340486     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1377696     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.6154      0.341 0.408 0.000 0.592
#> SRR1080270     2  0.4399      0.762 0.000 0.812 0.188
#> SRR1312501     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1093148     2  0.9256      0.111 0.168 0.488 0.344
#> SRR1467080     2  0.4452      0.756 0.000 0.808 0.192
#> SRR1410866     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1379198     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR613342      2  0.3038      0.871 0.000 0.896 0.104
#> SRR1452246     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1396616     3  0.5016      0.698 0.000 0.240 0.760
#> SRR813824      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1082376     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0424      0.968 0.000 0.992 0.008
#> SRR807543      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1091572     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0237      0.971 0.000 0.996 0.004
#> SRR1332424     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1097013     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR613675      2  0.2860      0.867 0.084 0.912 0.004
#> SRR1485357     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR655816      1  0.6192      0.244 0.580 0.000 0.420
#> SRR1500113     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1413329     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1452033     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1375351     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      1  0.5882      0.443 0.652 0.000 0.348
#> SRR1471755     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR808019      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR615069      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350069     1  0.1999      0.941 0.952 0.036 0.012
#> SRR816316      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR810643      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085285     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1099072     3  0.4002      0.795 0.160 0.000 0.840
#> SRR1317985     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1405525     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR613639      1  0.6126      0.305 0.600 0.000 0.400
#> SRR1402285     1  0.0424      0.977 0.992 0.000 0.008
#> SRR1077038     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.1411      0.921 0.000 0.036 0.964
#> SRR1095455     2  0.3192      0.862 0.000 0.888 0.112
#> SRR1394734     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.4128      0.780 0.132 0.856 0.012
#> SRR1073581     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.0592      0.964 0.000 0.988 0.012
#> SRR1336415     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1379065     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1459190     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1346773     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1309248     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR809161      3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1316320     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1405547     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1470534     1  0.0424      0.977 0.992 0.000 0.008
#> SRR1380764     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR663489      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1500450     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     2  0.1015      0.956 0.008 0.980 0.012
#> SRR1332648     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR660614      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR2170173     1  0.4605      0.728 0.796 0.000 0.204
#> SRR817329      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1467745     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR818797      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.6168      0.269 0.588 0.000 0.412
#> SRR1455586     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      2  0.4399      0.762 0.000 0.812 0.188
#> SRR1488939     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.3340      0.849 0.880 0.000 0.120
#> SRR1361652     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1430910     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480854     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1489394     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1418085     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1340221     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1473058     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1433004     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1348378     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0237      0.978 0.996 0.000 0.004
#> SRR1475192     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     2  0.4452      0.756 0.000 0.808 0.192
#> SRR1414139     2  0.2625      0.893 0.000 0.916 0.084
#> SRR1447962     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1373746     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.1289      0.924 0.000 0.032 0.968
#> SRR1345609     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.0424      0.968 0.000 0.992 0.008
#> SRR1322840     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1399797     3  0.6095      0.391 0.000 0.392 0.608
#> SRR1416654     3  0.0592      0.935 0.000 0.012 0.988
#> SRR1315081     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0747      0.966 0.984 0.000 0.016
#> SRR1367920     1  0.6082      0.577 0.692 0.296 0.012
#> SRR1366648     3  0.6126      0.369 0.000 0.400 0.600
#> SRR1441679     2  0.0000      0.975 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.5216      0.668 0.000 0.260 0.740
#> SRR1363968     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1395575     3  0.0661      0.934 0.004 0.008 0.988
#> SRR1453811     3  0.5327      0.637 0.272 0.000 0.728
#> SRR1441159     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0592      0.975 0.988 0.000 0.012
#> SRR1468722     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988
#> SRR1310275     3  0.0592      0.931 0.012 0.000 0.988

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     3  0.4843     0.3542 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR661589      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.0817     0.9277 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095575     3  0.3356     0.7732 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.3569     0.7483 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1395554     2  0.3219     0.7948 0.000 0.836 0.164 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.2882     0.8467 0.084 0.024 0.892 0.000
#> SRR1324025     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR599313      1  0.1211     0.9526 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR612263      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.3688     0.7381 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1326205     4  0.4961     0.1608 0.000 0.448 0.000 0.552
#> SRR1421327     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452935     3  0.3172     0.7863 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1335140     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.4855     0.3319 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1435229     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813776      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808196      4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614395      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.3649     0.7427 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1420109     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359447     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613915      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      1  0.1022     0.9611 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      4  0.2345     0.8418 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0188     0.9256 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0817     0.9120 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR808566      4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430270     4  0.2281     0.8467 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1367825     3  0.0336     0.9232 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR613533      2  0.4992     0.0815 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR661267      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.1792     0.8777 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446375     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR658953      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     3  0.0469     0.9208 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818263      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332969     3  0.3528     0.7562 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665357      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.1716     0.8813 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR1347819     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500472     2  0.1637     0.9137 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR1417632     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     2  0.0336     0.9602 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.3649     0.7372 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR1090407     3  0.0817     0.9120 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318354     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1359062     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.4981     0.1354 0.000 0.464 0.536 0.000
#> SRR1353309     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363858     4  0.4967     0.1984 0.452 0.000 0.000 0.548
#> SRR819820      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0336     0.9232 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1394836     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661699      3  0.3942     0.6865 0.000 0.000 0.764 0.236
#> SRR813680      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.4955     0.2162 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR657949      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444138     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091380     3  0.0188     0.9256 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.0188     0.9483 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1467102     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445259     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     2  0.3528     0.7565 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1406437     4  0.3726     0.6957 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1354931     3  0.3569     0.7484 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR1391856     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     3  0.2345     0.8433 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400910     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658754      2  0.4713     0.4378 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.1792     0.8777 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     4  0.3873     0.6744 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      2  0.1557     0.9176 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499894     2  0.4605     0.4943 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR1082883     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396294     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614864      3  0.3444     0.7651 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1433392     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     1  0.0895     0.9712 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     4  0.3569     0.7160 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377696     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465459     1  0.2081     0.8998 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1080270     2  0.3528     0.7565 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1093148     2  0.7901     0.0895 0.008 0.452 0.320 0.220
#> SRR1467080     2  0.3649     0.7389 0.000 0.796 0.204 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613342      2  0.1792     0.9062 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396616     3  0.2760     0.8228 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.4843     0.3200 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR807543      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091572     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.2530     0.8590 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663729      4  0.0336     0.9445 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      2  0.4843     0.3564 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR655816      1  0.4522     0.4969 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0188     0.9634 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1355172     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1085285     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.3649     0.7430 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR613639      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.4477     0.5556 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0188     0.9256 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1095455     2  0.1716     0.9099 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660764      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     4  0.0336     0.9444 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1459190     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1309248     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809161      3  0.3975     0.6987 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1316320     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.4790     0.4066 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     4  0.0336     0.9446 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615946      2  0.2011     0.8933 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819459      2  0.3528     0.7565 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1361652     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0707     0.9741 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1486762     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1473058     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.4981     0.1659 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1475192     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347060     2  0.3801     0.7143 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR1414139     2  0.1474     0.9215 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.3837     0.7078 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399797     3  0.4661     0.4711 0.000 0.348 0.652 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     2  0.2149     0.8847 0.000 0.912 0.088 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.4730     0.4338 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9667 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.3801     0.7139 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395575     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.4585     0.4692 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9947 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9522 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1468722     3  0.0000     0.9278 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.0469     0.9209 0.012 0.000 0.988 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     4  0.0162     0.9577 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     3  0.4949     0.4554 0.288 0.000 0.656 0.000 0.056
#> SRR661589      3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315165     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.2516     0.8186 0.000 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR1094457     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095575     5  0.0865     0.8873 0.004 0.000 0.024 0.000 0.972
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.4294     0.1886 0.000 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486845     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.0162     0.9675 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     5  0.0794     0.8892 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR613550      5  0.0162     0.9007 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     5  0.6402     0.4103 0.216 0.000 0.276 0.000 0.508
#> SRR1324025     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.0404     0.8723 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR820755      5  0.1197     0.8744 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1485830     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0162     0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1326205     2  0.4390     0.2732 0.000 0.568 0.000 0.428 0.004
#> SRR1421327     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1079522     4  0.3999     0.4871 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR1452935     3  0.0162     0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615778      1  0.3366     0.6691 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1335140     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433555     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.3949     0.5109 0.000 0.332 0.668 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661313      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.3730     0.6196 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1435229     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613927      5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813776      5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR808196      4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614395      5  0.4161     0.3880 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1478251     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1420109     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330920     5  0.3177     0.7315 0.208 0.000 0.000 0.000 0.792
#> SRR1419539     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1359447     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613915      5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      5  0.0162     0.9007 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.4268     0.1839 0.556 0.000 0.000 0.444 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0671     0.8617 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1498838     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR808566      4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430270     4  0.4101     0.4334 0.372 0.000 0.000 0.628 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0880     0.8518 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR661267      1  0.0162     0.9677 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR810665      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR812536      5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1446375     2  0.0324     0.9473 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR1465230     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0510     0.9564 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR660510      3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1445655     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658953      5  0.0000     0.8987 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166459     5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485312     5  0.2852     0.7492 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1317631     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316367     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1433926     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407112     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1332969     5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1353199     3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1378885     1  0.4161     0.2957 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR665357      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     5  0.0703     0.8879 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1347819     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452270     5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1500472     2  0.4359     0.2308 0.000 0.584 0.412 0.000 0.004
#> SRR1417632     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.4297     0.1752 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377599     4  0.0162     0.9577 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1488449     5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1318354     2  0.4182     0.2732 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1359062     2  0.4171     0.2849 0.000 0.604 0.396 0.000 0.000
#> SRR1398924     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663783      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319204     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1377423     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.1270     0.8336 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR658941      2  0.0404     0.9417 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.0703     0.9461 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR819820      3  0.3508     0.5563 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661699      5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR813680      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.4150     0.3868 0.000 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1433410     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1432518     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR657949      5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1308882     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444138     2  0.4264     0.3346 0.000 0.620 0.376 0.000 0.004
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1091380     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.3395     0.6627 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809963      5  0.0510     0.8968 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445259     3  0.0162     0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1408393     5  0.0162     0.9007 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     3  0.4291     0.2010 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.4337     0.6552 0.000 0.196 0.000 0.748 0.056
#> SRR1354931     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1391856     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.4182     0.2732 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375329     3  0.0162     0.8757 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400910     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1444203     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR658754      3  0.3508     0.6395 0.000 0.252 0.748 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1397366     5  0.1121     0.8736 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      5  0.4300     0.1200 0.476 0.000 0.000 0.000 0.524
#> SRR1322936     4  0.5137     0.5738 0.096 0.228 0.000 0.676 0.000
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      2  0.4367     0.2180 0.000 0.580 0.416 0.000 0.004
#> SRR661481      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     5  0.3730     0.6196 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1499894     3  0.4273     0.2451 0.000 0.448 0.552 0.000 0.000
#> SRR1082883     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0609     0.9525 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1328620     2  0.4182     0.2732 0.000 0.600 0.400 0.000 0.000
#> SRR1396294     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614864      5  0.3983     0.7467 0.164 0.000 0.052 0.000 0.784
#> SRR1433392     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     5  0.0000     0.8987 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401252     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     4  0.0162     0.9568 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1465459     5  0.0162     0.9007 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1080270     3  0.4287     0.2129 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1093148     3  0.6686     0.5666 0.076 0.132 0.624 0.164 0.004
#> SRR1467080     3  0.4294     0.1886 0.000 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613342      3  0.4302     0.1473 0.000 0.480 0.520 0.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813824      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.4449     0.0923 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR807543      5  0.3966     0.5293 0.336 0.000 0.000 0.000 0.664
#> SRR1091572     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     2  0.0451     0.9436 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1332424     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663729      4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613675      2  0.4506     0.5481 0.028 0.676 0.000 0.296 0.000
#> SRR1485357     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR655816      5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1355172     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655531      5  0.3796     0.5855 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700
#> SRR1338147     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413329     5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      5  0.0162     0.9007 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     5  0.4297     0.2152 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR615069      2  0.1671     0.8741 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR816316      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR664795      5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1490721     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1085285     3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1099072     5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.0162     0.9675 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     5  0.0404     0.8992 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613639      5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1402285     4  0.3336     0.6715 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     2  0.4449    -0.0353 0.000 0.512 0.484 0.000 0.004
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.0794     0.9444 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1365894     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660764      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR820448      1  0.4192     0.2843 0.596 0.000 0.000 0.000 0.404
#> SRR1328845     4  0.0703     0.9345 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1336415     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1459190     5  0.3305     0.6841 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     2  0.4060     0.3824 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.2605     0.8088 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1309248     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR809161      5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1316320     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.3480     0.6417 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR663489      3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     4  0.0404     0.9482 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.4294     0.1886 0.000 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      1  0.4235     0.2236 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1347166     1  0.4291     0.0863 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1485722     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2170173     5  0.0162     0.9007 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR817329      1  0.4249     0.1977 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1401990     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1314873     1  0.3707     0.5740 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818797      5  0.0404     0.8990 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR2164608     5  0.0162     0.9007 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.4294     0.1886 0.000 0.468 0.532 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1361652     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0162     0.9674 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     5  0.0162     0.8992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     4  0.4242     0.2835 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR1475192     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.4150     0.3308 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1347060     3  0.3913     0.5270 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.4273     0.1134 0.000 0.552 0.448 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     2  0.2249     0.8482 0.000 0.896 0.000 0.096 0.008
#> SRR1322840     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     3  0.4291     0.2010 0.000 0.464 0.536 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     5  0.0290     0.9009 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1367920     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.0290     0.8722 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9523 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0000     0.8776 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0162     0.8758 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1453811     5  0.3398     0.7236 0.216 0.000 0.004 0.000 0.780
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9714 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000     0.9608 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1468722     5  0.3508     0.6432 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR1310275     3  0.2006     0.8065 0.012 0.000 0.916 0.000 0.072

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1331708     5  0.1910    0.50190 0.000 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR1464258     1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1454201     5  0.5353    0.39328 0.084 0.000 0.256 0.000 0.628 0.032
#> SRR661589      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0260    0.96629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1315165     4  0.0260    0.93625 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1488960     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.0717    0.92537 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR1094457     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     5  0.4637    0.04653 0.016 0.000 0.016 0.000 0.528 0.440
#> SRR1315931     1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0520    0.92101 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR1395554     2  0.3955    0.20518 0.000 0.560 0.436 0.000 0.004 0.000
#> SRR818002      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     5  0.3531    0.76372 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1486845     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.2631    0.78288 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     6  0.0458    0.86202 0.016 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR613550      6  0.0000    0.86742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1345146     5  0.4811    0.41329 0.008 0.004 0.080 0.000 0.680 0.228
#> SRR1324025     3  0.0458    0.92296 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1318879     5  0.4091   -0.00243 0.000 0.000 0.472 0.000 0.520 0.008
#> SRR820755      6  0.1327    0.82731 0.064 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1485830     4  0.1007    0.91881 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR599313      1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR612263      1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415398     6  0.0000    0.86742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     5  0.3641    0.75511 0.000 0.224 0.000 0.028 0.748 0.000
#> SRR1421327     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.1910    0.87788 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1079522     5  0.3883    0.47257 0.000 0.000 0.000 0.088 0.768 0.144
#> SRR1452935     3  0.3672    0.40298 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0458    0.92296 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR615778      1  0.3830    0.33914 0.620 0.000 0.000 0.004 0.000 0.376
#> SRR1447564     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      5  0.3531    0.76372 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1335140     5  0.2793    0.74169 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1317446     3  0.3706    0.24224 0.000 0.380 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      1  0.0363    0.96364 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR661313      3  0.0146    0.92665 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1499935     4  0.1910    0.87788 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.3390    0.71542 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296 0.000
#> SRR1433950     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     6  0.3244    0.62644 0.268 0.000 0.000 0.000 0.000 0.732
#> SRR1435229     5  0.3531    0.76372 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1085996     1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1414229     2  0.0146    0.89654 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR613927      6  0.0000    0.86742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457854     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473714     1  0.2597    0.79547 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR813776      6  0.0146    0.86704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR808196      4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614395      6  0.3337    0.63462 0.260 0.000 0.000 0.004 0.000 0.736
#> SRR1478251     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR665310      6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1420109     3  0.0260    0.92600 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1330920     6  0.1267    0.83132 0.060 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1419539     2  0.0458    0.88663 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1359447     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0790    0.92567 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR613915      6  0.0000    0.86742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384395     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      6  0.0000    0.86742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445637     1  0.0260    0.96629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR608150      1  0.5454    0.37016 0.548 0.000 0.000 0.152 0.300 0.000
#> SRR1096383     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.1053    0.90473 0.020 0.000 0.964 0.000 0.012 0.004
#> SRR1498838     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0146    0.92665 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR808566      4  0.0146    0.93723 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1430270     4  0.1957    0.81356 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613533      3  0.2112    0.81721 0.000 0.088 0.896 0.000 0.016 0.000
#> SRR661267      1  0.1219    0.92823 0.948 0.000 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR810665      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     5  0.3531    0.76372 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR812536      6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1370850     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     5  0.3810    0.62379 0.000 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000
#> SRR1446375     5  0.4026    0.70703 0.000 0.376 0.012 0.000 0.612 0.000
#> SRR1465230     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392676     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.1644    0.89801 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR660510      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR2166459     6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1070713     2  0.0547    0.88275 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1485312     6  0.3854    0.07343 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1317631     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1330588     3  0.0458    0.92296 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1316367     5  0.3499    0.76579 0.000 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1433926     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1091302     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1404909     4  0.1387    0.90498 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR663076      1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR654862      1  0.0260    0.96629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1407112     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     6  0.0632    0.85362 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR1353199     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.3482    0.50674 0.684 0.000 0.000 0.000 0.000 0.316
#> SRR665357      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     6  0.2048    0.76839 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR1347819     3  0.0146    0.92665 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431781     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1500472     5  0.4711    0.73229 0.000 0.328 0.064 0.000 0.608 0.000
#> SRR1417632     5  0.3266    0.76725 0.000 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     2  0.4057    0.27459 0.000 0.600 0.388 0.000 0.012 0.000
#> SRR1326579     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0405    0.92173 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004 0.000
#> SRR1090407     6  0.0146    0.86647 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1083752     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1377599     5  0.3782    0.07864 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588 0.000
#> SRR1488449     6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1318354     2  0.4061    0.55380 0.000 0.748 0.164 0.000 0.088 0.000
#> SRR1359062     2  0.2219    0.73126 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000 0.000
#> SRR1398924     5  0.3515    0.76501 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR663783      3  0.0146    0.92592 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319204     5  0.3862    0.51437 0.000 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1337449     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     5  0.3607    0.74663 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR1377423     3  0.0146    0.92592 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338426     3  0.1807    0.84750 0.000 0.060 0.920 0.000 0.020 0.000
#> SRR1353309     3  0.0260    0.92426 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR658941      2  0.1814    0.79087 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1101643     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0260    0.93625 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1363858     1  0.2631    0.79025 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR819820      3  0.1910    0.82821 0.000 0.000 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR1337342     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.0458    0.88663 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1317410     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR608198      1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0146    0.92665 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1394836     2  0.3288    0.50736 0.000 0.724 0.000 0.000 0.276 0.000
#> SRR661699      6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR813680      1  0.0937    0.93790 0.960 0.000 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1410678     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.0603    0.96144 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1311486     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     2  0.6118   -0.19031 0.000 0.360 0.000 0.304 0.336 0.000
#> SRR1433410     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR661167      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0260    0.92388 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR660462      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1374608     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR657949      6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1308882     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485870     4  0.1556    0.89650 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR1444138     5  0.5184    0.54563 0.000 0.432 0.088 0.000 0.480 0.000
#> SRR1417342     1  0.0692    0.95659 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1470193     4  0.1075    0.91706 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1091380     3  0.0146    0.92592 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1099096     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.1556    0.85589 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0363    0.92119 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR809963      6  0.0363    0.86499 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1072247     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445259     3  0.3867    0.06897 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000
#> SRR1408393     6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1361522     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     2  0.3828    0.20407 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     4  0.4726    0.68755 0.000 0.056 0.000 0.696 0.220 0.028
#> SRR1354931     3  0.0865    0.91185 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1391856     4  0.3351    0.72345 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR1446738     2  0.1814    0.78804 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.3221    0.52160 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375329     5  0.3992    0.28758 0.000 0.012 0.364 0.000 0.624 0.000
#> SRR1387921     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR812943      5  0.3531    0.76372 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1400910     5  0.3515    0.76501 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR1444203     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0458    0.88663 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR658754      3  0.3528    0.44350 0.000 0.296 0.700 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429603     4  0.1204    0.91239 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR1397366     6  0.2527    0.71798 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1446028     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337606     4  0.3634    0.64638 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR659109      3  0.0146    0.92665 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1337192     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR656946      5  0.3634    0.73863 0.000 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR1476102     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR614419      6  0.3349    0.64194 0.244 0.000 0.000 0.000 0.008 0.748
#> SRR1322936     4  0.6067    0.29394 0.116 0.032 0.000 0.428 0.424 0.000
#> SRR1349121     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR612935      5  0.5418    0.60034 0.000 0.388 0.120 0.000 0.492 0.000
#> SRR661481      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.3330    0.72820 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR1452164     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1070503     6  0.3126    0.64897 0.248 0.000 0.000 0.000 0.000 0.752
#> SRR1499894     2  0.3864    0.12255 0.000 0.520 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     4  0.0260    0.93625 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1468271     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1332443     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.1908    0.87450 0.900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.096
#> SRR1328620     2  0.4085    0.49281 0.000 0.716 0.232 0.000 0.052 0.000
#> SRR1396294     4  0.0458    0.93355 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1419917     1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR662114      3  0.0146    0.92665 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489199     1  0.0260    0.96629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR813584      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1069638     2  0.0363    0.88947 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR614864      6  0.4781    0.61353 0.140 0.000 0.188 0.000 0.000 0.672
#> SRR1433392     1  0.0260    0.96629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1377777     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     6  0.1714    0.80512 0.000 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1401252     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0260    0.96629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1418628     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     4  0.0291    0.93473 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1380393     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319731     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1356468     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     5  0.3578    0.75431 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1465459     6  0.0000    0.86742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080270     2  0.3961    0.19825 0.000 0.556 0.440 0.000 0.004 0.000
#> SRR1312501     3  0.0458    0.92296 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1093148     3  0.5952    0.41665 0.024 0.088 0.544 0.016 0.328 0.000
#> SRR1467080     2  0.3828    0.20304 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0260    0.93655 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      2  0.4101    0.23892 0.000 0.580 0.408 0.000 0.012 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0790    0.91445 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR813824      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0260    0.96629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1500891     5  0.3816    0.75945 0.000 0.240 0.000 0.032 0.728 0.000
#> SRR807543      6  0.3198    0.63606 0.260 0.000 0.000 0.000 0.000 0.740
#> SRR1091572     2  0.3659    0.34694 0.000 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR1346689     5  0.3534    0.76620 0.000 0.276 0.000 0.008 0.716 0.000
#> SRR1332424     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663729      4  0.0146    0.93653 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0291    0.96834 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR613675      5  0.6801    0.19845 0.052 0.276 0.000 0.248 0.424 0.000
#> SRR1485357     4  0.0260    0.93625 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR655816      6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1500113     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1437622     2  0.1141    0.84521 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1355172     1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655531      6  0.2553    0.75195 0.144 0.000 0.000 0.000 0.008 0.848
#> SRR1338147     3  0.0458    0.92296 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1413329     6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1485931     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1333308     4  0.0547    0.93131 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR1452033     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1471755     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808019      1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.3563    0.44041 0.000 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR615069      2  0.2121    0.77774 0.000 0.892 0.096 0.000 0.012 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.3351    0.72343 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR816316      1  0.1141    0.92712 0.948 0.000 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR664795      6  0.0405    0.86728 0.004 0.000 0.000 0.000 0.008 0.988
#> SRR1490721     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430333     6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1085285     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1099072     6  0.0000    0.86742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0458    0.92296 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1405525     1  0.3756    0.37762 0.600 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000
#> SRR1370329     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2157314     6  0.0972    0.85332 0.028 0.000 0.000 0.000 0.008 0.964
#> SRR1409465     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0260    0.93625 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR613639      6  0.0000    0.86742 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402285     4  0.0865    0.90720 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1405660     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     5  0.4646    0.73553 0.000 0.324 0.060 0.000 0.616 0.000
#> SRR1394734     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317771     1  0.1644    0.89776 0.920 0.000 0.000 0.004 0.000 0.076
#> SRR1365894     4  0.3634    0.64638 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356 0.000
#> SRR1073581     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     5  0.3647    0.73097 0.000 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000
#> SRR660764      2  0.0260    0.89288 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR820448      6  0.3843    0.24782 0.452 0.000 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1328845     4  0.4332    0.66558 0.000 0.048 0.000 0.664 0.288 0.000
#> SRR1336415     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     6  0.3847    0.42191 0.000 0.000 0.348 0.000 0.008 0.644
#> SRR1346773     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1499521     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     2  0.2234    0.74504 0.000 0.872 0.124 0.000 0.004 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.1196    0.90990 0.000 0.000 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1309248     5  0.3309    0.76733 0.000 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR809161      6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1316320     5  0.2454    0.70697 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416578     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0937    0.90300 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1078489     4  0.4543    0.56607 0.000 0.032 0.004 0.584 0.380 0.000
#> SRR1332648     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0260    0.89288 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1477949     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR615946      2  0.4147    0.19404 0.000 0.552 0.436 0.000 0.012 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000    0.96937 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665586      6  0.3828    0.28698 0.440 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR1347166     6  0.3489    0.59402 0.288 0.000 0.000 0.004 0.000 0.708
#> SRR1485722     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415316     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0363    0.96364 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR661108      3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR817329      6  0.3823    0.29623 0.436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1401990     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0458    0.88663 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      6  0.0146    0.86704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1314873     1  0.3528    0.54479 0.700 0.000 0.000 0.004 0.000 0.296
#> SRR1401211     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.2793    0.65610 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR818797      6  0.0146    0.86704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR2164608     6  0.0260    0.86746 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1455586     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819459      2  0.3817    0.21807 0.000 0.568 0.432 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     6  0.0146    0.86704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1361652     5  0.3531    0.76372 0.000 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR1437119     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430910     2  0.3672    0.02244 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1310584     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1500216     1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486762     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480854     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.3076    0.57392 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0363    0.96364 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1471477     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     2  0.1556    0.81376 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1455038     1  0.0260    0.96629 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1375248     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     6  0.0405    0.86606 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR1348378     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0146    0.96828 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1392943     4  0.3547    0.48604 0.332 0.000 0.000 0.668 0.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     1  0.3868   -0.08246 0.504 0.000 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR1347060     3  0.3742    0.31920 0.000 0.348 0.648 0.000 0.004 0.000
#> SRR1414139     2  0.3428    0.45147 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0291    0.96910 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1413436     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1343302     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429678     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0458    0.92296 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345609     1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1380208     5  0.0865    0.56976 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR1322840     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0291    0.92484 0.000 0.004 0.992 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1315081     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     2  0.3828    0.20407 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1365291     6  0.0146    0.86704 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1367920     4  0.3765    0.57349 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404 0.000
#> SRR1366648     3  0.0547    0.91028 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.90023 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0790    0.91456 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1363968     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR814387      1  0.0146    0.96926 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0603    0.95838 0.980 0.000 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1386689     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000    0.92736 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1453811     6  0.2941    0.67926 0.220 0.000 0.000 0.000 0.000 0.780
#> SRR1441159     1  0.0146    0.96954 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1403154     4  0.0000    0.93905 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.3993    0.09391 0.000 0.000 0.520 0.000 0.004 0.476
#> SRR1310275     3  0.3010    0.80552 0.004 0.000 0.836 0.000 0.132 0.028

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.633           0.807       0.918         0.4642 0.536   0.536
#> 3 3 0.970           0.936       0.974         0.3976 0.670   0.458
#> 4 4 0.703           0.745       0.831         0.1297 0.889   0.698
#> 5 5 0.775           0.797       0.886         0.0814 0.863   0.554
#> 6 6 0.754           0.583       0.762         0.0385 0.920   0.652

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.7139     0.7244 0.804 0.196
#> SRR1464258     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.8555     0.6236 0.720 0.280
#> SRR661589      1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1456229     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.0376     0.8873 0.996 0.004
#> SRR1488960     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1095575     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1315931     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1430066     2  0.9393     0.4145 0.356 0.644
#> SRR1431037     2  0.7299     0.7266 0.204 0.796
#> SRR1395554     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1486845     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.0376     0.8873 0.996 0.004
#> SRR1490740     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1429846     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.9044     0.5650 0.680 0.320
#> SRR1348402     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1324025     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1318879     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR820755      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1485830     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1326205     1  0.9754     0.3728 0.592 0.408
#> SRR1421327     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1083311     2  0.0376     0.9235 0.004 0.996
#> SRR1499303     1  0.8955     0.5777 0.688 0.312
#> SRR1079522     1  0.8813     0.5953 0.700 0.300
#> SRR1452935     2  0.9795     0.2313 0.416 0.584
#> SRR1379495     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR661361      1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR615778      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR655182      2  0.9933     0.0966 0.452 0.548
#> SRR1335140     2  0.9866     0.1732 0.432 0.568
#> SRR1433555     2  0.7745     0.6916 0.228 0.772
#> SRR1308650     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1413602     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR809853      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR661313      2  0.7745     0.6916 0.228 0.772
#> SRR1499935     1  0.6247     0.7645 0.844 0.156
#> SRR1447303     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1429408     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1433950     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1435229     2  0.8081     0.6568 0.248 0.752
#> SRR1085996     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1400974     2  0.4690     0.8430 0.100 0.900
#> SRR1399971     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR613927      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.8016     0.6698 0.756 0.244
#> SRR813776      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR808196      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR614395      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1420109     2  0.8144     0.6498 0.252 0.748
#> SRR1330920     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1359447     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1347259     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR613915      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR821715      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1096383     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1341480     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1498838     2  0.9795     0.2313 0.416 0.584
#> SRR1416313     2  0.7602     0.7037 0.220 0.780
#> SRR808566      1  0.1843     0.8711 0.972 0.028
#> SRR1430270     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1367825     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR613533      2  0.6438     0.7756 0.164 0.836
#> SRR661267      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1473632     2  0.7299     0.7266 0.204 0.796
#> SRR812536      1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1370850     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1407671     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1446375     2  0.7299     0.7266 0.204 0.796
#> SRR1465230     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR660510      1  0.9732     0.4108 0.596 0.404
#> SRR1445655     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.2948     0.8536 0.948 0.052
#> SRR2166459     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1485312     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1317631     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1330588     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1316367     1  0.8555     0.6236 0.720 0.280
#> SRR1433926     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1091302     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1404909     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1442422     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1332969     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1353199     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1378885     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR665357      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1347819     2  0.7219     0.7318 0.200 0.800
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1472576     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1431781     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1452270     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1500472     2  0.8713     0.5685 0.292 0.708
#> SRR1417632     2  0.7815     0.6852 0.232 0.768
#> SRR1350153     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1458113     2  0.5946     0.7980 0.144 0.856
#> SRR1326579     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1096712     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1090407     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1083752     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1377599     1  0.7528     0.7026 0.784 0.216
#> SRR1488449     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1318354     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1359062     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1398924     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR663783      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1319204     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1377423     2  0.7815     0.6851 0.232 0.768
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1338426     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1353309     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR658941      2  0.7815     0.6850 0.232 0.768
#> SRR1101643     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.0938     0.8820 0.988 0.012
#> SRR819820      1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1337342     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1387013     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1317410     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1415379     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR663197      2  0.3733     0.8687 0.072 0.928
#> SRR1394836     2  0.9427     0.4030 0.360 0.640
#> SRR661699      1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR813680      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.7299     0.7160 0.796 0.204
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.9996    -0.0589 0.488 0.512
#> SRR1433410     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR661167      1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1432518     2  0.9795     0.2313 0.416 0.584
#> SRR660462      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR657949      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1308882     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.0376     0.8873 0.996 0.004
#> SRR1444138     2  0.7745     0.6916 0.228 0.772
#> SRR1417342     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.7299     0.7162 0.796 0.204
#> SRR1091380     2  0.7745     0.6916 0.228 0.772
#> SRR1099096     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1485416     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR818821      1  0.9909     0.2981 0.556 0.444
#> SRR809963      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1445259     2  0.9881     0.1592 0.436 0.564
#> SRR1408393     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1310542     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1406437     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1354931     1  0.9977     0.2078 0.528 0.472
#> SRR1391856     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1446738     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR613150      1  0.9686     0.4307 0.604 0.396
#> SRR1375329     1  1.0000     0.0996 0.500 0.500
#> SRR1387921     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.9795     0.3794 0.584 0.416
#> SRR1400910     2  0.7376     0.7212 0.208 0.792
#> SRR1444203     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR816177      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR658754      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1397366     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1446028     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1337606     1  0.8267     0.6498 0.740 0.260
#> SRR659109      2  0.7745     0.6916 0.228 0.772
#> SRR1337192     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR656946      2  0.7453     0.7154 0.212 0.788
#> SRR1476102     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.6887     0.7368 0.816 0.184
#> SRR1349121     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1393596     1  0.0376     0.8873 0.996 0.004
#> SRR1452164     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1499894     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1396294     1  0.0376     0.8873 0.996 0.004
#> SRR1419917     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR662114      1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1489199     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1069638     2  0.0938     0.9177 0.012 0.988
#> SRR614864      1  0.9580     0.4637 0.620 0.380
#> SRR1433392     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR2167710     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1401252     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1465459     1  0.9358     0.5133 0.648 0.352
#> SRR1080270     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1312501     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1093148     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1467080     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR816475      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1379198     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR613342      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1369129     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1396616     1  0.9732     0.4107 0.596 0.404
#> SRR813824      1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1082376     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1500891     1  0.9427     0.4977 0.640 0.360
#> SRR807543      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1346689     2  0.9775     0.2449 0.412 0.588
#> SRR1332424     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.8555     0.6236 0.720 0.280
#> SRR1485357     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR655816      1  0.8499     0.6267 0.724 0.276
#> SRR1500113     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.9993    -0.0418 0.484 0.516
#> SRR1355172     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1413329     1  0.0376     0.8873 0.996 0.004
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR809018      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR663440      1  0.4939     0.8080 0.892 0.108
#> SRR1471755     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR808019      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR615069      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1350069     1  0.0376     0.8873 0.996 0.004
#> SRR816316      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1099072     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1317985     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1351347     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1405525     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.7219     0.7318 0.200 0.800
#> SRR2157314     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR613639      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1402285     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1405660     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1095455     2  0.7299     0.7266 0.204 0.796
#> SRR1394734     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1317771     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1365894     1  0.9358     0.5131 0.648 0.352
#> SRR1073581     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR660764      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR820448      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.8763     0.6003 0.704 0.296
#> SRR1336415     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1459190     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1346773     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1347459     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1309248     2  0.7139     0.7370 0.196 0.804
#> SRR809161      1  0.9580     0.4632 0.620 0.380
#> SRR1316320     2  0.7674     0.6981 0.224 0.776
#> SRR1432629     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1405547     2  0.7745     0.6916 0.228 0.772
#> SRR1470534     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1309160     1  0.9686     0.4307 0.604 0.396
#> SRR663489      2  0.4690     0.8438 0.100 0.900
#> SRR1500450     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1078489     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1332648     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR615946      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR665586      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR661108      1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR2170173     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.0938     0.9177 0.012 0.988
#> SRR818797      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.7056     0.7291 0.808 0.192
#> SRR1455586     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR819459      2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.8267     0.6497 0.740 0.260
#> SRR1361652     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1478547     2  0.7745     0.6916 0.228 0.772
#> SRR1430910     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1480854     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1473058     2  0.7376     0.7211 0.208 0.792
#> SRR1405165     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1433004     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1098712     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1455038     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1403005     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1348378     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1347060     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1405331     1  0.9833     0.3586 0.576 0.424
#> SRR1345609     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1322840     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1399797     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1416654     2  0.7745     0.6916 0.228 0.772
#> SRR1315081     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1369196     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1367920     1  0.2043     0.8682 0.968 0.032
#> SRR1366648     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9264 0.000 1.000
#> SRR1082173     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1363968     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1395575     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1453811     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388
#> SRR1441159     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0000     0.8898 1.000 0.000
#> SRR1468722     1  0.9661     0.4403 0.608 0.392
#> SRR1310275     1  0.9635     0.4487 0.612 0.388

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1464258     3  0.6307   0.078590 0.488 0.000 0.512
#> SRR1454201     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR661589      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     1  0.1289   0.951146 0.968 0.000 0.032
#> SRR1315165     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488960     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315931     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.2537   0.915201 0.000 0.920 0.080
#> SRR1486845     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490740     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.6309  -0.026922 0.504 0.000 0.496
#> SRR1311018     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.2448   0.887972 0.076 0.000 0.924
#> SRR613550      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1324025     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR820755      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485830     1  0.0892   0.963295 0.980 0.000 0.020
#> SRR599313      1  0.1289   0.951116 0.968 0.000 0.032
#> SRR612263      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1421327     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1079522     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452935     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447564     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR655182      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1335140     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433555     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.2066   0.932582 0.000 0.940 0.060
#> SRR1413602     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR661313      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447303     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433950     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435229     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085996     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     2  0.4654   0.763830 0.000 0.792 0.208
#> SRR1400974     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.2537   0.883868 0.080 0.000 0.920
#> SRR1457854     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR813776      3  0.2537   0.883868 0.080 0.000 0.920
#> SRR808196      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.3816   0.818386 0.852 0.000 0.148
#> SRR614395      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330920     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419539     2  0.6140   0.346434 0.000 0.596 0.404
#> SRR1359447     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347259     1  0.1031   0.959481 0.976 0.000 0.024
#> SRR613915      3  0.6140   0.343794 0.404 0.000 0.596
#> SRR1384395     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR821715      3  0.2448   0.887972 0.076 0.000 0.924
#> SRR1478228     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR608150      1  0.6126   0.322392 0.600 0.000 0.400
#> SRR1096383     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     1  0.0237   0.978207 0.996 0.000 0.004
#> SRR1341344     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498838     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430270     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420067     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR812536      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     3  0.3941   0.792635 0.000 0.156 0.844
#> SRR1446375     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465230     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR2166459     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.2537   0.915201 0.000 0.920 0.080
#> SRR1485312     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1330588     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433926     3  0.6026   0.417664 0.376 0.000 0.624
#> SRR1091302     1  0.0424   0.974667 0.992 0.000 0.008
#> SRR818263      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     3  0.6260   0.203615 0.448 0.000 0.552
#> SRR663076      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1442422     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.2878   0.880720 0.904 0.000 0.096
#> SRR1407112     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.6008   0.426362 0.372 0.000 0.628
#> SRR665357      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1472576     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431781     3  0.2537   0.883868 0.080 0.000 0.920
#> SRR1452270     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417632     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1350153     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.2066   0.920947 0.940 0.000 0.060
#> SRR1349363     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     2  0.4452   0.779952 0.000 0.808 0.192
#> SRR1377599     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488449     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1359062     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1398924     3  0.5926   0.416664 0.000 0.356 0.644
#> SRR663783      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.2356   0.922407 0.000 0.928 0.072
#> SRR1377423     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1101643     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0237   0.978365 0.996 0.000 0.004
#> SRR1368874     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR819820      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR655206      3  0.0237   0.956305 0.000 0.004 0.996
#> SRR1387013     2  0.2066   0.932582 0.000 0.940 0.060
#> SRR1317410     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.2066   0.918673 0.940 0.000 0.060
#> SRR1440161     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR663197      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR661699      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR813680      1  0.0892   0.963201 0.980 0.000 0.020
#> SRR1410678     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311486     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433410     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR657949      1  0.2959   0.873933 0.900 0.000 0.100
#> SRR1308882     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485870     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444138     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417342     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091380     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485416     1  0.4796   0.714107 0.780 0.000 0.220
#> SRR818821      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445259     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408393     3  0.5882   0.482892 0.348 0.000 0.652
#> SRR1361522     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310542     2  0.2066   0.932582 0.000 0.940 0.060
#> SRR1333485     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1354931     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1391856     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446738     2  0.5216   0.670878 0.000 0.740 0.260
#> SRR1309032     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.1529   0.946995 0.000 0.960 0.040
#> SRR1432611     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR613150      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387921     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR812943      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1400910     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444203     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      3  0.6140   0.304252 0.000 0.404 0.596
#> SRR658754      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     3  0.6252   0.227216 0.444 0.000 0.556
#> SRR1397366     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.2066   0.932582 0.000 0.940 0.060
#> SRR1337606     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR659109      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1476102     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1322936     3  0.4555   0.743889 0.200 0.000 0.800
#> SRR1349121     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR612935      2  0.5431   0.617741 0.000 0.716 0.284
#> SRR661481      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393596     3  0.4346   0.763540 0.184 0.000 0.816
#> SRR1452164     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499894     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.1163   0.955122 0.972 0.000 0.028
#> SRR1332443     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.2537   0.915201 0.000 0.920 0.080
#> SRR1396294     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1419917     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR662114      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     3  0.6026   0.409284 0.376 0.000 0.624
#> SRR813584      2  0.2537   0.915201 0.000 0.920 0.080
#> SRR1069638     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR614864      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1401252     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080270     2  0.4555   0.774766 0.000 0.800 0.200
#> SRR1312501     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1467080     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR807543      3  0.2537   0.883868 0.080 0.000 0.920
#> SRR1091572     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346689     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332424     1  0.0424   0.974743 0.992 0.000 0.008
#> SRR663729      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097013     3  0.3267   0.847437 0.116 0.000 0.884
#> SRR613675      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485357     1  0.3340   0.851283 0.880 0.000 0.120
#> SRR655816      3  0.2448   0.887972 0.076 0.000 0.924
#> SRR1500113     1  0.5859   0.461615 0.656 0.000 0.344
#> SRR1437622     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1355172     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485931     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      3  0.1031   0.938094 0.024 0.000 0.976
#> SRR1471755     2  0.2625   0.911341 0.000 0.916 0.084
#> SRR808019      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1350069     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR816316      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.0747   0.967158 0.984 0.000 0.016
#> SRR810643      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1085285     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     3  0.6280   0.163553 0.460 0.000 0.540
#> SRR1370329     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR2157314     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      1  0.4750   0.714711 0.784 0.000 0.216
#> SRR613639      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402285     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394734     2  0.2537   0.915201 0.000 0.920 0.080
#> SRR1317771     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1073581     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR660764      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR820448      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1328845     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1336415     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     2  0.5785   0.545301 0.000 0.668 0.332
#> SRR1081209     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.6307   0.000259 0.512 0.000 0.488
#> SRR1309248     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR809161      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316320     3  0.5016   0.667709 0.000 0.240 0.760
#> SRR1432629     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1332648     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0747   0.962748 0.000 0.984 0.016
#> SRR665586      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     3  0.5138   0.664126 0.252 0.000 0.748
#> SRR1485722     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1415316     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     3  0.1753   0.915488 0.048 0.000 0.952
#> SRR817329      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467745     2  0.1411   0.949699 0.000 0.964 0.036
#> SRR1471795     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      1  0.1860   0.929402 0.948 0.000 0.052
#> SRR1314873     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     3  0.0237   0.956169 0.000 0.004 0.996
#> SRR818797      3  0.2537   0.883868 0.080 0.000 0.920
#> SRR2164608     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455586     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR819459      3  0.5178   0.639977 0.000 0.256 0.744
#> SRR1488939     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361652     2  0.0747   0.962706 0.000 0.984 0.016
#> SRR1437119     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     2  0.2165   0.929641 0.000 0.936 0.064
#> SRR1310584     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486762     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480854     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405165     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     3  0.5327   0.638506 0.272 0.000 0.728
#> SRR1471477     3  0.2537   0.883868 0.080 0.000 0.920
#> SRR1098567     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455038     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413541     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.2066   0.932582 0.000 0.940 0.060
#> SRR1432085     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452468     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347060     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     2  0.2066   0.932582 0.000 0.940 0.060
#> SRR1447962     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380208     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1322840     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369196     2  0.2066   0.932582 0.000 0.940 0.060
#> SRR1400847     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.0424   0.952612 0.008 0.000 0.992
#> SRR1367920     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1366648     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000   0.972399 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0000   0.981942 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000   0.959620 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     3  0.4948     0.6304 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1464258     1  0.7887    -0.1665 0.376 0.000 0.292 0.332
#> SRR1454201     3  0.3649     0.7830 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR661589      3  0.3486     0.7861 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1456229     1  0.1635     0.8573 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1315165     4  0.1792     0.6273 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.3610     0.7295 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR1094457     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1095575     3  0.4477     0.7466 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.2814     0.7900 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1431037     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1344143     2  0.5364     0.6723 0.000 0.652 0.320 0.028
#> SRR1486845     1  0.4817     0.0892 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1362866     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     4  0.0000     0.6668 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1311018     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR613550      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1324025     3  0.3123     0.7896 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1318879     3  0.3907     0.7778 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR820755      1  0.4673     0.5451 0.700 0.000 0.008 0.292
#> SRR1485830     4  0.3356     0.7349 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR599313      1  0.5353     0.2788 0.556 0.000 0.012 0.432
#> SRR612263      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1326205     4  0.3837     0.5618 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR1421327     1  0.3688     0.6388 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1083311     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.1211     0.6298 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR1079522     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1452935     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.3528     0.7855 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR615778      3  0.6426     0.6447 0.080 0.000 0.568 0.352
#> SRR1447564     1  0.2149     0.8281 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      3  0.2973     0.7884 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR1335140     3  0.1716     0.7716 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1433555     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.4585     0.6824 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.4925     0.5471 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR1413602     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR661313      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.2149     0.6407 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1447303     3  0.2760     0.7906 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1429408     4  0.4040     0.5242 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1435229     3  0.0817     0.7817 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414229     3  0.4996    -0.3525 0.000 0.484 0.516 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.1792     0.8560 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR613927      3  0.4897     0.7305 0.008 0.000 0.660 0.332
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473714     3  0.3569     0.7851 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR813776      3  0.4761     0.7331 0.004 0.000 0.664 0.332
#> SRR808196      4  0.4564     0.6635 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1101085     4  0.3123     0.7351 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR614395      1  0.4746     0.5246 0.688 0.000 0.008 0.304
#> SRR1478251     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1370551     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1420109     3  0.1022     0.7837 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1330920     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1419539     2  0.4985     0.4486 0.000 0.532 0.468 0.000
#> SRR1359447     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.3356     0.7349 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR613915      3  0.7333     0.3489 0.332 0.000 0.496 0.172
#> SRR1384395     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.3257     0.7305 0.844 0.000 0.004 0.152
#> SRR608150      1  0.6261     0.1613 0.504 0.000 0.056 0.440
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     4  0.3444     0.7328 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.3569     0.7848 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR1498838     3  0.1302     0.7867 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1416313     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.2921     0.4958 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR1430270     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661267      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     3  0.1022     0.7816 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR812536      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1370850     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407671     3  0.3812     0.6399 0.000 0.140 0.832 0.028
#> SRR1446375     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1465230     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR614119      1  0.3725     0.6942 0.812 0.000 0.008 0.180
#> SRR1356101     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.1635     0.8575 0.948 0.000 0.008 0.044
#> SRR1392676     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.1940     0.7893 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1445655     4  0.3528     0.7314 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR658953      3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR2166459     1  0.3300     0.7643 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1070713     2  0.5442     0.6580 0.000 0.636 0.336 0.028
#> SRR1485312     3  0.4522     0.7420 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1317631     4  0.3266     0.7357 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1488610     1  0.0336     0.8961 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1330588     3  0.3649     0.7830 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1316367     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433926     3  0.7923     0.2365 0.324 0.000 0.344 0.332
#> SRR1091302     4  0.4500     0.6713 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR818263      1  0.3852     0.7006 0.800 0.000 0.008 0.192
#> SRR1404909     4  0.0188     0.6708 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR663076      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1442422     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1465893     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR654862      1  0.5206     0.4920 0.668 0.000 0.024 0.308
#> SRR1407112     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1332969     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1353199     3  0.3356     0.7880 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1378885     3  0.6826     0.5705 0.228 0.000 0.600 0.172
#> SRR665357      2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.4522     0.7420 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1347819     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     3  0.2943     0.7074 0.000 0.076 0.892 0.032
#> SRR1431781     4  0.0000     0.6668 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452270     3  0.4697     0.7221 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR1500472     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1417632     3  0.4898     0.0369 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR1350153     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.3688     0.6871 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1349363     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1083752     2  0.5495     0.6428 0.000 0.624 0.348 0.028
#> SRR1377599     3  0.4989     0.5830 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR1488449     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1318354     2  0.4643     0.6553 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR1359062     2  0.4730     0.6476 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1398924     3  0.3172     0.6064 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR663783      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1319204     3  0.0336     0.7701 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.5384     0.6689 0.000 0.648 0.324 0.028
#> SRR1377423     3  0.1474     0.7853 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1312310     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1353309     3  0.3528     0.7861 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR658941      3  0.0817     0.7817 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.4967    -0.2036 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1368874     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.3311     0.7355 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR1363858     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR819820      3  0.3486     0.7861 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1337342     1  0.2814     0.7792 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR655206      3  0.2845     0.7101 0.000 0.076 0.896 0.028
#> SRR1387013     2  0.5423     0.6615 0.000 0.640 0.332 0.028
#> SRR1317410     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.3801     0.6731 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR1440161     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.4961    -0.1644 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1099622     2  0.4585     0.6824 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR663197      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     3  0.1557     0.7779 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR661699      3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR813680      1  0.3278     0.7836 0.864 0.000 0.020 0.116
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1499174     3  0.4564     0.7380 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1311486     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.4830     0.4457 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR1433410     1  0.2760     0.7835 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR661167      3  0.3400     0.7874 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR1432518     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR660462      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1374608     1  0.4999    -0.1113 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR657949      1  0.5022     0.6075 0.736 0.000 0.044 0.220
#> SRR1308882     1  0.1940     0.8279 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR655768      3  0.5511     0.7118 0.032 0.000 0.636 0.332
#> SRR1485870     4  0.1677     0.6452 0.012 0.000 0.040 0.948
#> SRR1444138     3  0.0817     0.7817 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470193     4  0.4961    -0.4374 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR1091380     3  0.0817     0.7817 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.4855     0.5825 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR1467102     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485416     4  0.0707     0.6848 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR818821      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0336     0.8961 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.3356     0.7349 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR1445259     3  0.0336     0.7777 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1408393     3  0.7164     0.5615 0.156 0.000 0.524 0.320
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1310542     2  0.4730     0.6476 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1333485     4  0.3764     0.7234 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1406437     3  0.4103     0.7709 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR1354931     3  0.1211     0.7856 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1391856     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1446738     2  0.5659     0.6077 0.000 0.600 0.368 0.032
#> SRR1309032     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.4585     0.6824 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613150      3  0.1792     0.7895 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1375329     3  0.1557     0.7882 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      3  0.1211     0.7858 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1400910     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1444203     4  0.3486     0.7322 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR816177      3  0.5587     0.0435 0.000 0.372 0.600 0.028
#> SRR658754      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0000     0.6668 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1397366     3  0.4522     0.7420 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1446028     1  0.2921     0.7713 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR1083918     2  0.4585     0.6824 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1337606     3  0.4830     0.6559 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR659109      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR656946      3  0.1557     0.7779 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1385389     1  0.3649     0.6318 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR614419      1  0.2814     0.7793 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1322936     4  0.2530     0.6454 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      2  0.4996     0.3036 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR661481      2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0000     0.6668 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1499894     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     4  0.4977     0.2758 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR1468271     1  0.3610     0.6978 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     2  0.4933     0.5397 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1396294     4  0.2704     0.6042 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR1419917     1  0.4295     0.6309 0.752 0.000 0.008 0.240
#> SRR662114      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489199     3  0.7830     0.3423 0.268 0.000 0.400 0.332
#> SRR813584      2  0.5423     0.6615 0.000 0.640 0.332 0.028
#> SRR1069638     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR614864      3  0.4477     0.7458 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1433392     1  0.1452     0.8705 0.956 0.000 0.008 0.036
#> SRR1377777     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1401252     4  0.4304     0.6926 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR1309963     4  0.4804     0.6005 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.3837     0.6814 0.776 0.000 0.000 0.224
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.4776     0.6195 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR1337010     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.3649     0.7272 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR1340486     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1377696     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1080270     3  0.4999    -0.3722 0.000 0.492 0.508 0.000
#> SRR1312501     3  0.1867     0.7906 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1093148     3  0.2760     0.7918 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR1467080     2  0.4585     0.6836 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0000     0.6668 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379198     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR613342      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1396616     3  0.1022     0.7837 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR813824      3  0.1940     0.7902 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500891     4  0.4164     0.1620 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR807543      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1091572     4  0.4866     0.4292 0.000 0.000 0.404 0.596
#> SRR1346689     4  0.4356     0.4873 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR1332424     1  0.3024     0.7606 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR663729      1  0.1211     0.8699 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1097013     3  0.6897     0.6031 0.124 0.000 0.544 0.332
#> SRR613675      4  0.4761     0.4605 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1485357     4  0.2530     0.7293 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR655816      3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1500113     1  0.6058     0.4016 0.624 0.000 0.068 0.308
#> SRR1437622     3  0.3837     0.7355 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR1355172     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.2814     0.7900 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1413329     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1485931     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.3528     0.7314 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR1452033     1  0.1792     0.8465 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1467316     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0188     0.7763 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1375351     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1471755     2  0.4585     0.6824 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR808019      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.3688     0.7822 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR615069      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350069     4  0.3074     0.6117 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR816316      1  0.3142     0.7770 0.860 0.000 0.008 0.132
#> SRR664795      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     4  0.3311     0.7344 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR810643      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     3  0.6337     0.6479 0.072 0.000 0.568 0.360
#> SRR1085285     3  0.3444     0.7867 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR1099072     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1351347     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.7216     0.2316 0.548 0.000 0.208 0.244
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      3  0.1792     0.7816 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.2081     0.7255 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR613639      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1402285     1  0.1211     0.8699 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1077038     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.5442     0.6580 0.000 0.636 0.336 0.028
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.2281     0.6403 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432186     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660764      2  0.2345     0.8300 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR820448      1  0.2081     0.8326 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1328845     4  0.3942     0.5429 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1336415     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1379065     1  0.3688     0.6235 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR1459190     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1346773     1  0.2408     0.8122 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.4916    -0.1702 0.000 0.424 0.576 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.0779     0.6594 0.004 0.000 0.016 0.980
#> SRR1309248     3  0.1109     0.7644 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR809161      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1316320     3  0.5891     0.4592 0.000 0.168 0.700 0.132
#> SRR1432629     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1405547     3  0.0817     0.7817 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1470534     1  0.1211     0.8699 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.3356     0.7880 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR663489      3  0.1022     0.7842 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     3  0.1637     0.7882 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1332648     1  0.4605     0.2852 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR660614      2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.2760     0.7835 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR1481419     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660224      2  0.4088     0.7490 0.000 0.764 0.232 0.004
#> SRR665586      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347166     3  0.7684     0.4118 0.220 0.000 0.420 0.360
#> SRR1485722     3  0.4522     0.7420 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661108      3  0.3486     0.7861 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR2170173     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR817329      1  0.1042     0.8839 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1401990     4  0.3907     0.7186 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR1467745     2  0.4585     0.6824 0.000 0.668 0.332 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      1  0.2813     0.8009 0.896 0.000 0.024 0.080
#> SRR1314873     1  0.3266     0.7546 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.4761     0.4728 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR818797      3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR2164608     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1455586     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819459      3  0.3123     0.6168 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1361652     2  0.3688     0.7665 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR1437119     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0188     0.7763 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1430910     2  0.4933     0.5397 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1310584     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.1211     0.8785 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1486762     2  0.4713     0.6525 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR1480854     4  0.4817     0.5938 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1489394     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1418085     4  0.4948     0.4885 0.440 0.000 0.000 0.560
#> SRR1340221     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1473058     3  0.4855     0.1917 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR1405165     3  0.3219     0.7891 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1433004     3  0.7659     0.4375 0.224 0.000 0.444 0.332
#> SRR1471477     3  0.6808     0.6209 0.120 0.000 0.560 0.320
#> SRR1098567     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1098712     3  0.2814     0.7181 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.4522     0.7420 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1348378     2  0.4522     0.6914 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR1413541     1  0.0921     0.8821 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1392943     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475192     2  0.4730     0.6476 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1432085     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452468     3  0.4713     0.7195 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR1347060     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     2  0.4730     0.6476 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     4  0.4356     0.6392 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1373746     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.4564     0.6853 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR1405331     3  0.2814     0.7900 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR1345609     1  0.0592     0.8896 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1380208     3  0.4679     0.7243 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1322840     4  0.4193     0.6984 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR1399797     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0707     0.7808 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1315081     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369196     2  0.4933     0.5397 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.4585     0.7355 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1367920     4  0.2216     0.6409 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR1366648     3  0.0000     0.7749 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000     0.8848 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.2868     0.7899 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR1363968     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1386689     4  0.4585     0.6580 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1395575     3  0.3610     0.7840 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1453811     3  0.4522     0.7420 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1441159     1  0.0000     0.9010 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.4713     0.6363 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR1468722     3  0.4134     0.7668 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1310275     3  0.3610     0.7843 0.000 0.000 0.800 0.200

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     4  0.5525     0.3703 0.004 0.000 0.392 0.544 0.060
#> SRR1464258     3  0.2377     0.7975 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1454201     3  0.2020     0.8187 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR661589      3  0.1608     0.8276 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1456229     1  0.4373     0.7205 0.764 0.000 0.176 0.052 0.008
#> SRR1315165     4  0.4133     0.7354 0.000 0.000 0.180 0.768 0.052
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.2903     0.7786 0.080 0.000 0.048 0.872 0.000
#> SRR1094457     4  0.2424     0.8081 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1095575     3  0.1965     0.8192 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.2377     0.7932 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1431037     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1395554     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR818002      2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1344143     5  0.4166     0.4752 0.000 0.348 0.000 0.004 0.648
#> SRR1486845     1  0.4235     0.2082 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR1362866     3  0.3209     0.7976 0.024 0.000 0.872 0.052 0.052
#> SRR1490740     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383907     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1311018     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1375699     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429846     3  0.1341     0.8258 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR613550      3  0.1965     0.8144 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     3  0.1270     0.8106 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1324025     3  0.2280     0.8006 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1318879     3  0.2020     0.8187 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR820755      3  0.3861     0.7552 0.068 0.000 0.804 0.128 0.000
#> SRR1485830     4  0.1357     0.8040 0.000 0.000 0.004 0.948 0.048
#> SRR599313      3  0.6397     0.4914 0.244 0.000 0.572 0.168 0.016
#> SRR612263      1  0.2221     0.8715 0.912 0.000 0.036 0.052 0.000
#> SRR1415398     3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1326205     4  0.4879     0.7043 0.000 0.000 0.176 0.716 0.108
#> SRR1421327     1  0.4522     0.6651 0.708 0.000 0.044 0.248 0.000
#> SRR1083311     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1499303     4  0.3507     0.7641 0.000 0.000 0.120 0.828 0.052
#> SRR1079522     3  0.2914     0.7961 0.000 0.000 0.872 0.076 0.052
#> SRR1452935     5  0.0880     0.8442 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.1270     0.8332 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR615778      3  0.3601     0.7785 0.000 0.000 0.820 0.128 0.052
#> SRR1447564     1  0.1502     0.8762 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      3  0.3039     0.7685 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1335140     5  0.1608     0.8224 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1433555     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1308650     5  0.2124     0.8335 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     5  0.1478     0.8480 0.000 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR1413602     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1479955     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      3  0.1965     0.8192 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR661313      5  0.2813     0.7713 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1499935     4  0.4133     0.7354 0.000 0.000 0.180 0.768 0.052
#> SRR1447303     3  0.2230     0.8032 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1429408     4  0.4832     0.7072 0.000 0.000 0.176 0.720 0.104
#> SRR1433950     1  0.1270     0.8873 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.2280     0.8018 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR1435229     5  0.2891     0.7376 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1085996     1  0.0771     0.9019 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1414229     5  0.0290     0.8490 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1400974     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1399971     1  0.3766     0.6507 0.728 0.000 0.004 0.268 0.000
#> SRR613927      3  0.2377     0.7975 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1457854     1  0.0794     0.9009 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1473714     3  0.1628     0.8355 0.000 0.000 0.936 0.008 0.056
#> SRR813776      3  0.2377     0.7975 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR808196      4  0.2389     0.8151 0.116 0.000 0.004 0.880 0.000
#> SRR1101085     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR614395      3  0.3601     0.7652 0.052 0.000 0.820 0.128 0.000
#> SRR1478251     4  0.2516     0.8038 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0880     0.8988 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR665310      3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1420109     5  0.2891     0.7376 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1330920     3  0.2377     0.7975 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1419539     5  0.1965     0.8350 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1359447     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR613915      3  0.4496     0.6960 0.156 0.000 0.752 0.092 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR821715      3  0.2304     0.8326 0.000 0.000 0.908 0.048 0.044
#> SRR1478228     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1445637     3  0.5069     0.5128 0.328 0.000 0.620 0.052 0.000
#> SRR608150      3  0.7643     0.0934 0.356 0.000 0.368 0.220 0.056
#> SRR1096383     1  0.1270     0.8873 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1341480     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.1608     0.8276 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1498838     3  0.4101     0.3371 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1416313     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR808566      4  0.4302     0.2920 0.000 0.000 0.480 0.520 0.000
#> SRR1430270     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR613533      5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR661267      1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1407250     3  0.1965     0.8192 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1420067     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473632     5  0.2852     0.7412 0.000 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR812536      3  0.1671     0.8166 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1370850     2  0.0451     0.9782 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1486195     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1407671     5  0.1544     0.8231 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1446375     5  0.0703     0.8440 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1465230     4  0.2424     0.8081 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR614119      3  0.4666     0.6464 0.240 0.000 0.704 0.056 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404209     3  0.5036     0.5206 0.320 0.000 0.628 0.052 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      5  0.3707     0.6656 0.000 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1445655     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR658953      3  0.3555     0.7805 0.000 0.000 0.824 0.124 0.052
#> SRR2166459     3  0.5091     0.5955 0.244 0.000 0.672 0.084 0.000
#> SRR1070713     5  0.1965     0.8350 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1485312     3  0.1544     0.8291 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1317631     4  0.1357     0.8191 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR1488610     1  0.1557     0.8789 0.940 0.000 0.000 0.008 0.052
#> SRR1330588     3  0.1197     0.8336 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1316367     5  0.2424     0.8007 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1433926     1  0.5334     0.1395 0.512 0.000 0.436 0.052 0.000
#> SRR1091302     4  0.1732     0.8145 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR818263      3  0.6077     0.1874 0.396 0.000 0.480 0.124 0.000
#> SRR1404909     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR663076      1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1442422     4  0.2424     0.8081 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1465893     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR654862      3  0.4357     0.7269 0.104 0.000 0.768 0.128 0.000
#> SRR1407112     4  0.2377     0.8091 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1332969     3  0.1341     0.8327 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1353199     3  0.1671     0.8275 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1378885     3  0.4474     0.7578 0.124 0.000 0.788 0.052 0.036
#> SRR665357      2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR662186      2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.1478     0.8306 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1347819     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1480813     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     5  0.3252     0.7725 0.000 0.008 0.156 0.008 0.828
#> SRR1431781     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500472     5  0.0703     0.8440 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1417632     5  0.4946     0.4139 0.000 0.000 0.052 0.300 0.648
#> SRR1350153     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1458113     5  0.0404     0.8504 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1326579     1  0.5766     0.6652 0.696 0.000 0.124 0.128 0.052
#> SRR1349363     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1090407     3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1083752     5  0.1965     0.8350 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1377599     4  0.5334     0.3767 0.000 0.000 0.436 0.512 0.052
#> SRR1488449     3  0.1836     0.8361 0.000 0.000 0.932 0.032 0.036
#> SRR1318354     5  0.1892     0.8441 0.000 0.080 0.000 0.004 0.916
#> SRR1359062     5  0.2124     0.8335 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1398924     5  0.0000     0.8462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR663783      5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1319204     5  0.0000     0.8462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.1484     0.8864 0.944 0.000 0.008 0.048 0.000
#> SRR1337449     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     5  0.4437     0.2187 0.000 0.464 0.000 0.004 0.532
#> SRR1377423     5  0.3876     0.5715 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0794     0.9009 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1338426     5  0.0000     0.8462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.1197     0.8336 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR658941      5  0.4268     0.2478 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR1101643     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     4  0.3928     0.5945 0.296 0.000 0.004 0.700 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1363858     3  0.5046     0.7470 0.056 0.000 0.756 0.116 0.072
#> SRR819820      3  0.1197     0.8336 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1337342     1  0.5117     0.7291 0.748 0.000 0.072 0.128 0.052
#> SRR655206      5  0.2249     0.8368 0.000 0.096 0.008 0.000 0.896
#> SRR1387013     5  0.2124     0.8335 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1317410     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR608198      1  0.5757     0.6079 0.656 0.000 0.052 0.240 0.052
#> SRR1440161     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.4304    -0.0295 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR1099622     5  0.2286     0.8285 0.000 0.108 0.000 0.004 0.888
#> SRR663197      5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1394836     5  0.3177     0.7409 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR661699      3  0.1671     0.8166 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR813680      3  0.5820     0.4856 0.308 0.000 0.572 0.120 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.2424     0.8081 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1499174     3  0.2249     0.8210 0.000 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR1311486     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1382851     4  0.5232     0.2275 0.000 0.000 0.044 0.500 0.456
#> SRR1433410     1  0.4737     0.7515 0.772 0.000 0.048 0.128 0.052
#> SRR661167      3  0.1608     0.8276 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1432518     5  0.1671     0.8495 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR660462      5  0.1341     0.8535 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1374608     1  0.5059     0.2597 0.548 0.000 0.036 0.416 0.000
#> SRR657949      3  0.4501     0.7143 0.116 0.000 0.756 0.128 0.000
#> SRR1308882     1  0.2280     0.8221 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000
#> SRR655768      3  0.1281     0.8346 0.012 0.000 0.956 0.000 0.032
#> SRR1485870     4  0.3307     0.7692 0.000 0.000 0.104 0.844 0.052
#> SRR1444138     5  0.2891     0.7376 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1417342     1  0.1270     0.8797 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1470193     4  0.5288     0.3822 0.000 0.000 0.404 0.544 0.052
#> SRR1091380     5  0.2966     0.7309 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.3336     0.7380 0.228 0.000 0.000 0.772 0.000
#> SRR1467102     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485416     4  0.1197     0.7974 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR818821      5  0.1851     0.8441 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR809963      1  0.2376     0.8662 0.904 0.000 0.044 0.052 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.0290     0.8131 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1445259     5  0.3913     0.5477 0.000 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1408393     3  0.3146     0.7825 0.028 0.000 0.844 0.128 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0794     0.8986 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0451     0.9782 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1310542     5  0.1965     0.8350 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1333485     4  0.1571     0.8199 0.060 0.000 0.004 0.936 0.000
#> SRR1406437     3  0.0404     0.8331 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1354931     3  0.4242     0.1447 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1391856     3  0.4317     0.7508 0.000 0.000 0.772 0.112 0.116
#> SRR1446738     5  0.1965     0.8350 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     5  0.2124     0.8335 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      2  0.4403     0.1108 0.000 0.560 0.000 0.004 0.436
#> SRR613150      5  0.3966     0.4845 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR1375329     5  0.3305     0.6970 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      5  0.3661     0.6725 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR1400910     5  0.0000     0.8462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1444203     4  0.0451     0.8159 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000
#> SRR816177      5  0.1965     0.8350 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR658754      5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1429603     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1397366     3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1446028     1  0.2536     0.8273 0.868 0.000 0.004 0.128 0.000
#> SRR1083918     5  0.4251     0.4730 0.000 0.372 0.000 0.004 0.624
#> SRR1337606     4  0.5606     0.5263 0.000 0.000 0.296 0.600 0.104
#> SRR659109      5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1337192     1  0.0609     0.9045 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR656946      5  0.3480     0.6566 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1342067     4  0.2561     0.8012 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR1385389     1  0.3366     0.6765 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1075971     1  0.0290     0.9086 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR614419      1  0.3532     0.7940 0.824 0.000 0.048 0.128 0.000
#> SRR1322936     4  0.5844     0.5727 0.000 0.000 0.208 0.608 0.184
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR612935      5  0.2068     0.8383 0.000 0.092 0.000 0.004 0.904
#> SRR661481      2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.3949     0.5324 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR1452164     1  0.0963     0.8960 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR1070503     3  0.2377     0.7975 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1499894     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1082883     4  0.5475     0.6450 0.184 0.000 0.060 0.704 0.052
#> SRR1468271     1  0.3644     0.7858 0.824 0.000 0.080 0.096 0.000
#> SRR1332443     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     5  0.1270     0.8510 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1396294     4  0.4133     0.7354 0.000 0.000 0.180 0.768 0.052
#> SRR1419917     1  0.6050     0.2446 0.512 0.000 0.360 0.128 0.000
#> SRR662114      5  0.1341     0.8499 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1489199     3  0.3003     0.8255 0.000 0.000 0.864 0.092 0.044
#> SRR813584      5  0.2179     0.8318 0.000 0.100 0.000 0.004 0.896
#> SRR1069638     5  0.0162     0.8463 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR614864      3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1433392     3  0.5226     0.3860 0.376 0.000 0.572 0.052 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     3  0.2914     0.7961 0.000 0.000 0.872 0.076 0.052
#> SRR1401252     4  0.3622     0.8024 0.136 0.000 0.048 0.816 0.000
#> SRR1309963     4  0.3895     0.5824 0.320 0.000 0.000 0.680 0.000
#> SRR1338031     1  0.0992     0.8991 0.968 0.000 0.024 0.008 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.5055     0.6993 0.708 0.000 0.072 0.208 0.012
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.4585     0.7436 0.216 0.000 0.004 0.728 0.052
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1486538     4  0.1357     0.8191 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR1340486     4  0.2424     0.8081 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1377696     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1465459     3  0.2153     0.8342 0.000 0.000 0.916 0.040 0.044
#> SRR1080270     5  0.1270     0.8510 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1312501     5  0.3210     0.6974 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1093148     5  0.4015     0.4402 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1467080     5  0.2286     0.8271 0.000 0.108 0.000 0.004 0.888
#> SRR1410866     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1379198     4  0.3143     0.7492 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR613342      5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1452246     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.2424     0.8081 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1396616     5  0.3661     0.6738 0.000 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR813824      3  0.3707     0.5602 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1082376     1  0.1965     0.8767 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR1500891     4  0.5062     0.6598 0.000 0.000 0.276 0.656 0.068
#> SRR807543      3  0.2376     0.8316 0.000 0.000 0.904 0.052 0.044
#> SRR1091572     5  0.5202     0.2661 0.000 0.000 0.056 0.348 0.596
#> SRR1346689     4  0.5365     0.6612 0.000 0.000 0.204 0.664 0.132
#> SRR1332424     1  0.4667     0.7556 0.776 0.000 0.044 0.128 0.052
#> SRR663729      1  0.2959     0.8215 0.864 0.000 0.036 0.100 0.000
#> SRR1097013     3  0.3460     0.7970 0.044 0.000 0.828 0.128 0.000
#> SRR613675      4  0.5807     0.2529 0.000 0.000 0.092 0.484 0.424
#> SRR1485357     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR655816      3  0.2377     0.7975 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1500113     1  0.5264     0.2776 0.556 0.000 0.392 0.000 0.052
#> SRR1437622     3  0.6371     0.2209 0.000 0.000 0.516 0.216 0.268
#> SRR1355172     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR655531      1  0.0290     0.9076 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1338147     3  0.2377     0.7932 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1413329     3  0.2914     0.7961 0.000 0.000 0.872 0.076 0.052
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1452033     1  0.2914     0.8460 0.872 0.000 0.052 0.076 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      5  0.2813     0.7770 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.2536     0.7984 0.000 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR1471755     5  0.4307     0.1303 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR808019      1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.1197     0.8336 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR615069      5  0.0000     0.8462 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.0451     0.9782 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1350069     4  0.4162     0.7343 0.000 0.000 0.176 0.768 0.056
#> SRR816316      1  0.5513     0.5518 0.632 0.000 0.252 0.116 0.000
#> SRR664795      1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     4  0.2609     0.7834 0.004 0.000 0.048 0.896 0.052
#> SRR810643      1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1430333     3  0.3601     0.7785 0.000 0.000 0.820 0.128 0.052
#> SRR1085285     3  0.1608     0.8276 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1099072     3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1351347     5  0.1410     0.8526 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1405525     1  0.5234     0.4863 0.612 0.000 0.332 0.004 0.052
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819610      3  0.3730     0.5485 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0162     0.8141 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR613639      3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1402285     1  0.2020     0.8398 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1077038     1  0.1270     0.8873 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1405660     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1095455     5  0.1671     0.8480 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1394734     5  0.2124     0.8335 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.3307     0.7692 0.000 0.000 0.104 0.844 0.052
#> SRR1073581     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR659804      1  0.0510     0.9060 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1345914     2  0.0451     0.9782 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1432186     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1473529     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR660764      5  0.4151     0.5358 0.000 0.344 0.000 0.004 0.652
#> SRR820448      1  0.3704     0.8025 0.820 0.000 0.092 0.088 0.000
#> SRR1328845     4  0.4162     0.7343 0.000 0.000 0.176 0.768 0.056
#> SRR1336415     4  0.2074     0.8150 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR1379065     1  0.3452     0.6568 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR1459190     3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1346773     1  0.2338     0.8425 0.884 0.000 0.004 0.112 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     5  0.1270     0.8510 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1081209     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     4  0.5491     0.0548 0.004 0.000 0.452 0.492 0.052
#> SRR1309248     5  0.1121     0.8304 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR809161      3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1316320     5  0.1121     0.8304 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1432629     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1498931     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416578     4  0.2424     0.8081 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1405547     5  0.3949     0.5868 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1470534     1  0.2020     0.8398 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR1380764     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1309160     3  0.1608     0.8276 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR663489      5  0.3242     0.7441 0.000 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     5  0.3579     0.7032 0.000 0.000 0.240 0.004 0.756
#> SRR1332648     1  0.4101     0.3729 0.628 0.000 0.000 0.372 0.000
#> SRR660614      2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.3460     0.7974 0.828 0.000 0.044 0.128 0.000
#> SRR1481419     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1464766     1  0.1270     0.8873 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR615946      5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1446481     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.0451     0.9075 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR660224      5  0.3607     0.6951 0.000 0.244 0.000 0.004 0.752
#> SRR665586      1  0.0963     0.8940 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1347166     3  0.3601     0.7785 0.000 0.000 0.820 0.128 0.052
#> SRR1485722     3  0.2464     0.8164 0.016 0.000 0.888 0.000 0.096
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.1965     0.8767 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR661108      3  0.1608     0.8276 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR2170173     3  0.1792     0.8150 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR817329      3  0.5142     0.4126 0.348 0.000 0.600 0.052 0.000
#> SRR1401990     4  0.1502     0.8202 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR1467745     5  0.1965     0.8350 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1471795     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      3  0.4712     0.6095 0.268 0.000 0.684 0.048 0.000
#> SRR1314873     1  0.4737     0.6959 0.708 0.000 0.068 0.224 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.3949     0.6042 0.000 0.000 0.004 0.696 0.300
#> SRR818797      3  0.3262     0.8125 0.000 0.000 0.840 0.124 0.036
#> SRR2164608     3  0.1671     0.8166 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1455586     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR819459      5  0.1270     0.8510 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1488939     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.2377     0.7975 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR1361652     5  0.2179     0.8165 0.000 0.100 0.000 0.004 0.896
#> SRR1437119     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1478547     5  0.4278     0.1506 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1430910     5  0.1430     0.8506 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR1310584     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1500216     1  0.3180     0.8402 0.856 0.000 0.068 0.076 0.000
#> SRR1486762     5  0.2124     0.8335 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1480854     4  0.4030     0.5196 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000
#> SRR1489394     4  0.2377     0.8091 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1418085     4  0.4192     0.3951 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR1340221     4  0.2377     0.8091 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1473058     5  0.5291    -0.0700 0.000 0.000 0.048 0.456 0.496
#> SRR1405165     3  0.1851     0.8208 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1433004     3  0.4519     0.7615 0.036 0.000 0.784 0.128 0.052
#> SRR1471477     1  0.5348     0.0591 0.492 0.000 0.456 0.000 0.052
#> SRR1098567     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098712     5  0.5691     0.3727 0.000 0.000 0.112 0.296 0.592
#> SRR1455038     1  0.1965     0.8767 0.924 0.000 0.024 0.052 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.1121     0.8343 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1348378     5  0.2488     0.8161 0.000 0.124 0.000 0.004 0.872
#> SRR1413541     1  0.2681     0.8597 0.892 0.000 0.004 0.052 0.052
#> SRR1392943     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1475192     5  0.1965     0.8350 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR1432085     2  0.0451     0.9782 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1452468     3  0.3601     0.7785 0.000 0.000 0.820 0.128 0.052
#> SRR1347060     5  0.1469     0.8554 0.000 0.016 0.036 0.000 0.948
#> SRR1414139     5  0.2124     0.8335 0.000 0.096 0.000 0.004 0.900
#> SRR1447962     2  0.0451     0.9782 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     4  0.2877     0.7586 0.144 0.000 0.004 0.848 0.004
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.1270     0.8873 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1343302     4  0.2377     0.8091 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1373746     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.4359     0.2033 0.000 0.584 0.000 0.004 0.412
#> SRR1405331     3  0.2127     0.8075 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1345609     1  0.0794     0.8944 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1380208     3  0.5375     0.4829 0.000 0.000 0.604 0.076 0.320
#> SRR1322840     4  0.1831     0.8204 0.076 0.000 0.004 0.920 0.000
#> SRR1399797     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1416654     5  0.2127     0.8298 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1315081     2  0.0162     0.9845 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369196     5  0.1270     0.8510 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1400847     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.3309     0.8104 0.000 0.000 0.836 0.128 0.036
#> SRR1367920     4  0.3821     0.7488 0.000 0.000 0.148 0.800 0.052
#> SRR1366648     5  0.1270     0.8542 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9853 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.2773     0.7884 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1363968     1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR814387      1  0.0000     0.9095 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0162     0.9094 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1386689     4  0.2377     0.8091 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR1395575     3  0.1608     0.8276 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1453811     3  0.1544     0.8291 0.000 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1441159     1  0.0510     0.9060 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1403154     4  0.2424     0.8081 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR1468722     3  0.1478     0.8306 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1310275     3  0.3508     0.6251 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.1387    0.86296 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1331708     5  0.5780    0.05680 0.000 0.000 0.004 0.168 0.496 0.332
#> SRR1464258     5  0.2562    0.37384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1454201     5  0.3833   -0.30123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR661589      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1456229     1  0.5254    0.41792 0.564 0.000 0.000 0.000 0.316 0.120
#> SRR1315165     4  0.5130    0.52370 0.000 0.000 0.000 0.612 0.136 0.252
#> SRR1488960     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1417809     4  0.5636    0.43915 0.176 0.000 0.000 0.516 0.308 0.000
#> SRR1094457     4  0.1387    0.78072 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1095575     5  0.3833   -0.30123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1315931     1  0.2300    0.79587 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144 0.000
#> SRR1430066     6  0.4809    0.47605 0.000 0.000 0.072 0.000 0.328 0.600
#> SRR1431037     3  0.1204    0.76862 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1395554     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR818002      2  0.4718    0.68202 0.000 0.616 0.000 0.068 0.000 0.316
#> SRR1344143     3  0.7404    0.44884 0.000 0.092 0.416 0.020 0.172 0.300
#> SRR1486845     4  0.3862    0.12444 0.476 0.000 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1362866     5  0.3448   -0.00789 0.004 0.000 0.000 0.000 0.716 0.280
#> SRR1490740     1  0.1863    0.84702 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.1088    0.91640 0.000 0.960 0.000 0.016 0.000 0.024
#> SRR1416248     1  0.0146    0.86834 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383907     4  0.1814    0.76655 0.000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR1311018     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1375699     2  0.3700    0.83613 0.000 0.780 0.000 0.068 0.000 0.152
#> SRR1429846     5  0.3634    0.14109 0.000 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR613550      5  0.3867   -0.23714 0.000 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR1348402     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345146     5  0.3833   -0.30123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1324025     6  0.4738    0.48007 0.000 0.000 0.064 0.000 0.336 0.600
#> SRR1318879     5  0.3833   -0.30123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR820755      5  0.3245    0.38805 0.028 0.000 0.000 0.000 0.800 0.172
#> SRR1485830     4  0.3587    0.70571 0.000 0.000 0.000 0.772 0.188 0.040
#> SRR599313      5  0.3720    0.39002 0.236 0.000 0.000 0.028 0.736 0.000
#> SRR612263      1  0.3023    0.73980 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1415398     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1326205     4  0.6728    0.35051 0.000 0.000 0.068 0.472 0.188 0.272
#> SRR1421327     1  0.6068    0.11008 0.388 0.000 0.000 0.344 0.268 0.000
#> SRR1083311     3  0.0146    0.79700 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1499303     4  0.5877    0.36419 0.000 0.000 0.000 0.456 0.332 0.212
#> SRR1079522     5  0.3221    0.02043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1452935     3  0.0891    0.78514 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR1379495     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR615778      5  0.0000    0.37708 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.1610    0.82216 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655182      5  0.5102   -0.32578 0.000 0.000 0.080 0.000 0.492 0.428
#> SRR1335140     3  0.4893    0.61328 0.000 0.000 0.660 0.000 0.172 0.168
#> SRR1433555     3  0.0146    0.79700 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1308650     3  0.4718    0.63012 0.000 0.000 0.616 0.068 0.000 0.316
#> SRR1388354     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1317446     3  0.0632    0.79222 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1413602     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809853      5  0.3797   -0.27945 0.000 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR661313      3  0.4493    0.30124 0.000 0.000 0.612 0.000 0.044 0.344
#> SRR1499935     4  0.5130    0.52370 0.000 0.000 0.000 0.612 0.136 0.252
#> SRR1447303     6  0.4687    0.48087 0.000 0.000 0.060 0.000 0.336 0.604
#> SRR1429408     4  0.6397    0.40273 0.000 0.000 0.064 0.516 0.136 0.284
#> SRR1433950     1  0.2260    0.82107 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR1362081     2  0.0146    0.92058 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.3076    0.31435 0.000 0.000 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1435229     6  0.5816    0.22260 0.000 0.000 0.388 0.000 0.184 0.428
#> SRR1085996     1  0.1714    0.85293 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1414229     3  0.0363    0.79584 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1400974     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.5089    0.58961 0.620 0.000 0.000 0.136 0.244 0.000
#> SRR613927      5  0.3351    0.25600 0.000 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1457854     1  0.1444    0.86018 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1473714     6  0.3923    0.35668 0.000 0.000 0.004 0.000 0.416 0.580
#> SRR813776      5  0.2562    0.37384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR808196      4  0.1524    0.78203 0.060 0.000 0.000 0.932 0.008 0.000
#> SRR1101085     4  0.1753    0.77015 0.000 0.000 0.000 0.912 0.084 0.004
#> SRR614395      5  0.3003    0.38317 0.016 0.000 0.000 0.000 0.812 0.172
#> SRR1478251     4  0.2048    0.75931 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.1556    0.85695 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR665310      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1420109     6  0.5799    0.21927 0.000 0.000 0.392 0.000 0.180 0.428
#> SRR1330920     5  0.2697    0.36416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1419539     3  0.4530    0.60492 0.000 0.000 0.600 0.044 0.000 0.356
#> SRR1359447     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.1387    0.77374 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR613915      5  0.4220    0.39419 0.096 0.000 0.000 0.000 0.732 0.172
#> SRR1384395     2  0.2389    0.89699 0.000 0.888 0.000 0.060 0.000 0.052
#> SRR821715      6  0.3857    0.32233 0.000 0.000 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR1478228     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1445637     5  0.4332    0.29650 0.352 0.000 0.000 0.000 0.616 0.032
#> SRR608150      5  0.4716    0.33985 0.152 0.000 0.004 0.028 0.732 0.084
#> SRR1096383     1  0.3023    0.73980 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR1341480     4  0.2962    0.75382 0.000 0.000 0.000 0.848 0.084 0.068
#> SRR1341344     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1498838     6  0.5269    0.42580 0.000 0.000 0.156 0.000 0.248 0.596
#> SRR1416313     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR808566      6  0.5586    0.06145 0.000 0.000 0.000 0.384 0.144 0.472
#> SRR1430270     1  0.0146    0.86781 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.1714    0.74094 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR613533      3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661267      1  0.0260    0.86848 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR810665      2  0.2451    0.89537 0.000 0.884 0.000 0.060 0.000 0.056
#> SRR1407250     5  0.3810   -0.28812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1420067     1  0.1444    0.86113 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1473632     6  0.5733    0.26567 0.000 0.000 0.328 0.000 0.184 0.488
#> SRR812536      5  0.3823   -0.10535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1370850     2  0.4718    0.68202 0.000 0.616 0.000 0.068 0.000 0.316
#> SRR1486195     2  0.2451    0.89537 0.000 0.884 0.000 0.060 0.000 0.056
#> SRR1407671     3  0.5302    0.57910 0.000 0.000 0.616 0.004 0.172 0.208
#> SRR1446375     3  0.2562    0.68354 0.000 0.000 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1465230     4  0.1387    0.78072 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR614119      5  0.5180    0.34273 0.220 0.000 0.000 0.000 0.616 0.164
#> SRR1356101     2  0.1092    0.91623 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1404209     5  0.5575    0.33175 0.296 0.000 0.000 0.000 0.532 0.172
#> SRR1392676     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR660510      3  0.4812    0.20551 0.000 0.000 0.588 0.000 0.068 0.344
#> SRR1445655     4  0.1387    0.77374 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR658953      5  0.1957    0.28898 0.000 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR2166459     5  0.5741    0.27975 0.372 0.000 0.000 0.000 0.456 0.172
#> SRR1070713     3  0.4278    0.63018 0.000 0.000 0.632 0.032 0.000 0.336
#> SRR1485312     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1317631     4  0.1657    0.77674 0.016 0.000 0.000 0.928 0.056 0.000
#> SRR1488610     1  0.3151    0.69118 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR1330588     6  0.4482    0.46725 0.000 0.000 0.036 0.000 0.384 0.580
#> SRR1316367     3  0.5575    0.46694 0.000 0.000 0.528 0.000 0.304 0.168
#> SRR1433926     5  0.5633    0.05509 0.412 0.000 0.000 0.000 0.440 0.148
#> SRR1091302     4  0.1616    0.78078 0.048 0.000 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR818263      5  0.5438    0.37642 0.260 0.000 0.000 0.000 0.568 0.172
#> SRR1404909     4  0.1588    0.77289 0.000 0.000 0.000 0.924 0.072 0.004
#> SRR663076      1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.3475    0.85004 0.000 0.800 0.000 0.060 0.000 0.140
#> SRR1442422     4  0.1387    0.78072 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.1434    0.86465 0.940 0.000 0.000 0.012 0.048 0.000
#> SRR654862      5  0.3506    0.39931 0.052 0.000 0.000 0.000 0.792 0.156
#> SRR1407112     4  0.1471    0.78129 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR1332969     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1353199     6  0.3852    0.49932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.384 0.612
#> SRR1378885     5  0.4620    0.24724 0.068 0.000 0.000 0.000 0.640 0.292
#> SRR665357      2  0.0777    0.91796 0.000 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR662186      2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1347819     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.1092    0.91623 0.000 0.960 0.000 0.020 0.000 0.020
#> SRR1472576     6  0.6063   -0.04655 0.000 0.000 0.200 0.048 0.172 0.580
#> SRR1431781     4  0.1387    0.77374 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1452270     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1500472     3  0.2454    0.69487 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1417632     3  0.6293    0.35352 0.000 0.000 0.392 0.008 0.288 0.312
#> SRR1350153     2  0.2390    0.89694 0.000 0.888 0.000 0.056 0.000 0.056
#> SRR1458113     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1326579     5  0.3578    0.08341 0.340 0.000 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1090407     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1083752     3  0.3634    0.65822 0.000 0.000 0.696 0.008 0.000 0.296
#> SRR1377599     5  0.5774   -0.01303 0.000 0.000 0.000 0.176 0.440 0.384
#> SRR1488449     6  0.3756    0.47473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR1318354     3  0.1801    0.77490 0.000 0.004 0.924 0.016 0.000 0.056
#> SRR1359062     3  0.2058    0.77028 0.000 0.000 0.908 0.036 0.000 0.056
#> SRR1398924     3  0.0146    0.79706 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR663783      3  0.0146    0.79700 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1319204     3  0.0146    0.79706 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1369070     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.2941    0.73884 0.780 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR1337449     2  0.1934    0.90622 0.000 0.916 0.000 0.040 0.000 0.044
#> SRR1316982     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1498595     2  0.7096   -0.00796 0.000 0.324 0.292 0.068 0.000 0.316
#> SRR1377423     3  0.5027    0.38694 0.000 0.000 0.640 0.000 0.160 0.200
#> SRR1312310     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.1501    0.85829 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR1338426     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353309     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR658941      6  0.3930    0.30271 0.000 0.000 0.092 0.000 0.144 0.764
#> SRR1101643     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     4  0.6860    0.36435 0.236 0.000 0.000 0.448 0.248 0.068
#> SRR1368874     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.1387    0.77374 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1363858     5  0.2915    0.27516 0.000 0.000 0.000 0.008 0.808 0.184
#> SRR819820      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1337342     5  0.3717   -0.07978 0.384 0.000 0.000 0.000 0.616 0.000
#> SRR655206      3  0.4225    0.45894 0.000 0.000 0.508 0.008 0.004 0.480
#> SRR1387013     3  0.4443    0.61334 0.000 0.000 0.596 0.036 0.000 0.368
#> SRR1317410     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR608198      5  0.4889    0.07475 0.312 0.000 0.000 0.084 0.604 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.3789    0.31406 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000 0.000
#> SRR1099622     3  0.4718    0.63012 0.000 0.000 0.616 0.068 0.000 0.316
#> SRR663197      3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1394836     6  0.3692    0.21119 0.000 0.000 0.244 0.008 0.012 0.736
#> SRR661699      5  0.3823   -0.10535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR813680      5  0.5282    0.37756 0.228 0.000 0.000 0.000 0.600 0.172
#> SRR1410678     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     4  0.1387    0.78072 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1499174     5  0.3804   -0.28330 0.000 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1311486     2  0.2571    0.89197 0.000 0.876 0.000 0.060 0.000 0.064
#> SRR1382851     6  0.7513   -0.25554 0.000 0.000 0.292 0.140 0.252 0.316
#> SRR1433410     5  0.3789   -0.14303 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR661167      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1432518     3  0.0146    0.79700 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR660462      3  0.0146    0.79700 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1374608     4  0.5771    0.26657 0.336 0.000 0.000 0.476 0.188 0.000
#> SRR657949      5  0.3927    0.39667 0.072 0.000 0.000 0.000 0.756 0.172
#> SRR1308882     1  0.3221    0.61188 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR655768      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1485870     4  0.5078    0.58055 0.000 0.000 0.000 0.632 0.208 0.160
#> SRR1444138     6  0.5799    0.21927 0.000 0.000 0.392 0.000 0.180 0.428
#> SRR1417342     1  0.2562    0.71025 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR1470193     5  0.5631    0.04438 0.000 0.000 0.000 0.168 0.508 0.324
#> SRR1091380     3  0.5223   -0.10643 0.000 0.000 0.472 0.000 0.092 0.436
#> SRR1099096     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     4  0.3769    0.49273 0.356 0.000 0.000 0.640 0.004 0.000
#> SRR1467102     2  0.2962    0.87948 0.000 0.848 0.000 0.068 0.000 0.084
#> SRR1485416     4  0.4638    0.58787 0.000 0.000 0.000 0.636 0.296 0.068
#> SRR818821      3  0.0291    0.79582 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR809963      1  0.3672    0.56712 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     4  0.1714    0.76938 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1445259     3  0.4671    0.45587 0.000 0.000 0.688 0.000 0.156 0.156
#> SRR1408393     5  0.2948    0.37110 0.008 0.000 0.000 0.000 0.804 0.188
#> SRR1361522     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.1265    0.85899 0.948 0.000 0.000 0.008 0.044 0.000
#> SRR1309680     2  0.4718    0.68202 0.000 0.616 0.000 0.068 0.000 0.316
#> SRR1310542     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.1644    0.77895 0.028 0.000 0.000 0.932 0.040 0.000
#> SRR1406437     6  0.2996    0.30652 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228 0.772
#> SRR1354931     6  0.5273    0.40686 0.000 0.000 0.184 0.000 0.212 0.604
#> SRR1391856     5  0.5592   -0.05434 0.000 0.000 0.156 0.000 0.504 0.340
#> SRR1446738     3  0.3986    0.64076 0.000 0.000 0.664 0.020 0.000 0.316
#> SRR1309032     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     3  0.4718    0.63012 0.000 0.000 0.616 0.068 0.000 0.316
#> SRR1432611     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.5851    0.27885 0.000 0.328 0.544 0.060 0.000 0.068
#> SRR613150      3  0.2709    0.69070 0.000 0.000 0.848 0.000 0.132 0.020
#> SRR1375329     6  0.5887    0.26752 0.000 0.000 0.364 0.000 0.204 0.432
#> SRR1387921     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR812943      6  0.5962    0.26807 0.000 0.000 0.364 0.000 0.224 0.412
#> SRR1400910     3  0.0146    0.79706 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1444203     4  0.1471    0.77483 0.004 0.000 0.000 0.932 0.064 0.000
#> SRR816177      3  0.4389    0.59570 0.000 0.000 0.596 0.032 0.000 0.372
#> SRR658754      3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.1387    0.77374 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1397366     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1446028     1  0.3409    0.66637 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR1083918     3  0.7002    0.23144 0.000 0.252 0.372 0.064 0.000 0.312
#> SRR1337606     5  0.6629    0.04482 0.000 0.000 0.044 0.204 0.436 0.316
#> SRR659109      3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.2854    0.76295 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR656946      6  0.4647    0.23936 0.000 0.000 0.104 0.008 0.184 0.704
#> SRR1476102     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1342067     4  0.1610    0.77450 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.3607    0.43210 0.652 0.000 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.1327    0.86291 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR614419      1  0.3782    0.48847 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR1322936     5  0.6437   -0.07084 0.000 0.000 0.144 0.244 0.536 0.076
#> SRR1349121     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR612935      3  0.1462    0.77773 0.000 0.008 0.936 0.000 0.000 0.056
#> SRR661481      2  0.1633    0.91053 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000 0.044
#> SRR1354117     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.6109    0.16420 0.000 0.000 0.000 0.356 0.352 0.292
#> SRR1452164     1  0.2527    0.79060 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR1070503     5  0.2912    0.34205 0.000 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1499894     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082883     5  0.5246   -0.10448 0.028 0.000 0.000 0.288 0.616 0.068
#> SRR1468271     1  0.3435    0.75248 0.820 0.000 0.000 0.024 0.128 0.028
#> SRR1332443     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1328620     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1396294     4  0.5231    0.52477 0.000 0.000 0.004 0.612 0.132 0.252
#> SRR1419917     5  0.4828    0.25489 0.320 0.000 0.000 0.000 0.604 0.076
#> SRR662114      3  0.0146    0.79706 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1489199     5  0.2762    0.35965 0.000 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR813584      3  0.5144    0.57596 0.000 0.008 0.540 0.068 0.000 0.384
#> SRR1069638     3  0.2536    0.75945 0.000 0.000 0.864 0.020 0.000 0.116
#> SRR614864      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1433392     5  0.5665    0.31189 0.328 0.000 0.000 0.000 0.500 0.172
#> SRR1377777     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     5  0.3266    0.01560 0.000 0.000 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1401252     4  0.3767    0.71365 0.088 0.000 0.000 0.780 0.132 0.000
#> SRR1309963     4  0.3050    0.66103 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.1714    0.85293 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     5  0.5868   -0.12205 0.348 0.000 0.000 0.204 0.448 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.5604    0.53224 0.268 0.000 0.000 0.556 0.172 0.004
#> SRR1337010     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1486538     4  0.2494    0.75386 0.016 0.000 0.000 0.864 0.120 0.000
#> SRR1340486     4  0.1387    0.78072 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1377696     2  0.4718    0.68202 0.000 0.616 0.000 0.068 0.000 0.316
#> SRR1465459     5  0.3765    0.02454 0.000 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR1080270     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1312501     6  0.5873    0.27705 0.000 0.000 0.368 0.000 0.200 0.432
#> SRR1093148     6  0.6075    0.22282 0.000 0.000 0.332 0.000 0.276 0.392
#> SRR1467080     3  0.2272    0.76666 0.000 0.004 0.900 0.040 0.000 0.056
#> SRR1410866     2  0.0717    0.91863 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR816475      4  0.3587    0.72694 0.000 0.000 0.000 0.792 0.140 0.068
#> SRR1379198     4  0.2527    0.72426 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.1501    0.77869 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.4808   -0.14919 0.000 0.000 0.480 0.000 0.052 0.468
#> SRR813824      6  0.5103    0.44868 0.000 0.000 0.120 0.000 0.276 0.604
#> SRR1082376     1  0.3221    0.71020 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1500891     6  0.4836    0.09193 0.000 0.000 0.020 0.032 0.356 0.592
#> SRR807543      5  0.3620    0.14494 0.000 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1091572     3  0.7309    0.20120 0.000 0.000 0.404 0.200 0.260 0.136
#> SRR1346689     6  0.6451    0.07697 0.000 0.000 0.072 0.160 0.232 0.536
#> SRR1332424     5  0.3982   -0.26454 0.460 0.000 0.000 0.000 0.536 0.004
#> SRR663729      1  0.3879    0.52101 0.688 0.000 0.000 0.292 0.020 0.000
#> SRR1097013     5  0.3547    0.24449 0.004 0.000 0.000 0.000 0.696 0.300
#> SRR613675      5  0.6537   -0.22211 0.000 0.000 0.348 0.028 0.396 0.228
#> SRR1485357     4  0.2801    0.75815 0.000 0.000 0.000 0.860 0.072 0.068
#> SRR655816      5  0.3659    0.09214 0.000 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1500113     1  0.5969   -0.16129 0.432 0.000 0.000 0.000 0.332 0.236
#> SRR1437622     6  0.4317    0.25850 0.000 0.000 0.092 0.056 0.076 0.776
#> SRR1355172     1  0.1714    0.85293 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR655531      1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338147     6  0.4809    0.47605 0.000 0.000 0.072 0.000 0.328 0.600
#> SRR1413329     5  0.3221    0.02043 0.000 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1485931     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333308     4  0.1387    0.77374 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR1452033     1  0.3879    0.66264 0.688 0.000 0.000 0.020 0.292 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.4504    0.06938 0.000 0.000 0.536 0.000 0.032 0.432
#> SRR1375351     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      5  0.3499    0.21511 0.000 0.000 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR1471755     6  0.7096   -0.32984 0.000 0.308 0.296 0.068 0.000 0.328
#> SRR808019      1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1479133     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR615069      3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456185     2  0.3700    0.83613 0.000 0.780 0.000 0.068 0.000 0.152
#> SRR1350069     4  0.5130    0.52370 0.000 0.000 0.000 0.612 0.136 0.252
#> SRR816316      5  0.5592    0.09430 0.368 0.000 0.000 0.000 0.484 0.148
#> SRR664795      1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1490721     4  0.4962    0.47041 0.000 0.000 0.000 0.516 0.416 0.068
#> SRR810643      1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1430333     5  0.1863    0.33015 0.000 0.000 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR1085285     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1099072     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1317985     1  0.0632    0.86448 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.2571    0.89197 0.000 0.876 0.000 0.060 0.000 0.064
#> SRR1351347     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405525     5  0.6038    0.17369 0.316 0.000 0.000 0.000 0.416 0.268
#> SRR1370329     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.1633    0.91053 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000 0.044
#> SRR819610      6  0.1858    0.30483 0.000 0.000 0.076 0.000 0.012 0.912
#> SRR2157314     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.3513    0.72560 0.000 0.000 0.000 0.796 0.144 0.060
#> SRR613639      6  0.3727    0.49629 0.000 0.000 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1402285     1  0.3371    0.54410 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.3221    0.71020 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1095455     3  0.0146    0.79700 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1394734     3  0.4315    0.63579 0.000 0.000 0.636 0.036 0.000 0.328
#> SRR1317771     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365894     4  0.5227    0.55598 0.000 0.000 0.000 0.612 0.200 0.188
#> SRR1073581     1  0.1501    0.85960 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR659804      1  0.1327    0.86312 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR1345914     2  0.4566    0.72087 0.000 0.652 0.000 0.068 0.000 0.280
#> SRR1432186     2  0.3953    0.80628 0.000 0.744 0.000 0.060 0.000 0.196
#> SRR1473529     2  0.2451    0.89537 0.000 0.884 0.000 0.060 0.000 0.056
#> SRR660764      3  0.4341    0.68595 0.000 0.108 0.772 0.060 0.000 0.060
#> SRR820448      1  0.4516    0.45870 0.564 0.000 0.000 0.000 0.400 0.036
#> SRR1328845     4  0.5231    0.52477 0.000 0.000 0.004 0.612 0.132 0.252
#> SRR1336415     4  0.1616    0.78078 0.048 0.000 0.000 0.932 0.020 0.000
#> SRR1379065     1  0.3672    0.39905 0.632 0.000 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1459190     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1346773     1  0.2135    0.82766 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR1499521     1  0.0146    0.86841 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440898     2  0.0717    0.91863 0.000 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR1347459     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.1863    0.90734 0.000 0.920 0.000 0.036 0.000 0.044
#> SRR1400202     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1333395     5  0.4325   -0.14147 0.004 0.000 0.000 0.412 0.568 0.016
#> SRR1309248     6  0.6160   -0.23992 0.000 0.000 0.340 0.008 0.224 0.428
#> SRR809161      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1316320     3  0.5142    0.58167 0.000 0.000 0.624 0.000 0.172 0.204
#> SRR1432629     2  0.4718    0.68202 0.000 0.616 0.000 0.068 0.000 0.316
#> SRR1498931     1  0.1141    0.86545 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1416578     4  0.1387    0.78072 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1405547     6  0.4552    0.31888 0.000 0.000 0.364 0.000 0.044 0.592
#> SRR1470534     1  0.3371    0.54410 0.708 0.000 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1309160     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR663489      3  0.4199    0.11628 0.000 0.000 0.568 0.000 0.016 0.416
#> SRR1500450     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1078489     6  0.5767    0.26716 0.000 0.000 0.324 0.000 0.192 0.484
#> SRR1332648     1  0.3854    0.07520 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0405    0.92015 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1470420     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.3774    0.49501 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000
#> SRR1481419     2  0.1633    0.91053 0.000 0.932 0.000 0.024 0.000 0.044
#> SRR1464766     1  0.2664    0.78633 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR615946      3  0.0146    0.79758 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.2629    0.89011 0.000 0.872 0.000 0.060 0.000 0.068
#> SRR1467656     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.1327    0.86344 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR660224      3  0.6637    0.42297 0.000 0.208 0.496 0.064 0.000 0.232
#> SRR665586      1  0.0790    0.85694 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1347166     5  0.0000    0.37708 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485722     5  0.3810   -0.28812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR1415316     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR613390      1  0.3221    0.71020 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR661108      6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR2170173     5  0.3810   -0.08436 0.000 0.000 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR817329      5  0.5214    0.37963 0.216 0.000 0.000 0.000 0.612 0.172
#> SRR1401990     4  0.2688    0.77507 0.024 0.000 0.000 0.884 0.044 0.048
#> SRR1467745     3  0.4856    0.59724 0.000 0.000 0.572 0.068 0.000 0.360
#> SRR1471795     2  0.2744    0.88705 0.000 0.864 0.000 0.064 0.000 0.072
#> SRR1415637     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      5  0.5519    0.33264 0.280 0.000 0.000 0.000 0.548 0.172
#> SRR1314873     1  0.5962    0.17763 0.412 0.000 0.000 0.224 0.364 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.6922    0.30403 0.000 0.000 0.208 0.492 0.124 0.176
#> SRR818797      5  0.3428    0.23211 0.000 0.000 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR2164608     5  0.3823   -0.10535 0.000 0.000 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR1455586     2  0.2629    0.89011 0.000 0.872 0.000 0.060 0.000 0.068
#> SRR819459      3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.1564    0.91150 0.000 0.936 0.000 0.024 0.000 0.040
#> SRR1433232     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     5  0.2697    0.36416 0.000 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR1361652     3  0.5259    0.64943 0.000 0.020 0.700 0.040 0.172 0.068
#> SRR1437119     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1478547     3  0.5903   -0.22126 0.000 0.000 0.428 0.000 0.208 0.364
#> SRR1430910     3  0.1219    0.78317 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR1310584     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1500216     1  0.4228    0.51876 0.588 0.000 0.000 0.020 0.392 0.000
#> SRR1486762     3  0.3608    0.72425 0.000 0.000 0.788 0.064 0.000 0.148
#> SRR1480854     4  0.3457    0.64611 0.232 0.000 0.000 0.752 0.016 0.000
#> SRR1489394     4  0.1471    0.78129 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR1418085     4  0.3428    0.55708 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.1471    0.78129 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR1473058     6  0.6151    0.09315 0.000 0.000 0.220 0.092 0.104 0.584
#> SRR1405165     6  0.4218    0.49513 0.000 0.000 0.024 0.000 0.360 0.616
#> SRR1433004     5  0.0000    0.37708 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1471477     6  0.5883    0.06670 0.204 0.000 0.000 0.000 0.360 0.436
#> SRR1098567     2  0.3045    0.87494 0.000 0.840 0.000 0.060 0.000 0.100
#> SRR1098712     6  0.5264    0.22022 0.000 0.000 0.112 0.064 0.132 0.692
#> SRR1455038     1  0.3221    0.71020 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1348378     3  0.3434    0.73582 0.000 0.004 0.808 0.048 0.000 0.140
#> SRR1413541     1  0.3823    0.47989 0.564 0.000 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR1392943     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1475192     3  0.2985    0.75196 0.000 0.000 0.844 0.056 0.000 0.100
#> SRR1432085     2  0.3700    0.83613 0.000 0.780 0.000 0.068 0.000 0.152
#> SRR1452468     5  0.0458    0.37041 0.000 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1347060     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.2058    0.77028 0.000 0.000 0.908 0.036 0.000 0.056
#> SRR1447962     2  0.3736    0.83327 0.000 0.776 0.000 0.068 0.000 0.156
#> SRR1444324     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     4  0.5336    0.52211 0.228 0.000 0.000 0.592 0.180 0.000
#> SRR1413436     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.3050    0.73893 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000
#> SRR1343302     4  0.1471    0.78129 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR1373746     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.6833    0.31481 0.000 0.428 0.188 0.068 0.000 0.316
#> SRR1405331     6  0.4842    0.47423 0.000 0.000 0.076 0.000 0.324 0.600
#> SRR1345609     1  0.1327    0.83617 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1380208     5  0.5178    0.01259 0.000 0.000 0.088 0.000 0.488 0.424
#> SRR1322840     4  0.2277    0.77608 0.076 0.000 0.000 0.892 0.032 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.3729    0.41944 0.000 0.000 0.692 0.000 0.012 0.296
#> SRR1315081     2  0.2629    0.89011 0.000 0.872 0.000 0.060 0.000 0.068
#> SRR1369196     3  0.1890    0.77766 0.000 0.000 0.916 0.024 0.000 0.060
#> SRR1400847     1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     5  0.2562    0.37384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1367920     4  0.6045    0.30942 0.000 0.000 0.004 0.420 0.364 0.212
#> SRR1366648     3  0.0000    0.79781 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.92081 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.4978   -0.32537 0.000 0.000 0.068 0.000 0.500 0.432
#> SRR1363968     1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR814387      1  0.0000    0.86830 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.1267    0.86402 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1386689     4  0.1471    0.78129 0.064 0.000 0.000 0.932 0.004 0.000
#> SRR1395575     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1453811     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1441159     1  0.1387    0.86155 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR1403154     4  0.1387    0.78072 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1468722     6  0.3717    0.50257 0.000 0.000 0.000 0.000 0.384 0.616
#> SRR1310275     3  0.6086   -0.33231 0.000 0.000 0.388 0.000 0.284 0.328

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.965           0.939       0.969         0.4733 0.519   0.519
#> 3 3 0.622           0.790       0.880         0.2408 0.898   0.807
#> 4 4 0.696           0.784       0.885         0.2100 0.827   0.609
#> 5 5 0.647           0.539       0.758         0.0792 0.856   0.556
#> 6 6 0.777           0.747       0.866         0.0432 0.883   0.572

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1331708     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1464258     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1315165     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1488960     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1417809     2  0.4161    0.92865 0.084 0.916
#> SRR1094457     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1095575     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1430066     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1431037     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1395554     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1344143     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1486845     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1362866     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1383907     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1311018     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1429846     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1485830     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR599313      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1326205     2  0.2778    0.95176 0.048 0.952
#> SRR1421327     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1083311     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1499303     2  0.2948    0.95158 0.052 0.948
#> SRR1079522     2  0.3431    0.94562 0.064 0.936
#> SRR1452935     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR661361      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.4431    0.88133 0.908 0.092
#> SRR1335140     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1433555     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1388354     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1317446     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1413602     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR809853      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR661313      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1499935     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1447303     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1429408     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1433950     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1409854     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1414229     1  0.8327    0.62770 0.736 0.264
#> SRR1400974     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.0376    0.97464 0.996 0.004
#> SRR613927      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR813776      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR808196      2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1101085     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR614395      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1478251     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1370551     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1420109     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1419539     2  0.8955    0.60257 0.312 0.688
#> SRR1359447     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1347259     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR613915      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1384395     1  0.9881    0.24177 0.564 0.436
#> SRR821715      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1478228     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR608150      2  0.8661    0.64814 0.288 0.712
#> SRR1096383     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1341480     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1341344     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1326270     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1416313     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR808566      2  0.3431    0.94558 0.064 0.936
#> SRR1430270     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1367825     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR613533      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR661267      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1407250     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1473632     2  0.8909    0.59553 0.308 0.692
#> SRR812536      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1370850     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1486195     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1407671     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1446375     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1465230     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR614119      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR660510      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1445655     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR658953      1  0.7453    0.71577 0.788 0.212
#> SRR2166459     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1070713     2  0.2778    0.95176 0.048 0.952
#> SRR1485312     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1317631     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1488610     1  0.1184    0.96325 0.984 0.016
#> SRR1330588     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1316367     1  0.9661    0.31827 0.608 0.392
#> SRR1433926     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1091302     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR818263      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1404909     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR663076      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1442422     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1465893     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR654862      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1407112     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1332969     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1378885     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR665357      2  1.0000   -0.00367 0.496 0.504
#> SRR662186      2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1347819     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1480813     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1472576     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1431781     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1452270     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1500472     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1417632     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1350153     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1458113     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1096712     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1090407     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1083752     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1377599     2  0.5408    0.88763 0.124 0.876
#> SRR1488449     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1318354     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1359062     1  0.0672    0.97070 0.992 0.008
#> SRR1398924     1  0.9833    0.23249 0.576 0.424
#> SRR663783      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1319204     1  0.0938    0.96719 0.988 0.012
#> SRR1369070     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1498595     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1377423     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1338426     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1353309     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR658941      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1101643     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1324085     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1363858     1  0.8443    0.60650 0.728 0.272
#> SRR819820      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR655206      2  0.2778    0.95176 0.048 0.952
#> SRR1387013     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1317410     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR608198      1  0.8713    0.56727 0.708 0.292
#> SRR1440161     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1415379     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1099622     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR663197      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1394836     2  0.3431    0.94558 0.064 0.936
#> SRR661699      1  0.0376    0.97464 0.996 0.004
#> SRR813680      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1378109     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1499174     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1382851     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1433410     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR661167      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1432518     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR660462      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1374608     1  0.7674    0.69197 0.776 0.224
#> SRR657949      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1308882     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR655768      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1485870     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1444138     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1417342     2  0.6712    0.82414 0.176 0.824
#> SRR1470193     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1091380     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1313583     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1467102     2  0.0376    0.94998 0.004 0.996
#> SRR1485416     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR818821      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR809963      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1353710     2  0.4815    0.90907 0.104 0.896
#> SRR1445259     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1408393     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1310542     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1333485     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1406437     1  0.0376    0.97464 0.996 0.004
#> SRR1354931     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1391856     1  0.7139    0.73770 0.804 0.196
#> SRR1446738     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1309032     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1432611     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR815869      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR613150      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1375329     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1387921     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.9710    0.29433 0.600 0.400
#> SRR1400910     2  0.9775    0.36039 0.412 0.588
#> SRR1444203     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR816177      2  0.2778    0.95176 0.048 0.952
#> SRR658754      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1429603     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1397366     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1337606     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR659109      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1337192     1  0.9552    0.36415 0.624 0.376
#> SRR656946      2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1476102     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1342067     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1385389     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1075971     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.1414    0.95951 0.980 0.020
#> SRR1322936     2  0.9170    0.56102 0.332 0.668
#> SRR1349121     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR612935      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR661481      2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1393596     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1452164     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1499894     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1082883     2  0.7815    0.74302 0.232 0.768
#> SRR1468271     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.8763    0.55938 0.704 0.296
#> SRR810295      2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1328620     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1396294     2  0.3733    0.93913 0.072 0.928
#> SRR1419917     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR662114      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1489199     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR813584      2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1069638     1  0.9170    0.47704 0.668 0.332
#> SRR614864      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR2167710     1  0.4298    0.88688 0.912 0.088
#> SRR1401252     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1309963     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1338031     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0376    0.97464 0.996 0.004
#> SRR1380393     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1356468     2  0.3879    0.93580 0.076 0.924
#> SRR1337010     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1486538     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1340486     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1377696     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1465459     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1080270     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1312501     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1467080     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR816475      2  0.3274    0.94855 0.060 0.940
#> SRR1379198     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR613342      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1452246     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1369129     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1396616     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR813824      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1082376     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1500891     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR807543      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1091572     2  0.6148    0.85494 0.152 0.848
#> SRR1346689     2  0.1184    0.95159 0.016 0.984
#> SRR1332424     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR663729      2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1097013     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR613675      2  0.9635    0.42910 0.388 0.612
#> SRR1485357     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR655816      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1500113     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1437622     2  0.2778    0.95176 0.048 0.952
#> SRR1355172     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0376    0.97464 0.996 0.004
#> SRR1485931     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1333308     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1452033     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR809018      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR663440      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.1184    0.95159 0.016 0.984
#> SRR808019      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR615069      1  0.2603    0.93532 0.956 0.044
#> SRR1456185     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1350069     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR816316      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1490721     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR810643      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1099072     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.9896    0.20702 0.440 0.560
#> SRR1351347     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1405525     1  0.3114    0.92221 0.944 0.056
#> SRR1370329     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR819610      2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR2157314     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR809987      2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR613639      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1402285     2  0.4022    0.93229 0.080 0.920
#> SRR1077038     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1405660     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1095455     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1394734     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1317771     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1365894     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1073581     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1432186     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1473529     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR660764      1  0.0672    0.97070 0.992 0.008
#> SRR820448      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1328845     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1336415     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1379065     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1459190     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1346773     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1347459     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1333395     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1309248     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR809161      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1316320     2  0.0376    0.95103 0.004 0.996
#> SRR1432629     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1498931     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1416578     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1405547     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1470534     2  0.4562    0.91715 0.096 0.904
#> SRR1380764     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1309160     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR663489      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1500450     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1078489     2  0.6531    0.83506 0.168 0.832
#> SRR1332648     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR660614      2  0.4161    0.90238 0.084 0.916
#> SRR1470420     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR615946      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1446481     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.0672    0.95079 0.008 0.992
#> SRR665586      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR661108      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR2170173     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR817329      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1401990     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1467745     2  0.2778    0.95176 0.048 0.952
#> SRR1471795     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR813137      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1419692     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR818797      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1455586     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR819459      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1361652     2  0.8608    0.61704 0.284 0.716
#> SRR1437119     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1478547     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1430910     1  0.8267    0.63582 0.740 0.260
#> SRR1310584     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1486762     1  0.8386    0.62050 0.732 0.268
#> SRR1480854     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1489394     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1418085     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1340221     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1473058     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1405165     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1433004     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1098712     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1455038     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1403005     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1413541     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1475192     1  0.9522    0.38321 0.628 0.372
#> SRR1432085     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1452468     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1347060     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1414139     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1447962     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1444324     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.9580    0.35268 0.620 0.380
#> SRR1413436     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1343302     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1373746     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1405331     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.8661    0.57647 0.712 0.288
#> SRR1380208     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1322840     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1399797     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1416654     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1315081     1  0.1843    0.95505 0.972 0.028
#> SRR1369196     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1400847     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1365291     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1367920     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1366648     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.95016 0.000 1.000
#> SRR1082173     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1386689     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1395575     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1403154     2  0.3114    0.95134 0.056 0.944
#> SRR1468722     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000
#> SRR1310275     1  0.0000    0.97822 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1331708     1  0.4931    0.68969 0.768 0.232 0.000
#> SRR1464258     3  0.5178    0.79333 0.256 0.000 0.744
#> SRR1454201     3  0.0237    0.87424 0.004 0.000 0.996
#> SRR661589      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     3  0.4399    0.82909 0.188 0.000 0.812
#> SRR1315165     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1488960     3  0.0747    0.87343 0.016 0.000 0.984
#> SRR1417809     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1094457     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1095575     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1315931     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1430066     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      2  0.1964    0.85415 0.056 0.944 0.000
#> SRR1344143     2  0.6111    0.25363 0.396 0.604 0.000
#> SRR1486845     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1362866     3  0.4733    0.81361 0.196 0.004 0.800
#> SRR1490740     3  0.5254    0.78795 0.264 0.000 0.736
#> SRR1446627     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR1383907     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1311018     3  0.5397    0.77615 0.280 0.000 0.720
#> SRR1375699     2  0.1031    0.88292 0.024 0.976 0.000
#> SRR1429846     3  0.0237    0.87474 0.004 0.000 0.996
#> SRR613550      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     3  0.3116    0.85292 0.108 0.000 0.892
#> SRR1345146     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1324025     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR820755      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485830     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR599313      3  0.5465    0.77095 0.288 0.000 0.712
#> SRR612263      3  0.4346    0.83067 0.184 0.000 0.816
#> SRR1415398     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.5431    0.60786 0.716 0.284 0.000
#> SRR1421327     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     1  0.5431    0.60786 0.716 0.284 0.000
#> SRR1079522     1  0.5431    0.60786 0.716 0.284 0.000
#> SRR1452935     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379495     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1470459     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      3  0.4887    0.80098 0.228 0.000 0.772
#> SRR1447564     3  0.2711    0.86020 0.088 0.000 0.912
#> SRR1455195     3  0.5327    0.78236 0.272 0.000 0.728
#> SRR655182      3  0.2229    0.85329 0.012 0.044 0.944
#> SRR1335140     1  0.6154    0.38016 0.592 0.408 0.000
#> SRR1433555     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.0424    0.89359 0.008 0.992 0.000
#> SRR1388354     3  0.4121    0.83425 0.168 0.000 0.832
#> SRR1317446     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1479955     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR809853      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR661313      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     1  0.2537    0.85563 0.920 0.080 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     1  0.2537    0.85557 0.920 0.080 0.000
#> SRR1433950     3  0.5431    0.77713 0.284 0.000 0.716
#> SRR1362081     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435229     3  0.1015    0.87006 0.012 0.008 0.980
#> SRR1085996     3  0.4750    0.81592 0.216 0.000 0.784
#> SRR1414229     3  0.5346    0.75263 0.040 0.152 0.808
#> SRR1400974     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     3  0.5158    0.79383 0.232 0.004 0.764
#> SRR613927      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457854     3  0.3941    0.84136 0.156 0.000 0.844
#> SRR1473714     3  0.4346    0.82392 0.184 0.000 0.816
#> SRR813776      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR808196      1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1101085     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR614395      3  0.4702    0.81677 0.212 0.000 0.788
#> SRR1478251     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR665310      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1420109     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330920     3  0.3551    0.84430 0.132 0.000 0.868
#> SRR1419539     3  0.8985    0.28587 0.220 0.216 0.564
#> SRR1359447     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347259     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR613915      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384395     3  0.5902    0.49657 0.004 0.316 0.680
#> SRR821715      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1445637     3  0.2261    0.86254 0.068 0.000 0.932
#> SRR608150      1  0.4914    0.75607 0.844 0.068 0.088
#> SRR1096383     3  0.5327    0.78236 0.272 0.000 0.728
#> SRR1341480     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1341344     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR1326270     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      1  0.3091    0.84834 0.912 0.072 0.016
#> SRR1430270     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      3  0.4605    0.82187 0.204 0.000 0.796
#> SRR810665      2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.1964    0.86730 0.056 0.000 0.944
#> SRR1420067     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1473632     2  0.9306    0.19029 0.176 0.488 0.336
#> SRR812536      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1370850     2  0.1860    0.85973 0.052 0.948 0.000
#> SRR1486195     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     2  0.6309   -0.11886 0.500 0.500 0.000
#> SRR1446375     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1465230     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR614119      3  0.4002    0.84004 0.160 0.000 0.840
#> SRR1356101     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     3  0.4555    0.82385 0.200 0.000 0.800
#> SRR1392676     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      3  0.2448    0.86253 0.076 0.000 0.924
#> SRR660510      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR658953      3  0.8445   -0.10221 0.424 0.088 0.488
#> SRR2166459     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1070713     2  0.6062    0.28913 0.384 0.616 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.2448    0.85819 0.924 0.076 0.000
#> SRR1488610     3  0.5560    0.76286 0.300 0.000 0.700
#> SRR1330588     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     3  0.8345    0.51649 0.288 0.116 0.596
#> SRR1433926     3  0.4399    0.81917 0.188 0.000 0.812
#> SRR1091302     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR818263      3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1404909     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR663076      3  0.5397    0.77615 0.280 0.000 0.720
#> SRR1323577     2  0.0237    0.89575 0.004 0.996 0.000
#> SRR1442422     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1465893     3  0.5621    0.75425 0.308 0.000 0.692
#> SRR654862      3  0.4654    0.82006 0.208 0.000 0.792
#> SRR1407112     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.3116    0.85642 0.108 0.000 0.892
#> SRR665357      3  0.6824    0.25215 0.016 0.408 0.576
#> SRR662186      2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.0592    0.89075 0.012 0.988 0.000
#> SRR1472576     1  0.6235    0.30700 0.564 0.436 0.000
#> SRR1431781     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1452270     3  0.0424    0.87358 0.008 0.000 0.992
#> SRR1500472     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1417632     1  0.6095    0.41672 0.608 0.392 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     3  0.5216    0.78871 0.260 0.000 0.740
#> SRR1349363     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     1  0.6308    0.13517 0.508 0.492 0.000
#> SRR1377599     1  0.4531    0.76698 0.824 0.168 0.008
#> SRR1488449     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1318354     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1359062     3  0.0424    0.87230 0.000 0.008 0.992
#> SRR1398924     3  0.7004    0.27081 0.020 0.428 0.552
#> SRR663783      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1319204     3  0.3120    0.82125 0.012 0.080 0.908
#> SRR1369070     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      3  0.4605    0.82161 0.204 0.000 0.796
#> SRR1337449     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0237    0.89583 0.004 0.996 0.000
#> SRR1498595     1  0.6307    0.14569 0.512 0.488 0.000
#> SRR1377423     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1312310     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1338426     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1353309     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      3  0.3267    0.85175 0.116 0.000 0.884
#> SRR1101643     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR1401468     3  0.5465    0.77267 0.288 0.000 0.712
#> SRR1368874     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1363858     3  0.6796    0.61784 0.344 0.024 0.632
#> SRR819820      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337342     3  0.5327    0.78216 0.272 0.000 0.728
#> SRR655206      2  0.6280    0.03600 0.460 0.540 0.000
#> SRR1387013     2  0.5560    0.49919 0.300 0.700 0.000
#> SRR1317410     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR608198      3  0.6079    0.64052 0.388 0.000 0.612
#> SRR1440161     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1099622     2  0.0237    0.89583 0.004 0.996 0.000
#> SRR663197      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     1  0.6949    0.68787 0.732 0.156 0.112
#> SRR661699      3  0.6954    0.29954 0.352 0.028 0.620
#> SRR813680      3  0.3619    0.84825 0.136 0.000 0.864
#> SRR1410678     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1378109     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1499174     3  0.1964    0.86734 0.056 0.000 0.944
#> SRR1311486     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     1  0.3482    0.81506 0.872 0.128 0.000
#> SRR1433410     3  0.5529    0.76643 0.296 0.000 0.704
#> SRR661167      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR660462      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1374608     1  0.6777    0.21094 0.616 0.020 0.364
#> SRR657949      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1308882     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR655768      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485870     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1444138     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417342     1  0.2496    0.85901 0.928 0.068 0.004
#> SRR1470193     1  0.4796    0.70879 0.780 0.220 0.000
#> SRR1091380     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099096     3  0.5397    0.77615 0.280 0.000 0.720
#> SRR1313583     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1467102     2  0.0237    0.89583 0.004 0.996 0.000
#> SRR1485416     1  0.2448    0.85819 0.924 0.076 0.000
#> SRR818821      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR809963      3  0.0592    0.87505 0.012 0.000 0.988
#> SRR1072247     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1353710     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1445259     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1408393     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1361522     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1368597     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1309680     2  0.4974    0.61883 0.236 0.764 0.000
#> SRR1310542     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1333485     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1406437     3  0.3272    0.85451 0.104 0.004 0.892
#> SRR1354931     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1391856     3  0.7178    0.30497 0.464 0.024 0.512
#> SRR1446738     1  0.5810    0.53826 0.664 0.336 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.4291    0.70822 0.180 0.820 0.000
#> SRR1432611     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR613150      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1387921     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1466792     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     3  0.4605    0.82161 0.204 0.000 0.796
#> SRR812943      3  0.7400    0.57720 0.072 0.264 0.664
#> SRR1400910     2  0.8149    0.17024 0.072 0.520 0.408
#> SRR1444203     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR816177      1  0.6168    0.37510 0.588 0.412 0.000
#> SRR658754      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429603     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     3  0.5138    0.79216 0.252 0.000 0.748
#> SRR1083918     2  0.3551    0.77556 0.132 0.868 0.000
#> SRR1337606     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR659109      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.6274   -0.29318 0.544 0.000 0.456
#> SRR656946      1  0.6215    0.33540 0.572 0.428 0.000
#> SRR1476102     3  0.5058    0.79227 0.244 0.000 0.756
#> SRR1476447     3  0.5529    0.76643 0.296 0.000 0.704
#> SRR1342067     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1385389     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1075971     3  0.5254    0.78795 0.264 0.000 0.736
#> SRR614419      3  0.4409    0.72739 0.172 0.004 0.824
#> SRR1322936     1  0.7394    0.44696 0.652 0.064 0.284
#> SRR1349121     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1430549     3  0.5465    0.77248 0.288 0.000 0.712
#> SRR612935      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR661481      2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393596     1  0.5327    0.62775 0.728 0.272 0.000
#> SRR1452164     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1070503     3  0.0592    0.87484 0.012 0.000 0.988
#> SRR1499894     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.3141    0.84234 0.912 0.068 0.020
#> SRR1468271     3  0.4887    0.80408 0.228 0.000 0.772
#> SRR1332443     3  0.7768    0.54545 0.344 0.064 0.592
#> SRR810295      2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      3  0.1031    0.87387 0.024 0.000 0.976
#> SRR1328620     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1396294     1  0.2998    0.84708 0.916 0.068 0.016
#> SRR1419917     3  0.1031    0.87405 0.024 0.000 0.976
#> SRR662114      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     3  0.0747    0.87377 0.016 0.000 0.984
#> SRR813584      2  0.6295   -0.01587 0.472 0.528 0.000
#> SRR1069638     3  0.7453    0.65169 0.228 0.092 0.680
#> SRR614864      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     3  0.4931    0.80722 0.232 0.000 0.768
#> SRR1377777     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     3  0.8507   -0.11470 0.424 0.092 0.484
#> SRR1401252     1  0.2356    0.86065 0.928 0.072 0.000
#> SRR1309963     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1338031     3  0.0747    0.87494 0.016 0.000 0.984
#> SRR1418628     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     3  0.6026    0.64750 0.376 0.000 0.624
#> SRR1380393     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1319731     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1356468     1  0.2165    0.85901 0.936 0.064 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     3  0.5397    0.77615 0.280 0.000 0.720
#> SRR1486538     1  0.4750    0.71059 0.784 0.216 0.000
#> SRR1340486     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1377696     2  0.4452    0.69211 0.192 0.808 0.000
#> SRR1465459     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080270     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312501     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.0747    0.87477 0.016 0.000 0.984
#> SRR1467080     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      1  0.2356    0.86065 0.928 0.072 0.000
#> SRR1379198     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR613342      3  0.0237    0.87424 0.004 0.000 0.996
#> SRR1452246     2  0.1643    0.86605 0.044 0.956 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1396616     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR813824      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     3  0.5178    0.79325 0.256 0.000 0.744
#> SRR1500891     1  0.5968    0.47562 0.636 0.364 0.000
#> SRR807543      3  0.1529    0.87038 0.040 0.000 0.960
#> SRR1091572     1  0.6470    0.66227 0.760 0.092 0.148
#> SRR1346689     1  0.5905    0.49882 0.648 0.352 0.000
#> SRR1332424     3  0.5397    0.77625 0.280 0.000 0.720
#> SRR663729      1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1097013     3  0.3192    0.85476 0.112 0.000 0.888
#> SRR613675      1  0.7847    0.26504 0.588 0.068 0.344
#> SRR1485357     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR655816      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1500113     3  0.4605    0.81356 0.204 0.000 0.796
#> SRR1437622     1  0.5431    0.60786 0.716 0.284 0.000
#> SRR1355172     3  0.3619    0.84821 0.136 0.000 0.864
#> SRR655531      3  0.0747    0.87343 0.016 0.000 0.984
#> SRR1338147     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.0747    0.87152 0.016 0.000 0.984
#> SRR1485931     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     3  0.5327    0.78147 0.272 0.000 0.728
#> SRR1333308     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1452033     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1467316     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471755     2  0.6291   -0.00193 0.468 0.532 0.000
#> SRR808019      3  0.5254    0.78795 0.264 0.000 0.736
#> SRR1479133     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.3769    0.80068 0.016 0.104 0.880
#> SRR1456185     2  0.0237    0.89583 0.004 0.996 0.000
#> SRR1350069     1  0.2356    0.86065 0.928 0.072 0.000
#> SRR816316      3  0.3412    0.85204 0.124 0.000 0.876
#> SRR664795      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1490721     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR810643      3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1430333     3  0.0747    0.87343 0.016 0.000 0.984
#> SRR1085285     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     3  0.5254    0.78795 0.264 0.000 0.736
#> SRR1487340     3  0.5178    0.79309 0.256 0.000 0.744
#> SRR1420276     3  0.5158    0.63722 0.004 0.232 0.764
#> SRR1351347     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1405525     3  0.2496    0.86340 0.068 0.004 0.928
#> SRR1370329     3  0.5327    0.78237 0.272 0.000 0.728
#> SRR1465001     3  0.5397    0.77615 0.280 0.000 0.720
#> SRR1476525     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      1  0.5785    0.53799 0.668 0.332 0.000
#> SRR2157314     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1409465     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR613639      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402285     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1077038     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1405660     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1394734     2  0.6215    0.14842 0.428 0.572 0.000
#> SRR1317771     3  0.4062    0.83154 0.164 0.000 0.836
#> SRR1365894     1  0.2356    0.86065 0.928 0.072 0.000
#> SRR1073581     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR659804      3  0.5363    0.78273 0.276 0.000 0.724
#> SRR1345914     2  0.2590    0.83928 0.072 0.924 0.004
#> SRR1432186     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.3116    0.80341 0.108 0.892 0.000
#> SRR660764      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR820448      3  0.1964    0.86898 0.056 0.000 0.944
#> SRR1328845     1  0.2878    0.84303 0.904 0.096 0.000
#> SRR1336415     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1379065     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1459190     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1346773     3  0.5431    0.77713 0.284 0.000 0.716
#> SRR1499521     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1440898     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0424    0.87230 0.000 0.008 0.992
#> SRR1081209     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     3  0.5397    0.77615 0.280 0.000 0.720
#> SRR1333395     1  0.5431    0.60786 0.716 0.284 0.000
#> SRR1309248     1  0.6192    0.35017 0.580 0.420 0.000
#> SRR809161      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1316320     1  0.6154    0.37978 0.592 0.408 0.000
#> SRR1432629     2  0.1031    0.88235 0.024 0.976 0.000
#> SRR1498931     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1416578     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1380764     3  0.5397    0.77615 0.280 0.000 0.720
#> SRR1309160     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1500450     3  0.1163    0.87341 0.028 0.000 0.972
#> SRR1078489     1  0.6295    0.64813 0.764 0.072 0.164
#> SRR1332648     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR660614      2  0.4682    0.62557 0.004 0.804 0.192
#> SRR1470420     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR1477949     3  0.5098    0.79383 0.248 0.000 0.752
#> SRR1481419     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     3  0.4887    0.80175 0.228 0.000 0.772
#> SRR615946      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446481     2  0.0747    0.88846 0.016 0.984 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     3  0.2066    0.86602 0.060 0.000 0.940
#> SRR660224      2  0.6688    0.21409 0.408 0.580 0.012
#> SRR665586      3  0.0747    0.87343 0.016 0.000 0.984
#> SRR1347166     3  0.4605    0.81257 0.204 0.000 0.796
#> SRR1485722     3  0.2537    0.86100 0.080 0.000 0.920
#> SRR1415316     3  0.5465    0.77370 0.288 0.000 0.712
#> SRR613390      3  0.1860    0.86846 0.052 0.000 0.948
#> SRR661108      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR817329      3  0.0237    0.87474 0.004 0.000 0.996
#> SRR1401990     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1467745     1  0.6309    0.12456 0.504 0.496 0.000
#> SRR1471795     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314873     3  0.4555    0.81589 0.200 0.000 0.800
#> SRR1401211     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1419692     1  0.4452    0.76591 0.808 0.192 0.000
#> SRR818797      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164608     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1455586     2  0.0237    0.89583 0.004 0.996 0.000
#> SRR819459      3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361652     2  0.8043    0.33919 0.084 0.592 0.324
#> SRR1437119     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR1478547     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.3918    0.78581 0.012 0.120 0.868
#> SRR1310584     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR1500216     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR1486762     3  0.4172    0.74823 0.004 0.156 0.840
#> SRR1480854     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1489394     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1418085     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1340221     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1473058     1  0.3482    0.81681 0.872 0.128 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     3  0.0592    0.87449 0.012 0.000 0.988
#> SRR1471477     3  0.4931    0.79920 0.232 0.000 0.768
#> SRR1098567     2  0.2400    0.81944 0.004 0.932 0.064
#> SRR1098712     1  0.5216    0.68078 0.740 0.260 0.000
#> SRR1455038     3  0.4702    0.81798 0.212 0.000 0.788
#> SRR1375248     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.2590    0.80818 0.004 0.924 0.072
#> SRR1413541     3  0.3816    0.84833 0.148 0.000 0.852
#> SRR1392943     3  0.5529    0.76643 0.296 0.000 0.704
#> SRR1475192     3  0.5277    0.72563 0.024 0.180 0.796
#> SRR1432085     2  0.5656    0.47202 0.004 0.712 0.284
#> SRR1452468     3  0.1289    0.87289 0.032 0.000 0.968
#> SRR1347060     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1414139     3  0.0592    0.87276 0.012 0.000 0.988
#> SRR1447962     2  0.0237    0.89583 0.004 0.996 0.000
#> SRR1444324     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.6672   -0.33045 0.520 0.008 0.472
#> SRR1413436     3  0.5397    0.77781 0.280 0.000 0.720
#> SRR1311266     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1343302     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1373746     3  0.5431    0.77276 0.284 0.000 0.716
#> SRR1429678     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1469413     2  0.0892    0.88570 0.020 0.980 0.000
#> SRR1405331     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.6537    0.60993 0.740 0.064 0.196
#> SRR1380208     1  0.5431    0.60786 0.716 0.284 0.000
#> SRR1322840     1  0.2356    0.86065 0.928 0.072 0.000
#> SRR1399797     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.3038    0.80688 0.000 0.104 0.896
#> SRR1369196     3  0.0424    0.87229 0.000 0.008 0.992
#> SRR1400847     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR1365291     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367920     1  0.2537    0.85552 0.920 0.080 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.89767 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363968     3  0.5363    0.77931 0.276 0.000 0.724
#> SRR814387      3  0.5397    0.77615 0.280 0.000 0.720
#> SRR657599      3  0.0424    0.87505 0.008 0.000 0.992
#> SRR1386689     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441159     3  0.5529    0.76643 0.296 0.000 0.704
#> SRR1403154     1  0.2261    0.86258 0.932 0.068 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000    0.87470 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.2704    0.89786 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1331708     4  0.0779    0.90234 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR1464258     1  0.2704    0.89786 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1454201     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661589      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456229     3  0.4164    0.59724 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1315165     4  0.1151    0.90393 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR1488960     3  0.5427    0.17696 0.416 0.000 0.568 0.016
#> SRR1417809     4  0.0895    0.90447 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1094457     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1095575     3  0.4804    0.54571 0.276 0.000 0.708 0.016
#> SRR1315931     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1430066     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR818002      2  0.0524    0.93019 0.004 0.988 0.000 0.008
#> SRR1344143     2  0.5018    0.46693 0.012 0.656 0.000 0.332
#> SRR1486845     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1362866     3  0.5440    0.28148 0.384 0.000 0.596 0.020
#> SRR1490740     1  0.3074    0.88006 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1383907     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1311018     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1375699     2  0.1042    0.92234 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR1429846     3  0.3907    0.65452 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR613550      3  0.0921    0.85030 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1348402     1  0.4621    0.72643 0.708 0.000 0.284 0.008
#> SRR1345146     3  0.4898    0.56105 0.264 0.004 0.716 0.016
#> SRR1324025     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1318879     3  0.4399    0.63411 0.224 0.000 0.760 0.016
#> SRR820755      3  0.1940    0.82103 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1485830     4  0.0592    0.90617 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR599313      1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR612263      1  0.2647    0.89996 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1415398     3  0.0188    0.85962 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1326205     4  0.0592    0.90364 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1421327     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1083311     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499303     4  0.0779    0.90234 0.016 0.004 0.000 0.980
#> SRR1079522     4  0.2658    0.85678 0.080 0.012 0.004 0.904
#> SRR1452935     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1379495     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615778      1  0.5003    0.68270 0.676 0.000 0.308 0.016
#> SRR1447564     3  0.5586    0.02040 0.452 0.000 0.528 0.020
#> SRR1455195     1  0.4008    0.78657 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR655182      3  0.5243    0.54444 0.276 0.012 0.696 0.016
#> SRR1335140     4  0.2335    0.86339 0.020 0.060 0.000 0.920
#> SRR1433555     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1308650     2  0.1182    0.92061 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1388354     1  0.4642    0.78115 0.740 0.000 0.240 0.020
#> SRR1317446     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1413602     3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1479955     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809853      3  0.1867    0.81846 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR661313      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1499935     4  0.0592    0.90612 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1447303     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429408     4  0.1042    0.90468 0.020 0.008 0.000 0.972
#> SRR1433950     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.0592    0.85637 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1435229     3  0.4707    0.61908 0.236 0.008 0.744 0.012
#> SRR1085996     3  0.4898    0.20063 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1414229     3  0.6117    0.59898 0.072 0.224 0.688 0.016
#> SRR1400974     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.4636    0.84795 0.792 0.000 0.140 0.068
#> SRR613927      3  0.0376    0.85939 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1457854     1  0.4564    0.65202 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1473714     1  0.5607    0.16361 0.492 0.000 0.488 0.020
#> SRR813776      3  0.0817    0.85364 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR808196      4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1101085     4  0.0336    0.90727 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR614395      1  0.4072    0.78016 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1478251     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1370551     2  0.0188    0.93203 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR665310      3  0.1488    0.84264 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1420109     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1330920     1  0.5151    0.28306 0.532 0.000 0.464 0.004
#> SRR1419539     3  0.9275    0.02885 0.116 0.328 0.384 0.172
#> SRR1359447     2  0.0188    0.93214 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.0336    0.90732 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR613915      3  0.0779    0.85631 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1384395     3  0.5448    0.58095 0.024 0.276 0.688 0.012
#> SRR821715      3  0.0336    0.85853 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1478228     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1445637     3  0.4898    0.20153 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR608150      4  0.4978    0.62996 0.256 0.008 0.016 0.720
#> SRR1096383     1  0.2647    0.89999 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1341480     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1341344     1  0.2714    0.90199 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1326270     3  0.0817    0.85164 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR808566      4  0.4482    0.64700 0.264 0.008 0.000 0.728
#> SRR1430270     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1367825     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR613533      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR661267      3  0.4250    0.57882 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR810665      2  0.0469    0.93008 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.3837    0.65855 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1420067     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1473632     2  0.8202    0.21937 0.016 0.424 0.320 0.240
#> SRR812536      3  0.2861    0.78754 0.096 0.000 0.888 0.016
#> SRR1370850     2  0.0672    0.92881 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1486195     2  0.0336    0.93098 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1407671     4  0.5558    0.21292 0.020 0.432 0.000 0.548
#> SRR1446375     3  0.0779    0.85486 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1465230     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR614119      1  0.4522    0.67693 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1356101     2  0.0336    0.93098 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1404209     1  0.2704    0.89786 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.5288    0.20979 0.520 0.000 0.472 0.008
#> SRR660510      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1445655     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR658953      3  0.6282    0.45643 0.368 0.004 0.572 0.056
#> SRR2166459     3  0.2255    0.82302 0.068 0.000 0.920 0.012
#> SRR1070713     2  0.5130    0.50017 0.020 0.668 0.000 0.312
#> SRR1485312     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.0469    0.90766 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1488610     1  0.3160    0.89016 0.872 0.000 0.108 0.020
#> SRR1330588     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316367     3  0.7911    0.22924 0.304 0.040 0.524 0.132
#> SRR1433926     1  0.4564    0.65326 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1091302     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR818263      1  0.2704    0.89786 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1404909     4  0.0469    0.90684 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR663076      1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1323577     2  0.0188    0.93203 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1442422     4  0.0469    0.90664 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1465893     1  0.3219    0.89228 0.868 0.000 0.112 0.020
#> SRR654862      1  0.4431    0.70045 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1407112     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1332969     3  0.0592    0.85537 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1353199     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.1792    0.82793 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR665357      3  0.4067    0.76368 0.060 0.080 0.848 0.012
#> SRR662186      2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347819     3  0.0188    0.85962 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1480813     2  0.1059    0.92215 0.012 0.972 0.000 0.016
#> SRR1472576     4  0.3278    0.80906 0.020 0.116 0.000 0.864
#> SRR1431781     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1452270     3  0.1970    0.82110 0.060 0.000 0.932 0.008
#> SRR1500472     3  0.0524    0.85745 0.004 0.000 0.988 0.008
#> SRR1417632     4  0.1042    0.89968 0.020 0.008 0.000 0.972
#> SRR1350153     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1326579     1  0.3105    0.89439 0.868 0.000 0.120 0.012
#> SRR1349363     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096712     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1083752     4  0.5607    0.04028 0.020 0.484 0.000 0.496
#> SRR1377599     4  0.0927    0.90156 0.016 0.000 0.008 0.976
#> SRR1488449     3  0.0336    0.85864 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1318354     3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1359062     3  0.0336    0.85853 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1398924     3  0.5718    0.46549 0.012 0.344 0.624 0.020
#> SRR663783      3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1319204     3  0.1059    0.85103 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR1369070     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.4564    0.64935 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.1059    0.92282 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1498595     4  0.3428    0.78537 0.012 0.144 0.000 0.844
#> SRR1377423     3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1312310     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1338426     3  0.0657    0.85664 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1353309     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR658941      3  0.5711    0.45817 0.304 0.028 0.656 0.012
#> SRR1101643     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1401468     1  0.2714    0.90166 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1368874     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1363858     1  0.6410    0.70672 0.672 0.008 0.136 0.184
#> SRR819820      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337342     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR655206      2  0.5774   -0.01454 0.020 0.492 0.004 0.484
#> SRR1387013     2  0.5594    0.07389 0.020 0.520 0.000 0.460
#> SRR1317410     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR608198      1  0.6116    0.67718 0.668 0.000 0.112 0.220
#> SRR1440161     2  0.0469    0.93008 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1099622     2  0.0937    0.92466 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR663197      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1394836     4  0.8088    0.48351 0.252 0.128 0.068 0.552
#> SRR661699      3  0.5746    0.51310 0.348 0.000 0.612 0.040
#> SRR813680      3  0.4164    0.60365 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1410678     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1378109     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1499174     3  0.4916    0.16745 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.1109    0.90213 0.028 0.004 0.000 0.968
#> SRR1433410     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR661167      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1432518     3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR660462      3  0.1854    0.83074 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1374608     4  0.5600    0.10352 0.468 0.000 0.020 0.512
#> SRR657949      3  0.2450    0.81798 0.072 0.000 0.912 0.016
#> SRR1308882     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR655768      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485870     4  0.0469    0.90684 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1444138     3  0.0524    0.85825 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1417342     4  0.0967    0.90487 0.016 0.004 0.004 0.976
#> SRR1470193     4  0.0927    0.90081 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR1091380     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099096     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1313583     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1467102     2  0.0804    0.92704 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR1485416     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR818821      3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR809963      3  0.5292    0.05025 0.480 0.000 0.512 0.008
#> SRR1072247     1  0.3325    0.88955 0.864 0.000 0.112 0.024
#> SRR1353710     4  0.0707    0.90413 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1445259     3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1408393     3  0.1488    0.84222 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1361522     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1368597     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1309680     2  0.2174    0.89097 0.020 0.928 0.000 0.052
#> SRR1310542     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1333485     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1406437     3  0.5386    0.32753 0.368 0.000 0.612 0.020
#> SRR1354931     3  0.1356    0.84630 0.032 0.000 0.960 0.008
#> SRR1391856     1  0.7495    0.32846 0.468 0.000 0.192 0.340
#> SRR1446738     4  0.5511    0.47052 0.032 0.332 0.000 0.636
#> SRR1309032     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.2413    0.87788 0.020 0.916 0.000 0.064
#> SRR1432611     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.1042    0.85049 0.020 0.000 0.972 0.008
#> SRR613150      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375329     3  0.0657    0.85655 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1387921     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.4843    0.48912 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR812943      3  0.6165    0.48788 0.284 0.040 0.652 0.024
#> SRR1400910     3  0.5906    0.18648 0.012 0.456 0.516 0.016
#> SRR1444203     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR816177      4  0.5526    0.26891 0.020 0.416 0.000 0.564
#> SRR658754      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1429603     4  0.0336    0.90732 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1397366     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.4502    0.79213 0.748 0.000 0.236 0.016
#> SRR1083918     2  0.2002    0.89614 0.020 0.936 0.000 0.044
#> SRR1337606     4  0.1004    0.90513 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR659109      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1337192     4  0.5970    0.50876 0.244 0.000 0.088 0.668
#> SRR656946      4  0.5543    0.24584 0.020 0.424 0.000 0.556
#> SRR1476102     1  0.2988    0.89709 0.876 0.000 0.112 0.012
#> SRR1476447     1  0.2714    0.90166 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR1342067     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1385389     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1075971     1  0.4955    0.35362 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR614419      1  0.7354    0.01583 0.452 0.000 0.388 0.160
#> SRR1322936     4  0.6217    0.57926 0.160 0.008 0.140 0.692
#> SRR1349121     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1430549     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR612935      3  0.1975    0.83007 0.048 0.000 0.936 0.016
#> SRR661481      2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.0592    0.90349 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1452164     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1070503     3  0.3074    0.75444 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1499894     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082883     4  0.3257    0.79371 0.152 0.004 0.000 0.844
#> SRR1468271     1  0.3074    0.88175 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1332443     4  0.4231    0.74647 0.080 0.000 0.096 0.824
#> SRR810295      2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.5366    0.34475 0.548 0.000 0.440 0.012
#> SRR1328620     3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1396294     4  0.4074    0.74755 0.196 0.008 0.004 0.792
#> SRR1419917     3  0.4948    0.13105 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR662114      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1489199     3  0.1867    0.82445 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR813584      2  0.5594    0.08154 0.020 0.520 0.000 0.460
#> SRR1069638     3  0.8226    0.36259 0.184 0.212 0.544 0.060
#> SRR614864      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.4661    0.62139 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR2167710     3  0.6143    0.47115 0.368 0.004 0.580 0.048
#> SRR1401252     4  0.0592    0.90617 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1309963     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1338031     3  0.3074    0.74861 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.6316    0.48090 0.596 0.000 0.080 0.324
#> SRR1380393     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1319731     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1356468     4  0.0707    0.90585 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR1337010     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1486538     4  0.0592    0.90349 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1340486     4  0.0469    0.90664 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1377696     2  0.4936    0.38261 0.004 0.624 0.000 0.372
#> SRR1465459     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1312501     3  0.0188    0.85959 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1093148     3  0.5047    0.45820 0.316 0.000 0.668 0.016
#> SRR1467080     3  0.1489    0.83395 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1410866     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.2530    0.84323 0.100 0.004 0.000 0.896
#> SRR1379198     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR613342      3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1452246     2  0.1624    0.91059 0.020 0.952 0.000 0.028
#> SRR1338836     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1396616     3  0.1209    0.84704 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR813824      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082376     3  0.2149    0.81526 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1500891     4  0.1042    0.89924 0.020 0.008 0.000 0.972
#> SRR807543      3  0.1940    0.82183 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1091572     4  0.5009    0.75264 0.168 0.036 0.020 0.776
#> SRR1346689     4  0.0895    0.90102 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1332424     1  0.2714    0.90166 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR663729      4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1097013     3  0.3975    0.63762 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR613675      4  0.6597    0.52418 0.156 0.012 0.168 0.664
#> SRR1485357     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR655816      3  0.2924    0.78373 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1500113     1  0.4088    0.80243 0.764 0.000 0.232 0.004
#> SRR1437622     4  0.1042    0.89924 0.020 0.008 0.000 0.972
#> SRR1355172     3  0.3266    0.73611 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR655531      3  0.5564    0.31651 0.436 0.000 0.544 0.020
#> SRR1338147     3  0.0707    0.85425 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1413329     3  0.5386    0.40460 0.368 0.000 0.612 0.020
#> SRR1485931     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.2888    0.89802 0.872 0.000 0.124 0.004
#> SRR1333308     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1452033     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0188    0.85962 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1471755     4  0.5746    0.31641 0.032 0.396 0.000 0.572
#> SRR808019      1  0.3444    0.85368 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1479133     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR615069      3  0.1871    0.84200 0.024 0.012 0.948 0.016
#> SRR1456185     2  0.0779    0.92715 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1350069     4  0.0592    0.90612 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR816316      3  0.3123    0.74858 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR664795      3  0.3836    0.75723 0.168 0.000 0.816 0.016
#> SRR1490721     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR810643      1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1430333     3  0.5355    0.36953 0.360 0.000 0.620 0.020
#> SRR1085285     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1099072     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.3801    0.81533 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1487340     1  0.3219    0.87012 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1420276     3  0.3402    0.78812 0.032 0.076 0.880 0.012
#> SRR1351347     3  0.1256    0.84856 0.028 0.000 0.964 0.008
#> SRR1405525     3  0.5756    0.37153 0.348 0.004 0.616 0.032
#> SRR1370329     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1465001     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR819610      4  0.5339    0.42372 0.020 0.356 0.000 0.624
#> SRR2157314     3  0.5339    0.52534 0.356 0.000 0.624 0.020
#> SRR1409465     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR809987      4  0.0707    0.90591 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR613639      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402285     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1077038     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1405660     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1095455     3  0.0188    0.85912 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1394734     2  0.5465    0.30239 0.020 0.588 0.000 0.392
#> SRR1317771     1  0.4999    0.61723 0.660 0.000 0.328 0.012
#> SRR1365894     4  0.1022    0.90254 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1073581     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR659804      1  0.2704    0.89786 0.876 0.000 0.124 0.000
#> SRR1345914     2  0.1958    0.90606 0.028 0.944 0.020 0.008
#> SRR1432186     2  0.0188    0.93214 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.0937    0.92518 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR660764      3  0.2142    0.82336 0.056 0.000 0.928 0.016
#> SRR820448      3  0.4955    0.09089 0.444 0.000 0.556 0.000
#> SRR1328845     4  0.0895    0.90458 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR1336415     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1379065     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1459190     3  0.0657    0.85588 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1346773     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1499521     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1440898     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1081209     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1333395     4  0.0927    0.90081 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR1309248     4  0.2489    0.85634 0.020 0.068 0.000 0.912
#> SRR809161      3  0.2329    0.81124 0.072 0.000 0.916 0.012
#> SRR1316320     4  0.1297    0.89548 0.020 0.016 0.000 0.964
#> SRR1432629     2  0.0672    0.92891 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1498931     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1416578     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1405547     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470534     4  0.0672    0.90527 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR1380764     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1309160     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR663489      3  0.2542    0.80032 0.084 0.000 0.904 0.012
#> SRR1500450     3  0.5493    0.00599 0.456 0.000 0.528 0.016
#> SRR1078489     4  0.6326    0.54664 0.280 0.036 0.036 0.648
#> SRR1332648     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR660614      2  0.4194    0.72503 0.028 0.800 0.172 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1477949     1  0.3324    0.88847 0.852 0.000 0.136 0.012
#> SRR1481419     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.4008    0.78859 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR615946      3  0.0336    0.85853 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1446481     2  0.1059    0.92338 0.016 0.972 0.000 0.012
#> SRR1467656     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     3  0.4072    0.61786 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR660224      3  0.8053    0.24219 0.108 0.340 0.496 0.056
#> SRR665586      3  0.5173    0.50406 0.320 0.000 0.660 0.020
#> SRR1347166     3  0.5493   -0.01153 0.456 0.000 0.528 0.016
#> SRR1485722     3  0.3975    0.63266 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1415316     1  0.2714    0.90156 0.884 0.000 0.112 0.004
#> SRR613390      3  0.3123    0.74830 0.156 0.000 0.844 0.000
#> SRR661108      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR2170173     3  0.3037    0.78233 0.100 0.000 0.880 0.020
#> SRR817329      3  0.4967    0.05952 0.452 0.000 0.548 0.000
#> SRR1401990     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1467745     4  0.5950    0.24744 0.040 0.416 0.000 0.544
#> SRR1471795     2  0.0188    0.93214 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      3  0.0779    0.85626 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1314873     1  0.6334    0.07295 0.484 0.000 0.456 0.060
#> SRR1401211     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1419692     4  0.2224    0.88177 0.040 0.032 0.000 0.928
#> SRR818797      3  0.1474    0.83740 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR2164608     3  0.2924    0.78373 0.100 0.000 0.884 0.016
#> SRR1455586     2  0.0937    0.92466 0.012 0.976 0.000 0.012
#> SRR819459      3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1361652     2  0.6964    0.06317 0.052 0.496 0.424 0.028
#> SRR1437119     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.1648    0.84406 0.012 0.016 0.956 0.016
#> SRR1310584     1  0.2988    0.89724 0.876 0.000 0.112 0.012
#> SRR1500216     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1486762     3  0.3779    0.74931 0.012 0.136 0.840 0.012
#> SRR1480854     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1489394     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1418085     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1340221     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1473058     4  0.2483    0.87027 0.032 0.052 0.000 0.916
#> SRR1405165     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433004     3  0.1557    0.83584 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1471477     1  0.2831    0.89892 0.876 0.000 0.120 0.004
#> SRR1098567     2  0.2400    0.88350 0.028 0.924 0.044 0.004
#> SRR1098712     4  0.5578    0.50444 0.040 0.312 0.000 0.648
#> SRR1455038     3  0.4500    0.49126 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1375248     2  0.0336    0.93098 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1348378     2  0.1762    0.91056 0.020 0.952 0.016 0.012
#> SRR1413541     1  0.3610    0.83810 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1392943     1  0.3616    0.88176 0.852 0.000 0.112 0.036
#> SRR1475192     3  0.5925    0.48810 0.028 0.324 0.632 0.016
#> SRR1432085     2  0.5080    0.65304 0.028 0.744 0.216 0.012
#> SRR1452468     3  0.5339    0.27225 0.384 0.000 0.600 0.016
#> SRR1347060     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1414139     3  0.1677    0.83654 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR1447962     2  0.0779    0.92715 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1444324     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     4  0.6751    0.09142 0.396 0.000 0.096 0.508
#> SRR1413436     1  0.2859    0.89952 0.880 0.000 0.112 0.008
#> SRR1311266     1  0.2814    0.89426 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1343302     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1373746     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1429678     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1469413     2  0.1182    0.92061 0.016 0.968 0.000 0.016
#> SRR1405331     3  0.1109    0.84943 0.028 0.000 0.968 0.004
#> SRR1345609     4  0.3813    0.77552 0.148 0.000 0.024 0.828
#> SRR1380208     4  0.3325    0.82610 0.112 0.024 0.000 0.864
#> SRR1322840     4  0.0188    0.90751 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR1399797     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1315081     3  0.1771    0.83796 0.036 0.004 0.948 0.012
#> SRR1369196     3  0.0336    0.85853 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1400847     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1365291     3  0.1389    0.83977 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1367920     4  0.0469    0.90439 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1366648     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.93296 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0921    0.84952 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1363968     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR814387      1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR657599      3  0.4933    0.14064 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1386689     4  0.0592    0.90560 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR1395575     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1453811     3  0.1118    0.84634 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1441159     1  0.2530    0.90324 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1403154     4  0.0469    0.90664 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR1468722     3  0.0000    0.86045 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1310275     3  0.1118    0.84577 0.036 0.000 0.964 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1331708     4  0.0671    0.35007 0.000 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1464258     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1454201     3  0.1670    0.81768 0.012 0.000 0.936 0.000 0.052
#> SRR661589      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1456229     1  0.4537    0.28564 0.592 0.000 0.396 0.000 0.012
#> SRR1315165     4  0.1278    0.34943 0.016 0.004 0.000 0.960 0.020
#> SRR1488960     1  0.3169    0.81710 0.868 0.000 0.084 0.024 0.024
#> SRR1417809     4  0.1571    0.30869 0.004 0.000 0.000 0.936 0.060
#> SRR1094457     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1095575     3  0.7786    0.34684 0.284 0.000 0.444 0.168 0.104
#> SRR1315931     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430066     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1431037     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1395554     3  0.0807    0.82616 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012
#> SRR818002      2  0.4791    0.37561 0.000 0.524 0.012 0.460 0.004
#> SRR1344143     4  0.4985   -0.06716 0.000 0.392 0.012 0.580 0.016
#> SRR1486845     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1362866     1  0.5883    0.44267 0.596 0.000 0.096 0.296 0.012
#> SRR1490740     1  0.1430    0.85281 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1446627     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0290    0.84582 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1416248     1  0.0162    0.87151 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1383907     4  0.4278   -0.52339 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1311018     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1375699     2  0.4769    0.41089 0.000 0.544 0.012 0.440 0.004
#> SRR1429846     1  0.3109    0.70799 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR613550      3  0.4666    0.57927 0.284 0.000 0.676 0.000 0.040
#> SRR1348402     1  0.0613    0.87029 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1345146     3  0.8452    0.18390 0.228 0.000 0.324 0.276 0.172
#> SRR1324025     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1318879     3  0.8396    0.24223 0.204 0.000 0.340 0.284 0.172
#> SRR820755      3  0.5933    0.13260 0.444 0.000 0.452 0.000 0.104
#> SRR1485830     4  0.4307   -0.60231 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR599313      1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612263      1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415398     3  0.3511    0.77160 0.012 0.000 0.800 0.004 0.184
#> SRR1326205     4  0.0880    0.33703 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1421327     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1083311     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1499303     4  0.0794    0.34020 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1079522     4  0.0693    0.35942 0.000 0.012 0.000 0.980 0.008
#> SRR1452935     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1379495     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR615778      1  0.0932    0.86755 0.972 0.000 0.020 0.004 0.004
#> SRR1447564     1  0.4684    0.74247 0.780 0.000 0.076 0.104 0.040
#> SRR1455195     1  0.1831    0.83852 0.920 0.000 0.076 0.000 0.004
#> SRR655182      3  0.8354    0.23516 0.204 0.008 0.376 0.292 0.120
#> SRR1335140     4  0.1668    0.36277 0.000 0.032 0.000 0.940 0.028
#> SRR1433555     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1308650     2  0.5008    0.33945 0.000 0.500 0.012 0.476 0.012
#> SRR1388354     1  0.0613    0.87016 0.984 0.000 0.008 0.004 0.004
#> SRR1317446     3  0.0727    0.82671 0.012 0.000 0.980 0.004 0.004
#> SRR1413602     3  0.0912    0.82630 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1479955     2  0.0290    0.84582 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR809853      3  0.4457    0.74523 0.124 0.000 0.760 0.000 0.116
#> SRR661313      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1499935     4  0.4126   -0.37958 0.000 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR1447303     3  0.1012    0.82484 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR1429408     4  0.1205    0.32797 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1433950     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.4425    0.63554 0.244 0.000 0.716 0.000 0.040
#> SRR1435229     3  0.6408    0.63021 0.056 0.016 0.652 0.192 0.084
#> SRR1085996     1  0.3885    0.59538 0.724 0.000 0.268 0.000 0.008
#> SRR1414229     4  0.7879   -0.17186 0.020 0.160 0.380 0.384 0.056
#> SRR1400974     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1399971     1  0.2054    0.82616 0.916 0.000 0.004 0.072 0.008
#> SRR613927      3  0.5237    0.68916 0.160 0.000 0.684 0.000 0.156
#> SRR1457854     1  0.2286    0.81432 0.888 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR1473714     1  0.4480    0.73719 0.772 0.000 0.128 0.092 0.008
#> SRR813776      3  0.6107    0.31954 0.372 0.000 0.496 0.000 0.132
#> SRR808196      4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1101085     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR614395      1  0.1710    0.85652 0.944 0.000 0.020 0.024 0.012
#> SRR1478251     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1370551     2  0.0162    0.84647 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1362310     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665310      3  0.6177    0.62711 0.012 0.000 0.600 0.176 0.212
#> SRR1420109     3  0.0912    0.82626 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR1330920     1  0.2077    0.83318 0.908 0.000 0.084 0.008 0.000
#> SRR1419539     4  0.6353   -0.10323 0.000 0.372 0.060 0.520 0.048
#> SRR1359447     2  0.0579    0.84449 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1347259     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR613915      3  0.7167    0.41768 0.300 0.000 0.488 0.048 0.164
#> SRR1384395     4  0.7704   -0.02088 0.000 0.192 0.340 0.396 0.072
#> SRR821715      3  0.3742    0.76929 0.012 0.000 0.792 0.012 0.184
#> SRR1478228     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.3612    0.60143 0.732 0.000 0.268 0.000 0.000
#> SRR608150      4  0.3940    0.30685 0.220 0.000 0.000 0.756 0.024
#> SRR1096383     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1341480     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1341344     1  0.0451    0.86892 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1326270     3  0.2280    0.77867 0.120 0.000 0.880 0.000 0.000
#> SRR1498838     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1416313     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR808566      4  0.3145    0.34610 0.136 0.008 0.000 0.844 0.012
#> SRR1430270     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1367825     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR613533      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR661267      1  0.4477    0.58844 0.708 0.000 0.252 0.000 0.040
#> SRR810665      2  0.0727    0.84240 0.000 0.980 0.012 0.004 0.004
#> SRR1407250     1  0.4249    0.19407 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1420067     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     4  0.7638   -0.05422 0.036 0.328 0.100 0.480 0.056
#> SRR812536      5  0.6980   -0.29343 0.020 0.000 0.324 0.200 0.456
#> SRR1370850     2  0.3719    0.69774 0.000 0.776 0.012 0.208 0.004
#> SRR1486195     2  0.0324    0.84649 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1407671     4  0.4772    0.12818 0.000 0.320 0.004 0.648 0.028
#> SRR1446375     3  0.5631    0.66316 0.016 0.000 0.672 0.188 0.124
#> SRR1465230     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR614119      1  0.2127    0.81647 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0451    0.84529 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1404209     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR665538      1  0.1948    0.85658 0.932 0.000 0.036 0.008 0.024
#> SRR660510      3  0.0566    0.82637 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1445655     4  0.4307   -0.60222 0.000 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR658953      4  0.5257    0.23133 0.012 0.000 0.024 0.484 0.480
#> SRR2166459     3  0.7284    0.43800 0.032 0.000 0.444 0.256 0.268
#> SRR1070713     4  0.4735   -0.00691 0.000 0.372 0.012 0.608 0.008
#> SRR1485312     3  0.1197    0.81913 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1317631     4  0.3730   -0.15981 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1488610     1  0.0880    0.85720 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1330588     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1316367     4  0.8064    0.17841 0.236 0.052 0.224 0.456 0.032
#> SRR1433926     1  0.2074    0.81883 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1091302     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR818263      1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1404909     4  0.4306   -0.59395 0.000 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR663076      1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.1430    0.82064 0.000 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1442422     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1465893     1  0.1197    0.84466 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR654862      1  0.2424    0.79274 0.868 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR1407112     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1332969     3  0.1410    0.81464 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1353199     3  0.0404    0.82624 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1378885     3  0.5143    0.39911 0.368 0.000 0.584 0.000 0.048
#> SRR665357      4  0.7833   -0.07466 0.000 0.184 0.352 0.376 0.088
#> SRR662186      2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1347819     3  0.2140    0.81595 0.012 0.000 0.924 0.024 0.040
#> SRR1480813     2  0.3583    0.71528 0.000 0.792 0.012 0.192 0.004
#> SRR1472576     4  0.2748    0.38182 0.000 0.096 0.008 0.880 0.016
#> SRR1431781     4  0.4278   -0.51909 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR1452270     3  0.6360    0.58250 0.016 0.000 0.564 0.144 0.276
#> SRR1500472     3  0.3916    0.77565 0.012 0.000 0.820 0.072 0.096
#> SRR1417632     4  0.1026    0.34898 0.000 0.004 0.004 0.968 0.024
#> SRR1350153     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0693    0.82555 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1326579     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0794    0.83462 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1096712     3  0.0693    0.82640 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1090407     3  0.0693    0.82610 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1083752     4  0.4523    0.07982 0.000 0.344 0.012 0.640 0.004
#> SRR1377599     4  0.0510    0.34624 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1488449     3  0.5332    0.71131 0.012 0.000 0.700 0.124 0.164
#> SRR1318354     3  0.3325    0.78114 0.012 0.000 0.852 0.104 0.032
#> SRR1359062     3  0.4736    0.67645 0.012 0.000 0.720 0.224 0.044
#> SRR1398924     3  0.7520    0.21341 0.012 0.200 0.440 0.316 0.032
#> SRR663783      3  0.4718    0.75018 0.012 0.000 0.752 0.080 0.156
#> SRR1319204     3  0.6397    0.57201 0.012 0.028 0.608 0.256 0.096
#> SRR1369070     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR615659      1  0.2011    0.83054 0.908 0.000 0.088 0.000 0.004
#> SRR1337449     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.4882    0.47875 0.000 0.588 0.012 0.388 0.012
#> SRR1498595     4  0.2582    0.37467 0.000 0.080 0.004 0.892 0.024
#> SRR1377423     3  0.3123    0.78301 0.012 0.000 0.828 0.000 0.160
#> SRR1312310     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1338426     3  0.4191    0.73500 0.012 0.000 0.784 0.160 0.044
#> SRR1353309     3  0.0671    0.82663 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR658941      4  0.8907    0.16071 0.228 0.128 0.168 0.416 0.060
#> SRR1101643     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0703    0.86286 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1363858     1  0.3816    0.54203 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000
#> SRR819820      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1337342     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR655206      4  0.4339    0.19425 0.000 0.296 0.000 0.684 0.020
#> SRR1387013     4  0.4567    0.05392 0.000 0.356 0.012 0.628 0.004
#> SRR1317410     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR608198      1  0.1608    0.82619 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR1440161     2  0.0579    0.84449 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR1343741     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415379     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1099622     2  0.4970    0.41266 0.000 0.544 0.012 0.432 0.012
#> SRR663197      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1394836     4  0.5077    0.27892 0.052 0.240 0.000 0.692 0.016
#> SRR661699      5  0.6018   -0.21095 0.008 0.000 0.088 0.424 0.480
#> SRR813680      1  0.4348    0.47544 0.668 0.000 0.316 0.000 0.016
#> SRR1410678     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1378109     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1499174     1  0.3586    0.61335 0.736 0.000 0.264 0.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     4  0.0880    0.33703 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1433410     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661167      3  0.1364    0.82285 0.012 0.000 0.952 0.000 0.036
#> SRR1432518     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR660462      3  0.6269    0.61089 0.012 0.000 0.588 0.196 0.204
#> SRR1374608     1  0.5330    0.25039 0.548 0.000 0.000 0.396 0.056
#> SRR657949      5  0.7394   -0.26923 0.040 0.000 0.288 0.236 0.436
#> SRR1308882     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR655768      3  0.3532    0.78653 0.076 0.000 0.832 0.000 0.092
#> SRR1485870     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1444138     3  0.2277    0.81795 0.024 0.000 0.920 0.028 0.028
#> SRR1417342     4  0.3210    0.04212 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1470193     4  0.0992    0.34985 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1091380     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1099096     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1313583     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1467102     2  0.4962    0.54266 0.000 0.632 0.024 0.332 0.012
#> SRR1485416     4  0.4262   -0.48602 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR818821      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR809963      1  0.4780    0.73258 0.768 0.000 0.032 0.080 0.120
#> SRR1072247     1  0.1043    0.85021 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1353710     4  0.4533   -0.52367 0.008 0.000 0.000 0.544 0.448
#> SRR1445259     3  0.1809    0.81835 0.012 0.000 0.928 0.000 0.060
#> SRR1408393     3  0.7186    0.53658 0.048 0.000 0.508 0.204 0.240
#> SRR1361522     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.4981    0.40086 0.000 0.536 0.012 0.440 0.012
#> SRR1310542     3  0.2618    0.80449 0.012 0.000 0.900 0.052 0.036
#> SRR1333485     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1406437     4  0.7366   -0.04962 0.392 0.000 0.128 0.408 0.072
#> SRR1354931     3  0.6000    0.63875 0.140 0.000 0.636 0.204 0.020
#> SRR1391856     1  0.4977    0.12373 0.500 0.000 0.000 0.472 0.028
#> SRR1446738     4  0.4283    0.20577 0.000 0.292 0.012 0.692 0.004
#> SRR1309032     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.5007    0.34157 0.000 0.504 0.012 0.472 0.012
#> SRR1432611     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.5229    0.62486 0.012 0.000 0.668 0.260 0.060
#> SRR613150      3  0.0854    0.82632 0.012 0.000 0.976 0.004 0.008
#> SRR1375329     3  0.5234    0.68807 0.012 0.000 0.708 0.168 0.112
#> SRR1387921     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.2179    0.82128 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004
#> SRR812943      4  0.8676    0.10329 0.212 0.048 0.240 0.412 0.088
#> SRR1400910     4  0.7823   -0.06455 0.032 0.324 0.144 0.452 0.048
#> SRR1444203     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR816177      4  0.4066    0.14808 0.000 0.324 0.000 0.672 0.004
#> SRR658754      3  0.0693    0.82555 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1429603     4  0.4302   -0.56985 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR1397366     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1446028     1  0.0968    0.86820 0.972 0.000 0.012 0.004 0.012
#> SRR1083918     2  0.4803    0.32102 0.000 0.496 0.012 0.488 0.004
#> SRR1337606     4  0.2228    0.26701 0.004 0.004 0.000 0.900 0.092
#> SRR659109      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1337192     1  0.6174    0.24454 0.556 0.000 0.000 0.236 0.208
#> SRR656946      4  0.4962    0.08912 0.000 0.332 0.012 0.632 0.024
#> SRR1476102     1  0.0451    0.86912 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1476447     1  0.0609    0.86357 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1342067     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1385389     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1075971     1  0.3366    0.69186 0.784 0.000 0.212 0.000 0.004
#> SRR614419      4  0.6069    0.22809 0.056 0.000 0.028 0.460 0.456
#> SRR1322936     4  0.4795    0.32382 0.200 0.008 0.020 0.740 0.032
#> SRR1349121     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR612935      3  0.6759    0.47023 0.012 0.000 0.488 0.296 0.204
#> SRR661481      2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.1043    0.32986 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR1452164     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.4632    0.11529 0.540 0.000 0.448 0.000 0.012
#> SRR1499894     3  0.1095    0.82568 0.012 0.000 0.968 0.012 0.008
#> SRR1082883     4  0.6387    0.01771 0.304 0.000 0.000 0.500 0.196
#> SRR1468271     1  0.0162    0.87232 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1332443     4  0.6519   -0.28667 0.192 0.000 0.000 0.404 0.404
#> SRR810295      2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.2166    0.84289 0.912 0.000 0.012 0.004 0.072
#> SRR1328620     3  0.0693    0.82555 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1396294     4  0.3210    0.34338 0.152 0.008 0.000 0.832 0.008
#> SRR1419917     1  0.3702    0.77501 0.820 0.000 0.096 0.000 0.084
#> SRR662114      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1489199     3  0.4517    0.25081 0.436 0.000 0.556 0.000 0.008
#> SRR813584      4  0.4523    0.07982 0.000 0.344 0.012 0.640 0.004
#> SRR1069638     4  0.8762    0.15045 0.200 0.152 0.120 0.456 0.072
#> SRR614864      3  0.1478    0.81317 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.2074    0.81921 0.896 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0290    0.84582 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR2167710     4  0.5083    0.23524 0.008 0.000 0.020 0.492 0.480
#> SRR1401252     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1309963     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1338031     3  0.6261    0.22946 0.396 0.000 0.456 0.000 0.148
#> SRR1418628     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.3951    0.68386 0.776 0.000 0.004 0.192 0.028
#> SRR1380393     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0162    0.87237 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1356468     4  0.4304   -0.58123 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1337010     2  0.0451    0.84568 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     4  0.2179    0.24913 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR1340486     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1377696     4  0.4764   -0.20299 0.000 0.436 0.012 0.548 0.004
#> SRR1465459     3  0.1608    0.80917 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1080270     3  0.0968    0.82620 0.012 0.000 0.972 0.004 0.012
#> SRR1312501     3  0.0865    0.82535 0.024 0.000 0.972 0.000 0.004
#> SRR1093148     1  0.7585    0.07318 0.400 0.000 0.252 0.300 0.048
#> SRR1467080     3  0.4776    0.71150 0.012 0.000 0.744 0.168 0.076
#> SRR1410866     2  0.0451    0.84559 0.000 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR816475      4  0.3844    0.14126 0.028 0.004 0.000 0.788 0.180
#> SRR1379198     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR613342      3  0.0693    0.82555 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1452246     2  0.5008    0.33517 0.000 0.500 0.012 0.476 0.012
#> SRR1338836     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1396616     3  0.5040    0.71143 0.152 0.000 0.732 0.100 0.016
#> SRR813824      3  0.0566    0.82632 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1082376     3  0.5998    0.18450 0.424 0.000 0.464 0.000 0.112
#> SRR1500891     4  0.0992    0.34985 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR807543      3  0.4793    0.24106 0.436 0.000 0.544 0.000 0.020
#> SRR1091572     4  0.4264    0.33909 0.188 0.016 0.012 0.772 0.012
#> SRR1346689     4  0.0703    0.34314 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR1332424     1  0.0162    0.87151 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR663729      4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1097013     1  0.4574    0.23564 0.576 0.000 0.412 0.000 0.012
#> SRR613675      4  0.5332    0.31205 0.208 0.008 0.040 0.708 0.036
#> SRR1485357     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR655816      5  0.7042   -0.18055 0.024 0.000 0.248 0.248 0.480
#> SRR1500113     1  0.1671    0.83920 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1437622     4  0.0992    0.34985 0.000 0.008 0.000 0.968 0.024
#> SRR1355172     1  0.5052    0.18314 0.552 0.000 0.412 0.000 0.036
#> SRR655531      1  0.7757    0.27657 0.440 0.000 0.088 0.192 0.280
#> SRR1338147     3  0.1041    0.82358 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1413329     1  0.7666    0.27863 0.472 0.000 0.188 0.248 0.092
#> SRR1485931     2  0.0162    0.84738 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.0162    0.87152 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1333308     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1452033     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1467316     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0912    0.82547 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1375351     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.5629    0.72533 0.052 0.000 0.708 0.108 0.132
#> SRR1471755     4  0.4639    0.07495 0.000 0.344 0.012 0.636 0.008
#> SRR808019      1  0.0510    0.87006 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1479133     3  0.0566    0.82637 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR615069      3  0.7791    0.26334 0.012 0.116 0.424 0.356 0.092
#> SRR1456185     2  0.4697    0.51760 0.000 0.620 0.012 0.360 0.008
#> SRR1350069     4  0.3074    0.06781 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR816316      1  0.5761    0.02905 0.492 0.000 0.420 0.000 0.088
#> SRR664795      5  0.8222   -0.31182 0.212 0.000 0.276 0.136 0.376
#> SRR1490721     4  0.4305   -0.58825 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR810643      1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.7704    0.29201 0.476 0.000 0.180 0.240 0.104
#> SRR1085285     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1099072     3  0.0609    0.82626 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.1704    0.84330 0.928 0.000 0.068 0.000 0.004
#> SRR1487340     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1420276     3  0.7772    0.10998 0.000 0.196 0.372 0.356 0.076
#> SRR1351347     3  0.4811    0.75153 0.080 0.000 0.768 0.116 0.036
#> SRR1405525     1  0.7918    0.16971 0.416 0.004 0.132 0.328 0.120
#> SRR1370329     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      4  0.4455    0.21892 0.000 0.284 0.008 0.692 0.016
#> SRR2157314     5  0.6949   -0.15179 0.032 0.000 0.156 0.332 0.480
#> SRR1409465     2  0.0162    0.84738 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR809987      5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR613639      3  0.1282    0.82095 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1402285     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1077038     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1405660     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1095455     3  0.1877    0.81450 0.012 0.000 0.924 0.000 0.064
#> SRR1394734     4  0.4552    0.05685 0.000 0.352 0.012 0.632 0.004
#> SRR1317771     1  0.1588    0.86158 0.948 0.000 0.016 0.008 0.028
#> SRR1365894     4  0.3932   -0.23645 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1073581     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1345914     2  0.4850    0.58278 0.000 0.660 0.016 0.304 0.020
#> SRR1432186     2  0.0451    0.84546 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR1473529     2  0.4802    0.34006 0.000 0.504 0.012 0.480 0.004
#> SRR660764      3  0.6900    0.40981 0.012 0.000 0.448 0.320 0.220
#> SRR820448      1  0.2462    0.80860 0.880 0.000 0.112 0.000 0.008
#> SRR1328845     4  0.1282    0.32745 0.000 0.004 0.000 0.952 0.044
#> SRR1336415     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1379065     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1459190     3  0.4037    0.76602 0.012 0.000 0.784 0.028 0.176
#> SRR1346773     1  0.0162    0.87237 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1440898     2  0.0290    0.84646 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0981    0.82596 0.012 0.000 0.972 0.008 0.008
#> SRR1081209     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.0162    0.87155 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1333395     4  0.1251    0.34762 0.000 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1309248     4  0.1582    0.36123 0.000 0.028 0.000 0.944 0.028
#> SRR809161      3  0.6447    0.53914 0.004 0.000 0.528 0.216 0.252
#> SRR1316320     4  0.1082    0.35155 0.000 0.008 0.000 0.964 0.028
#> SRR1432629     2  0.3511    0.72219 0.000 0.800 0.012 0.184 0.004
#> SRR1498931     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1416578     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1405547     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1470534     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1380764     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1309160     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR663489      3  0.5720    0.62461 0.000 0.000 0.624 0.168 0.208
#> SRR1500450     1  0.2149    0.84939 0.924 0.000 0.036 0.028 0.012
#> SRR1078489     4  0.4631    0.33798 0.200 0.028 0.012 0.748 0.012
#> SRR1332648     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR660614      2  0.5026    0.68633 0.000 0.760 0.088 0.096 0.056
#> SRR1470420     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0324    0.87186 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.1908    0.82771 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR615946      3  0.3923    0.75896 0.016 0.000 0.812 0.132 0.040
#> SRR1446481     2  0.4457    0.56606 0.000 0.656 0.012 0.328 0.004
#> SRR1467656     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.4467    0.41654 0.640 0.000 0.344 0.000 0.016
#> SRR660224      4  0.5518    0.22181 0.000 0.040 0.012 0.500 0.448
#> SRR665586      1  0.8464   -0.03796 0.340 0.000 0.244 0.188 0.228
#> SRR1347166     1  0.4927    0.69582 0.756 0.000 0.060 0.140 0.044
#> SRR1485722     1  0.4192    0.27969 0.596 0.000 0.404 0.000 0.000
#> SRR1415316     1  0.0162    0.87155 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR613390      3  0.6180    0.21901 0.404 0.000 0.460 0.000 0.136
#> SRR661108      3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR2170173     5  0.6844   -0.14200 0.020 0.000 0.176 0.324 0.480
#> SRR817329      1  0.2470    0.81374 0.884 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR1401990     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1467745     4  0.4742    0.07015 0.000 0.344 0.012 0.632 0.012
#> SRR1471795     2  0.0486    0.84556 0.000 0.988 0.004 0.004 0.004
#> SRR1415637     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      3  0.6678    0.40336 0.316 0.000 0.492 0.012 0.180
#> SRR1314873     1  0.5734    0.52813 0.648 0.000 0.024 0.244 0.084
#> SRR1401211     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     4  0.0981    0.36283 0.000 0.008 0.012 0.972 0.008
#> SRR818797      3  0.4604    0.27101 0.428 0.000 0.560 0.000 0.012
#> SRR2164608     5  0.6946   -0.12858 0.020 0.000 0.212 0.288 0.480
#> SRR1455586     2  0.4916    0.53517 0.000 0.628 0.016 0.340 0.016
#> SRR819459      3  0.1095    0.82558 0.012 0.000 0.968 0.012 0.008
#> SRR1488939     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.2722    0.79971 0.020 0.000 0.872 0.000 0.108
#> SRR1361652     4  0.7532   -0.09830 0.008 0.344 0.108 0.456 0.084
#> SRR1437119     1  0.0162    0.87151 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1478547     3  0.0404    0.82624 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1430910     3  0.6705    0.48366 0.012 0.112 0.576 0.268 0.032
#> SRR1310584     1  0.0794    0.85862 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR1500216     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486762     3  0.7620    0.20494 0.008 0.160 0.412 0.364 0.056
#> SRR1480854     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1489394     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1418085     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1340221     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1473058     4  0.1628    0.37448 0.000 0.056 0.008 0.936 0.000
#> SRR1405165     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1433004     3  0.6009    0.44456 0.320 0.000 0.544 0.000 0.136
#> SRR1471477     1  0.0162    0.87152 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1098567     2  0.4959    0.64134 0.000 0.704 0.028 0.236 0.032
#> SRR1098712     4  0.4582    0.20401 0.000 0.288 0.012 0.684 0.016
#> SRR1455038     1  0.4182    0.41998 0.644 0.000 0.352 0.000 0.004
#> SRR1375248     2  0.0290    0.84554 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1403005     3  0.1364    0.82367 0.012 0.000 0.952 0.000 0.036
#> SRR1348378     2  0.5311    0.44815 0.000 0.560 0.012 0.396 0.032
#> SRR1413541     1  0.1121    0.85768 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0324    0.86994 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1475192     4  0.7723   -0.04183 0.000 0.296 0.212 0.420 0.072
#> SRR1432085     2  0.6628    0.29326 0.000 0.460 0.064 0.416 0.060
#> SRR1452468     1  0.2116    0.83935 0.912 0.000 0.076 0.008 0.004
#> SRR1347060     3  0.0693    0.82555 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1414139     3  0.5049    0.68167 0.012 0.000 0.712 0.200 0.076
#> SRR1447962     2  0.4786    0.52300 0.000 0.620 0.012 0.356 0.012
#> SRR1444324     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.5274    0.50370 0.676 0.000 0.000 0.192 0.132
#> SRR1413436     1  0.0324    0.86994 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1311266     1  0.1608    0.84177 0.928 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1343302     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1373746     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.4958    0.42531 0.000 0.552 0.012 0.424 0.012
#> SRR1405331     3  0.2100    0.81888 0.048 0.000 0.924 0.016 0.012
#> SRR1345609     4  0.5369   -0.39585 0.060 0.000 0.000 0.552 0.388
#> SRR1380208     4  0.1153    0.36592 0.004 0.024 0.000 0.964 0.008
#> SRR1322840     5  0.4307    0.59646 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1399797     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1416654     3  0.0693    0.82610 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1315081     3  0.7529    0.37042 0.008 0.136 0.484 0.300 0.072
#> SRR1369196     3  0.4407    0.72637 0.012 0.000 0.768 0.168 0.052
#> SRR1400847     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1365291     3  0.4861    0.26526 0.428 0.000 0.548 0.000 0.024
#> SRR1367920     4  0.3949   -0.24038 0.000 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1366648     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1441679     2  0.0000    0.84804 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.1205    0.82197 0.040 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR1363968     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR814387      1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR657599      1  0.1851    0.83232 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1386689     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1395575     3  0.0566    0.82610 0.012 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR1453811     3  0.2852    0.73265 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0162    0.87237 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1403154     4  0.4307   -0.61107 0.000 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1468722     3  0.0912    0.82566 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1310275     3  0.2852    0.73306 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     1  0.0146   0.881388 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1331708     4  0.4407   0.030471 0.000 0.000 0.000 0.496 0.480 0.024
#> SRR1464258     1  0.0520   0.882039 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1454201     3  0.1500   0.824052 0.000 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR661589      3  0.0146   0.850634 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456229     1  0.4209   0.752311 0.776 0.000 0.112 0.000 0.032 0.080
#> SRR1315165     4  0.4412   0.042481 0.008 0.000 0.000 0.500 0.480 0.012
#> SRR1488960     1  0.2724   0.845757 0.876 0.000 0.016 0.000 0.032 0.076
#> SRR1417809     4  0.4228   0.609413 0.012 0.000 0.000 0.704 0.252 0.032
#> SRR1094457     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     3  0.5402   0.437862 0.124 0.000 0.664 0.000 0.044 0.168
#> SRR1315931     1  0.0291   0.881775 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1430066     3  0.0000   0.851070 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1431037     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1395554     3  0.0458   0.849199 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR818002      5  0.2442   0.733510 0.000 0.144 0.000 0.000 0.852 0.004
#> SRR1344143     5  0.2265   0.749156 0.000 0.056 0.000 0.028 0.904 0.012
#> SRR1486845     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.3645   0.779933 0.824 0.000 0.048 0.000 0.080 0.048
#> SRR1490740     1  0.1515   0.871328 0.944 0.000 0.008 0.000 0.028 0.020
#> SRR1446627     2  0.0146   0.951970 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1456138     2  0.1531   0.887157 0.000 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR1416248     1  0.0363   0.880686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1383907     4  0.1501   0.867494 0.000 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR1311018     1  0.0405   0.881599 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1375699     5  0.3245   0.682174 0.000 0.228 0.000 0.000 0.764 0.008
#> SRR1429846     1  0.2375   0.847094 0.896 0.000 0.060 0.000 0.008 0.036
#> SRR613550      1  0.5344   0.238039 0.528 0.000 0.376 0.000 0.008 0.088
#> SRR1348402     1  0.0964   0.880110 0.968 0.000 0.000 0.004 0.016 0.012
#> SRR1345146     5  0.6860   0.000363 0.084 0.000 0.368 0.000 0.396 0.152
#> SRR1324025     3  0.0508   0.850833 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1318879     3  0.6588  -0.062988 0.040 0.000 0.456 0.000 0.236 0.268
#> SRR820755      1  0.5408   0.588194 0.652 0.000 0.136 0.000 0.032 0.180
#> SRR1485830     4  0.0713   0.898726 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR599313      1  0.0260   0.881158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR612263      1  0.0520   0.881520 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1415398     6  0.4064   0.544185 0.000 0.000 0.360 0.000 0.016 0.624
#> SRR1326205     5  0.3905   0.504211 0.000 0.000 0.000 0.316 0.668 0.016
#> SRR1421327     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0508   0.850779 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1499303     5  0.4550   0.257771 0.000 0.000 0.000 0.420 0.544 0.036
#> SRR1079522     5  0.4141   0.663056 0.004 0.000 0.000 0.188 0.740 0.068
#> SRR1452935     3  0.0260   0.850857 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1379495     1  0.0000   0.881657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0291   0.850024 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR615778      1  0.0964   0.879875 0.968 0.000 0.012 0.000 0.016 0.004
#> SRR1447564     1  0.1861   0.871937 0.928 0.000 0.016 0.000 0.036 0.020
#> SRR1455195     1  0.1962   0.864779 0.924 0.000 0.020 0.000 0.028 0.028
#> SRR655182      3  0.5388  -0.098174 0.056 0.000 0.460 0.000 0.460 0.024
#> SRR1335140     5  0.2858   0.722125 0.000 0.000 0.000 0.124 0.844 0.032
#> SRR1433555     3  0.0405   0.849117 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1308650     5  0.2980   0.706518 0.000 0.192 0.000 0.000 0.800 0.008
#> SRR1388354     1  0.1003   0.880116 0.964 0.000 0.004 0.000 0.028 0.004
#> SRR1317446     3  0.0520   0.850039 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1413602     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1479955     2  0.2191   0.817982 0.000 0.876 0.000 0.000 0.120 0.004
#> SRR809853      3  0.6613  -0.154031 0.328 0.000 0.400 0.000 0.032 0.240
#> SRR661313      3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1499935     4  0.2631   0.772079 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1447303     3  0.1003   0.842467 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1429408     5  0.3982   0.146930 0.000 0.000 0.000 0.460 0.536 0.004
#> SRR1433950     1  0.0146   0.881563 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1362081     2  0.0291   0.949527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1409854     3  0.5977  -0.044558 0.420 0.000 0.440 0.000 0.028 0.112
#> SRR1435229     3  0.4559   0.289114 0.012 0.000 0.600 0.000 0.364 0.024
#> SRR1085996     1  0.4017   0.769203 0.792 0.000 0.104 0.000 0.032 0.072
#> SRR1414229     5  0.5159   0.548129 0.000 0.028 0.192 0.000 0.672 0.108
#> SRR1400974     3  0.0000   0.851070 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1399971     1  0.3317   0.706916 0.808 0.000 0.004 0.032 0.156 0.000
#> SRR613927      6  0.5967   0.542308 0.228 0.000 0.204 0.000 0.020 0.548
#> SRR1457854     1  0.3199   0.826427 0.852 0.000 0.052 0.000 0.028 0.068
#> SRR1473714     1  0.5595   0.197171 0.500 0.000 0.072 0.004 0.404 0.020
#> SRR813776      1  0.6179   0.172360 0.480 0.000 0.168 0.000 0.024 0.328
#> SRR808196      4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614395      1  0.1837   0.868652 0.932 0.000 0.012 0.004 0.032 0.020
#> SRR1478251     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0291   0.949527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1362310     1  0.0363   0.880686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR665310      6  0.3511   0.714176 0.000 0.000 0.216 0.000 0.024 0.760
#> SRR1420109     3  0.0717   0.845341 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1330920     1  0.1777   0.868269 0.932 0.000 0.032 0.000 0.012 0.024
#> SRR1419539     5  0.3500   0.744405 0.000 0.056 0.044 0.032 0.848 0.020
#> SRR1359447     2  0.0291   0.949527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1347259     4  0.0146   0.910309 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR613915      6  0.5088   0.643929 0.184 0.000 0.140 0.000 0.012 0.664
#> SRR1384395     5  0.5286   0.652991 0.000 0.112 0.100 0.000 0.696 0.092
#> SRR821715      6  0.4454   0.612693 0.020 0.000 0.308 0.000 0.020 0.652
#> SRR1478228     1  0.0291   0.881579 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1445637     1  0.3849   0.779229 0.804 0.000 0.104 0.000 0.032 0.060
#> SRR608150      5  0.6112   0.236369 0.100 0.000 0.000 0.368 0.484 0.048
#> SRR1096383     1  0.0405   0.881957 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1341480     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0692   0.880134 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1326270     3  0.2422   0.766425 0.072 0.000 0.892 0.000 0.012 0.024
#> SRR1498838     3  0.0146   0.851127 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1416313     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR808566      5  0.5046   0.416490 0.044 0.000 0.000 0.340 0.592 0.024
#> SRR1430270     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR613533      3  0.0260   0.850857 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR661267      1  0.3468   0.807418 0.832 0.000 0.072 0.000 0.024 0.072
#> SRR810665      2  0.3769   0.362089 0.000 0.640 0.000 0.000 0.356 0.004
#> SRR1407250     1  0.4085   0.734625 0.772 0.000 0.152 0.000 0.028 0.048
#> SRR1420067     1  0.0000   0.881657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1473632     5  0.4038   0.707613 0.000 0.052 0.072 0.004 0.804 0.068
#> SRR812536      6  0.2201   0.730560 0.000 0.000 0.048 0.000 0.052 0.900
#> SRR1370850     5  0.3360   0.643706 0.000 0.264 0.000 0.000 0.732 0.004
#> SRR1486195     2  0.0508   0.945366 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1407671     5  0.2384   0.749640 0.000 0.044 0.000 0.040 0.900 0.016
#> SRR1446375     3  0.2937   0.733794 0.000 0.000 0.848 0.000 0.096 0.056
#> SRR1465230     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      1  0.2453   0.850750 0.896 0.000 0.044 0.000 0.016 0.044
#> SRR1356101     2  0.0508   0.945366 0.000 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1404209     1  0.0603   0.880512 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1392676     2  0.0146   0.951970 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR665538      1  0.2532   0.846166 0.884 0.000 0.012 0.000 0.024 0.080
#> SRR660510      3  0.0363   0.849886 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1445655     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      6  0.2462   0.652901 0.004 0.000 0.004 0.000 0.132 0.860
#> SRR2166459     6  0.3266   0.755252 0.008 0.000 0.132 0.000 0.036 0.824
#> SRR1070713     5  0.2190   0.750929 0.000 0.060 0.000 0.040 0.900 0.000
#> SRR1485312     3  0.0717   0.847173 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1317631     4  0.2378   0.796658 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1488610     1  0.0603   0.881587 0.980 0.000 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1330588     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1316367     5  0.5950   0.460668 0.088 0.004 0.248 0.012 0.608 0.040
#> SRR1433926     1  0.2875   0.833481 0.872 0.000 0.064 0.000 0.028 0.036
#> SRR1091302     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      1  0.0520   0.881130 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1404909     4  0.0260   0.909098 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR663076      1  0.0458   0.880841 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1323577     5  0.3998   0.156619 0.000 0.492 0.000 0.000 0.504 0.004
#> SRR1442422     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0622   0.879406 0.980 0.000 0.000 0.008 0.012 0.000
#> SRR654862      1  0.3168   0.819311 0.852 0.000 0.076 0.000 0.024 0.048
#> SRR1407112     4  0.0146   0.910654 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR1332969     3  0.1765   0.796638 0.052 0.000 0.924 0.000 0.000 0.024
#> SRR1353199     3  0.0260   0.850843 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1378885     1  0.5681   0.525439 0.616 0.000 0.196 0.000 0.032 0.156
#> SRR665357      5  0.5407   0.613804 0.000 0.092 0.144 0.000 0.680 0.084
#> SRR662186      2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0725   0.845069 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1347819     3  0.2282   0.791328 0.000 0.000 0.888 0.000 0.024 0.088
#> SRR1480813     5  0.3528   0.604194 0.000 0.296 0.000 0.000 0.700 0.004
#> SRR1472576     5  0.2252   0.741058 0.000 0.012 0.000 0.072 0.900 0.016
#> SRR1431781     4  0.1714   0.851783 0.000 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1452270     6  0.4135   0.617480 0.000 0.000 0.300 0.000 0.032 0.668
#> SRR1500472     3  0.2094   0.793219 0.000 0.000 0.900 0.000 0.020 0.080
#> SRR1417632     5  0.2538   0.724782 0.000 0.000 0.000 0.124 0.860 0.016
#> SRR1350153     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1326579     1  0.0653   0.882088 0.980 0.000 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR1349363     2  0.2595   0.754251 0.000 0.836 0.000 0.000 0.160 0.004
#> SRR1096712     3  0.0508   0.850646 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1090407     3  0.0820   0.844801 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1083752     5  0.2190   0.750929 0.000 0.060 0.000 0.040 0.900 0.000
#> SRR1377599     4  0.4445   0.327251 0.000 0.000 0.000 0.572 0.396 0.032
#> SRR1488449     6  0.4241   0.528780 0.000 0.000 0.368 0.000 0.024 0.608
#> SRR1318354     3  0.2046   0.806873 0.000 0.000 0.908 0.000 0.032 0.060
#> SRR1359062     3  0.4791   0.428647 0.000 0.000 0.652 0.000 0.244 0.104
#> SRR1398924     5  0.5041   0.255201 0.000 0.028 0.420 0.000 0.524 0.028
#> SRR663783      3  0.3509   0.588187 0.000 0.000 0.744 0.000 0.016 0.240
#> SRR1319204     3  0.4551   0.311973 0.000 0.000 0.608 0.000 0.344 0.048
#> SRR1369070     2  0.0146   0.951970 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR615659      1  0.2480   0.852817 0.896 0.000 0.028 0.000 0.028 0.048
#> SRR1337449     2  0.0146   0.951571 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1316982     5  0.3629   0.642239 0.000 0.260 0.000 0.000 0.724 0.016
#> SRR1498595     5  0.2356   0.735792 0.000 0.004 0.000 0.096 0.884 0.016
#> SRR1377423     3  0.3189   0.612911 0.000 0.000 0.760 0.000 0.004 0.236
#> SRR1312310     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0146   0.881388 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1338426     3  0.1984   0.806612 0.000 0.000 0.912 0.000 0.032 0.056
#> SRR1353309     3  0.0806   0.843671 0.000 0.000 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR658941      5  0.4869   0.645312 0.060 0.012 0.092 0.000 0.748 0.088
#> SRR1101643     1  0.0458   0.880841 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1401468     1  0.0260   0.881158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     4  0.1075   0.885874 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1363858     1  0.4158   0.236842 0.572 0.000 0.004 0.008 0.416 0.000
#> SRR819820      3  0.0622   0.846428 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1337342     1  0.0405   0.881797 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR655206      5  0.2519   0.751828 0.000 0.056 0.000 0.048 0.888 0.008
#> SRR1387013     5  0.2179   0.750818 0.000 0.064 0.000 0.036 0.900 0.000
#> SRR1317410     1  0.0291   0.881579 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR608198      1  0.1167   0.874371 0.960 0.000 0.008 0.020 0.012 0.000
#> SRR1440161     2  0.0405   0.948395 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1343741     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0146   0.951970 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1415379     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1099622     5  0.3259   0.685928 0.000 0.216 0.000 0.000 0.772 0.012
#> SRR663197      3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1394836     5  0.2701   0.745298 0.020 0.028 0.000 0.056 0.888 0.008
#> SRR661699      6  0.2062   0.692500 0.008 0.000 0.004 0.000 0.088 0.900
#> SRR813680      1  0.3017   0.826356 0.860 0.000 0.064 0.000 0.016 0.060
#> SRR1410678     1  0.0363   0.881055 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1378109     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     1  0.3564   0.779449 0.816 0.000 0.120 0.000 0.024 0.040
#> SRR1311486     2  0.0291   0.949821 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1382851     5  0.3081   0.661970 0.000 0.000 0.000 0.220 0.776 0.004
#> SRR1433410     1  0.0363   0.880686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR661167      3  0.2214   0.789540 0.000 0.000 0.888 0.000 0.016 0.096
#> SRR1432518     3  0.0508   0.849875 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR660462      6  0.4264   0.553224 0.000 0.000 0.352 0.000 0.028 0.620
#> SRR1374608     1  0.4893   0.265725 0.552 0.000 0.000 0.396 0.040 0.012
#> SRR657949      6  0.2351   0.740267 0.012 0.000 0.052 0.000 0.036 0.900
#> SRR1308882     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      3  0.5205   0.376641 0.144 0.000 0.648 0.000 0.012 0.196
#> SRR1485870     4  0.1075   0.886474 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1444138     3  0.2146   0.810748 0.004 0.000 0.908 0.000 0.044 0.044
#> SRR1417342     4  0.3217   0.691057 0.008 0.000 0.000 0.768 0.224 0.000
#> SRR1470193     5  0.4361   0.502286 0.000 0.000 0.000 0.308 0.648 0.044
#> SRR1091380     3  0.0405   0.849117 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1099096     1  0.0363   0.880686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1313583     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467102     5  0.3695   0.628520 0.000 0.272 0.000 0.000 0.712 0.016
#> SRR1485416     4  0.0865   0.893837 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR818821      3  0.0405   0.851065 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR809963      1  0.4267   0.678975 0.728 0.000 0.012 0.000 0.052 0.208
#> SRR1072247     1  0.0508   0.880431 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1353710     4  0.0865   0.895013 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR1445259     3  0.1391   0.833405 0.000 0.000 0.944 0.000 0.016 0.040
#> SRR1408393     6  0.3391   0.753434 0.016 0.000 0.148 0.000 0.024 0.812
#> SRR1361522     1  0.0363   0.881570 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1368597     1  0.0363   0.881055 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1309680     5  0.2871   0.709397 0.000 0.192 0.000 0.000 0.804 0.004
#> SRR1310542     3  0.2197   0.796412 0.000 0.000 0.900 0.000 0.056 0.044
#> SRR1333485     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     5  0.6068   0.143378 0.388 0.000 0.024 0.012 0.480 0.096
#> SRR1354931     3  0.6814  -0.040500 0.132 0.000 0.404 0.000 0.372 0.092
#> SRR1391856     5  0.6487   0.134054 0.384 0.000 0.000 0.180 0.400 0.036
#> SRR1446738     5  0.2421   0.750710 0.004 0.052 0.000 0.044 0.896 0.004
#> SRR1309032     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     5  0.2933   0.705215 0.000 0.200 0.000 0.000 0.796 0.004
#> SRR1432611     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.5301   0.259458 0.000 0.000 0.568 0.000 0.300 0.132
#> SRR613150      3  0.0520   0.850236 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1375329     3  0.3777   0.653321 0.004 0.000 0.788 0.000 0.124 0.084
#> SRR1387921     1  0.0260   0.881729 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     1  0.3084   0.830138 0.860 0.000 0.056 0.000 0.028 0.056
#> SRR812943      5  0.5783   0.480686 0.064 0.012 0.252 0.000 0.616 0.056
#> SRR1400910     5  0.4671   0.661340 0.000 0.068 0.148 0.000 0.736 0.048
#> SRR1444203     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      5  0.2190   0.750929 0.000 0.060 0.000 0.040 0.900 0.000
#> SRR658754      3  0.0632   0.848133 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1429603     4  0.0458   0.904792 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1397366     3  0.0820   0.843139 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1446028     1  0.1325   0.877215 0.956 0.000 0.012 0.004 0.012 0.016
#> SRR1083918     5  0.2442   0.734470 0.000 0.144 0.000 0.000 0.852 0.004
#> SRR1337606     5  0.4098  -0.022886 0.000 0.000 0.000 0.496 0.496 0.008
#> SRR659109      3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1337192     1  0.4338   0.070590 0.496 0.000 0.000 0.484 0.020 0.000
#> SRR656946      5  0.2747   0.751101 0.000 0.056 0.000 0.040 0.880 0.024
#> SRR1476102     1  0.0717   0.879938 0.976 0.000 0.000 0.008 0.016 0.000
#> SRR1476447     1  0.0508   0.880431 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1342067     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     1  0.3827   0.788166 0.808 0.000 0.088 0.000 0.032 0.072
#> SRR614419      6  0.3238   0.663876 0.036 0.000 0.012 0.000 0.120 0.832
#> SRR1322936     5  0.3622   0.713554 0.028 0.000 0.008 0.056 0.832 0.076
#> SRR1349121     1  0.0000   0.881657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0622   0.882311 0.980 0.000 0.000 0.000 0.008 0.012
#> SRR612935      6  0.4893   0.541776 0.000 0.000 0.340 0.000 0.076 0.584
#> SRR661481      2  0.0146   0.951571 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1354117     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.4322   0.371843 0.000 0.000 0.000 0.600 0.372 0.028
#> SRR1452164     1  0.0405   0.881532 0.988 0.000 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR1070503     1  0.3932   0.764748 0.792 0.000 0.120 0.000 0.024 0.064
#> SRR1499894     3  0.0820   0.847343 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1082883     4  0.4474   0.640771 0.108 0.000 0.000 0.704 0.188 0.000
#> SRR1468271     1  0.0767   0.881420 0.976 0.000 0.012 0.000 0.004 0.008
#> SRR1332443     4  0.3993   0.247354 0.400 0.000 0.000 0.592 0.008 0.000
#> SRR810295      2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      1  0.1982   0.861026 0.912 0.000 0.000 0.004 0.016 0.068
#> SRR1328620     3  0.0777   0.845385 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1396294     5  0.4650   0.520073 0.040 0.000 0.000 0.292 0.652 0.016
#> SRR1419917     1  0.3147   0.800372 0.828 0.000 0.016 0.000 0.016 0.140
#> SRR662114      3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1489199     1  0.5269   0.563356 0.648 0.000 0.232 0.000 0.032 0.088
#> SRR813584      5  0.2190   0.750929 0.000 0.060 0.000 0.040 0.900 0.000
#> SRR1069638     5  0.4512   0.669442 0.028 0.024 0.088 0.000 0.776 0.084
#> SRR614864      3  0.2575   0.750768 0.076 0.000 0.884 0.000 0.020 0.020
#> SRR1433392     1  0.2471   0.850975 0.896 0.000 0.040 0.000 0.020 0.044
#> SRR1377777     2  0.0858   0.930211 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR2167710     6  0.2531   0.659888 0.004 0.000 0.008 0.000 0.128 0.860
#> SRR1401252     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309963     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.5921   0.242939 0.496 0.000 0.112 0.000 0.028 0.364
#> SRR1418628     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.3632   0.731958 0.800 0.000 0.008 0.148 0.040 0.004
#> SRR1380393     1  0.0146   0.881388 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1319731     1  0.0291   0.881775 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1356468     4  0.0458   0.904294 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR1337010     2  0.0458   0.942018 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1486520     1  0.0363   0.880686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1486538     4  0.3468   0.629229 0.000 0.000 0.000 0.728 0.264 0.008
#> SRR1340486     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     5  0.2317   0.747599 0.000 0.064 0.000 0.020 0.900 0.016
#> SRR1465459     3  0.3958   0.532611 0.196 0.000 0.756 0.000 0.020 0.028
#> SRR1080270     3  0.1141   0.830552 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1312501     3  0.0622   0.850144 0.000 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1093148     5  0.7188   0.021398 0.248 0.000 0.260 0.000 0.396 0.096
#> SRR1467080     3  0.4203   0.595384 0.000 0.000 0.740 0.000 0.124 0.136
#> SRR1410866     2  0.0858   0.931291 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR816475      4  0.3615   0.602790 0.008 0.000 0.000 0.700 0.292 0.000
#> SRR1379198     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1452246     5  0.3043   0.705421 0.000 0.200 0.000 0.000 0.792 0.008
#> SRR1338836     2  0.0146   0.951970 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1369129     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.4075   0.674226 0.028 0.000 0.784 0.000 0.116 0.072
#> SRR813824      3  0.0717   0.845341 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1082376     1  0.5537   0.555288 0.628 0.000 0.124 0.000 0.032 0.216
#> SRR1500891     5  0.3683   0.681364 0.000 0.000 0.000 0.192 0.764 0.044
#> SRR807543      1  0.4995   0.632762 0.688 0.000 0.196 0.000 0.032 0.084
#> SRR1091572     5  0.3396   0.721231 0.032 0.000 0.000 0.064 0.840 0.064
#> SRR1346689     5  0.2704   0.717324 0.000 0.000 0.000 0.140 0.844 0.016
#> SRR1332424     1  0.0551   0.882131 0.984 0.000 0.004 0.004 0.008 0.000
#> SRR663729      4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.4252   0.749188 0.772 0.000 0.116 0.000 0.032 0.080
#> SRR613675      5  0.3350   0.714848 0.028 0.000 0.008 0.036 0.848 0.080
#> SRR1485357     4  0.0363   0.907299 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR655816      6  0.2119   0.724737 0.000 0.000 0.036 0.000 0.060 0.904
#> SRR1500113     1  0.1679   0.870090 0.936 0.000 0.036 0.000 0.012 0.016
#> SRR1437622     5  0.2473   0.718975 0.000 0.000 0.000 0.136 0.856 0.008
#> SRR1355172     1  0.4209   0.752802 0.776 0.000 0.112 0.000 0.032 0.080
#> SRR655531      6  0.4968   0.452232 0.308 0.000 0.012 0.000 0.064 0.616
#> SRR1338147     3  0.1003   0.841970 0.000 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR1413329     1  0.6197   0.222224 0.524 0.000 0.028 0.012 0.120 0.316
#> SRR1485931     2  0.0291   0.950022 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1420873     1  0.0692   0.880134 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1333308     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0405   0.881688 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1467316     2  0.0291   0.950022 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR809018      3  0.0458   0.849389 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1375351     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      6  0.5614   0.555356 0.116 0.000 0.312 0.000 0.016 0.556
#> SRR1471755     5  0.2445   0.751117 0.000 0.060 0.000 0.040 0.892 0.008
#> SRR808019      1  0.2020   0.863078 0.920 0.000 0.020 0.000 0.020 0.040
#> SRR1479133     3  0.0622   0.847902 0.000 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR615069      5  0.5035   0.527953 0.008 0.012 0.232 0.000 0.668 0.080
#> SRR1456185     5  0.3512   0.635261 0.000 0.272 0.000 0.000 0.720 0.008
#> SRR1350069     4  0.3592   0.491268 0.000 0.000 0.000 0.656 0.344 0.000
#> SRR816316      1  0.5019   0.661394 0.696 0.000 0.108 0.000 0.032 0.164
#> SRR664795      6  0.3048   0.728338 0.072 0.000 0.044 0.000 0.024 0.860
#> SRR1490721     4  0.0260   0.908648 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR810643      1  0.0260   0.881745 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1430333     1  0.5669   0.048113 0.476 0.000 0.024 0.000 0.084 0.416
#> SRR1085285     3  0.0260   0.850857 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1099072     3  0.0858   0.844519 0.004 0.000 0.968 0.000 0.000 0.028
#> SRR1317985     1  0.2038   0.862831 0.920 0.000 0.020 0.000 0.028 0.032
#> SRR1487340     1  0.0405   0.882260 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008 0.000
#> SRR1420276     5  0.5243   0.626899 0.000 0.088 0.136 0.000 0.696 0.080
#> SRR1351347     3  0.5700   0.467345 0.112 0.000 0.656 0.000 0.120 0.112
#> SRR1405525     1  0.5829   0.313204 0.552 0.000 0.064 0.000 0.320 0.064
#> SRR1370329     1  0.0260   0.881679 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1465001     1  0.0363   0.880686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR819610      5  0.2706   0.750243 0.008 0.048 0.000 0.040 0.888 0.016
#> SRR2157314     6  0.2069   0.713557 0.004 0.000 0.020 0.000 0.068 0.908
#> SRR1409465     2  0.0291   0.950022 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR809987      4  0.0363   0.907288 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR613639      3  0.4355   0.517759 0.176 0.000 0.736 0.000 0.012 0.076
#> SRR1402285     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0146   0.881388 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1405660     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1095455     3  0.1074   0.840227 0.000 0.000 0.960 0.000 0.012 0.028
#> SRR1394734     5  0.2179   0.750744 0.000 0.064 0.000 0.036 0.900 0.000
#> SRR1317771     1  0.1989   0.862595 0.916 0.000 0.000 0.004 0.028 0.052
#> SRR1365894     4  0.3330   0.592536 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR1073581     1  0.0260   0.881564 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR659804      1  0.0508   0.882179 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1345914     5  0.3711   0.647057 0.000 0.260 0.000 0.000 0.720 0.020
#> SRR1432186     2  0.3668   0.445061 0.000 0.668 0.000 0.000 0.328 0.004
#> SRR1473529     5  0.2768   0.730819 0.000 0.156 0.000 0.000 0.832 0.012
#> SRR660764      5  0.5587   0.304211 0.000 0.000 0.272 0.000 0.540 0.188
#> SRR820448      1  0.2415   0.856200 0.900 0.000 0.036 0.000 0.024 0.040
#> SRR1328845     5  0.3684   0.493176 0.000 0.000 0.000 0.332 0.664 0.004
#> SRR1336415     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     6  0.4101   0.452632 0.000 0.000 0.408 0.000 0.012 0.580
#> SRR1346773     1  0.0767   0.882104 0.976 0.000 0.004 0.000 0.008 0.012
#> SRR1499521     1  0.0146   0.881388 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1440898     2  0.0603   0.940899 0.000 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004
#> SRR1347459     3  0.1265   0.834036 0.000 0.000 0.948 0.000 0.044 0.008
#> SRR1081209     2  0.0146   0.951571 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1400202     1  0.0458   0.881052 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1333395     5  0.4913   0.396713 0.000 0.000 0.000 0.364 0.564 0.072
#> SRR1309248     5  0.2112   0.734785 0.000 0.000 0.000 0.088 0.896 0.016
#> SRR809161      6  0.3245   0.739467 0.000 0.000 0.172 0.000 0.028 0.800
#> SRR1316320     5  0.2358   0.730130 0.000 0.000 0.000 0.108 0.876 0.016
#> SRR1432629     5  0.3489   0.609269 0.000 0.288 0.000 0.000 0.708 0.004
#> SRR1498931     1  0.0291   0.881579 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1416578     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1470534     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0363   0.880686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1309160     3  0.0146   0.850634 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR663489      6  0.4513   0.344799 0.000 0.000 0.440 0.000 0.032 0.528
#> SRR1500450     1  0.1893   0.869951 0.928 0.000 0.008 0.004 0.024 0.036
#> SRR1078489     5  0.3613   0.712880 0.052 0.000 0.000 0.056 0.828 0.064
#> SRR1332648     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.5293  -0.021888 0.000 0.492 0.028 0.000 0.436 0.044
#> SRR1470420     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0363   0.880686 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1477949     1  0.0862   0.880882 0.972 0.000 0.008 0.000 0.016 0.004
#> SRR1481419     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.2466   0.848444 0.896 0.000 0.052 0.000 0.024 0.028
#> SRR615946      3  0.4328   0.520242 0.000 0.000 0.708 0.000 0.212 0.080
#> SRR1446481     5  0.3847   0.510083 0.000 0.348 0.000 0.000 0.644 0.008
#> SRR1467656     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     1  0.3869   0.781117 0.804 0.000 0.096 0.000 0.032 0.068
#> SRR660224      5  0.3659   0.630305 0.000 0.004 0.004 0.004 0.720 0.268
#> SRR665586      6  0.4523   0.663291 0.180 0.000 0.052 0.000 0.036 0.732
#> SRR1347166     1  0.3327   0.798069 0.844 0.000 0.016 0.004 0.060 0.076
#> SRR1485722     1  0.3714   0.769153 0.804 0.000 0.128 0.000 0.024 0.044
#> SRR1415316     1  0.0547   0.881093 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR613390      1  0.5643   0.466517 0.584 0.000 0.108 0.000 0.028 0.280
#> SRR661108      3  0.0000   0.851070 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR2170173     6  0.2094   0.717725 0.004 0.000 0.024 0.000 0.064 0.908
#> SRR817329      1  0.2171   0.861788 0.912 0.000 0.032 0.000 0.016 0.040
#> SRR1401990     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467745     5  0.2445   0.751117 0.000 0.060 0.000 0.040 0.892 0.008
#> SRR1471795     2  0.3163   0.667439 0.000 0.764 0.000 0.000 0.232 0.004
#> SRR1415637     2  0.0146   0.951970 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR813137      6  0.5749   0.585638 0.224 0.000 0.152 0.000 0.028 0.596
#> SRR1314873     1  0.4650   0.674016 0.732 0.000 0.012 0.016 0.068 0.172
#> SRR1401211     1  0.0000   0.881657 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1419692     5  0.3150   0.722485 0.000 0.000 0.000 0.104 0.832 0.064
#> SRR818797      1  0.5201   0.566414 0.652 0.000 0.236 0.000 0.032 0.080
#> SRR2164608     6  0.2058   0.725387 0.000 0.000 0.036 0.000 0.056 0.908
#> SRR1455586     5  0.3738   0.615547 0.000 0.280 0.000 0.000 0.704 0.016
#> SRR819459      3  0.0508   0.850646 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1488939     2  0.0291   0.950022 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1433232     2  0.0291   0.950022 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1385501     3  0.4173   0.565533 0.032 0.000 0.732 0.000 0.020 0.216
#> SRR1361652     5  0.5069   0.675968 0.000 0.096 0.088 0.000 0.716 0.100
#> SRR1437119     1  0.0260   0.881158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1478547     3  0.0520   0.848547 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1430910     5  0.4878   0.101636 0.000 0.008 0.468 0.000 0.484 0.040
#> SRR1310584     1  0.0508   0.880431 0.984 0.000 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1500216     1  0.0260   0.881158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1486762     5  0.5344   0.530679 0.000 0.044 0.220 0.000 0.652 0.084
#> SRR1480854     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489394     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     5  0.2293   0.742028 0.004 0.016 0.000 0.080 0.896 0.004
#> SRR1405165     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1433004     1  0.5899   0.402465 0.552 0.000 0.136 0.000 0.028 0.284
#> SRR1471477     1  0.0870   0.880490 0.972 0.000 0.012 0.000 0.012 0.004
#> SRR1098567     5  0.4586   0.549109 0.000 0.312 0.012 0.000 0.640 0.036
#> SRR1098712     5  0.3185   0.747614 0.004 0.056 0.000 0.040 0.860 0.040
#> SRR1455038     1  0.4061   0.764315 0.788 0.000 0.108 0.000 0.032 0.072
#> SRR1375248     2  0.0291   0.949527 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1403005     3  0.1701   0.817042 0.000 0.000 0.920 0.000 0.008 0.072
#> SRR1348378     5  0.3514   0.690929 0.000 0.208 0.004 0.000 0.768 0.020
#> SRR1413541     1  0.0717   0.881184 0.976 0.000 0.000 0.000 0.008 0.016
#> SRR1392943     1  0.0692   0.880624 0.976 0.000 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR1475192     5  0.4339   0.696647 0.000 0.068 0.080 0.000 0.776 0.076
#> SRR1432085     5  0.4399   0.692839 0.000 0.172 0.036 0.000 0.744 0.048
#> SRR1452468     1  0.1546   0.876041 0.944 0.000 0.020 0.000 0.020 0.016
#> SRR1347060     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1414139     3  0.4348   0.569897 0.000 0.000 0.724 0.000 0.124 0.152
#> SRR1447962     5  0.3652   0.633899 0.000 0.264 0.000 0.000 0.720 0.016
#> SRR1444324     2  0.0146   0.951047 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1415004     1  0.4527   0.479627 0.660 0.000 0.000 0.272 0.068 0.000
#> SRR1413436     1  0.0692   0.881071 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1311266     1  0.1635   0.871121 0.940 0.000 0.020 0.000 0.020 0.020
#> SRR1343302     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0260   0.881158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1429678     1  0.0458   0.880841 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR1469413     5  0.3514   0.672843 0.000 0.228 0.000 0.000 0.752 0.020
#> SRR1405331     3  0.1938   0.821972 0.008 0.000 0.920 0.000 0.052 0.020
#> SRR1345609     4  0.3826   0.723879 0.124 0.000 0.004 0.784 0.088 0.000
#> SRR1380208     5  0.2979   0.726905 0.004 0.000 0.000 0.088 0.852 0.056
#> SRR1322840     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1399797     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1416654     3  0.0717   0.845341 0.000 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1315081     5  0.5021   0.408190 0.000 0.004 0.300 0.000 0.608 0.088
#> SRR1369196     3  0.4813   0.338366 0.000 0.000 0.608 0.000 0.316 0.076
#> SRR1400847     1  0.0260   0.881158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1365291     1  0.4839   0.607725 0.684 0.000 0.220 0.000 0.020 0.076
#> SRR1367920     4  0.2300   0.803084 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1366648     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1441679     2  0.0000   0.952576 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0508   0.850833 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1363968     1  0.0260   0.881158 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR814387      1  0.0458   0.880841 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR657599      1  0.1616   0.872413 0.940 0.000 0.020 0.000 0.012 0.028
#> SRR1386689     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0363   0.850569 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1453811     3  0.4724   0.277273 0.320 0.000 0.628 0.000 0.024 0.028
#> SRR1441159     1  0.0520   0.881949 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1403154     4  0.0000   0.912058 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.1267   0.828040 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1310275     3  0.4052   0.433896 0.260 0.000 0.708 0.000 0.012 0.020

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:NMF*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17559 rows and 500 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.933           0.923       0.963         0.3187 0.687   0.687
#> 3 3 0.692           0.822       0.920         0.9071 0.634   0.489
#> 4 4 0.575           0.664       0.798         0.1842 0.831   0.592
#> 5 5 0.576           0.567       0.737         0.0862 0.827   0.472
#> 6 6 0.582           0.497       0.697         0.0424 0.895   0.571

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>            class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR1474533     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1331708     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1464258     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1454201     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR661589      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1456229     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1315165     1  0.0938     0.9666 0.988 0.012
#> SRR1488960     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1417809     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1094457     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1095575     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1315931     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1430066     1  0.1843     0.9549 0.972 0.028
#> SRR1431037     1  0.2043     0.9523 0.968 0.032
#> SRR1395554     1  0.0938     0.9650 0.988 0.012
#> SRR818002      2  0.4562     0.8690 0.096 0.904
#> SRR1344143     1  0.5294     0.8620 0.880 0.120
#> SRR1486845     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1362866     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1490740     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1446627     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1456138     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1416248     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1383907     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1375699     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1429846     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR613550      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1348402     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1345146     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1324025     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1318879     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR820755      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1485830     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR599313      1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR612263      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1415398     1  0.1633     0.9576 0.976 0.024
#> SRR1326205     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1421327     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1083311     1  0.9922     0.1079 0.552 0.448
#> SRR1499303     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1079522     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1452935     1  0.2236     0.9490 0.964 0.036
#> SRR1379495     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1470459     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR661361      1  0.0938     0.9651 0.988 0.012
#> SRR615778      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1447564     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1455195     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR655182      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1335140     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1433555     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1308650     2  0.2423     0.9098 0.040 0.960
#> SRR1388354     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1317446     2  0.8813     0.6360 0.300 0.700
#> SRR1413602     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1479955     2  0.0672     0.9195 0.008 0.992
#> SRR809853      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR661313      1  0.2236     0.9490 0.964 0.036
#> SRR1499935     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1447303     1  0.3584     0.9215 0.932 0.068
#> SRR1429408     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1433950     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1362081     2  0.1184     0.9178 0.016 0.984
#> SRR1409854     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1435229     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1085996     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1414229     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1400974     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1399971     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR613927      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1457854     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1473714     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR813776      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR808196      1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1101085     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR614395      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1478251     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1370551     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1362310     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR665310      1  0.2236     0.9490 0.964 0.036
#> SRR1420109     1  0.0376     0.9690 0.996 0.004
#> SRR1330920     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1419539     1  0.1414     0.9630 0.980 0.020
#> SRR1359447     2  0.1843     0.9140 0.028 0.972
#> SRR1347259     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR613915      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1384395     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR821715      1  0.1633     0.9576 0.976 0.024
#> SRR1478228     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1445637     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR608150      1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1096383     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1341480     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1341344     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1326270     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1498838     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1416313     1  0.2778     0.9394 0.952 0.048
#> SRR808566      1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1430270     1  0.1414     0.9630 0.980 0.020
#> SRR1367825     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR613533      1  0.4161     0.9058 0.916 0.084
#> SRR661267      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR810665      2  0.1843     0.9140 0.028 0.972
#> SRR1407250     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1420067     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1473632     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR812536      1  0.3431     0.9253 0.936 0.064
#> SRR1370850     1  0.1633     0.9575 0.976 0.024
#> SRR1486195     2  0.1843     0.9140 0.028 0.972
#> SRR1407671     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1446375     1  0.0376     0.9689 0.996 0.004
#> SRR1465230     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR614119      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1356101     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1404209     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1392676     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR665538      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR660510      1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1445655     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR658953      1  0.0376     0.9689 0.996 0.004
#> SRR2166459     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1070713     1  0.9522     0.3611 0.628 0.372
#> SRR1485312     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1317631     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1488610     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1330588     1  0.0672     0.9671 0.992 0.008
#> SRR1316367     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1433926     1  0.0672     0.9681 0.992 0.008
#> SRR1091302     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR818263      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1404909     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR663076      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1323577     2  0.1633     0.9123 0.024 0.976
#> SRR1442422     1  0.1414     0.9630 0.980 0.020
#> SRR1465893     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR654862      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1407112     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1332969     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1353199     1  0.3431     0.9253 0.936 0.064
#> SRR1378885     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR665357      2  0.2043     0.9131 0.032 0.968
#> SRR662186      2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1501020     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1347819     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1480813     2  0.3114     0.8942 0.056 0.944
#> SRR1472576     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1431781     1  0.1414     0.9630 0.980 0.020
#> SRR1452270     1  0.2236     0.9490 0.964 0.036
#> SRR1500472     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1417632     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1350153     2  0.0672     0.9196 0.008 0.992
#> SRR1458113     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1326579     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1349363     2  0.0672     0.9195 0.008 0.992
#> SRR1096712     1  0.3879     0.9138 0.924 0.076
#> SRR1090407     1  0.0376     0.9689 0.996 0.004
#> SRR1083752     1  0.9775     0.2329 0.588 0.412
#> SRR1377599     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1488449     1  0.2236     0.9490 0.964 0.036
#> SRR1318354     2  0.3431     0.9024 0.064 0.936
#> SRR1359062     2  0.3431     0.9023 0.064 0.936
#> SRR1398924     1  0.4298     0.9015 0.912 0.088
#> SRR663783      1  0.4690     0.8885 0.900 0.100
#> SRR1319204     1  0.9129     0.4859 0.672 0.328
#> SRR1369070     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR615659      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1337449     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1316982     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1498595     1  0.1633     0.9608 0.976 0.024
#> SRR1377423     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1312310     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1485613     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1338426     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1353309     1  0.3114     0.9327 0.944 0.056
#> SRR658941      1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1101643     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1401468     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1368874     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1324085     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1363858     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR819820      1  0.0376     0.9689 0.996 0.004
#> SRR1337342     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR655206      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1387013     2  0.8763     0.6437 0.296 0.704
#> SRR1317410     1  0.0672     0.9681 0.992 0.008
#> SRR608198      1  0.0672     0.9681 0.992 0.008
#> SRR1440161     2  0.1633     0.9154 0.024 0.976
#> SRR1343741     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1381288     2  0.0376     0.9200 0.004 0.996
#> SRR1415379     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1099622     2  0.1843     0.9143 0.028 0.972
#> SRR663197      1  0.4298     0.9018 0.912 0.088
#> SRR1394836     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR661699      1  0.0376     0.9689 0.996 0.004
#> SRR813680      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1410678     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1378109     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1499174     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1311486     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1382851     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1433410     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR661167      1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1432518     1  0.3584     0.9215 0.932 0.068
#> SRR660462      1  0.8813     0.5539 0.700 0.300
#> SRR1374608     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR657949      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1308882     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR655768      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1485870     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1444138     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1417342     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1470193     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1091380     1  0.0376     0.9689 0.996 0.004
#> SRR1099096     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1313583     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1467102     2  0.4161     0.8910 0.084 0.916
#> SRR1485416     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR818821      1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR809963      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1072247     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1353710     1  0.0938     0.9666 0.988 0.012
#> SRR1445259     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1408393     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1361522     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1368597     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1309680     2  0.9795     0.3819 0.416 0.584
#> SRR1310542     2  0.5519     0.8561 0.128 0.872
#> SRR1333485     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1406437     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1354931     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1391856     1  0.0938     0.9666 0.988 0.012
#> SRR1446738     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1309032     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1388145     2  0.7528     0.7585 0.216 0.784
#> SRR1432611     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR815869      2  0.3879     0.8960 0.076 0.924
#> SRR613150      1  0.2423     0.9458 0.960 0.040
#> SRR1375329     1  0.1414     0.9603 0.980 0.020
#> SRR1387921     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1466792     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1360478     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1360695     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR812943      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1400910     1  0.3114     0.9331 0.944 0.056
#> SRR1444203     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR816177      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR658754      2  0.8661     0.6558 0.288 0.712
#> SRR1429603     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1397366     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1446028     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1083918     2  0.9944     0.2658 0.456 0.544
#> SRR1337606     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR659109      1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1337192     1  0.0672     0.9681 0.992 0.008
#> SRR656946      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1476102     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1476447     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1342067     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1385389     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1075971     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR614419      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1322936     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1349121     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1430549     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR612935      2  0.5629     0.8523 0.132 0.868
#> SRR661481      2  0.0376     0.9196 0.004 0.996
#> SRR1354117     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1393596     1  0.0672     0.9682 0.992 0.008
#> SRR1452164     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1070503     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1499894     1  0.2778     0.9394 0.952 0.048
#> SRR1082883     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1468271     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1332443     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR810295      2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR662103      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1328620     1  0.7453     0.7285 0.788 0.212
#> SRR1396294     1  0.0938     0.9666 0.988 0.012
#> SRR1419917     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR662114      1  0.2423     0.9458 0.960 0.040
#> SRR1489199     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR813584      1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1069638     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR614864      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1433392     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1377777     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR2167710     1  0.0376     0.9689 0.996 0.004
#> SRR1401252     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1309963     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1338031     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1418628     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1486889     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1380393     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1319731     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1356468     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1337010     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1486520     1  0.0672     0.9681 0.992 0.008
#> SRR1486538     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1340486     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1377696     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1465459     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1080270     2  0.8861     0.6290 0.304 0.696
#> SRR1312501     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1093148     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1467080     2  0.4161     0.8911 0.084 0.916
#> SRR1410866     2  0.0672     0.9186 0.008 0.992
#> SRR816475      1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1379198     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR613342      1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1452246     2  0.1184     0.9157 0.016 0.984
#> SRR1338836     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1369129     1  0.1633     0.9610 0.976 0.024
#> SRR1396616     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR813824      1  0.3431     0.9253 0.936 0.064
#> SRR1082376     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1500891     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR807543      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1091572     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1346689     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1332424     1  0.1633     0.9610 0.976 0.024
#> SRR663729      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1097013     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR613675      1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1485357     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR655816      1  0.0938     0.9650 0.988 0.012
#> SRR1500113     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1437622     1  0.0376     0.9695 0.996 0.004
#> SRR1355172     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR655531      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1338147     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1413329     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1485931     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1420873     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1333308     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1452033     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1467316     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR809018      1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1375351     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR663440      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1471755     2  0.8955     0.6160 0.312 0.688
#> SRR808019      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1479133     1  0.2778     0.9394 0.952 0.048
#> SRR615069      1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1456185     2  0.9460     0.5129 0.364 0.636
#> SRR1350069     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR816316      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR664795      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1490721     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR810643      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1430333     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1085285     1  0.0938     0.9650 0.988 0.012
#> SRR1099072     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1317985     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1487340     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1420276     2  0.2043     0.9131 0.032 0.968
#> SRR1351347     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1405525     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1370329     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1465001     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1476525     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR819610      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR2157314     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1409465     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR809987      1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR613639      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1402285     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1077038     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1405660     1  0.3584     0.9215 0.932 0.068
#> SRR1095455     1  0.4298     0.9015 0.912 0.088
#> SRR1394734     1  0.5629     0.8514 0.868 0.132
#> SRR1317771     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1365894     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1073581     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR659804      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1345914     1  0.9998    -0.0812 0.508 0.492
#> SRR1432186     2  0.0938     0.9187 0.012 0.988
#> SRR1473529     2  0.5737     0.8487 0.136 0.864
#> SRR660764      2  0.5408     0.8597 0.124 0.876
#> SRR820448      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1328845     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1336415     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1379065     1  0.0672     0.9681 0.992 0.008
#> SRR1459190     1  0.2043     0.9520 0.968 0.032
#> SRR1346773     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1499521     1  0.1184     0.9648 0.984 0.016
#> SRR1440898     2  0.0376     0.9196 0.004 0.996
#> SRR1347459     2  0.9248     0.5605 0.340 0.660
#> SRR1081209     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1400202     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1333395     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1309248     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR809161      1  0.3431     0.9253 0.936 0.064
#> SRR1316320     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1432629     2  0.0672     0.9195 0.008 0.992
#> SRR1498931     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1416578     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1405547     1  0.2778     0.9394 0.952 0.048
#> SRR1470534     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1380764     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1309160     1  0.2778     0.9394 0.952 0.048
#> SRR663489      1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1500450     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1078489     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1332648     1  0.1184     0.9649 0.984 0.016
#> SRR660614      2  0.2043     0.9131 0.032 0.968
#> SRR1470420     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1475566     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1481419     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1464766     1  0.0672     0.9681 0.992 0.008
#> SRR615946      1  0.0938     0.9667 0.988 0.012
#> SRR1446481     2  0.3584     0.8859 0.068 0.932
#> SRR1467656     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1402962     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR660224      2  0.9977     0.2051 0.472 0.528
#> SRR665586      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1347166     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1485722     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1415316     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR613390      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR661108      1  0.3114     0.9325 0.944 0.056
#> SRR2170173     1  0.1633     0.9577 0.976 0.024
#> SRR817329      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1401990     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1467745     1  0.9922     0.1003 0.552 0.448
#> SRR1471795     2  0.1633     0.9151 0.024 0.976
#> SRR1415637     2  0.0376     0.9200 0.004 0.996
#> SRR813137      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1314873     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1401211     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1419692     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR818797      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR2164608     1  0.0938     0.9650 0.988 0.012
#> SRR1455586     2  0.3584     0.9004 0.068 0.932
#> SRR819459      2  0.9491     0.5004 0.368 0.632
#> SRR1488939     2  0.0376     0.9196 0.004 0.996
#> SRR1433232     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1385501     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1361652     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1437119     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1478547     1  0.4022     0.9098 0.920 0.080
#> SRR1430910     1  0.4815     0.8841 0.896 0.104
#> SRR1310584     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1500216     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1486762     2  0.2778     0.9091 0.048 0.952
#> SRR1480854     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1489394     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1418085     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1340221     1  0.0672     0.9682 0.992 0.008
#> SRR1473058     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1405165     1  0.2603     0.9426 0.956 0.044
#> SRR1433004     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1471477     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1098567     2  0.2043     0.9131 0.032 0.968
#> SRR1098712     1  0.2043     0.9563 0.968 0.032
#> SRR1455038     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1375248     2  0.1843     0.9140 0.028 0.972
#> SRR1403005     1  0.3274     0.9289 0.940 0.060
#> SRR1348378     2  0.4431     0.8850 0.092 0.908
#> SRR1413541     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1392943     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1475192     2  1.0000     0.1158 0.496 0.504
#> SRR1432085     2  0.3733     0.8952 0.072 0.928
#> SRR1452468     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1347060     1  0.9909     0.1224 0.556 0.444
#> SRR1414139     2  0.8813     0.6360 0.300 0.700
#> SRR1447962     2  0.4161     0.8911 0.084 0.916
#> SRR1444324     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1415004     1  0.0938     0.9666 0.988 0.012
#> SRR1413436     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1311266     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1343302     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1373746     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1429678     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1469413     2  0.4815     0.8764 0.104 0.896
#> SRR1405331     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1345609     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1380208     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1322840     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1399797     1  1.0000    -0.0941 0.504 0.496
#> SRR1416654     1  0.3114     0.9325 0.944 0.056
#> SRR1315081     2  0.4161     0.8911 0.084 0.916
#> SRR1369196     1  0.6247     0.8092 0.844 0.156
#> SRR1400847     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1365291     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1367920     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1366648     2  0.9954     0.2460 0.460 0.540
#> SRR1441679     2  0.0000     0.9204 0.000 1.000
#> SRR1082173     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1363968     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR814387      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR657599      1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1386689     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1395575     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1453811     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000
#> SRR1441159     1  0.0376     0.9694 0.996 0.004
#> SRR1403154     1  0.1843     0.9588 0.972 0.028
#> SRR1468722     1  0.2603     0.9426 0.956 0.044
#> SRR1310275     1  0.0000     0.9704 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR1474533     1  0.6291    0.27340 0.532 0.000 0.468
#> SRR1331708     1  0.2625    0.81375 0.916 0.000 0.084
#> SRR1464258     3  0.6274    0.00128 0.456 0.000 0.544
#> SRR1454201     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR661589      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456229     3  0.0237    0.95031 0.004 0.000 0.996
#> SRR1315165     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1488960     1  0.6309    0.22328 0.500 0.000 0.500
#> SRR1417809     1  0.5859    0.59130 0.656 0.000 0.344
#> SRR1094457     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1095575     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315931     1  0.5678    0.62383 0.684 0.000 0.316
#> SRR1430066     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1431037     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1395554     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR818002      1  0.4974    0.56535 0.764 0.236 0.000
#> SRR1344143     1  0.3213    0.80859 0.900 0.008 0.092
#> SRR1486845     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362866     1  0.6154    0.47805 0.592 0.000 0.408
#> SRR1490740     3  0.6045    0.24664 0.380 0.000 0.620
#> SRR1446627     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1416248     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1383907     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1311018     1  0.0237    0.83704 0.996 0.000 0.004
#> SRR1375699     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429846     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR613550      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348402     1  0.6295    0.31438 0.528 0.000 0.472
#> SRR1345146     3  0.0892    0.93704 0.020 0.000 0.980
#> SRR1324025     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318879     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR820755      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485830     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR599313      1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR612263      3  0.3941    0.76657 0.156 0.000 0.844
#> SRR1415398     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326205     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1421327     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1083311     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499303     1  0.4002    0.77761 0.840 0.000 0.160
#> SRR1079522     1  0.6062    0.52388 0.616 0.000 0.384
#> SRR1452935     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1379495     1  0.4121    0.77257 0.832 0.000 0.168
#> SRR1470459     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR661361      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR615778      1  0.6154    0.47818 0.592 0.000 0.408
#> SRR1447564     1  0.6204    0.44214 0.576 0.000 0.424
#> SRR1455195     3  0.6045    0.24400 0.380 0.000 0.620
#> SRR655182      3  0.5591    0.46838 0.304 0.000 0.696
#> SRR1335140     1  0.5882    0.58514 0.652 0.000 0.348
#> SRR1433555     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308650     2  0.3816    0.82136 0.148 0.852 0.000
#> SRR1388354     1  0.6126    0.49417 0.600 0.000 0.400
#> SRR1317446     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413602     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1479955     2  0.0237    0.93990 0.000 0.996 0.004
#> SRR809853      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR661313      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499935     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1447303     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1429408     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433950     1  0.6062    0.52545 0.616 0.000 0.384
#> SRR1362081     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1435229     3  0.0592    0.94410 0.012 0.000 0.988
#> SRR1085996     3  0.0424    0.94734 0.008 0.000 0.992
#> SRR1414229     1  0.6357    0.53297 0.684 0.020 0.296
#> SRR1400974     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1399971     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR613927      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1457854     3  0.5431    0.51800 0.284 0.000 0.716
#> SRR1473714     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR813776      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR808196      1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1101085     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR614395      3  0.5016    0.61293 0.240 0.000 0.760
#> SRR1478251     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1370551     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.0424    0.83660 0.992 0.000 0.008
#> SRR665310      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1420109     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1330920     3  0.5058    0.60562 0.244 0.000 0.756
#> SRR1419539     1  0.5763    0.58288 0.716 0.008 0.276
#> SRR1359447     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347259     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR613915      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1384395     2  0.0237    0.94014 0.000 0.996 0.004
#> SRR821715      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1478228     1  0.5291    0.69096 0.732 0.000 0.268
#> SRR1445637     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR608150      1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1096383     3  0.0592    0.94406 0.012 0.000 0.988
#> SRR1341480     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1341344     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1326270     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1498838     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416313     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR808566      1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1430270     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1367825     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR613533      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR661267      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR810665      2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.2796    0.85458 0.092 0.000 0.908
#> SRR1420067     1  0.6140    0.48556 0.596 0.000 0.404
#> SRR1473632     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR812536      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1370850     1  0.6629    0.55721 0.624 0.016 0.360
#> SRR1486195     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1407671     1  0.6126    0.49348 0.600 0.000 0.400
#> SRR1446375     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1465230     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR614119      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1356101     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1404209     3  0.0424    0.94734 0.008 0.000 0.992
#> SRR1392676     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR665538      3  0.2959    0.84756 0.100 0.000 0.900
#> SRR660510      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1445655     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR658953      3  0.2625    0.86679 0.084 0.000 0.916
#> SRR2166459     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1070713     1  0.4654    0.61280 0.792 0.208 0.000
#> SRR1485312     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317631     1  0.4931    0.72779 0.768 0.000 0.232
#> SRR1488610     1  0.4178    0.77273 0.828 0.000 0.172
#> SRR1330588     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316367     1  0.4750    0.74186 0.784 0.000 0.216
#> SRR1433926     1  0.0592    0.83505 0.988 0.000 0.012
#> SRR1091302     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR818263      3  0.3551    0.80443 0.132 0.000 0.868
#> SRR1404909     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR663076      1  0.3192    0.80294 0.888 0.000 0.112
#> SRR1323577     2  0.4654    0.75332 0.208 0.792 0.000
#> SRR1442422     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465893     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR654862      3  0.0237    0.95029 0.004 0.000 0.996
#> SRR1407112     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332969     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353199     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1378885     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR665357      2  0.0237    0.93999 0.000 0.996 0.004
#> SRR662186      2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1347819     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1480813     2  0.3752    0.82586 0.144 0.856 0.000
#> SRR1472576     1  0.4504    0.75707 0.804 0.000 0.196
#> SRR1431781     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452270     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500472     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1417632     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1350153     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1326579     1  0.5988    0.55328 0.632 0.000 0.368
#> SRR1349363     2  0.0592    0.93431 0.000 0.988 0.012
#> SRR1096712     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1090407     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1083752     1  0.3038    0.74953 0.896 0.104 0.000
#> SRR1377599     1  0.3116    0.80394 0.892 0.000 0.108
#> SRR1488449     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1318354     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1359062     3  0.1964    0.89936 0.000 0.056 0.944
#> SRR1398924     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR663783      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1319204     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1369070     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR615659      3  0.1753    0.90899 0.048 0.000 0.952
#> SRR1337449     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1316982     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498595     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377423     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1312310     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.0747    0.83360 0.984 0.000 0.016
#> SRR1338426     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1353309     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR658941      1  0.4346    0.69895 0.816 0.000 0.184
#> SRR1101643     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1401468     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1368874     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1324085     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1363858     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR819820      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337342     1  0.6204    0.44261 0.576 0.000 0.424
#> SRR655206      1  0.6204    0.44233 0.576 0.000 0.424
#> SRR1387013     1  0.4555    0.62570 0.800 0.200 0.000
#> SRR1317410     1  0.0237    0.83704 0.996 0.000 0.004
#> SRR608198      1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1440161     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415379     1  0.0747    0.83528 0.984 0.000 0.016
#> SRR1099622     2  0.3116    0.85947 0.108 0.892 0.000
#> SRR663197      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394836     1  0.3551    0.79371 0.868 0.000 0.132
#> SRR661699      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR813680      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410678     1  0.5650    0.63752 0.688 0.000 0.312
#> SRR1378109     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1499174     3  0.4062    0.77310 0.164 0.000 0.836
#> SRR1311486     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1382851     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1433410     1  0.0892    0.83451 0.980 0.000 0.020
#> SRR661167      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1432518     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR660462      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1374608     1  0.6062    0.52492 0.616 0.000 0.384
#> SRR657949      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1308882     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR655768      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1485870     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1444138     3  0.1031    0.93146 0.024 0.000 0.976
#> SRR1417342     1  0.4750    0.74313 0.784 0.000 0.216
#> SRR1470193     1  0.5178    0.70391 0.744 0.000 0.256
#> SRR1091380     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099096     1  0.2625    0.81408 0.916 0.000 0.084
#> SRR1313583     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467102     2  0.3340    0.83797 0.000 0.880 0.120
#> SRR1485416     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR818821      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR809963      3  0.0592    0.94406 0.012 0.000 0.988
#> SRR1072247     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1353710     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1445259     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1408393     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361522     1  0.6026    0.53889 0.624 0.000 0.376
#> SRR1368597     1  0.6095    0.50966 0.608 0.000 0.392
#> SRR1309680     2  0.6648    0.38766 0.016 0.620 0.364
#> SRR1310542     3  0.0747    0.94021 0.000 0.016 0.984
#> SRR1333485     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1406437     1  0.6154    0.47787 0.592 0.000 0.408
#> SRR1354931     3  0.6095    0.30900 0.392 0.000 0.608
#> SRR1391856     1  0.3412    0.79339 0.876 0.000 0.124
#> SRR1446738     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1309032     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1388145     2  0.5591    0.54588 0.000 0.696 0.304
#> SRR1432611     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR815869      3  0.0592    0.94330 0.000 0.012 0.988
#> SRR613150      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375329     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1387921     1  0.5785    0.60939 0.668 0.000 0.332
#> SRR1466792     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1360695     3  0.0424    0.94734 0.008 0.000 0.992
#> SRR812943      1  0.6286    0.33754 0.536 0.000 0.464
#> SRR1400910     3  0.8649    0.40124 0.232 0.172 0.596
#> SRR1444203     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR816177      1  0.2625    0.81369 0.916 0.000 0.084
#> SRR658754      3  0.0892    0.93652 0.000 0.020 0.980
#> SRR1429603     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1397366     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1446028     1  0.5905    0.57968 0.648 0.000 0.352
#> SRR1083918     1  0.5760    0.37419 0.672 0.328 0.000
#> SRR1337606     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR659109      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1337192     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR656946      1  0.0747    0.83522 0.984 0.000 0.016
#> SRR1476102     1  0.4842    0.73505 0.776 0.000 0.224
#> SRR1476447     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1342067     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1385389     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1075971     3  0.1411    0.92131 0.036 0.000 0.964
#> SRR614419      1  0.6225    0.42356 0.568 0.000 0.432
#> SRR1322936     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1349121     1  0.5431    0.66433 0.716 0.000 0.284
#> SRR1430549     1  0.1163    0.83234 0.972 0.000 0.028
#> SRR612935      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR661481      2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1393596     1  0.0747    0.83526 0.984 0.000 0.016
#> SRR1452164     1  0.6299    0.30218 0.524 0.000 0.476
#> SRR1070503     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1499894     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082883     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468271     1  0.6244    0.40558 0.560 0.000 0.440
#> SRR1332443     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR810295      2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR662103      3  0.5926    0.32074 0.356 0.000 0.644
#> SRR1328620     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1396294     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1419917     3  0.4974    0.62436 0.236 0.000 0.764
#> SRR662114      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1489199     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR813584      1  0.0237    0.83500 0.996 0.004 0.000
#> SRR1069638     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR614864      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433392     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1377777     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR2167710     3  0.0592    0.94409 0.012 0.000 0.988
#> SRR1401252     1  0.3038    0.80512 0.896 0.000 0.104
#> SRR1309963     1  0.0237    0.83720 0.996 0.000 0.004
#> SRR1338031     3  0.0237    0.95031 0.004 0.000 0.996
#> SRR1418628     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486889     1  0.5363    0.68213 0.724 0.000 0.276
#> SRR1380393     1  0.5431    0.67190 0.716 0.000 0.284
#> SRR1319731     1  0.5016    0.71938 0.760 0.000 0.240
#> SRR1356468     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1337010     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486538     1  0.3816    0.78413 0.852 0.000 0.148
#> SRR1340486     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1377696     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1465459     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1080270     3  0.0592    0.94344 0.000 0.012 0.988
#> SRR1312501     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1093148     3  0.4452    0.70727 0.192 0.000 0.808
#> SRR1467080     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1410866     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR816475      1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379198     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR613342      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1452246     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1369129     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1396616     3  0.3192    0.83089 0.112 0.000 0.888
#> SRR813824      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1082376     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500891     1  0.3482    0.79406 0.872 0.000 0.128
#> SRR807543      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1091572     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1346689     1  0.0237    0.83720 0.996 0.000 0.004
#> SRR1332424     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR663729      1  0.0892    0.83437 0.980 0.000 0.020
#> SRR1097013     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR613675      1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485357     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR655816      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500113     1  0.4931    0.72806 0.768 0.000 0.232
#> SRR1437622     1  0.2165    0.82083 0.936 0.000 0.064
#> SRR1355172     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR655531      3  0.6079    0.21567 0.388 0.000 0.612
#> SRR1338147     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1413329     3  0.0424    0.94734 0.008 0.000 0.992
#> SRR1485931     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.5650    0.63804 0.688 0.000 0.312
#> SRR1333308     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1452033     1  0.0892    0.83447 0.980 0.000 0.020
#> SRR1467316     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR809018      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1375351     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR663440      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471755     1  0.4887    0.57883 0.772 0.228 0.000
#> SRR808019      3  0.0237    0.95029 0.004 0.000 0.996
#> SRR1479133     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR615069      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1456185     2  0.5363    0.66051 0.276 0.724 0.000
#> SRR1350069     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR816316      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR664795      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1490721     1  0.0424    0.83660 0.992 0.000 0.008
#> SRR810643      1  0.6111    0.50293 0.604 0.000 0.396
#> SRR1430333     3  0.0892    0.93702 0.020 0.000 0.980
#> SRR1085285     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1099072     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1317985     3  0.6095    0.19885 0.392 0.000 0.608
#> SRR1487340     1  0.6308    0.25053 0.508 0.000 0.492
#> SRR1420276     2  0.3116    0.85877 0.000 0.892 0.108
#> SRR1351347     3  0.1529    0.91465 0.040 0.000 0.960
#> SRR1405525     1  0.6215    0.43317 0.572 0.000 0.428
#> SRR1370329     1  0.6168    0.46944 0.588 0.000 0.412
#> SRR1465001     1  0.4062    0.77704 0.836 0.000 0.164
#> SRR1476525     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR819610      1  0.5363    0.68202 0.724 0.000 0.276
#> SRR2157314     3  0.0592    0.94409 0.012 0.000 0.988
#> SRR1409465     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR809987      1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR613639      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1402285     1  0.1163    0.83232 0.972 0.000 0.028
#> SRR1077038     1  0.0892    0.83193 0.980 0.000 0.020
#> SRR1405660     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1095455     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1394734     1  0.1163    0.81859 0.972 0.028 0.000
#> SRR1317771     1  0.6252    0.39278 0.556 0.000 0.444
#> SRR1365894     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1073581     1  0.6062    0.52397 0.616 0.000 0.384
#> SRR659804      1  0.5678    0.63244 0.684 0.000 0.316
#> SRR1345914     3  0.6204    0.26066 0.000 0.424 0.576
#> SRR1432186     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1473529     2  0.5325    0.65375 0.004 0.748 0.248
#> SRR660764      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR820448      3  0.0237    0.95031 0.004 0.000 0.996
#> SRR1328845     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1336415     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1379065     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1459190     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1346773     1  0.5058    0.71669 0.756 0.000 0.244
#> SRR1499521     1  0.0237    0.83704 0.996 0.000 0.004
#> SRR1440898     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.0237    0.94998 0.000 0.004 0.996
#> SRR1081209     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.4121    0.77508 0.832 0.000 0.168
#> SRR1333395     1  0.6079    0.51652 0.612 0.000 0.388
#> SRR1309248     1  0.1753    0.82645 0.952 0.000 0.048
#> SRR809161      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1316320     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1432629     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1498931     1  0.5397    0.67750 0.720 0.000 0.280
#> SRR1416578     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405547     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1470534     1  0.1753    0.82640 0.952 0.000 0.048
#> SRR1380764     1  0.1411    0.83043 0.964 0.000 0.036
#> SRR1309160     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR663489      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1500450     3  0.6295   -0.12779 0.472 0.000 0.528
#> SRR1078489     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1332648     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR660614      2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1470420     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1477949     1  0.6215    0.43296 0.572 0.000 0.428
#> SRR1481419     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.4062    0.72233 0.836 0.000 0.164
#> SRR615946      3  0.3267    0.82468 0.116 0.000 0.884
#> SRR1446481     2  0.6045    0.48148 0.380 0.620 0.000
#> SRR1467656     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1402962     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR660224      3  0.0592    0.94443 0.000 0.012 0.988
#> SRR665586      3  0.1289    0.92553 0.032 0.000 0.968
#> SRR1347166     1  0.6225    0.42343 0.568 0.000 0.432
#> SRR1485722     3  0.3816    0.78275 0.148 0.000 0.852
#> SRR1415316     1  0.5968    0.55942 0.636 0.000 0.364
#> SRR613390      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR661108      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR2170173     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR817329      3  0.0424    0.94734 0.008 0.000 0.992
#> SRR1401990     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1467745     1  0.1529    0.80948 0.960 0.040 0.000
#> SRR1471795     2  0.0424    0.93733 0.008 0.992 0.000
#> SRR1415637     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR813137      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1314873     1  0.6168    0.46922 0.588 0.000 0.412
#> SRR1401211     1  0.5760    0.61315 0.672 0.000 0.328
#> SRR1419692     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR818797      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR2164608     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1455586     2  0.2711    0.87074 0.000 0.912 0.088
#> SRR819459      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1488939     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1433232     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1385501     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1361652     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1437119     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1478547     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1430910     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310584     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1500216     1  0.0237    0.83724 0.996 0.000 0.004
#> SRR1486762     2  0.5529    0.60037 0.000 0.704 0.296
#> SRR1480854     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1489394     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1418085     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1340221     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1473058     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1405165     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1433004     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1471477     1  0.5560    0.65314 0.700 0.000 0.300
#> SRR1098567     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1098712     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1455038     3  0.0237    0.95031 0.004 0.000 0.996
#> SRR1375248     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1403005     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1348378     2  0.4062    0.78472 0.000 0.836 0.164
#> SRR1413541     1  0.6295    0.31411 0.528 0.000 0.472
#> SRR1392943     1  0.4452    0.76055 0.808 0.000 0.192
#> SRR1475192     2  0.9601    0.25771 0.392 0.408 0.200
#> SRR1432085     2  0.3551    0.82432 0.000 0.868 0.132
#> SRR1452468     3  0.6168    0.12294 0.412 0.000 0.588
#> SRR1347060     3  0.0237    0.94998 0.000 0.004 0.996
#> SRR1414139     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1447962     2  0.4235    0.76893 0.000 0.824 0.176
#> SRR1444324     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1413436     1  0.6140    0.48589 0.596 0.000 0.404
#> SRR1311266     1  0.4842    0.73096 0.776 0.000 0.224
#> SRR1343302     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1373746     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1429678     1  0.4974    0.72434 0.764 0.000 0.236
#> SRR1469413     2  0.5254    0.62704 0.000 0.736 0.264
#> SRR1405331     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1345609     1  0.4452    0.76060 0.808 0.000 0.192
#> SRR1380208     1  0.5968    0.55933 0.636 0.000 0.364
#> SRR1322840     1  0.1964    0.82366 0.944 0.000 0.056
#> SRR1399797     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1416654     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1315081     3  0.1289    0.92553 0.000 0.032 0.968
#> SRR1369196     3  0.0237    0.94998 0.000 0.004 0.996
#> SRR1400847     1  0.0237    0.83704 0.996 0.000 0.004
#> SRR1365291     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1367920     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1366648     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441679     2  0.0000    0.94253 0.000 1.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1363968     1  0.0237    0.83704 0.996 0.000 0.004
#> SRR814387      1  0.5678    0.63197 0.684 0.000 0.316
#> SRR657599      3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1386689     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1395575     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1453811     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1441159     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1403154     1  0.0000    0.83754 1.000 0.000 0.000
#> SRR1468722     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000
#> SRR1310275     3  0.0000    0.95303 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR1474533     1  0.5055    0.39812 0.624 0.000 0.368 0.008
#> SRR1331708     4  0.4250    0.61119 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR1464258     1  0.6068    0.07638 0.508 0.000 0.448 0.044
#> SRR1454201     3  0.3837    0.80726 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR661589      3  0.0592    0.83872 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1456229     3  0.3913    0.83323 0.028 0.000 0.824 0.148
#> SRR1315165     1  0.1474    0.74632 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1488960     4  0.2281    0.59785 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1417809     4  0.3726    0.63798 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1094457     1  0.4817    0.21347 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR1095575     3  0.4134    0.78648 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1315931     1  0.4542    0.57206 0.752 0.000 0.228 0.020
#> SRR1430066     3  0.1716    0.81892 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1431037     3  0.2101    0.81033 0.012 0.000 0.928 0.060
#> SRR1395554     3  0.1557    0.81727 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR818002      2  0.7651    0.11660 0.320 0.452 0.000 0.228
#> SRR1344143     4  0.4692    0.54894 0.032 0.212 0.000 0.756
#> SRR1486845     1  0.4103    0.53537 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR1362866     4  0.5496    0.44687 0.064 0.000 0.232 0.704
#> SRR1490740     3  0.5744    0.76770 0.108 0.000 0.708 0.184
#> SRR1446627     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1456138     2  0.0707    0.88713 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1416248     1  0.0817    0.75463 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1383907     4  0.4866    0.46553 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR1311018     1  0.1182    0.75086 0.968 0.000 0.016 0.016
#> SRR1375699     1  0.0817    0.75375 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1429846     3  0.1398    0.83589 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR613550      3  0.3610    0.82257 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1348402     4  0.4011    0.47185 0.008 0.000 0.208 0.784
#> SRR1345146     4  0.4761   -0.02379 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR1324025     3  0.1824    0.81397 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR1318879     3  0.4985    0.48309 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR820755      3  0.3610    0.82210 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR1485830     1  0.1474    0.74698 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR599313      1  0.1722    0.74020 0.944 0.000 0.048 0.008
#> SRR612263      3  0.4988    0.75145 0.020 0.000 0.692 0.288
#> SRR1415398     3  0.2589    0.84449 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR1326205     4  0.4730    0.52509 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR1421327     4  0.4933    0.40101 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR1083311     3  0.2149    0.82567 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1499303     4  0.3942    0.63136 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR1079522     4  0.2413    0.63237 0.064 0.000 0.020 0.916
#> SRR1452935     3  0.3172    0.83429 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1379495     1  0.2542    0.71900 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR1470459     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.1824    0.81666 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR615778      4  0.5042    0.60353 0.136 0.000 0.096 0.768
#> SRR1447564     4  0.2271    0.60727 0.008 0.000 0.076 0.916
#> SRR1455195     3  0.4898    0.80968 0.072 0.000 0.772 0.156
#> SRR655182      3  0.4916    0.56506 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR1335140     4  0.4035    0.57614 0.020 0.176 0.000 0.804
#> SRR1433555     3  0.1867    0.84578 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1308650     2  0.5703    0.68834 0.220 0.716 0.024 0.040
#> SRR1388354     4  0.2048    0.61137 0.008 0.000 0.064 0.928
#> SRR1317446     3  0.1716    0.82142 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1413602     3  0.1792    0.84493 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1479955     2  0.1716    0.85255 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR809853      3  0.3831    0.81783 0.004 0.000 0.792 0.204
#> SRR661313      3  0.1474    0.81940 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1499935     1  0.3873    0.58437 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1447303     3  0.2081    0.84555 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR1429408     1  0.2704    0.70183 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR1433950     1  0.6951    0.28936 0.544 0.000 0.132 0.324
#> SRR1362081     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1409854     3  0.3123    0.83569 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1435229     3  0.4323    0.82335 0.028 0.000 0.788 0.184
#> SRR1085996     3  0.3498    0.83396 0.008 0.000 0.832 0.160
#> SRR1414229     1  0.6457    0.31538 0.548 0.004 0.384 0.064
#> SRR1400974     3  0.1716    0.82142 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1399971     1  0.0657    0.75227 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR613927      3  0.3688    0.81843 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR1457854     3  0.4675    0.79132 0.020 0.000 0.736 0.244
#> SRR1473714     1  0.3764    0.64218 0.816 0.000 0.172 0.012
#> SRR813776      3  0.3764    0.81366 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR808196      1  0.4746    0.27677 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR1101085     1  0.3074    0.68059 0.848 0.000 0.000 0.152
#> SRR614395      3  0.6079    0.43134 0.048 0.000 0.544 0.408
#> SRR1478251     1  0.2647    0.70618 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1370551     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.1022    0.75428 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR665310      3  0.4564    0.71822 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1420109     3  0.2412    0.84474 0.008 0.000 0.908 0.084
#> SRR1330920     3  0.4903    0.76915 0.028 0.000 0.724 0.248
#> SRR1419539     1  0.6480    0.33857 0.564 0.008 0.368 0.060
#> SRR1359447     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.4761    0.51488 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR613915      3  0.4304    0.76455 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1384395     3  0.8263   -0.12918 0.116 0.372 0.452 0.060
#> SRR821715      3  0.3266    0.83372 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR1478228     1  0.2142    0.73602 0.928 0.000 0.056 0.016
#> SRR1445637     3  0.3539    0.82997 0.004 0.000 0.820 0.176
#> SRR608150      1  0.1022    0.75145 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1096383     3  0.4182    0.71780 0.180 0.000 0.796 0.024
#> SRR1341480     4  0.4996    0.25585 0.484 0.000 0.000 0.516
#> SRR1341344     1  0.1389    0.74715 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1326270     3  0.1890    0.81480 0.008 0.000 0.936 0.056
#> SRR1498838     3  0.1867    0.82285 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1416313     3  0.1557    0.81924 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR808566      1  0.2868    0.69843 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1430270     1  0.4985   -0.09973 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR1367825     3  0.1716    0.81601 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR613533      3  0.1978    0.84443 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR661267      3  0.2704    0.84375 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR810665      2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     3  0.4153    0.76374 0.132 0.000 0.820 0.048
#> SRR1420067     1  0.5867    0.48964 0.688 0.000 0.216 0.096
#> SRR1473632     1  0.4266    0.65432 0.828 0.004 0.068 0.100
#> SRR812536      3  0.4996    0.42358 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR1370850     4  0.4290    0.54653 0.016 0.212 0.000 0.772
#> SRR1486195     2  0.0804    0.88821 0.000 0.980 0.008 0.012
#> SRR1407671     4  0.3441    0.58779 0.004 0.152 0.004 0.840
#> SRR1446375     3  0.4679    0.69133 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1465230     1  0.3907    0.57480 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR614119      3  0.2662    0.84459 0.016 0.000 0.900 0.084
#> SRR1356101     2  0.4181    0.77521 0.000 0.820 0.128 0.052
#> SRR1404209     3  0.3498    0.83441 0.008 0.000 0.832 0.160
#> SRR1392676     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR665538      4  0.5386    0.14383 0.024 0.000 0.344 0.632
#> SRR660510      3  0.1022    0.84087 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1445655     4  0.4713    0.53589 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR658953      4  0.2149    0.60050 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR2166459     3  0.4907    0.58510 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR1070713     1  0.7017    0.43546 0.608 0.212 0.008 0.172
#> SRR1485312     3  0.1792    0.82003 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1317631     4  0.4072    0.62598 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1488610     1  0.3300    0.70238 0.848 0.000 0.008 0.144
#> SRR1330588     3  0.1716    0.81601 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1316367     1  0.6723    0.40298 0.616 0.000 0.196 0.188
#> SRR1433926     1  0.4553    0.61083 0.780 0.000 0.180 0.040
#> SRR1091302     1  0.2011    0.73224 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR818263      3  0.4888    0.67406 0.224 0.000 0.740 0.036
#> SRR1404909     4  0.4776    0.50730 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR663076      1  0.2814    0.70618 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR1323577     2  0.5035    0.68966 0.196 0.748 0.000 0.056
#> SRR1442422     1  0.4999   -0.19987 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR1465893     1  0.0469    0.75446 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR654862      3  0.3818    0.83459 0.048 0.000 0.844 0.108
#> SRR1407112     1  0.1211    0.74954 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1332969     3  0.1637    0.82326 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1353199     3  0.3356    0.83195 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1378885     3  0.1576    0.84276 0.004 0.000 0.948 0.048
#> SRR665357      2  0.2704    0.79444 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR662186      2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.1474    0.82656 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1347819     3  0.1743    0.81591 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1480813     2  0.3569    0.74561 0.196 0.804 0.000 0.000
#> SRR1472576     4  0.3764    0.63725 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR1431781     1  0.4804    0.22087 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1452270     3  0.4431    0.68863 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR1500472     3  0.4477    0.73873 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1417632     4  0.4981    0.31880 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR1350153     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.1557    0.81924 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1326579     1  0.5152    0.45202 0.664 0.000 0.020 0.316
#> SRR1349363     2  0.4955    0.20878 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1096712     3  0.1716    0.81892 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1090407     3  0.1940    0.84570 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1083752     1  0.7322    0.30669 0.532 0.224 0.000 0.244
#> SRR1377599     4  0.4585    0.56676 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1488449     3  0.4382    0.74991 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1318354     3  0.3606    0.83752 0.000 0.020 0.840 0.140
#> SRR1359062     3  0.2695    0.80193 0.008 0.024 0.912 0.056
#> SRR1398924     3  0.4585    0.71103 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR663783      3  0.3172    0.83549 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1319204     3  0.4706    0.80154 0.000 0.028 0.748 0.224
#> SRR1369070     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR615659      3  0.4123    0.80841 0.008 0.000 0.772 0.220
#> SRR1337449     2  0.0188    0.89597 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1316982     2  0.5883    0.72850 0.048 0.740 0.160 0.052
#> SRR1498595     4  0.4399    0.63285 0.224 0.016 0.000 0.760
#> SRR1377423     3  0.3649    0.81940 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1312310     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.3047    0.69272 0.872 0.000 0.116 0.012
#> SRR1338426     3  0.3172    0.83738 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR1353309     3  0.1118    0.84258 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR658941      1  0.5986    0.43668 0.620 0.000 0.320 0.060
#> SRR1101643     1  0.1022    0.75397 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1401468     1  0.1890    0.73563 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1368874     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1324085     1  0.1792    0.73884 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1363858     1  0.1209    0.74707 0.964 0.000 0.032 0.004
#> SRR819820      3  0.3219    0.83415 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1337342     3  0.7172    0.26947 0.376 0.000 0.484 0.140
#> SRR655206      4  0.4130    0.63588 0.108 0.000 0.064 0.828
#> SRR1387013     1  0.5557    0.45953 0.652 0.308 0.000 0.040
#> SRR1317410     1  0.1174    0.74981 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR608198      1  0.0921    0.75304 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1440161     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415379     4  0.4431    0.59185 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR1099622     2  0.7812    0.59366 0.184 0.592 0.168 0.056
#> SRR663197      3  0.1557    0.82234 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1394836     4  0.7307    0.05363 0.376 0.000 0.156 0.468
#> SRR661699      4  0.2408    0.59592 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR813680      3  0.2593    0.84631 0.004 0.000 0.892 0.104
#> SRR1410678     1  0.3873    0.59811 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR1378109     4  0.4961    0.37055 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR1499174     3  0.6320    0.67931 0.204 0.000 0.656 0.140
#> SRR1311486     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1382851     1  0.4804    0.21890 0.616 0.000 0.000 0.384
#> SRR1433410     1  0.0895    0.75483 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR661167      3  0.2345    0.84510 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1432518     3  0.3219    0.83451 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR660462      3  0.4134    0.78386 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR1374608     4  0.4040    0.62745 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR657949      4  0.5000   -0.41404 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1308882     4  0.4624    0.55706 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR655768      3  0.3764    0.81182 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR1485870     1  0.4941    0.01783 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR1444138     3  0.4586    0.81974 0.068 0.000 0.796 0.136
#> SRR1417342     4  0.3726    0.63866 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR1470193     4  0.4040    0.62764 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR1091380     3  0.1743    0.84364 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR1099096     1  0.0592    0.75458 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1313583     1  0.4304    0.48411 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR1467102     2  0.7159    0.44721 0.020 0.540 0.352 0.088
#> SRR1485416     4  0.4564    0.56945 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR818821      3  0.3649    0.81989 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR809963      4  0.4522    0.19231 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1072247     1  0.0188    0.75355 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1353710     1  0.4222    0.49884 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR1445259     3  0.3356    0.82887 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR1408393     3  0.4746    0.66785 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1361522     1  0.6350    0.45913 0.636 0.000 0.112 0.252
#> SRR1368597     1  0.5453    0.23155 0.592 0.000 0.020 0.388
#> SRR1309680     4  0.4267    0.53488 0.004 0.216 0.008 0.772
#> SRR1310542     3  0.2300    0.81622 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR1333485     4  0.4543    0.57366 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR1406437     4  0.5366    0.59903 0.276 0.000 0.040 0.684
#> SRR1354931     3  0.6305    0.07913 0.424 0.000 0.516 0.060
#> SRR1391856     1  0.6118    0.54080 0.672 0.000 0.208 0.120
#> SRR1446738     1  0.3400    0.66951 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1309032     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     4  0.4955    0.34068 0.000 0.344 0.008 0.648
#> SRR1432611     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.2915    0.81931 0.000 0.028 0.892 0.080
#> SRR613150      3  0.2345    0.82316 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1375329     3  0.4222    0.77568 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR1387921     1  0.3942    0.62250 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1466792     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     3  0.3972    0.81752 0.008 0.000 0.788 0.204
#> SRR812943      4  0.4103    0.36020 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1400910     4  0.7387   -0.12085 0.004 0.144 0.384 0.468
#> SRR1444203     4  0.4877    0.45314 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR816177      4  0.4713    0.53496 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR658754      3  0.2553    0.80424 0.016 0.008 0.916 0.060
#> SRR1429603     4  0.4843    0.48086 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR1397366     3  0.1940    0.84582 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR1446028     4  0.3688    0.63369 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1083918     1  0.6637    0.39727 0.572 0.324 0.000 0.104
#> SRR1337606     1  0.0817    0.75344 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR659109      3  0.1902    0.81473 0.004 0.000 0.932 0.064
#> SRR1337192     1  0.1211    0.75037 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR656946      1  0.4967    0.00233 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1476102     4  0.4477    0.58855 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1476447     1  0.1022    0.75397 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1342067     4  0.4955    0.37182 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR1385389     1  0.4331    0.47103 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR1075971     3  0.4290    0.82636 0.036 0.000 0.800 0.164
#> SRR614419      4  0.1978    0.60887 0.004 0.000 0.068 0.928
#> SRR1322936     1  0.0592    0.75438 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1349121     1  0.4086    0.58824 0.776 0.000 0.216 0.008
#> SRR1430549     1  0.1833    0.74341 0.944 0.000 0.024 0.032
#> SRR612935      3  0.4679    0.69102 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR661481      2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.0376    0.89428 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR1393596     4  0.4222    0.61382 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR1452164     3  0.6953    0.29750 0.112 0.000 0.476 0.412
#> SRR1070503     3  0.0779    0.83791 0.004 0.000 0.980 0.016
#> SRR1499894     3  0.2216    0.82457 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR1082883     1  0.0707    0.75374 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1468271     1  0.6587    0.32468 0.576 0.000 0.324 0.100
#> SRR1332443     1  0.3486    0.64200 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR810295      2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR662103      4  0.3356    0.51633 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR1328620     3  0.3219    0.83480 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1396294     1  0.0921    0.75446 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1419917     3  0.4992    0.46190 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR662114      3  0.1716    0.84598 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1489199     3  0.3224    0.84124 0.016 0.000 0.864 0.120
#> SRR813584      4  0.5487    0.45518 0.400 0.020 0.000 0.580
#> SRR1069638     1  0.5464    0.53662 0.708 0.000 0.228 0.064
#> SRR614864      3  0.1209    0.84061 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1433392     3  0.2924    0.84321 0.016 0.000 0.884 0.100
#> SRR1377777     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR2167710     4  0.2281    0.59763 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR1401252     4  0.4072    0.62445 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR1309963     4  0.4761    0.51871 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR1338031     3  0.3975    0.79748 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR1418628     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     4  0.4898    0.42781 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1380393     1  0.1545    0.74581 0.952 0.000 0.040 0.008
#> SRR1319731     1  0.1970    0.73719 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1356468     1  0.2647    0.70944 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR1337010     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.0336    0.75248 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1486538     4  0.3688    0.63865 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR1340486     1  0.1302    0.74831 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1377696     4  0.6534    0.53552 0.220 0.148 0.000 0.632
#> SRR1465459     3  0.2345    0.84510 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR1080270     3  0.2553    0.80424 0.016 0.008 0.916 0.060
#> SRR1312501     3  0.1398    0.84303 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1093148     3  0.5247    0.72861 0.100 0.000 0.752 0.148
#> SRR1467080     3  0.2714    0.82144 0.000 0.004 0.884 0.112
#> SRR1410866     2  0.0336    0.89383 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR816475      1  0.3764    0.60897 0.784 0.000 0.000 0.216
#> SRR1379198     1  0.4134    0.53189 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR613342      3  0.2469    0.84423 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR1452246     2  0.2868    0.80773 0.136 0.864 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1369129     4  0.4999    0.23117 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1396616     3  0.4685    0.69133 0.156 0.000 0.784 0.060
#> SRR813824      3  0.0336    0.83665 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1082376     3  0.3157    0.83754 0.004 0.000 0.852 0.144
#> SRR1500891     4  0.3837    0.63540 0.224 0.000 0.000 0.776
#> SRR807543      3  0.2271    0.84455 0.008 0.000 0.916 0.076
#> SRR1091572     1  0.0524    0.75208 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1346689     4  0.4564    0.56901 0.328 0.000 0.000 0.672
#> SRR1332424     1  0.1388    0.74801 0.960 0.000 0.028 0.012
#> SRR663729      4  0.4477    0.58416 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR1097013     3  0.3708    0.83534 0.020 0.000 0.832 0.148
#> SRR613675      1  0.0188    0.75329 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1485357     1  0.2345    0.72019 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR655816      4  0.4817   -0.04810 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR1500113     1  0.4285    0.65527 0.820 0.000 0.104 0.076
#> SRR1437622     4  0.4356    0.60287 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR1355172     3  0.2125    0.84560 0.004 0.000 0.920 0.076
#> SRR655531      4  0.2466    0.59956 0.004 0.000 0.096 0.900
#> SRR1338147     3  0.2443    0.80460 0.024 0.000 0.916 0.060
#> SRR1413329     4  0.4477    0.21663 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR1485931     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1420873     1  0.4819    0.35600 0.652 0.000 0.004 0.344
#> SRR1333308     1  0.4761    0.26570 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1452033     1  0.3479    0.66670 0.840 0.000 0.148 0.012
#> SRR1467316     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR809018      3  0.1867    0.82285 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1375351     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.4304    0.75968 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1471755     1  0.2334    0.71694 0.908 0.088 0.000 0.004
#> SRR808019      3  0.3164    0.82542 0.064 0.000 0.884 0.052
#> SRR1479133     3  0.2868    0.84150 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR615069      3  0.3355    0.83749 0.000 0.004 0.836 0.160
#> SRR1456185     2  0.4364    0.69742 0.220 0.764 0.000 0.016
#> SRR1350069     1  0.1211    0.74954 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR816316      3  0.3219    0.83328 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR664795      4  0.5000   -0.40713 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR1490721     4  0.4843    0.47504 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR810643      1  0.6422    0.38503 0.616 0.000 0.280 0.104
#> SRR1430333     4  0.3751    0.48584 0.004 0.000 0.196 0.800
#> SRR1085285     3  0.2647    0.84445 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR1099072     3  0.3024    0.83963 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR1317985     3  0.4949    0.80762 0.060 0.000 0.760 0.180
#> SRR1487340     3  0.5848    0.58844 0.040 0.000 0.584 0.376
#> SRR1420276     3  0.5573    0.45635 0.000 0.272 0.676 0.052
#> SRR1351347     3  0.3820    0.75929 0.088 0.000 0.848 0.064
#> SRR1405525     4  0.3208    0.55867 0.004 0.000 0.148 0.848
#> SRR1370329     1  0.7192    0.10691 0.472 0.000 0.140 0.388
#> SRR1465001     1  0.0817    0.75548 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1476525     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR819610      4  0.4250    0.61309 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR2157314     4  0.2408    0.59337 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR1409465     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR809987      1  0.1211    0.74954 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR613639      3  0.3123    0.83770 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR1402285     4  0.4697    0.53699 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR1077038     1  0.3271    0.67876 0.856 0.000 0.132 0.012
#> SRR1405660     3  0.1637    0.82326 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1095455     3  0.3726    0.81445 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR1394734     4  0.6698    0.41861 0.372 0.096 0.000 0.532
#> SRR1317771     4  0.4070    0.63704 0.132 0.000 0.044 0.824
#> SRR1365894     1  0.1389    0.74730 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1073581     1  0.5697    0.45671 0.664 0.000 0.280 0.056
#> SRR659804      1  0.6187    0.44304 0.672 0.000 0.144 0.184
#> SRR1345914     4  0.4538    0.52425 0.000 0.216 0.024 0.760
#> SRR1432186     2  0.0336    0.89474 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1473529     4  0.4499    0.51785 0.004 0.228 0.012 0.756
#> SRR660764      3  0.4655    0.73366 0.000 0.004 0.684 0.312
#> SRR820448      3  0.4356    0.75886 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1328845     1  0.2530    0.71088 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1336415     1  0.3400    0.64707 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR1379065     4  0.4898    0.43739 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1459190     3  0.4250    0.77175 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR1346773     1  0.5058    0.58638 0.768 0.000 0.128 0.104
#> SRR1499521     1  0.1890    0.73549 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1440898     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.1743    0.81578 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR1081209     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1400202     1  0.3726    0.62538 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR1333395     4  0.2704    0.64264 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR1309248     4  0.4040    0.62668 0.248 0.000 0.000 0.752
#> SRR809161      3  0.4564    0.71800 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR1316320     4  0.5003    0.58192 0.308 0.016 0.000 0.676
#> SRR1432629     2  0.3569    0.70965 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1498931     1  0.2593    0.71987 0.904 0.000 0.080 0.016
#> SRR1416578     4  0.4898    0.43773 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR1405547     3  0.1716    0.81892 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1470534     4  0.4605    0.56141 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR1380764     1  0.0707    0.75482 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR1309160     3  0.2469    0.84541 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR663489      3  0.3873    0.74826 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR1500450     4  0.2799    0.59624 0.008 0.000 0.108 0.884
#> SRR1078489     1  0.0927    0.75034 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1332648     4  0.4955    0.37272 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR660614      2  0.3402    0.75591 0.000 0.832 0.164 0.004
#> SRR1470420     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.0817    0.75463 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1477949     4  0.3828    0.62113 0.084 0.000 0.068 0.848
#> SRR1481419     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1464766     1  0.4212    0.60088 0.772 0.000 0.216 0.012
#> SRR615946      3  0.4673    0.70214 0.140 0.004 0.796 0.060
#> SRR1446481     2  0.5336    0.12733 0.492 0.500 0.004 0.004
#> SRR1467656     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1402962     3  0.3400    0.82898 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR660224      4  0.3550    0.59793 0.000 0.096 0.044 0.860
#> SRR665586      4  0.3975    0.38973 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR1347166     4  0.3301    0.62882 0.076 0.000 0.048 0.876
#> SRR1485722     3  0.4379    0.69183 0.172 0.000 0.792 0.036
#> SRR1415316     4  0.2918    0.64028 0.116 0.000 0.008 0.876
#> SRR613390      3  0.3688    0.81622 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR661108      3  0.1716    0.82142 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR2170173     4  0.3688    0.45313 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR817329      3  0.4585    0.71563 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR1401990     1  0.4776    0.24358 0.624 0.000 0.000 0.376
#> SRR1467745     1  0.2751    0.70647 0.904 0.000 0.040 0.056
#> SRR1471795     2  0.3401    0.75710 0.008 0.840 0.000 0.152
#> SRR1415637     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR813137      3  0.4164    0.78398 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR1314873     4  0.2480    0.63805 0.088 0.000 0.008 0.904
#> SRR1401211     1  0.3707    0.67238 0.840 0.000 0.132 0.028
#> SRR1419692     1  0.0336    0.75325 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR818797      3  0.1389    0.84400 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR2164608     4  0.4624    0.11768 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR1455586     3  0.6381    0.24823 0.008 0.340 0.592 0.060
#> SRR819459      3  0.2198    0.81733 0.000 0.008 0.920 0.072
#> SRR1488939     2  0.4511    0.57555 0.008 0.724 0.000 0.268
#> SRR1433232     2  0.0188    0.89649 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1385501     3  0.3528    0.82447 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR1361652     4  0.3764    0.43284 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR1437119     1  0.0779    0.75431 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR1478547     3  0.1637    0.82041 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1430910     3  0.3219    0.83249 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR1310584     1  0.0188    0.75355 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1500216     1  0.1938    0.73745 0.936 0.000 0.052 0.012
#> SRR1486762     3  0.6322    0.54473 0.052 0.188 0.704 0.056
#> SRR1480854     1  0.4761    0.26576 0.628 0.000 0.000 0.372
#> SRR1489394     4  0.4817    0.48997 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR1418085     1  0.3942    0.56794 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR1340221     4  0.4992    0.28272 0.476 0.000 0.000 0.524
#> SRR1473058     1  0.1557    0.74468 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1405165     3  0.1867    0.82285 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1433004     3  0.3649    0.81830 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR1471477     1  0.3885    0.70839 0.844 0.000 0.064 0.092
#> SRR1098567     2  0.2216    0.83265 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR1098712     1  0.0336    0.75248 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1455038     3  0.3708    0.83514 0.020 0.000 0.832 0.148
#> SRR1375248     2  0.3453    0.81487 0.000 0.868 0.080 0.052
#> SRR1403005     3  0.3311    0.83223 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR1348378     2  0.3831    0.71598 0.000 0.792 0.204 0.004
#> SRR1413541     3  0.5168    0.41518 0.004 0.000 0.504 0.492
#> SRR1392943     4  0.4941    0.39387 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR1475192     1  0.6404    0.31048 0.548 0.004 0.388 0.060
#> SRR1432085     2  0.7332    0.25494 0.044 0.472 0.428 0.056
#> SRR1452468     4  0.4933   -0.23270 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR1347060     3  0.1824    0.81397 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR1414139     3  0.3539    0.80430 0.000 0.004 0.820 0.176
#> SRR1447962     2  0.6437    0.63477 0.000 0.648 0.168 0.184
#> SRR1444324     2  0.0188    0.89597 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1415004     1  0.0592    0.75421 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1413436     4  0.4149    0.64178 0.168 0.000 0.028 0.804
#> SRR1311266     1  0.5349    0.43072 0.640 0.000 0.336 0.024
#> SRR1343302     1  0.3569    0.62669 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR1373746     1  0.0804    0.75180 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR1429678     1  0.1118    0.75528 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR1469413     2  0.7363    0.39141 0.000 0.492 0.332 0.176
#> SRR1405331     3  0.2032    0.82771 0.036 0.000 0.936 0.028
#> SRR1345609     4  0.3975    0.63052 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR1380208     4  0.3266    0.64330 0.168 0.000 0.000 0.832
#> SRR1322840     4  0.4331    0.60410 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR1399797     3  0.1637    0.82041 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1416654     3  0.1661    0.81810 0.004 0.000 0.944 0.052
#> SRR1315081     3  0.3071    0.79828 0.000 0.044 0.888 0.068
#> SRR1369196     3  0.2924    0.79504 0.036 0.004 0.900 0.060
#> SRR1400847     1  0.1042    0.75003 0.972 0.000 0.020 0.008
#> SRR1365291     3  0.2704    0.84344 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1367920     4  0.4999    0.23009 0.492 0.000 0.000 0.508
#> SRR1366648     3  0.1792    0.82168 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1441679     2  0.0000    0.89727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     3  0.0804    0.83476 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1363968     1  0.1151    0.74905 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR814387      1  0.3649    0.62571 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR657599      3  0.4382    0.75198 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR1386689     1  0.2868    0.69136 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR1395575     3  0.1792    0.82003 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1453811     3  0.0657    0.83292 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1441159     1  0.1284    0.74903 0.964 0.000 0.024 0.012
#> SRR1403154     1  0.3486    0.63722 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR1468722     3  0.1637    0.83676 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR1310275     3  0.2443    0.80431 0.024 0.000 0.916 0.060

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR1474533     3  0.5447   0.196969 0.356 0.000 0.572 0.072 0.000
#> SRR1331708     4  0.4517   0.668218 0.112 0.008 0.028 0.796 0.056
#> SRR1464258     1  0.5673  -0.116854 0.500 0.000 0.080 0.000 0.420
#> SRR1454201     5  0.2171   0.716839 0.024 0.000 0.064 0.000 0.912
#> SRR661589      3  0.4066   0.535114 0.004 0.000 0.672 0.000 0.324
#> SRR1456229     5  0.4149   0.699382 0.128 0.000 0.088 0.000 0.784
#> SRR1315165     1  0.6244  -0.068520 0.444 0.000 0.144 0.412 0.000
#> SRR1488960     4  0.4760   0.308992 0.000 0.000 0.020 0.564 0.416
#> SRR1417809     4  0.1989   0.700177 0.020 0.000 0.032 0.932 0.016
#> SRR1094457     4  0.4861   0.263842 0.428 0.000 0.024 0.548 0.000
#> SRR1095575     5  0.2464   0.715889 0.012 0.000 0.092 0.004 0.892
#> SRR1315931     1  0.4990   0.187537 0.600 0.000 0.040 0.000 0.360
#> SRR1430066     3  0.2488   0.722413 0.000 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1431037     3  0.3531   0.710382 0.036 0.000 0.816 0.000 0.148
#> SRR1395554     3  0.3841   0.691211 0.032 0.000 0.780 0.000 0.188
#> SRR818002      2  0.6705   0.492764 0.252 0.584 0.032 0.120 0.012
#> SRR1344143     2  0.7534   0.178747 0.024 0.444 0.036 0.356 0.140
#> SRR1486845     1  0.4818  -0.000254 0.520 0.000 0.020 0.460 0.000
#> SRR1362866     5  0.3048   0.660086 0.036 0.000 0.024 0.060 0.880
#> SRR1490740     5  0.3535   0.679506 0.164 0.000 0.028 0.000 0.808
#> SRR1446627     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.3678   0.821951 0.012 0.856 0.036 0.064 0.032
#> SRR1416248     1  0.2060   0.676562 0.924 0.000 0.008 0.016 0.052
#> SRR1383907     4  0.4402   0.633212 0.204 0.000 0.056 0.740 0.000
#> SRR1311018     1  0.4549   0.050588 0.528 0.000 0.008 0.000 0.464
#> SRR1375699     1  0.2102   0.661676 0.916 0.000 0.012 0.068 0.004
#> SRR1429846     3  0.2956   0.711892 0.012 0.000 0.872 0.020 0.096
#> SRR613550      3  0.5431   0.070381 0.000 0.000 0.516 0.060 0.424
#> SRR1348402     4  0.4968   0.135733 0.000 0.000 0.028 0.516 0.456
#> SRR1345146     5  0.3452   0.601727 0.000 0.000 0.032 0.148 0.820
#> SRR1324025     3  0.3366   0.712405 0.032 0.000 0.828 0.000 0.140
#> SRR1318879     4  0.6706   0.060108 0.000 0.000 0.256 0.416 0.328
#> SRR820755      5  0.4326   0.593510 0.000 0.000 0.264 0.028 0.708
#> SRR1485830     1  0.3163   0.603902 0.824 0.000 0.012 0.164 0.000
#> SRR599313      1  0.2843   0.670532 0.876 0.000 0.076 0.000 0.048
#> SRR612263      5  0.2610   0.719444 0.028 0.000 0.076 0.004 0.892
#> SRR1415398     5  0.4747   0.025522 0.000 0.000 0.488 0.016 0.496
#> SRR1326205     4  0.4858   0.627985 0.184 0.000 0.032 0.740 0.044
#> SRR1421327     4  0.4394   0.620958 0.220 0.000 0.048 0.732 0.000
#> SRR1083311     3  0.3239   0.712927 0.000 0.004 0.828 0.012 0.156
#> SRR1499303     4  0.2086   0.696243 0.028 0.000 0.016 0.928 0.028
#> SRR1079522     4  0.4203   0.635333 0.008 0.012 0.032 0.792 0.156
#> SRR1452935     5  0.3241   0.704728 0.024 0.000 0.144 0.000 0.832
#> SRR1379495     1  0.4497   0.274132 0.632 0.000 0.016 0.000 0.352
#> SRR1470459     2  0.0609   0.891609 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.4252   0.604616 0.020 0.000 0.700 0.000 0.280
#> SRR615778      4  0.6288   0.542502 0.112 0.000 0.048 0.628 0.212
#> SRR1447564     5  0.4440   0.524331 0.020 0.000 0.028 0.200 0.752
#> SRR1455195     5  0.4571   0.675411 0.188 0.000 0.076 0.000 0.736
#> SRR655182      5  0.2270   0.686263 0.052 0.000 0.020 0.012 0.916
#> SRR1335140     4  0.4226   0.652447 0.000 0.096 0.028 0.808 0.068
#> SRR1433555     5  0.4264   0.414672 0.000 0.000 0.376 0.004 0.620
#> SRR1308650     2  0.4931   0.747752 0.104 0.752 0.120 0.024 0.000
#> SRR1388354     5  0.4584   0.512486 0.020 0.000 0.032 0.208 0.740
#> SRR1317446     3  0.3074   0.694735 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1413602     3  0.3804   0.705069 0.000 0.000 0.796 0.044 0.160
#> SRR1479955     2  0.4017   0.793653 0.000 0.824 0.032 0.084 0.060
#> SRR809853      5  0.2300   0.713829 0.052 0.000 0.040 0.000 0.908
#> SRR661313      3  0.4639   0.428978 0.020 0.000 0.612 0.000 0.368
#> SRR1499935     1  0.4885   0.197493 0.572 0.000 0.028 0.400 0.000
#> SRR1447303     5  0.3779   0.645573 0.012 0.000 0.236 0.000 0.752
#> SRR1429408     4  0.6308   0.231339 0.388 0.000 0.156 0.456 0.000
#> SRR1433950     5  0.3659   0.595432 0.220 0.000 0.012 0.000 0.768
#> SRR1362081     2  0.0404   0.894109 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1409854     5  0.3573   0.699805 0.036 0.000 0.152 0.000 0.812
#> SRR1435229     5  0.2953   0.672765 0.144 0.000 0.012 0.000 0.844
#> SRR1085996     5  0.3702   0.709289 0.096 0.000 0.084 0.000 0.820
#> SRR1414229     1  0.4748   0.528991 0.728 0.000 0.100 0.000 0.172
#> SRR1400974     3  0.3010   0.707039 0.000 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR1399971     1  0.3048   0.616948 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> SRR613927      5  0.3999   0.626739 0.000 0.000 0.240 0.020 0.740
#> SRR1457854     5  0.2707   0.701361 0.100 0.000 0.024 0.000 0.876
#> SRR1473714     1  0.4075   0.584834 0.780 0.000 0.060 0.000 0.160
#> SRR813776      5  0.4800   0.559501 0.000 0.000 0.272 0.052 0.676
#> SRR808196      4  0.4747   0.079071 0.488 0.000 0.016 0.496 0.000
#> SRR1101085     1  0.3618   0.578754 0.788 0.000 0.012 0.196 0.004
#> SRR614395      4  0.6803   0.306371 0.016 0.000 0.196 0.492 0.296
#> SRR1478251     1  0.4193   0.429522 0.684 0.000 0.012 0.304 0.000
#> SRR1370551     2  0.0404   0.894109 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.2707   0.673305 0.888 0.000 0.008 0.024 0.080
#> SRR665310      5  0.5446   0.530571 0.000 0.000 0.176 0.164 0.660
#> SRR1420109     5  0.4487   0.691812 0.104 0.000 0.140 0.000 0.756
#> SRR1330920     5  0.5182   0.662171 0.032 0.000 0.184 0.064 0.720
#> SRR1419539     3  0.3608   0.593322 0.064 0.000 0.824 0.112 0.000
#> SRR1359447     2  0.0510   0.893289 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1347259     4  0.3182   0.683642 0.124 0.000 0.032 0.844 0.000
#> SRR613915      5  0.6817  -0.030180 0.000 0.000 0.344 0.308 0.348
#> SRR1384395     3  0.4234   0.654461 0.088 0.088 0.804 0.000 0.020
#> SRR821715      5  0.4138   0.587703 0.000 0.000 0.276 0.016 0.708
#> SRR1478228     5  0.4648   0.170312 0.464 0.000 0.012 0.000 0.524
#> SRR1445637     5  0.3759   0.706790 0.056 0.000 0.136 0.000 0.808
#> SRR608150      1  0.4021   0.569080 0.764 0.000 0.036 0.200 0.000
#> SRR1096383     3  0.6750   0.217457 0.280 0.000 0.480 0.008 0.232
#> SRR1341480     4  0.4592   0.476575 0.332 0.000 0.024 0.644 0.000
#> SRR1341344     1  0.3812   0.569579 0.772 0.000 0.024 0.204 0.000
#> SRR1326270     3  0.5139   0.493192 0.060 0.000 0.624 0.000 0.316
#> SRR1498838     3  0.3366   0.682260 0.000 0.000 0.784 0.004 0.212
#> SRR1416313     3  0.3527   0.694998 0.016 0.000 0.792 0.000 0.192
#> SRR808566      4  0.6375   0.380482 0.316 0.000 0.188 0.496 0.000
#> SRR1430270     1  0.5047   0.262530 0.588 0.000 0.016 0.380 0.016
#> SRR1367825     3  0.2351   0.721323 0.016 0.000 0.896 0.000 0.088
#> SRR613533      5  0.4496   0.658531 0.056 0.000 0.216 0.000 0.728
#> SRR661267      3  0.4971  -0.005165 0.000 0.000 0.512 0.028 0.460
#> SRR810665      2  0.0290   0.894615 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.5651   0.599179 0.248 0.000 0.132 0.000 0.620
#> SRR1420067     1  0.5166  -0.007601 0.528 0.000 0.032 0.004 0.436
#> SRR1473632     5  0.5768   0.187102 0.412 0.012 0.036 0.012 0.528
#> SRR812536      4  0.5559   0.318674 0.000 0.000 0.344 0.572 0.084
#> SRR1370850     4  0.2729   0.696880 0.008 0.020 0.056 0.900 0.016
#> SRR1486195     2  0.4402   0.451259 0.000 0.636 0.352 0.012 0.000
#> SRR1407671     4  0.4220   0.648256 0.000 0.056 0.032 0.808 0.104
#> SRR1446375     5  0.1405   0.683266 0.008 0.000 0.016 0.020 0.956
#> SRR1465230     1  0.4574   0.176959 0.576 0.000 0.012 0.412 0.000
#> SRR614119      5  0.5450   0.614019 0.124 0.000 0.228 0.000 0.648
#> SRR1356101     3  0.4434   0.085883 0.004 0.460 0.536 0.000 0.000
#> SRR1404209     5  0.4482   0.688597 0.088 0.000 0.160 0.000 0.752
#> SRR1392676     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR665538      4  0.4096   0.653295 0.000 0.000 0.144 0.784 0.072
#> SRR660510      3  0.3519   0.679593 0.000 0.000 0.776 0.008 0.216
#> SRR1445655     4  0.3410   0.690465 0.092 0.000 0.068 0.840 0.000
#> SRR658953      4  0.3555   0.646920 0.000 0.000 0.052 0.824 0.124
#> SRR2166459     5  0.4457   0.603749 0.000 0.000 0.092 0.152 0.756
#> SRR1070713     3  0.6377  -0.062711 0.124 0.016 0.532 0.328 0.000
#> SRR1485312     3  0.2036   0.713670 0.000 0.000 0.920 0.024 0.056
#> SRR1317631     4  0.2409   0.700050 0.032 0.000 0.068 0.900 0.000
#> SRR1488610     1  0.5101   0.397479 0.628 0.000 0.032 0.012 0.328
#> SRR1330588     3  0.3602   0.699517 0.024 0.000 0.796 0.000 0.180
#> SRR1316367     5  0.4104   0.587298 0.220 0.000 0.032 0.000 0.748
#> SRR1433926     1  0.4650  -0.046944 0.520 0.000 0.012 0.000 0.468
#> SRR1091302     1  0.5803  -0.007647 0.488 0.000 0.092 0.420 0.000
#> SRR818263      5  0.6241   0.484021 0.324 0.000 0.164 0.000 0.512
#> SRR1404909     4  0.3851   0.663417 0.164 0.004 0.036 0.796 0.000
#> SRR663076      1  0.3218   0.642466 0.856 0.000 0.016 0.108 0.020
#> SRR1323577     2  0.5540   0.685320 0.048 0.712 0.144 0.096 0.000
#> SRR1442422     4  0.4413   0.610927 0.232 0.000 0.044 0.724 0.000
#> SRR1465893     1  0.1461   0.676183 0.952 0.000 0.004 0.016 0.028
#> SRR654862      5  0.5290   0.652426 0.184 0.000 0.140 0.000 0.676
#> SRR1407112     1  0.4021   0.560583 0.764 0.000 0.036 0.200 0.000
#> SRR1332969     3  0.3001   0.718417 0.004 0.000 0.844 0.008 0.144
#> SRR1353199     5  0.4218   0.498578 0.000 0.000 0.332 0.008 0.660
#> SRR1378885     5  0.5119   0.433481 0.048 0.000 0.360 0.000 0.592
#> SRR665357      2  0.2344   0.825205 0.000 0.904 0.032 0.000 0.064
#> SRR662186      2  0.0290   0.894615 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1501020     3  0.3209   0.702533 0.000 0.000 0.812 0.008 0.180
#> SRR1347819     3  0.4276   0.630725 0.028 0.000 0.716 0.000 0.256
#> SRR1480813     2  0.4128   0.700714 0.220 0.752 0.020 0.008 0.000
#> SRR1472576     4  0.4725   0.644174 0.056 0.008 0.036 0.784 0.116
#> SRR1431781     4  0.5223   0.597586 0.220 0.000 0.108 0.672 0.000
#> SRR1452270     3  0.4594   0.465755 0.000 0.000 0.680 0.284 0.036
#> SRR1500472     5  0.1901   0.695642 0.004 0.000 0.040 0.024 0.932
#> SRR1417632     1  0.7314   0.048547 0.440 0.012 0.036 0.372 0.140
#> SRR1350153     2  0.0510   0.893518 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1458113     3  0.4323   0.495035 0.012 0.000 0.656 0.000 0.332
#> SRR1326579     5  0.5262  -0.071059 0.460 0.000 0.020 0.016 0.504
#> SRR1349363     2  0.5943   0.677069 0.012 0.692 0.036 0.116 0.144
#> SRR1096712     3  0.1818   0.710811 0.000 0.000 0.932 0.024 0.044
#> SRR1090407     3  0.4549   0.105518 0.000 0.000 0.528 0.008 0.464
#> SRR1083752     4  0.8054   0.341679 0.196 0.248 0.132 0.424 0.000
#> SRR1377599     4  0.5586   0.592150 0.208 0.008 0.032 0.692 0.060
#> SRR1488449     3  0.6680   0.259506 0.000 0.000 0.428 0.320 0.252
#> SRR1318354     5  0.3401   0.704735 0.000 0.064 0.096 0.000 0.840
#> SRR1359062     3  0.4208   0.643413 0.020 0.004 0.728 0.000 0.248
#> SRR1398924     5  0.2841   0.695465 0.016 0.020 0.056 0.012 0.896
#> SRR663783      5  0.3456   0.675230 0.000 0.000 0.184 0.016 0.800
#> SRR1319204     5  0.3567   0.671974 0.000 0.092 0.068 0.004 0.836
#> SRR1369070     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR615659      5  0.3401   0.710910 0.096 0.000 0.064 0.000 0.840
#> SRR1337449     2  0.1168   0.884685 0.008 0.960 0.032 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.4963   0.268405 0.040 0.352 0.608 0.000 0.000
#> SRR1498595     4  0.4625   0.655702 0.036 0.032 0.036 0.804 0.092
#> SRR1377423     5  0.3779   0.657993 0.000 0.000 0.200 0.024 0.776
#> SRR1312310     2  0.0404   0.894109 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.4087   0.548813 0.756 0.000 0.036 0.000 0.208
#> SRR1338426     3  0.4313   0.658211 0.000 0.000 0.732 0.040 0.228
#> SRR1353309     3  0.4192   0.316484 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR658941      3  0.4217   0.479086 0.280 0.000 0.704 0.012 0.004
#> SRR1101643     1  0.2289   0.673858 0.904 0.000 0.004 0.012 0.080
#> SRR1401468     1  0.1991   0.668813 0.916 0.000 0.076 0.004 0.004
#> SRR1368874     2  0.0290   0.894615 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1324085     1  0.5701   0.274021 0.568 0.000 0.100 0.332 0.000
#> SRR1363858     1  0.2456   0.671612 0.904 0.000 0.064 0.024 0.008
#> SRR819820      5  0.3596   0.654610 0.000 0.000 0.212 0.012 0.776
#> SRR1337342     1  0.7679   0.371911 0.504 0.000 0.176 0.176 0.144
#> SRR655206      4  0.3579   0.632819 0.000 0.000 0.240 0.756 0.004
#> SRR1387013     2  0.7831  -0.101927 0.364 0.372 0.096 0.168 0.000
#> SRR1317410     1  0.3662   0.512774 0.744 0.000 0.004 0.000 0.252
#> SRR608198      1  0.1788   0.667580 0.932 0.000 0.004 0.056 0.008
#> SRR1440161     2  0.0404   0.894109 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1343741     2  0.0162   0.894546 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1381288     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1415379     4  0.2069   0.695685 0.076 0.000 0.000 0.912 0.012
#> SRR1099622     3  0.4433   0.585489 0.044 0.084 0.800 0.072 0.000
#> SRR663197      3  0.3430   0.675638 0.004 0.000 0.776 0.000 0.220
#> SRR1394836     3  0.4080   0.432901 0.020 0.000 0.728 0.252 0.000
#> SRR661699      4  0.4298   0.635497 0.000 0.000 0.184 0.756 0.060
#> SRR813680      5  0.5026   0.431315 0.040 0.000 0.372 0.000 0.588
#> SRR1410678     1  0.3944   0.579136 0.764 0.000 0.004 0.212 0.020
#> SRR1378109     4  0.4119   0.631443 0.212 0.000 0.036 0.752 0.000
#> SRR1499174     5  0.4350   0.606536 0.268 0.000 0.028 0.000 0.704
#> SRR1311486     2  0.0833   0.893137 0.004 0.976 0.016 0.004 0.000
#> SRR1382851     4  0.5844   0.536477 0.244 0.000 0.156 0.600 0.000
#> SRR1433410     1  0.3113   0.670587 0.864 0.000 0.020 0.016 0.100
#> SRR661167      5  0.3969   0.557982 0.000 0.000 0.304 0.004 0.692
#> SRR1432518     5  0.3821   0.648461 0.000 0.000 0.216 0.020 0.764
#> SRR660462      5  0.5658   0.356691 0.000 0.000 0.332 0.096 0.572
#> SRR1374608     4  0.3489   0.681615 0.036 0.000 0.144 0.820 0.000
#> SRR657949      4  0.6200   0.292751 0.000 0.000 0.180 0.540 0.280
#> SRR1308882     4  0.2911   0.678426 0.136 0.000 0.008 0.852 0.004
#> SRR655768      5  0.2423   0.717784 0.024 0.000 0.080 0.000 0.896
#> SRR1485870     4  0.5144   0.507241 0.304 0.000 0.064 0.632 0.000
#> SRR1444138     5  0.3999   0.633258 0.240 0.000 0.020 0.000 0.740
#> SRR1417342     4  0.2833   0.680773 0.024 0.000 0.020 0.888 0.068
#> SRR1470193     4  0.2491   0.699304 0.036 0.000 0.068 0.896 0.000
#> SRR1091380     5  0.4136   0.678440 0.048 0.000 0.188 0.000 0.764
#> SRR1099096     1  0.2196   0.678664 0.916 0.000 0.004 0.024 0.056
#> SRR1313583     1  0.4333   0.565238 0.752 0.000 0.020 0.208 0.020
#> SRR1467102     3  0.3674   0.639565 0.024 0.064 0.844 0.068 0.000
#> SRR1485416     4  0.2813   0.696592 0.084 0.000 0.040 0.876 0.000
#> SRR818821      5  0.4029   0.637518 0.000 0.000 0.232 0.024 0.744
#> SRR809963      4  0.4751   0.617519 0.000 0.000 0.152 0.732 0.116
#> SRR1072247     1  0.1644   0.667063 0.940 0.000 0.008 0.048 0.004
#> SRR1353710     4  0.5375   0.474235 0.320 0.000 0.076 0.604 0.000
#> SRR1445259     5  0.2300   0.717587 0.024 0.000 0.072 0.000 0.904
#> SRR1408393     5  0.6147   0.363018 0.000 0.000 0.188 0.256 0.556
#> SRR1361522     5  0.5327   0.251677 0.404 0.000 0.012 0.032 0.552
#> SRR1368597     1  0.6016   0.294289 0.540 0.000 0.020 0.368 0.072
#> SRR1309680     4  0.5566   0.451767 0.000 0.276 0.044 0.644 0.036
#> SRR1310542     3  0.1865   0.708659 0.000 0.024 0.936 0.008 0.032
#> SRR1333485     4  0.1892   0.696709 0.080 0.000 0.004 0.916 0.000
#> SRR1406437     4  0.4114   0.616066 0.016 0.000 0.272 0.712 0.000
#> SRR1354931     3  0.4528   0.598636 0.212 0.000 0.728 0.000 0.060
#> SRR1391856     3  0.4270   0.472434 0.048 0.000 0.748 0.204 0.000
#> SRR1446738     3  0.6323  -0.092480 0.192 0.000 0.516 0.292 0.000
#> SRR1309032     2  0.0404   0.894109 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1388145     4  0.4741   0.644352 0.000 0.096 0.160 0.740 0.004
#> SRR1432611     2  0.0404   0.894109 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.4086   0.646522 0.000 0.024 0.736 0.000 0.240
#> SRR613150      3  0.2438   0.699136 0.000 0.000 0.900 0.060 0.040
#> SRR1375329     5  0.2005   0.707808 0.004 0.000 0.056 0.016 0.924
#> SRR1387921     1  0.5254   0.136665 0.516 0.000 0.016 0.020 0.448
#> SRR1466792     2  0.0404   0.894109 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1360478     2  0.0290   0.894615 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1360695     5  0.3535   0.714161 0.080 0.000 0.088 0.000 0.832
#> SRR812943      5  0.3807   0.620357 0.040 0.008 0.028 0.080 0.844
#> SRR1400910     5  0.6488   0.384576 0.008 0.280 0.096 0.032 0.584
#> SRR1444203     4  0.3815   0.622659 0.220 0.000 0.012 0.764 0.004
#> SRR816177      4  0.4237   0.669510 0.076 0.000 0.152 0.772 0.000
#> SRR658754      3  0.3282   0.712103 0.044 0.012 0.860 0.000 0.084
#> SRR1429603     4  0.4179   0.665277 0.152 0.000 0.072 0.776 0.000
#> SRR1397366     5  0.4446   0.100762 0.004 0.000 0.476 0.000 0.520
#> SRR1446028     1  0.7223   0.216481 0.372 0.000 0.020 0.256 0.352
#> SRR1083918     4  0.8561   0.152605 0.224 0.212 0.280 0.284 0.000
#> SRR1337606     1  0.5382   0.481982 0.660 0.000 0.128 0.212 0.000
#> SRR659109      3  0.3236   0.713272 0.020 0.000 0.828 0.000 0.152
#> SRR1337192     1  0.2753   0.625701 0.856 0.000 0.008 0.136 0.000
#> SRR656946      1  0.6243   0.511412 0.628 0.000 0.032 0.172 0.168
#> SRR1476102     4  0.4121   0.637582 0.208 0.000 0.024 0.760 0.008
#> SRR1476447     1  0.2339   0.676366 0.912 0.000 0.008 0.028 0.052
#> SRR1342067     4  0.4521   0.503505 0.316 0.000 0.012 0.664 0.008
#> SRR1385389     4  0.4978   0.135583 0.476 0.000 0.028 0.496 0.000
#> SRR1075971     5  0.4025   0.698132 0.132 0.000 0.076 0.000 0.792
#> SRR614419      4  0.3732   0.629774 0.000 0.000 0.032 0.792 0.176
#> SRR1322936     1  0.2270   0.657629 0.904 0.000 0.020 0.076 0.000
#> SRR1349121     1  0.4397   0.640518 0.784 0.000 0.088 0.012 0.116
#> SRR1430549     5  0.4527   0.301426 0.392 0.000 0.012 0.000 0.596
#> SRR612935      5  0.3225   0.665724 0.000 0.028 0.048 0.052 0.872
#> SRR661481      2  0.0451   0.894665 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1354117     2  0.1043   0.880596 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1393596     4  0.1915   0.701821 0.040 0.000 0.032 0.928 0.000
#> SRR1452164     5  0.4819   0.656590 0.100 0.000 0.044 0.084 0.772
#> SRR1070503     5  0.5351   0.093607 0.052 0.000 0.464 0.000 0.484
#> SRR1499894     3  0.2763   0.716099 0.000 0.000 0.848 0.004 0.148
#> SRR1082883     1  0.4558   0.561811 0.740 0.000 0.080 0.180 0.000
#> SRR1468271     1  0.5125   0.546047 0.712 0.000 0.068 0.020 0.200
#> SRR1332443     1  0.3700   0.539973 0.752 0.000 0.008 0.240 0.000
#> SRR810295      2  0.0290   0.894615 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR662103      4  0.4746   0.084555 0.000 0.000 0.016 0.504 0.480
#> SRR1328620     5  0.2605   0.699233 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1396294     4  0.6767   0.243894 0.272 0.000 0.348 0.380 0.000
#> SRR1419917     5  0.2067   0.674749 0.028 0.000 0.012 0.032 0.928
#> SRR662114      3  0.4276   0.391246 0.000 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR1489199     5  0.4751   0.682058 0.116 0.000 0.152 0.000 0.732
#> SRR813584      4  0.4469   0.661754 0.148 0.000 0.096 0.756 0.000
#> SRR1069638     1  0.2932   0.657563 0.864 0.000 0.032 0.000 0.104
#> SRR614864      5  0.4638   0.518685 0.028 0.000 0.324 0.000 0.648
#> SRR1433392     5  0.5253   0.645048 0.124 0.000 0.200 0.000 0.676
#> SRR1377777     2  0.1403   0.875825 0.000 0.952 0.024 0.024 0.000
#> SRR2167710     4  0.4065   0.612077 0.000 0.000 0.048 0.772 0.180
#> SRR1401252     4  0.1651   0.701456 0.036 0.000 0.012 0.944 0.008
#> SRR1309963     4  0.3064   0.690365 0.108 0.000 0.036 0.856 0.000
#> SRR1338031     5  0.2171   0.716798 0.024 0.000 0.064 0.000 0.912
#> SRR1418628     2  0.0290   0.894615 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1486889     4  0.3888   0.679120 0.076 0.000 0.120 0.804 0.000
#> SRR1380393     1  0.4392   0.277005 0.612 0.000 0.008 0.000 0.380
#> SRR1319731     1  0.4497   0.125204 0.568 0.000 0.008 0.000 0.424
#> SRR1356468     1  0.3461   0.549837 0.772 0.000 0.004 0.224 0.000
#> SRR1337010     2  0.0510   0.892996 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1486520     1  0.1710   0.676292 0.944 0.000 0.024 0.020 0.012
#> SRR1486538     4  0.3989   0.656630 0.040 0.000 0.032 0.820 0.108
#> SRR1340486     1  0.4254   0.536204 0.740 0.000 0.040 0.220 0.000
#> SRR1377696     4  0.8824   0.033727 0.140 0.324 0.036 0.340 0.160
#> SRR1465459     5  0.4161   0.594246 0.016 0.000 0.280 0.000 0.704
#> SRR1080270     3  0.3340   0.711644 0.044 0.008 0.852 0.000 0.096
#> SRR1312501     5  0.5159   0.345934 0.044 0.000 0.400 0.000 0.556
#> SRR1093148     3  0.3193   0.641372 0.032 0.000 0.852 0.112 0.004
#> SRR1467080     3  0.3616   0.712995 0.000 0.004 0.828 0.052 0.116
#> SRR1410866     2  0.1211   0.884611 0.024 0.960 0.016 0.000 0.000
#> SRR816475      4  0.6084   0.521041 0.220 0.000 0.208 0.572 0.000
#> SRR1379198     1  0.4402   0.339052 0.636 0.000 0.012 0.352 0.000
#> SRR613342      5  0.3878   0.643298 0.016 0.000 0.236 0.000 0.748
#> SRR1452246     2  0.3819   0.701070 0.228 0.756 0.016 0.000 0.000
#> SRR1338836     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1369129     4  0.4415   0.367285 0.388 0.000 0.008 0.604 0.000
#> SRR1396616     3  0.3569   0.684338 0.104 0.000 0.828 0.000 0.068
#> SRR813824      5  0.4435   0.502383 0.016 0.000 0.336 0.000 0.648
#> SRR1082376     5  0.4226   0.696938 0.084 0.000 0.140 0.000 0.776
#> SRR1500891     4  0.4519   0.647087 0.044 0.008 0.036 0.796 0.116
#> SRR807543      5  0.4905   0.644451 0.080 0.000 0.224 0.000 0.696
#> SRR1091572     1  0.1280   0.676120 0.960 0.000 0.024 0.008 0.008
#> SRR1346689     4  0.5119   0.647514 0.136 0.008 0.032 0.752 0.072
#> SRR1332424     1  0.3278   0.635040 0.824 0.000 0.020 0.000 0.156
#> SRR663729      4  0.2206   0.699899 0.068 0.000 0.016 0.912 0.004
#> SRR1097013     5  0.4361   0.697305 0.124 0.000 0.108 0.000 0.768
#> SRR613675      1  0.1597   0.675017 0.948 0.000 0.020 0.024 0.008
#> SRR1485357     1  0.4339   0.438371 0.684 0.000 0.020 0.296 0.000
#> SRR655816      4  0.5110   0.545538 0.000 0.000 0.224 0.680 0.096
#> SRR1500113     5  0.4387   0.436619 0.348 0.000 0.012 0.000 0.640
#> SRR1437622     4  0.2378   0.701070 0.048 0.000 0.048 0.904 0.000
#> SRR1355172     3  0.4830  -0.030887 0.020 0.000 0.492 0.000 0.488
#> SRR655531      4  0.3749   0.656150 0.000 0.000 0.080 0.816 0.104
#> SRR1338147     3  0.3794   0.705094 0.048 0.000 0.800 0.000 0.152
#> SRR1413329     4  0.4444   0.632199 0.000 0.000 0.180 0.748 0.072
#> SRR1485931     2  0.0404   0.890853 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1420873     1  0.5735   0.192542 0.556 0.000 0.040 0.376 0.028
#> SRR1333308     4  0.5028   0.218283 0.444 0.000 0.032 0.524 0.000
#> SRR1452033     1  0.4645   0.439689 0.688 0.000 0.044 0.000 0.268
#> SRR1467316     2  0.2234   0.864057 0.008 0.924 0.036 0.024 0.008
#> SRR809018      3  0.3011   0.716446 0.000 0.000 0.844 0.016 0.140
#> SRR1375351     2  0.0290   0.894615 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR663440      3  0.6349   0.270959 0.000 0.000 0.472 0.360 0.168
#> SRR1471755     1  0.4178   0.586596 0.788 0.156 0.016 0.040 0.000
#> SRR808019      3  0.5309   0.292535 0.060 0.000 0.576 0.000 0.364
#> SRR1479133     5  0.4387   0.463786 0.000 0.000 0.348 0.012 0.640
#> SRR615069      3  0.4672   0.675258 0.000 0.076 0.784 0.048 0.092
#> SRR1456185     2  0.4116   0.757285 0.164 0.792 0.012 0.024 0.008
#> SRR1350069     1  0.5404   0.420590 0.636 0.000 0.100 0.264 0.000
#> SRR816316      5  0.3814   0.708399 0.068 0.000 0.124 0.000 0.808
#> SRR664795      4  0.5646   0.464865 0.000 0.000 0.212 0.632 0.156
#> SRR1490721     4  0.4168   0.652155 0.184 0.000 0.052 0.764 0.000
#> SRR810643      5  0.4229   0.573837 0.276 0.000 0.020 0.000 0.704
#> SRR1430333     4  0.4133   0.642268 0.000 0.000 0.180 0.768 0.052
#> SRR1085285     3  0.4275   0.593802 0.000 0.000 0.696 0.020 0.284
#> SRR1099072     5  0.4390   0.265869 0.000 0.000 0.428 0.004 0.568
#> SRR1317985     5  0.3794   0.690395 0.152 0.000 0.048 0.000 0.800
#> SRR1487340     5  0.3256   0.718808 0.064 0.000 0.060 0.012 0.864
#> SRR1420276     3  0.2555   0.695327 0.004 0.072 0.900 0.008 0.016
#> SRR1351347     3  0.6394  -0.113750 0.168 0.000 0.428 0.000 0.404
#> SRR1405525     5  0.3547   0.609780 0.016 0.008 0.032 0.092 0.852
#> SRR1370329     5  0.3639   0.649907 0.164 0.000 0.008 0.020 0.808
#> SRR1465001     1  0.2570   0.666612 0.880 0.000 0.004 0.008 0.108
#> SRR1476525     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR819610      4  0.3354   0.695416 0.068 0.000 0.088 0.844 0.000
#> SRR2157314     4  0.5295   0.118758 0.000 0.000 0.048 0.488 0.464
#> SRR1409465     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR809987      1  0.3203   0.597475 0.820 0.000 0.012 0.168 0.000
#> SRR613639      5  0.4147   0.535939 0.000 0.000 0.316 0.008 0.676
#> SRR1402285     4  0.3044   0.673921 0.148 0.000 0.008 0.840 0.004
#> SRR1077038     1  0.3641   0.645348 0.820 0.000 0.060 0.000 0.120
#> SRR1405660     3  0.3210   0.685073 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1095455     5  0.1992   0.713319 0.032 0.000 0.044 0.000 0.924
#> SRR1394734     4  0.4531   0.663918 0.144 0.004 0.092 0.760 0.000
#> SRR1317771     4  0.2828   0.686904 0.004 0.000 0.104 0.872 0.020
#> SRR1365894     1  0.4958   0.497054 0.692 0.000 0.084 0.224 0.000
#> SRR1073581     1  0.6392   0.258563 0.512 0.000 0.220 0.268 0.000
#> SRR659804      5  0.3961   0.563135 0.248 0.000 0.016 0.000 0.736
#> SRR1345914     4  0.5855   0.600310 0.000 0.104 0.124 0.696 0.076
#> SRR1432186     2  0.0290   0.892365 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1473529     2  0.7096   0.471923 0.008 0.528 0.032 0.180 0.252
#> SRR660764      5  0.4660   0.649250 0.000 0.028 0.132 0.068 0.772
#> SRR820448      5  0.3247   0.703270 0.008 0.000 0.136 0.016 0.840
#> SRR1328845     1  0.5290   0.363207 0.624 0.000 0.076 0.300 0.000
#> SRR1336415     1  0.4402   0.334587 0.636 0.000 0.012 0.352 0.000
#> SRR1379065     4  0.4241   0.570950 0.264 0.000 0.012 0.716 0.008
#> SRR1459190     5  0.4421   0.635846 0.000 0.000 0.184 0.068 0.748
#> SRR1346773     5  0.4108   0.496940 0.308 0.000 0.008 0.000 0.684
#> SRR1499521     1  0.2095   0.672062 0.920 0.000 0.060 0.008 0.012
#> SRR1440898     2  0.0324   0.894681 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1347459     3  0.4252   0.605505 0.020 0.000 0.700 0.000 0.280
#> SRR1081209     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1400202     1  0.4209   0.652523 0.800 0.000 0.016 0.116 0.068
#> SRR1333395     4  0.1701   0.687177 0.000 0.000 0.016 0.936 0.048
#> SRR1309248     4  0.4985   0.647699 0.072 0.012 0.036 0.772 0.108
#> SRR809161      5  0.5478   0.530106 0.000 0.000 0.180 0.164 0.656
#> SRR1316320     4  0.5442   0.647403 0.084 0.108 0.028 0.748 0.032
#> SRR1432629     2  0.3183   0.759609 0.000 0.828 0.016 0.156 0.000
#> SRR1498931     5  0.4533   0.218434 0.448 0.000 0.008 0.000 0.544
#> SRR1416578     4  0.4790   0.526568 0.292 0.000 0.020 0.672 0.016
#> SRR1405547     3  0.1943   0.714800 0.000 0.000 0.924 0.020 0.056
#> SRR1470534     4  0.2464   0.695156 0.092 0.000 0.012 0.892 0.004
#> SRR1380764     1  0.2221   0.678760 0.912 0.000 0.000 0.036 0.052
#> SRR1309160     3  0.4491   0.505974 0.000 0.000 0.652 0.020 0.328
#> SRR663489      3  0.4901   0.517027 0.000 0.000 0.672 0.268 0.060
#> SRR1500450     4  0.3921   0.629887 0.000 0.000 0.044 0.784 0.172
#> SRR1078489     1  0.3670   0.646359 0.832 0.000 0.100 0.060 0.008
#> SRR1332648     4  0.4065   0.573049 0.264 0.000 0.016 0.720 0.000
#> SRR660614      2  0.4339   0.603676 0.000 0.684 0.020 0.000 0.296
#> SRR1470420     2  0.0404   0.894109 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.2914   0.667284 0.872 0.000 0.012 0.016 0.100
#> SRR1477949     5  0.4265   0.516593 0.020 0.000 0.012 0.224 0.744
#> SRR1481419     2  0.0000   0.894100 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.4806   0.437392 0.688 0.000 0.060 0.000 0.252
#> SRR615946      3  0.4805   0.646175 0.128 0.000 0.728 0.000 0.144
#> SRR1446481     2  0.4996   0.321727 0.432 0.544 0.016 0.004 0.004
#> SRR1467656     2  0.0290   0.894615 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.3011   0.701902 0.016 0.000 0.140 0.000 0.844
#> SRR660224      4  0.4604   0.620057 0.000 0.016 0.068 0.764 0.152
#> SRR665586      5  0.3942   0.527159 0.000 0.000 0.020 0.232 0.748
#> SRR1347166     4  0.3297   0.671798 0.000 0.000 0.068 0.848 0.084
#> SRR1485722     5  0.6002   0.528733 0.308 0.000 0.140 0.000 0.552
#> SRR1415316     5  0.5856   0.410875 0.112 0.000 0.024 0.212 0.652
#> SRR613390      5  0.2707   0.715780 0.024 0.000 0.100 0.000 0.876
#> SRR661108      3  0.3086   0.703181 0.000 0.000 0.816 0.004 0.180
#> SRR2170173     4  0.5112   0.520892 0.000 0.000 0.080 0.664 0.256
#> SRR817329      5  0.3734   0.688707 0.000 0.000 0.128 0.060 0.812
#> SRR1401990     4  0.4928   0.546387 0.284 0.000 0.056 0.660 0.000
#> SRR1467745     1  0.3697   0.639386 0.832 0.008 0.088 0.072 0.000
#> SRR1471795     2  0.3356   0.814714 0.016 0.860 0.016 0.096 0.012
#> SRR1415637     2  0.0000   0.894100 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      5  0.4133   0.656241 0.000 0.000 0.180 0.052 0.768
#> SRR1314873     4  0.3174   0.654561 0.004 0.000 0.020 0.844 0.132
#> SRR1401211     1  0.3269   0.669207 0.852 0.000 0.020 0.016 0.112
#> SRR1419692     1  0.1329   0.671326 0.956 0.000 0.008 0.032 0.004
#> SRR818797      3  0.4640   0.280575 0.016 0.000 0.584 0.000 0.400
#> SRR2164608     4  0.5324   0.517966 0.000 0.000 0.128 0.668 0.204
#> SRR1455586     3  0.3146   0.662865 0.028 0.056 0.880 0.032 0.004
#> SRR819459      3  0.2587   0.713892 0.008 0.016 0.908 0.020 0.048
#> SRR1488939     2  0.4721   0.771885 0.012 0.792 0.036 0.092 0.068
#> SRR1433232     2  0.0162   0.893492 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1385501     5  0.2522   0.713117 0.012 0.000 0.108 0.000 0.880
#> SRR1361652     5  0.4111   0.564288 0.004 0.020 0.028 0.148 0.800
#> SRR1437119     1  0.3751   0.593546 0.772 0.000 0.012 0.004 0.212
#> SRR1478547     3  0.3177   0.686994 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1430910     5  0.2554   0.717983 0.020 0.008 0.076 0.000 0.896
#> SRR1310584     1  0.1560   0.676902 0.948 0.000 0.004 0.020 0.028
#> SRR1500216     1  0.3427   0.664761 0.844 0.000 0.096 0.004 0.056
#> SRR1486762     3  0.7117   0.380061 0.164 0.056 0.524 0.000 0.256
#> SRR1480854     4  0.5435   0.238519 0.428 0.000 0.060 0.512 0.000
#> SRR1489394     4  0.4710   0.580706 0.248 0.000 0.024 0.708 0.020
#> SRR1418085     1  0.4793   0.086910 0.544 0.000 0.020 0.436 0.000
#> SRR1340221     4  0.4764   0.242039 0.436 0.000 0.012 0.548 0.004
#> SRR1473058     1  0.6589   0.065149 0.448 0.000 0.224 0.328 0.000
#> SRR1405165     3  0.2654   0.718928 0.000 0.000 0.884 0.032 0.084
#> SRR1433004     5  0.2588   0.717051 0.048 0.000 0.060 0.000 0.892
#> SRR1471477     1  0.4863   0.539669 0.716 0.000 0.064 0.212 0.008
#> SRR1098567     2  0.4542   0.123545 0.000 0.536 0.456 0.000 0.008
#> SRR1098712     1  0.4016   0.620713 0.796 0.000 0.112 0.092 0.000
#> SRR1455038     5  0.4069   0.703637 0.112 0.000 0.096 0.000 0.792
#> SRR1375248     3  0.4287   0.089432 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000
#> SRR1403005     5  0.3878   0.635690 0.000 0.000 0.236 0.016 0.748
#> SRR1348378     2  0.4608   0.594018 0.008 0.688 0.284 0.004 0.016
#> SRR1413541     5  0.2228   0.687387 0.068 0.000 0.012 0.008 0.912
#> SRR1392943     4  0.4737   0.394393 0.380 0.000 0.016 0.600 0.004
#> SRR1475192     3  0.4301   0.549329 0.244 0.008 0.728 0.000 0.020
#> SRR1432085     3  0.4564   0.646461 0.040 0.152 0.772 0.000 0.036
#> SRR1452468     5  0.3574   0.675006 0.004 0.000 0.072 0.088 0.836
#> SRR1347060     3  0.3650   0.700640 0.028 0.000 0.796 0.000 0.176
#> SRR1414139     3  0.4478   0.684788 0.000 0.004 0.764 0.088 0.144
#> SRR1447962     3  0.4013   0.602441 0.004 0.084 0.804 0.108 0.000
#> SRR1444324     2  0.1270   0.875137 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR1415004     1  0.1469   0.673318 0.948 0.000 0.000 0.036 0.016
#> SRR1413436     4  0.3165   0.700334 0.032 0.000 0.044 0.876 0.048
#> SRR1311266     1  0.5693  -0.216729 0.468 0.000 0.080 0.000 0.452
#> SRR1343302     4  0.5407   0.121436 0.472 0.000 0.056 0.472 0.000
#> SRR1373746     1  0.3790   0.493483 0.724 0.000 0.004 0.000 0.272
#> SRR1429678     1  0.2989   0.679206 0.872 0.000 0.004 0.044 0.080
#> SRR1469413     3  0.3467   0.607484 0.004 0.036 0.832 0.128 0.000
#> SRR1405331     5  0.5251   0.652552 0.184 0.000 0.136 0.000 0.680
#> SRR1345609     4  0.3319   0.686393 0.064 0.000 0.020 0.864 0.052
#> SRR1380208     4  0.1498   0.698612 0.008 0.000 0.024 0.952 0.016
#> SRR1322840     4  0.1597   0.701029 0.048 0.000 0.012 0.940 0.000
#> SRR1399797     3  0.3715   0.633099 0.004 0.000 0.736 0.000 0.260
#> SRR1416654     5  0.4878   0.208119 0.024 0.000 0.440 0.000 0.536
#> SRR1315081     3  0.3350   0.718590 0.000 0.040 0.844 0.004 0.112
#> SRR1369196     3  0.2284   0.697991 0.056 0.004 0.912 0.000 0.028
#> SRR1400847     1  0.3231   0.585839 0.800 0.000 0.004 0.000 0.196
#> SRR1365291     5  0.4748   0.109506 0.000 0.000 0.492 0.016 0.492
#> SRR1367920     4  0.4457   0.416359 0.368 0.000 0.012 0.620 0.000
#> SRR1366648     3  0.2771   0.719852 0.000 0.000 0.860 0.012 0.128
#> SRR1441679     2  0.0000   0.894100 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1082173     5  0.5199   0.541241 0.072 0.000 0.292 0.000 0.636
#> SRR1363968     1  0.2331   0.669804 0.900 0.000 0.020 0.000 0.080
#> SRR814387      1  0.3947   0.652455 0.816 0.000 0.012 0.108 0.064
#> SRR657599      5  0.6612   0.220611 0.000 0.000 0.276 0.264 0.460
#> SRR1386689     1  0.4668   0.321230 0.624 0.000 0.024 0.352 0.000
#> SRR1395575     3  0.2513   0.722170 0.000 0.000 0.876 0.008 0.116
#> SRR1453811     5  0.5353   0.046700 0.052 0.000 0.472 0.000 0.476
#> SRR1441159     1  0.4537   0.238042 0.592 0.000 0.012 0.000 0.396
#> SRR1403154     1  0.4505   0.256292 0.604 0.000 0.012 0.384 0.000
#> SRR1468722     3  0.3359   0.712814 0.000 0.000 0.840 0.052 0.108
#> SRR1310275     3  0.5458  -0.026721 0.060 0.000 0.476 0.000 0.464

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>            class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR1474533     3  0.6246    0.34763 0.244 0.000 0.572 0.088 0.004 0.092
#> SRR1331708     4  0.5751    0.24014 0.032 0.004 0.048 0.492 0.008 0.416
#> SRR1464258     5  0.5234    0.35421 0.336 0.000 0.040 0.016 0.592 0.016
#> SRR1454201     5  0.2918    0.68956 0.048 0.000 0.020 0.000 0.868 0.064
#> SRR661589      3  0.3833    0.48800 0.000 0.000 0.648 0.000 0.344 0.008
#> SRR1456229     5  0.2941    0.68039 0.092 0.000 0.024 0.008 0.864 0.012
#> SRR1315165     4  0.5713    0.55136 0.104 0.000 0.100 0.652 0.000 0.144
#> SRR1488960     6  0.5022    0.43638 0.064 0.000 0.028 0.004 0.228 0.676
#> SRR1417809     6  0.3549    0.50322 0.056 0.000 0.032 0.084 0.000 0.828
#> SRR1094457     6  0.6084   -0.08917 0.276 0.000 0.000 0.344 0.000 0.380
#> SRR1095575     5  0.5056    0.61554 0.008 0.004 0.060 0.168 0.716 0.044
#> SRR1315931     1  0.4969    0.06988 0.496 0.000 0.016 0.012 0.460 0.016
#> SRR1430066     3  0.2595    0.69864 0.000 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004
#> SRR1431037     3  0.2805    0.69505 0.012 0.000 0.828 0.000 0.160 0.000
#> SRR1395554     3  0.3809    0.57071 0.000 0.000 0.684 0.008 0.304 0.004
#> SRR818002      1  0.5293    0.27772 0.568 0.320 0.000 0.004 0.000 0.108
#> SRR1344143     4  0.6517    0.39989 0.004 0.204 0.048 0.588 0.028 0.128
#> SRR1486845     4  0.5486    0.53181 0.124 0.000 0.040 0.648 0.000 0.188
#> SRR1362866     5  0.3993    0.63937 0.028 0.000 0.052 0.056 0.820 0.044
#> SRR1490740     5  0.2905    0.65344 0.144 0.000 0.012 0.000 0.836 0.008
#> SRR1446627     2  0.0603    0.88703 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1456138     2  0.3882    0.81142 0.004 0.824 0.052 0.048 0.008 0.064
#> SRR1416248     1  0.1390    0.64360 0.948 0.000 0.004 0.000 0.016 0.032
#> SRR1383907     6  0.5169   -0.10891 0.044 0.000 0.020 0.460 0.000 0.476
#> SRR1311018     1  0.3342    0.59378 0.760 0.000 0.000 0.000 0.228 0.012
#> SRR1375699     1  0.2255    0.61350 0.892 0.004 0.000 0.016 0.000 0.088
#> SRR1429846     3  0.3923    0.65838 0.000 0.000 0.764 0.036 0.184 0.016
#> SRR613550      5  0.5793    0.16335 0.000 0.000 0.388 0.012 0.472 0.128
#> SRR1348402     6  0.5188    0.45780 0.060 0.000 0.052 0.000 0.224 0.664
#> SRR1345146     5  0.4939    0.56915 0.008 0.000 0.044 0.032 0.684 0.232
#> SRR1324025     3  0.3479    0.66837 0.008 0.000 0.768 0.012 0.212 0.000
#> SRR1318879     4  0.6322    0.31907 0.004 0.000 0.068 0.576 0.160 0.192
#> SRR820755      5  0.4452    0.58923 0.000 0.000 0.184 0.004 0.716 0.096
#> SRR1485830     4  0.3733    0.55633 0.172 0.000 0.012 0.784 0.004 0.028
#> SRR599313      4  0.5636    0.43414 0.068 0.000 0.144 0.676 0.100 0.012
#> SRR612263      5  0.1817    0.69896 0.016 0.000 0.020 0.012 0.936 0.016
#> SRR1415398     5  0.5061    0.08658 0.000 0.000 0.428 0.000 0.496 0.076
#> SRR1326205     6  0.6380    0.08674 0.188 0.000 0.032 0.312 0.000 0.468
#> SRR1421327     4  0.3979    0.54678 0.004 0.000 0.032 0.720 0.000 0.244
#> SRR1083311     3  0.4206    0.65190 0.000 0.004 0.724 0.000 0.212 0.060
#> SRR1499303     4  0.5102    0.37300 0.004 0.004 0.048 0.576 0.008 0.360
#> SRR1079522     4  0.5269    0.48001 0.004 0.004 0.048 0.660 0.044 0.240
#> SRR1452935     5  0.2169    0.68990 0.012 0.000 0.080 0.000 0.900 0.008
#> SRR1379495     1  0.4537    0.35646 0.612 0.000 0.012 0.008 0.356 0.012
#> SRR1470459     2  0.0790    0.88323 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR661361      3  0.4070    0.30587 0.000 0.000 0.568 0.004 0.424 0.004
#> SRR615778      4  0.6960    0.14736 0.028 0.000 0.032 0.440 0.184 0.316
#> SRR1447564     5  0.6168    0.36234 0.124 0.000 0.028 0.012 0.540 0.296
#> SRR1455195     5  0.3194    0.67597 0.132 0.000 0.032 0.000 0.828 0.008
#> SRR655182      5  0.3724    0.65879 0.096 0.000 0.012 0.000 0.804 0.088
#> SRR1335140     4  0.5712    0.47723 0.004 0.052 0.048 0.632 0.016 0.248
#> SRR1433555     5  0.4166    0.58240 0.000 0.000 0.216 0.008 0.728 0.048
#> SRR1308650     2  0.5558    0.64702 0.160 0.656 0.140 0.004 0.000 0.040
#> SRR1388354     6  0.6380   -0.00220 0.360 0.000 0.020 0.000 0.216 0.404
#> SRR1317446     3  0.3200    0.68021 0.000 0.000 0.788 0.000 0.196 0.016
#> SRR1413602     3  0.4156    0.66503 0.000 0.000 0.732 0.000 0.188 0.080
#> SRR1479955     2  0.3738    0.82569 0.016 0.840 0.048 0.024 0.012 0.060
#> SRR809853      5  0.2082    0.69159 0.024 0.000 0.016 0.020 0.924 0.016
#> SRR661313      3  0.3890    0.38577 0.004 0.000 0.596 0.000 0.400 0.000
#> SRR1499935     4  0.2274    0.61062 0.012 0.000 0.008 0.892 0.000 0.088
#> SRR1447303     5  0.2841    0.65187 0.000 0.000 0.164 0.000 0.824 0.012
#> SRR1429408     4  0.7258    0.24474 0.176 0.000 0.140 0.412 0.000 0.272
#> SRR1433950     5  0.4132    0.55184 0.220 0.000 0.008 0.000 0.728 0.044
#> SRR1362081     2  0.0508    0.88951 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1409854     5  0.1674    0.68721 0.004 0.000 0.068 0.004 0.924 0.000
#> SRR1435229     5  0.2840    0.67315 0.092 0.000 0.004 0.016 0.868 0.020
#> SRR1085996     5  0.2319    0.68898 0.060 0.000 0.020 0.008 0.904 0.008
#> SRR1414229     1  0.7090    0.24778 0.424 0.000 0.080 0.136 0.344 0.016
#> SRR1400974     3  0.2994    0.67411 0.000 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR1399971     1  0.1908    0.65181 0.900 0.000 0.004 0.000 0.096 0.000
#> SRR613927      5  0.4256    0.62327 0.000 0.000 0.140 0.004 0.744 0.112
#> SRR1457854     5  0.3389    0.64985 0.164 0.000 0.004 0.000 0.800 0.032
#> SRR1473714     1  0.7084    0.22275 0.420 0.000 0.084 0.128 0.352 0.016
#> SRR813776      5  0.5223    0.48665 0.000 0.000 0.208 0.000 0.612 0.180
#> SRR808196      1  0.5087    0.20033 0.560 0.000 0.000 0.092 0.000 0.348
#> SRR1101085     1  0.5645    0.19639 0.544 0.000 0.008 0.324 0.004 0.120
#> SRR614395      6  0.6439    0.18269 0.008 0.000 0.140 0.036 0.340 0.476
#> SRR1478251     4  0.5969    0.21560 0.380 0.000 0.012 0.452 0.000 0.156
#> SRR1370551     2  0.0865    0.88163 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1362310     1  0.1461    0.63682 0.940 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR665310      5  0.5451    0.37501 0.000 0.000 0.116 0.004 0.528 0.352
#> SRR1420109     5  0.4164    0.66234 0.056 0.000 0.100 0.036 0.796 0.012
#> SRR1330920     5  0.4170    0.66739 0.008 0.000 0.104 0.024 0.788 0.076
#> SRR1419539     3  0.3350    0.63102 0.012 0.004 0.840 0.068 0.000 0.076
#> SRR1359447     2  0.0436    0.89059 0.000 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1347259     4  0.3342    0.56296 0.000 0.000 0.012 0.760 0.000 0.228
#> SRR613915      5  0.6892    0.12411 0.000 0.000 0.272 0.052 0.384 0.292
#> SRR1384395     3  0.4739    0.62868 0.036 0.076 0.768 0.080 0.040 0.000
#> SRR821715      5  0.4707    0.54814 0.000 0.000 0.204 0.000 0.676 0.120
#> SRR1478228     1  0.3852    0.59777 0.740 0.000 0.004 0.000 0.224 0.032
#> SRR1445637     5  0.2839    0.69277 0.048 0.000 0.076 0.004 0.868 0.004
#> SRR608150      1  0.5659    0.16999 0.496 0.000 0.032 0.400 0.000 0.072
#> SRR1096383     3  0.7177    0.05756 0.300 0.000 0.360 0.000 0.256 0.084
#> SRR1341480     6  0.6133    0.07832 0.304 0.000 0.004 0.264 0.000 0.428
#> SRR1341344     4  0.2596    0.58773 0.032 0.000 0.056 0.892 0.012 0.008
#> SRR1326270     3  0.4308    0.54013 0.028 0.000 0.664 0.008 0.300 0.000
#> SRR1498838     3  0.3566    0.65450 0.000 0.000 0.744 0.000 0.236 0.020
#> SRR1416313     3  0.3109    0.66387 0.000 0.000 0.772 0.000 0.224 0.004
#> SRR808566      6  0.7356    0.24408 0.220 0.000 0.188 0.176 0.000 0.416
#> SRR1430270     1  0.4392    0.41973 0.680 0.000 0.000 0.064 0.000 0.256
#> SRR1367825     3  0.2402    0.70673 0.000 0.000 0.868 0.012 0.120 0.000
#> SRR613533      5  0.3333    0.66707 0.016 0.000 0.124 0.016 0.832 0.012
#> SRR661267      3  0.6461    0.03319 0.024 0.000 0.392 0.000 0.364 0.220
#> SRR810665      2  0.0146    0.89000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1407250     5  0.5356    0.61490 0.116 0.000 0.100 0.060 0.708 0.016
#> SRR1420067     1  0.5965    0.01964 0.452 0.000 0.032 0.004 0.424 0.088
#> SRR1473632     5  0.6482    0.21191 0.300 0.000 0.052 0.080 0.536 0.032
#> SRR812536      6  0.4652    0.35136 0.000 0.000 0.312 0.000 0.064 0.624
#> SRR1370850     6  0.4342    0.50752 0.136 0.028 0.052 0.012 0.000 0.772
#> SRR1486195     3  0.4868    0.18325 0.000 0.416 0.524 0.000 0.000 0.060
#> SRR1407671     6  0.4730    0.42774 0.000 0.096 0.048 0.080 0.016 0.760
#> SRR1446375     5  0.3092    0.67718 0.028 0.000 0.028 0.004 0.860 0.080
#> SRR1465230     4  0.6200    0.20978 0.380 0.000 0.008 0.384 0.000 0.228
#> SRR614119      5  0.6146    0.49979 0.252 0.000 0.204 0.000 0.520 0.024
#> SRR1356101     3  0.4322    0.34183 0.000 0.372 0.600 0.000 0.000 0.028
#> SRR1404209     5  0.3777    0.67934 0.056 0.000 0.088 0.028 0.820 0.008
#> SRR1392676     2  0.0405    0.88893 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR665538      6  0.4006    0.53266 0.028 0.000 0.104 0.012 0.052 0.804
#> SRR660510      3  0.4446    0.46195 0.000 0.000 0.612 0.000 0.348 0.040
#> SRR1445655     4  0.4107    0.51019 0.004 0.000 0.028 0.688 0.000 0.280
#> SRR658953      6  0.4497    0.47340 0.004 0.000 0.040 0.104 0.088 0.764
#> SRR2166459     5  0.5271    0.35455 0.012 0.000 0.072 0.000 0.536 0.380
#> SRR1070713     4  0.6588    0.21473 0.016 0.020 0.340 0.444 0.000 0.180
#> SRR1485312     3  0.2763    0.70763 0.000 0.000 0.876 0.028 0.072 0.024
#> SRR1317631     6  0.3961    0.45479 0.036 0.000 0.028 0.160 0.000 0.776
#> SRR1488610     5  0.6594    0.26262 0.088 0.000 0.044 0.356 0.480 0.032
#> SRR1330588     3  0.4927    0.29734 0.000 0.000 0.540 0.056 0.400 0.004
#> SRR1316367     5  0.4620    0.12973 0.428 0.000 0.000 0.000 0.532 0.040
#> SRR1433926     1  0.4233    0.47416 0.668 0.000 0.008 0.004 0.304 0.016
#> SRR1091302     4  0.4955    0.58212 0.080 0.000 0.080 0.724 0.000 0.116
#> SRR818263      5  0.5391    0.60013 0.184 0.000 0.120 0.024 0.664 0.008
#> SRR1404909     4  0.3424    0.58006 0.004 0.000 0.032 0.796 0.000 0.168
#> SRR663076      1  0.2178    0.59776 0.868 0.000 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1323577     2  0.5350    0.66848 0.080 0.688 0.124 0.000 0.000 0.108
#> SRR1442422     4  0.5017    0.21607 0.052 0.000 0.008 0.508 0.000 0.432
#> SRR1465893     1  0.1495    0.64650 0.948 0.000 0.004 0.008 0.020 0.020
#> SRR654862      5  0.4825    0.64746 0.084 0.000 0.108 0.048 0.748 0.012
#> SRR1407112     1  0.5804    0.28628 0.556 0.000 0.052 0.316 0.000 0.076
#> SRR1332969     3  0.3078    0.68527 0.000 0.000 0.796 0.000 0.192 0.012
#> SRR1353199     5  0.5732    0.03627 0.004 0.000 0.404 0.000 0.448 0.144
#> SRR1378885     5  0.4443    0.55051 0.020 0.000 0.256 0.020 0.696 0.008
#> SRR665357      2  0.2617    0.81873 0.000 0.876 0.040 0.000 0.080 0.004
#> SRR662186      2  0.1738    0.87106 0.000 0.928 0.016 0.052 0.000 0.004
#> SRR1501020     3  0.3481    0.67859 0.000 0.000 0.776 0.000 0.192 0.032
#> SRR1347819     3  0.4470    0.30329 0.012 0.000 0.568 0.008 0.408 0.004
#> SRR1480813     2  0.3888    0.65444 0.252 0.716 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1472576     6  0.4848    0.32081 0.356 0.004 0.016 0.012 0.012 0.600
#> SRR1431781     4  0.4926    0.51988 0.020 0.000 0.068 0.660 0.000 0.252
#> SRR1452270     3  0.4660    0.23374 0.000 0.000 0.540 0.000 0.044 0.416
#> SRR1500472     5  0.3233    0.68035 0.020 0.004 0.036 0.000 0.848 0.092
#> SRR1417632     4  0.6710    0.48129 0.052 0.024 0.056 0.604 0.060 0.204
#> SRR1350153     2  0.0363    0.88936 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1458113     5  0.4802    0.32415 0.000 0.000 0.368 0.028 0.584 0.020
#> SRR1326579     1  0.4449    0.58880 0.696 0.000 0.000 0.000 0.216 0.088
#> SRR1349363     2  0.5851    0.72072 0.036 0.708 0.052 0.056 0.040 0.108
#> SRR1096712     3  0.3130    0.69771 0.000 0.000 0.852 0.060 0.072 0.016
#> SRR1090407     3  0.4757    0.04412 0.000 0.000 0.484 0.000 0.468 0.048
#> SRR1083752     4  0.3165    0.59874 0.008 0.040 0.052 0.864 0.000 0.036
#> SRR1377599     4  0.4352    0.56082 0.008 0.000 0.048 0.752 0.020 0.172
#> SRR1488449     6  0.5881    0.05186 0.000 0.000 0.296 0.000 0.232 0.472
#> SRR1318354     5  0.2898    0.68150 0.004 0.084 0.028 0.000 0.868 0.016
#> SRR1359062     3  0.4294    0.54736 0.004 0.008 0.668 0.008 0.304 0.008
#> SRR1398924     5  0.3900    0.65321 0.008 0.024 0.052 0.052 0.832 0.032
#> SRR663783      5  0.3346    0.66993 0.004 0.000 0.092 0.004 0.832 0.068
#> SRR1319204     5  0.5288    0.54627 0.004 0.168 0.056 0.036 0.708 0.028
#> SRR1369070     2  0.0603    0.88703 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR615659      5  0.3058    0.68868 0.108 0.000 0.020 0.000 0.848 0.024
#> SRR1337449     2  0.3055    0.81949 0.064 0.840 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1316982     3  0.5310    0.44791 0.016 0.252 0.640 0.084 0.004 0.004
#> SRR1498595     6  0.6320   -0.03625 0.012 0.040 0.060 0.376 0.016 0.496
#> SRR1377423     5  0.4137    0.63494 0.004 0.000 0.108 0.000 0.756 0.132
#> SRR1312310     2  0.0363    0.88936 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1485613     1  0.4449    0.57688 0.712 0.000 0.032 0.012 0.232 0.012
#> SRR1338426     5  0.6448    0.10230 0.000 0.000 0.368 0.060 0.448 0.124
#> SRR1353309     5  0.5170    0.43162 0.000 0.000 0.304 0.052 0.612 0.032
#> SRR658941      3  0.3978    0.58909 0.116 0.000 0.780 0.096 0.004 0.004
#> SRR1101643     4  0.6978   -0.11047 0.216 0.000 0.032 0.408 0.324 0.020
#> SRR1401468     1  0.5354    0.59034 0.708 0.000 0.088 0.124 0.064 0.016
#> SRR1368874     2  0.0146    0.89016 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1324085     4  0.3805    0.59605 0.040 0.000 0.084 0.812 0.000 0.064
#> SRR1363858     4  0.6572    0.27477 0.180 0.000 0.132 0.580 0.092 0.016
#> SRR819820      5  0.3426    0.67422 0.008 0.000 0.104 0.004 0.828 0.056
#> SRR1337342     5  0.7126    0.31213 0.048 0.000 0.200 0.288 0.440 0.024
#> SRR655206      6  0.4834    0.44893 0.008 0.000 0.256 0.080 0.000 0.656
#> SRR1387013     2  0.7720   -0.09252 0.324 0.340 0.032 0.220 0.000 0.084
#> SRR1317410     1  0.3728    0.60858 0.768 0.000 0.008 0.008 0.200 0.016
#> SRR608198      1  0.4436    0.62110 0.760 0.000 0.008 0.140 0.068 0.024
#> SRR1440161     2  0.0508    0.88951 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1343741     2  0.0551    0.88902 0.000 0.984 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR1381288     2  0.0291    0.88949 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1415379     6  0.4884   -0.06652 0.032 0.000 0.008 0.452 0.004 0.504
#> SRR1099622     3  0.4158    0.61207 0.008 0.092 0.792 0.028 0.000 0.080
#> SRR663197      3  0.3967    0.47325 0.000 0.000 0.632 0.000 0.356 0.012
#> SRR1394836     3  0.4478    0.50768 0.008 0.000 0.728 0.116 0.000 0.148
#> SRR661699      6  0.5086    0.38104 0.000 0.000 0.064 0.228 0.040 0.668
#> SRR813680      5  0.4944    0.38303 0.028 0.000 0.368 0.000 0.576 0.028
#> SRR1410678     1  0.3633    0.47314 0.732 0.000 0.012 0.000 0.004 0.252
#> SRR1378109     6  0.5331   -0.06557 0.080 0.000 0.008 0.428 0.000 0.484
#> SRR1499174     5  0.3597    0.60369 0.196 0.000 0.012 0.004 0.776 0.012
#> SRR1311486     2  0.3652    0.80768 0.084 0.816 0.020 0.000 0.000 0.080
#> SRR1382851     4  0.4327    0.58294 0.016 0.000 0.092 0.752 0.000 0.140
#> SRR1433410     1  0.6586    0.16984 0.416 0.000 0.040 0.120 0.408 0.016
#> SRR661167      5  0.3727    0.62212 0.000 0.000 0.188 0.004 0.768 0.040
#> SRR1432518     5  0.3186    0.67326 0.000 0.000 0.100 0.004 0.836 0.060
#> SRR660462      5  0.6047   -0.03449 0.000 0.000 0.352 0.000 0.392 0.256
#> SRR1374608     6  0.5004    0.33871 0.004 0.000 0.096 0.276 0.000 0.624
#> SRR657949      6  0.5573    0.37882 0.000 0.000 0.128 0.020 0.256 0.596
#> SRR1308882     4  0.4602    0.15644 0.028 0.000 0.004 0.492 0.000 0.476
#> SRR655768      5  0.4219    0.67373 0.092 0.000 0.040 0.000 0.780 0.088
#> SRR1485870     4  0.2894    0.60850 0.004 0.000 0.036 0.852 0.000 0.108
#> SRR1444138     5  0.4072    0.47360 0.292 0.000 0.004 0.004 0.684 0.016
#> SRR1417342     6  0.4115    0.47776 0.124 0.000 0.016 0.068 0.008 0.784
#> SRR1470193     6  0.4224    0.03593 0.000 0.000 0.016 0.432 0.000 0.552
#> SRR1091380     5  0.2828    0.68575 0.024 0.000 0.100 0.008 0.864 0.004
#> SRR1099096     1  0.4051    0.63504 0.764 0.000 0.016 0.024 0.184 0.012
#> SRR1313583     1  0.2892    0.57975 0.840 0.000 0.000 0.020 0.004 0.136
#> SRR1467102     3  0.3420    0.65027 0.004 0.064 0.844 0.032 0.000 0.056
#> SRR1485416     6  0.4884    0.46318 0.204 0.000 0.028 0.076 0.000 0.692
#> SRR818821      5  0.3975    0.64969 0.000 0.000 0.112 0.004 0.772 0.112
#> SRR809963      6  0.4520    0.50123 0.000 0.000 0.124 0.020 0.116 0.740
#> SRR1072247     1  0.3410    0.62241 0.836 0.000 0.024 0.108 0.012 0.020
#> SRR1353710     4  0.3016    0.60942 0.008 0.000 0.048 0.852 0.000 0.092
#> SRR1445259     5  0.1528    0.69437 0.012 0.000 0.016 0.000 0.944 0.028
#> SRR1408393     6  0.5532   -0.04863 0.000 0.000 0.136 0.000 0.384 0.480
#> SRR1361522     5  0.4305    0.59103 0.196 0.000 0.004 0.020 0.740 0.040
#> SRR1368597     4  0.7953    0.14809 0.108 0.000 0.044 0.364 0.284 0.200
#> SRR1309680     6  0.4586    0.42953 0.012 0.228 0.048 0.000 0.008 0.704
#> SRR1310542     3  0.2862    0.70779 0.000 0.052 0.872 0.000 0.056 0.020
#> SRR1333485     6  0.4459   -0.07800 0.020 0.000 0.004 0.460 0.000 0.516
#> SRR1406437     6  0.5266    0.32988 0.064 0.000 0.360 0.012 0.004 0.560
#> SRR1354931     3  0.5665    0.55620 0.084 0.000 0.676 0.140 0.088 0.012
#> SRR1391856     4  0.4436    0.53964 0.004 0.000 0.192 0.732 0.016 0.056
#> SRR1446738     3  0.7140   -0.01473 0.256 0.004 0.428 0.084 0.000 0.228
#> SRR1309032     2  0.0458    0.88856 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1388145     6  0.5011    0.44683 0.008 0.080 0.264 0.000 0.004 0.644
#> SRR1432611     2  0.0363    0.88936 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR815869      3  0.4203    0.62270 0.000 0.028 0.700 0.000 0.260 0.012
#> SRR613150      3  0.3530    0.65009 0.000 0.000 0.792 0.000 0.056 0.152
#> SRR1375329     5  0.4794    0.61694 0.004 0.004 0.052 0.120 0.748 0.072
#> SRR1387921     1  0.3878    0.61333 0.772 0.000 0.000 0.000 0.112 0.116
#> SRR1466792     2  0.0508    0.88951 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1360478     2  0.0000    0.88999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1360695     5  0.4546    0.66368 0.144 0.000 0.036 0.000 0.744 0.076
#> SRR812943      5  0.4504    0.62036 0.036 0.000 0.060 0.036 0.784 0.084
#> SRR1400910     4  0.6665    0.32914 0.004 0.112 0.060 0.584 0.204 0.036
#> SRR1444203     6  0.4861    0.28302 0.392 0.000 0.004 0.052 0.000 0.552
#> SRR816177      6  0.6030    0.44467 0.112 0.000 0.208 0.080 0.000 0.600
#> SRR658754      3  0.3821    0.67999 0.012 0.008 0.812 0.056 0.108 0.004
#> SRR1429603     4  0.3284    0.57877 0.000 0.000 0.020 0.784 0.000 0.196
#> SRR1397366     5  0.4238    0.40746 0.000 0.000 0.344 0.000 0.628 0.028
#> SRR1446028     1  0.5106    0.32081 0.592 0.000 0.020 0.004 0.044 0.340
#> SRR1083918     3  0.8510   -0.08279 0.128 0.296 0.300 0.108 0.000 0.168
#> SRR1337606     4  0.2207    0.58111 0.008 0.000 0.076 0.900 0.016 0.000
#> SRR659109      3  0.3284    0.69179 0.000 0.000 0.800 0.032 0.168 0.000
#> SRR1337192     4  0.4543    0.38823 0.252 0.000 0.052 0.684 0.000 0.012
#> SRR656946      1  0.6249    0.44531 0.612 0.000 0.020 0.152 0.056 0.160
#> SRR1476102     6  0.4631    0.42047 0.132 0.000 0.004 0.160 0.000 0.704
#> SRR1476447     1  0.3471    0.64850 0.828 0.000 0.008 0.040 0.112 0.012
#> SRR1342067     4  0.3828    0.53406 0.016 0.000 0.008 0.724 0.000 0.252
#> SRR1385389     4  0.6121    0.30989 0.208 0.000 0.012 0.472 0.000 0.308
#> SRR1075971     5  0.2547    0.68034 0.112 0.000 0.016 0.000 0.868 0.004
#> SRR614419      6  0.3172    0.51365 0.000 0.000 0.040 0.016 0.100 0.844
#> SRR1322936     1  0.4016    0.60590 0.788 0.000 0.024 0.144 0.012 0.032
#> SRR1349121     1  0.6883    0.25638 0.464 0.000 0.100 0.080 0.336 0.020
#> SRR1430549     5  0.4338   -0.07735 0.484 0.000 0.000 0.000 0.496 0.020
#> SRR612935      5  0.4334    0.62771 0.008 0.028 0.048 0.000 0.764 0.152
#> SRR661481      2  0.2306    0.84683 0.092 0.888 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1354117     2  0.1349    0.87004 0.000 0.940 0.056 0.000 0.000 0.004
#> SRR1393596     4  0.4189    0.37308 0.000 0.000 0.020 0.604 0.000 0.376
#> SRR1452164     5  0.6015    0.25986 0.336 0.000 0.024 0.000 0.500 0.140
#> SRR1070503     5  0.5474    0.47446 0.020 0.000 0.276 0.084 0.612 0.008
#> SRR1499894     3  0.3955    0.68757 0.000 0.004 0.772 0.000 0.132 0.092
#> SRR1082883     4  0.3207    0.57464 0.048 0.000 0.088 0.848 0.004 0.012
#> SRR1468271     1  0.3955    0.55802 0.772 0.000 0.036 0.000 0.024 0.168
#> SRR1332443     1  0.5171    0.41047 0.640 0.000 0.008 0.216 0.000 0.136
#> SRR810295      2  0.0260    0.88988 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR662103      6  0.4938    0.27043 0.016 0.000 0.024 0.012 0.352 0.596
#> SRR1328620     5  0.3099    0.67865 0.008 0.000 0.084 0.000 0.848 0.060
#> SRR1396294     3  0.7048   -0.17222 0.116 0.000 0.424 0.308 0.000 0.152
#> SRR1419917     5  0.3043    0.68247 0.056 0.000 0.020 0.000 0.860 0.064
#> SRR662114      5  0.4933    0.39474 0.000 0.000 0.324 0.024 0.612 0.040
#> SRR1489199     5  0.3621    0.67452 0.052 0.000 0.092 0.012 0.828 0.016
#> SRR813584      6  0.5674    0.30106 0.368 0.004 0.072 0.028 0.000 0.528
#> SRR1069638     1  0.7259    0.40538 0.436 0.000 0.072 0.244 0.232 0.016
#> SRR614864      5  0.3329    0.60259 0.000 0.000 0.220 0.004 0.768 0.008
#> SRR1433392     5  0.4395    0.64523 0.052 0.000 0.152 0.028 0.760 0.008
#> SRR1377777     2  0.2364    0.85243 0.000 0.904 0.036 0.044 0.004 0.012
#> SRR2167710     6  0.3885    0.50914 0.008 0.000 0.064 0.012 0.116 0.800
#> SRR1401252     4  0.4338    0.46919 0.004 0.000 0.036 0.660 0.000 0.300
#> SRR1309963     6  0.4830    0.43163 0.124 0.000 0.024 0.140 0.000 0.712
#> SRR1338031     5  0.2262    0.69315 0.036 0.000 0.020 0.000 0.908 0.036
#> SRR1418628     2  0.0260    0.88988 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1486889     4  0.3790    0.59347 0.000 0.000 0.072 0.772 0.000 0.156
#> SRR1380393     1  0.4851    0.32805 0.580 0.000 0.016 0.012 0.376 0.016
#> SRR1319731     1  0.3481    0.59066 0.756 0.000 0.004 0.000 0.228 0.012
#> SRR1356468     4  0.6166    0.14486 0.396 0.000 0.012 0.444 0.012 0.136
#> SRR1337010     2  0.0508    0.88951 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1486520     1  0.6076    0.47028 0.588 0.000 0.068 0.264 0.064 0.016
#> SRR1486538     6  0.4966    0.36930 0.040 0.000 0.028 0.204 0.024 0.704
#> SRR1340486     4  0.5987    0.22147 0.368 0.000 0.060 0.500 0.000 0.072
#> SRR1377696     4  0.8036    0.27698 0.028 0.240 0.056 0.440 0.060 0.176
#> SRR1465459     5  0.3194    0.64396 0.004 0.000 0.172 0.004 0.808 0.012
#> SRR1080270     3  0.3369    0.69742 0.016 0.012 0.836 0.024 0.112 0.000
#> SRR1312501     5  0.6596    0.36948 0.008 0.000 0.208 0.240 0.504 0.040
#> SRR1093148     3  0.4089    0.61816 0.012 0.000 0.776 0.024 0.028 0.160
#> SRR1467080     3  0.4488    0.64536 0.000 0.048 0.752 0.000 0.060 0.140
#> SRR1410866     2  0.0622    0.88952 0.008 0.980 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR816475      6  0.7075    0.03671 0.072 0.000 0.248 0.320 0.000 0.360
#> SRR1379198     1  0.5276    0.32995 0.604 0.000 0.000 0.208 0.000 0.188
#> SRR613342      5  0.2959    0.66879 0.000 0.000 0.124 0.008 0.844 0.024
#> SRR1452246     2  0.4232    0.65862 0.228 0.724 0.008 0.032 0.000 0.008
#> SRR1338836     2  0.0603    0.88703 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000 0.000
#> SRR1369129     6  0.5983   -0.06792 0.232 0.000 0.000 0.356 0.000 0.412
#> SRR1396616     3  0.5279    0.55686 0.040 0.000 0.676 0.204 0.072 0.008
#> SRR813824      5  0.3368    0.58886 0.000 0.000 0.232 0.000 0.756 0.012
#> SRR1082376     5  0.2648    0.68835 0.040 0.000 0.064 0.008 0.884 0.004
#> SRR1500891     6  0.5949    0.16335 0.028 0.000 0.056 0.312 0.036 0.568
#> SRR807543      5  0.4307    0.63838 0.028 0.000 0.156 0.044 0.764 0.008
#> SRR1091572     1  0.6113    0.39094 0.532 0.000 0.048 0.340 0.060 0.020
#> SRR1346689     6  0.6574    0.19369 0.176 0.000 0.040 0.256 0.012 0.516
#> SRR1332424     1  0.6348    0.21162 0.440 0.000 0.036 0.096 0.412 0.016
#> SRR663729      6  0.4696    0.46369 0.148 0.000 0.024 0.104 0.000 0.724
#> SRR1097013     5  0.3093    0.68083 0.092 0.000 0.044 0.004 0.852 0.008
#> SRR613675      1  0.4244    0.61040 0.776 0.000 0.024 0.140 0.048 0.012
#> SRR1485357     1  0.5613    0.25248 0.568 0.000 0.016 0.292 0.000 0.124
#> SRR655816      6  0.4628    0.48293 0.000 0.000 0.208 0.016 0.072 0.704
#> SRR1500113     1  0.3956    0.56939 0.712 0.000 0.000 0.000 0.252 0.036
#> SRR1437622     6  0.4121    0.28477 0.012 0.000 0.012 0.308 0.000 0.668
#> SRR1355172     5  0.5731    0.08599 0.052 0.000 0.444 0.000 0.452 0.052
#> SRR655531      6  0.4028    0.53239 0.032 0.000 0.084 0.008 0.072 0.804
#> SRR1338147     3  0.3025    0.69249 0.024 0.000 0.820 0.000 0.156 0.000
#> SRR1413329     6  0.4224    0.50454 0.000 0.000 0.172 0.020 0.056 0.752
#> SRR1485931     2  0.4276    0.71242 0.004 0.748 0.044 0.188 0.004 0.012
#> SRR1420873     1  0.5269    0.15180 0.544 0.000 0.052 0.008 0.012 0.384
#> SRR1333308     4  0.3470    0.60675 0.028 0.000 0.028 0.820 0.000 0.124
#> SRR1452033     1  0.5903    0.17320 0.484 0.000 0.044 0.044 0.412 0.016
#> SRR1467316     2  0.2905    0.84313 0.000 0.880 0.036 0.048 0.012 0.024
#> SRR809018      3  0.3416    0.69789 0.000 0.000 0.804 0.000 0.140 0.056
#> SRR1375351     2  0.0000    0.88999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR663440      6  0.5537    0.08639 0.000 0.000 0.368 0.000 0.140 0.492
#> SRR1471755     1  0.5306    0.39185 0.616 0.292 0.020 0.064 0.000 0.008
#> SRR808019      3  0.5091   -0.07186 0.028 0.000 0.488 0.008 0.460 0.016
#> SRR1479133     5  0.4402    0.50507 0.000 0.000 0.268 0.000 0.672 0.060
#> SRR615069      4  0.6885    0.40245 0.004 0.048 0.140 0.592 0.100 0.116
#> SRR1456185     2  0.4237    0.62999 0.272 0.692 0.004 0.008 0.000 0.024
#> SRR1350069     4  0.6618    0.07695 0.396 0.000 0.084 0.408 0.000 0.112
#> SRR816316      5  0.1780    0.69269 0.028 0.000 0.048 0.000 0.924 0.000
#> SRR664795      6  0.4632    0.48918 0.008 0.000 0.152 0.000 0.128 0.712
#> SRR1490721     6  0.5546    0.10479 0.080 0.000 0.024 0.360 0.000 0.536
#> SRR810643      1  0.4390    0.57699 0.700 0.000 0.004 0.000 0.232 0.064
#> SRR1430333     6  0.4733    0.49236 0.000 0.000 0.136 0.092 0.040 0.732
#> SRR1085285     3  0.5065    0.54138 0.000 0.000 0.616 0.000 0.260 0.124
#> SRR1099072     5  0.4963    0.46666 0.000 0.000 0.296 0.032 0.632 0.040
#> SRR1317985     5  0.4338    0.47146 0.300 0.000 0.004 0.000 0.660 0.036
#> SRR1487340     5  0.4859    0.63352 0.136 0.000 0.032 0.000 0.716 0.116
#> SRR1420276     3  0.3168    0.69271 0.000 0.092 0.852 0.004 0.028 0.024
#> SRR1351347     5  0.6989    0.37942 0.080 0.000 0.232 0.168 0.504 0.016
#> SRR1405525     5  0.5407    0.57393 0.028 0.000 0.060 0.084 0.712 0.116
#> SRR1370329     1  0.5359    0.11213 0.460 0.000 0.000 0.000 0.432 0.108
#> SRR1465001     1  0.1995    0.65059 0.912 0.000 0.000 0.000 0.052 0.036
#> SRR1476525     2  0.0146    0.89035 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR819610      6  0.5189    0.45764 0.264 0.004 0.080 0.016 0.000 0.636
#> SRR2157314     6  0.4969    0.45533 0.036 0.000 0.060 0.000 0.228 0.676
#> SRR1409465     2  0.0993    0.88257 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000 0.000
#> SRR809987      1  0.3942    0.55346 0.784 0.000 0.012 0.120 0.000 0.084
#> SRR613639      5  0.5230    0.42826 0.004 0.000 0.292 0.000 0.592 0.112
#> SRR1402285     6  0.4593    0.41858 0.180 0.000 0.004 0.112 0.000 0.704
#> SRR1077038     5  0.7894   -0.11636 0.248 0.000 0.148 0.288 0.300 0.016
#> SRR1405660     3  0.3470    0.63986 0.000 0.000 0.740 0.000 0.248 0.012
#> SRR1095455     5  0.1766    0.69137 0.016 0.012 0.008 0.004 0.940 0.020
#> SRR1394734     6  0.6984    0.38877 0.216 0.040 0.104 0.096 0.000 0.544
#> SRR1317771     6  0.4667    0.24754 0.000 0.000 0.032 0.328 0.016 0.624
#> SRR1365894     4  0.2427    0.59722 0.020 0.000 0.056 0.900 0.004 0.020
#> SRR1073581     4  0.5784    0.45140 0.072 0.000 0.224 0.636 0.020 0.048
#> SRR659804      5  0.4952    0.12008 0.408 0.000 0.000 0.000 0.524 0.068
#> SRR1345914     6  0.4943    0.50418 0.044 0.072 0.152 0.000 0.008 0.724
#> SRR1432186     2  0.1926    0.84878 0.000 0.912 0.020 0.000 0.000 0.068
#> SRR1473529     2  0.7643    0.30917 0.004 0.472 0.060 0.248 0.092 0.124
#> SRR660764      5  0.4837    0.61089 0.004 0.020 0.084 0.004 0.720 0.168
#> SRR820448      5  0.3611    0.66808 0.012 0.000 0.072 0.000 0.812 0.104
#> SRR1328845     1  0.6274    0.24210 0.544 0.000 0.060 0.256 0.000 0.140
#> SRR1336415     1  0.5342    0.36343 0.620 0.000 0.008 0.212 0.000 0.160
#> SRR1379065     4  0.4359    0.45983 0.028 0.000 0.008 0.652 0.000 0.312
#> SRR1459190     5  0.4768    0.55218 0.000 0.000 0.080 0.008 0.668 0.244
#> SRR1346773     5  0.4252    0.28545 0.372 0.000 0.000 0.000 0.604 0.024
#> SRR1499521     1  0.4254    0.61582 0.792 0.000 0.076 0.088 0.020 0.024
#> SRR1440898     2  0.1082    0.88146 0.040 0.956 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1347459     5  0.4631    0.25293 0.008 0.000 0.396 0.008 0.572 0.016
#> SRR1081209     2  0.3366    0.79331 0.000 0.824 0.036 0.128 0.004 0.008
#> SRR1400202     1  0.3164    0.60420 0.824 0.000 0.000 0.004 0.032 0.140
#> SRR1333395     4  0.5214    0.23796 0.004 0.000 0.044 0.500 0.016 0.436
#> SRR1309248     4  0.5332    0.42843 0.004 0.004 0.052 0.604 0.024 0.312
#> SRR809161      5  0.5568    0.27029 0.000 0.000 0.140 0.000 0.468 0.392
#> SRR1316320     4  0.4913    0.54732 0.004 0.040 0.044 0.716 0.008 0.188
#> SRR1432629     2  0.3909    0.70696 0.012 0.756 0.024 0.004 0.000 0.204
#> SRR1498931     1  0.3348    0.60282 0.768 0.000 0.000 0.000 0.216 0.016
#> SRR1416578     6  0.5931    0.18947 0.368 0.000 0.012 0.152 0.000 0.468
#> SRR1405547     3  0.2545    0.70873 0.000 0.000 0.888 0.020 0.068 0.024
#> SRR1470534     6  0.4162    0.43687 0.100 0.000 0.004 0.144 0.000 0.752
#> SRR1380764     1  0.2476    0.65485 0.892 0.000 0.004 0.004 0.060 0.040
#> SRR1309160     3  0.4903    0.37995 0.000 0.000 0.568 0.000 0.360 0.072
#> SRR663489      3  0.4945    0.38082 0.000 0.000 0.584 0.004 0.068 0.344
#> SRR1500450     6  0.4339    0.50576 0.032 0.000 0.040 0.012 0.148 0.768
#> SRR1078489     4  0.4238    0.52716 0.036 0.000 0.112 0.788 0.052 0.012
#> SRR1332648     6  0.5671    0.19806 0.188 0.000 0.004 0.260 0.000 0.548
#> SRR660614      2  0.6216    0.53938 0.004 0.584 0.048 0.080 0.264 0.020
#> SRR1470420     2  0.0790    0.88323 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1475566     1  0.2070    0.64145 0.908 0.000 0.000 0.000 0.044 0.048
#> SRR1477949     6  0.6325    0.12621 0.336 0.000 0.028 0.000 0.180 0.456
#> SRR1481419     2  0.0146    0.89000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1464766     1  0.4948    0.46216 0.632 0.000 0.024 0.020 0.308 0.016
#> SRR615946      3  0.4968    0.59824 0.064 0.000 0.700 0.024 0.200 0.012
#> SRR1446481     1  0.4912    0.18031 0.572 0.380 0.032 0.008 0.004 0.004
#> SRR1467656     2  0.0508    0.88980 0.000 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000
#> SRR1402962     5  0.2981    0.69121 0.024 0.000 0.072 0.004 0.868 0.032
#> SRR660224      6  0.3690    0.52424 0.008 0.016 0.080 0.004 0.064 0.828
#> SRR665586      5  0.5042    0.45005 0.000 0.000 0.040 0.032 0.612 0.316
#> SRR1347166     6  0.5521    0.33188 0.004 0.000 0.060 0.260 0.052 0.624
#> SRR1485722     5  0.5673    0.58409 0.152 0.000 0.104 0.056 0.672 0.016
#> SRR1415316     5  0.5643    0.54849 0.024 0.000 0.028 0.116 0.664 0.168
#> SRR613390      5  0.1706    0.69466 0.024 0.000 0.032 0.004 0.936 0.004
#> SRR661108      3  0.3200    0.67933 0.000 0.000 0.788 0.000 0.196 0.016
#> SRR2170173     6  0.4432    0.47013 0.000 0.000 0.080 0.008 0.192 0.720
#> SRR817329      5  0.3744    0.67063 0.000 0.000 0.056 0.032 0.812 0.100
#> SRR1401990     6  0.5988    0.22267 0.232 0.000 0.012 0.236 0.000 0.520
#> SRR1467745     1  0.4598    0.56485 0.736 0.000 0.116 0.124 0.000 0.024
#> SRR1471795     2  0.3814    0.79345 0.100 0.800 0.004 0.008 0.000 0.088
#> SRR1415637     2  0.0000    0.88999 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR813137      5  0.5062    0.54719 0.012 0.000 0.100 0.000 0.648 0.240
#> SRR1314873     6  0.4582    0.42908 0.004 0.000 0.028 0.160 0.068 0.740
#> SRR1401211     1  0.3911    0.62395 0.804 0.000 0.040 0.000 0.068 0.088
#> SRR1419692     1  0.3940    0.58529 0.772 0.000 0.020 0.180 0.012 0.016
#> SRR818797      5  0.4262    0.06409 0.000 0.000 0.476 0.000 0.508 0.016
#> SRR2164608     6  0.4429    0.48475 0.000 0.000 0.140 0.000 0.144 0.716
#> SRR1455586     3  0.3294    0.66237 0.012 0.060 0.856 0.024 0.000 0.048
#> SRR819459      3  0.3445    0.68275 0.000 0.048 0.836 0.000 0.036 0.080
#> SRR1488939     2  0.4620    0.79528 0.076 0.780 0.044 0.016 0.008 0.076
#> SRR1433232     2  0.0972    0.88143 0.000 0.964 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR1385501     5  0.1528    0.69217 0.000 0.000 0.048 0.000 0.936 0.016
#> SRR1361652     5  0.6133    0.49008 0.004 0.016 0.060 0.104 0.628 0.188
#> SRR1437119     1  0.1794    0.64492 0.924 0.000 0.000 0.000 0.036 0.040
#> SRR1478547     3  0.3298    0.64890 0.000 0.000 0.756 0.000 0.236 0.008
#> SRR1430910     5  0.1948    0.69262 0.004 0.020 0.016 0.008 0.932 0.020
#> SRR1310584     1  0.1265    0.63619 0.948 0.000 0.000 0.000 0.008 0.044
#> SRR1500216     4  0.4713    0.49659 0.040 0.000 0.124 0.752 0.072 0.012
#> SRR1486762     5  0.7208    0.05678 0.080 0.088 0.368 0.020 0.428 0.016
#> SRR1480854     4  0.2741    0.60989 0.008 0.000 0.032 0.868 0.000 0.092
#> SRR1489394     6  0.6183    0.15299 0.244 0.000 0.016 0.252 0.000 0.488
#> SRR1418085     1  0.6149   -0.21806 0.380 0.000 0.004 0.372 0.000 0.244
#> SRR1340221     1  0.4828    0.19538 0.568 0.000 0.000 0.064 0.000 0.368
#> SRR1473058     4  0.5966    0.49376 0.084 0.000 0.160 0.620 0.000 0.136
#> SRR1405165     3  0.2936    0.71018 0.000 0.000 0.852 0.016 0.112 0.020
#> SRR1433004     5  0.1410    0.69208 0.044 0.000 0.004 0.000 0.944 0.008
#> SRR1471477     1  0.4370    0.40962 0.672 0.000 0.036 0.008 0.000 0.284
#> SRR1098567     3  0.4559    0.20138 0.000 0.444 0.528 0.000 0.016 0.012
#> SRR1098712     1  0.4174    0.58646 0.784 0.000 0.100 0.072 0.000 0.044
#> SRR1455038     5  0.3051    0.68194 0.056 0.000 0.032 0.024 0.872 0.016
#> SRR1375248     3  0.3737    0.34186 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1403005     5  0.3368    0.66093 0.000 0.000 0.116 0.004 0.820 0.060
#> SRR1348378     2  0.4865    0.61166 0.004 0.672 0.240 0.076 0.004 0.004
#> SRR1413541     5  0.3121    0.67968 0.064 0.000 0.024 0.008 0.864 0.040
#> SRR1392943     4  0.4764    0.47386 0.040 0.000 0.008 0.640 0.008 0.304
#> SRR1475192     3  0.4842    0.60121 0.092 0.012 0.756 0.100 0.028 0.012
#> SRR1432085     3  0.4089    0.64721 0.024 0.160 0.776 0.012 0.028 0.000
#> SRR1452468     5  0.6258    0.43937 0.004 0.000 0.064 0.248 0.564 0.120
#> SRR1347060     3  0.3073    0.67196 0.000 0.000 0.788 0.008 0.204 0.000
#> SRR1414139     3  0.4671    0.54023 0.000 0.008 0.676 0.000 0.072 0.244
#> SRR1447962     3  0.4234    0.57440 0.000 0.100 0.744 0.000 0.004 0.152
#> SRR1444324     2  0.1478    0.87987 0.000 0.944 0.032 0.020 0.000 0.004
#> SRR1415004     1  0.1598    0.63949 0.940 0.000 0.008 0.008 0.004 0.040
#> SRR1413436     4  0.4844    0.52158 0.000 0.000 0.048 0.664 0.028 0.260
#> SRR1311266     5  0.5646    0.51278 0.216 0.000 0.076 0.044 0.648 0.016
#> SRR1343302     1  0.6518   -0.20412 0.368 0.000 0.020 0.336 0.000 0.276
#> SRR1373746     1  0.4074    0.55782 0.716 0.000 0.008 0.008 0.252 0.016
#> SRR1429678     1  0.4399    0.61540 0.728 0.000 0.008 0.024 0.212 0.028
#> SRR1469413     3  0.3710    0.60796 0.000 0.064 0.788 0.000 0.004 0.144
#> SRR1405331     5  0.5005    0.63285 0.092 0.000 0.092 0.060 0.740 0.016
#> SRR1345609     6  0.4510    0.36185 0.048 0.000 0.020 0.228 0.000 0.704
#> SRR1380208     6  0.4704    0.20544 0.004 0.000 0.036 0.332 0.008 0.620
#> SRR1322840     6  0.4274    0.00940 0.004 0.000 0.012 0.432 0.000 0.552
#> SRR1399797     3  0.4109    0.33319 0.000 0.000 0.576 0.000 0.412 0.012
#> SRR1416654     5  0.3907    0.27387 0.004 0.000 0.408 0.000 0.588 0.000
#> SRR1315081     3  0.3617    0.70437 0.000 0.080 0.816 0.000 0.088 0.016
#> SRR1369196     3  0.2948    0.67370 0.012 0.000 0.860 0.084 0.044 0.000
#> SRR1400847     1  0.3795    0.61956 0.768 0.000 0.012 0.008 0.196 0.016
#> SRR1365291     5  0.5759    0.43882 0.000 0.000 0.276 0.096 0.584 0.044
#> SRR1367920     4  0.3726    0.56588 0.028 0.000 0.004 0.752 0.000 0.216
#> SRR1366648     3  0.3130    0.70174 0.000 0.004 0.824 0.000 0.144 0.028
#> SRR1441679     2  0.0951    0.88455 0.000 0.968 0.020 0.008 0.000 0.004
#> SRR1082173     5  0.4100    0.64409 0.052 0.000 0.180 0.004 0.756 0.008
#> SRR1363968     1  0.5026    0.61690 0.720 0.000 0.040 0.064 0.160 0.016
#> SRR814387      1  0.2896    0.58533 0.824 0.000 0.000 0.000 0.016 0.160
#> SRR657599      6  0.6117    0.24610 0.028 0.000 0.176 0.000 0.268 0.528
#> SRR1386689     1  0.5395    0.36410 0.612 0.000 0.008 0.216 0.000 0.164
#> SRR1395575     3  0.2613    0.70441 0.000 0.000 0.848 0.000 0.140 0.012
#> SRR1453811     5  0.4353    0.32327 0.020 0.000 0.388 0.004 0.588 0.000
#> SRR1441159     5  0.4967   -0.00943 0.456 0.000 0.016 0.012 0.500 0.016
#> SRR1403154     1  0.6108   -0.10556 0.436 0.000 0.012 0.368 0.000 0.184
#> SRR1468722     3  0.3854    0.68775 0.000 0.000 0.772 0.000 0.136 0.092
#> SRR1310275     5  0.5913    0.47330 0.052 0.000 0.260 0.076 0.600 0.012

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

Session info

sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#> 
#> Matrix products: default
#> BLAS:   /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#> 
#> locale:
#>  [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_GB.UTF-8       
#>  [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8     LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
#>  [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
#> [10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
#> 
#> attached base packages:
#> [1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0    ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1         knitr_1.26          
#> [5] GetoptLong_0.1.7     cola_1.3.2          
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] circlize_0.4.8       shape_1.4.4          xfun_0.11            slam_0.1-46         
#>  [5] lattice_0.20-38      splines_3.6.0        colorspace_1.4-1     vctrs_0.2.0         
#>  [9] stats4_3.6.0         blob_1.2.0           XML_3.98-1.20        survival_2.44-1.1   
#> [13] rlang_0.4.2          pillar_1.4.2         DBI_1.0.0            BiocGenerics_0.30.0 
#> [17] bit64_0.9-7          RColorBrewer_1.1-2   matrixStats_0.55.0   stringr_1.4.0       
#> [21] GlobalOptions_0.1.1  evaluate_0.14        memoise_1.1.0        Biobase_2.44.0      
#> [25] IRanges_2.18.3       parallel_3.6.0       AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8           
#> [29] Rcpp_1.0.3           xtable_1.8-4         backports_1.1.5      S4Vectors_0.22.1    
#> [33] annotate_1.62.0      skmeans_0.2-11       bit_1.1-14           microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6           impute_1.58.0        rjson_0.2.20         png_0.1-7           
#> [41] digest_0.6.23        stringi_1.4.3        polyclip_1.10-0      clue_0.3-57         
#> [45] tools_3.6.0          bitops_1.0-6         magrittr_1.5         eulerr_6.0.0        
#> [49] RCurl_1.95-4.12      RSQLite_2.1.4        tibble_2.1.3         cluster_2.1.0       
#> [53] crayon_1.3.4         pkgconfig_2.0.3      zeallot_0.1.0        Matrix_1.2-17       
#> [57] xml2_1.2.2           httr_1.4.1           R6_2.4.1             mclust_5.4.5        
#> [61] compiler_3.6.0